Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401371.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4502.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2434
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Found at i:321 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2434 Score: 2039
Period size: 172 Copynumber: 14.2 Consensus size: 171
* * * * * *
1 TCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTAAACCAAAAATATAGAAA-AACTT-AACTCAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTAAA
* * * * * * ** * *
64 ATAAATTATG-GCATTATAAAACTATGTAAAGCGAATAATATTGCTTTTGAAGGCATGGGTGACC
65 ATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * *
128 ATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCATGAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTT
* * * *
172 TCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTCTTTTTTGACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA
* * * *
237 TCAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACTAT
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
302 AAATGGATTTTTCTTGTCAATGAATGCTCTCTTCTTTATG-T
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTCTTCATGTT
** * * * * * * * * **
343 TCTCGGGGTCGATATTCAATTGTAATATGTTTGAACCAGAAAA---CCAAAGAATTTGAGCTTAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTAA
* * * *
405 AATCAATTTTGAGCA-TATAAAACCATTTAAAGTGATTAATTAGGCTTTTGAAGTAATAGGTGAC
64 AATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * *
469 AATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCCTTCATATT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT-CTTCATGTT
* * * * *
514 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTG-TTTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA
* ** * ** **
578 TCAATTATG-GCATTACGAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTTGAA-GATATGGGTGACT
66 TCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACT
* * * * **
641 GTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGACTACATTTTTCTTCATAAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTT
* * * * *
685 TCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGCACAAAAAATTCAAATTCAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA
750 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
815 AAATGGACTTCTCTTCCCAATGAATGCTCTCTTCTTTATGTT
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTCTTCATGTT
*** * ** * * * * *
857 TCTTGGGGTAGACGTTCAATTAAAATATGTTTTAGCCAGAAAA-GTAGAAA-AATTTAAACTTAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTACAAAGAATTCAAA-TTAA
* * * * *
920 AATTAATGTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGAGTGACT
64 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * *
985 ATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATACTTTTTTCTTCATGTT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTT
* * * * *
1029 TCT-AATGGTAGCCATTCAATTCTAGTATATTTTAA-CAAAAAAGTACAAA-ACATTCAAATTTA
1 TCTCAA-GGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGA-ATTCAAATTAA
* * * * * * * *
1091 AATAAAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGATCTTGAAGGAATGAGTGATT
64 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * *
1156 ATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCATTTTATTTACGTT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * * **
1200 TATCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAGAAGTGT-CAAAAAATAT-AACCTAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAAT-TCAAATTAAA
* * * * * * *
1263 ATTAATTATG-GCATTACAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
65 ATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* *
1327 ATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGCT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTT
* * *
1371 TCTTAAGGCAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA
* ** *
1436 TCAATTTTGAGACTATAAAAATATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
1501 AAATGGACATTACATGCCAATGAATGTCTTTTTCTAT-ACGTT
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCT-TCATGTT
** * * * ** * * * *
1543 TCTTGAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATTGAAACCAACAATGTA-GAACAATTCAACTTAAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA
* * * * * * * * *
1607 TAAATTATG-GCGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACA-ACTTTTAAAGGTATGGGTGACC
66 TCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * **
1670 AGAAATGGACTTCTT-TTAGCTAATGAATGCATTTTTCTTCATCAT
129 ATAAATGGACTT-TTCTT-GCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTT
* * * * * *
1715 TCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAAACAAAAATATGCAAAGAATGCAAATTTAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA
* * * * *
1780 TTAGTTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
** * * * *
1845 AAATAAATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTGCTATACA--TT
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCT-T-CATGTT
* * * *
1886 TGT--A-GTAGACATTCAATTAC-AGTCTGTTTAAACCAAAAATATA-AAA-AATTTCAACTTAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATT-CTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTAA
* * ** * *** *
1945 AATAAATTATG-GCATTATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAATACTACTTTTGAAGGTATGGGTGAT
64 AATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-
* * * *
2009 CGA-AAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTTATGAT
127 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTT
* * * * * *
2054 TCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTTTTTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAATTTGAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA
* * * * *
2119 TCAATTTTGAGATTTTAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATTAGG-GAATA
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTA
* * *
2183 TAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAGTGCTCTCTTT-TTTATGTT
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-T-TTTCTTCATGTT
** * ** * * * * * *
2226 TCTCTGGGTATATGTTCAATTATAATATGTTTTAACCAGAAAA-GCA-AAAAAATTTAAACTTAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTACAAAGAATTCAAA-TTAA
** * * * *
2289 AATCAATTTTGAGATTATAAAATTATTTAAATTGATTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGATT
64 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* ** *
2354 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATTATTTTTTCATCATGTT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCATGTT
* * * *
2398 TCTCATGGTATAGATTCAATTCTAGTCTATTTTAACC
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACC
Statistics
Matches: 1791, Mismatches: 398, Indels: 147
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 81 0.05
168 43 0.02
169 16 0.01
170 113 0.06
171 609 0.34
172 826 0.46
173 98 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA
TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTT
Found at i:837 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--2434 Score: 2060
Period size: 343 Copynumber: 7.1 Consensus size: 340
* * * * * * **
