Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401175.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4326.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17261
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 3719 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:613 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 589--625 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
579 AGAAACATGT
589 AGAAAAAGCCATTCATAGA
1 AGAAAAAGCCATTCATAGA
* *
608 AGAAAAATCCATTTATAG
1 AGAAAAAGCCATTCATAG
626 CCACTCATTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 16 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.14, G:0.14, T:0.22
Consensus pattern (19 bp):
AGAAAAAGCCATTCATAGA
Found at i:1186 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--1866 Score: 1510
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 172
* ** * * * *
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAGTGTTTCCCT
1 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** * ** * *
65 TGGGAAATGTGAAGAGAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT-GCTCACCCATTCCTT
66 AGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCATTCCTT
* * * *
129 CAAGAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTTAAA
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* *
172 ATTGATTTTAAGTT-TATTTTTTTTAGT-TTTTTGGTTAAAGCAGACTATAATT-AAGTGTCTAC
1 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTAC
* * * * * *
234 ATCGAGAAACATGAAGAACAAA-ACATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCC
64 CTAGAGAAACATGAAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* * * *
298 TTCAAAATCCTTATTACCCATTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* ** * * * * * *
343 ATT-AGTTTTATGTTC-ATTTTTTTTGCATTTTTGCTTAAAACAAATTATGATAGAATGTTTACC
1 ATTGA-TTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
** * * * * *
406 -ATGAGAAATGTGAAGCAAAAGGCATTTATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATCA-TCTCTCATTCC
65 TA-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCATTCC
* * * * *
469 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATATTCTCATA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * *
514 ATTGATTTTAAGTTTAA--TTTTTTACT-TTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATG-CTTAC
1 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TAC
* * * * * *
575 CTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCA-TAG-AAGAAAAATCCATTTATAGCCACTCATTCCT
64 CTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* * * ***
638 TCAGAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * ** * * * * *
682 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTCATTAACATAGACTATAATTGATTG-CAAGTC
1 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CC
* * * *
744 TCAGA-AAACGT-ATAGAAAAAGCCATTTATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
65 T-AGAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
* *
806 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-AATA
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-A
* * * * * *
852 ATTGACTTTAAGTT-GACTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
** * ** * * * * *
916 TTAAAAATGTGAA-AAACAACGCATTCATTGGAAAGAGAAGTCCATTTATTGTCTCTCATTCCTT
66 AGAGAAACATGAAGAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * *
980 CAAAAACCTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAA
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * * * *
1023 ATTGACTTTACA-TTCAATTTTCTTTATATTTTTGGTTAAAACGGATTAAAATTGAATGTCTACC
1 ATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
1087 TAGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAATAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATTCCTT
65 TAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * * *
1152 CAAAAGCCCTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAAACTCATA
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
** * *
1195 ATTGATTTTAAGTTCTTCTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACC
1 ATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* *
1260 TCA-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCAAAGCAAAGTCCATTTATAGTCTAC-CATTC
65 T-AGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTC
* * * * *
1322 TTTTAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGAA
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * * * * *
1368 ATTGATTTTGAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * * *
1433 CGAGAAA-AGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTAACCCGTTCTTT
66 AGAGAAACA-TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * ********** *
1497 CAAAA-CCTTATCACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATA
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * ** *
1539 ATTGATTTTAAATT-ACTTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAAT-TCTTACC
1 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC
* * * * * * *
1602 TCAG-GAAACGTGTAGAAAACGCCATTCATT-G-ATA-AAAA----A---A-AGTCTCCCATTGC
65 T-AGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* *
1655 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAA
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AA
* * * * * *
1701 A-TGATATTAAGTTTAA-TTTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGA-TAATAATTGAATATGTACC
1 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACC
* * * ** *
1763 TCA-AGAAACGTGAAGAAAAA-GAATGTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCTTTTATTCC
65 T-AGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
*
1826 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
1867 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1355, Mismatches: 273, Indels: 134
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 18 0.01
161 93 0.07
162 6 0.00
163 4 0.00
164 1 0.00
167 3 0.00
168 135 0.10
169 9 0.01
170 206 0.15
171 486 0.36
172 247 0.18
173 144 0.11
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
AGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
Found at i:2747 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2439--2773 Score: 392
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
2429 NNNNNNTTTT
* * *
2439 GTTAAAACAGACAATACTTGAATGTTTAGCTCTAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCTTTGGCAA
1 GTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCTTTGGCAA
* ** * * ** *
2504 GAAAAGTTTATTTATAGTCACACATTTCTTTCAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTCTCATA
66 AAAAAGTCCATTTATAGCCACACATTTCCTTCAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATCTCATA
*
2569 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTTGTTTTTAG
131 ATCTCAAAATAGATTTTAAGTTCATTTTTTTTTGTTTTTAG
*
2610 GTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTA-CAT-TGAGAAACATGAAGAGAAAA-GCATT-TATTG
1 GTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTAGC-TCT-AGAAACATGAAGA-AAAATGCATTCT-TTG
* **
2671 GCAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCA-TTCCTTCAAAATTCTTATTACCCACTTTAAATGAT
62 GC-AAAAAAAGTCCATTTATAGCCACACATTTCCTTC-AAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGAT
* * * * *
2735 TTTATTATCTCAAAATAGGTTTTATGTTCATTTTTTTTT
125 CTCATAATCTCAAAATAGATTTTAAGTTCATTTTTTTTT
2774 ACCTCGAGAA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 21, Indels: 11
