Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401291.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4433.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3929
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.11, T:0.31
Warning! 493 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:293 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--620 Score: 723
Period size: 172 Copynumber: 3.6 Consensus size: 172
* *
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGCATTCTTTGT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * * * * *
65 TCATTTTTTGTTAAAACTGACTAGAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGACATT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
* *
130 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATGCATTCCTTCGAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATTCCTTCAAA
*
173 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATTGA-TTAAATTTGAATTCTTTGTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
* * * * *
237 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATCTCAACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
66 CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTC
*
302 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTG--TTCTTTCAAA
131 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA--TGCATTCCTTCAAA
* * * * * * ** ** *
344 AGCCTTATTACTCAATTTAAATTAGTTAATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTCAAATTATTT-T
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * ** ** *
408 ACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTAGCTAAAGAAATGTAAAGAAAAAGGTATT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATT
* * *
473 CATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCT-CATTCCTTTAAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ATGCATTCCTTCAAA
** * * *
516 AGCCTTATTACTCGTTTTGAAAAG-TTTTATAATCTCAAAATTGAGTTAAATTTGAATTGTTTGT
1 AGCCTTATTACTCACTTT-AAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
** *
580 ACATTTTTACATCAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTC
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTC
621 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 63, Indels: 20
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 160 0.43
172 197 0.53
173 18 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATTCCTTCAAA
Found at i:1507 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1126--3929 Score: 2389
Period size: 171 Copynumber: 16.4 Consensus size: 171
1116 CCATTGACGC
** ** * ** *
1126 AAAACGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGTTTAAATGGTCTTATG
1 AAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-
* ** * * *
1190 AA-CTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTCTTACATTTTTCATTAAAATAGACTAGAATTGTA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
1253 TGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAA-GCATTCATTGGAAAA
128 TGTCTACCTTGAGAAACAT-AAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * ** *
1297 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTTAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTGTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
1362 ATGC-CATAATTAATTTTAAGTTTAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAAT
65 AT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * **
1426 CTCTACCTTGAGAAACGTAACAAAAAAAGGCATTCATTGATAAG
129 GTCTACCTTGAGAAACATAA-AAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * *
1470 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * **
1535 TCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGCTAAAAAAGGTTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
1600 TCTACCTCGAGTAACATAAAGAAAAAA-GCATTCATTGG-AAA
130 TCTACCTTGAGAAACATAAA-AAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * *
1641 AAACAATCAATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACACAATGTAAATTAG-TCTAT
1 AAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTAT
* ** * * *
1705 AACCTCATAATTGATTTTAAGGTCAAATTCTTTTACATTTTTGGGTAAAACATATTATAATTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * *
1770 TGTCTAGCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
128 TGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* *
1814 AAAAGTTCATTCATAGTCACCCATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
1878 TCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTGAAACTA-ACTAGAATTGAGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAAC-AGACTATAATTGAAT
* * *
1942 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-GCGTTCATTGGTAAG
129 GTCTACCTTGAGAAACAT-AAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
1985 AAAAGTCTATTTATAGTCACACATACCATCAAAAGCCTCACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
2050 TGTCATAATTGACTTTAACTTGAATTGTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTAAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
** * *
2115 CTACCTCAAGAAACATAAAGAAAGAGGCATTCATTGGCAAG
131 CTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * *
2156 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAGAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * * *
2221 TCTCAAAATTGATTTAAATTTTTATTCTTGTATATTTTTAGTTAAAACGGACTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* ** * *
2286 CTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
131 CTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
2327 AAAAATCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
2392 TCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATT-TTTTGACCTTTCTT-GTTAGAACATG-TTATAATTGAA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT-ACATTT-TTGGTTAAAACA-GACTATAATTGAA
* * * ** ** * * *
2454 TGTTTGCCTT-AGGAAACATAAACAAAGGGGTGTGCATTAGCATG
128 TGTCTACCTTGA-GAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* *
2498 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTCTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
2563 TCTCAAAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTTACATTTATGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * ** * ** *
2628 TCTGCCTTG-GAGAATGTGAAGTAAAAGCCAACCATTGGTACA-
130 TCTACCTTGAGA-AACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCA-AG
* ** ** * * ** *
2670 AAAAGTCCATTTGTAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTCTTATTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-TA
* * * * * * ** * *
2735 AT-TAATAATTAATTTAAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTAGAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
2799 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAA-GCATTCATTGGCAAG
130 TCTACCTTGAGAAACAT-AAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * *
2841 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCAAAAAG-CTTGATTACTTACTTTAAATGGTTTTAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
2905 AATGC-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTGAAACATACTAGAATTGAA
64 AAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * *
2969 TGTCTACCTTGACAAACATCAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAG
128 TGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
3013 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
3078 TCTCAAAATTGAGTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** * * *
3143 CCAACCACGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAG
130 TCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * *
3185 AGAACTCCATTTATGGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
3250 ACTCATAATTGACTTT-AGATTGAATT-TTTTGACCTTTCTAGTAAAAACAGATTGTAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTCTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * * ** **
3313 GTTTGCCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAGGGTGTTCATAAGCAAG
129 GTCTACCTTGAG-AAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
3356 AAAAGTCTACTTACAGTCATCCATTTCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGCTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
3421 TCTCAAAATTGATTGTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGCCTATAGTTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** * ** * *
3485 TGTACCTT-AGGGAACA-AGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCCCA-
130 TCTACCTTGA-GAAACATA-AAAAAAAAGGCATTCATT-GGCAAG
* ** * ** *
3527 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTCTTATGA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-A
* * * * ** * * * *
3592 A-CTAATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTAATTGAAGCAGACTAGAATTGACTG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * *
3656 TCTACCTAGAGAAATGTGAATAAAAAA-GTATTCATTGGCAAG
130 TCTACCTTGAGAAACAT-AAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * *
3698 AAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGT-CTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
3762 AATAC-CATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
64 AAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * *
3826 TGTTTACCTCGACAAACATAAAGAAAAGGGCATTTAATT-GCAAG
128 TGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGGCA-TTCATTGGCAAG
* * *
3870 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Statistics
Matches: 2090, Mismatches: 476, Indels: 134
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 49 0.02
171 1039 0.50
172 881 0.42
173 121 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
Found at i:1915 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1126--3929 Score: 2451
Period size: 343 Copynumber: 8.2 Consensus size: 341
1116 CCATTGACGC
** ** * ** *
1126 AAAACGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGTTTAAATGGTCTTATG
1 AAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-
* ** * *
1190 AA-CT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCT-TACATTTTTCATTAAAATAGACTAGAATTGT
64 AATCTCAA-AATTGATTTAAAGTTGAATTTT-TGTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGA
* * * * * *
1252 ATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATTGTCAC
127 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAA
* * ** * * *
1317 CCATGCCTTTAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTGTATAATGC-CATAATTAATTTTAA
192 CCAT-TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
1381 GTTTAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAATCTCTACCTTGAGAAACGTAA
255 GTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAA
* **
1446 CAAAAAAAGGCATTCATTGATAAG
319 -AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * *
1470 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** *
1535 TCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGCTAAAAAAGGTTATAATTGAATG
66 TCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATG
* * * * * *
1600 TCTACCTCGAGTAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGG-AAAAAACAATCAATTTATAGTCAACC
130 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCAACC
* * * * *
1664 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACACAATGTAAATTAG-TCTATAACCTCATAATTGATTTTAAGGT
194 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GT
** * * * * *
1728 CAAATTCTTTTACATTTTTGGGTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTAAAG
257 TGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAG
*
1793 AAAAAGACATTCATTGGCAAG
321 AAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* *
1814 AAAAGTTCATTCATAGTCACCCATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* ** *
1878 TCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTGAAACTA-ACTAGAATTGAGT
66 TCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTT-AAAAAAGACTAGAATTGAAT
* * *
1942 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCGTTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACA
129 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-
* ** * * * * * * *
2006 CATACCATCAAAAGCCTCACTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTGTCATAATTGACTTTAACTT
193 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * **
2071 GAATTGTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGA
258 GAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGA
*
2136 AAGAGGCATTCATTGGCAAG
322 AAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * *
2156 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAGAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * * * ** *
2221 TCTCAAAATTGATTTAAATTTTTATTCTTGTATATTTTTAGTTAAAACGGACTATAATTGAATGT
66 TCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGT
* ** * * * *
2286 CTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATGGTCACCCAT
131 CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAT
* * * *
2351 TCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAGGTTGAA
196 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
2416 TTTTTTGACCTTTCTT-GTTAGAACATG-TTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATAAACA
261 TTTTTT-ACATTT-TTGGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATAAAGA
** ** * * *
2478 AAGGGGTGTGCATTAGCATG
322 AAAAGGCATTCATTGGCAAG
* *
2498 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTCTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
2563 TCTCAAAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTTACATTTATGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATG
66 TCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAA-TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATG
* ** * ** * *
2628 TCTGCCTTG-GAGAATGTGAAG-TAAAAGCCAACCATTGGTACA-AAAAGTCCATTTGTAGTC-A
130 TCTACCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAA
* ** * * * ** * * * * *
2689 CTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTCTTATTAAT-TAATAATTAATTTAAA
192 C-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * *
2753 GTTGAGTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
255 GTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAA
2818 AGAGAAAA-GCATTCATTGGCAAG
319 AGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * *
2841 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCAAAAAG-CTTGATTACTTACTTTAAATGGTTTTAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
2905 AAT-GCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTGAAACATACTAGAATTGAA
64 AATCTCAA-AATTGATTTAAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAA
* * * * *
2969 TGTCTACCTTGACAAACATCAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-AC
128 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC
* * * * * * * *
3033 TCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAACT-GATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTAAAT
193 -CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * ** *
3097 TTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGCCAACCACGAGAAACATGA
256 TTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAA
*
3162 AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAG
319 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * *
3185 AGAACTCCATTTATGGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
3250 ACTCATAATTGACTTTAGA-TTGAATTTTT-TGACCTTTCTAG-TAAAAACAGA-TTGTAATTGA
66 TCTCAAAATTGA-TTTAAAGTTGAATTTTTGT-ACATTTTTGGTTAAAAA-AGACTAG-AATTGA
* * * ** ** ** * * *
3311 ATGTTTGCCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAGGGTGTTCATAAGCAAGAAAAGTCTACTTACAGTCA
127 ATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
3375 TCCATT-TCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTGTAA
191 ACCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
3439 GTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGCCTATAGTTGAATGTGTACCTT-AGGGAACA-A
