Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397257.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_95.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 103452 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 26
Found at i:2371 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 2352--2380 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
2342 TAGGAGATTT
2352 ATGACTTAAAAATA
1 ATGACTTAAAAATA
2366 ATGACTTAAAAATA
1 ATGACTTAAAAATA
2380 A
1 A
2381 AGAATGTTTG
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
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Consensus pattern (14 bp):
ATGACTTAAAAATA
Found at i:4110 original size:171 final size:169
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Indices: 3501--4779 Score: 993
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3491 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
3501 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAGT-ATAATCG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TAATATTTG
* ** * * * * * * * *
3564 AATGTCTGTC-TCAAGAAACATGAGGCAAAATTCA-TCGATAGGCATGAAAAGTCTATTTATAGT
65 AATGTCT-ACATTGAGAAAC-GGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGT
* *** * * *
3627 CGCTTTAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTT
127 CACCCAAGTC-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
3671 ACAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAATACAGAAAATATTTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTG
* * * * * * *
3736 AATGTCTACATAGTGACACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCA
65 AATGTCTACATTGAGAAAC-GGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA
* * * * *
3801 CCCATGCGCTC-AGAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTT
129 CCCAAG-TCTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * ** *
3843 ATACTCTTATAATTAATTTTAAG-TAGAATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAATATATTGTAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTG
* * * * *
3907 GATGTTTTCATT-AGGAAACGTGAGGCAAAAGTC-TTCCATTGGCAA-AACAAGTCCA-CTTATA
65 AATGTCTACATTGA-GAAACG-GAAGAAAAAGTCATT-CATTGGCAAGAA-AAGTCCATC-TATA
* ** * *
3968 G-CTGCTTAAGTCTCCGAAGGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTT
125 GTC-ACCCAAGTCT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
4014 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATAATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGA
* * *
4079 ATGTTTACCTTGAGAAACAGGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATCTATAGTCA
66 ATGTCTACATTGAGAAAC-GGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATCTATAGTCA
* * * *
4143 CCCATG-CGTGCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGATTTT
129 CCCAAGTC-T-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
4185 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAACATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGA
* * * *
4250 ATGTCCACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACAATCATT-GCTAAGAAAAGTCGC--CCAT-G--
66 ATGTCTACATTGAGAAACG-GAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAGAAAAGTC-CATCTATAGTC
* *
4309 ---C-A-T-TCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
128 ACCCAAGTCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
4345 CTAATCTTATAATTGATTTTAAGCTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTG
** ** ** *
4409 AATGTCTACATCAAGAAATATGAAGAAAAACACATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATCTATAGTCA
65 AATGTCTACATTGAGAAA-CGGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA
* * * **
4474 CCCATG-CGTTTGAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTTTT
129 CCCAAGTC--TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
4516 ATAATATCTTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGA
** * * *
4581 ACATCCACATTG-GAAAACTTGAAGAAAAA-TACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTC
66 ATGTCTACATTGAG-AAAC-GGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTC
* *
4644 ACCCACATGT-TCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTT
128 ACCCA-A-GTCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
4687 ATAGA-CTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACA-TTTTTGTTATAATAGATAATATTTG
1 ATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTG
*
4750 AATGTCTACATTGGGAAACGTGAAGAAAAA
65 AATGTCTACATTGAGAAACG-GAAGAAAAA
4780 CATATTCATT
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 172, Indels: 112
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 124 0.14
161 8 0.01
162 1 0.00
164 1 0.00
167 1 0.00
169 1 0.00
170 87 0.10
171 520 0.59
172 132 0.15
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGA
ATGTCTACATTGAGAAACGGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACC
CAAGTCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:4459 original size:331 final size:334
Alignment explanation
Indices: 3641--4789 Score: 1087
Period size: 331 Copynumber: 3.4 Consensus size: 334
3631 TTAGTCTTCA
** * * * * *
3641 AAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * * * *
3706 TATATTTTTGGTTAATACAGAAAATATTTAAATGTCTACATAGTGACACATGAAGAAAAAGC-CA
65 TACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAA-CACA
** * * *
3770 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATGCGCT-CAGAAGCCTTAGTACTCACTTTA
129 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCG-TGCAAAAGCCTTAATACTCACTTTA
* * * * * ** *
3834 AAT-AGTTTTATACTCTTATAATTAATTTTAAG-TAGAATTTTTTTATAGT-TTTTATTAAAATA
193 AATGA-TTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACA-TATTTGGTTAAAACA
* *** * * ** *** * * * *
3896 TATTGTAATTGGATGTTTTCATTAGG-AAACGTGAGGCAAAAGTC-TTCCATTGGC-AA-AACAA
255 GATAACATTTGAACATCCACATT-GGAAAACGTGAAGAAAAAGACAAT-CATT-GCTAAGAA-AA
*
3957 GTCCACTTATAGCTGCTTAAGTCTCCG
316 GTCCAC-CATAGC--C---AGT-T-CG
* * * *
3984 AAGGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * **
4049 ACATTTTTTGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACCTTGAGAAACAGGAAGAAAAAGTCATT
66 ACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAACACATT
*
4114 CATTGACAAGAAAAG-CCTATCTATAGTCACCCATGCGTGCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAA
131 CATTGACAAGAAAAGTCC-ATCTATAGTCACCCATGCGTGCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAA
*
4178 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAA
195 TGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAA
**
4243 CATTTGAATGTCCACATT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGACAATCATTGCTAAGAAAAGTCGC-CC
260 CATTTGAACATCCACATTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGACAATCATTGCTAAGAAAAGTC-CACC
4306 AT-G-CA-TTCG
323 ATAGCCAGTTCG
* *
4315 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGCTT-AATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
** *
4379 TACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAAGAAATATGAAGAAAAACACAT
65 TACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAACACAT
* * *** * * *
4444 TCATTGGCTAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTGAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAA
130 TCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTGCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAA
* *
4509 TGGTTTTATAATATCTTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAA
195 TGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAA
* * * * * *
4574 TATTTGAACATCCACATTGGAAAACTTGAAGAAAAATACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTA
260 CATTTGAACATCCACATTGGAAAACGTGAAGAAAAAGACAATCATTGCTAAGAAAAGTCCA-CCA
*
4639 TAGTCACCCACATGTTCA
324 TAG-----C-CA-GTTCG
4657 AAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAGA-CTCT-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 AAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATA-ATCT-TATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
4719 CTTACA-TTTTTGTTATAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTGAAGAAAAACAT
63 TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAACAC
4783 ATTCATT
128 ATTCATT
4790 TGTAATGACC
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 94, Indels: 64
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
331 277 0.41
332 10 0.01
333 2 0.00
334 1 0.00
337 1 0.00
340 4 0.01
341 69 0.10
342 256 0.38
343 60 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (334 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAACACATT
CATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTGCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAAT
GATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATAAC
ATTTGAACATCCACATTGGAAAACGTGAAGAAAAAGACAATCATTGCTAAGAAAAGTCCACCATA
GCCAGTTCG
Found at i:8539 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 8519--8549 Score: 62
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
8509 TAAGTATGAA
8519 ATGTGATTGAGATTG
1 ATGTGATTGAGATTG
8534 ATGTGATTGAGATTG
1 ATGTGATTGAGATTG
8549 A
1 A
8550 GCTATCTCTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.32, T:0.39
Consensus pattern (15 bp):
ATGTGATTGAGATTG
Found at i:10166 original size:232 final size:231
Alignment explanation
Indices: 9327--11848 Score: 1908
Period size: 232 Copynumber: 10.9 Consensus size: 231
9317 TAAAAGGAAA
* * * ** ** * * * *
9327 TTTGTTGTTCTTAGTTAAAGGCTATTATAATTTAATCCTTGCACTGGGAAAAGTGAAGTTGATGG
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGAT-G
* * * *
9392 C-ATCCATTCG-CAAGGAAAGAGTATCTCAAGGTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTA
65 CTATCCATT-GACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTA
* * *
9455 TCAATGACA-AATGATCATTTTGATAGA-ATTTTATCATCAGTATTATG--ATATAATTCATTTA
129 TCAATTA-ATAATTATCATTTTGATA-ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * * *
9516 TAATCTTTTAAGTGATTATAAATTGAACATAAATTGAAAGC
192 TAATCCTATAAATGATTATAAA-TCAAAATAAATAGAAAGC
* * * * *
9557 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTACATT-AGGAAACGTGAAATGGATG
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGTGGATG
* * * * *
9621 CAATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTCCGAAAGCTTCAAATGATTTAT
65 CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTAT
* * * * * *
9686 CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATAAACAATATTATGTTACAAAATTCATTTATAA
130 CAATTAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
* * * *
9751 TCCTTTAAA--A-GAT---T---AA-AAATCGAAAGG
195 TCCTATAAATGATTATAAATCAAAATAAATAGAAAGC
* * * * * * *
9778 TCTATTATTCTTGGTTAAAGCCTATGATAATTAGATGCTTGCATTGAGAAACGTGAATTGGATGC
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGC
* * * ** * *
9843 TAACCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTTTCATGGCTTTGAAAG-TGTAAAATGATTTAG
66 TATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCT-TGAAATGATTTAT
*
9907 CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
130 CAATTAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
*
9972 TCCTATAAATGATTATAAATCAAGAATGAATAGAAAGC
195 TCCTATAAATGATTATAAATCAA-AATAAATAGAAAGC
* ** * * *
10010 TTCGTTGTTCTTAATTAAAGCATATCATAATTGGATGGTTGCATTCGAG-AACTTGAAGTGGATG
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GAGAAACGTGAAGTGGATG
* * * * * * * * * * *
10074 ATACCCGTTGACAAAGAAAGGGTATTTTTAGTTTATCATGCCTTCAAAAGATTGAAGTCATTTGT
65 CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTAT
* *
10139 CAATTAATAATTATCATTTCGATAACATTTTATCACCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
130 CAATTAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
* * * *
10204 TCCTTTAAATGATTATAAAACGAAAGTGAATAGAAAGC
195 TCCTATAAATGATTATAAATC-AAAATAAATAGAAAGC
* * *
10242 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATATTCGCATTGGGAAACGTTGAA-TGGATG
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACG-TGAAGTGGATG
* * * * * * *
10306 CTATCTATTG--ATGGCTAAACATCATTTTAAGTTCATTATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTT
65 CTATCCATTGACAAGG--AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * *
10369 ATC-ATTGAAAAATTATCATTTTGATAAAATATCATCATCAATATTATGATATATAATCCATTTA
128 ATCAATT-AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* *
10433 TAATCCTATAAATCATTATAAATCAAAAATTAATTGGAAATAAATCAAAAGC
192 TAATCCTATAAATGATTATAAATC---AA--AA-T--AAAT--A--GAAAGC
* * * *
10485 TTTGTTGTT-TTGGGTTAAAGGCTATCATAATTAGATGTTTGCATTG-GAAAACGTAAAGTTGAT
1 TTTGTTGTTCTT-GGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGAT
* * * * * * * *
10548 TCTACCCATTGGCAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTCGAAATCTTGAATTAATTTA
64 GCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTA
* * * * * * *
10613 CCAATGAATACTTATC-CTTTGATAACGTTTTATCAT---TA--ATGA-ACA-ATTATCATTTAT
129 TCAATTAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAAT-TCATTTAT
* * * * *
10670 AACCCTATAAATGAGTAGAAATTGTAAACAAACAAAAGTAAATCGAAAAC
193 AATCCTAT-AA--A-T-G--A-T-TATA-AATCAAAA-TAAATAGAAAGC
* * * * * * *
10720 TTTGTTGCTCTTGGTTCAAGCCTATCATAATTAGATATTTGCTTTGAGAAACATAAAGTGGATGC
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGC
* * * * ** * * *
10785 TATCCATTGACATGGAAAGAGTATTTTAAGTTTATTATGCATTTGAAAGCTTAAAATAATTTATT
66 TATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATC
* * * ** ** *
10850 AATTAATAATTTTCATTTTTATAACATTTTATCATTAATATTATTTTATATAATTTGTTTGTAAT
131 AATTAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * *
10915 CCTATAAATGATTATAAATCGAAAACATATTGAAAGA
196 CCTATAAATGATTATAAATC-AAAATAAATAGAAAGC
* * * * ***
10952 TATGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCCTAATTGGATGTTTTCATTGGGAAACACAAAGTGGATGC
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGC
* * * ** * * **
11017 TATCCATTGTCAAAGAAATG-GCATTTTAAGTTTATCATACCTTTGAAA-CATGGAAGTCCTTTA
66 TATCCATTGACAAGGAAA-GAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGC-TTGAAATGATTTA
* * * ** * * *
11080 TC-ATTGAATAATTTTAATTTTCATAACATTTTATTTTCAATATTGTAATCTATAATTCATTTAT
129 TCAATT-AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* *
11144 AATCCTATAAATGATTATAAATCGAAGATAAATTGAAAGC
193 AATCCTATAAATGATTATAAATC-AAAATAAATAGAAAGC
* * * * * * * *
11184 TTTATTGTTCTTAGCT-ACGTCCTATCATCATTGGATGTTTGCATTCG-CAAATGTGAAG-GAAA
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAG-CCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GAGAAACGTGAAGTG-GA
* * * * * * * *
11246 AGCTATCCACTAACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGTTTCATATGATTT
63 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * * *
11311 AT-AAATAA-AAGTTTAACATTTTCATAACATTTTATTATTAA-ATTATG--ATATAATTCAATT
128 ATCAATTAATAA--TTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* *
11371 ATAATCCTACAAAT-ATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGC
191 ATAATCCTATAAATGATTATAAATC-AAAATAAATAGAAAGC
* * * * * * * *
11412 TTTGTTGCTCTGGGTGAAAGCCTATCATAGTTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGAATGC
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGC
* * * * ** * *
11477 TATCCATTGATAAAGAAAGAGCA-TTTAAGTTTCTCGTGCCTTCTGAAGCTTGAAATGGTTTACC
66 TATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATC
* * * * * * *
11541 AATGTGA-ACTTATCATTTTGATAACATTTTATTATTAATCTTACGATATATAATTCATTTATAT
131 AAT-TAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
* * *
11605 TCCTTTAACT-A--AT---T---AA-AAATCGAAAGC
195 TCCTATAAATGATTATAAATCAAAATAAATAGAAAGC
* * * * *
11632 TTTGTTGTTCTTGGATAAAGCCTATTATAATTGAATG-TTGCATTGTA-AAACGAGAAGTGAATG
1 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-AGAAACGTGAAGTGGATG
*** * * * * *
11695 CTATTTGTTGACAAAGAAAGATCATTTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTAGAAATGACTTAT
65 CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTAT
* * * * *
11760 CAATGAATAATTATCATTTTGATCATATTTTATCCA-CAATATTATAATATATAATACATTTA-A
130 CAATTAATAATTATCATTTTGATAACATTTTAT-CATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
*
11823 ATTCTATAAATGATTATAAATCAAAA
194 ATCCTATAAATGATTATAAATCAAAA
11849 ACTATATTGT
Statistics
Matches: 1817, Mismatches: 376, Indels: 200
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
219 50 0.03
220 121 0.07
221 186 0.10
222 4 0.00
223 1 0.00
224 2 0.00
225 3 0.00
227 59 0.03
228 99 0.05
229 37 0.02
230 167 0.09
231 20 0.01
232 694 0.38
233 19 0.01
234 3 0.00
235 122 0.07
236 37 0.02
237 8 0.00
238 1 0.00
239 13 0.01
240 1 0.00
241 8 0.00
242 35 0.02
243 115 0.06
244 3 0.00
245 6 0.00
246 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (231 bp):
TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGC
TATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATC
AATTAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
CCTATAAATGATTATAAATCAAAATAAATAGAAAGC
Found at i:10386 original size:14 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10357--10388 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
10347 CTTCAAAAGC
10357 TTGAAATAATTTATCA
1 TTGAAATAATTTATCA
10373 TTGAAA-AA-TTATCA
1 TTGAAATAATTTATCA
10387 TT
1 TT
10389 TTGATAAAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.50
15 2 0.12
16 6 0.38
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
TTGAAATAATTTATCA
Found at i:10612 original size:243 final size:232
Alignment explanation
Indices: 9785--12995 Score: 1691
Period size: 232 Copynumber: 14.2 Consensus size: 232
9775 AGGTCTATTA
* * *
9785 TTCTTGGTTAAAGCCTATGATAATTAGATGCTTGCATT-GAGAAACGTGAATTGGATGCTAACCA
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGA-AAACGTGAA-TGGATGCTACCCA
* * ** * * * *
9849 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTTTCATGGCTTTGAAAG-TGTAAAATGATTTAGCAATGA
64 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCT-TGAAATAATTTATCATTGA
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128 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT
* *
9978 AAATGATTATAAATC-AAGAATGAATAGAAAGCTTCGTTG
193 AAATGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
** * * * * * * * *
10017 TTCTTAATTAAAGCATATCATAATTGGATGGTTGCATTCGAGAACTTGAAGTGGATGATACCCGT
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAA-TGGATGCTACCCAT
* * * * * * * *
10082 TGACAAAGAAAGGGTATTTTTAGTTTATCATGCCTTCAAAAGATTGAAGTCATTTGTCAATT-AA
65 TGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATC-ATTGAA
* * *
10146 TAATTATCATTTCGATAACATTTTATCACCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTTTA
129 TAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATA
* * *
10211 AATGATTATAAAAC-GAAAGTGAATAGAAAGCTTTGTTG
194 AATGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
* * * * * *
10249 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATATTCGCATTGGGAAACGTTGAATGGATGCTATCTAT
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACG-TGAATGGATGCTACCCAT
* * * * *
10314 TG--ATGGCTAAACATCATTTTAAGTTCATTATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATCATTGA
65 TGACAAGG--AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATCATTGA
* * * * *
10377 AAAATTATCATTTTGATAAAATATCATCATCAATATTATGATATATAATCCATTTATAATCCTAT
128 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT
* *
10442 AAATCATTATAAATCAAAAATTAATTGGAAATAAATCAAAAGCTTTGTTG
193 AAATGATTATAAATC-AAAA--AA-T-G-AAT--A--GAAAGCTTTGTTG
* * * *
10492 TT-TTGGGTTAAAGGCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTAAAGTTGATTCTACCCA
1 TTCTT-GGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAA-TGGATGCTACCCA
* * * * * * *
10556 TTGGCAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTCGAAATCTTGAATTAATTTACCAATGAA
64 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATCATTGAA
* * * * * *
10621 TACTTATC-CTTTGATAACGTTTTATCAT---TA--ATGA-ACA-ATTATCATTTATAACCCTAT
129 TAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAAT-TCATTTATAATCCTAT
* * * * *
10678 AAATGAGTAGAAATTGTAAACAAACAAAAGTAAATCGAAAACTTTGTTG
193 AAATGATTATAAA---T---C-AA-AAAA-TGAATAGAAAGCTTTGTTG
* * * * * * *
10727 CTCTTGGTTCAAGCCTATCATAATTAGATATTTGC-TTTGAGAAACATAAAGTGGATGCTATCCA
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGA-AAACGTGAA-TGGATGCTACCCA
* * * * ** * *
10791 TTGACATGGAAAGAGTATTTTAAGTTTATTATGCATTTGAAAGCTTAAAATAATTTATTAATT-A
64 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTA-TCATTGA
* * * ** ** *
10855 ATAATTTTCATTTTTATAACATTTTATCATTAATATTATTTTATATAATTTGTTTGTAATCCTAT
128 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT
* * * *
10920 AAATGATTATAAATCGAAAACAT--ATTGAAAGATATGTTG
193 AAATGATTATAAATC-AAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
* * * * *** *
10959 TTCTTGGTTAAAGCCTATCCTAATTGGATGTTTTCATTGGGAAACACAAAGTGGATGCTATCCAT
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAA-TGGATGCTACCCAT
* * * ** * * **
11024 TGTCAAAGAAATG-GCATTTTAAGTTTATCATACCTTTGAAA-CATGGAAGTCCTTTATCATTGA
65 TGACAAGGAAA-GAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGC-TTGAAATAATTTATCATTGA
* * * ** * * *
11087 ATAATTTTAATTTTCATAACATTTTATTTTCAATATTGTAATCTATAATTCATTTATAATCCTAT
128 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT
* * * * *
11152 AAATGATTATAAATC-GAAGATAAATTGAAAGCTTTATTG
193 AAATGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
* * * * * * * * * *
11191 TTCTTAGCT-ACGTCCTATCATCATTGGATGTTTGCATTCGCAAATGTGAA-GGAAAAGCTATCC
1 TTCTTGGTTAAAG-CCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAATGG--ATGCTACCC
* * * * * * * * * *
11254 ACTAACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGTTTCATATGATTTATAAAT-A
63 ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATCATTGA
* * * * *
11318 A-AAGTTTAACATTTTCATAACATTTTATTATTAA-ATTATG--ATATAATTCAATTATAATCCT
128 ATAA--TTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCT
* * *
11379 ACAAAT-ATTATAAATC-AAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTG
191 ATAAATGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
* * * * * * * * *
11419 CTCTGGGTGAAAGCCTATCATAGTTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGAATGCTATCCAT
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAA-TGGATGCTACCCAT
* * * * ** ** *
11484 TGATAAAGAAAGAGCA-TTTAAGTTTCTCGTGCCTTCTGAAGCTTGAAATGGTTTACCAATGTG-
65 TGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATC-AT-TGA
* * * * * * *
11547 A-ACTTATCATTTTGATAACATTTTATTATTAATCTTACGATATATAATTCATTTATATTCCTTT
128 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT
* *
11611 AACT-A--AT---T----AAA--AATCGAAAGCTTTGTTG
193 AAATGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
* * * * * ****
11639 TTCTTGGATAAAGCCTATTATAATT-GAATG-TTGCATTGTAAAACGAGAAGTGAATGCTATTTG
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAG-ATGTTTGCATTGGAAAACGTGAA-TGGATGCTACCCA
* * * * * * *
11702 TTGACAAAGAAAGATCATTTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTAGAAATGACTTATCAATGAA
64 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATCATTGAA
* * * * *
11767 TAATTATCATTTTGATCATATTTTATCCA-CAATATTATAATATATAATACATTTA-AATTCTAT
129 TAATTATCATTTTGATAACATTTTAT-CATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT
*
11830 AAATGATTATAAATCAAAAACT--AT----A------TTG
193 AAATGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
** * * * * ** * *
11858 TTCTCAGTTAAAGGCTATCATAATTGGATATTTGCATTGGGAAAC-ACAA---AAG--A-GCATT
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAATGGATGCTACCCATT
** ** * * * * * * * * * *
11916 -TTAAGTTTATGA-TATCTT---CTTA--A-G-CTTGAAATGATT--TATAA---ATGAAT-AAT
66 GACAAG-GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATCATTGAAT
* * * * * *
11966 TATCAT--TTTT-ATCACA-TTTATCATCAATATTATGATATATAATGCATTGATAATCCTTTAA
130 AATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAA
12027 ATG---AT---T---AAAAT---T-GAAAGCTTTGTT-
195 ATGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
* * * * * * *
12051 TTCCATGGTTAAAGCCTATCATAATTGGACGTCTACATTGCG-AAACTTGAAATGGATGCTATCC
1 TT-CTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTG-GAAAACGTG-AATGGATGCTACCC
* * ** * * *
12115 TTTGA-AAGAGAAAGAGCATTTTATGTTTATCATGCCTTTGAAAGTTTGAAATGATTTATCAATG
63 ATTGACAAG-GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATCATTG
* * * ** * *
12179 AATAATTATCATTTTGGTAACATTTTACCATCAACATTACCATATATAATTCATTTTTAATTCTA
127 AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTA
* ** * * *
12244 TAACTGATTATAAAT--TGAAATTAATCA-AGAGCTTAGTTG
192 TAAATGATTATAAATCAAAAAATGAAT-AGAAAGCTTTGTTG
* * * * * ** * * *
12283 TTCTTGATTAAAGCTTATCAAAATTGGATGTTTACATTGGGTAACATGAAGTGAATACTACCCAT
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAA-TGGATGCTACCCAT
* ** * * **
12348 TGACAAGGAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTGGAAA-CTTAAAATGATTTATCAACGAAT
65 TGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATCATTGAAT
* * * * * * *
12412 AATTATCATTTTGATCACACTTTATGAACAATATTAGGACATATAACTCATTTCA-AATCCTATA
130 AATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT-ATAATCCTATA
* * * *
12476 AATAATTATAAA--ATGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTG
194 AATGATTATAAATCA-AAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
* * * * * *
12514 TTCTTGGTTAAAGGCTATCATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACATGAA-AGA-GC-A--C-TT
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAATGGATGCTACCCATT
* *** * * * * * *
12573 --TAA--ATTTATCA---T--GCCTT-TCAATG-CTTCAAATGATT--TATCAA-TGA--A-T-A
66 GACAAGGAAAGAGCATTTTAAG-TTTATC-ATGCCTTCAAAAGCTTGAAAT-AATTTATCATTGA
* * * * *
12620 ATTATCAT---TTTGA-AAAATTTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATTCTT
128 ATAATTATCATTTTGATAACA-TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTA
* * **
12681 TAAATGATTGTAAAT----AAATCAA-A-AGTG-TTT-TTG
192 TAAATGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
* * * * *
12714 TTCATGGTTAAAGCCTATAATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAACATGATATGGATGCTATCCAT
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGA-ATGGATGCTACCCAT
* * * * **
12779 TAACAAGGAAAGACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAAGT-ATTTATGAAAGAA
65 TGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAA-TAATTTATCATTGAA
* * * * * *
12843 CAATTATTATTTTGATAATAATTTATCATCAATATTACGATATATAATTCATTTACAATCCTATA
129 TAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATA
* * *
12908 AATGATTATAAATC-AAAAATAAATTGAAAGCTTTATTG
194 AATGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
** * * *
12946 TTCTTCATTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAATGTGAA
1 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAA
12996 AAAGGATTCT
Statistics
Matches: 2268, Mismatches: 525, Indels: 373
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
185 1 0.00
186 4 0.00
188 1 0.00
189 1 0.00
192 2 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (232 bp):
TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAATGGATGCTACCCATT
GACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATCATTGAATA
ATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAA
TGATTATAAATCAAAAAATGAATAGAAAGCTTTGTTG
Found at i:11812 original size:220 final size:220
Alignment explanation
Indices: 11401--11826 Score: 486
Period size: 220 Copynumber: 1.9 Consensus size: 220
11391 AATCAAAAAT
* * * * * *
11401 AAATTGAAAGCTTTGTTGCTCTGGGTGAAAGCCTATCATAGTTTGATGTTTGCATTGGGAAATGT
1 AAATCGAAAGCTTTGTTGCTCTGGATGAAAGCCTATCATAGATTGATGTTTGCATTGGAAAACGA
* * ** *
11466 GAAGTGAATGCTATCCATTGATAAAGAAAGAGCATTTAAGTTTCTCGTGCCTTCTGAAGCTTGAA
66 GAAGTGAATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTAGAA
** * * * * *
11531 ATGGTTTACCAATGTGAACTTATCATTTTGATAACATTTTATTATTAATCTTACGATATATAATT
131 ATGACTTACCAATGTGAACTTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTACAATATATAATA
*
11596 CATTTATATTCCTTTAACTAATTAA
196 CATTTAAATTCCTTTAACTAATTAA
* * *
11621 AAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGAT-AAAGCCTATTATA-ATTGAATG-TTGCATTGTAAAAC
1 AAATCGAAAGCTTTGTTGCTC-TGGATGAAAGCCTATCATAGATTG-ATGTTTGCATTGGAAAAC
*** *
11683 GAGAAGTGAATGCTATTTGTTGACAAAGAAAGATCATTTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTA
64 GAGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCA-TTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTA
* * * *
11748 GAAATGACTTATCAATGAAT-AA-TTATCATTTTGATCATATTTTATCCA-CAATATTATAATAT
128 GAAATGACTTACCAATG--TGAACTTATCATTTTGATAACATTTTAT-CATCAATATTACAATAT
11810 ATAATACATTTAAATTC
190 ATAATACATTTAAATTC
11827 TATAAATGAT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 30, Indels: 12
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
219 44 0.26
220 118 0.69
221 7 0.04
222 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (220 bp):
AAATCGAAAGCTTTGTTGCTCTGGATGAAAGCCTATCATAGATTGATGTTTGCATTGGAAAACGA
GAAGTGAATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTAGAA
ATGACTTACCAATGTGAACTTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTACAATATATAATA
CATTTAAATTCCTTTAACTAATTAA
Found at i:11895 original size:220 final size:219
Alignment explanation
Indices: 11428--11902 Score: 483
Period size: 220 Copynumber: 2.2 Consensus size: 219
11418 GCTCTGGGTG
* * * * * *
11428 AAAGCCTATCATAGTTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGAATGCTATCCATTGATAAAGA
1 AAAGCCTATCATA-ATTGATATTTGCATTGGAAAACGAGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAAGA
* ** * **
11493 AAGAGCATTTAAGTTTCTCGTGCCTTCTGAAGCTTGAAATGGTTTACCAATGTGAACTTATCATT
65 AAGAGCATTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTAGAAATGACTTACCAATGTGAACTTATCATT
* * * * * * * *
11558 TTGATAACATTTTATTATTAATCTTACGATATATAATTCATTTATATTCCTTTAACTAATTAAAA
130 TTGATAACATTTTATCATCAATATTACAATATATAATACATTTAAATTCCTATAAATAATTAAAA
* * * * **
11623 ATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGAT
195 ATCAAAAACTATATTGTTCTCAGAT
* * ***
11648 AAAGCCTATTATAATTGA-ATGTTGCATTGTAAAACGAGAAGTGAATGCTATTTGTTGACAAAGA
1 AAAGCCTATCATAATTGATAT-TTGCATTGGAAAACGAGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAAGA
* *
11712 AAGATCATTTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTAGAAATGACTTATCAATGAAT-AA-TTATC
65 AAGAGCA-TTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTAGAAATGACTTACCAATG--TGAACTTATC
* * * *
11775 ATTTTGATCATATTTTATCCA-CAATATTATAATATATAATACATTTAAATT-CTATAAATGATT
127 ATTTTGATAACATTTTAT-CATCAATATTACAATATATAATACATTTAAATTCCTATAAATAATT
* *
11838 ATAAATCAAAAACTATATTGTTCTCAGTT
191 AAAAATCAAAAACTATATTGTTCTCAGAT
* *
11867 AAAGGCTATCATAATTGGATATTTGCATTGGGAAAC
1 AAAGCCTATCATAATT-GATATTTGCATTGGAAAAC
11903 ACAAAAGAGC
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 43, Indels: 14
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
218 1 0.00
219 89 0.43
220 109 0.53
221 5 0.02
222 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (219 bp):
AAAGCCTATCATAATTGATATTTGCATTGGAAAACGAGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAAGAA
AGAGCATTTAAGTTTCTCATGCCTTCAAAAGCTAGAAATGACTTACCAATGTGAACTTATCATTT
TGATAACATTTTATCATCAATATTACAATATATAATACATTTAAATTCCTATAAATAATTAAAAA
TCAAAAACTATATTGTTCTCAGAT
Found at i:12516 original size:231 final size:230
Alignment explanation
Indices: 12034--12564 Score: 595
Period size: 231 Copynumber: 2.3 Consensus size: 230
12024 TAAATGATTA
* * * *
12034 AAATTGAAAGCTTTGTT-TTCCATGGTTAAAGCCTATCATAATTGGACGTCTACATTGCGAAACT
1 AAATTGAAAGCTTTGTTGTT-CTTGGTTAAAG-CTATCATAATTGGATGTTTACATTGCGAAACA
* * * * * * * *
12098 TGAAATGGATGCTATCCTTTGAAAGAGAAAGAGCATTTTATGTTTATCATGCCTTTGAAAGTTTG
64 TGAAATGAATACTACCCATTGAAAGAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGGAAAGCTTA
* * * * *
12163 AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGGTAACATTTTACCATCAACATTACCATATATAA
129 AAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATAACACTTTACCAACAACATTACCACATATAA
* ** * * * *
12228 TTCATTTTTAATTCTATAACTGATTATAAATTGAAAT
194 CTCATTTCAAATCCTATAAATAATTATAAAATGAAAT
* * * * * * *
12265 TAA-TCAAGAGCTTAGTTGTTCTTGATTAAAGCTTATCAAAATTGGATGTTTACATTGGGTAACA
1 AAATTGAA-AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGC-TATCATAATTGGATGTTTACATTGCGAAACA
* *
12329 TGAAGTGAATACTACCCATTGACAAG-GAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTGGAAA-CTT
64 TGAAATGAATACTACCCATTGA-AAGAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGGAAAGCTT
* ** * **
12392 AAAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATCACACTTTATGAACAATATTAGGACATATA
128 AAAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATAACACTTTACCAACAACATTACCACATATA
12457 ACTCATTTCAAATCCTATAAATAATTATAAAATGAAAAT
193 ACTCATTTCAAATCCTATAAATAATTATAAAATG-AAAT
*
12496 AAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGGCTATCATAATTGGATGTTTACATTAG-AAAACA
1 AAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAA-GCTATCATAATTGGATGTTTACATT-GCGAAACA
12560 TGAAA
64 TGAAA
12565 GAGCACTTTA
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 47, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
230 86 0.35
231 148 0.60
232 11 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (230 bp):
AAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCTATCATAATTGGATGTTTACATTGCGAAACATG
AAATGAATACTACCCATTGAAAGAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGGAAAGCTTAAA
ATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATAACACTTTACCAACAACATTACCACATATAACT
CATTTCAAATCCTATAAATAATTATAAAATGAAAT
Found at i:12973 original size:432 final size:434
Alignment explanation
Indices: 12124--13130 Score: 1196
Period size: 432 Copynumber: 2.3 Consensus size: 434
12114 CTTTGAAAGA
* * *
12124 GAAAGAGCATTTTATGTTTATCATGCCTTTGAAAGTTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
1 GAAAGAGCA-TTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * *
12189 ATTTTGGTAACATTTTACCATCAACATTACCATATATAATTCATTTTTAATTCTATAACTGATTA
65 ATTTT-GAAACATTTTATCATCAATATTACGATATATAATTCATTTATAATTCTATAAATGATTA
* * * *
12254 TAAATTGAAATTAATCAAGAGCTTAGTTGTTCTTGATTAAAGCTTATCAAAATTGGATGTTTACA
129 TAAATTGAAATCAA-CAAGAGCTTAGTTGTTCATGATTAAAGCCTATCAAAATTAGATGTTTACA
* * **
12319 TTGGGTAACATGAAGTGAATACTACCCATTGACAAGGAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTT
193 TTGGGAAACATGAAGTGAATACTACCCATTAACAAGGAAAGACCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* * * * * * *
12384 GGAAACTTAAAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATCACACTTTATGAACAATATTAG
258 GAAAACTTAAAATGATTTATCAAAGAACAATTATCATTTTGATAACAATTTATCAACAATATTAC
* *
12449 GACATATAACTCATTTCAAATCCTATAAATAATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTG
323 GACATATAACTCATTTCAAATCCTATAAATAATTATAAAATAAAAATAAATTGAAAGCTTTATTG
** *
12514 TTCTTGGTTAAAGGCTATCATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACAT
388 TTCTTCATTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACAT
* * * *
12561 GAAAGAGCACTTTAAATTTATCATGCCTTTCAATGCTTCAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
1 GAAAGAGCA-TTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * *
12626 ATTTTGAAAAATTTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATTCTTTAAATGATTG
65 ATTTTGAAACA-TTTTATCATCAATATTACGATATATAATTCATTTATAATTCTATAAATGATTA
* * * *
12691 TAAA-T-AAATCAA-AAGTG-TT-TTTGTTCATGGTTAAAGCCTAT-AATAATTAGATGTTTGCA
129 TAAATTGAAATCAACAAGAGCTTAGTTGTTCATGATTAAAGCCTATCAA-AATTAGATGTTTACA
* * *
12750 TTGGGAAACATGATA-TGGATGCTATCCATTAACAAGGAAAGACCATTTTAAGTTTATCATGCCT
193 TTGGGAAACATGA-AGTGAATACTACCCATTAACAAGGAAAGACCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * * * *
12814 TTAAAAGCTTGAAA-GTATTTATGAAAGAACAATTATTATTTTGATAATAATTTATCATCAATAT
257 TGAAAA-CTTAAAATG-ATTTATCAAAGAACAATTATCATTTTGATAACAATTTATCAACAATAT
* * *
12878 TACGATATATAATTCATTT-ACAATCCTATAAATGATTAT-AAATCAAAAATAAATTGAAAGCTT
320 TACGACATATAACTCATTTCA-AATCCTATAAATAATTATAAAAT-AAAAATAAATTGAAAGCTT
* **
12941 TATTGTTCTTCATTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAATGT
383 TATTGTTCTTCATTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACAT
* * ** *
12993 GAAAAAGGATTCTAAGTTTATCATGCAATTGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATTCAA-AATTAT
1 GAAAGAGCATT-TAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTAAAATGATTTATCAA-TGAATAATTAT
* * **
13057 CATTTTGATTACATTTTATCATCAATATTAGGATAT-TCAATTCATTTATAACCCTATAAATGA-
64 CATTTTGA-AACATTTTATCATCAATATTACGATATAT-AATTCATTTATAATTCTATAAATGAT
13120 T-TAAATTGAAA
127 TATAAATTGAAA
13131 ATGTACTGAA
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 71, Indels: 31
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
430 6 0.01
431 101 0.21
432 247 0.51
433 9 0.02
435 6 0.01
436 5 0.01
437 112 0.23
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (434 bp):
GAAAGAGCATTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
TTTTGAAACATTTTATCATCAATATTACGATATATAATTCATTTATAATTCTATAAATGATTATA
AATTGAAATCAACAAGAGCTTAGTTGTTCATGATTAAAGCCTATCAAAATTAGATGTTTACATTG
GGAAACATGAAGTGAATACTACCCATTAACAAGGAAAGACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAA
AACTTAAAATGATTTATCAAAGAACAATTATCATTTTGATAACAATTTATCAACAATATTACGAC
ATATAACTCATTTCAAATCCTATAAATAATTATAAAATAAAAATAAATTGAAAGCTTTATTGTTC
TTCATTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTACATTAGAAAACAT
Found at i:13508 original size:231 final size:230
Alignment explanation
Indices: 13215--13785 Score: 607
Period size: 231 Copynumber: 2.5 Consensus size: 230
13205 CGCAATCCGA
* * * *
13215 TGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTGTCATGCCTTTGAAAGTTTTAAATGATTTATCAATGAAT
1 TGACAAAGAAAGAG-ATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATGAAT
********** * * *
13280 AATTATCANNNNNNNNNNATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTTATAAAACTT-T
65 AATTATCATTTCAATAACATATTATCATCAATATTATGATATAT-ATACATTTTAT-AAACTTAA
* * * *
13343 AAAT-AATA-TAAGTCAAAAATAAATCAAAAGCTTTCTTGTTCTTCTTTAAAGCCTATTATAATT
128 AAATGAATAGAAAGTCAAAAA-AAATCAAAAGCTTTCTTGTTCTTCGTTAAAGCATATGATAA-T
* *
13406 GGATGTTTGCATT-GGAAA-ATGTAAAGTCGATGTTATCCA-T
191 GGATGTTTACATTAGGAAACATG--AAGTCGATGCTAT-CAGT
* * *
13446 TGACAACGAAAGAGAATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATAATTTATCAATGAAT
1 TGACAAAGAAAGAG-ATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATGAAT
*
13511 AATTATCATTTCAATAACATATTATCATCAATATTATGATATATATACATTTTATAATCTTAAAA
65 AATTATCATTTCAATAACATATTATCATCAATATTATGATATATATACATTTTATAAACTTAAAA
* * * * ** * *
13576 ATGATTAGAAATTGAAACAAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCATATGATAATGGAT
130 ATGAATAGAAAGTCAAAAAAAATCAAAAGCTTTCTTGTTCTTCGTTAAAGCATATGATAATGGAT
* *
13641 GTTTACATTATGAAACATGAAGTGGATGCTATCAGT
195 GTTTACATTAGGAAACATGAAGTCGATGCTATCAGT
*
13677 TGAAAAAGAAAGAGATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATGAATA
1 TGACAAAGAAAGAGATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATGAATA
** ** * * *
13742 ATTATTGTTTTGATAACATTTTATCATCCATATTATAATATATA
66 ATTATCATTTCAATAACATATTATCATCAATATTATGATATATA
13786 ATTCATTTAT
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 48, Indels: 15
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
230 97 0.34
231 137 0.48
232 41 0.14
233 10 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (230 bp):
TGACAAAGAAAGAGATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATGAATA
ATTATCATTTCAATAACATATTATCATCAATATTATGATATATATACATTTTATAAACTTAAAAA
TGAATAGAAAGTCAAAAAAAATCAAAAGCTTTCTTGTTCTTCGTTAAAGCATATGATAATGGATG
TTTACATTAGGAAACATGAAGTCGATGCTATCAGT
Found at i:13987 original size:473 final size:475
Alignment explanation
Indices: 13394--14290 Score: 1100
Period size: 473 Copynumber: 1.9 Consensus size: 475
13384 TTCTTTAAAG
* * * * *
13394 CCTATTATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTAAAGTCGATGTTATCCATTGACAACGAAAGA
1 CCTATTAGAAATGGATATTTGCATTGGAAAACGTAAAGTCGATGCTATCCATTGACAACGAAAGA
*
13459 GAATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATAATTTATCAATGAATAATTA-TCATTTC
66 GAATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATAATTTATCAACGAATAATTACT-ATTTC
* * * * *
13523 AATAACATATT-ATCATCAATATTATGATATATATAC-ATTTTATAATCTTAAAAATGATTAGAA
130 AATAACAT-TTCACCATCAAAATAATGATATATA-ACAAATTTATAATCCTAAAAATGATTAGAA
* * *
13586 ATTGAAACA-AAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCATATGA-TAATGGATGTTTACA-
193 ATTGAAA-ATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAGCATATAATTAATGGATGTTTACAT
* * *
13648 TTATGAAACATGAAGTGGATGCTAT-CAGTTGA-AA-AAGAAAGAGATTTTAAGTTTATCATGCC
257 TTA-GAAACATGAAATGGATGCTATCCA-TTGACAAGAACAAAGAG-TTTTAAG-TTATAATG-C
* * * * * *
13710 TT-CGAAAGCTTAAAATGATTTATCAATGAATAATTATTGT-TTTGATAACATTTTATCATCCAT
317 TTGCAAAAGCTTAAAATGATTTATCAACGAATAATTATTATCTATGAAAACATTTTATCATCAAT
*
13773 ATTATA-ATATATAATTCATTTATAGTACTATAAATGATTATAAGTAAAAAAATAACTTGAAAAT
382 ATTA-AGATATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATAAGTAAAAAAATAACTTGAAAAT
13837 AAATGAAAACCTTTGTTGTTCATGGTTATT
446 AAATGAAAACCTTTGTTGTTCATGGTTATT
* * * * * *
13867 CCTATTAGAAATGGATATTTGCATTGGGAAACGTCAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAATGA
1 CCTATTAGAAATGGATATTTGCATTGGAAAACGTAAAGTCGATGCTATCCATTGACAACGAAAGA
* * * * *
13932 GCATTTTAAGTTTGTCATGCCTTTGAATGCTTGAAA-AGATTTATCAACGAATAATTACTATTTT
66 GAATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATA-ATTTATCAACGAATAATTACTATTTC
* * * ** * **
13996 GATAAGATTTCACCATCAAAATAATGATATGTAACAAATTTATAATCCTGTAAATTATTATTAAT
130 AATAACATTTCACCATCAAAATAATGATATATAACAAATTTATAATCCTAAAAATGATTAGAAAT
** * * * *
14061 TGAAAATAAATAGAAATTTTTGTTGTTCTTAGTTGAAGCCTATAATTATTGGATGTTTGCATTTA
195 TGAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAGCATATAATTAATGGATGTTTACATTTA
** * *
14126 GAAATGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGAACAAAGTGTTTTAAGTTATAATGGTTGCAAAA
260 GAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGAACAAAGAGTTTTAAGTTATAATGCTTGCAAAA
* *
14191 GCTTGAAATGATTTATCAACGAATAATTATTATCTATGAAAACATTTTATCATTAATATTAAGAT
325 GCTTAAAATGATTTATCAACGAATAATTATTATCTATGAAAACATTTTATCATCAATATTAAGAT
*
14256 ATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAA
390 ATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATAA
14291 ATCGATAATA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 56, Indels: 24
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
472 6 0.02
473 192 0.54
474 78 0.22
475 72 0.20
476 7 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (475 bp):
CCTATTAGAAATGGATATTTGCATTGGAAAACGTAAAGTCGATGCTATCCATTGACAACGAAAGA
GAATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATAATTTATCAACGAATAATTACTATTTCA
ATAACATTTCACCATCAAAATAATGATATATAACAAATTTATAATCCTAAAAATGATTAGAAATT
GAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAGCATATAATTAATGGATGTTTACATTTAG
AAACATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGAACAAAGAGTTTTAAGTTATAATGCTTGCAAAAG
CTTAAAATGATTTATCAACGAATAATTATTATCTATGAAAACATTTTATCATCAATATTAAGATA
TATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATAAGTAAAAAAATAACTTGAAAATAAATGAAAAC
CTTTGTTGTTCATGGTTATT
Found at i:14973 original size:232 final size:232
Alignment explanation
Indices: 14318--21744 Score: 5924
Period size: 232 Copynumber: 32.0 Consensus size: 232
14308 AGTTTTGTTG
* * * * *
14318 TGCTATCCTTTGAGAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACTTTTGGAAGCTTGAAATGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * **
14383 ATCAATGAATATTTATTAGTTTT-ATAACATTTTATCATAAATATTGGGATATATAATTCATTTA
66 ATCAATGAATAATTATCA-TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * ** * *
14447 TAATCTTATAAACGATTATAAATTGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTCGTTCTTTGTTAAAGCCTA
130 TAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
* * **
14512 TTATAATTAGATGTTTAG-ATTGGGAAATGTGAAGTGGA
195 TCATAATTGGATGTTT-GCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * *
14550 TGCTATCCATTAATAAGAAAATAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAATTG-TTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * *
14614 CATCAAATGAAAAATTGTCATTTTGATAACATTGTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
66 -ATC-AATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * * * * * **
14679 ATAATTCTACAAATGAGTATAAATCA-AAAATAAATCTAAAGCTTTCTTGTTCCTATTTAAAGCC
129 ATAATCCTATAAATGATTATAAA-CAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* * * *
14743 TATCATAATTGGATGTTTACATTGGCAAATACGAAGTGGA
193 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * * *
14783 TGCTATCTATTGATAAGGAAAGAGCATTTTGAGTTTATGAAGCCTTTGAATG-GTGAAAATGATT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTG-AAATGATT
* * * * *
14847 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATCTTATAATCAATATTATGAAATAAAATTCATTTA
65 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
** * ** * *
14912 TAATCCTATAGCTGGTTATAAACAGAAAATAAATCAAAATTTTTGTGGTTCTTGGTTAAAGCTTA
130 TAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
** *
14977 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTCAAGTGGA
195 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * *
15015 TGCAATCCATTTAAAACGTGAAATGGATGCTATCTATTGACAAGAAAAAGGCATTTTCAGCTTAT
1 TGCTATCCATTGACAA-G-GAAA--GA-GC-AT-T-TT---------AA-G---TTT-A--TC--
* * * *
15080 CATGCTTTTCGAAAGATTGAAGTGATTTGTCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCA
40 -ATGCCTTT-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCA
* * ** * ** * * * *
15145 TCAAGATTATGATATACAATTGTTTTATAATCCTATGAATGGCTATAAATAAAAAATATATCGAA
103 TCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAA
* * ** * * * *
15210 AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCTTATCATAGTAAGATGTTTGCATTGGAAAACATTATGTGAA
168 AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * *
15275 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTTAGTTTACCATGTCTTTAAAAGCTTGAAATGCTTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * * *
15340 ATCAATGAA-ATGTTATTATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATAATATACAAATCATTTA
66 ATCAATGAATA-ATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * *
15404 TAATCCTACAAATGATTATAAATAAAAAATAAAT-AGAAAGCTTTGTCAT-TTC-TAGCTAAAGC
130 TAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCA-AAAGCTTTGT--TGTTCTTGGTTAAAGC
* * *
15466 ATATCATAATTGGATATTTGAATTGGGAAACATGAAGTGGA
192 CTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * *
15507 TGCTACCCATTTACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAAGCCTTCGAAAGCTTGAACTGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * ** * * * * *
15572 ATCGATGAATAATTATTATTTTGATAACATTTGCTCTTCAATATTCTAATATAGAATTCATTGAT
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * *
15637 AATCCTATAAATGATTAGAAATAAAAAATAAATCCAAAATAAGTTGAAAGCTTTGTTGTTCTT-G
131 AATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAAT-C------A----AAAGCTTTGTTGTTCTTGG
* * **
15701 TATAAAGCCTATCATAAATGGATATTTGCATTGAAAAACATGAAGTGGA
185 T-TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * * *
15750 TGCTATCTATTGACAATGACAA-AGCATTTCAACTTCATCATACCTTCGAAAGCTTGAAATGATT
1 TGCTATCCATTGACAAGGA-AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATT
* * * * *
15814 TATCAATAAATATTTATCATTTGGATAACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCAATTA
65 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * * *
15879 TAATCCTATAAATGATTATAAATAAAAAATGAATCGAAAGCTTAGTTCTTCTTGGTTAAAGCCTA
130 TAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
* * * * * *
15944 TCATAATTGGATATTTACATTAGGAAACGTGAAATAGA
195 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * *
15982 TGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGAATTTTAAGTTTGTCATGCCTTTGAAATCTTTAAATGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * *
16047 ATCAATAAATAATCATCATTTCGATAACATTTTATCATCAATATTATAATATATAATTCAATTAT
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * * * * * * * *
16112 AATCCTATGAATAATTATAAATAAAAAATAAATTGAAAA-CGTTGTTGTTCTTTGCTAACGCCTT
131 AATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAA-TCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
* * * * **
16176 TCATATTTGGATGTTTCCATTGGAAAACGTGAAGTCCA
195 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * *
16214 TGCTATCCATTAACATGGAAAGAGCATCTTAAGGTTAT-ACTACCTTTGAAAGCTTGAAATAATT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCA-TGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATT
* * *
16278 TATCAATGAATAATTATTATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATAATATATAATTCAATTA
65 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * * * * * ***
16343 TAGTCTTATATATGACTGTAAATTA-AAAATAAATCCAAAGCTTTGTTCTTCCCAAG-TAAAGCC
130 TAATCCTATAAATGATTATAAA-CAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTT-CTTGGTTAAAGCC
* * * ** *
16406 TACCATAATTGGATGCTTGAATTGGGAAATGTGAAGAGGA
193 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * * * * *
16446 TGATAACGACTGAAAAAGAAAGAGCATTTGAAGTTTATCATGGCTTTGAAAACTTGAAATGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * ** *
16511 ATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACA-TTTATCATCAATATTTTGAAATAGGATTCATATAT
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* ** * * *
16575 AATCCTATAAATGACTATAAATCA-AAAA-ACAATTGAAAGTTTTTTTCTTCTTGGTTAAAGCCT
131 AATCCTATAAATGATTATAAA-CAGAAAATA-AATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* * *
16638 ATCATAATTGGATCTTTTCATTGGGAAACATGAAATGGA
194 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * *
16677 TGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTGTAAGTTTATCATG-CTTTCGAAAGATTGAAATGATT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTT-GAAAGCTTGAAATGATT
* * * * * **
16741 TATCAATTAATAATTGTCATTTTGGTAACATTTTATGATCAATATTGTGATATATATATTTTGTT
65 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATA-A-TTCATT
* * ** ** * * * *
16806 TAGAATCCTATAAATCATTATGCACCCAAAAGAAATCAAAAGCATTGCTGTTCTTTGTTAAAGCC
128 TATAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* **
16871 TATCATGATTGGATGTTTGCATTGCAAAACATGAAGTGGA
193 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * * *
16911 TGCTATCCATTGATAAAGAAAAATCATTTTAATTTTATCATGTCTTTAAAAGCTTGAAATGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * *
16976 ATCAAGGAATAACTATCATTTTGATAGA-ATTTTATGATCAATATTATGAAATATAATTCCA-TT
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATA-ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATT-CATTT
* ** * * * ** * * *
17039 ATAATCCTAGAAATGATTATAAATTGACAATAAATTGAAAA-ATTCATTGTTGTTGGTAAAAACC
129 ATAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAA-TCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* *
17103 TATCATAATTGGATGTTTGCATCGAGAAACATG-AGTGGA
193 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * *
17142 TGCTATCCTTTGACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTTA-CTTGCCTTGGAAAGCTTGAGATCATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * *
17206 ATCAATGATTAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATGTTATTCACTTAT
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * *
17271 AATCTTATAAATGA-TAGTAAATCA-AAAATAAATCAAAAGCATCGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
131 AATCCTATAAATGATTA-TAAA-CAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
*** * **
17334 ATTGCAATTGGATCTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGA
194 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * * *
17373 TACTATCCATTGACAAGGAAATAGTATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGCAACCTTGAAATAATTA
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * *** *
17438 ATCACTAAATAATTATTACTTTGATAACATTTTGGAATCAATATTATGATATATTATTCATTTAT
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * * * *
17503 AATCCTGTAAATGATAATAAATAAAAAATAAATCAAAAGCCTTGTTGTTCTTGATTAAAGCCTAT
131 AATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTAT
* *
17568 CATAATTAGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGA
196 CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * *
17605 TACTATCTATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA-CTTTGAAATGATT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGC-TTGAAATGATT
* * * * * * ** * *
17669 AATTACTAAATAATTATAACTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAACATATATAATCCTTTTA
65 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * * * * *
17734 CAATCCTATAAATGA-T-T---------ATAAATCGAGAGCTTAGCTATTTTTGATTAAAGCCTA
130 TAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
* * *
17788 -CTATAATTGAATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGA
195 TC-ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
*
17826 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * * * * *
17891 ATCAACGAATAGTTATCATTTTTATACCATCTTATTAGCAATATTATGATATATAATTCATTTAC
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * ** * * * *
17956 AATCTTATAAATGATTGTAAATC-CAAAATAAATCTTAAGCATTGTTCTTCTTTGTTAAAGGCTA
131 AATCCTATAAATGATTATAAA-CAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
*
18020 CCATAATTGGATGTTTGCA-T--------T---G-GGA
195 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * *
18045 ----A-CCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTA
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * * * *
18105 ATCAATGAATAATTATAATTTTGATTACAGTTTATCGTCAATATTATCATATATAATCCATTTAA
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * * * *
18170 AATTCTACAAATGA-T-T--AC-------AAATCGAGAA-CTTTCTTGTTTTTGATTAAAGCCTA
131 AATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATC-AAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
* ** * * *
18223 TTATAATTCAAT-TTTGCATTGGAAAACATGAATTGCA
195 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * *
18260 TGCTATCCACTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTTAAATGGTTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * *
18325 AACAATGAATAACTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATTA-TCAATTTA
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTC-ATTTA
* ** ** * * *
18389 TAATCCTTTAAATG---AT--------AATAAATTTAAAGAATAGTTGTTCTTAGTTAAAGCCAA
130 TAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
** * * *
18443 TCATAATTAAATGTTTGCATTTGGAAACATGATGTAGA
195 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
** * * * * * *
18481 TTTTATCCGTTAACAAGCAAAGAGC-TTCTTAAGTTTATTATACCTTCGAAAGCTTGAAATGATT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATT-TTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATT
* * * *
18545 TATCAGTGAATAATTATAACTTTT-ATAACATTTTATTATCAATATTATGGTATATAATTCATTT
65 TATCAATGAATAATTATCA-TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * *
18609 ATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAACAAATTGAAAATAAGTTGAAAA-CTTTTTTGTTCT
129 ATAATCCTATAAATGA-T-T--A-T--AAAC--A--GAAAATAA-ATCAAAAGCTTTGTTGTTCT
* * * * * *
18673 TGGTTAAAGACTATCATAATTGTATGTTTGCATTGGAAAATATGAAATGAA
182 TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * *
18724 T-TTGATCCATTGTCACA-GAAAGATCATTTTAAGTTTATTATGCCTTTGAAAGCTTGAAAAGAT
1 TGCT-ATCCATTGACA-AGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGAT
* * *
18787 TTATCGATGAATAATTATCATTTTGATAACA-TTTATTCATCAATATTATGACATCTAATTCATT
64 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTA-TCATCAATATTATGATATATAATTCATT
* * * *
18851 TATAATCCTATAAATGATTATAATCAATAGTAAATCCAAAAT-ATGTTGAAAACTCTGTTGTTCT
128 TATAATCCTATAAATGATTAT-A--AACAGAAAAT---AAATCA-----AAAGCTTTGTTGTTCT
* ** * * **
18915 TGCTTAAAGTTTATCATATTTGGACGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGA
182 TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * * * *
18966 TGTTATTCATTGACAAGGAAGGAGCTTTTTAAGTTTATCATGACATCGAAAGCTTGAAAAGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * *
19031 ATCAGTGAATAATTATCAGTTTGATAACATTTTATCATCATTATTATGATATACAATTCATTTAC
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * * * **
19096 AATACTAGAAATCATTATAAATCGAAAGTAAATCCAAAACATATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTAC
131 AATCCTATAAATGATTATAAA-C---AG--AA---AATA-A-ATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGG
* * * ** *
19161 TTAAAGCCTACCATTATTGGATATTTGCATT-GGAAATTGTGCAA-TCGA
185 TTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-CATG-AAGTGGA
* * * * * * *
19209 TGTTATCCAATGATAAGGAATGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCATCGAAAGCTTGAAAGGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * *
19274 ATCCATTAATAATTATCATTTTTATAATATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAC
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * * * * * **
19339 AATGCTGTGAATAATTATAAATAAAAAAAATCCAAAATGTATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTTCTT
131 AATCCTATAAATGATTAT-AA-ACAGAAAAT---AAAT-CA---AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT
** * * * ** *
19404 AAAAACTATTATAATTGGATGTTGGCATTGGGATATGTGAAGTGCA
187 AAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * *
19450 TGCTATCCATTCACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCGTTAGAAAGCTTGGAATGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * * *
19515 ATCAATGAGTAATTATAATTTTGATAACATTTGATCATCAATATTGTGATATATAATTTATTTGT
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * * ** * **
19580 AAACTTATAAACT-ATTATAAATAAAAAATAAATTGAAAGCTTAGTTGTTCTTGGTTAAAGTGTA
131 AATCCTATAAA-TGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
*
19644 TCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
195 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * * *
19682 TAG-TATTCAGTAACAA--ATAAGTAGCATTTTAAGCTTATCATGCCATT-AAGAACTTGAAAAG
1 T-GCTATCCATTGACAAGGA-AAG-AGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAA-AGCTTGAAATG
* * * *
19743 ATTTATCAATGGATAATTATCTTTTTAATAACATTTTATCATCAATATTATGATAAATAATTCAT
62 ATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAT
* * ** ** * * * * *
19808 TTCTAATCCTAAAAATGATTATAAATTGAAAATAAATTGAAAGCTTTCTTATTTTTGTTTAAAGT
127 TTATAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGC
* * * *
19873 CTATCATAATTGGCTGTTTGCATTGAGAAACCTAAAGTGGA
192 CTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * *
19914 T-CTATCTATTGTCAAAGAAA-ATGCATTTTAAGTTTATCATGCC-TTCACATGATTGAAATGAT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGA-GCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGA-AAGCTTGAAATGAT
* * * * *
19976 TTCTCAATGACTAGTTATCATTTTGATAACATTTTGTCAACAATATTATGATATATAATTCATTT
64 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * ** * * * * *
20041 GTAATCCTATAAATGATTAAAAATTGAACATAAATCCAAAGCTTTGCTGTTCTTAGTTAAAGTCT
129 ATAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* ** * *
20106 ATAATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTCGC
194 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * ** *
20145 TGCTATCTATTGACAAAGAAAGAGCATTTGAAGTTTTATCATACCTTCAAAAGCTCG-AATGATT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG-TTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATT
* * * * * *
20209 TATCAATGAATAATTATTAGTTTGATAACATTTTGTCATCAATGTTATGATATATAACTGATTTA
65 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * ** * * *
20274 TAATCAC-ATAAATGATTATAGATC-GAAAATAAGTTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTCAGGCT
130 TAATC-CTATAAATGATTATA-AACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* * * *
20337 TGTCATAATTGGATGATTGTATT-GGAAACTATAAAGT-GA
193 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC-ATGAAGTGGA
* * *
20376 TGCTATCTATTGACAAGGAAAGGGCATTTTAAGTTTATCATG-CTTTCGAAAGCTAGAAATGATT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTT-GAAAGCTTGAAATGATT
* * * ** * *
20440 TATCAATTAATAATTATCTTTTTAATGGCCTTTTATTATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
65 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * ** * * * *
20505 CAATCCGAGAAAT-AGTTGTAAAGCA-AAAATAAATCTTAAGCATTGTTATTCTTTGCTAAA-CC
130 TAATCCTATAAATGA-TTATAAA-CAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* ** * *
20567 TATGATAATTGGATGTTTGCATT-ACAAAAAGCGAAGTGGA
193 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACA-TGAAGTGGA
* * * ** * ** *
20607 TGCTATCCACTAACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCGTTTCGTCAAAAGCTTGAAAT-AGGT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGA-TT
* * ** * *
20671 TATCGATGAGTAATTAAAATTTTGATAACATTTTATCATCAATAGTATGATATAGAATTCATTTA
65 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
**
20736 TAATCCTATAAATGATTTTCAATCAACAATAAATCA-AAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTT-TT
130 TAATCCTATAAATGA---T---T-----ATAAA-CAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTT
* * * * * **
20799 GTTTAAAGCCTGTTATAATAGGATGTGTGCATTGGGAAACATGAAGTCCA
183 GGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * *
20849 TGCAATCCATTGTCAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTAATCATGCTTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * * *
20914 ATCACTGAATAATTATAATTTTGATAAAATTTTATCATAAATATTATGGTATATATTTCATTTAT
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * ** ** * * *
20979 -ATCCTTATTAGTGATTATAAACCA-AAAGTAAATTGAATCCTTTATTGTTCTTGGTCAAAGCAT
131 AATCC-TATAAATGATTATAAA-CAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* * * **
21042 ATCTTAATTGGATGTTTGCAATGGGAAACATGGAGCCGA
194 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * *
21081 TACTATCCATTTG-TAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATTATG-CTTTGAAAAGCTTGAAATGGT
1 TGCTATCCA-TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTG-AAAGCTTGAAATGAT
* * * *
21144 TTATCAATGAATAATTTTTATTTTGATAGCATTTTATCATCAATATTATCATATATAATTCATTT
64 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
** * * * *
21209 ATAATCCTAT-AATAGA--AT-------AAAT--ATTGAAAGCTTTGCTCTTCTTAGTTAAAGCA
129 ATAATCCTATAAAT-GATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* * *
21262 TATCATAATTGGATATTTGCATTAGGAAACATGAAGTAGA
193 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
** * * *
21302 TGCTATAAATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATGACGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * ** *
21367 ATCAATGAATAATTATAATTTGGATAACATTTTATTATCAATATTATGGCATATATTTCATTTAT
66 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * ** * * * * *
21432 ATTCCTATTAAGGATTATAAATTGAAAGCT-AAT-ACAATGCTTTGCTGTTTTTGATTAAAGCCT
131 AATCCTATAAATGATTATAAACAGAAA-ATAAATCA-AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* * *
21495 ATTATAATAGGATATTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
194 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * *
21534 TGCTATCCATTGACAAGGAGAGAGTATATTAAGCTTATCATACCTTTGAAATG-TTGAAATAATT
1 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAA-GCTTGAAATGATT
* * * * *
21598 TAACAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTGTCATTAATATTCTAATATATAATTCATTTA
65 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * *
21663 TAAT-C--T-AAT-A--A-ATA-A-AAAATAAATAAAAAGCTTTGTTGATATTTGTTAAAGCCTA
130 TAATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
21718 TCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAC
195 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC
21745 TTCAATCAAG
Statistics
Matches: 5763, Mismatches: 1168, Indels: 539
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
202 6 0.00
203 32 0.01
204 2 0.00
209 1 0.00
210 1 0.00
211 1 0.00
212 1 0.00
213 1 0.00
214 117 0.02
215 3 0.00
219 8 0.00
220 154 0.03
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224 2 0.00
225 1 0.00
227 1 0.00
228 3 0.00
229 16 0.00
230 201 0.03
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233 239 0.04
234 194 0.03
235 12 0.00
236 10 0.00
237 9 0.00
238 7 0.00
239 21 0.00
240 7 0.00
241 186 0.03
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243 540 0.09
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245 3 0.00
246 1 0.00
247 2 0.00
248 2 0.00
249 1 0.00
250 1 0.00
252 2 0.00
253 4 0.00
254 3 0.00
255 2 0.00
256 3 0.00
258 4 0.00
259 7 0.00
260 163 0.03
261 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (232 bp):
TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
AATCCTATAAATGATTATAAACAGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTAT
CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
Found at i:15422 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15382--15424 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
15372 TATCATCAAT
15382 ATTATAATATACAAATC
1 ATTATAATATACAAATC
* *
15399 ATTTATAATCCTACAAATG
1 A-TTATAAT-ATACAAATC
15418 ATTATAA
1 ATTATAA
15425 ATAAAAAATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.05
18 13 0.59
19 8 0.36
ACGTcount: A:0.49, C:0.12, G:0.02, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
ATTATAATATACAAATC
Found at i:17885 original size:221 final size:221
Alignment explanation
Indices: 17530--18637 Score: 1022
Period size: 221 Copynumber: 5.0 Consensus size: 221
17520 TAAATAAAAA
* *
17530 ATAAATCAAAAGCCTT-G-TTGTTCTTGATTAAAGCCTA-TCATAATT-AGATGTTTGCATTGAG
1 ATAAATCGAAAG-CTTAGCTTGTTTTTGATTAAAGCCTACT-ATAATTGA-ATGTTTGCATTGA-
* * *
17591 AAACATGAAGTGGATACTATCTATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA
62 AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAA
* * * * **
17656 -CTTTGAAATGATTAATTACTAAATAATTATAACTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAACAT
127 GC-TTGAAATGATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAT
*
17720 ATATAATCCTTTTACAATCCTATAAATGATT
191 ATATAATCCATTTACAATCCTATAAATGATT
* *
17751 ATAAATCGAGAGCTTAGC-TATTTTTGATTAAAGCCTACTATAATTGAATGTTTGCATTAGAAAA
1 ATAAATCGAAAGCTTAGCTTGTTTTTGATTAAAGCCTACTATAATTGAATGTTTGCATT-GAAAA
*
17815 CATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGAAAGCT
65 CATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCT
* * * * * * * * *
17880 TGAAATGATTTATCAACGAATAGTTATCATTTTTATACCATCTTATTAGCAATATTATGATATAT
130 TGAAATGATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATAT
* *
17945 AATTCATTTACAATCTTATAAATGATT
195 AATCCATTTACAATCCTATAAATGATT
* * * * * *
17972 GTAAATCCAAAATAAATCTTAAGCATTGTTCTTCTTTG-TTAAAGGCTACCATAATTGGATGTTT
1 ATAAAT-C----GAAAGCTT-AGC-TTG---TT-TTTGATTAAAGCCTACTATAATTGAATGTTT
*
18036 GCA-T-------T---G-GGA----A-CCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
55 GCATTGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * *
18084 TTTAAAAGCTTGAAATGATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATTACAGTTTATCGTCAATAT
120 TTTGAAAGCTTGAAATGATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
* * * *
18149 TATCATATATAATCCATTTAAAATTCTACAAATGATT
185 TATGATATATAATCCATTTACAATCCTATAAATGATT
* * * *
18186 ACAAATCGAGAA-CTT-TCTTGTTTTTGATTAAAGCCTATTATAATTCAAT-TTTGCATTGGAAA
1 ATAAATCGA-AAGCTTAGCTTGTTTTTGATTAAAGCCTACTATAATTGAATGTTTGCATT-GAAA
* * *
18248 ACATGAATTGCATGCTATCCACTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGC
64 ACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGC
* * * *
18313 TTTAAATGGTTTAA-CAATGAATAACTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
129 TTGAAAT-GATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
* * * * *
18377 ATTATCAATTTATAATCCTTTAAATGATA
193 ATAATCCATTTACAATCCTATAAATGATT
** ** * * * *
18406 ATAAATTTAAAGAATAG-TTGTTCTT-AGTTAAAGCC-AATCATAATTAAATGTTTGCATTTGGA
1 ATAAATCGAAAGCTTAGCTTGTTTTTGA-TTAAAGCCTACT-ATAATTGAATGTTTGCA-TTGAA
* * ** * * * * * *
18468 AACATGATGTAGATTTTATCCGTTAACAAGCAAAGAGC-TTCTTAAGTTTATTATACCTTCGAAA
63 AACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATT-TTAAGTTTATCATGCCTTTGAAA
* * * *
18532 GCTTGAAATGATTTATCAGTGAATAATTATAACTTTT-ATAACATTTTATTATCAATATTATGGT
127 GCTTGAAATGATTAATCAATGAATAATTATAA-TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAT
* *
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*
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ATCCATTTACAATCCTATAAATGATT
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* * * * * * ** * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * *
21670 ATAAATA-AA-AAATAAATAAAAAGCTTTGTTG
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* * * *
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TTCTTTGTTAAAGCATATCATAATTGGATATTTGCATTGGGAAACATGAAGTAGATGCTATCAAT
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AATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATCATATATTTCATTTATAATCCTATAATA
GAATAAATATTGAAAGCTTTGCTC
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* *
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*
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TCATTAATAATCTAATAAATAAT
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21798 TTCCACCAAG
* * *
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*
