Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401340.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4477.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2157
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Found at i:1221 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 121--2157 Score: 1965
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 171
111 GATATGAGAA
* * * * * *
121 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTGATACATATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-GAGAAACATGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGA
* * * * * *
185 AGAAAAAGGC-TATCATTGGGAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATA-TCTTTAAAATCCTTA
65 AGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTAA
* * *
247 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAG
128 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * * * * *
291 TTG-ATTTTTTTA-ATATTTT--TTTAAACAGTTTATAATTGAATATTTACCTTAGAAAATATAA
1 TTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * * * *
352 AGAAAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTAGTT
65 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATT
** * * * * *
417 ACAAATTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATATTAAG
130 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * ** * *
459 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTATTTTGGGAAACGTGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* * * *
524 GAAACAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAATCCTTCACAAGCCTTATT
66 GAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATT
* * *
588 GCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGG
130 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* ** *
630 TTGAAGTTTTTTACATTTTTTATT-AAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * * * * * * *
694 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGTAAAGTTCATTTATTGTTATCCATGCCCTCAAAATCGTAATT
65 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATT
* * * * ** **
759 AGTCGCTTTGAATGGTTTTATAGTCTTGTAATTGATTTTTTG
130 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * * *
801 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCATGGGAAACATGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* *
866 GAAACAA-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAA-CCTTA
66 GAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTC-AAAAGCCTAA
* * ** * * *
928 TTGCGCACTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAG
128 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * * * * * *
972 CT-AA-ATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATATCT-GCTTCAAGAAACGTGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGA
* * * ** *
1034 AGCAAACA-CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGTATTCGAAAGCCTAAT
65 AG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAAT
* * * *
1098 TACTCACTATAAATAGTTTTATAATTTCGTAATTGATTTTAGG
129 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * *
1141 GTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACATGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* ** * * * ** * *
1205 GAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAATTCATTTATAGTTAGACATA-CCTTCAAAAGCTTGATT
66 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTAATT
* * * *
1269 AATCACTTTAATTGGTATTATAATGTC--AATT-ATTTTTAGG
130 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGG
* * * *
1309 TTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATTATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACCATGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA-CATGA
* * * *** * * * *
1373 AGAAAGAGCCATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTGTAGTTGTCTATGCCTTTAAAATCCTAATT
65 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATT
* * * *
1438 AGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-TACTTAGG
130 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAGG
* * * ** * * * *
1480 TTAAATTGTTTCACATTTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTCCCTTAGGAAACGTGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* * ** * *
1545 -AAAAAGTCATTAATTAACAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTA
66 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTA
* *
1609 CTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTCA-G
131 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGG
* * * **
1650 TTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAA-AGAATTATAATTGAATGTCTGCTTTACAAAACATGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * * *
1714 AGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTCTAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTAAG
65 AGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAAT
*
1778 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
129 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * *
1821 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
** * * * * *
1886 GAAAACTCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTAATTA
66 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTA
* * *
1951 CTCACTTTAATTGGTATTATAATGTCATAATTGATTTTAGG
131 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * ** *
1992 TTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATCATTGTTGAATGTCTACCTTAGGATACATGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* * * * * * *
2057 -AAAAAGTCATTCATTGGCCAA-AAAAGTCCATATATAGTTATCCATGCCTTTAAAATCCTAATT
66 GAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATT
*
2120 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
130 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 311, Indels: 84
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 53 0.04
168 94 0.06
169 270 0.18
170 352 0.23
171 730 0.48
172 15 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
Done.