Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401262.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4407.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14532
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 1316 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1081 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 528--4889 Score: 3084
Period size: 170 Copynumber: 25.6 Consensus size: 170
518 TCAATTTTAA
* **********
528 TAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGNNNNNNNNNNT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * * * *
592 TTGAAGGAATATGAGACTATAAATAGATTTTTTTTTTCAAATAAATAGATTTTTCTACATGTTTC
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTCTACATGTTT-
* ** ** * **
657 TCGAA-GTAAATATTCAATTATTGTCTGTTTGAACGAAAAATG
128 TCTAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* **********
699 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
764 TGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCGATAAAT-GCTTTTTCTTCACAT-ATCT
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTC-T-ACATGTTTT
* * * * *
827 C-AAGGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATA
129 CTAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * *
868 TAAAAAAATAAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * ** *
933 TGAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATAGGTTTTTCTACATGTTTTCT
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTCTACATGTTTTCT
* * * ** *
998 ATGGTAAGCATTTAATTATAGTCAATTTTAATGAAAAATG
131 AAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
*
1038 TAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * * * * * *
1102 TTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGATTTTTTTTTCAAATAAAT-GGATTTTTTTATACGTTTT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGG-TTTTTCTACATGTTTT
* * * *
1166 CTAAGGAAAGTATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATG
129 CTAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * *
1208 TAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
1273 TGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGAATTTTCTTCCAAATAAATAGATTTTTCTAC--GTAATTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTCTACATGT-TTTC
* * *
1336 TCAAGAT-AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATA
130 T-AAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * **
1378 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** ** * * * *
1443 TAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAAATTTAGTCACCAATTAAT-GTATTTTTCTTCATACTTT
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CCAATGAATAG-GTTTTTCTACAT-GTTT
* * * * *
1506 TC-GAGG-CAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATA
128 TCTAAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * **
1548 TAAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTGATAAAAC
1 T--AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * * *
1612 TTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTCCAAATAAATGGGTTTTTCTATATG-TT
63 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTCTACATGTTT
* * * *
1675 TCTCGAGGTAAGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG
128 TCT-AAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * **
1719 TAAAAAATTTAA-TATAAAATGAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTT
1 TAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
1783 TTGAAGTAATGGGAGACTATAAAT-GAGCTTTTTTTCCAAAT-AGAT-GGATTTTTCTACACGTT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTCCCAATGA-ATAGG-TTTTTCTACATGTT
* * * * * * *
1845 TCCTATGGTAGGCATTCGATTATAGTCAGTTTTAATGAAAAATG
127 TTCTAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * * *
1889 TAAAACATTCAACTCAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGGGAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * * * * *
1954 TGAAGAAATAAGAGACTGTAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATAGATTTTTCAACAAG-TTTCT
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTCTACATGTTTTCT
* * * * *
2018 CAATGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG
131 -AAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * * * * *
2059 TCAAAAATTCAACTTAAAATCAACTAGGAGATTGTGAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
2124 TGAAGGAATTGGTG-CATGTAAATAGATTTTTC-TCACCAATTAAT-GTATTTTTCTTCGTG-CT
66 TGAAGGAATGGGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTC-CCAATGAATAG-GTTTTTCTACATGTTT
* * * * * *
2185 TCTCGAGGT-AGATATTTAATTATAGTATGTTTTAAT-CAAAATG
128 TCT-AAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * *
2228 TAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 T-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * ** *
2292 TTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATACACTTTTCTT-CCATATAAAT-GGATTTTTCTACATG-T
64 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCA-ATGAATAGG-TTTTTCTACATGTT
* * * * *
2354 TTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATA
127 TTC-TAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * * * * *
2399 TTAAAAATTTAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGTTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * *
2464 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTGATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGATTCT
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAG-GTTTTTCTACATG-TTTT
* * **
2528 CT-AGGT-AGACATTCAATTAT-ATTTTTTTTAACCAAAAATG
129 CTAAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * *
2568 TAAAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCT
1 T-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * **
2632 TTTAAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT-TTCCAAAT-AA-ACGAGTTTTTCTACACATT
64 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATA-G-GTTTTTCTACATGTT
** * * *
2694 TTCCGAGGCAAGCATTCAATTTTAGT-TCGTTTTAA-AGAAAAATAG
127 TTCTAAGGTAAGCATTCAATTATAATCT-GTTTTAATA-AAAAAT-G
2739 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
2803 TGAAGGAATGGGTAACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCA-GATCTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAG-GTTTTTCTACATGTTTTC
* ** ** *
2866 TCAAGGT-AGACATTGAATTATAATCTACTTTAACCAAAAATA
130 T-AAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * * *
2908 TAAAACAATTCAAATCAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
1 TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*** * * * * * *
2973 CAAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTCCCTATGAATCATG-TTCTCTTCATG-TTT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT-AGGTTTTTCTACATGTTTT
* * * * * **
3036 CTCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTGAGCAAAAATG
129 CT-AAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* **
3079 TAAAAACATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * ** *
3144 TCGAAGGCATGAGTGA-TATAAGTGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTTACG-TTTC
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTCTACATGTTTTC
* * * *
3207 TTAAGG-CAGACATTCAAATATAATCTGTTGTAATAAAAAATA
130 -TAAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* *
3249 TAAAAACATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*** * * * * *
3314 CCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAGTGAAT-GGCTTTTTCTTCATG-TTT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGG-TTTTTCTACATGTTTT
* * * ** * *
3377 CTCAAGGT-AGACATTGAATTTTAATATGTTTTAACCATAAATA
129 CT-AAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * * *
3420 TAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * ** * *
3485 GGAA-GATATGGGTGACTATAAATGAACTTCTCTCCCCAATGAATGACTTTTTTGTCACAT-TTC
66 TGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT-AGGTTTTTCT-ACATGTTT
* ** * * * *
3548 T-TGAGACAAACATGT-AATTATAATATATTTTAATAAAAAAAG
128 TCTAAGGTAAGCAT-TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * *
3590 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAAT-GGGAC-
1 TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CT
* * * * * * **
3653 TTTCAAAG-ACGTGGTGACTATAAATGGACTTTTACTTGCTAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACAT
64 TTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTCCCAATGAATAGG-TTTTTCTACATGT
* * * * * * * * * * *
3716 TTCCTTAGGCAAACACTAAATTAGAATTTGTTTTGATTAAAAATA
126 TTTCTAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* *
3761 TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
3826 TGGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGGCTTTCCTTGCCAATGAATTA--TATTTC-ATCATG-TT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAA-TAGGTTTTTCTA-CATGTTT
* * * * * *
3887 TCTTGAGGTAAACACTCAAATATAATATGTTGTAACT-AAAAATG
128 TC-TAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATG
* * * * ** *
3931 TGAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTAAGTACTAAGGC-T
1 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * ** * * * *
3995 TTCAAAGACATAGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTTCTTCATATTTC
65 TTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTCTACATGTTTT
* * * * *
4060 CCAAGGT-AGATATTCAAATATAATCTATTTTAACT-AAAAATA
129 CTAAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATG
* * * * *
4102 TAAAAACATTCGATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTGATAAGGC-T
1 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * ** * * * * *
4166 TCCAAGGGCATGGGTGACTGCAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATG-TTT
65 TTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTCTACATGTTTT
* * ** *
4230 CTAAAGGT-AGACATTGAATT-TAATCTGTTGTAACCAAAAACG
129 CT-AAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * * *
4272 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAAGCTT
1 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * ** *
4337 TGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAATTTGCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTTATGTTTG
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAG-GTTTTTCTACATGTTTT
* * * * *
4401 CCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTGTAACT-AAAAATG
129 CTAAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATG
* * * *
4443 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * * * *
4508 CAGAAGGCAT-GGTGAGTAGAAAAGGACTTTTCTTGCTAATGAATCACG-TTTTCTTCATG-TTT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT-AGGTTTTTCTACATGTTTT
* * *
4570 CTCAAGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATG
129 CT-AAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATG
* * * * *
4613 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTGAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGTCTT
1 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * ** *
4678 TGGAAGCTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTTGTTAC-T-TTT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAT-AGGTTTTT-CTACATGTTT
* * * *
4740 TCTTAA---ACAGACATTCAATTATAGTATATTTTAAT-CAAAATG
128 TC-TAAGGTA-AG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* * * *
4782 TGAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTT
1 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * ** * * *
4847 TCAAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGA
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGA
