Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401435.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4563.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16041
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 3308 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:864 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 326--934 Score: 605
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
316 NNNNNNNNNN
* * *
326 TTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACACATGAATACCTTT-TTTCTCACGTT
1 TTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCA-ATGAATAGCTTTGTTT-GCACGTT
* ** * * * *
389 TCACAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATATAATTAAATTCAACTTAAAAT
64 TCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAAT
**********
454 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCT
128 CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* *
497 TTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCCTCAATGAATAGCTTTGTTTGCATGTTT
1 TTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTGTTTGCACGTTT
* * * *
561 CTCAAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGTTTGAAGAAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAAATC
65 CTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATC
*****************
626 AATTATGAGATTATAAAACAATTTANNNNNNNNNNNNNNNNN
129 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * *
668 NNTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTGTTTGCACG-TTC
1 TTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTGTTTGCACGTTTC
* * * *
732 TCAAGGGAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACTCAAAATTA
66 TCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
*
797 ATTATGAGATTATAAAACAATCTAAAGCGAGTAATAAGGCT
130 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
838 TTTAAAGAAATAGGTGTCTGTAAATGGACTTTTCTTCTCTATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTC
1 TTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTGTTTGCACGTTTC
903 TCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA
66 TCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTA
935 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 65, Indels: 14
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 134 0.37
171 222 0.61
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTGTTTGCACGTTTC
TCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
Found at i:1439 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1153--1473 Score: 335
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
1143 NNNAAGTGAG
* * *
1153 TAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCAATGAATAGTTCTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGACTAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTCAATGAATAGTTCTTTTT
* * * * *
1218 ACACGTTTTTCTAGATAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAATAT-AAAAAA-TTCA
66 ACACGTTTCTCAAGATAAGCATTCAATTATAGTCTATTTGAATAAAAAAATATAAAAAAAGAT-A
1281 ACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAAT
130 ACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAAT
* *
1313 TNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGAAGGACTAGGTGACTATAATTAGAGTTTTTTTCTCAATGAA
1 T----------AATAAGGCTTTTGAAGGACTAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTT-TCAATGAA
* * * * **
1378 TAGCTT-TTTTTGCACGTTTCTCAAGGTTAGCATTCATTTATAGTCTATTTGAA-CCAAAAATAT
55 TAG-TTCTTTTTACACGTTTCTCAAGATAAGCATTCAATTATAGTCTATTTGAATAAAAAAATAT
* *
1441 AAAAAAAGATAATTTAAAATGTATTATAAGATT
119 AAAAAAAGATAACTTAAAATGAATTATAAGATT
1474 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 18, Indels: 17
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
170 48 0.37
171 77 0.60
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
TAATAAGGCTTTTGAAGGACTAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTCAATGAATAGTTCTTTTT
ACACGTTTCTCAAGATAAGCATTCAATTATAGTCTATTTGAATAAAAAAATATAAAAAAAGATAA
CTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAAT
Found at i:3023 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1729--3122 Score: 1084
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 171
1719 NNNNNNNNNN
* * *
1729 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-TTTTTTTCTTGAATGAATA
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-TCAATGAATA
* * * * ** *
1793 G-TTTTTTTACACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCTATTATATTCT-TTTTAACCATAAATGTAAAA
65 GCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA
* * * *
1856 ACAATTCAACTTAAAATAAATTTTAAGATTATAAAATAATTTA
130 A-AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
* * *
1899 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-TAGACATGAA
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CA-ATGAA
* * ** * * * *
1961 T-GCCTTTTTTCT-CATGTTTCACGAGTTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATGT
63 TAG-CTTTTTT-TGCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * **
2024 AAAAAAATT-AACCTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACAATTNN
126 AAAAAAATTCAA-CTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
******** * * * *
2070 NNNNNNNNAATAAGGCTTTTCAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAGTAG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
*
2135 CTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
66 CTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAA
* *
2200 AAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTCTAAAACAATTTA
130 AAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
********** * * *
2242 AANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGACTGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATAG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
* * * **
2307 CTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAATCTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
66 CTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
* ********** * *
2372 AATTCAATTTNNNNNNNNNNATGAGTTTATAAAACTATTTA
131 AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
* ** *
2413 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACGTTTCTTCTCAATGAATAG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
* * * * *
2478 CTTTTTTTGTATGTTTTTTAAGGC-AGACATTGAATTACAGTCTGTTTTAACT-AAAAAT-TCAA
66 CTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGT-AA
* * * * * *
2540 AAAAATTTAATTTAAAGTTAATTTTGAGATTATAAAATAATTTA
128 AAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
* * * * * ** *
2584 AAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGAATGAGTTACTATAAATAAACTTCTCTTGC-CAATGAAT-
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATA
* * * *
2647 GTCTTTGTCTT-CATGTTTC-C-TGAG-ATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACT-ACAAAT
65 G-CTTT-TTTTGCATGTTTCTCAAG-GCA-AG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAAT
* ****
2707 GTAAAAAAATTCAACTTCAAA-GCAATTATGAGATTATAAAACAANNNN
124 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATG-AATTATGAGATTATAAAACAATTTA
****** * * **
2755 NNNNNNGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATACACTTTTCTTCTCAATGAATAG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
********** * * *
2820 CTTTTTTTGCATGNNNNNNNNNNCATGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAC
66 CTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
* * *
2885 AATTCAACTAAAAATGAATTATGAGATTCTAAAATAATTTA
131 AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
* * * * *
2926 AAGTGAATAATAATGCTTTTGAAGGACTGGGTAACTATAAATCGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
* ********** *
2991 CTTTTTTTACACT-TTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTNNNNNNNNNNAATATAAAA
66 CTTTTTTTGCA-TGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA
* *
3055 ACATTCAACTTAAAATGAACTATGAGATTATAAAACAATTTA
130 AAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
3097 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
3123 TTGNNNNNNN
Statistics
Matches: 961, Mismatches: 227, Indels: 71