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21878 C
1 C
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* * *
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** *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* ** *
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* * * * * * * *
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1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * ** * * * * *
31667 ATATATAATTCATTTCTAATCATATAAATGATTTTAAAGCGAAAATAAGTAGAAAGCTTTATTCT
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTGT
* * * * * * **
31732 TCTCGCTTAAAGCTTATCATAATTGGATGATTGCATTG-GAAAACATGAAATAGACACTATCCAT
131 TCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACATGAAGTGGATGCTATCCAT
* * *
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* * * *
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* ** * *
31897 GATATATATTTCATAAATAATCATATAAATGATTATAAATCGACAAAATAGATTGAACATAAATC
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* * * * * * * * ** *
31962 AAAAGCTTTGTTCTTCATGGTTAAATCCTATAATAATTAGATATTTGTGTT-AGGAAACGTGAAG
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** * * *
32026 TGGATGCTATCTGTTGACAAAGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTC-
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * *
32270 ATTGACAAGGAAAGAGCATTGTAAGGTTATCATG-CTTCA
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* * * * *
32309 AAAACTTGAAATGATTTATTAATGAATAATTATTATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTACG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * **
32374 ATATATAATTGATTTATAATCCTGTAAATAACGA-AAAATTGAAAATAAATTAAGAATAAGTTGC
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAA-TGAAAATAAATT--G-A-AAG-T--
* *
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* * * *
32502 GATGCTACCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTTG
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* * * *
32552 AAAGCTTGAAATGATTTTTCAATGAATAATTATAATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTACG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * ** * **
32617 TTATATAATTCATTTATAATCATATAAATGGTTATAAATCCAAAAAAAAAAATTGAAAGCATTGT
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA---ATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGT
* * * ** * *
32682 TATTCTTTGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGTTTTGCA-AAACACG-AGTGGTTGCTATC
128 TGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-AGAAACATGAAGTGGATGCTATC
* * *
32745 CACTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGATTATCATGACC-TCG
192 CATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CCTTCG
* * * * * *
32786 AAAGTTTGAAATG-CTTAGTCAATTAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTGT
1 AAAGCTTGAAATGATTTA-TCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* * ** **
32850 GATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGAGTATAAAATGAAAATAAATCAAAAGTTTTCATG
65 GATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTG
* * * * * *
32915 TTCTTGGCTAAAGCTTGTCATAATCGGATGTTTTCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCAT
130 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT
** * * * * *
32980 TGACAACAAAAAAGGATTTTAAGTTTAGCTTGCCTTCA
195 TGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* ** * *
33018 AAAGCTTGAAATGATTAATGTATGAATAATTATAATTTTAATAACATTTTATCATCAATATTATC
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * *
33083 ATATATAATTCATTTACAGTCTTATAAATGACTAT-AAATCGAAAGCT---TTG---CTTTT-TT
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAAT-GAAA-ATAAATTGAAAGTTTTGTT
* ** * *
33140 -TT-TTTGTTAAAGCAAATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGACA-TGGATGATATCC
129 GTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGA-AGTGGATGCTATCC
* ** * *
33202 ATTGAGAAAAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCATTCA
193 ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* *
33242 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * *
33307 ATATATAATTTATTTGTAATCATCTAAATGATTATAAATTGGAAATGAATCAAAAAAAGTTGCAA
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT--A----AAATG-A--AAATAAA-TTGAAA
* * *
33372 GATTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGAT
121 GTTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGAT
* * * * * * * *
33437 GCTACCCATTGACAAAGAAAGAGTATTTTAAGTTTGTGATACGTTTG
186 GCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * * *
33484 AAAGCTTGAAATGATTTTTCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * ** *
33549 -TAATATAATCCATTTACAATCCTTTAAATGATTAT--AAT-----T-CA---AAAGCATTGTTA
66 AT-ATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTG
* * * * * * *
33602 TTCTTTGTTAAATCTTATCATAATTCGATGTTTGTATTGCA-AAACGTGAAGCGGATGCT-TCCA
130 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-AGAAACATGAAGTGGATGCTATCCA
* * * *
33665 CTAACAACGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTCG
194 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * * * * ** *
33704 AATGCTTGAAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATTACATGTTATCATTGATATTGTG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * **
33769 ATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTATGAAGTGAAAATAAATTGAAAGCTTTCTCAT
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTGT
* *
33834 TCTTGGCTGAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACAT-ATAGTGGATGCTATCCAT
131 TCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGA-AGTGGATGCTATCCAT
* * *
33898 TGACAAGGAAAGAGTATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCA
195 TGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* ** * *
33936 AAAGGTTGAAATG-TTTAATGTATGAATAATTATAATTTTTATAACATTTTATCACCAATATTAT
1 AAAGCTTGAAATGATTT-ATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* * * * * *
34000 CATATATAATTCATTTACAATCTTATAAGTGATTAT-AAATCGAAAGCT---TT----G-TTTAT
65 GATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAAT-GAAA-ATAAATTGAAAGTTTTGT
* * ** * * *
34056 T-TT-TTGGTTAAAGCTTACCATAATTGGATGTTTGTGTCGAGAAACATGAAGAGGATGCTATCG
128 TGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCC
**
34119 ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTA
193 ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * ** * *
34159 AAAGCTGGAAATGATTTCTCAATGAATAATTATAATTTCCATAACATGTTACCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * * ** *
34224 TTCTATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATTCAAAATAAATCGAAAGCATTATTGT
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTGT
* * * * * * **
34289 TCTTTGTTAAAACCTATCATAGTTGGATGTTTGCATTGTGAAACGTGAAGTGGATTCTATCCGCT
131 TCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATT
* * * * *
34354 GACGAGGAAA-ACGCATTTCAAATATATCATGTCTTCG
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* ** * * *
34391 -ATGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAAGATTTTATCATCAATACTGTG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* ** * ***
34455 ATATATAATTCACTTATAATCCTATAAATGATTATAAAACAAAAATAAATTGAAAGCTTTGCCCT
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTGT
* * *
34520 TCTTGGTTAAAGCCTATTATAATTAGATGTTTGCATTG-GCAAACTTGAAGTGGATGAC-ATCCA
131 TCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACATGAAGTGGATG-CTATCCA
* * * * *
34583 TTGACAAGGAAAGGGCATTCTAAGTTT-TGCCTACCTGCG
194 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTAT-CATGCCTTCG
* ** * *
34622 ACAGCTTGAAATG-TTTGATGTATGAATAATTATAATTTTGATAACCTTTTATCATCAACATTAT
1 AAAGCTTGAAATGATTT-ATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* * *
34686 CATTTATAATTCATTTAAAATCCTAT-AA--ATTAT----T----ATAAATTGAAAGTTTTGTTG
65 GATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTG
* * * * * * *
34740 TT-TTCAGTTAAA-CACAATCATAATTGGATGTTTACGTTG-GAAATCGTGTAGTAGATGCTATC
130 TTCTT-GGTTAAAGC-CTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA-CATGAAGTGGATGCTATC
*
34802 CATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCG
192 CATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* *
34843 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGATTAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
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* * * * ***
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66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTGT
* * * *
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* * * *
35037 TGGCAAGGAATGAGCATTTTCAA-TTTATCACGCCTTCA
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* ** *
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* * * * * * * *
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66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA-A-AAT-G-AAAATAAA-TTGAAAGTTTT
* *** * * *
35205 ATTGTTCTTGGTTAAAAAATGA-CATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAATATGAACTGGATGCCA
126 GTTGTTCTTGGTTAAAGCCT-ATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTA
* * * * * *
35269 TCCATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTCACCATGCCTTTG
190 TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * * *
35312 AAGGCTTGAAATGATTTATCATTGAATAAATATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * ** *** *
35377 ATATCTAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTAT-AAATCCATACTAAATCAAAAACATTATTG
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAAT-GAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTG
* * * * * *
35441 TTCTTTGTTAAAGCTTATCATAATTGGATATTTGTATTGCA-AAACATGATGTGGATGCTACCCA
130 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-AGAAACATGAAGTGGATGCTATCCA
* * * ** *
35505 CTGATAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTATTTG
194 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * * * * *
35544 CAAGGTTGAAATGATTTATGAATGAATAATTATAATTTTGATAGCATTTTATCTTCAATATTGTG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * *
35609 ATATATAATTCATTGATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAA-TCAAATGCTTTGTTG
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAA-GTTTTGTTG
* *
35673 TTCTAGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC-TTCCG-GAAACATCATA-TGGATGCTATC
130 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT--GAGAAACATGA-AGTGGATGCTATC
* * * *
35735 CATTGACTA-GAAGAAAGCATTTGAAGTTTACCATGCCTTCG
192 CATTGACAAGGAA-AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* *
35776 AAAGCTTGAAATG-TTTAATCAATGAATAATTATAATTTTGGTAACATTTTACCATCAATATTAT
1 AAAGCTTGAAATGATTT-ATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* * ** * * *
35840 AATATATAATTCATTTACAATGGTATAAATGA-T-T---AT----AT--ATCGAAAGCTTTGTTC
65 GATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTG
* * * *
35894 TT-TGTGGTTAAAACCTATCATACTTGCATGTTGGCATTG-GAAA-ATGTGAAGTGGATGCTATC
130 TTCT-TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACA--TGAAGTGGATGCTATC
* * *
35956 CTTTGACAAGGAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGGCATT-G
192 CATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAT-GCCTTCG
** * * *
35997 AAAGCTCCAAATGCTTTATCAATGAAT-ATCTA-ACATTTTGATAACATGTTATCACCAATATTA
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT-TATA-ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
* *
36060 TGATATAAAATTCATTTATAATCCTAT--A--A--AT----TGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTT
64 TGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTT
* * * * ** *** *
36115 GTTCTTGGTT-AAGCCAATCAAAATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGCAAATGTTATCCA
129 GTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCA
*
36179 TTGACAAGCAAA-ATGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
194 TTGACAAGGAAAGA-GCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * * * * **
36218 AAAGCTT-AGAATGATTTATCAATTAAAAATTATTATTTCGATAACATTTTATTATGGATATTAT
1 AAAGCTTGA-AATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* ** ** * *
36282 GATCTATAATTCATTGCTAATCCTATAAAAAATTTCAAATCAAAAATTAATCCAAAATAAGTTGA
65 GATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA-TT---AT----AA--AAT-GAAAATAAATTGA
* * * ** * * ** *
36347 AAGCTTTGTCGTTCTTGCTTAAAGCCTATAACA-AACAGAAT-TTTGCATTGGGAAACACAAAAT
119 AAGTTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTAT--CATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGT
* * ** * ** ** * * * * ** * * ** *
36410 GGAAG-TTTGAAATGATTTA--TCAGTGCCTTATAAACCATGAAATGATTGACAACAA
182 GGATGCTATCCATTGA-CAAGGAAAGAGCATT-TTAA--GT-TTATCA-TGCCTTC-G
** ** * ** * *
36465 AAGAGCATTTTAA-G-TTTATC-ATGCCTTA-TA-AAGCTTGA-AATGA-TTTATCAATTAATAA
1 AA-AGC-TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAA-CATTTTATC-ATCAAT-A
* * * * * *
36523 TTATCATTTTGATAACCTTTTAAGTTCAATATTATGATACATAATTCATCTATAATTCTATAAAT
61 -T-T-A---TGAT-A---TATAA-TTC-AT-TTATAAT-CCT-A-T-A--AATGATTATA-AAAT
** * * * * * * * *
36588 GATTATAAATTGAAAGCTTTGTTG-CCTTTAGTTAAAGACTATCAAAATTGGACGTTTGAATTGG
106 GAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTGTTC-TTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA
** * * * **
36652 GAAATGTGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTA
170 GAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * *
36715 AAAACTTGAAATGATTAATGAATG-ATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * *
36779 ATATATAATTCATTTATAAACCTATAAACGATTAT-AAATCAAAAGT--ATT----G--TTG-T-
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAA-TAAATTGAAAGTTTTGTTG
* * * * *
36833 TT-TTGGATAAAGCTTATCATAATTGGAAGTTTGCATTGCGAAACTTGAAGTGGATGCTATCCAT
130 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT
* * * * *
36897 TTACAAGGAAAAAGCGTTTTAAGTATATCATGCCTTTG
195 TGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * * * *
36935 AAAGCTTGAAATAATTTATCAATCATTAATTATCATTTTGATAATATTTTATCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * **
37000 ATATATTAA-TCATTTATAATACTATAAATG---AT--AAT--AAAT-CA---AAAGCATTGTTG
66 ATATA-TAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTG
* * ** ** *
37053 TTCTTGGTTAAAGCCTATTATAATTGGATGGTCACATT-AGGAAATGTGAAGTGAATGCTATCCA
130 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACATGAAGTGGATGCTATCCA
* *
37117 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCTTTCA
194 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
*
37156 AAAGCTT-AGAATGATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
1 AAAGCTTGA-AATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* * * * * *
37220 --CATAT-CTCCATTTAAAATCATAT-AA--ATTAT----T----ATAAATTGAAGGCTTTT-TT
65 GATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAG-TTTTGTT
* * *
37270 GTTTTTGGTTAAAGCCTAGT-ATAATTGGATGTTTCCATTTG-GAAACCTGAAGTGGATGCTATC
129 GTTCTTGGTTAAAGCCTA-TCATAATTGGATGTTTGCA-TTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATC
* * *
37333 CAATGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATCCCTTTG
192 CATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * * * * *
37374 AAAGATTTAAATGATTTAACAATGAATAATTATCA-TTTGATAACAATTTATCTTCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * *
37438 ATATGTTATTAATTTATAATCCTACAAAT
66 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAAT
37467 TGTAACACCC
Statistics
Matches: 4608, Mismatches: 957, Indels: 598
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
214 3 0.00
215 5 0.00
216 3 0.00
217 33 0.01
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219 15 0.00
220 260 0.06
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230 25 0.01
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Consensus pattern (232 bp):
AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAATGAAAATAAATTGAAAGTTTTGTTGT
TCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATT
GACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
Found at i:33919 original size:918 final size:916
Alignment explanation
Indices: 31375--37466 Score: 4362
Period size: 918 Copynumber: 6.6 Consensus size: 916
31365 AAGAGCATTT
* * * * * * *
31375 AAAGCTTGAGATGATTTGTCAATAAATAATTATCATTTTCATAGTAC-T-TTATCATTAATTTTG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATA--ACATGTTATCATCAATATTA
* * ** * *
31438 TTATATATAATTCATTTATAATCCTAGAAATGATTACAAATCT-AAAATATATC---AAAA--T-
64 TGATATATAATTCATTTATAATCATCTAAATGATTATAAAT-TGAAAATAAATCAAAAAAAGTTG
* * * **
31496 ---G-TTTGTTGTTCTTGGTTAAAAAGCCTAGCATAATAGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAG
128 CAAGATTTATTGTTCTTGGTT-AAAA-CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAG
* * * ** * *
31557 TGGAAGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCA-TTTAAAGTTTATCACACCTTCAAAAGGTTGGAAT
191 TGGATGCTACCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAA-TTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAAT
* * * * * *
31621 GATTTATCAATAAATAATTATCACTTTGAT-A-A---T--CGTCACTATTATAATATATAATTCA
255 GATTTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATGATATATAATTCA
* * ** * **
31679 TTT-CTAATCATATAAATGATT-TTAAAGCGAAAATAAGTAGAAAGCTTTATTCTTCTCGCTTAA
320 TTTAC-AATCCTATAAATGATTATCAATTC--AAA-AA--ACATTG--TTATTCTT-T-G-TTAA
* * * * * * * ** *
31742 AGCTTATCATAATTGGATGATTGCATTGGAAAACATGAAATAGACACTATCCATTGACAAGGAAA
374 AGCCTATCATAATTAGATGTTTGTATTGCAAAACATGAAGTGGATGCTATCCACTGACAA-GAAA
* * * ** * *
31807 GACCATCTTAAGTTTATCATGCCTTTAAACGATTGAAATGATTTATCAATGAAT-ATTATCATTT
438 GAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTCGAA-GCTTGAAATG-TTTATCAATGAATAATTATAATTT
* * * * * *
31871 TGATAAAATTTTATTATCAATATTATGATATATATTTCA-TAAATAATCATATAAATGATTATAA
501 TGATAACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTAA-AATCCTATAAATGATTATAA
* * * * *
31935 ATCGACAAAATAGATTGAACATAAATCAAAAGCTTTGTTC-TTCATGGTTAAATCCTATAATAAT
565 AT-G----AA-A-A-T-AA-AT---T-GAAAGCTTTG-TCATTCTTGGCTAAAGCCTATCATAAT
* * ** * * ** *
31999 TAGATATTTGTGTTAGGAAACGTGA-AGTGGATGCTATCTGTTGACAAAGAAAAAGCATTTTAAG
615 TGGATGTTTGCATT-GGAAACATCATAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAG
* * *
32063 TTTATCATGTCTTCATAAA-CTTGAAATGATCT-ATCAATGAATAATTTTCAA-TTTGATAACAT
679 TTTAGCATGCCTTCA-AAAGCTTGAAATGAT-TAATCAATGAATAATTAT-AATTTTGATAACAT
* * * * * *
32125 TTTATCATTAATATTATGATATATAATTGATTTATAATCCTATGAATGATTATAAATTGAAAATA
741 TTTATCATCAATATTATCATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATCG--AA-A
* * * * ** *
32190 ACTTGAAAGTTTTGTTGTTCTTGGTTAAGGCCTATCATAATTAGATAATTGCATTAGGAAACATG
803 GCTT---TGTTTT-TT-TT-TTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATG
* * *
32255 AATTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTGTAAGGTTATCATGC-TTCA
862 AAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCATTCA
* * * * *
32309 AAAACTTGAAATGATTTATTAATGAATAATTATTATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTACG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATGTTATCATCAATATTATG
* * * * ** * * *
32374 ATATATAATTGATTTATAATCCTGTAAATAACGAAAAATTGAAAATAAATTAAGAATAAGTTGCA
66 ATATATAATTCATTTATAATCATCTAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCAA-AAAAAGTTGCA
* ** * *
32439 AGATTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGA
130 AGATTTATTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* *
32504 TGCTACCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
195 TGCTACCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * *
32569 TTCAATGAATAATTATAATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTACGTTATATAATTCATTTAT
260 ATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAC
* * * *
32634 AATCATATAAATGGTTATAAATCCAAAAAAAAAAATTGAAAGCATTGTTATTCTTTGTTAAAGCC
325 AATCCTATAAATGATTATCAATTC--------AAA---AAA-CATTGTTATTCTTTGTTAAAGCC
* * *
32699 TATCATAATTAGATGTTTGTTTTGCAAAACACG-AGTGGTTGCTATCCACTGACAAGAAAAGAGC
378 TATCATAATTAGATGTTTGTATTGCAAAACATGAAGTGGATGCTATCCACTGACAAG-AAAGAGC
* * * * * * * *
32763 ATTTTAAGATTATCATGACCTCGAAAGTTTGAAATGCTTAGTCAATTAATAATTATCATTTTCAT
442 ATTTTAAGTTTATCATGTCTTCG-AAGCTTGAAATGTTTA-TCAATGAATAATTATAATTTTGAT
* *
32828 AACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGAGTATAAAATGA
505 AACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTAT-AAATGA
** * * * *
32893 AAATAAATCAAAAG-TTT-TCATGTTCTTGGCTAAAGCTTGTCATAATCGGATGTTTTCATTGAG
569 AAATAAATTGAAAGCTTTGTCA--TTCTTGGCTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-G
* * ** * *
32956 AAACGTGA-AGTGGATGCTATCCATTGACAACAAAAAAGGATTTTAAGTTTAGCTTGCCTTCAAA
631 AAACATCATAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCAAA
** *
33020 AGCTTGAAATGATTAATGTATGAATAATTATAATTTTAATAACATTTTATCATCAATATTATCAT
696 AGCTTGAAATGATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATCAT
* * * *
33085 ATATAATTCATTTACAGTCTTATAAATGACTATAAATCGAAAGCTTTGCTTTTTTTTTTTGTTAA
761 ATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAGCTTTG-TTTTTTTTTTGGTTAA
** * * **
33150 AGCAAATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGACA-TGGATGATATCCATTGAGAAAAAA
825 AGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGA-AGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAA
33214 AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCATTCA
889 AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCATTCA
* *
33242 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATGTTATCATCAATATTATG
* * * *
33307 ATATATAATTTATTTGTAATCATCTAAATGATTATAAATTGGAAATGAATCAAAAAAAGTTGCAA
66 ATATATAATTCATTTATAATCATCTAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCAAAAAAAGTTGCAA
* * *
33372 GATTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGAT
131 GATTTATTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGAT
* * * * * * *
33437 GCTACCCATTGACAAAGAAAGAGTATTTTAAGTTTGTGATACGTTTGAAAGCTTGAAATGATTTT
196 GCTACCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTA
*
33502 TCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATG-TAATATAATCCATTTAC
261 TCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATGAT-ATATAATTCATTTAC
* * * * *
33566 AATCCTTTAAATGATTAT-AATTC-AAAAGCATTGTTATTCTTTGTTAAATCTTATCATAATTCG
325 AATCCTATAAATGATTATCAATTCAAAAAACATTGTTATTCTTTGTTAAAGCCTATCATAATTAG
* * *
33629 ATGTTTGTATTGCAAAACGTGAAGCGGATGCT-TCCACTAACAACGAAAGAGCATTTTAAGTTTA
390 ATGTTTGTATTGCAAAACATGAAGTGGATGCTATCCACTGACAA-GAAAGAGCATTTTAAGTTTA
* * * *
33693 TCATGTCTTCGAATGCTTGAAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATTACATGTTATCA
454 TCATGTCTTCGAA-GCTTGAAATG-TTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCA
** *
33758 TTGATATTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTATGAAGTGAAAATAAATTGAA
517 TCAATATTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTAT-AAATGAAAATAAATTGAA
* *
33823 AGCTTTCTCATTCTTGGCTGAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACAT-ATAGTGG
581 AGCTTTGTCATTCTTGGCTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACATCATAGTGG
* * * *
33887 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGTATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCAAAAGGTTGAAATGTTT
645 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATT
** * *
33952 AATGTATGAATAATTATAATTTTTATAACATTTTATCACCAATATTATCATATATAATTCATTTA
710 AATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATCATATATAATTCATTTA
* * * * *
34017 CAATCTTATAAGTGATTATAAATCGAAAGCTTTGTTTATTTTTTGGTTAAAGCTTACCATAATTG
775 CAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAGCTTTGTTTTTTTTTTGGTTAAAGCCTATCATAATTG
** * * * *
34082 GATGTTTGTGTCGAGAAACATGAAGAGGATGCTATCGATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTT
840 GATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTT
* *
34147 ATCATGCCTTTA
905 ATCATGCATTCA
* * * ** *
34159 AAAGCTGGAAATGATTTCTCAATGAATAATTATAATTTCCATAACATGTTACCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATGTTATCATCAATATTATG
* * * * * * *
34224 TTCTATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATTCAAAATAAATC---GAAA---GC--
66 ATATATAATTCATTTATAATCATCTAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCAAAAAAAGTTGCAA
* * * *
34281 -A-TTATTGTTCTTTGTTAAAACCTATCATAGTTGGATGTTTGCATTGTGAAACGTGAAGTGGAT
131 GATTTATTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGAT
* * ** * * * ** * *
34344 TCTATCCGCTGACGAGGAAA-ACGCATTTCAAATATATCATGTCTTCG-ATGCTTGAAATGATTT
196 GCTACCCATTGACAAGGAAAGA-GCATTTTAAATTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * * * * * *
34407 ATCAATGAATAATTACCATTTTGATAAGATTTTATCATCAATACTGTGATATATAATTCACTTAT
260 ATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAC
** * * *
34472 AATCCTATAAATGATTAT-AAAACAAAAATAAATTGAAAGCTTTGCCCTTCTTGGTTAAAGCCTA
325 AATCCTATAAATGATTATCAATTCAAAAA-ACATT----G--TT---ATTCTTTGTTAAAGCCTA
* * * * *
34536 TTATAATTAGATGTTTGCATTGGC-AAACTTGAAGTGGATGAC-ATCCATTGACAAGGAAAGGGC
380 TCATAATTAGATGTTTGTATT-GCAAAACATGAAGTGGATG-CTATCCACTGACAA-GAAAGAGC
* * ** * **
34599 ATTCTAAGTTT-TGCCTACCTGCGACAGCTTGAAATGTTTGATGTATGAATAATTATAATTTTGA
442 ATTTTAAGTTTAT-CATGTCTTCGA-AGCTTGAAATGTTT-ATCAATGAATAATTATAATTTTGA
* * * * *
34663 TAACCTTTTATCATCAACATTATCATTTATAATTCATTTAAAATCCTAT-AA--ATTAT---T--
504 TAACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTATAAATGA
* ** * * * * *
34720 --ATAAATTGAAAGTTTTGTTGTT-TTCAGTTAAA-CACAATCATAATTGGATGTTTACGTTGGA
569 AAATAAATTGAAAGCTTTGTCATTCTT-GGCTAAAGC-CTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA
* * * * * * *
34781 AATCGT-GTAGTAGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAA
632 AA-CATCATAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCAAA
* * * *
34845 AGCTTGAAATGATTTATCAATGATTAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAT
696 AGCTTGAAATGATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATCAT
* * * * * * *
34910 ATATTATTAATTTATAATCCTATAAATGATAATAAATTGAAA-ATAAATTGAAACCATTGTTGTT
761 ATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAGCT---TTG------TT-TTTTT
* * * * * *
34974 CTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTAGCATTGAGAAATATGAAATAGG-TGCTATCCGTT
816 TTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGT-GGATGCTATCCATT
* * * *
35038 GGCAAGGAATGAGCATTTTCAA-TTTATCACGCCTTCA
880 GACAAGGAAAGAGCATTTT-AAGTTTATCATGCATTCA
** * *
35075 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATGTTTTGTCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATGTTATCATCAATATTATG
* * **
35140 ATATATAATTCATTTATAATGCAAC-AAATGATTATATATT----ATAGAA--AAAAAAAGTTTA
66 ATATATAATTCATTTATAAT-CATCTAAATGATTATAAATTGAAAATA-AATCAAAAAAAGTTGC
* ** * * *
35198 AAGATCTATTGTTCTTGGTTAAAAAATGA-CATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAATATGAACTG
129 AAGATTTATTGTTCTTGGTTAAAACCT-ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTG
* * * * * * * *
35262 GATGCCATCCATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTCACCATGCCTTTGAAGGCTTGAAATGAT
193 GATGCTACCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGAT
* * * * *
35327 TTATCATTGAATAAATATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATCTAATTCATTT
258 TTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * * *
35392 ACAATCCTATAAATGATTATAAATCCATACTAAATCAAAAACATTATTGTTCTTTGTTAAAGCTT
323 ACAATCCTATAAATGATTATCAAT---T-C---A--AAAAACATTGTTATTCTTTGTTAAAGCCT
* * * * *
35457 ATCATAATTGGATATTTGTATTGCAAAACATGATGTGGATGCTACCCACTGATAAAGAAAGAGCA
379 ATCATAATTAGATGTTTGTATTGCAAAACATGAAGTGGATGCTATCCACTGA-CAAGAAAGAGCA
* * * *
35522 TTTTAAGTTTATCATGTATTTGCAAGGTTGAAATGATTTATGAATGAATAATTATAATTTTGATA
443 TTTTAAGTTTATCATGTCTTCG-AAGCTTGAAATG-TTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATA
* * * *
35587 GCATTTTATCTTCAATATTGTGATATATAATTCATTGATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAA
506 ACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTATAAA-TGAA
* ** * *
35652 AATAAA-TCAAATGCTTTGTTGTTCTAGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC-TTCCGGA
570 AATAAATTGAAA-GCTTTGTCATTCTTGGCTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT--GGA
* * * *
35715 AACATCATA-TGGATGCTATCCATTGACTA-GAAGAAAGCATTTGAAGTTTACCATGCCTTCGAA
632 AACATCATAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAA-AAAGCATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCAAA
* * * *
35778 AGCTTGAAATGTTTAATCAATGAATAATTATAATTTTGGTAACATTTTACCATCAATATTATAAT
696 AGCTTGAAATGATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATCAT
** * * *
35843 ATATAATTCATTTACAATGGTATAAATGATTATATATCGAAAGCTTTG--TTCTTTGTGGTTAAA
761 ATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAGCTTTGTTTTTTTTTTGGTTAAA
* * * * * ** *
35906 ACCTATCATACTTGCATGTTGGCATTGGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCTTTGACAAGGAAAG
826 GCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAG
* *
35971 AGGATTTTAAGTTTATCATGGCATT-G
891 AGCATTTTAAGTTTATCAT-GCATTCA
** * * *
35997 AAAGCTCCAAATGCTTTATCAATGAAT-ATCTAACATTTTGATAACATGTTATCACCAATATTAT
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT-TATCATTTTGATAACATGTTATCATCAATATTAT
* *
36061 GATATAAAATTCATTTATAATC--C--------TATAAATTG---A-AAAT-----AAA-TTGAA
65 GATATATAATTCATTTATAATCATCTAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCAAAAAAAGTTGCA
* * * * * * ** ***
36106 AGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAGCCAATCAAAATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGCAAA
130 AGATTTATTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * * * *
36170 TGTTATCCATTGACAAGCAAA-ATGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT-AGAATGAT
195 TGCTACCCATTGACAAGGAAAGA-GCATTTTAAATTTATCATACCTTTGAAAGCTTGA-AATGAT
* * * ** ** *
36233 TTATCAATTAAAAATTATTA-TTTCGATAACATTTTATTATGGATATTATGATCTATAATTCA-T
258 TTATCAATGAATAATTATCATTTTC-ATAACATTTTACCATCAATATTATGATATATAATTCATT
* ** * *
36296 TGCTAATCCTATAAAAAATT-TCAAATCAAAAATTAATCCAAAATAAGTTGAAAGCTTTGTCGTT
322 TAC-AATCCTATAAATGATTATCAATTC-AAAA--AA--C---AT-TGTT---A----T-TC--T
* * ** * *
36360 CTTGCTTAAAGCCTATAACAAACAGAAT-TTTGCATTGGGAAACACAAAATGGAAGTTTGAAATG
367 -TTG-TTAAAGCCTATCATAATTAG-ATGTTTGTATT-GCAAA-AC---AT-GAAG--TG----G
* * *
36424 ATTTATCAGTGCCTTATAAACCATGAAATGATTGACAACAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC
417 -------A-TG-C-TAT---CC--------ACTGACAA-GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGT
** * * * ***
36489 CTTATAAAGCTTGAAATGATTTATCAATTAATAATTATCATTTTGATAACCTTTTAAGTTCAATA
460 CTT-CGAAGCTTGAAATG-TTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATA
* * * * *
36554 TTATGATACATAATTCATCTATAATTCTATAAATG---AT---T----ATAAATTGAAAGCTTTG
523 TTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTATAAATGAAAATAAATTGAAAGCTTTG
* * * * * * * ** * *
36609 T--TGCCTTTAGTTAAAGACTATCAAAATTGGACGTTTGAATTGGGAAATGTGA-AGTGAATGCT
588 TCAT-TC-TTGGCTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAACATCATAGTGGATGCT
* * * * *
36671 ATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAACTTGAAATGATTAATGA
650 ATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTAATCA
* * *
36736 ATG-ATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAAC
715 ATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATCATATATAATTCATTTACAATC
* * * * * *
36800 CTATAAACGATTATAAATCAAAAG-TATTG--TTGTTTTTGGATAAAGCTTATCATAATTGGAAG
780 CTATAAATGATTATAAATCGAAAGCT-TTGTTTTTTTTTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATG
* * * * * *
36862 TTTGCATTGCGAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTTACAAGGAAAAAGCGTTTTAAGTATATCA
844 TTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCA
* **
36927 TGCCTTTG
909 TGCATTCA
* * * * *
36935 AAAGCTTGAAATAATTTATCAATCATTAATTATCATTTTGATAATATTTTATCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATGTTATCATCAATATTATG
*
37000 ATATATTAA-TCATTTATAAT-A-C--------TATAAA-TGATAATAAATC---AAAA---GC-
66 ATATA-TAATTCATTTATAATCATCTAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCAAAAAAAGTTGCA
* * * * ** * ** *
37046 --A-TTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATTATAATTGGATGGTCACATTAGGAAATGTGAAGTGAA
130 AGATTTATTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGA
* * * *
37108 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAT-GCTTTCAAAAGCTT-AGAATGAT
195 TGCTACCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATACCTTT-GAAAGCTTGA-AATGAT
* * * * * * *
37171 TAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT--CATAT-CTCCATTT
258 TTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * * * * ** * * *
37233 AAAATCATATAAATTATTATAAATT--GAAGGCTTTTTTGTT-TTTGGTTAAAGCCTAGT-ATAA
323 ACAATCCTATAAATGATTATCAATTCAAAAAACATTGTTATTCTTT-GTTAAAGCCTA-TCATAA
* ** * * *
37294 TTGGATGTTTCCATTTG-GAAACCTGAAGTGGATGCTATCCAATGACAAGGAAAGAGCATTTTAA
386 TTAGATGTTTGTA-TTGCAAAACATGAAGTGGATGCTATCCACTGACAA-GAAAGAGCATTTTAA
** * * * * * *
37358 GTTTATCATCCCTTTGAAAGATTTAAATGATTTAACAATGAATAATTATCA-TTTGATAACAATT
449 GTTTATCATGTCTTCG-AAGCTTGAAATG-TTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTT
* * * * * * *
37422 TATCTTCAATATTATGATATGTTATTAATTTATAATCCTACAAAT
512 TATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAAT
37467 TGTAACACCC
Statistics
Matches: 4190, Mismatches: 731, Indels: 529
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
879 48 0.01
880 64 0.02
888 2 0.00
891 3 0.00
892 1 0.00
893 2 0.00
894 1 0.00
897 3 0.00
899 4 0.00
901 3 0.00
902 1 0.00
904 2 0.00
905 16 0.00
906 239 0.06
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908 8 0.00
909 3 0.00
911 7 0.00
912 17 0.00
913 27 0.01
914 13 0.00
915 8 0.00
916 172 0.04
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941 5 0.00
942 2 0.00
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956 8 0.00
957 5 0.00
958 2 0.00
959 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (916 bp):
AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATGTTATCATCAATATTATG
ATATATAATTCATTTATAATCATCTAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCAAAAAAAGTTGCAA
GATTTATTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGAT
GCTACCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTA
TCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATGATATATAATTCATTTACA
ATCCTATAAATGATTATCAATTCAAAAAACATTGTTATTCTTTGTTAAAGCCTATCATAATTAGA
TGTTTGTATTGCAAAACATGAAGTGGATGCTATCCACTGACAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATC
ATGTCTTCGAAGCTTGAAATGTTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAA
TATTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTATAAATGAAAATAAATTGAAAGCTT
TGTCATTCTTGGCTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAACATCATAGTGGATGCTA
TCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTAATCAA
TGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATCATATATAATTCATTTACAATCC
TATAAATGATTATAAATCGAAAGCTTTGTTTTTTTTTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTT
TGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG
CATTCA
Found at i:34957 original size:453 final size:452
Alignment explanation
Indices: 32442--37467 Score: 3255
Period size: 453 Copynumber: 11.0 Consensus size: 452
32432 AGTTGCAAGA
* ** * *
32442 TTTGTTGTTCTT-GGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAAACGTGAAGTGGAT
1 TTTGTTGTTCTTCAGTTAAACACAATCATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACATGAAGTGGAT
* * * * * *
32505 GCTACCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTT
65 GCTATCCATTGACAAGGAAA-AGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTA
* * * * *
32570 TCAATGAATAATTATAATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTACGTTATATAATTCATTTATA
129 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
* * * * * * *
32635 ATCATATAAATGGTTATAAATCCAAAAAAAAAAATTGAAAGCATTGTTATTCTTTGTTAAAGCCT
194 ATCCTATAAATGATTATAAAT-C--GAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCT
* ** * ** * * *
32700 ATCATAATTAGATGTTTGTTTTGCAAAACACG-AGTGGTTGCTATCCACTGACAAGAAAAGAGCA
256 ATCATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCA
* * * * * * *
32764 TTTTAAGATTATCATGACCT-CGAAAGTTTGAAATG-CTTAGTCAATTAATAATTATCATTTTCA
320 TTTTAAGTTTATCATG-CCTGCAAAAGCTTGAAATGATTTA-TCAATGAATAATTATAATTTTGA
* *
32827 TAACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGAGTATAAAATG
383 TAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAAT---TAT----T-
**
32892 AAAATAAATCAAAAGT
440 ---ATAAATTGAAAGT
** * * *** * * *
32908 TTTCATGTTCTT-GGCTAAAGC-TTGTCATAATCGGATGTTTTCATTGAGAAACGTGAAGTGGAT
1 TTTGTTGTTCTTCAGTTAAA-CACAATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGAT
** * * * * * *
32971 GCTATCCATTGACAACAAAAAAGGATTTTAAGTTTAGCTTGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTAA
65 GCTATCCATTGACAA-GGAAAAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTA
** * * * *
33036 TGTATGAATAATTATAATTTTAATAACATTTTATCATCAATATTATCATATATAATTCATTTACA
129 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
* * * * * * **
33101 GTCTTATAAATGACTATAAATCGAAAGCT---TT----GCTTT-TT-TTTTTTGTTAAAGCAAAT
194 ATCCTATAAATGATTATAAATCGAAA-ATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCTAT
* * * **
33157 CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGACA-TGGATGATATCCATTGAGAAAAAAAGAGCAT
258 CATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAACTTGA-AGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCAT
* * * *
33221 TTTAAGTTTATCATGCATTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAATTATCATTTTGATAA
321 TTTAAGTTTATCATGCCTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAA
* *
33286 CATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTTATTTGTAATCATCTAAATGATTATAAATTGGAA
386 CATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC--C--------TATAAATT----
* * *
33351 ATGAATCAAAAAAAGTTGCAAGA
437 AT---T---ATAAA-TTGAAAGT
* * * *
33374 TTTGTTGTTCTT-GGTTAAAGC-CTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGTGGAT
1 TTTGTTGTTCTTCAGTTAAA-CACAATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGAT
* * * * * * * * * *
33437 GCTACCCATTGACAAAGAAAGAGTATTTTAAGTTTGTGATACGTTTGAAAGCTTGAAATGATTTT
65 GCTATCCATTGACAAGGAAA-AGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTA
* * * *
33502 TCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATG-TAATATAATCCATTTAC
129 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAT-ATATAATTCATTTAT
* * * * * * *
33566 AATCCTTTAAATGATTAT-AAT------T-CA---AAAGCATTGTTATTCTTTGTTAAATCTTAT
193 AATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCTAT
* * * * * * * *
33620 CATAATTCGATGTTTGTATTGCAAAACGTGAAGCGGATGCT-TCCACTAACAACGAAAGAGCATT
258 CATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATT
* * * * * * *
33684 TTAAGTTTATCATGTCTTCGAATGCTTGAAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATTAC
322 TTAAGTTTATCATGCCTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAAC
* ** * *
33749 ATGTTATCATTGATATTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTATGAAGTGAAAA
387 ATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT-AA--ATTAT----T----A
*
33814 TAAATTGAAAGC
441 TAAATTGAAAGT
* ** * * * *
33826 TTTCTCATTCTT-GGCTGAAGC-CTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACAT-ATAGTGGA
1 TTTGTTGTTCTTCAG-TTAAACACAATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGA-AGTGGA
* * * * *
33888 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGTATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCAAAAGGTTGAAATG-TTT
64 TGCTATCCATTGACAAGGAAA-AGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTT
** * * * *
33952 AATGTATGAATAATTATAATTTTTATAACATTTTATCACCAATATTATCATATATAATTCATTTA
128 -ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * * *
34017 CAATCTTATAAGTGATTATAAATCGAAAGCT---TT----G-TTTATT-TT-TTGGTTAAAGCTT
192 TAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAA-ATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCT
* ** * * * *
34072 ACCATAATTGGATGTTTGTGTCGAGAAACATGAAGAGGATGCTATCGATTGACAAGGAAAGAGCA
256 ATCATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCA
** * * **
34137 TTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTGGAAATGATTTCTCAATGAATAATTATAATTTCCATA
320 TTTTAAGTTTATCATGCCTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATA
* * * * *
34202 ACATGTTACCATCAATATTATGTTCTATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATTCAA
385 ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT-AA--A-T-T--ATT---
* *
34267 AATAAATCGAAAGC
440 -ATAAATTGAAAGT
* * * * * * *
34281 ATTATTGTTCTT-TGTTAAA-ACCTATCATAGTTGGATGTTTGCATTGTGAAACGTGAAGTGGAT
1 TTTGTTGTTCTTCAGTTAAACA-CAATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGAT
* ** * * * * *
34344 TCTATCCGCTGACGAGGAAAACGCATTTCAAATATATCATGTCTTCG-ATGCTTGAAATGATTTA
65 GCTATCCATTGACAAGGAAAA-GCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTA
* * * * *
34408 TCAATGAATAATTACCATTTTGATAAGATTTTATCATCAATACTGTGATATATAATTCACTTATA
129 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
* * ** *
34473 ATCCTATAAATGATTATAAAACAAAAATAAATTGAAAGCTTTGCCCTTCTTGGTTAAAGCCTATT
194 ATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCTATC
* *
34538 ATAATTAGATGTTTGCATTGGCAAACTTGAAGTGGATGAC-ATCCATTGACAAGGAAAGGGCATT
259 ATAATTGGATGTTTGCATTGG-AAACTTGAAGTGGATG-CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATT
* * * * * **
34602 CTAAGTTT-TGCCTACCTGCGACAGCTTGAAATG-TTTGATGTATGAATAATTATAATTTTGATA
322 TTAAGTTTAT-CATGCCTGCAAAAGCTTGAAATGATTT-ATCAATGAATAATTATAATTTTGATA
* * * * *
34665 ACCTTTTATCATCAACATTATCATTTATAATTCATTTAAAATCCTATAAATTATTATAAATTGAA
385 ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATTATTATAAATTGAA
34730 AGT
450 AGT
* * * * *
34733 TTTGTTGTT-TTCAGTTAAACACAATCATAATTGGATGTTTACGTTG-GAAATCGTGTAGTAGAT
1 TTTGTTGTTCTTCAGTTAAACACAATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA-CATGAAGTGGAT
34796 GCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTA
65 GCTATCCATTGACAAGGAAA-AGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTA
* * *
34861 TCAATGATTAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATTATTAATTTATA
129 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
* * * * *
34926 ATCCTATAAATGATAATAAATTGAAAATAAATTGAAACCATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATC
194 ATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCTATC
* * * * *
34991 ATAATTGGATGTTAGCATTGAGAAA-TATGAAATAGG-TGCTATCCGTTGGCAAGGAATGAGCAT
259 ATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACT-TGAAGT-GGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCAT
* * *
35054 TTTCAA-TTTATCACGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATA
321 TTT-AAGTTTATCATGCCTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATA
** *
35118 ATGTTTTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATGCAACAAATGATTATATATTATA
385 ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT-C--C---T-A-TA-A-ATTAT-
* * * *
35183 GAAAAAAAAAGTTTAAAGA
439 ----TATAAA-TTGAAAGT
* * * * *
35202 TCTATTGTTCTT-GGTTAAA-A-AATGACATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAATATGAACTGGA
1 TTTGTTGTTCTTCAGTTAAACACAAT--CATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGA
* * * * * *
35264 TGCCATCCATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTCACCATGCCTTTGAAGGCTTGAAATGATTT
64 TGCTATCCATTGACAAGG-AAAAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTT
* * * *
35329 ATCATTGAATAAATATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATCTAATTCATTTAC
128 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
* * * ** * * * * * *
35394 AATCCTATAAATGATTATAAATCCATACTAAATCAAAAACATTATTGTTCTTTGTTAAAGCTTAT
193 AATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCTAT
* * * * * * * * *
35459 CATAATTGGATATTTGTATTGCAAAACATGATGTGGATGCTACCCACTGATAAAGAAAGAGCATT
258 CATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATT
** * *
35524 TTAAGTTTATCATGTATTTGC--AAGGTTGAAATGATTTATGAATGAATAATTATAATTTTGATA
322 TTAAGTTTATCATG--CCTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATA
* * * * *
35587 GCATTTTATCTTCAATATTGTGATATATAATTCATTGATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAA
385 ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATTATTATAAATTGAA
*
35652 AAT
450 AGT
* * *
35655 AAATCAAATGCTTTGTTGTTCTAGGTTAAAGC-CTATCATAATTGGATGTTTGC-TTCCG-GAAA
1 ---T---TTG--TTGTTCTTC-A-GTTAAA-CACAATCATAATTGGATGTTTGCATT--GAGAAA
* * * * * *
35717 CATCATA-TGGATGCTATCCATTGACTAGAAGAAAGCATTTGAAGTTTACCATGCCTTCGAAAGC
53 CATGA-AGTGGATGCTATCCATTGACAAGGA-AAAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGC
* * * *
35781 TTGAAATG-TTTAATCAATGAATAATTATAATTTTGGTAACATTTTACCATCAATATTATAATAT
116 TTGAAATGATTT-ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
* ** *
35845 ATAATTCATTTACAATGGTATAAATGA-T-T--AT-----AT--ATCGAAAGCTTTGTTCTT-TG
180 ATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCT-
* * * * * *
35898 TGGTTAAAACCTATCATACTTGCATGTTGGCATTGGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCTTTGAC
244 TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAACT-TGAAGTGGATGCTATCCATTGAC
* * ** *
35963 AAGGAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGGCATTG--AAAGCTCCAAATGCTTTATCAATGAAT-A
308 AAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAT-GC-CTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAA
* * *
36025 TCTA-ACATTTTGATAACATGTTATCACCAATATTATGATATAAAATTCATTTATAATCCTATAA
371 T-TATA-ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAA
** *
36089 ATTGAAAATAAATTGAAAGC
434 ATT-ATTATAAATTGAAAGT
* * * * * ** ***
36109 TTTGTTGTTCTT-GGTTAAGC-CAATCAAAATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGCAAATG
1 TTTGTTGTTCTTCAGTTAAACACAATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATG
* * *
36172 TTATCCATTGACAAGCAAAATGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT-AGAATGATTTA
66 CTATCCATTGACAAGGAAAA-GCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGA-AATGATTTA
* * * * * ** * **
36236 TCAATTAAAAATTATTATTTCGATAACATTTTATTATGGATATTATGATCTATAATTCATTGCTA
129 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
** * * *
36301 ATCCTATAAAAAATTTCAAATCAAAAATTAATCCAAAATAAGTTGAAAGCTTTG-TCGTTCTTGC
194 ATCCTATAAATGA-TT---AT-----A--AATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTC-TTCTTGG
** * * *
36365 TTAAAGCCTATAACA-AACAGAAT-TTTGCATTGGGAAACACAAAATGGAAGTTTGAAATGATTT
247 TTAAAGCCTAT--CATAATTGGATGTTTGCATT-GG-AA-AC----TTGAAG--TG----GA-TG
* ** * * **** * *
36428 ATCAGTGCCTTATAAACCATGAAATGATTGACAACAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT-T
296 CT-A-T-CC--ATTGACAAGGAAA-GA--G-C-ATTTTA-AG---TTT-A--TCAT---GCCTGC
* * * ***
36492 ATAAAGCTTGAAATGATTTATCAATTAATAATTATCATTTTGATAACCTTTTAAGTTCAATATTA
341 A-AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
* * * * *
36557 TGATACATAATTCATCTATAATTCTATAAATGATTATAAATTGAAAGC
405 TGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATTATTATAAATTGAAAGT
* * * * * * * * ** *
36605 TTTGTTG-CCTTTAGTTAAAGACTATCAAAATTGGACGTTTGAATTGGGAAATGTGAAGTGAATG
1 TTTGTTGTTCTTCAGTTAAACACAATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATG
* * ** * *
36669 CTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAACTTGAAATGATTAAT
66 CTATCCATTGACAAGG-AAAAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTAT
* *
36734 GAATG-ATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
130 CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
* * * *
36798 ACCTATAAACGATTATAAATC-AAAAGT--ATT----G--TTG-T-TT-TTGGATAAAGCTTATC
195 TCCTATAAATGATTATAAATCGAAAA-TAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCTATC
* * * *
36851 ATAATTGGAAGTTTGCATTGCGAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTTACAAGGAAAAAGCGTTT
259 ATAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTT
* *** * * * * *
36916 TAAGTATATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATAATTTATCAATCATTAATTATCATTTTGATAATA
323 TAAGTTTATCATGCCTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACA
* * * **
36981 TTTTATCATCAATATTATGATATATTAA-TCATTTATAATACTATAAATGATAATAAATCAAAAG
388 TTTTATCATCAATATTATGATATA-TAATTCATTTATAATCCTATAAATTATTATAAATTGAAAG
*
37045 C
452 T
* * * * * ** ** *
37046 ATTGTTGTTCTT-GGTTAAAGC-CTATTATAATTGGATGGTCACATT-AGGAAATGTGAAGTGAA
1 TTTGTTGTTCTTCAGTTAAA-CACAATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACATGAAGTGGA
* * *
37108 TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCTTTCAAAAGCTT-AGAATGATT
64 TGCTATCCATTGACAAGGAAA-AGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGA-AATGATT
* * * * *
37172 AATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT--CATAT-CTCCATTTA
127 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * * *
37234 AAATCATAT-AA--ATTAT---T-----ATAAATTGAAGGCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAGCCTA
192 TAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCTA
* * *
37288 GT-ATAATTGGATGTTTCCATTTGGAAACCTGAAGTGGATGCTATCCAATGACAAGGAAAGAGCA
257 -TCATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCA
* *** * * * *
37352 TTTTAAGTTTATCATCCCTTTGAAAGATTTAAATGATTTAACAATGAATAATTATCA-TTTGATA
320 TTTTAAGTTTATCATGCCTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATA
* * * * * *
37416 ACAATTTATCTTCAATATTATGATATGTTATTAATTTATAATCCTACAAATT
385 ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATT
37468 GTAACACCCT
Statistics
Matches: 3640, Mismatches: 677, Indels: 514
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
428 1 0.00
429 1 0.00
430 3 0.00
433 1 0.00
434 1 0.00
436 7 0.00
437 3 0.00
438 51 0.01
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440 12 0.00
441 208 0.06
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443 10 0.00
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447 2 0.00
448 3 0.00
450 2 0.00
451 14 0.00
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476 2 0.00
477 6 0.00
478 1 0.00
479 2 0.00
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496 87 0.02
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Consensus pattern (452 bp):
TTTGTTGTTCTTCAGTTAAACACAATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATG
CTATCCATTGACAAGGAAAAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATC
AATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
CCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
AATTGGATGTTTGCATTGGAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAA
GTTTATCATGCCTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTT
TATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATTATTATAAATTGAAAGT
Found at i:35633 original size:701 final size:695
Alignment explanation
Indices: 31083--37458 Score: 4341
Period size: 686 Copynumber: 9.2 Consensus size: 695
31073 ATTTTTGTTG
** ** ** * * *
31083 TAATTGGATGTTTAAATTGAGAAACATGAAAAGGATATTGTCCATTGA-AGAGAAAAGATCATTT
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* * * ** * *
31147 TAAGTTTTTCATGTCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAGCAATTATCAGTTTGATAACA
64 TAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACA
* * * * * ** *
31212 TTTTATAATCATTATTATGATATATGTAATTCATTTATAATCTTATAAATTATTGTAAATTGAAA
129 TTTTATCATCAATATTATGATATA--TAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCCATA
* * * * * * **
31277 ATAAATTAAAAACTTTGTTATTCAT-GTTCAAAGCCTATCATAATTGGA----TAT-TACAAAAC
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* *
31336 ATGAAGTAGATGCTATCCTTTGACAAAGAAAGAGCA-TTT-A----A--A-G-CTT-G--A----
256 ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT
* * ** * * * * *
31384 G--ATGATTTGTCAATAAATAATTATCATTTTCATAGTACTTTATCATTAATTTTGTTATATATA
321 GAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATA
* * * *
31447 ATTCATTTATAATCCTAGAAATGATTACAAATCT-AAAATATATCAAAATG-TTTGTTGTTCTTG
386 ATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAT-TGAAAATAAATCGAAA-GCTTTGTTGTTCTTG
* * * * * *
31510 GTTAAAAAGCCTAGCATAATAGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGAAGCTATCCATTGAC
449 GTT--AAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGAC
* ** * * *
31575 AAGGAAAGAGCATTTAAAGTTTATCACACCTTCAAAAGGTTGGAATGATTTATCAATAAATAATT
512 AAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
* * * * * *
31640 ATCACTTTGAT---A----ATCGTCACTATTATAATATATAATTCATTTCTAATCATATAAATGA
577 ATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
* ** * * * * * * *
31698 TT-TTAA-AGCGAAAATAAGTAGAAAGCTTTATTCTTCTCGCTT-AAAGCTTATCA
642 TTATAAATAGAAAAAAAAAGTTGAAAG-TCTATTGTTCTTGGTTAAAAAC-TATCA
* * * ** * *
31751 TAATTGGATGATTGCATTGGAAAACATGAAATAGACACTATCCATTGACAAGGAAAGACCATCTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
* * * *
31816 AAGTTTATCATGCCTTTAAACGATTGAAATGATTTATCAATGAAT-ATTATCATTTTGATAAAAT
65 AAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACAT
* * **
31880 TTTATTATCAATATTATGATATATATTTCATAAATAATCATATAAATGATTATAAATCGACAAAA
130 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATC--C----
* * * * * * * *
31945 TAGATTGAACATAAATCAAAAGCTTTGTTCTTCATGGTTAAATCCTATAATAATTAGATATTTGT
189 ---A-T--AC-TAAATCAAAAACATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGT
* * ** * *
32010 GTTAGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCTGTTGACAAAGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGTCT
247 GTT-GAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * * * *
32075 TC-ATAAACTTGAAATGATCTATCAATGAATAATTTTCAATTTGATAACATTTTATCATTAATAT
311 TCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATAT
* * * * *
32139 TATGATATATAATTGATTTATAATCCTATGAATGATTATAAATTGAAAATAACTTGAAAGTTTTG
375 TATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAAAGCTTTG
* * ** * *
32204 TTGTTCTTGGTTAAGGCCTATCATAATTAGATAATTGCATT-AGGAAACATGAATTGGATGCTAT
440 TTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAATGGATGCTAT
* * * *
32268 CCATTGACAAGGAAAGAGCATTGTAAGGTTATCATG-CTTCAAAAACTTGAAATGATTTATTAAT
504 CCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAAT
* * * *
32332 GAATAATTATTATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTACGATATATAATTGATTTATAATCCT
569 GAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCT
* * * * *
32397 GTAAATAACGAAAAATTGA-AAATA-AATTAAGAATAAGTTGCAAGATTTGTTGTTCTTGGTTAA
634 ATAAAT---G----ATT-ATAAATAGAA--AA-AAAAAGTTGAAAG-TCTATTGTTCTTGGTTAA
**
32460 AGTCTATCA
687 AAACTATCA
* * *
32469 TAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGTGGATGCTACCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
* * * *
32534 AAGTTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTTTCAATGAATAATTATAATTTTCATAACAT
65 AAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACAT
* * * * **
32599 TTTACCATCAATATTACGTTATATAATTCATTTATAATCATATAAATGGTTATAAATCCA-AAAA
130 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCCATACTA
** * * * *
32663 AAAAAATTGAAAGCATTGTTATTCTTTGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGTTTTGCAAAA
195 AATCAA---AAA-CATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTGTTG-AAAA
* * * *
32728 CACG-AGTGGTTGCTATCCACTGAC-AAGAAAAGAGCATTTTAAGATTATCATGACC-TCGAAAG
255 CATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAG-AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CCTTCGAAAG
* * * *
32790 TTTGAAATG-CTTAGTCAATTAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTGTGATA
318 CTTGAAATGATTTA-TCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* * * * * **
32854 TATAATTCATTTACAATCCTATAAATGAGTATAAAATGAAAATAAATCAAAAGTTTTCATGTTCT
382 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCT
* * * * * *
32919 TGGCTAAAGCTTGTCATAATCGGATGTTTTCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGAC
447 TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGAC
** * * * * * **
32984 AACAAAAAAGGATTTTAAGTTTAGCTTGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTAATGTATGAATAATT
512 AAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
* * * * * *
33049 ATAATTTTAATAACATTTTATCATCAATATTATCATATATAATTCATTTACAGTCTTATAAATGA
577 ATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
* * * * * * *
33114 CTATAAATCG------AAAGCTT---TG-CTTTTTTTTTTTGTTAAAGCAA--ATCA
642 TTATAAATAGAAAAAAAAAG-TTGAAAGTCTATTGTTCTTGGTTAAA--AACTATCA
* * **
33159 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGACA-TGGATGATATCCATTGAGAAAAAAAGAGCATTT
1 TAATTGGATGTTTGCATT-GGAAACATGA-AGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTT
* * * *
33223 TAAGTTTATCATGCATTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAATTATCATTTTGATAACA
64 TAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACA
* * * ** *
33288 TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTTATTTGTAATCATCTAAATGATTATAAATTGGA-AA
129 TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAA-TCCATAC
* ***
33352 TGAATCAAAAAAAGTTGCAAGATTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTACA
193 TAAATC--AAAAA----C---A-TTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTG
* * * * * * *
33417 TTGGGAAACATGAAGTGGATGCTACCCATTGACAAAGAAAGAGTATTTTAAGTTTGTGATACGTT
248 TT-GAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* * *
33482 TGAAAGCTTGAAATGATTTTTCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTA
312 CGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTA
* * * * *
33547 TG-TAATATAATCCATTTACAATCCTTTAAATGA-T-T--A-T---AAT---TCAAAAGCATTGT
377 TGAT-ATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAAAGCTTTGT
* * * * * * **
33600 TATTCTTTGTTAAATCTTATCATAATTCGATGTTTGTATTGCA-AAACGTGAAGCGGATGCT-TC
441 TGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-AGAAACGTGAAATGGATGCTATC
* * * * * * *
33663 CACTAACAACGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTCGAATGCTTGAAATGATTTATCAACG
505 CATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATG
* * ** * *
33728 AATAATTATCATTTTGATTACATGTTATCATTGATATTGTGATATATAATTCATTTAAAATCCTA
570 AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTA
* * * * * * **
33793 TAAATGATTATGAAGT-G-AAAATAAA-TTGAAAG-CTTTCTCATTCTTGGCTGAAGCCTATCA
635 TAAATGATTAT-AAATAGAAAAAAAAAGTTGAAAGTCTAT-T-GTTCTTGGTTAAAAACTATCA
*
33853 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACAT-ATAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGTATTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACATGA-AGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTT
* * * ** *
33917 TAAGTTTAGCATGCCTTCAAAAGGTTGAAATG-TTTAATGTATGAATAATTATAATTTTTATAAC
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* * * * * * *
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128 ATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCCATA-
*** * * * *
34046 CT---T-----TGTTTATT-TT-TTGGTTAAAGCTTACCATAATTGGATGTTTGTGTCGAGAAAC
192 CTAAATCAAAAACATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTGTTGA-AAAC
* * * ** *
34101 ATGAAGAGGATGCTATCGATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTG
256 ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT
* * * * * * *
34166 GAAATGATTTCTCAATGAATAATTATAATTTCCATAACATGTTACCATCAATATTATGTTCTATA
321 GAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATA
* * * * *
34231 ATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATTCAAAATAAATCGAAAGCATTATTGTTCTTTGT
386 ATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGT
* * * * * ** *
34296 TAAAACCTATCATAGTTGGATGTTTGCATTGTGAAACGTGAAGTGGATTCTATCCGCTGACGAGG
451 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * * * *
34361 AAA-ACGCATTTCAAATATATCATGTCTTC-GATGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTACC
516 AAAGA-GCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * *
34424 ATTTTGATAAGATTTTATCATCAATACTGTGATATATAATTCACTTATAATCCTATAAATGATTA
580 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * ** *
34489 TAAA-ACAAAAATAAA-TTGAAAG-CT-TTGCCCTTCTTGGTTAAAGCCTATTA
645 TAAATAGAAAAAAAAAGTTGAAAGTCTATTG---TTCTTGGTTAAAAACTATCA
* * * *
34539 TAATTAGATGTTTGCATTGGCAAACTTGAAGTGGATGAC-ATCCATTGACAAGGAAAGGGCATTC
1 TAATTGGATGTTTGCATTGG-AAACATGAAGTGGATG-CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTT
* * *** * **
34603 TAAGTTT-TGCCTACCTGCGACAGCTTGAAATG-TTTGATGTATGAATAATTATAATTTTGATAA
64 TAAGTTTAT-CATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTT-ATCAATGAATAATTATAATTTTGATAA
* * * * * * *
34666 CCTTTTATCATCAACATTATCATTTATAATTCATTTAAAATCCTATAAATTATTATAAAT---TG
127 CATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCCAT-
* * * * **
34728 A--AAGT-------TTTGTTGTT-TTCAGTTAAA-CACAATCATAATTGGATGTTTACGTTGGAA
191 ACTAAATCAAAAACATTGTTGTTCTT-GGTTAAAGC-CTATCATAATTGGATGTTTGTGTT-GAA
* * * * * *
34782 ATCGTGTAGTAGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAG
253 AACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAG
* *
34847 CTTGAAATGATTTATCAATGATTAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
318 CTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
* * * * * *
34912 ATTATTAATTTATAATCCTATAAATGATAATAAATTGAAAATAAATTGAAACCATTGTTGTTCTT
383 ATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTT
* ** * *
34977 GGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTAGCATTGAGAAATATGAAATAGG-TGCTATCCGTTGGC
448 GGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAAT-GGATGCTATCCATTGAC
* *
35041 AAGGAATGAGCATTTTCAA-TTTATCACGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT
512 AAGGAAAGAGCATTTT-AAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT
** * * * *
35105 TATCATTTTGATAATGTTTTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATGCAACAAATG
576 TATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG
* *
35170 ATTATATATTATAGAAAAAAAAAGTTTAAAGATCTATTGTTCTTGGTTAAAAAATGA-CA
641 ATTATA-A--ATAGAAAAAAAAAGTTGAAAG-TCTATTGTTCTTGGTTAAAAACT-ATCA
* * * * *
35229 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAATATGAACTGGATGCCATCCATTGACATGGAAAAAGCATTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTG-GAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
* * * * * * * *
35294 AAATTCACCATGCCTTTGAAGGCTTGAAATGATTTATCATTGAATAAATATCATTTTGATAACAT
65 AAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACAT
* * *
35359 TTTATCATCAATATTATGATATCTAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATCCATACTA
130 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCCATACTA
* * * * *
35424 AATCAAAAACATTATTGTTCTTTGTTAAAGCTTATCATAATTGGATATTTGTATTGCAAAACATG
195 AATCAAAAACATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTGTTG-AAAACATG
* * * * ** * * *
35489 ATGTGGATGCTACCCACTGATAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTATTTGCAAGGTTGAA
259 AAGTGGATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAA
* * * * * *
35554 ATGATTTATGAATGAATAATTATAATTTTGATAGCATTTTATCTTCAATATTGTGATATATAATT
324 ATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATT
* *
35619 CATTGATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATC-AAATGCTTTGTTGTTCTAGGTTA
389 CATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAAA-GCTTTGTTGTTCTTGGTTA
* * * *
35683 AAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC-TTCCG-GAAACATCATATGGATGCTATCCATTGACTA-G
453 AAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT--GAGAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * *
35745 AAGAAAGCATTTGAAGTTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATG-TTTAATCAATGAATAATTAT
516 AA-AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTT-ATCAATGAATAATTAT
* * * * * **
35809 AATTTTGGTAACATTTTACCATCAATATTATAATATATAATTCATTTACAATGGTATAAATGATT
579 CATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* * *** * *
35874 ATATATCG----AAAGCTTTG---TTCT-TTG----TGGTTAAAACCTATCA
644 ATAAATAGAAAAAAAAAGTTGAAAGTCTATTGTTCTTGGTTAAAAACTATCA
* * * * *
35914 TACTTGCATGTTGGCATTGGAAA-ATGTGAAGTGGATGCTATCCTTTGACAAGGAAAGAGGATTT
1 TAATTGGATGTTTGCATTGGAAACA--TGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTT
* * * ** *
35978 TAAGTTTATCATGGCATTGAAAGCTCCAAATGCTTTATCAATGAAT-ATCTA-ACATTTTGATAA
64 TAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT-TATA-ATTTTGATAA
* * * * *
36041 CATGTTATCACCAATATTATGATATAAAATTCATTTATAATCCTAT-AA--A-T-TGAA---A-A
127 CATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCCATA
** * * * * * ** * *
36097 -TAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAGCCAATCAAAATTTGATGTTTGCATTGGGAAAT
192 CTAAATCAAAAACATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTGTT-GAAAAC
* *** *
36160 GTGAAGCAAATGTTATCCATTGAC-AAGCAAA-ATGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGC
256 ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAG-AAAGA-GCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGC
* * * * ** *
36223 TT-AGAATGATTTATCAATTAAAAATTATTA-TTTCGATAACATTTTATTATGGATATTATGATC
319 TTGA-AATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTC-ATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
** ** * * *
36286 TATAATTCATTGCTAATCCTATAAAAAATTTCAAATCAAAAATTAATCCAAAATAAGTTGAAAGC
382 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA-TT---AT---AAA-T--T-GAAAATAAATCGAAAGC
* * ** * * *** *
36351 TTTGTCGTTCTTGCTTAAAGCCTATAACA-AACAGAAT-TTTGCATTGGGAAACACAAAATGGAA
436 TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTAT--CATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAATGGAT
* ** * ** ** * * * * ** * * **
36414 G-TTTGAAATGATTTA--TCAGTGCCTTATAAACCATGAAATGATTGACAACAAAAGAGCATTTT
499 GCTATCCATTGA-CAAGGAAAGAGCATT-TTAA--GT-TTATCA-TGCCTTC-AAA-AGC---TT
* * *
36476 AAGTTTATCATGCCTTATAAAGCTTGAAATGATTTATCAATTAATAATTATCATTTTGATAACCT
553 --G---A-A-------------------ATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAT
*** * * *
36541 TTTAAGTTCAATATTATGATACATAATTCATCTATAATTCTATAAATGA-T-T--AT--------
593 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATAGAAAAAA
* *
36594 AAA-TTGAAAG-CT-TTGTTGCCTTTAGTTAAAGACTATCA
658 AAAGTTGAAAGTCTATTGTT--C-TTGGTTAAAAACTATCA
* * * ** * * *
36632 AAATTGGACGTTTGAATTGGGAAATGTGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTT
1 TAATTGGATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
* * *
36697 AAGTTTATCATGCCTTTAAAAACTTGAAATGATTAATGAATG-ATAATTATAATTTTGATAACAT
65 AAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACAT
* * *
36761 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAACCTATAAACGATTATAAAT-CA-A--A
130 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCCATACTA
* * * * * ** * *
36822 AGT-------ATTGTTGTTTTTGGATAAAGCTTATCATAATTGGAAGTTTGCATTGCGAAACTTG
195 AATCAAAAACATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTGTTG-AAAACATG
* * * * * *
36880 AAGTGGATGCTATCCATTTACAAGGAAAAAGCGTTTTAAGTATATCATGCCTTTGAAAGCTTGAA
259 AAGTGGATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAA
* * * * *
36945 ATAATTTATCAATCATTAATTATCATTTTGATAATATTTTATCATCAATATTATGATATATTAA-
324 ATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTATGATATA-TAAT
* * *
37009 TCATTTATAATACTATAAATG-------A-T---AATAAATCAAAAGCATTGTTGTTCTTGGTTA
388 TCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTA
* * ** * * *
37063 AAGCCTATTATAATTGGATGGTCACATT-AGGAAATGTGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGGA
453 AAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGA
* * *
37127 AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCTTTCAAAAGCTT-AGAATGATTAATCAATGAATAATTATAA
517 AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGA-AATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * * *
37191 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT--CATAT-CTCCATTTAAAATCATATAAATTATTAT
581 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * **
37253 AAATTG------AAGGCTT-----T-T-TTGTTTTTGGTTAAAGCCTAGT-A
646 AAATAGAAAAAAAAAG-TTGAAAGTCTATTGTTCTTGGTTAAAAACTA-TCA
* * *
37291 TAATTGGATGTTTCCATTTGGAAACCTGAAGTGGATGCTATCCAATGACAAGGAAAGAGCATTTT
1 TAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
* * * * * * *
37356 AAGTTTATCATCCCTTTGAAAGATTTAAATGATTTAACAATGAATAATTATCA-TTTGATAACAA
65 AAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACAT
* * * *
37420 TTTATCTTCAATATTATGATATGTTATTAATTTATAATC
130 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
37459 CTACAAATTG
Statistics
Matches: 4527, Mismatches: 880, Indels: 611
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
659 160 0.04
660 16 0.00
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724 2 0.00
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Consensus pattern (695 bp):
TAATTGGATGTTTGCATTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTA
AGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATT
TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCCATACTAA
ATCAAAAACATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTGTTGAAAACATGAA
GTGGATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAAT
GATTTATCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA
TTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG
CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGA
GCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTG
ATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATA
GAAAAAAAAAGTTGAAAGTCTATTGTTCTTGGTTAAAAACTATCA
Found at i:35640 original size:469 final size:461
Alignment explanation
Indices: 31375--36310 Score: 2461
Period size: 469 Copynumber: 10.7 Consensus size: 461
31365 AAGAGCATTT
* * * * * ** * * * * *
31375 AAAGCTTGAGATGATTTGTCAATAAATAATTATCATTTTCATAGTACTTTATCATTAATTTTGTT
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * ** * * * *
31440 ATATATAATTCATTTATAATCCTAGAAATGATTACAAATCTAAAATATATCAAAATG-TTTGTTG
66 ATATATAATTCATTGATAATCCAACAAATGATTATAAATAGAAAAAAAATC-AAATGATCTATTG
* * * * * *
31504 TTCTTGGTTAAAAAGCCTAGCATAATAGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGAAGCTATCC
130 TTCTAGGTTAAAAA--ATATCATAATTGGATGTTTGC-TT-GGAAATATGAA-TGGATGCTATCC
* * * ** * * * *
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190 ATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAA-TTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATG
* * * * *
31633 AATAATTATCACTTTGAT---A----ATCGTCACTATTATAATATATAATTCATTT-CTAATCAT
254 AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAC-AATCCT
* * * * * * * * * *
31690 ATAAATGATTTTAAAGCGAAAATAAGT-AGAAAGCTTTATTCTTCTCGCTTAAAGCTTATCATAA
318 ATAAATGATTATAAATCCAAAATAAATCA-AAAACATTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAA
*** * * * * *
31754 TTGGATGATT-GCATTG-GAAAACATGAAATAGACACTATCCATTGACAAGGAAAGACCATCTT-
382 TTGGAT-ATTAGCATTGAG-AAACATGAAATAGGTGCTACCCACTGACAAAGAAAGAGCATTTTC
* * *
31816 AAGTTTATCATGCCTTTA
445 AA-TTTATCACGCATTCA
* * * * *
31834 AACGATTGAAATGATTTATCAATGAAT-ATTATCATTTTGATAAAATTTTATTATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* ** * * * * *
31898 ATATATATTTCATAAATAAT-CATATAAATGATTATAAATCGACAAAATAGATTGAACATAAATC
66 ATATATAATTCATTGATAATCCA-ACAAATGATTATAAATAGA-AAAA-A-AATCAA-AT-GATC
* *** * * * * **
31962 AAAAGCTTTGTTCTTCATGGTTAAATCCTATAATAATTAGATATTTGTGTTAGGAAACGTGAAGT
125 --TA---TTGTTC-T-A-GGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTG-CTT-GGAAATATGAA-T
** ** * * * *
32027 GGATGCTATCTGTTGACAAAGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTC-ATAAACTTGAAATG
179 GGATGCTATCCATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATG
* * * * *
32091 ATCTATCAATGAATAATTTTCAATTTGATAACATTTTATCATTAATATTATGATATATAATTGAT
243 ATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAT
* * ** * ** *** * *
32156 TTATAATCCTATGAATGATTATAAATTGAAAATAACTTGAAAGTTTTGTTGTTCTTGGTTAAGGC
308 TTACAATCCTATAAATGATTATAAATCCAAAATAAATCAAAAACATTATTGTTCTTGGTTAAAGC
* * * * *
32221 CTATCATAATTAGATAATT-GCATT-AGGAAACATG-AATTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAA
373 CTATCATAATTGGAT-ATTAGCATTGA-GAAACATGAAATAGG-TGCTACCCACTGACAAAGAAA
* * *
32283 GAGCATTGT-AAGGTTATCATGC-TTCA
435 GAGCATTTTCAA-TTTATCACGCATTCA
* * * * *
32309 AAAACTTGAAATGATTTATTAATGAATAATTATTATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTACG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * *
32374 ATATATAATTGATTTATAATCCTGTAAATAACGAAA-AATTGA-AAATA-AATTAAGAATAAGTT
66 ATATATAATTCATTGATAATCC-------AAC-AAATGATT-ATAAATAGAA--AA-AA-AA--T
* * * ***
32436 GC-AA-GATTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAA-ACGTGA
116 -CAAATGATCTATTGTTCTAGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTGC-TTGGAAATA--TGA
* * * * * * * *
32498 AGTGGATGCTACCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTTGAAAGCTTGAAA
177 A-TGGATGCTATCCATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAA
* * * * * *
32563 TGATTTTTCAATGAATAATTATAATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTACGTTATATAATTC
241 TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTC
* * * ** * * *
32628 ATTTATAATCATATAAATGGTTATAAATCCAAAA-AAAAAAATTGAAAGCATTGTTATTCTTTGT
306 ATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATCCAAAATAAATCAA---AAA-CATTATTGTTCTTGGT
* * * ** * * *
32692 TAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGTTTTGCA-AAACACG-AGT-GGTTGCTATCCACTGAC-A
367 TAAAGCCTATCATAATTGGATATTAGCATTG-AGAAACATGAAATAGG-TGCTACCCACTGACAA
* * * *
32753 AGAAAAGAGCATTTT-AAGATTATCATG-ACCTCG
430 AG-AAAGAGCATTTTCAA-TTTATCACGCA-TTCA
* * * * * *
32786 AAAGTTTGAAATG-CTTAGTCAATTAATAATTATCATTTTCATAACATTTTATCATCAATATTGT
1 AAAGCTTGAAATGATTTA-TCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* * * * * * * * *
32850 GATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGAGTATAAA-ATGAAAATAAATCAAAAGTTTTCA-
65 GATATATAATTCATTGATAATCCAACAAATGATTATAAATA-GAAAAAAAATCAAATGATCT-AT
* * *** * * * **
32913 TGTTCTTGGCTAAAGCTTGTCATAATCGGATGTTTTCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCC
128 TGTTCTAGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTGC-TTG-GAAATATGAA-TGGATGCTATCC
*** * * * * * * **
32978 ATTGACAACAAAAAAGGATTTTAAGTTTAGCTTGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTAATGTATGA
190 ATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGA
* * * * *
33043 ATAATTATAATTTTAATAACATTTTATCATCAATATTATCATATATAATTCATTTACAGTCTTAT
255 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTACAATCCTAT
* * * ** * * * **
33108 AAATGACTATAAATCGAAAGCT---T----TGC-TT-TTTTTTTTTGTTAAAGCAAATCATAATT
320 AAATGATTATAAATCCAAA-ATAAATCAAAAACATTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATT
* * * * * * * * *
33164 GGATGTTTGCATTGGGAAACATGACAT-GGATGATATCCATTGAGAAAAAAAGAGCATTTT-AAG
384 GGATATTAGCATTGAGAAACATGAAATAGG-TGCTACCCACTGACAAAGAAAGAGCATTTTCAA-
*
33227 TTTATCATGCATTCA
447 TTTATCACGCATTCA
* *
33242 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* *
33307 ATATATAATTTATTTG-TAAT-CATCTAAATGATTATAAATTGGAAATGAATCAAAAAAAGTTGC
66 ATATATAATTCA-TTGATAATCCAAC-AAATGATTATAAA-T----A-G-A--AAAAAAA--T-C
* * * *** * *
33370 -AA-GATTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAAACATGAAGT
117 AAATGATCTATTGTTCTAGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTGC-TT-GGAAATATGAA-T
* ** * * * *** * * *
33433 GGATGCTACCCATTGACAAAGAAAGAGTATTTTAAGTTTGTGATACGTTTGAAAGCTTGAAATGA
179 GGATGCTATCCATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGA
* * * *
33498 TTTTTCAATGAATAATTATCATTTTCATAACATTTTACCATCAATATTATG-TAATATAATCCAT
244 TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAT-ATATAATTCAT
* * * * * *
33562 TTACAATCCTTTAAATGA-T-T--AT----AAT---TCAAAAGCATTGTTATTCTTTGTTAAATC
308 TTACAATCCTATAAATGATTATAAATCCAAAATAAATCAAAAACATTATTGTTCTTGGTTAAAGC
* * * * * * ** * * *
33616 TTATCATAATTCGATGTTTGTATTGCA-AAACGTG-AAGCGGATGCT-TCCACTAACAACGAAAG
373 CTATCATAATTGGATATTAGCATTG-AGAAACATGAAATAGG-TGCTACCCACTGACAAAGAAAG
* *
33678 AGCATTTT-AAGTTTATCATGTC-TTCG
436 AGCATTTTCAA-TTTATCACG-CATTCA
* * * * * ** *
33704 AATGCTTGAAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATTACATGTTATCATTGATATTGTG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * * * * * * *
33769 ATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTATGAAGT-GAAAATAAATTGAAA-GCTTTCTC
66 ATATATAATTCATTGATAATCCAACAAATGATTAT-AAATAGAAAA-AAAATCAAATGATCTATT
* * * * *** *
33832 ATTCTTGGCTGAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATAT-AGTGGATGCTATCC
129 GTTCTAGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTGC-TTG-G-AA-ATATGAATGGATGCTATCC
* * * * * * * **
33896 ATTGACAAGGAAAGAGTATTTTAAGTTTAGCATGCCTTCAAAAGGTTGAAATG-TTTAATGTATG
190 ATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTT-ATCAATG
* * * * *
33960 AATAATTATAATTTTTATAACATTTTATCACCAATATTATCATATATAATTCATTTACAATCTTA
254 AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTACAATCCTA
* * * *** * *
34025 TAAGTGATTATAAATCGAAAGCT---T-----TGTTTATT-TT-TTGGTTAAAGCTTACCATAAT
319 TAAATGATTATAAATCCAAA-ATAAATCAAAAACATTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAAT
* * ** * * * * * *
34080 TGGATGTTTGTGTCGAGAAACATG-AAGAGGATGCTATCGATTGACAAGGAAAGAGCATTTT-AA
383 TGGATATTAGCATTGAGAAACATGAAATAGG-TGCTACCCACTGACAAAGAAAGAGCATTTTCAA
* * *
34143 GTTTATCATGCCTTTA
447 -TTTATCACGCATTCA
* * ** * *
34159 AAAGCTGGAAATGATTTCTCAATGAATAATTATAATTTCCATAACATGTTACCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * * ** *
34224 TTCTATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTATAAATTCAAAATAAATCGAAA-GCAT-TATT
66 ATATATAATTCATTGATAATCCAACAAATGATTATAAATAGAAAAAAAATC-AAATG-ATCTATT
** ** * ** * *
34287 GTTCTTTGTTAAAACCTATCATAGTTGGATGTTTGCATTGTGAAACGTGAAGTGGATTCTATCCG
129 GTTCTAGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTGC-TTG-GAAATATGAA-TGGATGCTATCCA
* * * * * * *
34352 CTGACGA-GGAAAACGCATTTCAAATATATCATGTCTTCG-ATGCTTGAAATGATTTATCAATGA
191 TTGAC-ATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGA
* * * * * *
34415 ATAATTACCATTTTGATAAGATTTTATCATCAATACTGTGATATATAATTCACTTATAATCCTAT
255 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTACAATCCTAT
* * ** * * **** * *
34480 AAATGATTATAAAACAAAAATAAATTGAAAGCTTTGCCCTTCTTGGTTAAAGCCTATTATAATTA
320 AAATGATTATAAATCCAAAATAAATCAAAAACATTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTG
* * * * * * * * *
34545 GATGTTTGCATTG-GCAAACTTGAAGT-GGATGAC-ATCCATTGACAAGGAAAGGGCATTCT-AA
385 GATATTAGCATTGAG-AAACATGAAATAGG-TG-CTACCCACTGACAAAGAAAGAGCATTTTCAA
* *
34606 GTTT-TGCCTAC-C-TGCG
447 -TTTAT--C-ACGCATTCA
* ** * *
34622 ACAGCTTGAAATG-TTTGATGTATGAATAATTATAATTTTGATAACCTTTTATCATCAACATTAT
1 AAAGCTTGAAATGATTT-ATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* * * * * * * * * ** *
34686 CATTTATAATTCATTTAAAATCCTATAAATTATTATAAATTG----AAAGT--TTTG-T-TGTT-
65 GATATATAATTCATTGATAATCCAACAAATGATTATAAATAGAAAAAAAATCAAATGATCTATTG
* * * * *
34742 TTC-A-GTTAAACACA-ATCATAATTGGATGTTTACGTTGGAAATCGTGTAGTAGATGCTATCCA
130 TTCTAGGTTAAA-AAATATCATAATTGGATGTTTGC-TTGGAAAT-ATG-AATGGATGCTATCCA
* * * *
34804 TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAT
191 TTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAA
* * *
34869 TAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATTATTAATTTATAATCCTATA
256 TAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTACAATCCTATA
* ** ** * *
34934 AATGATAATAAATTGAAAATAAATTGAAACCATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGG
321 AATGATTATAAATCCAAAATAAATCAAAAACATTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGG
* * * ** * * *
34999 ATGTTAGCATTGAGAAATATGAAATAGGTGCTATCCGTTGGCAAGGAATGAGCATTTTCAATTTA
386 ATATTAGCATTGAGAAACATGAAATAGGTGCTACCCACTGACAAAGAAAGAGCATTTTCAATTTA
*
35064 TCACGCCTTCA
451 TCACGCATTCA
* ** *
35075 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATGTTTTGTCATCAATATTATG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * *
35140 ATATATAATTCATTTATAATGCAACAAATGATTATATATTATAGAAAAAAAAAGTTTAAA-GATC
66 ATATATAATTCATTGATAATCCAACAAATGATTATA-A--ATAG-AAAAAAAA--TCAAATGATC
* *
35204 TATTGTTCTTGGTTAAAAAATGA-CATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAATATGAACTGGATGCC
125 TATTGTTCTAGGTTAAAAAAT-ATCATAATTGGATGTTTGC-TTG-GAAATATGAA-TGGATGCT
* * *
35268 ATCCATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTCACCATGCCTTTGAAGGCTTGAAATGATTTATCA
186 ATCCATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCA
* * *
35333 TTGAATAAATATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATCTAATTCATTTACAATC
251 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTACAATC
* * * *
35398 CTATAAATGATTATAAATCCATACTAAATCAAAAACATTATTGTTCTTTGTTAAAGCTTATCATA
316 CTATAAATGATTATAAATCCAAAATAAATCAAAAACATTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATA
* * ** *
35463 ATTGGATATTTGTATTGCA-AAACATGATGT-GGATGCTACCCACTGATAAAGAAAGAGCATTTT
381 ATTGGATATTAGCATTG-AGAAACATGAAATAGG-TGCTACCCACTGACAAAGAAAGAGCATTTT
* * **
35526 -AAGTTTATCATGTATTTG
444 CAA-TTTATCACGCATTCA
* * * * * *
35544 CAAGGTTGAAATGATTTATGAATGAATAATTATAATTTTGATAGCATTTTATCTTCAATATTGTG
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * * *
35609 ATATATAATTCATTGATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCAAATGCTTTGTTGT
66 ATATATAATTCATTGATAATCCAACAAATGATTATAAATAGAAAAAAAATCAAATGATCTATTGT
*** * *
35674 TCTAGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCTTCCGGAAACATCATATGGATGCTATCCATT
131 TCTAGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTGCTT--GGAAATATGA-ATGGATGCTATCCATT
* * *
35739 GAC-TAGAAGAAAGCATTTGAAGTTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATG-TTTAATCAATGAA
193 GACATGGAA-AAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTT-ATCAATGAA
* * * * **
35802 TAATTATAATTTTGGTAACATTTTACCATCAATATTATAATATATAATTCATTTACAATGGTATA
256 TAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTACAATCCTATA
* * * * * * *
35867 AATGA-T-T--AT-----AT--ATCGAAAGCTTTGTTCTT-TGTGGTTAAAACCTATCATACTTG
321 AATGATTATAAATCCAAAATAAATCAAAAACATTATTGTTCT-TGGTTAAAGCCTATCATAATTG
* * * * * ** * *
35920 CATGTTGGCATTG-GAAA-ATGTGAAGT-GGATGCTATCCTTTGACAAGGAAAGAGGATTTT-AA
385 GATATTAGCATTGAGAAACA--TGAAATAGG-TGCTACCCACTGACAAAGAAAGAGCATTTTCAA
* *
35981 GTTTATCATGGCATT-G
447 -TTTATCA-CGCATTCA
** * * *
35997 AAAGCTCCAAATGCTTTATCAATGAAT-ATCTA-ACATTTTGATAACATGTTATCACCAATATTA
1 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT-TATA-ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
* * * * * * * *
36060 TGATATAAAATTCATTTATAAT-C--C-------TATAAATTGAAAATAAATTGAAA-GCTTTGT
64 TGATATATAATTCATTGATAATCCAACAAATGATTATAAATAGAAAA-AAAATCAAATGATCTAT
* *** * * * * *
36114 TGTTCTTGGTTAAGCCA-ATCAAAATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAA-GCAAATGTTATC
128 TGTTCTAGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTGC-TT-GGAAATATGAATG--GATGCTATC
* * * * *
36177 CATTGACAAGCAAAATGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT-AGAATGATTTATCAAT
189 CATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGA-AATGATTTATCAAT
* * * * * ** * *
36241 TAAAAATTATTATTTCGATAACATTTTATTATGGATATTATGATCTATAATTCA-TTGCTAATCC
253 GAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAC-AATCC
36305 TATAAA
317 TATAAA
36311 AAATTTCAAA
Statistics
Matches: 3553, Mismatches: 714, Indels: 437
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
440 1 0.00
441 5 0.00
442 132 0.04
443 40 0.01
444 6 0.00
451 12 0.00
452 245 0.07
453 429 0.12
454 166 0.05
455 256 0.07
456 135 0.04
457 13 0.00
458 62 0.02
459 28 0.01
460 6 0.00
461 15 0.00
462 133 0.04
463 224 0.06
464 172 0.05
465 22 0.01
466 355 0.10
467 13 0.00
468 17 0.00
469 452 0.13
470 18 0.01
471 9 0.00
472 1 0.00
473 8 0.00
474 165 0.05
475 33 0.01
476 230 0.06
477 124 0.03
479 1 0.00
481 1 0.00
482 3 0.00
483 12 0.00
484 7 0.00
485 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (461 bp):
AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
ATATATAATTCATTGATAATCCAACAAATGATTATAAATAGAAAAAAAATCAAATGATCTATTGT
TCTAGGTTAAAAAATATCATAATTGGATGTTTGCTTGGAAATATGAATGGATGCTATCCATTGAC
ATGGAAAAAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
ATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGA
TTATAAATCCAAAATAAATCAAAAACATTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATATT
AGCATTGAGAAACATGAAATAGGTGCTACCCACTGACAAAGAAAGAGCATTTTCAATTTATCACG
CATTCA
Found at i:37039 original size:221 final size:219
Alignment explanation
Indices: 36454--37441 Score: 1129
Period size: 221 Copynumber: 4.5 Consensus size: 219
36444 CCATGAAATG
*
36454 ATTGACAA-CAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC-TTATAAAGCTTGAAATGATTTATCAAT
1 ATTGACAAGGAAAA-AGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTA-AAAGCTTGAAATGATTTATCAAT
* * *** * * *
36517 TAATAATTATCATTTTGATAACCTTTTAAGTTCAATATTATGATACATAATTCATCTATAATTCT
64 GAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAA-TCATTTATAATACT
** ** * * * * *
36582 ATAAATGATTATAAATTGAAAGCTTTGTTGCCTTTAGTTAAAGACTATCAAAATTGGACGTTTGA
128 ATAAATGATTATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
36647 ATTGGGAAATGTGAAGTGAATGCTATCC
193 ATT-GGAAATGTGAAGTGAATGCTATCC
* * * *
36675 ATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAACTTGAAATGATTAATGAATG-
1 ATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGA
*
36739 ATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA-ACCTA
66 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAA-TCATTTATAATA-CTA
* * * *
36803 TAAACGATTATAAATCAAAAG-TATTGTTGTTTTTGGATAAAGCTTATCATAATTGGAAGTTTGC
129 TAAATGATTATAAATCAAAAGCT-TTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
*
36867 ATTGCGAAACT-TGAAGTGGATGCTATCC
193 ATTG-GAAA-TGTGAAGTGAATGCTATCC
* * * * * *
36895 ATTTACAAGGAAAAAGCGTTTTAAGTATATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATAATTTATCAATCA
1 ATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGA
* *
36960 TTAATTATCATTTTGATAATATTTTATCATCAATATTATGATATATTAATCATTTATAATACTAT
66 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATA-TAATCATTTATAATACTAT
* * * * * **
37025 AAATGATAATAAATCAAAAGCATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATTATAATTGGATGGTCACAT
130 AAATGATTATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAT
37090 TAGGAAATGTGAAGTGAATGCTATCC
195 T-GGAAATGTGAAGTGAATGCTATCC
* *
37116 ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CTTTCAAAAGCTT-AGAATGATTAATCAAT
1 ATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTT-AAAAGCTTGA-AATGATTTATCAAT
* * * * *
37179 GAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATCATATCT--CCATTTAAAAT-CAT
64 GAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATCATTTATAATAC-T
* ** * * *
37241 ATAAATTATTATAAATTGAAGGCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAGCCTAGT-ATAATTGGATGTTTC
128 ATAAATGATTATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCTA-TCATAATTGGATGTTTG
** *
37305 CATTTGGAAACCTGAAGTGGATGCTATCC
192 CA-TTGGAAATGTGAAGTGAATGCTATCC
* * * * * * *
37334 AATGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATCCCTTTGAAAGATTTAAATGATTTAACAATGA
1 ATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGA
* *
37399 ATAATTATCA-TTTGATAACAATTTATCTTCAATATTATGATAT
66 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
37442 GTTATTAATT
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 91, Indels: 42
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
217 31 0.05
218 145 0.22
219 10 0.02
220 189 0.29
221 270 0.41
222 12 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (219 bp):
ATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGA
ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATCATTTATAATACTATA
AATGATTATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT
GGAAATGTGAAGTGAATGCTATCC
Found at i:37450 original size:441 final size:440
Alignment explanation
Indices: 36464--37441 Score: 1271
Period size: 441 Copynumber: 2.2 Consensus size: 440
36454 ATTGACAACA
*
36464 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTAT-AAAGCTTGAAATGATTTATCAATTAATAATTATC
1 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT-TGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATCAATAATTATC
* ** * * *
36528 ATTTTGATAACCTTTTAAGTTCAATATTATGATACA-TAATTCATCTATAATTCTATAAATGATT
65 ATTTTGATAACATTTTATCTTCAATATTATGATATATTAA-TCATCTATAATACTATAAATGATA
** * * * *
36592 ATAAATTGAAAGCTTTGTTGCCTTTAGTTAAAGACTATCAAAATTGGACGTTTGAATTGGGAAAT
129 ATAAATCAAAAGCATTGTTGCCTTTAGTTAAAGACTATCAAAATTGGACGTGTCAATTAGGAAAT
36657 GTGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAACTT
194 GTGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAACTT
* *
36722 GAAATGATTAATGAATGATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAA
259 GAAATGATTAATCAATGATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT-ACATATAA
* * *
36787 TTCATTTATAAACCTATAAACGATTATAAATCAAAAGTATTGTTGTTTTTGGATAAAGCTTATCA
323 TCCATTTATAAACATATAAACGATTATAAATCAAAAGTATTGTTGTTTTTGGATAAAGCCTATCA
* * * *
36852 TAATTGGAAGTTTGCATTGCGAAACTTGAAGTGGATGCTATCCATTTACAAGG
388 TAATTGGAAGTTTCCATTGCGAAACCTGAAGTGGATGCTATCCAATGACAAGG
* * * * *
36905 AAAAAGCGTTTTAAGTATATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATAATTTATCAATCATTAATTATCA
1 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATCAATAATTATCA
* * *
36970 TTTTGATAATATTTTATCATCAATATTATGATATATTAATCATTTATAATACTATAAATGATAAT
66 TTTTGATAACATTTTATCTTCAATATTATGATATATTAATCATCTATAATACTATAAATGATAAT
* * * * * *
37035 AAATCAAAAGCATTGTTG-TTCTTGGTTAAAGCCTATTATAATTGGATG-GTCACATTAGGAAAT
131 AAATCAAAAGCATTGTTGCCT-TTAGTTAAAGACTATCAAAATTGGACGTGTCA-ATTAGGAAAT
* * *
37098 GTGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CTTTCAAAAGCT
194 GTGAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTT-AAAAACT
37162 T-AGAATGATTAATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT-CATAT
258 TGA-AATGATTAATCAATG-ATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATACATAT
* ** ** * * *
37225 -CTCCATTTA-AAATCATATAAATTATTATAAATTGAAGGCT-TTTTTGTTTTTGGTTAAAGCCT
321 AATCCATTTATAAA-CATATAAACGATTATAAATCAAAAG-TATTGTTGTTTTTGGATAAAGCCT
*
37287 AGT-ATAATTGGATGTTTCCATTTG-GAAACCTGAAGTGGATGCTATCCAATGACAAGG
384 A-TCATAATTGGAAGTTTCCA-TTGCGAAACCTGAAGTGGATGCTATCCAATGACAAGG
* * * * *
37344 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATCCCTTTGAAAGATTTAAATGATTTAACAATGAATAATTATCA
1 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATCAATAATTATCA
*
37409 -TTTGATAACAATTTATCTTCAATATTATGATAT
66 TTTTGATAACATTTTATCTTCAATATTATGATAT
37442 GTTATTAATT
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 61, Indels: 25
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
438 33 0.07
439 146 0.31
440 18 0.04
441 226 0.49
442 42 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (440 bp):
AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATCAATAATTATCA
TTTTGATAACATTTTATCTTCAATATTATGATATATTAATCATCTATAATACTATAAATGATAAT
AAATCAAAAGCATTGTTGCCTTTAGTTAAAGACTATCAAAATTGGACGTGTCAATTAGGAAATGT
GAAGTGAATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAACTTGA
AATGATTAATCAATGATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATACATATAATCC
ATTTATAAACATATAAACGATTATAAATCAAAAGTATTGTTGTTTTTGGATAAAGCCTATCATAA
TTGGAAGTTTCCATTGCGAAACCTGAAGTGGATGCTATCCAATGACAAGG
Found at i:42210 original size:232 final size:231
Alignment explanation
Indices: 41784--54277 Score: 9907
Period size: 232 Copynumber: 53.9 Consensus size: 231
41774 TTCTCTTTGA
* * ** * * *
41784 TAAAGCCTTTAATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAGTGAATGTTATCCATTGACAAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * ** * *
41849 AAAGAGCA-TTTAAGTTCATCATGTCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTTTTGATTAATAATTATAA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * ** *
41913 TTTTGATAACATTTTATCATCAAAATTATGATATATAATTCATCTATGTTCCTATTAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * *
41978 AAATCGAATATAAATCGAAAGTTTTGTTGTTTTTGAT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * * *
42015 TAAAGGCTATTATAATTGGATATTTGCATTGGAAAACATGAAGTGCATGTTATCCATTGACATGA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* *
42080 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTACGAAAGCTTGAAATTG-TTTGTCAATGAATAATTATC
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAA-TGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * *
42144 ATTTAGATAACATTTTATCATTATCATTTTGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAAAGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATAAT-ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * ** * **
42209 TAAAT-AGAACTAAGTCGAAAGCACTATTGTCATTGGT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* ** * * * * * *
42246 GAAAATCTATCATAATTAGATGATTAC-TTTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACATG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * *
42310 GAAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAATCTTGAAATGATTTATGAGTAAATAGTTATT
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA-T
* * * * * *
42375 C-TTTTGATAACATTTTATCCTCAATATTATGATATATAATTCTTTTAAAATCTTCTAGATGATT
129 CATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* * * *
42439 ATAAATAAAAAAAATAAAAAAATCAAAAGTTTTATTGTTCCTCTTGGT
193 ATAAAT--CAAAAAT----AAATCGAAAGCTTTGTTGTT--T-TTGGT
* * * * ** * * * *
42487 TAAAGCCTATTATAATTTGATGATTGCATTGGGAAATGTGAATTTGATGCTATCCATTGACGAGT
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
** * * * * *
42552 AAAGAGC-TTTCTAAGTTTATTGTGCCTAC-AATGGCTTGAAATTATTTATCAACT-AACAACTA
66 AAAGAGCATTT-TAAGTTTATCATGCCTTCGAA-AGCTTGAAATGATTTATCAA-TGAATAATTA
* * * ***
42614 TCATTTTGATAACATTTTATTAGCAATATTA-GAATACATAATTCATTTATAATTGAATAAATGA
128 TCATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATG-ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
* * ** * *
42678 TTATAAATAAAAAACTAGTGGAATATAAGTTGAAAGCTTTGTCATTCTTAGT
191 TTATAAAT---CAA--A----AATA-AA-TCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * ** * * *
42730 TAAAGACTATCATAATTAGATGTTAGTGTTGGGAAACATGAGGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * *
42795 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCAAT-CTTTCAAAAGCTTGGAATGATTTATGAGTGAATAATTATC
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATC-ATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* *
42859 ATTTTGATAAGATTTTATCATTAATATTATGAGATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * *
42924 TATATAAAAAATAAATTGAAACCTTTGTTG-ATTTGGAT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGG-T
* *
42962 TAAAGCCTATCATAATTGGATGCTTGCATT-GAGAAACGTGACA-TGGATGCTATCCATTGACAA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGA-AGTGGATGCTATCCATTGACAA
* *
43025 GGAAAGACCATTGTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
64 GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* * *
43090 CATTCTGATAAGATTTTATCATTAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
129 CATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* * * * *
43155 ATAGATAAAAAGATAAATTGAAACCTTTGTTG--ATTGGAAT
193 ATAAATCAAAA-ATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGG--T
* * * * * *
43195 TAAATCCTATCATAATTAGATGTTCGCATT-GAGAAACGTGACGTAGATGCTATCCATTGACAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * **** *
43259 GAAAGA-CTATTATAAGTTTATCATGCCTTTGGAAGCAACTAATGTTTTATCAATGAATAATTA-
65 GAAAGAGC-ATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* *
43322 CTATTTTGATAACATTTTATCTTCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT-ATGATAAATGA
129 C-ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCT-ATAAATGA
* * * **
43386 TTATAAATCAAAATTAAATTGAAAACTTTGTTGTTCATGGT
191 TTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * *
43427 TAAAGACC-ATCTTTATTGGATGTTTGTATTAGG-AAACGTAAAGTGGATACTATCCATTGACAA
1 TAAAG-CCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * * * *
43490 GGAAAGAGCATTGTAAGTTTATGATGACTAT-GAGAGGTTG-AATGATTTATCAATGAAGAGTTA
64 GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT-TCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* * * * *
43553 CCATTTTGGTAACATTTTATTATCAATATTATGATATATATTTCATTTATAATCCTATAAATGCT
128 TCATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT
* * *
43618 TATAAATCAAAAATATATCGAAAGCTTTGTTCTTCTTGGT
192 TATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * * * * *
43658 TAAAACCTATAATAAATGGATGATTGAATTGGGAAACATGAAATGGATACTATCCATTGACAA-A
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* ** *
43722 AATAGGGCATTTTATTTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTG-AATTATTTATCAATGAATAATTATC
66 AA-AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * * * *
43786 ACTTTGGTAACATTTTATCTTCAATATTGTGATAGATACTTCATTTATAATCATGTAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * *
43851 TATATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGCT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * *
43889 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCACTAGG-AAACATGAAGTGGATGCCATCCAATGATAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * *
43953 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGACTTTGGAAGCCTCAAATGATTTATCAATGAGTAATTATT
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * * *
44018 ATTTTGCTAACGTTTTAGCATTAATATTATGATATAAAATTCATTCACAATCCTATAAATGATTT
130 ATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* *
44083 TAAATTAAAAATAAATCCAAAATAAATTGATTGCTTTGTTGTTTTTGGT
194 TAAATCAAAAATAAAT-C-----GAA---A--GCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * * * *
44132 TAATGCCTAT-AGTAATTTGATGTTTGTATTAGGAAACGCA--AACTAGATGCTATTCATTAACA
1 TAAAGCCTATCA-TAATTGGATGTTTGCATT-GGAAA-ACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA
* * * * *
44194 AAGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTACGAAAGCTTCAAATGATTTATCAATAAATAATTA
63 AGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* *
44259 TCATTTTGATAAC-TTCTTATCATCAATATTACT-ATATATAAATAATTTATAATCCTATAAATG
128 TCATTTTGATAACATT-TTATCAT-AATATTA-TGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG
*** * * * * **
44322 ATT-GCCATCTAATATGAAAT-AAAAGTTTTGTCATTCTTT-GT
190 ATTATAAATCAAAAAT-AAATCGAAAGCTTTGTTGTT-TTTGGT
* * * ** ** *
44363 TAACA-CTTACCATAATTGGATGTTTGCATT-GAGAAACGA-GCAGTCAATGCTATCCACAGA-T
1 TAA-AGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAAC-ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA
* * * *
44424 AGAGAAATAACATTTTAAGTTTATCATACCCTT-GAAAGCATGAAATGATTTATCAATGAATAAT
63 AG-GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAT-GCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT
* * * *
44488 TACCATTTTGATAAAATTTTATCATCAATATTATGATATACACTTCATTTATAATCCTATAAATG
126 TATCATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG
* ** ** *
44553 ATTATAATTTGAAAATAAATTAAAAGCTTAGTTGTTTTTGGT
190 ATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * *
44595 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATCCTATCCATTGACAAGA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * *
44660 AAAAAGCATTTAAAGTTTATCATG-CTTCAAAAGCTTGAAATGATTTGTCAATGAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * *
44724 TTTTAATAACATTTCATCATCAATATTATGATATAT-ATTAATTTATAATCCTATAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * * *
44788 CAAT-AGGAAATAAATTGAAAGCATTGTTGTTCTTGGT
195 AAATCA-AAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * *
44825 TAAAGCCTATCATCATAGGATGATTGCATTGGAAGACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * *
44890 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGGCTTTGAAAGCATGAAATAATTTATCAATGAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
44955 TTTTAATAACATTTTATCATCAAAATTATTATATATAATTCATTTATAATCCAATAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * *
45020 AAATCTAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* ** *** * * * ** *
45057 TAAAGCCTATCATAAATGGACATTTGCATTGGGGTACATTAAGTGGTTGGTATCCATTTTCAAGT
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * *
45122 AAAAAGCATTTGAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATGA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * *
45187 TTTTGATAGCATTTTATAATCAATATGATGATATATAATTCATTTTTAATTCTATAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* ** *
45252 AAATAAAAAATAAATTAAAAG-TTCTATTGTTTTT-GT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTT-TGTTGTTTTTGGT
* * * * * * * * * *
45288 TAAAAGCCTATCATAATTAGATATATGCATTGGGAAACATCAAGTTGCTACTATCAATTTACAAG
1 T-AAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * *
45353 GAAAGAGCATTTTCATTTTATCATGCC-TCTAAAAG-TGTGTAATGATTTATCAATGAATAATTA
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-GAAAGCT-TGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* * * * * *
45416 TCATTTTGATAACATTTTGTCATCAATATTATGAAATATTATTCAATCACAATCCTATAAATGAT
128 TCATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT
* * * *
45481 TATAAATTAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTATTCTTGGT
192 TATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * *
45521 TAAAGCCTATCATAGTTGGATTTTTGCATTGGAAAACATGAAATAGAAGCTCTCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * *
45586 AAA-AGGCATTTTACGTTTATTATGCCTTTGACAGCTAGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
66 AAAGA-GCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * * * *
45650 ATCTTGATAACATTTTATTAGCAAT-GTATAATACATAATTCATGTATAACCCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
*
45714 TAAATC-AAAATAAATC-AAAGGCTTTGTTGTTCTTGGT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAA-GCTTTGTTGTTTTTGGT
* * ** * * ** *
45751 TAAAGACTATCACAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGA-GAAGTGGATACAATCCATCAAGAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * *
45815 GAAAGAGTATATTAAGTTTATCATGGCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATAAATAATTATA
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * *
45880 ACTTTGATAATAGTTTGTAATCAATATTATGATATATAATTCATTCATAATCCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * *** * *
45945 TAAATCGAAAATAAATTGAAAGGTTT-TCCATTCTAGT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * ** * *
45982 TAAAGCCTA-CATTAATTGGATGATTGCATTGGGAAATGTGAAGTCGATGC-AGTCCATT-AGCC
1 TAAAGCCTATCA-TAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTA-TCCATTGA-CA
* * * * ** *
46044 AGTAAAGAACAATTTAACTTTATCATGCCTTTTAAAGCTTGAAATAATTTATCAATGAATAA-TA
63 AGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* * * * * * *
46108 TTCATTTTGATAATATTTTATCATTAATCTTATGATATGTAATTCATTTCTAATCATACAAACGA
128 -TCATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
* * * * * **
46173 TTATCAATCAAACATAAATTGAAAGCTTTATTGTTCTTCAT
191 TTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * ** * * *
46214 TAATGCCTATCATAATTGGAAGTTTGCATAGGGAAATGTGCATTGGATG-TCATCCATTCG-TAA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCT-ATCCATT-GACAA
* * * *
46277 GAAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AGAAGCTTGAAATGTTTTATCAATAAATAATTA
64 GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* * * * *
46341 TAATTTTGATAACATTTTATCACCAATATTATGATATGTAATTTATTTATAAACCTATAAATGAT
128 TCATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT
* ** * *
46406 TATAAATCGAAAATAAATAAAAAGCTTTGCTGTTCTTGGCT
192 TATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGG-T
* * * ** * ** * * * *
46447 AAAAGACTTTCATAATTAAATGTTTGTATT-GAGAAATGTGAAGTGGATGCCATTCATTGGCAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* *
46511 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-ATAAGCTTGAAATGATTTATCAAAGAAGAATTAT
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* * * * * * *
46575 CATTTTTATAACAATTTATCATCAATATGACGTTATATCACTCATTTATAAT-CTGATAAATGAT
129 CATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCT-ATAAATGA-
* * *
46639 TATAAATAGAAAATAACTCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTCTTGGGT
191 T-T--AT-----A-AA-TCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * *
46690 TAAAGACC-ATAATAAATGGATGTTTGCATTGGAACAA-ATGAAGTGCACGCTAGCAATTGACAA
1 TAAAG-CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAA-AACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * ** *
46753 GGAAAAAGCATTTTGAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGTTAT
64 GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* * * ** *
46818 CATTTTGATAATATTTTACCATCAATATTTTGATATATAATTCATTTATAATTGTACAAATGATT
129 CATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* * * *
46883 ATAAATTAAAAATAAATTGAAAGCTTTTTTGTTGTTGGTT
193 ATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGG-T
* * * ** *
46923 TAAATCCTATCATAATTAGATGTTTGCATT-CAGAAATGTGAAGTGGATGCTATACATTGACAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * ** * * * *
46987 GAAAGAGAATTTTAAGTTTACCATGCCTTTAAAAGCTTGAACTGATTTATCAATTAATAATTTTG
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * *
47052 ATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGTTATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTC
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * ** * * *
47117 TAAATCGAAAATAAGTTAAAAGCTTTGTGGTTCTTAGT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * * * *
47155 TAAACCCTAACATAATTGGATATCTACAATGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCAATT-ATAAA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCC-ATTGACAAG
* * * * * * *
47219 GAAAGAGCATTTTAAGATTAACATGACTTCAAAAGCTTGTAATGATTTATCAATGGATAATTATG
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * * *
47284 ATTTTGATAACGTTTTATTATCAGTATTATGATTTATAATTAATTTATAATCTTATAAATTATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
** * *
47349 TAAATCGTAAATAAATTGAAAGCCTTGTTGTTTTTGGT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * ** * * *
47387 TAAAGCATATCATAATTGGATCTTTGCATTTTAAAACATGACGTAGATTCTATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * * * * *
47452 AAACAACATTTTAAGTTTATCATGGCGTCAAAAGATTGAAATGATTTCTCAATTAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * * *
47517 TCTTGATAATATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTATTATACTATAAATGATTAC
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * * * *
47582 AAATCAAAACTAAATTGAAAGCATTGTTGTTCTTAGA
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * ** * * * **
47619 TGAAGCCAATCATAATTGAATGTTCACATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCACTGACAAAT
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * * *
47684 AAAGAGCATTTTAAGATTAACGTGGCTTCGAAAGCTTGTAATGATTTATTAATGAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
47749 TTTTGATAACATTTTATCATTAGTATTGTCAGT-TGTAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
131 TTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGA-TATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* *
47813 TAAATC--------A---AAAGCTTTGTTGTTATTAGT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * *
47840 TAAAGCGTATCAAAATTGTATCTTTGCATTTGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * * * *
47905 AAAGAACACTTTAAGTTTATAATTCCTGCAAAAGCTTGAAATGA--T-T---T---T-A-CA--A
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * *
47957 TTTTGATAACA-TTTATTATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATAGAAATGA-T-T
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * *
48019 --AT---AAAT---T-GAAATCTTTGTCGTTGTTGGT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* ** * * * * *
48047 TAAAGTCTATCATAATTGGATG-TTGCATTGGAAAACATGAAGCAGATGATATCGACTGATAAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * * * * * * *
48111 AAAGAACATTTTAAGTTTACCACGCCTTTGAAAGTTTAAAATGATTTATCAGTGGATAACTATAA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * *
48176 TTTTGATAATATCTTATCATCAATATTATGATATATAATTTATTTATAATCATACAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG---AT
* * ** *
48241 AAATAAAAAATAAATAAAAAATAAATC-AAAGCTTTGTGGTTCCTAGT
192 ---T-----ATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * *
48288 TAAAGTCTATTATAATGGGATGTTTGCATTGGCAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGACATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * **
48353 AAAGAGAATGTTAAGTTTATCATGCCTTCTAAAGCTTGTAATGATTTATCAATGAATTCTTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* *
48418 TTTTGGTAACATTTTATCATCAATATTATGATATCTAATTCATTTATAATCCTATAAA-GTATAA
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG-AT--
* *
48482 TCGAAAATAAATCAAAAATAAATTGAAGGCTTTGTTGTTTTTGGT
192 T-----ATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * * *
48527 TAAAGCCTTTCTTAATTGTATGTTGGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGT
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * *
48592 AGAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATGATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
48657 TTTTGATAACATTTTATCATCAAGATTATGATATATAACTCATTTATAATCCTAAAAATCATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * * * * *
48722 AAATCGAAATTCAATTGAAAACTTTGTTGCTTTTCGT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * ** *
48759 TAAAGCTTTTCATAATTGGATGTTTAG-ATTGCG-AAATGTGAAGTGGATACTATCCATTGACAA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT-GCATTG-GAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * * * *
48822 GGAAAGGGCATTTTAAGTTTGTCTTGCCTTTGAAAGGTTGAAATAATTTATCAATGAATATTTAT
64 GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* * * * * * *
48887 TATTTTGACAA-AGTCTTATTATCAATATTATGGTACATAATTCATTTATAATCCTATAAATGGT
129 CATTTTGATAACA-TTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT
* ** * * *
48951 TATTAATGGAAAATAAATTGAAAGCTTTATTGTTTATGGT
192 TATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * ** * * * * * * *
48991 TAAAACCTATAATAATTTGATGTTTGCATTAGAAAATGTAAAATTGATGCAATCTATTAATAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* ** * * * **
49056 AAAGAGTATTCCAACTTTATCATGCCATT-GGAAGCTTGTAATGATTTATCAATGAATTGTTATC
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC-TTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * *
49120 ATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATTATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * * *
49185 CAAATAAAAAATAAATC-AAAGGTTTTGTTGTTCTAGGC
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAA-GCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * ** * *
49223 TAAAGCCTATCATAATTAGATATTTGCATTGGGAAATGTGAATTGGATGCTATCCATTGACATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* ** * ** * * *
49288 AAAGA-AAAATTAAATTTATCATGATTTTGGAAGCTTG--A--A---ATCAATCAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
49345 TTTTGATAACACTTTT-TCTTCAATATTATGAAATATAATTTATTTACAATCCTATAAATGATTA
131 TTTTGATAACA-TTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * *
49409 GAAATC-----T--A--G--ACCTTTGCTGTTCTTGGT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
** * * * * * * *
49436 TGCAGACTTTCCTAATTGAATG-TCGATATTGTG-AAACATGAAGTGGATGATATCCATTGACAA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG-CATTG-GAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * * *
49499 GGAAAAAGTATTTTAAGTTTATCATGGCTTCAAAAGCTTGATATGATTTATCAATGAATAGTTAT
64 GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* * * * *
49564 CTTTTTTATAACATTTTATCATCAACATTATGATAT-TAATTAATCTATAATCCTATAAATGATT
129 CATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* * * ** * ** *
49628 ATACATAAAAAATAAGTAAAAAACTTTGTTGTTCCTAGT
193 ATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * * *
49667 TAAAGCCTATCATAATTAGATCTTTGCATTTGG-AAACATGAAGTTGATGCTATCTATTTATATG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * ** *
49731 GAAAAAGCATTGTAAGTTTATAATGCCTTCAAAAGCTTGAAATTATTTCTCAATGAATAGGTACC
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * *
49796 ATTTTCATAACATTTTATCATCAACATTATGATAT-TAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
** ** ** *** *
49860 TAAATTGAAAATAAATAAAAAGCTTCATTGTACATAGT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * *
49898 TAAAGGCTATCATAATTGGATCTTTGAATTGG-AAACGTGAAATGGATGCTATGCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * * * * *
49962 AAAAAGCACTTTAAGTTTATGATGTCATCAAAAGATTGAAATGATTTCTCAATGAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
50027 TTTTGATAACATTTTATCATCAATACTATGATATGTAATTCATTTATAATCCAATAAATGATTAC
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* *
50092 AAATCAAAAATAAATTGAATGCTTTGTTGTTCTTT-GT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT-TTTGGT
* * * * * ** *
50129 TAAAGCCTATCTTATTTAGATGTTTCCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATAGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * ** * * * *
50194 AAACG-GTATTTTAAGTGTGTCATGCCTTTAAAAGCTTGGAAGGATTTATCAATGAATCATTATT
66 AAA-GAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * ** * *** * *
50258 ACTTTCATAACATTCAATCATCAGTATTATGATATACGCTTTATTTATAATCTTATAAATGATCA
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT--
* * * **
50323 TAACTCAAATGTAATTCAAAAATAAATTGAGAGCTATGTTGTTGATGGT
192 T-A-T---A---AA-TCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
*** * *** * * * *
50372 TGGTGCCTATCTTAATTGGGCATTTGCATT-GAGAAACGTAAAATGGATGCTATCC-TT-----T
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * * *
50430 G-AAGAGTATTTTAAGTTTACCATTCCTTTGAAGGCTTTAAATGATTTATCAATGGATAATTATT
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * ** *
50494 ATTTTGAAAACATCTTATCATCAATATTATGATATATATTTCATTTATAATCCTATAAAAAACTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
** * ** * *
50559 TAAATTGAAAATGAATC-AAACGCTTTGCGGTTGTTAGTT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAA-GCTTTGTTGTT-TTTGGT
* * * *
50598 TCAA-CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAATCATGAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * * *
50662 AAAGAGCGTTTTAAGTTTATAATGCCTTC-AAAGCGTGAAATGATTTCTCAATGAATAGTTACCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
** * * * *
50726 TGCTGATCACATTTTATCTTCAATATTATGATAT-TAATTCATTTATAATCCTAGAAATGATTAA
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * * * *
50790 AAATCAACAATAAACCAAAAGATTTGTTATTCTTGGT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * **
50827 TAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGCATTTGCAAACGTGAAGTGGATGCTATCCAGTGATGAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * * * *
50892 -AAGCAGCAATTTAAGCTTATCATGCCGTCGAAAGGTTTAAATGATTTCTCATTGAATAATTATC
66 AAAG-AGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
** * *
50956 ATTTCAATAGCAATTTATCATTAATATTATGATATATAACTT-A-TTATTAATCCTATAAATGAT
130 ATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGATATATAA-TTCATTTA-TAATCCTATAAATG--
*
51019 TATAAATAATAAATATATCAAAAATAAATC-AACAGCTTTGTTGTTCTT-GT
190 -AT---T-AT--A-A-ATCAAAAATAAATCGAA-AGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * * *
51069 ATAAAGCCTATCTTGATTGGATCTTTGCATT-TAGAAACGA-GAAATAGATGCTATTCATTGACA
1 -TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAAC-ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA
* * * * * **
51132 AGGAAAAAGCACTTTAAGTTTATCATGCCGT-GACAAGATTGAAATGATTTCTCAATGAATAAGC
63 AGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
* *
51196 ATCATTTTGATTACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCAATAAATGA
127 ATCATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
* * * *
51261 TTACAAAGCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTATTCTTT-GT
191 TTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT-TTTGGT
* * * * *
51302 TGAA-CCTATCATAATTGGATGTTTACATT-GAGAAACGTGAAGTAGATGCTATCCGTTGACAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * *
51365 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATTCCTT-TAATAGGTTGAAATGATTTATCAACGTACAATTCT
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAA-AGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* * *
51429 CATTTTGATAATATCTTATCATTAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAAAGATT
129 CATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
** * * * *
51494 ATAAATTGAAAATATATCAAAATCTTTGTGGTTCTTT-GT
193 ATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT-TTTGGT
* ** * * *
51533 TAAACCCTATCATAATTGGATGTTCACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTCTCCATAT-ATAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT-TGACAAG
* * * * * * * ** * *
51597 GAATGAGAATTTGAAGTTTATAATGACTTCGAAAGCTTGAAATAATTTCTCAATGAATTGTAACC
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * ** * *
51662 ATTTTGGTAAAATTGAATCATGAATATTGTGATAT-TAATTCATTTATAATCCTATATATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * *
51726 TAAATAAAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGG-
194 TAAAT-CAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* ** * *
51764 TAAATGTCTATCATAATTTAATCTTTGCATTTGGAAATGC--GAAGTGGATGCTATCCATTGACA
1 TAAA-GCCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAA-ACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA
* * ** ** * *
51827 AGGAAAGGGCACTTTAAACTTATCATG-CTGTCGAAAAATTGAAATGATTTGTCGATGAAT-ATT
63 AGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT-TCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
* *
51890 ATCATTTTCATAACATTTTATCATGAATATTATGGTATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
127 ATCATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
* * * * * * *
51955 TTAAAAAT-AAAATATAAATTGAAATCTTTATTATTCTCT-AT
191 TTATAAATCAAAA-ATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT-TTTGGT
* * ** * *
51996 TGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGG-AAATGTGAAGTGGATGCTATCTATTGACAAA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * *
52060 GAAAGAACACTTTAGGTTTATTATGCCTTTGAGAGCTTGAAATGATTTATCAATAAATAATTATC
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * *
52125 ATTTTGATAACATTTTATCATGAATATTGTGACATATTATTCATTTATAATCCTATCAA-GTATT
130 ATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG-ATT
** *
52189 ATAAATC----A-AAAT------CTTTGTTGTTCCTAGT
193 ATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * *** * * * *
52217 TAAGGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTCGAAATTGTGAAGTGGATCCAATCCATTGAGATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * *
52282 AAAGGGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAACAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * *
52347 CTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATAAAATTCATTTAT-ATCCAATAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA-T-T
* * * ** *
52411 AGATCGAAAGTAATTCTAAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTGCTAGT
193 --AT----A--AA-TCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * ** * * *
52459 TGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGTAA-TGAATGCTATCCATTAACAAA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATG-AAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
** * * ** * *
52523 GAAAGATTATTTTAAGTTTACCATTCCTTC-AAAGGCTTTG-AATGATAAATCAGTGGATAATTA
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA-GC-TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* * * *
52586 TCATTTTGATAACGTCTTATCATCAATATTATGATATATATTTCATTTATAATCCTAGAAATGAT
128 TCATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT
* * * * *
52651 TATAAATAAAAAATGAATC-AAACACTTTGATGTTATTGGT
192 TATAAATCAAAAATAAATCGAAA-GCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * *
52691 TAAAGCCTATCATAATTGGCTGTCTGCATTGAAAAACAGGAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * *
52756 AAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCCTTTGAAAGCTTAAAATGATTTTTCAATGAATAGTTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
*
52821 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT-TAATTCATTTATAGTCCTATAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
** * * * *
52885 AAATTGACAATAAATCAAAAGTTTTGTTGTTCTTGGT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * ** * * ** * * *
52922 TAAACCCGATCATAATTGGATCCTTGTATTTGAAAATGTGAAGTTGATACAATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * * * * *
52987 AAAGGGGATTTTAAGTTTTTCATGCCATCGAAAGATTGGAATGATTTATCAAAGATTAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * *
53052 TCTTGA-AACCATTTTATC---ATCTTATGATATATAATTCATTCATAATCCTATAAATAATTAC
131 TTTTGATAA-CATTTTATCATAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * *
53113 AACTCAAAAATAAATCGAATGCTTTGTTGTTCTTGTT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* ** * * * ** * * **
53150 TGAAGCAGATCATAATTGGATGGTTGTATTGGGAAATGTGAAGTGGATTCTATCAATTGGGAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * *
53215 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCGTACCTTTGAAAGCTTGAAATGATCCT-TCAATGCAA-AATTAT
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGAT-TTATCAATG-AATAATTAT
* ** * *
53278 GATTTTGATAATGTTTTCTCATCAATATTATGATATATAATACATTTATAATCCTATAAATGATT
129 CATTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* * *
53343 ATAAATCGAAAATAAATCAAAAGCTTTATT-TTTCTTGGT
193 ATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTT-TTGGT
* * * * * *
53382 TAAAGCCAATCATAATTAGATGTTTGCATTGGCAAACACGAAGTAGATGCCATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * *
53447 AAAGAGCATTTTAAGTTTACCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGAT-ATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
53511 TTTTGATAACATCTTATCATCAATATCATGATAAATAATTCATTTTTAATCCTATAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * *
53576 AAATAAAAAATAAATCAAAACCTTTGTTGTTCTTGGT
195 AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
* * * * * *
53613 TAAAGCTTATCATAATTGGACGTTTGCATTAGG-ACACAT-AAGTCGATGCTATCCATTTATAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * ** **
53676 GAAAGAGCATTTTAAATTTATCA-GACCTTTGACAA-CTTGAAATGATTTCTCAAAAAATGTTTA
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* * * *
53739 TCATTTTGATAACCA-TTTATGATTAATATTATGATAT-TAATTCATTTATAATTCTACAATTTG
128 TCATTTTGATAA-CATTTTATCA-TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAA-ATG
* * * * * * * *
53802 -TTAGAAATAAAAAATACATAGAAAACTTTTTTTTTTTTTAGT
190 ATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGC-TTTGTTGTTTTTGGT
* * *
53844 TAAAGCCTATCATAAGTGGATATTTGCATTTGG-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAAAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * *
53908 GAAAGAGCATTCTAAGTTTATCATGTCGTCAAAAGATTGGAATGATTTCTCAATGAATAATTATC
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * *
53973 ATTTTAATAACATTTTATCACCAATATTATG--ACATAATTCATTTGTAATTCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCA-TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* ** * * * * *
54036 CAAATTGAAAACAGATCCAAAGCTTAGTTGTTCTTT-AT
194 TAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT-TTTGGT
* * * * * * * *
54074 TGAAGCCTATCATAATTAGATGTTTTCATTAGAACACATAAAGTGGATGTTATCCAATT-ATAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCC-ATTGACAAG
* * * * * * * *
54138 GAAAGTGCATTTTAAATTTAGCAGGCCTTTGGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAAGTATC
65 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * *
54203 ATTTT-AGTAACATCTTATCATCAATATTATGGTACATAATTCATTTTTAATCCTATTAAGGATT
130 ATTTTGA-TAACATTTTATCAT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
*
54267 ACAAATCAAAA
193 ATAAATCAAAA
54278 GATTTATCAT
Statistics
Matches: 9816, Mismatches: 2043, Indels: 807
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
203 2 0.00
205 1 0.00
206 72 0.01
207 71 0.01
208 13 0.00
209 1 0.00
210 1 0.00
211 1 0.00
212 4 0.00
213 61 0.01
214 25 0.00
215 2 0.00
216 2 0.00
217 2 0.00
218 2 0.00
219 13 0.00
220 89 0.01
221 299 0.03
222 1 0.00
223 1 0.00
224 78 0.01
225 60 0.01
226 9 0.00
227 17 0.00
228 168 0.02
229 25 0.00
230 783 0.08
231 2401 0.24
232 3317 0.34
233 602 0.06
234 18 0.00
235 9 0.00
236 106 0.01
237 5 0.00
238 45 0.00
239 188 0.02
240 13 0.00
241 192 0.02
242 323 0.03
243 725 0.07
244 51 0.01
245 4 0.00
246 11 0.00
248 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (231 bp):
TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
TTTTGATAACATTTTATCATAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
AATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGT
Found at i:43879 original size:462 final size:462
Alignment explanation
Indices: 41784--55660 Score: 10672
Period size: 462 Copynumber: 30.0 Consensus size: 462
41774 TTCTCTTTGA
* * * ** * *
41784 TAAAGCCTTTAATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAGTGAATGTTATCCATTGACAA-A
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * ** * *
41848 GAAAGAGCA-TTTAAGTTCATCATGTCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTTTTGATTAATAATTATA
66 -AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * ** *
41912 ATTTTGATAACATTTTATCATCAAAATTATGATATATAATTCATCTATGTTCCTATTAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * * * * * *
41977 TAAATCGAATATAAATCGAAAGTTTTGTTGTTTTTGATTAAAGGCTATTATAATTGGATATTTGC
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * *
42042 ATTGGAAAACATGAAGTGCATGTTATCCATTGACATGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
260 ATTGG-AAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * *
42107 ACGAAAGCTTGAAATTG-TTTGTCAATGAATAATTATCATTTAGATAACATTTTATCAT-TATCA
324 -TGAAAGCTTGAAA-TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAAT-A
* * * * * **
42170 TTTTGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAAAGATTATAAAT-AGAACTAAGTCGAAAGCACT
386 TTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTT
*
42234 ATTG-TCATTGGT
451 GTTGTTC-TTGGT
* ** * * * * * * * *
42246 GAAAATCTATCATAATTAGATGATTACTTTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * * * *
42311 AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAATCTTGAAATGATTTATGAGTAAATAGTTATTC
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA-TC
* * * * * *
42376 -TTTTGATAACATTTTATCCTCAATATTATGATATATAATTCTTTTAAAATCTTCTAGATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * *
42440 TAAATAAAAAAAATAAAAAAATCAAAAGTTTTATTGTTCCTCTTGGTTAAAGCCTATTATAATTT
195 TAAAT--CAAAAAT----AAATCAAAAGCTTTGTTG-T--TCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTG
* * * * * *
42505 GATGATTGCATTGGGAAATGTGAATTTGATGCTATCCATTGACGAGTAAAGAGC-TTTCTAAGTT
251 GATGTTTGCATT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTT-TAAGTT
** ** * * * *
42569 TATTGTGCCTACAATGGCTTGAAATTATTTATCAACT-AACAACTATCATTTTGATAACATTTTA
314 TATCATGCCTTGAA-AGCTTGAAATGATTTATCAA-TGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTA
* * * *** *
42633 TTAGCAATATTA-GAATACATAATTCATTTATAATTGAATAAATGATTATAAATAAAAAACTAGT
377 TCATCAATATTATG-ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAT---CAA--A--
* ** *
42697 GGAATATAAGTTGAAAGCTTTGTCATTCTTAGT
434 --AATA-AA-TCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGT
* * * ** *
42730 TAAAGACTATCATAATTAGATGTTAGTGTTGGGAAACATGAGGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * *
42795 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCAAT-CTTTCAAAAGCTTGGAATGATTTATGAGTGAATAATTATC
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATC-ATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * *
42859 ATTTTGATAAGATTTTATCATTAATATTATGAGATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * ** * * *
42924 TATATAAAAAATAAATTGAAACCTTTGTTGAT-TTGGATTAAAGCCTATCATAATTGGATGCTTG
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGG-TTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG
* *
42988 CATTGAGAAACGTGACA-TGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGACCATTGTAAGTTTATCATGC
259 CATTG-GAAACGTGA-AGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC
* * *
43052 CTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTCTGATAAGATTTTATCATTAATA
322 CTT-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATA
* * * * *
43117 TTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAGATAAAAAGATAAATTGAAACCTT
386 TTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAA-ATAAATCGAAAGCTT
*
43182 TGTTG--ATTGGAAT
450 TGTTGTTCTTGG--T
* * * * * * * *
43195 TAAATCCTATCATAATTAGATGTTCGCATTGAGAAACGTGACGTAGATGCTATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * **** *
43260 AAAGA-CTATTATAAGTTTATCATGCCTTTGGAAGCAACTAATGTTTTATCAATGAATAATTA-C
66 AAAGAGC-ATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* *
43323 TATTTTGATAACATTTTATCTTCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT-ATGATAAATGAT
130 -ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCT-ATAAATGAT
* * * * *
43387 TATAAATCAAAATTAAATTGAAAA-CTTTGTTGTTCATGGTTAAAGACC-ATCTTTATTGGATGT
193 TATAAATCAAAAATAAA-TCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG-CCTATCATAATTGGATGT
* * * * *
43450 TTGTATTAGGAAACGTAAAGTGGATACTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTGTAAGTTTATGAT
256 TTGCATT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAT
* * * * * * * *
43515 GACTATGAGAGGTTG-AATGATTTATCAATGAAGAGTTACCATTTTGGTAACATTTTATTATCAA
320 GCCT-TGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAA
* * *
43579 TATTATGATATATATTTCATTTATAATCCTATAAATGCTTATAAATCAAAAATATATCGAAAGCT
384 TATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCT
*
43644 TTGTTCTTCTTGGT
449 TTGTTGTTCTTGGT
* * * * * * *
43658 TAAAACCTATAATAAATGGATGATTGAATTGGGAAACATGAAATGGATACTATCCATTGACAA-A
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* ** *
43722 AATAGGGCATTTTATTTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTG-AATTATTTATCAATGAATAATTATC
66 AA-AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * * * *
43786 ACTTTGGTAACATTTTATCTTCAATATTGTGATAGATACTTCATTTATAATCATGTAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * *
43851 TATATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGCTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * * *
43916 ACTAGGAAACATGAAGTGGATGCCATCCAATGATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGACT
260 A-TTGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CC
* * * * * * * * *
43981 TTGGAAGCCTCAAATGATTTATCAATGAGTAATTATTATTTTGCTAACGTTTTAGCATTAATATT
323 TTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
* * * * * *
44046 ATGATATAAAATTCATTCACAATCCTATAAATGATTTTAAATTAAAAATAAATCCAAAATAAATT
388 ATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAAT-C-----GAA--
*
44111 GATTGCTTTGTTGTTTTTGGT
445 -A--GCTTTGTTGTTCTTGGT
* * * * *** * * * *
44132 TAATGCCTAT-AGTAATTTGATGTTTGTATTAGGAAACGCAAACTAGATGCTATTCATTAACAAA
1 TAAAGCCTATCA-TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AA
* * *
44196 GAAAA-AGCATTTTAAGTTTATCATGCCTACGAAAGCTTCAAATGATTTATCAATAAATAATTAT
64 GAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* *
44260 CATTTTGATAAC-TTCTTATCATCAATATTACT-ATATATAAATAATTTATAATCCTATAAATGA
129 CATTTTGATAACATT-TTATCATCAATATTA-TGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
*** * * * ** * * *
44323 TT-GCCATCTAATATGAAAT-AAAAGTTTTGTCATTCTTTGTTAACA-CTTACCATAATTGGATG
192 TTATAAATCAAAAAT-AAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAA-AGCCTATCATAATTGGATG
* * ** ** * * *
44385 TTTGCATTGAGAAACGAGCAGTCAATGCTATCCACAGA-TAGAGAAATAACATTTTAAGTTTATC
255 TTTGCATTG-GAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG-GAAAGAGCATTTTAAGTTTATC
* * * *
44449 ATACCCTTGAAAGCATGAAATGATTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAAAATTTTATCATC
318 AT-GCCTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATC
* * * ** **
44514 AATATTATGATATACACTTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAATTTGAAAATAAATTAAAAG
382 AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAG
* *
44579 CTTAGTTGTTTTTGGT
447 CTTTGTTGTTCTTGGT
*
44595 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATCCTATCCATTGACAAGA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * *
44660 AAAAAGCATTTAAAGTTTATCATG-CTTCAAAAGCTTGAAATGATTTGTCAATGAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * *
44724 TTTTAATAACATTTCATCATCAATATTATGATATAT-ATTAATTTATAATCCTATAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * ** * * * *
44788 CAAT-AGGAAATAAATTGAAAGCATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATCATAGGATGATTGC
196 AAATCA-AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* *
44852 ATTGGAAGACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGGCT
260 ATTGGAA-ACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAT-GCC
* * * *
44917 TTGAAAGCATGAAATAATTTATCAATGAATAATTATCATTTTAATAACATTTTATCATCAAAATT
323 TTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
* * * *
44982 ATTATATATAATTCATTTATAATCCAATAAATGATTATAAATCTAAAATAAATTGAAAGCTTTGT
388 ATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGT
45047 TGTTCTTGGT
453 TGTTCTTGGT
* ** ** * * * **
45057 TAAAGCCTATCATAAATGGACATTTGCATTGGGGTACATTAAGTGGTTGGTATCCATTTTCAAGT
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG-
* *
45122 AAAA-AGCATTTGAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATG
65 AAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * *
45186 ATTTTGATAGCATTTTATAATCAATATGATGATATATAATTCATTTTTAATTCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * * * *
45251 TAAATAAAAAATAAATTAAAAG-TTCTATTGTT-TTTGTTAAAAGCCTATCATAATTAGATATAT
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTT-TGTTGTTCTTGGTT-AAAGCCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * * * *
45314 GCATTGGGAAACATCAAGTTGCTACTATCAATTTACAAGGAAAGAGCATTTTCATTTTATCATGC
258 GCATT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC
* * *
45379 CTCTAAAAG-TGTGTAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTGTCATCAAT
322 CT-TGAAAGCT-TGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAAT
* * * * * * *
45443 ATTATGAAATATTATTCAATCACAATCCTATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATTGAAAGCTT
385 ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTT
*
45508 TGTTATTCTTGGT
450 TGTTGTTCTTGGT
* * * * * * *
45521 TAAAGCCTATCATAGTTGGATTTTTGCATTGGAAAACATGAAATAGAAGCTCTCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA-G
* * * * *
45586 AAAAG-GCATTTTACGTTTATTATGCCTTTGACAGCTAGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
65 AAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * * * *
45650 ATCTTGATAACATTTTATTAGCAAT-GTATAATACATAATTCATGTATAACCCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * *
45714 TAAATC-AAAATAAATCAAAGGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGACTATCACAATTGGATGTTTGC
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * ** * * * *
45778 ATTGGGAAATGAGAAGTGGATACAATCCATCAAGAAGGAAAGAGTATATTAAGTTTATCATGGCT
260 ATT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * * * * * *
45843 TCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATAAATAATTATAACTTTGATAATAGTTTGTAATCAATATT
324 T-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
* * * *
45908 ATGATATATAATTCATTCATAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAAAGGTTT-T
388 ATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGT
** *
45972 CCATTC-TAGT
453 -TGTTCTTGGT
* ** * *
45982 TAAAGCCTA-CATTAATTGGATGATTGCATTGGGAAATGTGAAGTCGATGC-AGTCCATT-AGCC
1 TAAAGCCTATCA-TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTA-TCCATTGA-CA
* * * * ** *
46044 AGTAAAGAACAATTTAACTTTATCATGCCTTTTAAAGCTTGAAATAATTTATCAATGAATAA-TA
63 AGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* * * * * * * *
46108 TTCATTTTGATAATATTTTATCATTAATCTTATGATATGTAATTCATTTCTAATCATACAAACGA
128 -TCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
* * ** * ** * *
46173 TTATCAATCAAACATAAATTGAAAGCTTTATTGTTCTTCATTAATGCCTATCATAATTGGAAGTT
192 TTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * * *
46238 TGCATAGGGAAATGTGCATTGGATG-TCATCCATTCG-TAAGAAAAAAGCATTTTAAGTTTATCA
257 TGCAT-TGGAAACGTGAAGTGGATGCT-ATCCATT-GACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCA
* * * * *
46301 TGCCTTCAGAAGCTTGAAATGTTTTATCAATAAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCACCA
319 TGCCTTGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCA
* * * * **
46366 ATATTATGATATGTAATTTATTTATAAACCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATAAAAAGC
383 ATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGC
*
46431 TTTGCTGTTCTTGGCT
448 TTTGTTGTTCTTGG-T
* * * ** * * ** * * * * *
46447 AAAAGACTTTCATAATTAAATGTTTGTATTGAGAAATGTGAAGTGGATGCCATTCATTGGCAGGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* *
46512 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-ATAAGCTTGAAATGATTTATCAAAGAAGAATTATC
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * * *
46576 ATTTTTATAACAATTTATCATCAATATGACGTTATATCACTCATTTATAAT-CTGATAAATGATT
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCT-ATAAATGA-T
*
46640 ATAAATAGAAAATAACTCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTG-TCTTGGGTTAAAGACC-ATAAT
193 -T--AT-----A-AA-TCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTT-GGTTAAAG-CCTATCAT
* ** * * * * * *
46703 AAATGGATGTTTGCATTGGAACAAATGAAGTGCACGCTAGCAATTGACAAGGAAAAAGCATTTTG
246 AATTGGATGTTTGCATTGGAA-ACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTA
* * *
46768 AGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGTTATCATTTTGATAATATT
310 AGTTTATCATGCC-TTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATT
* * ** * *
46833 TTACCATCAATATTTTGATATATAATTCATTTATAATTGTACAAATGATTATAAATTAAAAATAA
374 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAA
* * *
46898 ATTGAAAGCTTTTTTGTTGTTGGTT
439 ATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGG-T
