Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401265.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_441.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4704
ACGTcount: A:0.23, C:0.09, G:0.07, T:0.24
Warning! 1724 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2253 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1750--2333 Score: 522
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
1740 NNNNNNNNNN
* * *
1750 TTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTACA-TTTTCTTTAAAACA
1 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGT-AAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACA
* * * * *
1814 GATAATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACGTGCAGTAAAAGCCATTAATTGAGAAGTAAAGTCT
64 GACAATAATTGAATATTTAACTTAAGAAACGTGCAGTAAAAGCTATTAATTGAGAAGAAAAGTCT
* *
1879 ATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCT
* * ** *
1920 TTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTTTATTTTTTGT--ATTTTT-TGTTAAAATA
1 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTAAATTTTTT-TACATTTTTCT-TTAAAACA
* ** ** * ** * *
1982 GACTATAATTGAATACCTGCCTT-GGAAAACGTATAGAAAAAGCTTACTCAA-TGAGAA-AAGAA
64 GACAATAATTGAATATTTAACTTAAG-AAACGTGCAGTAAAAGC-TA-TTAATTGAGAAGAA-AA
* * * * *
2044 GTCAATTTATAGTCACACATTCCTTCAATAGCCTTATTACTCGGT
125 GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCT
********* *
2089 TTAAATGATTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAGGTCAAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACA
1 TTAAATGATTTTATAATCTC-ATAATTATTTTAAGT-AAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACA
* * *
2154 GACAATAATTGAATTTTTAACTTAAGAAACGTGCAGTAAAAGCTATTGATTGAGAAGAAAAATCT
64 GACAATAATTGAATATTTAACTTAAGAAACGTGCAGTAAAAGCTATTAATTGAGAAGAAAAGTCT
* *
2219 ATTTATAGTTACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCT
* * *
2260 TCAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTT-TATTAAAA
1 TTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAAA
* *
2322 CATACTATAATT
62 CAGACAATAATT
2334 CTATGTCTAC
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 76, Indels: 38
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 48 0.15
169 76 0.24
170 72 0.23
171 72 0.23
172 46 0.14
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTAAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGA
CAATAATTGAATATTTAACTTAAGAAACGTGCAGTAAAAGCTATTAATTGAGAAGAAAAGTCTAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCT
Found at i:2356 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1750--2728 Score: 643
Period size: 170 Copynumber: 5.8 Consensus size: 169
1740 NNNNNNNNNN
* * * * *
1750 TTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTACATTTTCTTTAAAACAG
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTACATTTTTTTTAAAACAG
* * * * * * *
1815 A-TAATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACGTGCAGTAAAAGCCATTAATTGAGAAGTAAAGTCT
65 ACT-ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGCAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCT
*
1879 ATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCT
* * * ** *
1920 TTTAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAGTT-TATTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAG
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAG
** * * ** * *
1983 ACTATAATTGAATACCTGCCTT-GGAAAACGTATAGAAAAAGCTTACTCAATGAGAA-AAGAAGT
65 ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGCAGAAAAAGC-TATTCATTGAGAAGAA-AAGT
* * * *
2046 CAATTTATAGTCACACATTCCTTC-AATAGCCTTATTACTCGGT
127 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCGCT
********** * *
2089 TTAAAT-GATTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAGGTCAAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAAC
1 TTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTT-TTTAAAAC
* * * * * * *
2153 AGACAATAATTGAATTTTTAACTTAAGAAACGTGCAGTAAAAGCTATTGATTGAGAAGAAAAATC
63 AGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGCAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTC
* * *
2218 TATTTATAGTTACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCT
128 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCT
* *
2260 TCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTATTAAAACA
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTT-TTAAAACA
* ** ** * * * ******
2324 TACTATAATTCTATGTCTACCTTGCGAAACGTGAAGAAACAAGC-ATTCATTCACAAGANNNNNN
64 GACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGCAGAAA-AAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTC
**** * * * *
2388 NNNNTAGAGTCACCCACTCCTTAAAAAAGCTTATTATTCGCT
128 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCT
* * ** *
2430 TTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTGTTTTACATTTTTGATAAAACAT
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTTTTAAAACAG
** * ** * ********
2495 ACTATAATTGAATGTCTACCTCGATAAACGTTAAGAAAAAAGC-ATTCATTGACAAGNNNNNNNN
65 ACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGCAG-AAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCT
** * * * * * **
2559 NNTTAGAGTCACCTATTCCTTC-AAAAGTTTTCTTACACTTT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCGCT
* * * * * *
2600 TTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTAATCAAACA
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTT-TTAAAACA
* ** * *
