Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397650.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_38.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2513
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Warning! 112 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:636 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 465--648 Score: 235
Period size: 98 Copynumber: 1.9 Consensus size: 98
455 ATCCATTGGG
* * * * * *
465 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTA
*
530 TAAACTCATAATTGATTTTAAGTTTTCACTAAT
66 TAAACTCATAATAGATTTTAAGTTTTCACTAAT
* * * *
563 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAATCC-TATTATTCACTTTAAATGGCTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTT
* *
627 ATTATCTCATAATAGATTTTAA
65 ATAAACTCATAATAGATTTTAA
649 TTTAAATTTT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 13, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
98 67 0.93
99 5 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (98 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTA
TAAACTCATAATAGATTTTAAGTTTTCACTAAT
Found at i:855 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 563--2513 Score: 1411
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 170
553 TTTCACTAAT
* * * * * * *
563 AAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAATCC-TATTATTCACTTTAAATGGCTT
1 AAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTT
* * * *
626 TATTATCTCATAATAGATTTTAATTTAAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGACTATAATTC
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGACTATAATTC
* * * *
691 AATATATACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACACACTCGTTGGA-
128 AATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCGTT-GAC
* * *
734 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
* * * * *
799 TAAACACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTTGATAAAGCAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAA
* * * *
864 TGTCTACGTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
130 TGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGAC
* * * * * *
905 AAGAAAAAT-CTCTTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCTTTGTTAGTCGCTTTAAATCGTTTT
1 AAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
* ********** * *
969 ATAATCTCATGATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTCA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTCA
* * * * *
1034 ATGTCTACCTCAG-GAAATGTGTAAAAAAAAC-CATTCATTGAT
129 ATGTCTA-CTTAGAGAAACGTG-AAGAAAAACGCATTCGTTGAC
1076 AAGAAAAGTCC-TTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
1 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
********** * * *
1139 ANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGAGTATAATTCA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTCA
* * *
1204 ATGTCTACTTATAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTTGTTTG-C
129 ATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCG-TTGAC
* * * * *
1246 AA-AACAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAGTTGTTTT
1 AAGAA-AAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
* *** * *********** * *
1310 ATAATTTTGCAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTNNNNNNNNNNAGTTCAAATAGACTATAATTCA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCA
* * * * *
1375 TTGTCTACTTAAAGAAACATAAAG-AAAACTCATTCGTTGAC
129 ATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGAC
* * * *
1416 AAGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCCCTTTAACTTGTTTT
1 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
* * * * * * * *
1480 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATATTTTTACAATTTGGTTAAAACAAACAACAATTGAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAA
* * * * * * *
1545 TG-CTTGTCTCAG-GAAACATGTAGAAGAA-GCCATTCATTGAG
130 TGTC-T-ACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACG-CATTCGTTGAC
* * * * *
1586 AAGAAAAGT-CTATTTAGAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACT-GGTTTGAAATTATTT
1 AAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATTGTTT
* *
1649 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTATAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAAT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTA-AATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAAT
* ** ** * *
1714 TGAATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAATTGTGTTTGTTGGC
126 TCAATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGAC
* * * **
1759 AAGAAAAGTCC-ATTAT-GATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TCACTTTAGCTTGTTTT
1 AAGAAAAGTCCTTTTATAG-TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
* ** * * * *
1821 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAAACATTTTTGGTTAAAATACAATATACTTCA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTCA
* *
1886 ATGGCTACTTCA-AGAAA-GTTGAGGAAAAACGCATTCGTTGAC
129 ATGTCTACTT-AGAGAAACG-TGAAGAAAAACGCATTCGTTGAC
* * * *
1928 AAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
********** * * * * *
1993 TAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAATAAACAATAATTCAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTCAA
* * * * *
2058 TGTCTACTTCA-AGAAATGT-ATAGGAAAA-GCCACTCATTGAT
130 TGTCTACTT-AGAGAAACGTGA-AGAAAAACG-CATTCGTTGAC
* ************
2099 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNNN
1 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
* *
2164 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGAGTATAATTCAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTCAA
* ****
2229 TGTCTACTTATAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCGTNNNN
130 TGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGAC
****** * * * * * *
2270 NNNNNNAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTAAAAAGCCATATTACTC-ATTTAAGTTCTTTTA
1 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
* * * * * * *******
2334 TAATTTGATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTAGATATTTGGTTAAAATAGACTATNNNNNNN
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAA
*** * * * *
2399 NNNCTACTTAGAGAAACATGAAG-AAAACTCATTTGTTGTC
130 TGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGAC
* * *
2439 AGGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTTGTTTT
1 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
2503 ATAATCTCATA