4890 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3384, Mismatches: 663, Indels: 289
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 20 0.01
169 502 0.15
170 1870 0.55
171 852 0.25
172 131 0.04
173 9 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGGTTTTTCTACATGTTTTCT
AAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
Found at i:2346 original size:851 final size:842
Alignment explanation
Indices: 751--4887 Score: 3474
Period size: 851 Copynumber: 4.9 Consensus size: 842
741 NNNNNNNNNN
*
751 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCGATAAAT-GCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGGCTTTTT
** * * * * *
815 CTTCACATATCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATAAA
65 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAA
*
880 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTG
130 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATGGG
* * * *
945 AGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATAGG-TTTTTCTACATGTTTTCTATGGTAAGCAT
194 AGACTATAAATGGACTTTTTTTCCAAAT-AAT-GGATTTTTCTACACGTTTCCTATGGTAAGCAT
* * *
1009 TTAATTATAGTCAATTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAATTCAAAATCAATTATGAGATTATA
257 TCAATTATAGTCAGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
1074 AAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGATTTTTTTTTC
322 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCC
* * * * * * *
1139 AAATAAATGGATTTTTTTATACGTTT-TCTAAGGAAAGTATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAA
387 AAATAAAT-GATTTTTCTACAAGTTTCTC-AAGGAAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
* * **
1203 AAATGTAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAG
450 AAATGTAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA-TAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * *
1268 GCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGAATTTTCTTCCAAATAAATAGATTTTTCTACGTAA
513 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTCCCAATAAAT-GATTTTTCTTCGTGA
* ** *
1333 TTCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA
577 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAATGTA-AAAAAATTCAATTTAAAA
* * * *
1397 TCAATAATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT
641 TCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
* * * * *
1462 AAATGAAATTTAGTC-ACCAATTAATGTATTTTTCTTCATACTTT-TCGAGGCAGACATTCAATT
705 AAATGAACTTT--TCTTCCAATAAATGGATTTTTCTTCATACTTTCTTGAGGCAGACATTCAATT
* * * *
1525 ATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAG
768 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1590 CATTTAAAGCGA
831 CATTTAAAGCGA
* ** * * *
1602 GTGATAAAACTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTCCAAATAAATGGGTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGGCTTTTT
* * * ** *
1666 CTAT-ATGTTTCTCGAGGTA-AGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTT
65 CT-TCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTT
* * * **
1729 AATATAAAATGAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGTAATG
128 AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-AATG
*
1794 GGAGACTATAAAT-GAGCTTTTTTTCCAAATAGATGGATTTTTCTACACGTTTCCTATGGTAGGC
192 GGAGACTATAAATGGA-CTTTTTTTCCAAATA-ATGGATTTTTCTACACGTTTCCTATGGTAAGC
* * *
1858 ATTCGATTATAGTCAGTTTTAATGAAAAATGTAAAACATTCAACTCAAAATGAATTATGAGATTA
255 ATTCAATTATAGTCAGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
1923 TAAAACCATTGAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTGTAAATGGACTTTTCTT
320 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * *
1988 CCAAATAAATAGATTTTTCAACAAGTTTCTCAATGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
385 CCAAATAAAT-GATTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGAAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
* * *
2053 AAAATGTCAAAAATTCAACTTAAAATCAACTAGGAGATTGTGAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAA
449 AAAATGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * *
2118 GGCTTTTGAAGGAATTGGTG-CATGTAAATAGATTTTTC-TCACCAATTAATGTATTTTTCTTCG
512 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-TATAAATGGAATTTTCTTC-CCAATAAATG-ATTTTTCTTCG
* * * * *
2181 TGCTTCTCGAGGTAGATATTTAATTATAGTATGTTTTAATCAAAATGTAAAAAAATAT-AATTTA
574 TGATTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAATGTAAAAAAAT-TCAATTTA
* *
2245 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGAC
638 AAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* * *
2310 TATAAAT-ACACTTTTCTTCCATATAAATGGATTTTTCTACAT-GTTTCTTGAGGCAGGCATTCA
702 TATAAATGA-ACTTTTCTTCCA-ATAAATGGATTTTTCTTCATACTTTCTTGAGGCAGACATTCA
* * * * *
2373 ATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATTAAAAATTTAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
765 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
2438 CCATTCAAAGTGA
830 CCATTTAAAGCGA
* * ** *
2451 GTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTGATGAAT-GCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGGC-TTTT
* * * * *
2515 TCTTCATGATTCTCTAGGTAGACATTCAATTATA-TTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT
64 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTT
* * *
2579 AATTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATG
128 AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-AATG
** * * *
2644 GGAGACTATAAATGGAC-TTTTTTCCAAATAAACGAGTTTTTCTACACATTTTCCGA-GGCAAGC
192 GGAGACTATAAATGGACTTTTTTTCCAAATAATGGA-TTTTTCTACAC-GTTTCCTATGGTAAGC
* * *
2707 ATTCAATTTTAGTTC-GTTTTAAAGAAAAATAG-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
255 ATTCAATTATAG-TCAGTTTTAATGAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
** *
2770 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-ACTACAAATAGACTTTT
318 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAG-AGACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * * **
2834 CTTGCC-AATGAATGACTTTTTCTTC-AGATCTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAATCTACTTT
382 CTT-CCAAATAAATGA-TTTTTCTACAAG-TTTCTCAAGGAAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * * *
2897 AACCAAAAATATAAAACAATTCAAATCAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
444 AACAAAAAATGT-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATAG-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
*** * * * * * * *
2962 TAATAAGGCTTCAAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTCCCTATGAATCATGTTCTC
506 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTCCCAATAAATGAT-TTTTC
* * * * * * * * * *
3027 TTCATGTTTCTCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTGAGCAAAAATGTAAAAACATTCAA
570 TTCGTGATTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
3092 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
634 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * * * *
3157 TGA-TATAAGTGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTT--TACGTTTCTTAAGGCAGACA
698 TGACTATAAATGAACTTTTCTT-CCAATAAATGGATTTTTCTTCATAC-TTTCTTGAGGCAGACA
* * * *
3219 TTCAAATATAATCTGTTGTAATAAAAAATATAAAAACATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTA
761 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
3284 TAAAACCATTTAAAGCAA
825 TAAAACCATTTAAAGCGA
*** * * * * *
3302 GTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAGTGAATGGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGGCTTTTT
* * * * * *
3367 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTTTAATATGTTTTAACCATAAATATAAAAAATTTAG
65 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAA
* * * * *
3432 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGATATGGG
130 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-ATGGG
* * * * * * * * * *
3497 TGACTATAAATGAACTTCTCTCCCCAATGAAT-GACTTTTT-TGTCACATTT-CT-TGAGACAAA
194 AGACTATAAATGGACTTTTTTTCCAAAT-AATGGA-TTTTTCT-ACACGTTTCCTATG-G-TAAG
* * * * * *
3558 CATGT-AATTATAAT-ATATTTTAATAAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
254 CAT-TCAATTATAGTCA-GTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AATTCAACTCAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * *
3621 ATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAAT-GGGAC-TTTCAAAGACGT-GGTGACTATAAATGGACT
316 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGA-ATAAGAGACTATAAATAGACT
* * * * * * * * * * * *
3683 TTTACTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTC-CTTAGGCAA-ACACTAAATTAGAATTT
379 TTT-CTTCCAAATAAAT-GATTTTTCTACA-AGTTTCTC-AAGG-AAGGCATTCAATTATAGTCT
** ** * * *
3745 GTTTTGATTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
439 GTTTT-AACAAAAA-ATGTAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAGGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** * * * * *
3810 GCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGGCTTTCCTTGCCAATGAATTATA
501 GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTCCCAATAAATGATT
* * * ** * * * * * * * * *
3875 TTTCATCATGTTTCTTGAGGTAAACACTCAAATATAATATGTTGTAACTAAAAATGTGAAACAAT
566 TTTCTTCGTGATTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * *
3940 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTAAGTACTAAGGC-TTTCAAAGAC
630 TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-
* * * * * *** *
4004 AT-AGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTTCTTCATA-TTTCCCAAGGT
693 ATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CCAATAAATGGATTTTTCTTCATACTTTCTTGAGGC
* * * * * *
4067 AGATATTCAAATATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAACATTCGATTTAAAATCAATTATG
756 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATG
* *
4131 AGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
819 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** * * ** * * * *
4155 GTGATAAGGC-TTCCAAGGGCATGGGTGACTGCAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGGCTTTT
* * * * *
4219 TCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTGAATT-TAATCTGTTGTAACCAAAAACGTA-AAAAAATT
64 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAA--TATAAAAAATT
* * * * * * * * *
4282 CAACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCAT
127 TAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAT
* * * * * ** * * *
4347 GGGTGACTATAAATAGAATTTGCTTGCC-AATGAAT-GACTTTTTCTTTATGTTTGCC-AAGGAA
191 GGGAGACTATAAATGGACTTT-TTTTCCAAAT-AATGGA-TTTTTCTACACGTTT-CCTATGGTA
* * * * * * *
4409 AACACTCAATTATAATCTGTTGTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
252 AGCATTCAATTATAGTCAGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGA
* * * ** * * * * *
4473 GATTGTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCAT-GGTGAGTAGAAA-AGGACT
315 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATA-GACT
* * * * * * * ** * *
4536 TTTCTTGCTAATGAATCACGTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GATAAACACTCAATTATAATCTGTT
379 TTTCTTCCAAATAAATGA-TTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGA-AGGCATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * * * *
4600 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTGAAACTATTTGAAGCG
442 TTAACAAAAAATGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * ** * * *
4665 AGTAATAAGTCTTTGGAAGCTATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTCTTACCAATGAATGACTTTT
504 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTCCCAATAAATGA--TTT
* ** * ** * * *
4729 TTGTTAC-TTTTTCTTAA-ACAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAAAATGTGAAAAAATT
567 TTCTT-CGTGATTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * ** *
4792 GAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
631 CAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* *
4857 AAGTGACTATAAAT-AGACTTTTGTTGCCAAT
695 GAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT-CCAAT
4888 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 2714, Mismatches: 459, Indels: 226
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
848 8 0.00
849 291 0.11
850 361 0.13
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854 32 0.01
855 8 0.00
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Consensus pattern (842 bp):
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TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAAT
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATGGGAG
ACTATAAATGGACTTTTTTTCCAAATAATGGATTTTTCTACACGTTTCCTATGGTAAGCATTCAA
TTATAGTCAGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAAT
AAATGATTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGAAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
AAAAATTCAACTTAAAATCAATAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTCCCAATAAATGATTTTTCTTCGTGATTCTCAAGG
TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTT
TCTTCCAATAAATGGATTTTTCTTCATACTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ATAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
Found at i:3513 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 529--4889 Score: 3425
Period size: 340 Copynumber: 12.8 Consensus size: 339
519 CAATTTTAAT
* **********
529 AAAAAATTCAACTTAAAAT-AAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGNNNNNNNNNNTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * * *
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* * * ** * * *
658 CGAA-GTAAATATTCAATTATTGTCTGTTTGAACGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
128 C-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ********** *
722 TTTTGAGATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT
192 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * * * * * *
787 GGACTTTTCTTCCCGATAAATGCTTTTTCTTCACATATCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTTT
257 GAACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* *
852 GTTTTAACAAAAAATATA
322 GTTTTAATAAAAAATGTA
* *
870 AAAAAA-TAAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
934 GAAGGAATGTGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATAGG-TTTTTCTACATGTTT-TC
66 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * ** *
997 TATGGTA-AGCATTTAATTATAGTCAATTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAA-TTCAAAATCA
129 -AAGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTT-AAAATCA
* ** *
1060 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAA
191 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
1125 T-AGATTTTTTTTTCAAATAAATGGATTTTTT-TAT-ACGTTT-TCTAAGG-AAAGTATTCAATT
256 TGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-G-TTTTTTCT-TCACGTTTCT-TAAGGTAGA-CATTCAATT
* *
1185 ATAGTATGTTTTAATAAAAAATGT-
315 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA
* * *
1209 AAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * **
1274 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGAATTTTCTTCCAAATAAATAGATTTTTCTACGTAATTCTCA
66 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
** * * *
1339 AGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAA
130 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ** *
1404 TGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA
195 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA
* ** ** * ** * *
1469 ATTTAGTCACCAATTAATGTATTTTTCTTCATAC-TTT-TCGAGGCAGACATTCAATTATAGTCT
260 CTTTTCTTGCCAATGAATGT-TTTTTCTTC--ACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* *
1532 GTTTTAACAAAAAATATAA
322 GTTTTAATAAAAAATGT-A
* * * **
1551 AAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTGATAAAACTTT
1 AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** *
1615 TGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTT-TTCCAAATAAATGGGTTTTTCTAT-ATGTTTCT
65 TGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCT
* * * * * * *
1678 CGAGGTA-AGCATTCAATAATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAA-TATAAAATGA
128 CAAGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAAAATCA
* ** * *
1741 ATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGTAATGGGAGACTATAAA
191 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * *
1806 TGAGCTTTT-TTTCCAAAT-AGATGGATTTTTCTACACGTTTCCTATGGTAGGCATTCGATTATA
256 TGAACTTTTCTTGCC-AATGA-AT-GTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA
* * *
1869 GTCAGTTTTAATGAAAAATGT-
318 ATCTGTTTTAATAAAAAATGTA
* * * * *
1890 AAAACATTCAACTCAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGGGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* ** * * * ** *
1955 GAAGAAATAAGAGACTGTAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATAGATTTTTCAACAAGTTTCTCA
66 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * ** * * *
2020 ATGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTCAAAAATTCAACTTAAAATCAACTA
130 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
2085 GGAGATTGTGAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTG-CATGTAAAT-A
195 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-TATAAATGA
* ** * ** * ** * * * *
2148 GATTTTTCTCACCAATTAATGTATTTTTCTTCGTGCTTCTCGAGGTAGATATTTAATTATAGTAT
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*
2213 GTTTTAAT-CAAAATGTA
322 GTTTTAATAAAAAATGTA
* * *
2230 AAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** ** * * *
2294 TGAAGGAATAAGAGACTATAAATACACTTTTCTTCCATATAAATGGATTTTTCTACATGTTTCTT
65 TGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCA-ATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * *
2359 GAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATTAAAAATTTAACTGAAAATCAATT
129 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
2424 TTGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
194 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA
* ** * * *
2489 ACTTTTCTTACTGATGAATGCTTTTTTCTTCATGATTCTCT-AGGTAGACATTCAATTAT-ATTT
259 ACTTTTCTTGCCAATGAATG-TTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* **
2552 TTTTTAACCAAAAATGTA
322 GTTTTAATAAAAAATGTA
* * *
2570 AAAAAATAT-AATTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
2634 TAAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT-TTCCAAATAAACGAG-TTTTTCTACACAT-TTT
65 TGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATG-GCTTTTTCT--TCATGTTT
* * * * *
2696 C-CGAGGCA-AGCATTCAATTTTAGT-TCGTTTTAAAGAAAAATAGAAAAAATTCAACTTAAAAT
126 CTCAAGGCAGA-CATTCAATTATAATCT-GTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAT
* *
2758 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTACA
189 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * *
2823 AAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-GATCTCTCAAGGTAGACATTGAATTA
254 AATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATG-TTTTTTCTTCACG-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTA
** ** *
2886 TAATCTACTTTAACCAAAAATATA
316 TAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA
* * * * * * **
2910 AAACAATTCAAATCAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCA
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
2975 AAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTCCCTATGAAT--CATGTTCTCTTCATGTTTCT
66 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGGC-T-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * *
3038 CAAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTGA-GCAAAAATGTAAAAACATTCAATTTAAAATCA
128 CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATG-AAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
** * * * *
3102 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-TATAAG
191 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * *
3166 TGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAAT
256 TGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* *
3231 CTGTTGTAATAAAAAATATA
320 CTGTTTTAATAAAAAATGTA
* * * **
3251 AAAACATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCC
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* * * * * *
3316 AAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
66 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * ** * * * *
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130 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
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* ** * * * ** * *
3510 ACTTCTCTCCCCAATGAATGACTTTTTT-GTCACATTTCTTGAGACAAACATGT-AATTATAATA
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* *
3573 TATTTTAATAAAAAAAGTA
321 TGTTTTAATAAAAAATGTA
* * * * *
3592 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAAT-GGGAC-TT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTT
* * * * * * **
3655 TCAAAG-ACGTGGTGACTATAAATGGACTTTTACTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC
65 TGAAGGAATG-GGAGACTATAAATGGACTTTT-CTT-CCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * * * *
3719 -CTTAGGCAAACACTAAATTAGAATTTGTTTTGATTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATC
127 TC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
3783 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAA
190 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* ** * * * * * * * *
3848 AAGGGCTTTCCTTGCCAATGAAT-TATATTTCATCATGTTTCTTGAGGTAAACACTCAAATATAA
255 ATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGT-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAA
* * *
3912 TATGTTGTAACT-AAAAATGTG
319 TCTGTTTTAA-TAAAAAATGTA
* * * * ** *
3933 AAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTAAGTACTAAGGC-TTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * * * * * * *
3997 CAAAGACATAGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTTCTTCATATTTCCC
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* * * * * *
4062 AAGGTAGATATTCAAATATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAACATTCGATTTAAAATCAA
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* * * ** * **
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* * * * * *
4190 T-AGACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTGAATT-TAA
256 TGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAA
* ** *
4253 TCTGTTGTAACCAAAAACGTA
319 TCTGTTTTAATAAAAAATGTA
* * * * * *
4274 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAAGCTTTG
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * * *
4339 GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTGC-C
66 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTC
* * * * * *
4403 AAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTGTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
129 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ** * * * *
4467 TTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCAT-GGTGAGTAGAAAA
