Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401297.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4439.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2553
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.12, T:0.30
Warning! 432 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:298 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1547 Score: 1487
Period size: 172 Copynumber: 9.0 Consensus size: 170
* * * * * *
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAGGTGACCATAAATGGACTTCTCTA
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
66 G-CTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
66 GAC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-C
* * *
130 CAAAAAGTAAAAAAACTTAAACTTAAAATTAAATTTGAGATTA
129 TAAAAAGTAAAAAAA-TTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * ** **
173 TAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGACGGAATAAGAGACTATAAATAAACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
238 GACAATAAATGCTTTTTTCTTGATGTTTCTCGAGGTAAAAATTTAATTATTATCTGTTTTAACTA
66 GACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTA
303 AAAATGTAAGAAAAATTAATA-TTAAAATCAATTTTGAGATTA
131 AAAA-GTAA-AAAAATTAA-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * *
345 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAATGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * * * * *
410 TCCCAAAGAATACTTTTCTCTTCATGTTTTTCGAGATACACATTCAATTA-TAGTCTGTCTT-AG
65 TGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAAC
* * * * **
473 TGAAAATGTTAAACAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGATTA
129 T-AAAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
** * * * * * *
516 TAAAATTATTTCAAGCGAGTAATAAGGGTTTAGAAAGAAT-GGATGGCTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * *
580 T-ACCAACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAGGCATTCAATTA-TACTTTTTTTTAA
65 TGA-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAA
*
643 -TAAAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTA
128 CT--AAAAAGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
*** *
688 TAAAACCATTTAAATTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
753 GCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTGAACTA
66 GACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTA
*
818 AAAATATAAAAGAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
131 AAAA-GTAAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * * *
860 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATGAACTTCTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * *
925 GCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACAT-TTT-TCAAAATACACATTTAATT-GTAGTCTGTTTTAA
66 GACAATGAATGCTTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAA
** * *
987 -TGAAAAATGTAAAACGATTCAACTTAAAATCAA-TTAGAAGATTA
128 CT-AAAAA-GTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTG-AGATTA
* * * *
1031 TAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAACGG-TTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
1095 T-ACCAATGAATGC--TTTTCTTCATGTTTCTCAACGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
65 TGA-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-
* * *
1157 CAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTG
128 CTAAAAAGT--AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* ** *
1202 TAAAACCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** *
1267 GCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATAT-AATTATTGTCTGTTTTAACT
66 GACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAT-TCAATTATTATCTGTTTTAACT
* * *
1331 AAAAATATAAAAAAAAACTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
130 AAAAA-GT--AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* ** *
1375 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCCAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** *
1440 -ACCGATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTACCCATTCAATTA-CAGTCTGTTTTAAC
66 GA-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAAC
* * * * *
1503 TAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTA
129 TAAAAA-GTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
1546 TA
1 TA
1548 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1139, Mismatches: 193, Indels: 87
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 5 0.00
169 34 0.03
170 80 0.07
171 286 0.25
172 446 0.39
173 281 0.25
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
GACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTA
AAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
Found at i:996 original size:515 final size:514
Alignment explanation
Indices: 1--1547 Score: 2063
Period size: 515 Copynumber: 3.0 Consensus size: 514
* * * * * * *
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCCTTTTGAAGGAATAGGTGACCATAAATGGACTTCTC-
1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAACG-GTTTAGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * *
64 TAGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
65 TA-CCAACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT
* * * * *** *
129 CCAAAAAGTAAAAAAACTTAAACTTAAAATTAAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCA
129 CAAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATTAAGTA
* * ** * *
194 ATAAGGCTTTTGACGGAATAAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGACAATAAATGCTTTTTTCTT
194 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
* * * *
259 GATGTTTCTCGAGGTAAAAATTTAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAAATTAATA
259 CATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAA-AAAAATTAA-A
324 -TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAATGGAATGG
322 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA-GGAATGG
* * * * * * *
388 GTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTCCCAAAGAATACTTTTCTCTTCATGTTTTTCGAGATACACA
386 GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTCAAAATACACA
* * * * *
452 TTCAATTATAGTCTGTCTTAGTG-AAAATGTTAAACAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGATTA
450 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTA
* * * *
516 TAAAATTATTTCAAGCGAGTAATAAGGGTTTAGAAAGAAT-GGATGGCTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAACGGTTTAGAAAGAATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * *
580 TACCAACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAGGCATTCAATTATACTTTTTTTTAATA
65 TACCAACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATC
*
645 AAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAATTAAGTAA
130 AAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATTAAGTAA
* *
710 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTC
195 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTC
*
775 ATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTGAACTAAAAATATAAAAGAAATTAAACT
260 ATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTAAACT
*
840 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTG
324 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * *
905 ACCATAAATGAACTTCTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTTTCAAAATACACATTTA
389 ACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTCAAAATACACATTCA
* *
970 ATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACGATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTA
454 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTA
* * * *
1031 TAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAACGGTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAACGGTTTAGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * *
1096 ACCAATGAATGC--TTTTCTTCATGTTTCTCAACGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCA
66 ACCAACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
* *
1159 AAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTT-AATGTAAGTA
131 AAAAAGT-AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAT-TAAGTA
*
1223 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTT
194 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT
* * * *
1288 CATGTTTCTTGAGGTAAACATATAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAACTGAA
259 CATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATAT--AAAAAAATTAAA
** *
1353 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCCAAGGAATGA
322 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * *
1417 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCGATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTACCCAT
386 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTCAAAATACACAT
* * *
1482 TCAATTACAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTA
451 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTA
1546 TA
1 TA
1548 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 907, Mismatches: 111, Indels: 28
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
513 54 0.06
514 240 0.26
515 602 0.66
516 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (514 bp):
TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAACGGTTTAGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
ACCAACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCA
AAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATTAAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
TGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTA
AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
TATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTCAAAATACACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAGAAGATTA
Found at i:1346 original size:687 final size:686
Alignment explanation
Indices: 1--1547 Score: 1792
Period size: 687 Copynumber: 2.3 Consensus size: 686
* * * * * *
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAGGTGACCATAAATGGACTTCTCTA
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
66 GCTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCC
66 GCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CT
* * *
131 AAAAAGTA-AAAAAACTTAAACTTAAAATTAAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAA
130 AAAAA-TATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAA
* ** * *
195 TAAGGCTTTTGACGGAATAAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGACAATAAATGCTTTTTTCTTG
194 TAAGCCTTTTGAAAGAATAAGAGACCATAAATAAACTTCTCTTGACAATAAATGCTTTTTTCTTG
** * ** *
260 ATGTTTCTCGAGGTAAAAATTTAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAAATTAATAT
259 ACATTTCTCAAAATAAAAATTTAATTAGTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAAATTAATAT
* *
325 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAATGGAATGGGT
324 TAAAATCAATTTAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAATGGAATAGGT
* * *
390 GACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAAAGAATACTTTTCTCTTCATGTTTTTCGAGATACACATTC
389 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAAGAATACTTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGATACACATTC
* * * * * * *
455 AATTATAGTCTGTCTTAGTGAAAATGTTAAACAATTTAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAA
454 AATTATAATCTGTCTTAATAAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAA
** * * *
520 ATTATTTCAAGCGAGTAATAAGGGTTTAGAAAGAATGGATGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCA
519 ACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA
* ** * *
585 ACGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAGGCATTCAATTATACTTTTTTTTAATAAAAAA
584 ACGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAAACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAA
*
650 AGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTA
649 AGTAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTA
*** *
688 TAAAACCATTTAAATTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
753 GCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTGAACTA
66 GCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA
*
818 AAAATATAAAAGAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
131 AAAATATAAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAAT
** * * * * *
883 AAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACCATAAATGAACTTCTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTA
195 AAGCCTTTTGAAAGAATAAGAGACCATAAATAAACTTCTCTTGACAATAAATGCTTTTTTCTTGA
* * * **
948 CATTTTTCAAAATACACATTTAATT-GTAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAA-AACGATTCAA-
260 CATTTCTCAAAATAAAAATTTAATTAGTA-TCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAGAAAAATT-AAT
* * * *
1009 CTTAAAATCAA-TTAGAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA-CGGTTTTGAA-GGAAT
322 ATTAAAATCAATTTAG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGC-CTTTTGAATGGAAT
* * * *
1071 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTT-TCTTCATGTTTCTCAACG-TAGA
385 AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAAGAATACTTTTCTCTTCATGTTTCTCAA-GATACA
* **
1133 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAG
449 CATTCAATTATAATCTGTCTTAAT-AAAAAAGT--AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAGGAG
* * * * *
1198 ATTGTAAAACCATTT-AATGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATGGACT
511 ATTATAAAACCATTTCAA-GCAAGTAATAAGGCTTTAGAAAGAATG-GATGACTATAAATAGACT
* * * * * **
1261 TTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATAT-AATTATTGTCTGTT
574 TTTCTTACCAACGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAAACAT-TCAATTATACTCTGTT
* * *
1325 TTAACTAAAAATA-TAAAAAAAAACTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
638 TTAA-TAAAAAAAGT-AAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTA
* ** *
1375 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCCAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** *
1440 ACCGATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTACCCATTCAATTACAGTCTGTTTTAACTA
66 GCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA
* * * * * *
1505 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGATTATA
131 AAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1548 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 125, Indels: 33
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
683 38 0.05
684 10 0.01
685 45 0.06
686 218 0.30
687 408 0.57
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (686 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA
AAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATA
AGCCTTTTGAAAGAATAAGAGACCATAAATAAACTTCTCTTGACAATAAATGCTTTTTTCTTGAC
ATTTCTCAAAATAAAAATTTAATTAGTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAAATTAATATTA
AAATCAATTTAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAATGGAATAGGTGA
CTATAAATAGACTTTTCTTACCAAAGAATACTTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGATACACATTCAA
TTATAATCTGTCTTAATAAAAAAGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAAC
CATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAAGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAC
GAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTTAACGTAAACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAAAG
TAAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTTTGAAATTA
Done.