Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401305.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4446.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3351
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.10, T:0.35
Warning! 347 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2133 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1183--3351 Score: 1217
Period size: 172 Copynumber: 12.8 Consensus size: 169
1173 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** * *
1183 TTCAATTTTTTTACAATATTGGTTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAG
1 TTCAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-ACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * *** * * * * *
1248 GAAAAAGGCATTTACTGGCAAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCCTCAAAATCTTTATT
64 GAAAAAAGCATTCA-TTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
1312 GCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAG
128 ACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * *
1354 TTCAA-TTTTTAGCATTTTTTG-TT--AA-AAC--CAATTGAATGTCTACCTCGTGACACAAG-A
1 TTCAATTTTTTA-CA-TTTTTGATTAAAACAACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* ** **
1411 GAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
64 GAAAAAAGCATTCATTAAAAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCT-CTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * *
1475 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
127 TACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * *
1518 TTGAATTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAAACCACAATTGAATGCCTGCATTGAGAAACATGTAA
1 TTCAATTTTTTACATTTTTGATTAAAAC-AACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AA
** * * **
1582 -AAAAACCCGTTTACTT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
64 GAAAAAAGCATTCA-TTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * *
1645 ACTTGTTTTAAATAGTTTTATATTCCCATAATTGATTTTAAG
128 ACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * **
1687 TTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAAGATACTATAATTGATTGTCTA-CTTCGAGAAATGTGA
1 TTCAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACA-ACTACAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGA
* * * * * * * **
1751 AGAAAAATGAATTCATTTGGAAAAG--AAGTCTATATATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
63 AGAAAAAAGCATTCA-TT-AAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
1814 TTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
126 TTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * *
1858 TTTAATTTTTTTTACTTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGGATC-T-AAAAACGT
1 TTCAA--TTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-ACTACAATTGAATGTCT--ACCTTGAGAAACAT
* * * * ** * *
1921 GAAGAAAAAGGCGTTCATTAGAAAGAAAAATTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTAAAAAGCGTTA
61 GAAGAAAAAAGCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
1986 TTGCTTACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATG
126 TTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * *
2030 TTCAATTTTGTTTTACATTTTTGGTTAAGACAAGCTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATG
1 TTCAA--TT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAA-CTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * *
2095 AAGAAAAAAGTATTCATTAAAAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCCTATACCTTCAAAAGCCTTAT
62 AAGAAAAAAGCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
2160 TA-TTGACTGTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATA-
127 TACTT-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AG
* * *
2203 TTCAGTTTTTATAACATTTTT-ACTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
1 TTCAATTTTT-T-ACATTTTTGA-TTAAAACA-ACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* ** * *
2267 AAGAAAAAAGCATTTATTGGTAAA-ACAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-C--A
62 AAGAAAAAAGCATTCATT-AAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** * * * * **
2328 -GA-TGGCTTT--ATAATCTCATAAT-T-GATTTTAGA-TTTAA-
126 TTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-GATTTTAAG
** * * * * * * * * * *
2365 TGT---TTTTACA-TTATTGGTTCAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAA
1 T-TCAATTTTTTACATTTTTGATTAAA-ACAACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * * *
2425 GAAAAAAGTATTTATTGACAAAAG--AAGTCTATTTATAGTCGCCTATTCCTTCAAAAGCCCTAT
64 GAAAAAAGCATTCATT-A-AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
2488 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTTAAATTTGATTTTACG
127 TACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * *
2531 TTCAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGACACAT-A
1 TTCAA-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA-ACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
* * * ** **
2594 GAGACAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTGAAAGCCTT
63 -AGA-AAAAA-GCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** * * *
2659 ATTCCTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
125 ATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * ** * * * * *
2704 TTGACTTTTTAAGATTTTTTG-TTAAAACAGACTGTAATTGAATGCCTAAC-TCAGGAA-ATGTG
1 TTCAATTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACA-ACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-A
* * * * ** * ** *
2766 TGGAAAAATCTATTTATT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTTAAAAGCCTTAT
63 AGAAAAAAGC-ATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * *
2830 TACTCGCCTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
127 TACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
2873 TTGAATTTTTTACATTTTTTG-TTAACACATACTATAATTAAATG-CTTGCCTT-AGGAAACGTC
1 TTCAATTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACA-ACTACAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAACATG
* ** * ** * * ** * *
2935 TAGAAAAACCCATTTATTTGGAAA-AAAACTCAATTTATAGTCTCCCATTACTTCAAAAGTCTTA
62 AAGAAAAAAGCATTCA-TTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
** * *
2999 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
