Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401298.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_444.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13200
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 3226 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:849 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 381--884 Score: 514
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
371 NNNNNNNGGT
* * * *
381 AAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTTAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATGAATTATGA
1 AAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * ** * *
446 GATTAGAAAACTATATGCAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGTGTGATTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTT
* * **
511 TTCTTATCAATCAATGGCTTTTTTTTTACGTTTTTTAAGAC
131 TTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCCAAGAC
* * * * * * *
552 AAACAGTCAATTATAATCTGTTTGATCTAAAAATGTAAAAAAATTCATCATAAAATCAATTAGGA
1 AAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * ***********
617 GATTGTAAAA-TCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT-NNNNNNNNNNCAAATGGGC
66 GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGGC
* *
680 TTTT-TTGA-CAAATGAATGTG-TTTTTCTTTATGTTTTCCAAGGC
129 TTTTCTT-ATC-AATGAATG-GCTTTTTCTTTACGTTTTCCAAGAC
* * * * *
723 AAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAACATTTCAGCCTAAAATCAATTATAA
1 AAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * *
788 GATTATAAAACTATTTAAAACGAGAAATACGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTT
*
853 TTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
131 TTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTT
885 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 65, Indels: 20
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 246 0.95
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGCTT
TTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCCAAGAC
Found at i:3275 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2648--4082 Score: 1078
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 171
2638 NNNNNATGGC
* * * * * * * ** * *
2648 TTTTATTCATGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTA-AATCTATTTTAACCAAAAATATAAGAAAA
1 TTTTCTTCACGTTACTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
2712 TTCATCCTAAAATCAATTATAAGTTTGTAAAA-TCATTTAAAGGGAGTAATAAAGATTTCAAAGG
66 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
* * *
2776 CTTGGGTGACTACAAATGTGC-TTTTTGTACAAATGAATATAT
130 CTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTTG-ACAAATGAATGTGT
* * * * *
2818 TCTTCTTCACATTACTCGAGGCAAAGAATCAATTATAATGTGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAA
1 TTTTCTTCACGTTACTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * **
2883 GTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTCTTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTAAA-AA
66 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
** * * * *
2947 TATAAGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTATC-AATCAATGGTTT
131 T-TGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTTGA-CAAATGAAT-GTGT
* * * * * **
2990 TTTTTTTCACGTTTCTCAATGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTTCTTCACGTTACTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
3055 TTCATCTTAAAATCAATTACGAGTTTGTAAAA-TCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
66 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
3119 CTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTTGACAAATGAATGTGT
130 CTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTTGACAAATGAATGTGT
* * * * * * * *
3161 TTTTCTTTATGTTCCCCAAGGCAAAGAATCAATTATAATTTGTTTTAATTGAAAATATAAAAATA
1 TTTTCTTCACGTTACTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAA
* *
3226 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-
66 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
* * * *
3290 TATGGCTGACGATAAATGAGCTTTTCTT-ATCAAAT-AATG-GCT
131 T-TGGGTGACTACAAATGGGCTTTT-TTGA-CAAATGAATGTG-T
* * * * * * * * * *
3332 TTTTGTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAGTCAGTTAAAATCTGTTTTAAC-CAGAAATGTAAAAAA
1 TTTTCTTCACGTTACTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGA-AAATGTAAAAAA
* ** * * *
3396 ATTCATCCTAAAATTTATTATGAGTTTGTAAAA-TCACTT--A--GAGTAATAAGGCTTTTTAAG
65 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * *
3456 GCTTGGGTTACTACAAATGTGC-TTTTTGTACAAATAAATGTAG-
129 GCTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTTG-ACAAATGAATGT-GT
* * *
3499 TTTTCTAT-ACGTTACTCGAGGCAAAGAATCAATTATAATATGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAA
1 TTTTCT-TCACGTTACTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAA
* ** * *** *
3563 AGTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAATTTTTGAAGG
65 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
* * * *
3628 CATGAGTGACTACAAATGTGCTTTTCTT-ATC-AATAAATG-GCT
130 CTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTT-TTGA-CAAATGAATGTG-T
* * **
3670 TTTT-TTCACGTTTCTCAAGG--AAGACAGTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
1 TTTTCTTCACGTTACTCAAGGCAAAGA-A-TCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAA
* * * * * *
3732 AATTCATCTTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
64 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* ** * * *
3797 GCTTGCGTGACTGTAAATGTGCCCTTTTTTTG-CAAATGAATATAT
129 GCTTGGGTGACTACAAATG-G-GC-TTTTTTGACAAATGAATGTGT
* * * * * * * * * *
3842 TTTTCTACATGCTACCCGAGGTAAAAAATAAATTATAATATGTTTTAACTGAAGATGT-AAAAAA
1 TTTTCTTCACGTTACTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAA
* ** *
3906 TGTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTAAG
66 T-TCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * * *
3971 G-TATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTT-ATC-AATCAATCG-CT
129 GCT-TGGGTGACTACAAATGGGCTTTT-TTGA-CAAATGAAT-GTGT
* ** * * * * * ** *
4014 TTTCCTTCACGTTTTTCAAGACAGACAGTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAATAAAA
1 TTTTCTTCACGTTACTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAA
4079 TTCA
66 TTCA
4083 TCATAAANNN
Statistics
Matches: 989, Mismatches: 222, Indels: 106
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 8 0.01
167 114 0.12
168 8 0.01
169 6 0.01
170 143 0.14
