Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401176.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4327.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8564
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 698 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1089 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 804--1122 Score: 361
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
794 ACATTTTTCG
* * * * *
804 TTAAAACAGACTATAATTGAAGGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGGATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAAACTACAATTCAAGGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAC
********** *
869 AAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGCTTTTATAA
66 AAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* *
934 TATCTTAAATGATTTGAAGTTGAATTGTTTCACAT
131 TATCGTAAATAATTTGAAGTTGAATTGTTTCACAT
* * *
969 TTAAAACAAACTACAATTCAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAATAGCATTCATTGGCAAC
1 TTAAAACAAACTACAATTCAAGGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAC
** * * *
1034 AAAAGTTTATTTATAGTCACTCC-TTTCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
66 AAAAGTCGATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * *
1098 ATCTCGTAACTAATTTTAAGTTGAA
130 ATATCGTAAATAATTTGAAGTTGAA
1123 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 29, Indels: 2
0.80 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
165 122 0.98
166 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (165 bp):
TTAAAACAAACTACAATTCAAGGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAC
AAAAGTCGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
TATCGTAAATAATTTGAAGTTGAATTGTTTCACAT
Found at i:1603 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1308--1975 Score: 587
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
1298 NNNNNNNACA
* * * * * * * *
1308 TGAAGAAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAAGCCCATTTCTAGTCATCCATTACTTCAAAAGGCTT
1 TGAAGGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAAAGGCTT
* * ** * *
1373 ATTACTCACTTTAAATAGTGTTT-TAGCCTCATAACT-AATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAACTGATTTTAAA-TTAAATTTTTTTACATTT
* *
1436 TTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAAAGTATACCTTGAGAAATG
128 TT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATG
* ** *
1479 TGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTT
1 TGAAGGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAAAGGCTT
* * *********** *
1544 ATGACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAANNNNNNNNNNGTTAAATTGTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTT
* * *
1609 AGTTAAAACAGACAATAATTGAGTGTGTACCTTGAGAAACT-
130 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAA-TG
* ********** * * * *
1650 TGAAGAAAAAAGCATTNNNNNNNNNNAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGACTT
1 TGAAGGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTC-CTTAAAAGGCTT
* * *
1715 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTT
* *
1780 AGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTA-ATTGAAGAAATG
130 AGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTATACCTTG-AGAAATG
*
1821 TGAA-GAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCGATTCCTTAAAATGGCT
1 TGAAGGAAAAA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAA-GGCT
* * * * * *
1885 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC-CATAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTT
* *
1949 TGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGT
129 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1976 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 93, Indels: 23
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 75 0.19
171 315 0.80
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TGAAGGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAGGCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTA
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATG
Found at i:2476 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2180--4815 Score: 2734
Period size: 171 Copynumber: 15.4 Consensus size: 171
2170 TTTTTCATTA
* * *
2180 AAAC-TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTTC-TTCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAA
* ********** * *
2243 AGGCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAC
65 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
2308 CTTTTTAACTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTACCTCGAG
130 ATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* *
2350 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
********** * * * *
2414 A-GCTTTANNNNNNNNNNTAAGTGGTTTTATAATCTCATACCTGACTTTAAGTTGACTTTTTTTA
65 AGGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* *****
2478 CATTTTTAATAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCANNNN
129 CATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
****** * * *
2521 NNNNNNGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAACGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * * * * * * * *
2586 GCCTCATTACCCGCTTTAAATGATTTTATAATATCCTAATTGATTTGAAATTGAATTGTTTCACA
66 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * ** *
2651 TTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATGTGTATGTCAAT
131 TTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* *********** * *
2692 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCNNNNNNNNNNTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * ** * * *
2757 GGCTTTTTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTTGTAACTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACA
66 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * *
2822 TTTTTAGTTATATCAGACAATAATTGAATATGTACTTCAAG
131 TTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * *
2863 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAATAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
2928 AGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
66 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
** * **
2993 TTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAG
131 TTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
** * * * * * * *
3034 AAATGTGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGGAAATTTCGTTTATAGTAATCCATTCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
3099 GGCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACA
66 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
3164 TTTTTAGTTAAAACATACAATAATT-AAGTGTGTACC-CTGAG
131 TTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTC-AAG
* * * *
3205 AAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
3270 GACTTATTACTAGCTTTACATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA
66 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
3335 TTTTCT-GTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTTAAG
131 TTTT-TAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
3376 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
3441 GGCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGTCGAATTTTTTTACA
66 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
** * * **
3505 TTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
131 TTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* *
3546 AAACGTGAAGAAAAAGAG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * ** *
3610 AGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAA-CATCCTAACTGATTTGAAGTTGAATCGTTTCA
65 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
3674 CATTTTTTATT-AAACTAGACTACAATTGAATGTTTACCTCATG
129 CATTTTTAATTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * *
3717 AAAGATG-AGAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
1 AAACATGAAG-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
** * * *
3781 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTCGTAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAT
65 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** *
3846 ATTTTTCAA-TAAAACAGAAAATAATTGAATGTGTACCTCAAG
130 ATTTTT-AATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * **
3888 AAACGTAAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTGTTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
3953 GGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
66 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
**
4018 TTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
131 TTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
4059 AGACATGAAGAGAAAAGGGATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAA
1 AAACATGAAGA-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*
4124 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAC
65 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
4188 ATATTTAGTTAAAACGGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAG
130 ATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * *
4230 AAACATGAAGAAAAAGAG-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAA
1 AAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
4294 AGGCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAACTTGAAGTTTAATTTTTTTTA
65 AGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA
** * * *
4359 CATTTTTGTTTAAAACAGACTATAAGTAAATGTCTACCTCAAA
129 CATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * *
4402 AAATATGAAGAAAAAGGGATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*
4467 GGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAC
66 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
4531 ATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
130 ATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * ** * * *
4573 AAACTTGAAGAAAAAAGGATTCAATATCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * * * **
4638 GCCTTATCACTCGCTTTAAGTGATTTTATAATCTCATAACGGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATG
66 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * **
4703 TTTTTAGTAAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTACCTTGAG
131 TTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAG
* * *
4744 AAACGTGAAGAAAAAAAG-ATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 AAACATGAAG-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
*
4808 AGCCTTAT
65 AGGCTTAT
4816 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2053, Mismatches: 382, Indels: 61
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 265 0.13
171 1520 0.74
172 267 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
Found at i:5445 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4916--8292 Score: 2938
Period size: 171 Copynumber: 19.8 Consensus size: 172
4906 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
4916 TGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGAGTTTTTCTACACGTTTCTCA-TGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTA
* * * ** * * *
4979 GACATTTAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAAAATAAAAAAAATGAACTTAAAATCAATTTTGAG
65 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
5044 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
130 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * ** **
5087 TGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCACATTTCTT-GATCTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTAG
* * * * *
5151 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGA
66 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
5216 GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAA
129 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
5260 TGGGAGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCGTGTTT-TTAGAGGTAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTAG
* ** * * *
5324 AGATTCAATTATTCTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTAAACTTGAAATCAATTATGAGA
66 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * ** *
5389 TTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAACCTTTTGAAGCAA
131 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * ** * * *
5431 TGGGAGATTATAAATAGACTTTT-TCACCAAATAAATG-TGTTTTTC-ACATGTTT-TCCA-AGG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCT-TAGAGG
* ** *
5491 CA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTAT
63 TAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
*
5554 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAA
127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * ** * *
5600 -GTGGAGACTATAAATGGACTTTTATTATCAATGAATAAC-TTTTTCTAT-ATGTTTCCT-GAGG
1 TG-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCT-TCATGTTTCTTAGAGG
* * *
5661 TAAGA-ATCCAATTATAGTCTGTTTTGAA-CAAAAATGTAAAAAAAGTAAACTTAAAATCAATTA
63 T-AGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
5724 TAAGATTATAAAATCATGTAAAGCGAGTAAAAAGTCTTTTGAAGGAA
126 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
5771 TGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCCTA-AGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTA
* * * * * *
5834 GACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTGGG
65 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** *
5898 ATTATAAAACCAATTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
130 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
5941 TAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGACTAT-C-TTTTTCTTCAAGTTTCTCA-AGGT
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA--ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGT
* * * * * *
6003 AGATATAT-AATTACT-GTCTATTTTAATCAAAAATAT-AAACAATTTAACTTAAAATCAATTAT