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 54 0.39
172 80 0.58
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTAGCTCTAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCTTTGGCAA
AAAAAGTCCATTTATAGCCACACATTTCCTTCAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATCTCATA
ATCTCAAAATAGATTTTAAGTTCATTTTTTTTTGTTTTTAG
Found at i:2894 original size:136 final size:137
Alignment explanation
Indices: 2642--2894 Score: 321
Period size: 136 Copynumber: 1.9 Consensus size: 137
2632 TGTTTACATT
* * *
2642 GAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTTATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTC
1 GAGAAACATAAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCACTCCTTC
** * *
2707 AAAATTCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATAGGTTTTATGTTCATTTTTTT
66 AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTATGTTCATTTTTTT
2772 TTACCTC
131 TTACCTC
* * * * * *
2779 GAGAAACGTAAAGA-AAAAGACATTCATTGGCTAGAAAAA-TCCATTTATAGTCTCTCACTCCTT
1 GAGAAACATAAAGAGAAAAG-CATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCACTCCTT
* * * * *
2842 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
65 CAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTA
2895 AGTTGAATTT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 18, Indels: 3
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
136 69 0.71
137 28 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (137 bp):
GAGAAACATAAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCACTCCTTC
AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTATGTTCATTTTTTT
TTACCTC
Found at i:3062 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2772--4310 Score: 1164
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 169
2762 TCATTTTTTT
* ** * *
2772 TTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAA-GACATTCATTGGCTAGAAAAA-TCCATTTATAGTCTCTC
1 TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACG-CATTCATCAG--AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
2835 ACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
63 ATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
2900 AATTTTTTATA-TTTTTTTGTTAAAATAGAATATAATTGAATGC
127 AATTTTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGC
* * *
2943 TTGCCTCGAGAAACGTGTAGAAAAA-GCTATTCATAAAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
1 TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACGC-ATTCAT-CAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * *
3007 TTCCTTCAGAAGCCCTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTTAGGTGA
64 TTCCTTCA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
** * *
3072 A-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACA-AACTATAGTTGATTGC
128 ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAA-TATAATTGAATGC
* * *
3113 TTACCTCGGGAAATGTGTAA-AAAAA-GCCA-TCGAATCA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 TTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAACG-CATTC--ATCAGAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
3174 CCATTCTTTCAAACACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
61 CCATTCCTTCAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** *
3239 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGGCTA-AATTGAAT-T
125 TGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGC
** * *
3282 TCTACCTAAAGAAACGTTG-AGAACAAAGTACTCATTCA-CA-AG-AAAAGTTCATTTATTA-TC
1 T-TACCTCGAGAAACG-TGAAG-A-AAA--ACGCATTCATCAGAGAAAAAGTCCATTTA-TAGTC
* * * * * * *
3342 TCCTATTGCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCGATTTTAG
59 ACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * ** *
3407 GTCT-AATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTACGATTGAATGT
123 GT-TGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGC
* * * **
3455 TTACCTAGAGATACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCTGC
1 TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACG-CATTCA-T--CAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
3517 CATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
62 CATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
*** * * *
3582 GAATTTTTTTACATTTTTCACTAAAACAGAATATATTTAAATAC
126 GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGC
* * * * * * * * *
3626 CTGCCTTGGGAAATGT-ATAGAAAAACACAATT-ATTCCGA-AGAAAAGTCCATTTATGGTCTCC
1 TTACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAACGC-ATTCA-TCAGAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * * * *
3688 CATTCCTTCAAATGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTCTTATAAACTCATAATTGATTTGAAGTT
62 CATTCCTTCAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
3753 CAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGACA-ATAATTGAATG-
126 GAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-ATATAATTGAATGC
* * *
3796 TCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTGCCA-AG-CAAAGTCCATTTATAGTCAAC
1 T-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCA-T--CAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
3859 CATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
62 CATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
3924 CAATTTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAAAAGATTGTAATTGAATG-
126 GAA-TTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGAATATAATTGAATGC
* * * * ** * * ***
3968 TCTACCTCAAGAAAAGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTAACTTG
1 T-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATCAG-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * ** * * *
4033 TTCTTTCAAAACCTTATCACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTTAA
64 TTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
4098 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTCAATAC
129 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGC
* * * * * * * * * * *
4139 TTACCTCGAGAAAAGTAAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAAAAAAGACTATTTATAGTAATCCGT
1 TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATCAG-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * ** *
4204 TCTTTCAACA-CTTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TA
65 TCCTTCAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * *
4267 GTTTTTTATATTTTTTATTAAGATTGACTATAATTGAATTC
129 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGC
4308 TTA
1 TTA
4311 GAAAAAGCCA
Statistics
Matches: 1111, Mismatches: 195, Indels: 126
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 47 0.04
170 373 0.34
171 475 0.43
172 200 0.18
173 4 0.00
174 3 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCATCAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
CCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTGAATGC
Found at i:3078 original size:308 final size:307
Alignment explanation
Indices: 2463--3078 Score: 677
Period size: 308 Copynumber: 2.0 Consensus size: 307
2453 TACTTGAATG
* * * * * **
2463 TTTAGCTCTAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCTTTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACACA
1 TTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACACA
* * *
2528 TTTCTTTCAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTCTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
66 TCTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