* * ** ** * *
46923 TAAATCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTCAGAAATGTGAAGTGGATGCTATACATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * ** * * * *
46988 AAAGAGAATTTTAAGTTTACCATGCCTTTAAAAGCTTGAACTGATTTATCAATTAATAATTTTGA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * *
47053 TTTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGTTATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTCT
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * * * * * * * *
47118 AAATCGAAAATAAGTTAAAAGCTTTGTGGTTCTTAGTTAAACCCTAACATAATTGGATATCTACA
196 AAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * * * * *
47183 ATGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCAATT-ATAAAGAAAGAGCATTTTAAGATTAACATGACT
261 TTGG-AAACGTGAAGTGGATGCTATCC-ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * * * * *
47247 TCAAAAGCTTGTAATGATTTATCAATGGATAATTATGATTTTGATAACGTTTTATTATCAGTATT
324 T-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
* * * * ** * *
47312 ATGATTTATAATTAATTTATAATCTTATAAATTATTATAAATCGTAAATAAATTGAAAGCCTTGT
388 ATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGT
*
47377 TGTTTTTGGT
453 TGTTCTTGGT
* * *** * * * *
47387 TAAAGCATATCATAATTGGATCTTTGCATTTTAAAACATGACGTAGATTCTATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * * * * *
47452 AAACAACATTTTAAGTTTATCATGGCGTCAAAAGATTGAAATGATTTCTCAATTAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * * *
47517 TCTTGATAATATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTATTATACTATAAATGATTAC
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* ** * * * * * * **
47582 AAATCAAAACTAAATTGAAAGCATTGTTGTTCTTAGATGAAGCCAATCATAATTGAATGTTCACA
196 AAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * ** * * * *
47647 TTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCACTGACAAATAAAGAGCATTTTAAGATTAACGTGGCTT
261 TT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* * * * *
47712 CGAAAGCTTGTAATGATTTATTAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATTAGTATTG
325 -GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
* *
47777 TCAGT-TGTAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATC--------A---AAAGCTTTGT
389 TGA-TATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGT
* *
47830 TGTTATTAGT
453 TGTTCTTGGT
* * * * * *
47840 TAAAGCGTATCAAAATTGTATCTTTGCATTTGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA-A
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * * * *
47904 GAAAGAACACTTTAAGTTTATAATTCCTGCAAAAGCTTGAAATGA--T-T---T---T-A-CA--
66 -AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * *
47956 ATTTTGATAACA-TTTATTATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATAGAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * *
48020 TAAAT------TGAAAT------CTTTGTCGTTGTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATG-TTG
195 TAAATCAAAAAT-AAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG
* ** * * * * * * * *
48072 CATTGGAAAACATGAAGCAGATGATATCGACTGATAAAGAAAGAACATTTTAAGTTTACCACGCC
259 CATTGG-AAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * * * * * *
48137 TTTGAAAGTTTAAAATGATTTATCAGTGGATAACTATAATTTTGATAATATCTTATCATCAATAT
323 -TTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
* * * *
48202 TATGATATATAATTTATTTATAATCATACAAATGATTATAAATAAAAAATAAATAAAAAATAAAT
387 TATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG---AT---T-----ATAAATCAAAAATAAAT
* * *
48267 C-AAAGCTTTGTGGTTCCTAGT
441 CGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGT
* * * * * * *
48288 TAAAGTCTATTATAATGGGATGTTTGCATTGGCAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGACATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * **
48353 AAAGAGAATGTTAAGTTTATCATGCCTTCTAAAGCTTGTAATGATTTATCAATGAATTCTTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* *
48418 TTTTGGTAACATTTTATCATCAATATTATGATATCTAATTCATTTATAATCCTATAAA-GTATAA
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG-AT--
** * * * * *
48482 TCGAAAATAAATCAAAAATAAATTGAAGGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCTTTCTTAATTGTA
193 T-----ATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGA
* * * *
48547 TGTTGGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGTAGAGAACATTTTAAGTTTAT
253 TGTTTGCATT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTAT
* *
48612 CATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATGATCATTTTGATAACATTTTATCAT
317 CATGCCTT-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAT
* * * * * * * *
48677 CAAGATTATGATATATAACTCATTTATAATCCTAAAAATCATTATAAATCGAAATTCAATTGAAA
381 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAA
* *
48742 ACTTTGTTGCTT-TTCGT
446 GCTTTGTTG-TTCTTGGT
* * * ** *
48759 TAAAGCTTTTCATAATTGGATGTTTAG-ATTGCGAAATGTGAAGTGGATACTATCCATTGACAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT-GCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * * * *
48823 GAAAGGGCATTTTAAGTTTGTCTTGCCTTTGAAAGGTTGAAATAATTTATCAATGAATATTTATT
65 AAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * *
48888 ATTTTGACAA-AGTCTTATTATCAATATTATGGTACATAATTCATTTATAATCCTATAAATGGTT
130 ATTTTGATAACA-TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* ** ** * * * *
48952 ATTAATGGAAAATAAATTGAAAGCTTTATTGTT-TATGGTTAAAACCTATAATAATTTGATGTTT
194 ATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCT-TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * * * * * ** *
49016 GCATTAGAAAATGTAAAATTGATGCAATCTATTAATAAGGAAAGAGTATTCCAACTTTATCATGC
258 GCATT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC
* * ** *
49081 CATTGGAAGCTTGTAATGATTTATCAATGAATTGTTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATA
322 C-TTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATA
* * * * *
49146 TTATGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATTATTACAAATAAAAAATAAATC-AAAGGTTT
386 TTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAA-GCTT
* *
49210 TGTTGTTCTAGGC
450 TGTTGTTCTTGGT
* * ** * * *
49223 TAAAGCCTATCATAATTAGATATTTGCATTGGGAAATGTGAATTGGATGCTATCCATTGACATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* ** * ** * * *
49288 AAAGA-AAAATTAAATTTATCATGATTTTGGAAGCTTG--A--A---ATCAATCAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
49345 TTTTGATAACACTTTT-TCTTCAATATTATGAAATATAATTTATTTACAATCCTATAAATGATTA
131 TTTTGATAACA-TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * ** * * * * *
49409 GAAATC-----TAGA-C-----CTTTGCTGTTCTTGGTTGCAGACTTTCCTAATTGAATG-TCGA
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG-
* * * * * *
49462 TATTGTGAAACATGAAGTGGATGATATCCATTGACAAGGAAAAAGTATTTTAAGTTTATCATGGC
259 CATTG-GAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * * * *
49527 TTCAAAAGCTTGATATGATTTATCAATGAATAGTTATCTTTTTTATAACATTTTATCATCAACAT
323 TT-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
* * * * * ** *
49592 TATGATAT-TAATTAATCTATAATCCTATAAATGATTATACATAAAAAATAAGTAAAAAACTTTG
387 TATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTG
* *
49656 TTGTTCCTAGT
452 TTGTTCTTGGT
* * * * * * * *
49667 TAAAGCCTATCATAATTAGATCTTTGCATTTGGAAACATGAAGTTGATGCTATCTATTTATATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA-AG
* * * * * ** *
49732 AAAA-AGCATTGTAAGTTTATAATGCCTTCAAAAGCTTGAAATTATTTCTCAATGAATAGGTACC
65 AAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * *
49796 ATTTTCATAACATTTTATCATCAACATTATGATAT-TAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
** * ** * * * * * *
49860 TAAATTGAAAATAAATAAAAAGCTTCATTGTACATAGTTAAAGGCTATCATAATTGGATCTTTGA
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * * *
49925 ATTGGAAACGTGAAATGGATGCTATGCATTGACAAGGAAAAAGCACTTTAAGTTTATGATGTCAT
260 ATTGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CCT
** * * *
49990 CAAAAGATTGAAATGATTTCTCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATACTA
324 TGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
* * * * *
50055 TGATATGTAATTCATTTATAATCCAATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATTGAATGCTTTGTT
389 TGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTT
*
50120 GTTCTTTGT
454 GTTCTTGGT
* * * * ** *
50129 TAAAGCCTATCTTATTTAGATGTTTCCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATAGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA-G
* * * * ** * * * *
50194 AAACG-GTATTTTAAGTGTGTCATGCCTTTAAAAGCTTGGAAGGATTTATCAATGAATCATTATT
65 AAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * ** * *** * *
50258 ACTTTCATAACATTCAATCATCAGTATTATGATATACGCTTTATTTATAATCTTATAAATGATCA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT--
** * * ** *** *
50323 TAACTCAAATGTAATTCAAAAATAAATTGAGAGCTATGTTGTTGATGGTTGGTGCCTATCTTAAT
193 T-A-T---A---AA-TCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAAT
*** * * * *
50388 TGGGCATTTGCATTGAGAAACGTAAAATGGATGCTATCC-TT-----TG-AAGAGTATTTTAAGT
249 TGGATGTTTGCATTG-GAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGT
* * * * * * * *
50446 TTACCATTCCTTTGAAGGCTTTAAATGATTTATCAATGGATAATTATTATTTTGAAAACATCTTA
313 TTATCATGCC-TTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTA
* ** * ** *
50511 TCATCAATATTATGATATATATTTCATTTATAATCCTATAAAAAACTATAAATTGAAAATGAATC
377 TCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATC
** * *
50576 -AAACGCTTTGCGGTTGTTAGTT
442 GAAA-GCTTTGTTGTTCTT-GGT
* * *
50598 TCAA-CCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAATCATGAAGTGGATGCTATCCATTTATAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-CATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * *
50661 GAAAGAGCGTTTTAAGTTTATAATGCCTTC-AAAGCGTGAAATGATTTCTCAATGAATAGTTACC
65 AAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
** * * *
50725 ATGCTGATCACATTTTATCTTCAATATTATGATAT-TAATTCATTTATAATCCTAGAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * * *
50789 AAAATCAACAATAAACCAAAAGATTTGTTATTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGC
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * ** * *
50854 ATTTGCAAACGTGAAGTGGATGCTATCCAGTGATGAGG-AAGCAGCAATTTAAGCTTATCATGCC
260 A-TTGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAG-AGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * * * ** * * *
50918 GTCGAAAGGTTTAAATGATTTCTCATTGAATAATTATCATTTCAATAGCAATTTATCATTAATAT
323 -TTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
50983 TATGATATATAACTT-A-TTATTAATCCTATAAATGATTATAAATAATAAATATATCAAAAATAA
387 TATGATATATAA-TTCATTTA-TAATCCTATAAATG---AT---T-AT--A-A-ATCAAAAATAA
51046 ATC-AACAGCTTTGTTGTTCTT-GT
439 ATCGAA-AGCTTTGTTGTTCTTGGT
* * * ** * * *
51069 ATAAAGCCTATCTTGATTGGATCTTTGCATTTAGAAACGA-GAAATAGATGCTATTCATTGACAA
1 -TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC-ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * **
51133 GGAAAA-AGCACTTTAAGTTTATCATGCCGT-GACAAGATTGAAATGATTTCTCAATGAATAAGC
64 -GAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
* *
51196 ATCATTTTGATTACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCAATAAATGA
127 ATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
* * * * * * *
51261 TTACAAAGCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTATTCTTTGTTGAA-CCTATCATAATTGGATGTT
192 TTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTT
* * * *
51325 TACATTGAGAAACGTGAAGTAGATGCTATCCGTTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATT
257 TGCATTG-GAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG
* * * * * * * * *
51390 CCTTTAATAGGTTGAAATGATTTATCAACGTACAATTCTCATTTTGATAATATCTTATCATTAAT
321 CCTTGAA-AGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAAT
* ** * * *
51455 ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAAAGATTATAAATTGAAAATATATCAAAATCTT
385 ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTT
* *
51520 TGTGGTTCTTTGT
450 TGTTGTTCTTGGT
* ** * * * *
51533 TAAACCCTATCATAATTGGATGTTCACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTCTCCATAT-ATAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT-TGACAAG
* * * * * * * * ** * *
51597 GAATGAGAATTTGAAGTTTATAATGACTTCGAAAGCTTGAAATAATTTCTCAATGAATTGTAACC
65 AAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * ** * * *
51662 ATTTTGGTAAAATTGAATCATGAATATTGTGATAT-TAATTCATTTATAATCCTATATATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* ** * ** *
51726 TAAATAAAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGG-TAAATGTCTATCATAATTTAATCTTT
195 TAAAT-CAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAA-GCCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * **
51790 GCATTTGGAAATGCGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGGGCACTTTAAACTTATCATG-
258 GCA-TTGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC
** * * * *
51854 CTGTCGAAAAATTGAAATGATTTGTCGATGAAT-ATTATCATTTTCATAACATTTTATCATGAAT
322 CT-T-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAAT
* * * *
51918 ATTATGGTATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAAAAAT-AAAATATAAATTGAAATCT
385 ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAA-ATAAATCGAAAGCT
* * *
51982 TTATTATTCTCT-AT
449 TTGTTGTTCT-TGGT
* * * ** *
51996 TGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCTATTGACAA-A
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * * * *
52060 GAAAGAACACTTTAGGTTTATTATGCCTTTGAGAGCTTGAAATGATTTATCAATAAATAATTATC
66 -AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * *
52125 ATTTTGATAACATTTTATCATGAATATTGTGACATATTATTCATTTATAATCCTATCAA-G--TA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * *
52187 T---T-----ATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCCTAGTTAAGGTCTATCATAATTGGATGTTTGC
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * * * * *
52244 ATTCGAAATTGTGAAGTGGATCCAATCCATTGAGATGGAAAGGGCATTTTAAGTTTATCATACCT
260 ATTGGAAA-CGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * *
52309 TCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAACAATTATCACTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
324 T-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
* * *
52374 ATGATATAAAATTCATTTAT-ATCCAATAAATGATTATAGATCGAAAGTAATTCTAAAATAAATC
388 ATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA-T-T--AT----A--AA-TCAAAAATAAATC
* * *
52438 AAAATCTTTGTTGTTGC-TAGT
442 GAAAGCTTTGTTGTT-CTTGGT
* * ** * *
52459 TGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGTAA-TGAATGCTATCCATTAACAA-
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATG-AAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
** * * ** * *
52522 AGAAAGATTATTTTAAGTTTACCATTCCTTC-AAAGGCTTTG-AATGATAAATCAGTGGATAATT
65 A-AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA-GC-TTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
* * * *
52585 ATCATTTTGATAACGTCTTATCATCAATATTATGATATATATTTCATTTATAATCCTAGAAATGA
127 ATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
* * * * *
52650 TTATAAATAAAAAATGAATCAAACA-CTTTGATGTTATTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGCTGT
192 TTATAAATCAAAAATAAATCAAA-AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGT
* * * * *
52714 CTGCATTGAAAAACAG-GAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAA
256 TTGCATTG-GAAAC-GTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCA
* * *
52778 TGCCTTTGAAAGCTTAAAATGATTTTTCAATGAATAGTTATCATTTTGATAACATTTTATCATCA
319 TGCC-TTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCA
* ** * * *
52843 ATATTATGATAT-TAATTCATTTATAGTCCTATAAATGATTATAAATTGACAATAAATCAAAAGT
383 ATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGC
52907 TTTGTTGTTCTTGGT
448 TTTGTTGTTCTTGGT
* * ** * * * ** * * * *
52922 TAAACCCGATCATAATTGGATCCTTGTATTTGAAAATGTGAAGTTGATACAATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * * * * *
52987 AAAGGGGATTTTAAGTTTTTCATGCCATCGAAAGATTGGAATGATTTATCAAAGATTAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * *
53052 TCTTGA-AACCATTTTATCATC----TTATGATATATAATTCATTCATAATCCTATAAATAATTA
131 TTTTGATAA-CATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * * * ** * *
53112 CAACTCAAAAATAAATCGAATGCTTTGTTGTTCTTGTTTGAAGCAGATCATAATTGGATGGTTGT
195 TAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * ** * *
53177 ATTGGGAAATGTGAAGTGGATTCTATCAATTGGGAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCGTACCT
260 ATT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC-
* * ** *
53242 TTGAAAGCTTGAAATGATCCT-TCAATGCAA-AATTATGATTTTGATAATGTTTTCTCATCAATA
323 TTGAAAGCTTGAAATGAT-TTATCAATG-AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATA
* * *
53305 TTATGATATATAATACATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAGCTTT
386 TTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTT
* *
53370 ATTTTTCTTGGT
451 GTTGTTCTTGGT
* * * * * * *
53382 TAAAGCCAATCATAATTAGATGTTTGCATTGGCAAACACGAAGTAGATGCCATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * *
53447 AAAGAGCATTTTAAGTTTACCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGAT-ATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
53511 TTTTGATAACATCTTATCATCAATATCATGATAAATAATTCATTTTTAATCCTATAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * *
53576 AAATAAAAAATAAATCAAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCTTATCATAATTGGACGTTTGCA
196 AAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * * * *
53641 TTAGGACACAT-AAGTCGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCA-GACCT
261 TT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CC-
* ** ** * *
53704 TTGACAA-CTTGAAATGATTTCTCAAAAAATGTTTATCATTTTGATAACCA-TTTATGATTAATA
323 TTGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAA-CATTTTATCATCAATA
* * * * * * * *
53767 TTATGATAT-TAATTCATTTATAATTCTACAATTTG-TTAGAAATAAAAAATACATAGAAAACTT
386 TTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAA-ATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGC-T
* * * *
53830 TTTTTTTTTTTAGT
449 TTGTTGTTCTTGGT
* * * * *
53844 TAAAGCCTATCATAAGTGGATATTTGCATTTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAAAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * * * *
53909 AAAGAGCATTCTAAGTTTATCATGTCGTCAAAAGATTGGAATGATTTCTCAATGAATAATTATCA
66 AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * * *
53974 TTTTAATAACATTTTATCACCAATATTATG--ACATAATTCATTTGTAATTCTATAAATGATTAC
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
** * * * * ** * * *
54037 AAATTGAAAACAGATCCAAAGCTTAGTTGTTCTTTATTGAAGCCTATCATAATTAGATGTTTTCA
196 AAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * * * * * * *
54102 TTAGAACACATAAAGTGGATGTTATCCAATT-ATAAGGAAAGTGCATTTTAAATTTAGCAGGCCT
261 TTGGAA-ACGTGAAGTGGATGCTATCC-ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC-
* * * *
54166 TTGGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAAGTATCATTTT-AGTAACATCTTATCATCAATAT
323 TTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA-TAACATTTTATCATCAATAT
* * * * * * ** *
54230 TATGGTACATAATTCATTTTTAATCCTATTAAGGATTACAAATCAAAAGATTTATC---A-TTTT
387 TATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAA-ATAAATCGAAAGCTTT
* *
54291 GGATG-T-TTGCAT
451 -GTTGTTCTTG-GT
* ** * * * * * ** * * *
54303 TAGAA----AACATGAAGAGGATGCTATCCAATTATAGGGAAA-GTGCATTTTAAG-TTTAACA-
1 TA-AAGCCTATCAT-AATTGGATG-TTTGC-A-T-T-GGGAAACATGAAGTGGATGCTAT-CCAT
* ** ** * * *
54361 TG-CCATCAAA-AGC-TTGAAATGATTTATCA-G---TGGATAA--TT---ATCATTT-T-GATA
58 TGACAAGAAAAGAGCATTTTAA-G-TTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAAT-
* * * * * * * * * *
54412 GCAT-ATTATC------ATAA-ATATTATGAT-ACATATT-TCATTTTTAA-ACCTATA-AATGA
119 GAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCA-ATATTATGATATATAATTCATTTATAAT-C
* * *** ** * ** *
54465 TTATAAATCG---A-AAAT---AAATTAA--AAACTTTGTTGTTCG-TGGT-G-AAAGCCTATCA
182 CTATAAAT-GATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCT-TTGTT-GTTCTTGGTTAAAGC-CT-A
* ** ** * * * * **** * *
54518 TAATTAGA-TGTTTCCATTG-A---GAAACATAAGGGGATGC-TATCCATTTATC-AGGAACGAG
242 TCA-TA-ATTGGAT-GTTTGCATTGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGA-CAAGGAAAGAG
* * * * * * *
54576 CATTTTAAATTTACCATGCCTTCAAAAGCTCGAAACGATTTCTCAATGAATAGTTATCATTTTGA
303 CATTTTAAGTTTATCATGCCTT-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA
* * * * * *
54641 TAACATCTTATCATTAAAATTATGATAT-TAATTCATTTATAATCCTACAAATGATTGTAAATAA
367 TAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCA
* *
54705 AAAATAAATAGAAAGCTTTGTTATTCTTGGT
432 AAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGT
* * * * ** * *
54736 AAAAGCCTATTATAACTAGAACTTTGCATT-TGAAA-ATGTAAAATGGATGCTATCCATTGACAA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATG--AAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * * * *
54799 GGAAAGAGCATTTAAAGCTTATCATGCCGTCAAAAGATAGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
64 GAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* * * * * *
54864 CATCTTT-ATAGCATTGTATCATCAATATTGTGATATGTAATTAATTTATAATCCTATAAATGTT
129 CAT-TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT
* * ** * * * * *
54928 TATACATAAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTGAAGCCTGTCAAAATTGAATATTT
193 TATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * * *
54993 GCAATAGAAAATGTGAAGTAGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAG-ATTTTAAATTTCTCATGC
258 GC-ATTGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC
* * **
55057 CTTCGAAAGCTTGAAGTGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT-TCTTTGATA
322 CTT-GAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATA
** * * * *
55121 TTATGGGATACAATTCATTAATAATCCTATAAATG---AT---T-AGAAAT---T-GAAAGCTTA
386 TTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTT
**
55175 GTTGTTCTTACT
451 GTTGTTCTTGGT
* * ** * * ** *
55187 TAAAGGCT-TCCATAATAT-GATGTCTATATTGTGG-AACGTGAAATAAATGCTATCCATTGAGA
1 TAAAGCCTAT-CATAAT-TGGATGTTTGCATTG-GGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA
* * *
55249 AGCAAAA-AGCATTTTAAGTTTATCATGGCTTC-ACAAGCTTG-AATGATTTATCAATAAATAGT
63 AG-AAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT
* ** * **
55311 TATCATATTGATAACATTTTATTTTCAATATTATGAAAT-TAATTCATTTATAATTGTATAAATG
126 TATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG
* * * *
55375 ATTATAAATCGAAAATAAATCGAAAG-TTATGTTGTTCTTGGTT-AAGCCTATAATAATTGGATC
191 ATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTT-TGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATG
* * * * *
55438 TTTGCATTTGAAA-ATGAAAAGTGGATGCTATCCATTGACCAGGAAAGAGCACTTTATGTTCT-T
255 TTTGCATTGGAAACGTG--AAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTT-TAT
* * * * *
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* * * *
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* * *
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Statistics
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TCTTGGT
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* * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * **
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*
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* ** * * * * * *
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1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
** * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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251 GATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTT-TAAGTT
** * * * * *
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315 TATCATGCCTTCAGA-AGCTTGAAATGATTTATCAA-TGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
* * * *** *
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378 ATCATCAATATTATG-ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAT---CAA--A-
** *
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* * * ** * * *
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1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * *
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* * *
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129 CATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* * * * *
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194 ATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGG-TTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT
* * *
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* * *
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* * * *
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386 TATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAA-ATAAATTGAAAGC
*
43180 TTTGTTGAT-TGGAAT
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* * * * * *
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1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * **** *
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* *
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130 -ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCT-ATAAATGAT
* * * * *
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193 TATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG-CCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * *
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257 TGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG
* * * * * * * *
43516 ACTATGAG-AGGTTG-AATGATTTATCAATGAAGAGTTACCATTTTGGTAACATTTTATTATCAA
322 CCT-TCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAA
* * * *
43579 TATTATGATATATATTTCATTTATAATCCTATAAATGCTTATAAATCAAAAATATATCGAAAGCT
386 TATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCT
*
43644 TTGTTCTTCTTGGT
451 TTGTTGTTC-TGGT
* * * * * * * * *
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1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
** ** * *
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* * * * * * * *
43786 ACTTTGGTAACATTTTATCTTCAATATTGTGATAGATACTTCATTTATAATCATGTAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * ** * *
43851 TATATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGCTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
195 TAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * * * *
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260 ATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
** * * * * * * * *
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325 TCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
* * * *
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390 ATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG-------ATT----ATAAATCAAAAATAAATT
** *
44111 GATTGCTTTGTTGTTTTTGGT
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* * * * ** * * * * *
44132 TAATGCCTAT-AGTAATTTGATGTTTGTATTAGGAAACGCAAACTAGATGCTATTCATTAACAAA
1 TAAAGCCTATCA-TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
** * *
44196 GAAA-AAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTACGAAAGCTTCAAATGATTTATCAATAAATAATTAT
65 GAAAGAA-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* *
44260 CATTTTGATAAC-TTCTTATCATCAATATTACT-ATATATAAATAATTTATAATCCTATAAATGA
129 CATTTTGATAACATT-TTATCATCAATATTA-TGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA
*** * * * * ** * * *
44323 TT-GCCATCTAATATGAAA-TAAAAGTTTTGTCATTCTTTGTTAACA-CTTACCATAATTGGATG
192 TTATAAATCAAAAAT-AAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAA-AGCCTATCATAATTGGATG
* * * ** ** * * *
44385 TTTGCATTGAGAAACGAGCAGTCAATGCTATCCACAGA-TAGAGAAATAACATTTTAAGTTTATC
255 TTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG-GAAAGAGCATTTTAAGTTTATC
* * * * *
44449 ATACCCTTGA-AAGCATGAAATGATTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAAAATTTTATCAT
319 AT-GCCTTCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAT
* * * ** *
44513 CAATATTATGATATACACTTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAATTTGAAAATAAATTAAAA
383 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAA
* *
44578 GCTTAGTTGTTTTTGGT
448 GCTTTGTTG-TTCTGGT
* *
44595 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATCCTATCCATTGACAA-G
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * ** *
44659 AAAAAAGCATTTAAAGTTTATCATG-CTTCAAAAGCTTGAAATGATTTGTCAATGAATAATTATC
66 AAAGAA-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * *
44723 ATTTTAATAACATTTCATCATCAATATTATGATATAT-ATTAATTTATAATCCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * * *
44787 TCAAT-AGGAAATAAATTGAAAGCATTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATCATAGGATGATTG
195 TAAATCA-AAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG
* *
44851 CATT-GGAAGACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGG
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* * * * *
44915 CTT-TGAAAGCATGAAATAATTTATCAATGAATAATTATCATTTTAATAACATTTTATCATCAAA
323 CTTCAG-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAAT
* * *
44979 ATTATTATATATAATTCATTTATAATCCAATAAATGATTATAAATCTAAAATAAATTGAAAGCTT
387 ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTT
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* ** ** * * * * ** *
45057 TAAAGCCTATCATAAATGGACATTTGCATTGGGGTACATTAAGTGGTTGGTATCCATTTTCAAGT
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * *
45122 AAA-AAGCATTTGAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATG
66 AAAGAA-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * *
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130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * * * *
45251 TAAATAAAAAATAAATTAAAAG-TTCTATTGTT-TTTGTTAAAAGCCTATCATAATTAGATATAT
195 TAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTT-TGTTGTTCTTGGTT-AAAGCCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * * * *
45314 GCATTGGGAAACATCAAGTTGCTACTATCAATTTACAAGGAAAGAGCATTTTCATTTTATCATGC
258 GCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC
* * *
45379 C-TCTAAAAG-TGTGTAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTGTCATCAA
323 CTTC-AGAAGCT-TGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAA
* * * * * *
45442 TATTATGAAATATTATTCAATCACAATCCTATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATTGAAAGCT
386 TATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCT
*
45507 TTGTTATTCTTGGT
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
45714 TAAATC-AAAATAAA-TCAAAGGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGACTATCACAATTGGATGTTTG
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * **
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385 ATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGC
*
46431 TTTGCTGTTCTTGGCT
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* * * ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCT-ATAAATGA-T
** *
46640 ATAAATAGAAAATAACTCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTG-TCTTGGGTTAAAGACC-ATAAT
193 -T--AT-----A-AA-TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTT-GGTTAAAG-CCTATCAT
* ** * * * * *
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246 AATTGGATGTTTGCATTGGGAA-ACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
* * * * *
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* * ** * *
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375 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATA
* *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * *
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130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
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* * * * * * * *
47182 AATGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCAATT-ATAAAGAAAGAGCATTTTAAGATTAACATGAC
260 ATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCC-ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * * * * *
47246 TTCAAAAGCTTGTAATGATTTATCAATGGATAATTATGATTTTGATAACGTTTTATTATCAGTAT
324 TTCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
* * * * ** *
47311 TATGATTTATAATTAATTTATAATCTTATAAATTATTATAAATCGTAAATAAATTGAAAGCCTTG
389 TATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTG
*
47376 TTGTTTTTGGT
454 TTG-TTCTGGT
* * *** * * * *
47387 TAAAGCATATCATAATTGGATCTTTGCATTTTAAAACATGACGTAGATTCTATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * ** * * *
47452 AAACAACATTTTAAGTTTATCATGGCGTCAAAAGATTGAAATGATTTCTCAATTAATAATTATCA
66 AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * * *
47517 TCTTGATAATATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTATTATACTATAAATGATTAC
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * * * * * **
47582 AAATCAAAACTAAATTGAAAGCATTGTTGTTCTTAGATGAAGCCAATCATAATTGAATGTTCACA
196 AAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * ** * * * *
47647 TTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCACTGACAAATAAAGAGCATTTTAAGATTAACGTGGCTT
261 TTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* * * *
47712 C-GAAAGCTTGTAATGATTTATTAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATTAGTATT
326 CAG-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
* * *
47776 GTCAGT-TGTAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATC--------A---AAAGCTTTG
390 ATGA-TATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTG
* *
47829 TTGTTATTAGT
454 TTGTT-CTGGT
* * * * * * * *
47840 TAAAGCGTATCAAAATTGTATCTTTGCATTTGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * *** *
47905 AAAGAACACTTTAAGTTTATAATTCCTGCAAAAGCTTGAAATGA--T-T---T---T-A-CA--A
66 AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * *
47957 TTTTGATAACA-TTTATTATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATAGAAATG---AT
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* * * *
48018 ---T-----ATAAATTGAAATCTTTGTCGTTGTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATG-TTGCA
196 AAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * ** * * * * * * * *
48074 TTGGAAAACATGAAGCAGATGATATCGACTGATAAAGAAAGAACATTTTAAGTTTACCACGCCTT
261 TTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* * * * * * * * *
48139 -TGAAAGTTTAAAATGATTTATCAGTGGATAACTATAATTTTGATAATATCTTATCATCAATATT
326 CAG-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
* * * * *
48203 ATGATATATAATTTATTTATAATCATACAAATGATTATAAATAAAAAATAAATAAAAAATAAATC
390 ATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAT---CAA-AAAT---AAAT---TG
* *
48268 AAAGCTTTGTGGTTCCTAGT
445 AAAGCTTTGTTGTT-CTGGT
* * * * * * *
48288 TAAAGTCTATTATAATGGGATGTTTGCATTGGCAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGACATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * **
48353 AAAGAGA-ATGTTAAGTTTATCATGCCTTCT-AAAGCTTGTAATGATTTATCAATGAATTCTTAT
66 AAAGA-ACATTTTAAGTTTATCATGCCTT-TGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* *
48416 CATTTTGGTAACATTTTATCATCAATATTATGATATCTAATTCATTTATAATCCTATAAA-GTAT
129 CATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG-AT
* * * *
48480 AATCGAAAATAAATCAAAAATAAATTGAAGGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCTTTCTTAATTG
193 --T-----ATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTG
* * * * *
48545 TATGTTGGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGTAGAGAACATTTTAAGTTT
251 GATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTT
* *
48610 ATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATGATCATTTTGATAACATTTTATC
316 ATCATGCCTTCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATC
* * * * * * *
48675 ATCAAGATTATGATATATAACTCATTTATAATCCTAAAAATCATTATAAATCGAAATTCAATTGA
381 ATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGA
* * *
48740 AAACTTTGTTGCTTTTCGT
446 AAGCTTTGTTG-TTCTGGT
* * * * *
48759 TAAAGCTTTTCATAATTGGATGTTTAG-ATTGCGAAATGTGAAGTGGATACTATCCATTGACAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT-GCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
** * * * * * *
48823 GAAAGGGCATTTTAAGTTTGTCTTGCCTTTGAAAGGTTGAAATAATTTATCAATGAATATTTATT
65 GAAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * * * * *
48888 ATTTTGACAA-AGTCTTATTATCAATATTATGGTACATAATTCATTTATAATCCTATAAATGGTT
130 ATTTTGATAACA-TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* ** * * * *
48952 ATTAATGGAAAATAAATTGAAAGCTTTATTGTT-TATGGTTAAAACCTATAATAATTTGATGTTT
194 ATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCT-TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * * * * * * ** *
49016 GCATTAGAAAATGTAAAATTGATGCAATCTATTAATAAGGAAAGAGTATTCCAACTTTATCATGC
258 GCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC
* * ** *
49081 CATT-GGAAGCTTGTAATGATTTATCAATGAATTGTTATCATTTTGATAACATATTATCATCAAT
323 C-TTCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAAT
* * * * * *
49145 ATTATGATATATAATTCATTTAAAATCCTATAAATTATTACAAATAAAAAATAAA-TCAAAGGTT
387 ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAA-GCT
*
49209 TTGTTGTTCTAGGC
451 TTGTTGTTCT-GGT
* * * * *
49223 TAAAGCCTATCATAATTAGATATTTGCATTGGGAAATGTGAATTGGATGCTATCCATTGACATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
** * ** * *
49288 AAAGAA-AAATTAAATTTATCATGATTTTGGAAGCTTG--A--A---ATCAATCAATAATTATCA
66 AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
49345 TTTTGATAACACTTTT-TCTTCAATATTATGAAATATAATTTATTTACAATCCTATAAATGATTA
131 TTTTGATAACA-TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * ** * * * * *
49409 GAAATC-----T--A--G--ACCTTTGCTGTTCTTGGTTGCAGACTTTCCTAATTGAATG-TCGA
195 TAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG-
* * * * * * *
49462 TATTGTGAAACATGAAGTGGATGATATCCATTGACAAGGAAAAAGTATTTTAAGTTTATCATGGC
259 CATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * * * *
49527 TTCAAAAGCTTGATATGATTTATCAATGAATAGTTATCTTTTTTATAACATTTTATCATCAACAT
324 TTCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
* * * * * ** *
49592 TATGATAT-TAATTAATCTATAATCCTATAAATGATTATACATAAAAAATAAGTAAAAAACTTTG
389 TATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTG
*
49656 TTGTTCCTAGT
454 TTGTT-CTGGT
* * * * * * * * *
49667 TAAAGCCTATCATAATTAGATCTTTGCATTTGGAAACATGAAGTTGATGCTATCTATTTATATGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * ** * * ** *
49732 AAA-AAGCATTGTAAGTTTATAATGCCTTCAAAAGCTTGAAATTATTTCTCAATGAATAGGTACC
66 AAAGAA-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * *
49796 ATTTTCATAACATTTTATCATCAACATTATGATAT-TAATTCATTTAAAATCCTATAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
** ** ** * * * * * *
49860 TAAATTGAAAATAAATAAAAAGCTTCATTGTACATAGTTAAAGGCTATCATAATTGGATCTTTGA
195 TAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * * * *
49925 ATT-GGAAACGTGAAATGGATGCTATGCATTGACAAGGAAAAAGCACTTTAAGTTTATGATGTCA
260 ATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * *
49989 TCAAAAGATTGAAATGATTTCTCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATACT
325 TCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
* * * *
50054 ATGATATGTAATTCATTTATAATCCAATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATTGAATGCTTTGT
390 ATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGT
*
50119 TGTTCTTTGT
455 TGTTC-TGGT
* * * * * *
50129 TAAAGCCTATCTTATTTAGATGTTTCCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATAGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
** * * * * * * *
50194 AAACG-GTATTTTAAGTGTGTCATGCCTTTAAAAGCTTGGAAGGATTTATCAATGAATCATTATT
66 AAA-GAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
* * ** * *** * *
50258 ACTTTCATAACATTCAATCATCAGTATTATGATATACGCTTTATTTATAATCTTATAAATGATCA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT--
* * ** *** *
50323 TAACTCAAATGTAATTCAAAAATAAATTGAGAGCTATGTTGTTGATGGTTGGTGCCTATCTTAAT
193 T-A-T---A---AA-TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAAT
*** * * * * *
50388 TGGGCATTTGCATTGAGAAACGTAAAATGGATGCTATCC-TT-----TG-AAGAGTATTTTAAGT
249 TGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGT
* * * * * * * *
50446 TTACCATTCCTT-TGAAGGCTTTAAATGATTTATCAATGGATAATTATTATTTTGAAAACATCTT
314 TTATCATGCCTTCAGAA-GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
* ** * ** *
50510 ATCATCAATATTATGATATATATTTCATTTATAATCCTATAAAAAACTATAAATTGAAAATGAA-
378 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAAT
* * *
50574 TCAAACGCTTTGCGGTTGTT-AGTT
443 TGAAA-GCTTT---GTTGTTCTGGT
* * * *
50598 TCAA-CCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAATCATGAAGTGGATGCTATCCATTTATAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-CGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * * *
50661 GAAAGAGCGTTTTAAGTTTATAATGCC-TTCAAAGCGTGAAATGATTTCTCAATGAATAGTTACC
65 GAAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC
** * * *
50725 ATGCTGATCACATTTTATCTTCAATATTATGATAT-TAATTCATTTATAATCCTAGAAATGATTA
130 ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * *** * * *
50789 AAAATCAACAATAAACCAAAAGATTTGTTATTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGC
195 TAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * ** * *
50854 ATTTGCAAACGTGAAGTGGATGCTATCCAGTGATGAGG-AAGCAGCAATTTAAGCTTATCATGCC
260 ATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAG-AGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * * * ** * * *
50918 GTC-GAAAGGTTTAAATGATTTCTCATTGAATAATTATCATTTCAATAGCAATTTATCATTAATA
324 TTCAG-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATA
*
50982 TTATGATATATAACTT-A-TTATTAATCCTATAAATGATTATAAATAATAAATATATCAAAAATA
388 TTATGATATATAA-TTCATTTA-TAATCCTATAAATGATTATAAAT--CAAA-A-AT---AAAT-
* *
51045 AATCAACAGCTTTGTTGTTCTTGT
443 --TGAA-AGCTTTGTTGTTCTGGT
* * * ** * * * *
51069 ATAAAGCCTATCTTGATTGGATCTTTGCATTTAGAAACGAGAAATAGATGCTATTCATTGACAAG
1 -TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * **
51134 GAAA-AAGCACTTTAAGTTTATCATGCC-GTGACAAGATTGAAATGATTTCTCAATGAATAAGCA
65 GAAAGAA-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* *
51197 TCATTTTGATTACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCAATAAATGAT
128 TCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT
* * * * * * *
51262 TACAAAGCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTATTCTTTGTTGAA-CCTATCATAATTGGATGTTT
193 TATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT
* * * * *
51326 ACATTGAGAAACGTGAAGTAGATGCTATCCGTTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATTC
258 GCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC
* * * * * * * * *
51391 CTTTA-ATAGGTTGAAATGATTTATCAACGTACAATTCTCATTTTGATAATATCTTATCATTAAT
323 CTTCAGA-AGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAAT
* ** * ** *
51455 ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAAAGATTATAAATTGAAAATATATCAAAATCTT
387 ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTT
* *
51520 TGTGGTTCTTTGT
452 TGTTGTTC-TGGT
* ** * * * * *
51533 TAAACCCTATCATAATTGGATGTTCACATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTCTCCATAT-ATAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCAT-TGACAAG
* * * * * * * ** * *
51597 GAATGAGA-ATTTGAAGTTTATAATGACTTCGAAAGCTTGAAATAATTTCTCAATGAATTGTAAC
65 GAAAGA-ACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* * ** * * *
51661 CATTTTGGTAAAATTGAATCATGAATATTGTGATAT-TAATTCATTTATAATCCTATATATGATT
129 CATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* * ** *
51725 ATAAATAAAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGG-TAAATGTCTATCATAATTTAATCTT
194 ATAAAT-CAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAA-GCCTATCATAATTGGATGTT
* * * * * **
51789 TGCATTTGGAAATGCGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGGGCACTTTAAACTTATCATG
257 TGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG
** * * * *
51854 -CTGTC-GAAAAATTGAAATGATTTGTCGATGAAT-ATTATCATTTTCATAACATTTTATCATGA
322 CCT-TCAG-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCA
* * *
51916 ATATTATGGTATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAAAAAT-AAAATATAAATTGAAAT
385 ATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAA-ATAAATTGAAAG
* * **
51980 CTTTATTATTCTCTAT
449 CTTTGTTGTTCT-GGT
* * * * * *
51996 TGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCTATTGACAAAG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * *
52061 AAAGAACACTTTAGGTTTATTATGCCTTTGAGAGCTTGAAATGATTTATCAATAAATAATTATCA
66 AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * *
52126 TTTTGATAACATTTTATCATGAATATTGTGACATATTATTCATTTATAATCCTATCAA-GTATTA
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG-ATTA
* * * *
52190 TAAATC----A-AAA-T-----CTTTGTTGTTCCTAGTTAAGGTCTATCATAATTGGATGTTTGC
195 TAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * * * * *
52244 ATT-CGAAATTGTGAAGTGGATCCAATCCATTGAGATGGAAAGGGCATTTTAAGTTTATCATACC
260 ATTGGGAAA-CGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * *
52308 TTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAACAATTATCACTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
324 TTCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
* * *
52373 TATGATATAAAATTCATTTAT-ATCCAATAAATGATTATAGATCGAAAGTAATTCTAAAATAAAT
389 TATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATC-AAA--AA---T-AAAT---T
* * *
52437 CAAAATCTTTGTTGTTGCTAGT
444 -GAAAGCTTTGTTGTT-CTGGT
* * * * * *
52459 TGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGTAA-TGAATGCTATCCATTAACAAA
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTG-AAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
** * * * ** * *
52523 GAAAGATTATTTTAAGTTTACCATTCC-TTCAAAGGCTTTG-AATGATAAATCAGTGGATAATTA
65 GAAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAA-GC-TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* * * *
52586 TCATTTTGATAACGTCTTATCATCAATATTATGATATATATTTCATTTATAATCCTAGAAATGAT
128 TCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT
* * * * * * * *
52651 TATAAATAAAAAATGAA-TCAAACACTTTGATGTTATTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGCTGTC
193 TATAAATCAAAAATAAATTGAAA-GCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTT
** * * *
52715 TGCATTGAAAAACAG-GAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAAT
257 TGCATTGGGAAAC-GTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAT
* * * *
52779 GCCTT-TGAAAGCTTAAAATGATTTTTCAATGAATAGTTATCATTTTGATAACATTTTATCATCA
321 GCCTTCAG-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCA
* ** * ** *
52843 ATATTATGATAT-TAATTCATTTATAGTCCTATAAATGATTATAAATTGACAATAAATCAAAAGT
385 ATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGC
52907 TTTGTTGTTCTTGGT
450 TTTGTTGTTC-TGGT
* * ** * * * * * * *
52922 TAAACCCGATCATAATTGGATCCTTGTATTTGAAAATGTGAAGTTGATACAATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
*** * * * * * * *
52987 AAAGGGGATTTTAAGTTTTTCATGCCATCGAAAGATTGGAATGATTTATCAAAGATTAATTATCA
66 AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * *
53052 TCTTGA-AACCATTTTATCATC----TTATGATATATAATTCATTCATAATCCTATAAATAATTA
131 TTTTGATAA-CATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * * * ** * *
53112 CAACTCAAAAATAAATCGAATGCTTTGTTGTTCTTGTTTGAAGCAGATCATAATTGGATGGTTGT
195 TAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * ** * *
53177 ATTGGGAAATGTGAAGTGGATTCTATCAATTGGGAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCGTACCT
260 ATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * ** *
53242 T-TGAAAGCTTGAAATGATCCT-TCAATGCAA-AATTATGATTTTGATAATGTTTTCTCATCAAT
325 TCAG-AAGCTTGAAATGAT-TTATCAATG-AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAAT
* * **
53304 ATTATGATATATAATACATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAGCTT
387 ATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTT
* *
53369 TATTTTTCTTGGT
452 TGTTGTTC-TGGT
* * * ** * *
53382 TAAAGCCAATCATAATTAGATGTTTGCATTGGCAAACACGAAGTAGATGCCATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * *
53447 AAAGAGCATTTTAAGTTTACCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGAT-ATTATCA
66 AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * *
53511 TTTTGATAACATCTTATCATCAATATCATGATAAATAATTCATTTTTAATCCTATAAATGATTAT
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
* ** * * *
53576 AAATAAAAAATAAATCAAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCTTATCATAATTGGACGTTTGCA
196 AAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * * * * *
53641 TTAGGACACAT-AAGTCGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCA-GACCT
261 TTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CCT
* * * ** ** * *
53704 T-TGACAACTTGAAATGATTTCTCAAAAAATGTTTATCATTTTGATAACCA-TTTATGATTAATA
325 TCAGA-AGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAA-CATTTTATCATCAATA
* * * * * * * *
53767 TTATGATAT-TAATTCATTTATAATTCTACAATTTG-TTAGAAATAAAAAATACATAGAAAACTT
388 TTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAA-ATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGC--
* * * *
53830 TTTTTTTTTTTAGT
450 TTTGTTGTTCTGGT
* * * * *
53844 TAAAGCCTATCATAAGTGGATATTTGCATTTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGAAAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * ** * * *
53909 AAAGAGCATTCTAAGTTTATCATGTCGTCAAAAGATTGGAATGATTTCTCAATGAATAATTATCA
66 AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * * *
53974 TTTTAATAACATTTTATCACCAATATTATG--ACATAATTCATTTGTAATTCTATAAATGATTAC
131 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
** * * ** * ** * * *
54037 AAATTGAAAACAGATCCAAAGCTTAGTTGTTCTTTATTGAAGCCTATCATAATTAGATGTTTTCA
196 AAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * * * * * * *
54102 TT-AGAACACATAAAGTGGATGTTATCCAATT-ATAAGGAAAGTGCATTTTAAATTTAGCAGGCC
261 TTGGGAA-ACGTGAAGTGGATGCTATCC-ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
** * * *
54165 TTTGGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAAGTATCATTTT-AGTAACATCTTATCATCAATA
324 TTCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA-TAACATTTTATCATCAATA
* * * * * * * *
54229 TTATGGTACATAATTCATTTTTAATCCTATTAAGGATTACAAATCAAAAGAT---TT-ATCA-TT
388 TTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAA-ATAAATTGA-AAGCT
* *
54289 TTGGATGTT-TGCAT
451 TT-GTTGTTCTG-GT
* ** * * * * ** * * *
54303 TAGAA----AACATGAAGAGGATGCTATCCAATTATAGGGAAA-GTGCATTTTAAG-TTTAACA-
1 TA-AAGCCTATCAT-AATTGGATG-TTTGC-A-T-T-GGGAAACGTGAAGTGGATGCTAT-CCAT
* ** * ** * * *
54361 TG-CCATCAAA-AGC-TTGAAATGATTTATCA-G---TGGATAA--TT---ATCATTT-T-GATA
58 TGACAAGGAAAGAACATTTTAA-G-TTTATCATGCCTTTGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAAT-
* * * * * * * * * *
54412 GCAT-ATTATC------ATAA-ATATTATGAT-ACATATT-TCATTTTTAA-ACCTATA-AATGA
119 GAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCA-ATATTATGATATATAATTCATTTATAAT-C
* ** * ** * * **** ** * *
54465 TTATAAATCGAAAATAAATTAAAAACT---TTG-TTG-TTCGTGGTGAAAGCCT--A-TC-ATAA
182 CTATAAAT-GATTATAAATCAAAAA-TAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCA
** ** ** * * * * * ** *
54521 TTAGA-TGTTTCCATTG-A--GAAACATAAGGGGA-TGCTAT-CCATTTA-T--C-AGGAACGAG
245 -TA-ATTGGAT-GTTTGCATTGGGA-A-ACGTGAAGTG-GATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAG
* * * * * * *
54576 CATTTTAAATTTACCATGCCTTCAAAAGCTCGAAACGATTTCTCAATGAATAGTTATCATTTTGA
304 CATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA
* * * * * *
54641 TAACATCTTATCATTAAAATTATGATAT-TAATTCATTTATAATCCTACAAATGATTGTAAATAA
369 TAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCA
* *
54705 AAAATAAATAGAAAGCTTTGTTATTCTTGGT
434 AAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTC-TGGT
* * * * ** * * * * *
54736 AAAAGCCTATTATAACTAGAACTTTGCATTTGAAAATGTAAAATGGATGCTATCCATTGACAAGG
1 TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
* * * * ** * *
54801 AAAGAGCATTTAAAGCTTATCATGCCGTCAAAAGATAGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
66 AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* * * * * *
54866 TCTTT-ATAGCATTGTATCATCAATATTGTGATATGTAATTAATTTATAATCCTATAAATGTTTA
131 T-TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
* * * * * * *
54930 TACATAAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTGAAGCCTGTCAAAATTGAATATTTGC
195 TAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * * * *
54995 AATAGAAAATGTGAAGTAGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAG-ATTTTAAATTTCTCATGCCT
260 ATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * **
55059 TC-GAAAGCTTGAAGTGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT-TCTTTGATAT
325 TCAG-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
** * * * *
55122 TATGGGATACAATTCATTAATAATCCTATAAATG---AT---T-----AGAAATTGAAAGCTTAG
389 TATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTG
**
55176 TTGTTCTTACT
454 TTGTTC-TGGT
* * ** * ** *
55187 TAAAGGCT-TCCATAATAT-GATGTCTATATTGTGG-AACGTGAAATAAATGCTATCCATTGAGA
1 TAAAGCCTAT-CATAAT-TGGATGTTTGCATTG-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACA
* * * * *
55249 AGCAAA-AAGCATTTTAAGTTTATCATGGC-TTCACAAGCTTG-AATGATTTATCAATAAATAGT
63 AGGAAAGAA-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT
* ** * **
55311 TATCATATTGATAACATTTTATTTTCAATATTATGAAAT-TAATTCATTTATAATTGTATAAATG
126 TATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATG
* * * *
55375 ATTATAAATCGAAAATAAATCGAAAG-TTATGTTGTTCTTGGTT-AAGCCTATAATAATTGGATC
191 ATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTT-TGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATG
* * * ** * * *
55438 TTTGCATTTGAAAATGAAAAGTGGATGCTATCCATTGACCAGGAAAGAGCACTTTATGTTCT-TC
255 TTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTT-TATC
* * * * *
55502 ATGACTT-TGAACGATTGAAATGATTTTTCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAATTTATCAT
319 ATGCCTTCAGAA-GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAT
* * * **
55566 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTACAAAAGATGATAAATCAAAAATAAATCAAAA
383 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAA
* * *
55631 CCATTATTGTTCTTGGT
448 GCTTTGTTGTTC-TGGT
55648 TAAAGCCTATCAT
1 TAAAGCCTATCAT
55661 GGATATTATG
Statistics
Matches: 10572, Mismatches: 2320, Indels: 1047
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
426 1 0.00
427 139 0.01
428 39 0.00
429 2 0.00
430 36 0.00
431 92 0.01
432 14 0.00
433 20 0.00
434 11 0.00
435 18 0.00
436 17 0.00
437 6 0.00
438 1 0.00
439 49 0.00
440 11 0.00
441 12 0.00
442 28 0.00
443 30 0.00
444 111 0.01
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446 1 0.00
447 3 0.00
448 166 0.02
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450 107 0.01
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458 30 0.00
459 249 0.02
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470 15 0.00
471 182 0.02
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477 11 0.00
478 15 0.00
480 42 0.00
481 144 0.01
482 10 0.00
483 6 0.00
484 173 0.02
485 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (463 bp):
TAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGG
AAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT
AAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
TTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
CAGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
TGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTT
GTTCTGGT
Found at i:48155 original size:206 final size:214
Alignment explanation
Indices: 47748--48249 Score: 502
Period size: 207 Copynumber: 2.4 Consensus size: 214
47738 AATAATTATC
* * * * * * * *
47748 ATTTTGATAACATTTTATCATTAGTATTGTCAGT-TGTAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
1 ATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGA-TATATAATTCATTTATAATCATACAAATGATT
* * * *
47812 ATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTATTAGTTAAAGCGTATCAAAATTGTATCTTTGCATTTGAAAAC
65 ATAAATCAAAAGCTTTGTCGTTATTAGTTAAAGCGTATCAAAATTGGATCGTTGCATTGGAAAAC
** * * * **
47877 ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAGAAAGAACACTTTAAGTTTATAATTCCTGCAAAAGCTT
130 ATGAAGCAGATGATATCCACTGACAAAGAAAGAACACTTTAAGTTTACAACGCCTGCAAAAGCTT
*
47942 GAAATGA-T-T-T-T-AC-A
195 AAAATGATTATATGTAACTA
* *
47956 ATTTTGATAACAT-TTATTATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATAGAAATGATTA
1 ATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATACAAATGATTA
** * * * *
48020 TAAATTGAAATCTTTGTCGTTGTTGGTTAAAGTC-TATCATAATTGGAT-GTTGCATTGGAAAAC
66 TAAATCAAAAGCTTTGTCGTTATTAGTTAAAG-CGTATCAAAATTGGATCGTTGCATTGGAAAAC
* * * * *** *
48083 ATGAAGCAGATGATATCGACTGATAAAGAAAGAACATTTTAAGTTTACCACGCCTTTGAAAGTTT
130 ATGAAGCAGATGATATCCACTGACAAAGAAAGAACACTTTAAGTTTACAACGCCTGCAAAAGCTT
48148 AAAATGATTTATCAGTGGATAACTATA
195 AAAATGA-TTAT-A-T-G-TAAC--TA
* *
48175 ATTTTGATAATATCTTATCATCAATATTATGATATATAATTTATTTATAATCATACAAATGATTA
1 ATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATACAAATGATTA
*
48240 TAAATAAAAA
66 TAAATCAAAA
48250 ATAAATAAAA
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 40, Indels: 20
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
206 70 0.29
207 79 0.33
208 15 0.06
209 1 0.00
212 1 0.00
215 1 0.00
216 2 0.01
219 13 0.05
220 56 0.24
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (214 bp):
ATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCATACAAATGATTA
TAAATCAAAAGCTTTGTCGTTATTAGTTAAAGCGTATCAAAATTGGATCGTTGCATTGGAAAACA
TGAAGCAGATGATATCCACTGACAAAGAAAGAACACTTTAAGTTTACAACGCCTGCAAAAGCTTA
AAATGATTATATGTAACTA
Found at i:48255 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 48239--48266 Score: 56
Period size: 11 Copynumber: 2.5 Consensus size: 11
48229 ACAAATGATT
48239 ATAAATAAAAA
1 ATAAATAAAAA
48250 ATAAATAAAAA
1 ATAAATAAAAA
48261 ATAAAT
1 ATAAAT
48267 CAAAGCTTTG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 17 1.00
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (11 bp):
ATAAATAAAAA
Found at i:54448 original size:200 final size:201
Alignment explanation
Indices: 54092--54478 Score: 535
Period size: 200 Copynumber: 1.9 Consensus size: 201
54082 ATCATAATTA
* * * *
54092 GATGTTTTCATTAGAACACATAAAGTGGATGTTATCCAATTATAAGGAAAGTGCATTTTAAATTT
1 GATGTTTGCATTAGAAAACATAAAGAGGATGCTATCCAATTATAAGGAAAGTGCATTTTAAATTT
* * *** *
54157 AGCAGGCCTTTGGAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAAGTATCATTTTAGTAACATCTTATC
66 AACAGGCCATCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAAGTATCATTTTAGTAACATATTATC
* * * *
54222 ATCAATATTATGGTACATAATTCATTTTTAATCCTATTAAGGATTACAAATC-AAAAGATTTATC
131 ATAAATATTATGATACATAATTCATTTTTAAACCTATAAAGGATTACAAATCGAAAAGATTTATC
54286 ATTTTG
196 ATTTTG
* * *
54292 GATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGAGGATGCTATCCAATTATAGGGAAAGTGCATTTTAAGTTT
1 GATGTTTGCATTAGAAAACATAAAGAGGATGCTATCCAATTATAAGGAAAGTGCATTTTAAATTT
* * * *
54357 AACATGCCATCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAGTGGATAATTATCATTTT-GATAGCATATTAT
66 AACAGGCCATCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAAGTATCATTTTAG-TAACATATTAT
* * *
54421 CATAAATATTATGATACATATTTCATTTTTAAACCTATAAATGATTATAAATCGAAAA
130 CATAAATATTATGATACATAATTCATTTTTAAACCTATAAAGGATTACAAATCGAAAA
54479 TAAATTAAAA
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 24, Indels: 3
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
199 1 0.01
200 156 0.97
201 4 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (201 bp):
GATGTTTGCATTAGAAAACATAAAGAGGATGCTATCCAATTATAAGGAAAGTGCATTTTAAATTT
AACAGGCCATCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAAGTATCATTTTAGTAACATATTATC
ATAAATATTATGATACATAATTCATTTTTAAACCTATAAAGGATTACAAATCGAAAAGATTTATC
ATTTTG
Found at i:54786 original size:231 final size:229
Alignment explanation
Indices: 54318--55660 Score: 1171
Period size: 231 Copynumber: 5.9 Consensus size: 229
54308 AACATGAAGA
* * * * *
54318 GGATGCTATCCAATT-ATAGGGAAAGTGCATTTTAAGTTTAACATGCCATCAAAAGCTTGAAATG
1 GGATGCTATCC-ATTGACA-GGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATG
* * * * * *
54382 ATTTATCAGTGGATAATTATCATTTTGATAGCATATTATCATAAATATTATGATACATATTTCAT
64 ATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAT-TTATCATTAATATTATGATA-TTAATTCAT
* * * * * *
54447 TTTTAAACCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTA-AAAACTTTGTTGTTCGTGGTGAAAG
127 TTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAA-TAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG
* * ** **
54511 CCTATCATAATTAGATGTTTCCA-TTGAGAAACAT-AAGG
191 CCTATCATAATTAGATCTTTGCATTTGA-AAATGTAAAAT
* * * * *
54549 GGATGCTATCCATTTATCAGGAACGAGCATTTTAAATTTACCATGCCTTCAAAAGCTCGAAACGA
1 GGATGCTATCCATTGA-CAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGA
* * *
54614 TTTCTCAATGAATAGTTATCATTTTGATAACATCTTATCATTAAAATTATGATATTAATTCATTT
65 TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAT-TTATCATTAATATTATGATATTAATTCATTT
* * * * *
54679 ATAATCCTACAAATGATTGTAAATAAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTATTCTTGGTAAAAGCCT
129 ATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* * *
54744 ATTATAACTAGAACTTTGCATTTGAAAATGTAAAAT
194 ATCATAATTAGATCTTTGCATTTGAAAATGTAAAAT
* * * *
54780 GGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCA-TTTAAAGCTTATCATGCCGTCAAAAGATAGAAATG
1 GGATGCTATCCATTGAC-AGGAAAGAGCATTTTAAA-TTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATG
* * * *
54844 ATTTATCAATGAATAATTATCATCTTT-ATAGCATTGTATCATCAATATTGTGATATGTAATTAA
64 ATTTATCAATGAATAATTATCAT-TTTGATAACATT-TATCATTAATATTATGATAT-TAATTCA
* * * * *
54908 TTTATAATCCTATAAATGTTTATACATAAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTGAAG
126 TTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG
* * * * * * *
54973 CCTGTCAAAATT-GAATATTTGCAATAGAAAATGTGAAGT
191 CCTATCATAATTAG-ATCTTTGCATTTGAAAATGTAAAAT
* * * *
55012 AGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAG-ATTTTAAATTTCTCATGCCTTCGAAAGCTTGAAGTGA
1 GGATGCTATCCATTGAC-AGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGA
* * * *
55076 TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTTCTTTGATATTATGGGATA-CAATTCATT
65 TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTATCATTAATATTAT--GATATTAATTCATT
* * * ** *
55140 AATAATCCTATAAATG---AT---T-AGAAAT---T-GAAAGCTTAGTTGTTCTTACTTAAAGGC
128 TATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* * ** * * *
55194 T-TCCATAA-TATGATGTCTATATTGTG-GAACGTGAAAT
193 TAT-CATAATTA-GATCTTTGCATT-TGAAAATGTAAAAT
** * * * * * *
55231 AAATGCTATCCATTGAGAAGCAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGGCTTCACAAGCTTG-AATGA
1 GGATGCTATCCATTGA-CAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGA
* * * * *
55295 TTTATCAATAAATAGTTATCATATTGATAACATTTTAT-TTTCAATATTATGAAATTAATTCATT
65 TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACA-TTTATCATT-AATATTATGATATTAATTCATT
** * *
55359 TATAATTGTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCGAAAG-TTATGTTGTTCTTGGTT-AAGC
128 TATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTT-TGTTGTTCTTGGTTAAAGC
* *
55422 CTATAATAATTGGATCTTTGCATTTGAAAATG-AAAAGT
192 CTATCATAATTAGATCTTTGCATTTGAAAATGTAAAA-T
* ** * ** * *
55460 GGATGCTATCCATTGACCAGGAAAGAGCACTTTATGTTCT-TCATGACTTTGAACGATTGAAATG
1 GGATGCTATCCATTGA-CAGGAAAGAGCATTTTAAATT-TATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATG
* *
55524 ATTTTTCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAATTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAT
64 ATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAC-ATTTATCATTAATATTATGATAT-TAATTCAT
* * * * * *
55589 TTATAATCCTACAAAAGATGATAAATCAAAAATAAATCA-AAACCATTATTGTTCTTGGTTAAAG
127 TTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAAT-AGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG
55653 CCTATCAT
191 CCTATCAT
55661 GGATATTATG
Statistics
Matches: 894, Mismatches: 170, Indels: 95
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
218 5 0.01
219 121 0.14
220 40 0.04
222 2 0.00
223 5 0.01
224 1 0.00
225 1 0.00
226 4 0.00
227 2 0.00
228 5 0.01
229 69 0.08
230 194 0.22
231 304 0.34
232 141 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (229 bp):
GGATGCTATCCATTGACAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGAT
TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTATCATTAATATTATGATATTAATTCATTTAT
AATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTAT
CATAATTAGATCTTTGCATTTGAAAATGTAAAAT
Found at i:57591 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 57581--57621 Score: 55
Period size: 5 Copynumber: 7.8 Consensus size: 5
57571 CTTAAAGAAG
*
57581 ATGAA ATGAA ATGCAA ATTGAA ATGAA ATGAA AGGAA ATGA
1 ATGAA ATGAA ATG-AA A-TGAA ATGAA ATGAA ATGAA ATGA
57622 TGCCATTTCC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
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ATGAA
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
66930 TAACAACATTTTATCATGAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATATAGGACTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * ** * *
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66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * *
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131 GGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATTACTAAGGAAAGAGCATTTTA-AGTTTATCATGCCTTCA
* * * * *
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*
67161 TGATAACATTTTATCATTAATATTATG-TAT-TAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * * * * *
67224 TAAAAAATAAATAGAAATCTTTATTGCTT-TTGGTTCAAGCCTATCATAATCGGATCTTT-CTAT
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTG-TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC-AT
** * * ** *
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* * * * * * * *
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192 -TCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * *
67391 TGATAACATTTTGTCATCTATATTATGATATATAATTAATTTATAATCCTATAAATGTTTACAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * ** * * **
67456 TCAAAAGTAAATTGAAA-CTTTGTTATTCTTCATTGAAGTCTATCATAATTGGATGTTTAAATTA
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * * **
67520 GCAAACGTGAAGTGGATCCTATCCATTGAC-AAGTAAAGAGCATTTTAAGTTTATCACGCCTTTG
131 GGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCA
* *
67584 AAATCTTGAAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTT
195 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * *** *
67622 TGATAACATTTTGTCGTGAATACTATGATATAGAATTCATTTATAATTAAATAAAGGATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * * * * *
67687 TCAAAAAT-AATAGAAAATCTTTGTTGTTCGTGGTTAATGTCTATTATAATTGGATGTTTGTATT
66 TCAAAAATAAATTG-AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT
** * * * * * * * *
67751 -GGAACATATAAAGTGGATGCCAACGAATTA-TAAGGAAACAACATTTTAAATTTAACATGCATT
130 AGGAA-ACGTAAAGTGGATGCTATC-CATTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* * * *
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193 CAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* *
67854 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCTATAAATGATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * * *
67919 TCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTTGTTAAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * *
67984 GGAAACAT-AAGTGGATGCTATCCATTTA-TAAGGAAAGAGAATTTTAAATTTATCATG-CTTCG
131 GGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCA-TTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCA
* * *
68046 AAAGGTTGAAATGATTTCTCAATGAATAGTTATCATTT
195 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * * *
68084 CGATAACA-TTTCTCATTAAGATTATGATAT-TAATTAATTTATAATCATATAAATGATCATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * * * * * * ** *
68147 TAAAAAATAAATAGAATGCTTTGTTGTTATTGCTTAAAACCTATCATAACTGGATTTTTGTTTTT
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * *
68212 GGAAACGTAAAGAGGATGCTATGCATTGAC-AAGGACATAGCATTTTAACTTTATCATGCCTTCA
131 GGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCA
* *
68276 AAAGATTGAAATGAGTTT-TCAATGAATAATTATCATCT
195 AAAGCTTGAAATGA-TTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * *
68314 TGATAGCATTTCATCATCAATATTGTGATATTTAATTAATTTATAATCCTATAAAT-ATT-TACA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA-A
* * * * * *
68377 GATGAAAAATAAATTAAAAGCTTTGTTGTTCCTGGTTGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGGAT
65 -ATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAT
* * * * * * *
68442 TAGGAAACATTAAGTGGATGTTATCCATTGGC-ATGGAAAGAG-AATTTAAATTTATCATGCCTT
129 TAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
*
68505 CAAAAGCTTGAAATGATTTATCAGTGGAA-AATTATCATTT
193 CAAAAGCTTGAAATGATTTATCAAT-GAATAATTATCATTT
* * *
68545 TGATAACATTTT-TCTTCAATATTATGAGATATAATTCATTTATAATTCTATAAATG---AT---
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * * * * * * *
68603 T-----AGAAATTGAAAACTTTGTTGTTATTGCTCTAATA--CTTTTACAATTTGATGTTTGCAC
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGT-TAA-AGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAT
* * * * *
68661 TATGAAACGTAAAATGGATGCTATCCATTGA-TAAGGGAAGAGCATTTTAAGTTTATGATGGCTT
129 TAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
** * * * * *
68725 CGCAAGCTTAAAATGATTTATCAAGGAACAGTCATCATTT
193 CAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
** *
68765 TGATAACATTTTATTGTCAATATTATGATAT-TAATTCATTTATAATCGTATAAATGATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
*** * * * * * * *
68829 TTGCAAATAAATCGAAAG-TTTTTCTATTCTTGATTAAAGCCTATTATAATTGGATCTCTGCATT
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGT-TGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT
* * * * * * * * *
68893 TGAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCACTAAC-AAGCAAAGAGCACTTAAAGTTTATCATG-ATAT
130 AGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCA-TTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT-T
* * * *
68956 CACAAGATTGAAATAATTTCTCAATGAATAATTATCATTT
193 CAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * *
68996 TTATAACAGTTTATCAACAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * * *
69061 TTAAAGATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTTGTTGAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCGTT-
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * *
69125 GAGAAACGTAAAGTGGATGCTGTGCATTAAC-AAGGAAAGAGCATTTTAATTTTATCATGCCTTT
131 G-GAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
* *
69189 GAAATCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
194 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * *
69228 TGATAACATTTTGTGATGAATATTATGATA-AGTAATTCATTTATAATCCTATAAAGGATTATAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATA-TAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAA
* * * * *
69292 GTCAAAAATAAATTGAAATCTTTGTTTTTTTTTTTGGTTAAAGCCAATCATAATTGGATGTTTGC
65 ATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTG---TTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC
* * * * ** * *
69357 ATTGGGAAACGT-AAGTGGATGCTGTCCATTTA-TATGGAAACAATATTTTAAATTTATCATTCC
127 ATTAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCA-TTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* *** ** * *
69420 TTCGAGTCCTTGTCATGATTTCTCAATGAATAGTTATCATTT
191 TTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * * * * *
69462 TGATATCATTTTTTCATTAAAATTATGATAT-TAATTGACTTAAAATCGTATAAATGATTGTAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* *** * * ** * * * ** *
69526 TCAAGAATAAACAAAAAACTGTAATGTTCCTCGTTAAAGCCTATCATAATTAGAACTTTGCATTT
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * *
69591 GGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AAGGAAAGAGCGTTTTATGTTTATCAT-ACTATC
131 GGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT-TC
* * * *
69654 AAAAGATTGAAATGATCTATTAATGAATAATTATCATCT
194 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * *
69693 TAATAACA-TTTATCATCAATATTGTCATATATAATTAATTTATAATCCTATAAATGTTTACAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* ** * * * * * **
69757 TAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTGAAGTCTATCATAATTTGATGATTGCATGG
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * *
69822 GGAAACATAAAGTAGATAG-TATCCATTGA-TAAGGAAAGAG-AATTTAAATTTATCATGCCGTC
131 GGAAACGTAAAGTGGAT-GCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
** *
69884 GGAAGCTTGAAATGTTTTATCAATGAATAATTATCATTT
194 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * * * *
69923 TGGTAACATTTTTTCTTAAATATTATTAGATATAATTCATTTATAATCCTACAAATGATTAGAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * * * *
69988 TC-----------GAAAGCTTTGTTGTTCTTGATTAAAGACTTTCACAATTGGATGTCTGCACTA
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
** * * * * * * * *
70042 TCAAATGTGAAGTGGATTCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCACTTTAAGTTTATCATGTCATCGA
131 GGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAA
* *
70107 AAGGTTGAGATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
196 AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * ** *
70144 TGATAACATTTTATCATCAATATCATGACATATAATTCATTTATAATTATATAAATGATTAAAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
** * * * ** * * **
70209 TGGAAAATAGATCGAAAGCTTTGCTGTTCTTTATTGAAGGCTATCATAATTGGATGTTTTTATT-
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
** * * * * *
70273 GGTTCACATACAGTGTATGCTAACCAATTA-TAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTAACATGCCTTC
131 GG-AAACGTAAAGTGGATGCTATCC-ATTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
* * * *
70337 AAATGCTTGAAATGACTTATCAATGGATAAGTATCATTT
194 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * *
70376 TGATAACATCTTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCAATAAATGATTTATCA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA-TTATAA
* ** * * * * *
70441 ATGAATAATTATCATCTTGATAA-CATTT-TATCATCAATATTATGATATATAA--TTAATTTAT
65 ATCAA-AA--AT-AAATTGA-AAGC-TTTGT-T-GT---T-CT-TGGT-TA-AAGCCT-A-TCAT
** * * * ** * * * *** * * **
70502 AATCCTATAAATTTTTACAAATA--AAAAATAAA-TCGAAAGCTTTGTTGTTCCCGATTG-AAG-
113 AA---T-TGGATGTTTGC-ATTAGGAAACGTAAAGT-GGATGCTAT-CCATT-ACTAAGGAAAGA
* ** * ** * ** * * *
70562 CCAATCATAA-TTGAATGTTTCCATTGGGAAA-CGTGAAGTGGATGCTCTCCATTATCAAAGAAA
170 GC-ATTTTAAGTT-TATCATGCC-TT-CAAAAGCTTGAA----ATG--AT---TTATCAATG-AA
* * *
70625 GAGCATTTTAATTT
221 TA--ATTATCATTT
* * * * * * * * *
70639 T-CTCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGGTTTCTCA-ATGAATAATTATCATTTGGATAACATTTA
1 TGAT-A-ACATTT--TATCAT-CAAT--ATTATGATAT--ATAA-T-TCATTT--AT-A-A--T-
* * **** * * *** * ** *****
70702 CTCATGAATATTATGATTTATAATTCATTTTTAATTCTATAAAAAATTATTAATCGAAAATAAA-
48 C-C-T--ATA-AATGA-TTATAAATCAAAAATAAAT-T-GAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG
** * * * * * * * *
70766 --TAAAAAAATT---TGTTGGTCATGATGAAAGTCTATCATAATTGGATG-TTTGCATTAGAAAC
105 CCTATCATAATTGGATGTTTG-CATTAGGAAA--C-GT-A-AAGTGGATGCTATCCATT----AC
* * * * ** ** *** * *
70825 AATAAAGTGGATGCTATCCAATTATAAGGAAAGAGTATTTTAAGTTTAACATGCTTTAGAAAGCT
160 --T-AAG-GAAAG--A-GC-ATT-T----TAAGTTTATCATGCCTTCAA-AAGC----------T
* *
70890 TGAAATGATTTATCAATGGATAAATATCATTT
201 TGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * *
70922 TGATAACATCTTATCATCATTATTATGATACATAATTAATTTCTAATCCTATAAATGATCATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
** * * * ** * *
70987 TTGCAAAAA-AAA-AAAAAGTTTTATGGTTCTTACTTAAACCCTATCATAATTGGTTGTTTGCAT
66 -T-CAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAT
** ** *
71050 T-GGAAAATATAAAGTGGATGCTATCCAATTAC-AAAAAAAGAGCATTTTAAGTTTAACATGCCT
129 TAGG-AAACGTAAAGTGGATGCTATCC-ATTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * *
71113 TCAAAAGCTTCAAATGATTTATCGATGGATAATTATCATTT
192 TCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * *
71154 TGAAAACATTTTATCATCAGTATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCTATAAAAGATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
** ** * * ** * *
71219 T-TGAAA-GCA---AAAGCTTTATTTTTCTTGGTCGAAGCTTATAATAATTGGATGTTTGCATT-
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
** * * * *
71278 GGAAAACGT-AAGTGGATGCTATCCATTTGTACA-AAAATAGAATTTTAAATTTATCATGCCTTC
131 GG-AAACGTAAAGTGGATGCTATCCATTACTA-AGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
* * * * *
71341 GAAAGCATGAAATGATTTCTTAATGAATAGTTATCATTT
194 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
** * * *
71380 TGATAATGTTTTTTCATTAA-ACTTATTG-TAT-TAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATA
1 TGATAACATTTTATCATCAATA-TTA-TGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
* * * *
71442 AATAAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTTCAT
64 AATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA-
* * * * *
71507 TTA-GAAACGTGAAGTGGATGCTATCCTTTGAC-AAAGAAAGAACATGTTAAGTTTATCATG-CT
128 TTAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * *
71569 GCCAAAAGATTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATCT
192 -TCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * * * * *
71611 TGATAACATTTTATCATTAATATTGTCATATAAAATTAATTTTGTATTCCTATAAATGTTTACAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTTATAATCCTATAAATGATTATAA
* * ** * *
71676 GTCAAAAATAAATCT-TAAGCTTTGTTGTT-TCTAATTGAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCA
65 ATCAAAAATAAAT-TGAAAGCTTTGTTGTTCT-TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * * *
71739 TT-GAGAAACATGAAGTAGATGCTATCCATTGAC-AAGGAAAGAGTA-TTTAAATTTATCATGCC
128 TTAG-GAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * * *
71801 TTCGAAAGCTTGAGATGTTTTGTCAATGATTAATTATCATTT
191 TTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * *** * * *
71843 T-AGTAACATATTT-TC-TTAGATATTATAAGAAATAAAAAATGGTTAGAAAT-CGA-AAGCTTT
1 TGA-TAACAT-TTTATCATCA-ATATTATGATATATAATTCAT--TTA-TAATCCTATAA---AT
* *** ** * * * * * * * * *
71903 G-TTGTTCTTGC--TTATAGACTTTAATA-ATTGGGTGTTTACATT-GTCAAA---TGT--GAAG
57 GATTATAAAT-CAAAAATA-AATTGAA-AGCTTTGTTG-TT-C-TTGGTTAAAGCCTATCATAAT
* * * * * * * **
71958 TGGATGCTATCCATTGATAAGGAAGGAACATTTTAAGTTGAT-C-ATGGC-TT--TGAAAGATTG
116 TGGATG-TTTGCA-T--T-AGG-A--AAC--GTAAAGTGGATGCTAT-CCATTACT-AAGGAAAG
* * * ** ** * * *
72018 AGGAGATTT-A-TTAATCAATAG--TT-ATCATTTTGATAA-CATTTTATC-ATCAAT-ATTATG
169 AGCA-TTTTAAGTTTATC-AT-GCCTTCAAAAGCTTGA-AATGA-TTTATCAATGAATAATTATC
*
72075 ATAT
229 ATTT
* * * * * * ** *
72079 T-A-AGTCA-TGTATAATC-ATATAAATGAT-TATAA---ATTAAAAATAAATAAAAAGTTTTGT
1 TGATA-ACATTTTATCATCAATAT-TATGATATATAATTCATTTATAAT-CCTATAAA----TG-
* *** * * * ** * * *
72136 TATTCTTGGTTAAAACCTATTATAATTG-GATCTTTG--AAT-TTGG--AAA---TGT--GAAGT
58 -ATTATAAATCAAAA---A-TA-AATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATT
* * * * *
72190 GGATGCTATCCGTTGACAAGGAAAGAACGCTTTGAAAGTTTGA-G--AT-CATTTCTCAATGAGT
117 GGATG-TTTGCATT----AGG--A-AACG---T-AAAG-TGGATGCTATCCATTACT-AA-G-G-
** * * * * ** **
72251 AATTATCATTTTGATAACATTT-T-AT--CATCAATA--TT---ATGACATAT-AATTCAT--TT
165 AAAGAGCA-TTT--TAA-GTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
* *
72304 ATAATTC
226 ATCATTT
* * * * * ** ** * *
72311 T-ATAA-ATGATTA-CAAATCAAAAATAGATTGAAAGCTTTGTTGTTGTTTGTTGAAGCCTATCA
1 TGATAACAT-TTTATC--ATC-AATAT-TA-TGATA--TATAAT-TCATTT-AT-AATCCTAT-A
* * * * * * * * ** * ** * *
72373 TAATTGGATGTTTGCAATGGAACACATAAAGTGGATGCTAT-CCGATTATAAG-AAAAG---AGC
54 -AA-T-GAT-TAT-AAAT-CAA-AAATAAATTGAAAGCTTTGTTG-TTCTTGGTTAAAGCCTATC
* * * ** * * *
72433 AT--TT-TAAGTTTAACATACCTTCGAAAGCTTAAAAT-GAT--T-T--A-T-CAAAGGATAAGT
111 ATAATTGGATGTTT-GCAT---TAGGAAA-CGTAAAGTGGATGCTATCCATTACTAAGGA-AAG-
* * * * ** * * ** *
72487 ATCATTTTGA-TAATATCTTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCTATAGATG
169 AGCATTTTAAGT-TTATCATGCCTTCAA-A--A-GCTTGA-AA-TGA--TTT-AT-C---A-ATG
* *
72551 ATTTATGAATGAATAATTAT
219 A---AT-AAT-TATCATT-T
* *** * * * * *
72571 CATCTTGATAACAGCATATCATCAATATTCTTATATATAATTAATTTATAATCTTATAAATGTTT
1 --TG---ATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT
* * * * *
72636 ACAGAT-AAAAA-AAATCGAAAGCTTTGTTG---TTGGCTAAAGTCC-ATCATAATTAGATGTTT
61 ATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG-CCTATCATAATTGGATGTTT
** * * * *
72695 GTGTTGGGAAATGTGAAGTGGTTGCTATCCATTTAC-AAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG
125 GCATTAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCA-TTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG
* *
72759 CCTTTAAAAGCTAGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
189 CCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * *
72803 TGATAGCATTTTATCATCAATATTATGATATATATAATTTAATTATAATCCTATAAAGGATTATT
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* * *
72868 AATCGAAAATAATTCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTGC-TAGTTAAAACCTATCATAATT
61 -AT-----A-AA-TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTT-CTTGGTTAAAGCCTATCATAATT
* * * *
72932 GGATGTTTGCATTGGGAAACTTGAAGTGGATGCTATCTATTGAC-AAGG--AGAGCATTTTAAGT
117 GGATGTTTGCATTAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGT
** * * * * * * *
72994 TTGCCATGACTAT-AAAAGCTTGAAATGAATAATTAATGGATAACTATAATTT
181 TTATCATGCCT-TCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
** ** * ** * *
73046 TGATAACATCGTATCAGT-TGTGTTACCATATATAATTCATTTACAATCCTAAAAATGATTATAA
1 TGATAACATTTTATCA-TCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAA
* * * * * * * *
73110 ATCGAGACTAAA-TCAATAGCTTTGTGGTTCTTCGTTAAA-CCATAGCATAATTAGATGTTTGCA
65 ATCAAAAATAAATTGAA-AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC-TATCATAATTGGATGTTTGCA
* * ** *
73173 TTAGGAAACATGAAA-TGGATGGC-ATCTATTTGTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTGTCATTG-
128 TTAGGAAACGT-AAAGTGGAT-GCTATCCATTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCA-TGC
* ** *
73235 GTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATGGTTACCATTT
190 CTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * *
73278 TGGTAACATTTTATCTTCAATATTATGATA-ATAATTCATTTTTAATCCAATAAATTATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * * * * * *
73342 T-GAAAATAAAGTGAAAGCTTTGTTTTTGTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGTATCTTTGCATTT
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * ** * * *
73406 GAAAATGTCAACTACATGCTGTCCACTGAC-AAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTG
131 GGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCA-TTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC-TTC
* *
73470 AAAA--TGTAAAATGATTTATCAATGAA-AAGTTAACATTT
194 AAAAGCT-TGAAATGATTTATCAATGAATAA-TTATCATTT
* *
73508 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT-TAATTGATTTATAGTCCTATAAATGATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
** * * * *
73572 TTGAAAAT-AATTCAAATGCTTTGTTGTTCTTTTGTTAAAGCCTATAATAATTGGATCTTTGCAT
66 TCAAAAATAAATTGAAA-GCTTTGTTGTTC-TTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAT
* ** ** * *
73636 CT-GAAAATATGTAGTGGATGCTATCCATTTAC-AAGCAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCA
129 -TAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCA-TTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * *
73699 TCGAAAGGTTGAAATGATTTATTAATGAATAATTATCATCT
192 TCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * *
73740 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAACTCATTTATGATCCTATAAATGATTAAAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
** * * * * * *
73805 TGGAAATTAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTCGATTAAAGCCTATCGTAATTGGATGTTTGCACT-
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * * * * * *
73869 GTGAAATGTGATGTGGATCCTGTTCATTGAC-AAGGAAAAAGCATTTTAACTTTATCATTCCTTC
131 G-GAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
73933 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
194 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* *
73972 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATGTAATTCATTTTTAA-CCTTATAAATGATTATAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCC-TATAAATGATTATAA
* * * * *
74036 ATCAAAAATAAATTGAAGGCTTTGTTGTTTTTTGTTAAA-CCTATCGTAATTGGATCTTTGCATT
65 ATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA-T
* * * ** * * * *
74100 TA-GAAACGTGAAGTGAATGTTATTGATTGGC-AAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGTCGT
129 TAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* * * *
74163 CGAAAGAC-TAAAATGATTTATCATTAAATAATTATCATTTT
193 CAAAAG-CTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA-TTT
* * * * * *
74204 TAATGACATTTTATCATCAATATTATGACATATAATGCTTTTAGAATCCTATAAATG---AT---
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * *
74263 T-----ATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCATGGCTAAAACCTATCATAATTTGATGTTT--ATGT
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAT-T
* * * * *
74321 TGGAAA-ATATGAAGTGGTTGCTATCTCTTTA-GAAGGAAATG-GCATTTTAAGTTTATCATGCC
130 AGGAAACGTA--AAGTGGATGCTATC-CATTACTAAGGAAA-GAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * *
74383 -T---AA--TT--ATTG-TTT-T-GAT-AAT-ATT-T--TAT
191 TTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * * * * **
74409 T-ATCA-ATATTATGATGC-ATAAT-TCATTTATAA-TC-TTATAAAGGAT--TATAAATAAAAA
1 TGATAACATTTTATCAT-CAATATTATGATATATAATTCATT-TATA--ATCCTATAAAT-GATT
* ** ** * *
74466 ATAATTTGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGGTGC-TAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGCTT
61 ATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTT-GTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATG-TT
* * ** * * *
74530 ATG--TT-GGAAAACATGAAGTAAATGCTATCTATTGAC-AAGGAAAGAG-ATTTTATGTTTACC
124 -TGCATTAGG-AAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATC
* * * ** *
74590 ATGCCTTTAAAAGTTTGAAATGAATTATCAACAAATAATTATAATTT
186 ATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
** ** *
74637 TGATAACATCGTATCAAT-TGTATTATCATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGA-T-T--
1 TGATAACATTTTATC-ATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAA
* * **
74697 -TC------------AAA-CTTTGTTGTTGTTGGTAAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTGTT
65 ATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT
* * * *
74748 -GAGAAATGTGAAGTGGGTGCTATCCATTTAC-AAGGAAAGAGCATTTTAAGTATATCATGCCTT
130 AG-GAAACGTAAAGTGGATGCTATCCA-TTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* *
74811 CGAAAGCTTGAAATAATTTATCAATGAATAATTATCATTT
193 CAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * *
74851 TTATATCATTTTACCATGAATATTATGATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTCATTT
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT-A--T
**
74916 ATAATCATATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATTTAAGACTTTGTTGTTCTTAATTAAAGCCT
63 A-AATC----AAA--A--ATAAATTG-------A---AAG-CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* * * * * * ** *
74981 ATCATAGTTGGATCTTTGCATTTA-GAAATGTTAAGTGGACGTTATTTATTGAC-AAGAAAAGAG
108 ATCATAATTGGATGTTTGCA-TTAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAG
* * **
75044 CTTTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAACTAT-AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATNN
171 CATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCT-TGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
******** * *
75106 NNNNNNNNTTTTATCATCAATATTATGATATATAATGCACTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * * ***
75171 TC-----------GAAAGCTTTGTTGTTTTTGGCTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGTGGT-
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * *
75224 GGAAAATGTGAAGTGGCTGCTATCCATTTA-TAAAGAAATAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
131 GG-AAACGTAAAGTGGATGCTATCCA-TTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
* * * *
75288 CAAAG-TTAAAAATGATATATCAATGAATAATTACCATTT
194 AAAAGCTT-GAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
*
75327 TGATAACATTTTATCATCAAT-TTATGATATATTATTCA-TTAGTAATCCTATAAATGATTATAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA-TAATCCTATAAATGATTATAA
* * * * *
75390 ATCAAAAAT-AATTCAAAAGCTTTGTTGTTGC-TAGTTAAAGCCTAT-ATAATTTGATATTCGCA
65 ATCAAAAATAAATT-GAAAGCTTTGTTGTT-CTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * * * * * *
75452 TT-GCGAAACATGATGTGAATGCTATCTATTGAC-AAAGAAAGAGCATTTTAACTTTTTCATGCC
128 TTAG-GAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
** * * * *
75515 TTTGAAATCCTGAAATAATTTATCAATGAATAATTATGATTT
191 TTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * *
75557 TGATAACATTTTATCATCAATGTTATGATATATAATCCAATTATAATCCTATAAATCATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
** ** * ** * *
75622 TTGAAAATAAATAAAAATCTTTGTTGTTCACGGTTAAAGACTATCATAATTGGATGTTTGCATTG
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
** * * *
75687 GGAGCCAG-GAAGTGGATGCTATCCATTGGC-AAGGAAAGACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
131 GGAAAC-GTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
* **
75750 AAAAGCTTAAAATGATAGATCAATGAATAATTATCATTT
194 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * ** * *
75789 TGATAATATCTTATTATCAATATTATGATGTATAATTTATAAATAATCTTATATAA-GATTGTAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATA-AATGATTATAA
* ** * *
75853 ATCGAAAATAAATCAAAAGCTTTGTGGTTCATGGTTAAA-CCTTATCATAATTGGATGTTTGCAT
65 ATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC-TATCATAATTGGATGTTTGCAT
* * *
75917 T-GGAAAATGTCAAGTGGATGCTATCCATTTA-TAAGGAAAGAACATTTTAAGTTTATCATGCCT
129 TAGG-AAACGTAAAGTGGATGCTATCCA-TTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * * * * *
75980 TCGAAAGCTTAAAAGGATTTGTCAATTAATAATTTTCACTT
192 TCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * * * * *
76021 TGATAATATTTTATCCTTAATATCACT-ATATATAATTTTATTTATAATCGTATAAAAGATTATA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTA-TGATATATAA-TTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
* * * * ** * * ** * * *
76085 AATCAAAAGTAAACTAAAATCTTTACTGTTTTTAGTTAAAGGTTA-CGTTATTTGGATATTTGCA
64 AATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATC-ATAATTGGATGTTTGCA
* * * * * **
76149 TCGTA--AAACGTAAGGCGGACGCTAACCATTGAC-AAGG-AAGTGTC-TTTTATCTTTATCATG
128 T--TAGGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATT-ACTAAGGAAAGAG-CATTTTAAGTTTATCATG
* * * * **
76209 ACTTCAAAAGCTTGAAATAATTTATTAATAAATAATTATTGTTT
189 CCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * ** * * *
76253 TGATAAAATTTTATCATCAATAATACAATATGTAATTCAGTTATAATTCTATAAATGATTATAAA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
* * ** * * * * * * * *
76318 TTATAAATTGATTGAAATCTTAGTCGTTCATGGTCAAAGCCTATCGTAATTGGATATTTGCA-TC
66 TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * * * * * * * *
76382 GAAAAACGTGAATTTGATGCAATTCACTAATAAGGATAGATCATTTTAAGTTTATCAT-CTTGTC
131 G-GAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT-TC
*
76446 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAAAAATTATCATTT
194 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * *
76485 TGATTACATTTTATCATCAATATTATGATATATATAATTCAATTATAATCCTATATATGACTATA
1 TGATAACATTTTATCATCAATATTATG--ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
**
76550 AATTGAAAATAA
64 AATCAAAAATAA
76562 TTAGAAAATA
Statistics
Matches: 7220, Mismatches: 1749, Indels: 1324
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
200 2 0.00
201 11 0.00
202 7 0.00
203 14 0.00
204 4 0.00
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208 2 0.00
209 3 0.00
210 3 0.00
211 3 0.00
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219 81 0.01
220 200 0.03
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224 4 0.00
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247 26 0.00
248 15 0.00
249 22 0.00
250 24 0.00
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254 10 0.00
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257 8 0.00
258 2 0.00
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260 15 0.00
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264 15 0.00
265 12 0.00
266 11 0.00
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277 5 0.00
278 2 0.00
279 3 0.00
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284 16 0.00
285 9 0.00
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289 1 0.00
291 3 0.00
295 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (232 bp):
TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA
TCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA
GGAAACGTAAAGTGGATGCTATCCATTACTAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAA
AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
Found at i:68982 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 66698--70442 Score: 2911
Period size: 692 Copynumber: 5.4 Consensus size: 679
66688 ATTGTCATCC
* * * *
66698 TGATAACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTAATTTATAATCCTATAAATG-TT-TACA
1 TGATAACATTTTATTATCAATATTATGATAT-TAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATA-A
* * * * * * * * *
66761 ACTCAAAAGTAAATTGAAAGCTTTAT-TGTTCCT-ATTTGAAGCCTATCAAAATTAGATGTTTAC
64 ATTGAAAA-TAAATCGAAAGCTTT-TCTGTTCTTGA-TTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGC
* * * * *
66824 A-TTGAGAAATGTGAAATAGATTCTATCCATTAACAAAGG-AAGAGCA-TTTAACATTTATCATG
126 ATTTG-GAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGAC-AAGGAAAGAGCATTTTAA-GTTTATCATG
* * * * * * * * *
66886 CTTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATTAA-ATATTATCATTTTAACAACATTTTATCATGAA
188 ATATCAAAAGATTGAAATAATTT-TCAATGAATA-ATTATCATCTTAATAACA-TTTATCATCAA
* * * ** * * * * *
66950 TATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATATAGGACTATA-AATCAAAAATAATTTGAAATC
250 TATTGTGATATATAATTAATTTATAATCCTATA-AATA-TTTACAATAAAAAATAAATTAAAAGC
* * * * * * *
67014 TTTGATGTTCTTGGTTAAAGTTTATCATAATTGGAAGTCTGCATTAGGAAACAT-AAGTGGATGC
313 TTTGTTGTTCTTAGTTGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGGATT-GGAAACATAAAGTGGATG-
* * * * *
67078 TATCCATT-TCTAAGGAAAGAGCATTGTACATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAACGATTTCT
376 TATCCATTGAC-AAGGAAAGAGAATT-TAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTAT
* * * * *
67142 CAATAAATAGTTATCACTTTGATAACATTTTATCATTAATATTATG-TAT-TAATTCATTTATAA
439 CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAGATATAATTCATTTATAA
* * * * * *
67205 TCCTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATAGAAATCTTTATTGCTTTTGGTTCAAGCCTATCA
504 TCCTATAAATGATTAT--A-AGAAAAT---T-GAAAGCTTTGTTG-TTTTTGTTAAAG-CTTTCA
* * * * ** * * * * * *
67270 TAATCGGATCTTT-CTATTTCGAAATGAGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTG
560 CAATTGGATGTTTGC-ACTAGGAAACG-TAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTT
* * * * * * * * * * *
67334 CAAGTTTATCAT-GTTGTC-AACAGATTGAAATAATATATCCATGAATAATTGTCGTCT
623 TAAATTTATCATGGCT-TCGAA-AGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGTTATCATTT
* * * * * * *
67391 TGATAACATTTTGTCATCTATATTATGATATATAATTAATTTATAATCCTATAAATGTTTACAAA
1 TGATAACATTTTATTATCAATATTATGATAT-TAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAA
* * * * * * * **
67456 -TCAAAAGTAAATTGAAA-CTTTGT-TATTCTTCATTGAAGTCTATCATAATTGGATGTTTAAAT
65 TTGAAAA-TAAATCGAAAGCTTT-TCTGTTCTTGATTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGCAT
* * * * * * *
67518 TAGCAAACGTGAAGTGGATCCTATCCATTGACAAGTAAAGAGCATTTTAAGTTTATCACGCCT-T
128 TTGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-ATAT
** ** * * * * * * * * *
67582 TGAAATCTTGAAATGATTTATCAACGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTGTCGTGAATACTA
192 CAAAAGATTGAAATAATTT-TCAATGAATAATTATCATCTTAATAACA-TTTATCATCAATATTG
* * *** * * * *
67647 TGATATAGAATTCATTTATAATTAAATAAAGGATTATA-AATCAAAAAT-AATAGAAAATCTTTG
255 TGATATATAATTAATTTATAATCCTATAAA-TATT-TACAATAAAAAATAAAT-TAAAAGCTTTG
* * * * * *
67710 TTGTTCGTGGTT-AATG-TCTATTATAATTGGATGTTTGTATTGGAACATATAAAGTGGATGCCA
317 TTGTTCTTAGTTGAA-GCT-TATCATAATTGGATGTTTGGATTGGAA-ACATAAAGTGGATG-TA
* * * * * * *
67773 ACGAATT-ATAAGGAAACA-ACATTTTAAATTTAACATGCATTCAAAAGCTTGAAATGATTCATC
378 TC-CATTGACAAGGAAAGAGA-A-TTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATC
* * * * * *
67836 AGTGGATAAGTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAAT
440 AATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAGATATAATTCATTTATAAT
*
67901 CCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTTGTTAAAGCTTATCAT
505 CCTATAAATGATTAT-AA--GAAAAT---T-GAAAGCTTTGTTG-TTTTTGTTAAAGCTT-TCAC
* * *
67966 AATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGAATTTTAA
561 AATTGGATGTTTGCACTAGGAAACGTAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAA
* *
68031 ATTTATCAT-GCTTCGAAAGGTTGAAATGATTTCTCAATGAATAGTTATCATTT
626 ATTTATCATGGCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGTTATCATTT
* * * * * * *
68084 CGATAACA-TTTCTCATTAAGATTATGATATTAATTAATTTATAATCATATAAATGATCATAAAT
1 TGATAACATTTTATTATCAATATTATGATATTAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAAT
** * * * * * * * **
68148 AAAAAATAAATAGAATGCTTTGT-TGTTATTGCTTAAAACCTATCATAACTGGATTTTTGTTTTT
66 TGAAAATAAATCGAAAGCTTT-TCTGTTCTTGATTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGCATTT
* * * * * * * *
68212 GGAAACGTAAAGAGGATGCTATGCATTGACAAGGACATAGCATTTTAACTTTATCATGCCT-TCA
130 GGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-ATATCA
* * *
68276 AAAGATTGAAATGAGTTTTCAATGAATAATTATCATCTTGATAGCATTTCATCATCAATATTGTG
194 AAAGATTGAAAT-AATTTTCAATGAATAATTATCATCTTAATAACATTT-ATCATCAATATTGTG
* *
68341 ATATTTAATTAATTTATAATCCTATAAATATTTACAGATGAAAAATAAATTAAAAGCTTTGTTGT
257 ATATATAATTAATTTATAATCCTATAAATATTTACA-ATAAAAAATAAATTAAAAGCTTTGTTGT
* * *
68406 TCCTGGTTGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGGATTAGGAAACATTAAGTGGATGTTATCCATT
321 TCTTAGTTGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGGATT-GGAAACATAAAGTGGATG-TATCCATT
* * *
68471 GGCATGGAAAGAGAATTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAGTGGAA-A
384 GACAAGGAAAGAGAATTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAAT-GAATA
* *
68535 ATTATCATTTTGATAACATTTT-TCTTCAATATTATGAGATATAATTCATTTATAATTCTATAAA
448 ATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAGATATAATTCATTTATAATCCTATAAA
* * * *
68599 TGA-T-T-AG-AAATTGAAAACTTTGTTGTTATTGCTCTAATA-CTTTTACAATTTGATGTTTGC
513 TGATTATAAGAAAATTGAAAGCTTTGTTGTTTTTG-T-TAA-AGCTTTCACAATTGGATGTTTGC
* * * * * *
68659 ACTATGAAACGTAAAATGGATGCTATCCATTGATAAGGGAAGAGCATTTTAAGTTTATGATGGCT
575 ACTAGGAAACGT-AAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGGCT
* * * * *
68724 TCGCAAGCTTAAAATGATTTATCAAGGAACAGTCATCATTT
639 TCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGTTATCATTT
* *
68765 TGATAACATTTTATTGTCAATATTATGATATTAATTCATTTATAATCGTATAAATGATTATAAAT
1 TGATAACATTTTATTATCAATATTATGATATTAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAAT
* * * * *
68830 TGCAAATAAATCGAAAGTTTTTCTATTCTTGATTAAAGCCTATTATAATTGGATCTCTGCATTTG
66 TGAAAATAAATCGAAAGCTTTTCTGTTCTTGATTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGCATTTG
* * * * * * *
68895 AAAATGTGAAGTGGATGCTATCCACTAACAAGCAAAGAGCACTTAAAGTTTATCATGATATCACA
131 GAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGATATCAAA
* * * *
68960 AGATTGAAATAATTTCTCAATGAATAATTATCATTTTTATAACAGTTTATCAACAATATTATGAT
196 AGATTGAAATAATTT-TCAATGAATAATTATCATCTTAATAACA-TTTATCATCAATATTGTGAT
* * * *
69025 ATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA-AATTAAAGATAAATTGAAAGCTTTGTTGTT
259 ATATAATTAATTTATAATCCTATAAAT-ATT-TACAATAAAAAATAAATTAAAAGCTTTGTTGTT
* * * * *
69089 CTTTGTTGAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCG-TTGAGAAACGTAAAGTGGATGCTGTGCATT
322 CTTAGTTGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTG-GATTG-GAAACATAAAGTGGATG-TATCCATT
* * * ** *
69153 AACAAGGAAAGAGCATTTTAATTTTATCATGCCTTTGAAATCTTGAAATGATTTATCAATGAATA
384 GACAAGGAAAGAG-AATTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATA
* * * *
69218 ATTATCATTTTGATAACATTTTGTGATGAATATTATGATA-AGTAATTCATTTATAATCCTATAA
448 ATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAGATA-TAATTCATTTATAATCCTATAA
* * * ** *
69282 AGGATTATAAGTCAAAAATAAATTGAAATCTTTGTTTTTTTTTTTGGTTAAAGCCAATCATAATT
512 ATGATTATAAG------A-AAATTGAAAGCTTTG---TTGTTTTT-GTTAAAG-CTTTCACAATT
* * * * * **
69347 GGATGTTTGCATTGGGAAACGTAAGTGGATGCTGTCCATTTATATGGAAACAATATTTTAAATTT
565 GGATGTTTGCACTAGGAAACGTAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAATTT
** *** ** *
69412 ATCATTCCTTCGAGTCCTTGTCATGATTTCTCAATGAATAGTTATCATTT
630 ATCATGGCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGTTATCATTT
* * * * * * * *
69462 TGATATCATTTT-TTCATTAAAATTATGATATTAATTGACTTAAAATCGTATAAATGATTGTAAA
1 TGATAACATTTTATT-ATCAATATTATGATATTAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAA
* * * * ** * * *
69526 -TCAAGAATAAA-CAAAAAACTGTAATGTTCCTCG-TTAAAGCCTATCATAATTAGAACTTTGCA
65 TTGAA-AATAAATC-GAAAGCTTTTCTGTT-CTTGATTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGCA
* *
69588 TTTGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCGTTTTATGTTTATCAT-ACTA
127 TTTGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGA-TA
*
69652 TCAAAAGATTGAAATGATCTATT-AATGAATAATTATCATCTTAATAACATTTATCATCAATATT
191 TCAAAAGATTGAAATAAT-T-TTCAATGAATAATTATCATCTTAATAACATTTATCATCAATATT
* * *
69716 GTCATATATAATTAATTTATAATCCTATAAATGTTTACAAATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGT
254 GTGATATATAATTAATTTATAATCCTATAAATATTTAC-AATAAAAAATAAATTAAAAGCTTTGT
* * * * *
69781 TGTTCTTAGTTGAAG-TCTATCATAATTTGATGATTGCATGGGGAAACATAAAGTAGATAGTATC
318 TGTTCTTAGTTGAAGCT-TATCATAATTGGATGTTTGGAT-TGGAAACATAAAGTGGAT-GTATC
* * ** *
69845 CATTGATAAGGAAAGAGAATTTAAATTTATCATGCCGTCGGAAGCTTGAAATGTTTTATCAATGA
380 CATTGACAAGGAAAGAGAATTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGA
* * * * * *
69910 ATAATTATCATTTTGGTAACATTTTTTCTTAAATATTATTAGATATAATTCATTTATAATCCTAC
445 ATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAGATATAATTCATTTATAATCCTAT
* * *
69975 AAATGA-T-T-AG-AAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGATTAAAGACTTTCACAATTGGATGTCT
510 AAATGATTATAAGAAAATTGAAAGCTTTGTTGTTTTTG-TTAAAG-CTTTCACAATTGGATGTTT
** * * * * * *
70036 GCACTATCAAATGTGAAGTGGATTCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCACTTTAAGTTTATCATGT
573 GCACTAGGAAACGT-AAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGG
* * * *
70101 CATCGAAAGGTTGAGATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
637 CTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGTTATCATTT
* * * * *
70144 TGATAACATTTTATCATCAATATCATGACATATAATTCATTTATAATTATATAAATGATTAAAAA
1 TGATAACATTTTATTATCAATATTATGATAT-TAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAA
* * * * * * * **
70209 TGGAAAATAGATCGAAAGCTTTGCTGTTCTTTATTGAAGGCTATCATAATTGGATGTTTTTA-TT
65 TTGAAAATAAATCGAAAGCTTTTCTGTTCTTGATTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGCATTT
** ** * * * * *
70273 GGTTCACAT-ACAGTGTATGCTAACCAATT-ATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTAACATGCCT-
130 GG-AAATGTGA-AGTGGATGCTATCC-ATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-ATA
* * * * * * * *
70335 TCAAATGCTTGAAATGACTTATCAATGGATAAGTATCATTTTGATAACATCTTATCATCAATATT
191 TCAAAAGATTGAAAT-AATTTTCAATGAATAATTATCATCTTAATAACAT-TTATCATCAATATT
* * * * *
70400 ATGATACATAATTCATTTTTAATCCAATAAATGATTTATCAAT
254 GTGATATATAATTAATTTATAATCCTATAAAT-ATTTA-CAAT
70443 GAATAATTAT
Statistics
Matches: 2474, Mismatches: 474, Indels: 216
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
678 5 0.00
679 37 0.01
680 50 0.02
681 88 0.04
682 413 0.17
683 216 0.09
684 101 0.04
685 8 0.00
686 3 0.00
687 2 0.00
688 1 0.00
689 1 0.00
690 42 0.02
691 124 0.05
692 459 0.19
693 226 0.09
694 63 0.03
695 198 0.08
696 137 0.06
697 261 0.11
698 37 0.01
699 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (679 bp):
TGATAACATTTTATTATCAATATTATGATATTAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAAT
TGAAAATAAATCGAAAGCTTTTCTGTTCTTGATTAAAGCCTATCATAATTGGATCTTTGCATTTG
GAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGATATCAAA
AGATTGAAATAATTTTCAATGAATAATTATCATCTTAATAACATTTATCATCAATATTGTGATAT
ATAATTAATTTATAATCCTATAAATATTTACAATAAAAAATAAATTAAAAGCTTTGTTGTTCTTA
GTTGAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGGATTGGAAACATAAAGTGGATGTATCCATTGACAAGG
AAAGAGAATTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCAT
TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAGATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
AGAAAATTGAAAGCTTTGTTGTTTTTGTTAAAGCTTTCACAATTGGATGTTTGCACTAGGAAACG
TAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGGCTTCGAAAGCTTGA
AATGATTTATCAATGAATAGTTATCATTT
Found at i:70483 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 70346--70513 Score: 255
Period size: 82 Copynumber: 2.0 Consensus size: 82
70336 CAAATGCTTG
* *
70346 AAATGACTTATCAATGGATAAGTATCATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATACATAA
1 AAATGACTTATCAATGAATAAGTATCATCTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATACATAA
* *
70411 TTCATTTTTAATCCAAT
66 TTAATTTATAATCCAAT
* * * *
70428 AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATCTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAA
1 AAATGACTTATCAATGAATAAGTATCATCTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATACATAA
*
70493 TTAATTTATAATCCTAT
66 TTAATTTATAATCCAAT
70510 AAAT
1 AAAT
70514 TTTTACAAAT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 9, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
82 77 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (82 bp):
AAATGACTTATCAATGAATAAGTATCATCTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATACATAA
TTAATTTATAATCCAAT
Found at i:70688 original size:314 final size:314
Alignment explanation
Indices: 70116--70736 Score: 791
Period size: 314 Copynumber: 2.0 Consensus size: 314
70106 AAAGGTTGAG
*
70116 ATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATCATGACATATAATT
1 ATGATTTATCAATGAATAATTATCATCTTGATAACATTTTATCATCAATATCATGACATATAATT
* * ** * ***
70181 CATTTATAATTATATAAATGATTAAAAATGGAAAATAGATCGAAAGCTTTGCTGTTCTTTATTGA
66 AATTTATAATCATATAAATGATTAAAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGCTGTTCCCGATTGA
* * * ** *** * *
70246 AGGCTATCATAATTGGATGTTTTTATTGGTTCACATACAGTGTATGCTAACCAATTATAAGGAAA
131 AGCCAATCATAATTGAATGTTTCCATTGGGAAACATACAGTGGATGCTAACCAATTATAAAGAAA
* *
70311 GAGCATTTTAAGTTTAACATGCCTTCAAATGCTTGAAATGACTTATCAATGGATAAGTATCATTT
196 GAGCATTTTAAGTTTAACATACCTTCAAATGCTTGAAATGACTTATCAATGAATAAGTATCATTT
*
70376 TGATAACATCTTA-TCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCAATAA
261 GGATAACAT-TTACTCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCAATAA
* *
70430 ATGATTTATCAATGAATAATTATCATCTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATT
1 ATGATTTATCAATGAATAATTATCATCTTGATAACATTTTATCATCAATATCATGACATATAATT
* ** * *
70495 AATTTATAATCCTATAAATTTTTACAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCCCGATTGA
66 AATTTATAATCATATAAATGATTAAAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGCTGTTCCCGATTGA
* **
70560 AGCCAATCATAATTGAATGTTTCCATTGGGAAACGTGA-AGTGGATGCTCTCC-ATTATCAAAGA
131 AGCCAATCATAATTGAATGTTTCCATTGGGAAACAT-ACAGTGGATGCTAACCAATTAT-AAAGA
* ** * ** * *
70623 AAGAGCATTTTAATTTTCTCATACCTTTGAAA-GCTTGAAATGGTTTCTCAATGAATAATTATCA
194 AAGAGCATTTTAAGTTTAACATACC-TTCAAATGCTTGAAATGACTTATCAATGAATAAGTATCA
* **
70687 TTTGGATAACATTTACTCATGAATATTATGATTTATAATTCATTTTTAAT
258 TTTGGATAACATTTACTCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAAT
70737 TCTATAAAAA
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 43, Indels: 8
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
313 8 0.03
314 246 0.95
315 6 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (314 bp):
ATGATTTATCAATGAATAATTATCATCTTGATAACATTTTATCATCAATATCATGACATATAATT
AATTTATAATCATATAAATGATTAAAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGCTGTTCCCGATTGA
AGCCAATCATAATTGAATGTTTCCATTGGGAAACATACAGTGGATGCTAACCAATTATAAAGAAA
GAGCATTTTAAGTTTAACATACCTTCAAATGCTTGAAATGACTTATCAATGAATAAGTATCATTT
GGATAACATTTACTCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCAATAA
Found at i:71183 original size:778 final size:765
Alignment explanation
Indices: 69663--71213 Score: 1828
Period size: 778 Copynumber: 2.0 Consensus size: 765
69653 CAAAAGATTG
* * *
69663 AAATGATCTATTAATGAATAATTATCATCTTAATAACATTTATCATCAATATTGTCATATATAAT
1 AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATCTTAATAACATTTATCATCAATATTATCATATATAAT
**
69728 TAATTTATAATCCTATAAATGTTTACAAATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTG
66 TAATTTATAATCCTATAAATGTTTACAAATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCCGAGTTG
* * * *
69793 AAGTCTATCATAATTTGATGATTGCATGGGGAAACATAAAGTAGATAGTATCCATTGATAAGGAA
131 AAGCCAATCATAATTTGATGATTCCATGGGGAAACATAAAGTAGATAGTATCCATTGATAAAGAA
* * *
69858 AGAGAATTTAAATTTATCATGCCGTCGGAAGCTTGAAATGTTTTATCAATGAATAATTATCATTT
196 AGAGAATTTAAATTTATCATACCGTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTT
** * * * *
69923 TGGTAACATTTTTTCTTAAATATTATTAGATATAATTCATTTATAATCCTACAAATGATTAGAAA
261 TGGTAACATTTACTCATAAATATTATGAGATATAATTCATTTATAATCATAAAAATGATTAGAAA
** ** * * * * ** *
69988 TCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGATTAAAGACTTTCACAATTGGATGTCTGCACTATCAAATGTGAA
326 TAAAAAAATTTGTTGGTCATGATGAAAGACTATCACAATTGGATGTCTGCACTATCAAAAATAAA
* * * * *
70053 GTGGATTCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCACTTTAAGTTTATCATGTCATCGAAAGGTTGAGAT
391 GTGGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCACTTTAAGTTTAACATGTCATAGAAAGCTTGAAAT
* * * *
70118 GATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATCATGACATATAATTCA
456 GATTTATCAATGAATAAATATCATTTTGATAACATCTTATCATCAATATCATGACACATAATTAA
* * * * *** * * *
70183 TTTATAATTATATAAATGATTAAAAATGGAAAATAGATCGAAAGCTTTGCTGTTCTTTATTGAAG
521 TTTATAATCATATAAATGATCAAAAATGCAAAATAAAAAAAAAGCTTTGATGTTCTTTATTAAAC
* ** *** * * * **
70248 GCTATCATAATTGGATGTTTTTATTGGTTCACATACAGTGTATGCTAACCAATTATAAGGAAAGA
586 CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATAAAGTGGATGCTAACCAATTACAAAAAAAGA
* *
70313 GCATTTTAAGTTTAACATGCCTTCAAATGCTTGAAATGACTTATCAATGGATAAGTATCATTTTG
651 GCATTTTAAGTTTAACATGCCTTCAAAAGCTTCAAATGACTTATCAATGGATAAGTATCATTTTG
*
70378 ATAACATCTTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCAAT
716 AAAACATCTTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCAAT
* *
70428 AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATCTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAA
1 AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATCTTAATAACA-TTTATCATCAATATTATCATATATAA
* *
70493 TTAATTTATAATCCTATAAATTTTTACAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCCCGA-T
65 TTAATTTATAATCCTATAAATGTTTACAAATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTT-CCGAGT
* * * * * *
70557 TGAAGCCAATCATAA-TTGAATGTTTCCATTGGGAAACGTGAAGTGGAT-GCTCTCCATT-ATCA
129 TGAAGCCAATCATAATTTG-ATGATTCCATGGGGAAACATAAAGTAGATAG-TATCCATTGAT-A
* * * * * *
70619 AAGAAAGAGCATTTTAATTTTCTCATACCTTTGAAAGCTTGAAATGGTTTCTCAATGAATAATTA
191 AAGAAAGAG-AATTTAAATTTATCATACCGTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTA
* ** *
70684 TCA-TTTGGATAACATTTACTCATGAATATTATGATTTATAATTCATTTTTAATTCTATAAAAAA
255 TCATTTTGG-TAACATTTACTCATAAATATTATGAGATATAATTCATTTATAA-TC-AT-AAAAA
* * * *
70748 TTATTAATCGAAAATAAATAAAAAAATTTGTTGGTCATGATGAAAGTCTATCATAATTGGATGTT
316 TGATT-A--G-----AAATAAAAAAATTTGTTGGTCATGATGAAAGACTATCACAATTGGATGTC
* * * *
70813 TGCATTA-GAAACAATAAAGTGGATGCTATCCAATT-ATAAGGAAAGAGTATTTTAAGTTTAACA
373 TGCACTATCAAA-AATAAAGTGGATGCTATCC-ATTAATAAGGAAAGAGCACTTTAAGTTTAACA
* *
70876 TG-CTTTAGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGGATAAATATCATTTTGATAACATCTTATCATC
436 TGTC-ATAGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAATATCATTTTGATAACATCTTATCATC
* * * * * *
70940 ATTATTATGATACATAATTAATTTCTAATCCTATAAATGATCATAAATTGCAAAA-AAAAAAAAA
500 AATATCATGACACATAATTAATTTATAATCATATAAATGATCA-AAAATGCAAAATAAAAAAAAA
* * *
71004 G-TTTTATGGTTC-TTACTTAAACCCTATCATAATTGGTTGTTTGCATTGGAAAATATAAAGTGG
564 GCTTTGAT-GTTCTTTA-TTAAACCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATAAAGTGG
* *
71067 ATGCTATCCAATTACAAAAAAAGAGCATTTTAAGTTTAACATGCCTTCAAAAGCTTCAAATGATT
627 ATGCTAACCAATTACAAAAAAAGAGCATTTTAAGTTTAACATGCCTTCAAAAGCTTCAAATGACT
* * * *
71132 TATCGATGGATAATTATCATTTTGAAAACATTTTATCATCAGTATTATGATACATAATTCATTTT
692 TATCAATGGATAAGTATCATTTTGAAAACATCTTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTT
*
71197 TAATCCTAT
757 TAATCCAAT
*
71206 AAAAGATT
1 AAATGATT
71214 ATAAATTGAA
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 109, Indels: 35
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
765 41 0.06
766 138 0.21
767 86 0.13
768 2 0.00
769 1 0.00
770 8 0.01
771 1 0.00
773 1 0.00
777 11 0.02
778 352 0.54
779 12 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (765 bp):
AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATCTTAATAACATTTATCATCAATATTATCATATATAAT
TAATTTATAATCCTATAAATGTTTACAAATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCCGAGTTG
AAGCCAATCATAATTTGATGATTCCATGGGGAAACATAAAGTAGATAGTATCCATTGATAAAGAA
AGAGAATTTAAATTTATCATACCGTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTT
TGGTAACATTTACTCATAAATATTATGAGATATAATTCATTTATAATCATAAAAATGATTAGAAA
TAAAAAAATTTGTTGGTCATGATGAAAGACTATCACAATTGGATGTCTGCACTATCAAAAATAAA
GTGGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCACTTTAAGTTTAACATGTCATAGAAAGCTTGAAAT
GATTTATCAATGAATAAATATCATTTTGATAACATCTTATCATCAATATCATGACACATAATTAA
TTTATAATCATATAAATGATCAAAAATGCAAAATAAAAAAAAAGCTTTGATGTTCTTTATTAAAC
CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATAAAGTGGATGCTAACCAATTACAAAAAAAGA
GCATTTTAAGTTTAACATGCCTTCAAAAGCTTCAAATGACTTATCAATGGATAAGTATCATTTTG
AAAACATCTTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCAAT
Found at i:72611 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 72464--72636 Score: 204
Period size: 82 Copynumber: 2.1 Consensus size: 82
72454 CGAAAGCTTA
* * * * *
72464 AAATGATTTATCAAAGGATAAGTATCATTTTGATAATATCTTATCATCAATATTATGATACATAA
1 AAATGATTTATCAAAGAATAAGTATCATCTTGATAACAGCATATCATCAATATTATGATACATAA
* *
72529 TTCATTTTTAATCCTAT
66 TTAATTTATAATCCTAT
* * * * * * *
72546 AGATGATTTATGAATGAATAATTATCATCTTGATAACAGCATATCATCAATATTCTTATATATAA
1 AAATGATTTATCAAAGAATAAGTATCATCTTGATAACAGCATATCATCAATATTATGATACATAA
*
72611 TTAATTTATAATCTTAT
66 TTAATTTATAATCCTAT
72628 AAATG-TTTA
1 AAATGATTTA
72637 CAGATAAAAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 16, Indels: 1
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
81 4 0.05
82 71 0.95
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (82 bp):
AAATGATTTATCAAAGAATAAGTATCATCTTGATAACAGCATATCATCAATATTATGATACATAA
TTAATTTATAATCCTAT
Found at i:72819 original size:309 final size:312
Alignment explanation
Indices: 72244--72832 Score: 744
Period size: 309 Copynumber: 1.9 Consensus size: 312
72234 ATCATTTCTC
* * *** *
72244 AATGAGTAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGACATATAATTCATTTATAAT
1 AATGAATAATTATCATCTTGATAACAGCATATCATCAATATTATGACATATAATTAATTTATAAT
* * * *
72309 TCTATAAATGATTACAAATCAAAAATAGATTGAAAGCTTTGTTGTTGTTTGTTGAAGCCTATCAT
66 TCTATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTG--TGCTAAAGCCTATCAT
* *
72374 AATTGGATGTTTGCAATGGAACACATAAAGTGGATGCTATCCGATTATAAGAAAAGAGCATTTTA
129 AATTAGATGTTTGCAATGGAACACATAAAGTGGATGCTATCCGATTACAAGAAAAGAGCATTTTA
* * *
72439 AGTTTAACATACCTTCGAAAGCTTAAAATGATTTATCAAAGGATAAGTATCATTTTGATAATATC
194 AGTTTAACATACCTTCAAAAGCTTAAAATGATTTATCAAAGAATAAGTATCATTTTGATAACATC
72504 TTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCTATAGATGATTTATG
259 TTATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCTATAGATGATTTATG
* * *
72558 AATGAATAATTATCATCTTGATAACAGCATATCATCAATATTCTTATATATAATTAATTTATAA-
1 AATGAATAATTATCATCTTGATAACAGCATATCATCAATATTATGACATATAATTAATTTATAAT
* *
72622 TCTTATAAATGTTTACAGAT-AAAAA-AAATCGAAAGCTTTGTTGTTG-GCTAAAGTCC-ATCAT
66 TC-TATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTGTGCTAAAG-CCTATCAT
*** ** * * *
72683 AATTAGATGTTTGTGTTGGGAA-ATGTGAAGTGGTTGCTATCC-ATTTACAAGGAAAGAGCATTT
129 AATTAGATGTTTGCAAT-GGAACACATAAAGTGGATGCTATCCGA-TTACAAGAAAAGAGCATTT
* * * * * *
72746 TAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGC-TAGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAGC
192 TAAGTTTAACATACCTTCAAAAGCTTA-AAATGATTTATCAAAGAATAAGTATCATTTTGATAAC
*
72810 ATTTTATCATCAATATTATGATA
256 ATCTTATCATCAATATTATGATA
72833 TATATAATTT
Statistics
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AATGAATAATTATCATCTTGATAACAGCATATCATCAATATTATGACATATAATTAATTTATAAT
TCTATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTGTGCTAAAGCCTATCATAA
TTAGATGTTTGCAATGGAACACATAAAGTGGATGCTATCCGATTACAAGAAAAGAGCATTTTAAG
TTTAACATACCTTCAAAAGCTTAAAATGATTTATCAAAGAATAAGTATCATTTTGATAACATCTT
ATCATCAATATTATGATACATAATTCATTTTTAATCCTATAGATGATTTATG
Found at i:73079 original size:243 final size:238
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72632 GTTTACAGAT
** **
72642 AAAAAAAATCGAAAGCTTTGTTGTTGGCTAAAGTCCATCATAATTAGATGTTTGTGTTGGGAAAT
1 AAAAAAAATCGAAAGCTTTGTTGTTGGCTAAAAACCATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAAT
* * * * *
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* * * * * ** **
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130 GAAATGAATAATCAATGAATAACTATAATTTTGATAACATCGTATCATCAATATTA--CCATATA
* * * *
72837 TAATTTAATTATAATCCTATAAAGGATTATTAATCGAAAATAATTC
193 TAATTCAATTACAATCCTAAAAAGGATTATAAATCGAAAATAATTC
*
72883 AAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT-GCTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGG
1 AAAAA-AAATCGAAAGCTTTGTTGTTGGCTA---AAAACC-ATCATAATTAGATGTTTGCATTGG
* *
72947 GAAACT-TGAAGTGGATGCTATCTATTGACAAGG-AGAGCATTTTAAGTTTGCCATGACTATAAA
61 GAAA-TGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAGAGCATTTTAAGTTTACCATGACTATAAA
* * * ** *
73010 AGCTTGAAATGAATAATTAATGGATAACTATAATTTTGATAACATCGTATCAGT-TGTGTTACCA
125 AGCTAGAAATGAATAATCAATGAATAACTATAATTTTGATAACATCGTATCA-TCAATATTACCA
* *
73074 TATATAATTCATTTACAATCCTAAAAATGATTATAAATCGA
189 TATATAATTCAATTACAATCCTAAAAAGGATTATAAATCGA
73115 GACTAAATCA
Statistics
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AAAAAAAATCGAAAGCTTTGTTGTTGGCTAAAAACCATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAAT
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AAATGAATAATCAATGAATAACTATAATTTTGATAACATCGTATCATCAATATTACCATATATAA
TTCAATTACAATCCTAAAAAGGATTATAAATCGAAAATAATTC
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Alignment explanation
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74496 GGTGCTAGTT
*
74506 AAAGCCTATCATAATTGGATGCTTATGTTGGAAAACATGAAGTAAATGCTATCTATTGACAAGGA
1 AAAGCCTATCATAATTGGATGCTTATGTTGGAAAACATGAAGTAAATGCTATCCATTGACAAGGA
* * * *
74571 AAGAGATTTTATGTTTACCATGCCTTTAAAAGTTTGAAATGAATTATCAACAAATAATTATAATT
66 AAGAGATTTTAAGTATACCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGAATTATCAACAAATAATTATAATT
*
74636 TTGATAACATCGTATCAATTGTATTATCATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTTCAA
131 TTGATAACATCGTATCAATTGTATTATCATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTTCAA
74701 ACTTTGTTGTTGTTGGTA
196 ACTTTGTTGTTGTTGGTA
* * ** *** *
74719 AAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTGTT-GAGAAATGTGAAGTGGGTGCTATCCATTTACAAGG
1 AAAGCCTATCATAATTGGATGCTTATGTTGGA-AAACATGAAGTAAATGCTATCCATTGACAAGG
* * ** *
74783 AAAGAGCATTTTAAGTATATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAAT-AATTTATCAATGAATAATTATC
65 AAAGAG-ATTTTAAGTATACCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGAA-TTATCAACAAATAATTATA
* * ** * *
74847 ATTTTTATATCATTTTA-CCA-TGAATATTATGATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGAT
128 ATTTTGATAACATCGTATCAATTG--TATTATCATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGAT
74910 T
191 T
74911 CATTTATAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAGCCTATCATAATTGGATGCTTATGTTGGAAAACATGAAGTAAATGCTATCCATTGACAAGGA
AAGAGATTTTAAGTATACCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGAATTATCAACAAATAATTATAATT
TTGATAACATCGTATCAATTGTATTATCATATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATTTCAA
ACTTTGTTGTTGTTGGTA
Found at i:74911 original size:23 final size:23
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74875 ATGATATATA
*
74885 ATTCATTTACAATCCTATAAATG
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*
74908 ATTCATTTATAATCATATAAATG
1 ATTCATTTACAATCATATAAATG
74931 ATT
1 ATT
74934 ATAAATTGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTCATTTACAATCATATAAATG
Found at i:77042 original size:232 final size:231
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76594 GGTTAAAGCC
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
76901 AAGAATAATTA-CGATGTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGCTATGTAATTCATTTATAAT
65 ATGAATAATTATC-ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * * * *
76965 CCGATTAATGATTAGAAATTAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTTGTTAAAGCCTATAAT
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* ** * *
77030 AATTGGATGTTTGTATTGAAAAACGTGAAGTTGATGCT
194 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * *
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1 ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT-CAAAGCTTGAAATGATTTATCA
* * * * * *
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65 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* * * ** * * *
77198 CTATAGATGATTATATATCAAAAATAAATTGAAAATTTTGTTGTTTTTGGTGAAAACCTATCATA
130 CTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATA
* * * * ** *
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* * * * *
77300 A-ACATTGACAAGGAAAGTGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGAAATCTTGAAATGATTTATCA
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* * * *
77364 ATAAATAACTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATCATATATAATTCATTTATAATC
65 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* * ** * * ** * *
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130 CTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAAT-AGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * *
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194 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* ** * *
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1 A-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CCTTCAAAGCTTGAAATGATTTATC
* * * * *
77587 AATTAATAATTATCACTTTGATAACATTTTATCCTCCACATTATGATATATAATTCATTTATAAT
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** * * * *
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129 CCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* ** ** ** *
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* * * * *
77756 ATTCATTGAGAAGGAAAGAGCA--TT-A---TATCATGCATTCAAAAACTTGAAATGATTTTTCA
1 ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCA
* *
77815 ATGAATAATTATCATTTTGATTACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAATTATAATC
65 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* * * *
77880 CTATATATGATTATAAATTGAAAGTAATTTGAAAACCAAAAAAAAAGCTTTGTTGTTGC-TGGTT
130 CTATAAATGATTATAAA-TCAAA--AA--T-------AAATAGAAAGCTTTGTTGTT-CTTGGTT
* ** * * * * *
77944 AAAGCTTATCATAATTAAATGGTTGCATTGGGAGACGTGCAGTGGATGCC
182 AAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * ** * *
77994 ATCCACTGATAAGGAAAGAAG-ATTTCAAGTTTGCCAAGCCTTCGAGAA-CATGAAATGATTTAT
1 ATCCATTGACAAGGAAAG-AGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-A-AAGCTTGAAATGATTTAT
* * ** * * * *
78057 CCATGGATAATTGCCATTTTAATAGCATCTTATCATCAATTTTATGATATATAATTCATTTATAA
63 CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
* * * * * *
78122 TGCTATAAATGATTGTAAATCAAAAATAAATTAG-AAGCTTTCTGGTTCTTAGTTAAAGCTTATC
128 TCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAA-TAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATC
* *
78186 ATCATTGGATGTTTGCATTGGG--A-ATG--CT---T--T
192 ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * * * * * *
78216 -T-TATTTATAAGGAAAGATCATTTTATGTGTAACAAGCCTTCGACAA-CTTGTAATGTTTTATC
1 ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-A-AAGCTTGAAATGATTTATC
* * * * * * * *
78278 AAAGAATAATTATTATTTTGATAACCTTTTATCATCAATATTATGCTATGTGACTCATTTAAAAT
64 AATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
** *
78343 TTTA-AAATTGATTATAAATAAAAAAATAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG
129 CCTATAAA-TGATTATAAAT-CAAAAAT--AAAT--A--GAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG
** *
78407 CCTATCATAATTGGATGTCCGCATAGGGAAACATGAAGTGGATGCT
186 CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* *
78453 ATCCATTGACAAGGAAAGATCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCCAAACCTTGAAATGATTTATCA
1 ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT-CAAAGCTTGAAATGATTTATCA
* * * * * * *
78518 ATGAATAATTATCATTTTGATAATATTTAATCATTAATATTATAAGATATAATTCATTTATAGTT
65 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* * ** * * *
78583 CTATAAATAATTATATATTGAAAATAAATCAAAAAG-TTTATTGTTCTTGGTTCAAGCCTATCAT
130 CTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAAT-AGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * * *
78647 AATTGGATATTTCCATCGGAAAACATGAAGTGGATGCT
194 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * * * *
78685 AACCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTGTCATGCCCTTGAAAGTTTGAAAGGATTTAGCA
1 ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CCTTCAAAGCTTGAAATGATTTATCA
* * * * * * * *
78750 ATTAATAATTATCACTATAATAACATTTTATCCTCAATGTTATGATACATAGTTCATTTATAATC
65 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* * * * **
78815 ATAAAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTA-AAATCTTTGTTGTGT-TTATTTAAAGCCTATCA
130 CTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAA-TAGAAAGCTTTGTTGT-TCTTGGTTAAAGCCTATCA
* * * *
78878 TAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGACGTGGATGCT
193 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * *
78917 ACCCATTGGCATGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTCGAAAGCCTGAAATGATTTATCA
1 ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCA
* * *
78982 ATGAATAATCATCATTTTGATAACATTTTATTATCAATATTATGACATATAATTCATTTATAATC
65 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* *** * * * *
79047 CTACAAATGATTATAAATCAAATGCAAATTGAAATCTTTGTTGTGCTTGTTTAAAGCCTATCATA
130 CTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATA
* * ** ** *
79112 ATTGGAAGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGTGGAAGCT
195 ATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * *
79149 A-CTCATTGGCAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCTTTAAAGAGCTTGAAATAATTTATC
1 ATC-CATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAA-AGCTTGAAATGATTTATC
* * * * *
79213 AATGAATAATCATCATTATGATGACATTTTATTATCAATACTATGATATATAATTCATTTATAAT
64 AATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * * * * * *
79278 ACTGTAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCATGGTTAGAGCTTGTCAT
129 CCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* ** **
79343 AATTGGATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGTGGATGCT
194 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
** * * *
79381 ATCCATTGACAA--AAA-AGCATTTGCATTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAGATGATATATCA
1 ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCA
* * * * * *
79443 AAGAATAATTATCATTTTGATAATAATTTATCA-CAAAATCATAATATATAATTCATTTATAATC
65 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* * * *
79507 TTGTAAGTGATTATAAATCAAAAATAATTTGACAATATATCAAAAG-TTTGTTGTTGC-TGGTTA
130 CTATAAATGATTATAAATC--AAA-AA--T---AA-ATA--GAAAGCTTTGTTGTT-CTTGGTTA
* * * * *
79570 AAG-CGATCATAATTAGATGTTTGCAGT-GGAAAGCATGAATTGGATGCC
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* * * * * * *
79618 ATCCAATGACATGGAAAGAGCATTTTAGGTATACCATGCCTTCAAGAGCTTAAAATGATTTATTA
1 ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAA-AGCTTGAAATGATTTATCA
* * * * *
79683 ATGGATAATTATCATTTTGATAACATTCTATTATCAATATTATGTTATATAATTCATTTAAAATC
65 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* * * *
79748 CTATAAATGATTATAAATTGAAAACT-AAT-TAAAG-TGTTGTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCA
130 CTATAAATGATTATAAA-TCAAAAATAAATAGAAAGCT-TTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCA
* *
79810 TAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGTGGATGCT
193 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * * * *
79849 ATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAATTTTAACATGCCTTCAAAAACTTGAAATGTTTTATCA
1 ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCA
* * *
79914 ATGAATAATTATCATTTTGTTTACATTTTATCATCAATATTATGATATATAGTTCATTTATAATC
65 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* * * *
79979 CT-TCAAATGATTATAAATCAGAAATATATCA-AAAGTTTTGTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCA
130 CTAT-AAATGATTATAAATCAAAAATAAAT-AGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCA
* * * **
80042 TTATTTGATGTTTGCATAGGGAAACATGAAGCAGATGCT
193 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
* * * ** * *
80081 ATCCATAT-ACAAGAAAAGAGCATTTTGAGTTTATCATGCTTTTGTAAGCTTGAAATAATTTATT
1 ATCCAT-TGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGC-CTTCAAAGCTTGAAATGATTTATC
* * * * * * * *
80145 AACGGATACTTGTCATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTACGATATATAATTAATTTGTAAT
64 AATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * *
80210 CCTATAAATGGTTGTAGATCAAAAATAAATCA-AAAGCTTTG-TGCTTCTTGGTTAAAGGCTATC
129 CCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAAT-AGAAAGCTTTGTTG-TTCTTGGTTAAAGCCTATC
80273 ATAATTGGATGTTTG
192 ATAATTGGATGTTTG
80288 GATTTATAAA
Statistics
Matches: 2764, Mismatches: 573, Indels: 230
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
219 4 0.00
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Consensus pattern (231 bp):
ATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAGCTTGAAATGATTTATCAA
TGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCC
TATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAA
TTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT
Found at i:79931 original size:932 final size:921
Alignment explanation
Indices: 76641--80287 Score: 3057
Period size: 932 Copynumber: 3.9 Consensus size: 921
76631 AGGTTACCTA
* * * * * *
76641 GCCTTCAAGAGATTTAAATGATTTATCAATGGATAATAATCATTTTGATAA-CATCTTATCATCA
1 GCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATAAT-TTATCA-CA
* * * * * *
76705 ATATTATGATATGTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTGTAAAT--AAAA-AA--T-AAATC
64 AAATTATAATATATAATTCATTTATAATC--GT-AATGATTATAAATCAAAAATAATTTGAAATA
* * * * * * * *
76764 A--AAAACTTTGTGGTT-CTTGGTTAAAACCTATCAAAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACATGA
126 ATCAAAAGTTTGTTGTTGCATGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATATTTGCA-TGGAAAACATGA
** * * * * * * * *
76826 AGAGAATGCTATCCATTTATAAGGAAAAAGCATTTTATGTTTAACATGTCTTTAACAGCTTGTAA
190 ACTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTA-G--TATCATGCCTTCAA-AGCTTGAAA
* * * * * *
76891 TGTTTTATCAAAGAATAATTA-CGATGTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGCTATGTAATT
251 TGATTTATTAATGAATAATTATC-ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATT
* * * * *
76955 CATTTATAATCCGATTAATGATTAGAAATT-AAAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTTGTTA
315 CATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAAATAAAT-TAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTA
* * * * * *
77019 AAGCCTATAATAATTGGATGTTTGTATTGAAAAACGTGAAGTTGATGCTATCCGTTGACAAGGAA
379 AAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTG-GAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAA
* * * * * *
77084 AAATCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCCAAAGCTTGGAATGATTTATCAATGAATAATTATAATT
443 AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAACTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATT
* * * * * * * *
77149 TTGATAACATTTTATTATCAATATTATGAGATATAATTAATTTCTAGTCCTATAGATGATTATAT
508 TTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTACAAATGATTATAA
* * * * * * *
77214 ATCAAAAATAAATTGAAAATTTTGTTGTTTTTGGTGAAAACCTATCATAATTGGATGTTCGCGTC
573 ATCAAAAATAAATTG-AAATTTTGTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCCTT
* * * ** *
77279 GAGAAATGTGAAGTGGATGGTAACATTGACAAGGAAAGTGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGA
637 AAGAAATGTGAAGTGGATGCTATCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATG-CTTTGA
* * * * *
77344 AATCTTGAAATGATTTATCAATAAATAA-CTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATC
701 AAGCTTGAAATAATTTATCAATGAATAATC-ATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* ** *
77408 ATATATAATTCATTTATAAT-CTTATAAATGATTCTAAATTGAAAATAAATCAAAAGCTTTCTTG
765 ATATATAATTCATTTATAATAC-TATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTT-
* * *
77472 GTCTCA--GTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGGATTGGGAAATATCAAGT-G--GC-ATTC
828 GT-TCATGGTTAAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATATGAAGTGGATGCTA-TC
* ** * *
77531 C--TAAGGAAAGAGAATTTTAAGTTTATCAT
891 CATTGACAAAAAAGCATTTTAAGTTTATCAT
** ** * * * * * * *
77560 GTTTTTGAAAGCTTGAAAAGATTTATCAATTAATAATTATCACTTTGATAACATTTTATCCTCCA
1 GCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATAATTTAT-CACAA
* * * *
77625 CATTATGATATATAATTCATTTATAATCAAATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTG--A-AA
65 AATTATAATATATAATTCATTTATAATC--GT-AATGATTATAAATCAAAAATAATTTGAAATAA
*
77687 TC-----TTTGTTG-TGCATGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATATTTGCATTGAAAA-ATTGTG
127 TCAAAAGTTTGTTGTTGCATGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATATTTGCATGGAAAACA---TG
* * * * * *
77745 AACCGAATGCTATTCATTGAGAAGGAAAGAGCA--TTA-TATCATGCATTCAAAAACTTGAAATG
189 AACTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAGTATCATGCCTTC-AAAGCTTGAAATG
*
77807 ATTT-TTCAATGAATAATTATCATTTTGATTACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA
253 ATTTATT-AATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA
* * **
77871 ATTATAATCCTATATATGATTATAAATTGAAAGTAATTTGAAAACCAAAAAAAAAGCTTTGTTGT
317 TTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAA--AA--T--------AAATTAAAGCTTTGTTGT
* * * * * * *
77936 TGC-TGGTTAAAGCTTATCATAATTAAATGGTTGCATTGGGAGACGTGCAGTGGATGCCATCCAC
370 T-CTTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCAT
* * ** * * * * *
78000 TGATAAGGAAAGAAG-ATTTCAAGTTTGCCAAGCCTTCGAGAACATGAAATGATTTATCCATGGA
433 TGACAAGGAAAG-AGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAACTTGAAATGATTTATCAATGAA
** * * * * * *
78064 TAATTGCCATTTTAATAGCATCTTATCATCAATTTTATGATATATAATTCATTTATAATGCTATA
497 TAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTACA
* ** * * * *
78129 AATGATTGTAAATCAAAAATAAATTAGAAGCTTTCTGGTTCTTAGTTAAAGCTTATCATCATTGG
562 AATGATTATAAATCAAAAATAAATT-GAAATTTTGTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGG
* * * * * * * * * * *
78194 ATGTTTGCATT--G----G-GAA-T-GCT--TTTTATTTATAAGGAAAGATCATTTTATGTGTAA
626 ATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGTGGATGCTATCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTAT
* * * ** * * * *
78248 CAAGCCTTCGACAA-CTTGTAATGTTTTATCAAAGAATAATTATTATTTTGATAACCTTTTATCA
691 CATG-CTTTGA-AAGCTTGAAATAATTTATCAATGAATAATCATCATTTTGATAACATTTTATCA
* * * * * **
78312 TCAATATTATGCTATGTGACTCATTTAAAATTTTA-AAATTGATTATAAATAAAAAAATAAAAAT
754 TCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATACTATAAA-TGATTATAAAT------A-AAAAAT
* * * ** * *
78376 AAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTCCGCATAGGGAAACAT
811 AAATCAAAAGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATAT
*
78441 GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGATCATTTTAAGTTTATCAT
876 GAAGTGGATGCTATCCATTGACAA--AAA-AGCATTTTAAGTTTATCAT
* * *
78490 GCCTTCCAAACCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAT-ATTTAATCATTA
1 GCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATAATTT-ATCA-CA
* * * **
78554 ATATTATAAGATATAATTCATTTAT-A--GT--T--CTATAAAT-AATTAT-ATATTGAAAATAA
64 AAATTATAATATATAATTCATTTATAATCGTAATGATTATAAATCAAAAATAAT-TTG-AAAT-A
* * * *
78610 ATCAAAAAGTTTATTGTT-CTTGGTTCAAGCCTATCATAATTGGATATTTCCATCGGAAAACATG
126 ATC-AAAAGTTTGTTGTTGCATGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATATTTGCAT-GGAAAACATG
* * * * * * *
78674 AAGTGGATGCTAACCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTGTCATGCCCTTGAAAGTTTGAA
189 AACTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT-AG--TATCATG-CCTTCAAAGCTTGAA
* ** * * * * * * * *
78739 AGGATTTAGCAATTAATAATTATCACTATAATAACATTTTATCCTCAATGTTATGATACATAGTT
250 ATGATTTATTAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATT
* * * * **
78804 CATTTATAATCATAAAAATGATTATAAA-TAAAAAATAAATTAAAATCTTTGTTGTGT-TTATTT