64 AGACAT-TCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
6065 GAGATTATAAAACTATTCAAAGGGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAA
127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* *
6111 TGGGTGACTGTAAATGCG-CTTTTCTT-CTCAATGAATAG-TTTTTTGTATACA--TTTCTT-GA
1 TGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCT-T-CATGTTTCTTAGA
** * ** *
6170 GCCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
61 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
** *
6235 TGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGTG-AATAAGGCTTTTGAAGGAA
126 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
6281 TGGGTGACTATAACTAGACTTTTCATGCCAATGAATGCATTTTAT-TTCATGTTTCTCA-AGGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTA
* * * **
6344 GACATTCAATAATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAGGTATGAG
65 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
6409 ATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
130 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
6452 TAGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCCATTGAATCCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTAG
** * * ** *
6516 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAAAGTCAAAAAATTCAACAAAAAATCAGTTATGAGA
66 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * **
6581 TTATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAATAA
131 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * *
6623 TGGGCGACTATAGATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGAC-TTTTTCTACATCTTTCTT-GAGGC
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGT
* ** *
6685 AGACA-TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
6749 GATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGATA-GAA
129 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAA
* * * * * * *
6793 TAGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGGC-TTTTTCTACACGTTTCTT-GAGGCA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTA
* * **
6856 -AGCATTCAATTATAGCCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
65 GA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
6920 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAA
129 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * ** *
6964 TGGGAGAATATAAAT-GAGCTTTTCTT-CCAAATAAATGAGTTTTTC-T-ATGAATTTCCTA-AG
1 TGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATG--TTTCTTAGAG
* * * * * ** * * *
7024 ATAGGCATTTAATTATAATCTATTTTAATGAAAATTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
62 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** *
7089 GAGATTATAAAACAATCGAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAA
127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
** * ** *
7135 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAACGAATGCCCTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTAG
* * * * *
7199 ACTTTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAAGGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAGTTATGAGA
66 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
7264 TTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAGGGAA
131 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * *
7306 TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-CTCTTTTTCTTCATGTTTC-TCGATGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTA
* * * *
7369 GACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAG
65 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
7434 ATTATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA
130 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * *
7477 TGAGTGACTATAAAAT-AATTTTTCTTACCAATTAATGCTTTTTTCTTCACT-TTTCTCA-AGGT
1 TGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAGAGGT
* * * * *
7539 ACACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** * *
7604 GATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGG-TTTTGATGAAA
129 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * * * *
7647 TAGGTTACTACAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACT-TTTC-TCGATGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAGAGGTA
* * * * * * * *
7710 AACATTCAATTATAATTCTATTTT-AGCAAAAGTGTAAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTTTG
65 GACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
7774 TGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
128 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
*********** * *
7819 TGGGTGACTANNNNNNNNNNNTGCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTAG
* * * * * * *
7883 ACATTCAATTATTGTATGGTTTAATCAAAAGTGTAAAAAAA-TGAAGTTAAAATCAATTATGAGA
66 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
**********
7947 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNAA
131 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * *** * *
7989 TGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTGAATAAATG-TGTTTTTCTACAAACTTCTCA-AGGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGT
* * * * ** * * *
8051 AAATATTTAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAAAATTCAACTT-CAATCAATTATCA
64 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
**********
8114 GATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGGAA
129 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
** * * ** * * ** *
8158 TATGAGACTATATATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGT-TACATGTTTCCCA-AGG-C
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGAGGTA
* ** ** *
8220 GGC--TCAATTATAGTCTAATTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-ATATACAATTATGA
65 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGA
8282 GATTATAAAAC
129 GATTATAAAAC
8293 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (172 bp):
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ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
Found at i:5986 original size:341 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 9.0 Consensus size: 341
4906 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* *
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128 AGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** ** *
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* * *
5172 TAACTAAAAAA-GTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
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*
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* * * * * * *
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1 TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAA
* ** * * * * *
5324 -AGATTCAATTATTCTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTAAACTTGAAATCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * * *
5388 ATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAACCTTTTGAAGCAATGGGAGATTATAAATAGACTTT