* * * * * *
2593 TTTTTTTTTGTTTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACATTGAGAAACATGAAGAGA
131 ATTTTTTATATTTTTAGGTTAAAACAGAATATAATTAAATGCTTACATCGAGAAACATGAAGAGA
* * ** *
2658 AAAGCATTTATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAATTCTTATTACCC
196 AAAGCATTCATT-GAAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACCC
* * **
2723 ACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATAGGTTTTATGTTCATTTTTT
260 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGGTTTTAGGTGAATTTTTT
* * *
2771 TTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAA-GACATTCATTGGCTAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTC
1 TTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACAC
* * * *
2835 A-CTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
65 ATCTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * * * *
2899 GAATTTTTTATATTTTTTTGTTAAAATAGAATATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACGTGTAGA
129 CAATTTTTTATATTTTTAGGTTAAAACAGAATATAATTAAATGCTTACATCGAGAAACATGAAGA
* *
2964 -AAAAGCTATTCA-T-AAAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCCCTATT
194 GAAAAGC-ATTCATTGAAA-A-AAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATT
* * ** * *
3026 ACTCATTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTTAGGTGAATTTTTT
256 ACCCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATAG-GTTTTAGGTGAATTTTTT
3079 ACATTTTTCA
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 49, Indels: 14
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
305 2 0.01
306 2 0.01
307 77 0.31
308 171 0.68
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (307 bp):
TTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACACA
TCTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
ATTTTTTATATTTTTAGGTTAAAACAGAATATAATTAAATGCTTACATCGAGAAACATGAAGAGA
AAAGCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACCCA
CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGGTTTTAGGTGAATTTTTT
Found at i:3208 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2772--5402 Score: 1435
Period size: 170 Copynumber: 15.5 Consensus size: 170
2762 TCATTTTTTT
* * **** * * *
2772 TTACCTCGAGAAACGT-AAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCA
1 TTACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* *
2836 CTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
66 TTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
** *
2901 ATTTTTTATATTTTTTTG-TTAAAATAGAATATAATTGAATGC
130 ATTTTTT-TACATTTTTGATTAAAACA-AATATAATTGAATGC
* *
2943 TTGCCTCGAGAAACGTGT-AGAAAAAGCTATTCA-T-AAAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
1 TTACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATTCAAA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * *
3005 CATTCCTTCAGAAGCCCTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTTAGGT
64 CATTCCTTCA-AAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
3070 GAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAGTTGATTGC
128 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAA-TATAATTGAATGC
* * *
3113 TTACCTCGGGAAATGTGTAA-AAAAAGCCA-TCGAATCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
1 TTACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTC-ATTCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
3176 ATTCTTTCAAACACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
65 ATTCCTTCAAA-ACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** *
3241 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGGCTA-AATTGAAT-T
129 AATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA-AATATAATTGAATGC
** * * * * * *
3282 TCTACCTAAAGAAACGT-TGAGAACAAAG-TACTCATTCACAAGAAAAGTTCATTTATTA-TCTC
1 T-TACCTCGAGAAACGTGTAAGAA-AAAGCCATTCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC
* * * * * *
3344 CTATTGCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCGATTTTAGGT
63 CCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
3409 CT-AATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGAT-TACGATTGAATGT
127 -TGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATATA--ATTGAATGC
* * * * *** **
3455 TTACCTAGAGATACATG-AAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGCCA
1 TTACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
*
3519 TTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
66 TTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
3584 ATTTTTTTACATTTTTCACTAAAACAGAATATATTTAAATAC
130 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-AATATAATTGAATGC
* * * * ** * *
3626 CTGCCTTGGGAAA--TGTATAGAAAAA-CACAATT-ATTCCGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTC
1 TTACCTCGAGAAACGTGTA-AGAAAAAGC-C-ATTCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * *
3687 CCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTCTTATAAACTCATAATTGATTTGAAGT
63 CCATTCCTTCAAA-ACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
3752 TCAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGACA-ATAATTGAATG-
127 TGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-A-ATATAATTGAATGC
* * * *
3796 TCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAA-CGCATTCATTGC-CAAGCAAAGTCCATTTATAGTCAA
1 T-TACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGC-CATTCATT-CAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
3858 CCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
63 CCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
3923 TCAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAA-AAGATTGTAATTGAATG-
127 TGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAA-A-TATAATTGAATGC
* * * * * *
3968 TCTACCTCAAGAAAAGT-AAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-ACA-AAAAGTCCATTTATAGTAAC
1 T-TACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATT--CAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*** * * ** * *
4030 TTGTTCTTTCAAAACCTTATCACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTT
63 CCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
4095 TAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTGTAATTCAATAC
128 GAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA-AATATAATTGAATGC
* * * * * * * *
4139 TTACCTCGAGAAAAGT-AAAGAAAAAGGCATTTATT-AGCAAA-AAAAGACTATTTATAGTAATC
1 TTACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATTCA--AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * **
4201 CGTTCTTTCAACACTTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
64 CATTCCTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *** * *
4265 TAGTTTTTTATATTTTTTATTAAGATTGACTATAATTGAATTC
129 AATTTTTTTACATTTTTGATTAA-AACAAATATAATTGAATGC
***** ** * * * **
4308 TTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTGCTTCAAAAG--C-
1 TTACCTCGAG--AAAC-GTG-TAAGAAAAAG-CCA-TT-CA-T-T-CAAAAG----AAAAGTCCA
* * * * * * *
4369 TTTAT--T-ACTCA---CTTTAAATA-GTT-TTA-TAATCTCATAAATGATTTTA-AGT-TC--A
52 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-ACCTTATTACTCA-CT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * *
4421 ATT--TTTT---TT--A-CTTTTT---TGGTT-A--AAACAGATA-ATACTTGAAGGC
114 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA-ACAAATATAATTGAATGC
* * ************* * *
4464 GTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAAANNNNNNNNNNGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
