Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401236.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4382.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19409
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Warning! 1655 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1017 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 686--1859 Score: 980
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 171
676 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
686 CAAGGTAGATATTAAATTATATTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCCAGAATCAA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* * * * * *
751 TTATGAGAATAT-AAACCCTTTAAAGCGAGTAATTCA-GATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAA
66 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * ***
814 TGGACTTTTCTAGCCAAT-AAATGAC-TTTTTCTTTGTGTTTCC
130 TGGACTTTTCTTGCCAATGACA-G-CTTTTTTCTTCACGTTTCC
* * * * * * *
856 CAAGGTTGACATCCAATAATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAATATTCAACCTACAATCAA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* * *
921 TTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
66 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
986 GGACTTTTTTTGTCAATGACAG-TTGTTTTCTTCACGTTTCT
131 GGACTTTTCTTGCCAATGACAGCTT-TTTTCTTCACGTTTCC
** * * * * * * * *
1027 TGAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATGT-AAAACATTCAACTTAAAATTAT
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* * * * ** *
1091 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAAG-GCGTAACAAGGCTTTCAAAGTTATAGGTGACTATAA
66 TTATGAGATTATAAAACCATTT--AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * *
1155 AAGGACTTTTCTTG-CACTGAATAG-TTGTTTCTTTACATTTCC
129 ATGGACTTTTCTTGCCAATG-ACAGCTTTTTTCTTCACGTTTCC
* * * * * **
1197 CAAGGTAAATATTCACTTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATATAAAATCAA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
** * * * * * * * * *
1262 TTACAAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGACTAAGAATGATTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAAT
66 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* ** *
1327 GGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTGT-TT-GTGTTTTC
131 GGACTTTTCTTGCCAATGACA--GCTTTTT-TCTTCACGTTTCC
* * * **
1368 CATGGCAGATATTCAATTATAATAAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
** * * * *
1433 TTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGAG-ATGGGTAACTATAAA
66 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATGGGTGACTATAAA
* *
1497 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTC-TCAAGTTTCC
130 TGGACTTTTCTTGCCAATG-ACAGCTTTTTTCTTCACGTTTCC
** * * * ** *
1539 TCAAACTCAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATC
1 -CAAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC
* * * * ** *
1604 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CTGAATAATAAAGCTTTCAAAGAAATGAGTGACTATA
64 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * *
1668 AATGGA-TTTTCTTGCCAATGACAGCCTTTTTCATCACGTCTCT
128 AATGGACTTTTCTTGCCAATGACAGCTTTTTTCTTCACGTTTCC
** * * * *
1711 TGAGGTGGACATTCAATTATAATCTGCTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATCAA-CTGAAAATCA
1 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCA
* ** ** *
1775 GTTATGAGATTATAAATTCATTTAAAATGAGTAATTAGGCCTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAA
65 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
*
1839 TTGGACTTTTCTTGCCAATGA
129 ATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1860 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 800, Mismatches: 175, Indels: 57
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 287 0.36
171 361 0.45
172 38 0.05
173 108 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGACAGCTTTTTTCTTCACGTTTCC
Found at i:1342 original size:341 final size:344
Alignment explanation
Indices: 864--1859 Score: 930
Period size: 341 Copynumber: 2.9 Consensus size: 344
854 CCCAAGGTTG
* * * * * * *
864 ACATCCAATAATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAATATTCAACCTACAATCAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * * *
929 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTCGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
994 TTTGTCAATGACAGTTGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTGA
130 CTTGTCAATGACAGTTGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
1059 CTAAAAATGT-AAAACATTCAACTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAAGGC-G
195 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAAA-GCAG
** * *
1122 TAACAAGGCTTTCAAAGTTATAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTG-CACTGAATAG-TTGTTT
259 TAACAAGGCTTTCAAAGAGATAGGTAACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTT
* **
1185 CTTTACA-TTTCC-CAAGGT-AA
324 C-TCA-AGTTTCCTCAAACTCAA
* * * * * * ** *
1205 ATATTCACTTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATATAAAATCAATTACAAGG
1 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
1270 TTATAAAACTATTTAAAGCGACTAAGAATGATTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTCGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *** ** * **
1335 CTTGTCAATGA-A-TGGCTTTTTGTTTGTGTTT-TCCATGGCAGATATTCAATTATAATAAGTTT
130 CTTGTCAATGACAGTTG--TTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
1397 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTT--AAAGC
192 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAAAGC
** ** * * *
1460 AAGTAATTAGGCTTTTGAAGAGATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT
257 -AGTAACAAGGCTTTCAAAGAGATAGGTAACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTG
*
1525 TTTCTCAAGTTTCCTCAAACTCAG
321 TTTCTCAAGTTTCCTCAAACTCAA
* * **
1549 ACATTTAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* *
1614 TTATAAAACTATTTAAA-CTGAATAATAAAGCTTTCAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGA-TTT
66 TTATAAAACTATTTAAAGC-GAATAATAAAGCTTTCGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** *
1677 TCTTGCCAATGACAGCCT-TTTTCATCACGTCTCTTGAGGTGGACATTCAATTATAATCTGCTTT
129 TCTTGTCAATGACAG-TTGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * ** *
1741 CACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTGAAAATCAGTTATGAGATTATAAATTCATTTAAAATG-A
193 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAAAGCA
** * * * **
1805 GTAATTAGGCCTTT-GAAG-GCATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGA
258 GTAACAAGG-CTTTCAAAGAG-ATAGGTAACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGA
1860 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 111, Indels: 40
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 6 0.01
341 198 0.38
342 54 0.10
343 151 0.29
344 107 0.20
345 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (344 bp):
ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGTCAATGACAGTTGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAAAGCAGTA
ACAAGGCTTTCAAAGAGATAGGTAACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTTCT
CAAGTTTCCTCAAACTCAA
Found at i:2345 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2106--5330 Score: 2731
Period size: 171 Copynumber: 18.9 Consensus size: 171
2096 GGAATGGACG
* * * * * * * * *
2106 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAACCTTTTTCTTCTTGTTTCATGACGTAAATAATC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATTC
* **
2170 AATTATAATTTGTTTTCACCAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
2235 AACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATAGGTG
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * *
2277 ACTATAAATGGACTTTGCTTGCCAATGCACGCCTTTTTCTTAATGTTTCCTCAGGCAGTCATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATTCA
* * * * * * *
2342 ATTATAATCTATTTAAACCAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
2407 A-TCATTTAAAGTGAGTAATTTGGCCTTTT-AAGGCATGGGTG
131 ACT-ATTTAAAGCGAGTAATTAGG-ATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * *
2448 ACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCC-CAAGGTAGATATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCCTC-AGGCAGACATT
* * * *
2511 AAATTAT-ATTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAACC-AGAATCAATTATGAGAATA
64 CAATTATAATT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
2574 T-AAACCATTGAAAGCGAGTAATTCA-GATTTTGAAGGCATGGGTA
127 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATT-AGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * ** ** *
2618 ACTATAAATGGATTTTTCTAGCCAATAAATGACTTTTTCTTTGTGTTTCC-CAAGGTTGACATCC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTC-AGGCAGACATTC
* * **
2682 AATAATAATTTGTTTTCACCAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
2747 AACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTAAAGGCATGGGTA
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * ** * * **
2789 ACTATAATTAGACATTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGCATTCATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATTCA
* * ** * * *
2854 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAAATTATAAA
66 ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * ** * *
2919 ACTATTTCAAGTGAGTAATT-TGACCTTTGAAGGTGTGAGTG
131 ACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGA-TTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * *
2960 AGTATAATTGGACTTTTCTTGCCGATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCC-CAAGGCAGATATTA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTC-AGGCAGACATTC
* * * * * *
3024 AATTAT-ATTAGGTTTTAACCAAAGATATAAAAAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGAATATA
65 AATTATAATT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
3088 AAACCATTTAAAGCGAGTAATTCA-GATTTTTAAGGCATGGGTA
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATT-AGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * ** *
3131 AATATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATGACTTTTTCTTTGTGTTTCC-CAAGGCAGACATCC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTC-AGGCAGACATTC
* * * * * * * *
3195 AATAATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAGAAACATTCAACCTAAAACCAATTATAACATTATAA
65 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
3260 AACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGGGTG
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * * * ** * * * *
3302 GCTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATG-ATAGCCTTTTTTTTCACGTTTTTTGAGGTAAAAATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATTC
* * * * * * * *
