Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397295.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_188.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 325355
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.12, T:0.31
Warning! 38982 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:12436 original size:170 final size:158
Alignment explanation
Indices: 12255--12566 Score: 302
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
12245 AATTTGTAAG
* *
12255 ATTAAAAAACTATTTAAATCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGAATGATTGACTATAAATAAAATTT
1 ATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATAAAATTT
* *
12320 TCTTGTCAATGGATGG-TATTCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATATGTTTT
66 T-TTGTCAATGGATGGCT-TTCACTTAACATTT-CCAATGCAAACATCCAATTATCATATGTTTT
*
12384 AACCAAAAATGAAAACAANNNNNNNNNNAATCATTTATACA
128 AACCAAAAATAAAAACAA----------AATCATTTATACA
* * ** * * * * *
12425 ATTAGAAAACTATTTAAAGCGATTAATTAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTATAAATAGAATTT
1 ATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATAAAATTT
** * * * * *
12490 TTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTAATATTTTCAATGTAAACATCCAATTATCATCTTTTTTAAC
66 TTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTAACATTTCCAATGCAAACATCCAATTATCATATGTTTTAAC
*
12555 TAAAAATAAAAA
131 CAAAAATAAAAA
12567 AAAGAAAATC
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 22, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 39 0.33
169 24 0.20
170 56 0.47
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (158 bp):
ATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATAAAATTT
TTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTAACATTTCCAATGCAAACATCCAATTATCATATGTTTTAAC
CAAAAATAAAAACAAAATCATTTATACA
Found at i:15270 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15054--15964 Score: 764
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
15044 TGCAAACATC
* * * * *
15054 AATTATGACCAATTTTAATCAAAAAGAAAAAACATTTTGATTTAAAATTATTTATAAGATTATAA
1 AATTATGATCGATTTTAA-CCAAAACAAAAAACATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
** * *
15119 AGTCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTATT
65 AACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTC
* ** *
15184 GATGGATCTCATCTGCTTCACATTTCTTGATAAGAATATCA
130 AATGGATGGCATCCGCTT-ACATTTCTTGATAAGAATATCA
15225 AATTATGATCGATTTTAACCACAAACAAAACAA-ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
1 AATTATGATCGATTTTAACCA-AAACAAAA-AACATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
* ** *
15289 AAACCATTTACAGTGAGTAACAAAACTTTTGATGACATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGT
64 AAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGT
* * *
15354 CAATGGATGGCATCCGCTTGACATTTTTTGATGCA-AATATCT
129 CAATGGATGGCATCCGCTT-ACATTTCTTGAT-AAGAATATCA
* ** * * **********
15396 AATTATGATTGATTTTAACCAATAATGAAAAAGACTTNNNNNNNNNNTCATTTATAAGATTATAA
1 AATTATGATCGATTTTAACCAA-AACAAAAAACATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
* * * * *
15461 AACCATTTAAAGCGAGTAACAAGACTTTTGATGGCAGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTC
65 AACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTC
** * * * *
15526 AATGGATGGCAT-CAATTTCATGTT-TTCATATGTAAACATCA
130 AATGGATGGCATCCGCTTACAT-TTCTTGATAAG--AATATCA
* * * *
15567 AATTATGATTGATTTTAACCAATAATAAAAAATATTTTGATTTAAAATTATTTATAAGATTATAA
1 AATTATGATCGATTTTAACCAA-AACAAAAAACATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
* * * * ** * * *
15632 AACTATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGCCATGAGCAACTGTAAATGGATATCTCTTGTC
65 AACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTC
* * * *
15697 AATAGATGGTATCCGCTTTACATTTCTTGATGAGAATATCC
130 AATGGATGGCATCCGC-TTACATTTCTTGATAAGAATATCA
* * **********
15738 AATTATGATCGATTTTAACTAAAAGCAAAAAAGATTTT-ATTTTAANNNNNNNNNNAAGATTATA
1 AATTATGATCGATTTTAACCAAAA-CAAAAAACATTTTGA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATA
* * * * * *
15802 AAGCCATTTAAAGTGAATAACAAGGCTTTCGATGGCATGAGTAACTATAAATGGACAATTCTTAT
64 AAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGT
* * *
15867 CAATGGATGGCATTCG-TTTCATGTTTCTAGATGCAA-ATATAT-A
129 CAATGGATGGCATCCGCTTACA--TTTCTTGAT--AAGA-ATATCA
* **
15910 AA-TATGATTC-ATTTTAATCAACAATGAAAAACATTTCT-ATTTAAAATCATTTATA
1 AATTATGA-TCGATTTTAACCAA-AACAAAAAACATTT-TGATTTAAAATCATTTATA
15965 TGAATANNNN
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 137, Indels: 44
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.02
170 13 0.02
171 527 0.91
172 15 0.03
173 15 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATTATGATCGATTTTAACCAAAACAAAAAACATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCA
ATGGATGGCATCCGCTTACATTTCTTGATAAGAATATCA
Found at i:15799 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 14884--15964 Score: 878
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 336
14874 TGGCACATCC
* * * * * *
14884 AATTACGATTGATTTTAACCAATAGTGAAAAAGATTTTGATATAAAATCACTTATATGATTATAA
1 AATTATGATTGATTTTAACCAA-AAT-AAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
* ** * * * ** * * * * *
14949 AACTATTTGGAGCGAGTAGCAAAGCTTTCAAAGGA-AAGA-CTAACTATAAATGAACCTTTCTTG
64 AACCATTTACAGTGAGTAACAAAACTTT-TGATGACATGAGC-AACTATAAATGGACATCTCTTG
* * * ** ** * * * *
15012 TTAGT-GAATGGCATTCGCTCT-ATGTTTCCCGATGCAAACAT-CAATTATGACCAATTTTAATC
127 TCAATAG-ATGGCATCCGCT-TGACATTTCTTGATGCAAATATCCAATTATGATCGATTTTAACC
* * * *
15074 AA-AAAGAAAAA-ACATTTTGATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAGTCATTTAAAGTGAGTA
190 AATAATGAAAAAGAC--TTT-ATTT-TAATCATTTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTA
** ** *
15137 ACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTATTGATGGATCTCATCTGCTT
251 ACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGGATGGCATC-GTTT
**
15202 CACATTTC-T-TGATAAGAATATCA
315 CATGTTTCATATG-T-A-AATATCA
* *
15225 AATTATGATCGATTTTAACCACAAACAAAACAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
1 AATTATGATTGATTTTAACCA-AAATAAAA-AAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
** *
15290 AACCATTTACAGTGAGTAACAAAACTTTTGATGACATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTC
64 AACCATTTACAGTGAGTAACAAAACTTTTGATGACATGAGCAACTATAAATGGACATCTCTTGTC
* * * *
15355 AATGGATGGCATCCGCTTGACATTTTTTGATGCAAATATCTAATTATGATTGATTTTAACCAATA
129 AATAGATGGCATCCGCTTGACATTTCTTGATGCAAATATCCAATTATGATCGATTTTAACCAATA
******** * * *
15420 ATGAAAAAGACTTNNNNNNNNNNTCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGA
194 ATGAAAAAGACTT--TATTTTAATCATTTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAACAAGG
* * * * *
15485 CTTTTGATGGCAGGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCAATTTCATGTT
257 CTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGGATGGCATC-GTTTCATG-T
*
15550 TTCATATGTAAACATCA
320 TTCATATGTAAATATCA
*
15567 AATTATGATTGATTTTAACCAATAATAAAAAATATTTTGATTTAAAATTATTTATAAGATTATAA
1 AATTATGATTGATTTTAACCAA-AATAAAAAA-ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
* * ** * * *
15632 AACTATTTA-AGGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGCCATGAGCAACTGTAAATGGATATCTCTTGT
64 AACCATTTACA-GTGAGTAACAAAACTTTTGATGACATGAGCAACTATAAATGGACATCTCTTGT
* * *
15696 CAATAGATGGTATCCGCTTTACATTTCTTGATG-AGAATATCCAATTATGATCGATTTTAACTAA
128 CAATAGATGGCATCCGCTTGACATTTCTTGATGCA-AATATCCAATTATGATCGATTTTAACCAA
* ******** *
15760 -AA-GCAAAAAAGATTTTATTTTAANNNNNNNNNNAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAATAAC
192 TAATG--AAAAAGACTTTATTTTAA--TCATTTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAAC
* * *
15823 AAGGCTTTCGATGGCATGAGTAACTATAAATGGACAATTCTTATCAATGGATGGCATTCGTTTCA
253 AAGGCTTTTGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGGATGGCA-TCGTTTCA
* *
15888 TGTTTCTAGATGCAAATAT-A
317 TGTTTC-ATATGTAAATATCA
* * * *
15908 TAAATATGATTCATTTTAATCAACAATGAAAAACATTTCT-ATTTAAAATCATTTATA
1 -AATTATGATTGATTTTAACCAA-AAT-AAAAAAATTT-TGATTTAAAATCATTTATA
15965 TGAATANNNN
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 122, Indels: 53
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.02
341 134 0.23
342 421 0.71
343 21 0.04
344 4 0.01
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
AATTATGATTGATTTTAACCAAAATAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
CCATTTACAGTGAGTAACAAAACTTTTGATGACATGAGCAACTATAAATGGACATCTCTTGTCAA
TAGATGGCATCCGCTTGACATTTCTTGATGCAAATATCCAATTATGATCGATTTTAACCAATAAT
GAAAAAGACTTTATTTTAATCATTTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
TGATGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGGATGGCATCGTTTCATGTTTCATA
TGTAAATATCA
Found at i:16776 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16518--17461 Score: 672
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
16508 CACATTTCCT
* * * * * * *
16518 AATGCAAACATCCAATTATGATTGGTTTTGACTAAATATGTAAAAGATTTTGATTTACAATCATN
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAATGAAAAACATTTTGATTTAAAATCATT
********* * * * *
16583 NNNNNNNNNATGAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGAAGGCATGATTAACTATAAATG
66 TATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATG
**********
16648 GNNNNNNNNNNTCAGTAAATCACACTCACTTCATGTTTTAC
131 GACTTTTCTTATCAGTAAATCACACTCACTTCATGTTTTAC
* *
16689 AATGTAAACATCCAATTATGATTGATTTTAA-TCAAAAATCGAAAATCA-TTTGATTTAAAATCA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTGATTTTAACT-AAAAAT-GAAAAACATTTTGATTTAAAATCA
*
16752 TTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGAC-TTC-AATGGCATGAGTGACTATA
64 TTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGG-CTTTCGAA-GGCATGAGTAACTATA
* * ** *
16815 AGA-GGACTGTTCTTGTCA--AAGGATGGCAC-CAGCATCATGTTTCT-C
127 A-ATGGACTTTTCTTATCAGTAA--ATCACACTCA-CTTCATGTTT-TAC
* * * * *
16860 AATGCAAACATCCAATTATGAGCTG-TTGTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTCATTTAAAATCCT
1 AATGCAAACATCCAATTATGA-TTGATTTTAACTAAAAATGAAAAACATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * ** *
16924 TTATAAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAACAAGACTTTTGATGTTATGAGTGACTATAAAT
65 TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAAT
* * ** * *** ** *
16989 AGACTTTTCTTATCAATGGAT-AGTA-TTTGTGTCA-CATTTCC
130 GGACTTTTCTTATCAGTAAATCA-CACTCACT-TCATGTTTTAC
* * * *
17030 TAATACAAACATCCAATTATGATTGTTTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTACAATCAT
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAATGAAAAACATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * *
17095 TTATATGATTGT-GAATCCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGAAGGCATGATTAACTATAAA
65 TTATAAGATTATAAAAT-CATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAA
* * ***
17159 TGGA-TCTTTCTTCTTAGTAAATCACACTCACTTCGCATTTTAC
129 TGGACT-TTTCTTATCAGTAAATCACACTCACTTCATGTTTTAC
* * *
17202 AATGTAAACATCCAATTATGATTGATTTTAACCAAAAATCG-AAAACAATTTGATTTAAAATCAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAAT-GAAAAACATTTTGATTTAAAATCAT
* * * *
17266 TTATAAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAACAAAGAC-TTC-AATGGCATGAGTGACTATAA
65 TTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAC-AAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTAACTATAA
* * * ** * *
17329 GA-AGACTTTTTTTGTCA--AAGGATGGCAC-CAGCATCATGTTTCAC
128 -ATGGACTTTTCTTATCAGTAA--ATCACACTCA-CTTCATGTTTTAC
* * * * *
17373 AATGCAAACATCCAATTATGAGTGGTTGTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCCTT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAATGAAAAACATTTTGATTTAAAATCATT
*
17438 TATAAGATTATCAAATCATTTAAA
66 TATAAGATTATAAAATCATTTAAA
17462 ATGAGCAATA
Statistics
Matches: 601, Mismatches: 134, Indels: 76
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 27 0.04
171 541 0.90
172 28 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AATGCAAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAATGAAAAACATTTTGATTTAAAATCATT
TATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATG
GACTTTTCTTATCAGTAAATCACACTCACTTCATGTTTTAC
Found at i:17042 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 16694--17461 Score: 810
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 339
16684 TTTACAATGT
**
16694 AAACATCCAATTATGATTGATTTTAA-TCAAAAATCGAAAATCA-TTTGATTTAAAATCATTTAT
1 AAACATCCAATTATGATTGATTTTAACT-AAAAAT-GAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTAT
*
16757 AAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGAC-TTC-AATGGCATGAGTGACTATAAGA-G
64 AAGATTAT-AAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGG-CTTTCGAA-GGCATGAGTAACTATAA-ATG
* ** *
16819 GA-CTGTTCTTGTCA-AAGGATGGCAC-CAGCAT-CATGTTTCTCAATGCAAACATCCAATTATG
125 GATCT-TTCTTCTCAGAA--ATCACACTCA-CATCCAT-TTT-ACAATGCAAACATCCAATTATG
* * *
16880 AGCTG-TTGTAACTAAAAAT-GAAAA-AGATTTTCATTTAAAATCCTTTATAAGATTATAAAATC
184 A-CTGATTGTAACCAAAAATCGAAAACA-A-TTTCATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACC
** **
16942 ATTTAAACCAAGTAAC-AAGACTTTTGATGTTATGAGTGACTATAA-ATAGACTTTTCTTATCAA
246 ATTTAAACCAAGTAACAAAGAC-TTCAATGGCATGAGTGACTATAAGA-AGACTTTTCTTATCAA
* * *** **
17005 TGGATAGTATTTGTGTCACATTTC-CTAATAC
309 AGGATAGCACCAGCATCACATTTCAC-AATAC
* * *
17036 AAACATCCAATTATGATTGTTTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTACAATCATTTATAT
1 AAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAA
* * * *
17101 GATTGTGAATCCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGAAGGCATGATTAACTATAAATGGATCT
66 GATTATAAAT-CATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGATCT
* * * * *
17166 TTCTTCTTAGTAAATCACACTCACTTCGCATTTTACAATGTAAACATCCAATTATGATTGATTTT
130 TTCTTCTCAG-AAATCACACTCACATC-CATTTTACAATGCAAACATCCAATTATGACTGATTGT
* * * *
17231 AACCAAAAATCGAAAACAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAG
193 AACCAAAAATCGAAAACAATTTCATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCAAG
* * *
17296 TAACAAAGACTTCAATGGCATGAGTGACTATAAGAAGACTTTTTTTGTCAAAGGATGGCACCAGC
258 TAACAAAGACTTCAATGGCATGAGTGACTATAAGAAGACTTTTCTTATCAAAGGATAGCACCAGC
** *
17361 ATCATGTTTCACAATGC
323 ATCACATTTCACAATAC
* * * *
17378 AAACATCCAATTATGAGTGGTTGTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCCTTTATAA
1 AAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAA
17443 GATTATCAAATCATTTAAA
66 GATTAT-AAATCATTTAAA
17462 ATGAGCAATA
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 51, Indels: 38
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 13 0.04
342 311 0.87
343 26 0.07
344 6 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
AAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAA
GATTATAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGATCTT
TCTTCTCAGAAATCACACTCACATCCATTTTACAATGCAAACATCCAATTATGACTGATTGTAAC
CAAAAATCGAAAACAATTTCATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAA
CAAAGACTTCAATGGCATGAGTGACTATAAGAAGACTTTTCTTATCAAAGGATAGCACCAGCATC
ACATTTCACAATAC
Found at i:17291 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17253--17291 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
17243 AAAACAATTT
*
17253 GATTTAAAATCATTTATAA
1 GATTTAAAACCATTTATAA
17272 GATTATAAAACCATTT-TAA
1 GATT-TAAAACCATTTATAA
17291 G
1 G
17292 CGAGTAACAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.44
20 10 0.56
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
GATTTAAAACCATTTATAA
Found at i:17366 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 16394--17461 Score: 1591
Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 513
16384 ACCAAAAACA
* * * *
16394 TTTCAATTTAAAATCATTTAAAAGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAACAAGGCTTTCGATGT
1 TTTC-ATTTAAAATCCTTTATAAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAACAAGACTTTCGATGT
********** *
16459 TATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTNNNNNNNNNNAGTATTTGTGTCACATTTCCTAATGCA
65 TATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGTATTTGTGTCACATTTCCTAATACA
* * * *******
16524 AACATCCAATTATGATTGGTTTTGACTAAATATGTAAAAGATTTTGATTTACAATCATNNNNNNN
130 AACATCCAATTATGATTGGTTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTACAATCATTTATATG
*** *****
16589 NNNATGAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGAAGGCATGATTAACTATAAATGGNNNNN
195 ATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGAAGGCATGATTAACTATAAATGGATCTT
***** **
16654 NNNNNTCAGTAAATCACACTCACTTCATGTTTTACAATGTAAACATCCAATTATGATTGATTTTA
260 TCTTCTCAGTAAATCACACTCACTTCACATTTTACAATGTAAACATCCAATTATGATTGATTTTA
* *
16719 ATCAAAAATCGAAAATCATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
325 ACCAAAAATCGAAAATCATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
16784 AACAAGGACTTCAATGGCATGAGTGACTATAAGAGGACTGTTCTTGTCAAAGGATGGCACCAGCA
390 AACAAAGACTTCAATGGCATGAGTGACTATAAGAAGACTGTTCTTGTCAAAGGATGGCACCAGCA
*
16849 TCATGTTTCTCAATGCAAACATCCAATTATGAGCT-GTTGTAACTAAAAATGAAAAAGAT
455 TCATGTTTCACAATGCAAACATCCAATTATGAG-TGGTTGTAACTAAAAATGAAAAAGAT
*
16908 TTTCATTTAAAATCCTTTATAAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAACAAGACTTTTGATGTT
1 TTTCATTTAAAATCCTTTATAAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAACAAGACTTTCGATGTT
16973 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGTATTTGTGTCACATTTCCTAATACAA
66 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGTATTTGTGTCACATTTCCTAATACAA
*
17038 ACATCCAATTATGATTGTTTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTACAATCATTTATATGA
131 ACATCCAATTATGATTGGTTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTACAATCATTTATATGA
* *
17103 TTGTGAATCCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGAAGGCATGATTAACTATAAATGGATCTTT
196 TTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGAAGGCATGATTAACTATAAATGGATCTTT
* *
17168 CTTCTTAGTAAATCACACTCACTTCGCATTTTACAATGTAAACATCCAATTATGATTGATTTTAA
261 CTTCTCAGTAAATCACACTCACTTCACATTTTACAATGTAAACATCCAATTATGATTGATTTTAA
*
17233 CCAAAAATCGAAAA-CAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGT
326 CCAAAAATCGAAAATC-ATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
17297 AACAAAGACTTCAATGGCATGAGTGACTATAAGAAGACTTTTTTTGTCAAAGGATGGCACCAGCA
390 AACAAAGACTTCAATGGCATGAGTGACTATAAGAAGACTGTTCTTGTCAAAGGATGGCACCAGCA
17362 TCATGTTTCACAATGCAAACATCCAATTATGAGTGGTTGTAACTAAAAATGAAAAAGAT
455 TCATGTTTCACAATGCAAACATCCAATTATGAGTGGTTGTAACTAAAAATGAAAAAGAT
* *
17421 TTTGATTTAAAATCCTTTATAAGATTATCAAATCATTTAAA
1 TTTCATTTAAAATCCTTTATAAGATTATAAAATCATTTAAA
17462 ATGAGCAATA
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 56, Indels: 5
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
512 2 0.00
513 490 0.99
514 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (513 bp):
TTTCATTTAAAATCCTTTATAAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAACAAGACTTTCGATGTT
ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGTATTTGTGTCACATTTCCTAATACAA
ACATCCAATTATGATTGGTTTTAACTAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTACAATCATTTATATGA
TTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGAAGGCATGATTAACTATAAATGGATCTTT
CTTCTCAGTAAATCACACTCACTTCACATTTTACAATGTAAACATCCAATTATGATTGATTTTAA
CCAAAAATCGAAAATCATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ACAAAGACTTCAATGGCATGAGTGACTATAAGAAGACTGTTCTTGTCAAAGGATGGCACCAGCAT
CATGTTTCACAATGCAAACATCCAATTATGAGTGGTTGTAACTAAAAATGAAAAAGAT
Found at i:29354 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29044--29648 Score: 603
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
29034 NNNNNAACGA
* *
29044 ATGCCATCCATTGACAAGAATTGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATCAAAAG-CTTTGTTACTC
1 ATGCCATCCATTGACAAGAA-TATCCATTTATAGTCACTCATGCCATCAAAAGTC-TTGTTACTC
* * ********** * * * *
29108 ACTTTAAATGGCTTTATAATCTTNNNNNNNNNNTTAAAATAAAATCTTTTTTGC-TT-TTCGTTG
64 ACCTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAACAAAAT-TTTTTT-CATTACTGGTTA
* * *
29171 AAATCGATCATAATTGGATATTCTCATCAAGAAATGTGAAGTGG
127 AAATCAATCATAATTAGATATTCTCATC-AGAAATGTGAAGTAG
* * * *
29215 ATGCCATCTATTGACAAGAGATATCCATTT-TCAGTTACTCATGCCATCAAAAGCCTTATTACTC
1 ATGCCATCCATTGACAAGA-ATATCCATTTAT-AGTCACTCATGCCATCAAAAGTCTTGTTACTC
*
29279 ACCTTAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTTAAAACAAAATGTTTTTT-ATTACTGGTTAA
64 ACCTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAACAAAAT-TTTTTTCATTACTGGTTAA
* * * * ** * *
29343 AATCAATCATAATTTGATGTTCGCATCTGGAAACATGAAATTG
128 AATCAATCATAATTAGATATTCTCATC-AGAAATGTGAAGTAG
* * * *
29386 ATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCATCGAAAGTCTTGTTACTCT
1 ATGCCATCCATTGACAAGAATA-TCCATTTATAGTCACTCATGCCATCAAAAGTCTTGTTACTCA
* * * *
29451 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAGTTTTTTTCATTATTGGTTAAAA
65 CCTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAACAAAATTTTTTTCATTACTGGTTAAAA
* *
29516 TCAATCATAATTAGATATT-TGCATCAGAAAATGTCAAGCAG
130 TCAATCATAATTAGATATTCT-CATCAG-AAATGTGAAGTAG
* * * *
29557 ATGCCATCCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTTATGTCATCAAAAGTTTTGTTACTCA
1 ATGCCATCCATTGACAAG-AATATCCATTTATAGTCACTCATGCCATCAAAAGTCTTGTTACTCA
29622 -CTCTAAATGGTTTTATAATCTTATAAA
65 CCT-TAAATGGTTTTATAATCTTATAAA
29649 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 63, Indels: 24
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.04
171 341 0.95
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATGCCATCCATTGACAAGAATATCCATTTATAGTCACTCATGCCATCAAAAGTCTTGTTACTCAC
CTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAACAAAATTTTTTTCATTACTGGTTAAAAT
CAATCATAATTAGATATTCTCATCAGAAATGTGAAGTAG
Found at i:29489 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 29450--29489 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
29440 CTTGTTACTC
*
29450 TCTTTAAATGGTTTTATAA
1 TCTTTAAATGATTTTATAA
29469 TCTTATAAATGATTTTA-AA
1 TCTT-TAAATGATTTTATAA
29488 TC
1 TC
29490 AAAGTTTTTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.42
20 11 0.58
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (19 bp):
TCTTTAAATGATTTTATAA
Found at i:32275 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31644--33053 Score: 817
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
31634 NNNNNNNNNN
* * **
31644 TGGTTTTAGAATCT-TATAAATGATTTTAGATCAAAATCT-TTTTTGTTTTTA-GTTAAAATCA-
1 TGGTTTTATAAT-TATATAAATGATTTTAAATC-AAAT-TATTTTTCATTTTAGGTTAAAA-CAC
* * * * * * * * *
31705 ATAATATTTGGATG-TTGCA-TCATGAAATGTTAAACAAAAGCTATCCATTG-TCAAGAAAAGT-
62 ATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTGAT-AAGAAAAGTC
* ** ** *
31766 CATTTATAGTCACTCATGCCTAAAAAAGCCTAATTACT-AGCTTTCAA
125 CATTTATAGT-AATCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-CTTTAAA
* ** * *** *
31813 TGGTTTTATAATCT-TATAAATGATTTTGAA-CTGATATCTTTTTCATTTTCTCTTAAAACAAAT
1 TGGTTTTATAAT-TATATAAATGATTTTAAATCAAAT-TATTTTTCATTTTAGGTTAAAACACAT
* * * * * **
31876 CATAATTGGATGTTTGCATTGAGGAAGGTGAAGTAAATGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
64 CATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * *
31941 TATAGTCAATCATGCCTTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA
129 TATAGT-AATCATGCC--TTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
* * * * **
31986 TGGTTTTATAACCT-TATAATTGATTTTAAATGAAAATCATTTTTGTTTTTA-GTTAAAATCA-A
1 TGGTTTTATAA-TTATATAAATGATTTTAAAT-CAAATTATTTTTCATTTTAGGTTAAAA-CACA
* * * * * *
32048 TCATATTTGGATGTTTGCATTGTGATAGGTGAAACAGAT-CCTATCCACTGATAAGAAAAGTCCA
63 TCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAGATGCC-ATCCATTGATAAGAAAAGTCCA
* * *
32112 TTTATAGTAATTCATGCCATCAAAAGGCTTGTTACTCATTTTAAA
127 TTTATAGTAA-TCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
* *
32157 TGGTTTTAT-ATTATATATATGATTTTAAATCAAATTATTCTTCATTTTAGGTTAAAACACATCA
1 TGGTTTTATAATTATATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCATTTTAGGTTAAAACACATCA
* * * * *
32221 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATAAAGCAGATGACATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTA
66 TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
32286 TTGTCAATCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCCCTTTAAG
131 TAGT-AATCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
** * * * * * *
32327 T-GTTTTATAATCT-TCGAAATGATTTTAAA-CAAATTGTTTGTCATTTTTGATCAAAACACACC
1 TGGTTTTATAAT-TATATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCATTTTAGGTTAAAACACATC
* * * * *
32389 ATAATTGGATGTTTGCATT-AGGAAACATGAAGC-GAAAGCCATCCATTGACAAGAACACTCCAT
65 ATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGCAG-ATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCAT
* * ** * *
32452 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTATAGTTA-TTAGCTTTAAA
128 TTATAGT-AATCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-CTTTAAA
* * * * * ** *
32496 AGGTTTTATAACCT-TATAAATGATTTTAAACTGAAATCT-TTTTT-GTTTTTGCATAAAACAGA
1 TGGTTTTATAA-TTATATAAATGATTTTAAA-TCAAAT-TATTTTTCATTTTAGGTTAAAACACA
* * * * * * * * *
32558 TCA-AATAGGATGTTTGCATCATG-G-AACATGTAGTAAAAGACATCCATGGATAA-ATAAGTCC
63 TCATAATTGGATGTTTGCAT--TGAGAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
** ** * * * **
32619 ATTTATAGTCTTTCATTACTTCTAAAGCCTAGATACTTGCTTTAAA
126 ATTTATAGT-AATCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
* * * * * * **
32665 TAGTTTCATAA-TATATAAAAGAATTTAAATCAAAATATTCTTT-GTTTTTTGTTAAAACACATC
1 TGGTTTTATAATTATATAAATGATTTTAAATCAAATTATT-TTTCATTTTAGGTTAAAACACATC
* * * * * * *
32728 AAAAATGGATGTTTGCATT-AGGAAATGTGAAGCGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGTTCATT
65 ATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
32792 TATAATCAATCATCCCTTTAAAAGCCTTGTTACTTACTTCAAA
129 TATAGT-AATCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
* * ** * * *
32835 TGGTTTTAGAATCT-TATAAATAATTTTAAATCAAAATTATTTTTGTTTTTA-ATTCAAATA-AT
1 TGGTTTTATAAT-TATATAAATGATTTTAAATC-AAATTATTTTTCATTTTAGGTTAAAACACAT
* * * * * * **
32897 CATAATTGGATGTTTACA-TCATGATAGGTGAAGCAAATTCCAAGCATTGATAAGAAAAGTCCAT
64 CATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCAT
* * * * ** * *
32961 TGAGAGTCACTCATGCCATGGAAAGCCTAGTTACT-AGATTTAAA
128 TTATAGT-AATCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-CTTTAAA
* *
33005 TGGTTTTATAATCT-TATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTCATTTT
1 TGGTTTTATAAT-TATATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCATTTT
33054 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 968, Mismatches: 223, Indels: 100
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 11 0.01
168 50 0.05
169 273 0.28
170 381 0.39
171 95 0.10
172 24 0.02
173 120 0.12
174 11 0.01
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGGTTTTATAATTATATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCATTTTAGGTTAAAACACATCA
TAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTAATCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
Found at i:32602 original size:339 final size:336
Alignment explanation
Indices: 31646--33045 Score: 1041
Period size: 339 Copynumber: 4.1 Consensus size: 336
31636 NNNNNNNNTG
* * * * *
31646 GTTTTAGAATCTTATAAATGATTTTAGATCAAAATCTTTTTTGTTTTTAGTTAAAATCA-ATAAT
1 GTTTTATAATC-T-TAAATGATTTTAAATC-AAA--TTCTTTGTTTTTTGTTAAAA-CACATCAT
* * * * * * * * *
31710 ATTTGGATG-TTGCATCATGAAATGTTAAACAAAAGCTATCCATTGTCAAGAAAAGT-CATTTAT
60 AATTGGATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
** * *
31773 AGTCACTCATGCCTAAAAAAGCCTAATTAC-TAGCTTTCAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAT
125 AGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAT
* *
31837 TTTGAACTGATATCTTTTTCATTTTCT-CTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCAT-TGAGG
189 TTTAAACTGAAATCTTTTTCATTTT-TGCTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCATAT--GG
** * * *
31900 AAGGTGAAGTAAATGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTTTCAAA
251 AACATGAAGTAAATGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATACC--TTCAAA
* * *
31965 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
314 AGCCTTGTTACTCGCTTTAAATA
* * * *
31988 GTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAATGAAAATCATTTTTGTTTTTAGTTAAAATCA-ATCAT
1 GTTTTATAATCTTA-AA-TGATTTTAAAT-CAAAT--TCTTTGTTTTTTGTTAAAA-CACATCAT
* * * * * * * *
32052 ATTTGGATGTTTGCATT-GTGATAGGTGAAAC-AGATCCTATCCACTGATAAGAAAAGTCCATTT
60 AATTGGATGTTTGCATTAG-GAAACGTGAAGCGAAAGCC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
32115 ATAGTAATTCATGCCATCAAAAGGCTTGTTACTCATTTTAAATGGTTTTAT-AT-TATATATATG
123 ATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAAATG
* * * *
32178 ATTTTAAA-TCAAAT-TATTCTTCATTTTAGGTTAAAACACATCATAATTGGATGTTTGCAT-TG
187 ATTTTAAACTGAAATCT-TT-TTCATTTTTGCTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCATATG
* * * * * *
32240 AGAAACATAAAGCAGATGACATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATTGTCAATCATACCTTCGA
250 -G-AACATGAAGTAAATGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATACCTTCAA
* *
32305 AAGCCTTGTTACTCCCTTTAAGT-
313 AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATA
* * *
32328 GTTTTATAATCTTCGAAATGATTTTAAA-CAAATTGTTTGTCATTTTTGATCAAAACACACCATA
1 GTTTTATAATCTT--AAATGATTTTAAATCAAATTCTTTGT--TTTTTG-TTAAAACACATCATA
* * *
32392 ATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAACACTCCATTTATA
61 ATTGGATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * *
32457 GTCACTCATGCCTTCGAAAGTATAGTTA-TTAGCTTTAAAAGGTTTTATAACCTTATAAATGATT
126 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATT
** * * *
32521 TTAAACTGAAATCTTTTTTGTTTTTGCATAAAACAGATCA-AATAGGATGTTTGCATCATGGAAC
190 TTAAACTGAAATCTTTTTCATTTTTGCTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCAT-ATGGAAC
* * * ** *
32585 ATGTAGTAAAAGACATCCA-TGGATAA-ATAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTA-CTTCTAAAGC
254 ATGAAGTAAATGACATCCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCA-TACCTTCAAAAGC
* * *
32647 CTAGATACTTGCTTTAAATA
317 CTTGTTACTCGCTTTAAATA
* * * * *
32667 GTTTCATAATATATAAAAGAATTTAAATCAAAATATTCTTTGTTTTTTGTTAAAACACATCAAAA
1 GTTTTATAATCT-TAAATGATTTTAAATC--AA-ATTCTTTGTTTTTTGTTAAAACACATCATAA
* * * * * * *
32732 ATGGATGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAA
62 TTGGATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * *
32797 TCAATCATCCCTTTAAAAGCCTTGTTACTTACTTCAAATGGTTTTAGAATCTTATAAATAATTTT
127 TCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
* ** ** * * *
32862 AAA-TCAAAAT-TATTTTTGTTTTTAATTCAAA-TAATCATAATTGGATGTTTACATCAT-GATA
192 AAACT-GAAATCT-TTTTCATTTTTGCTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCAT-ATGGA-A
** * ** ** * * * * * * **
32923 GGTGAAGCAAATTCCAAGCATTGATAAGAAAAGTCCATTGAGAGTCACTCATGCCATGGAAAGCC
253 CATGAAGTAAATGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATACCTTCAAAAGCC
* * * *
32988 TAGTTACTAGATTTAAATG
318 TTGTTACTCGCTTTAAATA
*
33007 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTT
1 GTTTTATAATC-T-TAAATGATTTTAAATCAAATTCTTT
33046 TTCATTTTTN
Statistics
Matches: 841, Mismatches: 169, Indels: 100
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
336 6 0.01
338 82 0.10
339 314 0.37
340 127 0.15
341 58 0.07
342 78 0.09
343 132 0.16
344 43 0.05
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
GTTTTATAATCTTAAATGATTTTAAATCAAATTCTTTGTTTTTTGTTAAAACACATCATAATTGG
ATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAC
TGAAATCTTTTTCATTTTTGCTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCATATGGAACATGAAGT
AAATGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACT
CGCTTTAAATA
Found at i:34692 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 34345--34951 Score: 552
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 168
34335 NNNNNNNNNN
* * * *
34345 CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAGTAACAAAACTTTTGATGACATGAGTGACTATA
1 CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGATGGCATGAGTAACTATA
* * * * * * *
34410 AATGGACATTTCTTGTTAATGGATGGCATCTGCTTGACATTTTCTGATTCAAATATCTAATTATG
66 AATGGACTTTTCTTGTTAATAGATGGCATCAGCTTCA-ATTTTCTGATGCGAATATCAAATTATG
* **********
34475 ATTGATTTTAACCAATAATGAAAAAGACTTNNNNNNNNNNT
130 ATTGATTTT-ACCAATAATAAAAAAGA-TTTTATTTAAAAT
* * * * *
34516 CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGACTTTCGATGGTACGAGTGACTATA
1 CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGATGGCATGAGTAACTATA
* ** * ** *
34581 AATGGACTTTTCTTATTAATAGATGGCATCAATTTCATGTTTTCAAATGCGAACATCAAATTATG
66 AATGGACTTTTCTTGTTAATAGATGGCATCAGCTTCA-ATTTTCTGATGCGAATATCAAATTATG
* *
34646 ATTGATTTTCACCAATAATAAAAAACATTTTGATTTAAACT
130 ATTGATTTT-ACCAATAATAAAAAAGATTTT-ATTTAAAAT
* * * * * *
34687 CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAGGTTAGTAATAAGGCTTTTGATGGCATGAGAAACTGTA
1 CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGATGGCATGAGTAACTATA
* * * * * *
34752 AATGGA-TATCTCTTGTCAATAAATGGCATCCGCTTCACA-TTTCTTGATGAGAATATCCAATTA
66 AATGGACT-TTTCTTGTTAATAGATGGCATCAGCTTCA-ATTTTC-TGATGCGAATATCAAATTA
* * * *
34815 TGATCGATTTTAACAAAAAGGAAAAAAGATTTTATTTTAAAAT
128 TGATTGATTTTACCAATAA-TAAAAAAGATTTTA-TTTAAAAT
* * * *
34858 CATTTGTAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGGCATGAGTAACTTTA
1 CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGATGGCATGAGTAACTATA
*** * *
34923 AATGGAGAATTCTTGTCAATGGATGGCAT
66 AATGGACTTTTCTTGTTAATAGATGGCAT
34952 TCGTTTCATG
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 78, Indels: 12
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.04
171 338 0.96
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
CATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGATGGCATGAGTAACTATA
AATGGACTTTTCTTGTTAATAGATGGCATCAGCTTCAATTTTCTGATGCGAATATCAAATTATGA
TTGATTTTACCAATAATAAAAAAGATTTTATTTAAAAT
Found at i:36088 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 36063--36092 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
36053 CATAAACCAA
36063 AAGCTATCCATTGAC
1 AAGCTATCCATTGAC
36078 AAGCATATCCATTGA
1 AAGC-TATCCATTGA
36093 TAGTCACTTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.29
16 10 0.71
ACGTcount: A:0.37, C:0.23, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (15 bp):
AAGCTATCCATTGAC
Found at i:36600 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 36139--37031 Score: 551
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
36129 TTAAATAGTT
* * * * * * ** *
36139 TTAT-AATAATTTTAAATCAAAATA-TTTTCATTTTTGGTTAAAACACATTACAATCAGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCATTTTTGATTAAAATA-ATCATAATTGGATATTT
* * * * * * * * * * *
36202 CCATTAGGAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTTATATGAAAAGTCCATTTATAATTAGTCATAC
65 ACATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGC
* * * * *
36267 CTTCGAAAAGCCTTGTTAGTGGCTTTAAATGGTTTTATAATC
129 CTTTG-AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * ** ** *
36309 TTATAAATGATTATAAACCAAATTCTTTTTTGTTTTTGGCTAAAATCAATTATAATT-GA-ATGT
1 TTATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCATTTTTGATTAAAAT-AATCATAATTGGATAT-T
* * ** * *
36372 TAGCATCATA-ATAA-ATGAAGTAGATTCCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTC
64 TA-CATCA-AGA-AACATGAAGCAAAAGCCA-TCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT
* * *
36435 ATGCCATTGAAAGCCTAGTTACTAGCTTT-AATTGTTTTATAATC
125 ATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * *
36479 TTATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCAATTTTGATTAAAATAGATTATAATTGGTTATTT
1 TTATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCATTTTTGATTAAAATA-ATCATAATTGGATATTT
* * * * *
36544 ACATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATCAATAACAAAATTTCATTTATAGTCA-TTCATG
65 ACATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC-ATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-ATG
* * * *
36608 CCTTTGAAAGCCTCGTTAC-CCCATTAAAATGGCTTTT-TAATC
128 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGC-TTTAAATAG-TTTTATAATC
* * * * * * * *
36650 CTATAACTAATTTTAAATCAAAATCA-TTTTCATTTTTGGTTACAACAATAATAATTGGATA-TT
1 TTATAAATGATTTTAAATC-AAATTATTTTTCATTTTTGATTAAAATAATCATAATTGGATATTT
* * * * * * * * * *
36713 GCATCATGAAATATGAAGCAAAAACCATTCATTGACAAGAAAACTCTATTTATAGTCATTTATAC
65 ACATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGC
* * *
36778 TTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAGTTTGACAATC
129 CTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * ** * * * *
36819 TTATAAACGATTTTAAATTGAAATCTA-TTTT-GTTTTTGCCTAAAATAAGTCATACTAGAATGT
1 TTATAAATGATTTTAAA-TCAAAT-TATTTTTCATTTTTGATTAAAATAA-TCATAATTGGATAT
* ** * * * * **
36882 TTCCATTGAGAAACGTGAAGC-AATGCCATCCATTGACAACCAAA-TCCATTTATAGTCACTTAT
63 TTACATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAT
* ** * *
36945 ACCTTCAAAAGTCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-
127 GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * *
36987 ATATGAATCATTTTAAATCAAAATATTTTTTATTTTTGGTTAAAA
1 TTATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCATTTTTGATTAAAA
37032 CACAATATAA
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 130, Indels: 62
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 8 0.01
168 27 0.05
169 165 0.29
170 177 0.31
171 97 0.17
172 83 0.15
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTATAAATGATTTTAAATCAAATTATTTTTCATTTTTGATTAAAATAATCATAATTGGATATTTA
CATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCT
TTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
Found at i:36835 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 35635--37047 Score: 872
Period size: 169 Copynumber: 8.4 Consensus size: 169
35625 NNNAAATGGT
* * ** *
35635 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTCATTTTTTATTAAAATAGATCATAAT
1 TTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* * ** * * * *
35700 TGGATGTTAGCATCAAGAAATGTGAAGCAGAAA-CTA-TCAATCAACAAGAAAAG-CTTATTTAC
66 TGGAT-TTTGCATCATGAAACATGAAGCA-AAAGCCATTC-ATTAACAAGAAAAGTC-CATTTAT
* * * *
35762 AGTCAGTTATGCCTTTGAAAGCCTCGTTACTCG-TGTTAATTGG
127 AGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCT-TTAAATAG
* * * **
35805 TTTTCTAATCTTATAAGTGATTTTTAATCAAAATCATTTTCATTTTAAGTTAAAACA-ATCATAA
1 TTTAC-AATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA
* * * * *
35869 TTAGATTTTGCATCATGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATATT
65 TTGGATTTTGCATCATGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
35934 CACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAG
130 CACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAG
* * *
35974 TTTTACAATCTTATACACT-ATTTTAAA-CTAAAATC----T-ATTTTT--TTTAAATAGATCAT
1 -TTTACAATCTTATA-AATGATTTTAAATC-AAAATCATTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* * * * * * * * * * *
36030 AATAGAATGTTTGCATCAAGAAACATAAACCAAAAGCTATCCATTGACAAGCATA-TCCATTGAT
63 AATTGGAT-TTTGCATCATGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
36094 AGTCACTTATGCCCTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAG
127 AGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
36137 --T----T-TTAT-AATAATTTTAAATCAAAAT-ATTTTCATTTTTGGTTAAAACACATTACAAT
1 TTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
** * * * * * * * * *
36193 CAGATGTTTCCATTAGGAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTTATATGAAAAGTCCATTTATAAT
66 TGGAT-TTTGCATCATGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * * * *
36258 TAGTCATACCTTCGAAAAGCCTTGTTAGTGGCTTTAAATGG
130 CACTTATGCCTTTG-AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * ** * *
36299 TTTTATAATCTTATAAATGATTATAAACCAAATTCTTTTTTGTTTTTGGCTAAAATCA-ATTATA
1 -TTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTTCATTTTTGGTTAAAA-CAGATCATA
* * * * * ** * *
36363 ATTGAATGTTAGCATCAT-AATAAATGAAGTAGATTCCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATCTAT
64 ATTGGAT-TTTGCATCATGAA-ACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
36427 AGTCACTCATGCCATTGAAAGCCTAGTTACTAGCTTT-AATTG
127 AGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * *
36469 TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC-AAATTATTTTTCAATTTTGATTAAAATAGATTATA
1 -TTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCA-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATA
* * * * * * * *
36533 ATTGGTTATTTACATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCAATCAATAACAAAATTTCATTTAT
64 ATTGGAT-TTTGCATCATGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
36597 AGTCA-TTCATGCCTTTGAAAGCCTCGTTAC-CCCATTAAAATGG
127 AGTCACTT-ATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGC-TTTAAATAG
** * * * * *
36640 CTTTTTAATCCTATAACTAATTTTAAATCAAAATCATTTTCATTTTTGGTTACAACA-ATAATAA
1 -TTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA
* * * * * *
36704 TTGGATATTGCATCATGAAATATGAAGCAAAAACCATTCATTGACAAGAAAACTCTATTTATAGT
65 TTGGATTTTGCATCATGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
36769 CATTTATACTTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAG
130 CACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAG
* ** * ** *
36809 TTTGACAATCTTATAAACGATTTTAAATTGAAATCTATTTT-GTTTTTGCCTAAAATA-AGTCAT
1 TTT-ACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC-ATTTTCATTTTTGGTTAAAACAGA-TCAT
* * * * * * * * * **
36872 ACTAGAATGTTTCCATTGA-GAAACGTGAAGC-AATGCCATCCATTGACAACCAAA-TCCATTTA
63 AATTGGAT-TTTGCA-TCATGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * *
36934 TAGTCACTTATACCTTCAAAAGTCTAGTTACTCGCTTTAAATGG
126 TAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * *
36978 TTTTATAAT-ATATGAATCATTTTAAATCAAAAT-ATTTTTTATTTTTGGTTAAAACACAAT-AT
1 -TTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCA-TTTTCATTTTTGGTTAAAACA-GATCAT
37040 AATTGGAT
63 AATTGGAT
37048 GGTTGCATAA
Statistics
Matches: 962, Mismatches: 227, Indels: 110
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 2 0.00
154 13 0.01
155 5 0.01
156 1 0.00
157 1 0.00
158 6 0.01
160 50 0.05
161 19 0.02
162 28 0.03
163 57 0.06
164 44 0.05
165 2 0.00
166 1 0.00
167 4 0.00
168 44 0.05
169 259 0.27
170 200 0.21
171 139 0.14
172 85 0.09
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
TGGATTTTGCATCATGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAG
Found at i:39895 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 39579--40290 Score: 509
Period size: 169 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
39569 NNNNNNNNNN
** *** *
39579 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCAGTTTCATTTAAAGTTAAAACAGA
*
39644 TCATAATTGGATGTTGGCATCAAGAAATGTGAAGCAGAAGCCATCAATCGACAAGAAAAGCCTAT
66 TCATAATTAGATGTTGGCATCAAGAAATGTGAAGCAGAAGCCATCAATCGACAAGAAAAGCCTAT
* **
39709 TTACAGTCAGTTATGCCTTTGAAAG-CTTCGTTACTTG-TGTT
131 TTACAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTT-GTTACTTGCT-TT
* * * * *
39750 AATTGGTTTTCTAATCTTATAAGTGATTTTTAATCAAAATGAGTTTCATTTAAAGTTAAAACA-A
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCAGTTTCATTTAAAGTTAAAACAGA
* * * *
39814 TCATAATTAGAT-TTTGCATCATGAAATGTGAAGC-GAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCTA
66 TCATAATTAGATGTTGGCATCAAGAAATGTGAAGCAG-AAGCCATCAATCGACAAGAAAAGCCTA
*
39877 TTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTT
130 TTTACAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTT
* * * * * *
39919 AAATAGTTTTATAATCTTATAAACT-A-TTTAAAACTAAAATATATTTTTC-TTT--TGTTTAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAA-TGATTTTAAATC-AAAAT-CA-GTTTCATTTAAAGTTAAAA
* * * * * * * * ** * *
39979 TAGATCATAA-TAGAATGTTTGCATCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCTATCCATTTACAAGCAAAT
62 CAGATCATAATTAG-ATGTTGGCATCAAGAAATGTGAAGCAGAAGCCATCAATCGACAAGAAAAG
* * * * *
40043 CC-ATTGATAGTCACTTATGCCCTT-GAAAGCCTAGTTACTCGCTTT
126 CCTATTTACAGTCACTTATG-CCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTT
* * * * ** *
40088 AAAT-G----AT--T-TTAT-AATAATTTTAAATCGAAAT-ATTTTTATTTTTAGTTAAAACACA
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCAGTTTCATTTAAAGTTAAAACAGA
* ** * * * * * ** * **
40143 TTATAATTAGATGTTTTCATTAGGAAATATGAAACA-AATGCCATCCATTTACATGAAAAGTTTA
66 TCATAATTAGATGTTGGCATCAAGAAATGTGAAGCAGAA-GCCATCAATCGACAAGAAAAGCCTA
* * * * * * * *
40207 TTTATAATTAGTCATACCTTCAAAAAGCCTTGTTAGTGGCTTT
130 TTTACAGTCACTTATGCCTTC-AAAAGCCTTGTTACTTGCTTT
*
40250 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATC
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC
40291 TTTTTTGTTT
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 78, Indels: 63
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
157 4 0.01
158 4 0.01
159 3 0.01
160 61 0.14
161 25 0.06
162 22 0.05
163 1 0.00
164 2 0.00
167 2 0.00
168 18 0.04
169 150 0.35
170 67 0.16
171 72 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCAGTTTCATTTAAAGTTAAAACAGA
TCATAATTAGATGTTGGCATCAAGAAATGTGAAGCAGAAGCCATCAATCGACAAGAAAAGCCTAT
TTACAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTT
Found at i:41014 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 40594--41019 Score: 432
Period size: 169 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
40584 CCTATAACTA
* * *
40594 ATTTTAAATCAAAATCA-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAATCATAATTGGCT-GTTGCATCATGA
1 ATTTTAAATCAAAAT-ATTTTTTATTTTTGGTTAAAACAATCATAATTGGATGGTTGCAT-AGGA
* * * * **
40657 AATATGAAGC-GAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATACCTTTGAAA
64 AACATGAAGCAG-ATGCCATCCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAA
*
40721 GCCTAGTTACTCGCTTTAAATACTTTTACAATCTTATAAACG
128 GCCTAGTTACTCGCTTTAAATACTTTTACAATCATATAAACG
* * * * *** * * * * * *
40763 ATTTTAAATTAAAATCTATTTTGTTTTTACCTAAAATAAATCATACTAGAATGTTTGCATTGAGA
1 ATTTTAAATCAAAATATTTTTTATTTTTGGTTAAAA-CAATCATAATTGGATGGTTGCATAG-GA
* * * *
40828 AACGTGAAGCA-ATGCCATCCATTAACAACTAAA-TCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAG
64 AACATGAAGCAGATGCCATCCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAG
* ** * * *
40891 TCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-ATATGAATG
129 CCTAGTTACTCGCTTTAAATACTTTTACAATCATATAAACG
* *
40931 ATTTTAAATCAAAATATTTTTTATTTTTGGTTGAAACACATTATAATTGGATGGTTGCATAAGGA
1 ATTTTAAATCAAAATATTTTTTATTTTTGGTTAAAACA-ATCATAATTGGATGGTTGCAT-AGGA
40996 AACATGAAGCAGATGCCATCCATT
64 AACATGAAGCAGATGCCATCCATT
41020 TATAGNNNNN
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 49, Indels: 16
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 62 0.31
169 92 0.46
170 29 0.14
171 16 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTAAATCAAAATATTTTTTATTTTTGGTTAAAACAATCATAATTGGATGGTTGCATAGGAAA
CATGAAGCAGATGCCATCCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCC
TAGTTACTCGCTTTAAATACTTTTACAATCATATAAACG
Found at i:53720 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 52824--53773 Score: 630
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 169
52814 NNNNNNNNNN
* * * * *
52824 CATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATTAAAAGCGTAGTTAC-CAGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCA-CTTTAAA
* * * * * *
52888 TTATTTTATAATCTTATAAATGATTTCAAATCAAAATATTTTTGATTTTTTGTTAAAATAGATCA
65 TGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT-CTTTTCATTTTTCGTTAAAACA-ATCA
* * * *
52953 TAATTGGTTATTTTCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
128 TAATTGGATGTTTGCATTATGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * *
52995 AATCGACAAGAAAAATATATTTATAGTCAGTCATGCCTTTGAAAGCCTCGTTACGCACTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * **
53060 GGTTTTCTAAACCTATAATTGATTTTAAATCAAAGTCATTTC-TTTGTAGGTTAAAACAATCATA
66 GATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTCATTT-TTCGTTAAAACAATCATA
* **********
53124 ATTGGATG-TTGCATCATGNNNNNNNNNNCAAAAGCCATC
130 ATTGGATGTTTGCATTATGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * **
53163 CATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTTATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGTTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT
* * * * * ** *
53228 CATTTCACAACCTTATAAACGATTTTAAA-CTAAAATCTATTTTGTTTTTCATTAAAACAAATCA
66 GATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC-AAAATCT-TTTCATTTTTCGTTAAAAC-AATCA
* * * *
53292 TAGTAGAATGTTTGCACTA-GAAA-ATCTGAAGCAAAAGCCATC
128 TAATTGGATGTTTGCATTATGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * * *
53334 GATTGGCAAAAAAACT-TCATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
* * * * * *
53398 TGGTTTTATAGT-ATATAAGT-ATTTTAAATCAAAATATTTTTCATTTTT-GTTAAAGCACATCA
65 TGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT-CTTTTCATTTTTCGTTAAAACA-ATCA
* ** ** *
53460 TAATTGGATGTTTGCATTAAGAAATGTGAAGCCGATGCCATC
128 TAATTGGATGTTTGCATTATGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * *** ********** * *
53502 TATTTACAATAAAAGTAC-ATTTATAATTTGTNNNNNNNNNNAAAGCCTTGTTGCTCACTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
* *
53566 TGATTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATCCTTTTCATTTTTCGTTAAAATCAATTA
65 TGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT-CTTTTCATTTTTCGTTAAAA-CAATCA
* * * * * *
53631 TAATTGGATGTTTTCTTTATGATACATGAAGCAGATGCTATC
128 TAATTGGATGTTTGCATTATGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * **
53673 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTAATCATGCCTTTGAAAGCCTCA-TTACTTGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCT-AGTTACTCACTTTAAA
*
53737 T-AGTTTTCTAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT
65 TGA-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT
53774 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 174, Indels: 48
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 181 0.31
169 57 0.10
170 63 0.11
171 274 0.47
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT
GATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTCATTTTTCGTTAAAACAATCATAA
TTGGATGTTTGCATTATGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
Found at i:54478 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 54180--54493 Score: 390
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
54170 NNNNNNNNNC
** *
54180 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAAATGAAATCTTTTTCATTTTAAGTTAAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTTACAAATGATTTTAAAATAAAATCTTTTTCATTTTAAGTTAAA
* * *
54245 ATAGATCATAATTAGATGTTTGCATTCGGAAACATGAAATAGAAGCAATCAATTGACAAGAAAAG
66 ATAGATCAAAATTAGATGTTTGCATTCGGAAACATGAAACAAAAGCAATCAATTGACAAGAAAAG
54310 GCCACT-TATAGTCTGTCATACCTTCGAAAGTCTCGATACTT
131 GCCA-TATATAGTCTGTCATACCTTCGAAAGTCTCGATACTT
* * *
54351 GCTTTAAATAGTTTTCTAATCTTACAAATGATTTT-AAATCAAAATCTTTTTTTATCTTT-GGTT
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTTACAAATGATTTTAAAAT-AAAATC-TTTTTCAT-TTTAAGTT
* * * *
54414 CAAATCA-ATCAAAATTGGATG-TTGCA-TCGTGAAACATGAAACAAAAGGC-ATCCATTGTCAA
63 AAAAT-AGATCAAAATTAGATGTTTGCATTCG-GAAACATGAAACAAAA-GCAATCAATTGACAA
*
54475 GAAAAGTCCATATATAGTC
125 GAAAAGGCCATATATAGTC
54494 ACTCATGCCA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 14, Indels: 14
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.07
171 82 0.67
172 28 0.23
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTTACAAATGATTTTAAAATAAAATCTTTTTCATTTTAAGTTAAA
ATAGATCAAAATTAGATGTTTGCATTCGGAAACATGAAACAAAAGCAATCAATTGACAAGAAAAG
GCCATATATAGTCTGTCATACCTTCGAAAGTCTCGATACTT
Found at i:62868 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 62476--62874 Score: 397
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
62466 NNNNNNNNTA
* * * *
62476 TTTGCATTGAG-AAACATGAAATGAAAGCCATCCA-T--C--GACAACTCCATTTATAATCACTC
1 TTTGCA-TGAGAAAACATGAAACGAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTA
* * * *
62535 ATTCTTTGAAAACCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTGTATAATCTTATAAATGATTTTTAATCAA
65 ATTCTTTGAAAACCTAGTCACTTGCTTTAAATAGTTATATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAA
*
62600 CATGTGTTTCATTTCTGGTTAAAACATATCATAATTGGATG
130 CATGTGTTTCATTTCTAGTTAAAACATATCATAATTGGATG
*
62641 TTTGCATGAGAAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTAA
1 TTTGCATGAGAAAACATGAAACGAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTAA
* * *
62706 TGTCTTTGAAAGA-CTAGTCACTTGCTTTAAGT-GATTATATAATTTTATAAATGATTTTAAATT
66 T-TCTTTGAAA-ACCTAGTCACTTGCTTTAAATAG-TTATATAATCTTATAAATGATTTTAAATC
* * * * ** *
62769 TA-ATTTTTTTCATTTTTAGTTAAGTC-TAATCATAATTTGATG
128 AACATGTGTTTCATTTCTAGTTAAAACAT-ATCATAATTGGATG
* ** ** ** * *
62811 TTTGCATCG-GGAAACATTTAGTGAAAGCCATCCACTGATGAGAAAAAGTCTATTTATACTCACT
1 TTTGCAT-GAGAAAACATGAAACGAAAGCCATCCACTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAATCACT
62875 CATGCCTTCA
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 29, Indels: 18
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.02
165 28 0.15
166 1 0.01
168 1 0.01
169 1 0.01
170 86 0.45
171 71 0.37
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTGCATGAGAAAACATGAAACGAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTAA
TTCTTTGAAAACCTAGTCACTTGCTTTAAATAGTTATATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAC
ATGTGTTTCATTTCTAGTTAAAACATATCATAATTGGATG
Found at i:63718 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 63415--63742 Score: 374
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
63405 NNNNNNNNAG
* * *
63415 AAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACTTGAATTTTTTTCTTTTGTGGTTAAAACATAT
1 AAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACATGAATTTTTTTCTTTTGTGATTAAAACAGAT
**********
63480 CATAACATGATATTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCANNNNNNNNNNAAGTCCATT
66 CATAACATGATATTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATT
* *
63545 TATAGTTAATCATGCCTTCAAAAGCCTAAATACTCACTTT
131 TATAGTCAATCATGCCTGCAAAAGCCTAAATACTCACTTT
* * * *
63585 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA-ATG-ATTTTTTTTTATTTTTGATTAAAATAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACATGAATTTTTTTCT-TTTGTGATTAAAACAGA
** * ** *
63648 TCATAATTTGATGTTTGCATT-GAGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCTA
65 TCATAACATGATATTTGCATTAGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCA
* *
63712 TTTATAGTCATTCATGCCTGCGAAAGCCTAA
129 TTTATAGTCAATCATGCCTGCAAAAGCCTAA
63743 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 27, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.09
169 87 0.67
170 31 0.24
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACATGAATTTTTTTCTTTTGTGATTAAAACAGAT
CATAACATGATATTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCAATCATGCCTGCAAAAGCCTAAATACTCACTTT
Found at i:64799 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 64610--64935 Score: 356
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
64600 ATGTTTCCTG
64610 ATGCAAACATCAAATTATGACTA-GAATTAACCAAAAATGAAAAAAAT-TAAATTTAAAATCATT
1 ATGCAAACATCAAATTATGA-TATGAATTAACCAAAAATGAAAAAAATGTAAATTTAAAATCATT
* ** *
64673 TATAA-AGTTATATAACCACTTAAAGTGAGTAACTA-GTCTTTC-AAAGACATGAGTGATTATAA
65 TATAATA-TTATACAACCACTTAAAGCAAGTAACAAGGT-TTTCGAAAGA-ATGAGTGATTATAA
64735 ATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGCTTC
127 ATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGCTTC
* ** * * **
64770 ATGNNNNNNNNNNCAAACATCCAATTATGATATGTTTTAACCAGAAATGAAACAAATGTTGATTT
1 ATG----------CAAACATCAAATTATGATATGAATTAACCAAAAATGAAAAAAATGTAAATTT
* *
64835 AAAATCATTTATAATATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGTTTTCGAAGGAATGAGTGA
56 AAAATCATTTATAATATTATACAACCACTTAAAGCAAGTAACAAGGTTTTCGAAAGAATGAGTGA
* *
64900 TTATAAATGGACTTTTCTTGTCGATGGATGGCTTTC
121 TTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTC
64936 ATTTCATGTT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 15, Indels: 19
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.02
169 2 0.01
170 36 0.26
171 88 0.65
172 7 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (161 bp):
ATGCAAACATCAAATTATGATATGAATTAACCAAAAATGAAAAAAATGTAAATTTAAAATCATTT
ATAATATTATACAACCACTTAAAGCAAGTAACAAGGTTTTCGAAAGAATGAGTGATTATAAATGG
ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGCTTC
Found at i:66726 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 66687--66727 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
66677 AAAATATTTT
*
66687 GATTTAAAATCATTTATAA
1 GATTTAAAATAATTTATAA
66706 GATTATAAAATAATTTA-AA
1 GATT-TAAAATAATTTATAA
66725 GAT
1 GAT
66728 AGTAACTACG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.45
20 11 0.55
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
GATTTAAAATAATTTATAA
Found at i:69817 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 69301--70946 Score: 758
Period size: 172 Copynumber: 9.7 Consensus size: 169
69291 CATGCCATTA
* * * * *
69301 AAAGCGTAGTTACT-AGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAAATTATTTTATATCAAAATATT-
1 AAAGCCTAGTTACTCA-CTTTAAA-TATTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAAT-TTA
* * * * *
69364 TTTCATTTTTTGTTAAAATAGATCATAATTGGTTATTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
63 TTTTATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCA
* * * * *
69429 TCAATCGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCAGTCAT-GCCTTTG
127 TCCATTGACAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACTTATAGCCTTTG
* * * * * * *
69472 AAAGCCTCGTTACGCACTTTAAATAGTTTTC-CAAACCTATAATTGATTTTAAATCAAAA-TCAT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATA--TTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATTTAT
* ** * *
69535 TTTCATTGTAGGTTAAAACA-ATCATAATTGGATG-TTGCATCATGAAATGTGAAGCAAAAGCCA
64 TTT-ATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCA
* * *
69598 TCCATTTACAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACTTA-AGTCTTTG
127 TCCATTGACAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACTTATAGCCTTTG
* *
69641 AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATCATTTCACAATCTTATAAACAATTTTAAA-CTAAAATTTAT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-ATTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATC-AAAATTTAT
* * * * *
69705 TTTGTTTTTTGTTAAAACAGATCATAGTAGAATGTTTGCATTAGAAAACGTGAACCAAAAGCCAT
64 TTTATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* *
69770 CCATTGGCAAGAAAATTCATTTATAGTCACTTATAG-CTTCG
128 CCATTGACAAGAAAATTCATTTATAGTCACTTATAGCCTTTG
* * * *
69811 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATAATTTTATAAT-ATATAAGT-ATTTTAAATCAAAATATT-T
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-ATTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAAT-TTAT
* * * * * * ** *
69873 TTCA-TTTTTATTAAAGCACATCATAATTGGATATTTGCATTGAGAAATGTGAAGCCGATGCCAT
64 TTTATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * * **
69937 CTATTTACAATAAAAGTGCATTTAT-G--ATTTGTGAAGCCTTCA
128 CCATTGACAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACTTAT--AGCCTTTG
* * * * * *
69979 AAAGCCTTGTT-GTCATTTTAAATCATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAA--TACT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-ATTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATTTA-T
* * * ** * * * *
70041 TTTCATTTTTAGTTCAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCCTTATGCTACATGAAGCAGATGCT
64 TTT-ATTTTTTGTT-AAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAACGTGAAGCAAAAGCC
* * * *
70105 ATCCATTGACAAG-AAATGTCTATTTATAGTTAATCAT-GCCTTCG
126 ATCCATTGACAAGAAAAT-TC-ATTTATAGTCACTTATAGCCTTTG
* ** * * *
70149 AAAGCCTCGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTC-TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAA-TAAT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATA--TTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATTTAT
* * * * * * * *
70212 TTT-TGTTCTTGATTAAAA-TGAATCATAATTAGATGTTTGAATTGGGGAAA-GATGAAACAGAT
64 TTTAT-TTTTTG-TTAAAACAG-ATCATAATTGGATGTTTGCATT--AGAAACG-TGAAGCAAAA
* ** * * * *
70274 GCCATCAATTGACAAGAATGGTCCATTTATAGTCAATCATTG-CTTTG
123 GCCATCCATTGACAAGAA-AATTCATTTATAGTCACTTATAGCCTTTG
* * *** ** * *
70321 AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTTATAAATAGCTTTAAACCAAAA-ATAGT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-ATTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATTTA-T
** * * * * *
70385 TTT-TGTTTTTAGTTAAAACCA-ATCATAATTTCATGTTTGC-TTCATGATATGTGAGGCAGATG
64 TTTAT-TTTTT-GTTAAAA-CAGATCATAATTGGATGTTTGCATT-A-GAAACGTGAAGCAAAAG
* * * * * *
70447 CTATCCATTGACAATAAAAGTCCATTAATAGTCACTCAT-GCCATTG
124 CCATCCATTGACAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACTTATAGCCTTTG
*** * * * * * *
70493 AAAGCCTAGTTACTTGTTTTAAATACTTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTAAAAT-GAAATCTT-
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATA-TTTCACAATCTTATAAAT-AATTTTAAATCAAAAT-TTA
* ** * * * * * ** * *
70556 TTTCATTTTAGGTTAAAATAGATCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAAATAGAAGCAA
63 TTTTATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
* ** * * *
70621 TCAATTGACAAGAAAAGGCCACTTATAGTCAGTCATA-CCTTTG
127 TCCATTGACAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACTTATAGCCTTTG
* ** * * * *
70664 AAAGTCTCAG-TACTTGCTTTAAATACTTTTC-TAATCTTACAAATGATTTAAAATCAAAATCTT
1 AAAGCCT-AGTTACTCACTTTAAATA--TTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAA--TT
* * * ** * * * * *
70727 TTTTTTATCTTTGGTTCAATTCA-ATCAAAATTGGATG-CTGCATCATGAAACATGAAACAAAAG
61 TATTTTATTTTTTGTT-AAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAACGTGAAGCAAAAG
* * * * * * *
70790 CCATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAT-GTCATCG
124 CCATCCATTGA-CAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACTTATAGCCTTTG
* * * * * * *
70836 AAAGGCCT-GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAAATGATTTTAAATCAAAA--TCT
1 AAA-GCCTAGTTACTCACTTTAAAT-ATTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATTTAT
** *
70898 TTTATGTTTTTGGTTAAAGTA-ATCATAATTGGATGTTTACATTGAGAAA
64 TTTAT-TTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGAAA
70947 TATGAAGTGA
Statistics
Matches: 1145, Mismatches: 245, Indels: 171
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 1 0.00
167 79 0.07
168 62 0.05
169 159 0.14
170 189 0.17
171 274 0.24
172 296 0.26
173 75 0.07
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATATTTCACAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATTTATTT
TATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA
TTGACAAGAAAATTCATTTATAGTCACTTATAGCCTTTG
Found at i:70004 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 69991--70033 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 4.3 Consensus size: 10
69981 AGCCTTGTTG
69991 TCATTTTAAA
1 TCATTTTAAA
70001 TCATTTTATAA
1 TCATTTTA-AA
*
70012 TC-TTATAAA
1 TCATTTTAAA
*
70021 TGATTTTAAA
1 TCATTTTAAA
70031 TCA
1 TCA
70034 AAATACTTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 3 0.11
10 20 0.74
11 4 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (10 bp):
TCATTTTAAA
Found at i:70358 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 69291--71009 Score: 1124
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 168
69281 NNNNNNNNNN
* * * * * *
69291 CATGCCATTAAAAGCGTAGTTACTAGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAAATTATTTTATATC
1 CATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAA-TATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC
* * *
69356 AAAATATTTTTCATTTTTTG-TTAAAAT-AGATCATAATTGGTTATTTGCATTAGGAAACATGAA
65 AAAATATTTTT-A--TTTTGATTAAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAAGATGAA
* * * * * *
69419 GCAAAAGCCATCAATCGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCAGT
126 GCAGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * ** * * *
69462 CATGCCTTTGAAAGCCTCGTTACGCACTTTAAATAGTTTTCCAAACCTATAATTGATTTTAAATC
1 CATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC
* * * * *
69527 AAAATCATTTTCATTGTAGGTTAAAA-CAATCATAATTGGATG-TTGCATCATGAAATG-TGAAG
65 AAAAT-ATTTTTATT-TTGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAA-GATGAAG
* * * *
69589 CAAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACT
127 CAGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * **
69631 TAAGTCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATCATTTCACAATCTTATAAACAATTTTAAA-C
1 CATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC
* * * * *
69695 TAAAATTTATTTTGTTTTTTG-TTAAAA-CAGATCATAGTAGAATGTTTGCATTAGAAAACG-TG
65 -AAAA--TATTTT-TATTTTGATTAAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAA-GATG
* * * *
69757 AACCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACT
124 AAGCAGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
69801 TATAG-CTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATAATTTTATAAT-ATATAAGT-ATTTTAAAT
1 CAT-GCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * *
69863 CAAAATATTTTTCATTTTTATT-AAAGCACATCATAATTGGATATTTGCATT-GAGAAATG-TGA
64 CAAAATATTTTT-ATTTTGATTAAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-GAAA-GATGA
* * * * * * ***
69925 AGCCGATGCCATCTATTTACAATAAAAGTGCATTTAT-GATTTGT
125 AGCAGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACT
* * ** * * **
69969 GAAGCCTTCAAAAGCCTTGTT-GTCATTTTAAATCATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC
1 CATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC
* * * * * ** *
70033 AAAATACTTTTCATTTTTAGTTCAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCCTTATGCTACATGAAGC
65 AAAATA-TTTTTATTTTGA-TTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAAGATGAAGC
* * * * * *
70098 AGATGCTATCCATTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTTAAT
128 AGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
70139 CATGCCTTCGAAAGCCTCGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTTATAAATGATTTTAAATC
1 CATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC
* * * * * *
70204 AAAATAATTTTTGTTCTTGATTAAAATGAATCATAATTAGATGTTTGAATTGGGGAAAGATGAAA
65 AAAAT-ATTTTTATT-TTGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGGAAAGATGAAG
* * ** *
70269 CAGATGCCATCAATTGACAAGAATGGTCCATTTATAGTCAAT
127 CAGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
70311 CATTG-CTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTTATAAAT-AGCTTTAAA
1 CA-TGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAA
* * * * ** * *
70374 CCAAAAATAGTTTTTGTTTTTAGTTAAAACCAATCATAATTTCATGTTTGC-TTCATGATATG-T
63 TC-AAAATA-TTTTTATTTTGA-TTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATT-AGGA-AAGAT
* * * * *
70437 GAGGCAGATGCTATCCATTGACAATAAAAGTCCATTAATAGTCACT
123 GAAGCAGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
70483 CATGCCATTGAAAGCCTAGTTACTTGTTTTAAATACTTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTAAAAT
1 CATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAAT
* * * * * * *
70548 -GAAATCTTTTTCATTTTAGGTTAAAAT-AGATCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAA
64 CAAAATATTTTT-ATTTT-GATTAAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAAGATGAA
** * * * * *
70611 ATAGAAGCAATCAATTGACAAGAAAAGGCCACTTATAGTCAGT
126 GCAGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * *
70654 CATACCTTTGAAAGTCTCAG-TACTTGCTTTAAATACTTTTCTAATCTTACAAATGATTTAAAAT
1 CATGCCTTTGAAAGCCT-AGTTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * * * * * *
70718 CAAAATCTTTTTTTTATCTTTGGTTCAATTCAATCAAAATTGGATG-CTGCATCATGAAACATGA
64 CAAAA---TATTTTTAT-TTTGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAAGATGA
* * * *
70782 AACAAAAGCCATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACT
125 AGCAGAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
70826 CATGTCATCGAAAGGCCT-GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAAATGATTTTAAAT
1 CATGCCTTTGAAA-GCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * * *
70890 CAAAATCTTTTATGTTTTTGGTTAAAGT-AATCATAATTGGATGTTTACATT-GAGAAATATGAA
64 CAAAATATTTT-T-ATTTTGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-GAAAGATGAA
* * * * * * * *
70953 G-TGAATACCATCTCGTCGATAAGAAGAGTCTATTTATAATCACT
126 GCAGAA-GCCATC-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
*
70997 CATGCCATTGAAA
1 CATGCCTTTGAAA
71010 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1218, Mismatches: 262, Indels: 136
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 14 0.01
167 70 0.06
168 44 0.04
169 162 0.13
170 211 0.17
171 339 0.28
172 295 0.24
173 72 0.06
174 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
CATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCA
AAATATTTTTATTTTGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAAGATGAAGCAGA
AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
Found at i:70825 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 69301--70952 Score: 1023
Period size: 343 Copynumber: 4.8 Consensus size: 337
69291 CATGCCATTA
* * * * *
69301 AAAGCGTAGTTACTAGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTTATAAATTATTTTATATCAAAATATTT
1 AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAA-TACTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTAAATCAAAATCTTT
* * * * * * * *
69365 TTCATT-TTTT-GTTAAAAT-AGATCATAATTGGTTATTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGC
64 TT--TTATTTTAGTTCAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCATCATGATACATGAAGCAGATGC
* * * * * * * ***
69427 CATCAATCGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCAGTCATGCCTTTGAAAGCCTCGTTACGCACTTT
126 TATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATGCCATTGAAAGCCT-GTTACTTGCTTT
** * * * ** * *
69492 AAATAGTTTTCCAAACCTATAATTGATTTTAAATCAAAATCATTTTCATTGTAGGTTAAAACA-A
189 AAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC-TTTTTGTT-TTGGTTAAAATAGA
* * *** ** * * * * * * * *
69556 TCATAATTGGATG-TTGCATCATGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTTCAT
252 TCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAAACAGAAGCAATCAATTGACAAGAAAGGTCCAC
* * * *
69620 TTGTAGTCACTTA-AGTCTTTG
317 TTATAGTCAATCATA-CCTTTG
* * **
69641 AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-CATTTCACAATCTTATAAACAATTTTAAA-CTAAAAT-TT
1 AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAC-TTTTATAATCTTATAAATGA-TTTAAATC-AAAATCTT
* * * * * * * * * * *
69703 ATTTTGT-TTTTTGTT-AAAACAGATCATAGTAGAATGTTTGCATTA-GAAAACGTGAACCAAAA
63 -TTTT-TATTTTAGTTCAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCATCATG-ATACATGAAGCAGAT
* * * * **
69765 GCCATCCATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACTTATAG-C-TTCGAAAGCCTAGTTACTCA
124 GCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCAT-GCCATT-GAAAGCCT-GTTACTTG
* * * * * ** **
69827 CTTTAAATAATTTTATAAT-ATATAAGT-ATTTTAAATCAAAATATTTTTCATTTTTATTAAAGC
185 CTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTT-GTTTTGGTTAAAAT
* * * * * ** * * * * * * * * *
69890 ACATCATAATTGGATATTTGCATTGAGAAATGTGAAGCCGATGCCATCTATTTACAATAAAAGTG
249 AGATCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAAACAGAAGCAATCAATTGACAAGAAAGGTC
* *** * **
69955 CATTTAT-GATTTGTGA-AGCCTTCA
314 CACTTATAG-TCAATCATA-CCTTTG
* * **
69979 AAAGCCTTGTT-GTCATTTTAAAT-CATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATACTT
1 AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATAC-TTTTATAATCTTATAAATGA-TTTAAATCAAAAT-CTT
** * * *
70042 TTCAT-TTTTAGTTCAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCCTTATGCTACATGAAGCAGATGCTA
63 TTTTTATTTTAGTTCAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATCATGATACATGAAGCAGATGCTA
* * * *
70106 TCCATTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTTAATCATGCC-TTCGAAAGCCTCGTTACTTGCTTTA
128 TCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATGCCATT-GAAAGCCT-GTTACTTGCTTTA
* * *
70170 AATAGTTTTCTAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATAATTTTTGTTCTTGATTAAAAT-GAA
190 AATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT-CTTTTTGTT-TTGGTTAAAATAG-A
* * * *
70234 TCATAATTAGATGTTTGA-ATTGGGGAAAGATGAAACAGATGCCATCAATTGACAAGAATGGTCC
252 TCATAATTAGATGTTT-ACATT-GGGAAACATGAAACAGAAGCAATCAATTGACAAGAAAGGTCC
* **
70298 ATTTATAGTCAATCATTGCTTTG
315 ACTTATAGTCAATCATACCTTTG
* * * * *
70321 AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGA-TTTTGTAATCTTATAAATAGCTTTAAACCAAAAATAGT
1 AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAT-ACTTTTATAATCTTATAAAT-GATTTAAATC-AAAAT-CT
* * * ** * ** *
70385 TTTTGT-TTTTAGTTAAAACCAATCATAATTTCATGTTTGCTTCATGATATGTGAGGCAGATGCT
62 TTTTTTATTTTAGTTCAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATCATGATACATGAAGCAGATGCT
* *
70449 ATCCATTGACAATAAAAGTCCATTAATAGTCACTCATGCCATTGAAAGCCTAGTTACTTGTTTTA
127 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-ATAGTCACTCATGCCATTGAAAGCCT-GTTACTTGCTTTA
* * * * *
70514 AATACTTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTAAAAT-GAAATCTTTTTCATTTTAGGTTAAAATAGA
190 AATAGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAATCAAAATCTTTTT-GTTTT-GGTTAAAATAGA
*
70578 TCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAAATAGAAGCAATCAATTGACAAGAAAAGG-CCA
252 TCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAAACAGAAGCAATCAATTGACAAG-AAAGGTCCA
*
70642 CTTATAGTCAGTCATACCTTTG
316 CTTATAGTCAATCATACCTTTG
* * * *
70664 AAAGTCTCAG-TACTTGCTTTAAATACTTTTCTAATCTTACAAATGATTTAAAATCAAAATCTTT
1 AAAGCCT-AGTTACTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTTATAAATGATTT-AAATCAAAATC-TT
* * * * * * * * *
70728 TTTTTATCTTTGGTTCAATTCAATCAAAATTGGATG-CTGCATCATGAAACATGAAACAAAAGCC
63 TTTTTAT-TTTAGTTCAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATCATGATACATGAAGCAGATGCT
* * * *
70792 ATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTCATGTCATCGAAAGGCCTGTTACTCGCTTT
127 ATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCAT-TATAGTCACTCATGCCATTGAAA-GCCTGTTACTTGCTTT
* * *
70856 AAATGGTTTTATATTCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTATGTTTTTGGTTAAAGTA-A
189 AAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTT-TG-TTTTGGTTAAAATAGA
* * *
70920 TCATAATTGGATGTTTACATTGAGAAATATGAA
252 TCATAATTAGATGTTTACATTGGGAAACATGAA
70953 GTGAATACCA
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 204, Indels: 108
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 12 0.01
337 125 0.12
338 130 0.12
339 67 0.06
340 122 0.12
341 32 0.03
342 109 0.10
343 242 0.23
344 204 0.19
345 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTTATAAATGATTTAAATCAAAATCTTTTT
TTATTTTAGTTCAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATCATGATACATGAAGCAGATGCTATCC
ATTGACAAGAAAAGTCCATTATAGTCACTCATGCCATTGAAAGCCTGTTACTTGCTTTAAATAGT
TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTGTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTA
GATGTTTACATTGGGAAACATGAAACAGAAGCAATCAATTGACAAGAAAGGTCCACTTATAGTCA
ATCATACCTTTG
Found at i:80004 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 79986--80010 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
79976 AAATAGATCT
79986 TTCAGATTTTAGG
1 TTCAGATTTTAGG
79999 TTCAGATTTTAG
1 TTCAGATTTTAG
80011 CATTTTAGGT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.20, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TTCAGATTTTAGG
Found at i:87509 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 87466--87570 Score: 122
Period size: 35 Copynumber: 2.9 Consensus size: 36
87456 NNNNNNNAAC
*
87466 AATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTGATTAAACA
1 AATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
* * * * ***
87502 AATTTAATCAATTACGTCGAATAACTTAATT-ATTT
1 AATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
*
87537 AATTTAATTAATTAGGCCCAATGACTTAATTAAA
1 AATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAA
87571 TAATNNNNNN
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 14, Indels: 2
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 27 0.50
36 27 0.50
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (36 bp):
AATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACA
Found at i:106231 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 105942--110837 Score: 2794
Period size: 170 Copynumber: 28.8 Consensus size: 170
105932 GCCTTCTTAC
* * *
105942 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTCTTT-AGTTTTGGTTC
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTT-TTTCATTTTTGGTTA
* * * * * *
106006 AAACATATTATAATTT-ATTATTTGCAT-TATGAAACATTAAGCGAAAGCCATCCATTCACATGA
65 AAACATATCATAATTTGA-TGTTTGCATCGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA
* * * *
106069 AAAATCCATTTACAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATAGTCAT
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
*
106112 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTAATTTTTGGTTAA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* ** * *
106177 AACAAATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAATGTGGAGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAA
66 AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA
* * * ** * *
106242 GTCCATTTATAATTACTCATGTCTACGAAAGCATAGTTAC
131 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
* * * * ** * * * *
106282 TCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGACTTCAAATCAAAGTTTTTTCAATTCTGATTAA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * * * * * *
106347 AACAAATCATAATTGGATGTTTGC-GCTAGGAAACGTAAAGCGAGAGCCATCCATTGACAAGAAA
66 AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
* * * * * *
106411 AGTCTATTGATA-TGCACTCAGGCC-TTCAAACTCCTAGTTCT
130 AGTCCATTTATAGT-CACTCATGCCTTTGAAA-GCCTAGTTAT
* * * * * ** * **
106452 T-AATTGAAATTGTTTTGTAAACTTATAAATGATTTTAAATCAAATTTTTTTC----CTCATTAA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * * * * * * *
106512 AACAGATCCTAA-TTGAATGTTTGCATCAAGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCCTTGATAAGCAA
66 AACATATCATAATTTG-ATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
* * * * *
106576 AGTTCATTTATAATCACTCATTCCCTTGAAAGCCTAGTTAC
130 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
* ** *
106617 TCACTTAAAAT-GATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGACCTTTTTTCATTTTT-ATT-
1 TCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA
** * * * * * *
106679 AAA-ATAGAAGTATTTTGAAGTTTGCATC-AGGAA-ATGCAAAACGAAAGCCAACCATTAACAAG
65 AAACATATCA-TAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATG--AAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
* * * * ** *
106741 AAAAGTACATTTATTGTAACTCATGTCTTCCAAAGCCCT-GTTAC
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAG-CCTAGTTAT
* * * * * * **
106785 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATAAATTAAAATTGAATTTTTTTCAATAATGGTTAA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * * ** * * * * * *
106850 AAAAAACCATAATTTTTTATTTGCATAG-GGAA-TTGCAAAGTGAAAGCCATCCATTGA-TAGAA
66 AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATG--AAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG-A
** * * * *
106912 AAAGTTAATTTATAGTTACTCGTGCCTTTGAAAACCTAGTTAC
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
* * * * * * **
106955 TCACTTTAAA-GGACTTTATAATCTTATAAATAACTTTAAATTGATTTTTATTTCATTCTCAGTT
1 TCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTT-TTTCATTTTTGGTT
* * * * * *
107019 AAAACAGATCTTAATTTGTTGTTTGCATTGGGAAACATAAAGC-AAACGCCATCCATTGACAA-A
64 AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAA-GCCATCCATTGACAAGA
* * * * *
107082 AATAGTCCATTTATAGTCTCTAATGCTTTTGAAAGCCTTGTTAC
128 AA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
* ********** *
107126 TCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAACTTTCTTT-A-TTTTGGCTT
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGG-TT
* * * * * * * *
107189 AAAACAAATTATAATTTGTTATTTGCATTTG-GAAACATGAAAC-AAAGTCATCCATTGACAAAT
64 AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC-AAG
* * * * *
107252 AAAAGTCCACTTACAGTCACTCATG-CTTTCAAAAGCATAGTTAC
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAAAGCCTAGTTAT
** * * * **
107296 TCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTG-ATTTTTTTTATTTTAAGTTAA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * *
107360 AACATATCATAATTTGAT-TCTTGCATCGTGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAA
66 AACATATCATAATTTGATGT-TTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC--AAGA
* * * * * *
107424 AAAATCCATTTATACTTATTCATGCCTTCGTAA-CACTAGTTAT
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC-CTAGTTAT
* ** * *
107467 TCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAACT-AATTTTTTTTCTTTTTTGGTTA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * * * *
107531 AAACAAATCAAAATTT-ATTTTTTACATCGGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACATGAA
65 AAACATATCATAATTTGA-TGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAA
* * * *
107595 AAGTCCATTTATAGTCACTCATACATTCGAAAGCCTAGTTCT
129 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
** ** * * * * * * * * *
107637 TTGCTCAAAATGGTTTTATAGTCATAGAAATTATTTTGAATTGAA-TTTTTTCAATTTTGGGTGA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * * * * * * ** * ** *
107701 AACAAATCAT-TTTTTATGTTTGTATGGGGAAAGGA-GAATTGATAGCCATCCATCAATAAGAAA
66 AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAA-CATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
* * * *
107764 AGTCAATTTGTAGTCACTCTTGCCTTTGAAAG-CTAAGTTAC
130 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCT-AGTTAT
* * * *
107805 TC-TTTTCAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTTAAAATGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA
1 TCACTTT-AAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA
** * * * * *
107869 AAGTAGATCATAATTT-ACTATTTGCAT-TAGGAAATC-TAAAGTGAAAGCCATCCA-TGACAAG
65 AAACATATCATAATTTGA-TGTTTGCATCGA-GAAA-CATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
* ** * * * *
107930 CAAAGTTTATTTATAGGCACTCATG-CTTTCAAAAGCCTAATTAC
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAAAGCCTAGTTAT
* * * ** * *
107974 ACACTTAAAATAGTTTTATGATCGCATAAATGATTTTGAATTGAATTTTTATTTCATATTTGGTT
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTT-TTTCATTTTTGGTT
* * * * * ** * *
108039 AAAA-AGATCTTAATTT-ATTTTTTGCATCGAGAAGCATAAAATGAAAGTCATCCATTGACAAAA
64 AAAACATATCATAATTTGA-TGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA
* * * * **
108102 AAAGTCCATTTATAATCTCTCATGCCTTCGAAAGCTTTTTTAT
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
** * * * * * * *
108145 TTGCTTTACATGGTTTTATAATCTTGTAAATAATTTTAAAAT-AATTTGCTTTTCTTTTTTGGCT
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT--TTTTCATTTTTGGTT
** * * * *
108209 AAAACA-AGT--TCAA-TTGATTGTTTGCATC-AGGAAATGTGAAGCAAAATCCATCAATTCACA
64 AAAACATA-TCAT-AATTTGA-TGTTTGCATCGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACA
* * * * * *
108269 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATACC-CTGAAAAACCTTA-TTAC
125 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG-AAAGCC-TAGTTAT
* * * * *
108315 TCGCTTCAAAT-GTTTTATAATGTCATAAATGATTTTTAATTGAATTTTTTTTCCATTTTTGGTT
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTT-CATTTTTGGTT
* * * * * * * * *
108379 AAAATATATTATAATTTGTTGTTTACAT-TAGGAAACACGAGGCAAAAACCATCCATTGACAAGA
64 AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA
* * * *
108443 AAAGTCAATGTATA-T---TCATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTAC
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCC-TAGTTAT
* * * * *
108482 T-AGC-TTAAAGTAGTTTAATAA-CTTAATAAATGAATTTAAATAGAATTTATTTTTATTTTTAG
1 TCA-CTTTAAA-TAGTTTTATAATCTT-ATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGG
*** * * * * *
108544 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTCAAAAT-GGGAAACGTGAAGTGAAAACCATCCATTAACAA
62 TTAAAACATATCATAATTTGATGTT-TGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
* * * ** *
108608 GAAAAGTCCATTTTTAGTCATTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACT
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTA-T
* * * * **
108654 T-ACTTTAAGTGGTTTTATAATCCTATCAATGATTTTAAATTGAATTTTCTTTTGTTTTTGGTTA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTT-TTTCATTTTTGGTTA
* * * * * * * * *
108718 AAATATATCATAA-TTCATTCTTTGCAT-AAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTAGTAATATGA
65 AAACATATCATAATTTGA-TGTTTGCATCGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA
* * *
108781 AAAGTGCATTTATTGTTAGTCATGCCTTCAGTCATGTCTTCT-AAAGCCTAGTTAC
128 AAAGTCCATTTA----TAGTCA------C--TCATGCCTT-TGAAAGCCTAGTTAT
** * * *
108836 AAACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTG-A-TTTTTTAATTTTTGGTTAA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * *
108899 AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGGCA-CTTATTGATAATG-A
66 AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATC-CATTGACAA-GAA
* *
108962 AAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAGTTAC
129 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
* * * * ***
109004 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATT-AATTTTTTTTTATTTTCAATTA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * * * *
109068 AAACAGATAACAATTTGTTGTTTCCAT-TAGGAAACATGAA-C-AAATGCCATCCATTG-CAAAA
65 AAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGA-GAAACATGAAGCGAAA-GCCATCCATTGACAAGA
* ** * *
109129 AATAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTAG
128 AA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
* * **
109173 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTCAAAATGAATTTTTTTCATTCATGGTTAA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* ** * *
109238 AACATATTATAATTTTTTGTTTGCATC-AGGAAACAT-AAGGGAAAGCCATCCAATGACAAGAAA
66 AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
* * ** * *
109301 AGGCTACGTATAGTCACTCATGACTTTGAAAGCCTTGTTACT
130 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTA-T
* **
109343 TGCAC---AAAGTAGTTTTATAA-CTTTATAAATAATTTTAAATAAAATTTTTTTATCATTTTTG
1 T-CACTTTAAA-TAGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTT-TCATTTTTG
* * ** * * * * * *
109404 GTCAAAGCATATCATAATTTGACCTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCGA
61 GTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
* * * * ** * * *
109469 CAAAGGTCCATTTATAGTCACTCGTTCCTTCAAAAGCTTTGTTAC
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
* * * * * *
109514 T-GCTTTAACTAGTTTTATAA-CTTTATGAATAATTTTTAATTGAATTTCTTTTC-TTTGTT-TT
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTT-TTGGT
* * * * * * * * *
109575 TAAAACAGATCATAATTTAATGTTTTCATTG-GTAAACTTGAAACAAAAGCCATTCATTAACAAG
63 TAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
* *** * ** * *
109639 AAATGTTTGTTTATTGTCACTCATGCCTTCAAAAG-CTTGATGACT
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAG-TTA-T
* * * *
109684 T--GTATTAAATAGTTTTATAA-CATTATAAAAGATTTTAAATTGAATTATTTTCATTTTTTGTT
1 TCACT-TTAAATAGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT
* * * * * * * *
109746 TAAACATATCATAATTTAATGTTTGTA-GGAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTAACAAGA
64 AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA
* * *
109810 ATAGTCCATTTATATTCACTCATG-CTCTTGAAAGCCCAGTTAT
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TTGAAAGCCTAGTTAT
* * * * *
109853 TTACTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAAATTATTTTAAATGGAATTTTTTTCATTTCTT-GTTA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTT-TTGGTTA
* * * * * * * *
109917 AAGCATGTCATAGA-TGGATAG-TTGCATC-AGAAAACATGAAGTGAAAGCTATCTATTGATATG
65 AAACATATCATA-ATTTGAT-GTTTGCATCGAG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG
* * * * *
109979 AAAAGTTCATTTATGGTCACTCATG-CTTTCAAAACCCTTGTTACT
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAAAGCCTAGTTA-T
* * *
110024 T-ACTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATT---TTTTTTTCATTTTTGATTA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * * * ** * **
110084 AAACAGATCATAATATGATATTTGTATTG-GGAATGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGACAAGAAA
65 AAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
* * * * *
110148 ATTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTCGAGTTACT
130 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTA-T
* * * * * * **
110190 T-GCTTTAAA-ATGTTTTATAACCTTAAAAATGATTTTATATT-AATTTTTTT-AATTCTACTTA
1 TCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * * ** * *
110251 GAAA-AAATCTTAATTTGTTGTTTGCAT-TAGGAAACACGAAGTAAAAGGCATCCATTAACAA-A
65 -AAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA
* ** * * * ** *
110313 AAAGGTCCATTTATAATCTTTAATTCCTTCGAAAGCCTTCTTAC
128 AAA-GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
* * * ** *
110357 TCGC-TCAAATAGTTTTATAATGTTATAAATGATTTTGGATTGAATTTTTTTTCATTTTT--TAA
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * * * * * **
110419 AAAGAGATAATAATTT-ATTGTTTACATCAAGAAACATAAAGCAAAATCTGTCCATTGACAAGAA
65 AAACATATCATAATTTGA-TGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAA
* * * *
110483 AAGTCCATATATAGTGACTCATGCCTTTAAAAGCTCT-GTTAC
129 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC-CTAGTTAT
* * * * *
110525 TCA-ATTAAAGT-GGTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTGAATAGAATTTTTTTTTCATTTTTAG
1 TCACTTTAAA-TAGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTTTTTCATTTTTGG
* * *** *
110587 TTAAAACATATCATAATTTGATATTTACAAT-GA-AAACATGAAGCGAAAGCCATTTGTTGATAA
62 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGC-ATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
* * * * ** *
110650 GAAAAGTCCATTAACAGTCACTTATGTCTTCAAAAGTCTAGTTACT
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTA-T
* * * * *
110696 T-ACTTGAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTTC-TTTTGTTGTC
1 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTT-TGGTT
* ** * * *
110759 AAAA-ACTGATCATAATTTGATGTTTGCAAT-GGGAAATGTGAAGCTAAAGCCATCCAATGATAA
64 AAAACA-T-ATCATAATTTGATGTTTGC-ATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAA
110822 GAAAAGTCCATTTATA
126 GAAAAGTCCATTTATA
110838 CTCAATCACA
Statistics
Matches: 3659, Mismatches: 852, Indels: 428
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 80 0.02
166 144 0.04
167 199 0.05
168 503 0.14
169 607 0.17
170 1188 0.32
171 607 0.17
172 181 0.05
173 2 0.00
175 6 0.00
176 6 0.00
179 1 0.00
180 69 0.02
181 8 0.00
182 1 0.00
183 55 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAT
Found at i:110190 original size:166 final size:164
Alignment explanation
Indices: 108812--115447 Score: 866
Period size: 170 Copynumber: 39.4 Consensus size: 164
108802 ATGCCTTCAG
* * * ** *
108812 TCATGTCTTCTAAAGCCTAGTTACAAACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATAATTTTAAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAA
* * * * * * * *
108876 TTGATTTTTTAATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCG
65 TT-TTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAG-GGAATATGAAGC-
* * * *
108941 AAAGGC-A-CTTATTGATAATG-AAAGTCCATTTATAGTCAC
125 AAAAGCTATC-AATTGACAA-GAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * ** *
108980 TCATACCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATAATTTTAAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAA
* ** * * * * ** * *
109044 TTAATTTTTTTTTATTTTCAATTAAAACAGATAACAATTTGTTGTTTCCATTAGGAAACATGAA-
65 -T--TTTTTTTTCATTTT-TGTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTA-TAGGGAATATGAAG
* * * *
109108 CAAATGCCATCCATTG-CAA-AAAATAGTCCATTTATAGTCTC
124 CAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAAT--TCCATTTATAGTCAC
* ** * * * *
109149 TCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTCAAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTT-TAA
* * * * * ** * * * *
109213 ATGAATTTTTTTCATTCATGGTTAAAACATATTATAATTTTTTGTTTGCATCAGGAAACAT-AAG
64 AT--TTTTTTTTCATT-TTTGTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTAT-AGGGAATATGAAG
** * ** * **
109277 GGAAAGCCATCCAA-TGACAAGAAAAGGCTACGTATAGTCAC
124 CAAAAGCTAT-CAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * ** * ** * *
109318 TCATGACTTTGAAAGCCTTGTTACTTGC-ACAAAGTAGTTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAA-TGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAA
* * * ** * * *
109382 TAAAATTTTTTTATCATTTTTGGTCAAAGCATATCATAATTTGACCTTTGCATTGGGAAACATGA
65 T----TTTTTTT-TCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAGGG-AATATGA
* * * * * **
109447 AGCAAAAGCCATCTATTGGCGACAAAGGTCCATTTATAGTCAC
122 AGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * *** * * * * * *
109490 TCGTTCCTTCAAAAGCTTTGTTAC-TGCTTTAACTAGTTTTATAACTTTATGAATAATTTTTAAT
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * *
109554 TGAATTTCTTTTC-TTTGTTTTTAAAACAGATCATAATTTA-ATGTTTTCATTGGTAA-ACTTGA
66 T---TTT-TTTTCATTT-TTGTTAAAACAGATCATAATTGATAT-TTGT-ATAGGGAATA--TGA
* * * *** *
109616 AACAAAAGCCATTC-ATTAACAAG-AAATGTTTGTTTATTGTCAC
122 AGCAAAAGCTA-TCAATTGACAAGAAAAT-TCCATTTATAGTCAC
* ** * * * * *
109659 TCATGCCTTCAAAAG-CTTGATGACTT-GTATTAAATAGTTTTATAACATTATAAAAGATTTTAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAG-TTACTTACT-TTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAA
* * * * * * *
109722 ATTGAATTATTTTCATTTTTTGTTTAAACATATCATAATTTAATGTTTGTAGGAGGAAATATGAA
64 ATT---TTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTA-TAGGGAATATGAA
* * * * *
109787 GCAAAAGCCATCAATTAACAAGAATAGTCCATTTATATTCAC
123 GCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * *
109829 TCATGCTCTT-GAAAGCCCAGTTATTTACTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAAATTATTTTAAA
1 TCATGC-CTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAA
* * * * * ** *
109893 TGGAATTTTTTTCATTTCTTGTTAAAGCATG-TCATAGATGGATAGTTGCATCAGAAAACATGAA
65 T---TTTTTTTTCATTT-TTGTTAAAACA-GATCATA-ATTGATATTTGTAT-AGGGAATATGAA
** * * * *
109957 GTGAAAGCTATCTATTGATATGAAAAGTT-CATTTATGGTCAC
123 GCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAA-TTCCATTTATAGTCAC
* * * *
109999 TCATGCTTTC-AAAACCCTTGTTACTTACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCC-AGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAA
* *
110063 TTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATCATAATATGATATTTGTATTGGGAATGTGAAGCAAA
65 TTTTTTTTTCATTTTTG-TTAAAACAGATCATAAT-TGATATTTGTATAGGGAATATGAAGCAAA
* * *
110128 AGTTATCCATTGACAAGAAAATTCCATTCATAGTCAC
128 AGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
110165 TCATGCCTTCGAAAGTCGAGTTACTTGCTTTAAAAT-GTTTTATAACCTTAAAAATGATTTTATA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTT-AAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAA
* * ** * * * * * * * * *
110229 TTAATTTTTTTAATTCTACTTAGAAA-AAATCTTAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAACACGAAGT
65 TT--TTTTTTTCATTTTTGTTA-AAACAGATCATAA-TTGATATTTGTA-TAGGGAATATGAAGC
* * * * **
110293 AAAAGGC-ATCCATTAACAA-AAAAGGTCCATTTATAATCTT
125 AAAA-GCTATCAATTGACAAGAAAA-TTCCATTTATAGTCAC
* * *** ** * *
110333 TAATTCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGC-TCAAATAGTTTTATAA-TGTTATAAATGATTTTGGA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTT--A
* * * * * ** * * * *
110396 TTGAA-TTTTTTTTCATTTTT-TAAAAAGAGATAATAATTTATTGTTTACATCAAGAAACATAAA
63 ---AATTTTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGA-TATTTGTAT-AGGGAATATGAA
* * * * * *
110459 GCAAAATCTGTCCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTGAC
123 GCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
** * * * *
110501 TCATGCCTTTAAAAGCTCTGTTACTCA-ATTAAAGTGG-TTTATAACTTTATAAATGATTTTGAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAA-TGGTTTTATAACTTTATAAATGA-TTT---
* ** ** *
110564 TAGAATTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTGATATTTACA-ATGAAAACATGA
61 TA-AATTTTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATA-GGGAATATGA
* * *** * * * *
110628 AGCGAAAGCCATTTGTTGATAAGAAAAGTCCATTAACAGTCAC
122 AGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
110671 TTATGTCTTCAAAAGTCTAGTTACTTACTTGAAATAGTTTTATAA-TCTTATAATTGATTTTAAC
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAA-
* * * * * * *
110735 TTGAATTTTTTTTCTTTTGTTGTCAAAAACTGATCATAATTTGATGTTTGCA-ATGGGAAATGTG
64 ---ATTTTTTTTTCATTT-TTGT-TAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATA-GGG-AATATG
* * * * * *
110799 AAGCTAAAGCCATCCAA-TGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCAA
121 AAGCAAAAGCTAT-CAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
** * * * ** * * ** **
110843 TCACACCTTCAAAAGCCTAGATACTCGCTTTAAATGATTTTGAGTTGAA-TTTTTTTATTTTTGT
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTT-A--T-AACTTTATAAATGATT-T
***** * * * ** * * * * * **
110907 GTAAAAAAGATCTTAATTTGTTATTTGTATC-GA--AAAATGGGA-A---GTAAAAGCCATCCAT
61 -TAAATTTTTTTTTCATTT-TT-GTTAAAACAGATCATAAT-TGATATTTGTATAGGGAAT--A-
* * * * **** * * *
110965 TGACA-AAAAAG--GTCTATTTAC-AGTCTCTCATGCATTTGAAAGCTTTGA-
119 TGA-AGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAAT--TCCATTT-ATAG---TCAC
* * * * * * * ** *
111013 T-ATTCGCTT-TAAA----ATGTT-C-TA---T-AAT-CTTGTA-AA--TGAT--CTTAACTTGA
1 TCATGC-CTTCGAAAGCCCA-GTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAA
* * * * ** * * *
111060 ATTTTTTTTTCATTTTTCATTAAAATAGATCACAATTTGATGTTTCCATTGAGAAACATGAAGCG
64 ATTTTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAG-GGAATATGAAGC-
* * * * * *
111125 AAAATC-ATCCATTGATAAGAAAAGTACATTTATAGTCAG
125 AAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * ** *
111164 TTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTCTAAATCTTTTTATAAGTTTATAAATGATTTTAAAT
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAAT
* * * ** * * * * *
111229 TAAATTTCTTTTCATTATTCGCTAAAACATATCATGTTTTATTGTTTGCATTAGGAAACATGAAG
66 T---TTT-TTTTCATT-TTTGTTAAAACAGATCATAATTGA-TATTTGTA-TAGGGAATATGAAG
* * * * * * *
111294 CGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATGTATAGCCAC
124 CAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * ** * * *
111335 -CTACGACTTCAAAAGCCTTGTTACTTGC-TCAAAGTCGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAA
1 TC-ATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAA-TGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAA
* * * * * * * *
111398 ATAGAATTTCTTTTCATTCTTGGCTAATGA-ATATCATAATTTGATCTTTGCATTGGGAA-ACGT
64 AT----TTTTTTTTCATT-TTTGTTAA-AACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAGGGAATA--T
*** * * * * * *
111461 GAAGTGCAAGCCATTC-ATTGACATGAAAAGTCCGTTTATTGTTAC
120 GAAGCAAAAGCTA-TCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * * *
111506 TCATACCTTCAAAAG-CCTGATTATTTGCTTTAAATAGTTTTATAACATTAGAAATGATTTTAGA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAG-TTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAA
* * * ** *
111570 TTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAACACATATCATAATTTAATATTTACATCAGGAAATATGAAG
65 TT---TTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTAT-AGGGAATATGAAG
* * ** * * * * *
111635 CGAAAGCCATTTATAGACAAGAAAAGTCCATTCACATTCAC
124 CAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * * ** *
111676 TGATGCCTTCGAAAGCCTAATTAGTTGCTTTAAATTAATTTTAT-AGTCTTATAAATGATTTTAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAA-TGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAA
* * * * * * *
111740 ATGGACTTTTTTTCATTTCTTGTTAAAATAGATCATAGATGGATGTTTGCTTCTA-GAAATGTGA
64 AT---TTTTTTTTCATTT-TTGTTAAAACAGATCATA-ATTGATATTTG--TATAGGGAATATGA
* * * * * *
111804 AGCAAAGGTTATCTATTGATAAGAAAAATCAATTTATAGTCAC
122 AGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * ** * * ** * *
111847 TCATGCCTTTGAAAGACTTGTTGCTCACTTTATGTGGTTTTATAACTTTAAAAATGATTTTGAAC
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTT-AAA
* * * * * * *
111912 TTATTTTTTTCATTTTTTGCTCAAAA-AGATTATAATTTAATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGC
65 TT-TTTTTTTCA-TTTTTG-TTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAGGG-AATATGAAGC
* * * *
111976 AAATGTTATCCATTGACAAGAAAAGTT-TATTTATAGTCAC
125 AAAAGCTATCAATTGACAAGAAAA-TTCCATTTATAGTCAC
* * ** * * ** * * *
112016 TTATACCTTCGAAAGCTGAGTTACTTAATTTAAATTGTTTTATAACCATAAAAATGATTTTGTAT
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTT-AAA
* * * * ** * * * * * *
112081 TGATTTTTTTTAATTCTAGTTAGAGTAGATCTTAGTTTGTTATTTGCATTGGGAAACATGAAGCA
65 T--TTTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATA-ATTGATATTTGTATAGGG-AATATGAAGCA
** * * * * *
112146 AAAGGC-ATCCGTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATCTC
126 AAA-GCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * ** * * *
112185 TAATACCTTC-AGTAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAA-TATTGTAAATGATTTTGG
1 TCATGCCTTCGA-AAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTT--
** * * ** * *
112248 ATTGAA-TTTTTTTTCATTTTT-TTAAAAGTGATAATAATTTAT-TGTTCACATCGGGAAACATG
62 A---AATTTTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGATAT-TT-GTATAGGG-AATATG
* * * * * *
112310 AAGTAAAAGCCATCCA-TG---A-ATAAGTCCATGTATAGTCAC
121 AAGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * *
112349 TCATGCCTTCGAAAACCTTA-TTACTCAC-TTAAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTGA
1 TCATGCCTTCGAAAGCC-CAGTTACTTACTTTAAA-TGGTTTTATAACTTTATAAATGA-TTT--
* * * ** ** *
112412 ATAGAATTTTATTTTT-ATTTTTAGTTAAAACATATCACAATTTAATATTTACA-ATGAAAACTG
61 -TA-AATTTT-TTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATA-GGGAA-TA
* ** * * * * **
112475 TGCAGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTGTATTTATAGTCAC
119 TGAAGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
112521 TCATGTCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTAAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATAATTGTAAC
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAA
* * * * ** * *
112585 TTGAATTCTTTCTTTCTTTAGTTAAAACTGATCATAATTTGATATTTACATAAGGAAACATGAAG
65 TT--TTTTTTTCATT-TTT-GTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTAT-AGGGAATATGAAG
* * * *
112650 CAGAAGCTATGC-ATTGACAAGAAAAGTT-CATTTGTAGCCAA
124 CAAAAGCTAT-CAATTGACAAGAAAA-TTCCATTTATAGTCAC
* * * * * **
112691 TTATGCCTTCAAAAGCCTAGATGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAA
* * * * * * **
112755 TTGAATTTTTTCAATTTTTGTTTAAAATAGATCTTAATTTGTTGTTTGTATCAGGAAATGGGAAG
65 TT--TTTTTTTC-ATTTTTG-TTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTAT-AGGGAATATGAAG
* * * * **
112820 CGAAAGGC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCTT
124 C-AAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
** * * * * * *
112861 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTCTATAA-TCTTACAAATAATTTTAAG
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAA
* * * * * *
112925 TTGAATTTTTCTTCATATTTTGTTAAAACAGATCACACTTTGATGTTTGCATTGAGAA-ACGTGA
65 TT---TTTTT-TTCAT-TTTTGTTAAAACAGATCATA-ATTGATATTTGTATAGGGAATA--TGA
* ** * * *
112989 TGTGAAAG-TCATCCATTGACAAGAAAGTAT--ATTTATAGTCAA
122 AGCAAAAGCT-ATCAATTGACAAGAAAAT-TCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
113031 TCATACTTTCGAAAACCTAGTTACTTGCTTTAAAT-CTTTTAATAA-TCTTATAAATGATTTTAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTT-ATAACT-TTATAAATGATTTTAA
* * * * * ** *
113094 ATTGAATTTGTTTTCATTTTTTGTGAAAACAGGTCATAATTTGTTGTTTGCATCA-AAAAGCATG
64 ATT---TTT-TTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTAT-AGGGAA-TATG
* * * * *
113158 AAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGTAAAGTCCATTTATCA-TCAC
121 AAGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTAT-AGTCAC
* * * * * * * * *
113202 TGATGCCTTC-ATAAGTCGAGTTAC-AAGCTTTAAATTGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAG
1 TCATGCCTTCGA-AAGCCCAGTTACTTA-CTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAA
* * * * * ** * *
113265 ATTGAATTTTTTTCATTCTTGACTAAAACA-AGTCATAATTTGTTGTTTGCAT-TCGAAAAGGTA
64 ATT---TTTTTTTCATTTTTG-TTAAAACAGA-TCATAA-TTGATATTTGTATAGGGAATA--TG
** * * **
113328 AAGGGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATGGATAGTCAC
121 AAGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * ** * * ** * * *
113372 CCATGACTTCAAAAGTCTTGTTATTTGC-ACAAAGTAGTTTTATAACTTTTTAAATTATTTTAAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAA-TGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAA
** * * ** * * * *
113436 TAGAATTCCTTTTCATTCTTGGTTAAAGCTTATCATAATTTGATCTTCGTATCGAGAA-ACGTGA
65 T----TTTTTTTTCATT-TTTGTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAGGGAATA--TGA
* * * * * *
113500 AACGAAAGCTATCTATTGACAGGAAAAGTCCACTTATAGTCAC
122 AGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* ** ** * ** * * *
113543 TAATATCTTTAAAAGCCTTAG-TACTTACGATAAGTGATTCTATAACTTTATAAATGATTTTATA
1 TCATGCCTTCGAAAGCC-CAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGA-TTT-TA
* * * * * * ** *
113607 TCAAATTTCTTTTCATTTTTAGTTAGAACAGATCAAAATTTGATGTTT-TCATTGAAAAACATGA
63 --AATTTTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGT-ATAG-GGAATATGA
* * * * * * *
113671 AGCGAAAGCCATCCACTGATAAGAAAAGT-C-TGT-T--T-A-
122 AGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * ** * * *
113707 T--TGTCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-TCTTAT-AATGATTCTAGA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAA
* * * * * * * * *
113768 TTGAATTTTATTCATTTTTTGTTAAAACATATCATAATTTAAAGTTGGCACGAAGAAATATGAAG
65 TT---TTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGATA-TTTGTA-TAGGGAATATGAAG
** * * * * *
113833 TGAAAGCCATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATATTCAC
124 CAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * *
113874 TCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAATTACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAGTGATTTTAAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAA
** * * * ** * ** *
113938 TCAAGATTTTTTCATTTCTTGTTAAAACAAATCATAGATAGATGTTTGCGTCGATAAACATGAAG
65 T---TTTTTTTTCATTT-TTGTTAAAACAGATCATA-ATTGATATTTGTATAG-GGAATATGAAG
* ** *
114003 CAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCAC
124 CAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * * * *
114044 TTATGCATTTGGAAA-CCTTA-TTAATCACTTTAAGTGGTTTTATAATTTTATATATAATTTTAA
1 TCATGC-CTTCGAAAGCC-CAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAA
* * * ** *
114107 ATTTATTTTTTTCATTTTTATTAAAATAGATCGTAATTTGATA--CAT-TA-GGAA-ATG-TG--
64 A-TT-TTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAGGGAATATGAAGCA
** * * *
114164 AAAGCTATCCTTTGATAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCAC
126 AAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
114203 TTATGCCTTCGAAAGCCGAGTTACTTACTTTAAATTGTTTTATAAAC-TTAAAAATGATTTTATA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTAT-AACTTTATAAATGATTTTAAA
* * * ** * * * * * * * *
114267 TTGATTTCTTTTAATTTTGGTTAGAATGGATCTTAATTTGTTGTTTGCATTGGAAAACATGAAGT
65 TT--TTT-TTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAGG-GAATATGAAGC
* * * * * * *
114332 AAAAGCCATCCATTGA-TAGAAAAAGTCCATTCATAATCTC
125 AAAAGCTATCAATTGACAAG-AAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * ** * * ** **
114372 TAATGGCTTCAAAATCCTGGTAAATCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TGTTATAAATGATTTTGGA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAA
* * * ** * * * * *
114436 TTGAAATTTTTTTCATTGTT-TTAAAAAAGATAATAATTTTTTGTTTGCATCGAGAAATGTGAAG
65 TT----TTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAG-GGAATATGAAG
* * * * * * * * * *
114500 CGACAGCCATCCATTTACAACAAAAGTCTATGTATAGTTA-
124 CAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
** * **
114540 TCCATTACTTCAAAAGCCTTGTTACTTGAGC---AAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTT
1 T-CATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTT-A-CTTTAAA-TGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTT
* ** * * * * * * *
114602 AAACAAAATTCCTTTTCATTCTTGGTTAAAGA-ATATCATAATTTGATCTTTGCATTGCGAAATG
62 ----AAATTTTTTTTTCATT-TTTGTTAAA-ACAGATCATAA-TTGATATTTGTATAG-GGAATA
* * * * * *
114666 TGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTACATTCATAGTCAC
119 TGAAGCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
** * ** * * * * *
114712 TCATGTTTTCAAAAGCCTTGTTATTTGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTAGAAATGATTTTGAAT
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * * *** *
114777 TGAATTTATTTTTA-GTTTGTTTAAAACAAATCAAAATTCGATGTTT-TCATCAACAAACATGAA
66 T---TTT-TTTTCATTTTTG-TTAAAACAGATCATAATT-GATATTTGT-AT-AGGGAATATGAA
* * * * * * *
114840 ACGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTT-CGTTTATTGTCAC
123 GCAAAAGCTATCAATTGACAAGAAAA-TTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * ** * * *
114882 ACATACCTTCAAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAGCATTATAAATGATTTTGAAT
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * * * ** * * *
114947 TGAAATTTTTTCATTTTTTATTAACACATATCATAATTTAAAGTTTACATTGAGAAATATGAAAC
66 T---TTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGATA-TTTGTATAG-GGAATATGAAGC
* * * * * * *
115012 AAAAG-TCATCCATTTAAAAGAAAAGTCCATTCATATTCAT
125 AAAAGCT-ATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
115052 TTATGTCTTTGAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATGGTTTCAGAA-TCTTATAAATGATTTTAAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTT-AA
* * * * * ***
115116 ATGAGAGTTTTTTTCATTTCTTATTAAAACAGATCATAGATGGATGTTCGTATCTTGAA-ACGTG
64 AT----TTTTTTTTCATTT-TTGTTAAAACAGATCATA-ATTGATATTTGTATAGGGAATA--TG
** * * * * * *
115180 AAGTGAAAGCCATCCATTAATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
121 AAGCAAAAGCTATCAATTGA-CAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * * * ** * * * *
115225 TCATACCTTTGAAGGACTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTAAAAATAATTTTAAAT
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAA-
* * * * * *
115290 TTATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATATGATGTTTGCATTGGGAA-A-CATG---
65 TT-TTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAAT-TGATATTTGTATAGGGAATATGAAGCAA
* * *
115350 AAG-TGTCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
127 AAGCTATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
* * ** * * * * * *
115387 TCATACCTTTGAAAGCTGAGTTAATTGCTTTAGATTGTTTTATAACCTTAAAAATGATTTT
1 TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTT
115448 GTATTGATTT
Statistics
Matches: 4792, Mismatches: 1259, Indels: 840
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
148 5 0.00
149 12 0.00
150 3 0.00
151 11 0.00
152 8 0.00
153 8 0.00
154 13 0.00
155 10 0.00
156 6 0.00
157 3 0.00
158 10 0.00
159 84 0.02
160 91 0.02
161 19 0.00
162 111 0.02
163 18 0.00
164 61 0.01
165 34 0.01
166 117 0.02
167 160 0.03
168 318 0.07
169 856 0.18
170 1466 0.31
171 965 0.20
172 289 0.06
173 94 0.02
174 3 0.00
175 10 0.00
176 4 0.00
177 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (164 bp):
TCATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAAT
TTTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGATATTTGTATAGGGAATATGAAGCAAAAGC
TATCAATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
Found at i:111294 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 110953--115462 Score: 2477
Period size: 170 Copynumber: 26.7 Consensus size: 168
110943 ATGGGAAGTA
* * * * * * * *
110953 AAAGCCATCCATTGACAA-AAAAGGTCTATTTACAGTCTCTCATGCATTTGAAAGCTTTGATA-T
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT
* * * * * *
111016 TCGCTTTAAAAT-GTTCTATAATCTTGTAAATGATCTTAACTTGAATTTTTTTTTCATTTTTCAT
65 T-ACTTT-AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTTTTTCATTTTT-GT
* * * *
111080 TAAAATAGATCACAATTTGATGTTTCCATT-GAGAAACATGAAGCG
125 TAAAACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCG
** * * * *
111125 AAAATCATCCATTGATAAGAAAAGTACATTTATAGTCAGTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* * ** * * *
111190 GCTCTAAATCTTTTTATAAGT-TTATAAATGATTTTAAATTAAATTTCTTTTCATTATTCGCTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATT-TTTGTTAA
**
111254 AACATATCATGTTTTATTGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
128 AACATATCATAATTTA-TGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * * * * * *
111296 AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATGTATAGCCAC-CTACGACTTCAAAAGCCTTGTTACT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT
* * * * * *
111360 TGC-TCAAAGTCGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATAGAATTTCTTTTCATTCTTGGCT
65 TACTTTAAA-TGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATT-TTTGTT
* * * * *
111423 AATGA-ATATCATAATTTGATCTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTG
126 AA-AACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * * * * * * * *
111467 CAAGCCATTCATTGACATGAAAAGTCCGTTTATTGTTACTCATACCTTCAAAAGCCT-GATTATT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAG-TTACT
* * * *
111531 TGCTTTAAATAGTTTTATAA-CATTAGAAATGATTTTAGATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAA
65 TACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGTTAA
* * * * *
111595 CACATATCATAATTTAATATTTACATCAGGAAATATGAAGCG
128 AACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
** * * * * * * *
111637 AAAGCCATTTATAGACAAGAAAAGTCCATTCACATTCACTGATGCCTTCGAAAGCCTAATTAGTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* ** * * *
111702 GCTTTAAATTAATTTTATAGTCTTATAAATGATTTTAAATGGACTTTTTTTCATTTCTTGTTAAA
66 ACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTT-TTGTTAAA
* * ** * **
111767 ATAGATCATAGATGGATGTTTGCTTCTA-GAAATGTGAAGC-
129 ACATATCATA-ATTTATGTTTGCAT-TAGGAAACATGAAGCG
** * * * * * * * *
111807 AAAGGTTATCTATTGATAAGAAAAATCAATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGACTTGTTGCT
1 AAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT
* ** * * *
111872 CACTTTATGTGGTTTTATAA-CTTTAAAAATGATTTTGAACTT--ATTTTTTTCATTTTTTGCTC
65 TACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTT-AAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTG-TT
* * **
111934 AAAA-AGATTATAATTTAATGTTTGCATCGGGAAACATGAAGC-
126 AAAACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
** ** * *
111976 AAATGTTATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAG-CTGAGTTAC
1 AAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCT-AGTTAC
* * * * * ** * * * * *
112040 TTAATTTAAATTGTTTTATAACCATAAAAATGATTTTGTATTGATTTTTTTTAATTCTAGTTAGA
64 TTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGTTAAA
** * * * * * * *
112105 GTAGATCTTAGTTTGTTATTTGCATTGGGAAACATGAAGCA
129 ACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * * * * * * * * *
112146 AAAGGCATCCGTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTAATACCTTC-AGTAGCCTTGTTACT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AAGCCTAGTTACT
* * * * **
112210 CACTTTAAATGATTTTATAATATTGTAAATGATTTTGGATTGAATTTTTTTTCATTTTT-TTAAA
65 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGTTAAA
* * ** ** **
112274 A-GTGATAATAATTTATTGTTCACATCGGGAAACATGAAGTA
129 ACAT-ATCATAATTTA-TGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * *
112315 AAAGCCATCCA-TG---A-ATAAGTCCATGTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACCTTA-TTACT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TAGTTACT
* * * *
112374 CAC-TTAAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTGAATAGAATTTTATTTTTATTTTTAGT
65 TACTTTAAA-TGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTT-TTTTCATTTTT-GT
* * * * * * * *
112437 TAAAACATATCACAATTTAATATTTACAAT-GAAAACTGTGCAGTG
125 TAAAACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAAC-ATGAAGCG
* ** * *
112482 AAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTGTATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTAGTTACTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* * * * * *
112547 ACTTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTGTAACTTGAA-TTCTTTCTTTCTTTAGTTAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATT-TTT-GTTAAA
* * *
112611 AC-TGATCATAATTTGATATTTACATAAGGAAACATGAAGC-
129 ACAT-ATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * * * * * * * * *
112651 AGAAGCTATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGTAGCCAATTATGCCTTCAAAAGCCTAGATGCT
1 A-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT
**
112716 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTCAATTTTTGTTTAA
65 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTC-ATTTTTG-TTAA
* * * * * * ***
112780 AATAGATCTTAATTTGTTGTTTGTATCAGGAAATGGGAAGCG
128 AACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * ** * *
112822 AAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCTTTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTC
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* * * * *
112887 ACTTTAAATAGTTCTATAATCTTACAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTCTTCATATTTTGTTAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT-TTCAT-TTTTGTTAAA
* * * * * *
112952 ACAGATCACACTTTGATGTTTGCATT-GAGAAACGTGATGTG
129 ACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCG
* ** * * * *
112993 AAAGTCATCCATTGACAAG-AAAGTATATTTATAGTCAATCATACTTTCGAAAACCTAGTTACTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* * *
113057 GCTTTAAAT-CTTTTAATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTGTTTTCATTTTTTGTGAA
66 ACTTTAAATGGTTTT-ATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCA-TTTTTGTTAA
** * * * **
113121 AACAGGTCATAATTTGTTGTTTGCATCA-AAAAGCATGAAGTA
128 AACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAA-CATGAAGCG
* * * *
113163 AAAGCCATCCATTGACAAGTAAAGTCCATTTATCA-TCACTGATGCCTTC-ATAAGTCGAGTTAC
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCATGCCTTCGA-AAGCCTAGTTAC
* * * * * * * *
113226 -AAGCTTTAAATTGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAGATTGAATTTTTTTCATTCTTGACTA
64 TTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTG-TTA
* * * ** * *
113290 AAACA-AGTCATAATTTGTTGTTTGCATTCGAAAAGGTAAAGGG
127 AAACATA-TCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* ** * * * * * *
113333 AAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATGGATAGTCACCCATGACTTCAAAAGTCTTGTTATTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* ** * * * * * *
113398 GC-ACAAAGTAGTTTTATAA-CTTTTTAAATTATTTTAAATAGAATTCCTTTTCATTCTTGGTTA
66 ACTTTAAA-TGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATT-TTTGTTA
* * * * * * * *
113461 AAGCTTATCATAATTTGATCTTCGTA-TCGAGAAACGTGAAACG
127 AAACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCG
* * * * * ** **
113504 AAAGCTATCTATTGACAGGAAAAGTCCACTTATAGTCACTAATATCTTTAAAAGCCTTAG-TACT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TAGTTACT
** * * * * **
113568 TACGATAAGTGATTCTATAA-CTTTATAAATGATTTTATATCAAATTTCTTTTCATTTTTAGTTA
65 TACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTT-GTTA
* * * * *
113632 GAACAGATCAAAATTTGATGTTTTCATT-GAAAAACATGAAGCG
127 AAACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCG
* * * * * * *
113675 AAAGCCATCCACTGATAAGAAAAGT-C-TGT-T--T-A-T--TGTCTTCAAAAGCCTAATTACTC
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* * * * *
113731 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAT-AATGATTCTAGATTGAATTTTATTCATTTTTTGTTAAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAA
* * ** * * *
113795 CATATCATAATTTAAAGTTGGCACGAAGAAATATGAAGTG
130 CATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * * *
113835 AAAGCCATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATATTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAATT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* * *
113900 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAGTGATTTTAAA-TCAAGATTTTTTCATTTCTTGTTAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTT-TTGTTAAA
* ** * * * *
113964 ACAAATCATAGATAGATGTTTGC-GTCGATAAACATGAAGCA
129 ACATATCATA-ATTTATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCG
** * * * * *
114005 AAAGCCATTTATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTTATGCATTTGGAAA-CCTTA-TTAA
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC-CTTCGAAAGCC-TAGTTAC
* * * * * * *
114068 TCACTTTAAGTGGTTTTATAATTTTATATATAATTTTAAATT-TATTTTTTTCATTTTTATTAAA
64 TTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGTTAAA
* * * * * *
114132 ATAGATCGTAA-TT-TG-ATACATTAGG-AA-AT---GTG
129 ACATATCATAATTTATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * * * * *
114164 AAAGCTATCCTTTGATAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCGAGTTACTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* * * * * * *
114229 ACTTTAAATTGTTTTATAAACTTAAAAATGATTTTATATTG-ATTTCTTTTAATTTTGGTTAGAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGTTAAAA
*** * * **
114293 TGGATCTTAATTTGTTGTTTGCATT-GGAAAACATGAAGTA
130 CATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAGG-AAACATGAAGCG
* * * * * * * * * * *
114333 AAAGCCATCCATTGA-TAGAAAAAGTCCATTCATAATCTCTAATGGCTTCAAAATCCTGGTAAAT
1 AAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT
** * ** *
114397 CGCTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAAATGATTTTGGATTGAAATTTTTTTCATTGTT-TTAAA
65 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATTTTTTTCATTTTTGTTAAA
* * * * * **
114461 AAAGATAATAATTTTTTGTTTGCA-TCGAGAAATGTGAAGCG
129 ACATATCATAA-TTTATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCG
* * * * * * ** * *
114502 ACAGCCATCCATTTACAACAAAAGTCTATGTATAGTTA-TCCATTACTTCAAAAGCCTTGTTACT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT
*** * *
114566 TGAGC---AAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAACAAAATTCCTTTTCATTCTTGG
65 T-A-CTTTAAA-TGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATT-TTTG
* ** * *
114627 TTAAAGA-ATATCATAATTTGATCTTTGCATT-GCGAAATGTGAAACA
124 TTAAA-ACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCG
* * ** * * *
114673 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTACATTCATAGTCACTCATGTTTTCAAAAGCCTTGTTATTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* * * * * *
114738 GCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTAGAAATGATTTTGAATTGAATTTATTTTTA-GTTTGTTTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTG-TTAA
* * * * * ** *
114801 AACAAATCAAAATTCGATGTTTTCATCAACAAACATGAAACG
128 AACATATCATAATT-TATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * * * * * * *
114843 AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCGTTTATTGTCACACATACCTTCAAAAGCCTAATTACTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* ** * * * * *
114908 GCTTTAAATATTTTTAT-AGCATTATAAATGATTTTGAATTGAAATTTTTTCATTTTTTATTAAC
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGTTAAA
* * * * *
114972 ACATATCATAATTTAAAGTTTACATT-GAGAAATATGAAACA
129 ACATATCATAATTT-ATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCG
* * * * * * * * * *
115013 AAAGTCATCCATTTAAAAGAAAAGTCCATTCATATTCATTTATGTCTTTGAAAGCCTAGTTAGTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
* * * * *
115078 GCTTTAAATGGTTTCAGAATCTTATAAATGATTTTAAAATGAGAGTTTTTTTCATTTCTTATTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA-A-TTTTTTTCATTT-TTGTTAA
* ** * * * * *
115143 AACAGATCATAGATGGATGTTCGTATCT-TGAAACGTGAAGTG
128 AACATATCATA-ATTTATGTTTGCAT-TAGGAAACATGAAGCG
* * * * * * * *
115185 AAAGCCATCCATTAATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAGGACTTGTTACT
1 AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT
* * * * *
115250 CACTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTAAAAATAATTTTAAATT-TATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
65 TACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAA
* * * *
115313 AATAGATCATAATATGATGTTTGCATTGGGAAACATGAA--G
128 AACATATCATAAT-TTATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
* * * *
115353 --TG---TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAG-CTGAGTTAAT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCT-AGTTACT
* * * * * ** *
115412 TGCTTTAGATTGTTTTATAACCTTAAAAATGATTTTGTATTGATTTTTTTT
65 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT
115463 AGTTCTAGTT
Statistics
Matches: 3341, Mismatches: 815, Indels: 373
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 7 0.00
159 81 0.02
160 82 0.02
161 28 0.01
162 108 0.03
163 28 0.01
164 75 0.02
165 21 0.01
166 10 0.00
167 38 0.01
168 43 0.01
169 559 0.17
170 1097 0.33
171 850 0.25
172 230 0.07
173 84 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTT
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGTTAAAAC
ATATCATAATTTATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCG
Found at i:112219 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 111954--112261 Score: 383
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
111944 TAATTTAATG
* ** * * *
111954 TTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAATGTTATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTA
1 TTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTAA
* *
112019 TACCTTCGAAAGCTGAGTTACTTAATTTAAATTG-TTTTATAACCA-TAAAAATGATTTTGTATT
66 TACCTTCGAAAGCTGAGTTACTCAATTTAAA-TGATTTTATAA-CATTAAAAATGATTTTGGATT
112082 G-ATTTTTTTTAATTCTAGTTAGAGTAGATCTTAGTTTGTTA
129 GAATTTTTTTTAATTCTAGTTAGAGTAGATCTTAGTTTGTTA
* * * *
112123 TTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGGCATCCGTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTAA
1 TTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTAA
* * * * **
112188 TACCTTC-AGTAGCCT-TGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATTGTAAATGATTTTGGATT
66 TACCTTCGA-AAG-CTGAGTTACTCAATTTAAATGATTTTATAACATTAAAAATGATTTTGGATT
112251 GAATTTTTTTT
129 GAATTTTTTTT
112262 CATTTTTTTA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 18, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.03
169 101 0.87
170 11 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTAA
TACCTTCGAAAGCTGAGTTACTCAATTTAAATGATTTTATAACATTAAAAATGATTTTGGATTGA
ATTTTTTTTAATTCTAGTTAGAGTAGATCTTAGTTTGTTA
Found at i:113434 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 112331--113442 Score: 1123
Period size: 511 Copynumber: 2.2 Consensus size: 508
112321 ATCCATGAAT
* * * *
112331 AAGTCCAT-GTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTAAAGTGGTTTTATAA
1 AAGTCCATAG-ATAGTCACCCATGACTTC-AAAAGCCTTGTTACTCAC-TAAAGTAGTTTTATAA
* * * *
112394 CTTTATAAATGATTTTGAATAGAATTTTATTTTTATTTTTAGTTAAAACATATCACAATTTAATA
63 CTTTATAAATAATTTT-AATAGAATTTTATCTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCACAATTTAATA
* *
112459 TTTACAATGAAAACTGTGCAGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTGTATTTATAGTCACTCA
127 TTTACAATGAAAACTGTGCAGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTCAATCA
* * *
112524 TGTCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTGTAACTTGA
192 TCTCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTAAAATGCTTTTATAATCTTATAAATAATTGTAAATTGA
* * *
112589 ATTCTTTCTTTCTTTAGTTAAAACTGATCATAATTTGATATTTACATAAGGAAACATGAAGCAGA