1 TCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTAAACCAAAAATATAGAAAAACTT-AACTCAAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAA
* * * * * * ** * *
65 TAAATTATG-GCATTATAAAACTATGTAAAGCGAATAATATTGCTTTTGAAGGCATGGGTGACCA
66 TCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * * *
129 TAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCATGA-TTCTCAAGGTAGACATTCAATC
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC-TTTTTCTT-AT-ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * * * * * *
193 CTAGTCTTTTTTGACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-TTTATAAAA
192 ATAGTC-TGTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATG-GCATTACAAAA
* * * * * *
257 CCATTTAAAGTGAGTAATGAGGA-TTTTAAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGTC
254 CCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTTGAA-GATATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* *
320 AATGAATGC-TCTCTTCTTTATG-T
317 AATGAATGCAT-TTTTCTTCATGAT
** * * * * * * * * * ** *
343 TCTCGGGGTCGATATTCAATTGTAATATGTTTGAACCAGAAAA---CCAAAGAATTTGAGCTTAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTACAAA-AAATTCAAATTTA
* * * *
405 AATCAATTTTGAGCA-TATAAAACCATTTAAAGTGATTAATTAGGCTTTTGAAGTAATAGGTGAC
64 AATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *
469 AATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTT-CTT-ATATTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
* * * *
534 TCTAGTCTGTTTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTACGAAAC
191 TATAGTCTGTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAAC
* * * *
599 TATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTTGAAGATATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
255 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * *
664 GACTACATTTTTCTTCATAAT
320 GAATGCATTTTTCTTCATGAT
* * * *
685 TCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGCACAAAAAATTCAAATTCAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAA
750 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * * * * * *
815 AAATGGACTTCTCTTCCCAATGAATGCTCTCTTCTTTATGTTTCTTGGGGTAGACGTTCAATTAA
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACT-TTTTC-TTATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * * * *
880 AATATGTTTTAGCCAGAAAAGTA-GAAAAATTTAAACTTAAAATTAATGT-TGAG-ATTATAAAA
194 AGTCTG-TTTAACCA-AAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAT-TATG-GCATTACAAAA
* * * * * *
942 CCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGCA-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTA
254 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAG-ATATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
* * *
1006 ATGAATACTTTTTTCTTCATGTT
318 ATGAATGCATTTTTCTTCATGAT
* * * * *
1029 TCT-AATGGTAGCCATTCAATTCTAGTATATTTTAA-CAAAAAAGTACAAAACATTCAAATTTAA
1 TCTCAA-GGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAA
* * * * * * * *
1092 ATAAAATTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTAAGTAATAAGGATCTTGAAGGAATGAGTGATTA
65 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* ** *
1157 TAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCCATTTTAT-TTACGTTTATCGAGGTAGACATTCAAT
130 TAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-AC-TTTT-TCTTATATTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * *
1220 TATAGTCTGTTTTAATCAGAAGTGTCAAAAAATAT-AACCTAAAATTAATTATGGCATTACAAAA
191 TATAGTCTG-TTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAA
* * * * * *
1284 CTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAA
254 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* *
1349 TGAATGCTTTTTTCTTCATGCT
319 TGAATGCATTTTTCTTCATGAT
* * *
1371 TCTTAAGGCAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAA
* ** *
1436 TCAATTTTGAGACTATAAAAATATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * * *
1501 AAATGGACATTACATGCCAATGAATGTCTTTTTC-TATACGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTA
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTTTCTTATA--TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
1565 TAGTCTATTGAAACCAACAATGTAGAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCGTTACAAAACCA
193 TAGTCTGTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCA
* * * * * *
1630 TTTAAAGCGAGTAATACA-ACTTTTAAAGGTATGGGTGACCAGAAATGGACTTCTT-TTAGCTAA
257 TTTAAAGCGAGTAATA-AGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATAGACTT-TTCTT-GCCAA
*
1693 TGAATGCATTTTTCTTCATCAT
319 TGAATGCATTTTTCTTCATGAT
* * * * * *
1715 TCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAAACAAAAATATGCAAAGAATGCAAATTTAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAA
* * * * *
1780 TTAGTTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
66 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
** * * * * * *
1845 AAATAAATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTGCTATACATTTGT--A-GTAGACATTCAATTACA
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCT-TATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * **
1907 GTCTGTTTAAACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTATAAAACTTTT
195 GTCTGTTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATT
** * *
1972 TAAAGCGAGTAATACTACTTTTGAAGGTATGGGTGATCGA-AAA-AGGACTTTTCTTGCCAATGA
259 TAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGA-CTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGA
*
2035 ATGCATTTTTCTTTATGAT
322 ATGCATTTTTCTTCATGAT
* * * * *
2054 TCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTTTTTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTC-AATTTGAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTT-AA
* * * * *
2118 ATCAATTTTGAGATTTTAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATTAGG-GAAT
65 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACT
* * * * * * **
2182 ATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAGTGCTCTCTTTTTTATGTTTCTCTG-GGTATATGTTCAAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACT-T-TTTCTTATATTTCTC-GAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * * *
2246 TATAATATGTTTTAACCAGAAAAGCA-AAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAA
191 TATAGTCTG-TTTAACCA-AAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATG-GCATTACAA
** ** * * *
2309 AATTATTTAAATTGATTAATAAGGCTTTTGAAGCA-ATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGC
252 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAG-ATATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * *
2373 CAATGAAT-TATTTTTTCATCATGTT
316 CAATGAATGCA-TTTTTCTTCATGAT
* * * *
2398 TCTCATGGTATAGATTCAATTCTAGTCTATTTTAACC
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACC
Statistics
Matches: 1707, Mismatches: 317, Indels: 134
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
339 153 0.09
340 131 0.08
341 128 0.07
342 313 0.18
343 516 0.30
344 440 0.26
345 19 0.01
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAA
TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCTTATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAG
TCTGTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATTTA
AAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
ATTTTTCTTCATGAT
Done.