Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397657.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_213.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2032
ACGTcount: A:0.12, C:0.31, G:0.25, T:0.18
Warning! 279 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:130 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 36--149 Score: 124
Period size: 42 Copynumber: 2.7 Consensus size: 42
26 CCGAGCTCGG
* *
36 TGCCGCTGCTGCTGCTGC-CAGCCA-ACAGCCAAGGTCGGCCC
1 TGCCGCTGCTGCTGCTTCGCA-CCACACAGCCAAGGCCGGCCC
* * *
77 TGCCGCGGCTGCTGCTTCGCACCACACAGCCAAGGCCGGTCT
1 TGCCGCTGCTGCTGCTTCGCACCACACAGCCAAGGCCGGCCC
* * * *
119 TGCTGCTGCTGCTGCCTCGGACCACATAGCC
1 TGCCGCTGCTGCTGCTTCGCACCACACAGCC
150 CCAACTCGGT
Statistics
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0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 19 0.31
42 42 0.69
ACGTcount: A:0.14, C:0.40, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (42 bp):
TGCCGCTGCTGCTGCTTCGCACCACACAGCCAAGGCCGGCCC
Found at i:266 original size:75 final size:80
Alignment explanation
Indices: 103--286 Score: 233
Period size: 75 Copynumber: 2.4 Consensus size: 80
93 TCGCACCACA
* *
103 CAGCCAAGGCCGGTC-T--TGCTGCTGCTGCTGCCTCGGACCACATAGCCCCAACTCGGTGCCGC
1 CAGCCAAGGTCGGTCTTGCTGCTGCTGCTGCTGCCTCGGACCACATAGCCCCAACTCGGTGCCGA
*
165 TGCTGCTGCCTGCCAG
66 TGC-GCTGCCAGCCAG
* * *
181 CAGCCGAGGTCGGTCTTGCTGCTGCTGCTGCTGCCT-GGAACCACATAGCCCGAGCTCGGTG-C-
1 CAGCCAAGGTCGGTCTTGCTGCTGCTGCTGCTGCCTCGG-ACCACATAGCCCCAACTCGGTGCCG
243 AT-C-C-GCCAGCCAG
65 ATGCGCTGCCAGCCAG
256 CAGCCAAGGTCGGTCTTGCTGCTGCTGCTGC
1 CAGCCAAGGTCGGTCTTGCTGCTGCTGCTGC
287 CNNNNNNNNN
Statistics
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0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
75 38 0.40
76 1 0.01
78 14 0.15
79 2 0.02
80 3 0.03
81 37 0.39
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Consensus pattern (80 bp):
CAGCCAAGGTCGGTCTTGCTGCTGCTGCTGCTGCCTCGGACCACATAGCCCCAACTCGGTGCCGA
TGCGCTGCCAGCCAG
Found at i:692 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 638--740 Score: 118
Period size: 46 Copynumber: 2.2 Consensus size: 46
628 AGGTCGGTCT
* * *
638 TGCTGCTGCCGCTTGGC-ACCACACAGCCCGAGCTCTGAGCCGCTGC
1 TGCTGCTGCCGC-TGCCTACCACACAGCACGAGCTCGGAGCCGCTGC
* ** *
684 TGCTGCTGCTGCTGCCTGGCACACAGCACGAGCTCGGTGCCGCTGC
1 TGCTGCTGCCGCTGCCTACCACACAGCACGAGCTCGGAGCCGCTGC
730 TGCTGCCTGCC
1 TGCTG-CTGCC
741 AGCAGCCCAG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 3
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
45 3 0.06
46 40 0.85
47 4 0.09
ACGTcount: A:0.11, C:0.40, G:0.30, T:0.19
Consensus pattern (46 bp):
TGCTGCTGCCGCTGCCTACCACACAGCACGAGCTCGGAGCCGCTGC
Found at i:787 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 688--1059 Score: 379
Period size: 78 Copynumber: 4.8 Consensus size: 78
678 CGCTGCTGCT
* *
688 GCTGCTGCTGCCTGG---CACACAGCACGAGCTCGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCCA
1 GCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCCA
750 GGTCGGTCTTCCC
66 GGTCGGTCTTCCC
* * *
763 GCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGACCTTGGT-CTCGCTGCTGCTGCCTTCCAGCAGCCG
