Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401334.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4471.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2742
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.11, T:0.29
Warning! 548 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:633 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14--1221 Score: 907
Period size: 172 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
4 TAATCTCAAG
* *
14 ATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TCAC
1 ATTGATTTTAAGTTG-AATTCTTTT-CATTTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-AC
* * * * *
77 CTTGAGAACCATAATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCAT
63 CTTGAGAAACATAA-AAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
* * * * *
142 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA-CCTCAAA
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATAC-CATA
* * * * * *
186 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTCAATCATTTTTTA--TTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTAT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTCTT--TTCA-TTTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
249 CTTTAGAAACATAAAGAGAAAA-GTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCTTACC
63 CTTGAGAAACATAAA-A-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC
* * * * *
313 TTCAAAAGCCTCATTGCTCGCTTTAAA-AGGTTTTATGATGCCATA
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTGTAATACCATA
* * * *
358 ATTGATTTTAAGTTGAGTT-TTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAAT-TCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTCAT-TTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
** ** * * * *
421 TGAGAAATGTGATGAAAAAGGAATTGATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAAG-CACCCGTACCTT
65 TGAGAAACAT-AAAAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATACCTT
* ** *
485 CAAAAACCTTATTAC-CTGCTCGAAATATTTTTGTAATACCATA
128 CAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTGTAATACCATA
* * * * *
528 ATTGATTTTACGATTGAATT-TTTTCATGTTTTAGGTTAAAACAGACTGTAATTTAATGTTTACA
1 ATTGATTTTAAG-TTGAATTCTTTTCAT-TTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
592 TTGAGAAACATAAAAAAAAGGTATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTCTAGTAACCTATTCCTTT
64 TTGAGAAACATAAAAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC
* *** * * * * * *
657 AAAAGCCATATTACAAACTTTAAATGGTTTTAT-TTTCTTAAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATAC-CATA
* * * *
699 ATTGATTTAAATTTGAATTCCTTGTACA-TTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATT-CTT-TTCATTTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* ** * ** *
762 TTGAGAGATGTGAAGAAAAAA-GAATTCATTGATAAGAAAA-ACCAATTTATAGTCACCCATACC
64 TTGAGAAACAT-AA-AAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATACC
* * * *
825 TTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATACCATA
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATACCATA
* * * * * * *
870 ATTGATTTAAAGATTGAATTTTTTTTACA-TTTCAGGTTAAAACATACTATTATTGACTGTCCAC
1 ATTGATTTTAAG-TTGAA-TTCTTTT-CATTTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
934 CTTGAGAACCATAATGAAAAAGGAATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCT
63 CTTGAGAAACATAA-AAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
* *
999 GT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAAT-CTCAAA
127 -TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATAC-CATA
* * * * * *
1043 ATTGATATAAATTTGAATTCTTCAGTT-ATTTTTTA--TCAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTA
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTCTT---TTCA-TTTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
1105 CCTTTAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTAATTAGCAAG-AAAGGCCTATTTATTGTCACACATAC
62 CCTTGAGAAACATAAA-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATAC
* * * *
1169 CTTCAACAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGCCATA
125 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATACCATA
1215 ATTGATT
1 ATTGATT
1222 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 183, Indels: 92
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 11 0.01
170 135 0.17
171 231 0.29
172 292 0.36
173 128 0.16
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTCATTTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
GAGAAACATAAAAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATACCATA
Found at i:762 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 386--1221 Score: 851
Period size: 345 Copynumber: 2.4 Consensus size: 343
376 TTTTTTATAT
* * *
