Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401310.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_445.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23924
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.29
Warning! 5719 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:864 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 574--897 Score: 465
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
564 NNNTAATCGA
* * * *
574 ATTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTGTCTTGTGAA
1 ATTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGACTTGTGAA
* * * * * *
639 ATCTATAGAAAAAGCCATTCATTTAGAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAAC
66 ATCTACAAAAAAAGCCATTCATTTAGAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAC
704 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGAAATCTCATAATTG
131 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGAAATCTCATAATTG
* *
744 ATTTACAGTTGAATTTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCT-ACTTCAG-
1 ATTTA-AGTTGAATCTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGACTT--GT
807 GAAA-CGTACAAAAAAAGCCATTCATTTAGAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
63 GAAATC-TACAAAAAAAGCCATTCATTTAGAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
871 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
127 AAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
898 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 14, Indels: 7
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.07
171 126 0.93
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGACTTGTGAA
ATCTACAAAAAAAGCCATTCATTTAGAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAC
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGAAATCTCATAATTG
Found at i:2887 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1633--2897 Score: 694
Period size: 170 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
1623 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1633 ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCGTTCAAAAGCTTTATCACTCACTTTA
1 ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * *
1698 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTAAAATTGAATTTTTTTACATTTCTCATTAAAATAAAC
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TCATTAAAATAGAC
**
1763 TATAATTGAATGCCTGTCTT-A-AAACATATAAAAAAAGCC
130 TATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATATAAAAAAAGCC
* * ********** *
1802 ATTCATTTAGAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* ** * ** * *
1867 AATTGTTAGATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-AAAATTTTTATATTTTCATTAAAATAGACC
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCATTAAAATAGACT
* * * * * * *
1930 ATATTTGAATGCTTGCCTT-GGGAA-ATGAGTAGATAAA-CC
131 ATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACAT-A-TAAAAAAAGCC
* ** * * * * * * * *
1969 TATTTATTT-TTAGGAAAGTCGATTTATAGTCTCTCATTCC-TTAAAACACCTTATTGCTCGCGT
1 -ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA-GCCTTATTACTCTCTT
* * ********
2032 TAAATGATTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNTT-ATTAAAATA
64 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT--TTTACATTTTCATTAAAATA
*** * ***
2096 GA-TAATAATTGAATTTTTACCTTAGGAAACATGCCAAAAAAGCC
127 GACT-ATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATATAAAAAAAGCC
* * *
2140 ATTCATTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACT-TGCTTT
1 ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCT-CTTT
* *********
2204 AAATAG-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTNNNNNNNNNNTT-AGTTAAAATAG
65 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTCA-TTAAAATAG
* * ** * *
2267 ACTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAATATGA-AGAAAAAAG-T
128 ACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACAT-ATA-AAAAAAGCC
* * * ** * * *
2310 ATTCA-TTAGCAAGAAAA--CTATTTATAGGGTTA--TATTCCTTTAAAAGATTTATTAGTCGCC
1 ATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATA--GTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCT
* * * * * * *
2370 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAATTAAAAC
63 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-TTTTCATTAAAAT
* * * * ***
2435 AGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAAAG
126 AGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACAT-ATAAAAAAAGCC
* * * *** *
2481 ACTCA-TTAGCATGAAAAGTCTATTTATAGTTGTCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TGCTT
1 ATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCT-CTT
********** * * *
2544 TAAATGG-TNNNNNNNNNNATAATTGAA-TTTAAGTTGAATCTTTTGATATTTTTCATTAAAATA
64 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAATA
* * * * * *
2607 GATTATAATTGAATGCCTGCCTTACGAAACCTATAGAAAAAGGC
127 GACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATATAAAAAAAGCC
* * **********
2651 ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACT-TGCTTT
1 ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCT-CTTT
* * *
2715 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTCGTTAAAATAGA
65 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TCATTAAAATAGA
*
2780 CTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATACAAAAAAAGCC
129 CTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATATAAAAAAAGCC
* * * *
2822 ATTCATTTAAAAGAAAAGT-CAATTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
*
2886 AATAGTTTTATA
66 AATGGTTTTATA
2898 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 812, Mismatches: 243, Indels: 81
0.71 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 33 0.04
167 76 0.09
168 50 0.06
169 122 0.15
170 260 0.32
171 209 0.26
172 24 0.03
173 38 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCATTAAAATAGACT
ATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATATAAAAAAAGCC
Found at i:4641 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 4425--4755 Score: 303
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
4415 CCTTCAAAAG
** * * *
4425 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATAACCTCATAATTGAATTT-AAGTTGAATCTTTTTGT-G
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAACCACATAATTGAATTTAAAATT-AAT-TTTTTGTAA
* * * * * * * *
4488 TTT-TGCATTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCTT-GTGAAACCTATAGAAAAAGGCTTTC
64 TTTCT-CATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAG-GAAACATACAAAAAAAGCCATTC
*
4551 ATTAAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
127 ATTAAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* *
4585 CCNNNNNNNNNNTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCACATAATT-AATTTAAAATTAAT
1 CC----------TTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAACCACATAATTGAATTTAAAATTAAT