3366 AATTATAATCTATTTTGACTAAAAATGT-AACAAATTCAACTTAAAATTATTTATGAGATTATAA
65 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** ** *
3430 AACCATTTAAAAGCGCA-TAATAAGGCTTTCAAAGTTATGGGTG
130 AACTATTT-AAAGCG-AGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * *
3473 ACTATAAATGGACTTCTCTTG-CATTGAATAG--TTGTTTCTTCATATTTCC-CAAGGTAGACAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTT-TTTCTTCATGTTTCCTC-AGGCAGACAT
* * * ** * ** *
3534 TCACTTATAATCTT-TTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAATATGAAATCAATTACAAGGTTA
63 TCAATTATAAT-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
3598 TAAAACCATTTAAAGCGACTAATAATGATTTTGAAGGCATAGGTA
127 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * * * * *
3643 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTTCTAAGGTAAATATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATTCA
*** *
3708 ATTATAATCAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
3773 ACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTA
131 ACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * *
3814 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTACCTCAAG-TTCTCTAAGTCAGACATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTC-CTCAGGCAGACATT
* * ** * * * * *
3877 CAATTAGAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTCAACATAAAAGCAATTTTGAGATTATA
64 CAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * * *
3942 AAACTATTCAAACCGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATG
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * * * *
3985 ACTATAAATGGACTTTTTCTTACCAATG-ATAGCCTTTTTCATCACGTCTCTTGAGGCATACATT
1 ACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATT
* *
4049 CAATTATAATCTTCTTTT-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTCAAAATCAGTTATGAGATTA
64 CAATTATAAT-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTA
* * ** *
4112 T-AAATTCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCCTTTGAAGACATGGGTA
127 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * * * * *
4157 ACTATAATTGGAGTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGTAGGCATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTC-AGGCAGACATTC
** ** * * *
4221 AATTATAATCAGTTTTAAATAAAAATGAAAAAAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
4286 AACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGAGTA
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * *
4328 ACTATTAATGGACTTTT-TTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTTCC-AAGGCAGATATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTTCCTCAGGCAGACATT
* * * * * * *
4391 CAATAATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAGAGAAATTAAACCTAAAATCAATTGTGACATTATA
64 CAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
4456 AAGCCATTTAAAGCGAGTAATGACGCTTTCGAAGGTATGGGTA
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * ** * * ** *
4499 ACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATG-ATAGCCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGCATTCATTA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATTC
* * ** * * *
4563 AATTATAATTCGTTTTAACAAAAAATGTAAAGCAATTAAACGTAAAATCAATTATGACATTATAA
65 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
4628 AAGTATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTA
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * * * * *
4670 ACTATAAATGGACCTTTCTTACTAATTG-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATTC
* * * * * *
4734 AATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TGAACCTAAAATCAATTACGAGGTTATAA
65 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
4798 AACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAAGTATGGGTA
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * *
4840 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCC-CAAGGTAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTC-AGGCAGACATTC
*** * * * *
4904 AATTATAATCAATTTTAATCAAAAATGCAAAAAATTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
4969 AACCATTTAAAGCAAGTAATTA-GACTTTTGAAGGCATGGGTA
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGA-TTTTGAAGGCATGGGTA
** * * * *
5011 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCCACAAGTTTCCTGAGACACACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATTC
* * * * * * ** * *
5075 AATTATAGTCTGTTTGAA-TAAAAATGTAAAACAATTTAAAATAAAATCAATTATGAAAATATAA
65 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * ** * *
5139 AACCATTGAAAACGAGAAATAAGG-CTTTCAGAGAAATGAGTG
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGA-AGGCATGGGTA
* * *
5181 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACA-GCTTTTTTCTTCACT-TTTCTTAAGGCA-AGCAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCCTCAGGCAGA-CAT
* * * * *
5243 TCAATTATAATTTGCTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTA
63 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
**
5308 TAAAA-TGATTTAAATTGAGTAAT
127 TAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAAT
5331 AAAGCTTTCG
Statistics
Matches: 2468, Mismatches: 513, Indels: 145
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 20 0.01
170 553 0.22
171 1692 0.69
172 195 0.08
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTCAGGCAGACATTCA
ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
Found at i:3032 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 2106--5330 Score: 2947
Period size: 512 Copynumber: 6.3 Consensus size: 512
2096 GGAATGGACG
* * * *** * * * *
2106 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATAA--CCTTTTTCTTCTTGTTTCATGACGTAAATAAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAAT-A-AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * *
2169 CAATTATAATTTGTTTTCACCAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
64 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
2234 AAACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGC
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * ** *
2299 CAATGCACGCCTTTTTCTTAATGTTTCCTCAGGCAGTCATTCAATTATAATCTATTTAAACCAAA
194 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
* * * * *
2364 ACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATTTG
259 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAG
* * * *
2429 GCCTTTTAAGGCATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGT
324 ACCTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGT
* * * *
2494 TTCCCAAGGTAGATATTAAATTATATTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAACCAGAA
389 TTCCCAAGGCAGACATTAAATTATATT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACCAAAA
*
2559 TCAATTATGAGAATAT-AAACCATTGAAAGCGAGTAATTCA-GATTTTGAAGGCATGGGTA
453 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT-AGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * ** * *
2618 ACTATAAATGGATTTTTCTAGCCAATAAATGACTTTTTCTTTGTGTTTCCCAAGGTTGACATCCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * *
2683 ATAATAATTTGTTTTCACCAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
2748 ACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTAAAGGCATGGGTAACTATAATTAGACATTTCTTGCTA
131 ACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * ** * *
2813 ATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGCATTCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAC
196 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
* * * * * * *
2878 TACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAAATTATAAAACTATTTCAAGTGAGTAATTTGAC
261 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGAC
* * * * * *
2943 CTTTGAAGGTGTGAGTGAGTATAATTGGACTTTTCTTGCCGATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTT
326 CTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACGTT
* * * * * *
3007 TCCCAAGGCAGATATTAAATTATATTAGGTTTTAACCAAAGATATAAAAAAATTCAACCCAGAAT
390 TCCCAAGGCAGACATTAAATTATATT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACCAAAAT
*
3072 CAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTCA-GATTTTTAAGGCATGGGTA
454 CAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT-AGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * ** * *
3131 AATATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATGACTTTTTCTTTGTGTTTCCCAAGGCAGACATCCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * * * * * *
3196 ATAATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAGAAACATTCAACCTAAAACCAATTATAACATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * ** * * *
3261 ACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTTTTGTCA
131 ACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * ** * * * * *
3326 ATG-ATAGCCTTTTTTTTCACGTTTTTTGAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTTGACTAAAA
196 ATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * * * *
3390 ATGT-AACAAATTCAACTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGCGCA-TAATAA
260 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCG-AGTAATTA
* * * * *
3453 G-GCTTTCAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTG-CATTGAATAG-TTGTTTCTTCA
323 GACCTTT-GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTT-TTTCTTCA
** * * * * *
3515 TATTTCCCAAGGTAGACATTCACTTATAATCTT-TTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAATA-
386 CGTTTCCCAAGGCAGACATTAAATTAT-AT-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-AC
** ** ** * * * *
3578 TGAAATCAATTACAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAATGATTTTGAAGGCATAGGTA
448 CAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * * * * *
3643 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTTCTAAGGTAAATATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
** * *
3708 ATTATAATCAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
3773 ACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
131 ACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * * * * * * **
3838 ATGAATAGCTTTTACCTCAAG-TTCTCTAAGTCAGACATTCAATTAGAGTTTGTTTTAATAAAAA
196 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * * * * * * * * *
3902 ATATAAAAAATTTCAACATAAAAGCAATTTTGAGATTATAAAACTATTCAAACCGAATAATAAGG
260 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGA
* * * * * *
3967 CTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTCTTACCAATG-ATAGCCTTTTTCATCACG
325 CCTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACG
* *** * * *
4031 TCTCTTGAGGCATACATTCAATTATAATCTTCTTTT-ACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTCA
388 TTTCCCAAGGCAGACATTAAATTAT-AT-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC-CA
* * ** * ** *