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 8 0.01
170 57 0.06
171 709 0.74
172 182 0.19
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG
CTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTA
Found at i:4148 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3859--5408 Score: 1223
Period size: 170 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
3849 NNNNNNNNNN
* * * *
3859 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGCGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCCCAATGAATAGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAATGAATAGCTTT
* *
3924 TTTTGCACTTTTCTCAAGGTGGGCATTCAATTATAG-CTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACAA
66 TTTTGCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-AA
* * *
3988 TTCAACTTAAAATGCATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGT
129 TTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
* * * * * *
4031 AAATAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGAATATAAATGAAGTTTTCTTCACAATGAATAGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAATGAATAGCTTT
*
4096 TTTTGCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
66 TTTTGCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
* * *
4161 CTATTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGT
131 CAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
* * * * *
4202 GAGTAATAAAGTTTTTGAAGGAAAT-GGTGACTGTAAATGAACTTTT-TTC-CTAATGAGTAGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCAC-AATGAATAGCT
* ** ********** * *
4264 TTTTGTGCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAACTAAAAAAAAA
64 TTTTTTGCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
4329 TTTAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACAATTTAAAGT
129 TTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
* * ** * * *
4372 AAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTCCACAATGAGTAGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CACAATGAATAGCTT
* * * * * * ** * * * *
4436 TTTTTACACGTTTGTCTAGGCAAGCATTTTATTATAGT-TTTTTTAACCAGAAATGT-AAAAAAT
65 TTTTTGCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * *
4499 TAAACTTAAAATAAATTTTAAGATTATAAAATTATTTAAAGC
130 TCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
* * * * ** *
4541 GGGTAATAAGACTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAAAAGACTTTTCTT-ATACATGAAT-G-TC
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCACA-ATGAATAGCT-
* * * * ** * *
4603 TTCTTT-CTCATGTTACACGAGGTAAACATTTAATTATTA-TCTATTTTAACAAAAAATATAAAA
64 TTTTTTGCACAT-TT-CTCAAGGTAGGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA
********** *
4666 AAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGC
126 AAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
* * * *
4712 GAGTAATATGACTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTA-ATTGAATAGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-ACAATGAATAGCTT
* * * * * *
4776 TTTTTGCACATTTCTCAATGTAGGCATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAGAAATGT-AAAAAAT
65 TTTTTGCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
* *
4840 TAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGN
130 TCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
********* * * *
4882 NNNNNNNNNGGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAATGAATAGCTTT
* * * * *
4947 TTTTTCACGTTTGTCACA-GCAGGCATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATGA-AAACAAA
66 TTTTGCACATTTCTCA-AGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAA-AAA
******************** *
5010 ATTCAACTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAATTTAAAGC
128 ATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
* * * * *
5054 GAGTACTAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCTCAATGAATAGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAATGAATAGCTTT
* * *
5119 TTTTAC-CTGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAATATAAAAAAA
66 TTTTGCAC-ATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAA
* * * *
5183 TTTAACTTAAAAAGCAA-TATGAGATCATAAAACAATTTAAAGT
129 TTCAACTTAAAATG-AATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
********** * *
5226 GAGTAANNNNNNNNNNGAAGGATTGGGTGACTATAAAT-GACGTTTTCTTCACAATGAAAAGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCACAATGAATAGCTT
* *
5290 TTTTTGCACA-TTCTCAAGGTAGGCATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAA
65 TTTTTGCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AAA
* * * *
5354 TTCTATTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGT
129 TTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
5397 GAGTAATAAGGC
1 GAGTAATAAGGC
5409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1065, Mismatches: 278, Indels: 71
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 10 0.01
169 102 0.10
170 313 0.29
171 307 0.29
172 311 0.29
173 18 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAATGAATAGCTTT
TTTTGCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGT
Found at i:4316 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3860--5407 Score: 803
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 169
3850 NNNNNNNNNG
* * * * *
3860 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-GCGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCCCAATGAATAGCTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGAACTT-T-TTTCCAATGAGTAGCTTT
* * * *
3924 TTTTGCACTTTTCTCAAGGTGGGCATTCAATTATAG-CTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACAA
63 TTGTGCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-AA
* * * *
3988 TTCAACTTAAAATGCATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGTA
126 TTCTACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
* * * * * * *
4032 AATAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGAATATAAATGAAGTTTTCTTCACAATGAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTC-CAATGAGTAGCTTTT
*
4097 TTTGCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
64 TGTGCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
4162 TATTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTG
129 TACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
* *
4203 AGTAATAAAGTTTTTGAAGGAA-ATGGTGACTGTAAATGAACTTTTTTCCTAATGAGTAGCTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATA-GGTGACTATAAATGAACTTTTTTCC-AATGAGTAGCTTTT
** *********** * *
4267 TGTGCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAACTAAAAAAAAATT-
64 TGTGCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
* *
4331 TAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
129 T-ACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
* * * *
4373 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTCCACAATGAGTAGTTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTT-C-CAATGAGTAGCTTTT
* * * ** * * * ** * * * * *
4438 TTTACACGTTTGTCTAGGCAAGCATTTTATTATAGT-TTTTTTAACCAGAAATGT-AAAAAATTA
64 TGTGCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * ** **
4501 AACTTAAAATAAATTTTAAGATTATAAAATTATTTAAAGCG
129 TACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
* ** * * * * ** *
4542 GGTAATAAGACTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAA-AAGACTTTTCTTATACATGAAT-GTCTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGA-ACTTTT-TTCCA-ATGAGTAG-CTT
* * * * ** * *
4605 CTT-T-CTCATGTTACACGAGGTAAACATTTAATTATTA-TCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA
62 TTTGTGCACAT-TT-CCCAAGGTAGGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA
* ********** * * **
4667 AATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCG
124 AATTCTACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
* ** * * * * *
4713 AGTAATATGACTTTTGAAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAATTGAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTCCAA-TGAGTAGCTTTT
* * * * * * * * *
4778 TTTGCACATTTCTCAATGTAGGCATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAGAAATGT-AAAAAATTA