130 ATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * * ** *
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* *
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*
5578 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAA
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* * * ** *
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* * * *
5662 AAGA-ATCCAATTATAGTCTGTTTTGAA-CAAAAATGTAAAAAAAGTAAACTTAAAATCAATTAT
63 AAGACATTCAATTATAGTCTATTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
5725 AAGATTATAAAATCATGTAAAGCGAGTAAAAAGTCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAC
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* * * * *
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191 TTTTCTTGCC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
* * * * * **
5854 TTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACCAATTAAAATG
255 TTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
*
5919 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
320 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
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1 TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAG
* * * *
6005 ATATAT-AATTACT-GTCTATTTTAATCAAAAATAT-AAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
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* * * * *
6067 GATTATAAAACTATTCAAAGGGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGCG-CT
129 GATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG-GACT
* ** *
6131 TTTCTT-CTCAATGAATAG-TTTTTTGTATACA--TTTCTTGAGCCAGGCATTCAATTATAGTCT
192 TTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCT-T-CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
** **
6192 GTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAA
253 GTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
*
6257 GCGTG-AATAAGGCTTTTGAAGGAA
317 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
6281 TGGGTGACTATAACT-AGACTTTTCATGCCAATGAATGCAT-TTTAT-TTCATGTTTCTCAAGGT
1 TGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAT--ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
* * * **
6343 -AGACATTCAATAATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAGGTAT
63 AAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
6406 GAGATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATAGA
127 GAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGA
* * *
6470 TTTTTCTTGCCATTGAATCCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
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* ** * **
6535 TTTAATTAAAAAA-GTCAAAAAATTCAACAAAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAG
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* * **
6599 CGAGTAATAAGCCTTTTTAAATAA
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* * * * * * *
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1 TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
* *
6685 AGACA-TCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
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* * *
6749 GATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGATA-GAAT-AGGTGACTGTAAATAGAC
129 GATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGA-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
6812 TTTTCTTGCCAATAAATGGC-TTTTTCTACACGTTTCTTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGCCTA
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** *
6875 TTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
254 TTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
6940 TGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAA
318 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * *
6964 TGGGAGAATATAAATGAGCTTTTCTT-CCAAATAAATGA-GTTTTTC-T-ATGAATTTC-CTAAG
1 TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC-AATGAAT-ATCTTTTTCTTCATG--TTTCTCGAGG
* * * * * * *
7024 -ATAGGCATTTAATTATAATCTATTTTAATGAAAATTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
62 TA-AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
** * *
7088 TGAGATTATAAAACAATCGAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
126 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
** * ** * * *
7153 CTTTTCTTATCAACGAATGCCCTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACTTTCAATTATTGTCTGT
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* * * * *
7218 TTTAACCAAAAAGGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGC
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* *
7283 GAGTAATAAGCCTTTTGAGGGAA
319 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* *
7306 TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGT-AG
1 TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAG
* *
7370 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CTAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAG
66 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
7434 ATTATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAAT-AATTT
130 ATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT-AAATGGACTT
* * ** * * *
7498 TTCTTACCAATTAATGCTTTTTTCTTCACT-TTTCTCAAGGTACACATTCAATTATTGTCTATTT
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* * **
7562 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAA
257 TAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
7627 GTAATAAGG-TTTTGATGAAA
321 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * ** * *
7647 TAGGTTACTACAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACT-TTTCTCGATGTAA
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* * * * * *
7711 -ACATTCAATTATAATTCTATTTT-AGCAAAAGTGTAAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTTTG
65 GACATTCAATTAT-AGTCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * **********
7774 TGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTANNNNNNNNNN
128 AGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
7839 NTGCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTGTATGGTT
192 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * *
7904 TAATC-AAAAGTGTAAAAAAATGAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
257 TAA-CAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
7968 GTAATAAGG
321 GTAATAAGG
7977 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2258, Mismatches: 368, Indels: 185
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.00
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342 725 0.32
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
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TGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAG
ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
AAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAA
Done.