315 CATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAAATAAATT-AAAGCTTTGTTGT-TCTTGGTT
* * * * *
78867 AAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACGTGACGTGGATGCTACCCATTGGCATGAA
378 AAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGG-AAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGA
* * * *
78932 AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTCGAAAGCCTGAAATGATTTATCAATGAATAATCATCAT
442 AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAACTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCAT
* *
78997 TTTGATAACATTTTATTATCAATATTATGACATATAATTCATTTATAATCCTACAAATGATTATA
507 TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTACAAATGATTATA
*** * * * *
79062 AATCAAATGCAAATTGAAATCTTTGTTGTGCTTGTTTAAAGCCTATCATAATTGGAAGTTTGCCT
572 AATCAAAAATAAATTGAAAT-TTTGTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCCT
* * *
79127 TAAGAAATGTGAAGTGGAAGCTACTCATTGGCAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCTTTA
636 TAAGAAATGTGAAGTGGATGCTA-TCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCTTTG
* * * *
79192 AAGAGCTTGAAATAATTTATCAATGAATAATCATCATTATGATGACATTTTATTATCAATACTAT
700 AA-AGCTTGAAATAATTTATCAATGAATAATCATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* *
79257 GATATATAATTCATTTATAATACTGTAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTG
764 GATATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTG
* * * ** *
79322 TTCATGGTTAGAGCTTGTCATAATTGGATGTTTGCCTTGAAAAATGTGAAGTGGATGCTATCCAT
829 TTCATGGTTAAAGCTTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATATGAAGTGGATGCTATCCAT
** *
79387 TGACAAAAAAGCATTTGCATTTTATCAT
894 TGACAAAAAAGCATTTTAAGTTTATCAT
* * *
79415 GCCTTCAAAAGCTTGAGATGATATATCAAAGAATAATTATCATTTTGATAATAATTTATCACAAA
1 GCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATAATTTATCACAAA
*
79480 ATCATAATATATAATTCATTTATAATCTTGTAAGTGATTATAAATCAAAAATAATTTGACAATAT
66 ATTATAATATATAATTCATTTATAATC--GTAA-TGATTATAAATCAAAAATAATTTGA-AATA-
* * * *
79545 ATCAAAAGTTTGTTGTTGC-TGGTTAAAG-CGATCATAATTAGATGTTTGCAGTGGAAAGCATGA
126 ATCAAAAGTTTGTTGTTGCATGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATATTTGCA-TGGAAAACATGA
* * * * *
79608 ATTGGATGCCATCCAATGACATGGAAAGAGCATTTTAGGTATACCATGCCTTCAAGAGCTTAAAA
190 ACTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTA-GTAT--CATGCCTTCAA-AGCTTGAAA
* * * *
79673 TGATTTATTAATGGATAATTATCATTTTGATAACATTCTATTATCAATATTATGTTATATAATTC
251 TGATTTATTAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTC
* * *
79738 ATTTAAAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAACT-AATTAAAG-TGTTGTGGTTCTTGGTTAA
316 ATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAAATAAATTAAAGCT-TTGTTGTTCTTGGTTAA
* * * * *
79801 AGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAA
380 AGCCTATCATAATTAGATGTTTGCATT-GGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAA
* * * *
79866 GAGCATTTTAATTTTAACATGCCTTCAAAAACTTGAAATGTTTTATCAATGAATAATTATCATTT
444 GAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAACTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* * * *
79931 TGTTTACATTTTATCATCAATATTATGATATATAGTTCATTTATAATCCTTCAAATGATTATAAA
509 TGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTACAAATGATTATAAA
* * ** * * *
79996 TCAGAAATATATCAAAAGTTTTGTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATTATTTGATGTTTG-CATA
574 TCAAAAATAAATTGAAA-TTTTGTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCCTTA
* ** ** *
80060 GGGAAACATGAAGCAGATGCTATCCATAT-ACAA-GAAAAGAGCATTTTGAGTTTATCATGCTTT
638 -AGAAATGTGAAGTGGATGCTAT-CAT-TGACAAGGAAAA-AGCATTTTAAGTTTATCATGC-TT
* * * * * ** *
80123 TGTAAGCTTGAAATAATTTATTAACGGATACTTGTCATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTA
698 TGAAAGCTTGAAATAATTTATCAATGAATAATCATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
* * * * * * * *
80188 CGATATATAATTAATTTGTAATCCTATAAATGGTTGTAGATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTG-T
763 TGATATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTT
*
80252 GCTTCTTGGTTAAAGGC-TATCATAATTGGATGTTTG
828 G-TTCATGGTTAAA-GCTTATCATAATTGGATGTTTG
80288 GATTTATAAA
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
913 1 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (921 bp):
GCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATAATTTATCACAAA
ATTATAATATATAATTCATTTATAATCGTAATGATTATAAATCAAAAATAATTTGAAATAATCAA
AAGTTTGTTGTTGCATGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATATTTGCATGGAAAACATGAACTGGA
TGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAGTATCATGCCTTCAAAGCTTGAAATGATTTATTA
ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
CTATAAATGATTATAAATTGAAAAATAAATTAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATA
ATTAGATGTTTGCATTGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG
TTTATCATGCCTTCGAAAACTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTACAAATGATTATAAATCAAAAATAAAT
TGAAATTTTGTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCCTTAAGAAATGTGAAGT
GGATGCTATCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCTTTGAAAGCTTGAAATAATT
TATCAATGAATAATCATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
TAATACTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAGCTTA
TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAAAAGCATTTT
AAGTTTATCAT
Found at i:81210 original size:12 final size:13
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81181 CCGAATAGTT
81191 TCTTGCTGCCTCC
1 TCTTGCTGCCTCC
81204 T-TTGCTGCCT-C
1 TCTTGCTGCCTCC
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1 TCTTGCTGCCTC
81227 AAAAATCTCT
Statistics
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0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.10
12 18 0.86
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TCTTGCTGCCTCC
Found at i:87879 original size:21 final size:20
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87845 CTCTTAAAGT
*
87855 AATTTAAAATAAAATACCTAA
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* *
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1 AATTTAAATAAAATAACTAA
87896 AATT
1 AATT
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 16 0.76
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Consensus pattern (20 bp):
AATTTAAATAAAATAACTAA
Found at i:88469 original size:232 final size:232
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88025 AGTTATCACA
* * ** * * * * *
88035 ATGCTATCCATTTATAAGGTTAGAG-ATTTTAAATTTATCATTCCTTCAAAAGCTTAAAAAGATT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATT
* * * *
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* * * **
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*
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* * * *
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*
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65 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * *
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* * * ** *
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* * * * * *
88496 ATGCTATCCATTGACAAAGAATGAGCATTTTCAGTTTATGATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATT
* *
88561 TAGT-AATGGATAATTATCATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
66 TA-TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* *** * * * *
88625 ATAATCCTATAAATAATTATAAAT-TGGAATAAAT-AAAA-GTTTATGGTTATTGGTTAAAGCCT
130 ATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* ** * *
88687 ATCATAATTAGATGTACGTATTGGGAAATTTGAAGTGG
195 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGG
* * * * * * *
88725 ATACTATCCATAT-AAAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTAACATGCCTTTGACAGCTTGTAATGTT
1 ATGCTATCCAT-TGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGAT
* * **
88789 TTGTCAA-GAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTGTCATCAATATTATGATATGCAATTCATT
65 TTATCAATG-AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATT
* * * * ** * * *
88853 TATAATCTTATAAATGATTATGACTCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCCTAGTTAAAGCC
129 TATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* * * * * *
88918 TATCATAATTGGATGTCTACATT--AACAAGGAGAAATGG
194 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA-AATGTGAAGTGG
* * * * * *
88956 ATGTTATCAATTAACAACGAAAGAGCATTTCCAA-TTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGAT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTT-TAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGAT
* ** * * * ** *
89020 TCATGGATGAAAAATTATCAGTTTGAT-AGATTTTATCAAAAATATTATAATATATAATTCATTT
65 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
*
89084 ATTATCCTATAAATGA-T-T--AT-----A-AAA-CAAAAGT-TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
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* *** *
89137 TAACATAATTGGATGTTTGCATCAAGAAATGTGAAGTGC
194 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGG
* * * *
89176 ATGCTAACCATGGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCCTGAAATGATT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATT
* *
89241 TATCAATGAATAATTATCCTCTTTAAT-ACA-TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
66 TATCAATGAATAATTATCAT-TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * ** * ** * * **
89304 AGAATCCT-TAAAATGAGTAT-AATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTCCTATTATTACTTAAAGCC
130 ATAATCCTAT-AAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* ** * * *
89367 TATCATTATTGGATGTTTGCATAAGAAAATATAAAGTGG
194 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGG
* * * *
89406 ATGCTATCCATGGACAAGGAAAGATCATTTTAAGTTT-TCCATGGCTTCAAAAGCTTGAAATGAT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTAT-CATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGAT
* * * * *
89470 TAATGAATGAATAATTATCATTTTGATAACATCTTATCACCAATATAATGATATATAATTCATTT
65 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * * * ** * * **
89535 ATAATACAATAAATGATTGTAAATAAAAAATAAATCATGAGCTTTGTGGTTCTTCATTAAA-CGC
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* **
89599 TATCATAATTGGATGTTTGGATTGGGAAATGCTG-AGTAA
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* * * * * * *
89638 ATTCTATCTATTTATAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTGGAAA-GCAT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATG-AT
* * * *
89702 TTATCAATTAATAATTTTCACTTTGATAGCATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTTC-TT
65 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAA-TTCATT
* * * ** * *
89766 TATAATCCTATAAATCATTATAAAACCAAAATAAATTGAAATCTTGGTTGTTCTTGGTTAAGGCC
129 TATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* * *
89831 TTTCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTGAAGTAG
194 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGG
* * * * **
89870 ATGCTATACATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAATTTTATGAT-TTTGTCGAAAGCTTGAAATGAT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT-TCGAAAGCTTGAAATGAT
* * * *
89934 TTATCAATGAATAATTATCGTTTTGATAACGTTTTATCATCAACATTAT--TACA-AA-T-A-TT
65 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * *
89993 AAAATCCTATAAATGA-T-T--A-C------AAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
130 ATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* * * **
90047 ATTATAATTGGATATTTGTATTGGGAAACAT-AGAGTGG
195 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGA-AGTGG
* * * * * **
90085 ATGGTATCCATTAAAAAGGAAAGAGCATTTTAAG-----CATGCCTGCCAAAAATTGAAATGATT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATT
* * * *
90145 TTTTAATGAATAATTA-CTATTTGGATAACATTTTA--A-C-----------ACATAATTCATTT
66 TATCAATGAATAATTATC-ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * * * * * *
90195 ATAATCCTATAAAAGATTGTGAATC-AAAATAAATCAAAAGCTTTGTGGTTTTTTGTTAAAGCCT
130 ATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* * * * **
90259 ATCATAATTGCATATTTGGATTGGGAAATGTCAAGTCA
195 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGG
* * * * *
90297 ATGCTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTGAA-TTTATCATGCCTTTG-AAGCTAGAAAGGAT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT-AAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGAT
* * * *
90360 TTATCAATTAATAATTATCACTTTAATAACATTTTATCCTCAATATTATGATATATAATTCATTT
65 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
**
90425 ATAATCCTATAAATGATTATAAAT-AGAAAATAAATTGAAATCTTTGTTG---TTGGTTAAAGCC
130 ATAATCCTATAAATGATTATAAATCA-AAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCC
* * * * * *
90486 TATTATAATTGGATATGTGCATTGGAAAACT-TGGAGTGA
194 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-TGTGAAGTGG
* * * * **
90525 ATGCTATACACTAACAAGGAAAGAGCATTTTAA-TTCTATGATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGAT
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTT-TATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGAT
* * * *
90589 TTATGAATGAATAATTATCATTGTGATAACATTTCATCATCAATATTATAATATATAATTCATTT
65 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * * * *
90654 ATAATGCTATAAATGCTTATAAGTC-----GAAA-C-----CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCT
130 ATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT
* * * * * *
90708 ATCATTATTGGATGCTAGCACTGGGAAACGTGAAATGG
195 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGG
* * * *
90746 ATGCTATCCATTGACAAAGG-AAGAGCATTTGT-AGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTAAAATCA
1 ATGCTATCCATTGAC-AAGGAAAGAGCATTT-TAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGA
* * * * * *
90809 TTTATGAAAGAGTAATTATCACTTTGATAACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTTATT
64 TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATT
* * * * * * *
90874 TATAATCTTGTAAATGATTGTAAATCAAAAATAAATCTAAAGT-TTTGCTCGTTCTTCGTTAGAG
129 TATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATC-AAAATCTTTG-TTGTTCTTGGTTAAAG
* * * * *
90938 CCTATCATAATTAGATGTTTGTAGTGAGAAATGTCAAGTGG
192 CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGG
* * ** ** * * * * *
90979 ATGCTATCCATTCATAACAAAAGAGCATTCAAACTCTATCATGCCTTTTTGAAAGGTTGAAAGGA
1 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC--TTCGAAAGCTTGAAATGA
* * ** * * *
91044 TTAATCAATTAATAATTATCACATTGATAACATTTTATCCTTAATATTATAATATATAATTCATT
64 TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATT
91109 TAT
129 TAT
91112 GTGGTGGAAG
Statistics
Matches: 2268, Mismatches: 463, Indels: 228
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
198 3 0.00
199 2 0.00
200 1 0.00
201 1 0.00
202 16 0.01
203 1 0.00
204 1 0.00
206 1 0.00
207 2 0.00
208 1 0.00
209 1 0.00
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214 1 0.00
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218 8 0.00
219 46 0.02
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225 1 0.00
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235 71 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (232 bp):
ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATT
TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
TAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA
TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGG
Found at i:88915 original size:461 final size:458
Alignment explanation
Indices: 88056--91111 Score: 2585
Period size: 461 Copynumber: 6.7 Consensus size: 458
88046 TTATAAGGTT
* * * * *
88056 AGAG-ATTTTAAATTTATCATTCCTTCAAAAGCTTAAAAAGATTTATCAATTAATAATTATC--T
1 AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATT
* * * * *
88118 TTGATAATATTTTATCCTCAATATTATAATATATAATTCATTTACAATCCTATGAATGATTATAA
66 TTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAA
* *
88183 ACCAAAAATAAATTGAAA-TCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTAT
131 A-TAAAAATAAA-TAAAAGT-TTTG--GTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTAT
* * *
88247 TGGGAAATGTGAAGTGGATGC-AACACATTGGCATGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
191 TGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATC-CATT-ACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* *
88311 CGAAAGCTTGAAATGAGTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATTATCAATATTA
254 CGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
* * * *
88376 TGATATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTGCT
319 TGATATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATGAATC-AAAATAAATCGAAAGCTTTGTT
* * *
88441 GTTCTTCGTTAAAGCCTATCACAATTGGATGCTTGCATTAGGAAACATAAAGTGGATGCTATCCA
383 GTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGTGGATGCTATCCA
88506 TTGACAAAGAA
448 TTGACAAAGAA
* * * * *
88517 TGAGCATTTTCAGTTTATGATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAATTTAGT-AATGGATAATTATCAT
1 AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTA-TCAATGAATAATTATCAT
* *
88581 TTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATAATTATA
65 TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
*** * * **
88646 AATTGGAATAAATAAAAGTTTATGGTTATTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTACGTATTGG
130 AATAAAAATAAATAAAAGTTT-TGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTATTGG
* * * * * *
88711 GAAATTTGAAGTGGATACTATCCATATAAAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTAACATGCCTTTGAC
194 GAAATGTGAAGTGGATGCTATCCAT-TACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAA
* * * *
88776 AGCTTGTAATGTTTTGTCAA-GAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTGTCATCAATATTATGA
258 AGCTTGAAATGATTTATCAATG-AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGA
** * *
88840 TATGCAATTCATTTATAAT-CTTATAAATGATTATGACTCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGT
322 TATATAATTCATTTATAATAC-TATAAATGATTATGAATC-AAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGT
* * * ** ** * * *
88904 TCCTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTCTACATTAACAAGGAGAAA-TGGATGTTATCAATT
385 TCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGTGGATGCTATCCATT
* *
88968 AACAACGAA
450 GACAAAGAA
* * ** * *
88977 AGAGCATTTCCAA-TTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTCATGGATGAAAAATTATCAG
1 AGAGCATTT-TAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCAT
* ** * *
89041 TTTGAT-AGATTTTATCAAAAATATTATAATATATAATTCATTTATTATCCTATAAATGA-T-T-
65 TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
* * * **
89102 -AT----A-AAACAAAAGTTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTAACATAATTGGATGTTTGCATCA
130 AATAAAAATAAATAAAAGTTTTG--GTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTATTG
* * * * *
89161 AGAAATGTGAAGTGCATGCTAACCATGGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAA
193 GGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCAT-TACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * *
89226 AAGCCTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCCTCTTTAAT-ACA-TTTATCATCAATATTATG
257 AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCAT-TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * ** *
89289 ATATATAATTCATTTAGAATCCT-TAAAATGAGTAT-AATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTCCTA
321 ATATATAATTCATTTATAATACTAT-AAATGATTATGAATC-AAAATAAATCGAAAGCTTTGTTG
* * * * * *
89352 TTATTACTTAAAGCCTATCATTATTGGATGTTTGCATAAGAAAATATAAAGTGGATGCTATCCAT
384 TTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGTGGATGCTATCCAT
* *
89417 GGACAAGGAA
449 TGACAAAGAA
* * * *
89427 AGATCATTTTAAGTTT-TCCATGGCTTCAAAAGCTTGAAATGATTAATGAATGAATAATTATCAT
1 AGAGCATTTTAAGTTTAT-CATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCAT
* * * * * *
89491 TTTGATAACATCTTATCACCAATATAATGATATATAATTCATTTATAATACAATAAATGATTGTA
65 TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
** ** *
89556 AATAAAAAATAAATCATGAGCTTTGTGGTTCTTCATTAAA-CGCTATCATAATTGGATGTTTGGA
130 AAT-AAAAATAAAT-AAAAG-TTT-TGGTTCTTGGTTAAAGC-CTATCATAATTGGATGTTTGTA
** * * * *
89620 TTGGGAAATGCTG-AGTAAATTCTATCTATTTATAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
190 TTGGGAAATG-TGAAGTGGATGCTATCCA-TTACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT
* * * * * *
89684 TTGAAAGCTGGAAA-GCATTTATCAATTAATAATTTTCACTTTGATAGCATTTTATCATCAATAT
253 TCGAAAGCTTGAAATG-ATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
* * * * * * *
89748 TATGATATATAATTTC-TTTATAATCCTATAAATCATTATAAAACCAAAATAAATTGAAATCTTG
317 TATGATATATAA-TTCATTTATAATACTATAAATGATTAT-GAATCAAAATAAATCGAAAGCTTT
* * * * *
89812 GTTGTTCTTGGTTAAGGCCTTTCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAA-ATGTGAAGTAGATGCT
380 GTTGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACA--TAAAGTGGATGCT
*
89875 ATACATTGAC-AAGAAA
443 ATCCATTGACAAAG-AA
* * ** * *
89891 AGAGCATTTTAATTTTATGAT-TTTGTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCGT
1 AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT-TCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCAT
* * * * *
89955 TTTGATAACGTTTTATCATCAACATTAT--TACA-AA-T-A-TTAAAATCCTATAAATGATTACA
65 TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
** ** * *
90014 AAT-CGAA-AGCT-----TTGTT-GTTCTTGGTTAAAGCCTATTATAATTGGATATTTGTATTGG
130 AATAAAAATAAATAAAAGTT-TTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTATTGG
** * * * *
90071 GAAACAT-AGAGTGGATGGTATCCATTAAAAAGGAAAGAGCATTTTAAG-----CATGCCTGCCA
194 GAAATGTGA-AGTGGATGCTATCCATT-ACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
** * * *
90130 AAAATTGAAATGATTTTTTAATGAATAATTA-CTATTTGGATAACATTTTA--A-C---------
257 AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATC-ATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * *
90182 --ACATAATTCATTTATAATCCTATAAAAGATTGTGAATCAAAATAAATCAAAAGCTTTGTGGTT
321 ATATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATGAATCAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT
* * * * * * ** * ** *
90245 TTTTGTTAAAGCCTATCATAATTGCATATTTGGATTGGGAAATGTCAAGTCAATGCTATCCATTT
386 CTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGTGGATGCTATCCATTG
* *
90310 ATAAGGAA
451 ACAAAGAA
** * * * *
90318 AGAGCATTTTGAA-TTTATCATGCCTT-TGAAGCTAGAAAGGATTTATCAATTAATAATTATCAC
1 AGAGCATTTT-AAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCAT
* *
90381 TTTAATAACATTTTATCCTCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
65 TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
* * * * * *
90446 AATAGAAAATAAATTGAAA-TCTTT-GTTGTTGGTTAAAGCCTATTATAATTGGATATGTGCATT
130 AATA-AAAATAAA-TAAAAGT-TTTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTATT
* * * * * *
90509 GGAAAACT-TGGAGTGAATGCTATACACTAACAAGGAAAGAGCATTTTAA-TTCTATGATGCCTT
192 GGGAAA-TGTGAAGTGGATGCTATCCA-TTACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTT-TATCATGCCTT
** * * *
90572 TAAAAGCTTGAAATGATTTATGAATGAATAATTATCATTGTGATAACATTTCATCATCAATATTA
254 CGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
* * * * *
90637 TAATATATAATTCATTTATAATGCTATAAATG---CT---T----ATAAGTCGAAACCTTTGTTG
319 TGATATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATGAATCAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTG
* * * * * * * *
90692 TTCTTGGTTAAAGTCTATCATTATTGGATGCTAGCACTGGGAAACGTGAAA-TGGATGCTATCCA
384 TTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACAT-AAAGTGGATGCTATCCA
*
90756 TTGACAAAGGA
448 TTGACAAAGAA
* ** * * * * * *
90767 AGAGCATTTGT-AGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTAAAATCATTTATGAAAGAGTAATTATCAC
1 AGAGCATTT-TAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCAT
* * * * *
90831 TTTGATAACATTTTATCATCAATATTGTGATATATAATTTATTTATAATCTTGTAAATGATTGTA
65 TTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA
* * * *
90896 AATCAAAAATAAATCTAAAGTTTTGCTCGTTCTTCGTTAGAGCCTATCATAATTAGATGTTTGTA
130 AAT-AAAAATAAAT-AAAAGTTTTG---GTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTA
* * * * ** ** * *
90961 GTGAGAAATGTCAAGTGGATGCTATCCATTCATAACAAAAGAGCATTCAAACTCTATCATGCCTT
190 TTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATT-ACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC--
* * * * * ** * *
91026 TTTGAAAGGTTGAAAGGATTAATCAATTAATAATTATCACATTGATAACATTTTATCCTTAATAT
252 TTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATAT
*
91091 TATAATATATAATTCATTTAT
317 TATGATATATAATTCATTTAT
91112 GTGGTGGAAG
Statistics
Matches: 2075, Mismatches: 402, Indels: 241
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
426 54 0.03
427 92 0.04
428 38 0.02
429 2 0.00
430 1 0.00
431 1 0.00
432 24 0.01
434 2 0.00
435 1 0.00
436 1 0.00
439 1 0.00
440 77 0.04
441 3 0.00
442 44 0.02
443 1 0.00
445 48 0.02
446 4 0.00
447 68 0.03
448 6 0.00
449 160 0.08
450 237 0.11
451 164 0.08
452 7 0.00
453 4 0.00
454 71 0.03
455 7 0.00
456 77 0.04
457 1 0.00
458 22 0.01
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460 80 0.04
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462 172 0.08
463 67 0.03
464 210 0.10
465 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (458 bp):
AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATT
TTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAA
ATAAAAATAAATAAAAGTTTTGGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGTATTGGGA
AATGTGAAGTGGATGCTATCCATTACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGC
TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATA
TAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATGAATCAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTAG
TTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGTGGATGCTATCCATTGACAAA
GAA
Found at i:91739 original size:232 final size:231
Alignment explanation
Indices: 91250--95366 Score: 3489
Period size: 232 Copynumber: 17.8 Consensus size: 231
91240 GGGATCGCGA
* * ** * * * *
91250 CCTATAAATGTTTATAAATCCAAAATAAATTGAAATCTTGGCTGTTCTTTGTTAAAGCCTATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAAT-AAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* ** * * **
91315 AATTGGATGTCTAT-C-TTAGGAAACATGAAGTAGATGCTATCCATTGACAAGGAAA-ATTATTT
65 AATTGGATGT-T-TGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTT
* * * * *
91377 TAGGTTTACCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTGATCAACGAATAATT-TCATTTTGATAACA
128 TAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACA
* * * *
91441 TTTTCTCATCAATATTATGGTATATAACTAATTTATAAT
193 TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * * * * *
91480 TCTGTAAATGATTGTAAATTAAAAATAAATCAAAATCTTTGTGGTTTTTGGTTAAAGCCCATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAA-TAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* ** * * * * **
91545 TATTATATGTTTGAATTGGGAAATGTCAAGTGGATGCTATCCATT-AGTAATGAAAAAGCATTCG
65 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGA-TAAGGAAAGAGCATTTT
* * * * * *
91609 AATTTTATCATACCTTCGAAAGTTTGAAAGGATTTATCAATTAATAATTATCACTTTGATAACAT
129 AAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAT
* * * *
91674 TTTATCCTCAATATTATGATATGTAATTTATTTATAGT
194 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * * ** * * * ** *
91712 CATATAAATAATCATAAATCCAAAATAAATTGAAATCTTTGTTTTTTTTCATTAATGCCTATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAAT-AAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * * * **
91777 AATTGGATGTCTGCATTAGGAAATGTAAAGTGGATGGTATCCATTGGCAAGGAAAGAGCATTTTA
65 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTA
* * * * * * * *
91842 GGTTGATCATGCCTTCAAAAGTTTGGAATGATTTATCAATGAATAATTACCATTTTGACAATAGT
130 AGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACA-T
* * *
91907 TTT-TCATCAATATTATCATTTATAATTCATTTTTAAT
194 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
** * *
91944 CCCCTAAATGATT-TAAAATCAAAACA-AAATCGAAAGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAAGCCTAT
1 CCTATAAATGATTAT-AAAT-AAAA-ATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAAGCCTAT
* * * * * * * ** * * *
92007 CATAATTTGCA-ATTT-CACTAGGAAATGTGAAATGCAAGCGCTCCATTGACAAGGAAAAAGTAT
62 CATAA-TTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCAT
* * * *
92070 TTTAAGTTGATTTTAAGTTTC-TCCTACTTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAACAGTTT
126 TTTAA---G--TTT-A---TCATGC--C-TTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
* * * *
92134 TCATTTTGATAACATTCTATCATGACTTTTATGATATATAATTCATTTATAAT
179 TCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * *
92187 CCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAACCATTGTTTTTGTTGGTTAAAGCCTATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAAT-AAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * * * * *
92252 AATTGGATGTTTGCATTAGAAAATATGAATTGGATACTATCCATTGATAAGGAAAGAGTATTTTA
65 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTA
* ** * * * *
92317 AGTTTGTTGTCCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTAAGCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATT
130 AGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATT
* *
92382 TTATCATTAATATTATGATATATAATTCATTTAAAAT
195 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * ** *
92419 CCTA-AAGATGATTGTAAGTTAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAATCCTATCAT
1 CCTATAA-ATGATTATAAATAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* ** ** *
92483 CATTGGATGTTTTTATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCATTTTA
65 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTA
* * * * * * ** *
92548 AGTGTATCATGCCTCCAAAAGCTTTATATGATTTATCAATTAATAAGGATCACTTTGATAACATT
130 AGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATT
* *
92613 TTATCATCAATATTGTGATATGTAATTCATTTATAAT
195 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * * * * ** *
92650 CTTATAAATGATTATAAATTTAAAATTATTCTAAACCTTTGTTGTTCTTCATTAAAGCCTGTCAT
1 CCTATAAATGATTATAAA-TAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
** * * ** * * * * *
92715 AATTCTATGTTTGCATTTGAAAACATAAAGTGGATGTTATCCATTGAAAAAGAAAGAGCATTTCA
65 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTA
* * * * ** * * *
92780 AATCTATCATGCCTT-TAGAAGCTTTAAATGATTTATCAATGAATAGCTATCATTCTGATAATAA
130 AGTTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAT
* * * *
92844 TTTATTATCAACATTATGATATATAATTCAATTAGAAT
194 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * ** *
92882 CCTATAAATCACTATAAATTGAAAATAAATTGAATGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAA-TAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * * * * **
92947 CAA-TGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGAATGC-ATCTATTGACT-TGGAATGAGCGCTT
65 -AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGA-TAAGGAAAGAGCATTT
* * * *
93009 TAAGTTTATCATTCCTTCAAAAG-TTGAAAGTAATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAT
128 TAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAA-TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAC
* *
93073 ATTTCATCATCAATATTATGATATATAATTCATCTATAAT
192 ATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
** * * * *** * * * *
93113 CCCCTACATTATTATTAATCAAAAATAAATCTTGAGC-TTGTTGTCCTTGGTTGAGGACTATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAAT-AAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * * * * * * *
93177 -ACTGTGATTTTTGCCTTGGGAAATGAGAACTAGATGCTGTCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
65 AATTG-GATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTT
* * *
93241 AAGTTTTTCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATG--CT-CCAATGAATAATTATCATTTT-ATGAACA
129 AAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGAT-AACA
* *
93302 -TATATCATCAATATTATGATATATAA-TC-TATTATAAC
193 TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAT-TTATAAT
* * ** ** *
93339 CCTATAAATGATTATATATCAAAAATCAATTTAAAGCTTCCTTGTTCGTGGTTAAAGCCTATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAAT-AAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * * ** * *
93404 AATTCGATGTTTGCAATT-GGAAAAGAGAAACGGATGCCATCAATTGATAAGGAAAGAGCATTTT
65 AATTGGATGTTTGC-ATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTT
* * * *
93468 AAGTTTATTC-TACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATTC-ATGGATAATTATCATTCTGATAAC
129 AAGTTTA-TCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTA-TCAATGAATAATTATCATTTTGATAAC
* * *
93531 ATCTTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTACAATT
192 ATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA-T
* * * * * * *
93572 CC-ATAAATGATTGTACATTAAAATAAATCAAGAGCTTTATGGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATA
1 CCTATAAATGATTATAAATAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATA
* * * *
93636 ATTGGATGTTTGCATTAAGG-AACGTCAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTA
66 ATTGGATGTTTGCATT-GGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTA
* * * * *
93700 ATTTTATCACGCCTTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATTAATAAATAATTATCATTTTGATAAAAT
130 AGTTTATCATGCC-TTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAT
* **
93764 TTTATCACCAATATTATGATATATAATTCATTTACCAT
194 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * *
93802 CATATAAA-CATTGATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTATTGTTCTTGGTTAGAA-TCTATC
1 CCTATAAATGATT-ATAAAT-AAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTA-AAGCCTATC
** * *
93865 ATAATTGGATGTTTGCATTATGAAACT-TTAAGTGGATGCAATCCATTGACTAA-GAAAGA-CTA
63 ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-TGTGAAGTGGATGCTATCCATTGA-TAAGGAAAGAGC-A
* * * * *
93927 TTTTAAGTTGATCATACCTTCGAAAGCTTCAAATAATTTATCAATGAATAATTATTATTTTGATA
125 TTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATA
* * * * * *
93992 ACATTCTATAATCAATATTATGACATAAAATTCATTTGTAAA
190 ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * * *
94034 GCTATAAATGATTATAAATTGAAAAAAAAAATCGAAAGCTTTCTTGTT-TTGGTTAAAGCTTATC
1 CCTATAAATGATTATAAA-T--AAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATC
* ** ** *
94098 ATAATTGGATGTTTGCATTGGCAAACATCCAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAATG-GCATT
63 ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAA-GAGCATT
* * * * * * * *
94162 TTAAGTTTATCTTGCGTTCGAAAGCTTGAAAGGATTTATCAACT-AATAGTTAGCAATTTAATTA
127 TTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAA-TGAATAATTATCATTTTGATAA
*
94226 CATTTTATTATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
191 CATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * *
94267 CCTATAAATGATTATAAATAAAAACTAAAT-AGAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATTA
1 CCTATAAATGATTATAAATAAAAA-TAAATCA-AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCA
* * * * * * * *
94331 GAATTGAATGTTTCCTTTGGGAAATGTGAAATGGATGCCATCCATTGACACGGAAAGAGCATTTT
64 TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTT
** * * * *
94396 AAGTTTCCCCTGCCTTCTAAAGCTTGAACTGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATTACAT
129 AAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAT
* * * *
94461 TCTATCATGAATATTATGATATATGATTTATTTATAAT
194 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * * *
94499 ACTATAAATGATTATAAATCAAAAGTAAATCAAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGACAATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAAT-AAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * * ** *
94564 AATTGGATGCTTGCATTAGGAAATGTGAATTGGACACTATCCATTGATAAGGAAAGATCATTTTA
65 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTA
* * *
94629 AGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTAAAATGATTAATCAATG----------A-----AT-A-A--
130 AGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATT
94675 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA-AAGT
195 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA-T
* ** * * *
94712 CCTATAAATGATTATAAATTAAAATAAATTGAAAGCTTTGCTGTTATTAGTTAAAGCCTATCATA
1 CCTATAAATGATTATAAATAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATA
* * * *
94777 ATTGGATTTTTACATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCGTTGATAATGAAAGAGCATTTTAA
66 ATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAA
* * *
94842 GTTTATCATGCCTTCAAAATTCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCACTTTGATAACATT
131 GTTTATCATGCCTTCGAAA-GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATT
* * * * * * *
94907 TTTTTATTAATATTGTGATACATAATTTATTTATATT
195 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* * * * ** * * *
94944 CTTATAAATAACTATAAATTGAAAATTGATCTAAAGTTTTGCTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAA-TAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * * * * * * * *
95009 AATTGGATATTTTCTTTGGAAAACGTGATGTGGATGCTATCCTTTGACAAGGAAAGAG-TTTTTC
65 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTT-
* * * * ** * * *
95073 AAATTTATCATACCTTTGAAAGCTCGAAATGATTTATCAATGAATAGCTATAATTTTTATAATAT
129 AAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAT
*
95138 TTTATCATCATTATTATGATATATAATT--TTGTAATAAT
194 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATT-T-ATAAT
* * * ** * **
95176 CTTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAGTTGAATGCTTTGTTGTTCTTGGCAAAAGCCTATCAT
1 CCTATAAATGATTATAAA-TAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * * * * * *
95241 AATT--TTGTTTGCATTGGGAAACGTAAAGT-GACTAGC-ATCCAATGACT-TGGAATGGGCA-T
65 AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGA-T-GCTATCCATTGA-TAAGGAAAGAGCATT
* * * **
95300 TTATGTTTATCATTCCTTCAAAAGC-CAAAAGTGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAA
127 TTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAA-TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAA
95364 CAT
191 CAT
95367 GTAGCATTCT
Statistics
Matches: 3098, Mismatches: 668, Indels: 243
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
212 110 0.04
213 66 0.02
215 1 0.00
216 1 0.00
217 2 0.00
222 1 0.00
223 1 0.00
225 1 0.00
226 34 0.01
227 117 0.04
228 37 0.01
229 58 0.02
230 216 0.07
231 618 0.20
232 1307 0.42
233 303 0.10
234 31 0.01
235 4 0.00
237 2 0.00
238 4 0.00
240 3 0.00
241 6 0.00
242 22 0.01
243 152 0.05
244 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (231 bp):
CCTATAAATGATTATAAATAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATA
ATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAA
GTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTT
TATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
Found at i:92717 original size:463 final size:463
Alignment explanation
Indices: 91252--95366 Score: 3486
Period size: 463 Copynumber: 8.9 Consensus size: 463
91242 GATCGCGACC
* ** * * * *
91252 TATAAATGTTTATAAATCCAAAATAAAT-TGAAATCTTGGCTGTTCTTTGTTAAAGCCTATCATA
1 TATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATCT-AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATA
* * **
91316 ATTGGATGTCTAT-C-TTAGGAAACATGAAGTAGATGCTATCCATTGACAAGGAAA-ATTATTTT
65 ATTGGATGT-T-TGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
* ** * * * *
91378 AGGTTTACCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTGATCAACGAATAATT-TCATTTTGATAACAT
128 AAGTTTATTATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATAT
* * * * * * *
91442 TTTCTCATCAATATTATGGTATATAACTAATTTATAATTCTGTAAATGATTGTAAATTAAAAATA
193 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATT-AAAATA
** * * * * * ** * *
91507 AATCAAAATCTTTGTGGTTTTTGGTTAAAGCCCATCATTATTATATGTTTGAATTGGGAAATGTC
257 AATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTG
* * * ** * *
91572 AAGTGGATGCTATCCATTAGTAATGAAAAAGCATTCGAATTTTATCATACCTTCGAAAGTTTGAA
322 AAGTGGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCGAAAGCTTGAA
* * * * *
91637 AGGATTTATCAATTAATAATTATCACTTTGATAACATTTTATCCTCAATATTATGATATGTAATT
387 ATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATT
* * *
91702 TATTTATAGTCA
452 CATTTATAATCT
* * ** * * * ** *
91714 TATAAATAATCATAAATCCAAAATAAAT-TGAAATCTTTGTTTTTTTTCATTAATGCCTATCATA
1 TATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATCT-AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATA
* * ** * * * *
91778 ATTGGATGTCTGCATTAGGAAATGTAAAGTGGATGGTATCCATTGGCAAGGAAAGAGCATTTTAG
65 ATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAA
* * * * * * *
91843 GTTGATCATGCCTTCAAAAGTTTGGAATGATTTATCAATGAATAATTACCATTTTGACAATAGTT
130 GTTTATTATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATA-TT
* * * ** * *
91908 TT-TCATCAATATTATCATTTATAATTCATTTTTAATCCCCTAAATGATT-TAAAATCAAAACAA
194 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTAT-AAATTAAAA-TA
* * * * * *
91971 AATCGAAAGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAAGCCTATCATAATTTGCA-ATTT-CACTAGGAAATG
257 AATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAAGCCTATCATAA-TTGGATGTTTGCATTGGGAAATG
* * * ** * * * * * *
92034 TGAAATGCAAGCGCTCCATTGACAAGGAAAAAGTATTTTAAGTTGATTTTAAGTTTCTCCTACTT
320 TGAAGTGGATGCTATCCATTAATAAGG--AAAG-------AG--CATTTTAAGTTTATCATACCT
* * * * * * *
92099 TCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAACAGTTTTCATTTTGATAACATTCTATCATGACTTTT
374 TCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATT
*
92164 ATGATATATAATTCATTTATAATCC
439 ATGATATATAATTCATTTATAATCT
* * * * * *
92189 TATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAACCATTGTTTTTGTTGGTTAAAGCCTATCATAA
1 TATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATCTAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAA
* * * * *
92254 TTGGATGTTTGCATTAGAAAATATGAATTGGATACTATCCATTGATAAGGAAAGAGTATTTTAAG
66 TTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG
* * * * *
92319 TTTGTTGTCCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTAAGCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATTTT
131 TTTATTATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATTTT
* * * *
92384 ATCATTAATATTATGATATATAATTCATTTAAAATCCTA-AAGATGATTGTAAGTTAAAATAAAT
196 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAA-ATGATTATAAATTAAAATAAAT
* * ** **
92448 TGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAATCCTATCATCATTGGATGTTTTTATTGGGAAACATGAAG
260 TGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAG
* * * * * *
92513 TGGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTGTATCATGCCTCCAAAAGCTTTATATG
325 TGGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCGAAAGCTTGAAATG
* ** * * *
92578 ATTTATCAATTAATAAGGATCACTTTGATAACATTTTATCATCAATATTGTGATATGTAATTCAT
390 ATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAT
92643 TTATAATCT
455 TTATAATCT
* * * * ** *
92652 TATAAATGATTATAAATTTAAAATTATTCTAAACCTTTGTTGTTCTTCATTAAAGCCTGTCATAA
1 TATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATCTAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAA
** * * * * * * *
92717 TTCTATGTTTGCATTTGAAAACATAAAGTGGATGTTATCCATTGAAAAAGAAAGAGCATTTCAAA
66 TTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG
* * * * ** * *
92782 TCTATCATGCCTT-TAGAAGCTTTAAATGATTTATCAATGAATAGCTATCATTCTGATAATAATT
131 TTTATTATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATTT
* * * * * *
92846 TATTATCAACATTATGATATATAATTCAATTAGAATCCTATAAATCACTATAAATTGAAAATAAA
195 TATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATT-AAAATAAA
* *
92911 TTGAATGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATCAA-TGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGA
259 TTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT-AATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGA
* * * * * ** * *
92975 AGTGAATGC-ATCTATTGACT-TGGAATGAGCGCTTTAAGTTTATCATTCCTTCAAAAG-TTGAA
323 AGTGGATGCTATCCATT-AATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCGAAAGCTTGAA
* * *
93037 AGTAATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATTTCATCATCAATATTATGATATATAAT
387 A-TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAAT
* *
93102 TCATCTATAATCC
451 TCATTTATAATCT
** * * * * ** * * * *
93115 CCTACATTATTATTAATCAAAAATAAATCTTGAGC-TTGTTGTCCTTGGTTGAGGACTATCAT-A
1 TATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATCTAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAA
* * * * ** * * *
93178 CTGTGATTTTTGCCTTGGGAAATGA-GAACTAGATGCTGTCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTA
66 TTG-GATGTTTGCATT-AGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTA
* * *
93242 AGTTT-TTCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATG--CT-CCAATGAATAATTATCATTTT-ATGAACA
129 AGTTTATT-ATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGAT-AATA
* * * *
93302 -TATATCATCAATATTATGATATATAA-TC-TATTATAACCCTATAAATGATTATATATCAAAAA
192 TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAT-TTATAATCCTATAAATGATTATAAAT-TAAAA
* * ** * * *
93364 TCAATTTAAAGCTTCCTTGTTCGTGGTTAAAGCCTATCATAATTCGATGTTTGCAATT-GGAAAA
255 TAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC-ATTGGGAAAT
* ** * * * *
93428 GAGAAACGGATGCCATCAATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATTC-TACCTTTGAAAGCT
319 GTGAAGTGGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTA-TCATACCTTCGAAAGCT
* * * *
93492 TGAAATGATTTATTC-ATGGATAATTATCATTCTGATAACATCTTGTCATCAATATTATGATATA
383 TGAAATGATTTA-TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATA
*
93556 TAATTCATTTACAAT-T
447 TAATTCATTTATAATCT
* * * * * *
93572 CCATAAATGATTGTACATT-AAAATAAATC-AAGAGCTTTATGGTTCTTAGTTAAAGCCTATCAT
1 -TATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATCTAA-AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * *
93635 AATTGGATGTTTGCATTA-AGGAACGTCAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
64 AATTGGATGTTTGCATTAGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT
* * * * * *
93699 AATTTTATCACGCCTTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATTAATAAATAATTATCATTTTGATAAAA
128 AAGTTTATTATGCC-TTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATA
* ** * * *
93763 TTTTATCACCAATATTATGATATATAATTCATTTACCATCATATAAA-CATTGATAAATCAAAAA
192 TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATT-ATAAAT-TAAAA
** * * **
93827 TAAATCAAAAGCTTTATTGTTCTTGGTTAGAA-TCTATCATAATTGGATGTTTGCATTATGAAAC
255 TAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTA-AAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-
* * * *
93891 T-TTAAGTGGATGCAATCCATTGACTAA-GAAAGA-CTATTTTAAGTTGATCATACCTTCGAAAG
318 TGTGAAGTGGATGCTATCCATT-AATAAGGAAAGAGC-ATTTTAAGTTTATCATACCTTCGAAAG
* * * * * *
93953 CTTCAAATAATTTATCAATGAATAATTATTATTTTGATAACATTCTATAATCAATATTATGACAT
381 CTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
* * *
94018 AAAATTCATTTGTAAAGC-
446 ATAATTCATTTAT-AATCT
* * * *
94036 TATAAATGATTATAAATTGAAAAAAAAAATCGAAAGCTTTCTTGTT-TTGGTTAAAGCTTATCAT
1 TATAAATGATTATAAATT--AAAAATAAATCTAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCAT
* * ** * *
94100 AATTGGATGTTTGCATTGGCAAACATCCAGTGGATGCTATCCATTTATAAGGAAATG-GCATTTT
64 AATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAA-GAGCATTTT
* * * * * * * *
94164 AAGTTTATCT-TGCGTTCGAAAGCTTGAAAGGATTTATCAACT-AATAGTTAGCAATTTAATTAC
128 AAGTTTAT-TATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAA-TGAATAATTATCATTTTGATAAT
* *
94227 ATTTTATTATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATAAAAAC
191 ATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTAAAA-
* * * * * * * *
94292 TAAATAGAAATCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATTAGAATTGAATGTTTCCTTTGGGAAATG
255 TAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATG
* * * * * ** * * *
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320 TGAAGTGGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCGAAAGCTTG
* * * * *
94422 AACTGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATTACATTCTATCATGAATATTATGATATATGA
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*
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450 TTCATTTATAAT-CT
* * * * * *
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1 TATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATCTAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAA
* * ** * ** * *
94566 TTGGATGCTTGCATTAGGAAATGTGAATTGGACACTATCCATTGATAAGGAAAGATCATTTTAAG
66 TTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG
* * * *
94631 TTTATCATGCCTTTGAAAGCTTAAAATGATTAATCAATG----------A-----AT-A-A--TT
131 TTTATTATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATTTT
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196 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA-TCCTATAAATGATTATAAATTAAAATAAAT
* * * * *
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260 TGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAG
* * * * * *
94806 TGGATGCTATCCGTTGATAATGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAATTCTTGAAAT
325 TGGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCGAAA-GCTTGAAAT
* * * * * * *
94871 GATTTATCAATGAATAATTATCACTTTGATAACATTTTTTTATTAATATTGTGATACATAATTTA
389 GATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA
*
94936 TTTATATTCT
454 TTTATAATCT
* * * ** * *
94946 TATAAATAACTATAAATTGAAAATTGATCTAAAGTTTTGCTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAA
1 TATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATCTAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAA
* * * * * * * *
95011 TTGGATATTTTCTTTGGAAAACGTGATGTGGATGCTATCCTTTGACAAGGAAAGAG-TTTTTCAA
66 TTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTT-AA
* * * * * ** * *
95075 ATTTATCATACCTTTGAAAGCTCGAAATGATTTATCAATGAATAGCTATAATTTTTATAATATTT
130 GTTTATTATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATTT
* *
95140 TATCATCATTATTATGATATATAATT--TTGTAATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAAAATA
195 TATCATCAATATTATGATATATAATTCATT-T-ATAATCCTATAAATGATTATAAATT-AAAATA
* * ** * * *
95203 AGTTGAATGCTTTGTTGTTCTTGGCAAAAGCCTATCATAATT--TTGTTTGCATTGGGAAACGTA
257 AATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTG
* * * * * * * * *
95266 AAGT-GACTAGC-ATCCAATGACT-TGGAATGGGCA-TTTATGTTTATCATTCCTTCAAAAGC-C
322 AAGTGGA-T-GCTATCC-ATTAATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCGAAAGCTT
*
95326 AAAAGTGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAT
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Consensus pattern (463 bp):
TATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATCTAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAA
TTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG
TTTATTATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATTTT
ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTAAAATAAATT
GAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGT
GGATGCTATCCATTAATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCGAAAGCTTGAAATGA
TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATT
TATAATCT
Found at i:94825 original size:212 final size:214
Alignment explanation
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94453 GATTACATTC
* * *
94463 TATCATGAATATTATGATATATGATTTATTTATAATACTATAAATGATTATAAATCAAAAGTAAA
1 TATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATAAATCAAAAGTAAA
* * * *
94528 TCAAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGACAATCATAATTGGATGCTTGCATTAGGAAATGTGAA
66 TCAAAACCTTTGCTGTTATTAGTTAAAGACAATCATAATTGGATGCTTACATTAGGAAATGTGAA
* * **
94593 TTGGACACTATCCATTGATAAGGAAAGATCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAA-GCTTAAAA
131 GTGGACACTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAATGCTTAAAA
94657 TGATTAATCAATGAATAAT
196 TGATTAATCAATGAATAAT
* *
94676 TATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA-AAGTCCTATAAATGATTATAAATTAAAA-TAA
1 TATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA-TACTATAAATGATTATAAATCAAAAGTAA
** * * * ** *
94739 ATTGAAAGCTTTGCTGTTATTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATTTTTACATTGGGAAATGTGA
65 ATCAAAACCTTTGCTGTTATTAGTTAAAGACAATCATAATTGGATGCTTACATTAGGAAATGTGA
** * * * *
94804 AGTGGATGCTATCCGTTGATAATGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAATTCTTGAA
130 AGTGGACACTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAATGCTTAAA
*
94869 ATGATTTATCAATGAATAAT
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TATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATACTATAAATGATTATAAATCAAAAGTAAA
TCAAAACCTTTGCTGTTATTAGTTAAAGACAATCATAATTGGATGCTTACATTAGGAAATGTGAA
GTGGACACTATCCATTGATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAATGCTTAAAA
TGATTAATCAATGAATAAT
Found at i:94954 original size:23 final size:23
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94899 ATAACATTTT
* *
94909 TTTATTAATATTGTGATACATAA
1 TTTATTAATATTCTGATAAATAA
* *
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1 TTTATTAATATTCTGATAAATAA
94955 CTATAAATTG
Statistics
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TTTATTAATATTCTGATAAATAA
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95468 AGAGAATGTG
*
95478 TAAAATAAAATTAATATTTTAATAA
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*
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TAAAATAAAATGAATATTTTAATAA
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101828 GGAAATGGCA
*
101838 TCATT TCCTT TCATT TCATT TCAATT TGCATT TCATT TCAT
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101879 CTTCTTTAAG
Statistics
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TCATT
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103182 TAAGTGATTA
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* *
103213 TTTATGTTATTTTATTTTAAAT
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103235 T
1 T
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Statistics
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TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
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Period size: 232 Copynumber: 9.8 Consensus size: 231
110868 ATAATATACC
* * * *** *
110878 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTCTAAATGATTATATAGAAAAAATCAAT
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAT
* * * * *
110943 CAAAAGCTTCTTTGTT-TGTGGTTAAAGCCTATCATAATTAGATGTTTGAAATT-AG-AA-ATGA
66 CAAAAGCTT-TGTGTTCT-TAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG-CATTGGGAAACATGA
* * * * * * * *
111004 GAAGTGGATTCCA-ACATTGATAAAGAAAGAGTATTTTAAGTTT-TGCTTGCCTTCAAAAGCTTG
128 -AA-TGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTAT-CATGCCTTCGAAAGCTTG
* * **
111067 AAATGATTTATTAATTG-ATAATTATCATTTTGATAAAACCTT
190 AAATGATTTATCAA-TGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
** * * * *
111109 GCCATCAATAATATGATATATAATTCATTTACAAT-TCCATAAATGATTATAAATCGAAAGTAAA
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCT-TATAAATGATTATAAATCGAAAATAAA
* * *
111173 TCAAAAGCTTTGTGCTTCTTAGTTAAAGCCTGTCATAATTGGATATTTGTATTGGGAAACATGAA
65 TCAAAAGCTTTGTG-TTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAA
* * * * *
111238 TTGTATGCTATCTATTAACAAGGAAAGAGCATTTTAATTTTATCATGCCTTTC-AAAGCTTGAAA
129 ATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC-TTCGAAAGCTTGAAA
111302 TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
193 TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
* * * * * *
111341 ATCATCAATGTTGTGATATATAATTCATTTACAATCTTATAAATGATGATAAATTGAAAATATAT
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAT
* * * ** *
111406 CGAAAGCTTTGTTGTTCTTAATTAAAGCCTATCTTAATTGGATGTTTATATTGGGAAACTTGAAA
66 CAAAAGCTTTG-TGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAA
* * *
111471 TGGATGCAATCCATTGACTAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGGAATG
130 TGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATG
* * *
111536 ATTTATCAATGATTAATTATTATTTGGATAAC-TTTCT
195 ATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTT-T
* *
111573 ATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTAGTAATCTTATAAATTATTATAAATTGAAAATAAA
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA-TAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAA
* * * * * * *
111637 TCAAAATCTTTCTTGTT-TT-GATTAAAGCTTATCATAGTTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTCA
65 TCAAAAGCTTT-GTGTTCTTAG-TTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGA
* * * * * * *
111700 AGTGGATGGTATCCATTTATAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCTTGCCTT-TAACAGTTTGAA
128 AATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAA-AGCTTGAA
* * * *
111764 AGGATTTATCAAAT-AATAGTTATCAATTTGATAACTTTTT
192 ATGATTTATC-AATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
* *
111804 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAGTGATTATAAATTG-----AAAT
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAT
* * * * * ** * *
111864 ------CTTTGTTATTTTTTGTTAAAGCCCATCAAAATTTAATGCTTGCATTCGGAAACATGAAA
66 CAAAAGCTTTG-TGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAA
* * * * * *
111923 TGGATGCCAT-CATTGACAAGGAAATAGCATTTTAAGTTTCTCTTGCTTTCGAAAGCTTGAACTG
130 TGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATG
* *
111987 ATTTATCAATGAATAATTCTCATTTTGATAACATTCT
195 ATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
* * * * **
112024 GTCATGAATATTATGATACATGATTCATTTATAAT-TCTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAA
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCT-TATAAATGATTATAAATCGAAAATAAA
* * * * ** * **
112088 TCAAAACCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTACCATAATTGGATGTTCACATTAGGAAATGTGAA
65 TCAAAAGCTTT-GTGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAA
* * * *
112153 TTGGATGCTATACATTGAGAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTGTCATGCCTTCGACAA-CTTGAAA
129 ATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAA
**
112217 TGATTTATCAATGAATAATTATTGTTTTGATAACATTTT
193 TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
* * * *
112256 ATCATCAATATTATGACATATAATTCATTTA-AATCCCTATAAATTATTTATAAAT-TAAAATAA
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT-CTTATAAATGA-TTATAAATCGAAAATAA
** * *
112319 ATTGAAAGCCTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAA-ATGA
64 ATCAAAAGCTTTG-TGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGA
* * * * * *
112382 GTAATGGATGCTATCCCTTGATAATGAAAGAGCATTGTAAGGTTATCATGCCTTCGAAAGCTTTA
128 --AATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGA
*
112447 AATGATTTATCAATGAATAATTATCACTTTGATAACATTTT
191 AATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
* * * * **
112488 ATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATAACTATAAATCAAAAATTGAT
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
112553 CTAAAGTTTTATTTTTTTTGGTTAAAGCCTGTCATAATTTGATGTTTGCATT-CGAAAAAGTGAA
66 CAAAAGCTTT-GTGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACA-TGAA
* *
112617 GTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGC-TTTTCAGATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAA
129 ATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG-TTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAA
* *
112681 TGATTTATCAATGAATAGTTATCATTTTGATAATATTTT
193 TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
* * *
112720 ATCATCAATACTATGATATATAATTCA-TTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAAATAAAT
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAA-
* * * * * * ** *
112784 TGAATA-CTTTGTTGTTCTTAGTTAACGCCTTTCATAATTGAATGTTTACATTGAAAAACGTGAA
65 TCAAAAGCTTTG-TGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAA
* * * * ** * * * *
112848 GTGTATGGC-ATCTACTGACTTGGAATGAGCGTTTTTAAGTTTATCATTCCTTCAAAAGC-TGAA
129 ATGGAT-GCTATCCATTGACAAGGAAAGAGC-ATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAA
* * ** *
112911 AGTGATTTAT-AACTAAATAAGTATCATTTTGATAGTATTTC
192 A-TGATTTATCAA-TGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
* * * * *
112952 ATCATCAATGTTATGATATATAATTCATTTATAATCGTCTAAATTATTATAAATCAAAAATAAAT
1 ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAT
*** * ** * ** * * * * *
113017 CTTGAG-TTCTTTGCCCTTGGTTGTAGCCAATCATACTTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAC
66 CAAAAGCTT-TGTGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAA
* * * * * * * *
113081 TTGATGCTGTCAATTGACAACGAAAGAGAATTTTAAGTTTGTCATGCCTTCAAAAGCCTGAAA
130 TGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAA
113144 AGCTTCATGA
Statistics
Matches: 1666, Mismatches: 302, Indels: 133
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
219 4 0.00
220 124 0.07
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222 1 0.00
225 4 0.00
226 4 0.00
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234 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (231 bp):
ATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAT
CAAAAGCTTTGTGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAAT
GGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGA
TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTT
Found at i:112753 original size:915 final size:915
Alignment explanation
Indices: 111008--112777 Score: 2333
Period size: 915 Copynumber: 1.9 Consensus size: 915
110998 AAATGAGAAG
* * *
111008 TGGATTCCAACATTGATAAAGAAAGAGTATTTTAAGTTTTGCTTGCCTTCAAAAGCTTGAAATGA
1 TGGATGCCAACATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTTGCTTGCCTTCAAAAGCTTGAAATGA
* *
111073 TTTATTAATTGATAATTATCATTTTGATAAAACCTTGCCATCAATAATATGATATATAATTCATT
66 TTTATCAATTGATAATTATCATTTTGATAAAACCTTGCCATCAATAATATGATACATAATTCATT
** * *
111138 TACAATTCCATAAATGATTATAAATCGAAAGTAAATCAAAAGCTTTGTGCTTCTTAGTTAAAGCC
131 TACAATTCCATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCAAAACCTTTGTGCTTCTTAGTTAAAGCC
** *** * *
111203 TGTCATAATTGGATATTTGTATTGGGAAACATGAATTGTATGCTATCTATTAACAAGGAAAGAGC
196 TACCATAATTGGATATTCACATTAGGAAACATGAATTGGATGCTATCTATTAACAAGGAAAGAGC
*
111268 ATTTTAATTTTATCATGCCTTTCAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGAT
261 ATTTTAAGTTTATCATGCCTTTCAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGAT
* * * *
111333 AACATTTTATCATCAATGTTGTGATATATAATTCATTTACAATCTTATAAATGATGATAAATTGA
326 AACATTTTATCATCAATATTATGACATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATGATAAATTGA
* * * *
111398 AAATATATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTAATTAAAGCCTATCTTAATTGGATGTTTATATTGGGAA
391 AAATAAATCGAAAGCCTTGTTGTTCTTAATTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAA
* * *
111463 ACTTGAAATGGATGCAATCCATTGACTAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGC
456 ACATGAAATGGATGCAATCCATTGACTAGGAAAGAGCATTGTAAGGTTATCATGCCTTCGAAAGC
* * *
111528 TTGGAATGATTTATCAATGATTAATTATTATTTGGATAACTTTCTATCATCAATATTATGATATA
521 TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTGGATAACTTTCTATCATCAATATTATGATATA
* * **
111593 TAATTCATTAGTAATCTTATAAATTATTATAAATTGAAAATAAATCAAAATCTTTCTTGTTTTGA
586 TAATTCATTAGTAATCTTATAAATAACTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTCTTGTTTTGA
* * * * * *
111658 TTAAAGCTTATCATAGTTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTCAAGTGGATGGTATCCATTTATAAG
651 TTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAAAGTCAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * *
111723 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCTTGCCTTTAACAGTTTGAAAGGATTTATCAAATAATAGTTATC
716 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAACAGCTTGAAAGGATTTATCAAATAATAGTTATC
* * *
111788 AATTTGATAACTTTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAGTGATTA
781 AATTTGATAACTTTTTATCATCAATACTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
111853 TAAATTGAAATCTTTGTTATTTTTTGTTAAAGCCCATCAAAATTTAATGCTTGCATTCGGAAACA
846 TAAATTGAAATCTTTGTTATTTTTTGTTAAAGCCCATCAAAATTTAATGCTTGCATTCGGAAACA
111918 TGAAA
911 TGAAA
* * * * * *
111923 TGGATGCCATCATTGACAAGGAAATAGCATTTTAAGTTTCT-CTTGCTTTCGAAAGCTTGAACTG
1 TGGATGCCAACATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTT-TGCTTGCCTTCAAAAGCTTGAAATG
* * * * * * *
111987 ATTTATCAA-TGAATAATTCTCATTTTGATAACA-TTCTGTCATGAATATTATGATACATGATTC
65 ATTTATCAATTG-ATAATTATCATTTTGATAAAACCT-TGCCATCAATAATATGATACATAATTC
* * * *
112050 ATTTATAATTCTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCAAAACCTTTATTG-TTCTTGGTTAA
128 ATTTACAATTCCATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCAAAACCTTT-GTGCTTCTTAGTTAA
* ** * *
112114 AGCCTACCATAATTGGATGTTCACATTAGGAAATGTGAATTGGATGCTATAC-ATTGAGAAGGAA
192 AGCCTACCATAATTGGATATTCACATTAGGAAACATGAATTGGATGCTAT-CTATTAACAAGGAA
* **
112178 AGAGCATTTTAAGTTTGTCATGCC-TTCGACAA-CTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATTG
256 AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTC-A-AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA
* *
112241 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGACATATAATTCATTTA-AATCCCTATAAATTATTT
319 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGACATATAATTCATTTACAAT-CCTATAAATGA-TG
* ** *
112305 ATAAATT-AAAATAAATTGAAAGCCTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG
382 ATAAATTGAAAATAAATCGAAAGCCTTGTTGTTCTTAATTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTA
* * *
112369 CATT-GGAAA-ATGAGTAATGGATGCTATCCCTTGA-TAATGAAAGAGCATTGTAAGGTTATCAT
447 CATTGGGAAACATGA--AATGGATGCAATCCATTGACT-AGGAAAGAGCATTGTAAGGTTATCAT
*
112431 GCCTTCGAAAGCTTTAAATGATTTATCAATGAATAATTATCACTTT-GATAACATTT-TATCATC
509 GCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA-TTTGGATAAC-TTTCTATCATC
* **
112494 AATATTGTGATATATAATTCATTTA-TAATCTTATAAATAACTATAAATCAAAAATTGATCTAAA
572 AATATTATGATATATAATTCA-TTAGTAATCTTATAAATAACTATAAATCAAAAATAAATC-AAA
* * * * * * *
112558 GT-TTTATTTTTTTTGGTTAAAGCCTGTCATAATTTGATGTTTGCATTCGA-AAAAGTGAAGTGG
635 ATCTTT-CTTGTTTTGATTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GAGAAAAGTCAAGTGG
* *
112621 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGC-TTTTCAGATTTATCATGCCTTCGAA-AGCTTGAAATGA
698 ATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG-TTTATCATGCCTT-GAACAGCTTGAAAGGA
*
112684 TTTATC-AATGAATAGTTATCATTTTGATAA-TATTTTATCATCAATACTATGATATATAATTCA
761 TTTATCAAAT-AATAGTTATCAATTTGATAACT-TTTTATCATCAATACTATGATATATAATTCA
112747 -TTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAA
824 TTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTGAAA
112778 ATAAATTGAA
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 95, Indels: 44
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
913 3 0.00
914 15 0.02
915 544 0.74
916 172 0.23
917 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (915 bp):
TGGATGCCAACATTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTTGCTTGCCTTCAAAAGCTTGAAATGA
TTTATCAATTGATAATTATCATTTTGATAAAACCTTGCCATCAATAATATGATACATAATTCATT
TACAATTCCATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATCAAAACCTTTGTGCTTCTTAGTTAAAGCC
TACCATAATTGGATATTCACATTAGGAAACATGAATTGGATGCTATCTATTAACAAGGAAAGAGC
ATTTTAAGTTTATCATGCCTTTCAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGAT
AACATTTTATCATCAATATTATGACATATAATTCATTTACAATCCTATAAATGATGATAAATTGA
AAATAAATCGAAAGCCTTGTTGTTCTTAATTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGGAA
ACATGAAATGGATGCAATCCATTGACTAGGAAAGAGCATTGTAAGGTTATCATGCCTTCGAAAGC
TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTGGATAACTTTCTATCATCAATATTATGATATA
TAATTCATTAGTAATCTTATAAATAACTATAAATCAAAAATAAATCAAAATCTTTCTTGTTTTGA
TTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAAAGTCAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAACAGCTTGAAAGGATTTATCAAATAATAGTTATC
AATTTGATAACTTTTTATCATCAATACTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTA
TAAATTGAAATCTTTGTTATTTTTTGTTAAAGCCCATCAAAATTTAATGCTTGCATTCGGAAACA
TGAAA
Found at i:113738 original size:622 final size:621
Alignment explanation
Indices: 112571--113758 Score: 1327
Period size: 622 Copynumber: 1.9 Consensus size: 621
112561 TTATTTTTTT
* * * * *
112571 TGGTTAAAGCCTGTCATAATTTGATGTTTGCATTCGAAAAAGTGAAGTGGATGCTATCCATTGAC
1 TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAAAGAGAAGTAGATGCTATCCATTGAC
* * * * *
112636 AAGGAAAGAGCTTTTCAGATTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGTT
66 AAGGAAAGAACTTTTAAGATATATCATACCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
* * * * *
112701 ATCATTTTGATAATATTTTATCATCAATACTATGATATATAATTCATTATAATCCTATAAATGAT
131 ATCATTCTAATAAAATATTATCATCAATACTACGATATATAATTCATTATAATCCTATAAATGAT
* * ** *
112766 TATAAATTGAAAATAAATTGAATACTTTGTTGTTCTTAGTTAACGCCTTTCATAATTGAATGTTT
196 TATAAAATCAAAATAAATTGAATACTTTGTTACTCTTAGTTAAAGCCTTTCATAATTGAATGTTT
