Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401416.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4543.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 853
Length: 1422
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:370 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 12--1422 Score: 1430
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 172
2 AATTATGGCG
* * * *
12 TTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
* ** * **********
77 CTTACCAATGTTTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTAAATTATANNNNNNNNNNA
66 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
142 TCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
131 CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
** * * *
184 AAATAAAA-GATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
* * * * *
248 CTTGCCAATGAATGCCGTTTCCTTCAAGTTTCTTGACGTTGACAGTCAATTATAATCT-TTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
312 CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATAAATTTTGAGA
131 CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
* * * * * *
354 TTACAAAATCATTTAAAGTAAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
** * * * * * *
419 CTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGATTGAAAATT-AATTATAGTCTGTTTTA
66 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * ** * **
483 ACTAAAAATGTA-AAA-AACTGCAACTAAAAATCAATTATGTTA
130 ACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
* * *
525 TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
** * * * * * ** *
590 CTTGCCAATGTTTGTCTTTTTCTTTACGTTTTTTGATGTTGACATTCAACAATAATCTGTTTTGA
66 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
655 CAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCACA-TTTGAGA
131 CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCA-ATTTTGAGA
* * * *
697 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
* ** * ** * * * *
762 CTTACCAACAAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGATTAACATTCAATTATAGTCTATTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* ** *
827 CCAAAAATGTA-AAA-AACTTCAACTAAAAATCAATTATG-GCA
131 CCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAG-A
* * * *
868 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
* * * * * *
933 CTTGCTAAT-ATTTACCTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTTGTCATTCAATTATAATCTGTTTTA
66 CTTGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * *
997 ACTAAAAATTTACAAAGAATTCAAATTTCAATAAATTTTGAGA
130 ACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
* * * * *
1040 TTGTAAAACCATTTAAAGTAAGTATTAAGGCGTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
** * * * * * *
1105 CTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGATTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* ** **
1170 CCAAAAATGTA-AAA-AATTGCAACTAAAAATCAATTACG-GCA
131 CCAAAAATGTACAAAGAATT-CAAATTTAAATCAATTTTGAG-A
* * ** * * ** * *
1211 TTATAAGATCATTTAAAACGAGTAATGATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACGAACAGATTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
* * *
1276 CTTGCCAATGTATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTC-ATTGATCATCTGTTTTA
66 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATT-ATAATCTGTTTTA
* *
1340 ACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTGAATCAATTTTGAGA
130 ACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
*
1383 TTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTGAA-AAGGCTTTTGAAGG
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGG
Statistics
Matches: 996, Mismatches: 220, Indels: 46
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 64 0.06
171 574 0.58
172 344 0.35
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
Found at i:784 original size:343 final size:344
Alignment explanation
Indices: 193--1422 Score: 1752
Period size: 343 Copynumber: 3.6 Consensus size: 344
183 AAAATAAAAG
** * * * *
193 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAACGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * *
258 AATGCCGTTTCCTTCAAGTTTCTTGACGTTGACAGTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAATGT
66 TATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * **
322 ACAAAGAATTCAAATTTCAATAAATTTTGAGATTACAAAATCATTTAAAGTAAGTATTAAGGCTT
131 ACAAAGAATTCAAATTTCAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAAAAGGCTT
*
387 TTGAAGGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTATGTTTCT
196 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTATGTTTCT
* *
452 CGAGATTGAAAATT-AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTGCAACTAAAAATCA
261 CGAGATTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTGCAACTAAAAATCA
**
516 ATTATGTTATTATAAAACC
326 ATTATGGCATTATAAAACC
*
535 ATTTAAAATGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAACGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATG
* * * * * ** *
600 TTTGTCTTTTTCTTTACGTTTTTTGATGTTGACATTCAACAATAATCTGTTTTGACAAAAAATGT
66 TATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * *
665 ACAAAGAATTCAAATTTAAATCACA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAAGCT
131 ACAAAGAATTCAAATTTCAAT-AAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAAAAGGCT
* * *
729 TTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACAAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC
195 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTATGTTTC
* * *
794 TCAAGATT-AACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTAAAAATC
260 TCGAGATTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTGCAACTAAAAATC
858 AATTATGGCATTATAAAACC
325 AATTATGGCATTATAAAACC
* * * *
878 ATTTAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCTAATA
1 ATTTAAAACGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
943 TTTACCTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTTGTCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTT
66 TATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
* ** *
1008 ACAAAGAATTCAAATTTCAATAAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTAAGTATTAAGGCGT
131 ACAAAGAATTCAAATTTCAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAAAAGGCTT
*
1073 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTACGTTTCT
196 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTATGTTTCT
*
1138 CGAGATTG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTGCAACTAAAAATCA
261 CGAGATTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTGCAACTAAAAATCA
* * *
1202 ATTACGGCATTATAAGATC
326 ATTATGGCATTATAAAACC
* ** *
1221 ATTTAAAACGAGTAATGATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACGAACAGATTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAACGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATG
* * *
1286 TATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTC-ATTGATCATCTGTTTTAACAAAAAATG
66 TATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATT-ATAATCTGTTTTAACAAAAAATG
* * * * *
1350 TACAAAGAATTCAAATTTGAATCAATTTTGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTGAAAAGGCT
130 TACAAAGAATTCAAATTTCAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAAAAGGCT
1415 TTTGAAGG
195 TTTGAAGG
Statistics
Matches: 782, Mismatches: 100, Indels: 11
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
342 106 0.14
343 674 0.86
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (344 bp):
ATTTAAAACGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCCAATG
TATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
ACAAAGAATTCAAATTTCAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAAAAGGCTT
TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTATGTTTCT
CGAGATTGAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTGCAACTAAAAATCA
ATTATGGCATTATAAAACC
Found at i:1001 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 12--1422 Score: 1381
Period size: 514 Copynumber: 2.7 Consensus size: 511
2 AATTATGGCG
* *
12 TTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTT
* * * * *********
77 CTTACCAATGTTTGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTAAATTATANNNNNNNNNNA
66 CTTGCCAATGTTTGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGA-GTTGACATTCAATTATA-ATCTGTTTTA
* ** *
142 TCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAAAATAAAAGATTTAAAGTGAGTA
129 ACAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTA
* * * **
207 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCGTTTCCTT
193 ATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACAAATGCCGTTTCCTT
* * *
272 CAAGTTTCTTGACGTTGACAGTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAAT
258 CAAGTTTCTTCAAGTTAACAGTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAAT
*** * * * *
337 TTCAATAAATTTTGAGATTACAAAATCATTTAAAGTAAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
323 AAAAATAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
402 ACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGATTGAAAATTA
388 ACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGATTGAAAATTA
* * * **
467 ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AACTGCAACTAAAAATCAATTATGTTA
453 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAA-TGCAAATAAAAATAAATTATGAGA
*
525 TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTT
* * ** *
590 CTTGCCAATGTTTGTCTTTTTCTTTACGTTTTTTGATGTTGACATTCAACAATAATCTGTTTTGA
66 CTTGCCAATGTTTGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGA-GTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
655 CAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCACATTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
130 C-AAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCA-ATTTGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGT
* * * *
720 AAAAAAGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACAAATGCCTTTTTCT
192 AATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACAAATGCCGTTTCCT
* * * *
785 TTATGTTTC-TCAAGATTAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AACTTC
257 TCAAGTTTCTTCAAG-TTAACAGTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTC
* * * * *
847 AACTAAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTGAAGGAAT
319 AAATAAAAATAAATTATGAG-ATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * ** * *
911 GGGTGACTATAAACGGATTTTTCTTGCTAATATTTACCTTTTT-TTTCACGTTTCTTGAGGTTG-
383 GGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCGAGATTGA
** * * *** *
974 TCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTTACAAAGAATTCAAATTTCAATAAATTTTGAG
447 AAATT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATGCAAATAAAAATAAATTATGAG
1039 A
511 A
* * * * * * *
1040 TTGTAAAACCATTTAAAGTAAGTATTAAGGCGTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTT
**** * * *
1105 CTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGATTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
66 CTTGCCAATGTTTGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAG-TTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* ** * * **
1170 CCAAAAATGTA-AAA-AATTGCAACTAAAAATCAATTACG-GCATTATAAGATCATTTAAAACGA
130 -CAAAAATGTACAAAGAATT-CAAATTTAAATCAATT-TGAG-ATTATAA-AACATTTAAAGTGA
* * ** ** * * *** * * *
1232 GTAATGATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACGAACAGATTTTTCTTGCCAATGTATGTCTTTTT
190 GTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACAAATGCCGTTTC
* * * * * * *
1297 CTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTC-ATTGATCATCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATT
255 CTTCAAGTTTCTTCAAGTTAACAGTCAATT-ATAATCT-TTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATT
*** * * * ** *
1361 CAAATTTGAATCAATTTTGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGT-GAAAAGGCTTTTGAAGG
318 CAAATAAAAATAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAG-TAAGGCTTTTGAAGG
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 135, Indels: 44
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 1 0.00
513 174 0.24
514 349 0.47
515 210 0.28
516 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAACGGATTTTT
CTTGCCAATGTTTGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
AAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAATA
AAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACAAATGCCGTTTCCTTCAA
GTTTCTTCAAGTTAACAGTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATAAA
AATAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
ATAAACGGACTTTTCTTGCCAACAAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGATTGAAAATTAATT
ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATGCAAATAAAAATAAATTATGAGA
Done.