255 GTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATA
* * ** * *
3502 GAAGCAAAAGCCAACCATTAGCCCA-
318 -AAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAG
* ** * ** *
3527 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTCTTATGA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-A
* * * * ** * ** *
3592 A-CT-AATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTAATTGAAGCAGACTAGAATTGACT
65 ATCTCAA-AATTGATTTAAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAAT
* ** * * *
3655 GTCTACCTAGAGAAATGTGAATAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACC
129 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC
3720 ATGTC-TTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAG
194 AT-TCTTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
3783 CTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGACAAACATAAA
256 TTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAA
* *
3848 GAAAAGGGCATTTAATT-GCAAG
320 GAAAAAGGCA-TTCATTGGCAAG
* * *
3870 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Statistics
Matches: 1976, Mismatches: 412, Indels: 145
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 13 0.01
342 582 0.29
343 937 0.47
344 306 0.15
345 138 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGT
CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAT
TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAA
GGCATTCATTGGCAAG
Found at i:3536 original size:857 final size:855
Alignment explanation
Indices: 1126--3925 Score: 2881
Period size: 857 Copynumber: 3.3 Consensus size: 855
1116 CCATTGACGC
** * ** *
1126 AAAACGTCCATTTATAGTCACTTA-AGCCTTC-GAAAGCCTTATTACT-TGTTTAAATGGTCTTA
1 AAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * ** * *
1188 TGAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTCATTAAAATAGACTAGAATTGT
63 T-AA-TGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * * * * * *
1252 ATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAA-GCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATTGTCA
126 ATGTCTACCTCGACAAACATAAAGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * ** * * * * *
1316 CCCATGCCTTTAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTGTATAATGC-CATAATTAATTTTA
190 CCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-CTCAAAATTGA-GTTA
* * * * * * * * * ** *
1380 AGTTT-AATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAAT-CTCTACCTTGAGAAACG
252 AATTTGAATTCTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC-CAACATCAAGAAACA
* * * ** * * *
1443 TAACAAAAAAAGGCATTCATT-GATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCC
316 TGA-AGAAAAAGGCATTCATTAG-CAAGAAAAATCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
* * * * * *
1507 TTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAA-TTTAAATTTGAATTCTTTAT-ACA
379 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTAACTTTAGA-TTGAATT-TTT-TGACC
* * * * * * * * ** ** *
1570 TTTTTGGCTAAAAA-AGGTTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGTAACATAAAGAAAAAAGCATTC
441 TTTCTAG-TAAAAACATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATAAACAAAAGGGTGTGC
* * * * * * * * * * * *
1633 AT-TGGAAAAAACAATCAATTTATAGTCAACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACACAATGTAAAT
504 ATAAGCAAGAAA-AGTCCACTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-
* * * * * * * * * * ***
1697 TAG-TCTATAACCTCATAATTGATTTTAAGGTCAAATT-CTTTTACATTTTTGGGTAAAACATAT
567 TGGCTCTATAATCTCAAAATTGATTGTAA-CTTAAATTGTTTTTACATTTATGGTTAAAAAAGCC
* * * * ** * *
1760 TATAATTGAATGTCTAGCTT-GAGAA-ACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCA-AGAAAAGTTC
631 TATAATTGAATGTCTACCTTGGAGAACAAG--AAGCAAAAGCCAACCATTAGCACA-AAAAGTCC
* * ** ** *
1822 ATTCATAGTCACCCATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCAA-
693 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATTAAT-T-AAT
* * ** *
1884 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTGAAAC-TAACTAGAATTGAGTGTCTAC
756 AATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAATTGAAACAT-ACTAGAATTGAATGTCTAC
* *
1948 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCGTTCATTGGTAAG
819 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * * * *
1985 AAAAGTCTATTTATAGTCACACATACCATC-AAAAGCCTCACTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
2049 TTGTCATAATTGACTTTAACTTGAATTGTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACT-GTAATTAAAT
65 ATG-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAG-AATTGAAT
* * *
2113 GTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAGAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
128 GTCTACCTCGACAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
2178 ATTCCTTTAGAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTT
193 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTAAATTTG
* * * *
2243 TATTCTTGTATATTTTTAGTTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAA
258 AATTCTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCAACATCAAGAAACATGAAGAA
* *
2308 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTC
323 AAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * * * *
2373 ACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTGACCTTTCTTGTTAGA
388 ACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTAACTTTAGATTGAATTTTTTGACCTTTCTAGTAAAA
* * *
2438 ACATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAACAAAGGGGTGTGCATTAGCATGAAAAG
453 ACATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAACAAAAGGGTGTGCATAAGCAAGAAAAG
* *
2503 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTCTATAATCTCA
518 TCCACTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTCTATAATCTCA
* * * *
2568 AAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTTACATTTATGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGC
583 AAATTGATTGTAACTTAAATTGTTTTTACATTTATGGTTAAAAAAGCCTATAATTGAATGTCTAC
*** * * * * *
2633 CTTGGAGAATGTGAAGTAAAAGCCAACCATTGGTACAAAAAGTCCATTTGTAGTCACTTAAGCCT
648 CTTGGAGAACAAGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * *
2698 TCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTCTTATTAATTAATAATTAATTTAAAGTTGAGTTTT
713 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATTAATTAATAATTGATTTAAAGTTGAATTTT
* * * *
2763 TTTATATTTTTCATTAAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAAGC
778 TTTACATTTTTAATTGAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
2828 ATTCATTGGCAAG
843 ATTCATTGGCAAG
* * *
2841 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCAAAAAGCTTGATTACTTACTTTAAATGGTTTTAGA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
2906 ATGCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTGAAACATACTAGAATTGAATG
65 ATGC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
* * * *
2971 TCTACCTTGACAAACATCAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCA
129 TCTACCTCGACAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * *
3036 TTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTAAATTTGA
194 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTAAATTTGA
* * *
3101 ATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGCCAACCA-CGAGAAACATGAAGA
259 ATTC-TTGTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCAA-CATCAAGAAACATGAAGA
* * *
3165 AAAAGGCATTCATTAGCAAGAGAACTCCATTTATGGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
322 AAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
3230 CACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGACTTTAGATTGAATTTTTTGACCTTTCTAGTAAA
387 CACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTAACTTTAGATTGAATTTTTTGACCTTTCTAGTAAA
* * * * *
3295 AACA-GATTGTAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAGGGTGTTCATAAGCAAGAA
452 AACATG-TTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATAAACAAAAGGGTGTGCATAAGCAAGAA
* * * * *
3358 AAGTCTACTTACAGTCATCCATTTCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATC
515 AAGTCCACTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTCTATAATC
* * * * *
3423 TCAAAATTGATTGTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGCCTATAGTTGAATGTG
580 TCAAAATTGATTGTAACTTAAATTGTTTTTACATTTATGGTTAAAAAAGCCTATAATTGAATGTC
* *
3487 TACCTTAGG-GAACAAGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCCCAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAC
645 TACCTT-GGAGAACAAGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * *
3551 GCCTTCAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTCTTATGAACTAATAATTGCTTTTAAGTTGAA
709 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATTAATTAATAATTGATTTAAAGTTGAA
* * * * * ** *
3616 TTTTTTTACAGTTTTAATTGAAGCAGACTAGAATTGACTGTCTACCTAGAGAAATGTGAATAAAA
774 TTTTTTTACATTTTTAATTGAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
*
3681 AAGTATTCATTGGCAAG
839 AAGCATTCATTGGCAAG
* * ** *
3698 AAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGTCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
3763 ATACCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
65 AT-GCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
* * *
3828 TTTACCTCGACAAACATAAAGAAAAGGGCATTTAATT-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
129 TCTACCTCGACAAACATAAAGAAAAAGGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* *
3892 ATTTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATG
193 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
3926 GTTT
Statistics
Matches: 1629, Mismatches: 276, Indels: 74
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
855 13 0.01
856 289 0.18
857 765 0.47
858 438 0.27
859 124 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (855 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
TACCTCGACAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAGTTAAATTTGAAT
TCTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCAACATCAAGAAACATGAAGAAAAA
GGCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTAACTTTAGATTGAATTTTTTGACCTTTCTAGTAAAAACA
TGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAACAAAAGGGTGTGCATAAGCAAGAAAAGTCC
ACTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTCTATAATCTCAAAA
TTGATTGTAACTTAAATTGTTTTTACATTTATGGTTAAAAAAGCCTATAATTGAATGTCTACCTT
GGAGAACAAGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATTAATTAATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTAATTGAAACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
CATTGGCAAG
Done.