*
4649 TTTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATACAAAAAA
55 TTTTTGTA-ATTTCTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATACAAAAAA
* * *
4714 AGCCATTCATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT
119 AGCCATTCATTAAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
4756 TCTTCAAAAG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 20, Indels: 21
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.01
169 6 0.04
170 26 0.19
171 99 0.73
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAACCACATAATTGAATTTAAAATTAATTTTTTGTAATT
TCTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATTA
AGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
Found at i:6514 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6179--7519 Score: 1203
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
6169 ATTCGTTGGC
* * **
6179 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
******** * * * * *
6243 TAATCTCATNNNNNNNNNNT-AGTTGAATCTTTTTATATTTTTCATTGAAATACATTATAATTGA
66 TAATCTCAT--AATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
* * *
6307 ATGCCTGCCTTAAGAAACCTATAGAAAAAA-CCATTCATTGAG
129 ATACCTGCCTTAGGAAACATATA-AAAAAAGCCATTCATTGAG
** *
6349 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
6414 TAATCTCATAATTGATTTACAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * *
6479 TAACTGCCTCAGGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATTTAG
130 TACCTGCCTTAGGAAACATATAAAAAAAGCCATTCATTGAG
* *
6520 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
6585 TAATCTCATAATTGATTTTTA-TTGAA--TTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGA-TAATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACT-ATAATTGA
** * * * * *
6646 ATGTCT-ACTTAGAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGAT
129 ATACCTGCCTTAG-GAAACAT-ATAAAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * * * * *
6688 AAAAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
6753 TAATCTCACAATTGATTTCAGGTTTAATTTTTTCTTACATTTTT-AGTTAAAACAGA-TAATAAT
66 TAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTT-TTACATTTTTCA-TTAAAATAGACT-ATAAT
* * * * *
6816 TGAATATCTACCTT-GAGAAACATGA-AGAAAAATG-GATTCGTTG-G
126 TGAATACCTGCCTTAG-GAAACAT-ATA-AAAAAAGCCATTCATTGAG
* *** * * *
6860 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGTCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTATAAATGG-TTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * * *
6924 ATAACCTCATAGTCGAATTTAAGTTGAATCGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
* ** * *
6989 ATACCTGCCTTATGAAACCCATAGAAAAAGCCATTCATTCAG
129 ATACCTGCCTTAGGAAACATATAAAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * * *
7031 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTC
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
*
7096 TAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * * * * *
7161 TGCTTTCCTCAAGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATTTAG
130 TACCTGCCTTAGGAAACATATAAAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * * *
7202 AAGAGAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
7267 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAAATGTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACCATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * * * * * * **
7331 TGCTTTCC-TAGGGAA-ATGAGTAGAGAAACCCATTTATT-TT
130 TACCTGCCTTAGGAAACAT-A-TAAAAAAAGCCATTCATTGAG
* ** * * * **
7371 TAGAAAAGTTGATTTATAGTCTCCCATTCCTT-AAAACACCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
7435 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAACTCA
65 ATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
* *
7500 ATTCCTGCCTTGGGAAACAT
129 ATACCTGCCTTAGGAAACAT
7520 GCAGAAAAAG
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 183, Indels: 66
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.01
168 132 0.14
169 87 0.09
170 259 0.27
171 326 0.34
172 31 0.03
173 103 0.11
174 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
ACCTGCCTTAGGAAACATATAAAAAAAGCCATTCATTGAG
Found at i:6920 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 6112--7530 Score: 1348
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 336
6102 NNNNNNNNNN
* * **
6112 TTTAGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGGGATTC-G
1 TTTA-TTAAAATAGACT-ATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACAT-ACAAAAAAAGCCATTCAG
* * **
6174 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
63 TTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
********* * * *
6239 TTTATAATCTCATNNNNNNNNNNT-AGTTGAATCTTTTTATATTTTTCATTGAAATACATTATAA
127 TTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAAT-GTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAA
* *
6303 TTGAATGCCTGCCTTAAGAAACCTATAGAAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
190 TTGAATGCCTGCCTTAAGAAA-CTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAG
* *
6368 TCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTA
254 TCACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-
6433 CAGTTGAATTTTTTTACATT
317 CAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * *
6453 TTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATAACTGCC-TCAGGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATT
1 TTT-ATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGA-GAAACATACAAAAAAAGCCATTCAGT
* * *
6517 TAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
64 TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-T
* * * *
6582 TTATAATCTCATAATTGATTTTTA-TTGAAT-TTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATAATAATTG
128 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * *
6645 AATGTCT-ACTTAGAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAATTCCATTTATAGT
193 AATGCCTGCCTTA-AGAAAC-T-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
6708 AACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTTTAATCTCACAATTGATTTCA
255 CACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCA
*
6773 GGTTTAATTTTTTCTTACATT
319 -GTTGAA-TTTTT-TTACATT
* * *
6794 TTTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAATG-GATTC-
1 TTTA-TTAAAATAGACT-ATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACAT-ACA-AAAAAAGCCATTCA
* * ** * * *
6855 GTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGTCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTATAAATG
62 GTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * *
6920 GTTTATAACCTCATAGTCGAATTTAAGTTGAATCGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
126 GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-GTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAA
* * * *
6985 TTGAATACCTGCCTTATGAAACCCATAGAAAAAGCCATTCATTCAGAAAAAAAGTCCATTTATAG