* *** * * *
112831 ACATTGAAAAACGTGAAGTGTATGGCATCTACTGACTTGGAATGAGCGTTTTTAAGTTTATCATT
261 ACATTGAAAAACGTGAAGTGGATGGCATCTACTGACAAAGAAAGAGCGATTTTAAGTTTATCATG
* * *
112896 CCTTCAAAAGCTGAAAGTGATTTATAACTAAATAAGTATCATTTTGATAGTATTTCATCATCAAT
326 CCTTCAAAAGCTGAAAGTAATTTATAACTAAATAAGTATCATTTTCATAATATTTCATCATCAAT
* * * * * ***
112961 GTTATGATATATAATTCATTTATAATCGTCTAAATTATTATAAATCAAAAATAAATCTTGAGTTC
391 ATTATGATATAAAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGTTC
* * ** * * * * * *
113026 TTTGCCCTTGGTTGTAGCCAATCATACTTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAACTTGATGCTGT
456 TTGGCCCTTGATTAAAGCCAATAACAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAACGTGATGCTAT
* *
113091 CAATTGACAACGAAAGAGAATTTTAAGTTTGTCATGCCTTCAAAAGCCTGAAAAGCTTCATGAAT
521 CAATTGACAAC-AAAAAGAATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCCTGAAAAGCTTCATGAAT
113156 GAATTTATCAAAAATCAATTGAAAGCTTCGTTGTTTG
585 GAATTTATCAAAAATCAATTGAAAGCTTCGTTGTTTG
* *
113193 TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAATTAG-ATATGAGAAGTAGATGCTATCCATTGA
1 TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC-ATTAGAAAAAGAGAAGTAGATGCTATCCATTGA
* * * * *
113257 TAAGGAAAGAACATTTTAAG-TATATCCTACCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATTAATGGATAA
65 CAAGGAAAGAAC-TTTTAAGATATATCATACCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAA
* *
113321 TTATCATTCTAATAAAATATTATCATCAATATTACGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAAT
129 TTATCATTCTAATAAAATATTATCATCAATACTACGATATATAATTCA-TTATAATCCTATAAAT
* * *
113386 GATTA-AAAATCAAAATTAATTGAA-ACCTTTGTTACTGTT-GATTAAAG-CTTGTCATAATTGG
193 GATTATAAAATCAAAATAAATTGAATA-CTTTGTTACTCTTAG-TTAAAGCCTT-TCATAATTGA
* * *
113447 ATGTTTACATTGAAAAACGTGAATTGGAT-GCTATCCT-TTGACAAAGAAAGTGC-ATTTTAAGT
255 ATGTTTACATTGAAAAACGTGAAGTGGATGGC-AT-CTACTGACAAAGAAAGAGCGATTTTAAGT
* *
113509 TTA-CTATGCCTTCGAAA-CTTTGAAA-TAATTTATTAA-TAAATAATTATCATTTTCATAATAT
318 TTATC-ATGCCTTCAAAAGC--TGAAAGTAATTTA-TAACTAAATAAGTATCATTTTCATAATAT
* * * *
113570 CTT-ATGATCGATA-TATTGATATAAAATTCATTTATAATCCTATAACTGATTGTAAATCAAAAA
379 -TTCATCATCAATATTA-TGATATAAAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAA
* ** *
113633 TAAATGAAAAGCTT-TGTGGTTCTTGATTAAAGCCTATAACAATTGGATGTTTGCATTG-GAAA-
442 TAAATCAAAAG-TTCT-TGGCCCTTGATTAAAGCCAATAACAATTGGATGTTTGCATTGAGAAAC
* * * *
113695 ATGTCAA-GTGCATGCTATCTATTTATACAA-AAAAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA
505 ATG--AACGTG-ATGCTATC-AATT-GACAACAAAAAGAATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAA
113758 G
565 G
113759 GTTGAAATGA
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 79, Indels: 42
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
620 7 0.02
621 118 0.25
622 302 0.65
623 35 0.08
624 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (621 bp):
TGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAAAGAGAAGTAGATGCTATCCATTGAC
AAGGAAAGAACTTTTAAGATATATCATACCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATT
ATCATTCTAATAAAATATTATCATCAATACTACGATATATAATTCATTATAATCCTATAAATGAT
TATAAAATCAAAATAAATTGAATACTTTGTTACTCTTAGTTAAAGCCTTTCATAATTGAATGTTT
ACATTGAAAAACGTGAAGTGGATGGCATCTACTGACAAAGAAAGAGCGATTTTAAGTTTATCATG
CCTTCAAAAGCTGAAAGTAATTTATAACTAAATAAGTATCATTTTCATAATATTTCATCATCAAT
ATTATGATATAAAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGTTC
TTGGCCCTTGATTAAAGCCAATAACAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAACGTGATGCTAT
CAATTGACAACAAAAAGAATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCCTGAAAAGCTTCATGAATG
AATTTATCAAAAATCAATTGAAAGCTTCGTTGTTTG
Found at i:113753 original size:232 final size:230
Alignment explanation
Indices: 113243--113900 Score: 668
Period size: 232 Copynumber: 2.8 Consensus size: 230
113233 TGAGAAGTAG
* * * * * * *
113243 ATGCTATCCA-TTGATAAGGAAAGAACATTTTAAGTATATCCTACCTTTGAAAGCTTGAAATGAT
1 ATGCTAT-CATTTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA-CTTGAAATGAT
** * *
113307 TTATTAATGGATAATTATCATTCTAATAAAATATTATCATCA-ATATTACGATATATAATTCATT
64 TTATTAATAAATAATTATCATTCTCATAAAATATTATCATCATATATT--GATATAAAATTCATT
* * * ** * *
113371 TATAATCTTATAAATGATTAAAAATCAAAATTAATTG-AAACCTTTGTTACTGTTGATTAAAGCT
127 TATAATCCTATAAATGATTAAAAATCAAAAATAAATGAAAACCTTTGTTGTTCTTGATTAAAGCC
* * * * * *
113435 TGTCATAATTGGATGTTTACATTGAAAAACGTGAATTGG
192 TATAACAATTGGATGTTTACATTGAAAAACGTCAAGTGC
* * *
113474 ATGCTATCCTTTGACAAAGAAAGTGCATTTTAAGTTTA-CTATGCCTTCGAAACTTTGAAATAAT
1 ATGCTATCATTTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATC-ATGCCTTCGAAAC-TTGAAATGAT
* * * *
113538 TTATTAATAAATAATTATCATTTTCATAATATCTTATGATCGATATATTGATATAAAATTCATTT
64 TTATTAATAAATAATTATCATTCTCATAAAATATTATCATC-ATATATTGATATAAAATTCATTT
* ** * *
113603 ATAATCCTATAACTGATTGTAAATCAAAAATAAATGAAAAGCTTTGTGGTTCTTGATTAAAGCCT
128 ATAATCCTATAAATGATTAAAAATCAAAAATAAATGAAAACCTTTGTTGTTCTTGATTAAAGCCT
* * *
113668 ATAACAATTGGATGTTTGCATTGGAAAATGTCAAGTGC
193 ATAACAATTGGATGTTTACATTGAAAAACGTCAAGTGC
* *
113706 ATGCTATCTATTTATACAAA-AAA-AGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGGTTGAAATGA
1 ATGCTATC-ATTT-GACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA-CTTGAAATGA
* ** * **
113769 TTTATTAATAAATAATTATCATTGTCATAGCATTTTATCATCA-ATATTATGATATGCAATTCAT
63 TTTATTAATAAATAATTATCATTCTCATAAAATATTATCATCATATA-T-TGATATAAAATTCAT
* * * * *
113833 TCATCATCCTATAAATGA-TAACAAATCAAAAATAAATCAAAACCTTTGTTGTTCTAGGTTAAA-
126 TTATAATCCTATAAATGATTAA-AAATCAAAAATAAATGAAAACCTTTGTTGTTCTTGATTAAAG
113896 CCTAT
190 CCTAT
113901 CATTTACAAC
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 61, Indels: 26
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
230 6 0.02
231 135 0.38
232 195 0.55
233 12 0.03
234 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (230 bp):
ATGCTATCATTTGACAAAGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAACTTGAAATGATTT
ATTAATAAATAATTATCATTCTCATAAAATATTATCATCATATATTGATATAAAATTCATTTATA
ATCCTATAAATGATTAAAAATCAAAAATAAATGAAAACCTTTGTTGTTCTTGATTAAAGCCTATA
ACAATTGGATGTTTACATTGAAAAACGTCAAGTGC
Found at i:114714 original size:232 final size:229
Alignment explanation
Indices: 113973--114769 Score: 642
Period size: 232 Copynumber: 3.5 Consensus size: 229
113963 TAAATGCATT
* * * * *
113973 TTTGGATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGACAA-CAAATGAGCATTTTAAGTTTGTG
1 TTTGTATTGGGAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAA-GAGCATTTTAAGGTTGTC
* * * * * **
114037 ATGCCTTCTAAAGATTGAAATGATTTATGAACGACTAATTATCATTTTGAAAAAATTTTACCATT
65 ATGCCTTCAAAAGATTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAAATTTTATGA-T
* * * * * * *
114102 GATATTATGATCTATATTTCATTAATAATCCTGTAAATGATTATAAATCCA-AAATAAAT-TGAA
129 CATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAT-CAGAAACAAATATTAA
* * * *
114165 AGCTTTTTTGTTCCTAG-TTAAAGCTTTTCATAATTGAATT
193 A-C-TTGTTG-TCCTTGCTTAAAGCTTATCATAATTG-ATC
* * * * *
114205 TTTGTATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTAACAAGAAAAGACCATTTTAA-GTTAATC
1 TTTGTATTGGGAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGGTT-GTC
* * ** * * *
114269 ATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGCTATAATTTAGATAATATTTTATCG-T
65 ATGCCTTCAAAAGATTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAAATTTTAT-GAT
* * * * * *
114333 CAATATTATGATATATAGTTTAGTTATAATCCTATAGATGATTGTAAAT-TG-AAC----ATT--
129 C-ATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAGAAACAAATATTAA
* * * *
114390 --TTGTTGTTCTTTCTTAAAGCTTATCATAATTAAATG
193 ACTTGTTGTCCTTGCTTAAAGCTTATCATAATT-GATC
* * * *
114426 TTTGTATTGGGAAATAG-GAAGTGGATGGC-ATCCATTGACTAGGAATGAGCATTTTAAGGTTGT
1 TTTGTATTGGGAAA-CGTGAAATGGAT-GCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGGTTGT
* * * * * *
114489 CATTCCTTCGAAAG-TTGGAATTGATTTAACAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTCATGA
64 CATGCCTTCAAAAGATT-GAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAAATTTTATGA
* *
114553 TCACTATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTCTAAATTATTATAAATCAGAAAGCAAATATT
128 TCA-TATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAGAAA-CAAATATT
* * *
114618 AAACTTGTTGACCTTGCTTAGAGCTTATCATACTGTGATC
191 AAACTTGTTGTCCTTGCTTAAAGCTTATCATAAT-TGATC
* * * * * *
114658 TTTGCATTGGGAAATGTGAAATGGATGCTACCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCT
1 TTTGTATTGGGAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGGTTGTCA
** * * * * * *
114723 TGCCTTTGAATGCTTGAAATGGTTCATCAATTAATAATTATAATTTT
66 TGCCTTCAAAAGATTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTT
114770 TTTAACATTT
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 93, Indels: 58
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
220 7 0.02
221 160 0.36
222 7 0.02
223 2 0.00
224 1 0.00
227 1 0.00
228 3 0.01
230 2 0.00
231 6 0.01
232 248 0.56
233 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (229 bp):
TTTGTATTGGGAAACGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGGTTGTCA
TGCCTTCAAAAGATTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAAATTTTATGATCA
TATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAGAAACAAATATTAAACT
TGTTGTCCTTGCTTAAAGCTTATCATAATTGATC
Found at i:114778 original size:232 final size:221
Alignment explanation
Indices: 114182--114804 Score: 585
Period size: 221 Copynumber: 2.8 Consensus size: 221
114172 TTGTTCCTAG
* * * * *
114182 TTAAAGCTTTTCATAATTGAATTTTTGTATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTAACAAG
1 TTAAAGCTTATCATAATTAAATCTTTGTATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * **
114247 AAAAGACCATTTTAAGTTAATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAGCTATA
66 GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCTTGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATA
* * * * * *
114312 ATTTAGATAATATTTTATCG-TCAATATTATGATATATAGTTTAGTTATAATCCTATAGATGATT
131 ATTTTGATAACATTTCAT-GATCAATATTATGATATATAATTCAGTTATAATCCTATAAATGATT
* * ** *
114376 GTAAATTGAACATTTTGTTGTTCTTTC
195 ATAAATAGAACATTTTGTTGACCTTGC
* *
114403 TTAAAGCTTATCATAATTAAATGTTTGTATTGGGAAATAG-GAAGTGGATGGC-ATCCATTGACT
1 TTAAAGCTTATCATAATTAAATCTTTGTATTGGGAAAT-GTGAAGTGGAT-GCTATCCATTGACA
* * * * * *
114466 AGGAATGAGCATTTTAAGGTTGTCATT-CCTTCGAAAG-TTGGAATTGATTTAACAATGAATAAT
64 AGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATC-TTGCCTTTGAAAGCTT-GAAATGATTTATCAATGAATAAT
* * * * *
114529 TATCATTTTGATAACATTTCATGATCACTATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTCTAAATT
127 TATAATTTTGATAACATTTCATGATCAATATTATGATATATAATTCAGTTATAATCCTATAAATG
114594 ATTATAAATCAGAAAGCAAATATTAAACTTGTTGACCTTGC
192 ATTATAAAT-AG-AA-C----ATT----TTGTTGACCTTGC
* * * * * *
114635 TTAGAGCTTATCATACTGT-GATCTTTGCATTGGGAAATGTGAAATGGATGCTACCCATTGACAA
1 TTAAAGCTTATCATAAT-TAAATCTTTGTATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * *
114699 GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCTTGCCTTTGAATGCTTGAAATGGTTCATCAATTAATAATTAT
65 GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCTTGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
** * *
114764 AATTTTTTTAACATTTCATCATCAATACTT-TGATATGTAAT
130 AATTTTGATAACATTTCATGATCAATA-TTATGATATATAAT
114805 CTGTGATGAC
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 59, Indels: 33
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
220 3 0.01
221 157 0.49
222 5 0.02
223 2 0.01
224 1 0.00
228 3 0.01
231 5 0.02
232 140 0.44
233 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (221 bp):
TTAAAGCTTATCATAATTAAATCTTTGTATTGGGAAATGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
GAAAGAGCATTTTAAGTTTATCTTGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATA
ATTTTGATAACATTTCATGATCAATATTATGATATATAATTCAGTTATAATCCTATAAATGATTA
TAAATAGAACATTTTGTTGACCTTGC
Found at i:121537 original size:234 final size:231
Alignment explanation
Indices: 120916--122494 Score: 1179
Period size: 232 Copynumber: 6.7 Consensus size: 231
120906 AGAAAAGGTT
* * * * * * * *
120916 ACAAATTAAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAGCTTTTCATAATTGGATGTTTGTAGTAAGAAAC
1 ACAAATCAATAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAAC
* ** * * * * *
120981 GTGAAGGGGACGCTATCGATTAACAAGGGAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTG--AAAGC
66 ATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAG-TTA-CATGCC-TTGCAAAAGC
*
121044 TTGAAATGATTTATCAATG-ATAAACTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
128 TTGAAATGATTTATCAATGAAT-AATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
* * * * *
121108 ACAATTTACTTATAATCCTAAAAATGATTATAATTTGAAA
192 ACAATTAATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTCAAA
* * * * * * * * *
121148 ATAAAATGAA-ACCTTTGTCGTTATTTGTTAAAGCCTATCAGAATTGGATGTTTGCATTGGGTAA
1 A-CAAATCAATAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA
* * ** * * * *
121212 CGTGAAATGGATGCCATCCACGGATAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTTTCTTGCCTT-CAAATGC
65 CATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAG--TTACATGCCTTGCAAAAGC
* * * * *
121276 TTGAAATCATTTATGAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATTACTATTGTGATATA
128 TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATA
* * * *
121341 TAATTCATTTGTAATCCTATAAGTGATTATAAATTCAAA
193 CAATTAATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTCAAA
*** * *
121380 ACAAATCAATAGCTTTGTTTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAAAACGATGTCTGGATT-AGGA
1 ACAAATCAATAGCTTTG--TTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GA
* * *
121444 AACATGAAGTGGATGTTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATATTAAGTATACAATG-CTTGCAAAA
63 AACATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGT-TAC-ATGCCTTGCAAAA
* * * *
121508 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAGCATTTTATCATCAGTATTATGAAA
126 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
**
121573 TACAATTAATTCT-TAATTGTATAAATGAATATAAATTTAAAATAAATCAAAA
191 TACAATTAATT-TATAATCCTATAAATG-AT-T--A--T-AAAT---TC-AAA
* * * * *
121625 ACAAATTAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGAC-ATTCATAGTTGGATGTTTACATTGAGAAA
1 ACAAATCAATAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA-TCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA
** * **
121689 CATGAAATGGATGCTATCCATTGTTAAGGAACAAA-CATTTTATGTTGATC-TGCCTTTG--GTA
65 CATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAA-AAAGCATTTTAAGTT-A-CATGCC-TTGCAAAA
* * *
121750 GCTTGAAATGATTCATCAATGAATAATTACCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATTATA
126 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* * * ****
121815 TATAATTCATTTATAATCCTATAATTGATTATAACCAAAAA
191 TACAATTAATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTCAAA
* * * * * *
121856 ATAAATCAATAGCTTTATTTTGTTCTTGGTTAAAGCTTATCACAATTGGATG-TTGGATTGAAAA
1 ACAAATCAATAGC-TT-TGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAA
* * * * *
121920 ACATCAAATGGATGCTATTCGTTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTCATCATGCC-TACAAAAG
64 ACATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTT-A-CATGCCTTGCAAAAG
* *
121984 CTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACA-GTTATTCATCAATATTATGATA
127 CTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTA-TCATCAATATTATGATA
* * * *
122048 TACAATTAATTTATAATCGTCTAAATGAATATAAATTTAAAATAA
191 TACAATTAATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA-TT--CA-AA
* * * *
122093 GTAAATAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCC-ATTCATAATTGGATGTTGGCAT
1 --ACA-AATCAA-T---AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTA-TCATAATTGGATGTTTGCAT
* *
122157 T-AGGAAACATGAAATGAATGCTATCCATTCG-TAAGGAACAAA-CATTTTACA-TTGATCATGC
58 TGA-GAAACATGAAATGGATGCTATCCATT-GACAAGGAA-AAAGCATTTTA-AGTT-A-CATGC
* * * * *
122218 CTT-CGACAGCTTGAAATGATTTATCACTAAATAATTATCACTTTT-ATAACATTGTATCATCAA
117 CTTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA-TTTTGATAACATTTTATCATCAA
* * * ** * *
122281 TATTATTATATATAACTCTTTTATAAACC--T--A-GA--A-AAGGTT----
181 TATTATGATATACAATTAATTTATAATCCTATAAATGATTATAA-ATTCAAA
** * * **
122321 ACAAATCGAA-AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTTTTTTCATAATTGGATATTTGTGTTG-GCA
1 ACAAATC-AATAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG-CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAG-A
* *
122384 AACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA-GAAAAGAGCATTTTAAGTTGATCATGCCTTTG--A
63 AACATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAA-AGCATTTTAAGTT-A-CATGCC-TTGCAA
*
122446 AAGCTTGAAATGATTTGTCAAT-AACTAATTATCATTTTGATAACATTTT
124 AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAA-TAATTATCATTTTGATAACATTTT
122495 CATTTATAAT
Statistics
Matches: 1074, Mismatches: 199, Indels: 158
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
220 2 0.00
221 35 0.03
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223 2 0.00
225 3 0.00
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245 18 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (231 bp):
ACAAATCAATAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAAC
ATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTACATGCCTTGCAAAAGCTTG
AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAA
TTAATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTCAAA
Found at i:122117 original size:475 final size:472
Alignment explanation
Indices: 120933--122494 Score: 1564
Period size: 475 Copynumber: 3.3 Consensus size: 472
120923 AAAAGCTTTG
* * * * * * *
120933 TTGTTCTTAGTTAAAGCTTTTCATAATTGGATGTTTG-TAGTAAGAAACGTGAAGGGGACGCTA-
1 TTGTTCTTGGTTAAAGCTTATCATAATTGGATGTTGGATTG-AA-AAACATGAAGTGGATGCTAT
* * ***
120996 TCGATTAACAAGGGAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAA
64 TCG-TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG-TTATCATGCCTACAAAAGCTTGAAATGATTTATCAA
* * * *
121061 TG-ATAAACTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTTACTTATAATC
127 TGAAT-AATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTAATTTATAATC
* * * * * * * *
121125 --CT-AA--AA-AT-GA-TTATAAT--TTGAAAATAAAATGAAACCTTTGTCGTTATTTGTTAAA
191 GTCTAAATGAATATAAATTTAAAATAAATAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTATTGGTTAAA
* * * * * * **
121180 GCCTATCAGAATTGGATGTTTGCATTGGGTAACGTGAAATGGATGCCATCCACGGATAAGGAA-A
256 GCAT-TCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTG-TAAGGAACA
** * * * *
121244 AAGCATTTTAAGTTTTTCTTGCC-TTCAAATGCTTGAAATCATTTATGAATGAATAATTATCATT
319 AA-CATTTTAAGTTGATCATGCCTTTGAAA-GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATT
* * * * *
121308 TTGATAACATTTTATCATTACTATTGTGATATATAATTCATTTGTAATCCTATAAGTGATTATAA
382 TTGATAACATTTTATCATCAATATTATTATATATAATTCATTTATAATCCTATAAGTGATTATAA
*** *
121373 ATTCAAAACAAATCAATAGCTTTGTT
447 ACAAAAAACAAATCAATAGCTTTATT
* *** * *
121399 TTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAAAACGATGTCTGGATT-AGGAAACATGAAGTGGATGTTAT
1 TTGTTCTTGGTTAAAGCTTATCATAATTGGATGT-TGGATTGA-AAAACATGAAGTGGATGCTAT
* * * * * *
121463 CCATTGACAAGGAAAAAGCATATTAAG-TATACAATGCTTGCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAA
64 TCGTTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTAT-C-ATGCCTACAAAAGCTTGAAATGATTTATCAA
* * * *
121527 TGAATAATTATAATTTTGATAGCATTTTATCATCAGTATTATGAAATACAATTAATTCT-TAATT
127 TGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTAATT-TATAATC
* * * *
121591 GTATAAATGAATATAAATTTAAAATAAATCAAAAACAAATTAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAA
191 GTCTAAATGAATATAAATTTAAAATAAAT-AAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTATTGGTTAA
* *
121656 AGACATTCATAGTTGGATGTTTACATTGAGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGTTAAGGAAC
255 AG-CATTCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTG-TAAGGAAC
* ** * *
121721 AAACATTTTATGTTGATC-TGCCTTTGGTAGCTTGAAATGATTCATCAATGAATAATTACCATTT
318 AAACATTTTAAGTTGATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTT
* *
121785 TGATAACATTTTATCATCAATATTATTATATATAATTCATTTATAATCCTATAATTGATTATAAC
383 TGATAACATTTTATCATCAATATTATTATATATAATTCATTTATAATCCTATAAGTGATTATAAA
*
121850 CAAAAAATAAATCAATAGCTTTATT
448 CAAAAAACAAATCAATAGCTTTATT
* * *
121875 TTGTTCTTGGTTAAAGCTTATCACAATTGGATGTTGGATTGAAAAACATCAAATGGATGCTATTC
1 TTGTTCTTGGTTAAAGCTTATCATAATTGGATGTTGGATTGAAAAACATGAAGTGGATGCTATTC
121940 GTTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTCATCATGCCTACAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGA
66 GTTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTT-ATCATGCCTACAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGA
*
122005 ATAATTATAATTTTGATAACA-GTTATTCATCAATATTATGATATACAATTAATTTATAATCGTC
130 ATAATTATAATTTTGATAACATTTTA-TCATCAATATTATGATATACAATTAATTTATAATCGTC
* *
122069 TAAATGAATATAAATTTAAAATAAGTAAATAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGC
194 TAAATGAATATAAATTTAAAATAAATAAA-AATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTATTGGTTAAAG-
* *
122134 CATTCATAATTGGATGTTGGCATT-AGGAAACATGAAATGAATGCTATCCATTCGTAAGGAACAA
257 CATTCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACATGAAATGGATGCTATCCATT-GTAAGGAACAA
* * * *
122198 ACATTTTACA-TTGATCATGCCTTCGACAGCTTGAAATGATTTATCACTAAATAATTATCACTTT
320 ACATTTTA-AGTTGATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCA-TTT
* * * *
122262 T-ATAACATTGTATCATCAATATTATTATATATAACTCTTTTATAAACC--T-A--G-----AAA
383 TGATAACATTTTATCATCAATATTATTATATATAATTCATTTATAATCCTATAAGTGATTATAAA
**** *
122316 -AGGTTACAAATCGAA-AGC-TT-TG
448 CAAAAAACAAATC-AATAGCTTTATT
* * * ** *
122338 TTGTTCTTGGTTAAAGTTTTTTCATAATTGGATATTTGTG-TTGGCAAACGTGAAGTGGATGCTA
1 TTGTTCTTGGTTAAAG-CTTATCATAATTGGAT-GTTG-GATTGAAAAACATGAAGTGGATGCTA
* * * *** *
122402 TCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTGATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTGTCAA
63 TTCGTTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTT-ATCATGCCTACAAAAGCTTGAAATGATTTATCAA
*
122467 T-AACTAATTATCATTTTGATAACATTTT
127 TGAA-TAATTATAATTTTGATAACATTTT
122495 CATTTATAAT
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 144, Indels: 78
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
463 17 0.02
464 20 0.02
465 110 0.12
466 149 0.16
467 6 0.01
468 2 0.00
469 2 0.00
471 3 0.00
472 2 0.00
473 2 0.00
474 15 0.02
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477 98 0.11
478 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (472 bp):
TTGTTCTTGGTTAAAGCTTATCATAATTGGATGTTGGATTGAAAAACATGAAGTGGATGCTATTC
GTTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTATCATGCCTACAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAA
TAATTATAATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTAATTTATAATCGTCTA
AATGAATATAAATTTAAAATAAATAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTATTGGTTAAAGCATT
CATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGTAAGGAACAAACATTT
TAAGTTGATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACA
TTTTATCATCAATATTATTATATATAATTCATTTATAATCCTATAAGTGATTATAAACAAAAAAC
AAATCAATAGCTTTATT
Found at i:124352 original size:232 final size:231
Alignment explanation
Indices: 122979--128473 Score: 4689
Period size: 232 Copynumber: 23.7 Consensus size: 231
122969 GAATAAATCG
* * ** * * * *
122979 AAAACAAATCAACAA-CTTTG-CGTTCTTGGTTCTAGCATATCATAATTGGATGCTTGGATTAGG
1 AAAATAAATCAA-AAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGG
* * * * * * ** * *
123042 AAACGTGAAGTGCATCCTATCAATTGACAAGGAAAGAACATTTTAAATTCATTGTACCTTCAAAA
65 AAACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAAAA
* * * * *
123107 ACTTGAAATGATTTATGAATAAATAATTATCATTTTGATAACTTTTTATCATCAATATTATGAAA
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* * **
123172 TAAAATTCATTTATAATCCTATAAATGA-TAAAGAATCG
194 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATA-AATTA
* * * * *
123210 ACAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTAGGTTAAA-CCCATCATAATTGGATGTTTCCA-TGGCA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* * * * *
123273 AACGTCAAGTGAATGCTATCTATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATATCTTTG-AAA
66 AACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAT-GCCTTGAAAA
* *
123337 GCTTGAAATAATTTATCATTGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG-TC
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAT-
* * *
123401 ATATAATTCATTTACAAGCCTACAAATGATTAT-AATTCA
193 ATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATT-A
* * *
123440 AAAATAAATCCAAAG-TTGTAATTTGTTCTTGGTTAAACCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG
1 AAAATAAATCAAAAGCTT-T--GTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG
* * ** * **
123504 GGAAACATGAAATGGATTTTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTTAGTTTATCATGCCTACAA
63 GGAAACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAA
* * * * *
123569 AAGTTTGAATTGATTTAT-ATATGAATAATTATTATTTGGTTAACATTTTATCATCAATATTATG
127 AAGCTTGAAATGATTTATCA-ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * *
123633 ATATATAATTCATCTATAATCCTATAAAAGATTATAAA-TC
191 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
**** * * * *
123673 AAAATAAATTTCCAGCTTTGTTGTTCTTGGTTCAAA-CCTATCATAATTAGACGTTGGGATTGGG
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGG
* * * * * *
123737 AAATGTGAAGTGGATGATATCAATGGACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTGATCATGCCTTTG-AA
65 AAACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC-TTGAAA
* * *
123801 ACCATT-AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAAATTTTATCATTAATATTATGA
128 AGC-TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGA
* * * * * *
123865 AATAAAATTCATTTATAATCTTATAAATGATAACAAATCA
192 TATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* ** * * * *
123905 AAAATAAACCAAAAGCTTTGTTGCCCTAGGTTAAA-CCTATCATAATTGGATGTTTTCAGTAGGA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* *
123969 AATGTG-AGTGGATGGTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG-AAA
66 AACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT-GAAAA
* * ** *
124032 GCTTGAAATTATTTATCATTGAATAATTATCATTTCAATAACATTTTATCATCAAAATTATG-TC
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAT-
* ** *
124096 ATATAATTCATTTATAACCCTATAAATGATTATAGTTTG
193 ATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* * * * * *
124135 AAAATAAATCAAAAACTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTTCATTCGAA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* * * * * *
124200 AATGTGAAGTGGATGCTGCCTGTTGCCAAAGG-AAGAGCATTTTAATTTTATCAGGCCTTGAAAA
66 AACGTGAAGTGGATGCTTCC-ATTGAC-AAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAAAA
* * * * * * ***
124264 GCTTGAAATAATTTATCAATAAATAATTATTATTTTGTTAACATTTTATCAACAACATTCCAATA
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* * *
124329 TATAATTCATTTATAAACCTATAAAAGATTATAAATAA
194 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* * * *
124367 AAAATAAATCAACAGCTTTGTTGTTCTAGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGGA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* * * * * * *
124432 AACGTGAAGTGCG-TGCTATCAATTAATAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCACCAAGTG-CTCGAA
66 AACGTGAAGTG-GATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATC-A-TGCCTTGAA
* * *
124495 AA-CTTGAAATGATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACACTTTATCGTCAATATTATGA
127 AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGA
* ** ** * **
124559 TACATAATTTTTTTATAATCCTATAACCGATCATAAATCG
192 TATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
** * * *
124599 AAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGCTAAAGCATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* * * * * * * ***
124664 ATCATAAAGTGGATGCTATCTATTGACAAGGAAAGAGAATTCTAAATTTATCATGCCAACAACAA
66 AACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAA-AA
* * * * *
124729 -ATTGAAATGATTTATTAAT-AATTAATTATCATTTTGATAGCATTTTATTATCAACATTATGAT
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAA-TAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGAT
* *
124792 ATATAATTCATTTACAAT-ATGATAAATG-------ATT-
193 ATATAATTCATTTATAATCCT-ATAAATGATTATAAATTA
* * * * *
124823 ---ATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGACGTTTTCTTTGGGA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
** * * * * *
124885 AACGTGAAGTGGATGCTATATATTAACAAGGAAAGAGAACTTCAAGTTTATCATGGCTACT-AAA
66 AACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCT--TGAAA
* *
124949 A-CTTGACAA-GATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATAGTTTATCATCAATATTATGA
128 AGCTTGA-AATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGA
* * * *
125012 TATATAATTCAGTTATGATCCTATAAATGATAATAAATCAA
192 TATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAT-TA
* * * * *
125053 AAAATAAAACAAAAATAAATTGAAACCTTTTTTTTTTCTTGGGTAAAGCCTATCCTAATTGGATG
1 AAAATAAATC----A-AAA--G----C-TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATG
* * * ** * * * * *
125118 TTGGCAATGAGAAATTTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAATTTATTA
54 TTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCA
** *** *** *
125183 TGCCTACAAAAGCTTGAAGCAATTTATCACCAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATTA
118 TGCCTTGAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCA
* *
125248 ATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCA
183 ATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* * ** * * *
125297 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTCGTGCTTGACTAAAGCCTATCATACTTGCATGTTTGAAATT-GG
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG-CATTGGG
** ** * * * * * * *
125361 AAATATGAAGTATATGCTCTCCATTGACAAGGATAGAGCATTTTAAGTTTATCCTTCATCGGACA
65 AAACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAAAA
* * * **
125426 GCATGAAATGATTTATCATTGAATAATTATTATTTTGATTGCATTTTATCATCAA-A--ATGATA
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* * * ***
125488 TCTAATTTATTTATAATCCTCTAAATGATTATAAAAGG
194 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* * * * *
125526 AAAATCAATCGAAAGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAG-GTGATCATAATTGGATGTTTGC-TTCTG
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCT-ATCATAATTGGATGTTTGCATT-GG
** * *
125589 GAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTAAAA
64 GAAACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAAA
* * * *
125654 AGCTTGGAATGATTTATCAATGTATAATTATCATTTTGATCACATTTTATCATCAATTTTATGAC
128 AGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGA-
* * * *
125719 CTGT-TAAATT-A-TTATAA--GTA-AAA--A--ATCAATCA
192 -TATAT-AATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* * * * ** * **
125751 AAAATAAACCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGGATAAAGCCTATTATAAAAGAATGTTTGCATTTAGA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* *** * * *
125816 AACATGAAACAGATGCTATCCATTGACATGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCTTGCCTTTG-AAA
66 AACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC-TTGAAAA
* * *
125880 GCTTGAAATAATTTTTCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTTTCATCAATATTATGATA
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* *
125945 TATAATTCAATTACAATCCTATAAATGATTATAAATTA
194 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* ** * *
125983 AAAAGAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCATT-GTTAAAGTTTATCATAATTGAATGTTTAG-ATTGA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTC-TTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT-GCATTGG
* * * * **
126046 GAAACATGAAGTGGATGTTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTAAAGTTTATCTTGCCTTCTAA
64 GAAACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAAA
* * * * *
126111 AGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCACTTTGGTAACATTTTATCATTAGTATGATGAT
128 AGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG--
126176 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
191 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
** * * * *
126217 AAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTAGGTTAAAGCCTATCATTACTGGATGTTTGCATTAGGA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* * * * *
126282 AACGTAAAGTTGG-TGCTAT-C-TTCAGACAAGGAATGAAC-TCTCTAAGTTTATCATGGCTTTG
66 AACGTGAAG-TGGATGCT-TCCATT--GACAAGGAAAGAGCAT-TTTAAGTTTATCAT-GCCTTG
*
126343 -AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTAATAACATTTTATCATCAATATTAT
125 AAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
* * * **
126407 GATATATAATTCATTTATGATCCCATAAATGATTATGAGGTA
190 GATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
** * * * **
126449 AAAATAAATTGAAAGCCTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCCT-TCAAAATTGGATGTTTGCATTGTA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG-CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGG
* ** * * * * **
126513 AAACGAGAAGTAAACGCAATACATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAG--T-T-A--CCTTCAATT
65 AAACGTGAAGTGGATGC-TTCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAAAA
** * * * *
126572 GCCCGAAATGATTTATCAA-GAATAATTATCATATTGATAACATATTATCAACAATATTATGCTA
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* *
126636 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAGTTG
194 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* ** * *
126674 AGAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* * * *
126739 AACGTGATA-TGAATGGTT-TATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCA-GTCCTTCAAAA
66 AACGTGA-AGTGGATGCTTCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CCTTGAAAA
* * * *
126801 GCTTGAAATGATTTCTCAAAGAATAATTGTCATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATGATA
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* * * *
126866 TGTAATTGA-TTATTAATTCTATAAATCG-TTATAAATAA
194 TATAATTCATTTA-TAATCCTATAAAT-GATTATAAATTA
** * * *
126904 AAAATAAATCAGCAGCCTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* * * * * * * *
126969 AACATGAAGTGAATGATATCCATTGACAAAGAAAAAGCATTTTTAGTTTATCATTCGTTCG-AAA
66 AACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT-GAAAA
* * * * *
127033 GCTTGAAATGATTTATCAAAGAATACTTATTATTTTGAAAACATTTTATCAGCAATATTATGATA
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* * *
127098 TATAATTTA-TTATTATTCCTATAAATCATTATCAATAAAAAATAACTCA
194 TATAATTCATTTA-TAATCCTATAAATGA-T-T--AT---AAAT---T-A
* * * * * *
127147 AAAATAAATCGATAGCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTAACATAATTGGATGTTTG-GTTATGG
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGG
* ** * * ** *
127211 ATACGTGAAGTGGATGCTAT-CATTTGACAAGGAAAGAATATTTTAAGTTCATCACGGTTTTGTA
65 AAACGTGAAGTGGATGCT-TCCA-TTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCA-TGCCTTGAA
* * *
127275 AA-CTTAAAATAATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCGATATTATGA
127 AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGA
* * * * *
127339 CATACAATTCGTTTATAATCCTATAAATGA-TAAAAACTCA
192 TATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA-TTA
* * *
127379 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTACTT-TAGGTT-AA-CTTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGG
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTT-GTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGG
* * * * * **
127441 AAACGTGAAGTCGATGCTTTTCATT-AGTAGGGAAATG-GCATTCTAAGTTT-TCATGCCTTCTA
65 AAACGTGAAGTGGATGC-TTCCATTGA-CAAGGAAA-GAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAA
* * *
127503 AAGCTT-AGAATGATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATTTCATCATCAATATTGTG
127 AAGCTTGA-AATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * *
127567 ATATATAATTCATTTATGATCCTATAAATGATTATCAATCA
191 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
** * * *
127608 AAAATAAATTGAAAGCCTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCT-TACATAATTGGATGGTTGCATTGGG
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTAT-CATAATTGGATGTTTGCATTGGG
*** * * * * ** *
127672 AAATAAGATA-TGGGTGCAGTACATTAACAATAAAAGAGCATTTTAAGTTTATGC-TGCCTTCAA
65 AAACGTGA-AGTGGATGC-TTCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTAT-CATGCCTTGAA
* * * *
127735 ATGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATTTTATGC
127 AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGA
* * * *
127800 TATATAATTCATTTATAATCCTATTAATGAATATAAGTTG
192 TATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* ** * * * * * * *
127840 AGAATAAATTGAAGGCTTTATAGTTCTTAGTTAAAGCTTATCATAATTAGATGTTTGTATTGGGA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* * * * * *
127905 AACATGAAGTGAATACTATCCATTAACAAGGAAAGAGCATTTTACGTTTATCATTCCTTCG-AAA
66 AACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT-GAAAA
** * *
127969 GCTTGAAATGATTTATCAAAAAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATGATA
129 GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* * *
128034 TATAATTTA-TTATTAATCTTATAAATCATTATAAA-TA
194 TATAATTCATTTA-TAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* ** *
128071 AGAAATAAATTAAAAATAAATTGACAAGTTCATTATTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATG
1 A-AAATAAA-T---CA-AAA--G-C---TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATG
* * *** * *
128136 TTTGGATAT-GGAAACATGAAACAGATGCTAT-CATTTAACAAGGAAAG-GACATTTTAAGTTCA
54 TTTGCAT-TGGGAAACGTGAAGTGGATGCT-TCCA-TTGACAAGGAAAGAG-CATTTTAAGTTTA
** * * * *
128198 TTGTGCCTTTG-AAACCTTAAAATAATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATT
115 TCATGCC-TTGAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATC
* ** * *
128262 ATCAATATTATGATATACAATTCATTTATAATCCTATAAATGAGAACAAA-TC
179 ATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
* * * * * * *
128314 GAAA-AAATCAAAAGCTTTGTTGCTCTAGGTTAAA-CATATCATAATTAGATGTTCGCATTGGAA
1 AAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA
* * * * * * **
128377 AATGTAAAGTGGATGCTATCCGTTGACAAGGAAAGGGCATTCTAAGTTTGTCATGCCTTCTAAA-
66 AACGTGAAGTGGATGCT-TCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTGAAAAG
*
128441 CTTGAAAAGATTTATCAATGAATAATTATCATT
130 CTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATT
128474 CTGAGTAAAT
Statistics
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TAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTA
Found at i:125011 original size:221 final size:221
Alignment explanation
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124592 TAAATCGAAA
* * *
124602 ATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGCTAAAGCATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAATC
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* *
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* * * *
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131 GAAATGATTTATCAATAATTAATTATCATTTTGATAACAGTTTATCATCAACATTATGATATATA
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196 ATTCATTTACAATATGATAAATGATT
* * * *
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* * * * * *
124888 GTGAAGTGGATGCTATATATTAACAAGGAAAGAGAACTTC-AAGTTTATCATGGCTACTAA-AAC
66 ATAAAGTGGATGCTATATATTAACAAGGAAAGAGAA-TTCTAAATTTATCATGCCAAC-AACAAA
* *
124951 TTGACAA-GATTTATCAATGAA-TAATTATCATTTTGATAATAGTTTATCATCAATATTATGATA
129 TTGA-AATGATTTATCAAT-AATTAATTATCATTTTGATAACAGTTTATCATCAACATTATGATA
125014 TATAATTCA
192 TATAATTCA
125023 GTTATGATCC
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 21, Indels: 8
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
221 166 0.95
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ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (221 bp):
ATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGCTAAAGCATATCATAATTGGACGTTTGCATTGGGAAAC
ATAAAGTGGATGCTATATATTAACAAGGAAAGAGAATTCTAAATTTATCATGCCAACAACAAATT
GAAATGATTTATCAATAATTAATTATCATTTTGATAACAGTTTATCATCAACATTATGATATATA
ATTCATTTACAATATGATAAATGATT
Found at i:125334 original size:930 final size:916
Alignment explanation
Indices: 123016--128473 Score: 4656
Period size: 930 Copynumber: 5.9 Consensus size: 916
123006 GGTTCTAGCA
* * * * * *
123016 TATCATAATTGGATGCTTGGATTAGGAAACGTGAAGTGCATCCTAT-CAATTGACAAGGAAAGAA
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* * ** * * * *
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* * * *
123145 TAACTTTTTATCATCAATATTATGAAATAAAATTCATTTATAATCCTATAAATGATA-A-AGAAT
128 TAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATATATAAAAT
* * * * * * * *
123208 CGACAATAAATCA-AAAGCTTTGTTGTTCTAGGTTAAA-CCCATCATAATTGGATGTTTCCA-TG
193 --AAAAAAAATAAGAAACCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG
* * * * ** *
123270 -GCAAACGTCAAGTGAATGCTATCTATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATATCTTTG
256 AG-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* *
123334 AAAGCTTGAAATAATTTATCATTGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
320 AAAGCTTGAAATAATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * * * *
123399 -TCATATAATTCATTTACAAGCCTACAAATGATTATAATTCAAAAATAAATCCAAAG-TTGTAAT
385 AT-ATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTT-T--G
* * * * **
123462 TTGTTCTTGGTTAAACCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATTTTATC
446 TTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATC
* * * * * * * *
123527 CATTGACAAGGAAAGAGCATTTTTAGTTTATC-A-TGCCTAC-AAAAGTTTGAATTGATTTAT-A
511 AATTAACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCAAGTGCCTTCGAAAA-CTTGAAATGATTTATCA
* * * *
123588 TATGAATAATTATTATTTGGTTAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATCTATAAT
575 -ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAAT
* **** *
123653 CCTATAAAAGATTATAAATC-AAAATAAATTTCCAGCTTTGTTGTTCTTGGTTCAAACCTATCAT
639 CCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAACATATCAT
* * * * * * * * * *
123717 AATTAGACGTTGGGATTGGGAAATGTGAAGTGGATGATATCAATGGACAAGGAAAGAACATTTTA
703 AATTGGATGTTTGCATT-GGAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTCTA
* *** * *
123782 AGTTGATCATGCCTTTGAAACCATT-AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAAAT
767 AGTTTATCATGCC-AACAAAAC-TTGAAATGATTTATCAAT-AATAATTATCATTTTGATAACAT
* * * *
123846 TTTATCATTAATATTATGAAATAAAATTCATTTATAATCTTATAAATGATAACAAATCAAAAATA
829 TTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTAT-A-C--ATAAATGAT---AAAT-GAAAATA
* * ** *
123911 AACCAAAAGCTTTGTTGCCCTAGGTT-AAACC
885 AATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
* * * * * * *
123942 TATCATAATTGGATGTTTTCAGTAGGAAATGTGAGTGGATGGTATCCATTGACAAGGAAAGAGCA
1 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAATGGATGCTATACATTGACAAGGAAAGAGCA
* * **
124007 TTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATTATTTATCATTGAATAATTATCATTTCAATA
66 TTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATA
* * ***
124072 ACATTTTATCATCAAAATTATG-TCATATAATTCATTTATAACCCTATAAATGAT-TATAGTTTG
130 ACATTTTATCATCAATATTATGAT-ATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATATATAAAAT-
* * * * *
124135 AAAATAAATCAA-AAA-CTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTTCATTCG
193 AAAAAAAAT-AAGAAACCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-G
** * * * * *
124198 A-AAATGTGAAGTGGATGCT-GCCTGTTGCCAAAGG-AAGAGCATTTTAATTTTATCAGGCCTT-
256 AGAAACATGAAGTGGATGCTATCC-ATTGAC-AAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
* * * * *
124259 GAAAAGCTTGAAATAATTTATCAATAAATAATTATTATTTTGTTAACATTTTATCAACAACATTC
319 G-AAAGCTTGAAATAATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
** * * * *
124324 CAATATATAATTCATTTATAAACCTATAAAAGATTATAAATAAAAAATAAATCAACAGCTTTGTT
383 TGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTT
* *
124389 GTTCTAGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGGAAACGTGAAGTGCG-TGCTATCA
448 GTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGGAAACATGAAGTG-GATGCTATCA
* *
124453 ATTAATAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCACCAAGTG-C-TCGAAAACTTGAAATGATTTATCAAT
512 ATTAACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCAAGTGCCTTCGAAAACTTGAAATGATTTATCAAT
* * * * **
124516 AAATAATTATCATTTTGATAACACTTTATCGTCAATATTATGATACATAATTTTTTTATAATCCT
577 GAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCT
** * * * *
124581 ATAACCGATCATAAATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGCTAAAGCATATCATAAT
642 ATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAA-CATATCATAAT
* * * * *
124646 TGGATGTTTGCATTGGGAATCATAAAGTGGATGCTATCTATTGACAAGGAAAGAGAATTCTAAAT
706 TGGATGTTTGCATTGGAAAT-ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTCTAAGT
* * *
124711 TTATCATGCCAACAACAAATTGAAATGATTTATTAATAATTAATTATCATTTTGATAGCATTTTA
770 TTATCATGCCAACAA-AACTTGAAATGATTTATCAATAA-TAATTATCATTTTGATAACATTTTA
* * * **
124776 TTATCAACATTATGATATATAATTCATT-TACA-ATATGATAAATGATTATAAATCGAAAGCTTT
833 TCATCAATATTATGATATATAATTCATTATACATAAATGATAAATGAAAATAAATCGAAAGCTTT
* *
124839 GTTGTTTTTGGTTAAAGCC
898 GTTGTTCTTGGTTAAAACC
* * * * * *
124858 TATCATAATTGGACGTTTTCTTTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATATATTAACAAGGAAAGAGA
1 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAA-TGGATGCTATACATTGACAAGGAAAGAGC
* * * * *
124923 ACTTCAAGTTTATCATGGCTACTAAAACTTGACAA-GATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA
65 ATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGA-AATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA
* * * *
124987 TAATAGTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAGTTATGATCCTATAAATGATAATAAATCA
128 TAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT-AT--AT--
* * * *
125052 AAAAATAAAACAAAAATAAATTGAAACCTTTTTTTTTTCTTGGGTAAAGCCTATCCTAATTGGAT
188 -AAAAT-AAA-AAAAAT-AA--GAAACC-TTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGAT
* * ** * * * * *
125117 GTTGGCAATGAGAAATTTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAATTTATT
246 GTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATC
* * ** ** *
125182 ATGCCTACAAAAGCTTGAAGCAATTTATCACCAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATT
311 ATGCCTTCGAAAGCTTGAAATAATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATC
*
125247 AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAG
376 AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAG
* * ** * * * **
125312 CTTTGTCGTGCTTGACTAAAGCCTATCATACTTGCATGTTTGAAATT-GGAAATATGAAGTATAT
441 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG-AATTAGGAAACATGAAGTGGAT
* * * * * * * * * * * *
125376 GCTCTCCATTGACAAGGATAGAGCATTTTAAGTTTATC--CT-TCATCGGACAGCATGAAATGAT
505 GCTATCAATTAACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCAAGTGCCTTC-GAAAACTTGAAATGAT
* * ** * *
125438 TTATCATTGAATAATTATTATTTTGATTGCATTTTATCATCAA-A--ATGATATCTAATTTATTT
569 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* ** * * **
125500 ATAATCCTCTAAATGATTATAAAAGGAAAATCAATCGAAAGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAGGTG
634 ATAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAACAT-
*
125565 ATCATAATTGGATGTTTGCTTCTGGAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCA
698 ATCATAATTGGATGTTTGCAT-TGGAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCA
* * * * *
125630 TTTTAAGTTTATCATGTCTTAA-AAAGCTTGGAATGATTTATCAATGTATAATTATCATTTTGAT
762 TTCTAAGTTTATCATG-C-CAACAAAACTTGAAATGATTTATCAAT-AATAATTATCATTTTGAT
* * * ** * *
125694 CACATTTTATCATCAATTTTATGACCTGT-TAAATT-ATTATA-AGTAAAAAATCAATCAAAAAT
824 AACATTTTATCATCAATATTATGA--TATAT-AATTCATTATACA-TAAATGATAAAT-GAAAAT
* * * * *
125756 AAACCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGGATAAAGCC
884 AAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
* ** * ** * ** * * *
125789 TATTATAAAAGAATGTTTGCATTTAGAAACATGAAACAGATGCTATCCATTGACATGGAAAAAGC
1 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTG-AATGGATGCTATACATTGACAAGGAAAGAGC
* * * *
125854 ATTTTAAGTTTATCTTGCCTTTGAAAGCTTGAAATAATTTTTCAATGAATAATTATCATTTTGAT
65 ATTTTAAGTTTATCATGCC-TTCAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGAT
* * * *
125919 AACATTTTTTCATCAATATTATGATATATAATTCAATTACAATCCTATAAATGAT-TATAAATTA
129 AACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATATATAAAATA
* * * ** *
125983 AAAAGAAATCA-AAAGCTTTGTTGTTCATT-GTTAAAGTTTATCATAATTGAATGTTTAG-ATTG
194 AAAA-AAATAAGAAACCTTTATTGTTC-TTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT-GCATTG
* * * *
126045 AGAAACATGAAGTGGATGTTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTAAAGTTTATCTTGCCTTCTA
256 AGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * * * * *
126110 AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCACTTTGGTAACATTTTATCATTAGTATGATGA
321 AAGCTTGAAATAATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG-
* **
126175 TATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATTAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTG
385 -ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTG
* * * * * *
126240 TTCTAGGTTAAAGCCTATCATTACTGGATGTTTGCATTAGGAAACGTAAAGTTGG-TGCTATC--
449 TTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGGAAACATGAAG-TGGATGCTATCAA
* * * * * *
126302 TTCAGACAAGGAATGAAC-TCTCTAAGTTTATC-A-TGGCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATCA
513 TT-A-ACAAGGAAAGAACAT-TTTAAGTTCATCAAGTGCCTTCGAAAACTTGAAATGATTTATCA
* *
126364 ATGAATAATTATCATTTTAATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATGATC
575 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATC
* ** * * * * *
126429 CCATAAATGATTATGAGGT-AAAAATAAATTGAAAGCCTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCCT-TCA
640 CTATAAATGATTAT-AAATCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAA--CATATCA
* * * ** * * * *
126492 AAATTGGATGTTTGCATTGTAAA-ACGAGAAGTAAACGCAATACATTGACAAGGAAAGAGCATTT
702 TAATTGGATGTTTGCATTGGAAATA--TGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTC
* * *** ** * * *
126556 TAAG-TTA-CCT-TC-A-ATTGCCCGAAATGATTTATCAAGAATAATTATCATATTGATAACATA
765 TAAGTTTATCATGCCAACAAAACTTGAAATGATTTATCAATAATAATTATCATTTTGATAACATT
* * *
126616 TTATCAACAATATTATGCTATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAGTTGAGAATAA
830 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTAT-A--C-ATAAATGA-TA-AA--TGAAAATAA
*
126681 ATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
886 ATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
* * * *
126712 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGATATGAATGGT-T-TATTGACAAGGAAAGAGC
1 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGA-ATGGATGCTATACATTGACAAGGAAAGAGC
* * *
126775 ATTTTAAGTTTATCA-GTCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTCTCAAAGAATAATTGTCATTTTGA
65 ATTTTAAGTTTATCATG-CCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA
* * * *
126839 TAACATTTTATCAGCAATATTATGATATGTAATTGA-TTATTAATTCTATAAATCG-T-TAT-AA
128 TAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA-TAATCCTATAAAT-GATATATAAA
* * *
126900 ATAAAAAATAAATCAGCAGCC-TTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAT
191 AT-AAAAA-AAATAAGAAACCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAT
* * * * * * *
126964 TGAGAAACATGAAGTGAATGATATCCATTGACAAAGAAAAAGCATTTTTAGTTTATCATTCGTTC
254 TGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC
* * * * *
127029 GAAAGCTTGAAATGATTTATCAA-AGAATACTTATTATTTTGAAAACATTTTATCAGCAATATTA
319 GAAAGCTTGAAATAATTTATCAATA-AATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
* * *
127093 TGATATATAATTTA-TTATTATTCCTATAAATCATTATCAATAAAAAATAACTCAAAAATAAATC
383 TGATATATAATTCATTTA-TAATCCTATAAATGA-T-T--AT-----A-AA-TCAAAAATAAATC
* * * * * * *
127157 GATAGCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTAACATAATTGGATGTTTG-GTTATGGATACGTGAAG
436 AAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGAATTA-GGAAACATGAAG
* * * * * * * *
127221 TGGATGCTATCATTTGACAAGGAAAGAATATTTTAAGTTCATCACG-G-TTTTGTAAACTTAAAA
500 TGGATGCTATCAATTAACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCAAGTGCCTTCGAAAACTTGAAA
* * * *
127284 TAATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCGATATTATGACATACAATTC
565 TGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTC
* * * * * *
127349 GTTTATAATCCTATAAATGA-TAAAAACTCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTACTT-TAGGTT-
630 ATTTATAATCCTATAAATGATTATAAA-TCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTT-GTTCTTGGTTA
* ** * * * * *
127411 AACTTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTCGATGCTTTTCATT-AGTAGGGAA
693 AACATATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGA-CAAGGAA
** *
127475 ATG-GCATTCTAAGTTT-TCATGCCTTCTAAAGCTT-AGAATGATTTATCAATAAATAATTATCA
756 A-GAGCATTCTAAGTTTATCATGCCAAC-AAAACTTGA-AATGATTTATCAAT-AATAATTATCA
* *
127537 TTTTGATAACATTTCATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTATGATCCTATAAATGATTAT
817 TTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTAT-A--C-ATAAATGA-TA-
* * *
127602 CAATCAAAAATAAATTGAAAGCCTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
875 -AAT-GAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
* *** * * **
127646 T-TACATAATTGGATGGTTGCATTGGGAAATAAGATATGGGTGC-AGTACATTAACAATAAAAGA
1 TAT-CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGA-ATGGATGCTA-TACATTGACAAGGAAAGA
127709 GCATTTTAAGTTTATGC-TGCCTTCAAATGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTT
63 GCATTTTAAGTTTAT-CATGCCTTCAAA-GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTT
* * * * *
127773 GATAACATATTATCATCAATTTTATGCTATATAATTCATTTATAATCCTATTAATGA-ATATAAG
126 GATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATATATAAA
* * * * ** * * * * *
127837 TTGAGAATAAAT-TGAAGGCTTTATAGTTCTTAGTTAAAGCTTATCATAATTAGATGTTTGTATT
191 AT-AAAAAAAATAAGAAACCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT
* * * * * *
127901 GGGAAACATGAAGTGAATACTATCCATTAACAAGGAAAGAGCATTTTACGTTTATCATTCCTTCG
255 GAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
* * * *
127966 AAAGCTTGAAATGATTTATCAAAAAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATG
320 AAAGCTTGAAATAATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * *
128031 ATATATAATTTA-TTATTAATCTTATAAATCATTATAAAT-AAGAAATAAATTAAAAATAAATTG
385 ATATATAATTCATTTA-TAATCCTATAAATGATTATAAATCAA-AAATAAA-T---CA-AAA--G
** * * **
128094 ACAAGTTCATTATTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGGA-TATGGAAACATGAAAC
441 -C---TTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGAATTA-GGAAACATGAAGT
* * * * * * *
128158 AGATGCTATCATTTAACAAGGAAAGGACATTTTAAGTTCAT--TGTGCCTTTGAAACCTTAAAAT
501 GGATGCTATCAATTAACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCAAGTGCCTTCGAAAACTTGAAAT
* * *
128221 AATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATTATCAATATTATGATATACAATTCA
566 GATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA
** * * * *
128286 TTTATAATCCTATAAATGAGAACAAATCG-AAA-AAATCAAAAGCTTTGTTGCTCTAGGTTAAAC
631 TTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAC
* * * *
128349 ATATCATAATTAGATGTTCGCATTGGAAA-ATGTAAAGTGGATGCTATCCGTTGACAAGGAAAGG
696 ATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAATATG--AAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGA
* ** * *
128413 GCATTCTAAGTTTGTCATGCCTTCTAAACTTGAAAAGATTTATCAATGAATAATTATCATT
759 GCATTCTAAGTTTATCATGCCAACAAAACTTGAAATGATTTATCAAT-AATAATTATCATT
128474 CTGAGTAAAT
Statistics
Matches: 3687, Mismatches: 663, Indels: 355
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
914 6 0.00
915 26 0.01
916 76 0.02
917 142 0.04
918 147 0.04
919 42 0.01
920 193 0.05
921 282 0.08
922 19 0.01
923 188 0.05
924 14 0.00
925 349 0.09
926 221 0.06
927 338 0.09
928 78 0.02
929 43 0.01
930 524 0.14
931 187 0.05
932 9 0.00
933 22 0.01
934 168 0.05
935 104 0.03
936 494 0.13
937 15 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (916 bp):
TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAATGGATGCTATACATTGACAAGGAAAGAGCA
TTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAA
CATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATATATAAAATAAA
AAAAATAAGAAACCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA
CATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCT
TGAAATAATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATAT
AATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGG
TTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGAATTAGGAAACATGAAGTGGATGCTATCAATTAACAAG
GAAAGAACATTTTAAGTTCATCAAGTGCCTTCGAAAACTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTA
TCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGAT
TATAAATCGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAACATATCATAATTGGATGTTTG
CATTGGAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTCTAAGTTTATCATGCCA
ACAAAACTTGAAATGATTTATCAATAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTAT
GATATATAATTCATTATACATAAATGATAAATGAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT
AAAACC
Found at i:128020 original size:936 final size:920
Alignment explanation
Indices: 123016--128473 Score: 4554
Period size: 936 Copynumber: 5.9 Consensus size: 920
123006 GGTTCTAGCA
* * * * * * * *
123016 TATCATAATTGGATGCTTGGATTAGGAAACGTGA-AGTGCATCCTAT-CAATTGACAAGGAAAGA
1 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGATA-TGGATGCTATAC-ATTAACAAGAAAAGA
* * * ** * * * *
123079 ACATTTTAAATTCATTGTACCTTCAAAAACTTGAAATGATTTATGAATAAATAATTATCATTTTG
64 GCATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTG
* * * *
123144 ATAACTTTTTATCATCAATATTATGAAATAAAATTCATTTATAATCCTATAAATG-ATAAAGAAT
128 ATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTATAATCCTATAAATGAATATA-AAT
** * ** * * * *
123208 CGACAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTAGGTTAAA-CCCATCATAATTGGATGTTTCCA-TG-
191 TAAAAATAAATTGAAAGCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA
* * * * * *
123270 GCAAACGTCAAGTGAATGCTATCTATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATAT-CTTTG
256 G-AAACATGAAGTGAATACTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCAT-TCCTTCG
* *** *
123334 AAAGCTTGAAATAATTTATCATTGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
319 AAAGCTTGAAATGATTTATCAAAAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATG
* * * * *
123399 -TCATATAATTCATTTACAAGCCTACAAATGATTAT-AAT--TCAAAAATAAATCCAAAG-TTGT
384 AT-ATATAATTCATTTATAATCCTATAAATCATTATAAATAATCAAAAATAAATCGAAAGCTT-T
* * * * * * **
123459 AATTTGTTCTTGGTTAAACCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGGAAACATGAAATGGATTT
447 --GTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG-GTTATGGAAACGTGAAGTGGATGC
* * * * ** *** * *
123523 TATCCA-TTGACAAGGAAAGAGCATTTTTAGTTTATCATGCCTACAAAAGTTTGAATTGATTTAT
509 TAT-CATTTGACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCACGGTTTTGAAA-CTTGAAATGATTTAT
* * * * *
123587 -ATATGAATAATTATTATTTGGTTAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATCTATA
572 CA-ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTCATTTATA
* * **** * *
123651 ATCCTATAAAAGATTATAAATC-AAAATAAATTTCCAGCTTTGTTG-TTCTTGGTTCAAA-CCTA
636 ATCCTATAAATGA-TAAAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGCTT-TAGGTT-AAAGCATA
* * * * * * * * *
123713 TCATAATTAGACGTTGGGATTGGGAAATGTGAAGTGGATGATATCAATGGACAAGGAAAGAACAT
698 TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCAT
* * * *
123778 TTTAAGTTGATCATGCCTTTGAAACCATT-AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATA
763 TCTAAGTTTATCATGCC-TTCAAAGC-TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATA
* * * * * *
123842 AAATTTTATCATTAATATTATGAAATAAAATTCATTTATAATCTTATAAATGATAACAAATCAAA
826 ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTAT-A-CCTA-AAATGAT-A-TAATCAAA
* * ** *
123907 AATAAACCAAAAGCTTTGTTGCCCTAGGTT-AAACC
885 AATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
* * * ** * * * * *
123942 TATCATAATTGGATGTTTTCAGTAGGAAATGTGA-GTGGATGGTATCCATTGACAAGGAAAGAGC
1 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGATATGGATGCTATACATTAACAAGAAAAGAGC
* * **
124006 ATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATTATTTATCATTGAATAATTATCATTTCAAT
66 ATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGAT
* * * ** *
124071 AACATTTTATCATCAAAATTATG-TCATATAATTCATTTATAACCCTATAAATGATTATAGTTTG
130 AACATTTTATCATCAATATTATGAT-ATATAATTCA-TTATAATCCTATAAATGAATATAAATTA
** * * * * *
124135 AAAATAAATCAAAAACTTTGTTCTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTTCATTCGA-
193 AAAATAAATTGAAAGCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GAG
** * * * * * * * **
124199 AAATGTGAAGTGGATGCT-GCCTGTTGCCAAAGG-AAGAGCATTTTAATTTTATCAGGCCTT-GA
257 AAACATGAAGTGAATACTATCC-ATTGAC-AAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATTCCTTCG-
* * * * * * ***
124261 AAAGCTTGAAATAATTTATCAATAAATAATTATTATTTTGTTAACATTTTATCAACAACATTCCA
319 AAAGCTTGAAATGATTTATCAAAAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATG
* **
124326 ATATATAATTCATTTATAAACCTATAAAAGATTATAAAT-A--AAAAATAAATC-AACAGCTTTG
384 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATCATTATAAATAATCAAAAATAAATCGAA-AGCTTTG
* *
124387 TTGTTCTAGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGAATTA-GGAAACGTGAAGTGCG-TGCTA
448 TTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG-GTTATGGAAACGTGAAGTG-GATGCTA
* * * * * * *
124450 TCAATTAATAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCACCA-AGTGCTCGAAAACTTGAAATGATTTATCA
511 TCATTTGACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCACGGT-TTTG-AAACTTGAAATGATTTATCA
* * * * * **
124514 ATAAATAATTATCATTTTGATAACACTTTATCGTCAATATTATGATACATAATTTTTTTATAATC
574 ATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTCATTTATAATC
** * * * * * *
124579 CTATAACCGATCATAAATCGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTTTTGGCTAAAGCATATCATA
639 CTATAAATGAT-AAAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGCTTTAGGTTAAAGCATATCATA
* * * * *
124644 ATTGGATGTTTGCATTGGGAATCATAAAGTGGATGCTATCTATTGACAAGGAAAGAGAATTCTAA
703 ATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTCTAA
* ** ** * *
124709 ATTTATCATGCCAACAACAAATTGAAATGATTTATTAAT-AATTAATTATCATTTTGATAGCATT
768 GTTTATCATGCCTTCAA-AGCTTGAAATGATTTATCAATGAA-TAATTATCATTTTGATAACATT
* * * * **
124773 TTATTATCAACATTATGATATATAATTCATT-TA-C-AATATGATA-AAT-GATTATAAATCGAA
831 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTATACCTAAAATGATATAATCAAAAATAAATCGAA
* *
124833 AGCTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCC
896 AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
* * * * * *
124858 TATCATAATTGGACGTTTTCTTTGGGAAACGTGA-AGTGGATGCTATATATTAACAAGGAAAGAG
1 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGATA-TGGATGCTATACATTAACAAGAAAAGAG
* * * * * *
124922 AACTTCAAGTTTATCATGGCTACTAAAACTTGACAA-GATTTATCAATGAATAATTATCATTTTG
65 CATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGA-AATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTG
* * *
124986 ATAATAGTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAGTTATGATCCTATAAATGATAATAAATC
128 ATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTATAATCCTATAAATG--AAT--AT-
* * * * * *
125051 AAAAAATAAAACAAAAATAAATTGAAACCTTTTTTTTTTCTTGGGTAAAGCCTATCCTAATTGGA
187 ---AAAT----TAAAAATAAATTGAAAGC-TTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGA
* * ** * * * * *
125116 TGTTGGCAATGAGAAATTTGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAACATTTTAAATTTAT
244 TGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGAATACTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTAT
* * * * *** ** *
125181 TATGCCTACAAAAGCTTGAAGCAATTTATCACCAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAT
309 CATTCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAAAAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAG
* * * *
125246 TAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT--A-AATCAAAAATAAATCA
374 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATCATTATAAATAATCAAAAATAAATCG
* * ** * * ** **
125308 AAAGCTTTGTCGTGCTTGACTAAAGCCTATCATACTTGCATGTTT-GAAATTGGAAATATGAAGT
439 AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGGTTA-TGGAAACGTGAAGT
** * * * * * * *
125372 ATATGCTCTCCA-TTGACAAGGATAGAGCATTTTAAGTTTATC-C--TTCATCGGACAGCATGAA
503 GGATGCTAT-CATTTGACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCACGGTT--T-TGA-AACTTGAA
* * **
125433 ATGATTTATCATTGAATAATTATTATTTTGATTGCATTTTATCATCAA-A--ATGATAT-CTAAT
563 ATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATAC-AAT
* * ** * *
125494 TTATTTATAATCCTCTAAATGATTATAAAA-GGAAAATCAATCGAAAGCTTTGTTG-TTCATGGT
627 TCATTTATAATCCTATAAATGA-TA-AAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGCTTTA-GGT
* * **
125557 TAAAG-GTGATCATAATTGGATGTTTGC-TTCTGGAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
689 TAAAGCAT-ATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * * *
125620 GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGTCTTAAAAAGCTTGGAATGATTTATCAATGTATAATTAT
752 GGAAAGAGCATTCTAAGTTTATCATGCCTT-CAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
* * * **
125685 CATTTTGATCACATTTTATCATCAATTTTATGACCTGT-TAAATT-ATTATAAGTAAAA--A-AT
816 CATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGA--TATAT-AATTCATTATACCTAAAATGATAT
* * * * *
125745 CAATCAAAAATAAACCAAAAGCTTTGTTGTTTTTGGATAAAGCC
878 -AATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
* ** * ** * ** * * *
125789 TATTATAAAAGAATGTTTGCATTTAGAAACATGAAACAGATGCTATCCATTGACATGGAAAA-AG
1 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGATATGGATGCTATACATTAACA-AGAAAAGAG
* * * *
125853 CATTTTAAGTTTATCTTGCCTTTGAAAGCTTGAAATAATTTTTCAATGAATAATTATCATTTTGA
65 CATTTTAAGTTTATCATGCC-TTCAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA
* * *
125918 TAACATTTTTTCATCAATATTATGATATATAATTCAATTACAATCCTATAAATGATTATAAATTA
129 TAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTC-ATTATAATCCTATAAATGAATATAAATTA
* ** * ** *
125983 AAAAGAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCATT-GTTAAAGTTTATCATAATTGAATGTTTAG-ATTGA
193 AAAATAAATTGAAAGCTTTATTGTTC-TTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTT-GCATTGA
* ** * * *
126046 GAAACATGAAGTGGATGTTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTAAAGTTTATC-TTGCCTTCTA
256 GAAACATGAAGTGAATACTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATT-CCTTCGA
** * * ** * *
126110 AAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCACTTTGGTAACATTTTATCATTAGTATGATGA
320 AAGCTTGAAATGATTTATCAAAAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATG-
* *
126175 TATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAAT--T-AAAAATAAATTGAAAGCTTTG
384 -ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATCATTATAAATAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTG
* * * * *
126237 TTGTTCTAGGTTAAAGCCTATCATTACTGGATGTTTGCATTA-GGAAACGTAAAGTTGG-TGCTA
448 TTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTG-GTTATGGAAACGTGAAG-TGGATGCTA
* * * * * *
126300 TC-TTCAGACAAGGAATGAAC-TCTCTAAGTTTATCATGGCTTTGAAAGCTTGAAATGATTTATC
511 TCATT-TGACAAGGAAAGAACAT-TTTAAGTTCATCACGGTTTTGAAA-CTTGAAATGATTTATC
* * *
126363 AATGAATAATTATCATTTTAATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATGAT
573 AATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTCATTTATAAT
* * ** * * * * *
126428 CCCATAAATGATTATGAGGT-AAAAATAAATTGAAAGCCTTGTTGTTTTTGGTTAAAGCCCT-TC
638 CCTATAAATGA-TA-AAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGCTTTAGGTTAAAG-CATATC
* ** * ** * * * *
126491 AAAATTGGATGTTTGCATTGTAAAACGAGAAGTAAACGCAATACATTGACAAGGAAAGAGCATTT
700 ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTC
* ** *
126556 TAAG--T-T-A--CCTTCAATTGCCCGAAATGATTTATCAA-GAATAATTATCATATTGATAACA
765 TAAGTTTATCATGCCTTCAA-AGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACA
* * * ** *
126614 TATTATCAACAATATTATGCTATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAGTTGAGAAT
829 TTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTAT-A-CCTA-AAATGA-TATAA-TCAAAAAT
*
126679 AAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
888 AAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
* * * * * * *
126712 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACGTGATATGAATGGT-T-TATTGACAAGGAAAGAGC
1 TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGATATGGATGCTATACATTAACAAGAAAAGAGC