257 ATTCTTTCTTTCTTTAGTGAAAACAGATCATAATTTGATATTTACATAA-GAAACATGAAGCAAA
* * * * * * * **
112654 AGCTATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGTAGCCAATTATGCCTTCAAAAGCCTAGATGCTCGC
321 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAATGATGCCTTCAAAAGCCGAGATACAAGC
* * * * ** *
112719 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTCAATTTTTGTTTAAAATA
386 TTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAAATTGAATTTTTTCAATTCTTGACTAAAAAA
* * * *
112784 GATCTTAATTTGTTGTTTGTATCAGGAAATGGGAAGCGAAAGGCATCCATTGACAAGAA
451 GATCATAATTTGTTGTTTGCATCA-GAAAAGGAAAGCGAAAGGCATCCATTGACAAGAA
* *** * * *
112843 AAGTCCATATATAGTCTTTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA-TAGTTCTATAA-
1 AAGTCCATAGATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC--TAAAGTAGTTTTATAAC
* * * *
112906 TCTTACAAATAATTTTAAGTTGAATTTT-TCTTCATATTTT-GTTAAAACAGATCACACTTTGAT
64 T-TTATAAATAATTTTAA-TAGAATTTTATCTTCAT-TTTTAGTTAAAACAGATCACAATTTAAT
* * * * *
112969 GTTTGCATTGAGAAAC-GTG-ATGTGAAAGTCATCCATTGAC-AAGAAAGTATATTTATAGTCAA
126 ATTTACAATGA-AAACTGTGCA-GTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTCAA
* * * *
113031 TCATACT-TTCGAAAA-CCTAGTTACTTGCTTTAAAT-CTTTTAATAATCTTATAAATGATTTTA
189 TCAT-CTCTTC-AAAAGCCTAGTTACTTACTTAAAATGCTTTT-ATAATCTTATAAATAATTGTA
* * * * *
113093 AATTGAATTTGTTTTCATTT-TTT-GTGAAAACAGGTCATAATTTGTTGTTTGCATCAA-AAAGC
251 AATTGAA-TT-CTTTC-TTTCTTTAGTGAAAACAGATCATAATTTGATATTTACAT-AAGAAA-C
* * * * * *
113155 ATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGTAAAGTCCATTTATCA-TCACTGATGCCTTCATAAGTC
311 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-AGCCAATGATGCCTTCAAAAGCC
* * *
113219 GAGTTACAAGCTTTAAATTGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAGATTGAATTTTTTTC-ATTC
375 GAGATACAAGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAAATTGAA-TTTTTTCAATTC
*
113283 TTGACTAAAACAAG-TCATAATTTGTTGTTTGCATTC-GAAAAGGTAAAGGGAAA-GCTATCCAT
439 TTGACTAAAA-AAGATCATAATTTGTTGTTTGCA-TCAGAAAAGG-AAAGCGAAAGGC-ATCCAT
113345 TGACAAGAA
500 TGACAAGAA
* * *
113354 AAGTCCATGGATAGTCACCCATGACTTCAAAAGTCTTGTTATTTGCAC-AAAGTAGTTTTATAAC
1 AAGTCCATAGATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTGTTA-CT-CACTAAAGTAGTTTTATAAC
* *
113418 TTTTTAAATTATTTTAAATAGAATT
64 TTTATAAATAATTTT-AATAGAATT
113443 CCTTTTCATT
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 81, Indels: 55
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.01
510 84 0.17
511 295 0.60
512 98 0.20
513 11 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
AAGTCCATAGATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTAAAGTAGTTTTATAACTT
TATAAATAATTTTAATAGAATTTTATCTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCACAATTTAATATTTA
CAATGAAAACTGTGCAGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTCAATCATCTC
TTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTAAAATGCTTTTATAATCTTATAAATAATTGTAAATTGAATTC
TTTCTTTCTTTAGTGAAAACAGATCATAATTTGATATTTACATAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAATGATGCCTTCAAAAGCCGAGATACAAGCTTTAA
ATGGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAAATTGAATTTTTTCAATTCTTGACTAAAAAAGATCA
TAATTTGTTGTTTGCATCAGAAAAGGAAAGCGAAAGGCATCCATTGACAAGAA
Found at i:113495 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 112331--113700 Score: 1066
Period size: 511 Copynumber: 2.7 Consensus size: 507
112321 ATCCATGAAT
* * * * *
112331 AAGTCCAT-GTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTAAAGTGGTTTTATAA
1 AAGTCCATAG-ATAGTCACCCATGACTTC-AAAAGCCTTGTTACTCAC-TAAA-TAGTTCTATAA
* * * * * * * * * *
112394 -CTTTATAAATGATTTTGAATAGAATTTTATTTTTATTTTTAGTTAAAACATATCACAATTTAAT
62 TC-TTACAAATAATTTTAAATAGAATTCT-TCTTCATATTTGGTTAAAACAGATCACAATTTGAT
* ** *
112458 ATTTACAAT-GA-AAACTGTGCA-GTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTGTATTTATAGTCA
125 CTTCGC-ATCGAGAAAC-GTG-ATGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTCA
* * * *
112520 CTCATGTCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTGTAAC
187 ATCATCTCTTCAAAAGCCTAGTTACTTACTTAAAATGCTTTTATAATCTTATAAATAATTGTAAA
* *
112585 TTGAATTCTTTCTTTCTTTAGTTAAAACTGATCATAATTTGATATTTACATAAGGAAACATGAAG
252 TTGAATTCTTTCTTTCTTTAGTGAAAACAGATCATAATTTGATATTTACATAA-GAAACATGAAG
* * * * * * * *
112650 CAGAAGCTATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGTAGCCAATTATGCCTTCAAAAGCCTAGATGC
316 CAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAATGATGCCTTCAAAAGCCGAGATAC
** * * * * **
112715 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTCAATTTTTGTTTAA
381 AAGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAAATTGAATTTTTTCAATTCTTGACTAA
* * * * *
112780 AATAGATCTTAATTTGTTGTTTGTATCAGGAAATGGGAAGCGAAAGGCATCCATTGACAAGAA
446 AAAAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCA-GAAAAGGAAAGCGAAAGGCATCCATTGACAAGAA
* *** * *
112843 AAGTCCATATATAGTCTTTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATC
1 AAGTCCATAGATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC--TAAATAGTTCTATAATC
* * * * * * *
112908 TTACAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTCTTCATATTTTGTTAAAACAGATCACACTTTGATGTTT
64 TTACAAATAATTTTAAATAGAATTCTTCTTCATATTTGGTTAAAACAGATCACAATTTGATCTTC
* * *
112973 GCATTGAGAAACGTGATGTGAAAGTCATCCATTGAC-AAGAAAGTATATTTATAGTCAATCATAC
129 GCATCGAGAAACGTGATGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTCAATCAT-C
* * * *
113037 T-TTCGAAAA-CCTAGTTACTTGCTTTAAAT-CTTTTAATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA
193 TCTTC-AAAAGCCTAGTTACTTACTTAAAATGCTTTT-ATAATCTTATAAATAATTGTAAATTGA
* * * * *
113099 ATTTGTTTTCATTT-TTT-GTGAAAACAGGTCATAATTTGTTGTTTGCATCAA-AAAGCATGAAG
256 A-TT-CTTTC-TTTCTTTAGTGAAAACAGATCATAATTTGATATTTACAT-AAGAAA-CATGAAG
* * * * * * *
113161 TAAAAGCCATCCATTGACAAGTAAAGTCCATTTATCA-TCACTGATGCCTTCATAAGTCGAGTTA
316 CAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-AGCCAATGATGCCTTCAAAAGCCGAGATA
* *
113225 CAAGCTTTAAATTGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAGATTGAATTTTTTTC-ATTCTTGACT
380 CAAGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAAATTGAA-TTTTTTCAATTCTTGACT
*
113289 AAAACAAG-TCATAATTTGTTGTTTGCATTC-GAAAAGGTAAAGGGAAA-GCTATCCATTGACAA
444 AAAA-AAGATCATAATTTGTTGTTTGCA-TCAGAAAAGG-AAAGCGAAAGGC-ATCCATTGACAA
113351 GAA
505 GAA
* * * *
113354 AAGTCCATGGATAGTCACCCATGACTTCAAAAGTCTTGTTATTTGCAC-AAAGTAGTTTTATAA-
1 AAGTCCATAGATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTGTTA-CT-CACTAAA-TAGTTCTATAAT
** * * ** *
113417 CTTTTTAAATTATTTTAAATAGAATTCCTT-TTCAT-TCTTGGTTAAAGCTTATCATAATTTGAT
63 C-TTACAAATAATTTTAAATAGAATT-CTTCTTCATAT-TTGGTTAAAACAGATCACAATTTGAT
* *** * * ** ** * * *
113480 CTTCGTATCGAGAAACGTGAAACGAAAGCTATCTATTGACAGGAAAAGTCCACTTATAGTCACTA
125 CTTCGCATCGAGAAACGTGATGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTCAATC
* * * * * * * * *
113545 ATATCTTTAAAAGCCTTAG-TACTTAC-GATAAGTGATTCTATAA-CTTTATAAATGATTTTATA
190 ATCTCTTCAAAAGCC-TAGTTACTTACTTA-AAATGCTTTTATAATC-TTATAAATAATTGTAAA
** * * * * * *
113607 TCAAATTTCTTTTCATT-TTTAGTTAGAACAGATCAAAATTTGATGTTTTCATTGAA-AAACATG
252 TTGAA-TTC-TTTCTTTCTTTAGTGAAAACAGATCATAATTTGATATTTACA-T-AAGAAACATG
* * *
113670 AAGCGAAAGCCATCCACTGATAAGAAAAGTC
313 AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
113701 TGTTTATTGT
Statistics
Matches: 686, Mismatches: 135, Indels: 74
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.01
510 88 0.13
511 361 0.53
512 209 0.30
513 24 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
AAGTCCATAGATAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTAAATAGTTCTATAATCTT
ACAAATAATTTTAAATAGAATTCTTCTTCATATTTGGTTAAAACAGATCACAATTTGATCTTCGC
ATCGAGAAACGTGATGTGAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTCAATCATCTCT
TCAAAAGCCTAGTTACTTACTTAAAATGCTTTTATAATCTTATAAATAATTGTAAATTGAATTCT
TTCTTTCTTTAGTGAAAACAGATCATAATTTGATATTTACATAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAATGATGCCTTCAAAAGCCGAGATACAAGCTTTAAA
TGGTTTTATAACCTTAAAAATGATTGTAAATTGAATTTTTTCAATTCTTGACTAAAAAAGATCAT
AATTTGTTGTTTGCATCAGAAAAGGAAAGCGAAAGGCATCCATTGACAAGAA
Found at i:115500 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 115205--115508 Score: 351
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
115195 ATTAATAAAA
* * *
115205 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAGGACTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGACTAGTTAATCACTTTAAGTGGTTTTATAA
* * * * * * * *
115270 CTTTAAAAATAATTTTAAATTTATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATATGATGTTT
66 CCTTAAAAATAATTTTAAATTGATTTTTTTCAGTTCTAGTTAAAACAAATCATAATATGATATTT
*
115335 GCATTGGGAAACATGAAGTGTCCATTGACAAG
131 GCATTGGCAAACATGAAGTGTCCATTGACAAG
** *
115367 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAG-CTGAGTTAATTGCTTT-AGATTGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGACT-AGTTAATCACTTTAAG-TGGTTTTAT
* ** * * * * * * *
115430 AACCTTAAAAATGATTTTGTATTGATTTTTTTTAGTTCTAGTTAGAGCAAATCTTAGTTTGTTAT
64 AACCTTAAAAATAATTTTAAATTGATTTTTTTCAGTTCTAGTTAAAACAAATCATAATATGATAT
115495 TTGCATTGGCAAAC
129 TTGCATTGGCAAAC
115509 GTAAAGCAAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 25, Indels: 4
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.03
162 111 0.97
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (162 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGACTAGTTAATCACTTTAAGTGGTTTTATAA
CCTTAAAAATAATTTTAAATTGATTTTTTTCAGTTCTAGTTAAAACAAATCATAATATGATATTT
GCATTGGCAAACATGAAGTGTCCATTGACAAG
Found at i:116006 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 115663--119219 Score: 1584
Period size: 170 Copynumber: 20.9 Consensus size: 167
115653 AACGTAAAGG
* * * * * * *
115663 AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATGTATAGTCACTTATGCCGTCGAATGCCCTA-TTACT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAG-CCTAGTTACT
* * * * * *
115727 CAC-TTAAAGTGGGTTTATAA-CTTTCTAAATGATTTTGAATAT-AATTTTCTTTTCATTTTTTG
65 C-CTTTAAA-TGGTTTTATAATC-TTATAAATAATTTTAAAT-TGAA-GTT-TTTTCATTTTTAG
* * *
115789 TTAAAACATATCATAATTTGATATTGGCA--ATGGAAAACATGAAGCA
124 TTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GG--AA-ATGAAGCA
** * * *
115835 AAAGCCATATATTGACAA-AATAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCGCCAAAAGCCTAGTTACT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTACT
* * *
115899 CGTTTGAAATGGTTTTATAATCCTATAAATAATTTTAACTTGAAGTTTTTTC-TTTTGTAGTTAA
65 CCTTT-AAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTTTTTCATTTT-TAGTTAA
*
115963 AACTGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAATGTTAAGCA
128 AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAATG--AAGCA
* * * * * * ***
116005 AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCAATCATGCCTTCAAAAGCATAAACACTC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTACT-
* * * *
116070 CCTTTAAATGGTTTTATACTCTTATAAATAATTTTGAACT-AAATTCCTTTTCATTTTTAGTTAA
65 CCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTT--TTTTCATTTTTAGTTAA
* * * * *
116134 AACAGATCTTAATTTGTTGTTTGTATCAAGAAATGGGAAGTA
128 AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAAT--GAAGCA
* *** * * ** * *
116176 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATGGTTTTTTACGCATTCGAAAGTCTTA-TTACT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAG-CCTAGTTACT
* * * * *
116240 CACTTTAAATTGTTCTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAGTTTTTTTTTTCATTTCTGGT
65 C-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAG----TTTTTTCATTTTTAGT
* * * * *
116305 TAAAACATATCACAATTTGATGTTTACATTGAGAAACATGAAGCA
125 TAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGGAA-ATGAAGCA
* * * * *
116350 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAGTCAGTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTAC-T
* * ** * * ** *
116415 GCTGTAAATCTTTTTATAATCTTCTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
65 CCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTTTTTCATTTTTAGTTAAAA
* * *
116480 CAGATCATAATTTGTTGTTTGCATTGAGCAATATGAAGC-
130 CAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGGAA-ATGAAGCA
* * * ** * * *
116519 ---G--------TGACAAGTAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCATTCGAAAG-TTGAGTTATT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCT-AGTTACT
* * * * * * * * *
116572 CGCTTAAAATTGTTTTATAACCTTA-AAATGA-TTTAAATTGAATTTTTTTAATTCTTGGTAAAA
65 C-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTTTTTCATTTTTAGTTAAA
* *
116635 ACAGATCATAATTTGATATTTGCATCAGGAAACATGAACCA
129 ACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGG-AA-ATGAAGCA
* * * ** * * ** * *
116676 AAATCCATCCCTTGACAAGAAAAGTTGATTTGTAATCACTCATGCTTTCAAAAG-TTGAGTTCCT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCT-AGTTAC-
* ** * * *
116740 TACTTTAGGTGGTTTTAT-AGCTTTATAAATAATTTTAAATTGAA-TTTTTTCATTTTCACTTAA
64 TCCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTTTTTCATTTTTAGTTAA
* * * **
116803 AACATATCATAATTTGTTGTTTGTATTGGGAAATGTGAAGCA
128 AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAA--TGAAGCA
* * * ** * * * * *
116845 AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAG-CCTACTTATAGTTGCTCAGGCCTTCGAAAGTCTTGTTACT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTAC-
* * * * *
116909 TACTTTAAATGATTTTATAATCATT-TAAATGATTTTGAATTAAATTTGTTTTTT-AGTTTTTAG
64 TCCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATAATTTTAAATTGAA---GTTTTTTCA-TTTTTAG
* * * * * *
116972 TTAACATATATCATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACATGAAACA
124 TTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGGAA-ATGAAGCA
* * ** * * * * *
117018 AAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTATACTTATAGTCACTCATTCCTTCAGAAGCCTAGTTATTC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTACTC
* ** * * * ** * *
117083 ACTTTAAATAGTTTTGCAACCATATAAATGATTTTAAATTGATTTTGTTTTTATTTTT-TTTAAA
66 -CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTT-TTTTCATTTTTAGTTAAA
117147 ACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGTAA-CA
129 ACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAA--TG-AAGCA
* * ** * * * * *
117188 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCTTTTTTAGAAACTCATGCCTTTAAAAGACTTGTTGCTT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTAC-T
* ** * * * *
117253 ACTTTATGTGGTTTTAT-AGCTTTATAAATAGTTTTAAGTTGAA-TTATTTTAACATTTTTTGTT
65 CCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATAATTTTAAATTGAAGTT-TTTT--CATTTTTAGTT
* * * * * * *
117316 AATATAGATCAAAATTGGTTGTTTGTGC-TAAGAAACATGAAGCA
126 AAAACAGATCATAATTTGATG-TT-TGCATCAGGAA-ATGAAGCA
* * * * * ** * *
117360 AAAGTCATGCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCTTTTCGAAAGCCTAGTTATT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC-CGTCAAAAGCCTAGTTA-C
** * * * * * * *
117425 TGTTTTATAGGGTTTTATAATCTTCTAAATGATTTTAAATTGAA-TTTATCTTCATTTATGGTTC
64 TCCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTT-T-TTCATTTTTAGTTA
*
117489 GAAC-GAATCATAA-TTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCA
127 AAACAG-ATCATAATTTGATGTTTGCATCAGG-AA-ATGAAGCA
* * * * * * *
117531 CAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTACTC
* * * * * * *
117596 GCTTAAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAA-TTTCTTTCATTCTTGGCTAAA
66 -CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTT-TTTCATTTTTAGTTAAA
* * * *
117660 ACAAATCATAATTTAATGTTTCCATC-GAGAATCATGAAGCG
129 ACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAG-GAA--ATGAAGCA
* * * * * * * * ** * *
117701 AAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCCAATTATAGTAACTCAAGGCTTTGAAAGCTTAGTTATTT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTA-CT
* * * * * * *
117766 GCTTGAAGTGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTAGTTTTGGTTAAAA
65 CCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTTTTTCATTTTTAGTTAAAA
** ** ** ** **
117830 CAGATGTTGTTTTGACATTTGCATTGGGAAACGTGAAGTG
130 CAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAA--TGAAGCA
* * * * *
117870 AAAGCCATCCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTAC-T
* * * * * * ** ** * *
117935 GCTTTAAATGGATGTATACTCCTATAAGTGCTTTTAAATTGAAACCTTTTT-ATTTATGGTTAAA
65 CCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTG-AAGTTTTTTCATTTTTAGTTAAA
* * * ***
117999 ACAGATCATAA-TGGATTTTTTAGCATAAGGAAACGTGAAATG
129 ACAGATCATAATTTGA-TGTTT-GCATCAGGAAA--TGAAGCA
* * * * * * **
118041 AAAGCCATCTACTAACGAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTA
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTACT-
* * * * *
118106 GCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTCAATTGAA-TTTATTTCAATTTTAGTTCA
65 CCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTT-TTTCATTTTTAGTTAA
* *
118169 AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGGAATGTGAAGCA
128 AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GGAA-ATGAAGCA
* * ** * ** *
118211 AAGGCCTTTGATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGT-GTCTA-TCCAT-CAATAAGAAAAGTCTCTT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTC-ACT-CATGCCGT--CAAAAG-C-C--
* * * * * ** *
118273 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTGTTACTAA-CTT-TAGATTGTTTTATAATCCTAGAAA
57 --TAGTTA--C-T-CCTTTAAATG-GTT-TTA-TAATCTTATAAATAATTTTA-AAT--T-GAAG
* * ** * *
118336 TGATTTTAAATTGAGATTTTTTTTAGTTAAAATTGATTATAATTTGTTGTTTGCATCAGGAAACA
109 T-TTTTT-------CA---TTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGG-AA-A
**
118401 TGAAGTG
161 TGAAGCA
* * * * * * *
118408 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAGGTGCATTTATAGTCATTTATGCCTTCAAAGGCCTAATTACTC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTACTC
** ** * * * ** *
118473 ACTTTAAAAAGTTTTACGATCATATAAATGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTCAATTTT-GATTAA
66 -CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATT-GAAGTTTTTTCATTTTTAG-TTAA
* * * * *
118537 AACATAACATACTTT-ATTATTTGCATCAGGAAACATGAAGCG
128 AACAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATCAGG-AA-ATGAAGCA
* * ** * * *
118579 AAAG-CA--CATTAACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATTTCTTCAAAAGACTTGTTACTT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTAC-T
** * * *
118641 TTTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATTATTTTAATTTGAA-TTTTTTAACATTTTT-GCTT
65 CCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTTTTT--CATTTTTAG-TT
* * * *
118703 AAACCA-ATCATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCG
126 AAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGGAA-ATGAAGCA
* * * ** * * * *
118746 AAAGACATCTATTAACAAGAAAAGTTCATTTATAACCACTTATGCCTTCGAAAGTGC-AGTTACT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAG-CCTAGTTACT
* * * * *
118810 CTTTCTAAAGGGTTTGATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTATTTTCA-TTTAAGGTT-
65 CCTT-TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTT-TTTTCATTTTTA-GTTA
**
118873 AAACTAGATCATAA-TTGATGTTTGCATTTGGAAACATGAAGCA
127 AAAC-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGG-AA-ATGAAGCA
* * * * *
118916 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAGGTCCATTTACAGTAACTCATGCC-T-AGGAAAGCCTAGTTGC
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCA--AAAGCCTAGTTAC
** * * * * *
118979 TCACTTGGAATGGTTTTATAACCATATAAATGATTTGAAATTGAA--TCTTTCATTTTT-GATT-
64 TC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTTTTTCATTTTTAG-TTA
* * *
119040 -AA-A-TTCATAATTTGATGTTTGCAT-TGAGAAACGTAAAGCA
127 AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAG-GAAA--TGAAGCA
* * * * * ** * *
119080 AAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-CTTCATGCCTTTAAAAGTGTAATCACT
1 AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTACT
* * * * * * * * *
119144 CTCGTGAAATAGTTTTAAAATCATATAAATAGTTTTAAGTTGAA--TTTTT--TTTTTGGTAAAA
65 C-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTTTTTCATTTTTAGTTAAA
*
119205 ACATATCATAATTTG
129 ACAGATCATAATTTG
119220 TGGTTCGCAC
Statistics
Matches: 2595, Mismatches: 605, Indels: 376
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
155 3 0.00
156 58 0.02
157 8 0.00
158 57 0.02
162 7 0.00
163 12 0.00
164 109 0.04
165 2 0.00
166 21 0.01
167 46 0.02
168 155 0.06
169 316 0.12
170 714 0.28
171 413 0.16
172 174 0.07
173 185 0.07
174 138 0.05
175 6 0.00
176 4 0.00
178 3 0.00
180 1 0.00
181 12 0.00
182 14 0.01
183 9 0.00
184 11 0.00
185 13 0.01
186 11 0.00
187 5 0.00
188 1 0.00
189 4 0.00
193 1 0.00
194 2 0.00
195 4 0.00
196 6 0.00
197 70 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
AAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCGTCAAAAGCCTAGTTACTC
CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAGTTTTTTCATTTTTAGTTAAAAC
AGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAATGAAGCA
Found at i:116672 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 116364--116672 Score: 364
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
116354 CCATCCATTA
* *
116364 ACAAGAAAAGTACATTTATAGTCAGTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTGTAAATCTTTT
1 ACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATGCATTCGAAAG-CTTGTTACTTGCTGTAAATCTTTT
* * * * * *
116429 TATAATCTTCTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG
65 TATAACCTTCAAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTAATTCTTGGTAAAAACAGATCATAATTTG
* * * * *
116494 TTGTTTGCATTGAGCAATATGAAGCGTG
130 ATATTTGCATAGAGAAACATGAAGCGTG
*
116522 ACAAGTAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATGCATTCGAAAG-TTGAGTTA-TTCGCT-TAAAAT-
1 ACAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCTT--GTTACTT-GCTGT-AAATC
116582 TGTTTTATAACCTT-AAAATGA-TTTAAATTGAATTTTTTTAATTCTTGGTAAAAACAGATCATA
61 T-TTTTATAACCTTCAAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTAATTCTTGGTAAAAACAGATCATA
116645 ATTTGATATTTGCATCAG-GAAACATGAA
125 ATTTGATATTTGCAT-AGAGAAACATGAA
116673 CCAAAATCCA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 14, Indels: 16
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
156 61 0.47
157 12 0.09
158 57 0.44
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (157 bp):
ACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCTTGTTACTTGCTGTAAATCTTTTT
ATAACCTTCAAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTAATTCTTGGTAAAAACAGATCATAATTTGA
TATTTGCATAGAGAAACATGAAGCGTG
Found at i:117623 original size:343 final size:335
Alignment explanation
Indices: 110873--115463 Score: 1401
Period size: 341 Copynumber: 13.6 Consensus size: 335
110863 ATACTCGCTT
* * * * *
110873 TAAATGATTTTGAGTTGAATTTTTT-TATTTTT-GTGTAAAA-AAGATCTTAATTTGTTATTTGT
1 TAAATGATTTT-AATTGAATTTTTTACATTTTTAGT-TAAAATAA-ATCATAATTTGTTGTTTGC
* * * * * * * *
110935 ATC--GAAAAATGGGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAA-AAAAGGTCTATTTACAGTCTCTCATG
63 ATCAAGAAACAT--GAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAAA-ATCCAATTATAGTCACTCATG
* * * * ** * * * *
110997 CATTT-GAAAGCTTTGATATTCGCTTTAAAATGTTCTATAATCTTGTAAATGATCTTAACTTGAA
124 C-TTTCGAAAGCCTAGTTATTTGCTTT-AAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA
** * * * * *
111061 TTTTTTTTTCATTTTTCATTAAAATAGATCACAATTTGATGTTTCCAT-TGAGAAACATGAAGCG
187 --TTTTTTT-A-TTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCAG-GAAACGTGAAGC-
* * * * *
111125 AAAA-TCATCCATTGATAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCAGTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTAC
245 AAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTAC
* * **
111188 TTGCTCTAAATCTTTTTATAAGT--TTA
309 TTACTTTAAATGATTTTATAA-TCATTA
* * * * * * * ** *
111214 TAAATGATTTTAAATTAAATTTCTTTTCATTATTCGCTAAAACATATCATGTTTTATTGTTTGCA
1 TAAATGATTTT-AATTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGCA
* * * * * *
111279 TTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC-ATGTATAGCCAC-CTACGAC
64 TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAAAATCCAAT-TATAGTCACTC-ATG-C
* * * ** * *
111342 -TTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTCAAAGTCGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATAGAAT
125 TTTCGAAAGCCTAGTTATTTGCTTTAAG-GGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * ** ***
111405 TTCTTTTCATTCTTGGCTAATGA-ATATCATAATTTGATCTTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGCA
188 TT-TTTT-ATT-TTGGTTAA-AACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAA
* * * ** * * * * * *
111469 AGCCATTCATTGACATGAAAAGTCCGTTTATTGTTACTCATACCTTCAAAAGCCT-GATTATTTG
248 AGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAG-TTACTTA
111533 CTTTAAAT-AGTTTTATAA-CATTA
312 CTTTAAATGA-TTTTATAATCATTA
* * * * * * ** * *
111556 GAAATGATTTTAGATTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAACACATATCATAATTTAATATTTACAT
1 TAAATGATTTTA-ATTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGCAT
* * * * * * * * * * *
111621 CAGGAAATATGAAGCGAAAGCCATTTATAGACAAGAAAAGTCC-ATTCACATTCACTGATGCCTT
65 CAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCATTGATAAGAAAAATCCAATT-ATAGTCACTCATGCTTT
* * *** * * *
111685 CGAAAGCCTAATTAGTTGCTTTAAATTAATTTTATAGTCTTATAAATGATTTTAAATGGACTTTT
128 CGAAAGCCTAGTTATTTGCTTT-AA-GGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTT
* * * * * * **
111750 TTTCATTTCTTGTTAAAATAGATCATAGATGGATGTTTGCTTCTA-GAAATGTGAAGCAAAGGTT
191 TTT-ATTT-TGGTTAAAACAGATCATA-ATTGATGTTTGCATC-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
* * * ** * * * *
111814 ATCTATTGATAAGAAAAATCAATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGACTTGTTGCTCACTTTA
252 ATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTACTTTA
** * *
111879 TGTGGTTTTATAA-CTTTA
317 AATGATTTTATAATCATTA
* * * * * * **
111897 AAAATGATTTTGAACTT--ATTTTTTTCATTTTTTGCTCAAAA-AGATTATAATTTAATGTTTGC
1 TAAATGATTTT-AA-TTGAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGC
** * ** * * ** * * * *
111959 ATCGGGAAACATGAAGCAAATGTTATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATACCT
63 ATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAAAATCCAATTATAGTCACTCATGCTT
* ** ** * * * ** *
112024 TCGAAAG-CTGAGTTACTTAATTTAAATTGTTTTATAACCATAAAAATGATTTTGTATTGATTTT
127 TCGAAAGCCT-AGTTATTTGCTTT-AAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT
* * * ** * * * * ** * *
112088 TTTTAATTCTAGTTAGAGTAGATCTTAGTTTGTTATTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGGCA
190 TTTT-ATTTTGGTTAAAACAGATCATA-ATTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
* * * * * ** * * *
112153 TCCGTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTAATACCTTCAGTAGCCTTGTTACTCACTTTAA
253 TCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTACTTTAA
*
112218 ATGATTTTATAAT-ATTG
318 ATGATTTTATAATCATTA
* * * * * **
112235 TAAATGATTTTGGATTGAATTTTTTTTCATTTTT--TTAAAAGT-GATAATAATTTATTGTTCAC
1 TAAATGATTTT-AATTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAAATCATAATTTGTTGTTTGC
** *
112297 ATCGGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCA-TGAATAAG-----TCC-ATGTATAGTCACTCATGC
63 ATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTG-ATAAGAAAAATCCAAT-TATAGTCACTCATGC
* * * ** * * *
112355 CTTCGAAAACCTTA-TTACTCACTTAAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTGAATAGAA
125 TTTCGAAAGCC-TAGTTATTTGCTTTAAG-GGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAA
* * * * * * * * *
112418 TTTTATTTTTATTTTTAGTTAAAACATATCACAATTTAATATTTACA--ATGAAAACTGTGCAGT
187 --TT-TTTTTA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCA-GGAAAC-GTGAAGC
* * * * * *
112481 GAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTGTATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTAGTTACT
245 AAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACT
* *
112546 TACTTAAAATGGTTTTATAATC-TTA
310 TACTTTAAATGATTTTATAATCATTA
* * * * * * * *
112571 TAAATAATTGTAACTTGAATTCTTT-CTTTCTTTAGTTAAAACT-GATCATAATTTGATATTTAC
1 TAAATGATTTTAA-TTGAATTTTTTACATT-TTTAGTTAAAA-TAAATCATAATTTGTTGTTTGC
* * * * * * * * * * *
112634 AT-AAGGAAACATGAAGCAGAAGCTATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGTAGCCAATTATGCC
63 ATCAA-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAAAATCCAATTATAGTCACTCATGCT
* * ** * *
112698 TTCAAAAGCCTAGATGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT
126 TTCGAAAGCCTAGTTATTTGCTTT-AAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT
* * * * * * * * * *
112763 TTTCAATTTTTGTTTAAAATAGATCTTAATTTGTTGTTTGTATCAGGAAATGGGAAGCGAAAGGC
190 TTT-TA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
* * * ** * * * *
112828 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCTTTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTA
252 ATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTACTTTA
*
112893 AAT-AGTTCTATAATC-TTA
317 AATGA-TTTTATAATCATTA
* * * * * * * *
112911 CAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTCTTCATATTTT-GTTAAAACAGATCACACTTTGATGTTTGC
1 TAAATGATTTTAA-TTGAATTTTT-TACAT-TTTTAGTTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGC
** * * ** * * * * * *
112975 ATTGAGAAACGTGATGTGAAAGTCATCCATTGACAAGAAAGTAT--ATTTATAGTCAATCATACT
63 ATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAA-AATCCAATTATAGTCACTCATGCT
* * ***
113038 TTCGAAAACCTAGTTACTTGCTTTAAATCTTTTAATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT
126 TTCGAAAGCCTAGTTATTTGCTTTAAGGGTTTT-ATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT
* * * * * * *
113103 GTTTTCATTTTTTGTGAAAACAGGTCATAATTTGTTGTTTGCATCA-AAAAGCATGAAGTAAAAG
190 -TTTT-A-TTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCAGGAAA-CGTGAAGCAAAAG
* * * * * * *
113167 CCATCCATTGACAAGTAAAGTCCATTTATCA-TCACTGATGCCTTCATAAGTCGAGTTAC-AAGC
250 CCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTA-C
*
113230 TTTAAATTG-TTTTATAA-CCTTA
313 TTTAAA-TGATTTTATAATCATTA
* * * * * * *
113252 AAAATGATTGTAGATTGAATTTTTTTCATTCTT-GACTAAAACAAGTCATAATTTGTTGTTTGCA
1 TAAATGATTTTA-ATTGAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGCA
* ** * ** * * * * *
113316 TTCGA-AAAGGTAAAGGGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATGGATAGTCACCCATGAC
64 -TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAAAATCCAAT-TATAGTCACTCATG-C
* * * *** * * * *
113379 -TTCAAAAGTCTTGTTATTTGCACAAAGTAGTTTTATAA-CTTTTTAAATTATTTTAAATAGAAT
125 TTTCGAAAGCCTAGTTATTTGCTTTAAG-GGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT
* * ** * * * * *
113442 TCCTTTTCATTCTTGGTTAAAGCTTATCATAATTTGATCTTCGTATC-GAGAAACGTGAAACGAA
188 T--TTTTTATT-TTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCAG-GAAACGTGAAGCAAA
* * * * * * * ** * *
113506 AGCTATCTATTGACAGGAAAAGTCCACTTATAGTCACTAATATCTTTAAAAGCCTTAG-TACTTA
248 AGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTC-TAGTTACTTA
** * * *
113570 CGATAAGTGATTCTATAA-CTTTA
312 CTTTAAATGATTTTATAATCATTA
** * * * * * * *
113593 TAAATGATTTTATATCAAATTTCTTTTCATTTTTAGTTAGAACAGATCAAAATTTGATGTTTTCA
1 TAAATGATTTTA-ATTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGCA
* * * * ** *
113658 TTGAA-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCACTGATAAGAAAAGT-CTGTT-TA-T---T-GT-C-T
64 -TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAAAATCCAATTATAGTCACTCATGCTT
* * * * ** * *
113713 TCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAT-AATGATTCTAGATTGAATTTT
127 TCGAAAGCCTAGTTATTTGCTTT-AAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTT
* * * * * * * ** **
113777 ATTCATTTTTTGTTAAAACATATCATAATTTAAAGTTGGCA-CGAAGAAATATGAAGTGAAAGCC
191 -TTTA-TTTTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATC-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
* * * * ** * *
113841 ATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATATTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAATTACTTTA
252 ATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTACTTTA
*
113906 AATGGTTTTATAATC-TTA
317 AATGATTTTATAATCATTA
* ** * * *
113924 TAAGTGATTTTAAATCAAGATTTTTT-CATTTCTT-GTTAAAACAAATCATAGA-TAGATGTTTG
1 TAAATGATTTT-AATTGA-ATTTTTTACATTT-TTAGTTAAAATAAATCATA-ATTTGTTGTTTG
* * * * * * * *
113986 CGTCGATAAACATGAAGCAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTTATGCA
62 CATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCATTGATAAGAAAAATCCAATTATAGTCACTCATGC-
* * ** * * * *
114051 TTTGGAAA-CCTTA-TTAATCACTTTAAGTGGTTTTATAATTTTATATATAATTTTAAATT-TAT
125 TTTCGAAAGCC-TAGTTATTTGCTTTAAG-GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT
** * * * * * * *
114113 TTTTTTCATTTTTATTAAAATAGATCGTAATT--TG-ATACATTAGGAAA--TG-TG--AAAGCT
188 TTTTTT-ATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
* * * * * * *
114170 ATCCTTTGATAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCGAGTTACTTACTTTA
252 ATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTACTTTA
*
114235 AATTG-TTTTATAAAC-TTA
317 AA-TGATTTTATAATCATTA
* * * * ** *
114253 AAAATGATTTTATATTGATTTCTTTTA-A-TTTTGGTTAGAATGGATCTTAATTTGTTGTTTGCA
1 TAAATGATTTTA-ATTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGCA
** * * * *
114316 T-TGGAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGAT-AGAAAAAGTCC-ATTCATAATCTCTAATGG
64 TCAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAAAA-TCCAATT-ATAGTCACTCAT-G
* * * * * * * * **
114378 C-TTCAAAATCCTGGTAAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAAATGATTTTGGATTGAAA
124 CTTTCGAAAGCCTAGTTATTTGCTTT-AAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AA
* * ** * * *
114442 TTTTTTTCATTGTT--TTAAAAAAGATAATAATTTTTTGTTTGCATC-GAGAAATGTGAAGCGAC
187 TTTTTTT-ATT-TTGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCAG-GAAACGTGAAGCAAA
* * * * * ** * *
114504 AGCCATCCATTTACAACAAAAGTCTATGTATAGTTA-TCCATTACTTCAAAAGCCTTGTTACTTG
248 AGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTT-
* *
114568 AGC---AAAGTGGTTTTATAA-CTTTA
311 A-CTTTAAA-TGATTTTATAATCATTA
*** * * * * *
114591 TAAATGATTTTAAACAAAATTCCTTTT-CATTCTTGGTTAAAGA-ATATCATAATTTGATCTTTG
1 TAAATGATTTT-AATTGAATT--TTTTACATTTTTAGTTAAA-ATAAATCATAATTTGTTGTTTG
*** ** * * * * *
114654 CATTGCGAAATGTGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTAC-ATTCATAGTCACTCATGT
62 CATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAAAATCCAATT-ATAGTCACTCATGC
* * * *
114718 TTTCAAAAGCCTTGTTATTTGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTAGAAATGATTTTGAATTGAAT
125 TTTCGAAAGCCTAGTTATTTGCTTTAAG-GGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-
* * * * * ** * * *
114782 TTATTTTTAGTTTGTTTAAAACAAATCAAAATTCGATGTTTTCATCAACAAACATGAAACGAAAG
187 TT-TTTTTATTTTGGTTAAAACAGATCATAATT-GATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAG
* * * * * * *
114847 CCATCCATTGATAAGAAAAGT-TCGTTTATTGTCACACATACCTTCAAAAGCCTAATTACTTGCT
250 CCATCCATTGATAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTACT
*
114911 TTAAAT-ATTTT-TATAGCATTA
314 TTAAATGATTTTATA-ATCATTA
* * * *** *
114932 TAAATGATTTTGAATTGAAATTTTTT-CATTTTTTA-TTAACACATATCATAATTTAAAGTTTAC
1 TAAATGATTTT-AATTG-AATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGC
** * * * * * * * * *
114995 ATTGAGAAATATGAAACAAAAGTCATCCATTTAAAAGAAAAGTCC-ATTCATATTCATTTATGTC
63 ATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGATAAGAAAAATCCAATT-ATAGTCACTCATG-C
* * * * *
115059 TTT-GAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATGGTTTCAGAATCTTATAAATGATTTTAAAATGAGAG
125 TTTCGAAAGCCTAGTTATTTGCTTT-AAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA-A-
** * * * ** **
115123 TTTTTTTCATTTCTTATTAAAACAGATCATAGATGGATGTTCGTATCTTGAAACGTGAAGTGAAA
187 TTTTTTT-ATTT-TGGTTAAAACAGATCATA-ATTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * * ** * * * *
115188 GCCATCCATTAATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAGGACTTGTTACTCAC
249 GCCATCCATTGAT-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTAC
* * *
115253 TTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTA
313 TTTAAATGATTTTATAATCATTA
* * * * * * * *
115275 AAAATAATTTTAAATT-TATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATATGATGTTTGCAT
1 TAAATGATTTT-AATTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGCAT
*** * * * * * *
115339 TGGGAAACATGAAG----TGTC--CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTT-
65 CAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCATTGATAAGAAAAATCCAATTATAGTCACTCAT-GCTTTC
* ** * * ** *
115397 GAAAG-CTGAGTTAATTGCTTTAGATTGTTTTATAACCTTAAAAATGATTTTGTATTGATTTTTT
129 GAAAGCCT-AGTTATTTGCTTTA-AGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTT
115461 TTA
192 TTA
115464 GTTCTAGTTA
Statistics
Matches: 3220, Mismatches: 807, Indels: 455
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
327 18 0.01
328 98 0.03
329 111 0.03
330 79 0.02
331 133 0.04
332 35 0.01
333 102 0.03
334 18 0.01
335 95 0.03
336 121 0.04
337 67 0.02
338 258 0.08
339 105 0.03
340 648 0.20
341 733 0.23
342 410 0.13
343 169 0.05
344 12 0.00
345 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
TAAATGATTTTAATTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATCATAATTTGTTGTTTGCATC
AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCATTGATAAGAAAAATCCAATTATAGTCACTCATGCTTTCGA
AAGCCTAGTTATTTGCTTTAAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTAT
TTTGGTTAAAACAGATCATAATTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTACTTTAAATGATTTT
ATAATCATTA
Found at i:117976 original size:339 final size:341
Alignment explanation
Indices: 117346--117977 Score: 798
Period size: 339 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
117336 GTTTGTGCTA
* * * *
117346 AGAAACATGAAGCAAAAGTCATGCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCTTTTCG
1 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATGCATTGATAAGAAAAATCCAATTATAGTAACTCAGGCTTTTCG
* * *
117411 AAAGCCTAGTTATTTGTTTTATAGGGTTTTATAATCTTCTAAATGATTTTAAATTGAATTTATCT
66 AAAGCCTAGTTATTTGCTTGATAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTATCT
** **
117476 TCATTTATGGTTCGAACGAATCATAATTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCACAAGCCATCC
131 TCATTTATGGTTAAAACGAATCATAATTGACATTTGCATCAGGAAACATGAAGCACAAGCCATCC
* * *
117541 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCGCTTAAAATG
196 ATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCGCTTAAAATG
* *
117606 ATTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTCTTTCATTCTTGGCTAAAACAAATCATAA
261 ATTGTATAATCCTATAAATGATTTGAAATTGAATTTCTTTCATTCTTGGCTAAAACAAATCATAA
117671 TTTAATGTTTCCATCG
326 TTTAATGTTTCCATCG
* * *
117687 AGAATCATGAAGCGAAAGCCAT-CTATTGATAAGAAAAGTCCAATTATAGTAACTCAAGGC-TTT
1 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATGC-ATTGATAAGAAAAATCCAATTATAGTAACTC-AGGCTTTT
*
117750 -GAAAGCTTAGTTATTTGCTTGA-AGTGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-
64 CGAAAGCCTAGTTATTTGCTTGATAG-GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTA
* ** ** ** * *
117812 T-TTTAGTTT-TGGTTAAAAC-AGATGTTGTTTTGACATTTGCATTGGGAAACGTGAAGTGA-AA
128 TCTTCA-TTTATGGTTAAAACGA-ATCAT-AATTGACATTTGCATCAGGAAACATGAAG-CACAA
* *
117873 GCCATCCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTTGCT
189 GCCATCCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCGCT
* * * * *
117938 TTAAATGGA-TGTATACTCCTATAAGTGCTTTTAAATTGAA
254 TAAAAT-GATTGTATAATCCTATAAATGATTTGAAATTGAA
117978 ACCTTTTTAT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 36, Indels: 18
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 14 0.06
339 120 0.49
340 59 0.24
341 50 0.20
342 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AGAAACATGAAGCAAAAGCCATGCATTGATAAGAAAAATCCAATTATAGTAACTCAGGCTTTTCG
AAAGCCTAGTTATTTGCTTGATAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTATCT
TCATTTATGGTTAAAACGAATCATAATTGACATTTGCATCAGGAAACATGAAGCACAAGCCATCC
ATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCGCTTAAAATG
ATTGTATAATCCTATAAATGATTTGAAATTGAATTTCTTTCATTCTTGGCTAAAACAAATCATAA
TTTAATGTTTCCATCG
Found at i:123202 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 122438--123273 Score: 676
Period size: 170 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
122428 AAAGTCATTG
* * * * * * *
122438 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TACTAACTAATGCCTT-AGAAAGCCTAGTTAGTCACTTTAAA
1 ATTGACAAGAAAAGT-CACTTATTAGTCACTCATGCCTTCA-AAAGCTTAGTTACTCACTTGAAA
** * * ** ** * **
122501 GGGTTTTGTAATCTTA-ATATGATTTTAAA-TAGAATTTGATTCCTTTTATGGTTAAAATAGGTC
64 TAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTA-AATTTTTTTTATTTT-TGGTTAAAACAAATC
* *
122564 ATAATTGATGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
127 ATAATTTATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
* * * *
122607 ATTGACAAG-AAAGTCCATTTA-CAATCACTCATGCCTTTGAAAA-CTTAGTTACTCACTTGAAA
1 ATTGACAAGAAAAGT-CACTTATTAGTCACTCATGCC-TTCAAAAGCTTAGTTACTCACTTGAAA
* * * * *
122669 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTCTTTGATTTTTGGTTAAAACAAATCAT
64 TAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAAATCAT
** ** * *
122734 GTTTTGATGTTTGCATTAGGAAATATGAAACAAAAGTCATCC
129 AATTT-ATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
* * * * * * *
122776 ATTTACATGAAAAGTC-CTT-TTACAGTTATTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTCACCCA-TGTGAA
1 ATTGACAAGAAAAGTCACTTATT--AGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTAGTTACTCACT-TGAA
* * *
122838 AT-GATTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAATTATTTTTTATTTTTGGTTAAAATAAAT
63 ATAG-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATT-TTTTTTATTTTTGGTTAAAACAAAT
* * * * * ** *
122902 CATAATCTACT-ATTGCATCAAGAAACGTAAAGTGAATGCCATCC
126 CATAATTTA-TGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
* * * * * * *
122946 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCATAGTTGCTCACTTTAAAA
1 ATTGACAAGAAAAGTC-ACTTATTAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTAGTTACTCACTTGAAAT
* *
123010 AGTTTTCTAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTCTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATCAT
65 AGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTT-TTTTTATTTTTGGTTAAAACAAATCAT
* * ** * *
123075 AATTTATTGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGAAAGCCTTCT
129 AATTTA-TGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
* * * * * *
123117 TTTGACAAGAAAAGTTCACTTATTA-TCACTCATACCTTTAAAAGTTTAGTTACTCACTTTAAGT
1 ATTGACAAGAAAAG-TCACTTATTAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTAGTTACTCACTTGAAAT
* * * *
123181 AGTTTTATAATCTTCTAAATGATTTTAAATTGAAAGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCAT
65 AGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-AAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAAATCAT
* *
123246 AATTTATTCTTTGCA-TAAGAAACGTGAA
129 AATTTA-TGTTTGCATTAGGAAACGTGAA
123274 CTGAAATCCA
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 105, Indels: 47
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 70 0.13
169 84 0.16
170 202 0.38
171 170 0.32
172 12 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATTGACAAGAAAAGTCACTTATTAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTAGTTACTCACTTGAAATA
GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAAATCATAA
TTTATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
Found at i:123208 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 122600--123289 Score: 772
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 338
122590 TGAAGCAAAA
* *
122600 GCCATCCATTGACAAGAAAGTCCATTTACAATCACTCATGCCTTTGAAAACTTAGTTACTCACTT
1 GCCATCCATTGACAAGAAAGTCCATTTACAATCACTCATGCCTTCGAAAACATAGTTACTCACTT
** *
122665 GAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTCTTTGATTTTTGGTTAAAACAAA
66 GAAAAAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATTAAATTTCTTTGATTTTTGGTTAAAACAAA
** *
122730 TCATGTTTTGATGTTTGCATTAGGAAATATGAAACAAAAGTCATCCATTTACATGAAAAGTCCTT
131 TCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAATATGAAACAAAAGTCATCCATTTACAAGAAAAGTCCTT
* * *
122795 TTACAGTTATTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTCACCCATGTGAAATGATTTTATAATCTTATAAAT
196 TTA-AGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTAGTCACCCATGTGAAATGATTTTATAATCTTATAAAT
*
122860 AATTTTAAATTGAATTA-TTTTTT-ATTTTTGGTTAAAATAAATCATAATCTA-CTATTGCATCA
260 AATTTTAAATTGAA--AGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATCTATCT-TTGCAT-A
*
122922 AGAAACGTAAAGTG-AAT
321 AGAAACGTAAACTGAAAT
* * * * * *
122939 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCATAGTTGCTCACT
1 GCCATCCATTGACAAG-AAAGTCCATTTACAATCACTCATGCCTTCGAAAACATAGTTACTCACT
* * * *
123004 TTAAAAAGTTTTCTAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTCTTTTTATTTTTGGTTAAAACA
65 TGAAAAAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATTAAATTTC-TTTGATTTTTGGTTAAAACA
* * * *** * * *
123069 TATCATAATTT-ATTGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGTGAAAG-CCTTCTTTTGACAAGAAAAGT
129 AATCATAATTTGA-TGTTTGCATTAGGAAATATGAAACAAAAGTCATCCATTT-ACAAGAAAAG-
* ** * * * *
123132 TCACTTATT-A-TCACTCATACCTTTAAAAGTTTAGTTACTCACT-TTAAGT-AGTTTTATAATC
191 TC-CTT-TTAAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTAGTCACCCA-TGTGAAATGA-TTTTATAATC
* * * *
123193 TTCTAAATGATTTTAAATTGAAAGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTATTCTTT
252 TTATAAATAATTTTAAATTGAAAGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATCTA-TCTTT
*
123258 GCATAAGAAACGTGAACTGAAAT
316 GCATAAGAAACGTAAACTGAAAT
123281 -CCATCCATT
1 GCCATCCATT
123290 AATAGAAAAG
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 44, Indels: 26
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 17 0.06
340 92 0.31
341 164 0.56
342 13 0.04
343 5 0.02
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
GCCATCCATTGACAAGAAAGTCCATTTACAATCACTCATGCCTTCGAAAACATAGTTACTCACTT
GAAAAAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATTAAATTTCTTTGATTTTTGGTTAAAACAAA
TCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAATATGAAACAAAAGTCATCCATTTACAAGAAAAGTCCTT
TTAAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTAGTCACCCATGTGAAATGATTTTATAATCTTATAAATA
ATTTTAAATTGAAAGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATCTATCTTTGCATAAGAAA
CGTAAACTGAAAT
Found at i:124263 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 123901--124265 Score: 412
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
123891 ACGTGAAGTA
* * * *
123901 AAAGTCATCTATTGACAAGAAAAAGTTTATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAATTACT
1 AAAGTCATCTATTGACAAG-AAAAGTCTATTTACAATCACTAATACCTTCGAAAGCCTAATTACT
** * *
123966 CATTTTTAAGGGTTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTGTTTTCATTTATGGTTAAA
65 CATTTAAAAGGGTTTACAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTGCTTTCATTTATGGTTAAA
* * * * **
124031 ACATATCATAATTGATATTTGCATTGGAAAACATAAAGTG
130 ACAAATCAGAATTGATATTTACACTGGAAAACATAAAGCC
* * * * *
124071 AAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAATCACTCATACCTTCGAAAGCTTAGTTACTC
1 AAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAATCACTAATACCTTCGAAAGCCTAATTACTC
* * * *
124136 GA-TTAAAATGGTTTTATAAT-TGTATAAATGATTTGAAATTGAATTT-CTTTCATTTTTTGTTA
66 -ATTTAAAA-GGGTTTACAATCT-TATAAATGATTTGAAATTGAATTTGCTTTCATTTATGGTTA
* *
124198 AAACAAATCAGAAGTTGATATTTACACTGGGAAACATGAAGCC
128 AAACAAATCAGAA-TTGATATTTACACTGGAAAACATAAAGCC
* * *
124241 AAAGCCATTTATTAACAAGAAAAGT
1 AAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGT
124266 ACATTTATAG
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 30, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 68 0.42
170 93 0.58
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAATCACTAATACCTTCGAAAGCCTAATTACTC
ATTTAAAAGGGTTTACAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTGCTTTCATTTATGGTTAAAA
CAAATCAGAATTGATATTTACACTGGAAAACATAAAGCC
Found at i:125763 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 125481--126348 Score: 712
Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
125471 AACATATCGC
* * * * * *
125481 AATTGGATGCTTT-CAATAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCAACAATTAACAAGACAAGTCCACTT-
1 AATTGGATG-TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCGATTGACAAGAAAAGTCCA-TTC
* * * ** *
125544 ATAGTCACTCATCCTTTCAAAGGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATATTTAA
64 ATAATCACTCATTCTTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGA
* *
125609 TTTTAAATCAAAATGTTTTCATTTCTAGTTAAACTAGATCTT
129 TTTTAAATCAAAATTTTTTCATTTCTAGTTAAAC-AGATCAT
* * * * * *
125651 AATTGGATGTTTGCTTTAGAAAACACGAAGTGAAAGCCATCGATTGACAAGAAAAATCCATTCAC
1 AATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTCAT
*** * * *
125716 AATTGTTCATTCTTTCAAAATCCTAGTTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTTATACATGATT
66 AATCACTCATTCTTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATT
* ** *
125781 TTAAAGTGAATTTTTTTTCATTTC-AGTTAAAATAGATCAT
131 TTAAA-TCAAAATTTTTTCATTTCTAGTT-AAACAGATCAT
* ** * * *
125821 AATAGGATGTTTGGGTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCTTGGATTCACAAGAAAAGTCCATTCAT
1 AATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTCAT
* * * * * * *
125886 ACTCACTCATGCCTTC-GAAGCCTTGTTACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTTATAAATGATT
66 AATCACTCATTCTTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATT
* * * *
125950 TTAAAT-TAAATTTTTTCCTATTT-TAGGTAAAACAAATTAT
131 TTAAATCAAAATTTTTT-C-ATTTCTA-GTTAAACAGATCAT
*** * * * *
125990 AATTTTTTGTTTGCATTAGGGAACATGATGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTCAT
* * ** * * *
126055 AGTCACTCATGTCTTTGAAAA-CCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATGATCTTGTAAATGAT
66 AATCACTCAT-TCTTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGAT
* * *
126119 TTTAAATCAAATTTTTTTTCATTTCTGGTTAGAACAGGTCAT
130 TTTAAATCAAA-ATTTTTTCATTTCTAGTTA-AACAGATCAT
* * * * * * * * *
126161 ATTTGGATGTTTGCATCAGGAAACATAAAGCAAAAAG-CATCCATTAATATGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGC-GAAAGCCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTCA
* * * * * ** *
126225 TAGTCACTCATACCTTCAAAAATCTTA-TCCCTCACTTTAAATGATTTTTATAATCTCATAAATG
65 TAATCACTCATTCTTTC-AAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAAATG
* * * * * * *
126289 GTTTTACATTGAAATATTTTTT-ATTTTTTGTTAAAATAGATTAT
128 ATTTTA-AATCAAA-ATTTTTTCATTTCTAGTT-AAACAGATCAT
*
126333 AATTGCATGTTTGCAT
1 AATTGGATGTTTGCAT
126349 CGAGAAACTT
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 126, Indels: 38
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.01
168 2 0.00
169 125 0.23
170 238 0.43
171 104 0.19
172 63 0.11
173 13 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTCAT
AATCACTCATTCTTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATT
TTAAATCAAAATTTTTTCATTTCTAGTTAAACAGATCAT
Found at i:126120 original size:339 final size:340
Alignment explanation
Indices: 125497--126287 Score: 787
Period size: 339 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
125487 ATGCTTTCAA
* * *
125497 TAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCAACAATTAACAAGACAAGTCCACTTATAGTCACTCATCCTTTC
1 TAGGAAACATGAAGCGAAAGCCAACAATTAACAAGAAAAGTCCACTTATACTCACTCATCCTTTC
**
125562 AAAGGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATATTTAATTTTAAATCAAAATGTTT
66 AAAGGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATGTTT
* * * *
125627 TCATTTCTAGTTAAACTAGATCTTAATTGGATGTTTGCTTTAGAAAACACGAAGTGAAAGCCATC
131 TCATTTCTAGTAAAACTAAATCTTAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACACGAAGCGAAAGCCATC
* ***
125692 GATTGACAAGAAAAATCCATTCACAATTGTTCATTCTTTCAAAATCCTAGTTACTTACTTTAAAT
196 CATTGACAAGAAAAATCCATTCACAATCACTCATTCTTTCAAAATCCTAGTTACTTACTTTAAAT
* *
125757 GATTTTATAATCTTATACATGATTTTAAAGT-GAATTTTTTTTCATTTCAGTTAAAATAGATCAT
261 GATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TCAAATTTTTTTTCATTTCAGTTAAAATAGATCAT
125821 AATAGGATGTTTGGGT
325 AATAGGATGTTTGGGT
**** *
125837 TAGGAAACATGAAGCGAAAGCCTTGGATTCACAAGAAAAGTCCA-TTCATACTCACTCATGCC-T
1 TAGGAAACATGAAGCGAAAGCCAACAATTAACAAGAAAAGTCCACTT-ATACTCACTCAT-CCTT
* * * * * * *
125900 TCGAA-GCCTTGTTACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TAAATTT
64 TCAAAGGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATGT
*** ** * *
125963 TTTCCTATTT-TAGGTAAAAC-AAAT-TATAATTTTTTGTTTGCATTAGGGAACATGATGCGAAA
129 TTT-C-ATTTCTA-GTAAAACTAAATCT-TAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACACGAAGCGAAA
* * * * * *
126025 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAA-CCTAGTTACTTGC
190 GCCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTCACAATCACTCAT-TCTTTCAAAATCCTAGTTACTTAC
* * * * * *
126089 TTTAAATGGTTTTATGATCTTGTAAATGATTTTAAATCAAATTTTTTTTCATTTCTGGTTAGAAC
254 TTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAATTTTTTTTCATTTC-AGTTAAAAT
* * * **
126154 AGGTCATATTTGGATGTTTGCAT
318 AGATCATAATAGGATGTTTGGGT
* * * * * * * * *
126177 CAGGAAACATAAAGCAAAAAG-CATCCATTAATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACC-T
1 TAGGAAACATGAAGC-GAAAGCCAACAATTAACAAGAAAAGTCCACTTATACTCACTCAT-CCTT
** * ** *
126240 TCAAAAATCTTA-TCCCTCACTTTAAATGATTTTTATAATCTCATAAAT
64 TC-AAAGGCCTAGTTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAAAT
126288 GGTTTTACAT
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 71, Indels: 26
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 10 0.03
339 172 0.47
340 142 0.39
341 23 0.06
342 19 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TAGGAAACATGAAGCGAAAGCCAACAATTAACAAGAAAAGTCCACTTATACTCACTCATCCTTTC
AAAGGCCTAGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAAATGTTT
TCATTTCTAGTAAAACTAAATCTTAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACACGAAGCGAAAGCCATC
CATTGACAAGAAAAATCCATTCACAATCACTCATTCTTTCAAAATCCTAGTTACTTACTTTAAAT
GATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAATTTTTTTTCATTTCAGTTAAAATAGATCATA
ATAGGATGTTTGGGT
Found at i:126602 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 126562--126620 Score: 91
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
126552 TACTTAGTTT
* *
126562 AAATGGTTTTATAATCTTACAAATGATTTA
1 AAATAGTTTTATAATCTTAAAAATGATTTA
*
126592 AAATAGTTTTATGATCTTAAAAATGATTT
1 AAATAGTTTTATAATCTTAAAAATGATTT
126621 TGAATTCAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 26 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (30 bp):
AAATAGTTTTATAATCTTAAAAATGATTTA
Found at i:126928 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 126592--127446 Score: 697
Period size: 170 Copynumber: 5.0 Consensus size: 168
126582 AAATGATTTA
* * * * * * *
126592 AAATAGTTTTATGATCTTAAAAATGATTTTGAATTC-AATT-TTTTTCATTATTGCTTAAAACAA
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATCGAATTGTTTTTTATT-TTGGTTAAAACAG
* * * * * * * * * * * **
126655 ATCATAATTTATTGTTTGCGTTAGGAATCGTAAAGTAAAAGACATCCATTAATAAGAAAAGTAAA
64 ATC-TAGTTTGTTGTTTGC-ATAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCA
* * * **
126720 TTTATTGCCGCTCATACCTTCAAAAGCC-TAGTTACTCGCTTT
127 TTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTT
* * * **
126762 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATCAAATAG-TTTTTATTTTCAATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAATTGTTTTTTATTTT-GGTTAAAACAGA
**
126826 TCTCAGTTTGTTGTTTGCA-ATGTGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCA
65 TCT-AGTTTGTTGTTTGCATA-G-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCA
** *
126890 TTTATAGTCTTTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
127 TTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
126932 AAATAGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAA-CTAATT-TTTTTTCTGTTTGTTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAATTGTTTTTTAT-TTTGGTTAAAACAGA
* * *
126995 T-TGTGCTTTGTTGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAAAAACGTCCA
65 TCT-AG-TTTGTTGTTTGCAT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCA
* * *
127059 TTTATACTCACTCATGCCTTTGTAAGCC-TATTTACTCGCTTT
127 TTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTT
* * * * *
127101 AAATGGCTTTATAATGTTATAAATGATTTCAAATTGAATTGTTTTTCTATTTTGGTTAAAACAGG
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAATTGTTTTT-TATTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
127166 TCAAAATTTATTGTTTGCATCGAGAATCATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACATAAAATA-TTCA
65 TC-TAGTTTGTTGTTTGCATAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACA-AAAAAAGTCCA
** * * * * *
127230 TTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTAAATGCTAGCTTG
127 TTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
127272 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTGAATTGAA-TGTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAATTGTTTTTTA-TTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * ** *
127336 TAGTATTTTGATGTTTGCATAGGAAAACATGAAGCGAAAGCCTTCCATTGACTGAAAAAGGCCAT
65 T-CTAGTTTGTTGTTTGCATAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCAT
* * * * * * *
127401 TTACAATCATTAATACCTTTGAAAGCCTTGTCACTCACTTT
128 TTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
127442 AAATG
1 AAATG
127447 AAATTTTTTT
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 112, Indels: 50
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 149 0.27
170 257 0.47
171 130 0.24
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAATTGTTTTTTATTTTGGTTAAAACAGAT
CTAGTTTGTTGTTTGCATAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTA
TAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:128123 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 127439--128827 Score: 966
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 167
127429 TGTCACTCAC
* * * *
127439 TTTAAA-TGAAATTTTTTTAATTTTTGGTTAAAGCATATCATAATTGGATGTTTTCATTAGAAAA
1 TTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATG-TTTCATTAG-AAA
* * * * ** * *
127503 AATGAAGCGATAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCAGTCATGCATTTAAAAGCC
63 ACTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCC
*
127568 TTGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAAATTTATAAATGAT
128 TTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTAT-AATTTATAAATGAT
** ** ** * * * * *
127609 TCGAAATCAAAATGCTTTTCATGTCTTGTTAAAACAGATCA-AAGTTGGATGTTACTGTTAGGAA
1 TTTAAATTGAAATTTTTTTCAT-TTTTGTTAAAACAGATCATAA-TTTGATGTTTC-ATTAGAAA
* * * * ** * *
127673 ACATGATGCAGAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTATATTTATAGTCCCTCATGCCTTTAAAAGT
63 AC-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGC
* *
127738 CTTCTTACTCACTTTAAGTGGTTTTACAAATTTATAAATGAT
127 CTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTA-TAATTTATAAATGAT
* * ** * * * * * * *
127780 TTGAAATCGAAATGCTTTTCATTTCTTGTTAAAACATATTAGAGTTGGATGTTAGCACTAGGAAA
1 TTTAAATTGAAATTTTTTTCATTT-TTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT-TCATTA-GAAA
** * * * *
127845 TA-TGAAGTGAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAATCCATCTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGC
63 -ACTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGC
* * **
127909 CTAGTTACTTACTTT-AGATGGTTTTGCAATCTTATAAATGAT
127 CTTGTTACTCACTTTAAG-TGGTTTTATAAT-TTATAAATGAT
* * ** *
127951 TTTAAATTGAAACTATTTTT-ATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTAAATGTGTTCATCGAGAA
1 TTTAAATTGAAA-TTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGT-TTCAT-TAGAA
* *
128015 AACTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTGAAAAGC
62 AACTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGC
*
128080 CTTGTTACT-AGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATGAATGAT
127 CTTGTTACTCA-CTTTAAGTGGTTTTATAA-TTTATAAATGAT
** * * *
128122 TTTGGATT-AAATGTTTTTCATTTTTGCTTAAAA-ATAATAATAATTTGATGTTTTCATTGAGAA
1 TTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTTG-TTAAAACA-GATCATAATTTGATG-TTTCATT-AGAA
* ** * * * * *
128185 ATA-TGAAACAAAAGTAATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTGTAGTCGCTCATGCC-TTCAAAG
62 A-ACTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAG
* * ** * *
128248 TCTGGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAAT
126 CCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAAT-TTATAAATGAT
* * * *
128291 TTGAAATTG-AATTTCTTTCATTTTTGGTTAGAAA-AGAGCATAATTTGATGTTTGCATCA-ACA
1 TTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTT-GTTA-AAACAGATCATAATTTGATGTTT-CATTAGA-A
* ** * * * ** *
128353 AACGTGTAAGAAAAAGGTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT-ATTATCTTCAAA
62 AAC-TG-AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TGCCTTTAAA
*
128417 AGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAAATGAT
124 AGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAAT-TTATAAATGAT
* * * * *
128462 TTCAAATTG-AATTTTTTTTATTTTTCATTAAAACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAA
1 TTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT-CATTAGAAAA
* * * ** * * * ** * *
128526 CGTGAGGCGAAAGCTATCCATTGATGAGAAAAGTCAATATATTGTCACTTTTTCCTTTGAAAA-T
64 C-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-AAAAGC
* * *
128590 CTTGTTACTCACTTAAAGTGGTTTTATAACTGTATAACTGA-
127 CTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-TTTATAAATGAT
* * * * * *
128631 ATTCAAGTAAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAA-TGTATCATAATTTGATCTTTACATTAGGAA
1 TTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAG-ATCATAATTTGATGTTT-CATTA-GAA
** * * * *
128695 ATGTGAAGCGAAAGCCATCTATTGGTA-AAAAAAAG-CTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAGA
62 AACTGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-ACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
* ** * * *
128758 AGCCTTGCTACTTGCTTCAAGTGGTGTTATAACTTTATGAATGAT
124 AGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-TTTATAAATGAT
* * *
128803 TTTGAA-TAAAATTTTTTTCTTTTTT
1 TTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTT
128828 TCCTTAAACA
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 200, Indels: 103
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 7 0.01
169 92 0.10
170 286 0.30
171 556 0.57
172 23 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
TTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTCATTAGAAAACT
GAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTG
TTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATTTATAAATGAT
Found at i:128387 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 127684--128463 Score: 816
Period size: 340 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
127674 CATGATGCAG
* * * * *
127684 AAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTATATTTATAGTCCCTCATGCCTTTAAAAGTCTTCTTACTCA
1 AAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT--CTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA
*
127749 CTTTAAGTGGTTTTACAAATTTATAAATGA-TTTGAAATCGAAATGCTTTTCATTTCTTGTTAAA
64 CTTTAAGTGGTTTTA-TAATTTATAAATGATTTTGAAATCGAAATGCTTTTCATTTCTTGTTAAA
* * *** * *
127813 ACATATTAGAGTTGGATGTTAGCACTAGGAAATATGAAGTGAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAA
128 ACATATAAGAATTGGATGTTAGCACTAGGAAATATGAAACAAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAA
* * *
127878 TCCATCTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAGATGGTTTTGCAATCTTA
193 TCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTACAATCTTA
* * *
127943 TAAATGATTTTAAATTGAAACTATTTTTATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTAAATGTGTTCA
258 TAAATAATTTGAAATTGAAACTATTTTTATTTTTAGTTAAAACAAAGCATAATTAAATGTGTTCA
*
128008 TCGAGAAAACTGAAGCAA
323 TCGAGAAAACTGAAGAAA
* * *
128026 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCATGCCTTGAAAAGCCTTGTTACT-A
1 AAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTC--TCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA
* * * *
128090 GCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATGAATGATTTTG-GAT-TAAATGTTTTTCATTT-TTGCTTA
64 -CTTTAAGTGGTTTTATAA-TTTATAAATGATTTTGAAATCGAAATGCTTTTCATTTCTTG-TTA
* * ** * * *
128152 AAA-ATAATAATAATTTGATGTTTTCA-TTGAGAAATATGAAACAAAAGTAATTCATTGACAAGA
126 AAACAT-ATAAGAATTGGATGTTAGCACTAG-GAAATATGAAACAAAAGCAATCCATTGACAAGA
* * * * * * * *
128215 AAAATCCATTTGTAGTCGCTCATGCC-TTCAAAGTCTGGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
189 AAAATCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTACAAT
* * **
128279 CTTATAAATAATTTGAAATTG-AA-T-TTCTTTCATTTTTGGTTAGAAA-AGAGCATAATTTGAT
254 CTTATAAATAATTTGAAATTGAAACTATT-TTT-ATTTTTAGTTA-AAACAAAGCATAATTAAAT
128340 GT-TTGCATC-A-ACAAACGTGTAAGAAA
316 GTGTT-CATCGAGA-AAAC-TG-AAGAAA
** **
128366 AAGGTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTATTATCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA
1 AAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC-A-TGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA
*
128431 CTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAAATGATTT
64 CTTTAAGTGGTTTTATAAT-TTATAAATGATTT
128464 CAAATTGAAT
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 54, Indels: 40
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.01
338 13 0.04
339 33 0.09
340 146 0.40
341 86 0.24
342 80 0.22
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACT
TTAAGTGGTTTTATAATTTATAAATGATTTTGAAATCGAAATGCTTTTCATTTCTTGTTAAAACA
TATAAGAATTGGATGTTAGCACTAGGAAATATGAAACAAAAGCAATCCATTGACAAGAAAAATCC
ATCTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAA
ATAATTTGAAATTGAAACTATTTTTATTTTTAGTTAAAACAAAGCATAATTAAATGTGTTCATCG
AGAAAACTGAAGAAA
Found at i:129031 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 128995--129054 Score: 102
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
128985 TACTCGCTTC
**
128995 AAATGGTTTTATGGTCTTATAAATGATTTT
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
129025 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
1 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
129055 GAATTGAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 28 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.13, T:0.50
Consensus pattern (30 bp):
AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
Found at i:129783 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 129022--131325 Score: 832
Period size: 169 Copynumber: 13.6 Consensus size: 166
129012 TATAAATGAT
* * * * **
129022 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTTTATTTCTTAAAGTAG
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTTTTTGTTAAAACA-
* * * * ** * * * * * *
129087 TTTATAATTTGTTGTTTTCATTAGGAATCGTAAAGTAAAAGCCATCCATT-ACTAAGAAA-AGTA
65 TATGTATTTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGAC--AGAAATA-TT
* * ** *
129150 AATTTAGAG-CTACTCATGCCGTCGAAAGCCAAGTTACT-AGC
127 CATTTATAGTC-ACTCATGCC-TTTAAAGCCTAGTTACTCA-C
** * * ** *
129191 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAAAAATTTTGAATTGAATATTTTTCATTTTCGATTAAAACA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTTTTTG-TTAAAACA
* * * *
129256 AATCTCATTTTGTTGTTTGCAAT-GGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAAAATATTC
65 TATGT-ATTTTGTTGTTTGC-ATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAGAAATATT-
* **
129320 CATTTGTAGTCTTTCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TTACTCAC
127 CATTTATAGTCACTCATGCCTTT-AAAGCC-TAGTTACTCAC
* * * * *
129361 TTTAAATAGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAACT-AAGTTTTTTCTTTTTAGTTAAAATCG
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTTTTTGTTAAAA-C-
*** ** * *
129425 AT-TGCGCTTTGTTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAA-AGTC
64 ATATGTATTTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGAC-AGAAATATTC
* * * *
129488 TATTTATACTCACTCATGCCTTCTTAGGCCTAGTTACTCGC
128 -ATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAGCCTAGTTACTCAC
* * ** * * *
129529 TTTAAATGGCTTTATAATCTTACGAATGATTTCAAATTGAATTTTTTTTCTTGTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTT-TT-TTTTGTTAAAAC
* ** * * * * *
129594 AGATCAAAATTTATTGTTTGCATCGGGAAACAT-AAACCAAAGCCATCCATTGACATGAAATATT
64 ATAT-GTATTTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACA-GAAATATT
** * * *
129658 CATTTATAGTCACTCACACCTTTAAAAGCCTAGATCCTAAC
127 CATTTATAGTCACTCATGCCTTT-AAAGCCTAGTTACTCAC
* * * *
129699 TTGAAATGGTTTTATAATCTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTT-TTTTTG-TTAAAAC
* * * *
129764 ATATAGTATTTTGTTGTTTGCATC-AGAAAGCATGAAG-AGGAAGCCTTCCATTGACTAGAAA-A
64 ATAT-GTATTTTGTTGTTTGCATCGGGAAA-CATGAAGCA-AAAGCCATCTATTGAC-AGAAATA
** * * * * * *
129826 GGCTATTTATAATTACTAATACCTTCGAAAGCCTTA-TCACTCAC
125 TTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAGCC-TAGTTACTCAC
* * ** * *
129870 TTTAAGT-GATTTTATAAAT-TTATAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTAACTTTTGGTTAAAG
1 TTTAAATAG-TTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-TTTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * * *
129933 CATATGATAATTGGATGTTTGCATCAGG-AACGTGAAGCGATAGTCATCCATTGACAAGAAA-AG
63 CATATG-TATTTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGAC-AGAAATAT
* * *
129996 TCTATTTATAGTCACTCATGGCTTTAAAAGTCTTGTTACTCAC
126 TC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTT-AAAGCCTAGTTACTCAC
* * * * ** *
130039 TTTAAAT-GATTTCATAAAT-TTATAAATGATTTGAAATCGAAATGCTTTTCATTTCTTGTTAAA
1 TTTAAATAG-TTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AAT-TTTTTTTTTTTTTGTTAAA
* * * * * * * * * * * *
130102 ACATATCAG-AGTTGGATGTTAGCA-CTAGGAAACATGAAGCGAAGGCTATCCATTAAAAGAAAA
62 ACATAT--GTATTTTGTTGTTTGCATC-GGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAGAAAT
* *
130165 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCAC
124 A-TTCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-AAAGCCTAGTTACTCAC
* * * * * ** * *
130210 TTTAAGTGGTTTTACAAAT-TTATAAATGATTTGAAATCGAAAATGCTTTTCTTTCTTGTTAAAA
1 TTTAAATAGTTTTA-TAATCTTATAAATGATTTTAAATTG--AATTTTTTTTTTTTTTGTTAAAA
* * ** * * * *** * * * *
130274 TAGAT-TAGAGTGGGTGTTAGCA-CTAAAAACATAAAGCAAAAGCCATCTA-TGACAAAAAAAAG
63 CATATGTA-TTTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGAC-AGAAATAT
* * * **
130336 TCAATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTAGTTTCTTGC
126 TC-ATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAGCCTAGTTACTCAC
* * * * * * * * ** *
130379 TTTAGATGGCTCTACAATTTTATAAATAATTTTAAATTGAAACTGTTTTCATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AA-TTTTTTTTTTTTTTGTTAAAAC
* * ** * ** * * *
130444 AGAT-CATTATTAAATGTTTTCATCAAGAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAA-AG
64 ATATGTATT-TT-GTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGA-CAGAAATA-
* * *
130507 TCCTTTTATAGTCTA-TCATGCCTTAAAAAGCCTTA-TTACT-AGC
125 TTCATTTATAGTC-ACTCATGCCTT-TAAAGCC-TAGTTACTCA-C
* * * * * * **
130550 TTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATGAATGATTTTCAATTGAATGTTTGTCATTTTTGTTTAAAA-
1 TTTAAATAGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTTTTTG-TTAAAAC
* * * * * * *
130613 ATAATAATAATTTTATCT-TTT-CATCGAG-AACATGAAACAAAATCAAT-TCATTAACAAGAAA
64 AT-AT-GT-ATTTTGT-TGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCT-ATTGAC-AGAAA
* * * * *
130674 AATCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCAC
123 TATTCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAGCCTAGTTACTCAC
* * * ** * *
130719 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAATTGAATTTCTTTCATTTTTGGCTAGAAA-
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTTTTTTTTGTTA-AAAC
* * * * * ** * *
130783 AGA-GCATAATTTGATGTTTGCATCAGCAAATGTGAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAA-AG
64 ATATG--TATTTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGAC-AGAAATA-
* ** * * *
130846 TCCATTTATAGTCTTTAATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
125 TTCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAGCCTAGTTACTCAC
* * * * * ** * *
130889 TTTAAATGGTTTTATAATATTATAGATGATTTCAAATTGAA-TTTTTTTTATTTCATTATAACAG
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTTTTTGTTAAAACAT
* * * * ** * * * *
130953 ATCATAATTTGTTGTTTGCATCGAGAAACGTGTGGTAAAAGCTATCTGTTGACAAGAAA-AGTCA
66 AT-GTATTTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGAC-AGAAATATTC-
* ** * * *
131017 ATATATAGTCACTTTTACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCAC
128 ATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAGCCTAGTTACTCAC
* ** * ** *
131057 TTTGAAGGGTTTTATAATCTTATAAATCATTTTAAATTGAATTTATTTTCATTTATGATTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTTTTTTTTG-TTAAAAC
* * * * * * * * * ** *
131122 --AGGTCATAATTGATGTTTACATAGAGAAATATTAAGTGAAAA-TTATCCATTGACAAGAAA-A
64 ATATGT-AT-TTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCTATTGAC-AGAAATA
* ** * * * * * **
131183 GTCCATTTACGGGCACTTA-GCCTTCAAAAGCTTAGTTATTTGC
125 -TTCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAGCCTAGTTACTCAC
* * ** * *
131226 TTGAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTCGAAATTGAATTTCTTTTATTTTTGGTTAAAACA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTTTTTTTTGTTAAAACA
* * * * *
131291 TATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACATGAA
65 TAT-GTATTTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAA
131326 ATGAAAGCTA
Statistics
Matches: 1626, Mismatches: 403, Indels: 212
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 9 0.01
168 257 0.16
169 494 0.30
170 494 0.30
171 342 0.21
172 27 0.02
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTTTTTGTTAAAACAT
ATGTATTTTGTTGTTTGCATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAGAAATATTCATT
TATAGTCACTCATGCCTTTAAAGCCTAGTTACTCAC
Found at i:130039 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 129022--142595 Score: 4096
Period size: 170 Copynumber: 80.7 Consensus size: 169
129012 TATAAATGAT
* ** **
129022 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTT--TTTATTTCTTAAAGT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTT-TTGGTTAAAAC
* * * * * * * **
129085 AGT-TTATAATTTGTTGTTTTCATTAGGAATCGTAAAGTAAAAGCCATCCATT-ACTAAGAAAAG
65 A-TATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAG
** * * * **
129148 TAAATTTAGAG-CTACTCATGCCGTCGAAAGCCAAGTTACT-AGC
127 TCCATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-C
* ** * * * *
129191 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAAAAATTTTGAATTGAATATTTTTCATTTTCGATTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * ** * * * *
129256 AATC-TCATTTTGTTGTTTGCAATGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAA-AAATATT
66 TATCAT-AATTTGATGTTTGC-ATCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGT
* ** ** *
129319 CCATTTGTAGTCTTTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
129361 TTTAAATAGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAACT-AAGTTTTTTC-TTTTTAGTTAAAATC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA-C
** * *
129424 GAT-TGC--GCTTTGTTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAG
65 -ATAT-CATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * ** * * *
129486 TCTATTTATACTCACTCATGCCTTCTTAGGCCTAGTTACTCGC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* ** *
129529 TTTAAATGGCTTTATAATCTTACGAATGATTTCAAATTGAATTTTTTTTC-TTGTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATT-TTTGGTTAAAA
* * * * * * *
129593 TAGATCAAAATTT-ATTGTTTGCATCGGGAAACAT-AAACCAAAGCCATCCATTGACATGAAATA
64 CATATCATAATTTGA-TGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-A
* ** * * * * *
129656 -TTCATTTATAGTCACTCACACCTTTAAAAGCCTAGATCCTAAC
126 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
129699 TTGAAATGGTTTTATAATCTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
129764 ATAT-AGTATTTTGTTGTTTGCATCAGAAAGCATGAAGAGGAAGCCTTCCATTGACTAGAAAAGG
65 ATATCA-TAATTTGATGTTTGCATCAGAAA-CATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * * * * * *
129828 CTATTTATAATTACTAATACCTTCGAAAGCCTTATCACTCAC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * *
129870 TTTAAGTGATTTTATAAAT-TTATAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTAACTTTTGGTTAAAGC
1 TTTAAATGGTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
129934 ATATGATAATTGGATGTTTGCATCAGGAACGTGAAGCGATAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * *
129999 ATTTATAGTCACTCATGGCTTTAAAAGTCTTGTTACTCAC
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * **
130039 TTTAAATGATTTCATAAAT-TTATAAATGATTTGAAATCGAAATGCTTTTCATTTCTT-GTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATTTTTTTCATTT-TTGGTTAAA
* * * * * * *
130102 ACATATCAGAGTTGGATGTTAGCA-CTAGGAAACATGAAGCGAAGGCTATCCATT-AAAAGAAAA
63 ACATATCATAATTTGATGTTTGCATC-A-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG-AAA
**
130165 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCAC
125 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * **
130210 TTTAAGTGGTTTTACAAAT-TTATAAATGATTTGAAATCGAAAATGCTTTTC-TTTCTT-GTTAA
1 TTTAAATGGTTTTA-TAATCTTATAAATGATTTTAAATTG--AATTTTTTTCATTT-TTGGTTAA
* * * * * * * * * * *
130272 AATAGAT--TAGAGTGGGTGTTAGCA-CTAAAAACATAAAGCAAAAGCCATCTA-TGACAAAAAA
62 AACATATCATA-ATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC-AAGAA
* * * * **
130333 AAGTCAATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTAGTTTCTTGC
124 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * * * * *
130379 TTTAGATGGCTCTACAATTTTATAAATAATTTTAAATTGAAACTGTTTTCATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * ** * * * *
130444 AGATCATTATTAAATGTTTTCATCAAGAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTC
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * *
130509 CTTTTATAGTCTA-TCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACT-AGC
129 CATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-C
* * * * * *
130550 TTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATGAATGATTTTCAATTGAATGTTTGTCATTTTTGTTTAAAA-
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * * * *
130613 ATAATAATAATTTTATCTTTTCATC-GAGAACATGAAACAAAATCAATTCATTAACAAGAAAAAT
65 AT-ATCATAATTTGATGTTTGCATCAGA-AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * *
130677 CCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCAAAAGTCTAGTTACTCAC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * *
130719 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAATTGAATTTCTTTCATTTTTGGCTAGAAA-
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA-AAAC
* * ** * *
130783 AGAGCATAATTTGATGTTTGCATCAGCAAATGTGAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTC
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCAG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
** *
130848 CATTTATAGTCTTTAATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * ** *
130889 TTTAAATGGTTTTATAATATTATAGATGATTTCAAATTGAATTTTTTT--TATTTCATTATAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * ** ** * ** *
130952 GATCATAATTTGTTGTTTGCATCGAGAAACGTGTGGTAAAAGCTATCTGTTGACAAGAAAAGTCA
66 TATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* ** * *
131017 ATATATAGTCACTTTTACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCAC
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
131057 TTTGAAGGGTTTTATAATCTTATAAATCATTTTAAATTGAATTTATTTTCATTTATGATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAAC
** * * * * * ***
131122 AGGTCATAA-TTGATGTTTACATAGAGAAATATTAAGTGAAAATTATCCATTGACAAGAAAAGTC
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCAT-CAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
** * * * **
131186 CATTTACGGGCACTTA-GCCTTCAAAAG-CTTAGTTATTTGC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTT-GTTACTCAC
* **
131226 TTGAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTCGAAATTGAATTTCTTTT-ATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAAC
** * *
131290 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACATGAAATGAAAGCTAT-CATTTTG-TAAGAAAAG
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCAG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCA--TTGACAAGAAAAG
* * ** *
131353 TCCATTTATAGTCACTCGTG---T-GAAAGGGTT-TTA-TAATC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-C
* * *** * ** * ** * * *
131391 TTATAAATGATTTTA-AAT-TGAGTTTTTTTCATTTT-GGTTAAGACA-TATCATAATTTGATGT
1 TT-TAAATGGTTTTATAATCT---TATAAATGATTTTAAATT--GA-ATTTTTTTCATTT-TTGG
** * * ** * * * * * * * * *
131452 TTTTATCA-A-GA-AAAGTGAAG--CG-A-AAGCAATCGATTGACA-AGAAA--CGTCAATTTAT
58 TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAG-AAAC-A-TGA-AGCGAAAGCCATCCATTGAC
* * * ** * * * * * * *
131507 AATCACTCATGT-C-TTTCAATCCTTAATTATTCCTTTAAATTG--TT-TTA-TAATC
119 AA-GA--AAAGTCCATTT--ATAGTCACTCATGCCTTCAAA-AGCCTTGTTACTCA-C
* *** ** * ** * *** * * *
131559 TTATAAATGATTTTA-AAT-TTAATTTTTTTCTTTTTTAGCTAAAGCAGATCTTAATTTGTTGTT
1 TT-TAAATGGTTTTATAATCTT-A--TAAATGATTTTAAATTGAA--TTTTTTTCATTT-TTGGT
** * * *** ** ** * * *
131622 TGCAGC--ATGA-AA--TG-TG-AACCAAAAGCCATTCACTAGCAAG-AAAAG---TCCATTTAT
59 TAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAG--AAACA-T-G-AAGCGAAAGCCATCCATTGAC
**** * * * * * *
131676 AATCTTTCA-TGCC-TTTA-A--AAGCT-TTG--TT-AAATG-GTT-TCA-TAATC
119 AA--GAAAAGT-CCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-C
* *
131720 TTATAAATGATTTTA-AA--TTA-AAAT--TCTT---TT-A----TTTTCA------GTTAAAAC
1 TT-TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * *
131765 ATACCATAATTTGTTATTTGCATTAAGAAA-AGTGGAGTGAAAG-------TTAATAGGAAAAGT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACA-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * * * * * **
131822 CCATTTACAATCACTAATGCCTTCGAATGCCATGTCACTTGC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * ** *
131864 TTTAAGTGGTTTTATAATTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTATTTTAGATTTTTGGTTATAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * *
131929 ATATC--AACTTGATGTTTTGCATCAGTAAACATGAAGCGAAGGCCAAT-AAATGACAAGAAAAG
65 ATATCATAATTTGATG-TTTGCATCAG-AAACATGAAGCGAAAGCC-ATCCATTGACAAGAAAAG
* * * *
131991 TCCATTTATAATTACTCATGCTTTTAAAAG-CTTAGTTACTCAC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTT-GTTACTCAC
* * ** * * ** * * *
132034 TTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAAAAAAGTATAAATT-TTTTTTTTTCATTTCTAGTTAAAATA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
** ** * * * *
132098 GGTCAT-ATTTGGATGTTTGCATTTGAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAACAG
66 TATCATAATTT-GATGTTTGCATCAG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAA-AG
* * * * * **
132162 TGCATTGATAGTAACTCATACTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGT
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * * *
132205 TTTAAATAGTTTTATAATCGTATAAATGACTTTAAATT-ATTTTTTTTTTCATTTTCGGCTCAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA--ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * **
132269 CAAATTATAACTTGTTATTTGCATCAGAAA-ATGTGAAGCGAAAGCCTTCTGTTGACAAGAAAAA
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAACA--TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAA
* * *** ** * * *
132333 ATCCATTTATAGTCACTAATATTTTTGAAAGCTTTGTTATTTAC
126 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * ** * * *
132377 TTTAAGTAGTTTTATAAAGTTATAAATGATTTTAAAGTGAATTTGTTTTTATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* *
132442 ATATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGACACATGAAGCGAAAGCCA-CTCATTGACAAGAAAAGT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGT
** * * * *
132506 TTATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAA-----GTT--T-GC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * *
132540 TTGAAATGATTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAAAT-AATTTTTTTTCA-TTTTGGTTCAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* ** * ** ***
132603 AGATCATAATTTGATGCCTGCCTTGGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAACA-
65 ATATCATAATTTGATGTTTG-CATCAGAAACATG-AAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AG
* * * *
132667 TGCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTCAC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * ** * * *
132710 TTTAAATAGTTTTATAGTCCTATAAATAATTTTAAATCAAAATGTTTTTCATTTCTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *
132775 AAATCATAATTGGATGTTTACACTTAGAAACGTGAAGTGAAAGTCATCTATTGACAAG-AAAGTC
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * ** * *
132839 CATTGATGGTCACACATGCCTTCAAAAATCTAGTCACTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
132880 ATGAAATGGTTTTATAATGTTAT-AATGATTTTAAATTGAGATTTTTTTCAATTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGA-ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * * * *
132944 AGATCATAATTTGTTCTTTGGATCAAGAAACATAAAACTAATGCCATGCATTGGCAAG-AATGTC
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** * *
133008 CATTTATAGTCACTAATGCCTTTAAAAGCCGAGTGATTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
** * * * * **
133049 TTTAGGTGGTTTTAT-ATCTCATAAATGATTTTAAATTGAATATTTTT-AGCTTTTAGTCGAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGGTTAAAAC
* * * * ** * *
133112 AAATCATAATTT-ATTGTTTCCATTAGGAAACATGAAGCTAAAGTTATCCATTGATAAGCAAAGT
65 ATATCATAATTTGA-TGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * *** *
133176 CCATTCATAGTCACTAATACCTTTGGAAGCCTAGTTACTCAC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * **
133218 ATTAAGTGGTTTTACAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTATTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
** ** * * *
133282 ATATCATAATTTCTTGTTAT-CATTGGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGT
65 ATATCATAATTTGATGTT-TGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * *
133346 CCATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAAGACTTGTTACTCAC
128 CCATTTATAGTCACTCAT-GCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
133389 TTTAACTGGTTTTATAATCTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTTCGTTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * ** * * * *
133454 AAATCCTAATTTTTTGTTTGTATCAGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAGTT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * * ** **
133519 AATTTATACACATTAATGCCTTCAAAATCCTAATTACTTGC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * *** * *
133560 TTTAAA-GGGTTTATAATTTTATAAATGATTTTGAGTTAAATTTTTTCTTTTTTCTTTTTTAGTT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA--TT---TTAAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTT
* * * * * *
133624 AAAACAAATCATAATTTTATATTTGCAT-AAAAAAATGAGACGCGAAAGCCACTCC-TTAACAAG
60 AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAACATGA-A-GCGAAAGCCA-TCCATTGACAAG
* ** * * * *
133687 AAAAATTTATTTACAGCCACTCATGCAC-TCGAAAG-CTGAGTTACTCAC
122 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC-CTTCAAAAGCCT-TGTTACTCAC
* * * *
133735 GTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGACTTTAGATTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * **
133800 AATCATAA-TTGATGTTTGCAATGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATAAATTGACAAGAAAAGTCC
66 TATCATAATTTGATGTTTGC-ATCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* *
133864 ATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAG-CTTAGTCACTCAC
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTT-GTTACTCAC
* * * * * *
133904 ATGAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TCAA-TATTTTCATTTTTAGTTAAGACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * * ** * * *
133967 AATCGTAATTTGATGTTTGCATCGGGGAA-TTAAAACGAAAGTTATCGATTCACAAGAAAAGTCT
66 TATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
** * * *
134031 ATTTATAGTCACTCATGTGTTCGATAGCCTAGTTACTCAC
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * ** *
134071 -TTAGAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAACTGAATTTCTTTTTTTTTTTTGTTAAAA
1 TTTA-AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * * ** * * *
134135 C-TGATAATAATTTGATGTATGCATTGAGAAACATGTTGCGAAAGTCATCCATTAACAAAAAAAG
64 CAT-ATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * *
134199 TCCATTTAGAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCCTAGTCACTCA-
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* ** * * * ** *
134241 TATGAAATCATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTCTTTTTTTATTAAAAT
1 T-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * ** ** *
134306 AGATCTTAATTTGCTATTTGCATCGGGAA-ATGTAAAGCGAAAGTTATCTGTGGACAAGAAAAGT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAACATG--AAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
134370 CCATTCATTGTCACTCATGTCC-TCAAATG-ATT-TTA---AC
128 CCATTTATAGTCACTCATG-CCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* ** * * * *** * * * * ***
134407 -TTGAATTTTTTTTTCA-CTTTTGGTTAGAATATATCA-TGATTTTTTCTTGCA-TCGAGAAACG
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAAT-GATTTTA-AATTGAATTTTT-TT-CATTTTTG----G
*** * * * * * * *** *
134468 TGAATCAAAAACCATTCATCGATAA-GAAAAGTCCATT-TATAATAACTCCTGCCTTCAAAAGCC
58 T---T--AAAA-CA-T-ATC-ATAATTTGATGT---TTGCATCAGAA-ACATG-AAGCGAAAGCC
** * * * ** ** **
134531 -TACCTACTTG-CTTGAAATGGT---TTTATAATCTTA-TAAATGATTTTCAATTGAATT-TT-C
109 AT-CC-A-TTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTC--ACT-CATG-CCTTCAAAAGCCTTGTTAC
134588 TTTCA-
166 --TCAC
* ** * * * **
134593 TTT-AA--G--TTA-AA----A-CAAT-ATCATAATTTG--TTGTTTGC--TTAAGG--AAAA-A
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* ** ** * ** ** *** * * ** *
134639 T-TAAGTGAAAGCT-ATCCATTG-ATAAGAAATGTTTATTTATAGTCATTAATACCT-TCAA-AA
66 TATCA-T--AATTTGAT-GTTTGCATCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT---TGACAAGAA
**** * ** * * *
134699 ACCTAGTTACTCAGTTTCA-AGGGTTTTATAATCTT-ATAAATG-ATT-TTA--AAT
124 A---AG-T-C-CA-TTT-ATAGTCACTCAT-GCCTTCA-AAA-GCCTTGTTACTCAC
** * ** * * * * ** * ***
134750 TAAAATTATTTTCATTTATGGTTA-AAACAGATCAT-AATTG-A-TTTTTGCA--TAAAG---AA
1 TTTAAATGGTTTTA-TAAT-CTTATAAA-TGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAA
* * ** ** ** ** *** * * * ****
134806 ACATGAAACAAAAGCT-ATCCATTG-A-CAAGAAAGGTTCATTTACAGTCA-CTC-GTG-CCTTC
63 ACAT--ATCATAATTTGAT-GTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATC-CATTGACAAGA
* * ** * * * ** * * * *
134865 AAAG-CCTAGTTACTCGATCA-AAATAG-TTTTATAA-TTTTATAAATGA-
123 AAAGTCC-ATTTA-TAG-TCACTCAT-GCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * ** * * * * *
134911 TTTAAA--ATTTAAT-TTCTT-T-TATTTTTGGTTAAGATAG-ATTATAATTTGATGTTTGTATT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATT--TTAA-ATTGAATT-T-TTTTCATTTTTG-GTT
* * ** *** * * *
134970 AGGAAACATGAAGCCAAAGCCATTT-A--TTAACA--AGAAA-ACT-ATATTTATAGTCATTCA-
60 A--AAACAT--A-TCATA---ATTTGATGTTTGCATCAGAAACA-TGA-AGCGAAAGCCATCCAT
* * * * * * ** * *
135027 TGCCTTAG-AAAG-CC-----TAGTTACTC--G-CTTGAGATGGTTTTTTAAT--C
115 TGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
135071 TTATAATTGATTTTA-AATC--------------AAATTG---TATTTT-ATTTTTAGTTAAAAT
1 TT-TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * ** ** * *
135117 AGATCATAAGTTGATGTTTTCATTGAGAAA-AGTGAAGTAAAAGCCATTGATTAACAACAAAAGT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACA-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * ** * **
135181 CCATTTATAGTCACTTAAGTTTTCAAAACCCTAATTACTCAC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * *
135223 TTTAAATGGCTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTTAA-TTTTTTC------------AA-A
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * ** * * * *
135274 TATGCTTAA----AT-TTT-CATAAGGAAATGTGGAGCGTAA-CCATCCATTGATAAGAAAAGTT
66 TAT-CATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
135332 CATTTGTAGCCTCTCATACCTTCAAAGGTCTTGTTACTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * *
135373 TTTAAATGGTTTTATAATCTTTTAAATGATTTTAAATCGAATTATTTCCTATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTC-ATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * * *
135438 AAAACAT-ATATGTTTTTTGCATC-GAAAACTTGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAATTT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCAG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
135501 CATTTATAGTCACTAATACTTTCAACAGCCTAGTCACTCA-
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * ** *
135541 TGTGAAATGATTTTATAATATTATAAATGATTTTAAATTAAATATTTTTTTGTTTTTGGTCAAAA
1 T-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
* *** * *
135606 CATATCATAATTT-ATTGTTTGCATCAAGAAACAGGAAATAAAAGCTATCCATTGACAAAAAAAG
64 CATATCATAATTTGA-TGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * *
135670 TCTATTTATAGTCACTAATAG-CTTCAAAGGCCTTGTTACTCGC
127 TCCATTTATAGTCACTCAT-GCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * ** ** * ***
135713 TTTAAAGGGTTTGT-TAATCGTATTTATGATTTTAAAAAGAATTTGATTTCATTTACAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTT-TATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAA
* ** * * * *
135777 TAGGTCATAA-TTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTAC-A-ATAACT
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
*** * * * * * * *
135839 -CATGCCT--TCA--AAAGTCTTGTAAATG-ATT-TTA---AA
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTT-CAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * * * * * ** ** *
135872 TTT--A-GTTTTTTTCATGTTTGGTTAAAGTAAATCTTAATTTGTTATTTGTCTTGGGAAACGTG
1 TTTAAATGGTTTTATAAT-CTT--ATAAA-T-GATTTTAAATTG-AATTT-T-TT---TCATTTT
* ** * * ** * * ** *** *
135934 TAGTGGAAGCCT-TCTATTAATAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCA-CTA-ATGCCTTCAAAAGCCT
55 TGGTTAAAACATATC-A-TAATTTG---A---TGTTTGCA-TCAGAAACATG-AAGCGAAAGCC-
* * * * * *
135996 AAT-CACT--CATGTGAAA-T-AATTT-TA-T-A---AT--CTT-ATAAG---TGATT--TCAAA
109 -ATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTG-TTACTC-AC
* ** * * * ** * * * *
136042 TTGAAAT-GTTTT-TGTTTTTGGTCAAACCAGATCATAATTTG--TTATTTGCA--TTAGG---A
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTT-AT-AAA--TGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * * ** * ** * *
136098 AACATAAAGCA-AA----A-G---CCACCCATTAAC---AA--GATAAGTTCATTTATAGTCAA-
62 AACAT--ATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGA-AAG-CCATCCATTGACAAG
* * * * * * ** ** *
136148 ATAA-TGGC-TTTGAAAGCTTAGTTACTTG--TTGTAAAGGGTT-TTA-TAATC
122 AAAAGT-CCATTT-ATAG-TCA-CT-CATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-C
* *
136196 TTATAAATGATTTTA-AA---T-TAAA--A-TTT---TT--A----TTT-A----TAGTTAAAAC
1 TT-TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * ** * *
136239 AAATCATAA-TCGATGTTTGCATCGAGAAATATGAAGCGAAAGCTGTCCATTGATAAGAAAAATC
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * ** * * ***
136303 CATTTACATTCACTTAAGCCTTTGAAAGCATAGTTACTTGG
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
136344 TTGAAAAGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTTTTTAATTTTTGGATAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
** * * * *
136409 TATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAATGTGAAGTGAAAACTATCCATTGACAAGAAAAAGTG
66 TATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTC
* * *
136474 CACTTATAGT-A-TCGTATTCATTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
129 CATTTATAGTCACTC--ATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
136515 TTTAAATGGTTTTCTAATCTTATAAATGATTTTCAATTGAATGTTTCTCATTTTTGGTTAAAGCA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * ** ** * * * * *
136580 GATCATAATTT-ATTGTTTGCCTTGGGAAATGTGAA-AGAAATGCCTTCCATTAATAAGAAAAAT
66 TATCATAATTTGA-TGTTTG-CATCAGAAACATGAAGCGAAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* ** ** *
136643 CTATTTATAGTCA-TCATATCTTTGAAAGCCTTGTTAGTCAC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * *
136684 TATAAGTGGTTTTATGA-CTTTATAAATGATTTTAAATT-ATTTTTTTTAATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
** * * * * *
136747 ATATCATAATTT-ATTGTTTGCATTGGGCAACATGAAGTGAAAGCTATTCATTGATGAA-AAAAG
65 ATATCATAATTTGA-TGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAG
* * * * **
136810 TCTATTTATAGCCACTCATGACTTCAAAAGCCATGTTACTCGT
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * *
136853 TTTAAATAGTTGTATAATCTTATAAATGATTTCAAATTGAAATTGATTTAT-GTTTTTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT--TTTTTCATTTTTGGTTAAA
* * * * *
136917 ACATATCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAACTTGAAGCGAAAGCTATCAATTGACAAGAAAAG
63 ACATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * **** *
136982 TCCATTTATAGTTACTAATGCCTTCGAAAGTAGAGTTACACAC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * *
137025 TTTAAAAGGTTTTATAATCATATAAATGATTTTAAATTTAATTTGTTTTCATTTATGGCTT-AAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGG-TTAAAA
* * * * *
137089 CAGATCATAA-TTGATGTGTGCATCAGGAAACATGAAGTGAAAGCAATCCGTTGGA-AAGAAAAG
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAG
* * *
137152 TCCATTTACTA-TCAATCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAG
127 TCCATTTA-TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* ** * * * * * * **
137195 TTGAAATGGCCTTATAGTTTTATCAATGATTTGAAATTAAAATTATTTTTCATTTTTTGACAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-GAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * * * *** *
137260 CAAATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACGCT-AAGTGAAAGCCAAGTATTGATAAGAAAAG
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAAC-ATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
137324 TACATTTTTAAT-ATCTCATGCATTCAAATGCCTTGTTGCTCTA-
127 TCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTC-AC
* * * **
137367 TTTAAATGGCTTTATAATCATCTAAATGATTTTAAATTG-ATTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * ** * * *
137430 TATCATAATTT-ATTGTTTGCATCGACAAACATGAAGCAAAAATCTTCCATTGAAAAGAAAGGTC
66 TATCATAATTTGA-TGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *
137494 CATTTGTAGTTACTCATACCTTCAAAAGTCTTGTTACTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
137535 TTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATTATTTCAAATTGAATTTTTTTAATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
** ** * * *
137599 ATATCATAATTTCTTGTTTGCATTGGGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCATCGATAAGAAAAGT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACA-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * **
137663 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * **
137705 TTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * **
137770 CAGT-TCATAATTTGATGTTTGCATTAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAG
64 CA-TATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
** * * * * * * * **
137834 TATATTTATAGTCATTCTTTCCTTAAAAAGTCTAGTTAGTTGC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * * * * * *
137877 TTGAGATAGTTTTATGATCTTATAATTAAATTTGAATTGAATTATTTTTTATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* ** * * * * * * * * * *
137942 AGATCATAAGCTAATGTTTTCATGA-AAAGAAGTGAAGTGAATGGCATCGATTTATAAGAAAAGT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAA-CA-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * * * * * **
138006 TCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTAAAACCCTAGTTAGTTGC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* *
138048 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTTAATTTTTTTGGA--TTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * * * * * *
138111 ATATCTTAATTTGTTTTTTCCATTAGGAAATATGGAGTGAAAGCTACCCATTGGCAAGACAAGTT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** *
138176 TATTTATAGTCTCTCATGCCTTTGAAAGCTTTGTTACTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
138217 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATCATTTAAAATTTATTTTTTTTCTATTTTTGTTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTC-ATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
138282 AGAACAT-ATATGTTGTTTGAATCAAAAATGTNNNNNNNNNNCATGAAGCGAAAGCCATCCATTA
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAA-------------CATGAAGCGAAAGCCATCCATTG
* * * ** * * * *
138346 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTAATGCATTTGAAAGCCTAGTCAGTCTC
117 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
138399 ATGAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAATTATTTTT-GTTTTTGGTCAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *****
138463 CAAATAAGAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTACTGACAAGANNNNN
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
***** * * * * *
138528 NNNNNTATAGTCACTAATGGCTTCATAAGCCTAGTTACTCGC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * ** **
138570 TTTAAAGGGTTTTATAATCTTACATATGATTTTAAATAGAATTTGATTTCATTCATGGTTAAAGT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAAC
** * * ** * * *
138635 AGGTCATAATTT-ATGTATGTATTGGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGATAAGAATAGTC
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
138699 CATTTACAATCACTCATGCCTTCAAAACCCTAGTTGCTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * *** *
138740 TTGAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATTGAATACCTTTCATTTTTGATTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * * *
138805 TATCATATTTTAATGTTTGCATTGAAAAACATGGAA-CAAAAGCCATCCATTCAAAAGAAAAGGC
66 TATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACAT-GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
138869 CATTTATAGTCATTAATGGC-TCTGAAAGACTAGTCACTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * * * * *
138910 ATAAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTCAATTAAATTTTTTT-TTTTTTTGTCAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * * ** * * *** **
138974 GATTATAATTTGTTGTTTGTATTGTGAAACATAAAGTGAAAGCCAAGTATTGACAAGAAAAGTGA
66 TATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
** * *
139039 ATTCGTAGT-ATCTCATGCATTC-GAAGCCTTGTTACTCGA-
130 ATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTC-AC
* * * * *
139078 TATAAATGGCTTTATAATCATATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTTCACTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * ** * * * * *
139142 AGATCATTATTT-TTGTTTGTATTGGGAAACGTGAAGTGAAAGTCTTCCATTGATAAGAAAAGTC
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * *
139206 TATTTATAGTCACTAATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
********** * * *
139247 NNNNNNNNNNTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATATTTTTAATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * *
139311 ATATCATAATTTGTTGTTTTCATTACGAAACGTAAAGCGAAAGCCATCTATCGATAAGAAAACTC
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
139376 CATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* *
139417 TTTAAATGGTTTT-TAATC-T-TAAATGATTTCAAATTGAAATTATTTTTCATTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * * * ** * * *
139479 CAAAGCACAATTTGTTGTTTAAATTAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAATGACAAACAAAAGT
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGT
* * * **
139544 CCATTTATACTCACTAATGCCTTCAAAAG-TTTAGTTACTTGC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTT-GTTACTCAC
* * * * * * *
139586 TTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTTAATTGAGTTTATTTTCATTTGTGCTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * *
139651 AGATCATAA-TTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATTAA-AAACAG
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAA-AG
* ** * * * * *
139714 TTCATTTATAGTCTTTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTTCTCGC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * **
139757 TTTAAAT-ATGTTT-TAATCATATAAATGATTTTAAATTGAAATTGTTTCTCATTTTTACTTAAA
1 TTTAAATGGT-TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAA
* * ** * * *
139820 ACATATCATAATTT-ATTTTTTACATCGAGAAACATGAAATGAAA-CCTGTCCATTAATAAGAAA
63 ACATATCATAATTTGA-TGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCC-ATCCATTGACAAGAAA
* * * * * ** * **
139883 AGCCCATTTATAATCACTCATACTTTAAAAAATTCTTGTTCCTTGC
125 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-CAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * **
139929 TTTAAATAGTTTTATAATATTATAAATGATTTTAAATTTAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAGT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * ** ** * * *
139994 AGATCTTAATTTGTTGTTTCCATTAAGAAACGTGAAGTAAAAGTTATCCATTGATATGAAAAGTA
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
** * * ** *
140059 CATTTATAGTGTCTAATGTCTTTGAAAGCCTTGTTACTCTC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * * *
140100 TTTAAATGGTTTTATAAACTTTTCAATAATTTTAAATTAAATTTTTTTCCATTTTTGATTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *
140165 AGAACAT-ATATGTTGTTTGCATCGGAAACATGAAGC-AGAAGCTATCGATTGACGAGAAAA-TG
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAACATGAAGCGA-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-
* * ** * * *
140227 CTATTTATAGTCACTAATG-CTTTGAAGGCCTAGTGACT-AGC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-C
* * * *
140268 -ATAATATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTCAAATTGAATTTTTTTCCTTTGTGGTTCAAAA
1 TTTAA-ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAAA
* * * * * * *
140332 CAGATCGTAATTTGTTGTTCGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGT
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * * **
140397 CCATTTATAGTCACTAATGGCTTTGAAAA-CCTAGTTACTTGC
128 CCATTTATAGTCACTCAT-GCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
140439 TTTATA-GGCTTTTATAATCTTATAAATTATTTTAATTTAAATTCATTTTT-ATTTATGGTTAAA
1 TTTAAATGG-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT--TTTTTCATTTTTGGTTAAA
* * * * *
140502 ACAGATCATAA-TTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGTGAAAGCTATCCATTGGCAGGAAAAG
63 ACATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * * * ** * * ***
140566 TCCATTTACAATCATTTAAGCTTTTGAAAGCCTAGTTTCTTGG
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * * *
140609 TTTAAAAGGTTTTATAATGTTGTAAACGA-TATAAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGATAAAAG
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * ** * * * ** * * *
140673 AAATCAAAATTTTATGTTTGCATTGGGAAATATAAAGTGAAAGCTTTTCAATGACAAGAAAAGTA
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
140738 GATTTATAGTCACTTATGCCTTGAAAAACCTAGTGACTCTC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
*** * * * *
140779 GCGAAATGGTTTTAAAATTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATTTTTGTTTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * ** * ** * * *
140843 TATCATAATTTGTTGCTCACATTAGGAAATGTGAAACGAAAGCTATCCATT-AGTAAGAAAAGTC
66 TATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * *
140907 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATCCTAGTTACTCTC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * *
140948 ATAAAATGGTTTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATT--ATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * ** *
141011 TGTCTTAATTT-ATTATTTGCATTGAGAAATATGAAATGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTC
66 TATCATAATTTGA-TGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** *
141075 CATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * *
141116 TTTAAA-GAGTTTTATAATCTTATATAT-ATTTTTAAATAGAATTTGATTTTGC--TTATGGTTA
1 TTTAAATG-GTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAATTGAATTT--TTTT-CATTTTTGGTTA
* *** * * *
141177 AAATAGCCCATAA-TTGATGTTTGCATCAGGAAACATCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAA
61 AAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
* ** * * * * *
141241 CGTTTACTTACAATTACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC
125 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * *
141286 TTGAAATGGTTTTATAATCTTATAAAAGATTTCAAATTGAATTTATTTCATTTTTAGTTAAAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * * *
141351 AATTATAATTTGATGTTTACATCTGGAAACTTGAAGTGAAAGCCATCCATCGATAAGAAAAGTCC
66 TATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* ** *
141416 ATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTGTTTCTCAC
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
** * * * * * * *
141456 TTTAGGTGGTTCTGT-AGCTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTAGCTTGAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * ** *
141520 CATATCATAACTTGATGTTTGCATCAGAAA-ATGTGAAG-TAAGAGCCATCCATCAATAAGAAAA
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAACA--TGAAGCGAA-AGCCATCCATTGACAAGAAAA
* * * * * * *
141583 GTCTATTTATACTCGCTCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCAT
126 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * *
141627 TTTAAATGGTTTTTTAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTGGTTTTTATTTTTTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT--TTTTCA-TTTTTGGTTAAA
* * * * * * * *
141692 ATAGATCATAATTTGTTCTTTACATCAGGAAACATGAAACGAAAGGCATCCATTGATAA-AATAA
63 ACATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AA
* ** * * * * *
141756 TTGTATTTATAGTCATTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCAT
126 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * *
141800 TTTAAATGATTTTATAATCATATAAATAATTTTAAAATAT-ATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAAT-TGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
** ** * * * *
141864 CATATCATAATTTGATGTTTTTATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGATAAGAAAAAT
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* ** * * * *
141929 CTATTTACCGTCACTCAAGCCTTCAAAAGACTTGTTGCTTAC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * ** * *
141971 TTTAAATGGTTTTATAA-CTTTATAAATGGTTTTAAATTAAATATTTTGACATTTTTTGTCAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * *
142035 TAGATCAAAATTAGTTGTTTGTATCAAGAAACATGAAGGGAAACCCACCCATTGACAAGACAAAA
64 CATATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAG
* * * ** * * *
142100 TCCATTTATAGTCACTTATACTTTCGTAAGTCTGGTTACTCGC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * *
142143 TTTAAAGGGTTTTATAATCTTATAAAAGATTTTAAATTGAATTTATCTTCATTTATGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAAC
* ** * * *
142208 AGATCATAA-TTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTT
65 ATATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** *
142272 TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACAT-GC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTAC-TCAC
* * * * * *
142313 TTGAAACGGTTTTATAATCTTATAAATCATTTTAAATTGAAATTCTTTCATTTTTGGCTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* ** * * * *
142378 TGTCATAATTTGATGTTTGCATGGGGAAGCATCAAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGT-C
66 TATCATAATTTGATGTTTGCAT-CAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * ** ** * * *
142442 TTTGTACAGTCA--CATGCCTTCGGAAGCCCAGTGAATCGC
130 ATT-TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * *
142481 CTGAAATGGTTTCATAATCTTATAAATGATTTCAAATTGAATTTCTTTCATTTTTTGTTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * *
142546 GATCATAATTTGATGTTTACATTAGGAAACGTGAAGTGAAAGCTATCCAT
66 TATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
142596 CTACTAGGAA
Statistics
Matches: 9940, Mismatches: 2680, Indels: 1571
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
134 3 0.00
135 5 0.00
136 8 0.00
137 20 0.00
138 10 0.00
139 8 0.00
140 34 0.00
141 19 0.00
142 17 0.00
143 23 0.00
144 23 0.00
145 7 0.00
146 7 0.00
147 37 0.00
148 19 0.00
149 13 0.00
150 97 0.01
151 33 0.00
152 27 0.00
153 12 0.00
154 20 0.00
155 10 0.00
156 23 0.00
157 18 0.00
158 13 0.00
159 30 0.00
160 28 0.00
161 99 0.01
162 93 0.01
163 84 0.01
164 62 0.01
165 36 0.00
166 48 0.00
167 201 0.02
168 1127 0.11
169 1827 0.18
170 2412 0.24
171 1866 0.19
172 914 0.09
173 235 0.02
174 40 0.00
175 114 0.01
176 25 0.00
177 5 0.00
178 3 0.00
179 10 0.00
180 9 0.00
181 12 0.00
182 118 0.01
183 22 0.00
184 9 0.00
186 2 0.00
187 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
TATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
Found at i:131505 original size:145 final size:145
Alignment explanation
Indices: 131227--131514 Score: 368
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 145
131217 GTTATTTGCT
*
131227 TGAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTCGAAATTGAATTTCTTTTATTTTTGGTTAAAACAT
1 TGAAAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTCGAAATTGAATTTCTTTTATTTTTGGTTAAAACAT
* * * *
131292 ATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACATGAAATGAAAGCTATCATTTTGTAAGAAAAGTCCA
66 ATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACATGAAACGAAAGCAATCA-TTTGCAAGAAAAGTCAA
*
131357 TTTATAGTCACTCGTG
130 TTTATAATCACTCGTG
** * *
131373 TGAAAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAGTTT-TTTTCA-TTTTGGTTAAGACA
1 TGAAAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTCGAAATTGAATTTCTTTT-ATTTTTGGTTAAAACA
** * * *
131436 TATCATAATTTGATGTTTTTATCAAGAAAA-GTGAAGCGAAAGCAATCGA-TTGACAAGAAACGT
65 TATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGAAAACATGAAACGAAAGCAATC-ATTTG-CAAGAAAAGT
131499 CAATTTATAATCACTC
127 CAATTTATAATCACTC
131515 ATGTCTTTCA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 15, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 3 0.02
145 73 0.59
146 47 0.38
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (145 bp):
TGAAAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTCGAAATTGAATTTCTTTTATTTTTGGTTAAAACAT
ATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACATGAAACGAAAGCAATCATTTGCAAGAAAAGTCAAT
TTATAATCACTCGTG
Found at i:132676 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 132386--132696 Score: 380
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
132376 CTTTAAGTAG
* * * *
132386 TTTTATAAAGTTATAAATGATTTTAAAGTGAATTTGTTTTTATTTTTAGTTAAAACATATCATAA
1 TTTTATAAACTTATAAATAATTTTAAAATGAATTTGTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATCATAA
** * *** **
132451 TTTGATGTTTGCATTAGGACACATGAAGCGAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAG
66 TTTGATGCCTGCATTAGGAAACATGAAAAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAG
*
132516 TCATTCATACCTTCGAAAGTTTGCTTGAAATGA
131 TCACTCATACCTTCGAAAGTTTGCTTGAAATGA
* * * *
132549 TTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAAAT-AATTT-TTTTTCA-TTTTGGTTCAAATAGATCATA
1 TTTTATAAACTTATAAATAATTTTAAAATGAATTTGTTTTT-ATTTTTAGTTAAAACAGATCATA
* *
132611 ATTTGATGCCTGCCTTGGGAAACATGAAAAAAAAAGCCA-TCCATTGACAAGAAACA-TGCATTT
65 ATTTGATGCCTGCATTAGGAAACATG-AAAAAAAAGCCACT-CATTGACAAGAAA-AGTGCATTT
132674 ATAGTCACTCATACCTTCGAAAG
127 ATAGTCACTCATACCTTCGAAAG
132697 CCTAGTTACT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 19, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 44 0.35
162 55 0.44
163 26 0.21
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (163 bp):
TTTTATAAACTTATAAATAATTTTAAAATGAATTTGTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATCATAA
TTTGATGCCTGCATTAGGAAACATGAAAAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAG
TCACTCATACCTTCGAAAGTTTGCTTGAAATGA
Found at i:134081 original size:167 final size:169
Alignment explanation
Indices: 131870--134275 Score: 805
Period size: 169 Copynumber: 14.2 Consensus size: 169
131860 TTGCTTTAAG
* * * * * *
131870 TGGTTTTATAATTTTATAAATGATTTTA-AATTGAATTATTTTAGATTTTTGGTTATAACATATC
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAA-TCAATTATTTT-CATTTTTAGTTAAAACAAATC
* * * * * * *
131934 A-ACTTGATGTTTTGC-ATCAGTAAACATGAAGCGAAGGCCAATAAA-TGACAAGAAAAGTCCAT
64 ATAATTGATG-TTTGCAATGAG-AAACGTAAAACGAAAGCC-ATAAATTCACAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
131996 TTATAATTACTCATGCTTTTAAAAGCTTAGTTACTCACTTTA-AA
126 TTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC-TTAGAA
* * ** * * *** * * * **
132040 TAGTTTTATAGTCTTATAAAAAAGTATA-AATTTTTTTTTTTCATTTCTAGTTAAAATAGGTCAT
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAATCAATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCAT
* * * * * ** * * * *
132104 ATTTGGATGTTTGCATTTGA-AAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAACAGTGCATT
66 AATT-GATGTTTGCA-ATGAGAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCA-CAAGAAA-AGTCCATT
* * * * * **
132168 GATAGTAACTCATACTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGTTTTA-AA
127 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTC-ACTTAGAA
* * * * * * ** * * *
132211 TAGTTTTATAATCGTATAAATGACTTTA-AATTATTTTTTTTTTCATTTTCGGCTCAAACAAATT
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAATCA--ATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATC
* * * * * * * *** * *
132275 ATAACTTGTTATTTGC-ATCAGAAAATGTGAAGCGAAAGCCTTCTGTTGACAAGAAAAAATCCAT
64 ATAA-TTGATGTTTGCAATGAG-AAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAG-AAAAGTCCAT
* *** ** * * * * *
132339 TTATAGTCACTAATATTTTTGAAAGCTTTGTTATTTACTTTA-AG
126 TTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC-TTAGAA
* ** * * * *
132383 TAGTTTTATAAAGTTATAAATGATTTTA-AAGTGAATTTGTTTTTATTTTTAGTTAAAACATATC
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAA-TCAA-TTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATC
* * * * * * * **
132447 ATAATTTGATGTTTGC-ATTAGGACACATGAAGCGAAAGCCACT-CATTGACAAGAAAAGTTTAT
64 ATAA-TTGATGTTTGCAATGA-GAAACGTAAAACGAAAGCCA-TAAATTCACAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
132510 TTATAGTCATTCATACCTTCGAAAG--T--TTGCT---TGA-AA
126 TTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTAGAA
* * * * * * * *
132546 TGATTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAAAT-AATTTTTTTTCA-TTTTGGTTCAAATAGATCA
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAATCAA-TTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCA
** ** * * ** ** * *
132609 TAATTTGATGCCTGCCTTGGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAACA-TGCATT
65 TAA-TTGATGTTTGCAATGAGAAACGT-AAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAA-AGTCCATT
* *
132673 TATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTA-AA
127 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC-TTAGAA
* * * * *
132716 TAGTTTTATAGTCCTATAAATAATTTTA-AATCAAAATGT-TTTTCATTTCTAGTTAAAACAAAT
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAATC--AAT-TATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAAT
* * * * ** * ** *
132779 CATAATTGGATGTTTACACTTAGAAACGTGAAGTGAAAGTCATCTATTGACAAG-AAAGTCCATT
63 CATAATT-GATGTTTGCAATGAGAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAAAGTCCATT
* * * ** * *
132843 GATGGTCACACATGCCTTCAAAAATCTAGTCACTCACAT-GAAA
127 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTAG-AA
* * * * *
132886 TGGTTTTATAATGTTAT-AATGATTTTA-AATTGAGATTTTTTTCAATTTTAGTTAAAACAGATC
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAA-TCA-ATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATC
* * * * * * * ** ** *
132949 ATAATTTGTTCTTTG-GATCAAGAAACATAAAACTAATGCCATGCATTGGCAAG-AATGTCCATT
64 ATAA-TTGATGTTTGCAAT-GAGAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
133012 TATAGTCACTAATGCCTTTAAAAGCCGAGTGATTCACTTTAG-G
127 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC-TTAGAA
* * * * **
133055 TGGTTTTAT-ATCTCATAAATGATTTTA-AATTGAA-TATTTTTAGCTTTTAGTCGAAACAAATC
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAA-TCAATTATTTTCA-TTTTTAGTTAAAACAAATC
* * * * * * * ** ** * * *
133117 ATAATTTATTGTTT-CCATTAGGAAACATGAAGCTAAAGTTATCCATTGATAAGCAAAGTCCATT
64 ATAATTGA-TGTTTGCAATGA-GAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAAAGTCCATT
* * * *** *
133181 CATAGTCACTAATACCTTTGGAAGCCTAGTTACTCACATTA-AG
127 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC-TTAGAA
* * * * *
133224 TGGTTTTACAA-CTTTATAAATGATTTTA-AATTGAATTTTTTTCATTTTTATTTAAAACATATC
1 TGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAGAA-TCAATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATC
** * * * * * * * ** * *
133287 ATAATTTCTTGTTAT-CATTGGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
64 ATAA-TTGATGTT-TGCAATGAGAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
133351 TATAGTCACTCATGGCTTTGAAAAGACTTGTTACTCACTTTA-AC
127 TATAGTCACTCAT-GCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC-TTAGAA
* * * * *
133395 TGGTTTTATAATCTTTTAAATGATTTTA-AATTGAATTGTTTTTCGTTTTTAGTTAAAATAAATC
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAA-TCAATT-ATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATC
* ** * * * * ** * * **
133459 CTAATTTTTTGTTTG-TATCAGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAGTTAATT
64 ATAA-TTGATGTTTGCAATGA-GAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAAAGTCCATT
** * * * * **
133523 TATACACATTAATGCCTTCAAAATCCTAATTACTTGCTTTA-AA
127 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC-TTAGAA
* * *** * *
133566 -GGGTTTATAATTTTATAAATGATTTTGAGTTAAATTTTTTCTTTTTTCTTTTTTAGTTAAAACA
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AG---AA-TCAAT-TATTTTCATTTTTAGTTAAAACA
* * * ** ** ** * *
133630 AATCATAATTTTATATTTGC-AT-AAAAAAATGAGACGCGAAAGCCACT-CCTTAACAAGAAAAA
60 AATCATAA-TTGATGTTTGCAATGAGAAACGT-A-AAACGAAAGCCA-TAAATTCACAAGAAAAG
** * * *
133692 TTTATTTACAGCCACTCATGCAC-TCGAAAG-CTGAGTTACTCACGTTA-AA
121 TCCATTTATAGTCACTCATGC-CTTCAAAAGCCT-AGTTACTCAC-TTAGAA
* * * *
133741 TGGTTTTATAATCTTATAAATGACTTTAGATTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCAT
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAATCAATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCAT
* * *
133806 AATTGATGTTTGCAATGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATAAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
66 AATTGATGTTTGCAATGAGAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
133871 GTCACTTATGCCTTCAAAAGCTTAGTCACTCACAT-GAAA
131 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTAG-AA
* *
133910 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA-AATCAA-TATTTTCATTTTTAGTTAAGACAAATCGT
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAATCAATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCAT
* * * ** ** *
133973 AATTTGATGTTTGC-ATCGGGGAA-TTAAAACGAAAGTTATCGATTCACAAGAAAAGTCTATTTA
66 AA-TTGATGTTTGCAAT-GAGAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAAAGTCCATTTA
** * *
134036 TAGTCACTCATGTGTTCGATAGCCTAGTTACTCACTTAGAA
129 TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTAGAA
* * * ** * ** *
134077 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGA-AACTGAATTTCTTTTTTTTTTTTGTTAAAACTGATA
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAA-TCAA-TTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATC
* * * **** * ** * *
134141 ATAATTTGATGTATGCATTGAGAAACATGTTGCGAAAGTCATCCATTAACAAAAAAAGTCCATTT
64 ATAA-TTGATGTTTGCAATGAGAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAAAGTCCATTT
* * *
134206 AGAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCCTAGTCACTCA--TATGAAA
128 ATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTA-G-AA
** *
134248 TCATTTTATAATCTCATAAATGATTTTA
1 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA
134276 AATTGAATTG
Statistics
Matches: 1715, Mismatches: 426, Indels: 189
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 35 0.02
162 60 0.03
163 28 0.02
164 3 0.00
166 4 0.00
167 133 0.08
168 102 0.06
169 312 0.18
170 302 0.18
171 306 0.18
172 237 0.14
173 62 0.04
174 6 0.00
175 99 0.06
176 26 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAATCAATTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCAT
AATTGATGTTTGCAATGAGAAACGTAAAACGAAAGCCATAAATTCACAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTAGAA
Found at i:134240 original size:338 final size:339
Alignment explanation
Indices: 133725--134389 Score: 849
Period size: 338 Copynumber: 2.0 Consensus size: 339
133715 TCGAAAGCTG
* *
133725 AGTTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGACTTTAGATTGAATTTTTTTCATTTTT
1 AGTTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGACTTTAAACTGAATTTTTTTCATTTTT
* * * *
133790 AGTTAAAACAAATCATAATTGATGTTTGCAATGAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATAAATTGACAA
66 AGTTAAAACAAATAATAATTGATGTATGCAATGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATAAATTAACAA
* * * * * **
133855 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCTTAGTCACTCACATGAAATGGTTTTATA
131 AAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCCTAGTCACTCACATGAAATCATTTTATA
* * *
133920 ATCTTATAAATGATTTTAAA-TCAA-TATTTTC-ATTTTTAGTTAAGACAAATCGTAATTTGATG
196 ATCTCATAAATGATTTTAAATTCAATTATTTTCTATTTTTA-TTAAAACAAATCGTAATTTGATA
* * * *
133982 TTTGCATCGGGGAAT-TAAAACGAAAGTTATC-GATTCACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
260 TTTGCATCGGGAAATGTAAAACGAAAGTTATCTG-TGCACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTC
134045 ATGTGTTCGATAGCCT
324 ATGTGTTCGATAGCCT
**
134061 AGTTACTCAC-TTAGAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTGAAACTGAATTTCTTTTTTTT
1 AGTTACTCACGTTA-AATGGTTTTATAATCTTATAAATGACTTT-AAACTGAATTT-TTTTCATT
* ** * ** * **
134124 TTTTGTTAAAACTGATAATAATTTGATGTATGCATTGAGAAACATGTTGCGAAAGTCATCCATTA
63 TTTAGTTAAAACAAATAATAA-TTGATGTATGCAATGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATAAATTA
*
134189 ACAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCCTAGTCACTCATATGAAATCATTT
127 ACAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCCTAGTCACTCACATGAAATCATTT
* * * * * *
134254 TATAATCTCATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTCTTTTTTTATTAAAATAGATCTTAATTTG
192 TATAATCTCATAAATGATTTTAAATTCAATTATTTTCTATTTTTATTAAAACAAATCGTAATTTG
* * * *
134319 CTATTTGCATCGGGAAATGTAAAGCGAAAGTTATCTGTGGACAAGAAAAGTCCATTCATTGTCAC
257 ATATTTGCATCGGGAAATGTAAAACGAAAGTTATCTGTGCACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCAC
134384 TCATGT
322 TCATGT
134390 CCTCAAATGA
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 42, Indels: 13
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
335 6 0.02
336 44 0.16
337 23 0.08
338 114 0.41
339 3 0.01
340 37 0.13
341 50 0.18
342 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AGTTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGACTTTAAACTGAATTTTTTTCATTTTT
AGTTAAAACAAATAATAATTGATGTATGCAATGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATAAATTAACAA
AAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCCTAGTCACTCACATGAAATCATTTTATA
ATCTCATAAATGATTTTAAATTCAATTATTTTCTATTTTTATTAAAACAAATCGTAATTTGATAT
TTGCATCGGGAAATGTAAAACGAAAGTTATCTGTGCACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAT
GTGTTCGATAGCCT
Found at i:135162 original size:171 final size:165
Alignment explanation
Indices: 134461--135266 Score: 548
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 165
134451 TCTTGCATCG
* * * ** * * * * * *
