Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401362.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4497.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3320
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Warning! 230 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:593 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1686 Score: 1733
Period size: 170 Copynumber: 9.9 Consensus size: 171
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAA-AGAAAACCC
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGA-AAAACCC
* *
64 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACT-AGCTT
64 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCA-CTT
* * * * *
128 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATCGATTTTAATTTAAATTTTCT
127 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
173 TACATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT
* * * * * * ** * * * *
238 TCATTGACACGAAAAGTCTAATTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTGAAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
** * * *
303 TGGTTTCGTAAACACATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTT
131 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
*** * * * **
345 TACATTTTCATTTAACACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAACCCAT
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT
* *
410 TCATTGG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
474 TGATTTTAAAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT
131 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** *
515 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTTCTCT-AG-AACATGAAGAAACACCCA
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAACCCA
* * * * * *
578 TTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACCAAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
65 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*
643 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT
130 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
685 TACATTTTT-ATTAAAACAAATTATAATT-AACTATTTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCA
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCA
* * *
748 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTAATAGTCACCAAAGCCTT-GCAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
65 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
812 ATTGGTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTGTTT
129 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
855 TACATTTATGGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAATCCAT
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT
* * * *
920 TCATTGGCATGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTAACTTTAAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
985 TGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
131 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * * * * * * * *
1027 TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAACTCGT
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT
* * * * * * *
1092 TCATTAGCAAGAGAAGCCCATGTATAATCAACCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC-TTACC
66 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA-A
* * *
1156 AT-G--TTATAATCTTATAATTGATTTGAGGTTGAATTTTTT
130 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
1195 TACAATTTTGGTTCAAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGCCAT
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT
* * * * *** ** ** * *
1259 TCAATGACACGAAAGGTATATTTATTTTCACCCCTGCCTTCGAAAACCTTGCTT-CTCACTTTAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAA
* *
1323 ATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
130 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * ** * * * **
1365 TATATGTCTAATT-AAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAATAAAAATTCAT
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT
** * * * * *
1429 TCATTGGCAAGAAAAGTGCAGTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTATTC-GTGTTAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT-TTAA
* * * * *
1493 ATCGTTTTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTTAATTGTTT
130 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
1535 TACAATTTTAGTTAAATCAAATTATAATTTAAT-TTTTCCTTGAGAAACATGAAG-AAAA--CAT
1 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT
* *
1596 TCATTGGCAAGAAAAGCCCACTTT-TAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAA
66 TCATTGGCAAGAAAAGCCCA-TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
1660 ATAGTTTTGTAACCTCATAATTGATTT
130 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1687 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1244, Mismatches: 244, Indels: 57
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 121 0.10
168 64 0.05
169 117 0.09
170 407 0.33
171 267 0.21
172 267 0.21
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT
TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
Found at i:1502 original size:680 final size:676
Alignment explanation
Indices: 12--1686 Score: 1946
Period size: 680 Copynumber: 2.5 Consensus size: 676
2 ACATTTTTGG
* *
12 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAAGAAAACCCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAA-AAAACCCATTCATTGGCAAG
* * *
77 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGCCCA-TTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
142 ACCTCATAATCGATTTTAATTTAAATT-TTCTTACATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAAT
128 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTT-TTACA-TTTTGGTTAAAATAAATTATAATTTAAT
* * * * * * *