192 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * *** * * * * *
4531 GGACTTTTCTTGCTAATGAATCACGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACACTCAATTATAATC
257 GAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
4596 TGTTTTAACT-AAAAATGTA
321 TGTTTTAA-TAAAAAATGTA
* * * * * *
4615 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTGAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGTCTTTG
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
** * * * * *
4680 GAAGCTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTACCAATGAATGACTTTTT-TGTTACTTTTTCT
66 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGGCTTTTTCT-TCA-TGTTTCT
* * * * * * * *
4743 TAA-ACAGACATTCAATTATAGTATATTTTAAT-CAAAATGTGAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
128 CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ** * **
4806 TTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAAT
192 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
*
4871 -AGACTTTTGTTGCCAATGA
257 GA-ACTTTTCTTGCCAATGA
4890 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3286, Mismatches: 614, Indels: 241
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 17 0.01
339 513 0.16
340 1238 0.38
341 1189 0.36
342 325 0.10
343 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC
TTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAATAAAAAATGTA
Found at i:5627 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 5335--6000 Score: 638
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 166
5325 ATAAAGCATG
* * * * * * * *
5335 AATTTTTTTACATTTTTGGTCACAATAGATTATAATTGAGTGTTTTTCCTGGGAAACATAAAGAA
1 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG--TTTCCTGAGAAATATGAAGAA
* * * * *
5400 AATACCATTCGTTGACAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTT
64 AA-AGCATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTT
* *
5465 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT
127 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
5505 GAATTTTTTTATGTTTTTGGTTACAACAGATTA-AATTCAATGTTTACCATGAGAAACATGAAGA
1 -AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CC-TGAGAAATATGAAGA
* * * ** *
5569 AAAAGCAATTCATTAGTAAGAAAAGTCAATTTGCAGTCACCCATACCCTT-GGAAGCCTTATCAC
63 AAAAGC-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATA-CCTTCCAAAGCCTTATTAC
* *
5633 TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTCA
125 TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-T
* * * * *
5676 AATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCCTCCCTGAGAAATATGAAGAA
1 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT--TTCCTGAGAAATATGAAGAA
* * * * * * *
5741 AAA-CTATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTGTATTCACCTATGCCTCCCGAAGCTTTATTACTT
64 AAAGC-ATTCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTT
* * * *
5805 GTTTTAAATAGTTTTACAATATGATAATTGATTTTAAGTT
127 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
5845 AAGTTTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTTCCTCAAGAAATGTGAAG
1 AA-TTTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCT-GAGAAATATGAAG
* * *
5910 AAAATATG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATATTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTA
62 AAAA-A-GCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTA
*
5974 CTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCA
124 CTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
6001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 72, Indels: 37
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 10 0.02
170 216 0.53
171 101 0.25
172 72 0.18
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTGAGAAATATGAAGAAAA
AGCATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTT
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
Found at i:6487 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6311--6674 Score: 363
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
6301 NNNNNNNNNN
* * *
6311 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGCTGAATATTTTTACATTTA
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATATTTTTACATTTA
* *
6376 TGGTTAAAACAGA-TAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCACTGGC
66 TGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCACTGAC
* ** * **
6440 AAGAAAAGTCCATTTGTAGTCAC-CTATGTCTTTGAAAGCCT
131 AAGAAAAGTCCACTTACAGTCACTC-ATGCCTTCCAAAGCCT
* ********** * * *
6481 TATTACTTGCTTNNNNNNNNNNTACAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATGTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATATTTTTACATTTA
* * * * * * * * *
6546 TGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTGAGTAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGAT
66 TGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCACTGAC
* *
6611 AAGAAAAGTCTACTTACATTCACTCATGCCTTCCAAAGCCT
131 AAGAAAAGTCCACTTACAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCT
**
6652 TATTACTCATTTTAAATGGTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
6675 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 49, Indels: 3
0.73 0.25 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 61 0.43
171 81 0.57
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATATTTTTACATTTA
TGGTTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCACTGAC
AAGAAAAGTCCACTTACAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCT
Found at i:8233 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6771--8593 Score: 1266
Period size: 341 Copynumber: 5.3 Consensus size: 340
6761 AAGAGAATCA
* * * * * * *
6771 AATTTTTCTATAATTTTT-GTTAAAACAGACTAAATTTGAATGTCTACCTTGGGAAATATGATGA
1 AATTTTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-
* * * * ***
6835 AAAAGCTATTCATTGACATGAAAA-ATCTATTTATAGTAAC-CTATGCCTTTTGAAGCCTTATTA
64 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCCAAAG-CTTATTA
* ********** * *
6898 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGT
126 CTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * * ** * * *
6962 AAAGTAGATTATATTTGAATGTTTTTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATT-GATAAGA
191 AAAATAGATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-TAAGA
* * * * * * * * * *
7026 AACA-TCCATTTATAGTCACCTATTCC-TTCCAAAGTCTTATTACTTACTGTAAATAGTTTTATA
255 AA-AGTCTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGC-AAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT-
* *
7089 AAT-TGATAATTCA-TTTAAGTTG
317 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * *
7111 AATTTGTTTTACATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAGACATGATG
1 AATTT-TTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG
* * *
7175 AAAAAGCTATTCAAGTG-CAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCATTATT
64 -AAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGC-TTATT
* * * **********
7238 ACAT-GCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTT-G
125 AC-TCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * ** * * *
7301 ATTAAAATAGATTATAATT-AAGTGTTTGCCTTAAGAAATATAAAGAAAATATG--ATTCAATGG
189 -TTAAAATAGATTAAAATTCAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-A-GCCATTCATTAG
* * * * * * * * * * * *
7363 CAAGTAAAGTCCATATATAATCACTCATACCTTTGGAAGCCTTTTTACTTGCTTCAAATGGTTTT
250 TAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGCAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* **********
7428 ATAATCTTATAATNNNNNNNNNNTTG
315 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * * * ** * *
7454 AATGTTTTTACATTTTTGGGT-AAATATATCATACTTCAATGTCTGTCTCAGCAAACATGACAAA
1 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGA-AGA
* *
7518 AAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCATTATTACT
65 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGC-TTATTACT
* * * * *
7582 CGCTTTAAATAGTTTCACAATCTTATTATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAA
128 CACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * *
7647 AACAGATTAAAATTCAAAGTCTATCTTGAGAAATGTGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAA
193 AATAGATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAA
* * * * * * *
7712 AGTCTGTTTGCATTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATAAACT
257 AGTCTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGCAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
7777 TAGAATTTATTTTAAGTTG
322 CATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** *
7796 AATTTCTTTATATTTTTAGTTCAAATAGATTATATTTGAATGCATACCTTGGGAAACATGAAGAA
1 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAA
* * * * *
7861 AAGCCATTCATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTCCGAAGCTTTATTACTCA
66 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGC-TTATTACTCA
* * * * * * * *
7926 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAG
130 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * * *
7991 TAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAATAATCCATTCATTAGCAAGAAAAGT
195 TAGATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGT
* * ** * * * *
8056 CTATTTATAGTCAACCATGCCTTTATAAGCCGTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATGTCAT
260 CTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGCAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
8121 AATTGATTTTAAGTTG
325 AATTGATTTTAAGTTG
* * * * * **
8137 AATTTTTTTACA-TTTT-GCTTAAAACAGATTATAATCGAGTATTTGCCTTGACAAACATGAAGA
1 AATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGA
* * *
8200 AAA-CATGATTCATCGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGACTTATTAC
65 AAAGC--CATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAG-CTTATTAC
* * *
8264 -CTACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTTTTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
127 TC-ACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * ** * *
8328 AAAATAGATTAAAATTTAATATCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAA
191 AAAATAGATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAA
* * * * *
8393 AAGTGC-ATTTGTAGTCACCCATTCCTTTGCAAGCCATATTACTTACTTTAAATAGTTTTACAGT
256 AAGT-CTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGCAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
**
8457 CTCATAATTGATTTTAAGTCA
320 CTCATAATTGATTTTAAGTTG
*
8478 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGACGAA
1 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-A
* * * * * * *
8543 AAAGCTATTTA-AGTACAAGAAAAGTCCATTTATACTCGCCCATGCCTTCCA
65 AAAGCCATTCATTG-ACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCA
8594 GAGTGTTATT
Statistics
Matches: 1157, Mismatches: 288, Indels: 74
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 60 0.05
341 621 0.54
342 426 0.37
343 46 0.04
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAA
AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCTTATTACTCAC
TTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
AGATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTC
TATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGCAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTG
Found at i:8606 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6783--8593 Score: 1073
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 171