1 TTACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * * *
4528 TTCCTTCAAAAGTCTTATTACCCGCTGTAAATGGTTTTATCATCTTATAATTGATTTTATGTTGA
66 TTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
4593 A-TTTTTTAGTATTTTT-AGTTCAAACACACA-ATAATTGAATG-
130 ATTTTTTTA-CATTTTTGA-TT-AAA-ACAAATATAATTGAATGC
* ** * ** * *** *
4634 TCTAGCAAGAGAAACG-GGAAGAAAAATACGTTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCC
1 T-TACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
4697 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTC
65 ATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
4762 AATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTAAAAG-
129 AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-AATATAATTGAATGC
* * * ** * * *** *
4804 TCTACTTTGAAAAATATG-ACA-AAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACC
1 T-TACCTCGAGAAACGTGTA-AGAAAAAGCCATTCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * ** *
4867 TATTTCTGCAAAAGTCGTATTACTCGGTTTAAA-GGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
64 CATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
4931 T-AATTTTTTTATATTTTTTATTAACACAAACTATAATTGAGTGC
127 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAA-TATAATTGAATGC
* * * * * *
4975 TTACCATAG-GAAACATGT-AGAAAAAGCCAGTCATTGATAAA-AAAGGTCTATTTATAGTCACC
1 TTACC-TCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATTCA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
5037 CATTCGTGCAAAAACCTTATTACTCACTCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
64 CATTCCTTC-AAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
5102 GATTTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-
128 GAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAACA-AATATAATTGAATGC
* ** * * *
5146 TCTACCTCGAGAAACATGTAA-AAAAAGCCATTCATAGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTC
1 T-TACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * ** * * *
5210 ATTCCTTCAGAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAGGTTA
65 ATTCCTTCA-AAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
5275 AATTTTTTGT--ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGATTAC
129 AATTTTTT-TACATTTTTGATTAAAACA-AATATAATTGAATGC
* * * * * * *
5317 TTGCCTCGAGAAACATGT-AGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCA
1 TTACCTCGAGAAACGTGTAAGAAAAAGCCATTCATTCAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
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5403 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATATAATTGAATGC
Found at i:3564 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2771--5402 Score: 2103
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2761 TTCATTTTTT
* * * *
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1 TTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTAC-C
*
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * **
3026 ACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTTAGGTGAA--TTTTTTACATTTTTCA
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* * * *
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* * ** * * ***
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1 TTTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGACATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTA-
* *
3174 CCATTCTTTCAAACA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
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* *
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* * *
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* * * * *
3366 AGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCGATTTTAGGTCTAATTTTTTTTACATTATTGG
254 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTTACATTTTTGG
**
3431 TTAAAACAGATTACGATTGAATG
318 TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * *
3454 TTTACCTAGAGATACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGCCA
1 TTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCA
* *
3519 TTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
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* * * * ** * *** * *
3584 ATTTTTTTACATTTTTCA-CTAAAACAGAATATATTTAAATACCTGCCTTGGGAAATGTATAGAA
131 ATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTAAAGAAACGT-GAGAA
* * * *
3648 AAA-CACAATTATTC-CGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCCATTCCTTCAAATGCCTTATTAC
194 AAAGTAC--TCATTCAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * * * *
3711 TTGCTTGAAATGGTCTTATAAACTCATAATTGATTTGAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTT
256 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTT
**
3776 -AAACAGACAATAATTGAATG
320 AAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
3796 TCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACG-CATTCATTGCCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCAACC
1 TTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACC
* * * * *
3860 ATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
65 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
3925 AATTTTTTTTACATTTTT-GATTAAAAAAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTAAAG
130 AA-TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTAAAGAAACGT-GAG
* * ** *** * *
3989 AAAAAGGCATTCATTGGCAC-A-AAAAGTCCATTTATAGTAACTTGTTCTTTCAAAA-CCTTATC
192 AAAAA-GTACTCATT--CACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * *
4051 ACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTTAA-TTTTTTTACATTTTTAG
254 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTACATTTTTGG
* * *
4115 TTAAAACAGATTGTAATTCAATA
318 TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
4138 CTTACCTCGAGAAA-AGTAAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAAAAAAGACTATTTATAGT-AATC
1 TTTACCTCGAGAAACA-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTA-C
* * * * * *
4201 CGTTCTTTCAACA-CTTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
64 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * **
4265 TAGTTTTTTATA-TTTTTTA-TTAAGATTGACTATAATTGAA-TTCT---T--AGAAA----A-A
129 GAATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTAAAGAAACGTGAGA
*** * * * *
4317 GCCA-T--TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTGCTTCAAAAGCTTTATTACTC
193 AAAAGTACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
4379 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGTTAA
258 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * *
4444 AACAGATAATACTTGAAGG
322 AACAGATTATAATTGAATG
** * * ********** * *
4463 CGTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAANNNNNNNNNNGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
1 TTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCA
* * * * * *
4528 TTCCTTCAAAAGTCTTATTACCCGCTGTAAATGGTTTTATCATCTTATAATTGATTTTATGTTGA
66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
4593 A-TTTTTTAGTATTTTTAGTTCAAACACACAATAATTGAATGTCTAGC-AAGAGAAACGGGAAGA
131 ATTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTAA-AGAAACGTG-AGA
** * *
4656 AAAA-TACGTTCATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
193 AAAAGTAC--TCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
4719 TCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAA-TTTTTTTACTTTTTTGGTT
256 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTT
* * *
4783 AAAACAGAATATAATTAAAAG
320 AAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
4804 TCTACTTTGAAAAATATGACA-AAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATC-ACC
1 TTTACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACC
* * * * * *
4867 TATTTCTGCAAAAGTCGTATTACTCGGTTTAAA-GGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
65 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
4931 T-AATTTTTTTATATTTTTTA-TTAACACAAACTATAATTG-AGTGCTTACC-ATAGGAAACATG
128 TGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTC-TACCTA-AAGAAACGTG
* * * * * * * * *
4992 TAGAAAAAGCCAGTCATTGATAA-AAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCGTGCAAAAACCTTA
190 -AGAAAAAG-TACTCATTCACAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
5056 TTACTCACTCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTT
252 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTT-TTTTACATTTTT
* *
5121 GGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
316 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
5146 TCTACCTCGAGAAACATGTAA-AAAAAGCCATTCATAGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAG-CCAC
1 TTTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTAC
* * ** * *
5208 TCATTCCTTCAGAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAGGT
64 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** *
5273 TAAATTTTTTGT--ATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTG-ATTACTTGCCTCGAGAAACATG
128 TGAATTTTTT-TACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTC-TACCTAAAGAAACGTG
* * * * * *
5334 TAGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
190 -AGAAAAAGT-ACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
5399 TACT
253 TACT
5403 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1836, Mismatches: 360, Indels: 189
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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322 1 0.00
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345 3 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTAAAGAAACGTGAGAAAA
AGTACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
GATTATAATTGAATG
Found at i:6470 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6181--7376 Score: 1105
Period size: 172 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
6171 CAATTTAGTG
* * * *
6181 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGTGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAA
* ********** *
6246 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTNNNNNNNNNNTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTC
64 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * *
6311 ATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAACT
129 ATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * * * * *
6353 AATAATGTAAAGAAAATTGAACCTAAAATCGATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCATGTAA
1 AAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-GTAA
* * * *
6418 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACAATAAAT-AGACTTTTCTTGCAAATGAATG-CTTTGTTCT
64 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TTCT
* * *
6481 TCATGTTTCT-TAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACA
127 TCATGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * * *
6525 AAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTCAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAA
* * * * *
6590 TAAGGCTTCTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATGAACTTTT-TTTCTCTATGAATGGCTTTTTCTA
64 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCT-
* * * * *
6654 T-ACGTTTC-CTAAGGTACACATTTAATTATAGTCTGTTGTAATC-
127 TCATGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CA
* * *
6697 AAAAA--TATAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAAT
* **** * * *
6760 AAGGTTTTTGAAAGAATAAAAGACTATAAATAAACTTTTCTAGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
65 AAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * *
6825 TGTTTCTCAAAGTAAACATT-ATATTATAATCCGTTTTAAGA
130 TGTTTCTCTAGGTAGACATTCA-ATTATAATCTGTTTTAACA
* * * * **
6866 AAAAATGTAAAAACAA-TGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAATAATTTAAAG-AGGGTA
1 AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA--GTA
* * ** *
6929 ATAAGGATTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCT
63 ATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * *
6993 ACATGTTTCTCAAGGTTGGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAACA
127 TCATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * *
7037 GAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAGGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAAT
*** * * * *
7101 AAGGCTTTT-AAAGGAACAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCGAATGAATGCCTTTTCCCTC
65 AAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * *
7165 ACGTTTCTCAATGTACACATTTAATTATAATCTGTTTTAACGA
129 ATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-A
* * * *
7208 AAAAA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAA
* * *
7272 TAAGTCTTTTGAAAGAATGGGTGACTAT-AATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTC
64 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * *
7336 ATGTTTCT-TGAAGTAGACATTCAAGTATAGTCTGTTTTAAC
129 ATGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
7377 CAAANNNNNN
Statistics
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AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGTAATA
AGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
GTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
Found at i:6842 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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6171 CAATTTAGTG
* ** * * * * *
6181 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGTGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAA
* ********** * * *
6246 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTNNNNNNNNNNTTTTCTTGCT-AATGAATGCCTTTTTCTT
66 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTA
* * * * * * * * * * *
6310 CATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTAACTA-ATAATGTAAAGAAAATTGAA
130 CACGTTTCTCAAGGTACACACTCAATTATAGTCTGTTGTAAC-AGAAAATATAAA-AAAA-TCAA
* * * * * **
6374 CCTAAAATCGATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
192 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAG
* * * * *
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256 AGACTATAAATAAACTTTTCTTGCAAATGAATCCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAACATT
* *
6504 CAATTATAGTCTATTTTAACA
320 -AATTATAATCTGTTTTAACA
* * ** * *
6525 AAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTCAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAA
* * * *
6590 TAAGGCTTCTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTTTTCTCTATGAATGGCTTTTTCTAT
66 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTAC
* * *
6655 ACGTTTC-CTAAGGTACACATTTAATTATAGTCTGTTGTAATCA-AAAATAT-AAAAACTCAACT
131 ACGTTTCTC-AAGGTACACACTCAATTATAGTCTGTTGTAA-CAGAAAATATAAAAAAATCAACT
* * *
6717 TAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATAAAAG
194 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGAG
* *
6782 ACTATAAATAAACTTTTCTAGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAACATTAT
258 ACTATAAATAAACTTTTCTTGCAAATGAAT-CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAACATTA-
* *
6847 ATTATAATCCGTTTTAAGA
321 ATTATAATCTGTTTTAACA
* * *
6866 AAAAATGTAAAAACAA-TGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAA-TAATTTAAAGAGGGTA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGAGAGTA
* * * *
6929 ATAAGGATTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCT
65 ATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCT
* *** * *
6993 ACATGTTTCTCAAGGTTGGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAACAGAAAATGTAAAAAAATCAACT
129 ACACGTTTCTCAAGGTACACACTCAATTATAGTCTGTTGTAACAGAAAATATAAAAAAATCAACT
* * * *
7058 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAGGCAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAACAAGT
194 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAAGA
* * * * * * * *
7122 GACTATAAATGAACTTTTTTTGCGAATGAATGCCTTTTCCCTCACGTTTCTCAATGTACACATTT
257 GACTATAAATAAACTTTTCTTGCAAATGAAT-CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAACA-TT
7187 AATTATAATCTGTTTTAACGA
320 AATTATAATCTGTTTTAAC-A
* * * *
7208 AAAAA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAA
* * * *
7272 TAAGTCTTTTGAAAGAATGGGTGACTAT-AATGAACTTTTCTTGCT-AATGAATGTCTTTTTCTT
66 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTA
* * * * * *
7335 CATGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAAGTATAGTCTGTTTTAAC
130 CACGTTTC-TCAAGGTACACACTCAATTATAGTCTGTTGTAAC
7377 CAAANNNNNN
Statistics
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0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AAAAATGTAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTAC
ACGTTTCTCAAGGTACACACTCAATTATAGTCTGTTGTAACAGAAAATATAAAAAAATCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGAGACT
ATAAATAAACTTTTCTTGCAAATGAATCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAACATTAATTAT
AATCTGTTTTAACA
Found at i:8832 original size:172 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
8505 CAGTTTAGTG
* ** * * *
8515 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGACTACAAAACCA-TTAAAGCGAATAAT
* ********** * * *
8580 AAGACTNNNNNNNNNNTGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATGTCTTTTTTTGCA
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* * * *
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130 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATCCATTTTAACC
* * * * *
8686 AACAATGTAAAGAAAATTGAACCTAAAATCGATTTTAAGATTACAAAACCATTTAAAGC-ACATA
1 AAAAATGTAAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGACTACAAAACCA-TTAAAGCGA-ATA
* *
8750 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-ATATG-CTTTGTTC
63 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGTCTTT-TT-
* * *
8813 TT-CATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTGTAGTCTATTTTAACC
125 TTGCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATCCATTTTAACC
** * * *
8858 AAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTAAAGCGAGTAATA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGACTACAAAACCATTAAAGCGAATAATA
* * *
8923 AGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 AGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
8962 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.33
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AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGACTACAAAACCATTAAAGCGAATAATA
AGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTTGCAT
GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATCCATTTTAACC
Found at i:9408 original size:169 final size:170
Alignment explanation
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9104 NNNNNAGACA
* * * * *
9114 ATAAATGGACTTTTCTT-ACAATAAAT-GCTTTGTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAAC
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* ** * *
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*
9242 A-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAAAAATGGGTGACT
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCT-GAAAAAATAGGTGACT
* * *
9282 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGATTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTA-AGCAATCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGTAGA-CAATCAAC
* * * * *
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65 TATAGTCTATTTTAATCAAAAATGACAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATCATGAGAATATAAAAC
** *
9410 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATAGGTGGCT
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAAAAATAGGTGACT
* *
9452 ATAAATGGACTTTTCTTCTCTATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCT
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCT
9499 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 25, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAACT
ATAGTCTATTTTAATCAAAAATGACAAAAATTCAACCTAAAATCAATCATGAGAATATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAAAAATAGGTGACT
Found at i:9888 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9560--10099 Score: 548
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 168
9550 NNNNNNNNNN
* * *
9560 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGATTTGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
* * * * * *
9625 TAAATGGACCTTTCTTATCAATGAATAG-CTTTTTCT-ACATGTTTCATGTGGTAAGCACTCAAT
66 TAAATGGACATTTCTTGTCAATGAAT-GCCTTTTTCTCACGTTTTTCATGTAG--A-CATTCAAT
* **
9688 TATAGTCTGTGTTAATAAAAAAAATAAAAAAATAAACTTAAA
127 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATAAACTTAAA
* * * * *
9730 ATCAATTATCAGATTATAAAATCC-TTTAAAGCGAGTAATACGACTTCTGAAGGAATAGGTGATT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT
* * * *
9794 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCGTCACGTTTTTCAATGTAGATATTTAACT
65 ATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTC-TCACGTTTTTC-ATGTAGACATTCAATT
* * * *
9859 ATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTGAA
128 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAAT-AAAAAAA-TAAACTTAAA
* * ***
9902 ATCAATTTTGAGATTATGAAACCATTTAAATTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
* * * * * * *
9967 T-AATGGACATTTCTTGCCAATGAACGCATATTTCTTCCCGTTTCTCTTGGTAGACATTCAATTA
66 TAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTC-TCACGTTTTTCAT-GTAGACATTCAATTA
* * ** * *
10031 TTGTGTGTTTTAACCAAAAATACCAAAAAATTCAACTTAAA
129 TAGTCTGTTTTAACCAAAAA-AATAAAAAAATAAACTTAAA
*
10072 ATCAATTATGAGATGATAAAACCATTTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
10100 CAGTAAGTAN
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 57, Indels: 20
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
TAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTCACGTTTTTCATGTAGACATTCAATTATA
GTCTGTTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATAAACTTAAA
Found at i:11063 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 10330--12061 Score: 1522
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10320 NNNNNNNNNN
* * * *
10330 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGACA-GTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATT
* * *
10394 ATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAATTTAAAATCATTTATGAGATTATAAA
65 A-TAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * * * *
10458 ATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGTAGCAATGGGTTACAA
128 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
* * * * *
10503 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTTTTGAGGTAAGA-ATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAA-ACATTCAATT
* * * * * *
10567 ATAGTTTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAG
65 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*
10631 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGTAA-GAATGGGTGACTA
130 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATAGGTGACTA
* ** * * * * * * * *
10674 TAAATGGACCTTAGTTATCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGTAAGCACTGAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
* * * * *
10739 TAGTCTATTTTAA-TAAAAAATGT-AAAAGAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAC
66 TAGTCTGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
10801 CATTTAAAGCGAGTCATACGGCTTTTAAAGGAACAGGTGATTA
130 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
* * * * * * * * * *
10844 TAAAAGAACTTTTCTTGCCTACGAATG-CTTTTTTCCTCACATTTCTCAATGTAAACATTTAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATT
* * *
10908 ATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAAA
65 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAA
10973 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
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* * *
11017 T-AATGGACCTTTCTTACCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
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* ** * * * *
11081 TTGTGGGGTTTAA-CAAAAAA-TGCAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
66 TAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
11144 TATTTACAGTGAATAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGAGACTA
130 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
* * * * * *
11187 TAAATGGACATTTCTTGCCAATGACA-GTCTTTTTTTTCGCGTTTCTTC-AGGTACATATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGTCTTTTTCTTCACGTTTC-TCGAGGTAAACATTCAAT
* * * * * * *
11250 TATTGTCCGTTTTAGCTAAAAATA-TAAAATAAATTGAGCTTAAAATCATTTATGAGATTATAAA
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* * ** * *
11314 ATCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGCAAT-GG-G----
128 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
* * * * *
11353 ---A--GACTTTTCTTATCAATAAATGGCATTTTCTACACGTTTC-CTGAGGTAAGA-ATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAA-ACATTCAAT
* * * *
11411 TATAGTCTATTTTAA-CAAAAAA-TATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATCAGATTAAAAA
64 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTA-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
11473 ACCATTTAAAGTGAGTGA-AAGG-TTTTGAAAGAA-CGAGTTACTA
128 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTA
* * * * * *
11516 TAAATGGACATTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACTTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
* ** * * * *
11581 CAACCTGCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTGAA-TTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
66 TAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
11645 TATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTAAAAGAAT-GGTTGACTA
130 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTA
* * * * *
11688 TAAATGGACTTTGCTTAGCAATGAATG-CTTTTTTCTTGATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATT
* * * * *
11752 ATTGTCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA-TGAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAAC
65 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*
11816 CATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTA
130 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTA
* * * * * * ** *
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* *
11923 ATAGTCTGTTTTAA-CAGAAAATGTAAAAAAAA---AACTTAAAATCAATTATGAGATCAT-AAA
65 ATAGTCTGTTTTAACCA-AAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * * *
11983 CCATTGAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTTATAGGAACAAGTGACTA
129 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATAGGTGACTA
* * * *
12027 TAAATGAACTTTTCTTGCGAATGAATGCCTTTTTC
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTC
12062 CTCANNNNNN
Statistics
Matches: 1271, Mismatches: 233, Indels: 115
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 9 0.01
158 5 0.00
159 42 0.03
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
Found at i:11748 original size:672 final size:673
Alignment explanation
Indices: 10340--12009 Score: 1860
Period size: 672 Copynumber: 2.5 Consensus size: 673
10330 TAAATAGACT
* * * * * *
10340 TTTCTTGCCAATGACA-GTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATTATCTGTT
1 TTTCTTACCAATGA-ATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGTC-GGT
* * *
10404 TTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAATTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAATTATTTAAAG
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* * * *
10469 TGAGTAATAAGGCTTTTGTAGCAATGGGTTACAATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
126 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-AAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * ** *
10534 TTTCTACACGTTTTTTGAGGTAAGAATTCAATTATAGTTTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
189 TTTCTACACGTTTCTTCAGGTAAGAATTCAATTATAGTCCATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * ** *
10599 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGTAAGAA
254 TGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGCAAGAA
* * * * *
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319 TGGGAGAC-AT--AT----CTTACTTATCAATAAATGGCATTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAAG
* * * * * *
10729 CACTGAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAGAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATT
377 AACTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAAATT
* * * *
10794 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATACGGCTTTTAAAGGAACAGGTGATTATAAAAGAACTTTTCT
442 AAAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAAGGCTTTTAAAGGAACAGGTGACTATAAAAGAACATTTCT
* * * * * *
10859 TGCCTACGAATGCTTTTTTCCTCACATTTCTCAATGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACC
507 TGCCTACGAATGCCTTTTTCCTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAACCTGCTTTAACC
10924 AAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAAACCATTTAAAGTGAGTA
572 AAAAAAGTAAAAAAAATTGAACTTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* *
10989 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAATGGACC
637 ATAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAATGGACC
* *
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1 TTTCTTACCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGT-CGGTT
* * * *
11091 TAACAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTACAGTGA
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* * * * *
11156 ATAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGAGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGACA-GTCTTTT
129 GTAATAAGGCTTTTGAA-GAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTT
* * * * * * *
11220 TTTTCGCGTTTCTTCAGGTACA-TATTCAATTATTGTCCGTTTTAGCTAAAAATATAAAATAAAT