206 GTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACACGAAAAGTCTAATTATGGTCACCC
191 GTTTGCCTTGAGAAACATGAA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC
** * * * * * * *
271 ATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTGAAATGGTTTCGTAAACACATAATTAATTTTAAGTTG
255 AAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
336 AATGTTTTTTACATTTTCATTTAACACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGA
320 AATGTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACGTGAAGA
* * * * *
401 AAAACCCATTCATTGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC
385 AAAACCCATTCATTGCAAGAAAAGCCCATGTATAATCAACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
466 ATTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
450 ATCTTAAATG--TTTAAAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAA
* ** * **
531 ACAGATTATAATTGAATGTTTTTCTCTAGAACATGAAGAAACACCCATTCATTGGTAAGAAAAGC
513 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAACATGAAGAAACACCCATTCAATGACAAGAAAAGC
* * * *
596 CCATTTATAGTAACCAAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
578 ACATTTATAGTAACCAAATCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
661 AATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTA
643 AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTCTAA
* *
695 TTAAAACAAATTATAATT-AACTATTTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAAATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAAGAAACATGAA-AAAAACCCATTCATTGGCAA
* *
759 GAAAAGCCCATTAATAGTCACCAAAGCCTTGC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTAT
64 GAAAAGCCCATT-ATAGTCACCCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
823 AACCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATTATAATTTAAT
127 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTT-TGGTTAAAATAAATTATAATTTAAT
* *
888 GTTTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAATCCATTCATTGGCATGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC
191 GTTTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC
* *
953 AAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTAACTTTAAATGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG
255 AAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
1018 AATGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTAGAGAAACGTGAAGA
320 AATGTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACGTGAAGA
* * * *
1083 AAAACTCGTTCATTAGCAAGAGAAGCCCATGTATAATCAACCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
385 AAAACCCATTCATT-GCAAGAAAAGCCCATGTATAATCAACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
1148 CA-CTTACCATG-TTATAATCTTATAATTGATTTGAGGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTCAA
449 CATCTTA-AATGTTTAAAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAA
* * * * *
1211 ATAGATTATAATTGACTGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAA-AGCCATTCAATGACACGAAAG
513 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AG-AACATGAAGAAACACCCATTCAATGACAAGAAAA
* * ** * ** *
1274 GTATATTTATTTTCACC-CCTGCCTTCGAAAACCTTGCTT-CTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
576 GCACATTTATAGTAACCAAAT-CCTTCGAAAACCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
1337 TTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATGTCTAA
639 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAT-TCTAA
* **
1376 TT-AAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAATAAAAATTCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAA-AAAAACCCATTCATTGGCAAG
** * * *
1440 AAAAGTGCAGTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTATTCG-TGTTAAATCGTTTTATA
65 AAAAGCCCA-TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATA
* * *
1504 ATCC-CATAACTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTACAATTTTAGTT-AAATCAAATTATAATTTAA
128 A-CCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTAC-ATTTTGGTTAAAAT-AAATTATAATTTAA
* * * *
1567 T-TTTTCCTTGAGAAACATG-AAGAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCACTTT-TAGTTACC
190 TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTA-TTTATAGTCACC
* *
1628 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAAT-AGTTTTGTAACCTCATAATTGATTT
254 CAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATGA-TTTTGTAAACTCATAATTGATTT
1687 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 122, Indels: 53
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
675 1 0.00
676 81 0.10
677 3 0.00
678 6 0.01
679 24 0.03
680 304 0.36
681 37 0.04
682 260 0.31
683 129 0.15
684 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (676 bp):
TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
AAAGCCCATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACC
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTGGTTAAAATAAATTATAATTTAATGTTTG
CCTTGAGAAACATGAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCT
TCGAAAGCCTTACTACTCACTTCAAATGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT
TTTTACATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAACC
CATTCATTGCAAGAAAAGCCCATGTATAATCAACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATCTTA
AATGTTTAAAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTACCTCTAGAACATGAAGAAACACCCATTCAATGACAAGAAAAGCACATTTAT
AGTAACCAAATCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATGTTTTTACATTCTAA
Found at i:2577 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2229--3157 Score: 587
Period size: 170 Copynumber: 5.4 Consensus size: 169
2219 NNNNNNNNNA
* * * *
2229 AAAAGGCCATTTATAGTAACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTTAAC
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTTAAA
* * * * *