6773 TTTTTCTATA
* * * * * * * * * *
6783 ATTTTT-GTTAAAACAGACTAAATTTGAATGTCTACCTTGGGAAATATGATGAAAAAGCTA-TTC
1 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTA
* * * * * * ***
6846 ATTGACATGAAAAATCTATTTATAGTAACCTATGCCTTTTGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
66 AGT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* **********
6911 GTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
130 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** *
6953 ATTTTT-GGTAAAGTAGATTATATTTGAATGTTTTTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTT-
1 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTA
* * * * * * *
7016 ATTGATAAGAAACA-TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCCAAAGTCTTATTACTTACTGTAAAT
66 AGT-ACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
7080 AGTTTTATAAAT-TGATAATTCA-TTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
129 GGTTTTA-CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTAC
* * * * * *
7123 ATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTAGGAGACATGATGAAAAAGCTATT
1 ATTTTTAG-TTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
7186 CAAGTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCATTATTACAT-GCTTTAAA
64 TAAGTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAA
**********
7250 TGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTAC
128 TGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
7294 ATTTTT-GATTAAAATAGATTATAATT-AAGTGTTTGCCTTAAGAAATATAAAGAAAATATG--A
1 ATTTTTAG-TTAAAATAGATTATATTTGAA-TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA-A-GCCA
* * * * * * * *** * ** *
7355 TTCAA-TGGCAAGTAAAGTCCATATATAATCACTCATACCTTTGGAAGCCTTTTTACTTGCTTCA
62 TTTAAGT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * ********** *
7419 AATGGTTTTATAATCTTATAATNNNNNNNNNNTTGAATGTTTTTAC
126 AATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * * *
7465 ATTTTTGGGT-AAATATATCATACTTCAATGTCTGTC-TCAGCAAACATGACA-AAAAAGTCA-T
1 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGA-AGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
7526 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
64 TAAGT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * *
7591 TAGTTTCACAATCTTATTATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTAC
128 TGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * ** ** *
7635 ATTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATTCAAAGTCTATCTTGAGAAATGTGAAAAAAAAAGCCATTC
1 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATT-
* ** ** * *** ** *
7700 ATTAGT--AAGAAAAGTCTGTTTGCATTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCCTTAAA
64 -TAAGTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * *
7763 TGGTTTTATAAACTTAGAATTTATTTTAAGTTGAATTTCTTTAT
128 TGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** * * *
7807 ATTTTTAGTTCAAATAGATTATATTTGAATGCATACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCA-TTC
1 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTA
* * * * * * *
7870 ATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTCCGAAGCTTTATTACTCACTTTAAATG
66 AGT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
7935 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTAC
130 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *
7977 ATTTTTGGTCAAAGTAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAATAATCCA-TTC
1 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTA
* * * * * * *
8041 ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACCATGCCTT-TATAAGCCGTATTACTCGCTTTAAAG
66 AGTA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
8105 GGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
129 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
8148 A-TTTT-GCTTAAAACAGATTATAATCGAGTATTTGCCTTGACAAACATGAAGAAAACATG--AT
1 ATTTTTAG-TTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA-A-GCCAT
* * * *
8209 TCATCG-ACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGACTTATTAC-CTACTTTA
63 TTA-AGTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTC-ACTTTA
** *
8272 AATGGTTTTACAATCTCATTTTTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
126 AATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * ** * *
8318 ATTTTTAGTTAAAATAGATTAAAATTT-AATATCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTC
1 ATTTTTAGTTAAAATAGATT-ATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT-
** * * * * * *
8382 ATTGGT--AAGAAAAGTGCATTTGTAGTCACCCATTCCTTTGC-AAGCCATATTACTTACTTTAA
64 -TAAGTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * ** *
8444 ATAGTTTTACAGTCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTAT
127 ATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
8489 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGACGAAAAAGCTATTTA
1 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTA
* *
8554 AGTACAAGAAAAGTCCATTTATACTCGCCCATGCCTTCCA
66 AGTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCA
8594 GAGTGTTATT
Statistics
Matches: 1268, Mismatches: 315, Indels: 115
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 1 0.00
169 27 0.02
170 516 0.41
171 567 0.45
172 149 0.12
173 2 0.00
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTA
AGTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
Found at i:9421 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9082--9639 Score: 473
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
9072 NNNNNAATTG
* ** * * * * * *
9082 GTTTGATAATCTCATAATTGGCTTTAGGCTGAATTTTTTTCCATTTATGGTT-AAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-T--TTCAAAACAAATAAC
* * * * * * * *
9146 AATTGAATGTCTACC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTACTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTT-
63 AATTGAACGTCTACCAT-CAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAGTAGCAA-AAAAGTCTATTTA
* ** * * *
9209 CTATTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATA
126 C-AGTCAATCATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * **
9253 GTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAATTAAACTTTTTTACATTTTTGGTCAGAACAGATAGTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT--TCAAAACAAATAACA
* * *
9318 ATTGAACGTCTACC-TCAGAAAATGTGAAGACAAAGCCGTTCA-TAAGCAAAAAAAGT-TCATTT
64 ATTGAACGTCTACCATCAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAGT-AGC-AAAAAAGTCT-ATTT
* * * *
9380 ATAGTCACTCATGCCTTA-AGAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATC
125 ACAGTCAATCATGCCTTAGA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * *
9424 GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTTTAAAACAAATAACAA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTCAAAACAAATAACAA
* * * * *
9489 TTGAATGTCTGCCATCAGTAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAGTGGCAAGAAAGTCTATTTACAGT
65 TTGAACGTCTACCATCAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAGTAGCAAAAAAGTCTATTTACAGT
* * * *
9554 CAATCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATG
130 CAATCATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* *
9593 GTTCTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
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GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCAAAACAAATAACAAT
TGAACGTCTACCATCAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAGTAGCAAAAAAGTCTATTTACAGTC
AATCATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
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9359 ATAAGCAAAA
* * * * * * *
9369 AAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCC-TTAAGAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATCGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * * * *
9433 TCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTTTAAAACAAATAACAATTGAATGTC
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* * * ** ** * *
9498 TGCCATCAGTAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCAGT-GGCAAG
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* ** * *
9538 AAAGTCTATTTACAGTCAATCATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAAT
1 AAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
9603 GTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGTTAAAACAGATTATA-TTCTAATGTT
66 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-GTTAAAACAGATTATACTT-GAATGTT
*** * * *
9667 T-TCCTTGTGAAACACGA-AGGAAATGTGATTCATCGGTAAG
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* * * *
9707 AGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGATTTTATAA
1 A-AAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
9772 TCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTAGTAAAATATATCATACTTGAATGT
65 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGT--TAAAACAGATTATACTTGAATGT
* * *
9837 TTGTCTTAACAAACATGACAAAAAAGTCATTCATTGGTGAG
128 TTGTCTTAACAAACACGACAAAAAAGTCATTCATCGGTAAG
* * * * * *
9878 AAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATG-CTTTCCAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCACA
1 -AAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
9942 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
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9997 AAATTCAAAG
Statistics
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CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTG
TCTTAACAAACACGACAAAAAAGTCATTCATCGGTAAG
Found at i:10778 original size:173 final size:171
Alignment explanation
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10396 AAACGTGATT
* * * * ** * ** *
10406 CATTGACAAGAAAAGTTCATTT-AAGTCACCCATACGTTCCAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAT
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** * * *
10470 GGTTTTACAATCTCATTTTTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTAA
66 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTAA
* ** *
10535 AATTCAATATCTACATCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
131 AATTCAATATCTACATCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATC
* * *
10576 CATTAACAAGAAAAGTGCATTTGTAGTCACCCATGCCTTT-AGAAGCCATATTATTTACTTTAAA
1 CATTAACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATACCTTTGA-AAGCCATATTACTTACTTTAAA
* * *
10640 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTTTATATTTTTAATTAAAATATAT
65 TGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTT-TTTTATATTTTTAATTAAAACAGAT
* * * *** * *
10705 TATAATTGAATATTTGTTTCAAAAAACATGATGCAAAAGCCATC
128 TAAAATTCAATATCTACATCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATC
* * * *
10749 CATTGATAAGAAAAGTCCATATT-TAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAA
1 CATTAACAAGAAAAGTCCAT-TTGTAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCATATTACTTACTTTAAA
10813 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CATTAACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCATATTACTTACTTTAAAT
GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTAA
AATTCAATATCTACATCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATC
Found at i:11459 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
11097 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
11107 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGACTGTTTCCCTTAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTCACTTAACAAA
* *
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66 CATG-AAAAAAAATGAGTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCCGAAGCCT
** * *
11237 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAGTTGAT
130 TATTACACGCTTTAAATGGTTTCACAAACTCATAATTGAT
* * * *
11277 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAACACAGATTATAATTGAGTGTTTGACTTAACAAA
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* * * *
11342 CATG-AAAAAAATGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTT-TGAAAG
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* *
11405 CCTTATTACACGGTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATTGAT
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*
11448 TTTAAGTTGAATTTTTTCATATTT
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
11472 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTCACTTAACAAA
CATGAAAAAAAATGAGTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCCGAAGCCTT
ATTACACGCTTTAAATGGTTTCACAAACTCATAATTGAT
Found at i:11801 original size:78 final size:78
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11662 TGAGATTATG
*
11672 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGTGACTATAAATGAACTTTTATTGCC
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66 AATAAATCATGTT
11828 TTCTTCATGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGTAACTATAAATGAACTTTTATTGCC
AATAAATCATGTT
Found at i:12075 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11750--12107 Score: 420
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
11740 AAATCATGTT
* *
11750 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGTAACTATAAATGAACTTTTATTGCC
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* ** * * *
11815 AATAAATCATGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAGTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAA
66 AATAAATAATGTTTTCTTCACCTTTCTCAAGACAAACAGTCAATTACAATATATTTTAACAAAAA
* *
11880 ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATG
131 ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
* *
11920 AAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTAACTATAAACAG-ACTTTTCA-C
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCAT-GGTAACTATAAA-AGAACTTTT-ATC
* * * * * *
11983 GCCAATGAATAACT-TTTT-TGTCACCTTTCGT-AAGACAGACATTTAATTATAGTATATTTTAA
63 GCCAATAAATAA-TGTTTTCT-TCACCTTTC-TCAAGACAAACAGTCAATTACAATATATTTTAA
* * * *
12045 TAAAAAATGTCAAATATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
125 CAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
*
12091 AAACTATTTAAAGCAAG
1 AAACCATTTAAAGCAAG
12108 CAATCAGACT
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 25, Indels: 11
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AATAAATAATGTTTTCTTCACCTTTCTCAAGACAAACAGTCAATTACAATATATTTTAACAAAAA
ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
Found at i:12443 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 12411--12450 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
12401 TTTAATCTGT
12411 TTTAATTAAAAATATAAAAAA
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12432 TTTAACTT-AAAATAAAAAA
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12451 TGAGATTGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAATTAAAAATAAAAAAA
Found at i:12839 original size:171 final size:168
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Indices: 12367--13192 Score: 805
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 168
12357 GTAAATGGCT
* * * * * * **
12367 TTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATTGAATTTTAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* ** * *
12432 TTTAACTTAAAATAAAAAATGAGATTGTAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGC
66 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGC
* *
12497 ATGGGTGACTTAAATAGACTTTTTTTGCCAGTGAATCAC
131 ATGGGTGACTTAAATAGAC-TTTTTTGCCAATGAATGAC
* * * * * * *
12536 GTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCGATTATAATATGTTTTAA-CTAAAATTTAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * *
12600 TTTAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCAAAGG
66 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG
* * *
12664 CATGGTTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGGC
130 CATGGGTGACT-TAAATAGACTTTT-TTGCCAATGAATGAC
* * *
12705 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAATAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AA
* * * *
12770 ATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTGAAAGG
65 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG
* * *
12835 CATGGGTGATTATAAATGGACTTTTTCTGCCAATTAATGAC
130 CATGGGTGACT-TAAATAGACTTTTT-TGCCAATGAATGAC
* * * * ** * *
12876 TTTTTCTTTATATTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTAATTTAACAAAAAATATCAAGAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
** * * * * * *
12941 ATTCGACTTAAAATCGATTTTGAGTTTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
65 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGG
* * **
13006 CATGGGTGAATGCAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
130 CATGGGTGACT-TAAATAGACTTTT-TTGCCAATGAATGAC
* ** * * * * * *
13047 TTTTGTTTTCACATTTCTCT-AGATAGAC-TTAGAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAA
1 TTTT-TCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATT-CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AA
* * * * * * * *
13110 AAAATTTAACTTAAAATCAAGTATAAGATTGTGAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTGGA
62 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA
*
13175 AGGTATGGGTGACTTAAA
127 AGGCATGGGTGACTTAAA
13193 ATCAATTATG
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 109, Indels: 22
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 80 0.15
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGC
ATGGGTGACTTAAATAGACTTTTTTGCCAATGAATGAC
Found at i:13186 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 12302--13194 Score: 951
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 339
12292 NNNNNNNNNN
* * * *
12302 TAAAGTAAGTAATATGGC-TTCTAAAGGCATGGGTGACTACAAATGCACTTTTCTTG----TAAA
1 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * *
12362 TGGCTTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATTGAATTTTAATCTGTTTTAATTAAAAATAT-
65 TGGC-TTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGA-CTTGAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * *
12426 AAAAAATTTAACTTAAAATAAAAAATGAGATTGTAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
128 AAAAAATTTAACTTAAAATAAAATATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTG
* * * *
12491 AAAGGCATGGGTGACT-TAAATAGACTTTTTTTGCCAGTGAATCACGTTTTCTTCATGTTTCTTA
193 AAAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTTTCTGCCAATGAATCACGTTTTCTTCATATTTCTTA
* * * ** * * *
12555 AGGTAAACACTCGATTATAATATGTTTTAACTAAAATTTAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTAT
258 AGGCAAACACTCAAATATAATATAATTTAACAAAAATTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
12620 GACATTATAAAATCATT
323 GACATTATAAAATCATT
* * * * * *
12637 TAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCATGGTTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAAT
1 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * *
12702 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
66 GGCTTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC-TTGAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * * * *
12767 TAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTGAA
130 AAAATTTAACTTAAAATAAAATATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGAA
* * * * *
12832 AGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTTCTGCCAATTAATGACTTTTTCTTTATATTTCTTAAG
195 AGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTTTCTGCCAATGAATCACGTTTTCTTCATATTTCTTAAG
* * * * * * * *
12897 GCAGACATTCAAATATAATCTAATTTAACAAAAAATATCAAGAAATTCGACTTAAAATCGATTTT
260 GCAAACACTCAAATATAATATAATTTAAC-AAAAAT-TCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
**
12962 GAGTTTATAAAA-CTATT
323 GACATTATAAAATC-ATT
* * * *
12979 TAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAATGCAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
1 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * *
13044 GACTTTTGTTTTCACATTTCTCT-AGATAGACTTAGAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAATGTA
66 GGCTTTT-TTTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACTT-GAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * * * *
13108 AAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATAAGATTGTGAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTG
128 AAAAAATTTAACTTAAAATAAAATATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTG
* *
13173 GAAGGTATGGGTGACTTA-AAAT
193 AAAGGCATGGGTGA-TTATAAAT
13195 CAATTATGAG
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 90, Indels: 22
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
335 44 0.10
336 3 0.01
338 47 0.10
339 78 0.17
340 63 0.14
341 6 0.01
342 97 0.21
343 111 0.25
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
GGCTTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACTTGAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
AAATTTAACTTAAAATAAAATATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGAAA
GGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTTTCTGCCAATGAATCACGTTTTCTTCATATTTCTTAAGG
CAAACACTCAAATATAATATAATTTAACAAAAATTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAC
ATTATAAAATCATT
Found at i:13228 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 13118--13261 Score: 191
Period size: 68 Copynumber: 2.1 Consensus size: 68
13108 AAAAAATTTA
* * *
13118 ACTTAAAATCAAGTATAAGATTGTGAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTGGAAGGTATGG
1 ACTTAAAATCAAGTATAAGATTATGAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGG
13183 GTG
66 GTG
* * * * *
13186 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATG
1 ACTTAAAATCAAGTATAAGATTATGAA-ACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATG
13250 GGTG
65 GGTG
13254 ACTATAAA
1 ACT-TAAA
13262 TGGACTTTTC
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 8, Indels: 3
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
67 2 0.03
68 60 0.91
69 4 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (68 bp):
ACTTAAAATCAAGTATAAGATTATGAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGG
GTG
Found at i:13394 original size:240 final size:240
Alignment explanation
Indices: 12945--13422 Score: 514
Period size: 240 Copynumber: 2.0 Consensus size: 240
12935 CAAGAAATTC
* * * * * *
12945 GACTTAAAATCGATTTTGAGTTTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
1 GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATG
* * * **
13010 GGTGAATGCAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGTTTTCACATTTCTCTAGATAGAC
66 GGTGAATACAAACGGACTTTTCTCGCCAATGAATGACTTTTGTCTTCACATTTAACTAGATAGAC
* * * * *
13075 TTAGAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATAAGATT
131 ATAGAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATAAAGTATAAGATT
* * * * *
13140 GTGAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTGGAAGGTATGGGT
196 ATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGT
* * * **
13185 GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATG
1 GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATG
* * * * **
13250 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTT-TCTTCATGTTTAACTAGATA-A-
66 GGTGAATACAAACGGACTTTTCTCGCCAATGAATGACTTTTGTCTTCACATTTAACTAGATAGAC
* * * * * * *
13312 ATAGTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCGAGAATGTAAACAAAATTGAGCCTAAAATAAATTTTGA
131 ATAG--AATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAA-AAAATTGAACCTAAAATAAAGTATAA
** *
13376 GATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
192 GATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGG
13423 CTGAGTATAA
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 42, Indels: 8
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
237 3 0.02
238 2 0.01
239 40 0.21
240 147 0.77
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (240 bp):
GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATG
GGTGAATACAAACGGACTTTTCTCGCCAATGAATGACTTTTGTCTTCACATTTAACTAGATAGAC
ATAGAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATAAAGTATAAGATT
ATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGT
Found at i:13539 original size:411 final size:411
Alignment explanation
Indices: 12777--13582 Score: 892
Period size: 411 Copynumber: 2.0 Consensus size: 411
12767 TAAATTTAAT
* * * *
12777 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGAAAGGAATGGGT
* * * * * *
12842 GATTATAAATGGACTTTTTCTGCCAATTAATGACTTTTTCTTTATATTTCTTAAGGCAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTTCTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCTTAAGACAAACAGTC
* * * ** *
12907 AAATATAATCTAATTTAACAAAAAATATCAAGAAATTCGACTTAAAATCGATTTTGAGTTTATAA
131 AAATATAATCTAATTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCGACCTAAAATAAATTTTGAGATTATAA
* * * * * *
12972 AACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAATGCAAACGGACTTTTCTTGCC
196 AACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGCTGAATACAAACGGACTTTTCTTACC
* * * * * *
13037 AATGAATGACTTTTGTTTTCACATTTCTCTAGATAGACTTAGAATTTTAATATGTTTTAACTAAA
261 AATGAATGACTTTTGTTTTCACATTACACGAGATAGACTTACAATTATAATATGTTTTAACAAAA
* * *
13102 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATAAGATTGTGAAACCATTTAAAACGAGTAATAAT
326 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAG
13167 GCTTTGGAAGGTATGGGTGAC
391 GCTTTGGAAGGTATGGGTGAC
* * *
13188 TTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTG-AAGGAATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTGAAAGGAATGGG
* * * *
13252 TGACTATAAATGGAC-TTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTAAC-T-AGATAAAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTTCT-GCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTT--CTTAAGACAAAC
* ** * * *
13314 AGTCAATTATAATCTGTTTTAATC-GAGAATGTAAACAAAATT-GAGCCTAAAATAAATTTTGAG
127 AGTCAAATATAATCTAATTTAA-CAAAAAATATAAA-AAAATTCGA-CCTAAAATAAATTTTGAG
** ** * * *
13377 ATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTGAGTATAAATGGACTTT
189 ATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGCTGAATACAAACGGACTTT
* * * * * *
13442 TTTTATCAATGAATG-CTTTT-TTCTTCACGTTACACGAGGTAGA-TATTCAATTATAATCTGTT
254 TCTTACCAATGAATGACTTTTGTT-TTCACATTACACGAGATAGACT-TACAATTATAATATGTT
* * * * * * *
13504 TTGACAAAAAATGTAAAACATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATG
317 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACG
13569 AGTAATAAGGCTTT
382 AGTAATAAGGCTTT
13583 TTAGAGAATG
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 64, Indels: 18
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
410 9 0.03
411 222 0.69
412 90 0.28
413 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (411 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGAAAGGAATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTTCTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCTTAAGACAAACAGTC
AAATATAATCTAATTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCGACCTAAAATAAATTTTGAGATTATAA
AACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGCTGAATACAAACGGACTTTTCTTACC
AATGAATGACTTTTGTTTTCACATTACACGAGATAGACTTACAATTATAATATGTTTTAACAAAA
AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAG
GCTTTGGAAGGTATGGGTGAC
Found at i:13636 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13186--14532 Score: 976
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
13176 GGTATGGGTG
* ** *
13186 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGA-AGGAATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAAT-
* * * *
13250 GGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTA-ACTAGATAAA
65 GGTGAGCTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTACACGAGGTAGA
* * * * *
13313 TAGTCAATTATAATCTGTTTTAATC-GAGAATGTAAACAAAATTGA
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAA-AAAATTCA
* * * * * *
13358 GCCTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAATG
* * * * *
13422 GCTGAG-TATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTACACGAGGTAGAT
66 G-TGAGCTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTACACGAGGTAGAC
* * * *
13486 ATTCAATTATAATCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAACATTTTA
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
13529 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTAGA-GAATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAATG
* * * * **
13593 G-GAGCTTATAAATGGGCTTTTCTTCCAAATAAATAG-ATTTTTCTACATGTTTTTA-GAGGTAG
66 GTGAGC-TATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAAT-GCCTTTTTCTTCATG-TTACACGAGGTAG
* * * *
13655 ACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCA
127 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ** * * * *
13699 CCTTAAAAGAAATTATGAGATTATAGAACCATTCAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAG-GGAATA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAAT-
* * * *
13763 GGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCCTTTTCTTTATG-TATCACGAGGTAAA
65 GGTGAGCTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTA-CACGAGGTAGA
* * * * *
13826 AATTCGATT-TAATATG-TTTACACTAAAAATGTAAAAAAAATTAA
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * * *
13870 ACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCA--TAAAAGTGAGTAATAAGGGTGTTGA-AAGAAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAAT
* * * * * * * ***
13932 AGGTGA-C-GTAAATGCACTTTCCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCCTT-ATATTTCTTAAGGTAG
65 -GGTGAGCTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTACACGAGGTAG
* ** *
13994 ACATTTAATTATAGCCTGTTTTAAC-CAAAATGTACAAAAAATTCA
127 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCA
* * * *
14039 ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACT-AGTATTAACGCTTTTGA-AGGAAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAAT
* * * ** * ** *
14102 -GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATGGGTTTTTCTACACAT-TTTTA-GAGGCA
65 GGTGAG-CTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCT--TCATGTTACACGAGGTA
* * * *
14164 GGA-ATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTTA
126 -GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
14209 ACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAATT--AATGCAAGTAATAAAGCTTTT-AAAGGAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG--AGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAA
* * * * * *
14271 T--TG-G-------T--ACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAACGTTTCATGAGCTAGA
64 TGGTGAGCTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTACACGAGGTAGA
* * *
14324 CATTCAATTATAATCTATTTTAGCAAAAACA-GTAAAAAAAATTGA
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA-ATGT-AAAAAAATTCA
* * **
14369 ACTTAAAATGAATT-TGGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAAT
1 ACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAAT
* * * * * *
14432 AGGTGA--TGATAAATAGACTTTTCTTGCCGATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAG
65 -GGTGAGCT-ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTACACGAGGTAG
* *
14495 ACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
127 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
Statistics
Matches: 929, Mismatches: 178, Indels: 137
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
156 1 0.00
157 6 0.01
158 52 0.06
159 2 0.00
160 58 0.06
161 1 0.00
162 2 0.00
163 2 0.00
167 1 0.00
168 12 0.01
169 111 0.12
170 224 0.24
171 239 0.26
172 216 0.23
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGGAATG
GTGAGCTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTACACGAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
Found at i:13775 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13186--14532 Score: 1012
Period size: 170 Copynumber: 8.0 Consensus size: 168
13176 GGTATGGGTG
* * *
13186 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-G
* * * * *
13251 GTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTAACTAGA--TAAAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTT--TTAGAGGTAGAC
* * * * *
13314 AGTCAATTATAATCTGTTTTAATC-GAGAATGTAAACAAAATTGA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATAT-AA-AAAATTCA
* * * * *
13358 GCCTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * ** *
13423 CTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACG-TTACACGAGGTAGATA
66 -TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTTTA-GAGGTAGACA
* * * *
13487 TTCAATTATAATCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAACATTTTA
128 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCA
* * *
13529 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTT-TAGAGAATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAATG
* * *
13593 G-GAGCTTATAAATGGGCTTTTCTTCCAAATAAATAG-ATTTTTCTACATGTTTTTAGAGGTAGA
65 GTGA-C-TATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAAT-GCCTTTTTCTACATGTTTTTAGAGGTAGA
* * *
13656 CATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCA
126 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCA
* ** * * * *
13699 CCTTAAAAGAAATTATGAGATTATAGAACCATTCAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAGGGAATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-G
* * ** * * * *
13764 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCCTTTTCTTTATG-TATCACGAGGTAAAAA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTTTA-GAGGTAGACA
* * * * *
13828 TTCGATT-TAATATG-TTTACACTAAAAATGTAAAAAAAATTAA
128 TTCAATTATAATCTGTTTTA-AC-AAAAA-ATATAAAAAATTCA
* * * * *
13870 ACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCA-TAAAAGTGAGTAATAAGGGTGTTGAAAGAATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-G
* * * * * * *
13934 GTGAC-GTAAATGCACTTTCCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCCTTATAT-TTCTTA-AGGTAGAC
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTT-C-TACATGTTTTTAGAGGTAGAC
* ** ** *
13996 ATTTAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAATGTACAAAAAATTCA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAATTCA
* * * * *
14039 ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACT-AGTATTAACGCTTTTGAAGGAATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * ** ** *