190 TTGAATGCCTGCCTTAAGAAA-CTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
7050 TCACTCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTA
254 TCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-
*
7115 AAGTTGAATTTTTTTACATT
317 CAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * ** *
7135 TCTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT-GCTTTCCTCAAGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATT
1 T-TTATTAAAATAGACTATAATTGAATATC-TACCTTGAGAAACATACAAAAAAAGCCATTCAGT
* * * *
7199 TAGAAGAGAAGCCCATTTATAGTCA-CACATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGT
64 TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-
** **
7263 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACCATAATT
127 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * *** * **
7328 GAATGCTTTCC-TAGGGAAA-TGAGTAGAGAAACCCATTTATT-TTTAGAAAAGTTGATTTATAG
192 GAATGCCTGCCTTA-AGAAACT-A-TAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** *
7390 TCTCCCATTCCTT-AAAACACCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
254 TCACCCATT-CTTCAAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TT
* *
7454 TAAGTTGAGTTTTTTTACATTT
316 TCAGTTGAATTTTTTTACA-TT
* * * * * *
7476 TTTATTAAAATAGACTATAACTCAAT-TCCTGCCTTGGGAAACATGCAGAAAAAGC
1 TTTATTAAAATAGACTATAATTGAATAT-CTACCTTGAGAAACATACAAAAAAAGC
7531 AATTNNNNNN
Statistics
Matches: 886, Mismatches: 149, Indels: 87
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 8 0.01
339 137 0.15
340 169 0.19
341 365 0.41
342 66 0.07
343 134 0.15
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
TTTATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATACAAAAAAAGCCATTCAGTTA
GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAAT
GCCTGCCTTAAGAAACTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGTTGAAT
TTTTTTACATT
Found at i:7528 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 6329--7530 Score: 1300
Period size: 511 Copynumber: 2.3 Consensus size: 508
6319 AGAAACCTAT
* * * **
6329 AGAAAAAACCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTAT
1 AGAAAAACCCATTCATTG-GCAAGAAAAGT-TATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
6393 TACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTACAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA
64 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * *
6458 TTAAAATAGACTATAATTGAATAACTGCCTCAGGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATTTAGAAG
128 TTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTAGGAAACAT-CAGAAAAAGCCATTCATTCAGAAA
* *
6523 AAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
192 AAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
** * * *
6588 TCTCATAATTGATTTTTATTGAATTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTA
257 TCTCATAATTGATTTAAATTGAATTTTTACATTTCTCATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTA
* * * * * ** * *
6653 CTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAAAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCT
322 CTCAGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGCCCATTTATAGTAACACATTCC
* * * * **
6718 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTTTAATCTCACAATTGATTTCAGGTTTAATTT
387 TTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAG-TTAAAAT
* * *
6783 TTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGA
451 GTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGA
*** * * * *
6841 AGAAAAATGGATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TGTCTATTCCTTCAAAAGTCTTAT
1 AGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * ** *
6905 TACTTGCTATAAATGG-TTTATAACCTCATAGTCGAATTTAAGTTGAATCGTTTTATATTTTTTA
64 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* *
6969 TTAAAATAGATTATAATTGAATACCTGCCTTATGAAACCCAT-AGAAAAAGCCATTCATTCAGAA
128 TTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTAGGAAA--CATCAGAAAAAGCCATTCATTCAGAA
* * * *
7033 AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTCTA
191 AAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
*
7098 ATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACT-ATAATTGAAT
256 ATCTCATAATTGATTTAAA-TTGAA--TTTTTACATTTCTCATTAAAAAAGA-TAATAATTGAAT
* * * * * *
7162 GCTTTCCTCA-AGAAACAT-ACAAAAAAAGCCATTCATTTAGAAGAGAAGCCCATTTATAGTCAC
317 G-TCTACTCAGAGAAACATGA-AAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGCCCATTTATAGTAAC
* *
7225 ACATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
380 ACATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAGT
* * * * * *
7289 TAAAATGTT-TTATATTTTTCA-TTAAAATAGACCATAATTGAAT-GCTTTCCTAG-GGAA-ATG
445 TAAAATGTTCTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTGAATATC-TACCTAGAGAAACATG
7349 A
508 A
* * *** *
7350 GTAGAGAAACCCATTTATT-TTTAGAAAAGTTGATTTATAGTCTCCCATTCCTT-AAAACACCTT
1 --AGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTT-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA-GCCTT
* ** *
7413 ATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTT
62 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
7478 TATTAAAATAGACTATAACTCAATTCCTGCCTTGGGAAACATGCAGAAAAAGC
126 TATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTAGGAAACAT-CAGAAAAAGC
7531 AATTNNNNNN
Statistics
Matches: 566, Mismatches: 102, Indels: 45
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 12 0.02
510 48 0.08
511 286 0.51
512 81 0.14
513 4 0.01
514 129 0.23
515 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
AGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
AAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTAGGAAACATCAGAAAAAGCCATTCATTCAGAAAAAAA
GTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTAAATTGAATTTTTACATTTCTCATTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACTCA
GAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGCCCATTTATAGTAACACATTCCTTCA
AAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAGTTAAAATGTTCT
TACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGA
Found at i:8164 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 8036--8287 Score: 315
Period size: 122 Copynumber: 2.1 Consensus size: 122
8026 AAGATAGACT
* *
8036 ATAATTGAATCCCTATCTTAGGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTT
1 ATAATTGAATCCCTACCTCAGGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTT
* *
8101 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAAGCTC
66 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAAGCTC
* * * * * * * *
8158 ATAATTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTACAAAACAAGTCATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTT
1 ATAATTGAATCCCTACCTCAGGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTT
* * * * ** * * *
8223 ATAGTCATCCATTCTTTCTAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTT
66 ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAAGCTC
8280 ATAATTGA
1 ATAATTGA
8288 TTTAAAGTTG
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 21, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
122 109 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (122 bp):
ATAATTGAATCCCTACCTCAGGAAACATACAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAAGCTC
Found at i:8444 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8158--8591 Score: 538
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 172
8148 TTATAAGCTC
* * * *
8158 ATAATTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTACA-AAACAAG-TCATTCATTTAGAAGAAAAGTCCAT
1 ATAATTGAATGCTTACTTCAGTAAACGTATAGAAA-AAGCT-ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCAT
* * * * ** * *
8221 TTATAGTCATCCATTCTTTCTAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* *
8286 GATTTAAAGTTGAA-CTCTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACT
129 AATTTAAAGGTGAATCTCTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACT
* *
8329 ATAATTGAATGCTTACTTCAATAAACGTATAGAAAAAGCTATTAATTTAGAAG-AAAGTCCATTT
1 ATAATTGAATGCTTACTTCAGTAAACGTATAGAAAAAGCTATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTT
8393 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAA
66 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAA
* * * * *
8458 TTTTAAGGTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACT
131 TTTAAAGGTGAATCTCTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACT
* ** * * * *
8500 ATAATTGAATGCTTGCCTTGGGT-AACATGTAGAAAAATC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATGCTT-ACTTCAGTAAACGTATAGAAAAAGCTATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATT
*
8563 TATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTA
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
8592 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 31, Indels: 10
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 88 0.39
171 131 0.58
172 8 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
ATAATTGAATGCTTACTTCAGTAAACGTATAGAAAAAGCTATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAA
TTTAAAGGTGAATCTCTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACT
Found at i:10948 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10294--11834 Score: 1050
Period size: 170 Copynumber: 9.0 Consensus size: 168
10284 NNNNNNNNNN
* * * *
10294 AGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTT-ACTTCAGGAAGCGT
1 AGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTT-GGGAAACGT
* * * * * *
10358 -ATAGAAAAAGCTATTAATTTAG-AAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCATAAGCCT
64 GA-AGAAAAAGC-ATTCA-TTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT-CTTTAAAAACCT
* *
10421 TATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
125 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
******************* * * * * ** *
10465 AGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAACAGACCATAATTGAATG-TCTACCTCGATAAACAT
1 AGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTTGGGAAACGT
* * * * *
10529 GGAGAAAAAAGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCTATTCCTTTAAAAGCCTT
64 GAAG-AAAAAGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATT-CTTTAAAAACCTT
*
10593 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTA
126 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * *
10636 AGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA-TCATAATTGAATGCTTG-CTTAGGAAA-AT
1 AGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACT-ATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACGT
* * * * * *
10697 G-AGTAAAGAAATGCATTTATTTGTAGGAAAAGTCTATTTATTGTCA-TCCATT-TCTTAAAACA
64 GAAG--AA-AAA-GCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCT-TTAAAA-A
*
10759 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
122 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
*
10806 AGCTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAATGTG
1 AG-TTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * *
10871 TACAAAAAGCCATTCAGTAAAAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAACCTTAT
65 AAGAAAAAG-CATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTT-AAAAACCTTAT
*
10936 TGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
10977 AGTTGATTATTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACA
1 AGTTAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACT-ATAATTGAATGCT-TGCCTTGGGAAACG
* * * * * * * **
11040 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAACAAAAGTCTAGTTATAGTCACCCATTCGATCAAAAGTC
63 TGAAGAAAAA-GCATTCATTAG--AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC-TTTAAAAACC
* * * * *
11105 TTGTTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTGATTTCA
124 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
11150 GGTTCAATTTTTTCTTACATTTTT-AGGTAAAACAGACAATAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAA
1 AGTT-AA-TTTTT-TTACATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTTGGGAAA
* * * * * *
11213 CATGAAGAAAAATGGAGTCATTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCA-TCCAATCTTTCAAAAAC
61 CGTGAAGAAAAA-GCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCTTT-AAAAAC
* * *
11277 CTTATTACTTGCTTTACATGG-TTTATAATCTCATAATTGAATTTA
123 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * **
11322 AGTTGAATTTTGTTACATTGCTAATTAAAATAGACTATAATTGAATGC-TACCTCAGGAAACGT-
1 AGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACGTG
* * **
11385 ACAAAAAAAGCCATTCATTTAG-AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGTCTT
65 A-AGAAAAAG-CATTCA-TTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT-CTTTAAAAACCTT
* * *
11449 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATTATAATTGATTTTA
126 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * ***
11492 AG-TAGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATG-TCTG-CTTCTAAAAACG
1 AGTTA-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTT-GGGAAACG
* * * * * *
11554 TAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAGAAGCCCATTTGTAG--AGTTCTATTCCTTTAAAAGA-
63 TGAAG-AAAAAGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTC-ATT-CTTTAAAA-AC
*
11616 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTA
123 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *** * * *
11662 AGTTAAATTTTTCATATTTTTTATTAAAATAGACAATAGTTGAATGCTTGCCCAAGGAAATGAGT
1 AGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACGTGA
** * * * * * *
11727 AGAGAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCGATTTATAGTC-TTGCATTCCTTAAAACACCTTAT
66 AGA-AAAAGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCTTTAAAA-ACCTTAT
* * **
11791 TACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATAAATTTTA
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
11832 AGT
1 AGT
11835 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1082, Mismatches: 223, Indels: 131
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 11 0.01
169 133 0.12
170 382 0.35
171 313 0.29
172 52 0.05
173 117 0.11
174 6 0.01
175 66 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACGTGA
AGAAAAAGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAACCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
Found at i:15336 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14969--16013 Score: 1051
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
14959 NNNNNNNNNN
* * ** * *
14969 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG-AAAAGTTTTTC
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
15033 ATATTTTTCATTAAAATAGA-TCATAATTGATTGCTTGCCTAGGGAAACGAGTAGAGAAACCCAT
66 ACATTTTTCATTAAAATAGACT-ATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCAT
* *** ** *
15097 TTATT-TTTAGAAAAGTTGATTTATAGTCTCCCATTCCTT-A
130 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
15137 AAA-CACTTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAAGC-C-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
* *
15201 TTACATTTTTTATTAAAATAGGCTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCA
64 TTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCA
* * *
15266 TTCATTGAAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGA
129 TTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
15309 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTG-ATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * * * *
15373 TACATTTTT-ATAAAAACAGGCAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT
65 TACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCAT
*
15437 TCATTGGCAAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
130 TCATT-G-AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * *
15480 AAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-----TT
* * * * * * * *
15545 TTTTTACATTTTTAACTAAACA-A-ACAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
61 TTTTTACATTTTTCATTAAA-ATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAA
** ** * * * *
15608 GGGATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCATCCGTTCCTTTA
125 GCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
15655 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAACTGAA-TTTAGGTTGAATCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** *
15718 TATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAA--TGTACCAAAAAAGCC
65 TACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTGTA--GAAAAAGCC
* *
15781 ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
128 ATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * ** *
15825 GAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTAA-TTTACAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-AGTTGAATTTTTT
* * * * ** * **
15889 TACAATTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACGTACAAAAAAAGTTAT
65 TACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCAT
15954 TCA-TGTAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
130 TCATTG-AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
15996 AAAGCCTTATTACTCGCT
1 AAAGCCTTATTACTCGCT
16014 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 111, Indels: 55
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 8 0.01
169 62 0.08
170 214 0.29
171 295 0.40
172 10 0.01
173 3 0.00
174 25 0.03
175 53 0.07
176 58 0.08
177 7 0.01
178 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATT
CATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
Found at i:15676 original size:346 final size:344
Alignment explanation
Indices: 15225--16013 Score: 866
Period size: 346 Copynumber: 2.3 Consensus size: 344
15215 AAAATAGGCT
* * * *
15225 ATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAATCCATTT
1 ATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAATCCATTT
*
15290 ATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGA
66 ATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCACATAACTGA
* * * * **
15355 TTTTAAGTTGATTATTTTTACATTTTT-ATAAAAACAGGCAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAA
130 ATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATAAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTCAGGAA
* * *
15419 ACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
195 ACGT-ACA-AAAAAGCCATTCATTGAG--AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAA
* * * *
15482 AGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTT-CAGGTTCAATTTTTTTT
256 AGCCTTATTACTCGATTGAAATAATTTTATAAGCTCAAAATTAATTTACA-GTTCAATTTTTTTT
15546 TTTTACATTTTTAACTAAACAAACA
320 TTTTACATTTTTAACTAAACAAACA
* ** ** * *
15571 ATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTT
1 ATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAATCCATTT
* * * * *
15636 ATAGTCATCCGTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAACTGAA
66 ATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCACATAACTGAA
* * * * * * *
15701 TTTAGGTTGAATCTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAA
131 TTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATAAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAA
* * *
15766 TGTACCAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAGAAGCC
196 CGTA-CAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* * *
15831 TTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAAGCTCATAATTAATTTACAGTTGAA-----TTTTTTTA
260 TTATTACTCGATTGAAATAATTTTATAAGCTCAAAATTAATTTACAGTTCAATTTTTTTTTTTTA
* * * *
15891 CAATTTTCATTAAA-ATAGACT
325 CATTTTTAACTAAACA-A-ACA
* * * * * ** * *
15912 ATAATTGAATGCTTGCCTT-AGGAAACGT-ACAAAAAAAGTTATTCA-TGTAAAAGAAAAGTCCA
1 ATAATTAAATGCCTACCTTGA-GAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTG-AAAAAAAAAATCCA
*
15974 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
63 TTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCT
16014 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 62, Indels: 25
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 24 0.06
341 82 0.22
345 118 0.32
346 144 0.39
347 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (344 bp):
ATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAATCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCACATAACTGAA
TTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATAAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAA
CGTACAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGATTGAAATAATTTTATAAGCTCAAAATTAATTTACAGTTCAATTTTTTTTTTTTAC
ATTTTTAACTAAACAAACA
Found at i:16423 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16235--16600 Score: 397
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
