Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401260.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4405.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2012
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.10, T:0.32
Warning! 292 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:292 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1522 Score: 811
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 168
* * * *
1 TTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAACGAGCA
1 TTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA-GAAACAAGCA
* * *
66 TTCATTGACAATAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTAGCTTTAA
65 TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTAGCTTTAA
*
131 ATAGTTTTATAATCCAATAATTGATTTTAAG-TGTAATGTTT
130 ATGGTTTTATAATCC-ATAATTGATTTTAAGTTG-AAT-TTT
* **
172 TTACATTTTTTG-CTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAGGAAACAAGC
1 TTACA-TTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA-GAAACAAGC
* * * * * *
236 ATTAATTGATAAGAGAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAATATTATTACTTGCTTTA
64 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTAGCTTTA
*
301 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTT
129 AATGGTTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* * * * * * * *
343 TTACA-TTTTGATTAAAACATACTATAATTGATTGTGTATCTCGGGAAATGTGCAGAAAAAACCT
1 TTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTG-AGAAACAAGCA
* * * * * * *
407 TTCATTGAGAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATTCCTTCGACAGTCTTATAACCCA-CTTT
65 TTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTA-CTAGCTTT
* *
470 TAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
128 AAATGGTTTTATAA-TCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * ** * * * *
512 TTATATTTTTTG-TTAAAAGATACTATAATTGAAAAAATTTA--TGAGAGCAA--TTATG-AA-A
1 TTACA-TTTTTGATTAAAACATACTATAATTG--AATGTCTACCTCAG-GAAACGTGA-GAAACA
* * * * *** * * * ****
570 A-CCTATC-TTG---GGAAATGTGTAGAAAAAGGTTATCCATTGAGAACAAAAGTCCATT-TATA
61 AGCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGA-GTCACCCATT-CCTTCAAAAGT-C-TTAT-TA
* * * ** * * *
629 GCCACACATTCCTTCAAAAGCCTTGATACTCGATGTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGAAAT
120 -CTA-GC--T--TT-AAATGGTTTTATAATCCA--T--A--A--------T-T-G--ATT----T
*
694 TAGGTTGAATTTTT
156 TAAGTTGAA-TTTT
* * * ** * * * * *
708 TTACATTTTT-CTTGAAAATAGAGAAAAATTGAATGTTTAACTC-GAGAAACATGCAGTAA-AAG
1 TTACATTTTTGATT-AAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTG-AGAAACAAG
* * * * * * * *
770 CCATTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCTTTCGAAAGGCTTATTACTCA-TT
63 -CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACT-AGCT
** *
834 TTAAATAATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTT
126 TTAAATGGTTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * ** * *
879 TTACATTTTTTATTAAAACATACTATAGTTGAATATCTACCTCAACAAATGTGAAGAAACAAGAA
1 TTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTG-AGAAACAAGCA
* ** * *
944 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCATTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
65 TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTAGCTTTAA
* *
1009 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
130 ATGGTTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * *
1050 TTACATTTTTAATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACC-CTATGAAACGGGCACAAA-AAGC
1 TTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACGTG-AGAAACAAG-
* * * * *
1113 CATTCATTGATAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTATCTT
63 CATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTAGCTT
1177 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
127 TAAATGGTTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * *
1221 TTACATTTTTTATTAAATCATACTATAATTGAATGTCTACC-CTAAGAAACGTGTAGAAA-AAGC
1 TTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACGTG-AGAAACAAGC
* * * * * * * * * * *
1284 TTACTCATTCAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTT
64 --ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTAGCTT
* * * * *
1349 TAAATAGTTTTACAATCTCACAACTGATTTTAAGTTAAATTTTT
127 TAAATGGTTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * * * *
1393 TTTCATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGTCCT-ATGAAACATGTA-AAAAAA
1 TTACATTTTTGA-TTAAAACATACTATAATTGAATGTC-T-ACCTCAGGAAACGTG-AGAAACAA
* * * * * * ** *
1454 GCCATTCGTTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGGGTTATTACTCGCT
62 G-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTAGCT
1519 TTAA
126 TTAA
1523 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1055, Mismatches: 211, Indels: 170
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 8 0.01
164 7 0.01
165 5 0.00
166 7 0.01
167 10 0.01
168 3 0.00
169 14 0.01
170 147 0.14
171 563 0.53
172 153 0.15
173 7 0.01
174 8 0.01
175 4 0.00
177 2 0.00
178 1 0.00
179 1 0.00
187 2 0.00
188 1 0.00
189 2 0.00
191 4 0.00
192 10 0.01
193 3 0.00
194 6 0.01
195 22 0.02
196 21 0.02
197 2 0.00
198 6 0.01
199 6 0.01
200 7 0.01
201 5 0.00
202 7 0.01
203 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAGAAACAAGCAT
TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTAGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
Found at i:1455 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 581--1515 Score: 1107
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 339
571 CCTATCTTGG
*
581 GAAATGTGTAGAAAAAGGTTATCCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGCCACACATTCCTTCAA
1 GAAATGTGTAGAAAAA-GTTAT-CATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACA-ATTCCTTCAA
* * ** * *
646 AAGCCTTGA-TACTCGATGTAAAT-GATTTTATAATCTCGTAATTGAAATTAGGTTGAATTTTTT
63 AAGCCTT-ATTACTCGATTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * ** * * **
709 TACATTTTT-CTTGAAAATAGAGAAAAATTGAATGTTTAACTCGA-GAAACATGCAGTAAAAGCC
126 TACATTTTTAATT-AAAACAGACTATAATTGAATG-TTAAC-CTATGAAACATGCAAAAAAAGCC
* * *
772 ATTGATTGAGAAGAAAAG-TCTATTTATAGCCACCCA-TTCTTTCGAAAGGCTTATTACTCATTT
188 ATTCATTGAGAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGGCTTATTACTCATTT
835 TAAATAATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAT
251 TAAATAATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAT
*
900 ACTATAGTTGAATATCTACCTCAA
316 ACTATAATTGAATATCTACCTCAA
* * * * * *
924 CAAATGTGAAGAAACAAG-AATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCATTC-ATTCCTTCA
1 GAAATGTGTAGAAA-AAGTTA-TCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCA--CAATTCCTTCA
* *
987 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
62 AAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * ** *
1052 ACATTTTTAATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCCTATGAAACGGGCACAAAAAGCCATT
127 ACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TAACCTATGAAACATGCAAAAAAAGCCATT
*
1117 CATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACT-ATCTTTAAA
191 CATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCAT-TTTAAA
** * *
1181 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAATCATACTA
255 TAATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATACTA
*
1246 TAATTGAATGTCTACC-CTAA
320 TAATTGAATATCTACCTC-AA
* * *
1266 GAAACGTGTAGAAAAAGCTTACTCATTCAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTTCTTCAA
1 GAAATGTGTAGAAAAAG-TTA-TCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCA-CAATTCCTTCAA
* * * * *
1331 AAGCCTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTACAATCTCACAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
63 AAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* ** *
1396 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGTCCTATGAAACATGTAAAAAAAGCCATTC
128 CATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTAACCTATGAAACATGCAAAAAAAGCCATTC
* * * * * *
1461 GTTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGGGTTATTACTC
192 ATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTC
1516 GCTTTAANNN
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 69, Indels: 35
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.02
342 272 0.54
343 219 0.43
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
GAAATGTGTAGAAAAAGTTATCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACAATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTAACCTATGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTG
AGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCATTTTAAATAATTT
TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTG
AATATCTACCTCAA
Done.