1 GCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTGC-CGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCC
**
827 AGGTCTATCTTCCTGC
65 AGGTCGGTCTTCC--C
* * ** *
843 TGATGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCAAGGTGCCGCTGCTGGTGCAGCCTGCCAG
1 ----GCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGC---TGCTGCCTGCCAG
* *
908 CAGCCCAGCTCGGCCTT---
59 CAGCCCAGGTCGGTCTTCCC
* * * *
925 GC-G--GCTGCCTGGCAGCACACTGCCCGGGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCGA
1 GCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCCA
987 GGTCGGTCTTCCC
66 GGTCGGTCTTCCC
* * *
1000 GCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGGGCTTGGT-CTCGCTGCTGCTGCCTGGCAGCA
1 GCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTGC-CGCTGCTGCTGCCTGCCAGCA
1060 CACAGCCCGA
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 31, Indels: 39
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
72 26 0.11
75 52 0.21
76 1 0.00
77 3 0.01
78 100 0.41
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84 38 0.16
85 1 0.00
87 23 0.09
ACGTcount: A:0.11, C:0.39, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (78 bp):
GCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCCA
GGTCGGTCTTCCC
Found at i:807 original size:121 final size:118
Alignment explanation
Indices: 685--1402 Score: 420
Period size: 118 Copynumber: 6.1 Consensus size: 118
675 AGCCGCTGCT
* * *
685 GCTGCTGCTG-CTGCCTGGCACACAGCACGAGCTCGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCC
1 GCTGCTGCTGCCTGCC-AGCACACAGCCCGAGCTCGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCA
*
749 AGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGACCTTGGTCTC
65 AGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTCTC
* ** * * * * * *
803 GCTGCTGCTGCCTTCCAGCAGC-CGAGGTCTATCTTC-CTGCTGATGCTGCTG-CTGCCTGGCAG
1 GCTGCTGCTGCCTGCCAGCA-CAC-AGCCCGAGC-TCGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCC-AGCAG
* * * * * * * * * *
865 CACACGGCCCGAG-CAAGGTGCCGCTGCTGGTG-CAGCCTGCCA-GCAGCCC-AGCTCGG-C-C
62 C-CAAGG-TCG-GTC---TTCCCGCTGCTGCTGCCTGGC-ACCACACAGCCCGAGCTTGGTCTC
* * * * * * *
923 -TTGCGGCTGCCTGGCAGCACACTGCCCGGGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCGA
1 GCTGCTGCTGCCTGCCAGCACACAGCCCGAGCTCGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCAA
* *
987 GGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGGGCTTGGTCTC
66 GGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTCTC
* * *
1040 GCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCCGCCAGCAGC
1 GCTGCTGCTGCCTGCCAGCACACAGCCCGAGCTCGGTGCCGCTGCTGC---TGCCTGCCAGCAGC
* * * * * * *
1105 CAAGGTCTGCCTTCCTGCCGCTGCTGCTTCGCACCACACAGCCCGACCTTGGTCTC
63 CAAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTCTC
* * * ** * * *
1161 GCTGCTGGTGCCTGCCCGCAGCCCAGGTCG-G-TC-TTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCAGCA--CA
1 GCTGCTGCTGCCTGCCAGCA-CACAGCCCGAGCTCGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCA
* * * * * * * * * *
1221 CGGCCCGAG-CTTGGTGCCGCTGCTGGTG-CAGG--CCA-GC-GGCCAAGGTCGGTCTTCCC
65 AGG-TCG-GTC-T--TCCCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTC-T--C
* * * * ** *