126 TTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
3043 TTGAATATTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACCATAATTGATTGTCCACCTT-ATGACACGTG
1 TTCAAT-TTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA-ACTACAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATG
* *** * * **
3106 AA-AAAATAAACATTCATTAGCTAGAAAGGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTA
62 AAGAAAA-AAGCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
** * * *
3170 TTACCCATTTTAAAT-GATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATG
126 TTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
3214 TTCAATTATTTTTATATTTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATCTCTACCTCGTGAAACATGA
1 TTCAA-T-TTTTTACATTTTTGATTAAAAC-AACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
* * * * * *
3279 AGAAAAAAGTATTCATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
63 AGAAAAAAGCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
3344 ACTCACTT
128 ACTTACTT
Statistics
Matches: 1572, Mismatches: 329, Indels: 193
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
156 75 0.05
157 11 0.01
158 2 0.00
159 1 0.00
160 5 0.00
161 5 0.00
162 5 0.00
163 37 0.02
164 104 0.07
165 25 0.02
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167 7 0.00
168 6 0.00
169 239 0.15
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171 291 0.19
172 360 0.23
173 226 0.14
174 2 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTCAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
AAAAAGCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
TACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
Found at i:2233 original size:345 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1183--3343 Score: 1445
Period size: 343 Copynumber: 6.4 Consensus size: 337
1173 NNNNNNNNNN
* * ** * * * * * * *
1183 TTCAATTTTTTTACAATATTGGTTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAG
1 TTCAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCATCTAGAAACATGAA
* * * * * * *
1248 GAAAAAGGCATTTACTGGCAAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCCTCAAAATCTTTATT
66 GAAAAAAGCGTTTA-TTG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGC-TTATT
* * * *
1312 GCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTAGCATTTTTTGT
128 GCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTA-CATTTTTGGT
* * * * * * *
1376 T-AA-AAC--CAATTGAATGTCTACCTCGTGACACAAG-AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAA
192 TAAACAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATT-G-AA-AAA
*
1436 -AAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATA
254 GAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGACTTTAAATGGTTTTATA
*
1498 ATCTCATAATTGATTTTAAG
318 ATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * ** *
1518 TTGAA-TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAAACCACAATTGAATGCCTGCAT-TGAGAAACATGT
1 TTCAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCATCT-AGAAACATG-
** *
1580 AA-AAAAACCCGTTTACTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
64 AAGAAAAAAGCGTTTA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAG-CTTAT
* ** * * * * *
1644 TACTTGTTTTAAATAGTTTTATATTCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGA
127 TGCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTACATTTTTGG
* * ** * * *
1709 TTAAAAGATACTATAATTGATTGTCTA-CTTCGAGAAATGTGAAGAAAAATGAATTCATTTGGAA
191 TT-AAACA-ACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA-TTGAAA
* * * * *
1773 AAGAAGTCTATATATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATAGTTTTAT
252 AAGAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGACTTTAAATGGTTTTAT
1837 AATCTCAAAATTGATTTTAAG
317 AATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
1858 TTTAATTTTTTTTACTTTTTTGAC-TAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGGATCTAAAAACGTG
1 TTCAA-TTTTTTTACATTTTT-ACTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCATCTAGAAACATG
* * * ** *
1922 AAGAAAAAGGCGTTCATTAGAAAGAAAAATTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTAAAAAGCGTTAT
64 AAGAAAAAAGCGTTTATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGC-TTAT
* * *
1987 TGCTTACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTGTTTTACATTTTT
127 TGCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAA--TT-TTTTACATTTTT
*
2052 GGTTAAGACAAGCTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATT-AAA
189 GGTTAA-ACAA-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGAAA
* * *
2116 AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTA-TTGACTGTAAATGGTTTT
252 AAG-AA-GTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGACTTTAAATGGTTTT
*
2180 ATTATCTCAAAATTGATTTTATA-
315 ATAATCTCAAAATTGATTTTA-AG
* * * * * *
2203 TTCAGTTTTTATAACATTTTTACTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA
1 TTCAATTTTT-TTACATTTTTACTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCATCTAGAAACATGA
* * *
2268 AGAAAAAAGCATTTATTGGTAAA-ACAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC--A--
65 AGAAAAAAGCGTTTATT-G-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCTTATT
* * * * * *
2328 G----------ATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTTAATGTTTTTACATTATTGG
128 GCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAG-TTCAAT-TTTTTACATTTTTGG
* * * *
2382 TTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAAGTATTTATTGACAAA
191 TT-AAACA-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGA-AAA
* * * * *
2447 AGAAGTCTATTTATAGTCGCCTATTCCTTCAAAAGCCCTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATA
253 AGAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
2511 ATTTTAAATTTGATTTTACG
318 ATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * * * * *
2531 TTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTCGAGACACAT-AG
1 TTCAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCATCTAGAAACATGA-
* * * * * ** **
2595 AGACAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTA
65 AGA-AAAAA-GCGTTTATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAG-CTTA
