Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401347.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4483.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 2105 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4172 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3866--6063 Score: 1785
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3856 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
3866 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTTATCTTAGGA
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* * * * * * * ** *
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*
3995 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTG
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* * *** * * ** *
4037 AGTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAAATGAATGCCTGTCTCAAAA
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* * ** * * **
4102 AATATTAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAAAAAAGTTCGTTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAG
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
4167 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTGTATAATCTTATAATTC
131 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * * * ***
4208 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAATTTATAATTGAATTTTTACCTTTGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAA
* * * * * * * *
4273 AACGTGAACAAAAAGCCATTTATTGGTTAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAG
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * **
4338 CCTTATTA-TTCGCTTGAAATAGTTTTATAATCTTGTAATTG
131 CCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
4379 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAAATTGTAATCGATTGTCTA-CTTAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAA-A
* **
4443 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCTACTTATAGTCACTAATTCCTTCAAA
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* ** * *
4507 AGCATTATTACTCT-CTTTAAATAATTTTGTAATCTCAAAATTG
129 AGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * ** *
4550 ATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAA-AAATTATAATTGATTGTCTGCCTCGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAA
* * * * ** **
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66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * * **
4677 AGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTAGAATCTCGTAATAA
129 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** * ** *
4720 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATATTTGATTAAAA-AAACTTATTGTTGATTGTCTACCTCGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA-TTATAATTGAATGTCTACCTTAAA
* * * * *
4784 AAACGTAAAGAAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTGT-ATTTATAGCCACCCATTCCTTCAA
65 AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
4848 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTC
128 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *** * * ** *
4892 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATATTTATTTTGAA
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAA
* * * * ** *
4957 AGACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGG-AACAAAAGTGCATTTATAGTCATGCATTCCTTTAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
**
5021 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
129 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** *
5064 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT-AATTGTCTGTCTTAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAA
* * * * * * * **
5128 AAGCGTGAACAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAATCATCCATGCCTTTGAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * *
5192 AGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATATCGTAATAG
129 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * **
5235 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATCTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCGAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAA
* * * * *
5300 AACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGTGT-ATTTATAGGCACCCATTCCTTCAAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
** * * *
5364 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTC
130 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** ** * * **
5406 ATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGGTAATAATTGAATGTTTTTCTTAAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAA
* * * * ** * *
5471 GACGTGAAG-AAAAGCTATTCACTAATAACAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAG
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
** * * *
5535 CCTTATTACCAGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATATTTG
131 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * **
5576 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAAATTATAATTGATTATCTGCCTCAAGC
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAA
* * * * * *
5641 AATATGAAGTAAAAA-CTATTCATTGACT-AGAAAAG-TCTATTTATAGTCACACATGCCTTGAA
66 AACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTG-GTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * * * *
5703 AAGTATTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCGTAATTG
128 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** * * * * * * * *
5747 ATTTTAAATTGAATGTCTTTATGTTGTTGGCTAAAATAACTTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAA
* * * * * * **
5812 AGCCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCTTTGAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
5876 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCT-AGTAATAG
130 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTG
* * ** * * * **
5918 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATGATTGATTGTCTACCTCAGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAA
* * * * *
5983 AACATAAACAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAACTGT-ATTTATAG-CTACCCATTCCTTCAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAA
*
6046 AGCCTTATTACTCGCTTT
129 AGCCTTATTACTTGCTTT
Statistics
Matches: 1607, Mismatches: 385, Indels: 70
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 285 0.18
171 1088 0.68
172 188 0.12
173 43 0.03
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAA
AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:4491 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 3866--6063 Score: 1973
