Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401356.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4491.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4319
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.11, T:0.34
Warning! 80 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2531 original size:250 final size:249
Alignment explanation
Indices: 1--2800 Score: 2517
Period size: 249 Copynumber: 11.3 Consensus size: 249
**
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTGAAAGTATTTAATTT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGT-AAAAAATTTAATTT
* * * * *
66 TATTGAAAAGTAAATATTTAAATTTATCTTCTTGGAATAAATGTATTTAACGATATAT-AATTTT
65 TATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGACTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTTT
* * ***
130 AATTTTTAAATAAAAATAAGAAGGGTAAAAATAATTATAATTTAAAATTGACATAGATAGCCCTT
130 AATTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAATCTT
* ** *
195 TATATAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGT-GCAATAACTAAATT
195 AACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAG-AATAACTAAATT
* * *
250 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGCTAACGTAACAAGTTAATTAAGTAAAAAAAATTAATTT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGT-AAAAAATTTAATTT
* * * * *
315 TATTGAAAAACAAATATTTAAATTTATATT-TTCGAGCT-TAAGT-TTGTAACGAAATAAAAATT
65 TATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGA-CTAAAAGTATT-TAACGATATATAAATT
********** * * *
377 TTAATTTTTAAATAAAAATAATNNNNNNNNNNATAATTATAGTATAAAATTGACATAGATAAGTT
128 TTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAATC
* * * * *
442 TTAATGTAAAACTGCAAGAATTGACATAAAATCTTATAAAAGTAGAATAACTAAATT
193 TTAACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
* * * *
499 TTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTTACGTAATAACTCAATTAAGTAAAAAAATTT-ATTT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGT-AAAAAATTTAATTT
* * * * * * *
563 TAGTGAAAAACAAATATTTAAATTTA-ATTTTTTAGACTAAAAGTGTTTAATGATATACAAAATT
65 TATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATA-TTCTTAGACTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTT
* * * * * * * * * *
627 TAATTTTTTAATATAAATAATAAGGATTAAAATAATTAGAGCTTCAAATGGAGATAGAAAAATCT
129 TAATTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAATCT
* * * * *
692 TAACATAAAATTGTAAGAATTGACATAAAAGCTTATAAAGGTGGAATAACTAAATT
194 TAACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
* * *
748 TTAAATCTTAACATAAATATGTAAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTGAAAAAAATTAATTT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGT-AAAAAATTTAATTT
* * * * * *
813 TATTGAAAAAT-AATATTCAGATTTATATTCTTGGAATAAATGTATTTAATGATATATAAATTTT
65 TATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGACTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTTT
* * * *
877 AAATTTTAAATAAAAATAACAAGGGTAAAAATAATTATAATTTAAAATTGACATAGATAAACCTT
130 AATTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAATCTT
********** *
942 AACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAANNNNNNNNNNAGGTGGAATAACTAAATT
195 AACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
* * * * * * * *
997 TTAAATCTTAATATAAATGTGCGAGAGTTAACATAATAAGTTAATTAAGTACAAAAGTCTCATTT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTA-AAAAATTTAATTT
* * * * * *
1062 TAAT-AAAAATAAATATTTATATTTATATT-ATAGAGCTAAAAGTATGTAACAAGATATAAATTT
65 TATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGA-CTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTT
* * ********** * *
1125 TAATTTCTAAATAAAAATAATAAGGATNNNNNNNNNNATAGTATAAAATTGACATAGATAAGTCT
129 TAATTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAATCT
* * * * * *
1190 TAACGTAAAATTGTAAGAATTGATGCAAAAATTTATAAAAGTAAAATAACTAAATT
194 TAACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
* * * * * * *
1246 TGAAATCTTAACGTAAACGTTTGTA-AGTTAACGTAACAAATTAATTAAGTAAATAAATCTAATT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTG-AGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAA-AAATTTAATT
* * * * *
1310 TTAGTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTTTTAGACCAAAAGTGA-TGAACGATATACAAATT
64 TTATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGACTAAAAGT-ATTTAACGATATATAAATT
* ** * * * * * *
1374 TTACTTTTTAAATAAAGAATAATAAGTATAAACATAAGTAGAGTTTAAAATGGACATAAAAAAAT
128 TTAATTTTTAAATAAA-AATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAAT
* * * * * * *
1439 CATGACGTAAAACTGTAACAGTTGACGTAAAAATTTATAAAAGTAGAATAATTAAATT
192 CTTAACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
* * * * *