171 359 0.36
172 227 0.23
173 78 0.08
174 41 0.04
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTCACGTTACTCAAGGCAAAGAATCAATTATAATCTGTTTTAACTGAAAATGTAAAAAAA
TTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
TTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTTGACAAATGAATGTGT
Found at i:3322 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2643--4089 Score: 1863
Period size: 343 Copynumber: 4.2 Consensus size: 342
2633 NNNNNNNNNN
* * * *
2643 ATGGC-TTTTATTCATGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTA-AATCTATTTTAACCAAAAATATA
1 ATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * * *
2706 AGAAAATTCATCCTAAAATCAATTATAAGTTTGTAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAAGATTTC
66 AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
2771 AAAGGCTTGGGTGACTACAAATGTGCTTTTTGTACAAATGAATATATTCTTCTTCACATTACTCG
131 AAAGGCTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTGTACAAATGAATATATTTTTCTACACGTTACCCG
* *
2836 AGGCAAAGAATCAATTATAATGTGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATT
196 AGGCAAAGAATCAATTATAATATGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATT
* * * ** * *
2901 ATGAGATTATAAAACTCTTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTAAAAATATAAGTGACTATAAATGG
261 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA
*
2966 GCTTTTTTTATCAATCA
326 GCTTTTCTTATCAATCA
* * *
2983 ATGGTTTTTTTTTTCACGTTTCTCAATGCAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
1 ATGG-CTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* *
3048 AAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTACGAGTTTGTAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * *
3113 TAAAGGCTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTT-TGACAAATGAATGTGTTTTTCTTTATGTTCCC
130 TAAAGGCTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTGT-ACAAATGAATATATTTTTCTACACGTTACC
* * * * * * *
3177 CAAGGCAAAGAATCAATTATAATTTGTTTTAATTGAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAA
194 CGAGGCAAAGAATCAATTATAATATGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAA
* * *
3242 TTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG-GCTGACGATAAA
259 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGAG-TGACTATAAA
3306 TGAGCTTTTCTTATCAAAT-A
323 TGAGCTTTTCTTATC-AATCA
* * * * * *
3326 ATGGCTTTTTGTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAGTCAGTTAAAATCTGTTTTAACCAGAAATGTA
1 ATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
** *
3391 AAAAAATTCATCCTAAAATTTATTATGAGTTTGTAAAATCACTT--A--GAGTAATAAGGCTTTT
66 AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * * *
3452 TAAGGCTTGGGTTACTACAAATGTGCTTTTTGTACAAATAAATGTAGTTTTCTATACGTTACTCG
131 AAAGGCTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTGTACAAATGAATATATTTTTCTACACGTTACCCG
**
3517 AGGCAAAGAATCAATTATAATATGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAAGTCAATTTAAAATCAATT
196 AGGCAAAGAATCAATTATAATATGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATT
** * * *
3582 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAATTTTTGAAGGCATGAGTGACTACAAATGT
261 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA
*
3647 GCTTTTCTTATCAATAA
326 GCTTTTCTTATCAATCA
* *
3664 ATGGC-TTTTTTTCACGTTTCTCAAGGAAGACAGTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
*
3728 AAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAA-CAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTT
66 AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAATC-ATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * * * * *
3792 TGAAGGCTTGCGTGACTGTAAATGTGCCCTTTTTTTGCAAATGAATATATTTTTCTACATGCTAC
130 TAAAGGCTTGGGTGACTACAAATG-G-GCTTTTTGTACAAATGAATATATTTTTCTACACGTTAC
* * * *
3857 CCGAGGTAAAAAATAAATTATAATATGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAATGTCAACCTAAAATCA
193 CCGAGGCAAAGAATCAATTATAATATGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAAGTCAACCTAAAATCA
** * *
3922 ATTATGAGATTATAAAACTATTTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGTATGAGTGACTATAA
258 ATTATGAGATTATAAAACTA-TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAA
3987 ATGAGCTTTTCTTATCAATCA
322 ATGAGCTTTTCTTATCAATCA
* ** * * *
4008 ATCGCTTTTCCTTCACGTTTTTCAAGACAGACAGTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* *
4073 ATAAAATTCATCATAAA
66 AAAAAATTCATCCTAAA
4090 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 136, Indels: 31
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 93 0.10
338 198 0.21
339 3 0.00
340 5 0.01
341 34 0.04
342 124 0.13
343 366 0.38
344 62 0.07
345 67 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
ATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTT
AAAGGCTTGGGTGACTACAAATGGGCTTTTTGTACAAATGAATATATTTTTCTACACGTTACCCG
AGGCAAAGAATCAATTATAATATGTTTTAACTGAAGATGTAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA
GCTTTTCTTATCAATCA
Found at i:4566 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 4195--5262 Score: 877
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 167
4185 NNNNNAGATG
* * *
4195 TAAAAAATGTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTAACACGAGTAATAAGGCC
1 TAAAAAAT-TCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTA-TTTAA-AGGAGTAATAAGG-C
** * * **
4260 TTTT-AAGGTATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATC-AATCAATGGCTTTTCCTTCATATT
62 TTTTGAAGGTATGGGTGACTACAAATG-GCTTTTCTTA-CAAAT-AATGGCTTTTTCTTCACGTT
**** * * *
4323 TTTTGAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATA
124 TCCCAAGGCAAATAATCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATA
* *
4367 TAATAAAATTCATCATAAAATGAATTATGAGATTGTAAAA-TCATTTAAAGGAAGTAATAAGGCT
1 TAA-AAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACT-ATTTAAAGG-AGTAATAAGGCT
* * * * * *
4431 TTTAAAGGCT-TGGGCGACTACAAATGGGTTTTTTTGACAAATAAATGTG-TTTTTCTTGATGTT
63 TTTGAAGG-TATGGGTGACTACAAATGGCTTTTCTT-ACAAAT-AATG-GCTTTTTCTTCACGTT
* * * * *
4494 TCCCAAGGCAAAGAATCAATTATAATTTCTTTTAACTGAAAATG
124 TCCCAAGGCAAATAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
* * **
4538 TAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAA-ATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAG-GAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
4603 TTGAAGGTATAGATGACTATAAATCGGCTTTTCTT-CTCAATCAATGGTTTTTTCTTCATGTTTC
64 TTGAAGGTATGGGTGACTACAAAT-GGCTTTTCTTAC-AAAT-AATGGCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * *
4667 TCTAGGCAGATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCACAAATA
126 CCAAGGCAAATAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
**
4709 TAAAAAAATTTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
1 T-AAAAAA-TTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAG-GAGTAATAAGGCT
* *
4774 TTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAAATAATGGCTTTTCCTTCACGTTTC
63 TTTGAAGGTATGGGTGACTACAAATG-GCTTTTCTTA-CAAATAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * *
4839 TTC-AGGCAGATAGTTAGTTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATC
126 -CCAAGGCAAATAATCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATA
* * ** *
4881 CAAAAACATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCCTTTAAAGGGAGTAACAAGGCTT
1 TAAAAA-ATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAA-GGAGTAATAAGGCTT
* * ** *
4946 TTGAGGGCT-TGGGTGACTACAAAGGGGCTTTTCTTACAAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTA
64 TTGAAGG-TATGGGTGACTACAAA-TGGCTTTTCTTACAAAT-AATGGCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * *
5010 CTAAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTGAACTTAAAATA
126 CCAAGGCAAATAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
* ** * *
5052 TAAAACAATTCAACAAAAAATTAATTATGAGATTAG-AAAACTATTTACAACGAGTAATAAGGCT
1 TAAAA-AATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATT-GTAAAACTATTTA-AAGGAGTAATAAGGCT
** * * *
5116 TTTGAAGGTATAAGTG-CTTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATCAATGACTTTTTTTTCACGTT
63 TTTGAAGGTATGGGTGAC-TACAAAT-GGCTTTTCTTA-CAAAT-AATGGCTTTTTCTTCACGTT
** * * * *
5179 TTTC-AGGACAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATA
124 TCCCAAGG-CAAATAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
* *
5223 TAAAAAAATTCATCATAAAATCAATTATGAGATTGCAAAA
1 T-AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAA
5263 TCATTNNNNN
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 125, Indels: 81
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 32 0.04
171 490 0.67
172 198 0.27
173 10 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
TAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGTATGGGTGACTACAAATGGCTTTTCTTACAAATAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG
GCAAATAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
Found at i:5162 original size:514 final size:515
Alignment explanation
Indices: 4196--5262 Score: 1438
Period size: 514 Copynumber: 2.1 Consensus size: 515
4186 NNNNAGATGT
* * * *
4196 AAAAAATGTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTAACACGAGTAATAAGGCCT
1 AAAAAATTTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAACACGAGTAATAAGGCCT
* *
4261 TTTAAGGTATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATATTTTT
66 TTTAAGGTATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCACATTTCT
* * *
4326 TGAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAATAAAATTCATCATAAAATGAA
131 TCAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATACAATAAAATTCATCATAAAATCAA
* * *
4391 TTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGCGACTACAAAT
196 TTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGGAAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGCGACTACAAAG
* * * * * * *
4456 GGGTTTTTTTGACAAATAAATGTGTTTTTCTTGATGTTTCCCAAGGCAAAGAATCAATTATAATT
261 GGGTTTTCTTGACAAATAAATGTATTTTTCTTCACGTTTACCAAGGCAAACAATCAATTATAATC
* * ** * *
4521 TCTTTTAACTGAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAACTATTTAA
326 TCTTTGAACTGAAAATATAAAAATATTCAACAAAAAATCAATTATGAGATCAGAAAACTATTTAA
* *
4586 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGATGACTATAAATCGGCTTTTCTTCTCAATCAATG-G
391 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGATGACTATAAATCGGCTTTTCTTATCAATCAATGAC
* * *
4650 TTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGG-CAGATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCACAAATATA
456 TTTTTT-TTCACGTTTCTC-AGGACAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
*
4711 AAAAAATTTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGA-GAGTAATAAGG-CT
1 AAAAAATTTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAACACGAGTAATAAGGCCT
** *
4774 TTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAAAT-AATGGCTTTTCCTTCACGTTT
66 TTT-AAGGTATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATC-AATCAATGGCTTTTCCTTCACATTT
* * * * *
4838 CTTCAGGCAGATAGTTAGTTATAATCTGTTTTAATCAAAAATCCAA-AAACATTCATCCTAAAAT
129 CTTCAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATACAATAAA-ATTCATCATAAAAT
* * * * * *
4902 CAATTATGAGGTTGTAAAACCCTTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAGGGCTTGGGTGACTACA
193 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGGAAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGCGACTACA
* * *
4967 AAGGGGCTTTTCTT-ACAAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTACTAAGGTAAACAATCAATTAT
258 AAGGGG-TTTTCTTGACAAATAAATGTATTTTTCTTCACGTTTACCAAGGCAAACAATCAATTAT
* * * *
5031 AATCTGTTTGAACTTAAAATATAAAACA-ATTCAACAAAAAATTAATTATGAGATTAGAAAACTA
322 AATCTCTTTGAACTGAAAATATAAAA-ATATTCAACAAAAAATCAATTATGAGATCAGAAAACTA
*
5095 TTTACAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATA-AGTG-CTTATAAATGGGCTTTTCTTATCAA
386 TTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGA-TGAC-TATAAATCGGCTTTTCTTATCAA
* * *
5157 TCAATGACTTTTTTTTCACGTTTTTCAGGACAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAAT
448 TCAATGACTTTTTTTTCACGTTTCTCAGGACAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
5222 ATA
513 ATA
* *
5225 AAAAAA-TTCATCATAAAATCAATTATGAGATTGCAAAA
1 AAAAAATTTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
5263 TCATTNNNNN
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 58, Indels: 22
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 43 0.09
514 378 0.78
515 63 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (515 bp):
AAAAAATTTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAACACGAGTAATAAGGCCT
TTTAAGGTATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCACATTTCT
TCAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATACAATAAAATTCATCATAAAATCAA
TTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGGAAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGCGACTACAAAG
GGGTTTTCTTGACAAATAAATGTATTTTTCTTCACGTTTACCAAGGCAAACAATCAATTATAATC
TCTTTGAACTGAAAATATAAAAATATTCAACAAAAAATCAATTATGAGATCAGAAAACTATTTAA
AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGATGACTATAAATCGGCTTTTCTTATCAATCAATGAC
TTTTTTTTCACGTTTCTCAGGACAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
Found at i:5205 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 4196--5267 Score: 928
Period size: 343 Copynumber: 3.1 Consensus size: 343
4186 NNNNAGATGT
* * * * *
4196 AAAAAATGTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTTAACA-CGAGTAATAAGGCC
1 AAAAAAT-TCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCA-TTTAA-AGCGAGTAACAAGG-C
* * * * * * **
4260 TTTT-AAGGTATA-AGTGACTATAAATG-AGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTTCCTTCATAT
62 TTTTGAAGGTATAGA-TGACTACAAA-GCGGCTTTTCTTCTAAATCAATGGTTTTTTCTTCACGT
* ** * * * * * * * *
4322 TTTTTGAGGCAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAATAAAA-TTCATCATAAA
125 TTCTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTGAACCACAAATATAAAAAAATTTCAACAAAAA
* ** * ** *
4386 ATGAATTATGAGATTGTAAAA-TCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT-TGGGCGA
190 ATCAATTATGAGATTACAAAACT-ATTTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATAAGTGA
* * * ** * * * * * * *
4448 CTACAAATG-GGTTTTTTTGA-CAAATAAATGTGTTTTTCTTGATGTTTC-CCAAGGCAAAGAAT
252 CTATAAATGAGCTTTTCTT-ATCAAAT-AATGACTTTTCCTTCACGTTTCTTC-AGGCAGACAGT
* * * * **
4510 CAATTATAATTTCTTTTAACTGAAAATGTA
314 CAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATACA
* * ** * *
4540 AAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT
* * * * *
4605 GAAGGTATAGATGACTATAAATCGGCTTTTCTTCTCAATCAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTCT
66 GAAGGTATAGATGACTACAAAGCGGCTTTTCTTCTAAATCAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * * **
4670 AGGCAGATAGTCAATTATAATCTGTTTTAACCACAAATATAAAAAAATTTCATCCTAAAATCAAT
131 AGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTGAACCACAAATATAAAAAAATTTCAACAAAAAATCAAT
**
4735 TATGAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
196 TATGAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATG
* * * *
4800 AGCTTTTCTTATCAAATAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTTCAGGCAGATAGTTAGTTATAATCT
261 AGCTTTTCTTATCAAATAATGACTTTTCCTTCACGTTTCTTCAGGCAGACAGTCAATTATAATCT
*
4865 GTTTTAATC-AAAAATCCA
326 GTTTT-ATCTAAAAATACA
* * *
4883 AAAACATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCCTTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT
* * * * *
4948 GAGGGCT-TGGGTGACTACAAAGGGGCTTTTCTTAC-AAATGAAT-GTATTTTTCTTCACGTTTA
66 GAAGG-TATAGATGACTACAAAGCGGCTTTTCTT-CTAAATCAATGGT-TTTTTCTTCACGTTT-
* * *
5010 CT-AAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTGAACTTA-AAATATAAAACAA-TTCAACAAAAAA
127 CTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTGAAC-CACAAATATAAAAAAATTTCAACAAAAAA
* * *
5072 TTAATTATGAGATTAGAAAACTATTTACAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTG-CTT
191 TCAATTATGAGATTACAAAACTATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGAC-T
* **
5135 ATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATCAATGACTTTTTTTTCACGTTT-TTCAGGACAGACAGTCAA
254 ATAAATGAGCTTTTCTTATCAAAT-AATGACTTTTCCTTCACGTTTCTTCAGG-CAGACAGTCAA
*
5198 TTATAATCTGTTTTATCTAAAAATATA
317 TTATAATCTGTTTTATCTAAAAATACA
* * * *
5225 AAAAAATTCATCATAAAATCAATTATGAGATTGCAAAATCATT
1 AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATT
5268 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 90, Indels: 46
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 19 0.03
342 280 0.45
343 289 0.47
344 28 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
AAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT
GAAGGTATAGATGACTACAAAGCGGCTTTTCTTCTAAATCAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
AGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTGAACCACAAATATAAAAAAATTTCAACAAAAAATCAAT
TATGAGATTACAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATG
AGCTTTTCTTATCAAATAATGACTTTTCCTTCACGTTTCTTCAGGCAGACAGTCAATTATAATCT
GTTTTATCTAAAAATACA
Found at i:5719 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5371--6072 Score: 568
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
5361 NNNNNNNTAT
* * * * * * *
5371 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTATT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGATT
* * * ** * * *
5436 CTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAA-TACATTCATTT-ATCAA-AAAAGCCCATTTGTAGTCA
66 GTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGT-CATT-ATTTGAT-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * **********
5498 CCTA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTNNNNNNNNNNAC
128 CCCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
* * * *
5542 AATCTCATAATTGATTTTATGATGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATTTTAATTGATT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGATT
* * *
5607 GTCTGCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTGA-TTGATAAGAAAAGCCCATTTATAATCATC
66 GTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATT-ATTTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* *
5671 CATACCTTTAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTT-C
130 CATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
* * ** *
5712 AAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAA-ATTATAATGGA
1 -AATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAGATTATAATTGA
* * * * * *
5776 TTGTTTACCTCCG-TAAACGTGAAGAAAAA-TACATTCATTTG-TGAGAAAAGCCCATTTTGTTG
64 TTGTCTACCT-TGAAAAACGTGAAGAAAAAGT-CATT-ATTTGATAAGAAAAGCCCA-TTTATAG
* * * * **
5838 TCACCCA-AGCCCTCAAAAGCCTTTTTACTCCCTTTAAAGGGTTTTAC
125 TCACCCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
* * * * *
5885 AATCTCATAATTGATTTCAGGATGAATTTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAACTAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGATGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGA
* * * * *
5949 CTATCTACCTT-AAGAAACGT-ACAGGAAAAGCCATTATTTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTC
64 TTGTCTACCTTGAA-AAACGTGA-AGAAAAAGTCATTATTTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
** *
6012 ACCCATACCTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
127 ACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
6057 AATCTCATAATTGATT
