Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401370.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4502.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2242
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Warning! 191 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:864 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 569--2239 Score: 1416
Period size: 172 Copynumber: 9.7 Consensus size: 172
559 NNNNNNNNNN
* * * * * *
569 TCTTGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCT-GTTT
1 TCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTT
* * * * * *
632 AACTAAAAATATA-AAACAAATTCAACA-TAAAATCAATTATG-GCACTACAAAACCATTTAAAG
65 AACTAAAAATGTACAAA-GAATTCAA-ATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG
* ***********
694 CGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNTATGGGTGACTATAAATGGACTTT
127 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
740 TCTTACCAATGAATGCTTTGTTCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTCTAGCCTATTTTA
1 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTA
* * * *
805 ACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAATTCAATTTTGAGATTCTAAAACTATTTAAAGTTAG
66 ACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
*********
870 TAATAAGGCTTTTGAA-GAAGTGGGTGACTATAANNNNNNNNN
131 TAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
912 NCTTGCCAATGAATGCTCTCTTCTTTATGTTTCTC-GGGATAGACGTTCAATTAT-G-ATATGGT
1 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGG-TAGACATTCAATTCTAGTCTAT--T
* * * * * * *
974 TTAACTAGAAAA-GCAAAAAAAATTTGAACTTAAAAATCAATTTTGAGATTATAATACCATTTAA
63 TTAACTA-AAAATGTACAAAGAA-TTCAAATT-TAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
1038 ATTGATTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGAGTGACTATAAATAGACTTT
125 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** *
1086 TCTTACTAATGAACACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTA
1 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTA
* * * *
1151 ACCAAAATTGTACAAA-ACATTCAAATTTAATTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGA
66 ACTAAAAATGTACAAAGA-ATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * *
1215 GTAATCAGGCTCTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAGTTT
130 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
1258 TCTTGCAAATGAATGCCTTTTTATTTTCA--TTTATC-GAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTT
1 TCTTGCCAATGAATG-CTTTTT-TCTTCATGTTTCTCAG-GGTAGACATTCAATTCTAGTCTATT
* * * * **
1320 TTAACTAAAAATGTACAACGAAATCAAATTTAAATCAATTTTAAGATTATCAAATAATTTAAAGT
63 TTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
*
1385 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * * * *
1430 TCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCT-AGAGGTAAACATTTAATTATAGTCT-GTTT
1 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAG-GGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTT
* * * * * * * **
1493 AACTAAAAATGTA-AAAAACATTCTACTTAAAATTAATTATG-GCATTATAAAACTATTTAACTT
65 AACTAAAAATGTACAAAGA-ATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGT
* *
1556 GAGTAATAAGCCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTT
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * ** * * *
1601 TCTTGCTAATGAATTATTTTTTCTTCATGTTTCTAAAAGTAGATATTCAATCCTAGTCTGTTTTA
1 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTA
* * * * *
1666 AGTAAAAATGAACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGATATTATTAAACCACTTAAAGTGAG
66 ACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
*
1731 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
131 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
1773 TCTTCCCAATGAATGCTTTCTTCTTTACGTTTCTC-GAGATAAACATTCAATTATACTCTA-TTT
1 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAG-GGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTT
* * * * * * *
1836 AACTAAAAATATA-AAAAAATTCAACA-TAAAACCAATTATG-GCATTACAAAACCATTTAAAGC
65 AACTAAAAATGTACAAAGAATTCAA-ATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *
1898 GAGTGATAAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTCTAAATGGACTTT
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** ** * * **
1943 TCTTTTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTAAATTCTAGTTTGGTTTA
1 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTA
* * * * *
2008 ACCAAAAATGTACAATGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAG
66 ACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * *
2073 TAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGAACTTT
131 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
2115 TCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAATTATAGCCT-GTTT
1 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAG-GGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTT
* * * * * ** *
2178 AACAAAAAATGTTA-AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTACG-GCATTACAAAACCATTTAAAG
65 AACTAAAAATG-TACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAG
2240 CGA
Statistics
Matches: 1188, Mismatches: 270, Indels: 84
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 135 0.11
171 271 0.23
172 622 0.52
173 36 0.03
174 116 0.10
175 5 0.00
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTA
ACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
Found at i:1665 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 721--2237 Score: 1444