Period size: 342 Copynumber: 6.4 Consensus size: 343
3856 NNNNNNNNNN
* * * * * *
3866 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTTATCTTAGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTAGG
* * * * * * * * *
3930 AAACGTGAAGAAAAAGCTATTAATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAT
65 AAACATGAACAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * *
3995 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTGACA
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
*** * * * * ** * **
4060 TTTTTGGTTAAAACAGGCTATAAATGAATGCCTGTCTCAA-AAAATATTAAGAAAAAGGTATTCA
195 TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * **
4124 TTGGTAAAAAAAGT-TCGTTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
260 TTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * *
4188 GTTGTATAATCTTATAATTC
324 GTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
4208 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAATTTATAATTGAATT-TTTACCTTTGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTG-ATTGTCTACCTTAGG
* * * * * *
4272 AAACGTGAACAAAAAGCCATTTATTGGTTAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAA
65 AAACATGAACAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * ** * *
4337 GCCTTATTATTCGCTTGAAATAGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
4402 TTTTTGGTTAAAAGAAATTGTAATCGATTGTCT-ACTTAAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
195 TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* ** * *
4466 TTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCT-CTTTAAATA
260 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATG
* * *
4530 ATTTTGTAATCTCAAAATTG
324 GTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
4550 ATTTGAAGTTGAATTATTTTACA-TTTTTAGTTAAAA-AAATTATAATTGATTGTCTGCC-TCGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTAG-
* * * * *
4612 GAAACATGAACAAAAAGCCATTCATTAGCTACAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAA
64 GAAACATGAACAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * * ** *
4677 AGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTAGAATCTCGTAATAAATTTTAAGTTGAATGTTTTTAC
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** ** ** * *
4742 ATATTTGATTAAAA-AAACTTATTGTTGATTGTCTACCTCGAG-AAACGTAAAGAAAAAAGCTAT
194 ATTTTTGGTTAAAACAAA-TTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAACGTGAAG-AAAAAGCCAT
* * *
4805 TCATTAGTAAGAAAAGTGTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
257 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * *
4870 TGGTTTTGTAATATCATAATTC
322 TGGTTTTATAATCTCATAATTG
*** * * * * *
4892 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATATTTA-TTTTG
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTAG
* * * * * ** * *
4955 AAAGACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGG-AACAAAAGTGC-ATTTATAGTCATGCATTCCTTT
64 GAA-ACATGAACAAAAAGCCATTCATT-GGCTAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
5018 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
126 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
5083 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAATTGTCTGTCTTAAG-AAGCGTGAACAAAAAGCCA
191 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * * ** * *
5147 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCATCCATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAA
256 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * *
5212 ATGGTTTTACAATATCGTAATAG
321 ATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** * *
5235 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATCTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACC-TCGAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTAG-G
* * * * * * * * *
5299 AAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGTGTATTTATAGGCACCCATTCCTTCAAAA
65 AAACATGAACAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * *
5364 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTATA
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
** ** * * * * * *
5429 TTTTTAATTAAAACAGGTAATAATTGAATGTTTTTCTTAA-AAGACGTGAAG-AAAAGCTATTCA
195 TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* ** * * ** *
5492 CTAATAACAAAAGT-TCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCAGTTTTAAATG
260 TTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* *
5556 ATTTTATAATCTCATATTTG
324 GTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * * *
5576 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAAATTATAATTGATTATCTGCCTCAAGC
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTAGGA
* * * * *
5641 AATATGAAGTAAAAA-CTATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCCTT-GAAA
66 AACATGAA-CAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AA
** * * * * * * * *
5704 AGTATTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAATTGAATGTCTTTAT
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * *
5769 GTTGTTGGCTAAAATAACTTATAATTGATTGTCTGCCTTGAG-AAGCCTGAAGAAAAAGCCATTC
194 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * ** * *
5833 ATTGACT-AGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT
259 ATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* *
5897 GGTTTTACAATCT-AGTAATAG
323 GGTTTTATAATCTCA-TAATTG
* * * *
5918 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATGATTGATTGTCTACCTCAGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTAGGA
* * * * * * *
5983 AACATAAACAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAACTGTATTTATAG-CTACCCATTCCTTCAAAA
66 AACATGAACAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAA
6047 GCCTTATTACTCGCTTT
130 GCCTTATTACTCGCTTT
Statistics
Matches: 1493, Mismatches: 326, Indels: 74
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.01
341 433 0.29
342 756 0.51
343 134 0.09
344 156 0.10
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTAGGA
AACATGAACAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTG
Found at i:5664 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 3866--6063 Score: 2154
Period size: 512 Copynumber: 4.3 Consensus size: 512
3856 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
3866 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTTATCTTAGGA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTTCTTA-AA
* * * * * * **
3931 A-ACGTGAAGAAAAAGCTATTAATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAA
65 AGACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-AGTAACAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAA
* ** * * * *
3994 TGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTGAC
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
*** * * * * * * * * **
4059 ATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAAATGAATGCCTGTCTCAAAAAATATTAAGAAAAAGGTATTCA
194 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACATGAACAAAAAGCCATTCA
* * * * ** ** * *
4124 TTGGTAAAAAAAGT-TCGTTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
259 TTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACACATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATG
* * ** ** * * * *
4188 GTTGTATAATCTTATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAATTTATA
323 GTTTTATAATATCGTAATAGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAAATTATA
* * * * * ** *
4253 ATTGAATT-TTTACCTTTG-GAAACGTGAACAAAAAGCCATTTATTGGTTAGGAAAGTCCATTTA
387 ATTG-ATTGTCTACC-TCGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** *
4316 TAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTGAAATAGTTTTATAATCTTGTAATTG
450 TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTC
* * * * * * * *
4379 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAAATTGTAATCGATTG-TCTACTTAAGA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTTCTTAA-A
* * * * * *
4443 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCTACTTATAGTCA-CTAATTCCTTCAA
65 AGACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAACAAAAGTTC-ATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAA
* * * * * * *
4506 AAGCATTATTACTCTCTTTAAATAATTTTGTAATCTCAAAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTA
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* *
4571 CATTTTTAGTTAAAA-AAATTATAATTGATTGTCTGCCTCGAGAAACATGAACAAAAAGCCATTC
193 CATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACATGAACAAAAAGCCATTC
* * * * * * *
4635 ATTAGCTACAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATA
258 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATG
* * *
4700 GTTTTAGAATCTCGTAATAAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATATTTGATTAAAA-AAACTTAT
323 GTTTTATAATATCGTAATAGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAT-TTTGATTAAAACAAA-TTAT
** * * * **
4764 TGTTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTGTATTTA
386 AATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
4829 TAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTC
450 TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTC
* * ** * *
4892 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATATTTATT-TTGA
1 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TTCTTAA
* * * *
4956 AAGACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGGAACAAAAGTGCATTTATAGTCATGCATTCCTTTAAA
64 AAGACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAACAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAA
*
5021 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
5086 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAATTGTCTGTCTTAAGAAGCGTGAACAAAAAGCCATTCA
194 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACATGAACAAAAAGCCATTCA
*
5151 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCATC-CATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATG
259 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CACATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATG
* *
5215 GTTTTACAATATCGTAATAGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATCTTTGGTTAAAACAAATTATA
323 GTTTTATAATATCGTAATAGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAT-TTTGATTAAAACAAATTATA
* * * * **
5280 ATTGATTGTCTACCTCGAAAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAATAAAAGTGTATTTATA
387 ATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
5345 GGCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTC
452 GTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTC
* * * *
5406 ATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGGTAATAATTGAATGTTTTTCTTAAAA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTTCTTAAAA
* * *
5471 GACGTGAAG-AAAAGCTATTCACTAATAACAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAG
66 GACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAACAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAG
* * *
5535 CCTTATTAC-CAGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
131 CCTTATTACTCA-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * *
5599 TTTTTCGTTAAAACAAATTATAATTGATTATCTGCCTCAAGCAATATGAAGTAAAAA-CTATTCA
195 TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACATGAA-CAAAAAGCCATTCA
* * **
5663 TTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCC-TTGAAAAGTATTTTTACTCGCTTTAAATG
259 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCCTTTG-AAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATG
* * * ** ** * *
5727 GTTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAATTGAATGTCTTTATGTTGTTGGCTAAAATAACTTATA
323 GTTTTATAATATCGTAATAGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATT-TTGATTAAAACAAATTATA
* * * * * * * *
5792 ATTGATTGTCTGCCTTGAGAAGCCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTACA
387 ATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * **
5857 GTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCT-AGTAATAG
452 GTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTC
* * * * * * ** * *
5918 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAAATTATGATTGATTGTCTACCTCAGG
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTTCTTA-A
* * * * * * *
5982 AA-ACATAAACAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAACTGT-ATTTATAG-CTACCCATTCCTTC
64 AAGACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGTAACAAAAGT-TCATTTATAGTC-ATCCATTCCTTC
*
6043 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
126 AAAAGCCTTATTACTCACTTT
Statistics
Matches: 1390, Mismatches: 262, Indels: 66
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 16 0.01
512 571 0.41
513 362 0.26
514 251 0.18
515 185 0.13
516 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTTCTTAAAA
GACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAACAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACATGAACAAAAAGCCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATATCGTAATAGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTGATTAAAACAAATTATAATTG
ATTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTC
Done.