16225 NNNNNNNNNN
* * * *
16235 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAA-TGTT-TTACATTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTCACGTTCAATTGTTCTTACATTTTT
* * * * *
16298 CA-TTAAAACAGACAATA-ATTGAATTTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG-GCCTTTATTG
66 -AGTTAAAACAGACAATACA-TGAATGTCTACCTAGAGAAA-GAGAAGAAAAAGAG-ATTCATTG
*
16360 ACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACGT-TTTCCTTCAAAAGCCTTA
127 ACAAAAAAAGTCCATTTATAGT--CGTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
16405 TTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTCAGGTTCAATTTTTTCTTACATTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTCACGTTCAA-TTGTTCTTACATTTT
** * *
16470 TAGTTAAAACAGATGATACATGAATGTCTACCTAGAGAAAGAGAAGAAAAAGAGATTCGTTGGCA
65 TAGTTAAAACAGACAATACATGAATGTCTACCTAGAGAAAGAGAAGAAAAAGAGATTCATTGACA
**
16535 GGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
130 AAAAAAGTCCATTTATAGTCGT-CATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
16577 TCT-CTTACTTTAAGTGG-TTTATAA
1 T-TACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
16601 CCTCATAATC
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 24, Indels: 17
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 45 0.28
171 7 0.04
172 67 0.41
173 43 0.26
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTCACGTTCAATTGTTCTTACATTTTT
AGTTAAAACAGACAATACATGAATGTCTACCTAGAGAAAGAGAAGAAAAAGAGATTCATTGACAA
AAAAAGTCCATTTATAGTCGTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
Found at i:18045 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17595--19270 Score: 1057
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 169
17585 NNNNNNNNNN
* * * * *
17595 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTATTTTTATAATTTTTATTC
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTTATTA
* * * * * *
17659 AAACAG-GTAATAATTAAATGTCTACCTT-GAGAAA-G-ATGAAGAAAAATG-GATTCATTG-GC
64 AAATAGACT-ATAATTGATTG-CTGCCTTAG-GAAACGTAT--AGAAAAA-GCCATTCATTGAG-
* *** * * *
17718 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGTTATCCCTTTAAAAGCCTTCTCACT
122 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
** * * * * *
17766 CGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGGATCTTTTTATATTTTTCAATGA
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* * * * * * * *
17830 AATAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGCACAAAAAAAGTCATAT-ATTGAGAAGAAA
65 AATAGACTATAATTGATTG-CTGCCTTAGGAAACGTATAGAAAAAGCCAT-TCATTGAGAAGAAA
* * *
17894 AGTCCATTTATAGTCACCCATACATTTAAAACCCTTATTACT
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
17936 CGCTTTAAAAATTTTTATAATTTTATAATTGATTTACAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTA-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* * *
18001 AATAGACTATAATTGACTTTCTGCCTTAGGAAACGTATA-AAAAAACCATTCATTCAGAAGAAAA
65 AATAGACTATAATTGA-TTGCTGCCTTAGGAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
*
18065 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
129 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
18106 TGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTCT-TAAA
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-TATTAA
* * * * * *
18170 AATAGACTATAATTGAATGCTTGCC-TAGGGAAATG-AGTAGAGAAACCCATTTATTTG-GAAGG
65 AATAGACTATAATTGATTGC-TGCCTTA-GGAAACGTA-TAGAAAAAGCCATTCA-TTGAGAAGA
* * * * * * *
18232 AAAGCCCATTAATAGTCTCCCATTTC-TTAAAACACCCTATTGCT
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA-GCCTTATTACT
* * *
18276 CGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAA
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* * * *
18341 AATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTTGGAAACGTGTTGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
65 AATAGACTATAATTGATTGC-TGCCTTAGGAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
* *
18406 GTTCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTGCT
129 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACT
* *
18447 CGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAGATT-ATTTTACA-TTAAA--TTTTTACATTTTTTATT
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA-ATTGA-TTTA-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * *
18508 CAAATAGGA-AATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATT-AGCA
63 AAAATA-GACTATAATTGATTG-CTGCCTTAG-GAAACGT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAG--
* * * * *
18569 AAAAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACT
122 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * *
18617 CGCTTTAAAT-G-GTT-TAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTCAATCTTTTTTTACA-TTTTTAGT
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTT-AA-ATTTTTTTACATTTTTTA-T
********** * * * **
18678 TAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACTTGA-AGAAAAAGGGATTCATTG-GCA
62 TAAAATAGACTATAATTGATTG-CTGCCTTAG-GAAACGT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAG-A
********** * ** * *
18740 AGAAAAGTNNNNNNNNNNTCATCTGTTCCGTCAAAAGCCTTATTACT
123 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
** * * * * * * * * *
18787 TTCTTTGAAT-GATTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTCTCATTGA
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* ** * * * *
18851 AATAGACTATAATTAAAAGCCTGCCTTAAGAAACCTATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAAAAAA
65 AATAGACTATAATTGATTG-CTGCCTTAGGAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
* * * ** *
18916 GTTCATTTATAGTCATCTATTCCTTCGAAATCCTTATTACT
129 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
18957 CGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGATTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAA
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* * * * * * ** * * *
19022 AATAGATTAGAATTGAATGCCTACCTCAAGAATTG-AGTAGAGAAACCCATTTATTTG-GAAGAA
65 AATAGACTATAATTGATTG-CTGCCTTAGGAAACGTA-TAGAAAAAGCCATTCA-TTGAGAAGAA
* * ** * *
19085 AAGTTCATTTATAGTCTCTTATTCC-TTAAAACACCTTATTGCT
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA-GCCTTATTACT
* * * * *
19128 CGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTTATTAA
1 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* * * * * * *
19193 AATAGATTATAATTGAATGCTTACCTT-GAGAAATGTGTAGAACAAGCCATTCATAGAGAAGAAA
65 AATAGACTATAATTGATTGC-TGCCTTAG-GAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAA
19257 AGTCCATTTATAGT
128 AGTCCATTTATAGT
19271 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1192, Mismatches: 250, Indels: 126
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.01
167 12 0.01
168 12 0.01
169 119 0.10
170 486 0.41
171 519 0.44
172 34 0.03
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
ATAGACTATAATTGATTGCTGCCTTAGGAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
