Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401309.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4449.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Warning! 186 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:954 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 709--2768 Score: 2040
Period size: 172 Copynumber: 12.0 Consensus size: 172
699 AGTTCAATTG
* * * * *
709 TTTTT-TATATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTGGAA-GTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAA
1 TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATT-GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
** * * * * * * *
771 AGGGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTCTAGTCACCCATTCCTTAAAAACCCTTATTATTCA
65 AAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
836 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTAAATTTGAAT
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * * *
879 TTTTTGTATATTTTTTGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTATCATGAGAAACAGGAAGAAAA
1 TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
944 AATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCAC
66 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
1009 TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * * * * *** * * *
1051 TTTTTTTGC-TCTTCTGGTTAACACATATTATAATTGAATGTCTACCCCCAGAAATATAAAGAAG
1 TTTTTGTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * *
1115 AGA-TCATTAATTGGCAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACT
65 AAAGT-ATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
1178 CACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATGGATTTAAATTTGAAT
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * *
1223 TCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATACTAGGATTTAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
1288 AGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGC
66 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
1353 TTTGAATGGTTTTGTAA-CGCCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
131 TTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * * * *
1395 TATTT-TACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-ATATGTCTACCTTGATAAATATAAATAAA
1 TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * *
1458 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
65 AAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
1523 CTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * * *
1566 TCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACTTGGAGAAAA
1 TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
1631 AAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAGAGCTTTATTACTCAG
66 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*
1696 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAATTGAAT
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * * * * *
1738 GTTTTGTACCTTTTTGGCTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCGACCATGGGAAATATGAAGAAAA
1 TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
1803 AAGTATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCAC
66 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
1868 TTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTT-AAT
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT-TTAAATTTGAAT
* * * * * * *** * *
1910 TTTTTTTTC-TTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGAAG
1 TTTTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* * * * * * * * *
1974 AGAGCATTAATTGG-AAGAGAAGTCCATTTCTTGTCATCCATTCCTTCTGAAA-CTTTATTACTC
65 AAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTC
* *
2037 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATAATTTAAATTTGAAT
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * *
2081 TCTTTGTACATTTTCT-GTTAAAACAAACTATG-ATTGAATGTCCACCTTCAGAAACATGGAGAA
1 TTTTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTA-GAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * * * *
2144 AAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACGTTCGAAAGCCTTAGTATTC
64 AAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** * * *
2209 GCTTTGAAAT-GTTTTGTAA-AGCAATAACTGATTTTAAGTTGAAT
129 ACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * * *
2253 TTTTT-TACACTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTATCCCTTGAGAGACATGAACAAAA
1 TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
2317 AAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAGAGCCTTATTACTCAA
66 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
2382 TTTAAATGGTTATATAATCTCGAAATTGATTTAAATTTGAAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * * * *
2424 GTTTTGTACATTTTTGGCTCAGATAGACTGGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
2489 AAGTTTTCACTT-GCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCA
66 AAGTATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
2553 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTCAAT
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* ** * * * ** * * * *
2596 TTTTT-T-TATTTATCTAATTAAAACATATTATAATTGAACATCTACCCCT-AGAAAGATAAATA
1 TTTTTGTACATTT-T-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAGA
* * * * * * *
2658 AGAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACT
63 AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
2723 CACTTTAAATGTTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAAT
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
2768 T
1 T
2769 C
Statistics
Matches: 1527, Mismatches: 329, Indels: 66
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 23 0.02
171 427 0.28
172 1057 0.69
173 20 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
Found at i:1526 original size:515 final size:514
Alignment explanation
Indices: 512--2768 Score: 2059
Period size: 515 Copynumber: 4.4 Consensus size: 514
502 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
512 TTTTATAATCTCAAAATTGATGTAAACTTGAATTCTTTGTTC-TTTT-TGGTTAAAACAGACTAG
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATTCTTTGTACATTTTCTAGTTAAAACATACTAT
*** * * * *
575 AATTGAATGTCTACCAAGAGAAACATGAAG-AAAGAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
66 AATTGAATGTCTACCCCCAGAAATATAAAGAAAAG-A-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** *
639 TAGCCACCCATACCTTCGAAAG---TA-T--T-A--TTAAATAGTTTTATAATGC-CGTAATAGA