4094 AAATCAGTTATGAGATTATAAATTCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCCTTTGAAGACATGGGTA
450 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
* * * * ** *
4157 ACTATAATTGGAGTTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGGCATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* ** * *
4221 AATTATAATCAGTTTTAAATAAAAATGA-AAAAAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
4285 AAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGAGTAACTATTAATGGACTTTT-TTAG
129 AAACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-G
* * * * * *
4349 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTTCC-AAGGCAGATATTCAATAATAATTTGTTTTAACTA
193 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
* * * * * * * *
4413 AAAATGTAGAGAAATTAAACCTAAAATCAATTGTGACATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAA-T
257 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT
* * * *
4477 -GACGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATG-ATAGCCTTTTTCTT
322 AGAC-CTTT-GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTT
* * *** ** * * **
4540 TACATTTCTTGAGGCATTCATTAAATTATAATTCGTTTTAACAAAAAATGTAAAGCAATT-AAAC
384 CACGTTTCCCAAGGCAGACATTAAATTAT-ATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
* * * ** * * *
4604 GTAAAATCAATTATGACATTATAAAAGTATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
448 -CAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGT
4669 A
512 A
* * ** *** * *
4670 ACTATAAATGGACCTTTCTTA-CTAATTGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
4734 AATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TGAACCTAAAATCAATTACGAGGTTATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
4798 AACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAAGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACC
130 AACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
4863 AATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCAATTTTAATCAAAA
195 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
** * * * *
4928 ATGCAAAAAATTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGA
260 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGA
* * * ** *
4993 CTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCCACAAGTT
325 CCTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTT
** * * * * * * * * **
5058 TCCTGAGACACACATTCAATTATAGTCTGTTTGAA-TAAAAATGTAAAACAATTTAAAATAAAAT
390 TCCCAAGGCAGACATTAAATTATA-TTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACCAAAAT
* * * * * * * ** * *
5122 CAATTATGAAAATATAAAACCATTGAAAACGAGAAATAAGG-CTTTCAGAGAAATGAGTG
454 CAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGA-AGGCATGGGTA
* * ** *
5181 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACA--GCTTTTTTCTTCACT-TTTCTTAAGGCA-AGCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAAT-AAATGGC-TTTTTCTTCA-TGTTTCCCAAGGTAGA-CA
* * * * * * *
5242 TTCAATTATAATTTGCTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATT
62 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
**
5307 ATAAAA-TGATTTAAATTGAGTAAT
126 ATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAAT
5331 AAAGCTTTCG
Statistics
Matches: 2241, Mismatches: 420, Indels: 103
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 10 0.00
511 145 0.06
512 1074 0.48
513 612 0.27
514 389 0.17
515 8 0.00
516 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGAC
CTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTT
CCCAAGGCAGACATTAAATTATATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACCAAAATCA
ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTA
Found at i:3403 original size:683 final size:683
Alignment explanation
Indices: 2106--5344 Score: 3000
Period size: 683 Copynumber: 4.7 Consensus size: 683
2096 GGAATGGACG
* ** * *** * * * *
2106 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAACCTTTTTCTTCTTGTTTCATGACGTAAATAATC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * *
2170 AATTATAATTTGTTTTCACCAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
2235 AACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGC
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATT-TGATTTTGAAGGCATGA-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
2299 CAATGCACGCCTTTTTCTTAATGTTTCCTC-AGGCAG-TCATTCAATTATAATCTA-TTTAAACC
193 CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCC-CAAGGCAGAT-ATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACC
* * * * *
2361 AAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
255 AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * *
2426 TTGGCCTTTT-AAGGCATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTC
320 TACG-CTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATAGCTTTTTCTTC
* * *
2490 ACGTTTCCCAAGGTAGATATTAAATTAT-ATTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAAC
384 ACGTTTCCCAAGGCAGACATTAAATTATAATT-TGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTC-AAC
* * * * * * *
2554 C-AGAATCAATTATGAGAATAT-AAACCATTGAAAGCGAGTAAT-TCAGATTTTGAAGGCATGGG
446 CTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAC-GCTTTTGAAGGCATGGG
* * * *** *** ** *
2616 TAACTATAAATGGA-TTTTTCTAGCCAAT-AAATGACTTTTTCTTTGTGTTTCCCAAGGTTGACA
510 TAACTATAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGATA-GCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAAAA
* * * * **
2679 TCCAATAATAATTTGTTTTCACCAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
574 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
*
2744 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTAAAGGCATGGGTA
639 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGTA
* * * * * * * * * **
2789 ACTATAATTAGACATTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGCATTCATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * *
2854 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAAATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * ** * * * *
2919 ACTATTTCAAGTGAGTAATTTGACCTTTGAAGGTGTGAGTGAGTATAATTGGACTTTTCTTGCCG
131 ACCATTTAAAGCGAGTAATTTGA-TTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* *
2984 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGATATTAAATTAT-ATTAGGTTTTAACCAAAG
195 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAATTA-GTTTTAACCAAAA
* * *
3048 ATATAAAAAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT-CA
259 ATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAC-
* * * * ***
3112 GATTTTTAAGGCATGGGTAAATATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAAAT-GACTTTTTCTTTGTG
323 GCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACG
** * *
3176 TTTCCCAAGGCAGACATCCAATAATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAGAAACATTCAACCTAAA
387 TTTCCCAAGGCAGACATTAAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATA-AAAAATTCAACCTAAA
* * * **
3241 ACCAATTATAACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTA
451 ATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTA
* * * *
3306 TAAATAGACTTTTT-TTGTCAATGATAGCCTTTTTTTTCACGTTTTTTGAGGTAAAAATTCAATT
516 TAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAAAATTCAATT
* * * * * * * *
3370 ATAATCTATTTTGACTAAAAATGT-AACAAATTCAACTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAACC
581 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * ** *
3434 ATTTAAAAGCGCA-TAATAAGGCTTTCAAAGTTATGGGTG
646 ATTT-AAAGCG-AGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGTA
* * * * *
3473 ACTATAAATGGACTTCTCTT-GCATTGAATAG-TTGTTTCTTCATATTTCCCAAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * *** ** * ** *
3536 ACTTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAATATGAAATCAATTACAAGGTTATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
3601 AACCATTTAAAGCGACTAATAATGATTTTGAAGGCAT-AGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGT
130 AACCATTTAAAGCGAGTAAT-TTGATTTTGAAGGCATGA-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * *
3665 CAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTTCTAAGGTAAATATTCAATTATAATCAATTTTAACCAAA
193 CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAAA
* * * *
3730 AATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAG
258 AATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAC
* * * *
3795 GCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTACCTCAAG-
323 GCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGT
* * * * * *
3859 TTCTCTAAGTCAGACATTCAATTAGAGTTTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAATTTCAACATAA
388 TTC-CCAAGGCAGACATTAAATTATAATTTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAA-TTCAACCTAA
* * * * * * * * * * *
3923 AAGCAATTTTGAGATTATAAAACTATTCAAACCGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACT
450 AATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTAACT
* * * * * *
3988 ATAAATGGACTTTTTCTTACCAATGATAGCCTTTTTCATCACGTCTCTTGAGGCATACATTCAAT
515 ATAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAAAATTCAAT
* *
4053 TATAATCT-TCTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTCAAAATCAGTTATGAGATTAT-AA
580 TATAATCTGT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * ** * *
4115 ATTCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCCTTTGAAGACATGGGTA
643 ACT-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGTA
* * * ** *
4157 ACTATAATTGGAGTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGGCATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* ** * *
4222 ATTATAATCAGTTTTAAATAAAAATGA-AAAAAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGATTATAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
4286 AACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGAGTAACTATTAATGGACTTTT-TTAGC
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATT-TGATTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-GC
* * * *
4350 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTT-CCAAGGCAGATATTCAATAATAATTTGTTTTAACTAA
193 CAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAA
* * * * * * * *
4414 AAATGTAGAGAAATTAAACCTAAAATCAATTGTGACATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATGA
257 AAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTA
* * * * *
4479 CGCTTTCGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTA-CTAATG-ATAGCCTTTTTCTTTA
322 CGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCA
* *** ** * * * * * *
4542 CATTTCTTGAGGCATTCATTAAATTATAATTCGTTTTAACAAAAAATGTAAAGCAATTAAACGTA
385 CGTTTCCCAAGGCAGACATTAAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAA-AAATTCAACCTA
* * * * *