1277 GCTGCTGCTGCCCGGCAGCACACGGCCCGGGCTTTGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCCA
1 GCTGCTGCTGCCTGCCAGCACACAGCCCGAGCTCGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCAA
* * *
1342 GGTCGGTCTCCCCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACGGCCCGGGCTTGGTGC-C
66 GGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGT-CTC
1395 GCTGCTGC
1 GCTGCTGC
1403 CAGCAGCCCA
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 116, Indels: 92
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
113 24 0.05
114 15 0.03
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119 65 0.15
120 11 0.03
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123 9 0.02
124 15 0.03
ACGTcount: A:0.10, C:0.40, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (118 bp):
GCTGCTGCTGCCTGCCAGCACACAGCCCGAGCTCGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCAA
GGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTCTC
Found at i:892 original size:159 final size:155
Alignment explanation
Indices: 680--1010 Score: 400
Period size: 159 Copynumber: 2.1 Consensus size: 155
670 CTCTGAGCCG
**
680 CTGCTGCTGCTGCTGCTGCCTGGCACACAGCACGAGCTCGGTGCCGCTGCTGC-T-GCCTGCCAG
1 CTGCTGCTGCTGCTGCTGCCTGGCACACAGCACGAGCAAGGTGCCGCTGCTGCGTAGCCTGCCAG
* *
743 CAGCCCAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGACCTTGGT-CTCGCTG
66 CAGCCCAGCTCGGCCTT---GC-G--GCTGCCTGGCACCACACAGCCCGACCTTGGTGC-CGCTG
* *
807 CTGCTGCCTTCCAGCAGCCGAGGTCTATCTTC
124 CTGCTGCCTGCCAGCAGCCGAGGTCGATCTTC
* *
839 CTGCTGATGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCAAGGTGCCGCTGCTG-GTGCAGCCT
1 CTGCTGCTGCTGCTGCTGCCTGGCA-CACA--GCACGAGCAAGGTGCCGCTGCTGCGT--AGCCT
* * **
903 GCCAGCAGCCCAGCTCGGCCTTGCGGCTGCCTGGCAGCACACTGCCCGGGCTTGGTGCCGCTGCT
61 GCCAGCAGCCCAGCTCGGCCTTGCGGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGACCTTGGTGCCGCTGCT
*
968 GCTGCCTGCCAGCAGCCGAGGTCGGTCTTC
126 GCTGCCTGCCAGCAGCCGAGGTCGATCTTC
*
998 CCGCTGCTGCTGC
1 CTGCTGCTGCTGC
1011 CCGGCACCAC
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 15, Indels: 16
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 96 0.64
160 5 0.03
161 1 0.01
162 23 0.15
165 24 0.16
ACGTcount: A:0.10, C:0.39, G:0.31, T:0.20
Consensus pattern (155 bp):
CTGCTGCTGCTGCTGCTGCCTGGCACACAGCACGAGCAAGGTGCCGCTGCTGCGTAGCCTGCCAG
CAGCCCAGCTCGGCCTTGCGGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGACCTTGGTGCCGCTGCTGCTGC
CTGCCAGCAGCCGAGGTCGATCTTC
Found at i:1047 original size:43 final size:40
Alignment explanation
Indices: 998--1089 Score: 141
Period size: 40 Copynumber: 2.3 Consensus size: 40
988 GTCGGTCTTC
*
998 CCGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGGGCTTGGT-
1 CCGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTG
* *
1037 CTCGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGAGCTTGGTG
1 C-CGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTG
1078 CCGCTGCTGCTG
1 CCGCTGCTGCTG
1090 GTGCCCGCCA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 3
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.02
40 46 0.96
41 1 0.02
ACGTcount: A:0.10, C:0.40, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (40 bp):
CCGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTG
Found at i:1064 original size:277 final size:272
Alignment explanation
Indices: 761--1336 Score: 698
Period size: 277 Copynumber: 2.1 Consensus size: 272
751 GTCGGTCTTC
* **
761 CCGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGACCTTGGT-CTCGCTGCTGC-TGCCTTCCAGCAG
1 CCGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGACCTTGGTGC-CGCTGCTGCGTGCCCGCCAGCAG
* * * * * *
824 CCGAGGTCTATCTTCCTGCTGATGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCAAGGTGC-CG
65 CCAAGGTCTACCTTCCTGC-----C-GCTGCTGCCTCGCACCACACAGCCCGACCAAGGT-CTCG
*
888 CTGCTGGTGCAGCCTGCCAGCAGCCCAGCTCGGCCTT-GC-G-GCTGCCTGGCAGCACACTGCCC
123 CTGCTGGT---GCCTGCCAGCAGCCCAGCTCGGCCTTCGCTGCGCTGCCTGGCAGCACACGGCCC
* ** *
950 GGGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCAGCCGAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGG
185 GAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCAGGCCAGCAGCCAAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGG
1015 CACCACACAGCCCGGGCTTGGT-
250 CACCACACAGCCCGGGCTTGGTG
*
1037 CTCGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCCGCCAGC
1 C-CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGACCTTGGTGCCGCTGCTGC--GTGCCCGCCAGC
* * **
1102 AGCCAAGGTCTGCCTTCCTGCCGCTGCTGCTTCGCACCACACAGCCCGACCTTGGTCTCGCTGCT
63 AGCCAAGGTCTACCTTCCTGCCGCTGCTGCCTCGCACCACACAGCCCGACCAAGGTCTCGCTGCT
* * *
1167 GGTGCCTGCCCGCAGCCCAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCT
128 GGTGCCTGCCAGCAGCCCAGCTCGGCCTT--CGCTGC-GCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCT
* * *
1232 TGGTGCCGCTGCTGGTGCAGGCCAGCGGCCAAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGGCAGCA
190 TGGTGCCGCTGCTGCTGCAGGCCAGCAGCCAAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGGCACCA
* *
1297 CACGGCCCGGGCTTTGTG
255 CACAGCCCGGGCTTGGTG
*
1315 CCGCTGCTGCTGCCTGCCAGCA
1 CCGCTGCTGCTGCCTGGCAGCA
1337 GCCCAGGTCG
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 28, Indels: 25
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
271 23 0.09
273 1 0.00
274 39 0.15
275 2 0.01
276 1 0.00
277 164 0.63
278 2 0.01
280 27 0.10
ACGTcount: A:0.10, C:0.39, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (272 bp):
CCGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGACCTTGGTGCCGCTGCTGCGTGCCCGCCAGCAGC
CAAGGTCTACCTTCCTGCCGCTGCTGCCTCGCACCACACAGCCCGACCAAGGTCTCGCTGCTGGT
GCCTGCCAGCAGCCCAGCTCGGCCTTCGCTGCGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTGC
CGCTGCTGCTGCAGGCCAGCAGCCAAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGC
CCGGGCTTGGTG
Found at i:1102 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 1000--1102 Score: 122
Period size: 40 Copynumber: 2.5 Consensus size: 42
990 CGGTCTTCCC
* *
1000 GCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGGGCTTGGTCTCGCT
1 GCTGCTG-TGCCCGGCAGCACACAGCCCGAGCTTGGTCTCGCT
*
1043 GCTGC--TGCCTGGCAGCACACAGCCCGAGCTTGGTGC-CGCT
1 GCTGCTGTGCCCGGCAGCACACAGCCCGAGCTTGGT-CTCGCT
*
1083 GCTGCTGGTGCCCGCCAGCA
1 GCTGCT-GTGCCCGGCAGCA
1103 GCCAAGGTCT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 8
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