* * *
126775 ATTTTAAGTTTATCA-GTCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTCTCAAAGAATAATTGTCATTTTGA
66 ATTTTAAGTTTATCATG-CCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA
* * * * * *
126839 TAACATTTTATCAGCAATATTATGATATGTAATTGATTATTAATTCTATAAATCG-TTATAAATA
129 TAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTA-TAATCCTATAAAT-GAATATAAATT
* * *
126903 AAAAATAAA-TCAGCAGCCTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA
192 AAAAATAAATTGA-AAGCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA
* * *
126967 GAAACATGAAGTGAATGA-TATCCATTGACAAAGAAAAAGCATTTTTAGTTTATCATTCGTTCGA
256 GAAACATGAAGTGAAT-ACTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATTCCTTCGA
* * * *
127031 AAGCTTGAAATGATTTATCAAAGAATACTTATTATTTTGAAAACATTTTATCAGCAATATTATGA
320 AAGCTTGAAATGATTTATCAAAAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATGA
* * *
127096 TATATAATTTA-TTATTATTCCTATAAATCATTATCAATAAAAAATAACTCAAAAATAAATCGAT
385 TATATAATTCATTTA-TAATCCTATAAATCA-T-T--AT---AAATAA-TCAAAAATAAATCGAA
* * *
127160 AGCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTAACATAATTGGATGTTTGGTTATGGATACGTGAAGTGGA
441 AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGGTTATGGAAACGTGAAGTGGA
* * *
127225 TGCTATCATTTGACAAGGAAAGAATATTTTAAGTTCATCACGGTTTTGTAAACTTAAAATAATTT
506 TGCTATCATTTGACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCACGGTTTTG-AAACTTGAAATGATTT
* * *
127290 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCGATATTATGACATACAATTCGTTTAT
570 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTCATTTAT
* * *
127355 AATCCTATAAATGATAAAAACTCAAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTACTTTAGGTT-AA-CTTAT
635 AATCCTATAAATGATAAAAA-TCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGCTTTAGGTTAAAGCATAT
* * * * *
127418 CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTCGATGCTTTTCATT-AGTAGGGAAATG-GCA
699 CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGA-CAAGGAAA-GAGCA
*
127481 TTCTAAGTTT-TCATGCCTTCTAAAGCTT-AGAATGATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGAT
762 TTCTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGA-AATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGAT
* *
127544 AACATTTCATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTATGATCCTATAAATGATTATCAATCAA
825 AACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTAT-A-CCTA-AAATGA-TAT-AATCAA
* *
127609 AAATAAATTGAAAGCCTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
884 AAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACC
* * * * *
127646 T-TACATAATTGGATGGTTGCATTGGGAAATAAGATATGGGTGC-AGTACATTAACAATAAAAGA
1 TAT-CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGATATGGATGCTA-TACATTAACAAGAAAAGA
127709 GCATTTTAAGTTTATGC-TGCCTTCAAATGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTT
64 GCATTTTAAGTTTAT-CATGCCTTCAAA-GCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTT
* * * * *
127773 GATAACATATTATCATCAATTTTATGCTATATAATTCATTTATAATCCTATTAATGAATATAAGT
127 GATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCA-TTATAATCCTATAAATGAATATAAAT
* * * * * * * * *
127838 TGAGAATAAATTGAAGGCTTTATAGTTCTTAGTTAAAGCTTATCATAATTAGATGTTTGTATTGG
191 TAAAAATAAATTGAAAGCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA
* * *
127903 GAAACATGAAGTGAATACTATCCATTAACAAGGAAAGAGCATTTTACGTTTATCATTCCTTCGAA
256 GAAACATGAAGTGAATACTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATTCCTTCGAA
*
127968 AGCTTGAAATGATTTATCAAAAAATAATTATAATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATGAT
321 AGCTTGAAATGATTTATCAAAAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATGAT
* * * *
128033 ATATAATTTA-TTATTAATCTTATAAATCATTATAAATAAGAAATAAATTAAAAATAAATTGACA
386 ATATAATTCATTTA-TAATCCTATAAATCA-T-T--AT---AAAT-AATCAAAAATAAATCGA-A
** * * * ***
128097 AG-TTCATTATTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGGATATGGAAACATGAAACAGA
441 AGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGGTTATGGAAACGTGAAGTGGA
* * *** ** * *
128161 TGCTATCATTTAACAAGGAAAGGACATTTTAAGTTCATTGTGCCTTTGAAACCTTAAAATAATTT
506 TGCTATCATTTGACAAGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCACGGTTTTGAAA-CTTGAAATGATTT
*
128226 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATTATCAATATTATGATATACAATTCATTTAT
570 ATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTCATTTAT
* * * *
128291 AATCCTATAAATGAGAACAAATC-GAAA-AAATCAAAAGCTTTGTTGCTCTAGGTTAAA-CATAT
635 AATCCTATAAATGATAA-AAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGCTTTAGGTTAAAGCATAT
* * * * * * *
128353 CATAATTAGATGTTCGCATTGGAAAATGTAAAGTGGATGCTATCCGTTGACAAGGAAAGGGCATT
699 CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATT
* *
128418 CTAAGTTTGTCATGCCTTCTAAA-CTTGAAAAGATTTATCAATGAATAATTATCATT
764 CTAAGTTTATCATGCCTTC-AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATT
128474 CTGAGTAAAT
Statistics
Matches: 3683, Mismatches: 664, Indels: 361
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
914 6 0.00
915 26 0.01
916 78 0.02
917 142 0.04
918 146 0.04
919 56 0.02
920 184 0.05
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923 190 0.05
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932 8 0.00
933 21 0.01
934 167 0.05
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936 535 0.15
937 14 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (920 bp):
TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGATATGGATGCTATACATTAACAAGAAAAGAGC
ATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATA
ACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTATAATCCTATAAATGAATATAAATTAAAA
ATAAATTGAAAGCTTTATTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAAC
ATGAAGTGAATACTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCATTCCTTCGAAAGCTT
GAAATGATTTATCAAAAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCAGCAATATTATGATATATA
ATTCATTTATAATCCTATAAATCATTATAAATAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTT
GGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGGTTATGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCATTTGACA
AGGAAAGAACATTTTAAGTTCATCACGGTTTTGAAACTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTAT
CATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATACAATTCATTTATAATCCTATAAATGATA
AAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGCTTTAGGTTAAAGCATATCATAATTGGATGTTTGC
ATTGGGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTCTAAGTTTATCATGCCT
TCAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTA
TGATATATAATTCATTATACCTAAAATGATATAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTT
GGTTAAAACC
Found at i:128871 original size:231 final size:232
Alignment explanation
Indices: 128500--130422 Score: 1925
Period size: 231 Copynumber: 8.3 Consensus size: 232
128490 AAATCAAAAA
* * * * * *
128500 CTTTGTTGTTCTTAGTTGAAGTGTATCATAATTGAATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAATGGATG
1 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATG
* * * * *
128565 CTATCCATTGACAA-GAAAGGGCGTTATAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTAAAATAATTTAT
66 CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTAT
* * *
128629 CAATAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTAT-ATTCAATATTATGATATACAAGTCATTTATA
131 CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCA-TCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
128693 ATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAG
195 ATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAG
* * * * *
128731 CTTTGTT-TTCTTGGTTAAAGTCTATCATGATTGGCTATTTACATTGGGAAACAGGAAATGGATG
1 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATG
* ** * * *
128795 CTATGCATTGACGTGGAAAGAGCATTTCAAGTTTATCATGCCTTTAAAAACTTGAAATGATTTAT
66 CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTAT
* * * * * * *
128860 CAATGAATAATTATCAGTATGATAACATTTTTTCATCAATCTTTTGACATATAGTTCATTTATAA
131 CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
* ** *
128925 TCCTATGAATGATTAT-AATTGAAAATAAATAGAAAG
196 TCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAG
* * * *
128961 CTTTGTTGTTCTTGGTTAACGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTTGGAAACATGCAATGGATG
1 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATG
* * **
129026 CAATCCATTTACAAGGGAAA-AGCATTTTAAGTTTATCAT-CCTTTCGGAA-CGTTGAAATGATT
66 CTATCCATTGACAA-GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC-TTCAAAAGC-TTGAAATGATT
* * * * *
129088 TATGAATGAATAATTATAATTTTGGTAACATTTTATCATCAATACTATGACATATAATTCATTTA
128 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* *
129153 TAATCCTATAAATGATTATAACTCAAAAATAAATGGAAAG
193 TAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAG
* ** * * * * * * * **
129193 CTTT-TTTTCTCTTCATTGAAGGCAAACATAATTGAATGTTTTCATTGGGAAATATGAAGCGGAT
1 CTTTGTTGT-TCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGAT
* * * * *
129257 GCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCAATTTAAGTTTCTCATACATTCAAAAGCTTGAAATGATTTA
65 GCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTA
* * *
129322 TCAATGTATAATTATCATTTTGATGACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAGTTATA
130 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
* * * ** **
129387 ATTCTATAGATGATTATTAATGGAAAATAAATCAAAAG
195 ATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAG
* * * * * *
129425 CTTTGTTGTTTTTAGTT-GA-TGTATGCATAATTGGATGTTTGCATTGCGAAACATGATATGGAT
1 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTAT-CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGAT
* * **
129488 GCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGACTTTGAAAGCTTGAAATGATTTA
65 GCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTA
* * * * *
129553 TCAATTAATTATTATCTTTTTTATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCTTTTATA
130 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
* **
129618 ATCCTATAAATTATTATAAAT-AAAAATAAATCAAAAG
195 ATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAG
* * *
129655 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCAATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATG
1 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATG
* * * *
129720 CTATGCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCTTTCAAAAGATTGAAAATGATTTA
66 CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTG-AAATGATTTA
** * *** * * * *
129785 TTGATGAATAATTATCATTATGATAACATTGGGTCCTCAAGATTGTAATATATAATTCATTTATA
130 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
* *
129850 ATCCTATAAATTATTATAAATTGAAAATAAATCAAGACTAAATCGAAAG
195 ATCCTATAAATGATTATAAA-T--CAA-AAAT-AA-A-T---T-GAAAG
* * * * *** ** *
129899 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAG-CTTGTCATAATTAGATGGTTGTATTTCAAAATGTGAAGTGGAT
1 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTC-TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGAT
* * *
129963 GCTATGCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATATA
65 GCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTA
* * * * * *
130028 TCACTGAACAATTATCAGTTTGATAACATTTTATTATCAATATTTTGATATATAACTCATTTATA
130 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATA
* * *
130093 ATCTTTTAAATGGTTATAAATCGAAAAGAAATCGAAAATAAATTGAAAG
195 ATCCTATAAATGATTATAAATC--------A---AAAATAAATTGAAAG
* * * * * *
130142 CTTTGTTGTTTTTGGTTAAAGGCTATCATAATTGGATTTTTGCATTGAGAAATATGAAGTGGATG
1 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATG
* ** * * * * * *
130207 CTATCTATTGACAAAAAAATAGCATTTTAAGTTTGTCTTGCCTTCGAAAGCTTCAAATGGTTTAT
66 CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTAT
* * *
130272 CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTTTCATCAATATTA-CACTATAAAATTCA-TTATA
131 CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGA-TATATAATTCATTTATA
*
130335 ATCATATAAAT-A--AT---TC-----TAAATTGAAAG
195 ATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAG
** * * * * *
130362 CTTCATTGTTCTTGGTTGAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCTTTGAGAAACGTGAAATG
1 CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATG
130423 AGTGTTATCC
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 259, Indels: 95
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
220 62 0.04
230 115 0.08
231 532 0.38
232 293 0.21
233 6 0.00
236 4 0.00
237 4 0.00
238 2 0.00
239 3 0.00
240 1 0.00
242 16 0.01
243 234 0.17
244 109 0.08
247 1 0.00
248 2 0.00
249 2 0.00
250 4 0.00
251 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (232 bp):
CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGTCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATG
CTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTAT
CAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAA
TCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAG
Found at i:129402 original size:463 final size:461
Alignment explanation
Indices: 128488--130419 Score: 1914
Period size: 463 Copynumber: 4.2 Consensus size: 461
128478 GTAAATGATT
* ** *
128488 ATAAATCAA-AAA-CTTTGTTGTTCTTAGTTGAAGTGTATCATAATTGAATGTTTGCA-TTGGAA
1 ATAAAT-AAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTTGG-A
* * * * *
128550 AACGTGAAATGGATGCTATCCATTGACAA-GAAAGGGCGTTATAAGTTTATCATGCCTTCAAAAG
63 AACATG-AATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCCTTCAAAAG
* * *
128614 CTTAAAATAATTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATTTTAT-ATTCAATATTATGATA
127 CTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCA-TCAATATTATGATA
* *
128678 TACAAGTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTG-TTTTCT
191 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTTTTCT
* * * ** * * * *
128742 TGGTTAAAGTCTATCATGATTGGCTATTTACATTGGGAAACAGGAAATGGATGCTATGCATTGAC
256 TGGTTAAAGGCAATCATAATTGAATGTTTTCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGAC
** * * *
128807 GTGGAAAGAGC-ATTTCAAGTTTATCATGCCTTTAAAAACTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT
321 AAGAAAAGAGCAATTT-AAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT
* * * * *
128871 TATCAGTATGATAACATTTTTTCATCAATCTTTTGACATATAGTTCATTTATAATCCTATGAATG
385 TATCATTATGATAACATTTTTTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATG-ATG
128936 ATTATAATTGAAA
449 ATTATAATTGAAA
128949 ATAAAT-AGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAACGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTTGGAAA
1 ATAAATAAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAA-GCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTTGGAAA
* * * **
129013 CATGCAATGGATGCAATCCATTTACAAGGGAAA-AGCATTTTAAGTTTATCAT-CCTTTCGGAA-
65 CATG-AATGGATGCTATCCATTGACAA-GGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCC-TTCAAAAG
* * * * *
129075 CGTTGAAATGATTTATGAATGAATAATTATAATTTTGGTAACATTTTATCATCAATACTATGACA
127 C-TTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATA
* *
129140 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAACTCAAAAATAAATGGAAAGCTTT-TTTTCTC
191 TATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTTT-TC
** * * * **
129204 TTCATTGAAGGCAAACATAATTGAATGTTTTCATTGGGAAATATGAAGCGGATGCTATCCATTGA
255 TTGGTTAAAGGCAATCATAATTGAATGTTTTCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGA
* * * *
129269 CAAGAAAAGAGCAATTTAAGTTTCTCATACATTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGTATAAT
320 CAAGAAAAGAGCAATTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAAT
* * * * *
129334 TATCATTTTGATGACATTTTATCATCAATATTATGATATATAATTCAGTTATAATTCTATAGATG
385 TATCATTATGATAACATTTTTTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT-GATG
*
129399 ATTATTAATGGAAA
449 ATTA-TAATTGAAA
* * * *
129413 ATAAATCA-AAAGCTTTGTTGTTTTTAGTTGATG--TATGCATAATTGGATGTTTGCA-TTGCGA
1 ATAAATAAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAGCCTAT-CATAATTGGATGTTTGCATTTG-GA
* **
129474 AACATGATATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGACTTTGAAAG
63 AACATGA-ATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCCTTCAAAAG
* * * *
129539 CTTGAAATGATTTATCAATTAATTATTATCTTTTTTATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
127 CTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATAT
* * ** *
129604 ATAATTCTTTTATAATCCTATAAATTATTATAAAT-AAAAATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTT
192 ATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTTTTCTT
* * *
129668 GGTTAAAGCCAATCATAATT-AGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATGCATTGAC
257 GGTTAAAGGCAATCATAATTGA-ATGTTTTCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGAC
* * * * * **
129732 AAGGAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCTTTCAAAAGATTGAAAATGATTTATTGATGAATAAT
321 AAGAAAAGAGCAATTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTG-AAATGATTTATCAATGAATAAT
*** * * * * * *
129797 TATCATTATGATAACATTGGGTCCTCAAGATTGTAATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATT
385 TATCATTATGATAACATTTTTTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTAT-GATG
129862 ATTATAAATTGAAAATAA
449 ATTAT-AATTG---A-AA
* * * * *
129880 ATCAAGACTAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCTTGTCATAATTAGATGGTTGTATT
1 AT-AA-A-T-AA--GAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATT
** ** *
129945 TCAAAATGTGAAGTGGATGCTATGCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCCTTCA
59 TGGAAACATGAA-TGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCCTTCA
* * * * * *
130010 AAAGCTTGAAATGATATATCACTGAACAATTATCAGTTTGATAACATTTTATTATCAATATTTTG
123 AAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATG
* * * *
130075 ATATATAACTCATTTATAATCTTTTAAATGGTTATAAATCGAAAAGAAATCGAAAATAAATTGAA
188 ATATATAATTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATC--------A---AAAATAAATTGAA
* * * * *
130140 AGCTTTGTTGTTT-TTGGTTAAAGGCTATCATAATTGGAT-TTTTGCATTGAGAAATATGAAGTG
242 AGCTTTGTT-TTTCTTGGTTAAAGGCAATCATAATTGAATGTTTT-CATTGGGAAACATGAAATG
* * * * * * * * *
130203 GATGCTATCTATTGACAAAAAAATAGCATTTTAAGTTTGTCTTGCCTTCGAAAGCTTCAAATGGT
305 GATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCAATTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGAT
* * *
130268 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTTTCATCAATATTA-CACTATAAAATTCA-T
370 TTATCAATGAATAATTATCATTATGATAACATTTTTTCATCAATATTATGA-TATATAATTCATT
*
130331 TATAAT-C-AT-AT-A-AATAATT----
434 TATAATCCTATGATGATTATAATTGAAA
* * **
130350 CTAAAT-TGAAAGCTTCATTGTTCTTGGTTGAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGC-TTTGAGAA
1 ATAAATAAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCATTTG-GAA
*
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ATGAATGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCCTTCAAAAGCTTG
AAATGATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTATCATCAATATTATGATATATAA
TTCATTTATAATCCTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTTTTCTTGGTT
AAAGGCAATCATAATTGAATGTTTTCATTGGGAAACATGAAATGGATGCTATCCATTGACAAGAA
AAGAGCAATTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGATTTATCAATGAATAATTATCAT
TATGATAACATTTTTTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCCTATGATGATTATAA
TTGAAA
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133248 ATGCCTAGGT
* *
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* * * *
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*
133324 CCTTACAATGCCTTTTAATAGGAGCAAG
1 CCTCACAATGCCTTTTAATAGGAGCAAG
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CCTCACAATGCCTTTTAATAGGAGCAAGAACAAC
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* * * *
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* * *
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* *
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ACAATGCCTTTTAATAGGAGCAAGCACAACCCTT
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*
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66 AC
* * *
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134383 AC
66 AC
* *
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66 AC
* *
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ATGTTGAATGCTATAATGCTAAGTATGTGACGTAGTTCCCACATACCTATGTTATGAGAATGGGC
AC
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134241 AAAGCTAACA
* * * *
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134316 AC
66 AC
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134383 AC
66 AC
* * * **
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1 ATGTTGAATGCTATGATGCTAAGTATGTGACGTAGTTCCCACATACCCATGATATGAGAATGGGC
134450 AC
66 AC
* * * *** *
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1 ATGTTGAATGCTATGATGCTAAGTATGTGACGTAGTTCCCACATACCCATGATATGAGAATGGGC
134514 -C
66 AC
* ** * **
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134561 GCTTATCATG
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AC
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134241 AAAGCTAACA
134251 ATGTTGAATGCTATAATGCTAAGTATGTGACGTAGTTCCCACATACCTATGTTATGAGAATGAGC
1 ATGTTGAATGCTATAATGCTAAGTATGTGACGTAGTTCCCACATACCTATGTTATGAGAATGAGC
* * *
134316 ACATGTTGAATGCTATGATGCTAAGTATGTGACGTAGTTCCCACATACCCATGATATGAGAATGG
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131 GCAC
* * *
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1 ATGTTGAATGCTATAATGCTAAGTATGTGACGTAGTTCCCACATACCTATGTTATGAGAATGAGC
* ***
134450 ACATGTTAAATGCTATGATGCTAAGTATGTGATGCAGTTTTTACATACCCATGATATAAGAATG
66 ACATGTTAAATGCTATGATGCTAAGTATGTGACGCAGTTCCCACATACCCATGATATAAGAATG
134514 CATGTAAATT
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GCAC
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*
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*
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*
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**
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1 TAATTTTTTAAATTAATAA
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TAATTTTTTAAATTAATAA
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1 AATTTTTTAAAATATAATAA
154065 ATAAAAAAAA
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AATTTTTTAAAATATAATAAT
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159074 TTTCATTGAA
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1 AATC
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AATCAATACATAATT
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*
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*
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*
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CCCTACATGGGTCTTGGTGGGCTGGCA
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*
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* *
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182713 TTCCCCACCC
* *
182723 ATTTCCCTTCAAAATTTTCCCTCCAAAGG
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182780 ACCATTTGGG
Statistics
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182821 GGAGGGAAAT
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1 CCCT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (26 bp):
CCCTACATGGGTCTTGGTGGGCTGGC
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182902 GGTCGTGGGC
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1 TGTGGCCCGTGACA
182926 TGTGGCCCGTGACA
1 TGTGGCCCGTGACA
182940 T
1 T
182941 ACACACCTTG
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TGTGGCCCGTGACA
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192702 ACATAACAAG
*
192712 TTAATTAAAAAATTAAT-T
1 TTAATTAAAAAATAAATAT
192730 TTAA-TAAAAAATAAATAT
1 TTAATTAAAAAATAAATAT
192748 TTAA
1 TTAA
192752 ATTTATATTC
Statistics
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TTAATTAAAAAATAAATAT
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192793 TTAATTTTTA
192803 AATAAAAATAATAAT
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*
192818 AATAAAAATAATTAT
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192833 AAT
1 AAT
192836 TCAAAATTGA
Statistics
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AATAAAAATAATAAT
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192640 ATCAAAACAC
* * * * * *
192650 ATAAAAATAAAATAATTAAATTTAAAATCTTAACATAAATAAGTAAAAGTTAACATAACAAG---
1 ATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAATATGTGAAAGTTAACATAACAAGCAA
* *
192712 TTAATTAAAAAATTAATTTTAATAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTCAACT-AAATTGT
66 TTAAGTAAAAAATTAATTTTAATAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTC-TCAACTAAAAGTGT
*
192776 TTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAATAATAAAAATAATTATAATTCAAA
130 TTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAATAATAAAAATAATTATAATTAAAA
* * * *
192841 ATTGATATAAAAAAATTTTGACATAAAACTGCAACAATTGACGTAAAAACTT
195 ATTGACATAAAAAAATCTTGACATAAAACTACAACAATTGACATAAAAACTT
*
192893 ATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAATGTGTGAAAGTTAACATAACAAGTCA
1 ATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAATATGTGAAAGTTAACATAACAAG-CA
* * *
192958 ATTAAGTAAAAAACTCTAATTTTAATAAAAAATAAATATTTATATTTATATTCTCGGATTAAAAG
65 ATTAAGTAAAAAA-T-TAATTTTAATAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTC-AACTAAAAG
* * * *
193023 TATTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAAATAATAA-AGATAAAAATAATTATAGT
127 TGTTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAAT-AAAAATAATAATA-ATAAAAATAATTATA-A
** * * ** *
193087 TTAAAAATTGACATAAAAATGTCTTGACGTTAAACTATGAGAATTGACATAAAAACTT
189 TTAAAAATTGACATAAAAAAATCTTGACATAAAACTACAACAATTGACATAAAAACTT
* * *
193145 ATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACATGTGAAAGTTAACATAACAAGCCA
1 ATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAATATGTGAAAGTTAACATAACAAG-CA
* * *
193210 ATTAAGTAAAAAAAATTTAACTTTAGTAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAAACTAAAA
65 ATTAAGT--AAAAAA-TTAATTTTAATAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTC-TCAACTAAAA
193275 GTGTTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAA
126 GTGTTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAA
193307 GTTTTGACGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAATATGTGAAAGTTAACATAACAAGCAA
TTAAGTAAAAAATTAATTTTAATAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCAACTAAAAGTGTT
TAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAATAATAAAAATAATTATAATTAAAAA
TTGACATAAAAAAATCTTGACATAAAACTACAACAATTGACATAAAAACTT
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Period size: 200 Copynumber: 1.8 Consensus size: 195
193128 AATTGACATA
* *
193138 AAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACATGTGAAAGTTAACATAA
1 AAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTCAAATCTTAACGTAAACATGTGAAAGTTAACATAA
*
193203 CAAGCCAATTAAGTAAAAAAAATTTAACTTTAGTAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTT-A
66 CAAGCCAATTAAGTAAAAAAAATCTAA-TTTAGT---AAA-AAATATTTAAATTTATATT-TTCA
* *
193267 AACTAAAAGTGTTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAGTTTTGACGTAAAACTGTAACAATT
125 AACTAAAAGTGGTTAACGATATACAAAATTTAATTTTTAAGTTTTGACGTAAAACTGTAACAATT
193332 GGCGTG
190 GGCGTG
* * *
193338 AAAACTTAT-AAAGATTAAATAATTAAATTTCAAATCTTAACGTAAATATGT-AAGAGTTAACAT
1 AAAACTTATAAAAG-TGAAATAACTAAATTTCAAATCTTAACGTAAACATGTGAA-AGTTAACAT
* * * ***
193401 AATAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTAGTGAAAAATATTTAAATTTATATTTTCGGGCT
64 AACAAGCCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTAGTAAAAAATATTTAAATTTATATTTTCAAACT
* * *
193466 AATAGTGGTTAACGGTATATAAAATTTAATTTTTAA
129 AAAAGTGGTTAACGATATACAAAATTTAATTTTTAA
193502 ATAAAGAATA
Statistics
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0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
194 2 0.01
195 52 0.36
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200 76 0.53
ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.10, T:0.35
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AAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTCAAATCTTAACGTAAACATGTGAAAGTTAACATAA
CAAGCCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTAGTAAAAAATATTTAAATTTATATTTTCAAACTAA
AAGTGGTTAACGATATACAAAATTTAATTTTTAAGTTTTGACGTAAAACTGTAACAATTGGCGTG
Found at i:193634 original size:438 final size:445
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Period size: 438 Copynumber: 1.9 Consensus size: 445
192846 TATAAAAAAA
*
192856 TTTTGACATAAAACTGCAACAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAAT
1 TTTTGACATAAAACTGCAACAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTCAAAT
* *
192921 CTTAACATAAATGTGTGAAAGTTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAACTCTAATTTTAATAA
66 CTTAACATAAATATGTGAAAGTTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAATCTAATTTTAAT--
* * * *
192986 AAAATAAATATTTATATTTATATTCTCGGATTAAAAGTATTTAACAATATATAAATTTTAATTTT
129 AAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTAAAAGTAGTTAACAATATATAAAATTTAATTTT
* * * *
193051 TAAATAAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAAATTGACATAAAAATGTCTTGACG
194 TAAAT--AAAAGAAT--A-ATAAAAATAATTATAGATTAAAAATTGACATAAAAATGCCTTGAAG
* * * *
193116 TTAAACTATGAGAATTGACATAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGT
254 TAAAACTATAAAAATTGACATAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGT
* *
193181 AAACATGTGAAAGTTAACATAACAAGCCAATTAAGTAAAAAAAATTTAACTTTAGTAAAAAATAA
319 AAACATGTGAAAGTTAACATAACAAACCAATTAAGTAAAAAAAATTTAACTTTAATAAAAAATAA
193246 ATATTTAAATTTATATTCTTAAACTAAAAGTGTTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAG
384 ATATTTAAATTTATATTCTTAAACTAAAAGTGTTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAG
* * * * * *
193308 TTTTGACGTAAAACTGTAACAATTGGCGTGAAAACTTAT-AAAGATTAAATAATTAAATTTCAAA
1 TTTTGACATAAAACTGCAACAATTGACGTAAAAACTTATAAAAG-TGAAATAACTAAATTTCAAA
* * *
193372 TCTTAACGTAAATATGT-AAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAA-TTTAG
65 TCTTAACATAAATATGTGAA-AGTTAACATAACAAGTCAATTAAGT-AAAAAAATCTAATTTTAA
* * * * * **
193435 T-GAA-AAATATTTAAATTTATATTTTCGGGCTAATAGTGGTTAACGGTATATAAAATTTAATTT
128 TAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTAAAAGTAGTTAACAATATATAAAATTTAATTT
* * *
193498 TTAAAT-AAAGAAT-A-AAAAA-AATTATA-ATTGAATATTGACATAGATAA-GCCTTGAAGTAA
193 TTAAATAAAAGAATAATAAAAATAATTATAGATTAAAAATTGACATA-AAAATGCCTTGAAGTAA
** * *
193557 AACTATAAAAATTGATGTAAAAACTTATAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATTTTAACGTAAA
257 AACTATAAAAATTGACATAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAA
* * * * ** * * * *
193622 TATTTGAAAGTTAACGTAATAAATTAATTAAGTTAAAAAATTTTAATTTTAATGAAAAATAAATA
322 CATGTGAAAGTTAACATAACAAACCAATTAAGTAAAAAAAATTTAACTTTAATAAAAAATAAATA
193687 TTT
387 TTT
193690 GTGTTCATAT
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 50, Indels: 22
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
438 136 0.41
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TTTTGACATAAAACTGCAACAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTCAAAT
CTTAACATAAATATGTGAAAGTTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAATCTAATTTTAATAA
AATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTAAAAGTAGTTAACAATATATAAAATTTAATTTTTA
AATAAAAGAATAATAAAAATAATTATAGATTAAAAATTGACATAAAAATGCCTTGAAGTAAAACT
ATAAAAATTGACATAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACATG
TGAAAGTTAACATAACAAACCAATTAAGTAAAAAAAATTTAACTTTAATAAAAAATAAATATTTA
AATTTATATTCTTAAACTAAAAGTGTTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAG
Found at i:194108 original size:250 final size:247
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Period size: 250 Copynumber: 12.4 Consensus size: 247
193294 TTTTAATTTT
* * * * ** *
193304 TAAGTTTTGACGTAAAACTGTAACAATTGGCGTGAAAACTTAT-AAAGATTAAATAATTAAATTT
1 TAAG-TTTGACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAG-TGGAATAACTAAATTT
* * * *
193368 CAAATCTTAACGTAAATATGTAAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAA-TT
64 TAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGT-AAAAAAATTTAATTT
* * * * *
193432 TAGTG--AAA-AATATTTAAATTTATATT-TTCGGGCTAATAGT-GGTTAACGGTATATAAAA-T
128 TAATGAAAAATAATATTTATATTTATATTATT-GGGCTAAAAGTATG-TAAC--AATATAAAATT
* * * * *
193491 TTAATTTTTAAAT--AAAGAAT----A-AAAAA-AATTATAATTGAATATTGACATAGA
189 TTAATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGATATAGA
* * * * * *
193542 TAAGCCTTGAAGTAAAACTATAAAAATTGATGTAAAAACTTATAAAGGTGAAATAACTAAATTTT
1 TAAG-TTTGACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTT
* * * * * * * *
193607 AAATTTTAACGTAAATATTTGAAAGTTAACGTAATAAATTAATTAAGTTAAAAAATTTTAATTTT
65 AAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAG-TAAAAAAATTTAATTTT
* * * ** ** *
193672 AATGAAAAATAAATATTTGTGTTCATATTATCAGGCTGAAAA-TATGTAATGATATTCAAATTTT
129 AATGAAAAAT-AATATTTATATTTATATTATTGGGCT-AAAAGTATGTAACAATA-TAAAATTTT
* * * * *
193736 TATTTTTAAATAAAAAATAAT-AAGAATAAAAATAATTATTGCTCAAAATTGACATA-A
191 AATTTTTAAAT-AAAAATAATAAAG-ATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGATATAGA
* * * ** *
193793 AAAGGTCTTGACATAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAACGGTGGATTAACTAAATTT
1 TAA-GT-TTGACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTT
* *
193858 TAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTTAATTAAATAAAAAAATTTAATTTT
64 TAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTT
*
193923 AATGAAAAATAAGCATTTATATTTATATTATTGGGCTAAAAGTATGTAACAATATAATAATTTTA
129 AATGAAAAATAA-TATTTATATTTATATTATTGGGCTAAAAGTATGTAACAATATAA-AATTTTA
*
193988 ATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATGGTTTAAAATTGATATAGA
192 ATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGATATAGA
* ** *
194044 TAAGTTTCGACGTAAAACTATAAGAATTAACGTAAAAACTTATAAACTTGGAATAACAAAATTTT
1 TAAGTTT-GACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTT
* * * * * *
194109 AAATCTTAACGTAAACAT-TAT-AAAGGTGAA-ATAACTAAATTTTAAATCTTAATGT--AAATA
65 AAATCTTAACGT-AA-ATGTGTGAGA-GTTAACATAA-T-AA--GTCAA--TTAA-GTAAAAAAA
** * * * * ** * *** * *
194169 TTTGAAAGTTAACGTAATAAAT--TAATTA-AGTTAAAAAATT---TTAATTTTA-ATAA-AAAA
120 TTT-AATTTTAATG-AA-AAATAATATTTATATTTATATTATTGGGCTAAAAGTATGTAACAATA
* * * * * ** *
194226 TAAATATTTGT-GTTCATATTATCACGCTAAAAATATGTAATGATATTCAAATTTTTAT-TTTTA
182 TAAA-ATTT-TAATT--T-TTA--A--ATAAAAATA-ATAAAGATA--AAAATAATTATAGTTT-
***
194289 AATAAAAAATAATAAGAA
234 AA-AATTGAT-AT-AG-A
* * * * * *
194307 TAAAAATAATT-ATCGCTCAAAATTGACATAAAAAAGTCTTGACAT-AAAACTGTA-AGAATTGA
1 T--AAGT--TTGA-CG-T-AAAACT---AT-AAGAA---TTGACGTAAAAACT-TATAAAAGTG-
* * * ** *
194369 CGTAAAAACTTATAACGGTGGATT-AA-CTAAATTTTAAATCT-TAACGTAAATGTGTAAAAGTT
50 -G-AATAAC-TA-AA---T--TTTAAATCTTAA-CGTAAATGTGT---G---A---G----AGTT
* * * *
194431 AACATAATAAGTTAATTAAATAAAAAAGTTTAATTTTAATGAAAAATAAGCATTTATATTTATAT
92 AACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTAATGAAAAATAA-TATTTATATTTATAT
194496 TATTGGGCTAAAAGTATGTAACAATATAATAA-TTTAATTTTT-AATAAAAATAATAAAGATAAA
156 TATTGGGCTAAAAGTATGTAACAATATAA-AATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAA
* *
194559 AATAATTATGGTTTAAAATTGATATAAA
220 AATAATTATAGTTTAAAATTGATATAGA
* ** *
194587 TAAGTTTCGACGTAAAACTATAAGAATTAACGTAAAAACTTATAAACTTGGAATAACAAAATTTT
1 TAAGTTT-GACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTT
* ** * * * * *
194652 AAATCTTAACTTAAACATGTGAGAGTTAACGTAACAAATCAATTAAGCAAAAAACTTTAATTTTA
65 AAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTA
* * * * *
194717 GTGAAAAATAAATATTTAAATTTATGTT-TTCAGACATAAAA-T-T-TAACAATATATAAATTTT
130 ATGAAAAAT-AATATTTATATTTATATTATT-GGGC-TAAAAGTATGTAACAATATA-AAATTTT
* *
194778 AA-TTTTAAATAAAAATAATAAAGATTAAAATAA-TAT-GTTTAAAATAGATATAGA
191 AATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGATATAGA
* * * * * * *
194832 TAAGTCTTAACATAAAATTACAAGAATTAAAGTAAAAACTTATAAAAGTAGAATAACTAAATTTT
1 TAAGT-TTGACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTT
* * * * ** * * * * *
194897 AATTCTTAACGTAAACGTATGAAAGTTAATGTAACAAATCAGTTAAGTAAAAAAATCTAATTTTG
65 AAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTA
* * * * * **
194962 GTGAAAAAAAAATATTTATATTTATATT-TTCGGACTAAAAGTGTTTAATGATATACAAATTTTA
130 ATG-AAAAATAATATTTATATTTATATTATT-GGGCTAAAAGTATGTAACAATATA-AAATTTTA
* * *
195026 CTTTTTAAATAAAAAATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGA
192 ATTTTTAAAT-AAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGATATAGA
* * * * * * * * *
195083 AAAGCTGGACGTAAAATTATAAAAATTGACATAAAAATTTAT-AAAGATGAAATAATTAAATTTT
1 TAAGTTTGACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAG-TGGAATAACTAAATTTT
** * *
195147 AAATCTTAAAATAAATATGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATCTAATTTTA
65 AAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTA
* * * ** *
195212 TTG-AAAA-AA-ATTTAAATTTATATTCTTGGAATAAAAATAT-TAACAATATACAAATTTTAAT
130 ATGAAAAATAATATTTATATTTATATTATTGGGCTAAAAGTATGTAACAATATA-AAATTTTAAT
* *
195273 TTTTAAATAAAAATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGA
194 TTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGATATAGA
* * * * *
195327 TAAGTCTTGATGTAAAATTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAATGTGAAATAACTAAATTTT
1 TAAGT-TTGACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTT
** ** * * *
195392 AAATCTTAATATAAATGTGTGAGAGTTAATGTAATAAGTTAATTAAGTAAAAAAGTCTAATTTTA
65 AAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTA
* * *
195457 AT-AGAAAATAAGTATTTATATTTATATTATCGAGCTAAAAGTGTGTAA-AGATATACAAATTTT
130 ATGA-AAAATAA-TATTTATATTTATATTATTGGGCTAAAAGTATGTAACA-ATATA-AAATTTT
*
195520 AATTTTTAAATAAAAATAAT-AAGAATAAAAATAATTATAGTATAAAATTGATATAGA
191 AATTTTTAAATAAAAATAATAAAG-ATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGATATAGA
* * * * * * * * **
195577 TAAGTCTTAACGTAAAATTGTAAAAAATGATGTAAAATCTTGTAAAAGTAAAATAA-TAAATTTT
1 TAAGT-TTGACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTT
* * * * *
195641 AAATCTTAATGT-AACGTGTAAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTA
65 AAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTA
* * * * *** * *
195705 GTGAAAAATAATATTTAAATATATATT-CTCAACTAAAAG--TGTATA-TATGTATAAATTTT-A
130 ATGAAAAATAATATTTATATTTATATTATTGGGCTAAAAGTATGTA-ACAATATA-AAATTTTAA
* * *
195765 TTTTTAAAATAAAAATAA-AATA-ATAAAAATAATTATA-ATTCAAATTGGACATAGA
193 TTTTT-AAATAAAAATAATAA-AGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATT-GATATAGA
* * * *
195820 TAA-----A--T----CT-T--G-A-T---GTAAAAATTTATAAAGGTGTAATAATTAAATTTTA
1 TAAGTTTGACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTA
* * * *
195866 AATCTTAATGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAACAAGTCGATTGAGT-AAAAAATTCT-ATTTTA
66 AATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATT-TAATTTTA
* * * * * * * * * * * *
195929 GTGACAAATAA-ATATTAAATATATATTCTTTAGCCTAAATGTGTTTAACGATATATAATTTTTA
130 ATGAAAAATAATAT-TTATATTTATATT-ATTGGGCTAAAAGTATGTAACAATATA-AAATTTTA
* * * * *
195993 A-TTTTAAATAAACAATAATAATA-ATAATAACAATTATAGCTCAAAATTG-TCATAAA
192 ATTTTTAAATAAA-AATAATAA-AGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGAT-ATAGA
* * * * * *
196049 TAAATCTTGACGTAAAATTGTAACAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTGGAATAATTAAATTTT
1 TAAGT-TTGACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTT
* * * * *
196114 AAATCTTAACGTAAATGTATTAGAGTTAACATAATAAGTTAATTAAGTAAAAAAGTCTAATTTTA
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* * * * *
196179 ATGAAAAATAAGCATTTATATTTATATTATTGGGCTAAAAGTATGTAGCGATATTCAAATTTTTA
130 ATGAAAAATAA-TATTTATATTTATATTATTGGGCTAAAAGTATGTAACAATA-TAAAATTTTAA
*
196244 -TTTTAAATAAAAA-AATAAAGATAAAAATAATTATAG-TTAAAAGTT-ACTATTGA
193 TTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAA-TTGA-TATAGA
* * * * ** * ** *
196297 -ACAGGTTTGACGTAAATA-TGTAAAAATTAACATAAAATTTTATAAAAGTGGAACAAAAAAAGT
1 TA-A-GTTTGACGTAAA-ACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATT
* *
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196400 GATAATAATA
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TTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGATATAGA
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* *
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* * *
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1 TTAACGTAAAAACTTATAAACGTGAAATAACAAAATTTTAAATC
*
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1 TTAACGTAAA
194167 TATTTGAAAG
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TTAACGTAAAAACTTATAAACGTGAAATAACAAAATTTTAAATC
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194104 ATTTTAAATC
* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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** * * **
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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192 AAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAGTCTTGACGTAAAATTATAAGAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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64 TTAACGTAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTAATGA-AAAATAAATATTTATATTTA
* *
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128 TATTTTCAGA-CTAAAAGTAT-TAACA-ATATACAAATTTTAA-TTTTAAATAAAAATAATAAAG
* * * * *
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189 -ATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAGTCTTGACGTAAAATTATAAGAA
* * * * * * * *
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1 TTAACGTAAAAACTTATAAAAGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAAT-TAAATGTGTGAGAGT
* * * *
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* * * * * *
195730 TTCTCA-ACTAAAAGT-GTATA-TATGTATAAATTTTATTTTTAAAATAAAAATAA-AATA-ATA
130 TTTTCAGACTAAAAGTATTA-ACAATATACAAATTTTAATTTT-AAATAAAAATAATAA-AGATA
* * * *
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** *
195839 TT-A--T--AAA--GGT----GT--AATAATTAAATTTTAAATCTTAATGTAAATGTGTGAGAGT
1 TTAACGTAAAAACTTATAAAAGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAAT-TAAATGTGTGAGAGT
* * * * * * * *
195891 TAACATAACAAGTCGATTGAGT-AAAAAATTCT-ATTTTAGTGACAAATAAATA-TTAAATATAT
65 TAACGTAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATT-TAATTTTAATGAAAAATAAATATTTATATTTAT
* * * * * * *
195953 ATTCTTTAGCCTAAATGTGTTTAACGATATATAATTTTTAATTTTAAATAAACAATAATAATA-A
129 ATT-TTCAGACTAAAAGT-ATTAACAATATACAAATTTTAATTTTAAATAAA-AATAATAA-AGA
* * * * * * * * *
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190 TAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAGTCTTGACGTAAAATTATAAGAA
* * * * * * *
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1 TTAACGTAAAAACTTATAAAAGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAA-TTAAATGTGTGAGAGT
* * * * **
196140 TAACATAATAAGTTAATTAAGTAAAAAAGTCTAATTTTAATGAAAAATAAGCATTTATATTTATA
65 TAACGTAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTATATTTATA
* * * * * *
196205 TTATT-GGGCTAAAAGTATGTAGCGATATTCAAATTTTTATTTTAAATAAAAA-AATAAAGATAA
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*
196268 AAATAATTATAG-TTAAAAGTT-ACTATTGA-ACAGGT-TTGACGTAAATATGTA-AA-AA
193 AAATAATTATAGTTTAAAA-TTGAC-ATAGATA-A-GTCTTGACGTAAA-AT-TATAAGAA
* ** * * ** * *
196323 TTAACATAAAATTTTATAAAAGTGGAACAAAAAAAGTTAAAATCTTAA-TATAATGTGTGAGAGT
1 TTAACGTAAAAACTTATAAAAGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAATTA-AATGTGTGAGAGT
* *
196387 TAACATAACAAGT
65 TAACGTAATAAGT
196400 GATAATAATA
Statistics
Matches: 1682, Mismatches: 261, Indels: 188
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
223 5 0.00
224 55 0.03
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227 8 0.00
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TTTCAGACTAAAAGTATTAACAATATACAAATTTTAATTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAA
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*
195095 AAAATTATAAAAATTGACATA
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*
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1 A
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Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATTATAAAAATTGAAATA
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*
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*
195215 AAAAAAATTTAAATTTAT
1 AAAAAAATCTAAATTTAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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194107 TTAAATCTTA
* * * * *
194117 ACGTAAACA-TTATAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAATGTAAATATTTGAAAGTTAA
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* * * * * *** *
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** * ** * *
194246 ATCACG-CTAAAAATATGTAATGATATTCAAATTTTTATTTTTAAATAAAAAATAAT-AAGAATA
129 AT-TGGAATAAAAATAT-TAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAAT-AAAAATAATAAAG-ATA
* * * * * *
194309 AAAATAATTATCGCTCAAAATTGACATAAAAAAGTCTTGACATAAAACTGTAAGAATTGACGTAA
190 AAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAGTCTTGACATAAAATTGTAAGAATTGACGTAA
* * * * *
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255 AAACTTATAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAAAGTTAACATAAC
* * * ** *
194439 AAGTTAATTAAATAAAAAAGTTTAATTTTAATGAAAAATAAGCATTTATATTTATATTATT-GGG
320 AAGTCAATTAAGTAAAAAAGTCTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTATATTTATATTATTCGGA
* *
194503 CTAAAAGTATGTAACAATATA-ATAA-TTTAATTTTT-AATAAAAATAATAA-AGATAAAAATAA
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* * * * *
194564 TTATGGTTTAAAATTGATATA-AATAAGT-TTCGACGTAAAACTATAAGAATTA
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** * * * *
194616 ACGTAAAAACTTATAAACTTGGAATAACAAAATTTTAAATCTTAACTTAAACATGTGAGAGTTAA
1 ACGTAAAAACTTATAAAGATGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAA
* * * * *
194681 CGTAACAAATCAATTAAGCAAAAAACTTTAATTTTAGTGAAAAATAAATATTTAAATTTATGTT-
66 CGTAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTAGTGAAAAAT-AATATTTAAATTTATATTA
* * *
194745 TTCAGACAT-AAAAT-TTAACAATATATAAATTTTAA-TTTTAAATAAAAATAATAAAGATTAAA
130 TT-GGA-ATAAAAATATTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAA
* * * ** * *
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193 ATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAGTCTTGACATAAAATTGTAAGAATTGACGTAAAAA
* * * * **
194870 CTTATAAAAGT-AGAATAACTAAATTTTAATTCTTAACGTAAACGTATGAAAGTTAATGTAACAA
258 CTTATAAAGGTGA-AATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAAAGTTAACATAACAA
* * * ** *
194934 ATCAGTTAAGTAAAAAAATCTAATTTTGGTGAAAAAAAAATATTTATATTTATATT-TTCGGACT
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* * * *
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387 AAAAGTGTGTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAAT-AAAAATAATAAGAATAAAAATAATTA
*
195063 TAGTTTAAAATTGACATAGAAAAG-CTGGACGTAAAATTATAAAAATTG
451 TAGTTTAAAATTGACATAGAAAAGTCTTGACGTAAAATTATAAAAATTG
* * * **
195111 ACATAAAAATTTATAAAGATGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAAAATAAATATGTGAGAGTTAA
1 ACGTAAAAACTTATAAAGATGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAA
* * * *
195176 CATAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATCTAATTTTATTG-AAAA-AA-ATTTAAATTTATATTCT
66 CGTAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTAGTGAAAAATAATATTTAAATTTATATTAT
*
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**
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196 ATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAGTCTTGACATAAAATTGTAAGAATTGACGTAAAAACTT
* ** * ** * *
195368 ATAAATGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAATATAAATGTGTGAGAGTTAATGTAATAAGTTA
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*
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326 ATTAAGTAAAAAAGTCTAATTTTAATGA-AAAATAAATATTTATATTTATATTATTCGGA-CTAA
*
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389 AAGTGTGTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAAATAATTATAG
* * * * * *
195560 TATAAAATTGATATAGATAAGTCTTAACGTAAAATTGTAAAAAATG
454 TTTAAAATTGACATAGAAAAGTCTTGACGTAAAATTATAAAAATTG
* * * * * ** *
195606 ATGTAAAATCTTGTAAA-AGTAAAATAA-TAAATTTTAAATCTTAATGT-AACGTGTAAGAGTTA
1 ACGTAAAAACTTATAAAGA-TGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTA
* *
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195732 CT-CAACTAAAAGT-GTATA-TATGTATAAATTTT-ATTTTTAAAATAAAAATAA-AATA-ATAA
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* * *
195791 AAATAATTATA-ATTCAAATTGGACATAGATAAATCTTG-------A-TGTAA-AA---A--T--
191 AAATAATTATAGTTTAAAATT-GACATAGATAAGTCTTGACATAAAATTGTAAGAATTGACGTAA
* * * *
195839 ----TTATAAAGGTGTAATAATTAAATTTTAAATCTTAATGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAAC
255 AAACTTATAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAAAGTTAACATAAC
* * * * * * * * ** *
195900 AAGTCGATTGAGTAAAAAATTCT-ATTTTAGTGACAAATAAATA-TTAAATATATATTCTTTAGC
320 AAGTCAATTAAGTAAAAAAGTCTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTATATTTATATTATTCGGA
* * * * * * *
195963 CTAAATGTGTTTAACGATATATAATTTTTAA-TTTTAAATAAACAATAATAATAATAATAACAAT
385 CTAAAAGTGTGTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAA-AATAATAAGAATAAAAATAAT
* * * * * *
196027 TATAGCTCAAAATTGTCATA-AATAAATCTTGACGTAAAATTGTAACAATTG
449 TATAGTTTAAAATTGACATAGAA-AAGTCTTGACGTAAAATTATAAAAATTG
* * * * * *
196078 ACGTAAAAACTTATAAAGGTGGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTATTAGAGTTAA
1 ACGTAAAAACTTATAAAGATGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAA
* * * * * * *
196143 CATAATAAGTTAATTAAGTAAAAAAGTCTAATTTTAATGAAAAATAAGCATTTATATTTATATTA
66 CGTAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTAGTGAAAAATAA-TATTTAAATTTATATTA
** * * * * *
196208 TTGGGCTAAAAGTATGTAGCGATATTCAAATTTTTA-TTTTAAATAAAAA-AATAAAGATAAAAA
130 TTGGAATAAAAATAT-TAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAA
196271 TAATTATAG-TTAAAA
194 TAATTATAGTTTAAAA
196286 GTTACTATTG
Statistics
Matches: 1389, Mismatches: 229, Indels: 126
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
471 23 0.02
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481 1 0.00
484 2 0.00
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486 1 0.00
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500 63 0.05
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (499 bp):
ACGTAAAAACTTATAAAGATGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAGTTAA
CGTAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTAGTGAAAAATAATATTTAAATTTATATTAT
TGGAATAAAAATATTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATA
ATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAGTCTTGACATAAAATTGTAAGAATTGACGTAAAAACTT
ATAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAAAGTTAACATAACAAGTCA
ATTAAGTAAAAAAGTCTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTATATTTATATTATTCGGACTAAAA
GTGTGTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAAATAATTATAGTT
TAAAATTGACATAGAAAAGTCTTGACGTAAAATTATAAAAATTG
Found at i:195949 original size:224 final size:228
Alignment explanation
Indices: 195628--196065 Score: 565
Period size: 224 Copynumber: 1.9 Consensus size: 228
195618 GTAAAAGTAA
*
195628 AATAATAAATTTTAAATCTTAATGTAACGTGTAAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAA
1 AATAATAAATTTTAAATCTTAATGTAACGTGTAAGAGTTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAA
*
195693 AATTTAATTTTAGTGAAAAATAATATTTAAATATATATTC-TCA-ACTAAAAGTGTATATATG-T
66 AATTTAATTTTAGTGAAAAATAATATTTAAATATATATTCTTCAGACTAAAAGTGTATA-ACGAT
* * *
195755 ATA-AA-TTTTATTTTTAAAATAAA-AATAA-AATAATAAAAATAATTATAATTC-AAATTGGAC
130 ATATAATTTTTAATTTT-AAATAAACAATAATAATAATAAAAACAATTATAACTCAAAATT-GAC
* *
195815 ATAGATAAATCTTGATGTAAAAATTTATAAAGGTGT
193 ATAAATAAATCTTGACGTAAAAATTTATAAAGGTGT
* * * *
195851 AATAATTAAATTTTAAATCTTAATGTAAATGTGTGAGAGTTAACATAACAAGTCGATTGAGT-AA
1 AATAA-TAAATTTTAAATCTTAATGT-AACGTGTAAGAGTTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAA
* * * * *
195915 AAAATTCT-ATTTTAGTGACAAATAA-ATATTAAATATATATTCTTTAGCCTAAATGTGTTTAAC
64 AAAATT-TAATTTTAGTGAAAAATAATAT-TTAAATATATATTCTTCAGACTAAAAGTGTATAAC
* * *
195978 GATATATAATTTTTAATTTTAAATAAACAATAATAATAATAATAACAATTATAGCTCAAAATTGT
127 GATATATAATTTTTAATTTTAAATAAACAATAATAATAATAAAAACAATTATAACTCAAAATTGA
196043 CATAAATAAATCTTGACGTAAAA
192 CATAAATAAATCTTGACGTAAAA
196066 TTGTAACAAT
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 19, Indels: 18
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
223 7 0.04
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ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (228 bp):
AATAATAAATTTTAAATCTTAATGTAACGTGTAAGAGTTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAA
AATTTAATTTTAGTGAAAAATAATATTTAAATATATATTCTTCAGACTAAAAGTGTATAACGATA
TATAATTTTTAATTTTAAATAAACAATAATAATAATAAAAACAATTATAACTCAAAATTGACATA
AATAAATCTTGACGTAAAAATTTATAAAGGTGT
Found at i:197706 original size:244 final size:247
Alignment explanation
Indices: 197124--197758 Score: 851
Period size: 246 Copynumber: 2.6 Consensus size: 247
197114 TAATTTAAAT
* * *
197124 TATAATTATTTTTATCTTTATTATATTAATTT-AAATTAAAATTTTATATCGTTAAACACTTTCA
1 TATAATTAATTTTATCCTTATTATCTTAATTTAAAATT-AAATTTTATATCGTTAAACACTTTCA
* *
197188 GCCTGAGAATATAAATTTAAATATTTGCA--TTCATTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATGGAC
65 GCCTGAGAATATAAATTTAAATATTT-AATTTTCATTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGAC
* * * * * *
197251 TTGTTATATTAATTCTCATACATTTATATTAAGATTTAAAATTTAGTTAGCCACCTTCATAAGCT
129 TTATTACATTAACTCTCATACACTTACATTAAGATTTAAAATTTAGTTAGCCACCTTCACAAGCT
* * *
197316 TTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAAGTTTTTTCACGTCAATTTTGAAC
194 TTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGATAAAGGTTTTTCACGTCAATTTTGAAA
* * *
197370 TATAATTTATTTTATCCTTATTATC-TAATTTAAAATTAAATTTTATATTGTTAAACAGTTTCAG
1 TATAATTAATTTTATCCTTATTATCTTAATTTAAAATTAAATTTTATATCGTTAAACACTTTCAG
* *
197434 TCCT-AGACTATAAATTTAAATATTTAATTTTCACTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGACT
66 -CCTGAGAATATAAATTTAAATATTTAATTTTCATTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGACT
* ** *
197498 TATTACGTTAACTCTCATACACTTACATTAAGATTT-AAATTTAGTTATTTCACCTTTACAA-CT
130 TATTACATTAACTCTCATACACTTACATTAAGATTTAAAATTTAGTTA-GCCACCTTCACAAGCT
* * * *
197561 TTTATGTCAATTCTTATAGTTTTAC-ATCAAGGTTTTTCATGTCAATTTTGAAA
194 TTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGATAAAGGTTTTTCACGTCAATTTTGAAA
* * *
197614 TATAATTAATTTTATCCTTATTATCTTTTATTTAAAAATTAAATTTTATATCGTTATACATTTTC
1 TATAATTAATTTTATCCTTATTATC-TTAATTT-AAAATTAAATTTTATATCGTTAAACACTTTC
*
197679 AG-CTGAGAATAT-AATTT-AATATTTAATTTTGATTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGAC
64 AGCCTGAGAATATAAATTTAAATATTTAATTTTCATTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGAC
*
197741 TTCTTACATTAACTCTCA
129 TTATTACATTAACTCTCA
197759 CACGCTTAGG
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 37, Indels: 20
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
244 107 0.31
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246 112 0.33
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ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (247 bp):
TATAATTAATTTTATCCTTATTATCTTAATTTAAAATTAAATTTTATATCGTTAAACACTTTCAG
CCTGAGAATATAAATTTAAATATTTAATTTTCATTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGACTT
ATTACATTAACTCTCATACACTTACATTAAGATTTAAAATTTAGTTAGCCACCTTCACAAGCTTT
TACGTCAATTCTTACAGTTTTACGATAAAGGTTTTTCACGTCAATTTTGAAA
Found at i:200205 original size:57 final size:55
Alignment explanation
Indices: 200066--200242 Score: 275
Period size: 55 Copynumber: 3.2 Consensus size: 55
200056 GGTAAATACC
*
200066 AAGAGTTCAAAGTTGAAGTCACCTAGAGAATAGACCCACAATTGTTAAAATACAA
1 AAGAGTTCAAAGTTGAAGTCACCTAGAGGATAGACCCACAATTGTTAAAATACAA
*
200121 AAGAGTTCAAAGTTGAAGTCACCTAGAGGATAGACCAACCACCATTGTT-AAATACAA
1 AAGAGTTCAAAGTTGAAGTCACCTAGAGGATAGA-C--CCACAATTGTTAAAATACAA
* **
200178 AAGAGTTCAAAGTTGAAGTCACGTAGAGGATAGACCCATTATTGTTAAAATACAA
1 AAGAGTTCAAAGTTGAAGTCACCTAGAGGATAGACCCACAATTGTTAAAATACAA
200233 AAGAGTTCAA
1 AAGAGTTCAA
200243 TGTTAATAAC
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 5, Indels: 8
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
54 9 0.08
55 51 0.45
56 2 0.02
57 41 0.36
58 10 0.09
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.18, T:0.23
Consensus pattern (55 bp):
AAGAGTTCAAAGTTGAAGTCACCTAGAGGATAGACCCACAATTGTTAAAATACAA
Found at i:202736 original size:252 final size:245
Alignment explanation
Indices: 202040--202806 Score: 1005
Period size: 252 Copynumber: 3.1 Consensus size: 245
202030 CAAACGGCAC
* * * *
202040 CTTACGTTAAGATTTTAAATTTAATTATT-CACCTTTATAAGTTTTTACGTTAA-TCTTATATTT
1 CTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTATATTT
* *
202103 TAACGTCAAAG-TTTTTCACGTCAATTTTGAACTATAATTAGTTTTATCCTTCTTTTCTTATTTA
66 T-ACGTCAAGGCTTTTT-ACGTCAATTTTGAACTATAATTAGTTTTATCCTT-TTCT-TTATTTA
* * * * *
202167 AAAATAATATTTTTATATCATTAAACACTTTCAACCTGAAAATATAAATTTAAATATTTGCTTTT
127 AAATTAAAATTTTTATATCGTTAAACACTTTCAACTTGAGAATATAAATTTAAATATTTGCTTTT
* *
202232 GATTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGACTTGTTATGTTAAGTCTCACATG
192 CATTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGACTTGTTATGTTAACTCTCACATG
*
202286 GTTACGTTAA-ATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTATAATT
1 CTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTAT-ATT
* *
202350 TTACGTCAAGGCTTTTTTATGTCAATTTTGAACTATAATTAG--TTAT-CTTTTATTTA---AAA
65 TTACGTCAAGGC-TTTTTACGTCAATTTTGAACTATAATTAGTTTTATCCTTTTCTTTATTTAAA
* * * **
202409 ATTAAAATTTTTATATCGTTAAACACTTTCAGCTCGAGAATATAAATTTTAATATTTAATTTTCA
129 ATTAAAATTTTTATATCGTTAAACACTTTCAACTTGAGAATATAAATTTAAATATTTGCTTTTCA
* * * *
202474 TTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGACTTATTTTGTTAACTCTCATACG
194 TTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGACTTGTTATGTTAACTCTCACATG
* * *
202526 CTTACATTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTACATCAATTCTTACAGTT
1 CTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTATA-TT
* * *
202591 TTACATCACGGCTTTTGTACGTCAATTTTGAACTACAATTAGTTTTATCCTTAATATCCTTTATT
65 TTACGTCAAGGCTTTT-TACGTCAATTTTGAACTATAATTAGTTTTATCCTT--T-T-CTTTATT
*
202656 TAAAAGTTAAAATTTTTATATCGTTAAATACTTTCAACTTGAGAATATAAATTTAAATATTTGCT
125 TAAAA-TTAAAATTTTTATATCGTTAAACACTTTCAACTTGAGAATATAAATTTAAATATTTGCT
* * *
202721 TTTCATTAAATTTACATTATTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACATA
189 TTTCATTAAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGACTTGTTATGTTAACTCTCACATG
* * *
202778 TTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGATATT
1 CTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATT
202807 TCTTTTTTAT
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 50, Indels: 32
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
240 117 0.26
241 83 0.18
243 7 0.02
244 6 0.01
245 19 0.04
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247 15 0.03
248 32 0.07
249 5 0.01
251 4 0.01
252 128 0.28
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (245 bp):
CTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTATATTT
TACGTCAAGGCTTTTTACGTCAATTTTGAACTATAATTAGTTTTATCCTTTTCTTTATTTAAAAT
TAAAATTTTTATATCGTTAAACACTTTCAACTTGAGAATATAAATTTAAATATTTGCTTTTCATT
AAATTTACATTGTTTTTACTTAATTGACTTGTTATGTTAACTCTCACATG
Found at i:209012 original size:656 final size:656
Alignment explanation
Indices: 207750--209066 Score: 1951
Period size: 656 Copynumber: 2.0 Consensus size: 656
207740 ACAATGACCT
*
207750 AAAAAAGGCTTCTTTTATTTTATATCCAAGATTCAACTATTATGCATGAATGTAGGACAGATATT
1 AAAAAAGGCTTCTTTTATTTTATATCCAAGATTCAACTATTATGCATGAATGTAGGACAAATATT
* * * *
207815 TGAATGCTCGCTTGGGTTAGCATAAAGTCTACTGGATAGACATTATCGAATAGCATCGTTTGATG
66 TGAATGCTCGCTTAGGTTAGCAGAAAGTCTACTAGATAGACATTATCGAATAGCATCCTTTGATG
**
207880 AGCGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAACTAGTATTTTTTGAATTATATGAAGCCAGTAAGCAA
131 AAAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAACTAGTATTTTTTGAATTATATGAA--CAGTAAGCAA
* *
207945 ACAGCAAATCCATGGGTATTTGAACCCAAATATCCAGGAAAAAGCAAAATATTTGATGGAAGAAT
194 ACAACAAATCCATGGGTATTTGAACCCAAATATCCAGGAAAAAGCAAAATATTTGATGGAAGAAC
*
208010 GGGGGATCCTTTTGAACAACTTGTTATAGTAAGAAAGCCTTATATCTTGAAATTAATTCATCAAG
259 GGGGGATCCTTTTGAACAACTTGTTATAATAAGAAAGCCTTATATCTTGAAATTAATTCATCAAG
* * * * * * * *
208075 CTGATGATAAACTACATGGGCATTCTAGTGGGCATTATGCACTTGTTACATAATAACCAGTTAGA
324 CTGATGATAAAATACATAGGCATTCCAATGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCACTTAGA
* * ***
208140 GGAAGGTCTAAACAAAGAGGATAATGGGCAAGAGAAATGAAAGTTTGGGCTTGAAAGGGATTTGG
389 GGAAGGTCCAAACAAAGAGGACAACAAGCAAGAGAAATGAAAGTTTGGGCTTGAAAGGGATTTGG
* * * *
208205 TGTTGCTTATATTTTACAAGAAATGCTTACTTATAAATCTGATCATATTAGAGCTCTCCAAGAAG
454 TGTTGCTCATAATTTACAAGAAATGCTTACTTACAAATCTGATCATATGAGAGCTCTCCAAGAAG
*
208270 TACTTGGTACTACGATCATTAGAGGAAACCAAAAGATGCTTCAAAATCTTTTGATTGCTCGTCCG
519 TACTTGGTACTACGATCATTAGAGGAAACCAAAAGATGCTTCAAAATCTTTTGATTGCTCGTCCA
* *
208335 AGATTTATGATCTTTGGCTCTAGAATTGAATCATTTTCTAGTATCTGAGAAAAACTTCTATATTA
584 AGATTTATGATCTTTGGCTCTAGAATTGAATCATTTCCTAGTATCTGAGAAAAACTTCTAAATTA
*
208400 ATAGGAAG
649 ATAAGAAG
* *
208408 AAAAAAGGGCTTCTTTTATTTTATATCCAAGATTCGACTATTATGCATGAATGTTGGACAAATAT
1 AAAAAA-GGCTTCTTTTATTTTATATCCAAGATTCAACTATTATGCATGAATGTAGGACAAATAT
* * * * * *
208473 TTGAATGCTCGCTTAGGTTAGTAGAGAGTTTACTATATAGACATTATTGAATGGCATCCTTTGAT
65 TTGAATGCTCGCTTAGGTTAGCAGAAAGTCTACTAGATAGACATTATCGAATAGCATCCTTTGAT
208538 GAAAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAACTAGT-TTTTTTCGAATTATATGAA-AGTAAGCAA
130 GAAAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAACTAGTATTTTTT-GAATTATATGAACAGTAAGCAA
* * * * *
208601 GCAACAAATCCATGGGTATTTGAACCCAAGTATCTAGGAAAAAGTAAAGTATTTGATGGAAGAAC
194 ACAACAAATCCATGGGTATTTGAACCCAAATATCCAGGAAAAAGCAAAATATTTGATGGAAGAAC
* *
208666 GGGGGATCTTTTTGAACAACTTGTTATAATAGGAAAGCCTTATATCTTGAAATTAATTCATCAAG
259 GGGGGATCCTTTTGAACAACTTGTTATAATAAGAAAGCCTTATATCTTGAAATTAATTCATCAAG
*
208731 TTGATGATAAAATACATAGGCATTCCAATGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCACTTAGA
324 CTGATGATAAAATACATAGGCATTCCAATGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCACTTAGA
** * * * * * *
208796 GGGAA-GTCCAAGTAAGGAGGACAACAAG-TAGAAGAAATGGAGGTTTGGGCTTTAGAGGGATTT
389 -GGAAGGTCCAAACAAAGAGGACAACAAGCAAG-AGAAATGAAAGTTTGGGCTTGAAAGGGATTT
208859 GGTGTTGCTCATAATTTACAAGAAATGCTTACTTACAAATCTGATCATATGAGAGCT-TGCCAAG
452 GGTGTTGCTCATAATTTACAAGAAATGCTTACTTACAAATCTGATCATATGAGAGCTCT-CCAAG
* * * ** * * *
208923 AAGTAGTTGGTACTATGATCATTGGAGGAAACCTGAAGATGCTTTAAAGTCTTTTGATTGCTTGT
516 AAGTACTTGGTACTACGATCATTAGAGGAAACCAAAAGATGCTTCAAAATCTTTTGATTGCTCGT
* *
208988 CCAAGATTTATGATCTTTGGCTCTAGAATTGAATCATTTCCTTGTATTTGAGAAAAACTTCTAAA
581 CCAAGATTTATGATCTTTGGCTCTAGAATTGAATCATTTCCTAGTATCTGAGAAAAACTTCTAAA
209053 TTAATAAGAAG
646 TTAATAAGAAG
209064 AAA
1 AAA
209067 GCTTAATCAG
Statistics
Matches: 589, Mismatches: 65, Indels: 12
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
655 3 0.01
656 415 0.70
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658 12 0.02
659 155 0.26
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (656 bp):
AAAAAAGGCTTCTTTTATTTTATATCCAAGATTCAACTATTATGCATGAATGTAGGACAAATATT
TGAATGCTCGCTTAGGTTAGCAGAAAGTCTACTAGATAGACATTATCGAATAGCATCCTTTGATG
AAAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAACTAGTATTTTTTGAATTATATGAACAGTAAGCAAAC
AACAAATCCATGGGTATTTGAACCCAAATATCCAGGAAAAAGCAAAATATTTGATGGAAGAACGG
GGGATCCTTTTGAACAACTTGTTATAATAAGAAAGCCTTATATCTTGAAATTAATTCATCAAGCT
GATGATAAAATACATAGGCATTCCAATGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCACTTAGAGG
AAGGTCCAAACAAAGAGGACAACAAGCAAGAGAAATGAAAGTTTGGGCTTGAAAGGGATTTGGTG
TTGCTCATAATTTACAAGAAATGCTTACTTACAAATCTGATCATATGAGAGCTCTCCAAGAAGTA
CTTGGTACTACGATCATTAGAGGAAACCAAAAGATGCTTCAAAATCTTTTGATTGCTCGTCCAAG
ATTTATGATCTTTGGCTCTAGAATTGAATCATTTCCTAGTATCTGAGAAAAACTTCTAAATTAAT
AAGAAG
Found at i:216029 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 216005--216044 Score: 71
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
215995 CATATATACC
216005 TTGTCTAAATTAAGACAACTA
1 TTGTCTAAATTAAGACAACTA
*
216026 TTGTCTTAATTAAGACAAC
1 TTGTCTAAATTAAGACAAC
216045 AACTAAAGTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
TTGTCTAAATTAAGACAACTA
Found at i:216035 original size:49 final size:50
Alignment explanation
Indices: 215938--216045 Score: 132
Period size: 49 Copynumber: 2.2 Consensus size: 50
215928 CCCTTGTTTC
* * *
215938 AAAACAACACATATACTTTTGCGTAAATTAAGATAACACTTGTTTTAATT
1 AAAACAACACATATACTTGTGCGTAAATTAAGACAACACTTGTCTTAATT
*
215988 AAAACAACATATATACCTTGT-C-TAAATTAAGACAACTA-TTGTCTTAATT
1 AAAACAACACATATA-CTTGTGCGTAAATTAAGACAAC-ACTTGTCTTAATT
*
216037 AAGACAACA
1 AAAACAACA
216046 ACTAAAGTTA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 5
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
49 31 0.61
50 16 0.31
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AAAACAACACATATACTTGTGCGTAAATTAAGACAACACTTGTCTTAATT
Found at i:216360 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 216321--216387 Score: 134
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
216311 TGTCCAAATG
216321 TAAATCTTATGTTGCGAACCCTCATAACCATCTAA
1 TAAATCTTATGTTGCGAACCCTCATAACCATCTAA
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1 TAAATCTTATGTTGCGAACCCTCATAACCATC
216388 CAATGATAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 32 1.00
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Consensus pattern (35 bp):
TAAATCTTATGTTGCGAACCCTCATAACCATCTAA
Found at i:219911 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 219864--219978 Score: 140
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* * *
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* * **
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1 GGGTTATCACTTGATCCCATGAAAAAGCAGGTGTAA
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219854 AAGTTAGTGT
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AATATAA
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* * *
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TTTAAGTTATTTTGTATTAAAT
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* *
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TTTTTACTTCTTTTGTTTAC
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*
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*
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* *
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*
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66 CTAAGAAGCACTTCATTTA
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CTAAGAAGCACTTCATTTA
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1 C
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*
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* ** *
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*
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* * *
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* * ***
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* * *
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* * * **
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*
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66 TAAAGA
* *
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66 TAAAGA
* **
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66 TAAA
262654 CANNNNNNNN
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TAAAGA
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*** * * *
262422 GCCTAATTAACTTAATTGTTTAATTTAATGAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAA-CAATTTAAT
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* * *
262486 CAATTAGGCCCAGCAACTTGATTAAATAAATTTAATCAATTAG
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* * *
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** * *
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*
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262654 CANNNNNNNN
Statistics
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1 TCTTGCTGCCTCC
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1 TCTTGCTGCCTC
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
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Done.