14103 AGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATGGGTTTTTCTACACATTTTTAGAGGCAGGA-
65 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTTTAGAGGTA-GAC
* * *
14167 ATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTTA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCA
* * * ** *
14209 ACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAATTAATGCAAGTAATAAAGCTTTT--A--AA--G
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * *
14268 -GA--AT---TGGTACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTA-ACG-TTTCATGAGCTAGAC
66 TGACTATAAATGG-ACTTTTCT-TCCAATGAATGCCTTTTTC-TACATGTTTTTA-GAGGTAGAC
* * * *
14325 ATTCAATTATAATCTATTTTAGCAAAAACAGTAAAAAAAATTGA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA-A-TATAAAAAATTCA
* * *
14369 ACTTAAAATGAATT-TGGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
1 ACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-
* * * ** * *
14433 GGTGA-TGATAAATAGACTTTTCTTGCCGATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGAC
64 GGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTTTAGAGGTAGAC
* * *
14497 ATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA
Statistics
Matches: 932, Mismatches: 183, Indels: 122
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
157 9 0.01
158 52 0.06
159 4 0.00
160 59 0.06
162 3 0.00
163 1 0.00
164 2 0.00
166 2 0.00
167 1 0.00
168 7 0.01
169 100 0.11
170 250 0.27
171 247 0.27
172 191 0.20
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTTTAGAGGTAGACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCA
Found at i:13894 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 13186--14532 Score: 857
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 342
13176 GGTATGGGTG
* **
13186 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
13251 GTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTAACTAGATAAATAG
66 GAGACTATAAATGGACTTTTCTCGCAAATAAATGCATTTTTCTACATGTTT-ACTAGATAAACAG
* ** * * * * *
13316 TCAATTATAATCTGTTTTAATCGAGAATGTAAACAAAATTGAGCCTAAAATAAATTTTGAGATTA
130 TCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAACAAAATTCAGCCTAAAAGAAATTATGAGATTA
* * * *
13381 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTGAGTATAAATGGACTTTTTTT
195 TAAAACAATTCAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * **
13446 ATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTACACGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTGACAA
260 ATCAATGAATGCCCTTTTCTTCACGTTACACGAGGTAAAAATTCAATTATAATATGTTTACACAA
* * *
13511 AAAATGTAAAACATTTTA
325 AAAATGTAAAAAAATTAA
*
13529 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTT--AGAGAAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGG-TTTTTGAAG-GAAT
* *
13592 GGGAG-CTTATAAATGGGCTTTTCTTC-CAAATAAATAG-ATTTTTCTACATGTTT-TTAGAGGT
64 GGGAGAC-TATAAATGGACTTTTC-TCGCAAATAAAT-GCATTTTTCTACATGTTTACTAGA--T
* * *
13653 AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATAT-AA-AAAATTCA-CCTTAAAAGAAATTAT
124 AAACAGTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAACAAAATTCAGCC-TAAAAGAAATTAT
* * *
13715 GAGATTATAGAACCATTCAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAGGGAATAGG-TGACTATAAATGGA
188 GAGATTATAAAACAATTCAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGCTGACTATAAATGGA
* * * *
13779 CTTTTCTTGTCAATGAATGCCCTTTTCTTTATG-TATCACGAGGTAAAAATTCGATT-TAATATG
252 CTTTTCTTATCAATGAATGCCCTTTTCTTCACGTTA-CACGAGGTAAAAATTCAATTATAATATG
*
13842 TTTACACTAAAAATGTAAAAAAAATTAA
316 TTTACACAAAAAATGT-AAAAAAATTAA
* * * * *
13870 ACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCA--TAAAAGTGAGTAATAAGGGTGTTGAAAGAATA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-TGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * * * * * *
13933 GGTGAC-GTAAATGCACTTTCCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCCT-TATATTT-CTTAAGGTAGA
65 GGAGACTATAAATGGACTTTTCTCGCAAATAAATGCATTTTT-CTACATGTTTAC-T-AGATAAA
* * *** ** * *** **
13995 CATTTAATTATAGCCTGTTTTAA-CCAAAATGTACAA-AAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAG
127 CAGTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATA-AACAAAATTCAGCCTAAAAGAAATTATGAG
* * * ** * *
14058 ATTATAAAACTATTTAAAACT-AGTATTAACGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGACT
191 ATTATAAAAC-AATTCAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATG-GCTGACTATAAATGGACT
* *** * * ** * ** * *
14121 TTTCTTA-CAAATAAATGGGTTTTTCTACACATTTTTA-GAGGCAGGAATTCAATTATAGTTTGT
254 TTTCTTATC-AATGAATGCCCTTTTCTTCAC-GTTACACGAGGTAAAAATTCAATTATAATATG-
* *
14184 TTTA-ACAAAAAATAT-AAAAAATTTA
316 TTTACACAAAAAATGTAAAAAAATTAA
* * * *
14209 ACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAATT--AATGCAAGTAATAAAGCTTTT--A--AA-
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG--AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT
* * * * *
14267 --G-GA--AT---TGGTACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTA-ACGTTT-CATGAGCTA
64 GGGAGACTATAAATGG-ACTTTTCTCGCAAATAAATGCATTTTTC-TACATGTTTAC-T-AGATA
* * * * ** * * *
14322 GACATTCAATTATAATCTATTTTAGCAAAAACAGTA-AAA-AAAATTGAACTTAAAATG-AATT-
125 AACAGTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA-A-TATAAACAAAATTCAGCCTAAAA-GAAATTA
* * *
14383 TGGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGA-TGATAAAT
187 T-GAGATTATAAAACAATTCAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGCTGACT-ATAAAT
* ** * ** * * * * * * *
14446 AGACTTTTCTTGCCGATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTA
249 GGACTTTTCTTATCAATGAATGCCCTTTTCTTCACGTTACACGAGGTAAAAATTCAATTATAATA
14511 TGTTTTA-ACAAAAAATGTAAAA
314 TG-TTTACACAAAAAATGTAAAA
Statistics
Matches: 800, Mismatches: 156, Indels: 108
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
328 3 0.00
329 64 0.08
330 126 0.16
331 8 0.01
332 3 0.00
333 1 0.00
336 2 0.00
338 11 0.01
339 102 0.13
340 158 0.20
341 184 0.23
342 12 0.01
343 118 0.15
344 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGG
GAGACTATAAATGGACTTTTCTCGCAAATAAATGCATTTTTCTACATGTTTACTAGATAAACAGT
CAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAACAAAATTCAGCCTAAAAGAAATTATGAGATTAT
AAAACAATTCAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
TCAATGAATGCCCTTTTCTTCACGTTACACGAGGTAAAAATTCAATTATAATATGTTTACACAAA
AAATGTAAAAAAATTAA
Found at i:14149 original size:510 final size:505
Alignment explanation
Indices: 13186--14532 Score: 1452
Period size: 510 Copynumber: 2.6 Consensus size: 505
13176 GGTATGGGTG
* * *
13186 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-ACCA-TTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTG-AGGAATAG
* * * * *
13251 GTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTAACTAGATAAATAG
63 GTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCACGAGATAAAAAT
* * * * * *
13316 TCAATTATAATCTGTTTTA-ATCGAGAATGTAAACAAAATTGAGCCTAAAATAAATTTTGAGATT
128 TCAATTATAATATG-TTTACAT-AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAA-TTTGAGATT
* * *
13380 ATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGCTGAGTATAAATGGACTTTTT
190 ATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGAG-ATAAAT-GACTTTCT
** * * * * * *
13444 TTATCAATGAATGCTTTTTT-CTTCACGTTACACGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTGA
252 TGCT-AATGAATGCTTTTTTCCTT-ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * *
13508 CAAAAAATGTAAAACATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTA
315 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTA
* * * * *
13573 ATAAGGCTTTTTAGAGAATGGGAGCTTATAAATGGGCTTTTCTTCCAAATAAATAGATTTTTCTA
380 ATAACGCTTTTAAGAGAATGAGAGCTTATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATAGATTTTTCTA
** * *
13638 CATGTTTTTAGAGGTA-GACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCA
445 CACATTTTTAGAGGCAGGA-ATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCA
* ** *
13699 CCTTAAAAGAAATTATGAGATTATAGAACCATTCAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAGGGAATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATT-AAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGA-GGAATAG
* * * * * *
13764 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCCTTTTCTTTATGTATCACGAGGTAAAAAT
63 GTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCACGAGATAAAAAT
* * * *
13829 TCGATT-TAATATGTTTACACTAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGTGATTA
128 TCAATTATAATATGTTTACA-TAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAATT-TGAGATTA
* * *
13893 TAAAACCA-TAAAAGTGAGTAATAAGGGTGTTGAAAGAATAGGTGACG-TAAATGCACTTTCCTT
191 TAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA-GATAAATG-ACTTT-CTT
* ** * * *
13956 GCTAATGAATGCTTTTTTCCTTATATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAGCCTGTTTTAAC-C
253 GCTAATGAATGCTTTTTTCCTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
* *
14020 AAAATGTACAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACT-AGTAT
318 AAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAA-TGAGTAA
* *
14084 TAACGCTTTTGAAG-GAATGAGAGAC-TATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATGGGTTTTTCT
381 TAACGCTTTT-AAGAGAATGAGAG-CTTATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATAGATTTTTCT
* *
14147 ACACATTTTTAGAGGCAGGAATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTTA
444 ACACATTTTTAGAGGCAGGAATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCA
* * *
14209 ACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAATTAATGCAAGTAATAAA-GCTTTT----AA-A-
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACC-ATTAAAGCGAGTAA-AAAGGCTTTTGAGGAATAG
* * * * *
14267 G-GA--AT---TGGTACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAACGTTTCATGAGCTAGACA
63 GTGACTATAAATGG-ACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCACGAGATAAAAA
*
14326 TTCAATTATAATCTAT-TTTAGCA-AAAACA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTTGGAG
127 TTCAATTATAA--TATGTTTA-CATAAAA-ATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAATTT-GAG
* *
14388 ATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATGATAAATAGACTTT
187 ATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA-GATAAAT-GAC-TT
** * *
14453 TCTTGCCGATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTA
249 TCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCCTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
14518 ACAAAAAATGTAAAA
314 ACAAAAAATGTAAAA
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 102, Indels: 74
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
497 3 0.00
498 47 0.07
499 47 0.07
500 40 0.06
501 72 0.10
502 14 0.02
503 1 0.00
504 1 0.00
505 2 0.00
509 9 0.01
510 245 0.35
511 55 0.08
512 52 0.07
513 112 0.16
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (505 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAGGAATAGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCACGAGATAAAAATTCA
ATTATAATATGTTTACATAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAATTTGAGATTATAAAA
CCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGAGATAAATGACTTTCTTGCTAATGA
ATGCTTTTTTCCTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAACGCTTTT
AAGAGAATGAGAGCTTATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAATAGATTTTTCTACACATTTTTAG
AGGCAGGAATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCA
Done.