1 AATCTCATAATTGATT
6073 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 90, Indels: 41
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.01
171 219 0.52
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173 55 0.13
174 8 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGATT
GTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTATTTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
ATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAC
Found at i:6066 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 5368--6068 Score: 818
Period size: 344 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
5358 NNNNNNNNNN
* * * * * **
5368 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTT
1 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATGG
* **
5433 ATTCTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTTATCAAAAAAGCCCATTTGTAGTCA
66 ATTCTTTACCTCCGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTTATCAAAAAAGCCCATTTGTAGTCA
* * * * ********** * *
5498 CCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTNNNNNNNNNNACAATCTCATAATTGATTTTATG
131 CCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAGGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAGG
* ** * * * * *
5563 ATGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATTTTAATTGATTGTCTGCCTTGAAAAACGTGAA
196 ATGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAACTAACTATCTACCTTGAAAAACGTGAA
* *
5628 GAAAAAGTCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAATCATCCATACCTTTAAAAGCCTCATTA
261 GAAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTCATTA
*
5693 CTTGCTTTAAATAGTTT
326 CTCGCTTTAAATAGTTT
*
5710 TCA-AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATG
1 T-ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATG
* * * * * * * *
5774 GATTGTTTACCTCCGTAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTTGTGAGAAAAGCCCATTTTGTTGT
65 GATTCTTTACCTCCGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTTATCAAAAAAGCCCA-TTTGTAGT
*
5839 CACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTTTTACTCCCTTTAAAGGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCA
129 CACCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAGGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCA
*
5904 GGATGAATTTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAACTAACTATCTACCTT-AAGAAAC
194 GGATGAA--TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAACTAACTATCTACCTTGAA-AAAC
* * * **
5967 GT-ACAGGAAAAGCCATT-ATTTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATACCTTTGGAAGC
256 GTGA-AGAAAAAGCCATTGA-TTGATAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGC
*
6030 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
319 CTCATTACTCGCTTTAAATAGTTT
6054 TATAATCTCATAATT
1 TATAATCTCATAATT
6069 GATTNNNNNN
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 54, Indels: 14
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 100 0.34
343 68 0.23
344 122 0.41
345 7 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATGG
ATTCTTTACCTCCGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTTATCAAAAAAGCCCATTTGTAGTCA
CCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAGGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAGG
ATGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAACTAACTATCTACCTTGAAAAACGTGAA
GAAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTCATTA
CTCGCTTTAAATAGTTT
Found at i:7978 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7502--8978 Score: 1249
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 171
7492 CCTTAAAGGA
* * * * * *
7502 TTTTACAACCTCATAATTGATTTCAGGATGAATTTTTTTACATTTT-TGATTAAAACGGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAACTTTTTTACATTTTCAG-TTAAAACAGATTATA
* * * * * * *
7566 ACTGACTGTCTACC-TGAAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATT-ATTTAATAAGAAAAG-CTCAATT
65 ATTGACTGTCTGCCTTG-AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTGATAAGAAAAGCCT-ATTT
* *
7628 ATAGTTACATATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
127 ATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * *
7673 TTTTGTAATTTCATTAA-TGATTTTAGGATAAATTTTTTTTACATATTT-GGTTAAAACAGATTA
1 TTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAGGATGAA-CTTTTTTACAT-TTTCAGTTAAAACAGATTA
* * *
7736 TAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCGATTTA
63 TAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGCCTATTTA
7801 TAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
128 TAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * *
7845 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACATTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAACTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * * *
7910 TTGATTCTTTGCCCT-AGGAAACATAAAAAAAAATAAATTCATTTG-TCAA-AAAAGCCTATTTG
66 TTGACTGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTGAT-AAGAAAAGCCTATTTA
* * *
7972 TAGTCACCCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAT-G
128 TAGTCACCTATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* ** ** *
8015 ATTTTACAATCTCATAATTGATTTTATAATGAA-TTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGTTTAT
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAACTTTT-TTACATTTTCAGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
8079 AATTGACTGTCTGCCTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAA-ACTCATTTA
64 AATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGCCT-ATTTA
* * *
8143 TAGTCACTTATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAATAG
128 TAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAG
* * *
8188 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-ACATTTTTTACATTTTCAGTTAAAACATATTACA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAAC-TTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * * *
8252 ATT-AATGCTTTGCC-TCAGGTAACGTGTAGAAAAATATATTCATT-TTAAAAAAAAGCGC-ATT
65 ATTGACTG-TCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAT-AAGAAAAGC-CTATT
* * * * *
8313 TGTAGTCACCCA-AGGCTTCGAAAGCCTTATTACTAC-CTTTAAATTG
126 TATAGTCACCTATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATAG
* * * * * *
8359 TTTTACAAACACATAATTGATTTTAAGATGAA-TTCTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAACTT-TTTTACA-TTTTCAGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