129 TAGTCACCCATTCCTTCG-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGA
** * * * * **
694 TTCGAAGTTCAATTGTTTTTTATATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTGGAA-GTCTACC-TCG
192 TTTAAATTTGAA-T-TTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATT-GAATGTCTACCTTC-
* * ** * * * *
756 AGAAACGTAAAGAAAAGGGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTCTAGTCACCCATTCCTTAAA
253 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * *
821 AACCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTAAATTTGAA-TTTTTTG
318 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTTT-
* * * * ** **
885 TATATTTTTTGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTATCATGAGAAACAGGAAGAAAAAATTAT
382 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAAGCAT
*
950 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAA
447 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAA
1015 TAG
512 TAG
* * * * * * * *
1018 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTGC-TCTTCTGGTTAACACATATTAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATTCTTTGTACATTTTCTAGTTAAAACATACTAT
* *
1082 AATTGAATGTCTACCCCCAGAAATATAAAGAAGAGATCATTAATTGGCAA-AAGAAGTCCATTTA
66 AATTGAATGTCTACCCCCAGAAATATAAAGAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTA
* * *
1146 TAGTCATCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATGGAT
129 TAGTCACCCATTCCTTC-GAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* *
1211 TTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATACTAGGATTTAATGTCTACCTTCAGAA
193 TTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAA
* * *
1276 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGC
257 ACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * * * * *
1341 TTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTGTAA-CGCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTACA
322 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-CCAAAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTTTTACA
* * * * * * *
1404 CTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-ATATGTCTACCTTGATAAATATAAATAAAAAGGCATTCA
386 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA-ATGTCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA
* *
1468 TTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-
450 TTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATA
1531 G
514 G
* * *
1532 TTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTT-TAGTTAAAACAGACTA
1 -TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATTCTTTGTACATTTTCTAGTTAAAACATACTA
** *** ** * *
1596 GGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACT-TGGAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTT
65 TAATTGAATGTCTACCCCCAGAAA-TATAAAGAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
1660 ATAGTCACCCATTCTTTCGAGAGCTTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
128 ATAGTCACCCATTCCTTCGA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * **
1725 TTTAAAATTGAATGTTTTGTACCTTTTTGGCTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCGACCATGGGA
192 TTTAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGA
* * * * * **
1790 AATATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAG
256 AACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
* * * * * *
1855 CCTTATTAATCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATATT-AAGTTTAATTTTTTTTTC
321 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGAT-TTAAAGTTGAAGTTTTTTTAC
* * * * *** * * *
1919 -TTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTA
385 ATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * * * *
1983 ATTGG-AAGAGAAGTCCATTTCTTGTCATCCATTCCTTCTGAAA-CTTTATTACTCACTTTAAAT
449 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTAATCACTTTAAAT
*
2046 GG
513 AG
* * * * *
2048 TTTTATAATCTCAAAAATAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTCT-GTTAAAACAAACTAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATTCTTTGTACATTTTCTAGTTAAAACATACTAT
* * ** * ** * *
2112 GATTGAATGTCCACCTTCAGAAACATGGAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
66 AATTGAATGTCTACCCCCAGAAATATAAAG-AAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * ** *
2177 AGTCACCCATACGTTCGAAAGCCTTAGTATTCGCTTTGAAAT-GTTTTGTAA-AGCAATAACTGA
130 AGTCACCCATTCCTTCG-AAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGA
* * * * * * * *
2240 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTATCCCTTGAGAG
192 TTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAA
* ** *
2305 ACATGAACAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAGAGC
257 ACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * * * *
2370 CTTATTACTCAATTTAAATGGTTATATAATCTCGAAATTGATTTAAATTTGAAAG-TTTTGTACA
322 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTAAAGTTG-AAGTTTTTTTACA
* * * * * * **
2434 TTTTTGGCTCAGATAGACTGGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTTTTCAC
386 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCA-
* *
2499 TT-GCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
450 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
* * ** * *
2563 TTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTT-TTTATTTATCTAATTAAAACATATTA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATTCTTTGTACATTT-TCTAGTTAAAACATACTA
** * * * * * *
2626 TAATTGAACATCTACCCCTAGAAAGATAAATAAGAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
65 TAATTGAATGTCTACCCCCAGAAATATAAAGAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
2691 TTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTTAAAATTGAT
129 TAGTCACCCATTCCTTC-GAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
2756 TTAAATTTGAATT
193 TTAAATTTGAATT
2769 C
Statistics
Matches: 1412, Mismatches: 284, Indels: 101
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
506 40 0.03
507 77 0.05
508 4 0.00
510 2 0.00
511 1 0.00
513 8 0.01
514 213 0.15
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517 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (514 bp):
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATTCTTTGTACATTTTCTAGTTAAAACATACTAT
AATTGAATGTCTACCCCCAGAAATATAAAGAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCCATTCCTTCGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTA
AATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACAT
GAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTAAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
Found at i:1557 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 512--2768 Score: 2076
Period size: 343 Copynumber: 6.6 Consensus size: 343
502 NNNNNNNNNN
* * *
512 TTTTATAATCTCAAAATTGATGTAAACTTGAATTCTTTGTTC-TTTTTGGTTAAAACAGACTAGA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGA
** * *
576 ATTGAATGTCTACCAAGAGAAACATGAAGAAAGAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * ** * *
641 GCCACCCATACCTTCGAAAG---TA-T--T-A--TTAAATAGTTTTATAATGCCGTAATAGATTC
131 GTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTT
* * * * *
697 GAAGTTCAATTGTTTTTTATATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTGGAA-GTCTACCTCGAGAA
196 AAAGTTGAA-T-TTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-GAATGTCTACCTTGAGAA
* * * * * * *
760 ACGTAAAGAAAAGGGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTCTAGTCACCCATTCCTTAAAAACC
258 ACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
825 CTTATTATTCACTTTAAATGG
323 CTTATTAATCACTTTAAATGT
* * * * *
846 TTTTATAATCTCAAAATTGGTTTAAATTTGAATTTTTTGTATATTTTTTGTTAAAATAGACTAGA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGA
* * * ** *
911 ATTGAATGTCTATCATGAGAAACAGGAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * *
976 GTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
131 GTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTT
* * * * * * * * *** *
1041 TAAGTTCAATTTTTTTTGCTCTTCTGGTTAACACATATTATAATTGAATGTCTACCCCCAGAAAT
196 AAAGTTGAA-TTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * *
1106 ATAAAG-AAGAGATCATTAATTGGCAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAGAAGC
260 ATAAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
1169 CTTATTACTCACTTTAAATGG
323 CTTATTAATCACTTTAAATGT
* * * *
1190 CTTTATAATCTCAAAATGGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATACTAGG
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGA
* * * * *
1255 ATTTAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
1320 GTCACCCATACCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTGTAA-CGCCATAATTGATT
131 GTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-CCAAAATTGATT
* * *
1384 TTAAGTTGAATTATTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-ATATGTCTACCTTGATAAA
195 TAAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAA
* * * *
1448 TATAAATAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
259 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
*
1513 TTATTACTCACTTTAAATGT
324 TTATTAATCACTTTAAATGT
* *
1533 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGG
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGA
* * * * *
1598 ATTGAATGTCTACCTTTAGAAACTTGGAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
1663 GTCACCCATTCTTTCGAGAGCTTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
131 GTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTT
* * * * * * * *
1728 AAAATTGAATGTTTTGTAC-CTTTTTGGCTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCGACCATGGGAAA
196 AAAGTTGAAT-TTTTTTACAC-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * * * *
1792 TATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCC
259 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
1857 TTATTAATCACTTTAAAT-T
324 TTATTAATCACTTTAAATGT
* * * * * * *
1876 GTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTT-AATTTTTTTTTC-TTTTCTAGTTAAAACATATT
1 -TTTTATAATCTCAAAATTGAT-TTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGACT
* *** * * * * *
1939 ATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTAATTGG-AAGAGAAGTCCATTT
63 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
2003 CTTGTCATCCATTCCTTCTGAAA-CTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATA
128 ATAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTG
* * * * * * *
2067 ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTCTGTTAAAACAAACTATGATTGAATGTCCACCTTCA
192 ATTTAAAGTTGAATT-TTTTTACACTTTT-GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
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2131 GAAACATGGAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACGTTCGAA
255 GAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
2196 AGCCTTAGTATTCGCTTTGAAATGT
320 AGCCTTATTAATCACTTT-AAATGT
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2221 TTTGTA-AA--GCAATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTA
1 TTT-TATAATCTCAA-AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
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2282 GGATTGAATGTATCCCTTGAGAGACATGAACAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
64 GAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
2347 TAGTCACCCATACCTTCAAGAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTATATAATCTCGAAATTGAT
129 TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGAT
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2412 TTAAATTTGAAAGTTTTGTACATTTTTGGCTCAGATAGACTGGAATTGAATGTCTACCATGAGAA
194 TTAAAGTTG-AATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * ** * * *
2477 ACATGAAGAAAAAAGTTTTCACTT-GCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTGCTTCAAAAG
258 ACATAAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
2541 CCTTATTAATCACTTTAAATAG-
322 CCTTATTAATCACTTTAAAT-GT
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2563 TTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTT-TTTATTTATCTAATTAAAACATATTA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTT-T-TGGTTAAAACAGACTA
* ** * * * * * * *
2626 TAATTGAACATCTACCCCT-AGAAAGATAAATAAGAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
64 GAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** * **
2690 ATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTTAAAATTGA
128 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGA
*
2755 TTTAAATTTGAATT
193 TTTAAAGTTGAATT
2769 C
Statistics
Matches: 1581, Mismatches: 295, Indels: 85
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
334 36 0.02
335 93 0.06
338 2 0.00
339 1 0.00
341 3 0.00
342 84 0.05
343 707 0.45
344 641 0.41
345 14 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGA
ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTT
AAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
TAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTAATCACTTTAAATGT
Done.