2665 GACTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAATATGAAGAAACAAGC-ATTCATTGATAAGAAAAGT
64 GACTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACGTGCAGAAA-AAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGT
2728 C
127 C
2729 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 156, Indels: 51
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 13 0.02
168 42 0.07
169 84 0.13
170 281 0.45
171 145 0.23
172 60 0.10
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGCAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCTAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCT
Found at i:2493 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 1750--2509 Score: 749
Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 336
1740 NNNNNNNNNN
* *
1750 TTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTACATTTTCTTTAAAACAG
1 TTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTT-TTTAAAACAG
* * *
1815 ATAATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACGTGCAGTAAAAGCCATTAATTGAGAAGTAAAGTCTA
64 ACAATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACGTGCAGTAAAAGCCATTAATTGAGAAGAAAAATCTA
** *
1880 TTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAAT
129 TTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * *
1945 TATTTTAAGTTTATTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTGGAAA
194 TATTTTAAGTTAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTCAATACCTACCTTGGAAA
* * * * * *
2010 ACGTATAGAAAAAGCTTACTCAATGAGAAAAGAAGTCAATTTATAGTCACACATTCCTTCAATAG
259 ACGTATAGAAAAAGC-TACTCAATCACAAAAGAAGTCAATTTAGAGTCACACACTCCTTAAAAAG
*
2075 CCTTATTACTCGGT
323 CCTTATTACTCGCT
********** *
2089 TTAAATGATTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAGGTCAAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACA
1 TTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACA-TTTT-TTTAAAACA
* * * *
2154 GACAATAATTGAATTTTTAACTTAAGAAACGTGCAGTAAAAGCTATTGATTGAGAAGAAAAATCT
63 GACAATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACGTGCAGTAAAAGCCATTAATTGAGAAGAAAAATCT
* * * *
2219 ATTTATAGTTACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAA
128 ATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * **
2284 TTGA-TTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTCTATGTCTACCTTG
193 TT-ATTTTAAGTT-AATTTTT-TACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTCAATACCTACCTTG
* * * ********** *
2348 CG-AAACGTGA-AGAAACAAGC-ATTCATTCACAAGANNNNNNNNNNTAGAGTCACCCACTCCTT
255 -GAAAACGT-ATAGAAA-AAGCTACTCAATCACAAAAGAAGTCAATTTAGAGTCACACACTCCTT
*
2410 AAAAAAG-CTTATTATTCGCT
317 -AAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
2430 TTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGAT-AAATTGTTTTACATTTTTGATAAAACA
1 TTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAAATTTTTTTACATTTTT-TTAAAACA
* *
2494 TACTATAATTGAATGT
63 GACAATAATTGAATGT
2510 CTACCTCGAT
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 76, Indels: 23
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 37 0.11
340 164 0.49
341 75 0.23
342 50 0.15
343 6 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
TTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTTAAAACAGAC
AATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACGTGCAGTAAAAGCCATTAATTGAGAAGAAAAATCTATT
TATAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
TTTTAAGTTAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTCAATACCTACCTTGGAAAAC
GTATAGAAAAAGCTACTCAATCACAAAAGAAGTCAATTTAGAGTCACACACTCCTTAAAAAGCCT
TATTACTCGCT
Found at i:3230 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2927--3429 Score: 697
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
2917 NNNNNNNNNN
*
2927 TTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATTTCTACCTCGAGAAACGT-AACGAAACAAG
1 TTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAA-GAAACAAG
* * * *
2991 CCTTCATTGACAAGAAAAATCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGTTTATTACTCGCTTT
65 CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGATTTATTACTCGCTTT
* *
3056 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
130 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
* *
3098 TTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGC
1 TTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGC
* * * **
3163 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCTATTCTTTCAAAAGATTTATTGCTCTTTTTA
66 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGATTTATTACTCGCTTTA
* *
3228 AATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
131 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
* * * * **
3269 TTTACATTTTTTAATAAAACATACTATAATTGAACATCTACCTCGAAAAATATGAAGAAACAAGC
1 TTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGC
* * * ** *
3334 ATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CCTAATTACTCGCTTTA
66 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGATTTATTACTCGCTTTA
* *
3398 AGTGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAG
131 AATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAG
3430 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 38, Indels: 5
0.87 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 37 0.13
171 252 0.86
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGC
ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGATTTATTACTCGCTTTA
AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
Done.