8422 AATTGACTGTCTACCTTAAGAAACGTGAA-AAAAAGCCGTTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTAT
64 AATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGCCTATTTAT
*** *
8486 AGTCA-CTCATACCTTCAAAAATTTTATTACTAGCTTTAAATAG
129 AGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * *
8529 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTG-ACTTTTTTTACATCTTCAGTTAAAACATATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAAC-TTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
8593 ATTGATTCTTTGCCTTGAGTAACGTGGAGACAAATACATTCATTTG-TACA-AAAAGCAC-ATTT
65 ATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTGATA-AGAAAAGC-CTATTT
* * * * *
8655 GTAGTCACCCA-AGCCGTT-GAAAGCGTTATTACTCCCTTTAAAT-G
127 ATAGTCACCTATA-CC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
8699 ATTTTAGAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAA-TGTTTTTACAGTTTT-GGTTAAAACAAATTA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAACT-TTTTTACA-TTTTCAGTTAAAACAGATTA
* * * * * * *
8762 TAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACGTGAATAAAAAGCCGTTGATTGATAAGAAAAGCTTATTTA
63 TAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGCCTATTTA
* *
8827 TAGTCA-CTCATACCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAG
128 TAGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* *
8871 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAACTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * *
8936 TTTATTTTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACACATTCATT
66 TTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT
8979 TGTCAAAAAA
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 202, Indels: 126
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 151 0.15
171 578 0.56
172 290 0.28
173 14 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAACTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAA
TTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGCCTATTTATAG
TCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
Found at i:8157 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 7641--8996 Score: 1676
Period size: 342 Copynumber: 4.0 Consensus size: 339
7631 GTTACATATA
* ** ** * *
7641 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTGTAATTTCATTAA-TGATTTTAGGATAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGA-TTTTACAAACTCA-TAATTGATTTTAGAATGA
* * * *
7704 ATTTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAA
64 A--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAA
7769 AAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGC-CGATTTATAGTCAC-CTATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
127 AAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACTC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
7832 TCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACATTTTTACATTTTCAGTTA
190 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-ACATTTTTACATTTTCAGTTA
* *
7897 AAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCCTAGGAAACATAAAAAAAAATAAATTCATTTGTCAAAAA
254 AAACAGATTATAATTGATTCTTTG-CCTAGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTTGTCAAAAA
7962 AGC-CTATTTGTAGTCACCCAAG
318 AGCAC-ATTTGTAGTCACCCAAG
* * *
7984 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTATAATGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGAATGAAT
* *
8049 TTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGACTGTCTGCCTTGAAAAACATGAAAAAAAA
66 TTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAA
* * * *
8114 GCCATTGATTGATAAGAAAAACTCATTTATAGTCACTTATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGTT
130 GCCATTGATTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
8179 TTAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGACATTTTTTACATTTTCAGTTAAAAC
195 TT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGACA-TTTTTACATTTTCAGTTAAAAC
* * * * * * ** * *
8244 ATATTACAATTAATGCTTTGCCTCAGGTAACGTGTAGAAAAATATATTCATTT-TAAAAAAAAGC
258 AGATTATAATTGATTCTTTGCCT-AGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTTGT-CAAAAAAGC
*
8308 GCATTTGTAGTCACCCAAG
321 ACATTTGTAGTCACCCAAG
* * * *
8327 GCTTCGAAAGCCTTATTACTACCTTTAAATTG-TTTTACAAACACATAATTGATTTTA-AGATGA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAA-TGATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGA-ATGA
** * *
8390 ATTCTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTT-AAGAAACGTG-AAAA
64 ATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAA-AAACATGAAAAA
* * *** *
8453 AAAGCCGTTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAATTTTATTACTA
127 AAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
8518 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGACTTTTTTTACATCTTCAGTTAAA
192 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAC-ATTTTTACATTTTCAGTTAAA
* * * * ** *
8583 ACATATTATAATTGATTCTTTGCCTTGAGTAACGTGGAGACAAATACATTCATTTGT-ACAAAAA
256 ACAGATTATAATTGATTCTTTGCCTAG-GAAACATAAAGAAAAATACATTCATTTGTCA-AAAAA
8647 GCACATTTGTAGTCACCCAAG
319 GCACATTTGTAGTCACCCAAG
* * * *
8668 CCGTT-GAAAGCGTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTAGAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAA
1 CC-TTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGAATGAA
* * * * *
8732 TGTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACGTGAATAAAA
65 T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAA
* * * *
8797 AGCCGTTGATTGATAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCGTATTACTCAC
129 AGCCATTGATTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
8862 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGA-ATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAA
194 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGACA--TTTTTACATTTTCAGTTAAAA
* * * * *
8926 CAGATTATAATTTATTTTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACACATTCATTTGTCAAAAAAGC
257 CAGATTATAATTGATTCTTTGCC-TAGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTTGTCAAAAAAGC
*
8991 CCATTT
321 ACATTT
8997 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 885, Mismatches: 100, Indels: 57
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.00
341 229 0.26
342 372 0.42
343 274 0.31
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGAATGAAT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAG
CCATTGATTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGACATTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGA
TTATAATTGATTCTTTGCCTAGGAAACATAAAGAAAAATACATTCATTTGTCAAAAAAGCACATT
TGTAGTCACCCAAG
Found at i:8421 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 7426--8996 Score: 1310
Period size: 514 Copynumber: 3.1 Consensus size: 512
7416 NNNNNNNNNN
* * *
7426 AAAATACATTCATTTGTCAAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGTCGTGTTACTC
1 AAAATAAATTCATTTGTCAAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCGTATTACTC
* *
7491 TCCTTAAAGGATTTTACAACCTCATAATTGATTTCAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
66 TCCTTAAAGGATTTTACAACCTCATAATTGATTTCAGAATGAATTTTATTACATTTTTGATTAAA
* * ** *
7556 ACGGATTATAACTGACTGTCTACCTGAAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTATTTAATAAGAAAAG
131 ACAGATTATAACTGACTGTCTACCTGAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTATTTAATAAGAAAAA
* * * *
7621 CTCAATTATAGTTACATATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTTCA
196 CTCAATTATAGTCACATATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * *
7686 TTAATGATTTTAGGATAAATTTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGC
261 TTAATGATTTTAGGATAAA-TTTTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGC
* * * * *
7751 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCGATTTATAGTCACCTATACCT
325 CTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAAAAAAGCCGATTTATAGTCACCCATACCT
* * * * *
7816 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACATT
390 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAAACACATAATTGATTTTAAGATGAACATT
7881 TTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCCTAGGAAACATAAAAA
455 TTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCCTAGGAAACATAAAAA
* *
7939 AAAATAAATTCATTTGTCAAAAAAGCCTATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAATAAATTCATTTGTC-AAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCGTATTACT
* * * * *
8004 C-CCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTATAATGAATTTTATTACATTTTTGGTTA
65 CTCC-TTAAAGGATTTTACAACCTCATAATTGATTTCAGAATGAATTTTATTACATTTTTGATTA
* * * *
8068 AAACAGTTTATAATTGACTGTCTGCCTTGAA-AAACATGAAAAAAAAGCCATTGA-TTGATAAGA
129 AAACAGATTATAACTGACTGTCTACC-TGAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATT-ATTTAATAAGA
* * *
8131 AAAACTCATTTATAGTCACTTATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAATAGTTTTATAA
192 AAAACTCAATTATAGTCACATATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAA
* * *
8196 TCTCA-TAATTGATTTTAGGTTGACA-TTTTTTACAT-TTTCAGTTAAAACATATTACAATT-AA
256 TCTCATTAA-TGATTTTAGGAT-AAATTTTTTTACATATTT-AGTTAAAACAGATTACAATTGAA
* * * * * * * *
8257 TGCTTTGCCTCAG-GTAACGTGTAGAAAAATATATTCATT-TTAAAAAAAAG-CGCATTTGTAGT
318 TG-TCTGCCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAT-AAAAAAAGCCG-ATTTATAGT
* * *
8319 CACCCA-AGGCTTCGAAAGCCTTATTACTAC-CTTTAAATTGTTTTACAAACACATAATTGATTT
379 CACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTACAAACACATAATTGATTT
* * * * * * * * *
8382 TAAGATGAA-TTCTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTTAAGAAA
442 TAAGATGAACAT-TTTTACA-TTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCCTAGGAAA
* *
8445 CGT-GAAA
505 CATAAAAA
**** * * * * * ****
8452 AAAAGCCGTTGA-TTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAATTTTATTA
1 AAAATAAATTCATTTG-TCA-AAAAGCCCATTTGTAGTCACCCA-AGCCTTTAAAAGCCGTATTA
** * * * * * * * *
8515 CTAGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT--GAAGTTGACTTTTTTTACA-TCTTC
63 CTCTCCTTAAAGGA-TTTTACAACCTCATAATTGATTTCAGAA--TGAATTTTATTACATTTTTG
* * * * * * * * * * * ** *
8576 AGTTAAAACATATTATAATTGATTCTTTGCCTTG-AGTAACGTGGAGACAAATACATTCATTT-G
125 A-TTAAAACAGATTATAACTGACTGTCTACC-TGAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATT-ATTTAA
* * * * ** * * *
8639 TACA-AAAAGCACATTTGTAGTCACCCA-AGCCGTT-GAAAGCGTTATTACTCCCTTTAAAT-GA
187 TA-AGAAAAACTCAATTATAGTCACATATA-CC-TTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-
* * * * * * *
8700 TTTTAGAAACTCA-TAATTGATTTTAGGATGAATGTTTTTACAGT-TTTGGTTAAAACAAATTAT
248 TTTTATAATCTCATTAA-TGATTTTAGGATAAATTTTTTTACA-TATTTAGTTAAAACAGATTAC
* * * * * * * * * **
8763 AATTGACTGTCTACCTTGAGAAACGTGAATAAAAAGCCGTTGATTGATAAGAAAAGCTTATTTAT
311 AATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAAAAAAGCCGATTTAT
* * * * * *
8828 AGTCACTCATACCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
376 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAAACACATAATTGATT
* * ** * * * * *
8893 TTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTTATTTTTTACCTTGGGAAAC
441 TTAAGATGAACATTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCCTAGGAAAC
*
8958 ATAAAGA
506 ATAAAAA
* *
8965 AAAACACATTCATTTGTCAAAAAAGCCCATTT
1 AAAATAAATTCATTTGTC-AAAAAGCCCATTT
8997 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 851, Mismatches: 164, Indels: 86
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
511 11 0.01
512 200 0.24
513 231 0.27
514 367 0.43
515 40 0.05
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
AAAATAAATTCATTTGTCAAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCGTATTACTC
TCCTTAAAGGATTTTACAACCTCATAATTGATTTCAGAATGAATTTTATTACATTTTTGATTAAA
ACAGATTATAACTGACTGTCTACCTGAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTATTTAATAAGAAAAA
CTCAATTATAGTCACATATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
TTAATGATTTTAGGATAAATTTTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCC
TAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAAAAAAGCCGATTTATAGTCACCCATACCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAAACACATAATTGATTTTAAGATGAACATTT
TTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGATTCTTTGCCCTAGGAAACATAAAAA
Found at i:9723 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 9099--10162 Score: 1169
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 337
9089 NNNNNNNNTA
* * * *
9099 CCTTTAAATTG-TTTTACAAACACATAATTGATTTTAAGATGAATTCTTTTAC-TTTTTTAGTTA
1 CCTTTAAA-TGATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTA
* * *
9162 AAATAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAAAAACGTGAA-AAAAAGCCATTAATTGATAAGAAA
64 AAACAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT-ATTGATAAGAAA
* * *
9226 AGCCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTATATAATCT
128 AGCCCATTTATAGTCAC-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