191 TCTACACGTTTCTTCAGGTA-AGAATTCAATTATAGTCCATTTTAACTAAAAATATAAAA-AAAT
* * *
11284 TGAGCTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAATCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-CAAGCA
254 TGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGCAAG-A
* *
11348 ATGGGAGAC-T-T-TT-CTTATCAATAAATGGCATTTTCTACACGTTTC-CTGAGGTAAGAATTC
318 ATGGGAGACATATCTTACTTATCAATAAATGGCATTTTCTACACGTTTCTC-AAGGTAAGAACTC
*
11408 AATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAGATTAAAAA
382 AATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAAATTAAAAA
* * * * *
11473 ACCATTTAAAGTGAGTGA-AAGG-TTTTGAAA-GAAC-GAGTTACTATAAATGGACATTTCTTG-
447 ACCATTTAAAGCGAGTCATAAGGCTTTT-AAAGGAACAG-GTGACTATAAAAGAACATTTCTTGC
* * * * * *
11533 CTAATGAATGCCTTTTTCTTTACTTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAACCTGCTTTAACTAA
510 CT-ACGAATGCCTTTTTCCTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAACCTGCTTTAACCAA
* * *
11598 AAATGTAAAAAAAATTGAA-TTCAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGTGAGTGA
574 AAAAGTAAAAAAAATTGAACTTC-AAATCAATTTTGAGATTATAAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
11661 TAAGGCTTTTAAAAGAAT-GGTTGACTATAAATGGA-C
638 TAAGGCTTTTAAAAGAATAGG-TGACTAT-AATGGACC
* * * * *
11697 TTTGCTTAGCAATGAATGCT-TTTTTCTTGATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGT
1 TTT-CTTACCAATGAATG-TATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGTCGGT
* * *
11761 GTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA-TGAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTGAAG
64 -TTAACCAAAAATG-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAG
* * * *
11825 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAGTGAATGGTTT
126 TGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * ** *
11890 TTTCTACATGTTTC-TCAAGGTAGGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AGAAAATGTAAAAAA
189 TTTCTACACGTTTCTTC-AGGTAAGAATTCAATTATAGTCCATTTTAACTA-AAAATATAAAAAA
* * * *
11953 A--AAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT-AAACCATTGAAAGCAAGTAATAAGGTTTTT
252 ATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
12010 ATAGGAACAA
Statistics
Matches: 833, Mismatches: 126, Indels: 68
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
668 28 0.03
669 22 0.03
670 2 0.00
671 62 0.07
672 310 0.37
673 16 0.02
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675 2 0.00
680 1 0.00
683 2 0.00
684 143 0.17
685 68 0.08
686 65 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (673 bp):
TTTCTTACCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGTCGGTTT
AACCAAAAATGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGTGAGT
AATAAGGCTTTTGAAGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTAC
ACGTTTCTTCAGGTAAGAATTCAATTATAGTCCATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTGAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGCAAGAATGGGAGA
CATATCTTACTTATCAATAAATGGCATTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAAGAACTCAATTATAGT
CTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAAATTAAAAAACCATTTAA
AGCGAGTCATAAGGCTTTTAAAGGAACAGGTGACTATAAAAGAACATTTCTTGCCTACGAATGCC
TTTTTCCTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAACCTGCTTTAACCAAAAAAGTAAAAAA
AATTGAACTTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
AGAATAGGTGACTATAATGGACC
Found at i:15149 original size:169 final size:169
Alignment explanation
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14200 ACTTACTGTA
* * * *
14210 AATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGTATTTTTGGTTAAAACACAC
1 AATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATAGAC
* ** * * * *
14275 AATAATTGAATGTCTACCAAGAGAAACAGGAAGAAATATG-C-GTTCATTG-G-TAAGAAAAGTC
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********** * **
14336 CA-TTANNNNNNNNNNTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTT
126 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTT
* * * *
14379 AAATGGTT-TCATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAA
1 -AATGGTTAT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTATA--TTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * * *
14443 ACAAATTATACTTAAATGTCTACATTGAAAAACGTG-ATGAAAAAGGCA-TTCATTGACA-AGAA
59 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTA-GAAAAAGCCATTTC-TTGAGATA-AA
* * * *
14505 AAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTT
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* * ** * *
14554 AAAGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAACACAGA
1 AATGG-TTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGA
* ** **********
14618 CTATAATTGAGTG-CATACC-ACATGAAACATGTAGAAAAAG--NNNNNNNNNNATAAGAAAGGT
64 CTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAACATGTAGAAAAAGCCATTTCTTGAGATAA-AAA-GT
* * * *
14679 CCATTTATAGTCACCCAATCCTGCAAAAACCTTATTACTCGCTTT
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* *********
14724 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGA
1 -AATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGA
* *
14789 CTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACATGTAGAAAAAGCCA-TTCATAGAGCA-GAAAAGTC
64 CTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTC-TTGAG-ATAAAAAGTC
* * * * * * *
14851 CATTTATGGCCACACATTCCTCCAGAATCCTTATTACTCGCTTT
126 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTT
* * * ** * *** *
14895 AAATGGTTCTATAATCTCATTATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGCATTTGTCAATAAAACAGAC
1 -AATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAC
14960 TATAATTG-AT-TACTTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTCTTGAGATAAAAAGTCCA
65 TATAATTGAATGT-C-TACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTCTTGAGATAAAAAGTCCA
15023 -TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTT
128 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTT
* *********
15064 AATGGTTATATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTATATTTTTGGTTAAAATAGAC
1 AATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAC
* * ** * * *
15129 TATAGTTGAATGTCTACCTTGAAAAAGGTGAAGAACAAAG-CATTTATTG-G-TAAGAAAAGTCT
65 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAA-AAAGCCATTTCTTGAGAT-A-AAAAGTCC
* * * *
15191 ATTTATTGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATATGCTTT
127 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTT
* * ********** * * * *
15234 AAATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAGGTTCAATTTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
1 -AATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * * * *
15299 ATTACAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAGGCA-TTC-AGAGGCA-AGAAAAGT
63 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTCTTGA-G-ATA-AAAAGT
15361 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
125 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
15399 TCGNNNNNNN
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 193, Indels: 100
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 34 0.04
169 101 0.13
170 245 0.32
171 156 0.20
172 107 0.14
173 10 0.01
174 67 0.09
175 53 0.07
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACT
ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTCTTGAGATAAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTT
Done.