4607 AAATCAATTATGACATTATAAAAGTATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAAC
449 AAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTAAC
* * * * *
4672 TATAAATGGAC-CTTTCTTACTAATTGAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-AAAACATTC
514 TATAAATGGACTTTTTCTTGCCAA-TGATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAAA-ATTC
* * * * *
4734 AATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TGAACCTAAAATCAATTACGAGGTTATAA
577 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
4798 AACTATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAA-GTATGGGTA
642 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTT-AAAGGCATGGGTA
* *
4840 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
** * * * *
4905 ATTATAATCAATTTTAATCAAAAATGCAAAAAATTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
4970 ACCATTTAAAGCAAGTAATTAGACTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
131 ACCATTTAAAGCGAGTAATTTGA-TTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
** * ** * * * * * *
5035 ATGAATAG-CTTTTTCCACAAGTTTCCTGAGACACACATTCAATTATAGTCT-GTTTGAA-TAAA
195 ATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAA
* * * ** * * * * * * *
5097 AATGTAAAACAATTTAAAATAAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTGAAAACGAGAAATAAG
258 AATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAC
* ** * * * *
5162 GC-TTTCAGAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ACAGCTTTTTTCTTCAC
323 GCTTTTGA-AGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATAGC-TTTTTCTTCAC
* ** * * * * * * *
5225 TTTTCTTAAGGCA-AGCATTCAATTATAATTTGCTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTT
386 GTTTCCCAAGGCAGA-CATTAAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAA--TATAAAAAATTCAACCT
** * *
5289 AAAATCAATTATGACATTATAAAA-TGATTTAAATTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG
448 AAAATCAATTATGACATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGG
5345 TTCCAAATAA
Statistics
Matches: 2079, Mismatches: 412, Indels: 130
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 7 0.00
682 167 0.08
683 1112 0.53
684 341 0.16
685 440 0.21
686 12 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (683 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATTTGATTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTACGCT
TTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTC
CCAAGGCAGACATTAAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
TTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAAT
GGACTTTTTCTTGCCAATGATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAAAATTCAATTATAAT
CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
AAGCGAGTAATTAGGATTTTAAAGGCATGGGTA
Found at i:6253 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 6122--6259 Score: 172
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 73
6112 AACATTGCCA
* *
6122 CTTAGTCGATTAAGTCGTCTCTGTCTCTGAACCCAGTTTCTGACAGCAAGCTCGTAGTCGACTAA
1 CTTAGTCGATTAAGTCATCTCTGTCTCTGAACCCAGTTTCTGACAGCAAGCACGTAGTCGACTAA
6187 CAAAACTT
66 CAAAACTT
* * * * * *
6195 CTTAGTGGATTAAGTTATTTCTGTCTCTGAACCC-GATTTGC-GAGAGTAAGCACTTAGTCGACT
1 CTTAGTCGATTAAGTCATCTCTGTCTCTGAACCCAG-TTT-CTGACAGCAAGCACGTAGTCGACT
6258 AA
64 AA
6260 TACTGTCTCT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 4
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
72 1 0.02
73 53 0.96
74 1 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (73 bp):
CTTAGTCGATTAAGTCATCTCTGTCTCTGAACCCAGTTTCTGACAGCAAGCACGTAGTCGACTAA
CAAAACTT
Found at i:7439 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6542--7901 Score: 1044
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
6532 GAAGCCAACA
* * * * * * * ** *
6542 TGGGTAACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGACA-GTCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAA
* * *
6606 ACATTCAATTATAATATGCTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAATTCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAA-TCAATTATGAGA
* *
6671 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCT
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
* * * * * * *
6713 TGAGTGACTAGAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAAA
* * * * * * * *
6778 TATTCAATTATTATCTGTTTTAGCTAAAAATGT-AAAAAA-TCTACTTAAAATTAATTATAAGAT
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAATCAATTATGAGAT
* * *
6841 TATAAAACCATTTAAAGTGCGCAATAAGGCTTTCAAAGGCT
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
* * * * *
6882 TGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTGGCCAATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTTC-CCA-ACGTA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGAC--A
* * * * *
6945 AATAGTCAATTATAATTTGTTTTCACTAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTGA
64 AACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAATCAATTA-TGA
* * * * * ** * *
7010 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATTATGATTTTGAAGGCA
126 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
* * * ** * * * *
7054 TAGGTAACTATAAATGCACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAAA
* * * *
7119 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAACTAT-AAAGAATTCAACCTAAATTCAATTATGAGAT
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAA-TCAATTATGAGAT
** * * **
7183 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTACA-AC-TTCCGAAGACT
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCAAAAG-CT
* * * * *
7224 TGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTACCGATGAATGGCTTTTTCCGT-AGGTTTCTCGAGACAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCGAGACAA
* ** *
7288 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAAATAAGATCAATTATGGGA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAA-ATCAATTATGAGA
* * * * **
7353 TTATAGAACCATTGAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAAGAA
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
* * ** * *
7395 TGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACA-GCCTTTTTC-TCATGTTTCTTAAGGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAA
* * ** * * * * *
7458 ACATTCAATTATAATCTCCTTTCACCAAACATGTAAAAAAATTTAAATCTTTAAATTAATTATGA
65 ACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAATATAAAAAAA-TTCAA-C-CTAAATCAATTATGA
* * ** **
7523 CATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGCT
126 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
* * * * * ** ** *
7567 TGGGTCACTATAAATAGACTTTTCCTGCCGATG-ATAGTCTTTTTCTTCATGTTTCAAGAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAA
* * * *
7631 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTCAGAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATTAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAATCAATTATGAG-
* * * *
7696 ATT-TAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCT
127 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
** * * * * * * *
7738 TGAATGACTAGAAATAGAATTTTTTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCTTGATGTA-G
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-G-ACA
* * ** * *
7801 AA-ATTCAATCACAATCTGTTTTAGCCAAAAATGT-AAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAG
64 AACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAATCAATTATGAG
* **
7864 ATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAA
127 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA
7902 TTATAATCAA
Statistics
Matches: 942, Mismatches: 209, Indels: 78
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 4 0.00
169 190 0.20
170 208 0.22
171 283 0.30
172 207 0.22
173 48 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAAA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
Found at i:7589 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 6542--7899 Score: 1340
Period size: 343 Copynumber: 4.0 Consensus size: 339
6532 GAAGCCAACA
* * * * * * ** *
6542 TGGGTAACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGACA-GTCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGA-ATGTCTTTTTCTTCATGTTT-CCGAGACAA
* * * *
6606 ACATTCAATTATAATATGCTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAATTCAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
6671 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCTTGAGTGACTAGAAATGGAATTTT
128 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCATGAGTGAATAGAAATGGAATTTT
* * * *
6736 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATTATTATCTGTTTTAG
193 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAG
* * * * * *
6801 CTAAAAATGTAAAAAA-TCTACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGCGCAA
258 CCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*
6865 TAAGGCTTTCAAAGGCT
323 TAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * * *
6882 TGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTGGCCAATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTTCCCA-ACGTAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCGAGAC--AA
* * * * *
6946 ATAGTCAATTATAATTTGTTTTCACTAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTGAG
64 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA-TGAG
* * * * * ** * * * *
7011 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATTATGATTTTGAAGGCAT-AG-GTAACTATAAATGCACT
127 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCATGAGTG-AA-TAGAAATGGAAT
** **
7074 TTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
190 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * *
7139 TAACCATAACTATAAAGAATTCAACCT-AAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
255 TAGCCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
7203 GTATTACA-ACTTCCGAAGACT
319 GTAATA-AGGCTTTCGAAGGCT
* * * * *
7224 TGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTACCGATGAATGGCTTTTTCCGT-AGGTTTCTCGAGACAA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGTCTTTTT-CTTCATGTTTC-CGAGACAA
* ** * *
7288 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAAATAAGATCAATTATGGGA
64 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
7353 TTATAGAACCATTGAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAAGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTT
128 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCATGAGTGAATAGAAATGGAATTTT
* * *
7418 CTTGCCAATGACA-GCCTTTTTC-TCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTCCTTTC
193 CTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCT-GTTTT
* * * *
7481 A-CCAAACATGTAAAAAAATTTAAATCTTTAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCG
256 AGCCAAAAATGT-AAAAAA-TTCAA-CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
7545 AGTAATAAGGCTTTTGACGGCT
318 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * * ** *
7567 TGGGTCACTATAAATAGACTTTTCCTGCCGATG-ATAGTCTTTTTCTTCATGTTTCAAGAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAAT-GTCTTTTTCTTCATGTTTC-CGAGACAA
* * * *
7631 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTCAGAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATTAATTATGAGA
64 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-
* * * * *
7696 ATT-TAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCTTGAATGACTAGAAATAGAATTT
127 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCATGAGTGAATAGAAATGGAATTT
* * * * * * * *
7760 TTTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCTTGATGTAGAAATTCAATCACAATCTGTTTTA
192 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * *
7824 GCCAAAAATGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTA
257 GCCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
7889 ATAAGGCTTTC
322 ATAAGGCTTTC
7900 AATTATAATC
Statistics
Matches: 818, Mismatches: 171, Indels: 58
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 185 0.23
341 205 0.25
342 168 0.21
343 245 0.30
344 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCGAGACAAAC
ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCATGAGTGAATAGAAATGGAATTTTCTT
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCA
AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTCGAAGGCT
Found at i:7611 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 6540--7901 Score: 1404
Period size: 513 Copynumber: 2.7 Consensus size: 510
6530 ATGAAGCCAA
*
6540 CATGGGTAACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGACAGTCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTA
1 CATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGA-AGTCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTA
* * **
6605 GACATTCAATTATAATATGCTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAATTCAATTATGAG
65 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAATTCAATTATGAG
* ** *
6670 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCTTGAGTGACTAGAAATGGAATTT
130 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ATTAAACTTCCAAATGCTTGAGTGACTAGAAATGGAATTT
* * * * * * *
6735 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATATTCAATTATTATCTGTTTTA
194 TCTTACCAATGAATGACTTTTTCGTCAGGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTA
* * * ** * * * *
6800 GCTAAAAATGTAAAAAATCTACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGCGCAA
259 GATAAAAATATAAAAAATCAAAATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGCAA
* ** * * *
6865 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTGGCCAATGAATGTCTTTTTTTTC
324 TAAGGCTTTCAAAAGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTGCTGGCCAATGAATGTCCTTTTTCTC
* * * ** * *
6930 ATGTTTCCCAACGTAAATAGTCAATTATAATTTGTTTTCACTAAAAACATAAAAAAATTCAACCT
389 ATGTTTCCCAACGCAAACAGTCAATTATAATCTCCTTTCACCAAAAACATAAAAAAATTAAACCT
* * * * *
6995 AAAATCAATTATTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATTATGATTTTGAAGG
454 AAAATCAATTATTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGATTTTGAAGG
* * * *
7052 CATAGGTAACTATAAAT-GCACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGC
1 CATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGAA-GTCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* * *
7116 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAACTAT-AAAGAATTCAACCTAAATTCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAATTCAATTATGA
* * * * * *
7180 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTACAACTTCCGAA-GACTTGGGTGACTATAAGTGGACT
129 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTATTA-AACTTCCAAATG-CTTGAGTGACTAGAAATGGAAT
* *
7244 TTTCTTACCGATGAATGGCTTTTTCCGT-AGGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTA-TAGTCTGT
192 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTT-CGTCAGGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATTA-TCTGT
* ** *
7307 TTTA-ATAAAAAATATAAAAAAATTCAAAATAAGATCAATTATGGGATTATAGAACCATTGAAAG
255 TTTAGAT-AAAAATAT-AAAAAA-TCAAAATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTGAAAG
* *
7371 CGAGCAATAAGGCTTTCAAAAGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACA-G-CC
317 CGAGCAATAAGGCTTTCAAAAGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTGCTGGCCAATGA-ATGTCC
** * * * * **
7434 TTTTTCTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTCCTTTCACCAAACATGTAAAAAAA
381 TTTTTCTCATGTTTCCCAACGCAAACAGTCAATTATAATCTCCTTTCACCAAAAACATAAAAAAA
* * * * * *
7499 TTTAAATCTTTAAATTAATTA-TGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAC
446 -TTAAA-CCTAAAATCAATTATTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGATTTTGAA
7563 GG
509 GG
* * * * * *
7565 CTTGGGTCACTATAAATAGACTTTTCCTGCCGATGATAGTCTTTTTCTTCATGTTT-CAAGAGGT
1 CATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGA-AGTCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGT
** * *
7629 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTCAGAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATT-AATTATG
64 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCT-AAATTCAATTATG
* ** * * *
7693 AGAATT-TAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAAATGCTTGAATGACTAGAAATAGAA
128 AG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ATTAAACTTCCAAATGCTTGAGTGACTAGAAATGGAA
* * * * * * * * **
7757 TTTTTTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTCTTGATGTA-GAA-ATTCAATCACAATCTG
191 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCGTCAGGTTTCTCGA-G-ACAAACATTCAATTATTATCTG
** * * * * * *
7819 TTTTAGCCAAAAATGTAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAC
254 TTTTAGATAAAAATATAAAAAA-TCAAAATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGC
*
7884 GAGTAATAAGGCTTTCAA
318 GAGCAATAAGGCTTTCAA
7902 TTATAATCAA
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 126, Indels: 50
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 8 0.01
511 135 0.19
512 207 0.30
513 240 0.34
514 95 0.14
515 14 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
CATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAGTCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAATTCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTATTAAACTTCCAAATGCTTGAGTGACTAGAAATGGAATTTTC
TTACCAATGAATGACTTTTTCGTCAGGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAGA
TAAAAATATAAAAAATCAAAATAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGCAATA
AGGCTTTCAAAAGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTGCTGGCCAATGAATGTCCTTTTTCTCAT
GTTTCCCAACGCAAACAGTCAATTATAATCTCCTTTCACCAAAAACATAAAAAAATTAAACCTAA
AATCAATTATTGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGATTTTGAAGG
Found at i:8347 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 8317--8364 Score: 87
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
8307 CCATTAAACA
*
8317 CAAAAGCATAGAAATAATTTCAG
1 CAAAAGCATAGAAATAATTTAAG
8340 CAAAAGCATAGAAATAATTTAAG
1 CAAAAGCATAGAAATAATTTAAG
8363 CA
1 CA
8365 TTCAGATATC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 24 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.12, G:0.12, T:0.21
Consensus pattern (23 bp):
CAAAAGCATAGAAATAATTTAAG
Found at i:15773 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15224--17991 Score: 2269
Period size: 171 Copynumber: 16.2 Consensus size: 170
15214 TTCATGAGAT
* * * * * * * *
15224 TATAAATGGGCTTTTCTAACCAATGATTGGCTTTTTCTTCATGTGTCTTAAGGTAGACATTTAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
* * * * * * * *
15289 AATAATTTATTTTAACTAAAAAATATAGAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGATATTATAAAA
66 TATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
15354 CCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAAC
129 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * * * * *
15396 TATAAATTGATTTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCAGGTTT-TCCAAGTCAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAA
* *
15460 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATG-GCATTATAA
65 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAA-CTAAAATCAATTATGAG-ATTATAA
* * * ** *
15524 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGAA
127 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* * ** * ** *
15568 TACAAAAGGA-TGCTTT-TTACCAATGACGGCCTTTTTCATCACACTTCTTAAGGTAGACATTCA
1 TATAAATGGACT--TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
* * * * *
15631 ATTATAATCTGCTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAGAATCAGTTATAAGATTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
15696 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGAC
128 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * *
15739 TATAAATGGACTTTTCTTATCGATGACA-GCCTTTTTCATCACGTTTCTTAAGGCAGATATTTAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
* * * * *
15803 TTATAATCTGCTTTCAA-CAAAAATGTAACAAAATTCAGCTCAAAATCAGTTATGAGTTTATAAT
65 TTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAA-
** * * * * *
15867 TTCCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCCTTT-AAAAGCATGGGTGAC
127 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
** * * * * * **
15911 TATAAATGGACTGATCTT-GCATTGAATGGCTATTTT-TTCATGTTT-TTCGAGATAGACATTCA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCT-TTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGCAGACATTCA
* * *
15973 ATTATAATCTGTTTT-A--AAAAA--TAAAAAAATTTAACCCAAAATCTATTATGAGATTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
16033 A-TGATTTAAAGTGAGTAAT-TGTGATTTTGAAGGCATGGGTAAC
128 ACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC
* * * * *
16076 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
** * * *
16141 TATAAT-TAGTTTTAACCAAAAGCGTAACAAAAGTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA
66 TATAATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
16205 CTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTACGAAGGCTTGGGTGAC
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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* ** * * *
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* *** * * * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * ** ** *
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* * * * ** * *
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1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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129 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA-C