64 TGTGCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * **
4842 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGNN
129 TACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
******** * * * * * *
4883 NNNNNNNNGGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTC-CAATGAGTAGCTTTT
* * * ** * *
4948 TTTTCACGTTTGTCACA-GCAGGCATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATGA-AAACAAAA
64 TGTGCACATTTCCCA-AGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAA-AAAA
* ******************** * **
5011 TTCAACTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAATTTAAAGCG
126 TTCTACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
* * * * * *
5055 AGTACTAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCTCAATGAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTT-TTTTC-CAATGAGTAGCTTTT
* * * * *
5120 TTTAC-CTGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAATATAAAAAAAT
64 TGTGCAC-ATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAAT
* * * *
5184 T-TAACTTAAAAAGCAA-TATGAGATCATAAAACAATTTAAAGTG
127 TCT-ACTTAAAATG-AATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
********** * * **
5227 AGTAANNNNNNNNNNGAAGGATTGGGTGACTATAAATG-ACGTTTTCTTCACAATGAAAAGCTTT
1 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAAC-TTTT-TTC-CAATGAGTAGCTTT
* * * *
5291 TTTTGCACA-TTCTCAAGGTAGGCATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAAAT
63 TTGTGCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AAAT
* *
5355 TCTATTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTG
127 TCTACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
5398 AGTAATAAGG
1 AGTAATAAGG
5408 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1059, Mismatches: 273, Indels: 89
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 5 0.00
169 102 0.10
170 316 0.30
171 320 0.30
172 295 0.28
173 18 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTTCCAATGAGTAGCTTTTTG
TGCACATTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCTA
CTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTA
Found at i:4994 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3859--5408 Score: 1195
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 341
3849 NNNNNNNNNN
* * *
3859 GAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATGCGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCCCAATGAATAGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTT
* *
3923 TTTTTGCACTTTTCTCA-AGGTGGGCATTCAATTATAG-CTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAC
66 TTTTTGCACGTTTCTCACAGGTAGGCATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-
* * *
3986 AATTCAACTTAAAATGCATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTTTGAAG
129 AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
4051 GATTGGGTGAATATAAATGAAGTTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCCCAAGGT
194 GAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGGT
* * * ** *
4116 AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCTATTTAAAATGAATTATAA
258 AGGCATTCAATTATAGT-TTTTTTAACAAGAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATAA
*
4181 GATTATAAAATAATTTAAAGT
321 GATTATAAAATAATTTAAAGC
* * * * * *
4202 GAGTAATAAAGTTTTTGAAGGAAAT-GGTGACTGTAAATGAACTTTT-TTC-CTAATGAGTAGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-AATGAATAGCT
* * ********** * *
4264 TTTTGTGCATGTTTCT-NNNNNNNNNNATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAACTAAAAAAAA
65 TTTTTTGCACGTTTCTCACAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
* * * *
4328 ATTTAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTTGAAGG
130 ATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** * * * * * * * *
4393 AATAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTCCACAATGAGTAGTTTTTTTTACACGTTTGTCTAGGCA
195 AATGGGTGACTATAAATGGATTTTCTT-CACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGGTA
* ** * * *
4458 AGCATTTTATTATAGTTTTTTTAACCAGAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATAAATTTTAAGAT
259 GGCATTCAATTATAGTTTTTTTAACAAGAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATAAGAT
*
4523 TATAAAATTATTTAAAGC
324 TATAAAATAATTTAAAGC
* * ** *
4541 GGGTAATAAGACTTTT-AAAGAAATGGGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTAT-ACATGAAT-GTC
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCA-ATGAATAG-C
* * * ** * *
4603 TTCTTTCT-CATG-TT-ACACGAGGTAAACATTTAATTATTA-TCTATTTTAACAAAAAATATAA
64 TT-TTTTTGCACGTTTCTCAC-AGGTAGGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAA
********** * ** * *
4664 AAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTG
126 AAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG
* *
4729 AAGCAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTA-ATTGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCA
191 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTC-ACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCA
* *
4793 ATGTAGGCATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAGAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTA
254 AGGTAGGCATTCAATTATAGTTT-TTTTAACAAGAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTA
* *
4858 TGAGATTATAAAATAATTTAAAGN
318 TAAGATTATAAAATAATTTAAAGC
********* *
4882 NNNNNNNNNGGCTTTTGAAAG-ATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTT
* * * *
4946 TTTTTTCACGTTTGTCACA-GCAGGCATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATGA-AAACAA
66 TTTTTGCACGTTTCTCACAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAA-AA
******************** * ** * *
5009 AATTCAACTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTAAAG
129 AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
5074 GAATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTAC-CTGTTTCTCAAGG
194 GAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCAC-ATTTCTCAAGG
* * * * * *
5138 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAAGCAA-TA
257 TAGGCATTCAATTATAGT-TTTTTTAAC-AAGAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAAATG-AATTA
* * * *
5202 TGAGATCATAAAACAATTTAAAGT
318 TAAGATTATAAAATAATTTAAAGC
********** * * * *
5226 GAGTAANNNNNNNNNNG-AAGGATTGGGTGACTATAAAT-GACGTTTTCTTCACAATGAAAAGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCTCAATGAATAGCT
* * *
5289 TTTTTTGCAC-ATTCTCA-AGGTAGGCATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACA
65 TTTTTTGCACGTTTCTCACAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-A
* * * *
5352 AATTCTATTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
129 AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
5409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 937, Mismatches: 233, Indels: 74
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 7 0.01
339 75 0.08
340 176 0.19
341 263 0.28
342 195 0.21
343 123 0.13
344 96 0.10
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTT
TTTTTGCACGTTTCTCACAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
TTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACTATAAATGGATTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGGTAGG
CATTCAATTATAGTTTTTTTAACAAGAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATAAGATTA
TAAAATAATTTAAAGC
Found at i:7295 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 7010--7341 Score: 421
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
7000 AAATTCAACT
* *
7010 TAAAATGAATTATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGCGAGTACTAAGGGTTTTGAAGCAATAGGTG
1 TAAAATGAATTATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTG
* * *
7075 ACTATAAATGGACTTCTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTGAAGGTAAGCATTCA
66 ACTATAAATGCACTTCTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGGTAAGCATTCA
* *
7140 ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAA
131 ATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATATAAAA
* * * *
7171 NNNNNNNNNNTAAAATGCATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAA
1 ----------TAAAATGAATTATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