386 TTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTCTACCTTGAGAAATGTGATGAAAAAGGAATTGATTG
1 TTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGAATTCATTG
* * * * *
451 GGAAGAAAAGTCC-ATTTATAAG-CACCCGTACCTTCAAAAACCTTATTACCTGCTCGAAATATT
66 AGAAGAAAA-ACCAATTTAT-AGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATCACCTGCTCGAAATAGT
* * ** * *
514 TTTGTAATACCATAATTGATTTTACGATTGAA-TTTTTTCATGTTTTAGGTTAAAACAGACTGTA
129 TTTGTAATACCATAATTGATTTAAAGATTGAATTTTTTTCACATTTCAGGTTAAAACAGACTATA
* ** * * * *
578 ATTTAATGTTTACATTGAGAAACATAA-AAAAAAGGTATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTCTA
194 ATTGAATGTCCACATTGAGAAACATAATAAAAAAGGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ** * *
642 GTAACCTATTCCTTTAAAAGCCATATTACAAACTTTAAATGGTTTTATTTTCTTAAAATTGATTT
259 GTAACCAATTCCTGTAAAAGCCATATTACAAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATAT
707 AAATTTGAATTCCTTGTACA
324 AAATTTGAATTCCTTGTACA
* * *
727 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAGATGTGAAGAAAAAAGAATTCATT
1 TTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAAT-TCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGAATTCATT
* * * * ** *
792 GATAAGAAAAACCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTT
65 GAGAAGAAAAACCAATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATCACCTGCTCGAAATAGTT
* * *
857 TTGTAATACCATAATTGATTTAAAGATTGAATTTTTTTTACATTTCAGGTTAAAACATACTATTA
130 TTGTAATACCATAATTGATTTAAAGATTGAATTTTTTTCACATTTCAGGTTAAAACAGACTATAA
* * * * *
922 TTGACTGTCCACCTTGAGAACCATAATGAAAAAGGAATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
195 TTGAATGTCCACATTGAGAAACATAATAAAAAAGGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** *
987 TCACCAATTCCTGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATATA
260 TAACCAATTCCTGTAAAAGCCATATTACAAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATA
*
1052 AATTTGAATT-CTTCAGT-TA
325 AATTTGAATTCCTT--GTACA
*** * * * ** * * *
1071 TTTTTTATCAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTTAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTAAT
1 TTTTGGCT-AAAACAGACTATAATTGAAT-TCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGAATTCAT
** * * * * * * * **
1136 T-AGCAAGAAAGGCCTATTTATTGTCACACATACCTTCAACAGCCTCATTA-CTCGCTTTAAATA
64 TGAG-AAGAAAAACCAATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATCACCT-GCTCGAAATA
* *
1199 GTTTTATAATGCCATAATTGATT
127 GTTTTGTAATACCATAATTGATT
1222 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 79, Indels: 16
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 30 0.07
342 108 0.27
343 49 0.12
344 103 0.25
345 116 0.29
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
TTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGAATTCATTG
AGAAGAAAAACCAATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTTATCACCTGCTCGAAATAGTTT
TGTAATACCATAATTGATTTAAAGATTGAATTTTTTTCACATTTCAGGTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCCACATTGAGAAACATAATAAAAAAGGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
AACCAATTCCTGTAAAAGCCATATTACAAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATAA
ATTTGAATTCCTTGTACA
Found at i:2660 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2357--2669 Score: 297
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
2347 ATGTTTTATT
* * * *
2357 AAAACAGACTAGAATTGAATGCCTATCTTTAGAAAAATAAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGAA
1 AAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAAATAAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAA
* * * * * *
2422 AAGTCTATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTCATTACCGGCTTTAAATGGTTTTATGATG
66 AAGTCCATTTACAGTAACCTATACCTTCAAAAGCATCATTACCGGCTTGAAATAGTTTTATAATG
*
2487 CCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNTA
131 CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT----------TA
* ** * * *
2528 AAAACAGACTATAATTGAATG-CTACCTTGAGAAATGTGACGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAAATAAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAA
* * * ** * *
2592 AAGTCCATTTATAGTAATCC-GTACCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTGAAATATTTTTGTAAT
66 AAGTCCATTTACAGTAA-CCTATACCTTCAAAAGCATCATTACCGGCTTGAAATAGTTTTATAAT
2656 GCCATAATTGATTT
130 GCCATAATTGATTT
2670 GACGATTGAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 24, Indels: 3
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 95 0.81
171 22 0.19
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (161 bp):
AAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAAATAAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTACAGTAACCTATACCTTCAAAAGCATCATTACCGGCTTGAAATAGTTTTATAATG
CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA
Done.