40 35 0.69
41 1 0.02
43 15 0.29
ACGTcount: A:0.11, C:0.40, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
GCTGCTGTGCCCGGCAGCACACAGCCCGAGCTTGGTCTCGCT
Found at i:1148 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 1039--1560 Score: 478
Period size: 78 Copynumber: 6.8 Consensus size: 81
1029 GGCTTGGTCT
* *
1039 CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCCGCCAGCAG
1 CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCTGCCAGCAG
* *
1104 CCAAGGTCTGCCTTCC
66 CCAAGGTCGGTCTTCC
* * * * * * * * *
1120 TGCCGCTGCTGCTTCGCACCACACAGCCCGACCTTGGT--CTC-GCTGCTGGTGCCTGCCCGCAG
1 CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCTGCCAGCAG
*
1182 CCCAGGTCGGTCTTCC
66 CCAAGGTCGGTCTTCC
** *
1198 CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTG-C-C-GCTGCTGGTGCAGGCCAGCGG
1 CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCTGCCAGCAG
1260 CCAAGGTCGGTCTTCC
66 CCAAGGTCGGTCTTCC
* * *
1276 CGCTGCTGCTGCCCGGCAGCACACGGCCCGGGCTTTGTGCCGCTGCTGC---TGCCTGCCAGCAG
1 CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCTGCCAGCAG
* *
1338 CCCAGGTCGGTCTCCC
66 CCAAGGTCGGTCTTCC
* *
1354 CGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACGGCCCGGGCTTGGT---GC--C-GC---TG-CTGCCAGCAG
1 CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCTGCCAGCAG
*
1409 CCCAGGTCGGTCTTCC
66 CCAAGGTCGGTCTTCC
* * *
1425 CGCTGCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGC-T--TG--G-TGCTG-T--TGCCTGCCAGAAG
1 CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCTGCCAGCAG
* * *
1481 CCAA-GTCGCTGTTGC
66 CCAAGGTCGGTCTTCC
* * * * * * *
1496 TGCTGCTGCTGCCTGGCA-CACA--GCCCCAGCTCGCTGCCCCTGCTGCTGCTGCCCGCCAGCAG
1 CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCTGCCAGCAG
1558 CCA
66 CCA
1561 GTGCCCCCCG
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 49, Indels: 42
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
68 8 0.02
69 1 0.00
70 6 0.02
71 86 0.23
72 16 0.04
73 1 0.00
74 5 0.01
75 3 0.01
77 14 0.04
78 191 0.51
79 4 0.01
80 1 0.00
81 37 0.10
ACGTcount: A:0.10, C:0.40, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (81 bp):
CGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCTGCCAGCAG
CCAAGGTCGGTCTTCC
Found at i:1244 original size:199 final size:193
Alignment explanation
Indices: 847--1245 Score: 505
Period size: 199 Copynumber: 2.0 Consensus size: 193
837 TCCTGCTGAT
* * *
847 GCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCAAGGTGCCGCTGCTGGTGCAGCCTGCCAGCAGC
1 GCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGAGCAAGGTGCCGCTGCTGCTGCAGCCCGCCAGCAGC
* * * * **
912 CCAGCTCGGCCTTGCGGCTGCCTGGCAGCACACTGCCCGGGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGC
66 CAAGCTCGGCCTTGCGGCTGCCTCGCACCACACAGCCCGACCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGC
* *
977 CAGCAGCCGAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGGGCTTGGTCTC
131 CAGCAGCCCAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTCTC
** **
1040 GCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGAGCTTGGTGCCGCTGCTGCTGGTGCCCGCCAGCAGC
1 GCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGAGCAAGGTGCCGCTGCTGCTGCAGCCCGCCAGCAGC