7236 GGATTGGGTGACTATAAATGCAGTTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGG
56 GCAATAGGTGACTATAAATGCACTTCTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGG
*
7301 TAGGCATTCAATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATATAAAA
121 TAAGCATTCAATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATATAAAA
7342 AAATCTATTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 17, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 144 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TAAAATGAATTATGAGATTAGAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTG
ACTATAAATGCACTTCTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGGTAAGCATTCA
ATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATATAAAA
Found at i:8404 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7926--8849 Score: 782
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 168
7916 NNNNNNNNAA
* * *
7926 CATTCAATTATAGTCTATTTT---AATAAA--AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTA
* * *
7986 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTT
66 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
8051 CTCAATGAATTGCTTTTTTTGT-AC-TGTTGTCAAGGCAGG
130 CTCAATGAATAG-TTTTTTTTTCACAT-TTCTCAAGGCAGG
* * *
8090 CATTCAATTATTGTCTGCTTTAACAAAAAATTAAAAAACAATTCTACTTAAAATGAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATT--AAAA-AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGA
* * ********** *
8155 TTATAAAA-AACTTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATANNNNNNNNNNAATGGACTTC
63 TTATAAAACAA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
*
8219 TCTTCTCAATGAATAGTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGTAGG
126 TCTTCTCAATGAATAGTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGCAGG
*
8262 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATGCATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-TAAA-AAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
* * * * * *
8327 CATAAAACAATTTGAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGAATTGGGTGACTATAAATGAAGTTTTC
64 TATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
8392 TTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTCTCAAGGCAAG
128 TTCTCAATGAATAGTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGCAGG
* * * * * * *
8433 CATTCAATTTTAGCCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAAATCCTATTTAAAATGAATTATAAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-T-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
********** *
8498 TATAAAACAATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTTTGAAGGAA-ATGGTGACTATAAATGAACTTTT
64 TATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAATA-GGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * ** *
8562 -TTCCCAATGAGTAACTTTTTGTGT-ATGTTTCTCAAGGCAGA
127 CTTCTCAATGAAT-AGTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGCAGG
* * *
8603 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAACTAAAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-TAAAA-AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
* *
8668 TATAAAATAATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GAGTGACTATAAATGGA-TTTG
64 TATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTT-
* * * * * * * *
8731 TTTTCCTCAATCAAT-GGTTTTTTTACCCGTTTCTCTAGGCAAG
126 TCTT-CTCAATGAATAGTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGCAGG
** * * * *
8774 CATTTGATTATAGTCT-TTTTAACTATAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAAATT-TTAGGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-TAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA-GAT
8837 TATAAAACAATTT
64 TATAAAACAATTT
8850 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 601, Mismatches: 131, Indels: 51
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 18 0.03
167 5 0.01
168 2 0.00
169 42 0.07
170 138 0.23
171 250 0.42
172 144 0.24
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTA
TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
TCAATGAATAGTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGCAGG
Found at i:8703 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 7951--8849 Score: 881
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 334
7941 TATTTTAATA
*
7951 AAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
8016 TTGAAGGACTAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATTGCTTTTTTTGTACTGTTGT
66 TTGAA-GAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTCTCAATGAA-TGCTTTTTTTGCACT-TTCT
* *
8081 CAAGGCAGGCATTCAATTATT-GTCTGCTTTAACAAAAAATTAAAAAACAATTCTACTTAAAATG
127 CAAGGCAAGCATTCAATT-TTAGTCT-TTTTAACAAAAAATT--AAAA-AATTCTACTTAAAATG
* **********
8145 AATTATGAGATTATAAAA-AACTTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATANNNNNNNNNN
187 AATTATAAGATTATAAAACAA-TTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATA
* * * * * * *
8209 AATGGACTTCTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATA
251 AATGAACTTCTCTTCCCAATGAATACTTTTTGTGTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
8274 GTCTGTTTTAACAAAAAAT
316 GTCTGTTTTAACAAAAAAT
* * * * * * *
8293 GTAAACAAATTCAACTTAAAATGCATTATGAGATCATAAAACAATTTGAAGTGAGTAATAAGACT
1 -AAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* *
8358 TTTGAAGAATTGGGTGACTATAAATGAAGTTTTCTTCACAATGAATAGCTTTTTTTGCACATTTC
65 TTTGAAGAA-TGGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTTTGCAC-TTTC
* * *
8423 TCAAGGCAAGCATTCAATTTTAGCCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAAATCCTATTTAAAATGA
126 TCAAGGCAAGCATTCAATTTTAGTCT-TTTTAACAAAAAAT-T-AAAAAATTCTACTTAAAATGA
* **********
8488 ATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTTTGAAGGAA-ATGGTGACTATAA
188 ATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATA-GGTGACTATAA
* * **
8552 ATGAACTT-TTTTCCCAATGAGTAACTTTTTGTGT-ATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
252 ATGAACTTCTCTTCCCAATGAAT-ACTTTTTGTGTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
*
8615 GTCTGTTTTAACAAAAACT
316 GTCTGTTTTAACAAAAAAT
* *
8634 AAAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGACTAATAAGGCT
1 AAAAAA-AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
8699 TTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGATTTGTTTTCCTCAATCAATGGTTTTTTTACCCGTTTC
65 TTTG-AAGAATGGGTGACTATAAATGGATTT-TCTT-CTCAATGAATGCTTTTTTTGCAC-TTTC
* ** * * * * *
8764 TCTAGGCAAGCATTTGATTATAGTCTTTTTAACTATAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAAAT
126 TCAAGGCAAGCATTCAATTTTAGTCTTTTTAACAAAAAAT-TAAAAAATTCTACTTAAAATGAAT
* *
8829 TTTAGGATTATAAAACAATTT
190 TATAAGATTATAAAACAATTT
8850 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 89, Indels: 28
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 38 0.08
340 20 0.04
341 164 0.36
342 85 0.19
343 146 0.32
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
AAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTTTGCACTTTCTCAAG
GCAAGCATTCAATTTTAGTCTTTTTAACAAAAAATTAAAAAATTCTACTTAAAATGAATTATAAG
ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTC
TCTTCCCAATGAATACTTTTTGTGTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
ACAAAAAAT
Found at i:9859 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9336--10438 Score: 598
Period size: 170 Copynumber: 6.5 Consensus size: 169
9326 NNNNNGTAGG
* * * * * * *
9336 CATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTTAAATTAATTATGAGT
1 CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACTAAAAAT-T-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGA
* * * * * *
9400 TTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTTGAAGGAATGGGTGACCAGAAATGGACTTT
63 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGA-TTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
********** * * *
9464 TCTT-CTNNNNNNNNNNCTTTTT-TTGCACGTTT-CTCAAGGCAAG
127 TCTTGC-CAATGAATACCTTTTTCTT-CATGTTTACT-AAGGTAAA
* *
9507 CATTCAATTA-TAGTATGTTTTAACTAGAAATTCAAAAAAATTT-ACTTAAAATCAATTTTGGGA
