Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401197.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4347.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1696
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Warning! 94 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:435 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1286 Score: 1227
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
* * *
1 GAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATTGGACGGCTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGG-TGACTATAAATGGA
* * * * *
65 CTTTTCTAT-CCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTT-TCTAAGGTAGACGTTCAATTATAATTT
64 CTTTTCT-TGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGATAGACATTCAATTATAATAT
* * * * * *
128 GTTCTAA-TAAAAAACATAAACA-AATTTAACCTAAAATCAATTAT
127 GTTTTAACT-AAAAATATAAA-AGAATTCAACTTAAAATTAATTTT
* * * * * * *
172 GAGGTTATAAAACCATATAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTGT-AATGAAG
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * *
236 TTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATGCAATTATAATCTATT
65 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTT
*
301 TTAACTAAAAATATACAAAGAATTC-ACATTTAAATTAATTTT
130 TTAACTAAAAATATA-AAAGAATTCAAC-TTAAAATTAATTTT
* * * * *
343 GAGATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTCTTGGAGGAATAGGTGACTAGAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
408 TTTTCTTGCTAATGAATATTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTT
65 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTT
* * * * *
473 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTCATTAT
130 TTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTT
* * * * * * *
514 G-GCATTACACAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTCTTGAAGGCATAGATGACTATAAATGGA
1 GAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
578 CTTTTTTTGTCAA-GAAATGCTTTTTT-TT-TTCTTTCTCAAGATAGACATTCAATTCTAGTATG
64 CTTTTCTTGCCAATG-AATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATG
* * * *
640 TTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTT
128 TTTTAACTAAAAATATA-AAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTT
** * * * *
684 GAGATTATAAAATTATTTCAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
749 TTCTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTT
65 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTT
* * * *
814 TTAACCAAAAAATTTAAAA-AATTTGAACTTAAAATAAATTTT
130 TTAA-CTAAAAATATAAAAGAA-TTCAACTTAAAATTAATTTT
** * * *
856 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTTTAATAAGGCTTCTGAAGCAATGAGTGACTATAAATAGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * *
921 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGATAGACATTC-ATTCTAGTTTGTT
65 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTT
* * * *
985 TTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
130 TTAACTAAAAATATA-AAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTT
* * *
1027 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATAGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
1092 TTGTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCAAGTTTTTTGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTT
65 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTT
* * *
1157 TTAGC-CAAAATAGTAAAA-ATATTTGAACTTAAAACTT-ATTTT
130 TTAACTAAAAATA-TAAAAGA-A-TTCAACTTAAAA-TTAATTTT
* * * * * * * *
1199 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAGTAAGGCTTTTGAAGCATTAAGTCACTATAAATAGCC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGAC
1264 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTT
65 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTT
1287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 166, Indels: 55
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 45 0.05
170 176 0.19
171 350 0.38
172 340 0.37
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTT
TAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTT
Found at i:1060 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1--1286 Score: 1426
Period size: 343 Copynumber: 3.8 Consensus size: 343
* * ** *
1 GAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATTGGACGGCTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAA-TGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
66 TTTTCTAT-CCAATGAATACCTTT-TTCTTCAAGTTT-TCTAAGGTAGACGTTCAATTATAATTT
65 TTTTCT-TGCCAATGAAT-GCTTTCTTCTTCAAGTTTCTC-AAGCTAGACATTCAATTATAATAT
* * ** * * *
128 GTTCTAA-TAAAAAACATAAACAAATTT-AACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATATA
127 GTTTTAACCAAAAAATGTAAA-AAATTTGAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
191 AAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATG-GATGACTGT-AAT-GAAGTTTTCTTGTCAATGAA
190 AAGTGAGTAATAAGGCTTCTG-AAGCAATGAGATGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * * * *
252 TACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATGCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAC
253 TACTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAC
* *
317 AAAGAATTCACATTTAAATTAATTTT
318 AAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTT
* * ** * * *
343 GAGATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTCTTGGAGGAATAGGTGACTAGAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTTAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * ** * * *
408 TTTTCTTGCTAATGAATATTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTT
65 TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCAAGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTT
* * * * *
473 TTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTCATTATG-GCATTACACAACCATTTAAAG
130 TTAACCAAAAAATGTAAAAAATTTGAACTTAAAA-TAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
536 CGAGTAACAAGGC-TCTTGAAGGC-AT-AGATGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAA-GAAATG
193 TGAGTAATAAGGCTTC-TGAA-GCAATGAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG-AATA
* *
597 CTTTTTT-TTT-TCTTTCTCAAGATAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTACAA
255 CTTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTACAA
660 AGAATTCAAATTTAAATAAATTTT
320 AGAATTCAAATTTAAATAAATTTT
** * *
684 GAGATTATAAAATTATTTCAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
749 TTCTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTT
65 TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCAAGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTT
* *
814 TTAACCAAAAAATTTAAAAAATTTGAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
130 TTAACCAAAAAATGTAAAAAATTTGAACTTAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
**
879 GTTTAATAAGGCTTCTGAAGCAATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTT
194 GAGTAATAAGGCTTCTGAAGCAATGAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTT
*
943 TTTCTTTATGTTTCTTAAGATAGACATTC-ATTCTAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAA
259 TTTCTTTATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAA
*
1007 TTCAAATTTAAATCAATTTT
324 TTCAAATTTAAATAAATTTT
* *
1027 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATAGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGAC
* * **
1092 TTGTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCAAGTTTTTTGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTT
65 TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCAAGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTT
* * * *
1157 TTAGCCAAAATA-GTAAAAATATTTGAACTTAAAACTTATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
130 TTAACCAAAAAATGTAAAAA-ATTTGAACTTAAAA-TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
1221 TGATTAGTAAGGCTTTTGAAGCATTAAG-TCACTATAAATAGCCTTTTCTTGCCAATGAATACTT
193 TGAGTAATAAGGCTTCTGAAGCAATGAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTT
1285 TT
258 TT
1287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 803, Mismatches: 113, Indels: 55
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 196 0.24
342 265 0.33
343 319 0.40
344 21 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATGCTTTCTTCTTCAAGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTT
TAACCAAAAAATGTAAAAAATTTGAACTTAAAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
GTAATAAGGCTTCTGAAGCAATGAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTT
TCTTTATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATT
CAAATTTAAATAAATTTT
Done.