Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401335.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4472.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3073
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.10, T:0.34
Warning! 424 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:294 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1324 Score: 1431
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 169
** *
1 AAGTCCATTTATAGTCACCTTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTATTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT-TTATAATC
* * * * *
66 TCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
131 ACCTCAATAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
129 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA
** * * * *
172 AAGTATATTTATAGTCACCCATGTCTTAAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATC
* * * *
237 TCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTGTATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* ** * * *
302 ACTTTGAGAAACATTAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
129 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA
* * * * * *
343 AAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACGTTAAATAATTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATC
* * * * * * **
408 TTACAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAGTAGATTATAATTGAATGTCT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* *
473 ACATCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAAG-AAGAA
129 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-AGCAAGAA
* * * * * * *
514 ATGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAGAAGTCTT-TATGCTCGCTTTAAATATTTTTATTAT
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAAT
* *
578 CTCATAA-TGAATTTCAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGT
64 CTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
641 TTGCCT-ACGGAAACATGAAGTAAAAGATATTCATTAGTAAGAA
127 CTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA
* * * * *
684 AAGTCTATTTATACTCACCAATGACTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATC
* * * * * *
749 TCATGATTGTTTTTAAATT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * *
813 TGCCT-AAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATT-GCCAACAA
128 TACCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAA
* ** * * *
855 ATGTCTTTTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATC
* * *
920 TTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
*
985 ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA
129 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA
* * * * *
1026 AAGTCCATTTATAGCCATCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAACC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATC
* * * * *
1091 TTATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTATTATATTGTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * * *
1156 ACCTTTAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTAATAGCAAGAA
129 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA
* * * * * * *
1197 AAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAACC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATC
**
1262 TCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1325 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 970, Mismatches: 159, Indels: 48
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 132 0.14
171 809 0.83
172 19 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA
Found at i:1988 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1699--3073 Score: 1137
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 171
1689 NNNNNNNNNN
* * *
1699 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACATATTATATTTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
1764 ACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTTACCCATG
66 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATG
********** *
1828 CCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTNNNNNNNNNNTATAATC
130 CCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* *
1870 TCATAATTGATTTTATGTTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGGT-
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTC
* **********
1934 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTNNNNNNNNNNGTCTATTTATAGTCACCCATG
65 TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG
* * * *
1999 CCTTCGGAAGCCTTAATACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACC
130 CCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * *
2041 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * *
2106 AAATTGAGAAACATGGAGAAAAA-A-ATCCATTGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGC
66 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGC
* * **********
2169 CTTCGAAAGACTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAACC
131 CTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * *
2210 TCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * ** * * *
2275 ACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGATATCTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
66 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGC
* * * *
2340 TTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGCTTTATAATC
131 CTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * *
2381 TCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* ** *
2446 ACCTCGAGAAACATTCAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTC-CCCTAT
66 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCC-AT
* ** * *
2509 TCCGTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAT-GTTTTTTTAATC
129 GCC-TTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAACC
* * * * * * * *
2552 TCATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTAAATATCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * * *
2617 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAATA-ATATCCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGCCACTCAT
66 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCAT
* * **
2680 GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATT
129 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAACC
********** * ** * *
2723 TCATNNNNNNNNNNATGTT-GTTTTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
2786 CTGCCTT-AGAAA-ATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTC
64 CTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* ********* *
2849 ATGCCTTCAAAAGCCTT-TNNNNNNNNNNTAAAT-GTTTTGATAATC
127 ATGCCTTCGAAAGCCTTAT-TACTAGCTTTAAATAGTTTT-ATAACC
* * * ** * *
2894 TCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * * *
2959 GCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATAC
66 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
3024 CTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATC
131 CTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAACC
3065 TCATAATTG
1 TCATAATTG
Statistics
Matches: 962, Mismatches: 216, Indels: 52
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 136 0.14
170 30 0.03
171 771 0.80
172 25 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGC
CTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAACC
Done.