2293 CTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAACTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAACTAAATAT
* *
2358 TTGCATTAGGAAACATGAAGTAAAACCTATTCATTGGCAAG
130 TTACATGAGGAAACATGAAG-AAAACCTATTCATTGGCAAG
* * *
2399 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAACCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT-TAA
* * * * * *
2464 ACTCATAGTTGATTTTACGTTGAATGTTTTTTATATTTTTTATT-AAATCATATTATAATTAAAT
65 ACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAAT-AGATTATAACTAAAT
* * * * * *
2528 ATTTACCTCGA-GAAATATGTA-AAAA-CTCGTTCGTTGGTAA-
128 ATTTACAT-GAGGAAACATGAAGAAAACCT-ATTCATTGGCAAG
* * * *
2568 AAGAAGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GTTAAATATCATTTTA
1 AA-AAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATGATTTT-
* * * * * * * ***
2631 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGGC
62 TAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAACTAAA
** * * * * * * *
2696 TGCCTTCCTTGA-GAAATATGAAGAAAAAGCAATTCAATGACAAG
127 T-ATTTACATGAGGAAACATGAAG-AAAACCTATTCATTGGCAAG
*** * * ** *
2740 AAAAGTATATTTATAGTCA-CTCATA-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTTA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCT-A-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTTA
* * ** * * * * *
2803 TATCTCATAACTGATTTTTGGTTGAGTTTTTTT-CATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAA
64 -AACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGA-TTAAAATAGATTATAACTAA
* * * * * * *
2867 AT-GTTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAACCCCATTCATTGGC-AC
126 ATATTTACATGAGGAAACATGAAGAAAA-CCTATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * *
2910 AAAAGCTCGTTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT-TTAA
* * * * * *
2975 TCTCATAATTCATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAA-TCGAATG
65 ACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAACT-AAATA
* * ** * * *
3039 TTTGCCTCGA-GAAACAAAAAGAAAAACCAATTCATTAGTAAG
129 TTTACAT-GAGGAAACATGAAG-AAAACCTATTCATTGGCAAG
* * * * * *
3081 AAAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTTTTACTCGCTTTCAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTT-TA
* *
3145 ACCTTATAATTGA
64 AACTCATAATTGA
3158 AGTTGAATTT
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 130, Indels: 65
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 64 0.11
170 258 0.43
171 185 0.31
172 87 0.15
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTTAAA
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAACTAAATATT
TACATGAGGAAACATGAAGAAAACCTATTCATTGGCAAG
Found at i:2859 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2228--3116 Score: 866
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 338
2218 NNNNNNNNNN
* * * * *
2228 AAAAAGGCCATTTATAGTAACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT-TAA
1 AAAAAGCCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAATGTTTTATAA
* * * * *
2292 CCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAACTGAATG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
2357 TTTGCATTAGGAAACATGAAGTAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA
128 CTTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAACCAATTCAATGACAAGAAAAGCACATTTATAGTCACCTA
* **
2422 AACCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAAACTCATAGTTGATTTTACGTTGA
193 AACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAAACTCATAACTGATTTTACGTTGA
* * * *
2487 ATGTTTTTTATATTTTTTATTAAATCATATTATAATTAAATATTTACCTC-GAGAAATATGTA-A
258 ATGTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAAT-GTTACCTCAGA-AAACATGAAGA
* * * *
2550 AAA-CTCGTTCGTTGGTA
321 AAACCCCATTCATTGGCA
* *
2567 AAAGAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTAAATATCATTTTAT
1 AAA-AAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTAA-AT-GTTTTAT
* * * **
2632 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGGCT
62 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
2697 GCCTT-CCTT-GAGAAATATGAAGAAAAAGCAATTCAATGACAAGAAAAGTATATTTATAGTCA-
127 G-CTTGCATTAG-GAAACATGAAGAAAAACCAATTCAATGACAAGAAAAGCACATTTATAGTCAC
* * * * ** * * **
2759 CTCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-TATATCTCATAACTGATTTTTG
190 CT-AAACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTA-AACTCATAACTGATTTTAC
* *
2823 GTTGAGT-TTTTTTCATA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTGCCTCAGAAAACAT
253 GTTGAATGTTTTTT-ATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTAAATGTTACCTCAGAAAACAT
2886 GAAGAAAACCCCATTCATTGGCA
316 GAAGAAAACCCCATTCATTGGCA
* * * * * *
2909 CAAAAGCTCGTTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATA
1 AAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAAT-GTTTTATA
* * * *
2974 ATCTCATAATTCATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATCGAATG
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * ** * * * *
3039 TTTGC-CTCGAGAAACAAAAAGAAAAACCAATTC-ATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATATTCACC
128 CTTGCATTAG-GAAACATGAAGAAAAACCAATTCAATGA-CAAGAAAAGCACATTTATAGTCACC
* *
3102 CAAGCCTTCAAAAGC
191 TAAACCTTCAAAAGC
3117 ATTTTTACTC
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 85, Indels: 38
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.02
340 77 0.17
341 318 0.71
342 43 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
AAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTT
GCATTAGGAAACATGAAGAAAAACCAATTCAATGACAAGAAAAGCACATTTATAGTCACCTAAAC
CTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAAACTCATAACTGATTTTACGTTGAATG
TTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTTACCTCAGAAAACATGAAGAAAACC
CCATTCATTGGCA
Done.