Period size: 343 Copynumber: 4.4 Consensus size: 339
711 NNNNNTATGG
* * * * *
721 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTGTTCTTCATGTTTCTCAG-GGTAGAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTT-TTCTTTACGTTTCT-AGAGGTAAAC
* * * * * * * *
784 ATTCAATTCTAGCCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAATTCAATTTTGAG-A
64 ATTCAATTATAGTCT-GTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCA
* * * * * * *********
848 TT-CTAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAGTGGGTGACTATAANNNNNNNNN
126 TTAC-AAAACCATTT-AACTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *** * * *
912 NCTTGCCAATGAATGCTCTCTTCTTTATGTTTCTCGGGATAGACGTTCAATTAT-GATATGGTTT
189 TCTTGCTAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAG-TAGACATTCAATTCTAG-TATGTTTT
* * * * * *
976 AACTAGAAAA-GCA-AAAAAAATTTGAACTTAAAAATCAATTTTGAGATTATAATACCATTTAAA
252 AACTA-AAAATGTACAAAGAAA--TCAAATT-TAAATCAATTTTGAGATTATAA-ACAATTTAAA
* * *
1039 TTGATTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGA
312 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * ** * * * * *
1067 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAACACTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-TGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCT-AGAGGTAAACA
* * * * * * * * *
1131 TTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAATTGTACAAAACATTCAAATTTAATTCAATTTTGAG-AT
65 TTCAATTATAGTCT-GTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCAT
* * * * * * *
1195 TATAAAACCATTTAAACTGAGTAATCAGGCTCTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTC
127 TACAAAACCATTT-AACTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
1260 TTGCAAATGAATGCCTTTTTATTTTCAT-TTATC-GAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTA
191 TTGCTAATGAAT-CCTTTTT-TCTTCATGTT-TCTAAAGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTA
* * *
1323 ACTAAAAATGTACAACGAAATCAAATTTAAATCAATTTTAAGATTATCAAATAATTTAAAGTGAG
253 ACTAAAAATGTACAAAGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACAATTTAAAGTGAG
* *
1388 TAATAAGGCTTTCGAAGGAATGG
317 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
*
1411 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTAGAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTAGAGGTAAACAT
* * * *
1476 TTAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCTACTTAAAATTAATTATGGCATTAT
66 TCAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTAC
* *
1541 AAAACTATTTAACTTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
130 AAAACCATTTAAC-TGAGTAATAAGACTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
** * * * *
1606 CTAATGAATTATTTTTTCTTCATGTTTCTAAAAGTAGATATTCAATCCTAGTCTGTTTTAAGTAA
194 CTAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTTCT-AAAGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAA
* * * * *
1671 AAATGAACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGATATTATTAAACCACTTAAAGTGAGTAATA
258 AAATGTACAAAGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTA-TAAACAATTTAAAGTGAGTAATA
1736 AGGCTTTTGAAGGAATGA
322 AGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * *
1754 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATG-CTTTCTTCTTTACGTTTCTCGAGATAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTT-TTCTTTACGTTTCTAGAGGTAAACA
* * * * *
1818 TTCAATTATACTCTATTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAACCAATTATGGCATTAC
65 TTCAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTAC
* *
1883 AAAACCATTTAAAGC-GAGTGATAAGACTTTTGAAGG-TATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCT
130 AAAACCATTT-AA-CTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
1946 T-TTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTAAATTCTAGTTTGGTTTAAC
192 TGCT-AATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTTCT-AAAGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAAC
* * *
2010 CAAAAATGTACAATGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTA
255 TAAAAATGTACAAAGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACAATTTAAAGTGAGTA
* *
2075 ATAAGACTTTTGAAGGAATGG
319 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * *
2096 GTGAATATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTAGAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTAGAGGTAAACAT
* * * *
2161 TCAATTATAGCCTGTTTAACAAAAAATGTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTACGGCATTAC
66 TCAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTAC
2226 AAAACCATTTAA
130 AAAACCATTTAA
2238 AGCGA
Statistics
Matches: 987, Mismatches: 158, Indels: 56
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 11 0.01
342 298 0.30
343 332 0.34
344 115 0.12
345 11 0.01
346 196 0.20
347 17 0.02
348 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTAGAGGTAAACAT
TCAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTACA
AAACCATTTAACTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
AATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAA
TGTACAAAGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGA
Found at i:1674 original size:861 final size:855
Alignment explanation
Indices: 569--2189 Score: 1997
Period size: 861 Copynumber: 1.9 Consensus size: 855
559 NNNNNNNNNN
* **
569 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTAA
1 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTAA
634 CTAAAAATATAAAACAAATTCAACATAAAATCAATTATGGCACTACAAAACCATTTAAAGCGAGT