* ** * * * * * * * * *
2660 TTCCTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTAAGATTTTTTG
126 TTGCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTGG
* * * * ** ** ** * *
2725 TTAAAACAGACTGTAATTGAATGCCTAAC-TCAGGAAATGTGTGGAAAAATCTATTTATTGGAAG
191 TT-AAACA-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATT-GAAA
* * * * * *
2789 AA-AAGTCTATTTATAGTCTCACATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG-CCTTAAATGATTTTAT
252 AAGAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGACTTTAAATGGTTTTAT
*
2852 AATCTCATAATTGATTTTAAG
317 AATCTCAAAATTGATTTTAAG
* ** * * * * * * * *
2873 TTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAACACATACTATAATTAAATG-CTTGCCT-TAGGAAACGTC
1 TTCAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATTACAATTGAATGTC-TGCATCTA-GAAACATG
* ** * * * ** *
2935 TAGAAAAACCCATTTATTTGGAAA-AAAACTCAATTTATAGTCTCCCATTACTTCAAAAGTCTTA
64 AAGAAAAAAGCGTTTA-TT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAG-CTTA
* ** * * * * * *
2999 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATATTTTTATATTTTTA
126 TTGCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTACATTTTTG
* * * * * **
3064 GTTAAAACAGACCATAATTGATTGTCCACCTT-ATGACACGTGAA-AAAATAAACATTCATTAGC
190 GTT-AAACA-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAA-AAGTATTCATT-G-
* * * ** * *
3127 TAGAAAG--GTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CCATTTTAAATGATT
249 -AAAAAGAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGACTTTAAATGGTT
* *
3189 TTATTATCTCAAAATTGATTTTATG
313 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* ** * * * * * * *
3214 TTCAATTATTTTTATATTTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATCTCTACCTCGT-GAAACATG
1 TTCAATT-TTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCATC-TAGAAACATG
** * * * * *
3278 AAGAAAAAAGTATTCATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
64 AAGAAAAAAGCGTTTATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAG-CTTAT
3343 T
127 T
3344 ACTCACTT
Statistics
Matches: 1456, Mismatches: 281, Indels: 170
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
327 51 0.04
328 146 0.10
329 45 0.03
330 34 0.02
332 3 0.00
333 117 0.08
334 23 0.02
335 9 0.01
336 2 0.00
337 1 0.00
338 2 0.00
339 91 0.06
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342 102 0.07
343 268 0.18
344 51 0.04
345 212 0.15
346 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TTCAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCATCTAGAAACATGAA
GAAAAAAGCGTTTATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCTTATTGCT
TACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
CAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGAAAAAGAAGTCC
ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
ATTGATTTTAAG
Found at i:3184 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2334--3347 Score: 875
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 169
2324 AGCAGATGGC
* * * * * *
2334 TTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTTAATGTTTTTACATTATTGGTTCAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * * *
2398 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAAGTATTTATT-GACAA-AAGAAGTCTATTTAT
64 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAG-CAAGAA-AAGTCCATTTAT
* * *
2461 AGTCGC-CTATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGT
127 AGTCTCAC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * * *
2505 TTTATAATTTTA-AATTTGATTTTACGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTACAA
1 TTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * *
2569 TTGAATGTCTACC-TCGAGACACAT-AGAGACAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTT
64 TTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGA-AGA-AAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** * *
2632 ATAGCCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTCAATGGT
125 ATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * *
2678 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTAAGATTTTTTGTTAAAACAGACTGTAATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * * * * *
2743 GAATGCCTAACTCAGGAAATGTG-TGGAAAAATCTATTTATT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGT
66 GAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
2806 CTCACATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGAT
130 CTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-T
* * * *
2847 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAACACATACTATAATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
* * ** ** * * * * * *
2912 AAATG-CTTGCCTTAGGAAACGTCTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAAAAAACTCAATTTATAGT
66 GAATGTC-TACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
2976 CTCCCATTACTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
130 CTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* *
3017 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACCATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * *
3082 TGATTGTCCACCTTATGACACGTGAA-AAAATAAACATTCATTAGCTAGAAAGGTCCATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAA-AAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * **
3146 TCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATGAT
129 TCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-T
* * * * * * *
3188 TTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTATTTTTATATTTTTGGTTAAGACAAACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * *
3253 TTGAATCTCTACC-TCGTGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTA-CAAGAAAAGTCCATTTAT
64 TTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
3316 AATCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
127 AGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
3348 ACTT
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 137, Indels: 53
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 133 0.20
170 110 0.16
171 197 0.29
172 146 0.22
173 86 0.13
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
TCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
Done.