65 ATAATCTCATA
Statistics
Matches: 1373, Mismatches: 356, Indels: 103
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 174 0.13
170 417 0.30
171 658 0.48
172 71 0.05
173 47 0.03
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAAT
GTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGAC
Found at i:2016 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 563--2513 Score: 932
Period size: 341 Copynumber: 5.7 Consensus size: 341
553 TTTCACTAAT
* * * * * * ***
563 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAATCC-TATTATTCACTTT-AAATGGCTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAA-CCTTATTACT-GCTTTGAAATTATTT
* * * *
626 TATTATCTCATAATAGATTTTAA-TTTA-AATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGACTATAAT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAAT
* * * * * * * **
689 TCAATATATACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAACACACTCGTTGGA-AAGAAAAGTCCTTTTATAG
129 TCAATGTCTACTTAAAGAAACATAAAG-AAAACTCATTCGTT-GACAAGAAAAGTCCCATTATAG
* * ** * * * * * *
753 TCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACACATAATTGATTTT
192 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTG
* * * * * * * * *
818 AAGTTAAATTTTTTTACAATTTTTGATAAAGCAGACTATA-ATTGAATGTCTAC-GTCGAGAAAC
257 AAGTTAAATATTTTAACAA-TTTGGTTAAAACAAAC-A-ACATTCAATG-CTACTCTCAAGAAAC
* *
881 GTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGAC
318 ATGTAG-AAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * * * * **
905 AAGAAAAATCTC-TTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCTTTGTTAGTCGCTTT-AAATCGTTT
1 AAGAAAAGTC-CATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACT-GCTTTGAAATTATTT
* ********** * * * *
968 TATAATCTCATGATTGATTTT--NNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACAATAAT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAAT
* * * ** * * * *
1031 TCAATGTCTACCTCAGGAAATGTGTAAAAAAAAC-CATTCATTGATAAGAAAAGT-CCTTTATAG
129 TCAATGTCTACTTAAAGAAA--CATAAAGAAAACTCATTCGTTGACAAGAAAAGTCCCATTATAG
* * * * ********** *
1094 TCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTT
192 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTG
* * * * * *
1159 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA-AAGAGTATA-ATTCAATGTCTACT-T-ATAGAA
257 AAGTTAAATATTTTAACA-ATTTGGTTAAAACAA-A-CA-ACATTCAATG-CTACTCTCA-AGAA
* * **
1220 ACGTGAAGAAAAATG-CATTTGTTTG-C
316 ACATGTAGAAAAA-GCCA-TTCATTGAC
* * * * * * *
1246 AA-AACAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTT-AAGTTGTTT
1 AAGAA-AAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACT-GCTTTGAAATTATTT
* *** * * *********** *
1309 TATAATTTTGCAATTGATTTTAAG-TT-GAATTCTTNNNNNNNNNNAGTTCAAATAGACTATAAT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAAT
* *
1372 TCATTGTCTACTTAAAGAAACATAAAGAAAACTCATTCGTTGACAAGAAAAGTCCCTTTATAGTC
129 TCAATGTCTACTTAAAGAAACATAAAGAAAACTCATTCGTTGACAAGAAAAGTCCCATTATAGTC
* *
1437 ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCCCTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAA
194 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAA
* * ** *
1502 GTTAAATATTTTTACAATTTGGTTAAAACAAACAACAATTGAATGCTTGTCTCAGGAAACATGTA
259 GTTAAATATTTTAACAATTTGGTTAAAACAAACAAC-ATTCAATGCTACTCTCAAGAAACATGTA
* *
1567 GAAGAAGCCATTCATTGAG
323 GAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * *
1586 AAGAAAAGTCTATTTAGAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTGGTTTGAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTGCTTTGAAATTATTTTA
* *
1651 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTATAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTC
* * * * ** * *
1716 AATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAATTGTGTTTGTTGGCAAGAAAAGT-CCATTAT-GATC
131 AATGTCTACTTAAAGAAACATAAAGAAAACT-CATTCGTTGACAAGAAAAGTCCCATTATAG-TC
* * *
1779 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TCACTTTAGCTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
194 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAA
* * * * **
1843 GTTGAAT-TTTTAAACATTTTTGGTTAAAATACAATATAC-TTCAATGGCTACT-TCAAGAAAGT
259 GTTAAATATTTT-AACA-ATTTGGTTAAAACA-AACA-ACATTCAAT-GCTACTCTCAAGAAACA
*
1905 TG-AGGAAAAA-CGCATTCGTTGAC
319 TGTA-GAAAAAGC-CATTCATTGAC
* * *
1928 AAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTAGTCGCTTT-AAATTATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACT-GCTTTGAAATTATTTT
********** * ** * *
1992 ATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAG-TTA-ATTTTTTTTACATTTTTCTTTAAAATAAACAATAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATT
* ** * * * * **
2055 CAATGTCTACTTCAAGAAATGTATAGGAAAAGC-CACTCATTGATAAGAAAAGTCCTTTTATAGT
130 CAATGTCTACTTAAAGAAACATA-AAGAAAA-CTCATTCGTTGACAAGAAAAGTCCCATTATAGT
* * ************ *
2119 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTA
193 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGA
* * * * **
2184 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGAGTATA-ATTCAATGTCTACT-T-ATAGAAAC
258 AGTTAAATATTTTAACA-ATTTGGTTAAAACA-AACA-ACATTCAATG-CTACTCTCA-AGAAAC
* * * ****
2246 GTGAAGAAAAA-CGCATTCGTNNNN
318 ATGTAGAAAAAGC-CATTCATTGAC
****** * * * *
2270 NNNNNNAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT-AAAAAGCCATATTACT-CATTT-AAGTTCTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAA-CCTTATTACTGC-TTTGAAATTATTT
* * * * * ***
2332 TATAATTTGATAATTGATTTTAAG-TTA-ATTTTTTTTAGATATTTGGTTAAAATAGACTATNNN
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAAT
******* * * * * * *
2395 NNNNNNNCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAACTCATTTGTTGTCAGGAAAAGTCCCTTTATAGTC
129 TCAATGTCTACTTAAAGAAACATAAAGAAAACTCATTCGTTGACAAGAAAAGTCCCATTATAGTC
* * *
2460 ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTTGTTTTATAATCTCATA
194 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAACTTGTTTTATAATCTCATA
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 327, Indels: 110
0.74 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 24 0.02
340 267 0.22
341 456 0.37
342 437 0.36
343 37 0.03
344 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTGCTTTGAAATTATTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTC
AATGTCTACTTAAAGAAACATAAAGAAAACTCATTCGTTGACAAGAAAAGTCCCATTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGT
TAAATATTTTAACAATTTGGTTAAAACAAACAACATTCAATGCTACTCTCAAGAAACATGTAGAA
AAAGCCATTCATTGAC
Done.