* * * * *
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1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
* * * * *
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66 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * ***
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* ** * * ** * * **
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1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT-CTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
* * * * *
17843 TTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
65 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
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Statistics
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Alignment explanation
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* **
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** * ** * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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260 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* ** * * ** * *
17779 TATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCCTT-AGGTTTCCCAAGACAAACATTTTA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAA
* * * * *
17843 TTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
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* * ** * * * *
17908 CTATTAAAAGCTAGTAAGAATGCTTTCAAAGGAATT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
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* * *
17972 ATGACA-GCCTTTTTCTTCACT-TTT-T--------C-TTC---------ACGTTTTCATC-AAA
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* * * * * *
18015 AATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTACAAGTGCGTAATAA
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
18332 TAATAATAATTTTTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGATATTAT
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** * *
18523 AAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCGTGTAAT
762 AAAAATATAAAAAATTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAAGCGAGTAAT
* * * * *
18588 AAGG-CTTTCAAAGATATGA-AAGAC
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* * ** *
18612 TATAAATGGACTTTTCTT-GCATTGAATGGCCGTTTCTTTATGTTTC-CTAAGGTAGACATTTAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTTAA
18675 TTATAATCT-GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCC-AAAATCAATTATGAGATTATAA
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* * * * * * *
18738 AACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGAC-TTTCTAGCC
128 AACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
18802 AATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAAACATTTAATAATAATTTGTTTTAACAAAAA
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* * * *
18867 ATGTATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACG
257 ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * *
18932 TTTTCGAAGGC-ATGGATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGATAGCCTTGTTCTTCACGT
322 CTTTC-AAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-AGCATTTTTCTTCACGT
* * * **
18996 TTCTTGAGGCA-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-TCTAACTTAAA
385 TTCTTAAGGTAGAA-ATTCAATTATAATCTGCTTTAACCAAAAATATAAAAAATTC-AACTTAAA
*
19059 ATTAATTATGAGATTATAAA
448 ATCAATTATGAGATTATAAA
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Statistics
Matches: 2478, Mismatches: 409, Indels: 233
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (848 bp):
TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAT
TATAATTAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
GAATGCCTTTTTCATCATGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGT
AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CAAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAGCATTTTTCTTCACGTTTCTTA
AGGTAGAAATTCAATTATAATCTGCTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCATCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTAGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CAAGTAATTAGGCCTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCTTT
TTCTTCACATTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCAGTTTTATAAAAATATAAAAAATTCAA
CCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTGGATTTTGAAAGCATGAGT
AAC
Found at i:18728 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 15224--19078 Score: 1902
Period size: 341 Copynumber: 11.4 Consensus size: 340
15214 TTCATGAGAT
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15224 TATAAATGGGCTTTTCTAACCAATGATTGGCTTTTTCTTCATGTGTCTTAAGGTAGACATTTAAT
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* * * * * * *
15289 AATAATTTATTTTAACTAAAAAATATAGAAAAATTCAA-CCTCAAATCAATTATGATATTATAAA
65 TATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAATCC-AAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * *
15353 ACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATTGATTTTTCCT-GCC
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAACGATTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGA-CTTT-CTAGCC
* * ** * * * * *
15417 AATGAATGGCTTTTTCCTCAGGTTTTCCAAGTCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
191 AATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAACAAAAA
* * * * ** *
15482 ATGTAAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
256 ATATATAAAA-ATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAC
***
15547 GCTTTCAAAGGA-ATGGGTGAA
320 GCTTTCAAA-GACATGAAAGAA
* * ** * * *** * * * *
15568 TACAAAAGGATGCTTTT-TACCAATG-ACGGCCTTTTTCATCACACTTCTTAAGGTAGACATTCA
1 TATAAATGGA--CTTTTCTTGCAATGAATGGCC-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTTA
* * * * * * *
15631 ATTATAATCTGCTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTGAGAATCAGTTATAAGATTATAA
63 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATC-CAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
15695 AACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTA-
127 AACCATTTAAAGCGAGTAATAACGATTTCGAAGGCATGAG-TAACTATAAATGGAC-TTTC-TAG
* * * * * * * * * *
15758 TCGATGACA-GCCTTTTTCATCAC-GTTTCTTAAGGCAGATATTTAATTATAATCTGCTTTCAAC
189 CCAATGA-ATGACTTTTTCTTCACATTTTC-TAAGGCAAACATTCAATAATAATCTG-TTTTAAC
* * * * ** ** *
15821 -AAAAATGTA-ACAAAATTC-AGCTCAAAATCAGTTATGAGTTTATAATTTCCATTTAAAGCGAG
251 AAAAAATATATA-AAAATCCAACCT-AAAATCAATTATGACATTATAA-AACCATTTAAAGCAAG
* * * *** *
15883 TAATTAGGCCTTTAAAAG-CATGGGTGAC
313 TAATAACG-CTTTCAAAGACATGAAAGAA
** * * * * ** * *
15911 TATAAATGGACTGATCTTGCATTGAATGG-CTATTTTTTCATGTTT-TTCGAGATAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCCT-TTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTTAA
* * *
15974 TTATAATCTGTTTT---AAAAAA--TAAAAAAATTTAACCCAAAATCTATTATGAGATTATAAAA
64 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * *** * * *
16034 TGATTTAAAGTGAGTAATTGTGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
129 CCATTTAAAGCGAGTAATAACGATTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGAC-TTTCTAGCCAA
* * *
16099 TGAATGACTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAA
193 TGAATGACTTTTTCTTCACAT-TTTCT-AAGGCAAACATTCAATAATAATCT-GTTTTAA-CAAA
** * * * * * * *
16161 AGCGTA-ACAAAAGT-CAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATA
254 A-AATATATAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *** *
16224 AGGCTTACGAAGGCTTGGGTGAC
318 ACGCTTTCAAAGACATGAAAGAA
* * * * * *
16247 TATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAA-AGCCTTTTTCATCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCC-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTTAA
* * *
16311 TTATAATATGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAA-CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
64 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCC-AAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
16375 ACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTC-AAAGCAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGT
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAACGA-TTTCGAAGGC-ATGAGTAACTATAAATGGAC-TTTCTAGC
* * * *** *
16438 CAATGACA-G-CATTTTTCTTCAC-GTTTCTTAAGCCAGAA-ATTCAATCATAATCCACTTTCAC
190 CAATGA-ATGAC-TTTTTCTTCACATTTTC-TAAGGCA-AACATTCAATAATAATCTGTTTTAAC
* * * * * * *
16499 CAAAAATATA-AAAACATTCATCTTAAAATTAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
251 AAAAAATATATAAAA-ATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * * * * *
16563 ATAAGGCTTTCGAGGGCTTGGATGAC
315 ATAACGCTTTCAAAGACATGAAAGAA
* * * ** * * *
16589 TATAAATGGACTTTTCTTGTCGATG-ATAGCCTTTTTCATCATGTTTGTTGAGGCAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCC-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTTAA
* * * * *
16653 TTATAAT-TAGATTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA-CTCATAATCAGTTATGAGATTATA
64 TTATAATCT-GTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAATC-CAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * ** * * * * *
16716 AATCCATTTAAAGCAAGTAATCAGGCCTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG-
126 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGATTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGAC-TTTCTAGC
* * * * * *
16780 CATTGAATGGCTATTTT-TTCACATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAAT-AGATTTT-----
190 CAATGAATGACT-TTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTG-TTTTAACAA
* * * * * * *
16838 AAAATGTA-AAAAAGTTCAACCCAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAT
253 AAAATATATAAAAA-TCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
*** * *
16902 TGTGATTTTGAAAG-CATG--AGTAA
317 AACG-CTTTCAAAGACATGAAAG-AA
* * * * * * * * *
16925 CTATAAATTGATTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTCAAAGCAGACATTCA
1 -TATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTTA
* * * *
16989 ATTATAAT-TAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
63 ATTATAATCT-GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCCAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * * * * * ** * * *
17053 AAGTATTTAAAGTGACTAATTAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTA-C
127 AACCATTTAAAGCGAGTAATAACGATTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGA-CTTTC-TAGC
* * * * *
17117 CAATGAATGCCTTTTTCAT--CATGTTTCTGGAGGCAGACATTCAACT-ATAATCTGTTTTAACT
190 CAATGAATGACTTTTTCTTCACAT-TTTCT-AAGGCAAACATTCAA-TAATAATCTGTTTTAACA
* * * * *