1 CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACTAAAAATT--AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGA
* * * ** *
9570 TTATAAAATAATTTAAAGCGAATAATAAGAATTTTAAGGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT
63 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
9635 CTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCGTGTTTCCTAATGTAGA
128 CTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGTAAA
* *
9677 CATTAAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGAT
1 CATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAT-TAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGAT
* * * * * ***
9742 TATCAAACAATATAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAATAATGGGTGACTATAAATGGAGTTNNN
64 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
******* * * * *
9807 NNNNNNNTGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTATTGAGGTAAA
129 TTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGTAAA
* * * * *
9848 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACGAAAAATTTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 CATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAA-TTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATT
* * * * * *
9913 AAAAAACAATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAACTGGACTTTTCT
65 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * **
9978 T-CTTAATGAATAGCTTTTT-TTGCACGTTT-CTTAGAGTATG
130 TGC-CAATGAATACCTTTTTCTT-CATGTTTACTAAG-GTAAA
* ** * ** * * *
10018 CATTTAATTACAATCTGTTTGAA-TAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTATCATGAATTATGAG
1 CATTCAATTATTATCTGTTTTAACT-AAAAAT-T--AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGG
* * * *
10082 ATTAAAAAAAAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATTGGGTGACTATAAATGGACTA
62 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAGAA-TGGGTGACTATAAATGGACT-
* * * *
10146 TTT-TT-CTCAATAAATAGCTTTTT-TTGCACGTTT-CTCAAGGTAAG
125 TTTCTTGC-CAATGAATACCTTTTTCTT-CATGTTTACT-AAGGTAAA
* ******* * * * * *
10190 CATTCAATTA-TAGTCTATTTTAA-TNNNNNNNNNNAAATAATTCAATTTAAAATCAA-TTAGAA
1 CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACT---AAAAATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTG-G
* * * * * *
10252 GATTATAAAACAAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATGAACTT
61 GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * **
10317 TT-TT-CTTAATGAGTAACTTTTTCTGCATGTTT-CTCCAGGCAGG
126 TTCTTGC-CAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTACT-AAGGTAAA
* * * * ** *
10360 CATTTAATTA-TATTCTGTTTTAAC-AAAAAATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACGAGATT
1 CATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATT
10423 ATAAAACAATTTAAAG
65 ATAAAACAATTTAAAG
10439 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 732, Mismatches: 172, Indels: 60
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 39 0.05
168 2 0.00
169 10 0.01
170 290 0.40
171 252 0.34
172 134 0.18
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTA
TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGTAAA
Found at i:10037 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9235--10576 Score: 955
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
9225 NNNNNNNNNN
* * * *
9235 AACAATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAGGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
* ********** * *
9300 AATGAATAGCTTTTTTTACATNNNNNNNNNNGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
66 AATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
* * * * *
9365 ATGTAAAAAAATTTAATTTTAAATTAATTATGAGTTTATTA
131 AT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
9406 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACCAGAAATGGACTTTTCTTCTN
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
********* * * * *
9471 NNNNNNNNNCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAGAA
66 AATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
* *
9536 ATTCAAAAAAATTT-ACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAA
131 ATT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** *
9576 AATAATTTAAAGCGAATAATAAGAATTTT-AAGGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* * * * *
9640 -CAATGAATACCTTTTTCTT-CGTGTTTC-CTAATGT-AGACATTAAATTATTA-TCTATTTTAA
64 TCAATGAATAGCTTTTT-TTGCATGTTTCTC-AAGGTAAG-CATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA
* * * *
9700 CTAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATCA
125 CTAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** * ********
9747 AACAATATAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAATAATGGGTGACTATAAATGGAGTTNNNNNNNN
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
** * * ** * * *
9812 NNTGAAT-GCCTTTTTTTTCATGTTTATTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACGAAA
66 AATGAATAG-CTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA
* * *
9876 AATTTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAA
130 AATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
9917 AACAATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAACTGGACTTTTCTTCTT
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
* * * * * * *
9982 AATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCT-TAGAGTATGCATTTAATTACAATCTGTTTGAA-TAAA
66 AATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAG-GTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AA
** * *
10045 AAATGTAAAAAAAATTTAACTTATCATGAATTATGAGATTAAAA
129 AAAT-T-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
10089 AAAAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATTGGGTGACTATAAATGGACTATTT-TTC
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTC
* * *
10152 TCAATAAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TNN
64 TCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT--
******** * * *
10216 NNNNNNNNAAATAATTCAATTTAAAATCAATTA-GAAGATTATAA
127 AAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAA
* * * *
10260 AACAAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTCTT
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
* * * * * * * *
10324 AATGAGTAACTTTTTCTGCATGTTTCTCCAGGCAGGCATTTAATTATATTCTGTTTTAAC-AAAA
66 AATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
* * *
10388 AATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
131 ATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*********** * * * *
10427 AACAATTTAAAGTNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATAGACTTTT-TCCCG
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCT
* * * * * * * *
10491 CAATGAAT-G-ATTTTTTACATGTTTCTCGAGGTACGCATT-GATTATAGGCT-TTTTAACCATA
65 CAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA
*
10552 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
130 AAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAAT
10577 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 908, Mismatches: 230, Indels: 70
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 7 0.01
165 12 0.01
166 32 0.04
167 82 0.09
168 13 0.01
169 7 0.01
170 306 0.34
171 307 0.34
172 137 0.15
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
AATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAA
ATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
Found at i:10199 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 9235--10439 Score: 944
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 338
9225 NNNNNNNNNN
* * * * * *
9235 AACAATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAGGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTT
* * ********** * * **
9300 AATGAATAGCTTTTTTTACATNNNNNNNNNNGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
66 AATGAATAACTTTTTTTGCATGTTTCTTAGAGTA-GCATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * * * * * *
9365 ATGTAAAAAAATTTAATTTTAAATTAATTATGAGTTTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGA
130 AT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* ** * * **********