1497 TTAAATCTTAATATAAATGTGTGAAAGTTAATGTAATAAGTCAATTGAGTAAAAAAATTTGTAAT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGT-AAAAAA-TT-TAAT
* * * * *
1562 TTT-TGTGACAAATAAATATTTAAATATACATTCTTCAG-CTAAATGTGTTTAACGATATATAAA
63 TTTAT-TGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTT-AGACTAAAAGTATTTAACGATATATAAA
* * * * *
1625 TTTTAATTTTTAAGTAAACAAGAACAAGGGTAAAAATAATTATGGTTTAAAATTGACATAAATAA
126 TTTTAATTTTTAAATAAA-AATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAA
** * * * * * * ** *
1690 GCCTTGATGAAAAATTGTAAGAATTAACGTAATAGTTTATAAAAGTAGAATAA-TGAAATT
190 ATCTTAACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACT-AAATT
* *
1750 TTAAATCTTAACGTAAACGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAGA-TTAA-TT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAA-ATTTAATTT
* * * * *
1813 T-TT---AAA-AAA-A-TTAAATATATATTCTCAAATTAAAAGTGTTTAACGATATATAAATTTT
65 TATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGACTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTTT
* * * * * * ** *
1871 ATTTTTTTAATATAAATAATAAGGATAAAAATATTTAGAGTTTAAAACGGACATAGAAAAATCTT
130 AATTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAATCTT
* *
1936 GACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAGCTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
195 AACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
* * *
1991 TTAAATCTTAACATAAATGTGTAAGAGTTAACATAACAAGTCCATTAAGTGAAAAAATTTAATTT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGT-AAAAAATTTAATTT
* * * * *
2056 TATTGAAAAA-CAA-A--T--ATTT-TA---TTGGAATAAATGTATTTAACGATATATATAAAGT
65 TATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGACTAAAAGTATTTAACG--ATATATAAATT
* * * *
2111 TTAATTTTTTTAA-AAAAATAACAAGGGTAAAAATAATTACAGTTTAAAATTAACATAGATAAGA
128 TTAA-TTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAA-A
* * *
2175 -CTTGACGTAAAACTGTAAGAATTGAAGTAAAAACTTATAAAGGTGGAATAACTAAATT
191 TCTTAACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
**********
2233 NNNNNNNNNNACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTGAAAAAATTTAATTT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGT-AAAAAATTTAATTT
* * * * * * *
2298 TATTGAAGAATAAATATTTAATTTTATGTTCTTGGAATAAATGTATTTAACGATATACAAATTTT
65 TATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGACTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTTT
* * *
2363 AATTTTTAAATAAAAATAACAAGGGTAAATATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAACCTT
130 AATTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAATCTT
* * *
2428 AACGTAAAACTGTAAGAATTGGCGTAAAAGCTTATAAAGGTGGAATAACTAAATT
195 AACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
********** * * * * *
2483 TTAAATCTTAACATNNNNNNNNNNGAGTTAACATAATAAGTTAATTAAGTACAAAAGTCTAATTT
1 TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTA-AAAAATTTAATTT
* * * * *
2548 TAATGAAAAATAAATATTTACATTTATATT-ATAGAGCTAAAAGTATGTAACGAGATATAAATTT
65 TATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGA-CTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTT
* * ********** * *
2612 TAATTTCTAAATAAAAATAATAAGGATANNNNNNNNNNTAGTATAAAATTGACATAGATAAGTCT
129 TAATTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAATCT
* * * ** *
2677 TAACGTAAAACTATAAGAATTAACGTAAAAATTTATAAAATTAAAATAACTAAATT
194 TAACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
* * * * *
2733 TTAAATCTTAACGT-AATGGTGTGAAAGTTAACGTAACAAATTAATTAAGTAAAAATATTTAAAT
1 TTAAATCTTAACATAAAT-GTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAA-ATTTAATT
2797 TTAT
64 TTAT
2801 ATTTTTGGAC
Statistics
Matches: 2049, Mismatches: 445, Indels: 113
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
240 15 0.01
241 132 0.06
242 230 0.11
243 17 0.01
244 9 0.00
245 3 0.00
246 2 0.00
247 9 0.00
248 65 0.03
249 794 0.39
250 418 0.20
251 127 0.06
252 31 0.02
253 195 0.10
254 2 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (249 bp):
TTAAATCTTAACATAAATGTGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAATTTAATTTT
ATTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGACTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTTTA
ATTTTTAAATAAAAATAATAAGGGTAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACATAGATAAATCTTA
ACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTATAAAGGTAGAATAACTAAATT
Found at i:3445 original size:250 final size:247
Alignment explanation
Indices: 2896--4213 Score: 977
Period size: 249 Copynumber: 5.3 Consensus size: 247
2886 TATAAAAATC
* * * * ** *
2896 TTGACATAAAAATTTATAAAGGTGGAATAATTAAATTTTAAATCTTAATATAAATATGTGAGAGT
1 TTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGT
* * * * * *
