Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397654.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5362.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2370
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Warning! 37 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:305 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 38--2132 Score: 472
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 171
28 ATTTATTGAT
* * *
38 AAGAAAAGTCCACTTATAGTCA-ACGAAGCCTTC-AA-CAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATT
1 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACAC-AAGCCTTCAAATC-GCC-TATTACTCGCTTTAAATGATT
* *
100 TTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTGGTCAAAACAGATTATAATT
63 TTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTGGTCAAAACAGATTATAATT
* *
165 GAATATTTACCTCT-GG-AAACATGAAAAAAAAGCTATTCGTTGGC
127 GAATATTTACCT-TGGGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTAGC
** * * *
209 AAGAAAAGTCTGTTTATGGTCACACATGCCTTCAAATCGCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAATCGCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* *** * * * * *
274 TAATCTCATTTTTTATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACATATTATAATTTAAT
66 TAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
339 GTTTAGCTTGGGAAAACATGCAGAAAAAGCTATTCATTAGT
131 ATTTACCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTAGC
* * *****************
380 ACGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAATCGCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * * * * **
445 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTAATTC-AAACAGATTATAATTGA
66 TAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTT-GGTCAAAACAGATTATAATTGA
** * *** *
509 ACGTTTGCCTCAAG-AAACAT-AAACAAAAAGCCATTCATTAGC
129 ATATTTACCTTGGGAAAACATGAAA-AAAAAGCTATTCATTAGC
* * * * * *
551 AAGAGAAGTCCATTTATAGTTATC-CATGCCTTCGTAA-C-CCTTACTACTCGCTTTAAAT-AGT
1 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CACAAGCCTTC-AAATCGCC-TATTACTCGCTTTAAATGA-T
*** * * * * *
612 TTTATAATCTTGTAATTCATTTTAAGTTGAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAA
62 TTTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACA-TTTTGGTCAAAACAGATTATAA
* * * * * * * * * **
677 TTGAATGTCTATCAT-GGTAACCATGAATAAAAAGCCATTTATTAAT
125 TTGAATATTTACCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTAGC
* * * * * *
723 AAGAAAAGTTC-ATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAGA--GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTN
1 AAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACACAAGCCTTCAA-ATCGCC-TATTACTCGCTTTAAATGATT
********** * * * * *
785 NNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTGTTGGTTAAATA-AGATTGTAAT
63 TTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTGGTCAAA-ACAGATTATAAT
** * * * * * * * *
848 TGAAGGTCTACCTT-AGTACACAT-AAAGCAAAAGCCATCCATAAG-
126 TGAATATTTACCTTGGGAAAACATGAAA-AAAAAGCTATTCATTAGC
* * * * * * ****
892 AGTGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAAC-CTTATTACTCACTTTAAATNNNN
1 A-AGAAAAGTCAATTTATAGTCACAC-AAGCCTTC-AAATCGCCTATTACTCGCTTTAAATGATT
****** * * * * * * *
955 NNNNNNTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTGTTGGTTAAATA-AGATTATAAT
63 TTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTGGTCAAA-ACAGATTATAAT
* * ** * ** *
1019 TGAATGTTT-GCTTCAGTAAACATGAAGCAAAAG-TCA-TCGATAAG-
126 TGAATATTTACCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGCT-ATTC-ATTAGC
* * * * * ** * *
1063 AGTGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATA-CCTGCGAAA--GTATTATTACTAGCTTTAAATGGT
1 A-AGAAAAGTCAATTTATAGTCACACA-AGCCTTC-AAATCG-CCTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * * * * ** * *
1125 TTTATAATCTCATAGTTGATTTTGAGTTGAATTTATTTATATTTTTATTTAAAACAGATTATTAT
62 TTTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTCAAAACAGATTATAAT
** * * * * *
1190 TGAA-AGTTTGTCTT-GGAAAACATGAAGAAAAATCTATGCAATGGC
126 TGAATA-TTTACCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTAGC
** * * * * * ** *
1235 AAGAAAAGTCTGTTTCTAGTCGCCCATGCCTTTTGAAAAGGCCTGTGATAACTCAGCTTTAAAAT
1 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACAAGCC--TTCAAATCGCC--T-ATTACTC-GCTTT-AAAT
* * * * * * * * *
1300 GTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAGATATTAT
59 GATTTTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTCAAAACAGATTAT
* * * ** * * *
1364 ACTTGAATGTTTACATTCAG-AAACATGAAGAAAAAAGCTATGCATTGGT
123 AATTGAATATTTACCTTGGGAAAACATGAA-AAAAAAGCTATTCATTAGC
* * * *
1413 AAGAAAAGTCAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA--GACCTTATTATTTGCTTTAAAT
1 AAGAAAAGTC-A----ATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAATCG-CC-TATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * **
1476 GATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTTGACATTGTTAGTTAAATTAGATTAT
59 GATTTTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTGGTCAAAACAGATTAT
* * ** * * * ** *
1541 AATTGAATGTATGTCTT-AGTAAATATG--AAGCAA---ATCCATT-GC
123 AATTGAATATTTACCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTAGC
* ** * * ** * * * * *
1583 GGAGAAAAGTCCTTTTATAGTAACCCATTCCTTCGAAA--GCATTATTACTTGTTTTAGATAATT
1 -AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACAAGCCTTC-AAATCGC-CTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * * * * * * * *
1646 TTATAATCTCAGAGTTGATTTTGAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
63 TTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTCAAAACAGATTATAATT
* * * *** * * * * * *
1711 GAATGTATACATCAAG-AAACGTGAACAAATAGCCATTCATTGGT
127 GAATATTTACCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTAGC
* * * * * * * *
1755 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAA--GCTTTATTA-ACACTTCAAAT-AGT
1 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACA-AGCC-TTCAAATCGC-CTATTACTCGCTTTAAATGA-T
* * * * * *
1815 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATTATAAT
62 TTTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTCAAAACAGATTATAAT
* * * * ** * *
1880 TGAATGTCTGCTTTGGG-AAACATGATGAAAAAG-TCATGCATTGGC
126 TGAATATTTACCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGCT-ATTCATTAGC
* * * *
1925 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAGA-C-CTTATGACTCGCTTTAAATGATT
1 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACA-AGCCTTC-AA-ATCGCCTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * * * * * * *
1987 TTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
63 TTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTCAAAACAGATTATAATT
* * * * * * *
2052 GAATGTTTGCCCTGAGAAAACGT-AAAGAAAAAGCCATTCATTAGT
127 GAATATTTACCTTGGGAAAACATGAAA-AAAAAGCTATTCATTAGC
* * * * *
2097 AAGAAAAATCTATTTATAGTCGCCCAAGCTTTCAAA
1 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAA
2133 AGCTTTATTA
Statistics
Matches: 1478, Mismatches: 354, Indels: 185
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 105 0.07
167 8 0.01
168 2 0.00
169 12 0.01
170 294 0.20
171 603 0.41
172 216 0.15
173 7 0.00
174 5 0.00
175 1 0.00
176 39 0.03
177 102 0.07
178 59 0.04
179 2 0.00
180 2 0.00
181 5 0.00
183 16 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAATCGCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
TAATCTAACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAAT
ATTTACCTTGGGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTAGC
Done.