Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401188.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4339.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2655
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Found at i:2655 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2635 Score: 2203
Period size: 171 Copynumber: 15.4 Consensus size: 171
* *
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* ** *
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* * * *
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** *
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* * * ** **
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* * * ** *
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*** * * * * * *
921 TGTCTATAATGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGCAAATTCTATTTATAGTCACC
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*
986 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGTTTA
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* * *
1027 TAATCTCATAATTGATTTTATGATGAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
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1092 TATCTACCTTTAGACACGTGAAGAAAAAAGCATCCAATGTTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
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*
1157 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTA
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* * * ** *
1198 TAATCTTATAATTGATTTTAAG-TAAAGTTTTTTTTTACATTTTT-GATTAAAAAAGGCTATAAC
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAAT
* ** * * * ** * *
1261 TGAATGTCTGCCTTGGGGAACATGAAG-TAAAAGCCATCCATTGATACGAAAAGTTCATTTATAG
62 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * * * * ***
1325 TTACTAAATCGTTCGAAAGCCTTATTGCTTGTTTTAAATGGTTTTA
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* * * * *
1371 TAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGACTGTAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * * * * *
1435 ATGTTTATCTCAAAAAACGTGAAGAGAAAGGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCAC
65 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
1500 CTATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGA-TGTAAATGGTTTTA
130 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
1542 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAGTTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTTA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * *
1606 ATGTTTGTCTTGAGAAACAT-ATAGAAAAAACCATTCATTGGAAAGAAATA-TCCATTTATAGTC
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* * * ** * *
1669 ACCCATCCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATGATTTCA
128 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * ** * *
1713 TAATGTTATAATTAATTTTAAGGTGAATTTTTTCATATTTTTAGTTAAAAGTGACTACAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * * * *
1778 TGTTTGCCTTCAGAAATATGAAGATAAAGGCATTTAATAGCAA-AACATGTCCATTTATAGTCAC
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* * * * * *
1842 CCATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCGTCAAATAGTTTTA
130 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
1884 CAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTCTTTGATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
1949 TGTCT-CACTTAAGATACATGAAG-CAAAAGCTATTCATTGGGAAGAAATGTCTATTTATTGTCA
66 TGTCTAC-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
2012 CTCATGCCTTCGAAAGCATCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
129 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * **
2055 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTACTTTTTTCA-TTAAAACTGGCTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
2118 AATGTCTACCTTAGGAAACGTGTAG--GACAGCCATTCATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGT
64 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGT
* * * *
2180 CAGCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAAATAGTTTTA
127 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
2225 TAAGT-TTAGAATTTATTTTGAGTTGAA-TTCTTTAGATTTTT-GTTAACACAGATTATAATTGA
1 TAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * **
2287 ATGTCTTCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCAGTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAG-CTA
65 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-A
* ** * * *
2351 CCAATTCCTTCAAAAGGTTTATTACTTACTTTAAGTGATTTTA
129 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *** * * * * * *
2394 TAATCTCATAATAGACTTTAACACGAGTTTTTCTATATTTTCATTTAAAACAAATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
2459 TGTCTGA-CTCAAGAAACGTGTAGAAAAAATCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
66 TGTCT-ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
2522 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ATTTTAAATGGTTTTA
129 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
2564 TAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAGTTTTTTTCACATTTTTAGTTAAAAC-GAACTATAAGTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAG-ATTATAATTG
2628 AATGTCTA
64 AATGTCTA
2636 TTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 1959, Mismatches: 443, Indels: 124
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 39 0.02
169 85 0.04
170 384 0.20
171 1161 0.59
172 158 0.08
173 129 0.07
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Done.