9291 TATAATTGATTTTAAGTTG-ACTTTTTTCATATCTTCAGTTAAAATATATTATAATTGATTCTTT
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTT-ATATTTTAAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTT
* *
9355 GCCCCGAGT-AACGTGTAGAAAAATACATTCATTTGTACAAAAAGCACATTTGTAGTCACCAAAG
256 GCCTC-AGTAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTTGTA-AAAAAGC-CATTTGTAGTCACCAAAG
*
9419 CCTTTGAAAGCCTTATTACTC
318 CC-TTAAAAGCCTTATTACTC
*
9440 CCTTTAAATGATTTTACAAACTGATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAA
1 CCTTTAAATGATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAA
* * *
9505 ACATATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTGATTGATAAGAAAAG
66 ACAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT-ATTGATAAGAAAAG
* *
9570 CCCATTTATATTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCA
130 CCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
9635 TAATTCATTTTAGGTTGAACTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTACC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCC
* * *
9700 TCAGTAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTTGTAAGAAAAGCCCTTTTGTAGTTACCCAAGTCCT
259 TCAGTAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTTGTAA-AAAAG-CCATTTGTAGTCACCAAAG-CCT
* * *
9765 CAAAAGCTTTGTTACTC
321 TAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
9782 CCTTTAAAGGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTCAGGATGAATTTTTTTACAATTTTGATTAAA
1 CCTTTAAATGATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAA
* * * * ** *
9847 ACAGATTATAACTGACTGTCTT-TC-TGAAGAAATGTGAAGGAAAAGTAATTATTTGATAAAAAA
66 ACAGATTATAATTGACTGT-TTGCCTTG-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTA-TTGATAAGAAA
* * * *
9910 AGCTCATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCT
128 AGCCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * ** * *
9975 CATAATTGATTTTACGATGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGACTGTCT
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-CTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTT
* ** ** * * * *
10040 GCCTTGAG-AAATATGAAGAAAAAGCCATTGA-TTGATATGAAAAGCCGATTTATAGTCACCTAT
256 GCC-TCAGTAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTTG-TA-AAAAAGCC-ATTTGTAGTCACC-AA
*
10103 A-CCTTCAAATGCCTTATTACTC
316 AGCCTT-AAAAGCCTTATTACTC
* * *
10125 GCTTTAAAT-AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGG
1 CCTTTAAATGA-TTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGG
10163 TTGANNNNNN
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 90, Indels: 38
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 90 0.15
342 385 0.63
343 132 0.22
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
CCTTTAAATGATTTTACAAACTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAA
ACAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTATTGATAAGAAAAGC
CCATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCCTC
AGTAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTTGTAAAAAAGCCATTTGTAGTCACCAAAGCCTTAAAA
GCCTTATTACTC
Found at i:10093 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9100--10162 Score: 1060
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 172
9090 NNNNNNNTAC
* * * * * * *
9100 CTTTAAATTGTTTTACAAACACATAATTGATTTTAAGATGAATTCTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * *
9165 TAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAAAAACGTGAA-AAAAAGCCATT-AATTGATAAGAAAAG
66 CAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGATAAGAAAAG
* *
9228 CCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
131 CCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * * * *
9270 CTTTAAATAATTATATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTCATATCTTCAGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * ** * * **
9335 TATATTATAATTGATTCTTTGCCCCGAGTAACGTGTAGAAAAATACATTCATTTG-TACA-AAAA
66 CAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGATA-AGAAAA
* * * ** *
9398 GCACATTTGTAGTCA-CCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCC
130 GCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
9441 CTTTAAAT-GATTTTACAAACTGATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAA
* * * * *
9504 AACATATTATAATTGACTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTGA-TTGATAAGAAA
64 AACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGATAAGAAA
* *
9568 AGCCCATTTATATTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
129 AGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
9612 CTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAACTTTTTTATATTTTAAGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * **
9677 CAGATTATAATTGATTGTTTACC-TCAGTAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTTG-TAAGAAAA
66 CAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGATAAGAAAA
* * * * * *
9740 GCCCTTTTGTAGTTACCCA-AGTCC-TCAAAAGCTTTGTTACTCC
130 GCCCATTTATAGTCACCCATA--CCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * * *
9783 CTTTAAAGGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTCAGGATGAATTTTTTTACAATTTT-GATTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAA
* ** * * ** *
9847 ACAGATTATAACTGACTGTCTTTC-TGAAGAAATGTGAAGGAAAAGTAATT-ATTTGATAAAAAA
65 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTG-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGATAAGAAA
* *
9910 AGCTCATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
129 AGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
9954 TTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTACGATGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* ** * *
10019 ACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTGA-TTGATATGAAAA
65 ACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGATAAGAAAA
* * *
10083 GCCGATTTATAGTCACCTATACCTTCAAATGCCTTATTACTCG
130 GCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
10126 CTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGG
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
10163 TTGANNNNNN
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 152, Indels: 46
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 97 0.14
171 458 0.64
172 158 0.22
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGATAAGAAAAG
CCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
Done.