Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401226.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4372.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.32
Warning! 886 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1295 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 974--4017 Score: 2017
Period size: 171 Copynumber: 17.8 Consensus size: 168
964 GAGAGAATGA
* * * *
974 GTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAAT-ATATGTCTTTTTCTTCACATTT-TCAAGGCAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGA-ATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACAT
* * *
1037 TCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
65 TCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
1102 AAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGCCATTTGAAGGCTTAA
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGCTTAG
* * * * * * *
1143 GTGACTACAAGTGAAACTTTTATGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACGCTTCCCAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATG-GACTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACAT
* * * * * *
1208 TTAATTATAATATATTTTATTCATAAATGTACAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 TCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
1273 AAACCAAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCG
130 AAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTAG
* * * * * * * *
1314 GTGACAATAGATAGA-TTGTTCTTGTCAATAAATGGCATTTT-ATTCATGTTTCCTAAGGCAGAC
1 GTGACTATAAATGGACTT-TT-TTGTCAATGAATGAC-TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGAC
* * *
1377 ATTCAATTATAATTTGTTTTAAAT-AAAAATATAAATCAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG
63 ATTCAATTATAATATGTTTT-AATCAAAAATGTAAA--AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** ** **
1441 TTACAAAACTATTTAAAATGAGCGATAAGGCTTTT-AAGGGAATAG
125 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAA-GGCTTAG
* ** * * * * * * *
1486 GTGACTCTATTTGGACCTTTTTTTGCCAATGAAT-ACCTTTT-CCTCAGGTTTTCTAAGGTAGAT
1 GTGACTATAAATGGA-C-TTTTTTGTCAATGAATGA-CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGAC
** *
1549 ACTT-AATTATAA-ACTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
63 A-TTCAATTATAATA-TGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
1612 CTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTTGG
125 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTAG
* * ** * ** * *
1657 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGAATAGATTTTTTTTTTATATTTCTCAAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGAAT-GACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACA
** * *
1722 GCCAATTATAAT-TCGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAACAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGAT
64 TTCAATTATAATAT-GTTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
1785 TGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATGGTTTTCGAAGG-TGCAC
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTT-GAAGGCT-TAG
* * * * * * * *
1829 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATGGC-TTTGTCTTCATGTTTTCTATGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGACTTTTG-CTTCACGTTTCCCAAGGCAGACA
* *
1893 TTCAATTATAA-ACTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGA
64 TTCAATTATAATA-TGTTTTAATC-AAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
1956 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCAT-G
125 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTAG
* * * * * * * * ** *
2000 GATAACCATAAATGGGCTTTTCATATCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACA
1 G-TGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACA
* * * *
2065 GTT-AATTATAATCTGTTTTGA-CTAAAAATGTAAAAGAATTC-ATTCTAAAGTCAATTATGAGA
64 -TTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGA
* * * *
2127 TTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCGTAG
125 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTT-GAAGGCTTAG
* * * ** *
2172 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTGTCTACACGTTTCTTATGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGACTTTTG-CTTCACGTTTCCCAAGGCAGACA
* * ** ** *
2236 TTCAATTATAATATCTTTTAACCAAAAAAATAAAAATATTTGACTTAAAATCAATTATGAAATTA
64 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * ********* **
2301 TAAAATTATTTAAAGTGAGTACTAAGNNNNNNNNNNGAAT-G
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGCTTAG
* * *
2342 AGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAAT-ATATGTCTTTTTCTTCACGTTT-CCAAGGCAGACA
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGA-ATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACA
* * * * * *
2405 TTCAATTACAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAATTA
64 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
2470 TAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGCCATTTAAAGGCTTAA
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGCTTAG
* ** * * * * * * **
2512 GTGACTACACGTGAAACTTTTATGCCAATGGATGACTTTTGCTTTACGCTTT-TCAAGATAGACA
1 GTGACTATAAATG-GACTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACG-TTTCCCAAGGCAGACA
* * * * *
2576 TTCAATTATAATATATTTTATTCATAAAGGTACAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
