Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401256.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4401.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3525
ACGTcount: A:0.18, C:0.07, G:0.06, T:0.20
Warning! 1714 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1310 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 897--2015 Score: 1097
Period size: 172 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
887 CTTGTCTTAG
* ** * * * *
897 GAAACGTGTAGAAAAATCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
961 AACCCTTATCACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCGTAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** *
1025 TATATGTTTTTGTTAAAATGGACTATAATTG-A----TACCTTCA
128 TATA-GTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
1065 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAATTTCA-TTAGTAGTCACCCATTCCTTCAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
1129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTAT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTT
* * **
1194 ACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
129 ATAGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * ** * * * *
1237 AAAAGGTAAAGGCAAAGGCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTAAAGTCACACATTCCTTTAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * *
1302 AACCTTATTACTCGTTTTAAA-TGCTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTAACTTGAA-TTTTTTT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTT
* *
1365 ACATTTTTCA-TTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
129 ATAGTTTT-AGTT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * **
1409 G-AACGTGTAGAGAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTATTTCAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * *
1472 AAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAGTTCAATTTTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAA-TTTTTTTT
* * * * *
1537 ATACTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAGCTTAA
129 ATAGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * *
1580 GAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCATA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * *
1645 AGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTTA
* * * * * *
1709 AAATTTCTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGA
130 TAGTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *
1752 -AAATTGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCA
1 GAAA-CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
1815 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAACTTGAA-TTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTT
1879 ATA-TTTT-GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
129 ATAGTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* ** * * * * *
1921 GAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTACTTATAATCATCCATTCCTTTAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
1986 AGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
2016 TATNNNNNNN
Statistics
Matches: 781, Mismatches: 143, Indels: 53
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 27 0.03
168 106 0.14
169 110 0.14
170 14 0.02
171 169 0.22
172 333 0.43
173 22 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTTAT
AGTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
Found at i:1547 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 623--2013 Score: 1226
Period size: 343 Copynumber: 4.1 Consensus size: 338
613 NNNNNNNATA
* * * * * * * *
623 CCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTGTAAAT-AGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTT-TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
** * * * * *
687 TTTTTTAAAAAGTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACATTGAGAAACATGAAGA-A
64 TTTTTTTTAAA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAG-AACGTGAAGAGA
* * * *
751 AATGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAATTCATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACA
126 AA-GGCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** ** * *
815 CATTTTAAATGGTTTTATGGTCTCATAATTGAATTT---TTCACA---TTTTT-TA---T--TCA
189 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTGA-ATTTTTTTTATATTTTAGTTA
* * ** * * ** *
868 AAA-AGACTATAATTGAAAG-CTTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAATCCATTCATT-AAGAAGA
252 AAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGA-AAGA
* * *
930 AAAGTCTATTTATAGTCTCACATT
315 AAAGTCCATTTAAAGTCACACATT
* * * *
954 CCTTCAAAACCCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGACTTTAGGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT-TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* ** * *
1019 TTTTTTTATATGTTTTTGTTAAAATGGACTATAATTG-A---TACCTTCAGAAACGTGAAGAAAA
65 TTTTTTTA-A-ATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCTTGAG-AACGTGAAGAGAA
* * * * *
1080 AGGCATTCATTAGTAAGAAAATTTCA-TTAGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
127 AGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
1144 CTTTAAATTGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTATACAGTTTTAGTTAAA
191 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTTATA-TTTTAGTTAAA
* * * * ** * *
1209 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAAGGTAAAGGCAAAGGCATTCATTGGCATGAAAAG
254 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAG
1274 TCCATTTAAAGTCACACATT
319 TCCATTTAAAGTCACACATT
* * * * * *
1294 CCTTTAAAAACCTTATTACTCGTTTTAAATGCTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTAACTTGAA-
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT-TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* * *
1358 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACGTGTAGAGAA
65 TTTTTTTAAATTTTT-GTT-AAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAACGTGAAGAGAA
* * * ** * *
1423 AGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTATTTCAAAAGCCATATTACTTGC
127 AGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
1488 TTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAGTTCAATTTTTTTTTATACTTTTAGTTAAAA
192 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAA
* * * * *
1553 CAGATTATAATTGAATATCTAGCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGAAAGAAAAGT
255 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGT
* * *
1618 CCATTTATAGTCACCCATA
320 CCATTTAAAGTCACACATT
* * * * * *
1637 CCTTCATAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATT-ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT-TTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* * * *
1701 TTTTTTTAAAATTTCTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAATTGTGAAGAGA
65 TTTTTTT-AAATTT-TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAA-CGTGAAGAGA
*
1766 AAGGCATTCA-TTGGCACA-AAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
126 AAGGCATTCATTTGG-A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
1829 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAACTTGAA-TTTTTTTATATTTT-GATTAA
189 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTAG-TTAA
* * *
1892 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATT-GATAAGAAA
253 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGA-AAGAAA
* *
1956 AGTCTACTTATAA-TCATC-CATT
317 AGTCCATTTA-AAGTCA-CACATT
* * * *
1978 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
2014 ATTATNNNNN
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 155, Indels: 79
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 3 0.00
327 95 0.11
328 5 0.01
329 1 0.00
330 3 0.00
331 58 0.07
332 27 0.03
333 1 0.00
337 6 0.01
338 2 0.00
339 28 0.03
340 119 0.14
341 109 0.13
342 41 0.05
343 245 0.28
344 115 0.13
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
TTTTTTAAATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCTTGAGAACGTGAAGAGAAAGGC
ATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
AAAGTCACACATT
Found at i:1776 original size:515 final size:506
Alignment explanation
Indices: 620--2015 Score: 1611
Period size: 515 Copynumber: 2.7 Consensus size: 506
610 NNNNNNNNNN
* * *
620 ATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTGTAAATAGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTAAGTTC
1 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* * * *
685 AA-TTTTTTAAAAAGTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACATTGAGAAACATGAAG
65 AATTTTTTTTAAAA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACGTGAAG
* * *
749 A-AAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
128 AGAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * ** * *
813 CACATTTTAAATGGTTTTATGGTCTC------A--TAA-TTGAA-TTTTTCACATTTTTTATTCA
192 CTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT-A
* ** * **
868 AAA-AGACTATAATTGAAAG-CTTGTCTT-AGGAAACGTGTAGAAAAATCCATTCATTAAGAAGA
256 AAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGA
* * * *
930 AAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAACCCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
319 AAAGTCTATTTATAGTCTC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * **
995 CTCGTAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATGTTTTTGTTAAAATGGACTATAATTGATAC
383 CTCATAATTGACTTTAGGTTCAATTTTTTTTATATCTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATAC
* * * *
1060 CTTCAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAATTTCATTAGTAGTCACCC
448 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTAGTAGTCACCC
* * * *
1119 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTG
1 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* * * * ** * *
1184 AATTCTTTATACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAAGGTAAAG-
65 AATTTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAACGTGAAGA
* * * * *
1248 GCAAAGGCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTAAAGTCACACATTCCTTTAAAAACCTTATTAC
129 G-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
1313 TCGTTTTAAATGCTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTA
193 TCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-A-TTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT-
*
1378 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AACGTGTAGAGAAAGCCATTCATTTGGAAGAA
255 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAA
* * * * *
1442 AAGTCCATTTATAGTCTCTCATTATTTCAAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATG
320 AAGTCTATTTATAGTCTC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
*
1507 TCATAATTGA-TTT-GAGTTCAATTTTTTTT-TATACTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
384 TCATAATTGACTTTAG-GTTCAATTTTTTTTATAT-CTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-AT
* *
1569 ATCTAGCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACC
446 A-C---CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCA-TTAGTAGTCACC
1633 C
506 C
* *
1634 ATACCTTCATAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
1 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
* * * *
1699 ATTTTTTTTAAAATTTCTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAAAATTGTGAAGA
66 ATTTTTTTTAAAATTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAA-CGTGAAGA
*
1764 GAAAGGCATTCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
129 GAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
1828 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAACTTGAATTTTTTTATA-TTTTGATTAA
193 TCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAA
* *
1892 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATG-CATTCA-TTGATAAGAA
257 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAA-GCCATTCATTTG-GAAGAA
* * * *
1955 AAGTCTACTTATAATCATCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTAT
320 AAGTCTATTTATAGTC-TCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
2016 TATNNNNNNN
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 106, Indels: 60
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
499 170 0.23
500 11 0.01
506 1 0.00
509 7 0.01
510 42 0.06
511 115 0.15
512 56 0.07
513 78 0.10
514 71 0.09
515 199 0.26
516 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
ATTTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAACGTGAAGAGA
AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCT
ATTTATAGTCTCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGACTTTAGGTTCAATTTTTTTTATATCTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATACCTTAAGAA
ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTAGTAGTCACCC
Done.