2961 TAACGTAACAAGTCAATTGAGTAAAAAAATTTATAATTTTAGTGACAAATATATATTTAAATATA
66 TAACGTAACAAGTTAATTAAGT-AAAAAA-TT-TAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTA
* * * *
3026 TATTCTTCAGCTAAATA-TATTTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAGTAAATAATAACAAGG
128 TATT-ATCAGCTAAA-AGTATTTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAA-AATAATAAGA
* * * * * * *
3090 GTAAAAATTATTATAATTTAAAATT-ACCATATATAAGCCTTG--ATGAAAATTTATAAGAA
190 ATAAAAATAATTAT-AGTTAAAATTGA-CATAGAAAAGCCTTGACAT-AAAA-CTGTAAGAA
* * * *
3149 TTAACGTAAAAATTTTTAAAAGTGGAGTAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGT
1 TTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGT
* * *
3214 TAATGTAACAAGTTAATTAAGTAGAATAATTTAATTTTAATGAAAAACAAATATTTAAATTTATA
66 TAACGTAACAAGTTAATTAAGTA-AAAAATTTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATA
* * *
3279 TTATCGAGCTAAAAGTATATAACGAGATATATATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAA
130 TTATC-AGCTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAA
* * * *
3344 AAATAGTTATAGTATAAAATTGACATAGAAAAGGCTTGACATGAAACTATAAGAA
194 AAATAATTATAGT-TAAAATTGACATAGAAAAGCCTTGACATAAAACTGTAAGAA
* * * **
3399 TTGACGTAAAAGCTTATAAAAGTAGAATAAGTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACCTGTGAGAGT
1 TTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGT
* * * * *********
3464 TATCGTAACAAGTTAATTAAGTAAAAAAATTAATTTTAGTAAAAAATAAATATTTANNNNNNNNN
66 TAACGTAACAAGTTAATTAAGTAAAAAATTTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATAT
** * * * * * * *
3529 NCTCATACTAAAAGTGTTTAACGATATATAAATTTTATTTTTTTTAA-AAAAATAATACGGATTA
131 TATCA-GCTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTTTA-ATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAA
* * * * * *
3593 AAATAATTAGAGTTTAAAATGGACATAGAAAAGCCTTAACGTAAAACTGTAATAG
194 AAATAATTATAG-TTAAAATTGACATAGAAAAGCCTTGACATAAAACTGTAAGAA
** * ***********
3648 TTGACGTAAAATTTTAT-AAAGATGGAATAATTAAATTTTAAATCTTAATNNNNNNNNNNGAGAG
1 TTGACGTAAAAACTTATAAAAG-TGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAG
* * * *
3712 TTAACGTAACAAGTCAATTGAGTAAAATAAATTGTAATTTT-A-G--TAA-CAA-A--T-AA---
65 TTAACGTAACAAGTTAATTAAGT-AAA-AAATT-TAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTT
* *
3765 ATA-T-TC-GACTAAATGTGTTTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAAGTAAT---A
127 ATATTATCAG-CTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAA-TAATAAGA
* * * * * *
3824 ATAAAAATAATTATAGCTCAAAATTGTCATAGATAAA-TCTTGACGTAAACCTGTAACAA
190 ATAAAAATAATTATAG-TTAAAATTGACATAGA-AAAGCCTTGACATAAAACTGTAAGAA
** * * *
3883 TTGACGTAAAAACTTATAACGGT-AAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTATGAGAAT
1 TTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGT
* * * * * **
3947 TAGCGTAATAAGTTAATTAAGTAAAAAAGTCTAATTTTAATGGAAAATGAGCA-TTAATATTTAT
66 TAACGTAACAAGTTAATTAAGTAAAAAA-TTTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAA-ATTTAT
* * * *
4011 ATTATTAGGCTAAAAGTATGTAACGATAT-TCAAATTTTTA-TTTTAAATAAAGAATAATAAAAA
129 ATTATCA-GCTAAAAGTATTTAACGATATAT-AAATTTTAATTTTTAAATAAA-AATAATAAGAA
* ** * *
4074 TAAAGATAAAACTAATTATAGTTAAAAGTT-ACTATTGAAAAGGTTTGACATAAAATTGTAAGTA
191 T----A-AAAA-TAATTATAGTTAAAA-TTGAC-ATAGAAAAGCCTTGACATAAAACTGTAAGAA
* * * ** *
4138 TTAACATAAAATCTTATAAAAGTGGAATAAAAAAATTTAAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGT
1 TTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGT
4203 TAACGTAACAA
66 TAACGTAACAA
4214 TTGATAATAA
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 180, Indels: 99
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
232 10 0.01
233 5 0.01
234 46 0.06
235 60 0.07
236 14 0.02
237 35 0.04
238 7 0.01
239 1 0.00
240 1 0.00
241 1 0.00
244 4 0.00
245 1 0.00
246 18 0.02
247 29 0.03
248 8 0.01
249 182 0.22
250 137 0.16
251 78 0.09
252 12 0.01
253 80 0.10
254 13 0.02
255 48 0.06
256 44 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (247 bp):
TTGACGTAAAAACTTATAAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGT
TAACGTAACAAGTTAATTAAGTAAAAAATTTAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATAT
TATCAGCTAAAAGTATTTAACGATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAGAATAAAA
ATAATTATAGTTAAAATTGACATAGAAAAGCCTTGACATAAAACTGTAAGAA
Found at i:3498 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3476--3509 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
3466 TCGTAACAAG
3476 TTAA-TTAAGTAAAAAAA
1 TTAATTTAAGTAAAAAAA
*
3493 TTAATTTTAGTAAAAAA
1 TTAATTTAAGTAAAAAA
3510 TAAATATTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.27
18 11 0.73
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
TTAATTTAAGTAAAAAAA
Done.