Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401363.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4497.1, whole genome shotgun sequence
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*
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* *
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*
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* * * *
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1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * *
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* * *
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* * * * **
1541 AACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAGTAGATTATAATT-ACA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA-A
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1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
*** * * * *
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** * * * *
1840 TTAAGGCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTAAT
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* * * *
1883 AATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATATTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGA
*
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* * *
2010 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGCTTTAAT
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * *
2890 CCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTAAAATAGTTTTAT
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* * * * *
2934 AATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTAAA
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* * * * * *
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* *
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** * **
3233 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTAT
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
3275 AACCTAATAATTGATTTAAAATTCAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAACCAGATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
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** ** * * * * *
3403 CATATTCTTTCAAAAGTCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTCT
128 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
3447 AAACTCATAACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
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* *
3573 CCCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAATATGATTTTAT
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* * * *
3617 AATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGTTA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG-AA
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* * * *
3787 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
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* * * * * * * * *
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4429 CTAATACCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATAGTTTTAT
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4601 CAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTAT
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* * * *
4643 AATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAAT
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4708 GTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTGGCAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACTT
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4772 AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGT
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* * *
4813 AAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
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5157 AATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTATTTAAAACATATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
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5222 GTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-TCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
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5286 TAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTGT
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
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5328 AAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAATTAGATTAGAATTGAA
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5673 AAACTCATAGTTGGTTTTAAGTTGGTTGTTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
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5800 CATAGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
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* * * * * * *
5843 AAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTGTTGGTAAAAATAGATTATAATTGAAT
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6013 AA-CTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
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* *
6142 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTAT
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
6184 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGCA
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6314 TAAGCCTTGAAAAGCCTTACTACTCATTTTAGATGATTTTGT
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6657 CCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCAATTTAAATGGTTTTGC
129 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
6700 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
6765 GTTTTCCTT-AGAAAATATAAAGAAAAAC-CAATTCATTGGTAAGAAAATCCCATTTATGGTCAC
66 GTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAAACTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
*** *
6828 CCTTCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
129 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
6871 AATCTTAGAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTGGTTAAAACAAATTATAATCGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * *
6936 GTTTGCCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGATC-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
66 GTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * * * *
7000 CGATCTTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
7042 AACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-GATTAAAACA-ATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * ** *
7104 TGTCTGCTTTGAA-AAATATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAATAAAAATCTATTTATAGTCA
65 TGTTTGCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * ** *
7167 TCCATGTGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
128 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** * * * * *
7211 GATCCCATAATGGATTTTGTGTTAAATTTTTATA-TTTTTTA-TTAGAACAAATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** * ** * * * *
7274 GTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGAAAAAAAAAGTCGATTTATAGTTACC
66 GTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* *
7338 CATA-ACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTAT
130 CA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * **
7380 AAACTCATAATTGATTTTAGGTTGGATATTTTTACATTTTTGGTTATCACAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * *
7445 GTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
66 GTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * *** *
7510 AAGCCTTTAAAGGCCTTATTACTTATTTTAAATTGTTTTAT
131 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
7551 AATCTAATAATTAATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * *
7616 GTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAACTCGTTCATTGAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGGCACC
66 GTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * ** *
7680 CGAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGT
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
7722 AATCTCATAATAGATTTTAAGTTGTATTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAATATAATATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
** * * * * ** * *
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* *
7846 CACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
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* *
7892 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGATTA-AATTGTA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * * *
7955 TGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAATGC-CATTCATTGGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACT
65 TGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * **
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* * * *
8061 AATGTCATAATTGATTTCAGGTTGAA-TTTTTTACA-TTTT-GTTTAAAATAGATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * * ** * * *
8123 TGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAACCCTTTCATTTGTAGGAAAAGTTCAATTACAGTCTCC
65 TGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
** * * * * * *
8188 CATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGATTTGT
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
8230 AA-CTTCATAAATAATTTTAAGTTGAACTGTTTTACAATTTTAGTTGAAACAGATTATAATTGAA
1 AATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
8294 TGTTTGCCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGTCATTCATTGACCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 TGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* ** * *
8358 CTATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTAT
129 CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * *
8401 AAGCTCATAATTGATTTT-AGATAAAATTTTTCTAGATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTG-A
1 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
8464 GGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCGTTGACAAGAAAAGCCTATTTATAATTAC
65 TGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
** * * *
8528 TTATGCCTTCCAAAA-CTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
129 CCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** *
8571 AATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTGCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
8636 GTTTGGCTT-AGAAAACATGAAAAAAAACTCATTCATTTGCAAGAGAAGCCCA-TTATAGTCACT
66 GTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
** * * **
8699 CAAATCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTAT
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
8741 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * * *
8806 GTCTACCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAACACACTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAATCACT
66 GTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* ** * *
8870 CATGTTTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
130 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
8912 AATCTC
1 AATCTC
8918 TTATAACATT
Statistics
Matches: 7162, Mismatches: 1358, Indels: 452
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 17 0.00
168 82 0.01
169 735 0.10
170 1418 0.20
171 2807 0.39
172 1456 0.20
173 264 0.04
174 171 0.02
175 18 0.00
176 4 0.00
177 3 0.00
178 5 0.00
180 14 0.00
181 3 0.00
182 5 0.00
183 21 0.00
184 15 0.00
185 10 0.00
186 17 0.00
187 1 0.00
188 15 0.00
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192 13 0.00
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194 27 0.00
195 11 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:9104 original size:319 final size:319
Alignment explanation
Indices: 8604--9236 Score: 758
Period size: 319 Copynumber: 2.0 Consensus size: 319
8594 GAATTTGCTT
** * * **
8604 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGGCTTAGAAAACATGAAAAAAAACTCATT
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* * *
8669 CATTTGCAAGAGAAGCCCATTATAGTCACTCAAATCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATC
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* * * * * *
8734 ATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTACA
131 ATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTACA
* *
8799 ATTGAATGTCTACCTTG-GAAAACGTGAA-GAAAAACACACTCATTGACAACAAAAGTCCATTTA
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**
8862 TAATCACTC-ATGTTTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCTTATA
259 TAATCACTCAACCTTTT-AAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCTTATA
* * * *
8923 ACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATATTT-ACCGAGGGATACATGAAGAGAAACTCAT
1 ACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGACCGA-GAAAACATGAAAAAAAACTCAT
* * * * **
8987 TCATTTG-TAGAAAAAGCCTACTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
65 TCATTTGCAAG-AAAAGCCCA-TTATAGTCACCCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
** * *
9051 ATGGTTTTACT-ACCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTGCA-TTTTGGTTAAAACAAAT
128 ATCATTTTA-TAACCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAAT
* * * * * * * * *
9114 TATAATAGACTGTCTGCCTTGAGAAACTTGAAGGAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATT
192 TACAATAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAACCACTCATTGACAACAAAAGCCCATT
* *
9179 TATAGTCACTCAACCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
257 TATAATCACTCAACCTTTTAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
9237 ATAGTTGATT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 44, Indels: 14
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
318 4 0.02
319 173 0.66
320 85 0.32
321 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (319 bp):
ACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGACCGAGAAAACATGAAAAAAAACTCATT
CATTTGCAAGAAAAGCCCATTATAGTCACCCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATC
ATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTACA
ATAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAACCACTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATA
ATCACTCAACCTTTTAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCTTATA
Done.