* * * *
1105 CAAGGTCTGCCTTCCTGCCGCTGCTGCTTCGCACCACACAGCCCGACCTTGGT-CTCGCTGCTGG
66 CAAGCTCGGCC-T--TG-CG--GCTGCCTCGCACCACACAGCCCGACCTTGGTGC-CGCTGCTGC
* * * *
1169 TGCCTGCCCGCAGCCCAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACGGCCCGAGCTTG
124 TGCCTGCCAGCAGCCCAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGAGCTTG
1234 GTGC-C
189 GT-CTC
1239 GCTGCTG
1 GCTGCTG
1246 GTGCAGGCCA
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 23, Indels: 10
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
193 66 0.38
194 1 0.01
196 2 0.01
197 2 0.01
198 1 0.01
199 102 0.58
200 1 0.01
ACGTcount: A:0.10, C:0.40, G:0.32, T:0.19
Consensus pattern (193 bp):
GCTGCTGCTGCCTGGCAGCACACAGCCCGAGCAAGGTGCCGCTGCTGCTGCAGCCCGCCAGCAGC
CAAGCTCGGCCTTGCGGCTGCCTCGCACCACACAGCCCGACCTTGGTGCCGCTGCTGCTGCCTGC
CAGCAGCCCAGGTCGGTCTTCCCGCTGCTGCTGCCCGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTCTC
Found at i:1366 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1320--1437 Score: 112
Period size: 34 Copynumber: 3.4 Consensus size: 34
1310 TTGTGCCGCT
*
1320 GCTGCTGCCTGCCAGCAGCCCAGGTCGGTCTCCCC
1 GCTGCTG-CTGCCAGCAGCCCAGGTCGGTCTTCCC
* * * ***
1355 GCTGCTGCTGCCTGGCA-CCACACGGCCCGGGCTTGGT
1 GCTGCTGCTGCC-AGCAGCC-CA-GG-TCGGTCTTCCC
*
1392 GCCGCTGCTGCCAGCAGCCCAGGTCGGTCTTCCC
1 GCTGCTGCTGCCAGCAGCCCAGGTCGGTCTTCCC
1426 GCTGCTGCTGCC
1 GCTGCTGCTGCC
1438 TGGCACCACA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 15, Indels: 11
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
34 24 0.38
35 14 0.22
36 7 0.11
37 18 0.29
ACGTcount: A:0.08, C:0.42, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (34 bp):
GCTGCTGCTGCCAGCAGCCCAGGTCGGTCTTCCC
Found at i:1402 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1358--1464 Score: 96
Period size: 34 Copynumber: 3.0 Consensus size: 37
1348 TCTCCCCGCT
1358 GCTGCTGCCTGGCACCACACGGCCCGGGCTTGGTGCC
1 GCTGCTGCCTGGCACCACACGGCCCGGGCTTGGTGCC
* * * *** *
1395 GCTGCTGCC-AGCAGCC-CA-GG-TCGGTCTTCCCGCT
1 GCTGCTGCCTGGCA-CCACACGGCCCGGGCTTGGTGCC
* *
1429 GCTGCTGCCTGGCACCACACAGCCCGAGCTTGGTGC
1 GCTGCTGCCTGGCACCACACGGCCCGGGCTTGGTGC
1465 TGTTGCCTGC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 15, Indels: 10
0.67 0.20 0.13
Matches are distributed among these distances:
34 19 0.38
35 7 0.14
36 6 0.12
37 18 0.36
ACGTcount: A:0.10, C:0.40, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (37 bp):
GCTGCTGCCTGGCACCACACGGCCCGGGCTTGGTGCC
Found at i:1509 original size:37 final size:38
Alignment explanation
Indices: 1462--1560 Score: 92
Period size: 40 Copynumber: 2.6 Consensus size: 38
1452 CCGAGCTTGG
* ***
1462 TGCTGTTGCCTGCCAGAAGCCAAG-TCGCTGTTGCTGC
1 TGCTGCTGCCTGCCAGAAGCCAAGCTCGCTGCCCCTGC
* * *
1499 TGCTGCTGCCTGGCACACAGCCCCAGCTCGCTGCCCCTGC
1 TGCTGCTGCCTGCCAGA-AG-CCAAGCTCGCTGCCCCTGC
* *
1539 TGCTGCTGCCCGCCAGCAGCCA
1 TGCTGCTGCCTGCCAGAAGCCA
1561 GTGCCCCCCG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 12, Indels: 5
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
37 14 0.30
38 4 0.09
39 6 0.13
40 23 0.49
ACGTcount: A:0.12, C:0.40, G:0.27, T:0.20
Consensus pattern (38 bp):
TGCTGCTGCCTGCCAGAAGCCAAGCTCGCTGCCCCTGC
Done.