17179 AGAAATGT-TAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
252 AAAAATATATAAAA-ATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * *
17243 TTAGGCTTTTAAATACTTG--GGTAA
316 TAACGCTTTCAAAGACATGAAAG-AA
* * * * ** * * * * * *
17267 CTAGAAATGGTCTTTTCTTACTAATTAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAA
1 -TATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTTAA
* * * * * *
17332 TTATAAACTTTCTTTACCAAAAAA-GT-AAAACATTCAA-CATAAAATAAATTATGAGATTATAA
64 TTATAATCTGT-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATC-CAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * ** * * *
17394 AACCATTTAAAGTGCA-TAATAAAGCTTTCAAAGATAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
127 AACCATTTAAAGCG-AGTAATAACGATTTCGAAGGCATGA-GTAACTATAAATGGAC-TTTCTAG
* * * * ** * * * *
17457 CCAATAAATGGCTATGTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
189 CCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAACAAA
** * ** * * * *
17522 AAAGGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCATTTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTA
254 AAATATATAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * ** * ** *
17587 TGATTTTGAAGGCATGGGTAG-C
319 CGCTTTCAAAGACAT-GAAAGAA
* * * *
17609 TATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAGACATTTAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTTAAT
* * * * *
17673 TACAATCAGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAA-CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
65 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * * * * *
17737 CTATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAAGCA-CAGGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGTCA
129 CCATTTAAAGCGAGTAATAACGATTTCGAAGGCATGA-GTAACTATAAATGGAC-TTTCTAGCCA
* ** * * * ** * * *
17801 ATGAATGGCTTTTTCCTT-AGGTTTCCCAAGACAAACATTTTATTATAGTTTGTTTTAACAAAAA
192 ATGAATGACTTTTT-CTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAACAAAAA
* ** * * * * * * *
17865 ATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGCTAGTAAGAATG
256 ATATATAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACG
** *
17930 CTTTCAAAGGA-ATTG-GTGAC
321 CTTTCAAA-GACA-TGAAAGAA
*
17950 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGACA--GCC-TTT-TTC-----T--T----C--AC-TTT--
1 TATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGA-ATGGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTTAA
* * * * * *
17995 TTCT--TCACGTTTTCATC-AAAAATAT-AAAAAATTCAA-CTTAAAATTAATTATGAGATTATA
64 TTATAATC-TGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATC-CAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * ** * *
18055 AAACTATTTACAAGTGCGTAATAAGGCTTTCAAAGATATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTT
126 AAACCATTTA-AAGCGAGTAATAACGATTTCGAAGGCATGAG-TAACTATAAATGGAC-TTTCTA
* * ** * * * * * * * * *
18119 G-CATTGAATGGCCATTTCTTCATATCTTCCAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACTA
188 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAACAA
* * * * * *
18183 AAAATGTA-AAAGAATTCAACCTAGAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
253 AAAATATATAAA-AATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * ** * ** *
18247 TATGATTTTGAAGGCATGGGTAG-T
317 AACGCTTTCAAAGACAT-GAAAGAA
* *
18271 TATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGCAAACATTTAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCCTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATTTAA
* * * * * *
18335 TAATAATTTTTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGATATTATAAAA
64 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
18400 CCATTT-AAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTATGAGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTGCCA
129 CCATTTAAAGCGAGTAATAACGATTTCGAAGGCATGAGT-AACTATAAATGGAC-TTTCTAGCCA
* * * * *
18463 AT-AATAGTCTTTTTCTTCAC-GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGATC-AA
192 ATGAAT-GACTTTTTCTTCACATTTTC-TAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTT-AACAAA
* * * * **
18525 AAATATA-AAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCGTGTAATA
254 AAATATATAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTT-AAAGCAAGTAATA
* * *
18589 AGGCTTTCAAAGATATGAAAGAC
318 ACGCTTTCAAAGACATGAAAGAA
* * * * *
18612 TATAAATGGACTTTTCTTGCATTGAATGGCCGTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTTAATT
18677 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
66 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
18742 ATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTCTAGCCAATGA
131 ATTTAAAGCGAGTAATAACGATTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTCTAGCCAATGA
* * * * *
18807 ATGACTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAAACATTTAATAATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTA
196 ATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAACAAAAAATATA
* *
18872 TAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGTTTTC
261 TAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTC
* * * *
18937 GAAGGCATGGATGAA
326 AAAGACATGAAAGAA
* * * * * *
18952 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATAGCCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAATGGCCTT-TTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTTAA
* * * *
19016 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAA-TCTAA-CTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
64 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC-AATC-CAAAATCAATTATGAGATTATAA
19078 A
127 A
19079 TGGATTTGTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (340 bp):
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ATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAACAAAAAATATA
TAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTC
AAAGACATGAAAGAA
Found at i:18834 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
18002 CGTTTTCATC
* * * * *
18012 AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTACAAGTGCGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAA
* ** * * * **
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* * * * * *
18140 ATATCTTCCAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACT
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* * *
18182 AAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAGAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * **
18247 TATGATTTTGAAGGCATGGGTAGTTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
65 AAGGCTTTCGAAGGCATGGATAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * *
18312 TGTTTTCCAAGGCAAACATTTAATAATAATTTTTTTTAACA
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* *
18353 AAAAATGTACAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
18417 AACGCTTTCGAAGGTAT-GAGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AATAGTCTTTTTCT
65 AAGGCTTTCGAAGGCATGGA-T-AACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-GGCTTTTTCT
** * * *
18479 TCA-CGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGATC-
127 TCATATTTTC-TAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTT-AACA
* * * * *
18523 AAAAATAT-AAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCGTGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAA
* ** * * * **
18587 TAAGGCTTTCAAAGATAT-GAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CATTGAATGGCCGTTTCTT
64 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGATA-ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * *
18650 TATGTTTCCTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACA
128 CATATTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACA
* *
18693 AAAAATGTAAAAAAATTCAATCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
18758 TAGGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGAC-TTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA
65 AAGGCTTTCGAAGGCATGGATAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * *
18822 TATTTTCTAAGGTAAACATTTAATAATAATTTGTTTTAACA
130 TATTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACA
* * *
18863 AAAAATGTATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
18928 AACGTTTTCGAAGGCATGGATGAA-TATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATG-ATAGCCTTGTTCT
65 AAGGCTTTCGAAGGCATGGAT-AACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAAT-GGCTTTTTCT
** * * *
18990 TCA-CGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
127 TCATATTTTC-TAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACA
* *
19034 AAAAATAT-AAAAAA-TCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTC-AAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
19079 TGGATTTGTC
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 130, Indels: 54
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 57 0.08
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGCATGGATAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
ATTTTCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACA
Found at i:18992 original size:511 final size:511
Alignment explanation
Indices: 15224--19078 Score: 2575
Period size: 508 Copynumber: 7.6 Consensus size: 511
15214 TTCATGAGAT
* * * * * * *
15224 TATAAATGGGCTTTTCTAACCAATGATTGGCTTTTTCTTCATGTGTCTT--AAGGTAGACATTTA
1 TATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATAT-T-TTCCAAGGCAAACATTTA
* * * * *
15287 ATAATAATTTATTTTAACTAAAAAATATAGAAAAATTCAACCTCAAATCAATTATGATATTATAA
64 ATAATAATTTGTTTTAAC-AAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAA
* * * * * * * *
15352 AACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGT-AACTATAAATTGATTTTTCCTGC
128 AACCATTT-AAGCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGAGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * ** * * *
15416 CAATGAAT-GGCTTTTTCCTCAGGTTT-TCCAAGTCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CA
191 CAAT-AATAGCCTTGTTCTTCACGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-
* * * * * * *
15478 AAAAATGTAAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGT
253 AAAAATAT-AAAAA-ATCCAACTTAAAATTAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAAGCGCGT
*** * * * ** * *
15541 AATAAGGCTTTCAAAGGA-ATGGGTGAATACAAAAGGATGCTTTT-TACCAATG-ACGGCC-TTT
315 AATAAGGCTTTCAAA-GATATGAAAGACTATAAATGGA--CTTTTCTTGCATTGAATGGCCATTT
* * * * * * *
15602 -TTCATCACACTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTTCACCAAAAATGTAAAAAAAT
377 CTTCAT-A-TCTTC-CAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * * *
15666 TCAA-CTGAGAATCAGTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