9430 CTTTTGAAGGAATGGGTGACCAGAAATGGACTT-TTCTTCTNNNNNNNNNNCTTTTTTTGCACGT
194 CTTTTAAAATAATGGGTGACTATAAATGGACTTATT-TTCTCAATAAATGCCTTTTTTTGCACGT
* * * * *
9494 TTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAGAAATTCAAAAAAATTTACTTAAAAT
258 TTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATT-AAAAAAATTAACTTAAAAT
* *
9559 CAATTTTGGGATTATAA
322 CAATTATGAGATTATAA
* * **
9576 AATAATTTAAAGCGAATAATAAGAATTTT-AAGGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-C
* * * * * * *
9640 -CAATGAATACCTTTTTCTT-CGTGTTTCCTA-ATGTAGACATTAAATTATTATCTATTTTAACT
64 TTAATGAATAACTTTTT-TTGCATGTTTCTTAGA-GTAG-CATTTAATTATAATCTGTTTTAA-T
* * * * * *
9702 -AAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATCAAACAATATAAAGCGAGTAA
125 AAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAA
* * ********** * *
9766 TAAGGGTTTTAAAATAATGGGTGACTATAAATGGAGTTNNNNNNNNNNTGAATGCCTTTTTTTTC
189 TAAGGCTTTTAAAATAATGGGTGACTATAAATGGACTTATTTTCTCAATAAATGCCTTTTTTTGC
* * ** * * *
9831 ATGTTTATTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACGAAAAATTTAAAAAATTAAACTTA
254 ACGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATTAAAAAAATT-AACTTA
*
9896 AAATCAATTATGAGATTAAAA
318 AAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
9917 AACAATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAACTGGACTTTTCTTCTT
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTT
* * * *
9982 AATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTTAGAGTATGCATTTAATTACAATCTGTTTGAATAAAAA
66 AATGAATAACTTTTTTTGCATGTTTCTTAGAGTA-GCATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
** * * *
10047 ATGTAAAAAAAATTTAACTTATCATGAATTATGAGATTAAAAAAAAATTTAAAGTGAGTAATAAG
130 AT-T-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAG
*
10112 GCTTTTAAAGA-ATTGGGTGACTATAAATGGAC-TATTTTTCTCAATAAATAG-CTTTTTTTGCA
193 GCTTTTAAA-ATAATGGGTGACTATAAATGGACTTA-TTTTCTCAATAAAT-GCCTTTTTTTGCA
* ********** * *
10174 CGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATNNNNNNNNNNAAATAATTCAATTTA
255 CGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CGAAAAATTAAAAAAATT-AACTTA
10239 AAATCAATTA-GAAGATTATAA
318 AAATCAATTATG-AGATTATAA
* *
10260 AACAAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTCTT
1 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTT
* * * * * *
10324 AATGAGTAACTTTTTCTGCATGTTTCTCCAG-GCAGGCATTTAATTATATTCTGTTTTAACAAAA
66 AATGAATAACTTTTTTTGCATGTTTCT-TAGAGTA-GCATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
* *
10388 AA-TAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
129 AATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
10440 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 678, Mismatches: 165, Indels: 45
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 35 0.05
339 7 0.01
340 15 0.02
341 348 0.51
342 187 0.28
343 86 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTT
AATGAATAACTTTTTTTGCATGTTTCTTAGAGTAGCATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
TTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTTAAAATAATGGGTGACTATAAATGGACTTATTTTCTCAATAAATGCCTTTTTTTGCACGTTTC
TCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATTAAAAAAATTAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAA
Found at i:11318 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10684--11322 Score: 571
Period size: 172 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
10674 NNNNNAGTTG
* * *
10684 AATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTTAGAAATGTGCAAAA
1 AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTTAGAAATGTGCAAAA
** * * * * *
10749 AAAGCTATTCATT-ATGAAGAAACCTTCATTTAAAGACACCTAATCCTTCGAAAGCCTTATCACT
66 AAAGCTATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
10813 CACTTTAAATTATTTTATCATCTCATAATGCATTTTAAGTTG
130 CACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTA
* *
10855 AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACACACTATAATTGAATGCCTACCTTTAGAAACGTGCAACA
1 AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTTAGAAATGTGCAA-A
* ********** *
10920 AAAAGCTATTCATTGAGAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTNNNNNNNNNNAAGCCTTAGTACT
65 AAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
10985 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTA
130 CACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTA
* * * *** * * * *
11027 AATTTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGCATGGGTTGACAAATATGGAAA
1 AATTTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTTAGAAATGTGCAAA
* * ********** *
11092 AAAAGCTATTTAATGAGAAGAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTTAAAAGCCTTATTACT
65 AAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *******
11157 CACATTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTCATTTNNNNNNN
130 CACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTA
*** * * * * * * *
11199 NNNTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAATAAACTATAATTGAAAGCCTGCATTAAGAAATGTGCAAAA
1 AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTTAGAAATGTGCAAAA
* * *
11263 AAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
66 AAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTAT
11323 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 97, Indels: 7
0.78 0.21 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 87 0.24
171 58 0.16
172 181 0.49
173 42 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTTAGAAATGTGCAAAA
AAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTA
Found at i:12027 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11362--12202 Score: 781
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
11352 NNNNNNCGTA
* * * * * * *
11362 AAACGTG-AGAAAAAAGAC-ATTCATGTGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTTCTTTAA
1 AAACGTGCA-AAAAAAG-CTATTCAT-TGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAAATCCTTCAA
* * * * * *
11425 AAGCCTTATTACCCGCTTTAAATTGTTCTATAATC-CTAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTG
63 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTC-ATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * ** * * *
11489 CA-TTTATGGTTAAAA-AGACTATAATCAAATGCTTGCC-CAGAG
127 CATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTA-AG
** * * * *
11531 AAACGTGTGAAAAAA-CCATTCATTGAGGAA-AAAA-ATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 AAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATT--GGAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCAAATCCTTCAA
********** *
11593 AANNNNNNNNNNTCACTTTCAATTGTTTTATAATCTCATAA-TCAATTTTAAGTTGAATTTTTT-
63 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTC-ATTTTAAGTTGAATTTTTTA
** * *
11656 TTTTGTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAG
127 CATT-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAG
* * * * **
11701 AAACATGCACAAAAAGCTACTCATTAGGAA-AAAAGTTCATTTATAGTAACCATGTCCTTCAAAA
1 AAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATT-GGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAAATCCTTCAAAA
* * ** * * *
11765 GCCTTATTAATCACTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTTGTTTTAAATAGAATGTTTTTATA
65 GCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA
* * * *
11830 -TTTTTTATTGAAACAGACTGTAATTGAATGCCTACCTTGAG
129 TTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAG
* * *
11871 AAATGTGTAAAAAAAGCTATTCATTGTGAAGAAAACTTCATTTATAGTCACCAAATCCTTCAAAA
1 AAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAAATCCTTCAAAA
* *
11936 GCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAATGCATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
65 GCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
* *
12001 TTTTTTGTTAAAACACACTATAATTGAATGCCTATCTTAAG
130 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAG
* * * * *
12042 AAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA
1 AAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATT-GGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAAATCCTTCAAAA
* * *
12107 GCCTTAATACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTTC
65 GCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA--TTTTTTAC
*
12172 ATTTTTTTGTTAAAGCAGACTATAATTGAAT
128 ATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
12203 ACATGCCTTG
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 106, Indels: 40
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 75 0.14
169 28 0.05
170 164 0.30
171 236 0.43
172 1 0.00
173 36 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAAATCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT
TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAG
Found at i:13314 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 12962--13639 Score: 801
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
12952 CATTAAGGAA
* * *******
12962 AAAAATTCATTTATAATCGCCT-ATTCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTNNNNNNN
1 AAAAATTCATTTATAATCACCTAATAC-TTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT
*** * * *
13026 NNNCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTAGTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATTGAAT
64 CATCTCATAATGAATTTTAAGTTGAATTTATTTTTAGTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** *
13091 GTCTACCTTCAGAAACATGCACAAAAA-TCTACTCATTGA-AAAAAAAGT-TCATTTATAGTCAC
129 ACCTACCTTCAGAAACATGCAAAAAAAGT-TACTCATTGAGAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCA-
* * * * * * *
13153 CAT-TTCCTTCAAAAGTCTTATTACAAACTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAA
191 CATATTCCTTCAAAAGCCTAAGTACAAACATTAAAATATTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAA
* * *
13217 TAGAATTTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTCCCTTGAG-AAGGTGCA
256 TAGAATTTTTTTATATATTTTCTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTCCATTGAGAAAGGTGCA
*
13281 AAAAAATCTATTCATTGTGATG
321 AAAAAAGCTATTCATTGTGATG
* *
13303 AAAACTTCATTTATAGTCACCTAATACTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATCA
1 AAAAATTCATTTATAATCACCTAATACTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATCA
** *
13368 TCTCATAATGCGTTTTAAGTTGAATTTATTTTTATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATAC
66 TCTCATAATGAATTTTAAGTTGAATTTATTTTTAGTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATAC
* ** * * * *
13433 CTACCTTGAGAAATGTGCAAAAAAAGTTATTCATTGAGAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACTTAT
131 CTACCTTCAGAAACATGCAAAAAAAGTTACTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACATAT
*** * * * *
13498 TCCTTCAAAAGCCTAAGTACTCGCATTAAAATGTTTTCTAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAA
196 TCCTTCAAAAGCCTAAGTACAAACATTAAAATATTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAATAGAA
* * * *
13563 TTTTTTTTTATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCATTGAGAAATGTGCAAAAAA
261 TTTTTTTATATATTTTCTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTCCATTGAGAAAGGTGCAAAAAA
13628 AGCTATTCATTG
326 AGCTATTCATTG
13640 AGAAAAAAAG
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 52, Indels: 11
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 114 0.41
341 138 0.49
342 27 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
AAAAATTCATTTATAATCACCTAATACTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATCA
TCTCATAATGAATTTTAAGTTGAATTTATTTTTAGTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATAC
CTACCTTCAGAAACATGCAAAAAAAGTTACTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACATAT
TCCTTCAAAAGCCTAAGTACAAACATTAAAATATTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAATAGAA
TTTTTTTATATATTTTCTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTCCATTGAGAAAGGTGCAAAAAA
AGCTATTCATTGTGATG
Found at i:13544 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12897--13662 Score: 781
Period size: 170 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
12887 TACATTTATG
** * * * * * *
12897 GTTAAAA-AGACTATAATCAAATGCTTACC-TAATGAAACGTGTAAAAAAAACTATTCATTAAGG
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGA-GAAATGTGCAAAAAAATCTATTCATTGA-G
* * * *****
12960 AAAAAAA-TTCATTTATAATCGCCTATTCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTNNNNN
64 AAAAAAAGTTCATTTATAGTC-ACTATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTT
***** * *
13024 NNNNNCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTAGTTTTT
127 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTT
* * * ** * *
13068 GTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGCACAAAAATCTACTCATTGA-AA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGCAAAAAAATCTATTCATTGAGAA
* * ** *
13132 AAAAAGTTCATTTATAGTCACCATTTCCTTCAAAAGTCTTATTACAAACTTTAAATTATTTTATA
66 AAAAAGTTCATTTATAGTCACTA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
* * * * *
13197 ATCTTATAATTCATTTTAAATAGAATTTTTTTATATATTTT
130 ATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTT
* * * *
13238 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTCCCTTGAG-AAGGTGCAAAAAAATCTATTCATTGTGAT
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGCAAAAAAATCTATTCATTGAGAA
* * * * * *
13302 GAAAACTTCATTTATAGTCACCTAATACTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATC
66 AAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
* * *
13367 ATCTCATAATGCGTTTTAAGTTGAATTTATTTTTATTTTTT
130 ATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTT
*
13408 GTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTACCTTGAGAAATGTGCAAAAAAAGT-TATTCATTGAGA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGCAAAAAAA-TCTATTCATTGAGA
* * * * * * * *
13472 AGAGAAG-TCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTAAGTACTCGCATTAAAATGTTTTC
65 AAAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
*
13536 TAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTT
128 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTT
* * * * *
13579 CTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCATTGAGAAATGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAA
1 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGCAAAAAAATCTATTCATTGAGAA
*
13644 AAAAAGTCCATTTATAGTC
66 AAAAAGTTCATTTATAGTC
13663 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 95, Indels: 24
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.04
170 219 0.45
171 205 0.42
172 41 0.08
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGCAAAAAAATCTATTCATTGAGAA
AAAAAGTTCATTTATAGTCACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAA
TCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTT
Found at i:14449 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 14229--14557 Score: 324
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
14219 AAGCCTTATT
* * * * * * *
14229 ACTCACTTTAAACTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTCCATTTTTTAT
1 ACTCACTTTAAACTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGATGAATTTGTTTACATTTTTGAC
* * *
14294 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTTG-ACAAACGTGCA-AAAAAAG-CTATTCAT-TAAA
66 TAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTAGTA-AAACGTG-AGAAAAAAGAC-ATTCATGT-AA
14355 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAA
* * *
14390 ANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTACGATGAATTTTTTTA
1 A----------CTCACTTTAAACTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGATGAATTTGTTTA
* * **
14455 CATTTTTGGCTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTAGTAAAACGTGAGAAAAAAGACATTC
56 CATTTTTGACTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTAGTAAAACGTGAGAAAAAAGACATTC
** *
14520 ATGTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
121 ATGTAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTT
14558 TAAAAGCCTT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 20, Indels: 18
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
170 1 0.01
171 129 0.96
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
ACTCACTTTAAACTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGATGAATTTGTTTACATTTTTGAC
TAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTAGTAAAACGTGAGAAAAAAGACATTCATGTAAAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAA
Found at i:15546 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 14843--16040 Score: 937
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 338
14833 NNNNNNNNNN
* * * *
14843 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGATT
1 AATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAAT
* * * * *
14908 GCTTACCTCATGAAACGTGAGAAAAAAGATATTCATATGTAAACAAAGTTCATTTCTAGTCACCC
65 GTTTACCTCATGAAACGTGAGAAAAAAGACATTCATATGTAAACAAAGTCCATTTATAGCCACCC
* * *
14973 ATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAAGTTGA
130 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
15038 ATTGTTTTACATTTATAGTTAAAAAGACTATAATCAAATGCTTGCCTCGAGAAACGTGTAAAAAA
195 ATTGTTTTACATTTATAGTTAAAAAAACTATAATCAAATGCCTACATCGAGAAACATATAAAAAA
* * * **
15103 ACCATTCATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTTATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
260 ACCATTCATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCAGTCATTCAAAAGCCTTATTAAACACT
*
15168 TTAAATTGTTTTAT
325 TTAAATCGTTTTAT
**********
15182 AATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAAT
1 AATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAGACAATAATTGAAT
** * *
15247 GTTTTTCTCATGAAACGTGAGAAAAAAGGCATTCATGTGTAAGA-AAAGTCCATTTATAGCCACC
65 GTTTACCTCATGAAACGTGAGAAAAAAGACATTCATATGTAA-ACAAAGTCCATTTATAGCCACC
********** * *
15311 CATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTT
129 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT-GTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * ** *
15376 GAGTTTTTTTACATCTT-TAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACATTGAGAAACATATAA
193 GAATTGTTTTACAT-TTATAGTTAAAA-AAACTATAATCAAATGCCTACATCGAGAAACATATAA
* * ** *
15440 AAAAACTATTCATTGAGAAGAAAGGTCCATTTATAGTCA-CCTAGTCATTCAAAAGTCTTATTAA
256 AAAAACCATTCATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTCATCC-AGTCATTCAAAAGCCTTATTAA
15504 ACACTTTAAATCGTTTTAT
320 ACACTTTAAATCGTTTTAT
* * *
15523 AATCTCATAAGTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 AATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TTGTTAAAATAGACAATAATTGAAT
* * * ******** *
15588 GTATACCATGA-GAAACATGTA-AAAAAAG-C-TNNNNNNNNNNAAGA-AAAGTCCATTTATAGT
65 GTTTACC-TCATGAAACGTG-AGAAAAAAGACAT--TCATATGTAA-ACAAAGTCCATTTATAGC
* * * ** * *
15648 CACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TAAACTTTAAATTATTTTATAATCT-AATAATTCATTT
125 CACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATT-GTTTATAATCTCAA-AATTGATTT
* ** * ** * * * *
15711 TAAGTTGAATTGTTTTATATATT-TTTTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAAAAAC
187 TAAGTTGAATTGTTTTACAT-TTATAGTTAAAA-AAACTATAATCAAATGCCTACATCGAGAAAC
* * ********** * ** *
15775 ATGTAAAAAAAGCTATTCATNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCGCCCATTTC-TTCAAAAGCC
250 ATATAAAAAAA-CCATTCATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCA-GTCATTCAAAAGCC
** * *
15839 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
313 TTATTAAACACTTTAAATCGTTTTAT
* ** * * * * * *
15865 AATCTTATACTTGATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGATT
1 AATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAGACAATAATTGAAT
* * * * * * * *
15930 ATTTACCTCGTGGAAGGTGAGAAAAAAGACATTCATATGTAAGA-AAAGTACATTTATTGTCATC
65 GTTTACCTCATGAAACGTGAGAAAAAAGACATTCATATGTAA-ACAAAGTCCATTTATAGCCACC
15994 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
129 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTATAATCT
16041 T
Statistics
Matches: 670, Mismatches: 166, Indels: 43
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.01
339 124 0.19
340 52 0.08
341 296 0.44
342 186 0.28
343 6 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATG
TTTACCTCATGAAACGTGAGAAAAAAGACATTCATATGTAAACAAAGTCCATTTATAGCCACCCA
TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
TTGTTTTACATTTATAGTTAAAAAAACTATAATCAAATGCCTACATCGAGAAACATATAAAAAAA
CCATTCATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCAGTCATTCAAAAGCCTTATTAAACACTT
TAAATCGTTTTAT
Found at i:16041 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14843--16040 Score: 913
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 169
14833 NNNNNNNNNN
* * *
14843 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGA-TAATAATTGAT
1 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACT-ATAATTGAA
* * *
14907 TGCTTACCTC-ATGAAACGTGAGAAAAAAGATATTCATATGTAA-ACAAAGTTCATTTCTAGTCA
65 TGCTTACCTCGA-GAAACGTGA-AAAAAAGACATTCAT-TGTAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCA
* *
14970 CCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTAT
126 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * * **
15013 AATCTTAAAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATAGTTAAAA-AGACTATAATCAAAT
1 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAAT
* * * * * * *
15077 GCTTGCCTCGAGAAACGTGTAAAAAAA-CCATTCATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTTATCC
66 GCTTACCTCGAGAAACGTG-AAAAAAAGACATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
15141 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
********** * * *
15182 AATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAAT
* ** * *
15247 GTTTTTCTC-ATGAAACGTGAGAAAAAAGGCATTCATGTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
66 GCTTACCTCGA-GAAACGTGA-AAAAAAGACATTCAT-TGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
********** *
15311 CATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTAT
128 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * * *
15353 AATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATCTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
15418 GCCTACATTGAGAAACAT-ATAAAAAA-ACTATTCATTGAGAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACC
66 GCTTACCTCGAGAAACGTGA-AAAAAAGAC-ATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * ** * *
15481 TAGTCATTCAAAAGTCTTATTAAACACTTTAAATCGTTTTAT
128 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * *
15523 AATCTCATAAGTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTAGTTAAAATAGACTATAATTGAA
* *******
15587 TG-TATACCAT-GAGAAACATGTAAAAAAAG-C-TNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGCT-TACC-TCGAGAAACGTG-AAAAAAAGACAT---TCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** *
15648 CACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TAAACTTTAAATTATTTTAT
124 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATTGTTTTAT
* *
15694 AATCTAATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATATTTTT--TTAAAATAGACTATAATTGA
1 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGA
* * * * * ********* *
15757 ATGCCTGCCTTGAAAAACATGTAAAAAAAG-CTATTCATNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCG
64 ATGCTTACCTCGAGAAACGTG-AAAAAAAGAC-ATTCAT-TGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
15821 CCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
126 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
* * * * * *
15865 AATCTTATACTTGATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA-TAATAATTGAT
1 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACT-ATAATTGAA
** * * * * * *
15929 TATTTACCTCGTGGAAGGTGAGAAAAAAGACATTCATATGTAAGAAAAGTACATTTATTGTCATC
65 TGCTTACCTCGAGAAACGTGA-AAAAAAGACATTCAT-TGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
15994 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
128 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
16036 AATCT
1 AATCT
16041 T
Statistics
Matches: 804, Mismatches: 187, Indels: 73
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 56 0.07
169 86 0.11
170 212 0.26
171 428 0.53
172 12 0.01
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAAT
GCTTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAAGACATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT
Done.