2641 TAAAATCAAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTCG
128 TAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTAG
* * * * * * * * *
2684 GTGACAATAGATAGACTGTTCTTGTCAATGAATGGCATTTT-ATTCATGTTTTCTAAGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACT-TTTTTGTCAATGAATGAC-TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACA
* * * *
2748 TTCAATTATAATTTATTTTAA-CTAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGT
64 TTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** * * **
2812 TACACAACTATTTAAAATGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATAG
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTAG
* ** * * * ** *
2856 GTGACTCTATTTGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACCTTTTCCTT-AGGTTTTTCAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGA-CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACA
* ** * * *
2919 CTT-AATTATAA-ACTATTTTAGCCAAAACTGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAC
64 -TTCAATTATAATA-TGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
2982 TATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGTTTGG
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGCTTAG
* * * * * * * *
3026 GTGACTATAAATGGCCTTTTCCTATAAATGAATGGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAAT-GACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACA
* * * * * *
3090 TTCAAGTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
3155 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACACTTTTGAAGGCAT-G
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTAG
* * * * *
3196 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAAGCAGAC
1 G-TGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGA-CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGAC
* * * * * *
3260 ATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CTAAAAAAGTAAAAAATTAAACTTAGAATTAATTATGAGATT
63 ATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
3324 ATAAAACCATTTACAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTAG
* * * * * * * ** ** *
3367 GCGACTATAAACGAACTTTTTGTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTTCAAGATAGACAA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTT-TGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACAT
* * * * * * * *
3432 TCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATTTTAAAAAAATTTAACCTAAATTGAATTATAAGATTA
65 TCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAA-TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
3496 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG--TATG
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTA-G
* * ** * * *
3537 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAAGTAAAC
1 G-TGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGA-CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGAC
* * * ** *
3601 TTTCAATTATATTCTGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
63 ATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
3666 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGG--TATG
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTA-G
* * * * ** * * * * *
3707 AGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTT-TTTCATATTTCTCAATGTAAATA
1 -GTGACTATAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACA
* * * * *
3771 GTCAATTATAATCCAT-TTTTACT-AAAAATGTAAAATAATTCATCATAAAATCAATTATGAGGT
64 TTCAATTATAAT--ATGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * *
3834 TGTAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAA
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTAG
* *
3878 GTGACTATAAATAGG--TTTTTTCTGCAAATGAATG--TGTTTGTCTTCATGTTTCCCAAGGCAG
1 GTGACTATAAAT-GGACTTTTTTGT-C-AATGAATGACT-TTTG-CTTCACGTTTCCCAAGGCAG
* * * * * * *
3939 ATAATCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAACTCAATTATGAGA
61 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
4004 TTATAAAACTATTT
125 TTATAAAACCATTT
4018 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2264, Mismatches: 495, Indels: 230
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.00
169 164 0.07
170 558 0.25
171 948 0.42
172 486 0.21
173 97 0.04
174 2 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATT
CAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTGAAGGCTTAG
Found at i:3329 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 974--4017 Score: 2458
Period size: 341 Copynumber: 8.9 Consensus size: 340
964 GAGAGAATGA
* ** *
974 GTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAAT-ATATGTCTTTTTCTTCACATTTTC-AAGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACA
* * *
1036 TTCAATTATAATCTATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * *
1100 ATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAA-GCCATTTGAAGGC-TTAAGTGACTACAAGTGAAACTTT
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACG-CTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATG-GACTTT
* * * * * * * * *
1163 T-ATGTCAATGGAT-GACTTTTGCTTCACGCTTCCCAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTT
190 TCTTGTCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * * *
1226 ATTCATAAATGTACAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAAATTAAAGCGAG
254 AACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAG
* *
1291 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCG
318 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG
* * * * * *
1314 GTGACAATAGATAGA-TTGTTCTTGTCAATAAATGGCATTTTATTCATGTTTCCTAAGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACA
* * * * *
1378 TTCAATTATAATTTGTTTTAAATAAAAATATAAATCAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAA--AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** ** * * * **
1443 ACAAAACTATTTAAAATGAGCGATAAGGCTTTT-AAGGGAATAGG-TGACTCTATTTGGACCTTT
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAA-GGCAT-GGATGACTATAAATGGA-CTTT
* * * * * * *
1506 TTTTGCCAATGAATA-CCTTTTCCTCAGGTTTTCTAAGGTAGATACTT-AATTATAAACTGTTTT
190 TCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
1569 AGCCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGCGAG
254 AACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
1634 TAATAAGGCTTTTAAAGGTTTGG
318 TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG
* ** * * * *
1657 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGAATAGATTTTTTTTTTATATTT-CTCAAGGCAAAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC
** * * *
1721 AGCCAATTATAAT-TCGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGAT
64 ATTCAATTATAATCT-ATTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
1785 TGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-ATGGTTTTCGAAGG--TGCACGTGACTATAAATGGACTT
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTT-GAAGGCATGGA--TGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
1847 TTCTTATCAATAAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTCTATGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTTT
189 TTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
1912 AACTAAAAATATAAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
254 AACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
1977 GTAATAATGCTTTTAAAGGCATGG
317 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG
* * * * * * * * *
2001 ATAACCATAAATGGGCTTTTCATATCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAG
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACA-
* * * ** * *
2066 TT-AATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAGAATTCATTCTAAAGTCAATTATGAGATTG
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
2130 TAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA-GGTTTTCGAAGGCGTAGG-TGACTATAAATGGACTTTTC
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTT-GAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
2193 TTATCAATGAATGGCTTTGTCTACACG-TTTCTTATGGCAGACATTCAATTATAATATCTTTTAA
192 TTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** ** * ** *
2257 CCAAAAAAATAAAAATATTTGACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTA
256 CCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ********** ** *
2322 CTAAGNNNNNNNNNNGAATGA
320 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG
* * *
2343 GTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAAT-ATATGTCTTTTTCTTCACGTTTCC-AAGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACA
* * * *
2405 TTCAATTACAATCTATTTTAA-TCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAATT
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * ** *
2469 ATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAA-GCCATTTAAAGGC-TTAAGTGACTACACGTGAAACTTT
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACG-CTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATG-GACTTT
* * * * * * * *
2532 T-ATGCCAATGGAT-GACTTTTGCTTTACGCTTTTC-AAGATAGACATTCAATTATAATATATTT
190 TCTTGTCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACG-TTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
** * * * * *
2594 TATTCATAAAGGTACAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAAATTAAAGCG
253 TAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCG
* * *
2659 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTCG
316 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG
* * * * * * *
2684 GTGACAATAGATAGACTGTTCTTGTCAATGAATGGCATTTTATTCATGTTTTCTAAGGCAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACAT
* * *
2749 TCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
66 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** * * * * * **
2814 CACAACTATTTAAAATGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATAGG-TGACTCTATTTGGACTTTTCT
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
2878 TGCCAATGAATACCTTTTCCTT-AGGTTTT-TCAAGGTAGACACTT-AATTATAAACTATTTTAG
193 TGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTCT-AAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
2940 CCAAAACTGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTTAAGCGAGTA
256 CCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
3005 ATAAGACTTTTAAAAGTTTGG
320 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG
* * * * *
3026 GTGACTATAAATGGCCTTTTCCTATAAATGAATGGGC-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACA
* * * *
3090 TTCAAGTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
3155 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACACTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTT
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
3220 GTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTA
194 GTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * * * * *
3285 AAAAAGTAAAAAATTAAACTTAGAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGTGATAA
259 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
3350 GGCTTTTGAAGGCTTGG
324 GGCTTTTGAAGGCTTGG
* * * * * * **
3367 GCGACTATAAACGAACTTTT-TGTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT-TTCAAGATAGAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGAC
* * * * * *
3430 AATCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATTTTAAAAAAATTTAACCTAAATTGAATTATAAGAT
64 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA-TAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* *
3494 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTTTTC
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
3559 TTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTT-TCAAAGTAAACTTTCAATTATATTCTGTTTTAC
192 TTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
3623 CCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
256 CCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* *
3688 TAAGGCCTTTGAAGG-TATGA
321 TAAGGCTTTTGAAGGCT-TGG
* * * * * * *
3708 GTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTT-TTCATATTT-CTCAATGTAAATA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACA
* * * * * * * *
3771 GTCAATTATAATCCATTTTTACTAAAAATGTAAAATAATTCATCATAAAATCAATTATGAGGTTG
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * ** **
3836 TAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAAGC-TTAAGTGACTATAAATAGGTTTTTTC
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAAT-GGACTTTTC
* * * * * * *
3900 -TG-CAAATGAAT-G-TGTTTGTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGATAATCAATTATAATCTATTTT
192 TTGTC-AATGAATAGCT-TTT-TCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * *
3961 AATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
254 AACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
4018 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2172, Mismatches: 443, Indels: 177
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 17 0.01
340 355 0.16
341 625 0.29
342 318 0.15
343 575 0.26
344 272 0.13
345 8 0.00
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACAT
TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
CAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGCTTGG
Found at i:5122 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4578--5252 Score: 602
Period size: 172 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
4568 AGAAAATGAC
* * * * * * * *
4578 TGACTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCACTTTTTCCAAGGCAAACAT
1 TGACTATAAAT-GCACTTTTCATGTCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCCAAGGCAGATAT
* * * * * * * *
4642 TAAATTATAAT-TCGTTCTAACTAAAAATA-TAAAAAGAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGA
64 TCAATTATAATCT-ATTTTCAC-AAAAAAACTAAAAA-CATTTCAACTTAAAATCAACTATGATA
* * * * *
4704 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAACGCTT-GA
126 TTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGA
* * * * *
4749 GTGACTATAAGTGGACTTTTGATG-CTAAT-AGATGACTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGAT
1 -TGACTATAAATGCACTTTTCATGTC-AATGA-ATGACTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAGAT
* * ** * * * * *
4812 ATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAACA-TTCTAGTTAAAATCAATTATCAAA
62 ATTCAATTATAATCTATTTTCA-CAAAAAAACTAAAAACATTTCAACTTAAAATCAACTATGATA
** * * * *
4875 TTATAAAAATAATTTAAAA-CGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGATTAGG
126 TTAT-AAAACCA-TTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGA
* * * * *
4922 TGA-TATAAATACACTTTTCTTATCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGCTTTCCAAAGCAGATATT
1 TGACTATAAATGCACTTTTCATGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGCAGATATT
* *
4986 CAATTATAATCTATTTTCACAAAAAAACTAAGAAACATTTC-ACTTAAAACCAGCTATGATATTA
65 CAATTATAATCTATTTTCACAAAAAAACTAA-AAACATTTCAACTTAAAATCAACTATGATATTA
* *
5050 TAAAACCATTAAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGA
129 TAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGA
* *
5093 TGACTATAAATGCACTTTTCCTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAGATATT
1 TGACTATAAATGCACTTTTCATGTCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCCAAGGCAGATATT
* **
5158 CAATTATAATCTGTTTTCACAAAAAAACTAACAAA-GGTTCAACTTAAAATCAACTATGATATTA
65 CAATTATAATCTATTTTCACAAAAAAACTAA-AAACATTTCAACTTAAAATCAACTATGATATTA
* *
5222 TAAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
129 TAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
5253 TGAAGATATG
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 74, Indels: 42
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 134 0.33
172 254 0.62
173 11 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TGACTATAAATGCACTTTTCATGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAGATATTC
AATTATAATCTATTTTCACAAAAAAACTAAAAACATTTCAACTTAAAATCAACTATGATATTATA
AAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGA
Found at i:5306 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4500--5506 Score: 545
Period size: 172 Copynumber: 5.9 Consensus size: 169
4490 ACCAAAAATG
