Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401401.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_453.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 603
Length: 1006
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Found at i:300 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1004 Score: 897
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 171
* * * * *
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTGTGATTGAA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** ** * *
66 TGT-TGGCAGTGA-GAAATGTGAAGTTAAAGCTACTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 TGTCT-GC-TTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
128 ACCCAAGCCTAT-AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTA
128 ACCCAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
172 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
237 TGTCTGTTTCAGGAAACATGAAGCAAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACT
66 TGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * * **
302 CAAGCCTTTGAAAG-CTTATTACTAGTTTTAAATAATTTTA
131 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
342 TAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTCTATTTGAA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * ** * *
407 TGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAACCATTTATTGGGAAGAAAAGTGCTTTTATAGTCAC
66 TGTCT-GCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** ** *
471 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTGCTTCCAATAGTTTTA
130 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * ** * *
513 TAAACTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTGTTGGTTAAAAAAGCTTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * ** *
578 TGTTTGCCTC-TGAAACTGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTATAAGAAATGTTTATTTATTGTCAC
66 TGTCTGCTTCAGGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
642 CCATAG-CTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
130 CCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
684 TAAACTGATAATTAATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAATATG-TTATAATTCA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATA-GATTATAATTGA
* * * * **
748 ATGTCTACTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTGTTGACAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCA
65 ATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
812 CTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGTTTTAAATGGTTTTA
129 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
855 TAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAATAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** * * **
919 TGTCTG-TT-AGAAGAACCGTGAAGAAAAAGCCATTTGTTCATAAGAAAAGTCTATTTGGAGTCA
66 TGTCTGCTTCAG--GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
982 CCCAA-CCTTCACAAAG-CTTATTA
129 CCCAAGCCTTCA-AAAGCCTTATTA
1005 GT
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 142, Indels: 42
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 15 0.02
170 218 0.32
171 428 0.64
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAA
TGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
Found at i:624 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1004 Score: 859
Period size: 341 Copynumber: 2.9 Consensus size: 340
* *
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGATTGTGATTGA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTAT-ATTGA
* ** ** ** * * * * * *
65 ATGT-TGGCAGTGAGAAATGTGAAGTTAAAGCTACTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
64 ATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGT-CTTTTATAGTCA
* * * * * * ** *
129 CCCAAGCCTAT-AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAA
127 CTCAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAAACTCATAATCAACTTTAA
* * * * * **
193 GTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTCAGGAAACATGA
191 GTTAAATTCTTTTACATTGTTAATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGA
* * * * * **
258 AGCAAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGC-TTAT
256 AGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAG-CTTCAAAAGCGTTAT
*
321 TACTAGTTTTAAATAATTTTA
320 TACTAGCTTTAAATAATTTTA
* *
342 TAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTCTATTTGAA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATA-TTGAA
* *
407 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTTATTGGGAAGAAAAGTGCTTTTATAGTCACT
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGT-CTTTTATAGTCACT
** * *
472 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTGCTTCCAATAGTTTTATAAACTCATAATCAACTTTAAGT
129 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTCAAATAGTTTTATAAACTCATAATCAACTTTAAGT
** * * * *
536 TAAATTCTTTTACATTGTTGGTTAAAAAAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTC-TGAAACTGTGAA
193 TAAATTCTTTTACATTGTTAATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAC-ATGAA
* * ** *
600 GAAAAAGCCATTCATTTATAAGAAATGTTTATTTATTGTCACCCATAGCTTCAAAAGCGTTATTA
257 GAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCGTTATTA
* **
665 CTCGCTTTAAATGGTTTTA
322 CTAGCTTTAAATAATTTTA
* * * * *
684 TAAACTGATAATTAATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATATG-TTATAATTC
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATA-GATTAT-ATTG
* * * * *
747 AATGTCTA-CTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTGTTGACAAGAAAAGTCTGTTTATAGTC
63 AATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCT-TTTATAGTC
* * ** * * * ** *
811 ACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
126 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAAACTCATAATCAACTTTAA
* * * * * * * * * *
876 CTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTG--TTAGAAGAACCGT
191 GTTAAATTCTTTTACATTGTTAATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAG--GAAACAT
** * * ** *
938 GAAGAAAAAGCCATTTGTTCATAAGAAAAGTCTATTTGGAGTCACCCA-ACCTTCACAAAGC-TT
254 GAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCA-AAAGCGTT
1001 ATTA
318 ATTA
1005 GT
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 108, Indels: 37
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 20 0.04
341 315 0.59
342 197 0.37
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTTTTATAGTCACTCA
AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAAACTCATAATCAACTTTAAGTTAA
ATTCTTTTACATTGTTAATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
AAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCGTTATTACTAG
CTTTAAATAATTTTA
Found at i:855 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 107--1004 Score: 862
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 339
97 ACTCATTAGT
* * * *
107 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTAT-AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGT-CTTTTATAGTCACTCAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTA-TCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * * * *
171 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGA
63 ATAATCTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTGTTAATTAAAAAAGATTATAATTGA
** * * * *
236 ATGTCTGTTTCAGGAAACATGAAGCAAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCAC
128 ATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * *
301 TCAAGCCTTTGAAAGCTTATTACTAGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT
193 CCAAGCCTTCAAAAGCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTT
* * * * * *
366 AAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTCTATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
258 AAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGA
* **
431 AAAAACCATTTATTGGG
323 AAAAACCATCTATTGAC
** * * ** *
448 AAGAAAAGTGCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTGCTTCCAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGT-CTTTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTATC-GCTTTAAATGGTTTTA
* ** *
513 TAAACTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTGTTGGTTAAAAAAGCTTATAATTGAA
64 TAATCTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTGTTAATTAAAAAAGATTATAATTGAA
* * * * * ** *
578 TGTTTGCCTC-TGAAACTGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTATAAGAAATGTTTATTTATTGTCAC
129 TGTCTGCCTCAGGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** *
642 CCATAG-CTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTGATAATTAATTTTAAG
193 CCA-AGCCTTCAAAAGC-TTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAG
706 TTAAAATTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATATG-TTATAATTCAATGTCTA-CTTCAGGAAACAT
256 TTAAAATTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATA-GATTATAATTCAATGTCTACCTTCA-GAAACAT
* * *
768 GAAGCAAAAGCCATCTGTTGAC
318 GAAGAAAAAACCATCTATTGAC
*
790 AAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCT-TTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTA-TCGCTTTAAATGGTTTTA
** * * * * * * * *
855 TAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAATAGATTATAATTGAA
64 TAATCTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTGTTAATTAAAAAAGATTATAATTGAA
* * * ** * * **
919 TGTCTG--TTAGAAGAACCGTGAAGAAAAAGCCATTTGTTCATAAGAAAAGTCTATTTGGAGTCA
129 TGTCTGCCTCAG--GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
982 CCCAA-CCTTCACAAAGCTTATTA
192 CCCAAGCCTTCA-AAAGCTTATTA
1005 GT
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 94, Indels: 31
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 20 0.04
341 228 0.51
342 196 0.44
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAGAAAAGTCTTTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTATCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATCAACTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTGTTAATTAAAAAAGATTATAATTGAATG
TCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
AGCCTTCAAAAGCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAA
AACCATCTATTGAC
Done.