Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397665.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5578.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1996
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.08, T:0.26
Warning! 687 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:570 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 191--1188 Score: 703
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 169
181 NNNNNNCTCA
* * * * **
191 CTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAACTTTTTTTGCACGTTTTGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * ********* * * * * *
256 ACAAATTATAATTNNNNNNNNNNCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCAATCATTGGGAAGAAAAG
65 ACAGACTATAATT-GAATGTCTACTTGAGAAACGTGAACAAAAA-TCAATCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
321 CCCATTTATAATCACTCATTGCTTCAAATGCCTTATTAC-T-
128 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
* * *
361 CATGTTAAAT-GTCTTTATAATGTCATAAATGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTTTGTT
1 C-T-TTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * * *
425 AAAAAAGGCTATAATTAAATGTCTACTTGGGGAACGTGAAGCAAAAATCAACCATTGGTACGAAA
62 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTGAGAAACGTGAA-CAAAAATCAATCATTGGCAAGAAA
* ** * *
490 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTTG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
* * * *
534 CTTTAAATGGTTTTATAAAT-TAATAATT-ACTTTTAAGTGGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * **
597 AACAGACTTTAAGTGAAT-ACATACTTTGAGAAACGTGAACAAAAAGAT-ATTCATTAACAAGAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTC-TAC-TTGAGAAACGTGAAC-AAAA-ATCAATCATTGGCAAGAA
*
660 AAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-
125 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
* *
703 CATTTCAGAA-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTA
1 C-TTT-A-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * *
767 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGGCAATCATTGGCAAGAAA
63 AAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACGTGAACAAAAA-TCAATCATTGGCAAGAAA
* *
832 AGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-G
* *
876 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAG-TGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * ** * * *
940 ACAGTA-TATAATTTAATGTCTGTCCTAAGAAATATGAAGAAAAAGGT-AATCATTGCCAAAAAA
65 ACAG-ACTATAATTGAATGTCT-ACTTGAGAAACGTGAACAAAAA--TCAATCATTGGCAAGAAA
* * * * * * *
1003 AGTTCATTTATATTCACCTATTCTTTTAAAAGTCTTATTACTCG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
* * ********** * *
1047 CTTTAAATGTTTTTCTAATNNNNNNNNNNATTTT-AGTTTGAGTTCTTTCTACATTTTTTGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * * * ** *
1111 AATAGATTATAATTAAATTTCTACTCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTTGTTGGTAAGAAAAG
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACTTGAGAAACGTGAACAAAAAT-CAATCATTGGCAAGAAAAG
1176 TCCATTTATAGTC
128 TCCATTTATAGTC
1189 CCCNNNNNNN
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 135, Indels: 75
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 49 0.07
171 477 0.73
172 121 0.18
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTCTACTTGAGAAACGTGAACAAAAATCAATCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
Found at i:722 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 313--943 Score: 828
Period size: 342 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
303 AATCATTGGG
* * * *
313 AAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATTGCTTCAAATGCCTTATTACTCATGTTAAATGTCTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATGTTAAAGGTCTTTA
* * * *
378 TAATGTCATAAATGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGGCTATAATTAA
66 TAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATT-TTTTAACATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTAA
* * * * * * *
443 ATGTCTA-CTTGGGGAACGTGAAGCAAAAA-TCAACCATTGGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCA
130 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAAGGCAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCA
* * * *
506 CTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAAAT-TAATAATT-ACTTTT
194 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATAGTTTTAT-AATCTAATAATTGA-TTTT
*
568 A-AGTGGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTTTAAGTGAATACATACTTTGAGAAACG
256 AGAGT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTTTAAGTGAATACATACTTTGAGAAACG
632 TGAACAAAAAGATATTCATTAAC
320 TGAACAAAAAGATATTCATTAAC
* * *
655 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT-TTCAGAAGGT-TT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATGTT-A-AAGGTCTT
* * * *
718 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
64 TATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTA
*
783 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCA
129 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGGCAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCA
*** *
848 CCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA
194 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAGA
* *
913 GTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAG
259 GTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
944 TATATAATTT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 34, Indels: 16
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 49 0.20
342 190 0.77
343 8 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATGTTAAAGGTCTTTA
TAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTAAA
TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGGCAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACC
CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAGAGT
GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTTTAAGTGAATACATACTTTGAGAAACGTGAACA
AAAAGATATTCATTAAC
Found at i:1014 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 280--1045 Score: 825
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
270 NNNNNNNNNC
* ** * * *
280 TTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCAATCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATTGCTT
1 TTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTAATCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAATCACCCATTCCTT
* * * *
345 CAAATGCCTTATTACTCATGTTAAATGTCTTTATAATGTCATAAATGATTTTAAGTTCAATTGTT
65 CAAAAGCCTTATTACTCATGTTAAAGGTCTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTGTT
* * * * * *
410 TTTACATTTTTTGTTAAAAAAGGCTATAATTAAATGTCTACTTGGGGAACGTGAAGCAAAAATCA
130 TTAACATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCA
* * * * * *
475 ACCATTGGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAA
195 ACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* *
540 ATGGTTTTATAAATTAATAATTACTTTTAAGTGGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT
260 ATAGTTTTATAAATTAATAATTACTTTTAAGTGGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
*
605 TTAAGTGAATACATACT
325 ATAAGTGAATA-ATACT
* * * * * * *
622 TTGAGAAACGTGAACAAAAAGATATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
1 TTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTAATCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAATCACCCATTCCTT
*
687 CAAAAGCCTTATTACTCAT-TTCAGAAGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-
65 CAAAAGCCTTATTACTCATGTT-A-AAGGTCTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTG
* * *
749 TTTTAACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAA
128 TTTTAACATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA
* ***
813 GGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCGC
192 -GCAACCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-GC
* * *
877 TTTAAATAGTTTTAT-AATCTCATAATTGA-TTTTAGAGT-GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAG
255 TTTAAATAGTTTTATAAAT-TAATAATT-ACTTTTA-AGTGGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * *
939 AACAGTA-TATAATTTAAT-GT-CT
317 AACAG-ACTATAAGTGAATAATACT
* * * * *
961 GTCCTAAGAAATATGAAGAAAAAGGTAATCATTGCCAAAAAAAGTTCATTTATATTCACCTATTC
1 -T--TAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTAATCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAATCACCCATTC
* * *
1026 TTTTAAAAGTCTTATTACTC
62 CTTCAAAAGCCTTATTACTC
1046 GCTTTAAATG
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 60, Indels: 28
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.01
340 2 0.01
341 50 0.14
342 285 0.81
343 11 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTAATCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAATCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCATGTTAAAGGTCTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTGTTT
TAACATTTTTTGTTAAAAAAGACTATAATTAAATGTCTACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAA
CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
TAGTTTTATAAATTAATAATTACTTTTAAGTGGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
TAAGTGAATAATACT
Done.