439 TCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGC
* * *
15730 TTGGATGAC
503 ATGGGTAAC
* * * * ** * * *
15739 TATAAATGGACTTTTCTTA-TCGATGACA-GCCTTTTTCATCA-CGTTTCTTAAGGCAGATATTT
1 TATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCATATTTTC-CAAGGCAAACATTT
* * * * * **
15801 AATTATAATCTGCTTTCAAC-AAAAATGTA-ACAAAATTC-AGCTCAAAATCAGTTATGAGTTTA
63 AATAATAATTTG-TTTTAACAAAAAATGTACA-AAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGACATTA
** * * * * * * * **
15863 TAATTTCCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCCTTT-AAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTGATC
125 TAA-AACCATTT-AAGCAAGTAATAACG-CTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTC
* * * * * ** *
15927 TT-GCATTGAAT-GGCTAT-TTTTTCATGTTT-TTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
187 TTACCAAT-AATAGCCT-TGTTCTTCACGTTTCTT-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** ** *
15988 -A--AAAAATA-AAAAAATTTAACCCAAAATCT-ATTATGAGATTATAAAA-TGATTT-AAAGTG
249 AATCAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAAGCG
* * * ** ** ** * * **
16046 AGTAAT-TGTGATTTTGAAGGCATGGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
312 CGTAATAAG-GCTTTCAAAGATAT-GAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CATTGAATGGCCA
* * * ** *
16109 TTTCTTCATGT-TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAGCGTAACAAA
374 TTTCTTCATATCTTC-CAAGGTAGACATTTAATTATAATAT-GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * **
16172 AGTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTACGAAGG
437 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGG
* *
16237 CTTGGGTGAC
502 CATGGGTAAC
* * * * * * * * *
16247 TATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCATCAT-GTTTCCTAAGACAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCC-AAGGCAAACATTTAA
* * * * * *
16311 TTATAATATGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
65 TAATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAA
* * * * * * **
16376 CTATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTC-AAAGCAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTC
130 CCATTT-AAGCAAGTAATAACG-CTTTCGAAGGC-ATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * * * * *** * *
16439 AATGACAGCATTTTTCTTCACGTTTCTTAAGCCAGAA-ATTCAATCATAATCCACTTTCACCAAA
192 AATAATAGCCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCA-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAA
* * * *
16503 AATATAAAAACATTCATCTTAAAATTAATTATGACATTATAAAACTATTT-AAAGCGAGTAATAA
256 AATATAAAAA-ATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCGCGTAATAA
** * * * *
16567 GGCTTTCGAGGGCT-TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGA-TG-ATAGCC-TTT-TTCA
320 GGCTTTC-AAAGATATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTG-C-ATTGAATGGCCATTTCTTCA
* *** * * * * *
16627 TCATGTTTGTTGAGGCAGACATTCAATTATAAT-TAGATTTCACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
382 T-AT-CTT-CCAAGGTAGACATTTAATTATAATAT-GTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * * * * ** * *
16691 A-CTCATAATCAGTTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATCAGGCCTTAGAAGGTATG
442 ACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATG
* *
16755 AGTGAC
506 GGTAAC
* * * * * * * * *
16761 TATAAATTGACTTTTCTTG-CATTGAATGGCTATTTT-TTCACATTTTCTAAGGTAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAAACATTTAA
* * * * *
16824 TTATAA-TAGATTTT-----AAAATGTA-AAAAAGTTCAACCCAAAATCAGTTATGAGATTATAA
65 TAATAATTTG-TTTTAACAAAAAATGTACAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAA
* * *** * * * * * *
16882 AACCTTTTAAAGCGAGTAATTGTGATTTTGAAAGCATGAGT-AACTATAAATTGATTTTTTTTAC
128 AACCATTT-AAGCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGAGTGAA-TATAAATGGACTTTTCTTAC
* * ** ** * * * *
16946 CAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAAT-TAATTTTAACCA
191 CAAT-AATAGCCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATCA
* * * *
17009 AAAATGTAAAAAAAGT-CAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTT-AAAGTGAC-T
254 AAAATAT-AAAAAA-TCCAACT-TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCG-CGT
* * * *** * * *
17070 AATTAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAAT-GCC-TTT-T
315 AATAAGGCTTTCAAAGATATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCATTGAATGGCCATTTCT
* ** * * * * * * * *
17132 TCATCATGTTTCTGGAGGCAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACTAGAAATGTTAAAATATTC
379 TCAT-AT-CTTC-CAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * ** *
17197 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAATACTTG
441 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATG
17262 GGTAAC
506 GGTAAC
* * * * ** ** * * * * *
17268 TAGAAATGGTCTTTTCTTA-CTAATTAATGGTTTTTTCTTCA-CGTTTCTTAAGGTAGATATTCA
1 TATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTC-CAAGGCAAACATTTA
* * * * * * *
17331 ATTATAAACTTT-CTTTACCAAAAAA-GTA-AAACATTCAACATAAAATAAATTATGAGATTATA
64 ATAAT-AA-TTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATA
* * ** * *
17393 AAACCATTTAAAGTGC-A-TAATAAAGCTTTCAAAGATAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
127 AAACCATTT-AA--GCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGA-GTGAATATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
17455 TGCCAATAA-ATGGCTATG-TCTTCATGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
188 TACCAATAATA-GCCT-TGTTCTTCACGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * * * * * *
17517 A-CTAAAAAGGTA-AAAAAATTTAACCTAAAATCATTTACGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCA
250 ATC-AAAAA--TATAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCG
* * * * ** ** ** * * * **
17579 AGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAG-CTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
312 CGTAATAAGGCTTTCAAAGATAT-GAAAGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCATTGAATGGCCAT
* * * * * *
17643 TTCTTCATGT-TTCCAAGGCAGACATTTAATTACAATCA-GTTTTAACTAAAAATATAAAAACAT
375 TTCTTCATATCTTCCAAGGTAGACATTTAATTATAAT-ATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
17706 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAAGCA
439 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCA
** *
17771 CAGGTGAC
504 TGGGTAAC
* * * * ** * * *
17779 TATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCCTT-AGGTTTCCCAAGACAAACATTTTA
1 TATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTT-CTTCATATTTTCCAAGGCAAACATTTAA
* * * * * * *
17843 TTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
65 TAATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAA
* * * * * * * *
17908 CTATTAAAAGCTAGTAAGAATGCTTTCAAAGGAATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
130 CCATT-TAAGCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCA
* * * *
17972 ATGACAGCCTTTTTCTTCAC-TTT-TT--------C-TTC-------A-C-GTTTTCATCAAAAA
193 ATAATAGCCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
* * *
18017 TATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTACAAGTGCGTAATAAGGC
258 TATAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCGCGTAATAAGGC
* *
18082 TTTCAAAGATATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCATTGAATGGCCATTTCTTCATATCTT
323 TTTCAAAGATATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCATTGAATGGCCATTTCTTCATATCTT
* * *
18147 CCAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAGAATCA
388 CCAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * **
18212 ATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAGT
453 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAAC
* *
18271 TATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTTAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAAACATTTAAT
* * *
18336 AATAATTTTTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGATATTATAAAAC
66 AATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
* * *
18401 CATTTAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
131 CATTTAAGCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATA
* * *
18466 ATAGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATAT
196 ATAGCCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT
*
18531 AAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCGTGTAATAAGGCTTT
261 AAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCGCGTAATAAGGCTTT
* * *
18596 CAAAGATATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCATTGAATGGCCGTTTCTTTATGT-TTCCT
326 CAAAGATATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCATTGAATGGCCATTTCTTCATATCTTCC-
*
18660 AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCC-AAAATCAA
390 AAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CCTAAAATCAA
*
18724 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAAC
454 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAAC
* *
18782 TATAAATGGAC-TTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAAACATTTAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAAACATTTAAT
*
18846 AATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
66 AATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
*
18911 CATTTAAAGCAAGTAATAACGTTTTCGAAGGCATG-GATGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
131 CATTT-AAGCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGAG-TGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* *
18975 TGATAGCCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
194 TAATAGCCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
*
19040 ATAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
259 ATAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
19079 TGGATTTGTC
Statistics
Matches: 2720, Mismatches: 465, Indels: 314
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
490 4 0.00
491 129 0.05
492 270 0.10
493 3 0.00
494 1 0.00
501 4 0.00
502 4 0.00
506 15 0.01
507 151 0.06
508 586 0.22
509 46 0.02
510 145 0.05
511 584 0.21
512 315 0.12
513 168 0.06
514 181 0.07
515 101 0.04
516 13 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
TATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAAACATTTAAT
AATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAAC
CATTTAAGCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATA
ATAGCCTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT
AAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGCGCGTAATAAGGCTTT
CAAAGATATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCATTGAATGGCCATTTCTTCATATCTTCCA
AGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAAC
Done.