Found at i:18280 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 17718--18481 Score: 891
Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 339
17708 ATTCATTGGC
* *** * * * * *
17718 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGTTATCCCTTTAAAAGCCTTCTCACTCGCTTTAAATAG-TTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*** *
17782 TAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGGATCTTTTTATATTTTTCAATGAAATAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTG-ATTTAAGTCAAATCTTTTTACATTTTTCAA-GAAATAGACTATAATTGAA
** * *
17847 TGCCTACCTCAAGAAACGCACAAAAAAAGTCATATATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 TGCCTACCTCAAGAAACGCACAAAAAAACCCATATATTGAGAAGAAAAGCCCATTAATAGTCACC
* * * *
17912 CATACATTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAAATTTTTATAATTTTATAATTGA-TTTACAGT
194 CATACA-TTAAAACCCCTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTA-AGT
* * * *
17976 TGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGACT-TTCTGCCTTAGGAAACGT-AT
257 TAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTTAGGAAACGTGAT
18039 AAAAAAACCATTCATTCAG
321 AAAAAAACCATTCATTCAG
* *
18058 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCGTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*
18123 TAATCTCATAATTGATTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTCTTAA-AAATAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTAAGTCAAATCTTTTTACATTTTTC--AAGAAATAGACTATAATTGAA
* * * * * * * * *
18187 TGCTTGCCT-AGGGAAATG-AGTAGAGAAACCCATTTATTTG-GAAGGAAAGCCCATTAATAGTC
129 TGCCTACCTCA-AGAAACGCA-CAAAAAAACCCATATA-TTGAGAAGAAAAGCCCATTAATAGTC
* * * *
18249 TCCCATTTC-TTAAAACACCCTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTA
191 ACCCA-TACATTAAAAC-CCCTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTA
*
18313 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTTGGAAACGTG
254 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACGTG
* * * *
18378 TTGAAAAAGCCATTCATTGAG
319 ATAAAAAAACCATTCATTCAG
* * *
18399 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*
18464 TGATCTCATAGATT-ATTT
66 TAATCTCATA-ATTGATTT
18482 TACATTAAAT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 52, Indels: 23
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.03
340 228 0.63
341 118 0.33
342 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTAAGTCAAATCTTTTTACATTTTTCAAGAAATAGACTATAATTGAATG
CCTACCTCAAGAAACGCACAAAAAAACCCATATATTGAGAAGAAAAGCCCATTAATAGTCACCCA
TACATTAAAACCCCTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
TTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACGTGATAAAAA
AACCATTCATTCAG
Found at i:20702 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20406--22136 Score: 1749
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 170
20396 NNNNNNNNNN
* *
20406 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAGTTAAAGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTT
* ** *
20471 TTACATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTGAATACCTA-CTTTAGGAAACGTATAGAAAAAGCT
65 TTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTATAGAAAAAGCT
* * *
20535 ATTAATTTAGAAGAAAAGTCCACTTATACTCACCCATTCCTT
129 ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* ** * * *
20577 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTGGATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTACGTTAAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
* *
20642 TACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAAGGC-
66 TACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-ATAGAAAAA-GCT
* * * *
20705 ATCCATTGACAA-AAATAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
129 ATTCATTTAGAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * * *
20747 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTCAGGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * **
20812 TACATTTTTTATTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATATATAGAAAAAG-TCA
66 TACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTATAGAAAAAGCT-A
* * * * *
20876 TTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACCAATTCTTT
130 TTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
20917 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGATTATTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTT
* *
20981 TTACATTTTT-ATAAAAACA-AGCAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAAGA
65 TTACATTTTTCATTAAAATAGA-CAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-ATAGAAAAAG-
* *
21043 C-ATTCATTAATA-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
127 CTATTCATT--TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * * *
21087 CAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTCAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--TTT
*
21152 TGTTACATTTTT-AGTTAAAA-AGGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAA
64 T-TTACATTTTTCA-TTAAAATA-GACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-ATAGAAAA
** * * *
21214 AGAGATTCA-TTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTT
125 AGCTATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
21260 TAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTATAATCTTATAACTGAA-TTTAAGTTGAATCTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTAATTTTAAGTTGAAT-TT
* * * * * * * *
21323 TTTATATTTTTCATTATAATAGACTATAATTAAATGTTTGCC-TCAGGAAACGTATAAAAAAAGC
64 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTATAGAAAAAGC
* * * * *
21387 CATTCATTGAGAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATCCATACCTT
128 TATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
21430 CTAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGA-TTTACAGTTGAATATT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-AGTTGAAT-TT
* * **** * * * *
21494 TTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGAGTCAGGAAAGGTACAAAAAAAG-
64 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTATAGAAAAAGC
*
21557 TCATTCATTTAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTT
128 T-ATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * *
21601 CAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GTTTTAAAGTTGAATTCC
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AAGTTGAATT-T
* ** * *
21665 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTACTTTCGA-AAACATATAGAAAAAGC
64 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTATAGAAAAAGC
* *
21729 TATTAATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
128 TATTCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
21772 -AAAACACCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTT
1 CAAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--TT
* * * * * * *
21836 TTTTACATTTTTTATTAAAATAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATACAGAAAAAGC
63 TTTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTATAGAAAAAGC
* * *
21901 CATTCATTGACAA-AACAA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
128 TATTCATTTAGAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
21943 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTTATTTTAAGTTGATTATTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTT
* * ** *
22008 TTACATTTTT-ATAAAAACAGGTAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAAGGC
65 TTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-ATAGAAAAA-GC
* *
22071 -ATTCA-TTGGCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
128 TATTCATTTAG--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
*
22114 CAAAATCCTTATTACTCGCTTTA
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
22137 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1307, Mismatches: 197, Indels: 112
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 129 0.10
170 443 0.34
171 513 0.39
172 100 0.08
173 71 0.05
174 49 0.04
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
TACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTATAGAAAAAGCTAT
TCATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
Found at i:21397 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 20406--22136 Score: 1925
Period size: 513 Copynumber: 3.4 Consensus size: 503
20396 NNNNNNNNNN
* * * *
20406 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAGTTAAAGTTGAATT-TT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTG-ATTATT
* * * ** * *
20470 TTTACATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTGAATACCTA-CTTTAGGAAACGTATAGAAAAAGC
65 TTTACATTTTT-ATAAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACGTACAGAAAAAGC
* * * * *
20534 TATTAATTTAGAAGAAAAGTCCACTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 -ATTCATTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * * *
20599 GGATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTACGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
193 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
* * * * * *
20664 AATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATCCATTGACAAAAATAGTCTATT
258 AATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGG-ATTCATTGGCAGAAA-AGTCCATT
* * *
20729 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
321 TATAGTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATT
* * * * *
20793 TATTTCAGGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGA
383 AATTT-AAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGA
* * * *
20858 AATATATAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACCAATTCTTT
446 AACATATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTT
*
20917 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGATTATTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGATTATTT
20981 TTACATTTTTATAAAAACAAG-CAATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGA-AGAAAAAGA
66 TTACATTTTTATAAAAA-AAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACGT-ACAGAAAAAG-
* *
21043 CATTCATTAATA-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCT
128 CATTCATT--TAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
21107 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTCAATTTTTTGTTACATTTTT-AGTTAAA
191 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTT-AA-TTTTT-TTACATTTTTCA-TTAAA
21171 A-AGGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAGATTCATTGGCATGAAAA
252 ACA-GACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-GATTCATTGGCA-GAAAA
* *
21235 GTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATAATCTTA
314 GTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATAATCTCA
* * * * *
21300 TAACTGAATTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTTCATTATAATAGACTATAATTAAATGTTTGCC
378 TAA-TTAATTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * *
21365 TCAGGAAACGTATAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATCCATACCTT
441 T-AGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTT
* * * * * *
21430 CTAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGA-TTTACAGTTGAATATT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTA-AGTTGATTATT
* * * **** * * *
21494 TTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGAGTCAGGAAAGGTACAAAAAAAGT
65 TTTACA-TTTTTATAAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACGTACAGAAAAAG-
* * *
21558 CATTCATTTAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTT
128 CATTCATTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** *
21623 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTAAAGTTGAATTCCTTTACATTTTTCATTAAAATAGA
193 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* ** * * * * *
21688 CTATAATTGAATACCTACTTTCGA-AAACAT-ATAGAAAAAGCTATTAATTTAGAAGAAAAGTCC
257 CAATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGA-AGAAAAAG-GATTCA-TTGGCAGAAAAGTCC
* * * *
21751 ATTTATAGTCACTCATTCC-TTAAAACACCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
318 ATTTATAGTCAC-CATTCCTTTAAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATA
* *
21815 ATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAACTATAATTGAATGTTTGCCT
380 ATTAA-TTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * *
21880 TGAGAAACATACAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAACAA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
442 AG-GAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTT
* *
21943 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTTATTTTAAGTTGATTATTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGATTATTT
* ** *
22008 TTACATTTTTATAAAAACAGGTAATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACGTGA-AGAAAAAGGC
66 TTACATTTTTATAAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACGT-ACAGAAAAA-GC
* *
22071 ATTCA-TTGGCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTT
129 ATTCATTTAG--AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
22135 TA
192 TA
22137 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 144, Indels: 86
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 44 0.04
510 124 0.12
511 40 0.04
512 171 0.17
513 405 0.39
514 203 0.20
515 45 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (503 bp):
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGATTATTT
TTACATTTTTATAAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAAACGTACAGAAAAAGCAT
TCATTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAAT
AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGATTCATTGGCAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTAATTTAAG
TTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAACATATAGA
AAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTT
Done.