Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397664.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3908.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2009
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Warning! 90 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:488 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--2009 Score: 1088
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 168
* * * * *
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACTTTGAG-AACATGA
1 GTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTGA
* ********** *
65 AAAAAAGGC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
65 AAAAAAAGCTATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * *
129 ACTTACTTTAAATTGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAA
128 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * **
170 GTTAAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACATACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAA-AAATATG
1 GTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTT-AAGAAACGTG
* *******
234 TAAAAAAAA-CCATTCATT-GATA-AAANNNNNNNNNNTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
64 -AAAAAAAAGCTATTCATTAGA-AGAAA---AGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
296 TTATTACTCACTTTATATTATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAA
123 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
342 GTTGAATGTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAAGAAACGTGC
1 GTTGAAT-TTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTGA
* *
407 ACAAAAAGCTACTCATTAAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
65 AAAAAAAGCTATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
471 ACTTGCTTGAAATTATTTTATAATCTCGTAATTGATTTCAA
128 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** *
512 GTTGAATTTTTTTACATTTTTCGCTAAAAAAGACTACAATTGAATTTTTA-CTTAGGGAAACGTG
1 GTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTA-AGAAACGTG
* * * * * * *
576 AAGAAAAATGC-ATTCGTCAGCAGAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAATCCTTA
64 AA-AAAAAAGCTATTCATTAGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
640 TTATTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAA
126 TTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * **
683 GTTGAGATTATTTCGCACTTGTTT-GCTAAAACAGACTATAATTGAATTTTTA-CTTAGAGAAAC
1 GTTGA-ATT-TTTTTCA-TT-TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTA-AGAAAC
* * * * *********
746 GTGAAGAAAAACA-C-ATTCGTTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGC
61 GTGAA-AAAAA-AGCTATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGC
* ** *
809 CTTATTACTCGTTTTAAATTAATTTATAATCGCATAATTGATTTTAA
122 CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
********** * * * **
856 GTTGAATTTTTTTACATTNNNNNNNNNNATAGACTATAATCGAATG-TCTACCTCAAGAAATATG
1 GTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAAGAAACGTG
** * * ********* *
920 AAAAAAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAATCCTTA
64 AAAAAAAAGCT-ATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
985 TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCCCAAAATTAATTTTGA
126 TTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
1028 GTTAAATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATTGCCTACTTTGAGAAACGTGC
1 GTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTGA
* * *
1093 AAAAAAAG-TGATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTAT
65 AAAAAAAGCT-ATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
1157 TACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAAACTCATAATTAATTTTGA
127 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
1199 GTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTCAAGCAGACAATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACATG-
1 GTTGAATTT-TTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTGA
* * * **********
1263 AGAAAAGGC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTNNNNNNNNNNATT
65 AAAAAAAGCTATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
1327 ACTAGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAA
128 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * ** * * *
1368 GTT-ATATTGTTTTACATTGATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCGCTTTCAGAAATGTG
1 GTTGA-ATT-TTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTG
* * * ********
1432 TAAAAAAAATC-ATTCATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-C-TTGNNNNNNNNNNAGCC
64 -AAAAAAAAGCTATTCATT-A-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATT---CCTTCAAAAGCC
* * *
1494 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT-ATCCCATAATTAATTTTAA
123 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ********** * *
1539 GTTGAATTGTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAANNNNNNNNNNTTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTG
1 GTTGAATT-TTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTG
* * * * *
1603 CAAAAAAAGCTATTCATTCATAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCTATTTCTTTAAAAGCCTTAT
64 AAAAAAAAGCTATTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
1668 TACTTGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAA
127 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
1710 GTTAAATTTTTTTTACATTCTTAGTTAGAATAGACAACAATTGAATG-TTACCTTTAGAAACATG
1 GTTGAA-TTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTG
* * * * **********
1774 AAACAAAGGC-ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCNNNNNNNNNNCTTAT
64 AAAAAAAAGCTATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * **
1838 TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTTATTTGGA
127 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * *
1880 GTTGAATTTTTTT-ATATTTATAGTTAAAA-AGACAATAATCAAATGCTTGCCTCAAGAAATGTG
1 GTTGAATTTTTTTCAT-TTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTG
* *
1943 TAAAAAAAATC-ATTCATT-GAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTT
64 -AAAAAAAAGCTATTCATTAGA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTT
2006 ATTA
125 ATTA
Statistics
Matches: 1412, Mismatches: 360, Indels: 135
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 19 0.01
169 215 0.15
170 310 0.22
171 385 0.27
172 336 0.24
173 139 0.10
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
GTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTGAA
AAAAAAGCTATTCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
Found at i:1942 original size:511 final size:483
Alignment explanation
Indices: 1065--1987 Score: 953
Period size: 511 Copynumber: 1.8 Consensus size: 483
1055 AACAGACTAT
* * * *
1065 AATTGATTGCCTACTTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGTGATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGTGATTCATTCAGAAGAAAAGACCATTTAT
* *
1130 GGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAAACTCATAATTAATT
66 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAAACTCATAATTAATT
** * * * *
1195 TTGAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTCAAGCAGACAATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAAC
131 TAAAGTTAAATTTGTTTACATTCTTAGTTCAAACAGACAACAATTGAATGCTTACCTTAAGAAAC
* * * ***
1260 ATGAGAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTNNNNNNNNNNA
196 ATGAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-------CTTA
* * *
1325 TTACTAGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTATATTGTTTTACATTGATG
254 TTACTAGCTTTAAATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTGAAGTTATATTGTTTTACATTGATA
* ** *
1390 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTCGCTTTCAGAAATGTGTAAAAAAAATCATTCATTGATAA
319 GTTAAAACAGACAATAATCAAATGCTCGCTCTCAGAAATGTGTAAAAAAAATCATTCATTGA-AA
1455 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTGNNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT
383 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTG----------AGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT
1520 ATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAA
438 ATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAA
*
1566 AANNNNNNNNNNTTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGCT-ATTCATTCATAAGAAA
1 AA----------TTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAG-TGATTCATTCAGAAGAAA
* * * * *
1630 AGACCATTTATAGTCACCTATTTCTTT-AAAAGCCTTATTACT-TGTTTTAAATTGTTTTATAAT
55 AGACCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTAAAAA
* * *
1693 CTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTACATTCTTAGTT-AGAATAGACAACAATTGAATG
118 CTCATAATTAATTTAAAGTTAAA-TTTGTTTACATTCTTAGTTCA-AACAGACAACAATTGAATG
* * *
1757 -TTACCTTTAGAAACATGAAACAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
181 CTTACCTTAAGAAACATGAAA-AAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
*** * * * *
1821 TCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTTATTTGGAGTTGA-
245 TC-------CTTCTTATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTGAAGTT-AT
* * * *
1885 ATTTTTTTATATTTATAGTTAAAA-AGACAATAATCAAATGCTTGC-CTCAAGAAATGTGTAAAA
302 ATTGTTTTACATTGATAGTTAAAACAGACAATAATCAAATGCTCGCTCTC-AGAAATGTGTAAAA
* *
1948 AAAATCATTCATTGAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACT
366 AAAATCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT
1988 CATTCCTTTA
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 50, Indels: 41
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
501 2 0.01
510 26 0.07
511 176 0.51
512 142 0.41
513 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (483 bp):
AATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGTGATTCATTCAGAAGAAAAGACCATTTAT
AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAAACTCATAATTAATT
TAAAGTTAAATTTGTTTACATTCTTAGTTCAAACAGACAACAATTGAATGCTTACCTTAAGAAAC
ATGAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTTATTACTAG
CTTTAAATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTGAAGTTATATTGTTTTACATTGATAGTTAAAA
CAGACAATAATCAAATGCTCGCTCTCAGAAATGTGTAAAAAAAATCATTCATTGAAAAAAAAAGT
CCATTTATAGTCACTTGAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATATCCCATAATTAATTTTA
AGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAA
Done.