66 CTAAAAATATAAAACAAATTCAACATAAAATCAATTATGGCACTACAAAACCATTTAAAGCGAGT
*********** *
699 AATAAGGNNNNNNNNNNTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTGTTCT
131 AATAAGCTTTTGAAGGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGATTTGTTCT
* ** * *
764 TCATGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTCTAGCCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAA
196 TCATGTTTCTAAAAGTAGACATTCAATCCTAGCCTATTTTAACTAAAAATGAACAAAGAATTCAA
* * * * * *
829 ATTTAATTCAATTTTGAGATTCTAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAGTGG
261 ATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGA
********** * * * * *
893 GTGACTATAANNNNNNNNNNCTTGCCAATGAATGCTCTCTTCTTTATGTTTCTCGGGATAGACGT
325 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTCTCTTCTTTACGTTTCTCGAGATAAACAT
* * * * *
958 TCAATTATGA-TATGGTTTAACTAGAAAAGCA-AAAAAAATTTGAACTTAAAAATCAATTTTGAG
390 TCAATTAT-ACTAT-ATTTAACTA-AAAA-CATAAAAAAA-TTCAACAT-AAAACCAATTATG-G
* * ** * *
1021 -ATTATAATACCATTTAAATTGATTAATAAGGCTTTTGAA-GTAATGAGTGACTATAAATAGACT
448 CATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGT-ATGAGTGACTATAAATAGACT
* *
1084 TTTCTTACT-AATGAACACTTTTTTCTTCATGTTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTAT
512 TTTCTT-CTCAATGAACACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAT-GTAGACATTAAATTCTAGTCTAG
* * *
1147 TTTAACCAAAATTGTACAA-AACATTCAAATTTAATTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
575 TTTAACCAAAAATGTACAAGAA-A-TCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAA
* * * * * *
1211 CTGAGTAATCAGGCTCTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCAAATGAATGCCT
638 ATGAGTAATAAGACTCTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATGCCT
* * * * *
1276 TTTTATTT-TCATTTATCGAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTACAACG
703 TTTTATTTAT-ATTTATAGAGGTAAACATTCAATTATAGCATG-TTTAACAAAAAATGTACAACG
1340 AAATCAAATTTAAATCAATTTTAAGATTATCAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
766 AAATCAAATTTAAATCAATTTTAAGATTATCAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1405 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
831 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
1430 TCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCT-AGAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTA
1 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTACATTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTA
* * * * * * * ***
1494 ACTAAAAATGTAAAA-AACATTCTACTTAAAATTAATTATGGCATTATAAAACTATTTAACTTGA
65 ACTAAAAATATAAAACAA-ATTCAACATAAAATCAATTATGGCACTACAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
1558 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTATTTTT
129 GTAATAAG-CTTTTGAAGGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGATTTGT
* * * *
1622 TCTTCATGTTTCTAAAAGTAGATATTCAATCCTAGTCTGTTTTAAGTAAAAATGAACAAAGAATT
193 TCTTCATGTTTCTAAAAGTAGACATTCAATCCTAGCCTATTTTAACTAAAAATGAACAAAGAATT
* *
1687 CAAATTTAAATCAATTTTGATATTATTAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
258 CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
*
1752 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTTCTTCTTTACGTTTCTCGAGATAAAC
323 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTCTCTTCTTTACGTTTCTCGAGATAAAC
* *
1817 ATTCAATTATACTCTATTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAACCAATTATGGCATTA
388 ATTCAATTATACTATATTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACATAAAACCAATTATGGCATTA
* * * *
1882 CAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTT
453 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* ** * *
1947 TTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTAAATTCTAGTTTGGTTTAACCA
518 CTCAATGAACACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTAAATTCTAGTCTAGTTTAACCA
2012 AAAATGTACAATGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAAT
583 AAAATGTACAA-GAAATCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAAT
* * * *
2077 AAGACTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTTA
647 AAGACTCTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTATTTA
* * *
2142 TGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTAACAAAAAATGT
712 TATTTATAGAGGTAAACATTCAATTATAGCATGTTTAACAAAAAATGT
2190 TAAAAAAATT
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 110, Indels: 31
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
856 16 0.03
857 256 0.40
858 13 0.02
859 13 0.02
860 12 0.02
861 323 0.51
862 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (855 bp):
TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTAA
CTAAAAATATAAAACAAATTCAACATAAAATCAATTATGGCACTACAAAACCATTTAAAGCGAGT
AATAAGCTTTTGAAGGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGATTTGTTCT
TCATGTTTCTAAAAGTAGACATTCAATCCTAGCCTATTTTAACTAAAAATGAACAAAGAATTCAA
ATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTCTCTTCTTTACGTTTCTCGAGATAAACATT
CAATTATACTATATTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACATAAAACCAATTATGGCATTACAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTC
AATGAACACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTAAATTCTAGTCTAGTTTAACCAAAA
ATGTACAAGAAATCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGA
CTCTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTTATTTATATT
TATAGAGGTAAACATTCAATTATAGCATGTTTAACAAAAAATGTACAACGAAATCAAATTTAAAT
CAATTTTAAGATTATCAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATA
AATGGACTTT
Done.