* * ** * * * * * *
4500 TAAAAAAAGTCAACTTACAAGTAATTATGAAATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAACCAACTATGATATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * **
4565 TTG-AGAAAATGACTGACTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCACT-TT
66 TTGAAGATTA-GA-TGACTATAAAT-GCACTTTTCCTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCA-TGTT
* * * * * * *
4627 TTCCAAGGCAAACATTAAATTATAAT-TCGTTCTAACTAAAAATA-
126 TTCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCT-ATTTTCAC-AAAAAAAC
* * * * * * *
4671 TAAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGTC
1 TAAAAA-AATTCAACTTAAAACCAACTATGATATTATAAAACT-ATTAAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * ** * * *
4735 TTTCAAACGCTT-GAGTGACTATAAGTGGACTTTTGATGCTAAT-AGATGACTTTTACTTCATG-
64 TTTTGAA-GATTAGA-TGACTATAAATGCACTTTTCCTGCCAATGA-ATG-GTTTTTCTTCATGT
* * * **
4797 TTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATG
125 TTTC-CAAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTCA-CAAAAAAAC
* * * * * * * * *
4843 TAAAAACATTCTAGTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAATAATTTAAAA-CGAGTAAGAAGGC
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAACCAACTATGATATTATAAAACT-A-TTAAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * ** *
4907 TTTCGAAGGATTAGGTGA-TATAAATACACTTTTCTTATCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGCTT
64 TTTTGAA-GATTAGATGACTATAAATGCACTTTTCCTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTT
*
4971 TCCAAAGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTCACAAAAAAAC
127 TCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTCACAAAAAAAC
* * * * *
5014 TAAGAAACATTTC-ACTTAAAACCAGCTATGATATTATAAAACCATTAAAAGCAAATAATAAGGC
1 TAA-AAA-AATTCAACTTAAAACCAACTATGATATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * *
5078 TTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGCACTTTTCCTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTT
64 TTTTGAA-GATTAGATGACTATAAATGCACTTTTCCTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTT
*
5143 TCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTCACAAAAAAAC
127 TCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTCACAAAAAAAC
** * *
5186 TAACAAAGGTTCAACTTAAAATCAACTATGATATTATAAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 TAA-AAAAATTCAACTTAAAACCAACTATGATATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * ********** ** *
5251 TTTGAAGATATGGGTGACTNNNNNNNNNNTTTTGTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTT
65 TTTGAAGAT-TAGATGACTATAAATGCACTTTTCCTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTT
* * * * * * * **
5316 TCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAACAAAAAATG
128 CCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTCACAAAAAAAC
* * * * * * * *
5358 TAAAAAAATTTAACCTACAAGCAATTATGAAATTACAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAACCAACTATGATATTATAAAACT-ATTAAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * *
5422 TTTGAAGGTATTAG-TGACTATAAATGGGCGTTTGT-C-GTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGT
65 TTTGAA-G-ATTAGATGACTATAAATGCAC-TTT-TCCTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGT
* * * *
5484 TTTTCAAGGTAAACATTCAATTA
125 TTTCCAAGGCAGATATTCAATTA
5507 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 154, Indels: 58
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.01
171 247 0.38
172 382 0.58
173 15 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAACCAACTATGATATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGATTAGATGACTATAAATGCACTTTTCCTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTTCCA
AGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTCACAAAAAAAC
Found at i:5419 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4582--5506 Score: 819
Period size: 343 Copynumber: 2.7 Consensus size: 339
4572 AATGACTGAC
** ** *
4582 TATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCAC-TTTTTCCAAGGCAAACATTAAA
1 TATAAATACACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCACGTTTTT-CAAGGCAAACATTCAA
** * * * *
4646 TTATAATTCGTTCTAACTAAAAATATAAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
64 TTATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-AATTTAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAA
* * * * *
4711 ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAACGCTT-GAGTGACTATAAGTGGACTTTTGATG-C
128 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGA-TGACTATAAATGGACTTTT-CTGTC
* *
4774 TAAT-AGATGACTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
191 -AATGA-ATGACTTTTTCTTCATTTTTC-CAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAA
** * * *
4838 AAATGTAAAAACATTCTAGTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAATAATTTAAAACGAGTAAGA
253 AAAACTAAAAACATTCAACTTAAAATCAACTATCAAATTATAAAAATAATTTAAAACGAGTAAGA
4903 AGGCTTTCGAAGGATTAGGTGA
318 AGGCTTTCGAAGGATTAGGTGA
** * * * * * *
4925 TATAAATACACTTTTCTTATCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGCTTTCCAAAGCAGATATTCAAT
1 TATAAATACACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAT
* * * * ** *
4990 TATAATCTATTTTCACAAAAAA-ACTAAGAAACATTTCACTTAAAACCAGCTATGATATTATAAA
65 TATAATTTATTTTAACAAAAAATA-TAA-AAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAA
* * * * *
5054 ACCATTAAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGCACTTTTCCTGTCA
128 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGACTTTT-CTGTCA
* * * *
5119 ATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTCA-CAAAAA
192 ATGAATGACTTTTTCTTCAT-TTTTCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAA
** * * * * *
5183 AACTAACAAAGGTTCAACTTAAAATCAACTATGATATTATAAAACT-A-TTAAAAGTGAGTAATA
255 AACTAA-AAACATTCAACTTAAAATCAACTATCAAATTATAAAAATAATTTAAAA-CGAGTAAGA
* *
5246 AGGCTTTTGAA-GATATGGGTGA
318 AGGCTTTCGAAGGAT-TAGGTGA
********** * *
5268 CTNNNNNNNNNNTTTTGTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAA
1 -TATAAATACACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * * *
5333 TTATAATTTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTACAAGCAATTATGAAATTACAAAA
64 TTATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAA
** * *
5398 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTAG-TGACTATAAATGGGCGTTTGTC-GTC
129 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTAGATGACTATAAATGGAC-TTT-TCTGTC
* * * * *
5461 AATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTA
191 AATGAATGACTTTTTCTTCAT-TTTTCCAAGGTAGATATTCAATTA
5507 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 106, Indels: 34
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
342 11 0.02
343 329 0.72
344 118 0.26
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TATAAATACACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATT
ATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAATC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGACTTTTCTGTCAATGA
ATGACTTTTTCTTCATTTTTCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAACTAA
AAACATTCAACTTAAAATCAACTATCAAATTATAAAAATAATTTAAAACGAGTAAGAAGGCTTTC
GAAGGATTAGGTGA
Found at i:6627 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6219--7459 Score: 1168
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
6209 NNNNNNNNNN
* * * *
6219 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGACGTGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACT
* * * * * * *
6284 ATAAATGGACTTTTGTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATT
66 ATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
* * * *
6349 ATAATC---TGTAACCAAACATATAAAAACACTCAACTTAA
131 ATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
6387 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGAGTGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTG-GTGA
* * * *
6450 CTATAAATGGGCTTTTGTTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTGCTCAAGGTAAATATTCAA
64 CTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAA
* * * *
6515 TTATAACCTATTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAA
129 TTATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
*
6557 AATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACT
* * * ** *
6622 ATAAATGGGGTTTT-TCTA-CAAATGAATAG-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACAGTCAA
66 ATAAATGGGCTTTTCT-TATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAA
* * * * * *
6684 TTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAGAAACATTTAACCTAG
129 TTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* ** *
6727 AATCAATTATGAGATTGTAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TTGGTGAC
* * * * ** * * * ** *
6791 CATAAATGAGCTTTTCTTATCAATCATTGGCTTGGTCTTCAGGTTTCTTAAAGTGTACAGTCAAT
65 TATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * *
6856 TATAATTTATTTTAATCAAAAATGA-AAAAAAATTCATCCTAA
130 TATAATCTATTTTAA-CAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ** * * *
6898 AATTAATTTTGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACT
* * * *
6963 ATAAATGGGCTTTT-TCTA-CAAATGAATGAG-TTTGTCCTCATGTCTC-CTAAGGAAAACATTC
66 ATAAATGGGCTTTTCT-TATC-AATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTC
* * * * * * * *
7024 AATTGTAATATGTTTTAATGAAATATGTTAAAAAATTCAACCTAA
127 AATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * **
7069 AATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTG-GTGAC
* * *
7133 TATAAATGGG-TGTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAA
65 TATAAATGGGCT-TTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAA
* * *
7197 TTATAATTTGTTATAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
129 TTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * ** ***
7240 AATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-AAGGGAATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTG-GTGAC
* * * * * * *
7304 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACT-TTTTTCAAGGCAGACATTCAA
65 TATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAAACATTCAA
** * *
7368 TTATAATCCGTTTCAACCAAAAATATATAAAAAATTTAACTTAA
129 TTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAA
* *
7412 AATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
7460 CAAAGGCCTA
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 156, Indels: 62
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 115 0.13
169 43 0.05
170 204 0.23
171 455 0.51
172 65 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACT
ATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
ATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
Done.