134461 AGAAACGTGAATCAAAAACCATTCATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAATAACTCCTGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGT-TATTTATAGTCATTCATGCCTT-AA
** * * * *
134526 AAGCCTACCTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTCAATTGAATTT-TCTT
64 AAGCCTAGTTACTCGATT-AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTAT-TT
** * * * *
134590 TCA-TTTAAGTTAAAACAATATCATAATTTGTTGTTTGC-TT
127 T-ATTTTTGGTTAAAA-TAGATCATAA-TTGATGTTTTCATT
* * ** * * * * * * *
134630 AAGGAAAAATTAAGTGAAAGCTATCCATTGATAAGAAATGTTTATTTATAGTCATTAATACCTTC
1 -A-GAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG-TTATTTATAGTCATTCATGCCTT-
* * * * *
134695 AAAAACCTAGTTACTCAGTTTCAAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAAATTATT
62 AAAAGCCTAGTTACTC-GATTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTATT
* * *
134760 TTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTGAT-TTTTGCATAA
126 TT-ATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTGATGTTTT-CAT-T
* * * * * * * * *
134802 AGAAACATGAAACAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAGGTTCATTTACAGTCACTCGTGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTT-ATTTATAGTCATTCATGCCTTAAA
* * * * * *
134867 AGCCTAGTTACTCGATCAAAATAGTTTTATAATTTTATAAATGATTTAAAATTTAATTTCTTTTA
65 AGCCTAGTTACTCGAT-TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTATTTTA
* *
134932 TTTTTGGTTAAGATAGATTATAATTTGATGTTTGT-ATT
129 TTTTTGGTTAAAATAGATCATAA-TTGATGTTT-TCATT
* * *
134970 AGGAAACATGAAGCCAAAGCCATTTATTAACAAGAAAACTATATTTATAGTCATTCATGCCTTAG
1 A-GAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGT-TATTTATAGTCATTCATGCCTTA-
* * * * *
135035 AAAGCCTAGTTACTCGCTTGAGATGGTTTTTTAATCTTATAATTGATTTTAAATCAAATTGTATT
63 AAAGCCTAGTTACTCGATT-AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATT-TATT
*
135100 TTATTTTTAGTTAAAATAGATCATAAGTTGATGTTTTCATT
126 TTATTTTTGGTTAAAATAGATCATAA-TTGATGTTTTCATT
* * * * * **
135141 GAGAAA-AGTGAAGTAAAAGCCATTGATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AAGTTTT
1 -AGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGT-TATTTATAGTCA-TTCATGCCTT
* * * * *
135204 CAAAACCCTAATTACTC-ACTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATTTAATTT
62 -AAAAGCCTAGTTACTCGA--TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTT
135267 TTTCAAATAT
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 112, Indels: 50
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 23 0.05
169 112 0.22
170 108 0.22
171 236 0.47
172 20 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (165 bp):
AGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTATTTATAGTCATTCATGCCTTAAAA
GCCTAGTTACTCGATTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTATTTTATT
TTTGGTTAAAATAGATCATAATTGATGTTTTCATT
Found at i:135410 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 135373--135410 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
135363 TGTTACTCAC
*
135373 TTTAAATGGTTTTATAATCT
1 TTTAAATGATTTTATAATCT
135393 TTTAAATGATTTTA-AATC
1 TTTAAATGATTTTATAATC
135411 GAATTATTTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.24
20 13 0.76
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.08, T:0.53
Consensus pattern (20 bp):
TTTAAATGATTTTATAATCT
Found at i:138042 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 136086--138079 Score: 497
Period size: 172 Copynumber: 11.7 Consensus size: 172
136076 TAATTTGTTA
* * * * * * * * * *
136086 TTTGCATTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCACCCATTAACAAGATAAGTTCATTTATAGTCAAAT-
1 TTTGCATGAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-ACTC
* ** * * ** * * *
136150 AATGGCTTTGAAAGCTTAGTTACTTG-TTGTAAAGGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
65 AA-GTCTTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTT-TAAATAGTTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAGT
* * *
136214 T-AAA--ATTTTT-ATTTAT-AGTTAAAACAAATCATAATC-GATG
128 TGAAATTATTTTTCATTT-TCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* * ** * * * * * *
136254 TTTGCATCG-AGAAATATGAAGCGAAAGCTGTCCATTGATAAGAAAAATCCATTTACATTCACTT
1 TTTGCAT-GAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
* ** * * * * * *
136318 AAGCCTTTGAAAGCATAGTTACTTGGTTGAAA-AGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTGAAATT
65 AAGTCTTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAGTT
* ** * * ** *
136382 G-AATT-TTTTTAATTTTTGGATAAAACATATCATAATTTGATG
129 GAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* ** ** * * * * * *
136424 TTTGCATCAAGAAATGTGAAGTGAAAACTATCCATTGACAAGAAAAAGTGCACTTATAGT-A-TC
1 TTTGCATGAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATCGATTGATAAG-AAAAGTTCATTTATAGTCACTC
* * * * * ** * * * *
136487 GTATTCATTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTTATAAATGATTTTCAA-
65 -AAGTC-TTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAAT-AATTTGAAG
* * ** * ** *
136551 TTG-AA-TGTTTCTCATTTTTGGTTAAAGCAGATCATAATTTATTG
127 TTGAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* * ** * * * *
136595 TTTGCCTTG-GGAAATGTGAAAG--AAATGCCTTCCATTAATAAGAAAA-ATCTATTTATAGTCA
1 TTTG-CATGAAGAAACATG-AAGCCAAA-GCCATCGATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCA
** * ** * * * * * *
136656 -TCATA-TCTTTGAAAGCCTTGTTAGTCACTATAAGTGGTTTTATGA-CTTTATAAATGATTTTA
62 CTCA-AGTCTTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TTATAAATAATTTGA
* * * * * ** *
136718 AATT---ATTTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTATTG
125 AGTTGAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* * ** * *
136763 TTTGCATTG-GGCAACATGAAGTGAAAGCTATTC-ATTGATGAA-AAAAG-TCTATTTATAGCCA
1 TTTGCA-TGAAGAAACATGAAGCCAAAGCCA-TCGATTGAT-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCA
* * * * * * * * *
136824 CTCATGACTTCAAAAGCC-ATGTTACTCGTTTTAAATAGTTGTATAATCTTATAAATGATTTCAA
62 CTCAAGTCTTAAAAAGCCTA-GTTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATAATTTGAA
* * * * * ** **
136888 ATTGAAATTGATTTAT-GTTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTGTTG
126 GTTGAAATT-ATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* * * * * * * * *
136935 TTTGCATTAGGAAACTTGAAGCGAAAGCTATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACT-A
1 TTTGCATGAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
* ** *** **** * * * *
136999 ATGCCTTCGAAAGTAGAGTTACACACTTTAAA-AGGTTTTATAATCATATAAATGATTTTAAATT
66 A-GTCTTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAGTT
* * * *
137063 -TAATT-TGTTTTCATTTAT-GGCTT-AAACAGATCATAA-TTGATG
129 GAAATTAT-TTTTCATTT-TCAG-TTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* * * ** * * *
137105 TGTGCATCAGGAAACATGAAGTGAAAGCAATCCG-TTGGA-AAGAAAAGTCCATTTACTA-TCAA
1 TTTGCATGAAGAAACATGAAGCCAAAGCCAT-CGATT-GATAAGAAAAGTTCATTTA-TAGTCAC
* * * * * * * ** * * * * *
137167 TCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAG-TTGAAATGGCCTTATAGTTTTATCAATGATTTGAAA
63 TCAAGTCTTAAAAAGCCTAGTTAGT-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAG
* ** ** * ** *
137231 TTAAAATTATTTTTCATTTTTTGACAAAACAAATCATAATTTGATG
127 TTGAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
*** * ** * * * *
137277 TTTGCATCTGGAAACGCT-AAGTGAAAGCCA-AGTATTGATAAGAAAAGTACATTTTTAAT-ATC
1 TTTGCATGAAGAAAC-ATGAAGCCAAAGCCATCG-ATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-C
* * * * * * * * * * *
137339 TCATG-CATTCAAATGCCTTGTT-GCTCT-ATTTAAATGGCTTTATAATCATCTAAATGATTTTA
63 TCAAGTC-TTAAAAAGCCTAGTTAG-T-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATAATTTGA
* * * ** *
137401 AATTG--ATT-TTTTT-ATTTTTTA-TTAAAACATATCATAATTTATTG
125 AGTTGAAATTATTTTTCA-TTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* * ** * * * * * * *
137445 TTTGCATCG-ACAAACATGAAGCAAAAATCTTCCATTGAAAAGAAAGGTCCATTTGTAGTTACTC
1 TTTGCAT-GAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
* * * * * ** * * * * *
137509 ATA-CCTTCAAAAGTCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATTATTTCAAAT
65 A-AGTCTTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TTATAAATAATTTGAAGT
* * * ** **
137572 TG-AATT-TTTTTAATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTCTTG
128 TGAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* * * * *
137615 TTTGCATTG-GGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
1 TTTGCA-TGAAGAAACA-TGAAGCCAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
* ** * * * * *
137678 CAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAAATGATTTTAAGTT
64 CAAGTCTTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAGTT
* ** *
137743 GAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGTTCATAATTTGATG
129 GAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* ** * *
137787 TTTGCATTAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCATTC
1 TTTGCATGAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTC
** * * * * *
137851 -TTTCCTTAAAAAGTCTAGTTAGTTGCTTGAGATAGTTTTATGATCTTATAATTAAATTTGAA-T
65 AAGT-CTTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAAT-AATTTGAAGT
* *
137914 TG-AATTATTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
128 TGAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
* ** * * *
137958 TTTTCATGAA-AAGA-AGTGAAGTGAATGGCATCGATTTATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
1 TTTGCATGAAGAA-ACA-TGAAGCCAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
* * * *
138021 CAAGTCTTTAAAACCCTAGTTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTT
64 CAAGTCTTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATAATTT
138080 TAAATTTAAT
Statistics
Matches: 1424, Mismatches: 303, Indels: 196
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 64 0.04
168 236 0.17
169 147 0.10
170 297 0.21
171 306 0.21
172 360 0.25
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTTGCATGAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
AGTCTTAAAAAGCCTAGTTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATAATTTGAAGTTGA
AATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATG
Found at i:139761 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 135853--142595 Score: 4376
Period size: 170 Copynumber: 39.6 Consensus size: 169
135843 CCTTCAAAAG
* * * * ** * * * *
135853 TCTTGTAAATGATTTTAAATTTAGTTTTTTTCATGTTTGGTTAAAGTAAATCTTAATTTGTTATT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCAT-TTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * * * * * * * * *
135918 TGTC-TTGGGAAACGTGTAGTGGAAGCCTTCTATTAATAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACTAAT
65 TG-CATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * **
135982 GCCTTCAAAAGCCTAATCACTC-ATGTGAAATAATTTTATAA
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
136023 TCTTATAAGTGATTTCAAATTGAAATGTTTTT-GTTTTTGGTCAAACCAGATCATAATTTGTTAT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * * * * * *
136087 TTGCATTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCACCCATTAACAAGATAAGTTCATTTATAGTCAAATAA
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCA
* * * * *
136152 TGGCTTTGAAAGCTTAGTTACTTG-TTGTAAAGGGTTTTATAA
128 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAA
** * * *
136194 TCTTATAAATGATTTTAAATT-AAAATTTTT-ATTTATAGTTAAAACAAATCATAA-TCGATGTT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTT-TTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * ** * * * * * *
136256 TGCA-TCGAGAAATATGAAGCGAAAGCTGTCCATTGATAAGAAAAATCCATTTACATTCACTTAA
65 TGCATTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
136320 GCCTTTGAAAGCATAGTTACTTGGTTGAAAAGGTTTTATAA
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
136361 TCTTATAAATGATTTGAAATTGAATTTTTTTAATTTTTGGATAAAACATATCATAATTTGATGTT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * ** * * * * *
136426 TGCATCAAGAAATGTGAAGTGAAAACTATCCATTGACAAGAAAAAGTGCACTTATAGT-A-TCGT
65 TGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTC--
* * * * * *
136489 ATTCATTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
136532 TCTTATAAATGATTTTCAATTGAATGTTTCTCATTTTTGGTTAAAGCAGATCATAATTT-ATTGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGA-TGT
* * ** * * * * * *
136596 TTGCCTTGGGAAATGTGAA-AGAAATGCCTTCCATTAATAAGAAAAATCTATTTATAGTCA-TCA
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
** * * * * * * *
136659 TATCTTTGAAAGCCTTGTTAGTCACTATAAGTGGTTTTATGA
128 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
136701 -CTTTATAAATGATTTTAAATT-ATTTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTT-ATTG
1 TC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGA-TG
* * * * * * * *
136763 TTTGCATTGGGCAACATGAAGTGAAAGCTATTCATTGATGAA-AAAAGTCTATTTATAGCCACTC
63 TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * *
136827 ATGACTTCAAAAGCC-ATGTTACTCGTTTTAAATAGTTGTATAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTA-GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
136870 TCTTATAAATGATTTCAAATTGAAATTGATTTAT-GTTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTGTT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT--TTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGAT
* * * * *
136934 GTTTGCATTAGGAAACTTGAAGCGAAAGCTATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTA
62 GTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
*** * * *
136999 ATGCCTTCGAAAGTAGAGTTACACACTTTAAAAGGTTTTATAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
137042 TCATATAAATGATTTTAAATTTAATTTGTTTTCATTTATGGCTT-AAACAGATCATAA-TTGATG
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTT-TTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * * * * *
137105 TGTGCATCAGGAAACATGAAGTGAAAGCAATCCGTTGGA-AAGAAAAGTCCATTTACTA-TCAAT
63 TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACT
* * ** *
137168 CATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAG-TTGAAATGGCCTTATAG
126 CATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** *
137212 TTTTATCAATGATTTGAAATTAAAATTATTTTTCATTTTTTGACAAAACAAATCATAATTTGATG
1 TCTTATAAATGATTTTAAATT-GAATT-TTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * *** * * * *
137277 TTTGCATCT-GGAAACGCT-AAGTGAAAGCCAAGTATTGATAAGAAAAGTACATTTTTAAT-ATC
63 TTTGCAT-TAGGAAAC-ATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C
* * * ** *
137339 TCATGCATTC-AAATGCCTTGTTGCTCTATTTAAATGGCTTTATAA
125 TCATGCCTTCGAAA-GCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
137384 TCATCTAAATGATTTTAAATTG-ATTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACATATCATAATTT-ATTGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGA-TGT
* * * ** * * * * *
137446 TTGCA-TCGACAAACATGAAGCAAAAATCTTCCATTGAAAAGAAAGGTCCATTTGTAGTTACTCA
64 TTGCATTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * *
137510 TACCTTCAAAAGTCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA
128 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * **
137552 -CTTTATAAATTATTTCAAATTGAATTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTCTTGT
1 TC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * *
137616 TTGCATTGGGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
64 TTGCATTAGGAAACA-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * *
137680 AGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTAA
128 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
137722 TCTTATAAATGATTTTAAGTTGAAATTATTTTTCATTTTCAGTTAAAACAGTTCATAATTTGATG
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT-TTTTTCATTTT-TGTTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * ** ** * *
137787 TTTGCATTAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTATAGTCATTCT
63 TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* ** * * * * * * *
137852 TTCCTTAAAAAGTCTAGTTAGTTGCTTGAGATAGTTTTATGA
128 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * ** *
137894 TCTTATAATTAAATTTGAATTGAATTATTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * * * * * * * *
137959 TTTCA-T-GAAAAGAAGTGAAGTGAATGGCATCGATTTATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
64 TTGCATTAGGAAA-CA-TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * ** * * *
138022 AAGTCTTTAAAACCCTAGTTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
138065 TCTTATAAATGATTTTAAATTTAATTTTTTTGGA-TTTGGTTAAAACATATCTTAATTTGTTTTT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-CATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * * * * * ** *
138129 TCCATTAGGAAATATGGAGTGAAAGCTACCCATTGGCAAGACAAGTTTATTTATAGTCTCTCATG
65 TGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
138194 CCTTTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
130 CCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
138234 TCTTATAAATCATTTAAAATTTATTTTTTTTCTATTTTTGTTTAAAACAGAACAT-ATATGTTGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTC-ATTTTTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * *
138298 TTGAATCA-AAAATGTNNNNNNNNNNCATGAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATT
64 TTGCATTAGGAAA-------------CATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * * * *
138362 TATAGTCAGTAATGCATTTGAAAGCCTAGTCAGTCTCATGAAATGGTTTTATAA
116 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
138416 TCTTATAAATAATTTTAAATTGAAATTATTTTT-GTTTTTGGTCAAAACAAATAAGAATTTGTTG
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT-TTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * * * * ********** *
138480 TTTGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTACTGACAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACTAA
63 TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *
138545 TGGCTTC-ATAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAA
128 TGCCTTCGA-AAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * ** *
138587 TCTTACATATGATTTTAAATAGAATTTGATTTCATTCATGGTTAAAGTAGGTCATAATTT-ATGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATT-TTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * * * * * *
138651 ATGTATTGGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGATAAGAATAGTCCATTTACAATCACTCAT
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
138716 GCCTTCAAAACCCTAGTTGCTCACTTGAAATAGTTTTATAA
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *** * * *
138757 TCTTATAAATGATTTGAAATTGAATACCTTTCATTTTTGATTAAAACATATCATATTTTAATGTT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * * * *
138822 TGCATT-GAAAAACATGGAA-CAAAAGCCATCCATTCAAAAGAAAAGGCCATTTATAGTCATTAA
65 TGCATTAG-GAAACAT-GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * * *
138885 TGGC-TCTGAAAGACTAGTCACTCACATAAAATAGTTTTATAA
128 TGCCTTC-GAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * *
138927 TCTCATAAATGATTTTCAATTAAATTTTTTTTTTTTTTGTCAAAACAGATTATAATTTGTTGTTT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
* * * *** ** **
138992 GTATT-GTGAAACATAAAGTGAAAGCCAAGTATTGACAAGAAAAGTGAATTCGTAGT-ATCTCAT
66 GCATTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAT
* * * * *
139055 GCATTCG-AAGCCTTGTTACTCGATATAAATGGCTTTATAA
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
139095 TCATATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTTCACTTTTGGTTAAAATAGATCATTATTT-TTGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * * * * * * *
139158 TTGTATTGGGAAACGTGAAGTGAAAGTCTTCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAAT
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * **********
139223 ACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAA
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
139264 -CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATATTTTTAATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTGTTGT
1 TC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * * * * * *
139328 TTTCATTACGAAACGTAAAGCGAAAGCCATCTATCGATAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCAT
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* *
139393 ACCTTCGAAAGTCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAA
129 GCCTTCGAAAG-CCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
139433 TC-T-TAAATGATTTCAAATTGAAATTATTTTTCATTTTTTGTTAAAACAAAGCACAATTTGTTG
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT-TTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATG
** * * * *
139496 TTTAAATTA-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAATGACAAACAAAAGTCCATTTATACTCACTA
63 TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* ** * *
139560 ATGCCTTCAAAAGTTTAGTTACTTGCTTTAAAGGGTTTTATAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
139603 TCTTATAAATAATTTTTAATTGAGTTTATTTTCATTTGTGCTTAAAATAGATCATAA-TTGATGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * ** *
139667 TTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATTAA-AAACAGTTCATTTATAGTCTTTT
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTC
* *
139731 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTTCTCGCTTTAAAT-ATGTTT-TAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAA
* * * *
139773 TCATATAAATGATTTTAAATTGAAATTGTTTCTCATTTTTACTTAAAACATATCATAATTT-ATT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATT-TTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGA-T
* * * ** * * * * *
139837 TTTTACA-TCGAGAAACATGAAATGAAA-CCTGTCCATTAATAAGAAAAGCCCATTTATAATCAC
62 GTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** ** * * * *
139900 TCATACTTTAAAAAATTCTTGTTCCTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
125 TCATGCCTT-CGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * *
139946 TATTATAAATGATTTTAAATTTAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAGTAGATCTTAATTTGTTGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * ** ** * * * ** *
140011 TTCCATTAAGAAACGTGAAGTAAAAGTTATCCATTGATATGAAAAGTACATTTATAGTGTCTAAT
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * *
140076 GTCTTTGAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
140117 ACTTTTCAATAATTTTAAATTAAATTTTTTTCCATTTTTGATTAAAATAGAACAT-ATATGTTGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-CATTTTTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * * * *
140181 TTGCA-TCGGAAACATGAAGC-AGAAGCTATCGATTGACGAGAAAA-TGCTATTTATAGTCACTA
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGA-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACTC
* * * * *
140243 ATG-CTTTGAAGGCCTAGTGACTAGC-ATAATATGGTTTTATAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAA
* * * * *
140285 TCTTATAAATGATTTCAAATTGAATTTTTTTCCTTTGTGGTTCAAAACAGATCGTAATTTGTTGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTT-TTGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGT
* ** * * *
140350 TCGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAT
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
140415 GGCTTTGAAAACCTAGTTACTTGCTTTATA-GGCTTTTATAA
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAA
* * * *
140456 TCTTATAAATTATTTTAATTTAAATTCATTTTT-ATTTATGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATG
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT--TTTTTCATTT-TTGTTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * * * * * * * *
140519 TTTGCATCAGGAAACATGAAGTGAAAGCTATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTACAATCATTTA
63 TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * * *
140584 AGCTTTTGAAAGCCTAGTTTCTTGGTTTAAAAGGTTTTATAA
128 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
140626 TGTTGTAAACGA-TATAAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGATAAAAGAAATCAAAATTTTATGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAA-TTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * * ** * * ** *
140690 TTGCATTGGGAAATATAAAGTGAAAGCTTTTCAATGACAAGAAAAGTAGATTTATAGTCACTTAT
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * *** *
140755 GCCTT-GAAAAACCTAGTGACTCTCGCGAAATGGTTTTAAAA
129 GCCTTCG-AAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
140796 TTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATTTTTGTTTAAAACATATCATAATTTGTTGCT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
** ** * * *
140860 CACATTAGGAAATGTGAAACGAAAGCTATCCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
65 TGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
140924 GCCTTCGAAATCCTAGTTACTCTCATAAAATGGTTTTACAA
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
140965 TCTTATAAATGATTTTAAATT--ATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACATG-TCTTAATTT-ATTA
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACA-GATCATAATTTGA-TG
* ** * *
141026 TTTGCATT-GAGAAATATGAAATGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTA
63 TTTGCATTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* **
141090 ATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAA-GAGTTTTATAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAA
* * * * * **
141133 TCTTATATAT-ATTTTTAAATAGAATTTGATTTTGC-TTATGGTTAAAATAGCCCATAA-TTGAT
1 TCTTATAAATGA-TTTTAAATTGAATTT--TTTT-CATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGAT
* * * * * ** * * * *
141195 GTTTGCATCAGGAAACATCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAACGTTTACTTACAATTACTC
62 GTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * *
141260 ATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTGAAATGGTTTTATAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
141303 TCTTATAAAAGATTTCAAATTGAATTTATTTCATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTTGATGTT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * * *
141368 TACATCT-GGAAACTTGAAGTGAAAGCCATCCATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
65 TGCAT-TAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * ** * *
141432 ACCTTTGAAAGCCTTGTTTCTCACTTTAGGTGGTTCTGT-A
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
141472 GCTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTAGCTTGAAACATATCATAACTTGATG
1 TC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * ** * ** * * * *
141537 TTTGCATCAGAAAATGTGAAG-TAAGAGCCATCCATCAATAAGAAAAGTCTATTTATACTCGCTC
63 TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAA-AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* ** *
141601 ATGCCTTCGAAAGTCTTA-TTACTCATTTTAAATGGTTTTTTAA
127 ATGCCTTCGAAAG-CCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
141644 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTGGTTTTTATTTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTTGTT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT--TTTTCA-TTTTT-GTTAAAACAGATCATAATTTGAT
* * * * * * * ** *
141709 CTTTACATCAGGAAACATGAAACGAAAGGCATCCATTGATAA-AATAATTGTATTTATAGTCATT
62 GTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACT
* ** *
141773 TATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGATTTTATAA
126 CATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
141817 TCATATAAATAATTTTAAAATAT-ATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACATATCATAATTTGATG
1 TCTTATAAATGATTTT-AAAT-TGAATTTTTTTCATTTTTG-TTAAAACAGATCATAATTTGATG
** * * * * * * **
141881 TTTTTATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGATAAGAAAAATCTATTTACCGTCACTCA
63 TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * **
141946 AGCCTTCAAAAGACTTGTTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAA
128 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * * * * *
141988 -CTTTATAAATGGTTTTAAATTAAATATTTTGACATTTTTTGTCAAAATAGATCAAAATTAGTTG
1 TC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATG
* * * * * * * *
142052 TTTGTATCAAGAAACATGAAGGGAAACCCACCCATTGACAAGACAAAATCCATTTATAGTCACTT
63 TTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * *
142117 ATACTTTCGTAAGTCTGGTTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAA
127 ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
142160 TCTTATAAAAGATTTTAAATTGAATTTATCTTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAA-TTGATGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTT-TTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGT
* * * **
142224 TTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAT
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * *
142289 GCCTTCGAAAGCCTAATTACAT-GCTTGAAACGGTTTTATAA
129 GCCTTCGAAAGCCTAGTTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
142330 TCTTATAAATCATTTTAAATTGAAATTCTTTCATTTTTGGCTAAAACATG-TCATAATTTGATGT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GTTAAAACA-GATCATAATTTGATGT
** * * * * * *
142394 TTGCATGGGGAAGCATCAAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGT-CTTTGTACAGTCA--CA
64 TTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTCA
* * * * * * *
142456 TGCCTTCGGAAGCCCAGTGAATCGCCTGAAATGGTTTCATAA
128 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
142498 TCTTATAAATGATTTCAAATTGAATTTCTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
1 TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCA-TTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * *
142563 TACATTAGGAAACGTGAAGTGAAAGCTATCCAT
65 TGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCAT
142596 CTACTAGGAA
Statistics
Matches: 5097, Mismatches: 1245, Indels: 464
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 104 0.02
168 709 0.14
169 811 0.16
170 1390 0.27
171 1145 0.22
172 639 0.13
173 154 0.03
174 11 0.00
175 1 0.00
182 105 0.02
183 19 0.00
184 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
GCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
CTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
Found at i:141254 original size:677 final size:679
Alignment explanation
Indices: 136184--142441 Score: 1969
Period size: 677 Copynumber: 9.2 Consensus size: 679
136174 TGTTGTAAAG
** * *
136184 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAAAATTTTT-ATTTATAGTTAAAACAAATCATAA
1 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAA
* * * * * * ** * * * *
136248 -TCGATGTTTGCATCGAGAAATATGAAGCGAAAGCTGTCCATTGATAAGAAAAATCCATTTACAT
66 TTTGTTATTTGCATTGAGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** *
136312 TCACTTAA-GCCTTTGAAAGCATAGTTACTTGGTTGAAA-AGGTTTTATAATCTTATAAATGA-T
131 TCAC-TAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAAGA-GTTTTATAATCTTATAAAT-ATT
* * * * * * * *
136374 TTGAAATTGAATT--TTTTTAATTTTTGGATAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAA
193 TTTAAA-TAAATTCATTTTT-ACTTATGGTTAAAACAGACCATAA-TTGATGTTTGCATCAGGAA
** * * * * * * * ** *
136437 ATGTGAAGTGAAAACTATCCATTGACAAGAAAAAGTGCACTTATAGT-A-TCGTATTCATTCAAA
255 ACATCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAG-AAAAGTCCACTTACAATCACTC--AAGCCTTCAAA
* * * * * * *
136500 AGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTTATAAATGATTTTC-AATTGAATGTT-TCT
317 AGCCTAGTTACTCACTTGAAAAGGTTTTATAATCTTATAAAAGA-TATCAAATTGAAT-TTATTT
* * ** * * * *
136563 CATTTTTGGTTAAAGCAGATCATAATTT-ATTGTTTGCCT-TGGGAAA-TGTGAAA--GAAATGC
380 CATTTTTAGATAAAAAAAATCAAAATTTGA-TGTTTACATCT-GGAAACT-T-AAAGTGAAA-GC
* * ** * * * * * * * **
136623 CTTCCATTAATAAGAAAAAT-CTATTTATAGTCA-TCATATCTTTGAAAGCCTTGTTAGTCACTA
440 CATCAATCGACAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAACCTAGTGACTCACGC
* * * ** * * *
136686 TAAGTGGTTTTATGACTTTATAAATGATTTTAAATT--ATTTTTTTTAATTTTTAG-TTAAAACA
504 GAAATGGTTCTAAAACTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCA-TTTTAGCTTAAAACA
* * ** ** ** ** * * **
136748 TATCATAA-TTTATTGTTTGCATTGGGCAACATGAAGTGAA-AGCTATTCATTGATGAA-AAAAG
568 TATCATAACTTGA-TGCTCACATCAGAAAATGTGAAGT-AAGAGCCATCCATCAAT-AAGAAAAG
* * * * * * *
136810 TCTATTTATAGCCACTCATGACTTCAAAAGCC-ATGTTACTCGT-TTTAAAT
630 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATCCTA-GTTACTC-TCATAAAAT
* * * * * *
136860 AGTTGTATAATCTTATAAATGATTTCAAATTGAAATTGATTTAT-GTTTTTAGTTAAAACATATC
1 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT--AATT--TTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATC
* * * * *
136924 ATAATTTGTTGTTTGCATT-AGGAAACTTGAAGCGAAAGCTATCAATTGACAAGAAAAGTCCATT
62 ATAATTTGTTATTTGCATTGA-GAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* *** ** *
136988 TATAGTTACTAATGCCTTCGAAAGTAGAGTTACACACTTTAAA-AGGTTTTATAATCATATAAAT
126 TATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAAGA-GTTTTATAATCTTATAAAT
* ** * * * *
137052 GA-TTTTAAATTTAATTTGTTTTCATTTATGGCTT-AAACAGATCATAATTGATGTGTGCATCAG
190 -ATTTTTAAA-TAAATTCATTTTTACTTATGG-TTAAAACAGACCATAATTGATGTTTGCATCAG
* * * ** * * * *
137115 GAAACATGAAGTGAAAGCAATCCGTTGGA-AAGAAAAGTCCATTTACTATCAATCATGCCTTCAA
252 GAAACATCAAGCGAAAGCTATCCAAT-GACAAGAAAAGTCCACTTACAATCACTCAAGCCTTCAA
* * ** * * * * * * * *
137179 AAGCCTAGTTACTCAGTTGAAATGGCCTTATAGTTTTATCAATGATTTGAAATTAAAATTATTTT
316 AAGCCTAGTTACTCACTTGAAAAGGTTTTATAATCTTATAAAAGATATCAAATT-GAATT-TATT
* * * * * * *
137244 TCATTTTTTGACAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACGCT-AAGTGAAAGCCAA
379 TCATTTTTAGATAAAAAAAATCAAAATTTGATGTTTACATCTGGAAAC-TTAAAGTGAAAGCCAT
** * * * * * * * * * **
137308 GTATTGATAAGAAAAGTACATTTTTAAT-ATCTCAT-GCATTCAAATGCCTTGTTG-CTCTA-TT
443 CAATCGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCA-CTCATACCTTTGAAA-ACCTAG-TGACTC-ACGC
* * * * * ***
137369 TAAATGGCTT-TATAA-TCATCTAAATGATTTTAAATTG-ATTT-TTTT-ATTTTTTATTAAAAC
504 GAAATGG-TTCTAAAACT-TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTAGCTTAAAAC
* * ** ** * * ** * * *
137429 ATATCATAA-TTTATTGTTTGCATC-GACAAACATGAAGCAAAAATCTTCCATTGAA-AAGAAAG
567 ATATCATAACTTGA-TGCTCACATCAGA-AAATGTGAAGTAAGAGCCATCCA-TCAATAAGAAAA
* * * * * * * * *
137491 GTCCATTTGTAGTTACTCATACCTTCAAAAGT-CTTGTTACTCACTTTAAGT
629 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA-TCCTAGTTACTCTCATAAAAT
* * * *
137542 GGTTTTATAA-CTTTATAAATTATTTCAAATTGAATTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACATATCAT
1 GGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCAT
* * * * * * *
137606 AATTTCTTGTTTGCATTGGGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCATCGATAAGAAAAGTCCATTTA
64 AATTTGTTATTTGCATTGAGAAACA-TGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
137670 TAGTCACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAAATGA
128 TAGTCACT-AATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAAGAGTTTTATAATCTTATAAAT-A
* * * ** *
137734 -TTTTAAGTTGAAATT-ATTTTT-CATTTTCAGTTAAAACAGTTCATAATTTGATGTTTGCATTA
191 TTTTTAA-AT-AAATTCATTTTTAC-TTAT-GGTTAAAACAGACCATAA-TTGATGTTTGCATCA
* * * * ** * ** * * * * *** *
137796 AGAAACATGAAGCCAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTATAGTCATTCTTTCCTTAAA
251 GGAAACATCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAAAGTCCACTTACAATCACTCAAGCCTTCAA
* * ** * * ** *
137861 AAGTCTAGTTAGTTGCTTGAGATA-GTTTTATGATCTTATAATTAA-AT-TTGAATTGAATTATT
316 AAGCCTAGTTACTCACTTGA-AAAGGTTTTATAATCTTATAA--AAGATATCAAATTGAATT-TA
* * * * * ** * * * ** * * *
137923 TTTTATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAGCTAATGTTTTCA--TGAAAAGAAGTGAAGTGAATGG
377 TTTCATTTTTAGATAAAAAAAATCAAAATTTGATGTTTACATCTG-GAA-ACTTAAAGTGAAAGC
* ** * * * * * ** *
137986 CATCGATTTATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AGTCTTT-AAAACCCTAGTTAGTTGCT
440 CATCAATCGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAA-CCTAGTGACTCACG
** * * * * * *
138049 TTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAATTTAATTT-TTTTGGA-TTT-GGTTAAAA
503 CGAAATGGTTCTAAAACT-TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTT-CATTTTAGCTTAAAA
* * * ** * * * * * * **** *
138110 CATATCTTAATTTGTTTTTTC-CATTAGGAAATATGGAGTGAA-AGCTACCCATTGGCAAGACAA
566 CATATCATAACTTG-ATGCTCACATCAGAAAATGTGAAGT-AAGAGCCATCCATCAATAAGAAAA
** * * * * * * * *
138173 GTTTATTTATAGTCTCTCATGCCTTTGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAAT
629 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATCCTAGTTACTCTCATAAAAT
* * * *
138224 GGTTTTATAATCTTATAAATCATTTAAAATTTATTTTTTTTCTATTTTT-GTTTAAAACAGAACA
1 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TTAATTTTTTTC-ATTTTTAG-TTAAAACAGATCA
* * * * * * *
138288 T-ATATGTTGTTTG-AATCAAAAATGTNNNNNNNNNNCATGAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAG
63 TAATTTGTTATTTGCATTGAGAAA-------------CATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAG
* * * * * * *
138351 AAAAGTCCATTTATAGTCAGTAATGCATTTGAAAGCCTAGTCAGTCT-CATGAAATG-GTTTTAT
115 AAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-TACTTTAAA-GAGTTTTAT
* ** * * * ** * *
138414 AATCTTATAAATAATTTTAAATTGAAATT-ATTTTTGTTTTTGGTCAAAACAAATAAGAATTTGT
178 AATCTTATAAATATTTTTAAA-T-AAATTCATTTTTACTTATGGTTAAAACAGACCATAA-TTGA
* * * * * * ********** * *
138478 TGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTACTGACAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACT
240 TGTTTGCATCAGGAAACATCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAAAGTCCACTTACAATCACT
* * * * * * * * * *
138543 -AATGGCTTCATAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTTACATATGATTTTAAAT
305 CAA-GCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTGAAAAGGTTTTATAATCTTATAAAAGATATCAAAT
* ** * * ** ** * * ** * *
138607 AGAATTTGATTTCATTCATGGTTAAAGTAGGTCATAATTT-ATGTATGTAT-TGGGAAACATGAA
369 TGAATTT-ATTTCATTTTTAGATAAAAAAAATCAAAATTTGATGTTTACATCT-GGAAACTTAAA
* * * * * * * * *
138670 GTGAAAGCCATCCATTGATAAGAATAGTCCATTTACAATCACTCATGCC-TTCAAAACCCTAGTT
432 GTGAAAGCCATCAATCGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAA-CCTAG-T
** * * * * * *** *
138734 G-CTCACTTGAAATAGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTGAAATTGAA-TACCTTTCATTTTTG
495 GACTCACGCGAAATGGTTCTAAAACT-TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTAG
* ** * * ** * * * *
138796 ATTAAAACATATCATATTTTAATGTTTGCATTGAAAAACATG-GAA-CAAAAGCCATCCATTCAA
559 CTTAAAACATATCATAACTTGATGCTCACA-TCAGAAA-ATGTGAAGTAAGAGCCATCCA-TCAA
* * * * ** * *
138859 -AAGAAAAGGCCATTTATAGTCATTAATGGC-TCTGAAAGACTAGTCACTCACATAAAAT
621 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAATCCTAGTTACTCTCATAAAAT
* * * * * * *
138917 AGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTCAATTAAATTTTTTT-TTTTTTTGTCAAAACAGATTATA
1 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATA
* * * * *** ** **
138981 ATTTGTTGTTTGTATTGTGAAACAT-AAAGTGAAAGCCAAGTATTGACAAGAAAAGTGAATTCGT
65 ATTTGTTATTTGCATTGAGAAACATGAAA-CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
139045 AGT-ATCTCATGCATTCG-AAGCCTTGTTACTCGA-TATAAATG-GCTTTATAATCATATAAATG
129 AGTCA-CTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACT-TACTTTAAA-GAGTTTTATAATCTTATAAAT-
* * * * * * ** * **
139106 A-TTTTAAATTAATT-TTTTTTCACTTTTGGTTAAAATAGATCATTATTTTTGTTTGTATTGGGA
190 ATTTTTAAATAAATTCATTTTT-ACTTATGGTTAAAACAGACCATAATTGATGTTTGCATCAGGA
* * * * * * * * * *
139169 AACGTGAAGTGAAAGTCT-TCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-AATACCTTCAAA
254 AACATCAAGCGAAAG-CTATCCAATGACAAGAAAAGTCCACTTACAATCACTCAA-GCCTTCAAA
* ********** * * *
139232 AGCCTTGTTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTGAATATT-TTT
317 AGCCTAGTTACTCACTTGAAAAGGTTTTATAATC-TTATAAAAGATATCAAATTGAAT-TTATTT
* * * * * * * * * *
139295 AATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTTGTTGTTTTCAT-TACGAAACGTAAAGCGAAAGCCATC
380 CATTTTTAGATAAAAAAAATCAAAATTTGATGTTTACATCT-GGAAACTTAAAGTGAAAGCCATC
* * * * * * * * * ***
139359 TATCGATAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGTCTTA-TTACTCGCTTTAAA
444 AATCGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAA-ACCTAGTGACTCACGCGAAA
** * * * * *
139423 TGGTT-TTTAA-TCT-TAAATGATTTCAAATTGAAATTAT-TTTTCATTTTTTG-TTAAAACAAA
508 TGGTTCTAAAACTTTATAAATGATTTTAAGTTG-AATT-TGTTTTCA-TTTTAGCTTAAAACATA
* * * * * * * * * * *
139483 GCACAATTTGTTGTTTAAATTAGAAACA--TGAAGCGAA-AGCCATCCAATGACA-AACAAAAGT
570 TCATAACTTGATGCTCACATCAGAAA-ATGTGAAG-TAAGAGCCATCC-ATCA-ATAAGAAAAGT
* * * * * * *
139544 CCATTTATACTCACTAATGCCTTCAAAAGT-TTAGTTACT-TGCTTTAAAG
631 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA-TCCTAGTTACTCT-CATAAAAT
* * * * *
139593 GGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTTAATTGAGTTTATTTTCATTTGT-GCTTAAAATAGATCA
1 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-AATTT-TTTTCATTTTTAG-TTAAAACAGATCA
* * * * * *
139657 TAA-TTGATGTTTGCATT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATTAA-AAACAGTTCAT
63 TAATTTGTTATTTGCATTGA-GAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAA-AGTCCAT
** * * ** * *
139719 TTATAGTCTTTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTTCTCGCTTTAAATA-TGTTT-TAATCATATAAA
125 TTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAAGAGT-TTTATAATCTTATAAA
* * * * ** * * * * *
139782 TGA-TTTTAAATTGAAATT-GTTTCTCATTTTTACTTAAAACATATCATAATTTATTTTTTACAT
189 T-ATTTTTAAA-T-AAATTCATTT-TTACTTATGGTTAAAACAGACCATAATTGA-TGTTTGCAT
* ** * * * * * * * * *
139845 C-GAGAAACATGAAATGAAACCTGTCCATTAATAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATA-CTT
249 CAG-GAAACATCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAAAGTCCACTTACAATCACTCA-AGCCT
* ** * * ** * * * * * *
139908 TAAAAAATTCTTGTTCCTTGCTTTAAATA-GTTTTATAATATTATAAATGATTTTAAATTTAATT
312 T-CAAAAGCCTAGTTACTCACTTGAAA-AGGTTTTATAATCTTATAAAAGATATCAAATTGAA-T
* * ** * ** * * * * * *
139972 TTTTTTCATTTTTAGTTAAAGTAGATCTTAATTTGTTGTTTCCAT-TAAGAAACGTGAAGTAAAA
374 TTATTTCATTTTTAGATAAAAAAAATCAAAATTTGATGTTTACATCT-GGAAACTTAAAGTGAAA
** * * * * ** * ** * * * * *
140036 GTTATCCATTGATATGAAAAGTACATTTATAGTGTCTAATGTCTTTGAAAGCCTTGTTACTCTCT
438 GCCATCAATCGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAACCTAGTGACTCACG
** * * * * * * *
140101 TTAAATGGTTTTATAAACTTT-TCAATAATTTTAAATTAAATTT-TTTTCCATTTTTGATTAAAA
503 CGAAATGGTTCTA-AAACTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTT-CATTTTAGCTTAAAA
* * * * * ** * * * * ** **
140164 TAGAACAT-A-TATGTTGTTTGCATCGGAAACA--TGAAG-CAGAAGCTATCGATTGACGAGAAA
566 CATATCATAACT-TGATGCTCACATCAGAAA-ATGTGAAGTAAG-AGCCATCCATCAATAAGAAA
* * * ** * ** *
140224 A-TGCTATTTATAGTCACTAATG-CTTTGAAGGCCTAGTGACTAGCATAATAT
628 AGT-CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATCCTAGTTACTCTCATAAAAT
* * * * *
140275 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTCAAATTGAATTTTTTTCCTTTGTGGTTCAAAACAGATCGT
1 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTCATTTTTAGTT-AAAACAGATCAT
* * * * * * *
140340 AATTTGTTGTTCGCATCGGGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTAT
64 AATTTGTTATTTGCATTGAGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
140405 AGTCACTAATGGCTTTGAAAACCTAGTTACTTGCTTTATAG-GCTTTTATAATCTTATAAAT-TA
129 AGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAAGAG-TTTTATAATCTTATAAATAT-
* * *
140468 TTTTAATTTAAATTCATTTTTATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTGATGTTTGCATCAGGAAA
192 TTTTAA-ATAAATTCATTTTTACTTATGGTTAAAACAGACCATAATTGATGTTTGCATCAGGAAA
* * * * * * * * * **
140533 CATGAAGTGAAAGCTATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTACAATCATTTAAGCTTTTGAAAGCC
256 CATCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAAAGTCCACTTACAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCC
* *** * * * * *
140598 TAGTTTCTTGGTTTAAAAGGTTTTATAATGTTGTAAACGATAT-AAAGTTGAATTTTTTTCATTT
321 TAGTTACTCACTTGAAAAGGTTTTATAATCTTATAAAAGATATCAAA-TTGAATTTATTTCATTT
* * * * **
140662 TTGGATAAAAGAAATCAAAATTTTATGTTTGCAT-TGGGAAA-TATAAAGTGAAAGCTTTTCAAT
385 TTAGATAAAAAAAATCAAAATTTGATGTTTACATCT-GGAAACT-TAAAGTGAAAGC-CATCAAT
* * * *
140725 -GACAAGAAAAGTAGATTTATAGTCACTTATGCC-TTGAAAAACCTAGTGACTCTCGCGAAATGG
447 CGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATACCTTTG-AAAACCTAGTGACTCACGCGAAATGG
* * * *
140788 TTTTAAAATTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTT-TTTT-ATTTTTGTTTAAAACATATCATAA
511 TTCTAAAACTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTAGCTTAAAACATATCATAA
* * * * * * *
140851 TTTGTTGCTCACATTAGGAAATGTGAAACG-AA-AGCTATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTAT
576 CTTGATGCTCACATCAGAAAATGTG-AA-GTAAGAGCCATCCATCAATAAGAAAAGTCCATTTAT
140914 AGTCACTCATGCCTTCGAAATCCTAGTTACTCTCATAAAAT
639 AGTCACTCATGCCTTCGAAATCCTAGTTACTCTCATAAAAT
* *
140955 GGTTTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATT-ATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACATG-TCTTA
1 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA-GATCATA
* * * *
141018 ATTTATTATTTGCATTGAGAAATATGAAATGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
65 ATTTGTTATTTGCATTGAGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
141083 GTCACTAATGCCTTCGAAAGCCCAGTTACTTACTTTAAAGAGTTTTATAATCTTATATATATTTT
130 GTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAAGAGTTTTATAATCTTATAAATATTTT
* * * *
141148 TAAATAGAATTTGA-TTTTGCTTATGGTTAAAATAGCCCATAATTGATGTTTGCATCAGGAAACA
195 TAAATA-AA-TTCATTTTTACTTATGGTTAAAACAGACCATAATTGATGTTTGCATCAGGAAACA
* ** * *
141212 TCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAACGTTTACTTACAATTACTCATGCCTTCAAAAGCCTA
258 TCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAAAGTCCACTTACAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTA
* *
141277 GTTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAAAAGATTTCAAATTGAATTTATTTCATTTTTA
323 GTTACTCACTTGAAAAGGTTTTATAATCTTATAAAAGATATCAAATTGAATTTATTTCATTTTTA
* * * * * *
141342 GTTAAAAAAAATTATAATTTGATGTTTACATCTGGAAACTTGAAGTGAAAGCCATCCATCGATAA
388 GATAAAAAAAATCAAAATTTGATGTTTACATCTGGAAACTTAAAGTGAAAGCCATCAATCGACAA
* * * ** *** ** **
141407 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTGTTTCTCACTTTAGGTGGTTCTGTA
453 GAAAAGTACATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAACCTAGTGACTCACGCGAAATGGTTCTAAA
* *
141472 GCTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTAGCTTGAAACATATCATAACTTGATG
518 ACTTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTAGCTTAAAACATATCATAACTTGATG
* ** * * *
141537 TTTGCATCAGAAAATGTGAAGTAAGAGCCATCCATCAATAAGAAAAGTCTATTTATACTCGCTCA
583 CTCACATCAGAAAATGTGAAGTAAGAGCCATCCATCAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * *
141602 TGCCTTCGAAAGTCTTA-TTACTCAT-TTTAAAT
648 TGCCTTCGAAA-TCCTAGTTACTC-TCATAAAAT
* * *
141634 GGTTTTTTAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTGGTTTTTATTTTTTAGTTAAAATAGATC
1 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-AATTT--TTTTCA-TTTTTAGTTAAAACAGATC
* * * * * * **
141699 ATAATTTGTTCTTTACA-TCAGGAAACATGAAACGAAAGGCATCCATTGATAA-AATAATTGTAT
62 ATAATTTGTTATTTGCATTGA-GAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCAT
* * * * *
141762 TTATAGTCATTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGA-TTTTATAATCATATAAA
125 TTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAA-GAGTTTTATAATCTTATAAA
* * * * * * * * ** **
141826 TAATTTTAAAATATATT-TTTTTTCATTTTTGATTAAAACATATCATAATTTGATGTTTTTATTG
189 T-ATTTTTAAATAAATTCATTTTT-ACTTATGGTTAAAACAGACCATAA-TTGATGTTTGCATCA
* * * * * * * * **
141890 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGATAAGAAAAATCTATTTACCGTCACTCAAGCCTTCAA
251 GGAAACATCAAGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAAAGTCCACTTACAATCACTCAAGCCTTCAA
* * * * * * * * * * *
141955 AAGACTTGTTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAA-CTTTATAAATGGTTTTAAATTAAATATT-TT
316 AAGCCTAGTTACTCACTTGAAAAGGTTTTATAATC-TTATAAAAGATATCAAATTGAAT-TTATT
* * * * * * ** ** * * * *
142018 GACATTTTTTG-TCAAAATAGATCAAAATTAGTTGTTTGTATCAAGAAACATGAAGGGAAACCCA
379 -TCATTTTTAGAT-AAAAAAAATCAAAATTTGATGTTTACATCTGGAAACTTAAAGTGAAAGCCA
* * * * * * * ** * * * ***
142082 CCCATTGACAAGACAAAATCCATTTATAGTCACTTATA-CTTTCGTAAGTCTGGTTACTCGCTTT
442 TCAATCGACAAGA-AAAGTACATTTATAGTCACTCATACCTTT-GAAAACCTAGTGACTCACGCG
* * * * * * * *
142146 AAAGGGTTTTATAA-TCTTATAAAAGATTTTAAATTGAATTTATCTTCA-TTTATGGTTAAAACA
505 AAATGGTTCTAAAACT-TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTA-GCTTAAAACA
* * ** ** * ** * * ** * * **
142209 GATCATAA-TTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTTT
568 TATCATAACTTGATGCTCACATCAGAAAATGTGAAGTAAGAGCCATCCATCAATAAGAAAAGTCC
* * * *
142273 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACATGCT--TGAAAC
633 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAATCCTAGTTAC-T-CTCATAAAAT
* * * * *
142320 GGTTTTATAATCTTATAAATCATTTTAAATTGAAATTCTTTCATTTTTGGCTAAAACATG-TCAT
1 GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA-GATCAT
* * * * * * ** *
142384 AATTTGATGTTTGCATGGGGAAGCATCAAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTC
64 AATTTGTTATTTGCATTGAGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
142442 TTTGTACAGT
Statistics
Matches: 4291, Mismatches: 1036, Indels: 503
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
674 19 0.00
675 20 0.00
676 166 0.04
677 620 0.14
678 151 0.04
679 359 0.08
680 416 0.10
681 442 0.10
682 609 0.14
683 360 0.08
684 190 0.04
685 146 0.03
686 192 0.04
687 91 0.02
688 1 0.00
691 21 0.00
692 128 0.03
693 244 0.06
694 112 0.03
695 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (679 bp):
GGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAA
TTTGTTATTTGCATTGAGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTAATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAAGAGTTTTATAATCTTATAAATATTTTT
AAATAAATTCATTTTTACTTATGGTTAAAACAGACCATAATTGATGTTTGCATCAGGAAACATCA
AGCGAAAGCTATCCAATGACAAGAAAAGTCCACTTACAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTAGTT
ACTCACTTGAAAAGGTTTTATAATCTTATAAAAGATATCAAATTGAATTTATTTCATTTTTAGAT
AAAAAAAATCAAAATTTGATGTTTACATCTGGAAACTTAAAGTGAAAGCCATCAATCGACAAGAA
AAGTACATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAACCTAGTGACTCACGCGAAATGGTTCTAAAACT
TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTAGCTTAAAACATATCATAACTTGATGCTC
ACATCAGAAAATGTGAAGTAAGAGCCATCCATCAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
CTTCGAAATCCTAGTTACTCTCATAAAAT
Found at i:153786 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 150913--155294 Score: 1054
Period size: 170 Copynumber: 25.7 Consensus size: 167
150903 AGTTACTCTC
* * * *
150913 TTAAAATAGTTTTATAATTTTATAAATGGTTTTAAAT-AGATTT-TTTTCATTTTTAGTTTAAAC
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATGA-ATTTCTTTT--TTTTTAGTTAAAAC
* * ** * * * * *
150976 AGATCTTAATTT-ATTGTTTGTATTGAGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAAG
63 ATATCATAATTTGA-TGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAAT
* * * * * **
151039 CCTATTTATAGTCG-GTCATTCCTTTGAAAGCCTAGTTGTTCAC-
127 CC-ATTTATAGT-GAATCATACC-TTCAAAACCTAGAT-ACCACT
* * * * *
151082 TTGAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGAA-TTTCTTTT--TTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * *
151147 CAGATCTTAATTT-ATTGTTTACATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGATATGAAAAG
62 CATATCATAATTTGA-TGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAA
** * * ** * * *
151211 TTTATTTATAGTCACAT-ATGCCTTCGAAAGTCTAGTTATTCGCT
126 TCCATTTATAGTGA-ATCATACCTTC-AAAACCTAGATA-CCACT
* * * * * * * *
151255 TTAAAA-GGTTTTATAATCTAATAAATTATTTCAAATTGACTTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAAG
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGAATTTCTTTT--TTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * * * * * * *
151319 AGATCA-AAATT-ATTTTTTCCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAACTATCCAATGACAAGAAAAGT
63 ATATCATAATTTGA-TGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAAT
* * * * * * *
151382 CTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACAAGT
127 CCATTTATAGTGAATCATACCTTCAAAA-CCTAGATACCACT
* * * * *
151424 TTTAAGTGGCTTTATAA-CTTTACAAATGATTTTAAATTCAATTGT-TTTCTTTTTTATGGTTAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TGAATT-TCTTT-TTTTTTA--GTTAA
* * * * * * * * *
151487 TACATATCGTAATTTGATGTTTAGC-TTGGGAAACATGAAGCAAAATCTATCCAATGACAAGAAA
60 AACATATCATAATTTGATGTTTA-CATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* * * * * ** *
151551 CATCCATTTATAGTCATCTCATGCCTTTGAATGCCTAGTTACTCACT
124 AATCCATTTATAGTGA-ATCATACC-TTCAAAACCTAGATAC-CACT
* * * * * *
151598 TT-AAATAGTTTTATAATTTTATAAACGATTTGAAATTGAACTTTTTTCTTTCATTTTTGATTAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGAA-TTTCTT-TTT--TTTTAG-TTAA
* * * * ** ** *
151662 AACATATCTTAATTT-ATTGTTTGCATTGAGACACGTGAAGTGAAAG-C-TGTCTATTGTTAACA
60 AACATATCATAATTTGA-TGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT-TC-ATTGACAAGA
* *** * * * * **
151724 AAAGTCCATTTATAGTTTCTGATGCCTTCGAAAACCTTGTTACTTGCT
122 AAAATCCATTTATAGTGAATCATACCTTC-AAAACCTAGATAC-CACT
* * * * * *
151772 TT-ATATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTAGTTCAAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA-ATGAA-TTTCTTTT--TTTTTAGTTAAAA
* * * * ** *
151836 CATATCATAATTTGTTGCTTT-CTTTC-AGAAACTTGAAGTAAAAGTGATCCATTGACGAA-AAA
62 CATATCATAATTTGATG-TTTAC-ATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAA
* * * * ** * ** * **
151898 AGTCCATTTATAGTCACTTATGGCTTCGAAAGTTAAGTTACTTTCT
124 AATCCATTTATAGTGAATCATACCTTCAAAACCT-AGATAC-CACT
* * *
151944 TT-AAATAG-TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAAGTTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGAA--TTTCTTTT--TTTTTAGTTAAA
* * * * * ** * * * *
152007 ATAGATCTTAATTT-ATTATTTTCATTAAGCAACGTGAAGCGAAAGGCATCCATTGACAAGAAAA
61 ACATATCATAATTTGA-TGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* ** * * * * * **
152071 GTTTATTTATACTCACTCATGCCTTCAAATACCTAGTTTTCAC-
125 ATCCATTTATAGTGAATCATACCTTCAAA-ACCTAGATACCACT
* * * *
152114 TTAAAATGATTTTATAATCTAATAAATGATTTTAAATAAAATTT-TTTTTATTCTTGGTTAAAAC
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-GAATTTCTTTTT-TT-TTAGTTAAAAC
* ** * * * * * * * * *
152178 AAATCATAATTCAATGGTTGCATCTAGTAACGAGAAGCTAAAGACA-TCAATTAATAA-AAAAAT
63 ATATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAAT
* * * * * * *
152241 CCATTCATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGTCCTA-TTACTCAAT
127 CCATTTATAGTGAATCATACCTTC-AAA-ACCTAGATAC-CACT
* * * *
152284 TT-AAATAGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAATCAAAATTT-TTTTTATTTCTAGTTAAAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT--GAATTTCTTTTT-TTT-TAGTTAAAA
* * * * * ** * *
152347 CAGATCATAATTGGATGTTT-TAT-TAGAAAACATGAAGTGAAAGCCA-ACAATTAACTAA-AAA
62 CATATCATAATTTGATGTTTACATCGAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGAC-AAGAAA
* * * * * * **
152408 AGTCCATTCATAGTCATTCAT-CCTTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCT
124 AATCCATTTATAGTGAATCATACC-TTC-AAAACCTAGATAC-CACT
* * * * * *
152454 TT-AAATAGTTTTATAATGTTATAATTAATTTTAAATTAAATTT-TTTTTATTTCTGGTTAAAAC
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGAATTTCTTTTT-TTT-TAGTTAAAAC
* * * * * ** * * *
152517 ATATCATAATTGGATGTTTGCATTGAAAAACATGAAGTGAAAGCCATTGATTAACAAGAAAAGTC
63 ATATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATC
* * * ** * *
152582 CATTCACTA-TCACTTTTTCCTTCAAAAGCCTA-ATTACTTACT
128 CATTTA-TAGTGAATCATACCTTCAAAA-CCTAGA-TAC-CACT
** * * *
152624 TT-AAATCATTTTATAATCTTATACATAATTTTAAAGTGAATTGT-TTTTCATTTCT-GTTTAAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGAATT-TCTTTT--TTTTTAG-TTAAA
* * ** * * * *
152686 ACAAATCATAATTGGATGTTTGGATTGGGAAATGTGAAGCCAAAGCC-TTGCATTGACAAGAAAA
61 ACATATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATT-CATTGACAAGAAAA
* * * * * * * * * * *
152750 GTCTATTTATATTCACTCATACATGTGATAGCCTAGTTACTC-GT
125 ATCCATTTATAGTGAATCATACCT-TCAAAACCTAGATAC-CACT
* * * * * * *
152794 TTTAAATGATTTTATAATTTTATAAATGGTTTTGAATGGAA-TGCTTTTAATTTTT-GTTTATAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-GAATTTCTTTT--TTTTTAG-TTAAAA
* * * * * * * **
152857 TAGATCCTAATTTGATGATTT-CATTGGGAAAAGTGAAACAAAAGTGA-TCGATTGACAAGAAAA
62 CATATCATAATTTGATG-TTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAA
* * * * * * ** *
152920 GTCTATTTATAGTCACTTATACCTTTAAAACTCTATTTACTCGCT
125 ATCCATTTATAGTGAATCATACCTTCAAAAC-CTAGATAC-CACT
* * * *
152965 TT-GAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTGTAGATTGAATTGT-TTTTATTTTTAGTTAAAAC
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA-AATGAATT-TCTTTT-TTTTTAGTTAAAAC
* ** * * * * *
153028 ATATCATAATTTAATGTTTGTATCAAAAAACGTTAAGCGAAAGCCA-TCTATTGACAAGAAAAGT
63 ATATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAAT
* * * * * * * *
153092 CTATTTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCCTAGTTACTCACC
127 CCATTTATAGTGAATCATACCTTC-AAAACCTAGATAC-CACT
* * * ** * * * *
153135 TT-AAATGATTTTATAACCTTATAAATTATTTTAAAT--ATTT-TTCCATATCTAATTAAAACAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATGAATTTCTT-TTTTTTTAGTTAAAACAT
* * * * * * * * * * * *
153196 ATCTTCATTTGTTGTTTATATTGGGATACATGAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCA
65 ATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCCA
* *** * ** *
153261 CTTATAGTCTCTAATGTCGTCAAAACACTTA-ATACTCACT
130 TTTATAGTGAATCATACCTTCAAAAC-C-TAGATAC-CACT
* * * * **
153301 TT-AAATAGTTTTATAATGTTATAAATTATTTTAGATTGAACCTTT-TTTTTCATGTTGGGTTAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA-AATGAA--TTTCTTTTT--T-TTTAGTTAA
* * * ** * * ** * *
153364 AACAGATCAT-ATGTTGCTATTTGTATTGAGAAACGTGTAGTGAAAGCCATCCATTTG-GAAGAA
60 AACATATCATAAT-TTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAA
* * * * * * * * *
153427 AACTCCATGTGTAGTCACTCATGCCTTTGAAAGA-CTCGTTACTCAC-
123 AAATCCATTTATAGTGAATCATACC-TTCAAA-ACCTAGATAC-CACT
* * * *
153473 TTAAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGATTTTAAATAGAATTTATTTTAATTTTT--TTAAAAC
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-GAATTTCTTTT--TTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * *
153536 ATATCATAATTTGATATATGCATCGGGACACGTGAAGTAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAATT
63 ATATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATC
* *
153601 CATTTATAGTGACTCATACCTTC-AAA-CTAGTTA-CACGT
128 CATTTATAGTGAATCATACCTTCAAAACCTAGATACCAC-T
* *
153639 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTATAACTGTAATTTCTTTCTTTTTTAGTTAAAACA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATG-AATTTCTTT-TTTTTTAGTTAAAACA
* *
153704 TATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGCAGCAAATA-CCA-TCTATTGACAAGAAAAGT
64 TATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAA-AGCCATTC-ATTGACAAGAAAAAT
*
153767 CCA-TTATAGTTAATCATACCTTCAAAATCCTAGATACTCACT
127 CCATTTATAGTGAATCATACCTTCAAAA-CCTAGATAC-CACT
* *
153809 TT-AAATGGTTTTATAGTCTTATAAATGATTTTGAATTGAAATTTCTTTTTAGTTTTAGTTAAAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATG-AATTTCTTTTT--TTTTAGTTAAAA
* * * * * * * * **
153873 CATATCATAATTTGTTGTTTACACCGGGAAATGTCAAGC-GAAGCTCATCCATTAACAAGAAACT
62 CATATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAA
* * * * * * * *
153937 TCCATTTATAATCACTCATACCTTTGAAAACTTGGTTACTC-GT
126 TCCATTTATAGTGAATCATACC-TTCAAAACCTAGATAC-CACT
* * * ** * * *
153980 TGAAAATTGTTTTATAATCTTATATATGACCTTAGATTGAA-TTC-----TTTTAGTTAAAATAG
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA-AATGAATTTCTTTTTTTTTAGTTAAAACAT
* * ** * * ** *
154039 ATCATAATTTGATGTTTTCATCGAGAAACATGAAGTGAAAGTCATCCATTG-GTAGAAAAAGCCC
65 ATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAA-TCC
* * * * * * * * * *
154103 AATTATTGTTACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTC-GT
129 ATTTATAGTGAATCATACC-TTCAAAACCTAGATAC-CACT
* **
154143 GTT-AAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAAAAATTTTAAATTGAATTT-TTTTCCTATTTCTAGTTA
1 -TTAAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TGAATTTCTTTT--T-TTT-TAGTTA
* * * * * * * ** *
154205 AAACCTATCATAATTT-ATTGTTTGCAT-AAGGAAACTTGAAACGAGAGGTA-TCAGTTGATAAG
59 AAACATATCATAATTTGA-TGTTTACATCGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCA-TTGACAAG
* * * * * * * * * *** *
154267 AAAAGTCTATTTATTGTCACTCGTGTA-TTTGAAAGCCTTTTTACTC-CA
121 AAAAATCCATTTATAGTGAATC--ATACCTTCAAAACCTAGATAC-CACT
* * * * *
154315 TTGAAATCGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAC
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGA-ATTTCTTTT-TTTTTAGTTAAAAC
* * * ** *
154380 ATATTATAATTT-ATTGTTTGCATC-AGGAAACATGAAGTGAAAGCCA-TCTATTCACAAG-AAA
63 ATATCATAATTTGA-TGTTTACATCGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAA
* * * * *
154441 GTCCATTTATAATCACTCAT-GCTTGCGAAAACCTAG-TAACTCACT
125 ATCCATTTATAGTGAATCATACCTT-C-AAAACCTAGAT-AC-CACT
* * * *
154486 TT-AAATAGTTTTATATTCTTATAAATGATTTTAGATTGAATTTTTTATTCATTTTTAGTTAAAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA-AATGAATTTCTT-TT--TTTTTAGTTAAAA
* * * * * * *** * * **
154550 AAGATGATAATTTGTTGTTTGCATC-ATGAAATGTGAAGTGCAAGCCATCCATTAACAAGAAATG
62 CATATCATAATTTGATGTTTACATCGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAA
* * * * * *** *
154614 TCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTAACT
126 TCCATTTATAGTGAATCATACCTTC-AAAACCTAGATAC-CACT
* * * * * *
154658 TT-AATTGGTTTTATAAAT-TCATGAATGGTTTTGAATTGAATTT-TTTTTCATTTTTGTTTAAA
1 TTAAAATGGTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTT-AAATGAATTTCTTTTT--TTTTAG-TTAAA
* * * * * * * * * *
154720 AGAGATTAAAATTTGATGTTTTCATTG-GAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAA
61 ACATATCATAATTTGATGTTTACATCGAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
*** * * *
154784 ATCCATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGTCTTA-TTACTCGCT
125 ATCCATTTATAGTGAATCATACCTTCAAAA--CCTAGATAC-CACT
* ** * *
154829 TT-AAATGGTTCTATAATAATATAAATAATTTTAAATTGAATTAGTTTTTATTTTTTA-TTAAAA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGAATT--TCTTT-TTTTTTAGTTAAAA
* * * * ** * * ** * * *
154892 CAGATAATATTTTGTTGTTT-CTATTAAAAAATGTGAAGTGAAAGCCATTCACTGATAAGAAACA
62 CATATCATAATTTGATGTTTAC-ATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAA
* * * * * * *
154956 TCTATATATAGTCACTGATACCTT-AGAAAGCCTAGTTATTCAC-
126 TCCATTTATAGTGAATCATACCTTCA-AAA-CCTAGATA-CCACT
* * * ** *
154999 TCAAAATGG-TTTATTATCTTATAAATGGTTTTAAATTGAATTTCATTCATTTTAAGTTAAAACA
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TGAATTTC-TTTTTTTTTAGTTAAAACA
* * * * * * *
155063 TATCATAATTTGATGTTTACAT-TAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATTCATTTACATGAAAAGTT
64 TATCATAATTTGATGTTTACATCGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATC
** * * * *
155127 CATTTATA-ACAATTCATACCTTCGGAAGCCTAGTTACTCGCT
128 CATTTATAGTGAA-TCATACCTTC-AAAACCTAGATAC-CACT
* * * * *
155169 TT-CAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCTAACTTTATTTAATTTTTAGTTAAAAC
1 TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-GAA-TTTCTTT-TTTTTTAGTTAAAAC
* * * ** * * **
155233 AAATCATAGTTTAATGTTTACATTAAAAAATGTGAAGTGAAAGCCA-TCTATTGACAAGAAAA
63 ATATCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAA
155295 GTTTATTTAT
Statistics
Matches: 3273, Mismatches: 717, Indels: 444
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 7 0.00
163 109 0.03
164 9 0.00
165 10 0.00
166 182 0.06
167 74 0.02
168 51 0.02
169 418 0.13
170 728 0.22
171 691 0.21
172 627 0.19
173 210 0.06
174 91 0.03
175 62 0.02
176 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
TTAAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATGAATTTCTTTTTTTTTAGTTAAAACATA
TCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCCAT
TTATAGTGAATCATACCTTCAAAACCTAGATACCACT
Found at i:153894 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 150854--158824 Score: 4240
Period size: 171 Copynumber: 46.7 Consensus size: 169
150844 TATACTAACA
* * * * * * *
150854 CCATCGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTATGCCATTGAACA-CCTAGTTACTCTCTTAAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * * * *
150918 ATAGTTTTATAATTTTATAAATGGTTTTAAA-T-AGATTTTTTTCATTTTTAGTTTAAACAGATC
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACATATC
* * *
150981 TTAATTT-ATTGTTTGTATTGAGAAATGTGAAGCGAAAGCCAT
129 ATAATTTGA-TGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
** * ** ** *
151023 CCATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCGGTCATTCCTTTGAAAGCCTAGTTGTTCACTTGAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * *
151087 ATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGAT
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTT-A-TTTTAGTTAAAACATAT
* * * *
151152 CTTAATTT-ATTGTTTACATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCCAT
128 CATAATTTGA-TGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * ** * * * *
151195 CCATTGATATGAAAAGTTTATTTATAGTCACAT-ATGCCTTCGAAAGTCTAGTTATTCGCTTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * * * * * *
151259 AAGGTTTTATAATCTAATAAATTATTTCAAATTG-ACTTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAAGAGAT
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTT-A-TTTTAGTTAAAACATAT
* * * * * * * *
151323 CA-AAATT-ATTTTTTCCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAACTAT
128 CATAATTTGA-TGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * *
151365 CCAATGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTAC-AAGTTTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCA-CTTTAA
* * * * *
151429 GTGGCTTTATAA-CTTTACAAATGATTTTAAATT-CAATTGTTTTCTT-TTTTATGGTTAATACA
65 ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAATT-TTTT-TTATTTTA--GTTAAAACA
* * * * *
151491 TATCGTAATTTGATGTTTAGC-TTGGGAAACATGAAGCAAAATCTAT
125 TATCATAATTTGATGTTT-GCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* ** *
151537 CCAATGACAAGAAACA-TCCATTTATAGTCATCTCATGCCTTTGAATGCCTAGTTACTCACTTTA
1 CCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTA
* * * * * *
151601 AATAGTTTTATAATTTTATAAACGATTTGAAATTGAACTTTTTTCTTTCATTTTTGATTAAAACA
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-ATTTTT-TTT-ATTTTAG-TTAAAACA
* * * **
151666 TATCTTAATTT-ATTGTTTGCATTGAGACACGTGAAGTGAAAGCTGT
125 TATCATAATTTGA-TGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* ** * ** * * ** *
151712 CTATTGTTAACAAAAGTCCATTTATAGTTTCTGATGCCTTCGAAAA-CCTTGTTACTTGCTTTAT
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * *
151776 ATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAGTT-AAATTTTTTTTTCATTTTTAGTTCAAACATA
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAA-TTTTTTTT-A-TTTTAGTTAAAACATA
* * * * * **
151840 TCATAATTTGTTGCTTT-CTTTCAGAAACTTGAAGTAAAAGTGAT
127 TCATAATTTGATG-TTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * **
151884 CCATTGACGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGGCTTCGAAAG-TTAAGTTACTTTCTTTA
1 CCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT-AGTTACTCACTTTA
* * * * *
151947 AATAG-TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAAGTTTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAG
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-ATTTTTTTT-A-TTTTAGTTAAAACAT
* * * * * *
152011 ATCTTAATTT-ATTATTTTCATTAAGCAACGTGAAGCGAAAGGCAT
126 ATCATAATTTGA-TGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
** * * *
152056 CCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATACTCACTCATGCCTTCAAATA-CCTAGTT-TTCACTTAAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA-AGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * *
152119 ATGATTTTATAATCTAATAAATGATTTTAAA-TAAAATTTTTTTTATTCTTGGTTAAAACAAATC
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATT-TTAGTTAAAACATATC
** * * * *
152183 ATAATTCAATGGTTGCATCT-AGTAACGAGAAGCTAAAGACAT
129 ATAATTTGATGTTTGCAT-TGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * * * *
152225 CAATTAATAA-AAAAATCCATTCATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGTCCTA-TTACTCAATTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG-CCTAGTTACTCACTTTAA
* * * ** *
152288 ATAGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAATCAAAATTTTTTTTATTTCTAGTTAAAACAGATC
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTT-TAGTTAAAACATATC
* * * * *
152353 ATAATTGGATGTTT-TATT-AGAAAACATGAAGTGAAAGCCAA
129 ATAATTTGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * * **
152394 CAATTAACTAA-AAAAGTCCATTCATAGTCATTCAT-CCTTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTA
1 CCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTA
* * * * *
152457 AATAGTTTTATAATGTTATAATTAATTTTAAATT-AAATTTTTTTTATTTCTGGTTAAAACATAT
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTT-TAGTTAAAACATAT
* * * *
152521 CATAATTGGATGTTTGCATTGAAAAACATGAAGTGAAAGCCAT
128 CATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
** * * ** * * *
152564 TGATTAACAAGAAAAGTCCATTCACTA-TCACTTTTTCCTTCAAAAGCCTAATTACTTACTTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
** * * * * *
152628 ATCATTTTATAATCTTATACATAATTTTAAAGTG-AATTGTTTTTCATTTCT-GTTTAAAACAAA
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATT-TTTTTTATTT-TAG-TTAAAACATA
* * * * *
152691 TCATAATTGGATGTTTGGATTGGGAAATGTGAAGCCAAAGCCTT
127 TCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * * * * **
152735 GCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATACATGT-GATAGCCTAGTTACTCGTTTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * * ** * * * * *
152799 ATGATTTTATAATTTTATAAATGGTTTTGAA-TGGAATGCTTTTAATTTTTGTTTATAATAGATC
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTTTAG-TTAAAACATATC
* * * * **
152863 CTAATTTGATGATTT-CATTGGGAAAAGTGAAACAAAAGTGAT
129 ATAATTTGATG-TTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * * * *
152905 CGATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATACCTTTAAAA-CTCTATTTACTCGCTTTGA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGC-CTAGTTACTCACTTTAA
* * * *
152969 ATGATTTTATAATCTTATAAATGATTGTAGATTG-AATTGTTTTTATTTTTAGTTAAAACATATC
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACATATC
* * ** * *
153033 ATAATTTAATGTTTGTATCAAAAAACGTTAAGCGAAAGCCAT
129 ATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * *
153075 CTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCATTCGAAAGCCTAGTTACTCACCTTAAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
* * * ** * * * *
153140 TGATTTTATAACCTTATAAATTATTTTAAA-T---A-TTTTTCCATATCTAATTAAAACAAATCT
66 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTAT-TTTAGTTAAAACATATCA
* * ** * * *
153200 TCATTTGTTGTTTATATTGGGATACATGAAGCGAAAGCCAT
130 TAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * * *
153241 CCATTAACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCTCTAATGTCGTCAAAA-CACTTA-ATACTCACTTTA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGC-C-TAGTTACTCACTTTA
* * * * * ** *
153304 AATAGTTTTATAATGTTATAAATTATTTTAGATTGAACCTTTTTTTTCATGTTGGGTTAAAACAG
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-ATTTTTTTT-AT-TTTAGTTAAAACAT
* * * * *
153369 ATCAT-ATGTTGCTATTTGTATTGAGAAACGTGTAGTGAAAGCCAT
126 ATCATAAT-TTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * ** * *
153414 CCATTTG-GAAGAAAACTCCATGTGTAGTCACTCATGCCTTTGAAAGACTCGTTACTCAC-TTAA
1 CCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * *
153477 AGTGATTTTATAATTTTATAAATGATTTTAAATAG-AATTTATTTTAATTTT-TTTAAAACATAT
65 A-TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTT-TTTTTATTTTAGTTAAAACATAT
* * * * * * *
153540 CATAATTTGATATATGCATCGGGACACGTGAAGTAAAAGTCAT
128 CATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * *
153583 TCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTGACTCATACCTTC-AAA--CTAGTTA--CACGTTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC-TTT-A
* * *
153643 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTAT-AACTGTAATTTCTTTCTT-TTTTAGTTAAAACATA
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTT-TTT-TTATTTTAGTTAAAACATA
* * * *
153706 TCATAATTTGATGTTTACATCGAGAAACGTGCAGCAAATACCAT
127 TCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAAA-GCCAT
* * * * * *
153750 CTATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTTAATCATACCTTCAAAATCCTAGATACTCACTTTAAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
* *
153814 TGGTTTTATAGTCTTATAAATGATTTTGAATTGAAATTTCTTTTTAGTTTTAGTTAAAACATATC
66 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTT-TTTTTA-TTTTAGTTAAAACATATC
* * ** * * * *
153879 ATAATTTGTTGTTTACACCGGGAAATGTCAAGCGAAGCTCAT
129 ATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAAAGC-CAT
* ** * * * * * * *
153921 CCATTAACAAGAAACTTCCATTTATAATCACTCATACCTTTGAAAA-CTTGGTTACTC-GTTGAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCAAAAGCCTAGTTACTCACTT-TA
* * ** * * * *
153984 AATTGTTTTATAATCTTATATATGACCTTAGATTG-AA------TTCTTTTAGTTAAAATAGATC
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTTTAGTTAAAACATATC
* * * * *
154042 ATAATTTGATGTTTTCATCGAGAAACATGAAGTGAAAGTCAT
129 ATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
** * * * * ** * *
154084 CCATTG-GTAGAAAAAGCCCAATTATTGTTACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTC-GTGTTA
1 CCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACT-TTA
* ** *
154147 AGTGGTTTTATAA-CTTTATAAAAAATTTTAAATTG-AATTTTTTTCCTATTTCTAGTTAAAACC
64 AATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTT--TATTT-TAGTTAAAACA
* * * * **
154210 TATCATAATTT-ATTGTTTGCA-TAAGGAAACTTGAAACGAGAGGTAT
125 TATCATAATTTGA-TGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * ** ** ** *
154256 -CAGTTGATAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCGTGTATTTGAAAGCCTTTTTACTC-CATTGA
1 CCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCAC-TTTA
* ** *
154319 AATCGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATAT
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACATAT
* * * *
154384 TATAATTT-ATTGTTTGCA-TCAGGAAACATGAAGTGAAAGCCAT
128 CATAATTTGA-TGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * *
154427 CTATTCACAAG-AAAGTCCATTTATAATCACTCATG-CTTGCGAAAA-CCTAGTAACTCACTTTA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-C-AAAAGCCTAGTTACTCACTTTA
* * * * *
154489 AATAGTTTTATATTCTTATAAATGATTTTAGATTG-AATTTTTTATTCATTTTTAGTTAAAAAAG
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTT-TT-A-TTTTAGTTAAAACAT
* * * *
154553 ATGATAATTTGTTGTTTGCA-TCATGAAATGTGAAGTGC-AAGCCAT
126 ATCATAATTTGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAA--GCAAAGCCAT
* * * * ** * *
154598 CCATTAACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTAACTTTAAT
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
* * * * * * *
154663 TGGTTTTATAAAT-TCATGAATGGTTTTGAATTG-AATTTTTTTTCATTTTTGTTTAAAAGAGAT
66 TGGTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTT-ATTTTAG-TTAAAACATAT
* * * * *
154726 TAAAATTTGATGTTTTCATTG-GAAAACATGAAGCAAAAGTCAT
128 CATAATTTGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * *
154769 CCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGTCTTA-TTACTCGCTTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG-CCTAGTTACTCACTTTAA
* ** * * *
154833 ATGGTTCTATAATAATATAAATAATTTTAAATTG-AATTAGTTTTTATTTTTTA-TTAAAACAGA
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATT--TTTTT-TATTTTAGTTAAAACATA
* * * * * * *
154896 TAATATTTTGTTGTTT-CTATTAAAAAATGTGAAGTGAAAGCCAT
127 TCATAATTTGATGTTTGC-ATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * * * * * **
154940 TCACTGATAAGAAACA-TCTATATATAGTCACTGATACCTT-AGAAAGCCTAGTTATTCACTCAA
1 CCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA-AAAGCCTAGTTACTCACTTTA
* * ** *
155003 AATGG-TTTATTATCTTATAAATGGTTTTAAATTG-AATTTCATTCATTTTAAGTTAAAACATAT
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTTT-AGTTAAAACATAT
* *
155066 CATAATTTGATGTTTACATT-AGGAAACATGAAGCGAAAGCCAT
128 CATAATTTGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * * * ** * *
155109 TCATTTACATGAAAAGTTCATTTATA-ACAATTCATACCTTCGGAAGCCTAGTTACTCGCTTTCA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * *
155173 ATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCT-AACTTTATTTAATTTTTAGTTAAAACAAAT
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACATAT
* * * * * * *
155237 CATAGTTTAATGTTTACATTAAAAAATGTGAAGTGAAAGCCAT
128 CATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* ** * * * ** *
155280 CTATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAGTATAGTTACTCGCTTTAAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
* ** *
155345 TAGTTTTATAA--TT-T---T-A---T-AATCAAAATTTTTTTTATTCCTAGTTAAAAACATATC
66 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATT-TTAGTT-AAAACATATC
* * **
155399 ATAATTAGATGTTTGCATT-AGGAAACGTGAAGTGAAAGTGAT
129 ATAATTTGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * *
155441 CCATTGACAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAG-CTAAGTTACTCGCTATA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCT-AGTTACTCACTTTA
* * * * * *
155504 AATGGCTTTAAAATTTTATAAATGATTTTAAAAT--AATTTTTTTTCATTTTCAGTTAAACCAAA
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTT-ATTTT-AGTTAAAACATA
* * *
155567 TCACAGTTTGTTGTTTGCATCATGAG--ACGTGAAATG-AAAGCCAT
127 TCATAATTTGATGTTTGCAT--TGAGAAACGTG-AA-GCAAAGCCAT
* * * * * * * * * *
155611 CCATTGACAAAAAAAAGTTCATTTATAATTACTTATGCCTTCGAACGCATATTTACTAACTTTAA
1 CCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * * * * * *
155676 ATAGTTTTATACTCTTACAAATGATTTCAAAGTG-AATTATTTTTCATTTTTGGATAAATCCA-A
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATT-TTTTTTA-TTTTAGTTAAA-ACATA
* ** * ** * *
155739 TCAAAATTTCTTATTTGCATCAAGAAACATGAAGTAAAAGCCAT
127 TCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * * ** * * *
155783 CTATTGACAAGCAAAGTCAATTTGTAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCTTATTTACT-AGCTTGAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCA-CTTTAA
* * * * *
155847 GTAG-TTTATAATCTTATAAATG-TCTTTAAATTG-AATTTTCTTCATTTTTGGTTAAAACATAT
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGAT-TTTAAATTGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACATAT
** * * * *
155909 CATAATTCAATGTTTGCAGTGA-AAACATGAAGTAGAGCCGAT
128 CATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAAAGCC-AT
* * * * ** * *
155951 TCATTGACACGAAAAGTCCATTTGTAGGCACTCATGCCTTTGAAAGCATAGTTAATCACTTTAAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
*** * * * ** *
156016 TAACTTTACAAACTTATAAATGATTTTAAA-TCAAATTGTTTTGCATTTCTAGTTAAAACAAATC
66 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATT-TTTTTTATTT-TAGTTAAAACATATC
* * * * * *
156080 ATAATGTT-TTGTTGGCATTAAGAAACGTCATGCAAAAG-TAGT
129 ATAAT-TTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCA-T
* * * * * * *
156122 CAATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAAG-CACTCATGCCTTCCAAAGTCTGGTTACTAACTTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* *
156186 AGGGTTTTATAGTAACCAGCTT-TAAATGGTTTTATTACCTTATAAATAATTTTGAATCAATTTT
65 ATGG-TTT-TA-T-A--ATCTTATAAAT-G----A-T---TT-T--A-AA--TTG-A--AA-TTT
* * * * ** * **
156250 TTTTTATTTTTGGTGAAAACAGACCATAATTTTTTATTTGCATTG-GAAAATATGAAGCGAAAGC
105 TTTTTA-TTTTAGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGC-AAAGC
*
156314 AAT
167 CAT
* * * * *
156317 CCATTGATAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGGC-TCTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * * * * * *
156381 ATGGTTTTATAATCTTATAAATAATTCTGAA-T--CAGTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAAATT
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACATATC
** * * *
156443 ATAATTTGATACTTGTATTAAGAAATGTGAAGCGAAAGCCAT
129 ATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * * * **
156485 CCATTAATAAGAAAACTCCATTTATATTCAGC-CATACCTTCGAAAGCCTCGTTACTTGCTTTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * *
156549 ATGGTTTCATAATCTTATAAATAATTTTAAATCT--AATTATTTTTTATTTTTAGCTAAAACATA
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TGAAATT-TTTTTTA-TTTTAGTTAAAACATA
* * * *
156612 TCATAA-CTGATGTTTGCATTG-GAAAACATGAAGCGACAGACAT
127 TCATAATTTGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * * *
156655 CCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTACACTCTTTAAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
* * * * * * * * *
156720 TGGTTTCATAATCTTGTCAATTATTTTAAATTG-AA-TTTTTTCATTTTCTGTTAAAATAGATCT
66 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTTT-AGTTAAAACATATCA
** * * *
156783 TAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAACGAAAGGCAT
130 TAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
** * * * * * * * **
156824 GTATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAATTACTCATGCCTTCGAAAGGCTAATTACT-TGTTATAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTT-TAA
*** * * * * ** * *
156888 GCAGTTTTGTAATCTTAAAAATG-TTTTGAAATTG-AGTGCTTTTGCATTTTTGGTTTAAAC-TG
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATTGAAAT-TTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACAT-
** * *
156950 ATCATAATTTTTTGTTTACATTGAGAAATGTGAAGTCAAAGCCAT
126 ATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * * * * * *
156995 TCATTGATAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCATTCATGTCTTAAAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAA
1 CCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
** * * ** * * * *
157060 ATTATTTTATAAAT-TTTTAAATGAATTTAAATT-CCATTTCTTTTATTTTTGATTAAAAAAGAT
65 ATGGTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTTTAG-TTAAAACATAT
* * * *
157123 CCTAATTTGAAGTTTGCATTG-GAAA-ATGCAAAGTGAAAGCCAT
128 CATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTG--AAG-CAAAGCCAT
** * * * * *
157166 TTATTGACAAGGAAAGTCCATTTATATTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTATTCGC-TTAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC-TAGTTACTCACTTTAA
* *
157229 AGTGGTTTTATAAGT-TTATAAATGATTTCAAA-TGGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAT
65 A-TGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTT-A-TTTTAGTTAAAACAT
* * * *
157292 ATCATAATTTGATGTTTTCATTGAGAAACATGAAGTAAAAGACAT
126 ATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * * ** *
157337 CCA-TGAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAACCTTGTTAGTTGCTTGAA
1 CCATTG-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * * * **
157401 AGGGTCTTATAA-CTTTATGAAGGATTTTGAATTGAAA-TTTTTTTATTTCTGGTTAAATTATAT
65 ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTT-TAGTTAAAACATAT
* * * * *
157464 CAAAATTTGACGTTTCCATCTGA-AAATGTGAAGCAAAGCTAT
128 CATAATTTGATGTTTGCAT-TGAGAAACGTGAAGCAAAGCCAT
* * * * ** ** * *
157506 CCATCGACAA-AACAAGTCCATTTGTAGGCACTCATTCCTTCCGAAGTATAGTTAATCATTTTAA
1 CCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * ** * * *
157570 ATGGTTTTATAATCTTATATATGATCTTAAATCAAAATTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAAATC
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACATATC
** * *
157635 ATAATTTTTTGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
129 ATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * ** *
157677 CAATTGAAAAAAAAGAGTCCATTTATAGTTACTCATGCTTTTGAAAGCTTAGTTACTCACTTTAA
1 CCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * * * *
157742 ATGGTTTGATAATCTTACAAATGACTTTAAATTG--ATTTTTTCTCATTTTTCGGTTAAAGCA-A
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTT-TTA-TTTT-AGTTAAAACATA
* * * * *
157804 GTCATAATTTGAT-ATTGCTATTAAAAAACATGAAGTGAAAGCCAT
127 -TCATAATTTGATGTTTGC-ATTGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCAT
* * * * *
157849 CCATTGACAAGACAAGTCCATTTATATTCACTCATGCATTCGAAAA-CCTAGTTACTCGCTTTGA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
* * * ** * * * * * *
157913 ATAGTTTTAAAATCTTAGAAATGATTTTGGA-TGGAATTGTTTTAATTTTTGGTTAAAATAGATC
65 ATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACATATC
* * * * *
157977 ATAATTTGATATTTACATTGGGAAAAGTGAAGCGAAACCCAT
129 ATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
** * * * * *
158019 TGATTGATAAGAAAAGTCTC-TTTATAGTCACTTATGCCTCCAAAAACCTAGTTACATGCA--TA
1 CCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTAC-T-CACTTT
* * * * *
158081 AAATTG-TTTATAATCTTGTAAATGATTATAAATTG-AATTTTTTTTCTTTTCAGTTAAAACAGA
63 AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTTT-AGTTAAAACATA
* * *
158144 TCATAAGTTGATATATGCATT-AGGAAACGT-ACAGCAAATGCCAT
127 TCATAATTTGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGA-AGCAAA-GCCAT
* * * *
158188 CCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAATCATGCCTTCAAAAGCCTAGATACTCTCTTTAAA
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
* * *
158253 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTGAATTG-AATTTTCTTTTCAGTTTTGGTTAAAACAGAT
66 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTT-TTTT-A-TTTTAGTTAAAACATAT
* * * *
158317 CATAATTTGTTGTTTACATT-AGAAAATGTGAAACAAAGCCCAT
128 CATAATTTGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGCAAAG-CCAT
* * * * * * * **
158360 CCATTAACAAGAAAATTTCATTTACAGTCACTCATGTCTTGAAAATCCTTA-TTACTTGCTTGT-
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC-TAGTTACTCACTT-TA
* * * * * * *
158423 AATGGTTTTATAATCTTA-AAAGTAATTTTAGATTGAATTTTTCTTTTTTTTTGGTTAAAATAGA
64 AATGGTTTTATAATCTTATAAA-TGATTTTAAATTGAAATTTT-TTTTATTTTAGTTAAAACATA
* * * * * *
158487 TCATAATTTGCTGCTTGTA-TCAGAAAACATGAAGCAAAAGTCAT
127 TCATAATTTGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * * * ** *
158531 CTATTGATAGGAAAAATCCATTTATTGTCACTCATGCCTTTTAAAGCCTTGTTACTCA-TGCTT-
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACT--TTA
* * * * * * *
158594 AATGGTTTTTATAA-CTTTATTACTGATTTTAAATT-TAATTCTCTTCATTTTTGGTTAAAACAT
64 AATGG-TTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACAT
* * * * * *
158657 GTTATTATTT-ATTGTTTGCA-TCAGAAACTTGAAGCAAAAACCAT
126 ATCATAATTTGA-TGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCAT
* * * ** * * * * *
158701 CGATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGTTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCGCTTTAAC
1 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
** * * * *
158766 TCATTTTATAATCTTGTAAATGAATTTAGATT-AAATTTTCTTTATTTTTAGTTAAAACA
66 TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAACA
158825 GATATAAATA
Statistics
Matches: 6050, Mismatches: 1381, Indels: 742
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 19 0.00
161 104 0.02
162 8 0.00
163 109 0.02
164 11 0.00
165 6 0.00
166 187 0.03
167 84 0.01
168 288 0.05
169 879 0.15
170 1318 0.22
171 1418 0.23
172 1071 0.18
173 259 0.04
174 66 0.01
175 67 0.01
176 9 0.00
177 7 0.00
180 1 0.00
181 2 0.00
182 1 0.00
184 1 0.00
185 3 0.00
186 1 0.00
188 1 0.00
189 6 0.00
190 5 0.00
191 1 0.00
192 2 0.00
193 3 0.00
194 10 0.00
195 95 0.02
196 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAA
TGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTTATTTTAGTTAAAACATATCAT
AATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAAAGCCAT
Found at i:155525 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 155500--155537 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
155490 AGTTACTCGC
*
155500 TATAAATGGCTTTAAAATTT
1 TATAAATGACTTTAAAATTT
*
155520 TATAAATGATTTTAAAAT
1 TATAAATGACTTTAAAAT
155538 AATTTTTTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
TATAAATGACTTTAAAATTT
Found at i:159284 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 158965--163229 Score: 2201
Period size: 171 Copynumber: 25.0 Consensus size: 171
158955 GCAGACATCA
* * * * * * * ** *
158965 ATTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATAATGATTTTGAAGGTATAAGTAACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * ********
159030 TTTTTCAAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAANNNNNNNN
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * * *
159094 NNCCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTACGAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
159136 AATATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGATTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * **
159201 TCTTACCAATAAATGGCTTTATCTTCATGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTA
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * ****
159266 AATAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNN
131 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
****** * * * *
159307 NNNNNNAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTG-CTGTAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ********** * *
159371 TCTTGCCAATGNNNNNNNNNNTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTG-TTTA
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
159435 ACCAAAAATGT-AAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAC
131 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** ** * * * * *
159475 ATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAATACTTTTGAAGGTATGAGTGACTGTAAGTGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * * * *
159540 TCTCT-TCAAT-AGATGG-TTTTTGTTTCACATTTC-CTAAGGTAAACACTCAATTGTAATCTAT
66 TCT-TACCAATGA-ATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
159601 TTTAACCAACAATATAAAAAAATTTAACTTAAACTCAATTATGAG
127 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
159646 ATTATACAACCATTTAAAGCGAGTAAGAA-GCATTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
159710 TTCCTACCAACGAATGGCTATTTCTTCATGGTCCTCAA-GCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
65 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * ********** *
159774 AACTAAAAATATAAAAAAATAT-AACTNNNNNNNNNNTACGAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
159816 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATCAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
159881 TCTTGCCAATAAATAG-TTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTT
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * *
159944 AACCAAAAATAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAA
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
********** *
159986 ANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TCGAGTGACTATAAATGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * *
160050 TTCCTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATGTT
65 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
160115 AACAAAAAATGTAAAAAAAATCATCTTAAAAAT-AATTATGAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAG
* * * * ** *
160157 ACTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
160222 TGTTGCTAATGAACGGCTTTTTCTTTACAT-TTCCT-AAGGTAAACATTTAATTAAAATCTGTTT
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * **********
160285 TAACTAAATATGTAAAAAAATTCAATTTAAANNNNNNNNNNAG
129 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
160328 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAAT-ATAAAGGCTTTCGAAGG-ATTAAGTGACTATAAAAGGATT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * *
160391 TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTGAA-GCAGAGATTTAATTAT-ATCATAT
64 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC-TGT
** * **********
160454 TTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCANNNNNNNNNNAATTATGAG
127 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *** *
160499 ATTATAAAACCATTGAAAGCGTGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAAATGA-TAATAAATGGAATT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGG-ACT
* * * * * * * * *
160563 TTTCCT-CAAAT-AGCTGACTTTTGCTTTATGTTTC-CTTAGGCAAATATTCAATTATAATCTAT
64 TTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* ** * * * *
160625 TTTAACTAGCAATAT-TAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAG
127 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
********** * * * *
160669 ANNNNNNNNNNATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * *
160734 TCTTACCAACAAATGACATTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACAATT-AATTATAATCTGTATT
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
160798 AACCATAAATATAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATGACG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-G
** * * *** * *
160841 -CCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGATTTGAGTGACTATAACTGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** ** * * * * * *
160905 TCTGGCCAAAAAATGG-TATTTTTTTCATATTTCTTAAGACAAACATTTAATTATAATCTGTCTT
66 TCTTACCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* ** * * *
160969 AACCAAAAATATAAAAACTTTTAACATAAAATTAATTATGAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ********** * *
161011 ATCATAAAACTATTTAAAGCGAATAATNNNNNNNNNNAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** ** * * * ** * * *
161076 TCTGGCCAACAAATGACATTTTT-TTTATATTTCTCAAGATAAACATTTAATTTTAATCTGTATT
66 TCTTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * *
161140 AATCAAAAATATAAAAAATTTTAACTTAAAATTAATTATGAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
161182 ATCATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * * *
161247 TCATGTCAATAAATGG-TATTTTCTTTATGTTTCTCAATGCAAACATTTAGTTATAATCT-TTAT
66 TCTTACCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT-T
* * *
161310 TAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
129 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** * **
161353 ATCATAAAACAATTTAAAG-TAGTAATTAGGCTTTTAAAAGC-TAGAATGACTATAAATGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * *
161416 TTCTT-GCATATGAGTGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAAGCAGACATTCAATTACAATATATTT
65 TTCTTACCA-ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * *
161480 AAACTAAAAATGT-AAGAAACTAAAGTTAAAATTAATTA--AG
129 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *** ** *
161520 ATTAT-AAATCATTCAAAGCTAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAATTCCTATAAATGGCCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * *
161584 TCTTGTCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGCCAAACATTGAAATT-TAATCTTTTTT
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATT-CAATTATAATCTGTTTT
** * * * *
161648 AATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
161690 ATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATCATGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * **
161755 TTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTACATATTT-TCCAAGGAAAACATTCGGTTATAATCTGTTTT
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * *
161819 AACTAAAAAAT-TAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTATTAN
130 AAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
********* * * * *
161861 NNNNNNNNNCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * * * *
161926 TCTTGTCAGT-AGATGACTTTTGCTTCACAT-TTTC-CAAGGGAAACATTCAGTTATAATATATT
66 TCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
161988 CTAGA-AAAAGAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA-CTAGTTATGAG
128 TTA-ACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* ** * * **
162033 ATTATAAAATCATTTAAA-CTGAGTAGCAAAG-TTTCTAAAGATATGGGTGACTATAAATGGACT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* ** * * * * *
162096 TTTCTCATGAATGAATGGCTTTTTCTTC-TAGTTT-TCCAAGG-TAACTTTGAATTTTAATCAGT
64 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* *
162158 TTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAG
127 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
**********
162202 ATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
162266 TTCTTGCCAATGAATTGCTTATTCTTCAAGTTTC-CTAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTT
65 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
162330 TAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAG
129 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * *
162373 ATTATAAAGCCATTTAAGGCTAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACCTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * ** * * * *
162438 TCTTACTAATGGATAGCTTTTACTTTATGTTTCTCGAA-ATAGACATTCAATTGTAATATATTTT
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * **********
162502 AATGAAAAATATAAAAAAATTCANNNNNNNNNNAATTATGAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * ** * * *
162544 ACTATAAAATAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACGTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * * * * *
162609 TCTGA-CAATTGAAAAGTTTTTTCCTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATTATATGTTTT
66 TCTTACCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * *
162673 AACAAAAAATAT-AAAAAATTGAGCTTAAAATCAA-TATAAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * ** *
162713 ATTATAAAAGCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACATT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * * * * * *
162778 TCGTGTCGATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CTGAGGCAGACATTCAATTATAATGTATTTT
66 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * *
162842 AATGAAGAATGTAAAAAAATTCTGA-TTAAAATCAATTATGAG
130 AACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * **********
162884 ATTATGAAATCATTTAAAGC-AGGTAATAATGCTTTCGATGGCATGGNNNNNNNNNNAT-GACCT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CT
* * * ** * * * * *
162947 TTTCTCT-CCAATGGAT-GTTTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGATAGATATTCAATTACAATATAT
64 TTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* *
163010 TTTAA-CAAAAA-ATAGAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAG
127 TTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
********** * * * * * *
163054 ATTATAANNNNNNNNNNAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCTATGGATAACAATAAATGAACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
163118 TTC-TAGCTAATGAATGGCTTTTTTTCTTTACT-TTTGCT-TAGACAAATATTCAATTATTATCT
65 TTCTTA-CCAATGAATGGC--TTTTTCTTCA-TGTTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
** * *
163180 GTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAG
125 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
163227 ATT
1 ATT
163230 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3097, Mismatches: 874, Indels: 244
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 10 0.00
167 91 0.03
168 91 0.03
169 323 0.10
170 677 0.22
171 1681 0.54
172 174 0.06
173 48 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
Found at i:159833 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 159643--159971 Score: 315
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
159633 ACTCAATTAT
* *
159643 GAGATTATACAACCATTTAAAGCGAGTAAGAA-GCATTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGC-TTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * *
159707 CTTTTCCTACCAACGAATGGCTATTTCTTCATG-GTCCTCAA-GCAGACATTCAATTATAGTCTG
65 CTTTTCCTACCAACAAATAG-TATTTCTTCATGTGTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
* *
159770 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATATAACTNNNNNNNNNNTAC
128 TTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATATAACT----------TAC
* * * * * *
159813 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATCAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
159878 TTTTCTTGCCAATAAATAGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTT
66 TTTTCCTACCAACAAATAGTATTTCTTCATGTGTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTT
159943 TAACCAAAAATAAAAAAAAA-ATCAACTTA
131 TAACCAAAAATAAAAAAAAATAT-AACTTA
159972 AAATCAATTA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 21, Indels: 18
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.01
169 15 0.11
170 115 0.86
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (160 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCCTACCAACAAATAGTATTTCTTCATGTGTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTT
TAACCAAAAATAAAAAAAAATATAACTTAC
Found at i:159972 original size:340 final size:332
Alignment explanation
Indices: 159475--160133 Score: 700
Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 332
159465 CAATTATGAC
* * * *
159475 ATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAATACTTTTGAAGGTATGAGTGACTGTAAGTGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGTGGACTTT
* * * * * *
159540 TCTCTTCAATAGATGGTTTTTGTTTCACATTTCCTAAGGTAAACACTCAATTGTAATCTATTTTA
66 TCTCTCCAATAAATAGTTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTA
* * * * * *
159605 ACCAACAATATAAAAAAATTTAACTTAAACTCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCGAGT
131 ACCAAAAATAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATACAACCATTTAAAGCGAGT
* *
159670 AAGAA-GCATTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAACGAATGGCTATTT-
196 AAGAAGGC-TTTCGAAAGCTCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAACGAATGGCT-TTTG
* * * * * *
159733 CTTCATGGTCCTCAA-GCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATATA
259 CTTCACGGTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATATAAAAAAATATA
159797 ACTNNNNNNNNNNTACGAG
324 ACT----------TACGAG
* * * * *
159816 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATCAA-TGGACTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT-AAGTGGACTT
** * *
159880 TTCT-TGCCAATAAATAGTTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTT
65 TTCTCT-CCAATAAATAGTTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTT
**********
159943 TAACCAAAAATAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAANNNNNNNNNNATTTAAAGCGA
129 TAACCAAAAATAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATACAACCATTTAAAGCGA
* * *
160008 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATGGCTTTTG
194 GTAAGAAGGCTTTCGAAAGCTCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAACGAATGGCTTTTG
* * * *
160073 CTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
259 CTTCACGGTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATATAAAAAAA
160134 ATCATCTTAA
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 50, Indels: 10
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 149 0.57
341 109 0.41
342 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (332 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGTGGACTTT
TCTCTCCAATAAATAGTTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTA
ACCAAAAATAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATACAACCATTTAAAGCGAGT
AAGAAGGCTTTCGAAAGCTCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAACGAATGGCTTTTGCT
TCACGGTCCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATATAAAAAAATATAAC
TTACGAG
Found at i:161643 original size:337 final size:340
Alignment explanation
Indices: 161165--161775 Score: 783
Period size: 337 Copynumber: 1.8 Consensus size: 340
161155 AAATTTTAAC
* * * *
161165 TTAAAATTAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATTAATTA-GAGATCATAAAACCATTCAAAGCGTGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAAAT
* * * *
161230 GACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATAAATGGTATTTTCTTTATGTTTCTCAATGCAAACATTT
65 GACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATAAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATTA
* * * * *
161295 AGTTATAATCTTTATTAA-ACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATCATA
130 AATTATAATCTTTATTAATA-AAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAGATCATA
* *
161359 AAACAATTTAAAG-TAGTAATTAGGCTTTTA-AAAGC-TAGAATGACTATAAATGGACTTTTCTT
194 AAACAATTTAAAGCGAGTAATCAGGC-TTTAGAAAGCAT-GAATGACTATAAATGGACTTTTCTT
*
161421 G-CATATGAGTGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAAGCAGACATTCAATTACAATATATTTAAACT
257 GTCA-ATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAAGCAGACATTCAATTACAATATATTTAAACT
161485 AAAAATGTAAGAAACTAAAG
321 AAAAATGTAAGAAACTAAAG
* * *
161505 TTAAAATTAATTA-AGATTAT-AAATCATTCAAAGC-TAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAAT
1 TTAAAATTAATTAGAGATCATAAAACCATTCAAAGCGT-GTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAAAT
** * * *
161567 TCCTATAAATGGCCTTTTCTTGTCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAA-GCCAAACATT
65 GACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATAAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAATG-CAAACATT
* *
161631 GAAATT-TAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAGATTAT
129 -AAATTATAATCTTTATTAATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAGATCAT
* * * * ** *
161695 AAAACCATTTAACGCGAGTAATCATGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
193 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATCAGGCTTTAGAAAGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
161760 TCAATGAATGGCTTTT
258 TCAATGAATGGCTTTT
161776 TCTACATATT
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 33, Indels: 18
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.01
337 154 0.67
338 58 0.25
339 3 0.01
340 13 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TTAAAATTAATTAGAGATCATAAAACCATTCAAAGCGTGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAAATG
ACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATAAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATTAA
ATTATAATCTTTATTAATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAGATCATAAA
ACAATTTAAAGCGAGTAATCAGGCTTTAGAAAGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
ATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAAGCAGACATTCAATTACAATATATTTAAACTAAAAA
TGTAAGAAACTAAAG
Found at i:161972 original size:342 final size:331
Alignment explanation
Indices: 161190--162195 Score: 635
Period size: 337 Copynumber: 3.0 Consensus size: 331
161180 AGATCATAAA
* * * * * * *
161190 ACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCA
1 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* ** * ** * * * * *
161255 ATAAATGGTATTTTCTTTATGTTTCTCAATG-CAAACATTTAGTTATAATCT-TTATTA-AACAA
66 ATGAATGACATTTTCTTCACATTTCCCAA-GCCAAACATTAAATTATAATATATT-CTAGAA-AA
* * * * * * **
161317 A-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAA--GTAGTAAT
128 AGAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAACTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAACCG-AGTAGC
* * * ** * *
161379 TAGGCTTTTAAA-AGC-TAGAATGACTATAAATGGACTTTTCT--TGCATATGAGTGGCTTTTGC
192 AAAGCTTCTAAAGA-CAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCAT-CA-ATGAATGGCTTTTTC
* * * * * * *
161440 TTC-ATGTTTTTCAAAGCAGACATTC-AATTACAAT-A-TATTTAAACTAAAAATGTAAGAAACT
253 TACTA-G-TTTTCCAAGGAAAC-TTCGAATTATAATCAGT-TTT-AACTAAAAATGTAAAAAATT
* * *
161501 AAAGTTAAAATTAATTAAGATTAT
313 CAACTTAAAATCAATT---A-T-T
* * ** *
161525 AAATCATTCAAAGCT-AGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAATTCCTATAAATGGCCTTTTCTTG
1 --ACCATTTAAAG-TGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * *
161589 TCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGCCAAACATTGAAATT-TAATCTTTTTTA-ATA
63 TCAATGAATGACATTTTCTTCACATTTCCCAAGCCAAACATT-AAATTATAATATATTCTAGA-A
161652 AAA-AATATAAAAAAAGTCAACCTAAAA-TCAATAATGAGATTATAAAACCATTT-AACGCGAGT
126 AAAGAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAACT-AATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAC-CGAGT
* * * * **
161714 AATC-ATGCTT-TAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTT
189 -AGCAAAGCTTCTA-AAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGCTTTTT
* *
161777 CTACATA-TTTTCCAAGGAAAACATTCG-GTTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAT-TAAAAACAT
252 CTAC-TAGTTTTCCAAGG-AAAC-TTCGAATTATAATCAGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-AT
*
161839 TCAGCTTAAAATCAATTATT
312 TCAACTTAAAATCAATTATT
* * * *
161859 ANNNNNNNNNNCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGACT
1 A----------CCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATGGACT
* * ** * *
161924 TTTCTTGTCAGT-AGATGAC-TTTTGCTTCACATTTTCCAAGGGAAACATTCAGTTATAATATAT
56 TTTCTTGTCAATGA-ATGACATTTT-CTTCACATTTCCCAAGCCAAACATTAAATTATAATATAT
* * * * * * *
161987 TCTAGAAAAAGAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAACTAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAC
119 TCTAGAAAAAGAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAACTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAC
* * * *
162052 TGAGTAGCAAAGTTTCTAAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCATGAATGAATGGCTT
184 CGAGTAGCAAAGCTTCTAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGCTT
* * * *
162117 TTTCTTCTAGTTTTCCAAGGTAACTTTGAATTTTAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTC
249 TTTCTACTAGTTTTCCAAGGAAACTTCGAATTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTC
162182 AACTTAAAATCAAT
314 AACTTAAAATCAAT
162196 AATGAGATTA
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 90, Indels: 88
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
334 1 0.00
335 1 0.00
336 5 0.01
337 151 0.28
338 75 0.14
339 28 0.05
340 3 0.01
341 35 0.07
342 120 0.23
343 107 0.20
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
ATGAATGACATTTTCTTCACATTTCCCAAGCCAAACATTAAATTATAATATATTCTAGAAAAAGA
ATATAAAAAAAGTCAACCTAAAACTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAGCAAAG
CTTCTAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGCTTTTTCTACTAGTT
TTCCAAGGAAACTTCGAATTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATT
Found at i:162250 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 162075--162388 Score: 341
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
162065 TTCTAAAGAT
* *
162075 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCATG-AATGAATGGCTTTTTCTTCTAGTTTTCC-AAGG-
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT--TGCAATGAATGGCTTATTCTTCAAG-TTTCCTAAGGA
* * * * * *
162137 TAACTTTGAATTTTAATCA-GTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
63 AAACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATAATG
162200 AGATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTGAAAGGC
127 AGATTATAAAACCATTTA----------TAAGGCTTTGAAAGGC
*
162244 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTATTCTTCAAGTTTCCTAAGGAAA
1 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTATTCTTCAAGTTTCCTAAGGAAA
* * *
162309 ACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGA
65 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATAATGAGA
*
162374 TTATAAAGCCATTTA
130 TTATAAAACCATTTA
162389 AGGCTAATAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 13, Indels: 10
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.02
168 5 0.04
169 50 0.40
170 27 0.21
171 42 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCTTATTCTTCAAGTTTCCTAAGGAAAA
CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATAATGAGAT
TATAAAACCATTTATAAGGCTTTGAAAGGC
Found at i:162388 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 161058--162441 Score: 1246
Period size: 508 Copynumber: 2.7 Consensus size: 504
161048 AAGGCTTGAG
*** ** * * * * * **
161058 TGACTATAAATGGACTTTTCTGGCCAACAAATGACATTTTTTTTATATTTCTCAAGATAAACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGCCAAACATT
* * * * * ** * * * * *
161123 TAATTTTAATCTGTATTAATCAAAAATATAAAAAATTTTAACTTAAAATTAATTATGAGATCATA
66 GAAATTTAATCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAGATTATA
* * * * *
161188 AAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGT
131 AAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * * * *
161253 CAAT-AAATGGTATTTTCTTTATGTTT-CTCAATGCAAACATTTAGTTATAATCT-TTATTAAAC
195 CAATGAATTGCT-TTTTCTTCAAGTTTCCT-AAGGAAAACATTCAGTTATAATCTGTT-TTAACC
* * *
161315 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGTAGTAATT
257 AAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTAGTAATA
* * * * *
161380 AGGCTTTTAAAAGCTAGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCATATGAGTGGCTTTTGCTTCAT
321 AGGC-TTTAGAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCATATGAGTGACTTTTGCTTCAC
* * * * *
161445 GTTTTTCAAAGCAGACATTCAATTACAATATATTTAAACTAAAAATGTAAGAAACTAAAGTTAAA
385 ATTTTCCAAAGCAAACATTCAATTACAATATATTTAAAC-AAAAATGTAAAAAACTAAACTTAAA
* * * *
161510 ATTAATTAAGATTATAAATCATTCAAAGCTAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAA
449 ACTAATTAAGATTATAAATCATTCAAAGCTAGTAACAAAGCTTTCGAAAGATTAAA
** * **
161566 TTCCTATAAATGGCCTTTTCTTGTCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGCCAAACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGCCAAACATT
**
161631 GAAATTTAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAGATTATA
66 GAAATTTAATCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAGATTATA
* * *
161696 AAACCATTTAACGCGAGTAATCATGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGT
131 AAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * *
161761 CAATGAATGGCTTTTTCTACATATTTTCC-AAGGAAAACATTCGGTTATAATCTGTTTTAACTAA
195 CAATGAATTGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCTAAGGAAAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAAC-CA
* * * **********
161825 AAAATTAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTATTANNNNNNNNNNCCATTTAAAGTGAGTAATAA
258 AAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAA
*
161890 GGCTTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTA-GA-TGACTTTTGCTTCA
322 GGCTTTAGAAG-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CA-TATGAGTGACTTTTGCTTCA
* * * * * *
161953 CATTTTCCAAGGGAAACATTCAGTTATAATATATTCTAGAA-AAAGAATGTAAAAAAATTTAACT
384 CATTTTCCAAAGCAAACATTCAATTACAATATATT-TA-AACAAA-AATGT-AAAAAACTAAACT
* * * * ***
162017 TAAAACTAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAA-CTGAGTAGCAAAG-TTTCTAAAGATATGGG
445 TAAAACTAATTA--AGATTAT-AAATCATTCAAAGCT-AGTAACAAAGCTTTCGAAAGAT-TAAA
* * * ** *
162080 TGACTATAAATGGACTTTTCTCATGAATGAATGGCTTTTTCTTC-TAGTTTTCCAAG-GTAACTT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGCATTTTCTTCAT-GTTTCCCAAGCCAAACAT
* * * *
162143 TGAATTTTAATCAGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTA
65 TGAAATTTAATCAGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAGATTA
**********
162206 TAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
129 TAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
162271 GCCAATGAATTGCTTATTCTTCAAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCA
193 GTCAATGAATTGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCA
* * * * * *
162336 AAGATGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAGGCTAATAATA
258 AAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATA
* * *
162401 AGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGACCTTTCTT
321 AGGCTTTAGAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
162442 ACTAATGGAT
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 151, Indels: 48
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
507 1 0.00
508 236 0.34
509 95 0.14
510 12 0.02
511 34 0.05
512 205 0.29
513 49 0.07
514 67 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (504 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTCCCAAGCCAAACATT
GAAATTTAATCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATAATGAGATTATA
AAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
AATGAATTGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAAAA
ATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTAGTAATAAGGCT
TTAGAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCATATGAGTGACTTTTGCTTCACATTTTC
CAAAGCAAACATTCAATTACAATATATTTAAACAAAAATGTAAAAAACTAAACTTAAAACTAATT
AAGATTATAAATCATTCAAAGCTAGTAACAAAGCTTTCGAAAGATTAAA
Found at i:162881 original size:340 final size:342
Alignment explanation
Indices: 162228--162918 Score: 784
Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
162218 NNNNNNNNNN
* * * ** *
162228 TAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTATTCTTC
1 TAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACGTTTCTTGACAATGAAAAGCTTATTCCTC
* * * * *
162293 AAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAAAGATGTAAAAAAATTCAACGT
66 AAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACGT
* * * * *
162358 AAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAGGCTAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGA
131 AAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGA
* *
162423 CTAGAAATGGACCTTTCTTACTAATGGATAGCTTTTACTTTATGTTTCTCGAAATAGACATTCAA
196 CTAGAAATGGACATTTCTTACTAATGGATAGCTTTTACTTTATGTTTCTCGAAACAGACATTCAA
* **********
162488 TTGTAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCANNNNNNNNNNAATTATGAGACTATAAAA
261 TTATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAGATTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
162553 TAATTTAAAACAAGTAA
326 TAATTTAAAACAAGTAA
* * * *
162570 TAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACGTTTC-TGACAATTGAAAAGTTTTTTCCT
1 TAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACGTTTCTTGACAA-TGAAAAGCTTATTCCT
* * * * * * *
162634 CACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATTATATGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTGAGCT
65 CAAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACG
162698 TAAAATCAA-TATAAGATTATAAAAG-CATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGT
130 TAAAATCAATTATAAGATTAT-AAAGCCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGT
* * * * **
162761 GACTATAAATGGACATTTCGTGT-C-GATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CTGAGGCAGACA
194 GACTAGAAATGGACATTTC-T-TACTAATGGATAGCTTTTACTTTATGTTTCTC-GAAACAGACA
* * * * *
162823 TTCAATTATAATGTATTTTAATGAAGAATGTAAAAAAATTCTGATTAAAATCAATTATGAGATTA
256 TTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAGATTAAAATCAATTATGAGACTA
* * * *
162888 TGAAATCATTTAAAGCAGGTAA
321 TAAAATAATTTAAAACAAGTAA
*
162910 TAATGCTTT
1 TAAGGCTTT
162919 CGATGGCATG
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 56, Indels: 12
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 166 0.58
341 30 0.10
342 91 0.32
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
TAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACGTTTCTTGACAATGAAAAGCTTATTCCTC
AAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACGT
AAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGA
CTAGAAATGGACATTTCTTACTAATGGATAGCTTTTACTTTATGTTTCTCGAAACAGACATTCAA
TTATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAGATTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA
TAATTTAAAACAAGTAA
Found at i:165119 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 164921--165249 Score: 308
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
164911 CTAGTAATAA
* * *
164921 TGCTTTCAAAGGCATGAGTGATTATAAATGAACTTTTTCCTCC-AATGGATG-GCTTTCTCCTT-
1 TGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCCTCCTAATGAATGAG-TTT-TCCTTC
** ****
164983 ATGTTTTTTAAGGTAGGTGTTCAATTATAAT-TTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-AAACTT
63 ATGTTTCCTAAGGTACACATTCAATTATAATCTT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATAAACTT
165046 AAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAG
127 AAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAG
* * * *
165080 TNNNNNNNNNNGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAATGAGTT
1 T----------GCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCTCCTAATGAATGAGTT
* *
165145 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGTACACATTCAATTCTAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
56 TTCCTTCATGTTTCCTAAGGTACACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-
** * * *
165210 TATGCTTAAAATCAGTTCTGAGATTATAAAATCATTTAAA
120 TAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAA
165250 ACGGGTAATA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 20, Indels: 20
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
168 12 0.09
169 84 0.63
170 3 0.02
171 34 0.25
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
TGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCTCCTAATGAATGAGTTTTCCTTCATG
TTTCCTAAGGTACACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATAAACTTAAAA
TCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAG
Found at i:166224 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 165836--167226 Score: 829
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 171
165826 NTTACGATAT
** * * * *
165836 TATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAAGTTG-CTATAAAT-GAACTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAG-ACTTT
** * * * * * * *
165899 TCATGTC-AATGGATGGCTTTTGCTCCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTAT-T-TT
64 TC-TAACAAATGGATGGCTTTTGCTTCATATCTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATATT
* * * * * * *
165961 TAATAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCGATTATGAGAT
128 AAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAC
* *
166006 TATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACCATAAA-AGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTT
* * * * *
166070 CTAACAAATGGATAGCTTTTGCTTCATATCTCCTAAGGCAGAGATTCAATTATATTATATATTAA
65 CTAACAAATGGATGGCTTTTGCTTCATATCTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATATTAA
* *
166135 AT-AAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATAAGAC
130 ATAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAC
* **
166177 TATAAAACCGTTTAAATTGAGTAATAATGG-TTTCAAAGG-TATGAGTGACTATAAATAGACTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTT
** * ** *
166240 TCTCTCAAATAGATGGCTTTTGCTTCA-CGCT-TTATTAGGCAAACATTCAATTATAATCTAT-T
64 TCTAACAAATGGATGGCTTTTGCTTCATATCTCTTA--AGGCAAACATTCAATTATAATATATAT
* ** * * * *
166302 TTAACCAATAATATAAAAATATTCAACTAAAAATCAATTATGAGAT
127 TAAATAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAC
* * * * **
166348 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGCACGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
*** *** * * * * * * * *
166413 TTGTAAACAAATGGCATTTTTC-TCATAT-TTTTCGAGACAAACATTTAATTATAATCTGTA-TG
66 TAACAAATGGATGGC-TTTTGCTTCATATCTCTT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATATTA
* *
166475 AATGAAAAATATAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATAAGAC
129 AATAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGAC
* * * *
166519 TATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * ** * * ** *
166584 TAGTC-AATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTC-T---G-AAA-GTAGAATTATAATATAT-TTTA
66 TA-ACAAATGGATGGCTTTTGCTTCATATCTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATATTAA
** * * ** * *
166641 ACCAAAAATGTATGAAAATAGAACTTAAAATCAATTATGAGAT
130 ATAAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAC
* * ** * *** * * *
166684 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGAACAACTGTAAATGGGCTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
** * * * * * * * *
166749 TCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTGTAATATAT-TTTAA
66 TAACAAATGGATGGCTTTTGCTTCATATCTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATATTAAA
** * ** *
166813 CCAACAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
131 TAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAC
* ** *
166854 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAATCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
** * * * * ** * ** * *
166919 TTGCTAAT-GATTGACTTTTTCTTCGTCGCTCCT--GGCACAAACATTTTATTATAGTCTAT-TG
66 TAACAAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATATCTCTTAAGG--CAAACATTCAATTATAATATATAT-
* * * * * *
166980 T-AATGAGAGATATAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAA-AT
127 TAAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGAC
* ** * * *
167025 TATAAAACCATATAAAGATAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-AC-TTT
* * * * * * * * *
167089 TCCT--CCAATGGATGGCTTTCT-CTTCATGTTTTTTAAGGCAAACGTTCAATTATATTCTGTTT
64 T-CTAACAAATGGATGGCTTT-TGCTTCATATCTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATAT
* * * * * *
167151 TAAA-AATAACATA-AAAAAAATGAACTTAAAATCAATTATGATAT
127 TAAATAA-AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAC
*
167195 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
167227 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 212, Indels: 100
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 121 0.13
166 8 0.01
168 2 0.00
169 10 0.01
170 291 0.30
171 490 0.51
172 31 0.03
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
TAACAAATGGATGGCTTTTGCTTCATATCTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATATTAAA
TAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAC
Found at i:166524 original size:342 final size:334
Alignment explanation
Indices: 165848--166919 Score: 947
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 334
165838 TAAAATTATT
* * * *
165848 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAAGTTG-CTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGGA
1 TAAAGCGAGTAATAATGGTTTCAAAGGTATGAG-TGACTATAAATG-ACTTTTC-TGTCAATGGA
* * * * ** *
165912 TGGCTTTTGCTCCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTAT-TTTTAATAAAAAATGTAA
63 TGGCTTTTGCTTCACGTTT-TT-AGG-AAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAA
* * * ** *
165976 AAAAACTCAACTCAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCA
125 AAATA-TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
**
166041 AAGGCTTGAGTGACCATAAAAGGACTTTTCTAACAAATGGATAGCTTTTGCTTCATATCTCCTAA
189 AAGGCACGAGTGACCATAAAAGGACTTTTCTAACAAATGGATA--TTTTGCTTCATATCTCCTAA
* * * * *
166106 GGCAGAGATTCAATTATATTATATATTAAATAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTA
252 GACAAACATTCAATTATAATATATATTAAATAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTA
* *
166171 TAAGACTATAAAACCGTT
317 TAAGACTATAAAACCATA
** * *
166189 TAAATTGAGTAATAATGGTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATAGAT
1 TAAAGCGAGTAATAATGGTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTGTC-AATGGAT
* *
166254 GGCTTTTGCTTCACGCTTTATTAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATATAAA
64 GGCTTTTGCTTCACG-TTT-TTAGG-AAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAA
* *
166319 AATATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAA
126 AATA-TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
* **
166384 AGGCACGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGTAAACAAATGGCAT-TTTT-C-TCATAT-TTT
190 AGGCACGAGTGACCATAAA-AGGACTTTTC---T-AACAAATGG-ATATTTTGCTTCATATCTCC
* * * * *
166444 TCGAGACAAACATTTAATTATAATCTGTA-TGAATGAAAAATATAAAAA-ATTTTAACTTAAAAT
249 T-AAGACAAACATTCAATTATAATATATATTAAAT-AAAAATATAAAAACA-TTTAACTTAAAAT
*
166507 CAATTATAAGACTATAAAACTATA
311 CAATTATAAGACTATAAAACCATA
*
166531 TAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCT-TGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGG
1 TAAAGCGAGTAATAATGG-TTTCAAAGG-TATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT-GTCAATGG
* * * ** *
166594 GTGGCTTTTGCTTCACGTTTCT--GAAA-GTAGAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTATGA
62 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTAGGAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA--TATAA
* * * *
166656 AAATA-GAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGA
125 AAATATCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
* *** ** * * ** * * * *
166720 AGGCATGAACAACTGTAAATGGGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAG
190 AGGCACGAGTGACCATAAAAGGACTTTTCTAACAAATGGAT--ATTTTGCTTCATATCTCCTAAG
** * * * ** * * *
166785 GTAGACATTCAATTGTAATATATTTTAACCAACAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAC
253 ACAAACATTCAATTATAATATATATTAAATAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
166849 GAGATTATAAAACTATT
318 AAGACTATAAAACCATA
* *
166866 TAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAA-ATCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAGCGAGTAATAATGG-TTTCAAAGGT-ATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT
166920 TGCTAATGAT
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 99, Indels: 64
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
331 2 0.00
332 6 0.01
333 2 0.00
334 4 0.01
335 82 0.14
336 134 0.22
337 7 0.01
338 10 0.02
340 6 0.01
341 92 0.15
342 237 0.39
343 5 0.01
344 4 0.01
345 1 0.00
346 9 0.01
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (334 bp):
TAAAGCGAGTAATAATGGTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTGTCAATGGATGG
CTTTTGCTTCACGTTTTTAGGAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAATAT
CAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAC
GAGTGACCATAAAAGGACTTTTCTAACAAATGGATATTTTGCTTCATATCTCCTAAGACAAACAT
TCAATTATAATATATATTAAATAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTAT
AAAACCATA
Found at i:166997 original size:506 final size:512
Alignment explanation
Indices: 165966--167088 Score: 1254
Period size: 506 Copynumber: 2.2 Consensus size: 512
165956 ATTTTTAATA
* * * * * * * *
165966 AAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAAT
* *
166031 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACCATAAAAGGACTTTTCTAACAAATGGATAGCTTTTGCTTCA
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAACAAATGGATAGCTTTTGCTTCA
* * * **
166096 TATCTCCTAAGGCAGAGATTCAATTATATTATATATTAAATAAAAATATAAAAACATTTAACTTA
131 CATCTCCTAAAGCAGAGATT-AATTATATTATATATTAAACAAAAATATAAAAACATAGAACTTA
* * * * * ***
166161 AAATTAATTATAAGACTATAAAACCGTTTAAATTGAGTAATAATGGTTTCAAAGGTATGAGTGAC
195 AAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAACAAC
*
166226 TATAAATAGACTTTTCTCTCAAATAGATGGCTTTTGCTTCACGCTTTATTAGGCAAACATTCAAT
260 TATAAATAGACTTTTCTCTCAAATAGATGGCTTTTGCTTCACGCTTTATAAGGCAAACATTCAAT
* * *
166291 TATAATCTATTTTAACCAATAATATAAAAATATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
325 TATAATATATTTTAACCAACAATATAAAAATATTCAACTAAAAATCAATTACGAGATTATAAAAC
* * * *
166356 TATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGCACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTAAAC
390 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTAAAC
* * ** *
166421 AAATGGCATTTTTCTCATATTTTTCGAGACAAACATTTAATTATAATCTGTATGAATG
455 AAATGACATTTTTCTCATACTCCTCGAGACAAACATTTAATTATAATCTATATGAATG
* * *
166479 AAAAATATAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACTATATAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAAT
* * * *
166544 AAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTC-AATGGGTGGCTTTTGCTTC
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTA-ACAAATGGATAGCTTTTGCTTC
* * * * * * *
166608 ACGT-TTCTGAAAGTAGA-ATT-A-TA-A-TATATTTTAACCAAAAATGTATGAAA-ATAGAACT
130 ACATCTCCT-AAAGCAGAGATTAATTATATTATATATTAAACAAAAATATA-AAAACATAGAACT
* * **
166666 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GACTTTTGAAGGCATGAAC
193 TAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATG-CTTTCAAAGGCATGAAC
* * * * * * * * *
166730 AACTGTAAATGGGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGACATT
257 AACTATAAATAGACTTTTCTCTCAAATAGATGGCTTTTGCTTCACGCTTT-ATAAGGCAAACATT
* *
166794 CAATTGTAATATATTTTAACCAACAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
321 CAATTATAATATATTTTAACCAACAATATAAAAATATTCAACTAAAAATCAATTACGAGATTATA
* ** *
166858 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAATCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
386 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-
** * * * * *
166923 T-AATGATTGAC-TTTTTCTTCGTCGCTCCT-G-GCACAAACATTTTATTATAGTCTAT-TGTAA
450 TAAACAAATGACATTTTTC-TCAT-ACTCCTCGAG-ACAAACATTTAATTATAATCTATATG-AA
166983 TG
511 TG
* * * ** *
166985 AGAGATATAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAACCATATAAAGATAGCAA
1 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAA
* * *
167049 TAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
65 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
167089 TCCTCCAATG
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 89, Indels: 29
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
505 9 0.02
506 210 0.41
507 159 0.31
508 4 0.01
509 2 0.00
510 1 0.00
512 6 0.01
513 118 0.23
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (512 bp):
AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAACAAATGGATAGCTTTTGCTTCA
CATCTCCTAAAGCAGAGATTAATTATATTATATATTAAACAAAAATATAAAAACATAGAACTTAA
AATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAACAACT
ATAAATAGACTTTTCTCTCAAATAGATGGCTTTTGCTTCACGCTTTATAAGGCAAACATTCAATT
ATAATATATTTTAACCAACAATATAAAAATATTCAACTAAAAATCAATTACGAGATTATAAAACT
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTAAACA
AATGACATTTTTCTCATACTCCTCGAGACAAACATTTAATTATAATCTATATGAATG
Found at i:169961 original size:171 final size:165
Alignment explanation
Indices: 169599--170363 Score: 453
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 165
169589 NNNNNNNNNN
* * * *
169599 AGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-
*** * * * * * * *
169664 TTTTCCT-TTGATGGATTG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTATG-TATTCAATTATAGTCTG
65 TTTTCCTACCAATGGA-TGACTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGCA-GACATTCAATTATAAT-TT
* * *
169726 TTTTGATCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
127 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT---C--AAAATCAATTATG
********** *
169770 AGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
169835 TGTCCTACCAATGGATGACTTTTGCTTGACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATATTTTT
66 TTTCCTACCAATGGATGACTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAAT-TTTTT
* *****
169900 TAACCAAAAATGTAAAAACATTCANNNNNNNNNNAATTATG
130 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-----AAATCAATTATG
* * * * * *
169941 AGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTAAAAG-TAAGGGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * *
170005 TTTTCTTACCAAT-AAACAGCTTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTTTAATTTGT
65 TTTTCCTACCAATGGATGA-CTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATTT-T
* *****
170069 TCTAACCAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATG
128 TTTAACCAAAAATGTAAAAAA-----ATTCAAAATCAATTATG
** * * * *
170112 AGATTATAAAACCACCTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAATT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-C
* * * * *
170177 TTTTTCT-CCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATT
65 TTTTCCTACCAATGGATGACTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAAT-TTTT
*
170241 TTAACCGAAAATGTAAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
129 TTAACCAAAAATGT-AAAAAA-ATT---C--AAAATCAATTATG
********** * *
170285 AGANNNNNNNNNNATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
*
170350 TTTCCTGCCAATGG
66 TTTCCTACCAATGG
170364 TGTAACTACC
Statistics
Matches: 439, Mismatches: 128, Indels: 52
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
168 1 0.00
170 14 0.03
171 339 0.77
172 19 0.04
173 65 0.15
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (165 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCCTACCAATGGATGACTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATTTTTTT
AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAATCAATTATG
Found at i:179396 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 179219--179541 Score: 364
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
179209 AAAAGCAAAT
*
179219 ATTCAATTATAATCTAG-TTTAA-TGAACAAT-AAAAAAATTTCAACTTAAAAGTCAATTACGAG
1 ATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACT-AAAAATGAAAAAAATTTCAACTTAAAA-TCAATTACGAG
**
179281 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTCAAAAGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTT
63 ATTAT-AAATCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTCAAAAGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTT
179346 TCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTATCTCAAGGTAGGC
126 TCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTATCTCAAGGTAGGC
* ********* *
179390 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATTAGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
* * * * ** *
179455 TATAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TATAAATCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTCAAAAGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *
179520 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTC
130 GCCAATAAATGACTTTTTCTTC
179542 CTGTTTTAAC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 23, Indels: 9
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 46 0.37
171 52 0.42
172 16 0.13
173 11 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTCAATTATAATTAGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTACGAGATT
ATAAATCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTCAAAAGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTATCTCAAGGTAGGC
Found at i:180029 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 179849--180957 Score: 831
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
179839 TGAATTACGC
* * * * * * * * * *
179849 TTTCTTCATGGTTCCTGAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAATATGTAAAAACCT
1 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA-AT
* *
179914 ACAACTTAAAATCAACTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCT
65 ACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCT
* *
179979 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGGATGGTT
130 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAATGGTT
* *
180019 TTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACAATCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAA
1 TTT-CTTCACGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAA
* * ** * * * * ** *
180082 AAATTAGTTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAATACTTTTAAAG
63 ATA-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAG
* * * * * * *
180147 GCATGGGTGATTCTAAATAGACTTTTGCTGGCAATTAATGGCTT
127 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAATGG-TT
* ********** * * *
180191 TTTCTTCATGTTTCCTAAGNNNNNNNNNNAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAA
1 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA-AT
* *
180256 ATCAACTTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-T-G-AGTAA-------CAAGGC
65 A-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGGC
* *
180311 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCTAATGGATGGCTT
129 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAATGG-TT
*
180353 TTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATA-TTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
1 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAT
********** * * * * *
180417 NNNNNNNNNNATCAATTATGAGATTATAAAACTAGTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTAAAGG-T
65 ACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCT
* * * *
180481 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGCTGCTAACGAATGGCTT
130 -TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAATGG-TT
* *
180523 TTTCTTTACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
1 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAA-
* *
180588 TA-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACA-TTACAAG-TGAGTAATAAGGC-TTTCGAA
64 TACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCT-AGTAATAAGGCTTTTC-AA
* * * * **
180649 GTCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATAACTT
126 GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAAT-GGTT
* * * * * * * *
180694 TTGCTTCACAGTCTCCT-AGGTATACATTCAGTTATAATATATTCTAA-TAAAAAATGTAAAATA
1 TTTCTTCAC-GTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAA
** ** * * * *
180757 TTTAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATATGGCTTCTGAAAG
64 TACAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGG
* * * * * * *
180821 CATGGGTGACTGTAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATAGCTT
128 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAAT-GGTT
* * * * * * * * *
180864 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACGTTGAATTTTAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATT
1 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAATA
*
180928 CAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
66 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
180958 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 165, Indels: 75
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 29 0.04
161 16 0.02
162 71 0.10
163 4 0.01
169 60 0.08
170 202 0.27
171 302 0.41
172 53 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAATA
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTT
GAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAATGGTT
Found at i:180498 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 179849--180957 Score: 1017
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 332
179839 TGAATTACGC
* * * * * * * **
179849 TTTCTTCATGGTTCCTGAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAATATGTAAAAACCT
1 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAA
* * *
179914 A-CAACTTAAAATCAACTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTCAAGGC
66 ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-T-G-AGTAA------TCAAGGC
* * *
179978 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGCA
122 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCA
* *
180042 AACAATCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTAGTTTAAAATTAATTATGAG
186 AACATTCAATTATAATATA-TTTAAT-AAAAATATAAAAAAAATTAGTTTAAAATCAATTATGAG
* * *
180107 ATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGGGTGATTCTAAATAGACTTT
249 ATTATAAAACTAGTTAAAACAAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
**
180172 TGCTGGC-AATTAATGGCTT
314 TGCT-GCTAACGAATGGCTT
* **********
180191 TTTCTTCATGTTTCCTAAGNNNNNNNNNNAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAA
1 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAA
*
180256 ATCAACTTAAGATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-CAAGGCTTGAGTGAC
66 ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATCAAGGCTTGAGTGAC
*
180320 TATAAATAGACTTTTCCTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAT
131 TATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAT
*********
180385 TATAATATATTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATNNNNNNNNNNATCAATTATGAGATTATAAAAC
196 TATAATATATTTAA-TAAAAATATAAAAAAAAT-TAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
180449 TAGTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGCTGCTAAC
259 TAGTTAAAACAAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGCTGCTAAC
180514 GAATGGCTT
324 GAATGGCTT
* * *
180523 TTTCTTTACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATATAAAAA-AA
1 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAA
* * * * *
180587 TTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACA-TTACAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGT
66 ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGTGAG---TAA-----TC-AAGG
* * ** * *
180651 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTGCTTCACAGTCTCCT-AGGT
121 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTCCTAAGGC
* * * * * * *
180715 ATACATTCAGTTATAATATATTCTAATAAAAA-ATGTAAAATATTTAATCTAAAATCAATTATGA
185 AAACATTCAATTATAATATATT-TAATAAAAATAT-AAAAAAAATTAGTTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
180779 GATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAAT-ATGGCTTCTGAAA-GCATGGGTGACTGTAAATGGA
248 GATTATAAAACTAGTTAAA-ACAAGTAATAAT-ACTT-TTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
* * * *
180841 -TTTTTCTTGCCAATGAATAGCTT
310 CTTTTGC-TGCTAACGAATGGCTT
* * * * * * * *
180864 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACGTTGAATTTTAAT-TTTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AA
1 TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAA
* *
180926 TTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
66 ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
180958 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 107, Indels: 51
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
330 3 0.00
331 49 0.08
332 145 0.23
333 82 0.13
334 5 0.01
339 35 0.06
340 29 0.05
341 181 0.28
342 70 0.11
343 37 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (332 bp):
TTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAA
ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATCAAGGCTTGAGTGAC
TATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAT
TATAATATATTTAATAAAAATATAAAAAAAATTAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
GTTAAAACAAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGCTGCTAACGA
ATGGCTT
Found at i:183046 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 182585--183076 Score: 480
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
182575 NNNNNNNNNN
* * *
182585 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGATTTTGAAGGCTTGAGTAACTACAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAT-AATATTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATAG
* * * * *
182650 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACTTTCAATTATAATCTA
65 ACTTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATA
**
182715 TTTTAACCAACAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATT
129 TTTTAA-CAACAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAACAAATT
* * * * *
182757 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAAGT-TTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA-TATTTT-GAAGGCTTGAGTGACTACAAATA
* * * * * * * *
182821 GACTTTTCTAT-TCATTGAATGACTTTT-ATTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATAAT
64 GACTTTTCT-TCT-AATGGATGGCTTTTGCTTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * *
182884 ATATTTTAA-AA-AATGTAAAAGAAATTCAACTTAAAACAAATT
126 ATATTTTAACAACAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAACAAATT
* * * * *
182926 AT-AGCATTAT-AAACCTATTTAAAATGTGTAATAATACTTTTGAAGGCATAAGTGACTAGAAAT
1 ATGAG-ATTATAAAACC-ATTTAAAACGAGTAATAATA-TTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAAT
*
182989 AGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCTC-AGGCAGACATTCAATTATAAT
63 AGACTTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
**
183053 CA-ATTTTAACCAACTGTATAAAAA
126 -ATATTTTAA-CAACAATATAAAAA
183077 CATTTAACTT
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 48, Indels: 32
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.03
169 113 0.44
170 17 0.07
171 10 0.04
172 107 0.42
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATATTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATAGA
CTTTTCTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATT
TTAACAACAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAACAAATT
Found at i:183289 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 183113--183419 Score: 303
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
183103 NNNNNNNACT
* * * * **
183113 ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAATG-TATAGGTAACTATAAATTGAATTTTCTTGC-AAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTCAAAAGACATAGGTAACTATAAAGGGAATTTTCTTGCTAAT
* * * * * *
183176 GAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTATTAATAAAAAATG
65 GAATGACTTTCTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATGTATTAACAAAAAATG
183241 TAAAAAAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACC
130 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT----------ATTATAAAACC
* * *
183283 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTCAAAAGACATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCTAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTCAAAAGACATAGGTAACTATAAAGGGAATTTTCTTGCTAATG
* * * * * * *
183348 AATGGCTTTCTCTTTACGTTTCCTGATGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGT
66 AATGACTTTCTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATGTATTAACAAAAAATGT
183413 AAAAAAA
131 AAAAAAA
183420 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 22, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.05
170 44 0.39
171 63 0.56
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTCAAAAGACATAGGTAACTATAAAGGGAATTTTCTTGCTAATG
AATGACTTTCTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATGTATTAACAAAAAATGT
AAAAAAATTCAACTTAAAATATTATAAAACC
Found at i:183300 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 182590--183260 Score: 759
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 341
182580 NNNNNATGAG
* * *
182590 ATTATAAAACC-ATTTAAAACGAGTAATAAAGATTTTGAAGGCTTGAGTAACTACAAATGGACTT
1 ATTAT-AAACCTATTTAAAACGAGTAATAAAGATTTTGAAGGCATAAGTAACTACAAATAGACTT
* * *
182654 TTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACTTTCAATTATAATCTATTTT
65 TTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCAATTTT
*
182719 AACCAACAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
130 AACCAACAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * *
182784 GTCATAAGTTTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTATTCATTGAATGACTTTTA
195 GTAATAAGTCTTTCGAAAGCTTAGGTAACTATAAATAGAATTTTCTATGCAATGAATGACTTTTA
* * * *
182849 TTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAAAAAATGTAAAAGAAATTCAAC
260 TTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAATATATTATAAAAAATGTAAAAGAAATTCAAC
182914 TTAAAACAAATTATAGC
325 TTAAAACAAATTATAGC
* * * * *
182931 ATTATAAACCTATTTAAAATGTGTAATAATA-CTTTTGAAGGCATAAGTGACTAGAAATAGACTT
1 ATTATAAACCTATTTAAAACGAGTAATAA-AGATTTTGAAGGCATAAGTAACTACAAATAGACTT
* * *
182995 TTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCTC-AGGCAGACATTCAATTATAATCAATT
65 TTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCAATT
** * * * ********** *
183058 TTAACCAACTGTAT-AAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACTATTTAAAGC
128 TTAACCAACAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
183122 GAGTAATAA-TGCTTTCGAATG-TATAGGTAACTATAAATTGAATTTTCT-TGCAATGAATGACT
193 GAGTAATAAGT-CTTTCGAAAGCT-TAGGTAACTATAAATAGAATTTTCTATGCAATGAATGACT
* * *
183184 TTT-TCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTATTAATAAAAAATGTAAAA-A
256 TTTAT-TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAA--TATATT-ATAAAAAATGTAAAAGA
183247 AATTCAACTTAAAA
317 AATTCAACTTAAAA
183261 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 47, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 45 0.16
340 77 0.28
341 128 0.47
342 22 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
ATTATAAACCTATTTAAAACGAGTAATAAAGATTTTGAAGGCATAAGTAACTACAAATAGACTTT
TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCAATTTTA
ACCAACAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGTCTTTCGAAAGCTTAGGTAACTATAAATAGAATTTTCTATGCAATGAATGACTTTTAT
TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAATATATTATAAAAAATGTAAAAGAAATTCAACT
TAAAACAAATTATAGC
Found at i:186364 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 186314--186510 Score: 360
Period size: 73 Copynumber: 2.7 Consensus size: 73
186304 CTAGTAGTAG
186314 GCTCTTAGTCGACTAACCAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAATTTCT
1 GCTCTTAGTCGACTAACCAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAATTTCT
186379 GACAGCAA
66 GACAGCAA
186387 GCTCTTAGTCGACTAACCAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAATTTCT
1 GCTCTTAGTCGACTAACCAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAATTTCT
186452 GACAGCAA
66 GACAGCAA
* *
186460 GCTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTTGATTAAGT-GTTCTCTGTCTC
1 GCTCTTAGTCGACTAACCAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTT-TCTGTCTC
186511 CCAGCCTGTT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 2, Indels: 2
0.97 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
72 3 0.02
73 118 0.98
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (73 bp):
GCTCTTAGTCGACTAACCAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAATTTCT
GACAGCAA
Found at i:193740 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 193625--193762 Score: 222
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
193615 ACCTTTTGAG
* *
193625 TCATCTCCAAATGATACAGTGCCTCCCTTTTTCTTGTCCAACTAAGCAAATAATATTTCATTTCC
1 TCATCTCCAAATGATACAGTACCTCCCTTTTACTTGTCCAACTAAGCAAATAATATTTCATTTCC
193690 AA
66 AA
* ** *
193692 TCATCTCCAAATGATACGGTACCTCCCTTTTACTTGTCCAGTTGAGCAAATAATATTTCATTTCC
1 TCATCTCCAAATGATACAGTACCTCCCTTTTACTTGTCCAACTAAGCAAATAATATTTCATTTCC
193757 AA
66 AA
193759 TCAT
1 TCAT
193763 GTGTCTTGAG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 6, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 65 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.26, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (67 bp):
TCATCTCCAAATGATACAGTACCTCCCTTTTACTTGTCCAACTAAGCAAATAATATTTCATTTCC
AA
Found at i:194835 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 194827--194860 Score: 68
Period size: 3 Copynumber: 11.3 Consensus size: 3
194817 TTCTCTCTTA
194827 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT T
1 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT T
194861 TAAGTTCTAG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 31 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.32, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:199123 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 198717--202611 Score: 2134
Period size: 171 Copynumber: 22.9 Consensus size: 169
198707 NNNNNNNNNN
* * *
198717 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * ** * * **
198782 CAT-GAGTGA-TGACAAATAGACTTTTCTTTCGAATGGATAACTTCTACTTCACGTTTC-CTAAG
66 CATAG-GTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAG
* ********** *
198844 GCAAACANNNNNNNNNNATCTATTTTAACCAACAATATAAAAA
128 G-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * * **********
198887 CATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTNNNNNNNNNNTCAAAG
1 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * **
198952 GCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATAACTTTTTCTTCATATTTCTCAAGTG
65 GCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAG-G
* * *
199017 AAACATTCAATTATAATCTATCTTAACCACAAATATAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * *
199058 TATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGACTTTCAAAG
1 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * *
199123 GC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAG
65 GCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTCAAG
* * * * *
199187 AAAACTTTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA
128 GAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * * * * *
199229 AATCAAACTGAAAATCAATTATAAAATTATAAAATCACTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCAAAG
1 ATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * ** * * * * *
199294 GTATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTATTAGTGAGTGACTTGTTCTTC-TCGTTTCTCAAA
65 GCATAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-ATTTCTC-AA
** * * * *
199357 ATAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAAACA
127 GGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAA-A
* * * * *
199402 ATTCAACTTAAAATCAAGTAGGAAATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGAG-TGTT-AAA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCT-TTCAAA
* * * * * * * *
199465 GGC-TTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTCTGCTTCCTATTTCCTGAA
64 GGCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTCAA
** * * * ** *
199529 ATAGACATTGAATTATATTATATTTTAACTGAAAATACAAAACA
127 GGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-A
* ** ** * *
199573 ATTCAACTTGAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATCGAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * ** **
199638 AATAAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTA
66 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGG-A
* * *
199702 GACATTCAAATATAATCTAATTTAGCCAAAAATATAAAAA
130 GACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA
* **** * *
199742 ACTTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAATTTGTTTCAAA-CGGGTGATAAGGCTTTCAAA
1 A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * * * *
199806 GGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAAG
64 GGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATA-TTTCTCAAG
* * * * * *
199871 TAGACATTTAATAATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAGA
128 GAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-A
* * *****
199914 ATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTA-CAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTNNNNNN
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CAAAG
***** * * *
199977 NNNNGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGAC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAAGT
65 GCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGG
* * * * * *
200041 AGACATTCAACTATCATATGTTTTAACTAAAAATTTAAACAA
129 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA-AA
* * * * * ** *
200083 ATTAAACTTAAAATTAATTATGACATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAATACTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* *** * * * * * * * *
200148 TATCA-ACAACTGTAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CTGAG
66 CAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAG
* *
200210 ACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAA
128 -GAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
********** ** *
200254 ANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCCTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * **
200319 -ATTGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTACTTCATGGTTC-CTAATG
66 CATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC-AA-G
* * * ** *
200382 TAGACATTCAGTTATAATCTGTTCAAACCACAAATGGA-AAAAA
128 GAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT--ATAAAAA
* ** * * * ** **
200425 ATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAACAAGAAATAAAACTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * *
200490 CATGGGTGACTATAAATGGACTCTTCTTGCTAATGAATGGATTTTTCTTCAGATTTC-CTGAGGC
66 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGG-
** * *
200554 AGACAAACAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT--AAAAA
* * * * *
200597 ATTCAACTTAAAAT-AGATTATGAGATTCTAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
** * * * * * *
200661 G-AGCGAGCGACTATAAATATATTTTTCTCACTAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTGC-CAAG
65 GCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTCAAG
* * * ** *
200724 GAAAACATTCAAATATAACCCCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
128 G-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
* * ** ** * *
200768 ATTCAACTTGAGATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGC
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * *
200833 CTTAAGTGACTATAAATGAAAC-TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAAGT
66 CATAGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTC-TCAAGG
* * *
200897 AGGCATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
* * * * * *
200939 AGTT-AGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAATGCTTTTCGAA
1 A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAA
** * * * * * * * *
201003 GAAAT-GAGTGACAATAAATGGACTTTCCTCT-CGAATGGATGG-TTTTTGCTTCATGTTTTTTT
64 GGCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTT-CTTCAT-ATTTCTC
* * *
201065 AAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAA
125 AAGGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
** * * * * *
201111 ATTGGACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAAG-AATAAGGCTTTTAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * ** * * *
201175 ACAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATAAATGGC-TTGTCTTCACATTTCTCAAGG
65 GCATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGG
* * *
201238 CA-AGCATTCAGTTATAATCTGTTTTAACTC-AAAATGTAAAAA
129 -AGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAAAAATATAAAAA
********** * ** *
201280 TATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * ** * * * * * *
201345 GTAT-GAGTTATTGCAAGTAGACTTTTCTCT-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA
65 GCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTCAA
* * *
201408 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAACAATATCAAAAA
127 GGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
* * * * * * *
201452 ATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCAAATTATAATGCTTTCAAATG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * ** * * *
201517 CAT-GAGTGAATAAAAATAGACTTTTCTCT-TCAATGGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCTCATGG
66 CATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGG
** *
201580 TAGACATTCAATTATAAT-T-TTTTAAATAAAAATGTAAAATA
129 -AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-A
* * * * ** **
201621 ATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAACAATACTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * *
201686 CATGGGTGACTATAAAT-GATTTTTTTTCTCCAATTGAA-GACTTTTGCTTCATATTTC-CTGAG
66 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAG
* * * *********
201748 ATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACNNNNNNNNNNAAAAA
128 -GAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAAAAATATAAAAA
* * *
201792 ATTCAACTTAAAATCAATTATCG-GATTATATAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGGC-TT-----
1 ATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * *
201850 G-A-A--TGAAC-ATAAAT-GAACTTTTTTTGCCAAT-AGGTGGCTTTTGCTTCACATTTATTGA
65 GCATAGGTG-ACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTCA
* * * *
201908 AGCAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAA
126 AGGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAA
* * * *
201953 ATTCAACTGACAATCAATTGTGAGATTAT---A--A-TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * * *
202012 CATGGGTGACTACAAATGGGCTTTTCTCACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTGAAGCAA
66 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGAG
* **
202077 ACATTCAATTACAATCCGTTTTAACC-AAAATATAAAAA
131 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA
********** * ** *
202115 ATTTCAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * *
202180 GCATTGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTC-AGA
65 GCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTC-TCAAG-
* * * * *
202244 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAACAATATAAAACA
128 GAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-A
********** * * * * *
202287 ATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAATGCTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
** * ** *
202352 CATTA-GTGACTATAAAT-GAACTTTTCTCT-CCAATGAATGGCTTTAGCTCCACGTTTC-CTGA
66 CA-TAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTC-AA
* * ** * *
202413 GGTAAACATTCAATTACAATCTATTTTAAGTAACAATACAAAAAA
127 GG-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAAAA
* * * * * **
202458 ATTTAATTTAAAATCAATTATGATGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTTGAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * *
202523 GTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCGTTACCAATGAATCGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
65 GCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGG
* * *
202587 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTT
129 -AGACATTCAATTATAATCTATTTT
202612 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2855, Mismatches: 730, Indels: 277
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
155 18 0.01
156 3 0.00
158 1 0.00
159 1 0.00
160 2 0.00
161 83 0.03
162 19 0.01
163 26 0.01
164 32 0.01
165 36 0.01
166 2 0.00
167 1 0.00
168 18 0.01
169 284 0.10
170 385 0.13
171 1382 0.48
172 540 0.19
173 22 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGAG
ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA
Found at i:199545 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 198946--202581 Score: 2154
Period size: 343 Copynumber: 10.7 Consensus size: 339
198936 NNNNNNNNNN
* * * * *
198946 TCAAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATAACTTTTTCTTCATATTTCT
1 TCAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGAC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * *
199011 C-AAGTGAAACATTCAATTATAATCTATCTTAACCACAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCA
64 CAAAGT-AGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * ** *
199075 ATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
128 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * *
199140 TGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAGAAAACTTTCAATTATAA
193 TGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAAA-TAGACATTCAATTATAA
* * * *
199204 TATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCAAACTGAAAATCAATTATAAAATTATAAAATCACTT
257 TATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATC-AACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*
199269 AAAGCCAGTAATAAGGCTT
321 AAAGCAAGTAATAAGGCTT
** * *
199288 TCAAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTATTAGTGAGTGACTTGTTCTTC-TCGTTT
1 TCAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGACTT-TTCTTCAT-GTTT
* * *
199351 CTCAAAATAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAAT
62 CTCAAAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* * * * *
199416 CAAGTAGGAAATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGAGTGTT-AAAGGCTTGAGTGAATAT
126 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACT-TTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * * *
199480 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTCTGCTTCCTATTTCCTGAAATAGACATTGAATTAT
190 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAAATAGACATTCAATTAT
* * * * **
199545 ATTATATTTTAACTGAAAATACAAAACAATTCAACTTG-AAATTGATTATGAGATTATAAAACCA
255 AATATATTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATCAAC-TGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
**
199609 TCGAAAGCAAGTAATAAGGCTT
318 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* ** * * * *
199631 TCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATATTTCT
1 TCAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTCTTCATGTTTCT
** * * * * * *
199695 TGAGGTAGACATTCAAATATAATCTAATTTAGCCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTGAAATCAA
64 CAAAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** * * * * *
199760 TTATGAGATTATAAATTTGTTTCAAACGGGTGATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAAT
129 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * *
199825 AGACTTTTCTTGCCAGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCT-AAAGTAGACATTTAATAATAAT
194 GGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAAA-TAGACATTCAATTATAAT
* * * * *
199889 ATATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTA-CAAACCATTT
258 ATATTTTAACT-AAAAATATAAAA-AAATCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*
199952 AAAGCGAGTAATAAGG-TT
321 AAAGCAAGTAATAAGGCTT
********
199970 TNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTCT
1 T--CAAAGGATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * * * *
200035 CAAAGTAGACATTCAACTATCATATGTTTTAACTAAAAATTTAAACAAATTAAACTTAAAATTAA
64 CAAAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *** *
200100 TTATGACATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAATACTTTCGAAGG-TATCAACAACTGTAAA
129 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAA
* * * * * *
200164 TGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTGAGACAGACATTCAATTATAA
193 TGGACTTTTCT-TACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAAATAGACATTCAATTATAA
* * * *********
200228 TCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
257 TATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*** *
200293 AAAATGAGTAATAAGGCCT
321 AAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * *
200312 TCAAAGGATTGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTACTTCATGGTTC-
1 TCAAAGGA-TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTT-CTTCATGTTTCT
* ** * ** * * *
200376 CTAATGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTCAAACCACAAATGGAAAAAAATTCAACTTAAAATCT
64 C-AAAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * ** * *
200441 ATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAACAAGAAATAAAACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
128 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * *** **
200506 TGGACTCTTCTTGCTAATGAATGGA-TTTTTCTTCAGATTTCCTGAGGCAGACAAACAATTATAA
193 TGGACTTTTCTTACCAATGGAT-GACTTTTGCTTCATATTTCCTGAAATAGACATTCAATTATAA
* * * * * *
200570 TCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AGATTATGAGATTCTAAAATCGT
257 TATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAA-TCAACTGAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCAT
*
200634 TTAAAGCAAGTAATTAGGCTT
319 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * * ** *
200655 TCAAAGGA-GCGAGCGACTATAAATATATTTTTCTCACTAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTG
1 TCAAAGGATG-G-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GACTTTTCTTCATGTTT-
* * * * ** * *
200719 C-CAAGGAAAACATTCAAATATAACCCCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAGATC
62 CTCAAAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
** * * * * * *
200783 AATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCTTAAGTGACTATAA
127 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * *
200848 ATGAAAC-TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAAGTAGGCATTCAATTATA
192 ATG-GACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAAATAGACATTCAATTATA
* * * *
200912 ATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAGTTAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
256 ATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * *
200977 TAAAGTGAGTAAAAATGCTTT
320 TAAAGCAAGTAATAAGGC-TT
* * * * * * * * ** *
200998 TCGAAGAAATGAGTGACAATAAATGGACTTTCCTCT-CGAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTT
1 TCAAAG-GATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGAATGACTTTT-CTTCATGTTTC
** * * * * * **
201062 TTTAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTGGACTTAAAATCA
63 TCAAAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * ** * * * *
201127 ATTACGAGATTACAAAA-CTATTTAAAGTGAAG-AATAAGGCTTTTAAAGACATG-GATGACTAT
128 ATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAACG-AGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAG-TGACTAT
* ** ** * * * * *
201189 AAATGGACTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTGT-CTTCACATTT-CTCAAGGCA-AG-CATTCAGT
190 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAA---ATAGACATTCAAT
* * * * * * ********** *
201250 TATAATCTGTTTTAACTCAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAAT
252 TATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
***
201315 CATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
316 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * ** * * * *
201339 TCGAAGGTATGAGTTATTGCAAGTAGACTTTTCTCT-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
1 TCAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAATGAATGACTTTT-CTTCATGTTTC
* * * * * *
201403 -CTAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAACAATATCAAAAAATGCAACTTAAAATC
63 TC-AAAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * * * * *
201467 AATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCAAATTATAATG-CTTTCAAATGCATGAGTGAATAAA
127 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAA-GACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA
* * * * * * *
201531 AATAGACTTTTCTCT-TCAATGGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCTCATG--GTAGACATTCAATT
191 AATGGACTTTTCT-TACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTC-C-TGAAATAGACATTCAATT
* * * * * *
201593 ATAAT-T-TTTTAAATAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAGCC
253 ATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * **
201656 ATTTAAAGTGAGTAACAATACTT
317 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
** * * * *
201679 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GATTTTTTTTCTCCAATTGAA-GACTTTTGCTTCATATTT
1 TCAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACCAA-TGAATGACTTTT-CTTCATGTTT
** * * * **********
201742 C-CTGAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACNNNNNNNNNNAAAAAATTCAACTTAAAAT
62 CTCAAAG-TAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
201806 CAATTATCG-GATTATATAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGGC-TT-GAA----TGA---AC-AT
126 CAATTAT-GAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * * * * ** **
201860 AAATGAACTTTTTTTGCCAATAGG-TGGCTTTTGCTTCACATTTATTGAAGCAGACATTCAATTA
190 AAATGGACTTTTCTTACCAAT-GGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAAATAGACATTCAATTA
* * *
201924 CAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAACTGACAATCAATTGTGAGATTAT---A--
254 TAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAA-TCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
201983 A-TTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
317 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
202005 TCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGGCTTTTCTCACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCT
1 TCAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGAC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * ** * *
202070 -GAAGCAAACATTCAATTACAATCCGTTTTAACC-AAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAA
64 CAAAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
********** * * * *
202133 TTATGA-NNNNNNNNNNCTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTCACTATAA
129 TTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGC-TTGAGTGACTATAA
* * * * * * * * *
202196 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGACAAACATTCAATTATAA
192 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAAATAGACATTCAATTATAA
* * * ********** *
202261 TATATTTTAACTAACAATATAAAACAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTACAAAACCATTT
257 TATATTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
202326 AAAGCAAGAAATAATGCTT
321 AAAGCAAGTAATAAGGCTT
* ** * * * *
202345 TCGAAGGCATTAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTCT-CCAATGAATGGCTTTAGCTCCACGTTT
1 TCAAAGG-ATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TACCAATGAATGACTTT-TCTTCATGTTT
* * * * * ** * ** * *
202408 C-CTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTTAAGTAACAATACAAAAAAATTTAATTTAAAAT
62 CTC-AAAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ** *
202472 CAATTATGATGATTATAAAA-CTATTTAAAGCTAGTAATAATG-CTTTTGAAGG-TATGGGTGAC
126 CAATTATGA-GATTATAAAATC-ATTTAAAACGAGTAATAA-GACTTTCAAAGGCT-TGAGTGAC
* * *
202534 TATAAATGGAC-TTTCGTTACCAATGAATCG-CTTTTTCTTCATGTTTCC
187 TATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGGAT-GACTTTTGCTTCATATTTCC
202582 CAAGGCAAAC
Statistics
Matches: 2542, Mismatches: 630, Indels: 243
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
323 2 0.00
324 42 0.02
325 29 0.01
326 59 0.02
327 11 0.00
328 2 0.00
329 1 0.00
330 48 0.02
331 9 0.00
332 40 0.02
333 3 0.00
334 92 0.04
335 3 0.00
337 1 0.00
338 3 0.00
339 23 0.01
340 477 0.19
341 455 0.18
342 524 0.21
343 688 0.27
344 28 0.01
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
TCAAAGGATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTCTTCATGTTTCTCA
AAGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATATTTCCTGAAATAGACATTCAATTATAATATA
TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
AAGTAATAAGGCTT
Found at i:202207 original size:169 final size:161
Alignment explanation
Indices: 201887--202298 Score: 375
Period size: 169 Copynumber: 2.5 Consensus size: 161
201877 CAATAGGTGG
* * * * * * *
201887 CTTTTGCTTCACATTTATTGAAG-CAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATATAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTT-CTGAAGACAAACATTCAATTACAATACATTTTAACCAACAATATAAAA
* * * * * *
201951 AAATTCAACTGACAATCAATTGTGA-GATTATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
65 CAATTCAACTTAAAATCAATTATGACTATT-TAA--AATG--AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
* * *
202015 GGGTGACTACAAATGGGCTTTTCTCACCAATGAATGG
125 GGGTCACTACAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGA
* *
202052 CTTTTTCTTCATATTTCTGAAG-CAAACATTCAATTACAATCCGTTTTAACCAA-AATATAAAA-
1 CTTTTTCTTCATATTTCTGAAGACAAACATTCAATTACAATACATTTTAACCAACAATATAAAAC
*
202114 AATTTCAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAA
66 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA----------CTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * **
202179 GGCATTGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
120 GGCATGGGTCACTACAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGA
* ** * * *
202221 CTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAACAATATAAAAC
1 CTTTTTCTTCATATTTCTGAAGACAAACATTCAATTACAATACATTTTAACCAACAATATAAAAC
202286 AATTCAACTTAAA
66 AATTCAACTTAAA
202299 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 29, Indels: 24
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.01
163 28 0.14
164 31 0.15
165 14 0.07
169 71 0.35
170 26 0.13
171 23 0.11
172 2 0.01
173 3 0.01
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
CTTTTTCTTCATATTTCTGAAGACAAACATTCAATTACAATACATTTTAACCAACAATATAAAAC
AATTCAACTTAAAATCAATTATGACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTCA
CTACAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGA
Found at i:203654 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 202999--203761 Score: 851
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
202989 TGTTACATAA
* ** *
202999 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
203064 TGGATAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCTAAGGCAGAC
66 TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTAAAGCAAAC
* * * **
203129 ACTTAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATT
131 ACTTAATTATAATCTATTTCAACCAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
203194 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGATGATTATAAATAGACTTTTCT
196 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTCT
* * *** * *
203259 TGCTAATGAATGGTTTTTTTTTCACGATTCTCAAAGTAGATATTCAAATATAATCCGTTTTAACC
261 TGCCAATGAATGGCTTTCGCTTCACGATTCTCAAAGTAGACATTCAAATATAATCCATTTTAACC
* *
203324 AAAAATATAAAACACT
326 AAAAATATAAAAAAAT
* * * * * *
203340 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTACTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * *
203405 TGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCTAAAGTAAA
66 TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTAAAGCAAA
* * * * * *
203470 CA-TTCAGTTATATTGTATTTCAA-CAAAAAGGGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGGG
130 CACTT-AATTATAATCTATTTCAACCAAAAA-GGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
203533 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAAGAATGCTTTC-AAAGGCATA-AGTGACTATAAATGGAC
193 ATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAAGAAGGCTTTCGAAA-GAATAGA-TGACTATAAATAGAC
* * * *
203595 TTTTCTCT-CCAATGAATGGCTTTCGCTTCATG-TTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
255 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTCGCTTCACGATTCTC-AAAGTAGACATTCAAATATAATCCA
* **
203657 TTTTAACTAGTAATATAAAAAAAT
318 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
* * ** * *
203681 TCAACTTAAAATTAGTTACAAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGC
*
203745 ATGGCTGACTATAAATG
65 ATGGATGACTATAAATG
203762 TAACGACCTC
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 66, Indels: 18
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 219 0.63
342 120 0.35
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTAAAGCAAAC
ACTTAATTATAATCTATTTCAACCAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTCT
TGCCAATGAATGGCTTTCGCTTCACGATTCTCAAAGTAGACATTCAAATATAATCCATTTTAACC
AAAAATATAAAAAAAT
Found at i:203713 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 202999--203761 Score: 797
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
202989 TGTTACATAA
* *
202999 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
* * * * * *
203064 TGGATAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-GGTTTCTAAGGCAGA
66 TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGATTCCTAAAGTAGA
* * *
203128 CACTT-AATTATAATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAGAAT
131 CA-TTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATATAAAAAAAT
** * *
203169 TCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGC
* * * * ** *
203233 ATGGATGATTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTTTTTCACGATT-CTCAAAGTA
65 ATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGATTCCT-AAAGTA
* * ** * * *
203297 GATATTCAAATATAATCCGTTTTAACCAAAAATATAAAACACT
129 GACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * ** *
203340 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTACTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
* * * *
203405 TGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-TCGTTTCCTAAAGTAA
66 TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-GATTCCTAAAGTAG
* * * **
203469 ACATTCAGTTATATTGTATTTCAA-CAAAAAGGGTAAAAAAAT
130 ACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAA-TATAAAAAAAT
* * * * * *
203511 TTAATTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAGAATGCTTTCAAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
* * *
203576 T-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGAATGGCTTTCGCTTCATG-TTCCTAAGGTA
66 TGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGATTCCTAAAGTA
* * **
203638 GACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAGTAATATAAAAAAAT
129 GACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATATAAAAAAAT
* * ** * * *
203681 TCAACTTAAAATTAGTTACAAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
*
203746 TGGCTGACTATAAATG
66 TGGATGACTATAAATG
203762 TAACGACCTC
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 96, Indels: 26
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 217 0.45
171 263 0.54
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGATTCCTAAAGTAGA
CATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAATATAAAAAAAT
Found at i:204881 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 204828--204885 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
204818 TATATCACTT
*
204828 ATGGCCTAGCCACATATATCAACCC
1 ATGGCCTAGCCACATATATCAAACC
*
204853 ATGGCCTTGCCACATATATCACAGACC
1 ATGGCCTAGCCACATATATCA-A-ACC
204880 ATGGCC
1 ATGGCC
204886 CCAGCCATGT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 20 0.69
26 1 0.03
27 8 0.28
ACGTcount: A:0.29, C:0.34, G:0.16, T:0.21
Consensus pattern (25 bp):
ATGGCCTAGCCACATATATCAAACC
Found at i:206120 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 206107--206157 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 6.4 Consensus size: 8
206097 TTCTTCCTCT
206107 TTTCTTCC
1 TTTCTTCC
*
206115 TTTCTTTC
1 TTTCTTCC
*
206123 TTTGCTACC
1 TTT-CTTCC
*
206132 TTTC-TCA
1 TTTCTTCC
*
206139 TTTCTTTC
1 TTTCTTCC
206147 TTTCTTCC
1 TTTCTTCC
206155 TTT
1 TTT
206158 GCTGCCTAGC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 8, Indels: 4
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
7 5 0.15
8 22 0.67
9 6 0.18
ACGTcount: A:0.04, C:0.29, G:0.02, T:0.65
Consensus pattern (8 bp):
TTTCTTCC
Found at i:208003 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 207826--208887 Score: 767
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 169
207816 NNNNNNNNNN
* * * *
207826 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAGTATAAATAGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAC
* * * *
207891 CTTTCTCGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGATAGACAATCAATTATAATATATT
66 TTTTCTCGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATG-TTTTCAAGACAGACATTCAATTATAATATATT
* *
207956 TTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATTAATTAT
130 TTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
********** * *
207997 GAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GAA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAG-A
* ** * * * * *
208061 CTTTTCTC-TCTAATGAATGGCTTTTGCATCACATTTCTCAAGAGAGATATTAAATGATAATATG
65 CTTTTCTCGTC-AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCAAGACAGACATTCAATTATAATATA
*
208125 TTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-
128 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
208167 GAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATATTAAGGCTTGT-GAAGGTATGGGTTACTATAATTTG
1 G-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAG
* * * * * * * * ** * *
208231 ACATTTCTTGCCAATGAATGTCTTTCT-CTTTATGTTTCCTGAGGCAGATGTTTAATTATAATCT
64 ACTTTTCTCGTCAATGAATGGCTTT-TGCTTCATGTTTTC-AAGACAGACATTCAATTATAATAT
* **
208295 ACTTTAACTTAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
127 ATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
********** * * * * *
208339 GAGATTATAANNNNNNNNNNAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATACAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAC
* * * * *
208404 TTTTC-C-TGCAAATAAATGG-TGTTGCTTCATG-TTTCCAGAAGCATACATTCAATTATAATCT
66 TTTTCTCGT-C-AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAG-A-CAGACATTCAATTATAATAT
* * *
208465 ATTTTAACTAAAAAAGTAAAAACATTCAACTTGAAATCAATTAT
127 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * **
208509 AAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAAGTTTGAGTGACTATAAAT-GTA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAG-A
* * * * * * * *
208573 ATTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCTCGAGGCAGATATTCAATTATAATATAT
65 CTTTTCTCGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCAAGACAGACATTCAATTATAATATAT
* * * *
208638 TTTAACTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAGTTAT
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * * * * * * * * *
208680 GAGATTGGAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAATTATAAATAGAA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAC
*** * * * * * * ***
208745 TTTTCTTACCAATGATTAGTTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAAATATAATCCGTT
66 TTTTCTCGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-AAGACAGACATTCAATTATAATATATT
*
208810 TTAACCAAAATTGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
130 TTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
208851 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTT
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
208888 ATGAACGTCT
Statistics
Matches: 680, Mismatches: 184, Indels: 54
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 9 0.01
170 126 0.19
171 523 0.77
172 16 0.02
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAC
TTTTCTCGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAATATATTT
TAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
Found at i:208618 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 207827--208685 Score: 842
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 334
207817 NNNNNNNNNG
* *
207827 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAGTATAAATAG-AC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAAGTTTGAGTGACTATAAAT-GTA-
* * * * * ** * *
207891 CTTTCTCGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGATAGACAATCAATTATAATATATT
64 ATTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCGAGGCAGATATTCAATTATAATATATT
* * ***
207956 TTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCG
129 TTAACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-------TAATAAAGCG
* * * *
208021 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCTAATGAATGGCTTTT
187 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCAAATAAATGGCTGTT
*
208086 GCATCACATTTCTCAAGAGAGATATTAAATGATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTC
252 GCATCACATTTCTCAAGAGAGATATTAAATGATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTC
208151 AACTTAAAATCAATTAGA
317 AACTTAAAATCAATTAGA
* * * * * * * * *
208169 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATATTAAGGCTTGT-GAAGGTATGGGTTACTAT-AATTTGA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTT-TCGAAAGTTTGAGTGACTATAAATGT-A
* * * * * *
208232 CATTTCTTGCCAATGAATGTCTTTCT-CTTTATGTTTC-CTGAGGCAGATGTTTAATTATAATCT
64 -ATTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-TGCTTTATGTTTCTC-GAGGCAGATATTCAATTATAATAT
* * * ***
208295 ACTTTAACTTAAAATGTGAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNN
126 ATTTTAACTAAAAATGT-AAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-------TAA
* * *
208359 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-ACACTTTTC-CTGCAAATAAATG
183 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTCT-CAAATAAATG
* ** * * * *
208422 G-TGTTGCTTCATGTTTC-C-AGA-AGCATACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAGTA
246 GCTGTTGCATCACATTTCTCAAGAGAG-AT--ATTAAATGATAATATATTTTAACCAAAAAAGTA
* * *
208483 AAAACATTCAACTTGAAATCAATTATA
308 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGA
* *
208510 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAAGTTTGAGTGACTATAAATGTAAT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAAGTTTGAGTGACTATAAATGTAA-
*
208575 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCTCGAGGCAGATATTCAATTATAATATATTT
65 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCGAGGCAGATATTCAATTATAATATATTT
* *
208640 TAACTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATT
130 TAACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
208686 GGAAAATCAT
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 78, Indels: 49
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 5 0.01
340 9 0.02
341 205 0.49
342 187 0.45
343 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAAGTTTGAGTGACTATAAATGTAAT
TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCGAGGCAGATATTCAATTATAATATATTTT
AACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCAAATAAATGGCTGTTGCATCACAT
TTCTCAAGAGAGATATTAAATGATAATATATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTAGA
Found at i:208922 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 207544--208933 Score: 757
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 169
207534 TTACAAAAAA
* * * *
207544 TGAACTTTTCTTGCCAATAAATAACTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAA-GAAGATATTC-ATATAT
1 TGAACTTTTCTTGCCAATGAAT--GTTTTTGCTTCATGTTTC-CAAAGGCAGACATTCAAT-TAT
* *** * ** **
207606 AATTTGCATTAACAAAAAATGTAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCNN
62 AATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
******** * * * *
207671 NNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAA
126 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAT
** * * * ** * * *
207715 TGGGCTTTTGTTGCCAAAGAATAGTATTTT-CTTCATGGTTCTC-GCGGTAGATATTCAATCATA
1 TGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GT-TTTTGCTTCATGTTTC-CAAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * **********
207778 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTTAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACCATT
63 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * *
207843 TAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAAAGCT-TGAGTGAGTATAAA
127 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATGGGTGACTATAAT
* * * * * * ** *
207886 T-AGACCTTTCTCGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTC-AAGATAGACAATCAATTATA
1 TGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTTTTTGCTTCATG-TTTCCAAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * **********
207949 ATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTANNNNNNNNNN
63 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
208014 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
127 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAT
* * * ** * * *
208057 TGAACTTTTCTCT-CTAATGAATGGCTTTTGCATCACATTTCTC-AAGAG-AGATATTAAATGAT
1 TGAACTTTTCT-TGCCAATGAAT-GTTTTTGCTTCATGTTTC-CAAAG-GCAGACATTCAATTAT
* * * *
208119 AATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATAAAACCA
62 AATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCA
* * * *
208183 TTTAAAGCGAATATTAAGGCTTGTGAAGGTATGGGTTACTATAATT
125 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA-T
* * ** ** *
208229 TG-ACATTTCTTGCCAATGAATGTCTTTCT-CTTTATGTTTCCTGAGGCAGATGTTTAATTATAA
1 TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGT-TTT-TGCTTCATGTTTCCAAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * ********
208292 TCTACTTTAACTTAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNN
64 TCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * * *
208357 NNAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
128 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAT
* * * * * *
208399 T-ACACTTTTCCTGCAAATAAATGGTGTTGCTTCATGTTTCCAGAA-GCATACATTCAATTATAA
1 TGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTGCTTCATGTTTCCA-AAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * *
208462 TCTATTTTAACTAAAAAAGTAAAAACATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTT
64 TCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * ** * * * *
208527 AAAGTGAGTAATAGGGCTTTCAAAAGTTTGAGTGACTATAAA
128 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAT
* * * * * * *
208569 TGTAA-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCTC-GAGGCAGATATTCAATTATA
1 TG-AACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTTTTTGCTTCATGTTTC-CAAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * ** *
208632 ATATATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTGGAAAATCATT
63 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
208697 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAATTATAAAT
127 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTAT-AAT
* * * * * *
208741 AGAA-TTTTCTTACCAATGATTAGTTTTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATTCAAATATAAT
1 TGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTTTTTGCTTCATGTTTCCAAAGGCAGACATTCAATTATAAT
** * * *
208805 CCGTTTTAACCAAAATTGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
65 CTATTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
208870 AAGCGAGTATTAAGGCTTATGAACGTCTAGGTGAATATAAT
129 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAT
**
208911 TGAACTTTTCTTATCAATGAATG
1 TGAACTTTTCTTGCCAATGAATG
208934 CCTTTTTCTT
Statistics
Matches: 912, Mismatches: 270, Indels: 75
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 149 0.16
171 733 0.80
172 24 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTGCTTCATGTTTCCAAAGGCAGACATTCAATTATAATC
TATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAT
Found at i:210177 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 209863--210605 Score: 479
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 168
209853 NNNNNNNNNN
* * * * *
209863 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCT-TTC
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATGC
* * * * * * *
209927 G-AAGCCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTCTCTAATGAATGGT-TTTTGCT-TCACGTTTA
66 GAAAG---TGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTCCCCAATAAATGATGTTTT-CTGT-ACGTTT-
* * * * * * *
209989 TC-AAGATAAACTTTTAATTATAGTATGTTTTAACCAAAATATA
125 CCAAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAATGTA
* *
210032 AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAG-TCCATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCT-T
1 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-CATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTAT
* *
210095 GCGAAAGTAGAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-GCCAATAAAT-ATCGTTTTCTTTACGTTT
64 GCGAAAGT-G-GGTGACTATAAATGAACTTTT-TTCCCCAATAAATGAT-GTTTTCTGTACGTTT
* ** * * *
210158 TCTGAGGTAGGCATTTAATTATAATCTGTTTTAACTTAAAATGTA
125 CCAAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATGTA
* * * *
210203 AAATAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTAT-AAACTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTNN
1 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-A
******** * * *
210267 NNNNNNNNTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCCCAATAAGTGATGTTTTCTGTATGTTTCCA
63 TGCGAAAGTGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTCCCCAATAAATGATGTTTTCTGTACGTTTCCA
* *
210332 AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATTAAAAATGTAA
128 AAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAATGT-A
* * * * **
210375 AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAGGTGAGTAAGAACGCT-TTT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATGC
* ** * ** * * **
210439 GAAGGCATAAGTCACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCAATGGATG--GCTTTTGCT-TCACGTTTC
66 GAAAG--TGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTCCCCAATAAATGATG-TTTT-CTGT-ACGTTTC
* * * * * **
210501 CTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAACAATATAAA
126 CAAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAA-CAA-AA-ATGTA
* * * * **
210547 AAAAATTTAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCCAGTAATAAGG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
210606 TTTTCAAAGG
Statistics
Matches: 454, Mismatches: 92, Indels: 53
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.02
170 122 0.27
171 253 0.56
172 65 0.14
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATGC
GAAAGTGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTCCCCAATAAATGATGTTTTCTGTACGTTTCCAAAG
GTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAATGTA
Found at i:210642 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 209359--210618 Score: 453
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
209349 NNNAAAATTA
* * * * *
209359 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAGT-AGTAA-GCATTTTGAAGGCT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCCAGTAAG-AACGC-TTTTAAAGGCA
** * * * * *
209422 TAAGTGACTATAAATGGACTCTTCTCAT-CGATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAA-GTA
64 TAAGACACTATAAATGGACTTTTCTC-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAAGGCA
* * * * * **
209485 AACATTCAATTATATTCTATTTCAACCAAAAATCTAAAAAACTTC
127 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATC
* * * * * * * *
209530 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTCATAAGGCTTTTAAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCCAGTAAGAACGCTTTTAAAGGCATA
* * * * * * * * * * * *
209595 GGTA-ACTATAAATGGGCTTTTGT-TGTCAAAGAATGACTTTTTCCTCATGGTTTCC-TAGTCA-
66 AG-ACACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCCAAAGGCAG
* * * * * *
209656 AGCACTCAATTATAATATGTTTTAACTATAAAT-TTAAAAAATTC
128 A-CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATC
* ********** * * * *
209700 AACTTAAAAGCAATTATGNNNNNNNNNNACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTTGAAA-GCT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCCAGTAAGAACG-CTTTT-AAAGGCA
* ** * * * * * * * * * *
209763 TGAGTGACAATAAGTAGACTTTTCTCTCCAATGGATAGTTTTTCCTTCATGTTTTTC-AAGGTAA
64 TAAGACACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCAAAGGCAG
* * ********** *
209827 ACATTCAATTGTAATATATTTTAATCNNNNNNNNNNAAAAATTC
128 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATC
* * * ** * * ** * *
209871 AACTTAAAATCAATTATGGGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGCCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCCAGTAAGAACGCTTTTAAAGGCATA
** ** * * * * ** *
209936 AGTGACTATAAATAAACTTTTCTCTCTAATGAATGGTTTTTGCTTCACGTTTATC-AAGATAAAC
66 AGACACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCAAAGGCAGAC
* * * * * *
210000 TTTTAATTATAGTATGTTTTAACC-AAAATATAAAAACATTC
130 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATC
* ** ** * ** *
210041 AACTTAAAATCAATTATAAG-TCCATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTGCGAAA-GTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGAT-CATAAAACCATTTAAAGCCAGTAAGAACGCTT-TTAAAGGCA
* * ** * ** ** * * ** *
210104 GAGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATAAATATCGTTTT-CTTTACGTTTTCTGAGGTA
64 TAAGACACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCCAAAGGCA
* * * * ** * * *
210167 GGCATTTAATTATAATCTGTTTTAACTTAAAATGTAAAATAATTC
127 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATC
* * * * * **********
210212 AACTTAAAATCGATTATGAGATTAT-AAACTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAAC-CATTTAAAGCCAGTAAGAACGCTTTTAAAGGCAT
** ** * * * *
210276 GGGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCCCAATAAGTGAT-G-TTTT-CTGT-ATGTTTCCAAAGGT
65 AAGACACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT--G-GATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCCAAAGGC
* ** *
210337 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATC
126 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATC
* ** *
210383 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAGGTGAGTAAGAACGCTTTTGAAGGCATA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCCAGTAAGAACGCTTTTAAAGGCATA
* * *
210448 AGTCACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACA
66 AGACACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAAGGCAGACA
* * *
210513 TTCAATTATAATTTATTTTAACCAACAATATAAAAAAAATTT
131 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAA-TC
* * * * *
210555 AACTTAAAATCCATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCCAGTAATAA-GGTTTTCAAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCCAGTAAGAACGCTTTT-AAAGGCAT
210619 GGGAGATAAT
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 230, Indels: 77
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 9 0.01
170 241 0.29
171 500 0.61
172 65 0.08
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCCAGTAAGAACGCTTTTAAAGGCATA
AGACACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAAGGCAGACA
TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATC
Found at i:211077 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 210773--211361 Score: 511
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
210763 GAGAAATGGT
* * * *
210773 TTTTTCTGCATGTTTCCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAGAATATAAAAA
1 TTTTTCTTCATGGTTCCTAA-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AATAT-AAAA
* * ** * *
210837 AAATTTAACTTAAAAT-CTGTTA-CGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAACGTTTTCA
63 AAATTCAACTTAAAATAAT-TTATC-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCG
* *
210900 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCCAT-AAT-AGG
126 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-G
* * * * * * *
210944 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGCAAATATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAACTATAAAAA
1 -TTTTTCTTCATGGTTCCT-AAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
** *
211009 AATTCAACTTAAAATAATTTATCAGATTATCGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
64 AATTCAACTTAAAATAATTTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAG
* *
211074 GTATTGGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCAATGAATGAG
129 GTATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGAG
* * *
211116 TTTTTTTTCATGGTTCCTAAGGAAGACATGT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
1 TTTTTCTTCATGGTTCCTAAGCAA-ACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * * * *
211180 TAACTCAACTTAAAATCAA--TATGACATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAACAATGCTTTCGA
64 -AATTCAACTTAAAAT-AATTTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGA
* * * * * * *
211243 AGGCATGAGTGATTGTAAGTGGACTTTTCTCT-ACAATGGATG-G
127 AGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGAG
* * * * * * *
211286 CTTTTGCTTCA-CGTTTCTAGTAACAGACATT-AATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAA
1 -TTTTTCTTCATGGTTCCTA--AGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
211349 AAATTCAACTTAA
63 AAATTCAACTTAA
211362 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 60, Indels: 35
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.03
170 43 0.13
171 211 0.62
172 68 0.20
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCTTCATGGTTCCTAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
TTCAACTTAAAATAATTTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGT
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAG
Found at i:212006 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 211646--213518 Score: 883
Period size: 171 Copynumber: 11.1 Consensus size: 169
211636 NNNNNNNNNN
* *
211646 TTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTC-AA-ATGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAT-ATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
211709 AAATGGCTTTTCCTTAATG-TTTCATGAA-ACAGACATTCAATTATAATAT-TTATTCACTAAAA
64 GAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCA--AAGA-AGACATTCAATTATAATATGTT-TTAACAAAAA
* * *
211771 ATGTAAAAGAATTCACCTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAATCA
125 ATATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCA
* * * * * *
211817 TTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATAGGTGATTATAGATAGACTTTTCTTACCAACGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
211882 ATGGTTTTTGCTTCATGTTTGTCAAAGAAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCACAAATATA
66 ATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCAAAGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATA
* *
211947 AAAAATTCAACTTAAAATTAATTCTGAGATTGTAAAA-CTA
130 AAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATC-A
* * * * * *
211987 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTTA-GTAACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** * * * *
212051 AATGGCTTCTGCTTCACATTTCCTAAAGTAA-ACACTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
65 AATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-AAAG-AAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATA
* * * * *
212115 TAAAAACTTTTAACTTAAAATTAATTATAAGAATATCAAATCA
128 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCA
* *
212158 TTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTCGAAGGCATGAGTA-ATTA-TAAATAAATGG-CTTTTTCTT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAA-G-AT-A-TAGGTGACT--ATAAATGGAC-TTTTCTT
** * ** * * ** * **
212219 -----T--AT-G--TTT-C--C-TG--AGC-GAGACATTCA-ACTACAAT-ATAT-TTTAACTAA
58 GCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAAGA-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAA
* *
212264 AAAACATAAAAAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CTA
122 AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATC-A
** * * **
212312 TTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTC-AAAAGTAT-GAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-TATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * ** *
212375 GAATAGCTTTTTCTTCATG-TGTCTAGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTCCACCAAAAAT
64 GAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-A-AAGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAT
* * * *
212439 GTAAAAGAATTCAACTTAAAATCT-ATTATGATATTATCAAACCA
127 ATAAAA-AATTCAACTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAATCA
* * * ** * *
212483 TTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAAAGA-ATGGGTGACTAT-AATAAAATTTGCTTGCCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG--AAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * *
212545 GAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAAAG
64 GAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-AAAGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAA-
* * ** *
212610 TA-ATAAAATTCGACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCA
126 TATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCA
* * *
212653 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCTAAGGCT-T-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * ** * * * *
212716 GGATGGCTTTTGCGTCACATTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTACAGTATCTTTTAACCAAAAAT
64 GAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCAAAG-AAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAA-
* * * *
212780 GTAAAAAAAATT-TACTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTA
125 ATATAAAAAATTCAAC-TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATC-A
* * * * * *
212825 TTTAAAGCAAGTAATAATGTTTTCGAAGACAT-GAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CTAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAAT
* ** * * * * * *
212888 GGATATCTTTTGCTTGATGTTTAT-TAAGATAGACATTTAATTGTAATATATTTTAACTAAAAAT
64 GAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCAAAGA-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAT
* * ********** *
212952 ATAACAAATTCAGCTTAAAATTAANNNNNNNNNNATAAAACCA
127 ATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCA
* * * * * * *
212995 TTTAAAGCGAGTAACATGGCTTTCGAA-AGGATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAGG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** * * * * **
213059 AAT-GCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGTTAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAGTGT
65 AATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAAG-AAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAA-AAT
* * * * ******
213123 AAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGATATTATAGNNNNN
127 ATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCA
***** ** ** * * * * *
213166 NNNNNAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATATATGG-GTTTGCTTGTCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * *** *
213230 ATGGCTTTTTCTTCATGTTGTCCAAAGCAGACATTGAAATATAGTCTGTTGTAACCCTAAATGTA
66 ATGGCTTTTGCTTCATGTT-TTCAAAGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATA
* * *
213295 AAAATATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-CTA
130 AAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATC-A
* * * * * * * * * *
213336 TTTAAAGCAAATAATAAGGGTTTCAAAAGCT-T-GAATGACTATATATGGGCTTTTCTTACCAGT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGATATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * *
213399 GGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAAATAA-ACATTCAATTATAATATATTTTTACCAAAAAT
64 GAATGGCTTTTGCTTCATGTTT--TCAAAGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAT
** *
213463 ATAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTAAGTA-ATTATAAAA-CTA
127 ATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATG-AGATTATAAAATC-A
*
213507 TTTAAAGTGAGT
1 TTTAAAGCGAGT
213519 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1275, Mismatches: 331, Indels: 192
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
150 16 0.01
151 4 0.00
152 2 0.00
153 3 0.00
154 47 0.04
155 21 0.02
156 4 0.00
157 9 0.01
158 3 0.00
159 1 0.00
160 3 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
164 3 0.00
165 3 0.00
167 4 0.00
168 9 0.01
169 56 0.04
170 413 0.32
171 495 0.39
172 147 0.12
173 9 0.01
174 5 0.00
175 15 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCAAAGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAA
AAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCA
Found at i:212186 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 211739--212187 Score: 442
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
211729 TTCATGAAAC
* * * * * * *
211739 AGACATTCAATTATAATAT-TTATTCACTAAAAATGTAAAAGAATTCACCTTAAAATTGATTATG
1 AGACACTCAAATATAATATGTT-TTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATG
* * * ** *
211803 AGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATATAGGTGATTATAGATAGAC
64 AGATTAT-AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTATAGGTAACAATAAATAGAC
* * ** *
211867 TTTTCTTACCAACGAATGGTTTTTGCTTCATGTTTGTCAAAGA
128 TTTTCTTACCAACGAATGGCTTCTGCTTCACATTTCTCAAAGA
* * * *
211910 AGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCACAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTCTGAG
1 AGACACTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
* * * * * *
211975 ATTGTAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTTA-GTAACAATAAATGGACTT
66 ATTATAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTATAGGTAACAATAAATAGACTT
* *
212039 TTCTTGCCAATGAATGGCTTCTGCTTCACATTTC-CTAAAGTA
130 TTCTTACCAACGAATGGCTTCTGCTTCACATTTCTC-AAAG-A
* * * * * *
212081 A-ACACTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAACTTTTAACTTAAAATTAATTATAA
1 AGACACTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGA
*
212145 GAATATCAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AGTGCTTTCGAAGGC
65 GATTAT-AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGC
212188 ATGAGTAATT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 42, Indels: 16
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 130 0.57
171 87 0.38
172 6 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AGACACTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
ATTATAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTATAGGTAACAATAAATAGACTTT
TCTTACCAACGAATGGCTTCTGCTTCACATTTCTCAAAGA
Found at i:212498 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 212205--213513 Score: 926
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 170
212195 ATTATAAATA
* * * * *
212205 AATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCT-G-AGCGAGACATTCAACTACAATATATTTTAACTAAAAAA
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAAAA
** * * **
212268 CATAAAAAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCT
63 TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* *
212333 TTCAAAAGTATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
128 TTCAAAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * **
212376 AATAGCTTTTTCTTCATGTGTCTAGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTCCACCAAAAATGT
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
212441 AAAAGAATTCAACTTAAAATCTATTATGATATTATCAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTT
66 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * * *
212506 GAAAAGAATGGGTGACTAT-AATAAAATTTGCTTGCCAATG
130 CAAAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * * *
212546 AATGACTTTTTCTTTATGTTTCCTA-AGGTAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAAAG
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
* * * *
212610 TAATAAAATTCGACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
65 TAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * *
212675 CCTAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
129 TCAAAAG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * ** * * * * *
212717 GATGGCTTTTGCGTCACATTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTACAGTATCTTTTAACCAAAAATG
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
* * *
212781 TAAAAAAAATT-TACTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATGT
65 T--AAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
* * * *
212845 TTTC-GAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CTAATG
127 TTTCAAAAG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATG
* ** * * * * * * * *
212889 GATATCTTTTGCTTGATGTTTAT-TAAGATAGACATTTAATTGTAATATATTTTAACTAAAAATA
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
* * * ********** * * * *
212953 TAACAAATTCAGCTTAAAATTAANNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACATGGCTTT
65 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
213018 CGAAAGGATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAGG
130 CAAAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * *
213059 AAT-GCTTTTTCTTCATGTTTTCT-G-AGTTAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAGT
1 AATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTAGAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT
* * *********** *
213121 GTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGATATTATAGNNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGGC
64 GT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
* * * * * * * **
213186 TTTTAAAGGCATGGGTGACTATATATGG-GTTTGCTTGTCAATG
127 TTTCAAAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * * * * **
213229 AATGGCTTTTTCTTCATGTTGTCCA-AAGCAGACATTGAAATATAGTCTGTTGTAACCCTAAATG
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTT-TCTAGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
* * * *
213293 TAAAAATATTCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGGTT
65 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * *
213358 TCAAAAGCT-TGAATGACTATATATGGGCTTTTCTTACCAGTG
129 TCAAAAG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * *
213400 GATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAAATAAACATTCAATTATAATATATTTTTACCAAAAATA
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
* *
213464 TAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTAAGTA-ATTATAAAACTATTTAAAG
65 TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAAAG
213514 TGAGTNNNNN
Statistics
Matches: 866, Mismatches: 240, Indels: 64
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 48 0.06
170 298 0.34
171 384 0.44
172 133 0.15
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
AAAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
Found at i:212657 original size:495 final size:493
Alignment explanation
Indices: 211706--212668 Score: 1088
Period size: 495 Copynumber: 1.9 Consensus size: 493
211696 TTTTCTTGCC
* * *
211706 AATAAATGGCTTTTCCTTAATGTTTCATGAAACAGACATTCAATTATAATATTTATTCACTAAAA
1 AATAAATGGCTTTTCCTTAATGTTTCATGAAACAGACATTCAACTACAATATTTATTAACTAAAA
** *
211771 ATGTAAAAGAATTCACCTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGG
66 ACATAAAAGAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGG
* * * *
211836 CTTTCGAAGATATAGGTGATTATAGATAGACTTTTCTTACCAACGAATGGTTTTTGCTTCATGTT
131 CTTTCAAAGATATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGCTTTTTGCTTCATG-T
* * *
211901 TGTCAAAGAAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCACAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATT
195 TGTCAAAGAAGACATTCAAATATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATT
* * * * * ** *
211966 AATTCTGAGATTGTAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTTAGTAACAATAA
260 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTATCGAAAGAATGAGTAACAATAA
** * * * *
212031 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTCTGCTTCACATTTCCTAAAGTAAACACTCAATTATAA
325 ATAAAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTCTGCTTCACATTTCCTAAAGTAAACACTCAAATATAA
* * * * *
212096 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAACTTTTAACTTAAAATTAATTATAAGAATATCAAATCATTT
390 TCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAC-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTT
212161 AAAGCGAGTAATAGTGCTTTCGAAGGCATGAGTAATTATA
454 AAAGCGAGTAATAGTGCTTTCGAAGGCATGAGTAATTATA
* * * *
212201 AATAAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCTG-AGCGAGACATTCAACTACAATATATT-TTAACTAA
1 AATAAATGGCTTTTCCTTAATGTTTCATGAAAC-AGACATTCAACTACAATAT-TTATTAACT-A
*
212264 AAAACATAAAA-AATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTTAGTAAT
63 AAAACATAAAAGAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCTAGTAAT
* * * *
212327 AAGGCTTTCAAA-AGTAT-GAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTT-CT
127 AAGGCTTTCAAAGA-TATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAAT-GCTTTTTGCT
* * * *
212389 TCATG-TGTCTAGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTCCACCAAAAATGTAAAAGAATTCAA
189 TCATGTTGTC-A-AAGAAGACATTCAAATATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAA-AATTCAA
* * * * *
212453 CTTAAAATCT-ATTATGATATTATCAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAAAGAATG
251 CTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTATCG-AAAGAATG
* * * * * * ** * *
212516 GGTGACTAT-AATAAAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTAGACA
314 AGTAACAATAAATAAAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTCTGCTTCACATTTCCTAAAGTAAACA
* * * * * *
212580 TTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAAAGTA-ATAAAA-TTCGACTTAAAATCGATTATGAGAT
379 CTCAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAAA-TATA-AAAACTTCAACTTAAAATCAATTATAAGAA
212643 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
441 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
212669 AGGCTTCCTA
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 66, Indels: 30
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
493 4 0.01
494 6 0.02
495 288 0.74
496 82 0.21
497 7 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (493 bp):
AATAAATGGCTTTTCCTTAATGTTTCATGAAACAGACATTCAACTACAATATTTATTAACTAAAA
ACATAAAAGAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGG
CTTTCAAAGATATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGCTTTTTGCTTCATGTT
GTCAAAGAAGACATTCAAATATAATATATTTCAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTATCGAAAGAATGAGTAACAATAAA
TAAAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTCTGCTTCACATTTCCTAAAGTAAACACTCAAATATAAT
CTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAA
AGCGAGTAATAGTGCTTTCGAAGGCATGAGTAATTATA
Found at i:213240 original size:683 final size:662
Alignment explanation
Indices: 211646--213513 Score: 1668
Period size: 683 Copynumber: 2.8 Consensus size: 662
211636 NNNNNNNNNN
* * * * * **
211646 TTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTC-AAATGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
1 TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGGA-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAGG
* * * * * * *
211710 AATGGCTTTTCCTTAATGTTTC-ATGAAACAGACATTCAATTATAATAT-TTATTCACTAAAAAT
65 AATAGCTTTTTCTTCATGTGTCTA-GAAGCAGACATTCAATTATAATATATT-TCCACCAAAAAT
* * ** * * * *
211773 GTAAAAGAATTCACCTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCT
128 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATCAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-T
* * * * * * * * *
211838 TTCG--AAGATATAGGTGATTATAGATAGACTTTTCTTACCAACGAATG-GTTTTTGCTTCATGT
192 TTTGAAAAGA-ATGGGTGACTATA-ATAAAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTTTT-CTTCATG-
* *
211900 TTGT-CAAAGAAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCACAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAA
253 TTGTCCAAAGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCA-AAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
211963 ATTAATTCTGAGATTGTAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTTAGTAACAA
317 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * *
212028 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTCTGCTTCACATTTCCTAAAGTAAACACTCAATTA
381 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-CTCAAGTAAACATTCAATTA
* * ** ** * * * *
212093 TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAACTTTTAACTTAAAATTAATTATAAGAATATCAAA-TC
445 TAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-
* * * * * *
212157 ATTTAAAGCGAGTAATAGTGCTTTCGAAGGCATGAGTAATTATAAATAAATGGCTTTTTCTTTAT
508 ATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGACATGAGTAACTATAAATAAATGGCTTTTGCTTGAT
* * *
212222 GTTTCCTGAGCGAGACATTCAACTACAATATATTTTAACTAAAAAACATAAAAAATTCACCTTAA
573 GTTTACTAAGAGAGACATTCAACTACAATATATTTTAACTAAAAAACATAAAAAATTCACCTTAA
*
212287 AATTAATTATGAGATTATAAAACTA
638 AATTAATTATGAGATTATAAAACCA
** * * * * * *
212312 TTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGGATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAGGA
212377 ATAGCTTTTTCTTCATGTGTCTAGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTCCACCAAAAATGTA
66 ATAGCTTTTTCTTCATGTGTCTAGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTCCACCAAAAATGTA
* *
212442 AAAGAATTCAACTTAAAATCTATTATGATATTATCAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTG
131 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATCAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTG
*
212507 AAAAGAATGGGTGACTATAATAAAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTT-TCCTA
196 AAAAGAATGGGTGACTATAATAAAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTGTCC-A
* * * * *
212571 AGGTAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAAAGTAATAAAATTCGACTTAAAATCGATT
260 AAGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
212636 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
324 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * *
212701 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCGTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAGTATC
388 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAA-GTAAACATTCAATTATAATATA
*
212766 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTACTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
452 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTTAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* *
212831 GCAAGTAATAATGTTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCTAATGGATATCT
515 GCAAGTAATAATGCTTTCGAAGACATGAGTAACTATAAAT--A-----------AATGG----CT
* * * * ** * *
212896 TTTGCTTGATGTTTATTAAGATAGACATTTAATTGTAATATATTTTAACT-AAAAATATAACAAA
563 TTTGCTTGATGTTTACTAAGAGAGACATTCAACTACAATATATTTTAACTAAAAAACATAAAAAA
* **********
212960 TTCAGCTTAAAATTAANNNNNNNNNNATAAAACCA
628 TTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
212995 TTTAAAGCGAGTAACATGGCTTTCGAAAGGATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAGGA
1 TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGGATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAGGA
* * * * * * * *
213060 AT-GCTTTTTCTTCATGTTTTCT-G-AGTTAGACTTTCAATTATAATCTGTTT-TAGCTAAAAGT
66 ATAGCTTTTTCTTCATG-TGTCTAGAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTCCA-CCAAAAAT
* ********** *
213121 GTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGATATTAT-AGNNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGG
128 GT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATCA-AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * *** * *
213185 CTTTT-AAAGGCATGGGTGACTAT-ATATGGGTTTGCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
191 -TTTTGAAAAGAATGGGTGACTATAATA-AAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * ** * *
213248 TGTCCAAAGCAGACATTGAAATATAGTCTGTTGTAACCCTAAATGTAAAAATATTCAACATAAAA
254 TGTCCAAAGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAA-ATTCAACTTAAAA
* * * * * *
213313 TCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGGTTTCAAAAGCTTGAATGACTAT
318 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * * * * ** * *
213378 ATATGGGCTTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAAATAAACATTCAATTAT
382 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-CTCAAGTAAACATTCAATTAT
* * * * *
213443 AATATATTTTTACCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTAAGTA-ATTATAAAACTA
446 AATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-TACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACTA
213507 TTTAAAG
509 TTTAAAG
213514 TGAGTNNNNN
Statistics
Matches: 980, Mismatches: 177, Indels: 74
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
663 1 0.00
664 7 0.01
665 68 0.07
666 313 0.32
667 82 0.08
668 1 0.00
669 1 0.00
680 5 0.01
681 3 0.00
682 90 0.09
683 353 0.36
684 56 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (662 bp):
TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGGATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAGGA
ATAGCTTTTTCTTCATGTGTCTAGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTCCACCAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATCAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTG
AAAAGAATGGGTGACTATAATAAAATTTGCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTGTCCAA
AGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGTAAACATTCAATTATAATATATTTT
AACCAAAAATATAAAAAAATTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
AATAATGCTTTCGAAGACATGAGTAACTATAAATAAATGGCTTTTGCTTGATGTTTACTAAGAGA
GACATTCAACTACAATATATTTTAACTAAAAAACATAAAAAATTCACCTTAAAATTAATTATGAG
ATTATAAAACCA
Found at i:218109 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 216371--218119 Score: 1094
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 171
216361 TTATTCAGGA
* * * * *
216371 CTTATTATTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCAT-ATAATAGATTTTAACTTGAATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * ** * * * * **
216435 TTTTGGTTAAAATATATTAAAATTGAATATCTATCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCTGTTTATT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTAAAACAAAAGCTATCCATT
* * * *
216500 -G-AAGAGAAATGTTCATTTATAGTCACCCATGCCCTT-AAAAGC
130 GGCAAGA-AAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCGAAAGC
* * * * * * *
216542 CTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * ** ** *** * *
216607 TTTAGTTAAAATAAATTATAATTTAATGTAAGCCAT-GGGAAGCATAAAGCAAAAGCCATCCATT
66 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAATGTAAAACAAAAGCTATCCATT
* * * * *
216671 GG-AGAGAAAAGTCTATTTTTATTCACTCATGCCTTTGAAAGC
130 GGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* ** * * * * *
216713 ATTACAACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * *** * * *
216778 ATTCA-TTAAAATATATTATAATAT-AATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGC-ATCCAC
66 -TTTAGTTAAAATAGATTATAAT-TGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTAAAACAAAAGCTATCCAT
* *
216840 TAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* ** ** *
216883 CTTATTAGTTACTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTAC
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-
* * * * * * ** * * **
216948 ATTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTGTCTCGGGAAACATG-AAGA-AAGAGCTATTT
64 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AA-ATGTAAAACAAAAGCTATCC
* ** *
217011 ATTGGTAAGAACAA-TCCATTTATAGTCACTCATCCCTTCAAAAGC
127 ATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * ********** *
217056 CATGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATGTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * * *
217121 TTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAAATATGAAGCAAAAGCCATCTATT
66 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAATGTAAAACAAAAGCTATCCATT
** * * *
217185 GAAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCAGTCATAG-CTTCAAAAGC
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGC
* ********** * * *
217227 ATTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATAT
* * * * * * * *
217292 TTTTAGTTAAAACAGATTATCATTGAATGTTTACCTCGAGAAATGTGAAGA-AAAAGCCATTCAT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGT-AAAACAAAAGCTATCCAT
* ** *
217356 TGACAAGAAAAAGT-CACCTATA---ACT------TT-AAAAGC
129 TGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * * *
217389 CTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTGATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATAGT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * ** * * * **
217453 TTTGGTTAAAACAAATTATAATTGGTTGTCTGCCTCAGGAAACGTGAAGA-AAAAGCTATTTATT
66 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGT-AAAACAAAAGCTATCCATT
* * * * * **
217517 AGCAGGAAAAGTCTATTTATAGACACCCATA-TTTTCGAAAGC
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGC
* * * * *
217559 ATTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTTAATTTTGTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * ** * * * * *
217624 TTTAGCTAAAATACATCATAATTGAATGT-TGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATAG
66 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTAAAACAAAAGCTATCCATTG
* * *
217688 GCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCCAGACTTTGAAAGC
131 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * *
217728 CATATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTGAAAATTGATTTT--GTATCGAATTTTTTTATA
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-T-GAATTTTTTTATA
* * * * * *
217791 TTTTTGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGTCTCATGAAACATG-AAGAA-AAGAG-TCAT
64 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AA-ATGTAA-AACAAAAGCT-AT
* * * * *
217853 TCAGTAGG-AAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGC
125 CCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGC
* * * * *
217900 CTTATTACTTG-TATTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGCTGAACTTTTTTATAT
1 CTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * *
217964 TTTTAGTTAAAATATATTATACTTGAATG-CTTGCCTTAAGAATTGTAAAACAAAAGCTATCCAT
65 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TGCCTCAAGAAATGTAAAACAAAAGCTATCCAT
* * *
218028 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGTAAGC
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
*
218071 CTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
218120 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1205, Mismatches: 314, Indels: 118
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
159 6 0.00
160 67 0.06
161 6 0.00
162 39 0.03
163 4 0.00
167 2 0.00
168 2 0.00
169 108 0.09
170 178 0.15
171 467 0.39
172 231 0.19
173 89 0.07
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTAAAACAAAAGCTATCCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
Found at i:221242 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 220088--223184 Score: 1513
Period size: 171 Copynumber: 18.3 Consensus size: 170
220078 NNNNNNNNNN
*** ** * * *
220088 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAATTAATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * *
220153 GAATATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAG-TAGACATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGACATACATT
* ** *
220216 CAATT-TCAATATATTTTAACCACAAATGCAAAACAATTCAAC
129 CAATTAT-AATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* ********** * ** * *
220258 TTAAAATCAATTATAAGATTNNNNNNNNNNTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* ** ** * ** * *
220323 GACTATAACTACACTTTTCTTACCAATGAATTACTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACATACATTC
* * * * * * *
220388 AATTATAATCTGTTTCAACCAGAAATGTAGAAAAATTTAAC
130 AATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* *** * ** *
220429 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACCAATAATACTGTTTTCAAAGGCATGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * * * *
220494 -AGCTTTAAATGAACTTTTCTTACTAATAAATGGCTTTTGCTTCACGTTTACT-GAGGCAAACAT
66 GA-CTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGACATACAT
* * ** * * *
220557 TCAATTATAATCTAATTCGATCAACAATAT-AAAACATTCAAC
128 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * *********
220599 TTAAAATCAGTTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCNNNNNNNNNNA-
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAG
* * * * * *
220663 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGTCTTTTTCTCCACGTTTCTCAAGA-AAACA--
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACATACATT
* * ** *******
220725 CAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAA-AGTAAAAAANNNNNNN
129 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAAC
*** * * * ** * * *
220767 NNNAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAACGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
** * ** *
220832 G-CTATAAATGGACTTTTCCTAT-TGATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACAT
66 GACTATAAATGGACTTTT-CT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGACATACAT
* * * * * * * *
220894 TTAAGTATCATCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAGATTCAAC
128 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * * * * *
220937 TTAAAATCGATCATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTCAAGGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * ** * * * * * * *
221002 CACTATAAATAGAATTTT-TGTACCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTCTCCCATGGCAGACGTT
66 GACTATAAATGGACTTTTCT-T-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACATACATT
** *
221066 CAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTTAAC
129 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAAC
* ** * *
221109 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACGGGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * * * *
221174 GACTATAAATGAAGTTTTCTCTTCAATGGATGCCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGATATACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACATACATTC
* *
221239 AATTATAATATATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAATTCAAC
130 AATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAAC
* * * * * * *
221281 TTAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGATTAATATGGCTTTCGAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * ** * *
221346 GACTATAAATGGACTTATT-TTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACTTT
66 GACTATAAATGGACTT-TTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACATACATT
* * * *
221410 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAATAAATTCAGC
129 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTCAAC
* ** * * *
221453 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTTAAAGGCTTG-GA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-
* ** ** * *
221517 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACAATTCTTGAGGCAAACATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACATACATT
* * ** * *
221582 CAATTATAATCTATTTCAACCAAAAACGTAAAAATATTTAAC
129 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * ** * *
221624 TTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAACACTTGAAT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * * * *
221689 GACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTCCTTTATGTTTCCTCAAG-CAGATATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGACATACATT
* * * **
221753 CAATTATAATATTTTTTAACCAGAAATGTAATGAAATTCAAC
129 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * *
221795 TTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * *
221860 GATTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCAGGACATACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACATACATTC
* *
221925 AACTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TCAAC
130 AATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * * **
221965 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-CG-CAT--GGGTGACTATAA---AT-A
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-A-AAGGCATGA
* * ** * ** * *
222022 --GAC--T---T----TTCT-TACCAATGAATGATTTTTTCTTTAGATTTTCT-AAGGCAAACAT
64 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTCAAGACATACAT
*********** * *
222074 TCAATTATAATCNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAAGAATTCAAC
128 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
** * * * * * *
222117 TTAAAATGGATTAT-AGGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTTATAAAGCTTTCAATGGAATTG-
1 TTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA-TGA
* * ** *
222180 GTGACTATAAATGGACTTGTTATGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTT-TCCAA-AGCAGAC
64 GTGACTATAAATGGACTT-TTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGA-CATAC
* * * * *
222243 ATTCAAATATAAT-TCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAAC
126 ATTCAATTATAATAT-ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* ********** * * * * ** *
222288 CTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAA-GTTTGAA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGAG
* * * * * *
222352 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAAGA-ACACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGACATACAT
** * ** *
222416 TCAATTATGTTGTATTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTCAAC
128 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
********** ** * * *
222459 TTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAGAATGCTTTCAAAGGCATAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * *
222524 GACTATAAATGGACTTTTCTCTGCAATTG-ATGGATTTTGCTTCACATTTC-CTAAGGCAGACAT
66 GACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGACATACAT
* **** *
222587 TTAATTATAATATATTTTAACTTGTAATATAAAAAAATTCAAT
128 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * * * *
222630 TTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAGGAGAGT-ATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * ** * * ** *
222694 GACTATAAATGGACTTTTATTGCTAATAAACAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACATACATTC
* *** * *
222759 AATTATAAT-TTTTATTAGTGAAAAATATAAAAAATTTTAAC
130 AATTATAATATATT-TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
********** * * ** *
222800 TTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * *
222865 GACTAT-AATGGACTTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTTCTTTATGTTT-TCCAAAACATATATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGACATACATT
* ** * * * *
222928 CAATTATAATATATATGCACCTAAATTGTAAAAGAATTCAAAC
129 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AAC
* ** ** ********** * * *
222971 -TAAAATCGATTATGATTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTANNNNNNNNNNCGAAGGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
** * * * * * * *
223035 GACTATAAATAAATTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGCAGACACT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGACATACATT
* * * *
223099 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATGT-AAC
129 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-TCAAC
* *
223141 TTAATATCCAA--AGTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
1 TTAAAAT-CAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
223185 GGATTTTTTT
Statistics
Matches: 2186, Mismatches: 648, Indels: 185
0.72 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
151 52 0.02
152 43 0.02
153 4 0.00
154 3 0.00
155 1 0.00
156 3 0.00
157 2 0.00
158 1 0.00
160 4 0.00
162 3 0.00
164 1 0.00
165 3 0.00
166 6 0.00
167 61 0.03
168 59 0.03
169 20 0.01
170 543 0.25
171 946 0.43
172 418 0.19
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACATACATTCA
ATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
Found at i:221353 original size:344 final size:337
Alignment explanation
Indices: 220088--223184 Score: 1501
Period size: 341 Copynumber: 9.1 Consensus size: 337
220078 NNNNNNNNNN
*** * * * *
220088 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAATTAATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * *
220153 GAATATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAG-TAGACATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGACATACATT
* * * * * **
220216 CAATT-TCAATATATTTTAACCACAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTNN
129 CAATTAT-AATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
******** * * * * * * *
220280 NNNNNNNNTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGAGACTATAACTACACTTTTCTTA
193 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTA
* ** * * ** * * * * *
220345 CCAATGAATTACTTGTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAG
257 CCAATGGATGGCTT-TCCTTCATGTTTC-CCAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAA
* * *
220410 AAATGTAGAAAAATTTAAC
319 AAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * ** *
220429 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACCAATAATACTGTTTTCAAAGGCATGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * * * * *
220494 -AGCTTTAAATGAACTTTTCTTACTAATAAATGGCTTTTGCTTCACGTTTACT-GAGGCAAACAT
66 GA-CTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-CTCAAGACATACAT
* ** * * * * * * *
220557 TCAATTATAATCTAATTCGATCAACAATAT-AAAACATTCAACTTAAAATCAGTTATAAAATTAT
128 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ********* * *
220621 AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCNNNNNNNNNNA-TGACTGTAAATGGACTTTTCTT
193 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TT
** ** * * * * * * * * * *
220685 GTCAATAAATGTCTTTTTCTCCACGTTTCTCAAGAAAACA--CAATTATAATCTGTTTTAATTAA
256 ACCAATGGATGGC-TTTCCTTCATGTTTCCCAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAA
*******
220748 AAA-AGTAAAAAANNNNNNN
319 AAATA-TAAAAAAATTCAAC
*** * * * * * * *
220767 NNNAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAACGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
** ** ** *
220832 G-CTATAAATGGACTTTTCCTAT-TGATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACAT
66 GACTATAAATGGACTTTT-CT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGACATACAT
* * * * * * * * *
220894 TTAAGTATCATCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCGATCATGAGATTCT
128 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
220959 AAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCCTTC-AAGGGCTTGAGTCACTATAAATAGAATTTTTGT
193 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTT-T
* *
221023 ACCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTCTCCCATGGCAGACGTTCAATTATAATATATTTTAATAA
256 ACCAATGGATGGCTTTC-CTTCATGTTTCCCA-GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-A
*
221088 AAAATATAAAAAAATTTTAAC
318 AAAATATAAAAAAA-TTCAAC
* * * *
221109 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAACGGGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * * *
221174 GACTATAAATGAAGTTTTCTCTTCAATGGATGCCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGATATACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACATACATTC
* * *
221239 AATTATAATATATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATA
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
221304 AAATCATTTAAAATGATTAATATGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTATTTTGC
194 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT-TTTTAC
** * * * * *
221369 CAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
258 CAATGGATGGC-TTTCCTTCATGTTTCCC-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAA
*
221434 AATATAAAATAAATTCAGC
320 AATATAAAA-AAATTCAAC
* * * * *
221453 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTTAAAGGCTTG-GA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-
* * ** * *
221517 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACAATTCTTGAGGCAAACATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACATACATT
* * * * * *
221582 CAATTATAATCTATTTCAACCAAAAACGTAAAAATATTTAACTTTAAATTAATTATGAGATTATA
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** *
221647 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAACACTTGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
194 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTAC
* * * * * * *
221712 TAATGGATGGCTTTTCCTTTATGTTTCCTCAAGCAGATATTCAATTATAATATTTTTTAACCAGA
258 CAATGGATGGC-TTTCCTTCATGTTTCC-CAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAA
* **
221777 AATGTAATGAAATTCAAC
320 AATATAAAAAAATTCAAC
* * * * *
221795 TTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * *
221860 GATTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCAGGACATACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACATACATTC
* * *
221925 AACTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * ** * ** * *** * * *
221989 AACTATTTAAAGT-CG-CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GA-TTTTTT
195 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-G-CTTTCGA-AGGCTTGAGTGA-CTATAAATAGACTTTTTT
** * * **********
222050 --CTTTAGAT---TTT-C-T-A--------AGGCAAACATTCAATTATAATCNNNNNNNNNNAAA
256 ACCAATGGATGGCTTTCCTTCATGTTTCCCAGGCAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAATAAA
* *
222099 AATGTAAAAGAATTCAAC
320 AATATAAAAAAATTCAAC
** * ** * * * *
222117 TTAAAATGGATTAT-AGGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTTATAAAGCTTTCAATGGAATTG-
1 TTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA-TGA
* * ** * *
222180 GTGACTATAAATGGACTTGTTATGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTT-TCCAA-AGCAGAC
64 GTGACTATAAATGGACTT-TTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT-CAAGA-CATAC
* * * * * **********
222243 ATTCAAATATAAT-TCGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACCTAAAATCANNNNNNNNNN
126 ATTCAATTATAATCT-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
222307 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGTTTGAATGACTATAAATGGACTTTTC
190 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-
* * * ** * * * ** *
222372 TTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAAGAACACATTCAATTATGTTGTATTTTAAC
254 TTACCAATGGATGGC-TTTCCTTCATGTTTC-CCAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-
* *
222437 TGAAAATGTAAAAAAATTCAAC
316 TAAAAATATAAAAAAATTCAAC
********** * * * *
222459 TTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAGAATGCTTTCAAAGGCATAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * *
222524 GACTATAAATGGACTTTTCTCTGCAATTG-ATGGATTTTGCTTCACATTTC-CTAAGGCAGACAT
66 GACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGACATACAT
* * **** * * * *
222587 TTAATTATAATATATTTTAACTTGTAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTACGAGATTAT
128 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
222652 AAAACTATTTAAGGAGAGT-ATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATT
193 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TT
* * ** ** * * * * *
222715 GCTAATAAACAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTTTATTAGTG
256 ACCAATGGATGGC-TTTCCTTCATGTTTC-CCAGGCAGACATTCAATTATAATATATT-TTAAT-
* *
222779 AAAAATATAAAAAATTTTAAC
317 AAAAATATAAAAAAATTCAAC
********** * ** *
222800 TTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * ** * *
222865 GACTAT-AATGGACTTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTTCTTTATGTTT-TCCAAAACATATATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT-CAAGACATACATT
* * ** * * * * **
222928 CAATTATAATATATATGCACCTAAATTGTAAAAGAATTCAAAC-TAAAATCGATTATGATTTTAT
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** ********** ** * * * *
222992 AAAACCATTTAAAGCAAGTANNNNNNNNNNCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAATTTTTTTTG
193 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTTTA
* * * * * * * *
223057 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
257 CCAATGGATGGC-TTTCCTTCATGTTTCC-CAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAA
*
223122 AAATGTAAAAAAATGT-AAC
319 AAATATAAAAAAAT-TCAAC
* * *
223141 TTAATATCCAA--AGTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
1 TTAAAAT-CAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
223185 GGATTTTTTT
Statistics
Matches: 2058, Mismatches: 597, Indels: 202
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 8 0.00
322 170 0.08
323 41 0.02
324 4 0.00
325 2 0.00
326 4 0.00
330 3 0.00
331 2 0.00
332 2 0.00
333 2 0.00
334 3 0.00
336 1 0.00
337 68 0.03
338 174 0.08
339 11 0.01
340 118 0.06
341 515 0.25
342 432 0.21
343 216 0.10
344 269 0.13
345 13 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACATACATTCA
ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTACCAA
TGGATGGCTTTCCTTCATGTTTCCCAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATATA
AAAAAATTCAAC
Found at i:224131 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 223556--224453 Score: 813
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
223546 ATTCAATTAT
* * *
223556 AAATGT-AAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTTTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAATGTAAAAG-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
223620 AGGCTTTCAAAGGTATGAGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAAT-GATTAGCTTTTTCTCCA
65 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TAGCTTTTTCTTCA
* * * * ** *
223684 CATTTCTTAGGACAAACATTTAAATATAATTTGGTTTAACCCA
129 CATTTCTAAGG-CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* * * * * *
223727 AAATGCAAAAGAAATCAACTTAAAATCAATCATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAA
1 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * * **
223792 GGATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTGATG
66 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACA
* * * * *
223857 TCTCCTAAAAG-AGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAA
131 T-TTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* **
223898 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTATG-GTATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATA
1 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
223962 AGGCTTTCGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATAG-TTTTTCTTCAC
65 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCAC
* * * * * * *
224026 ATTTCACAAGGCAAATATTCAAATATAATCTCTATGAATCAA
130 ATTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* *
224068 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAA
1 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * * * * *
224133 GGCTTTTGAAGTCTTAAGTGACTATAAATGAACCTTTCTTACCAATGGTTGGCTTTTGCTCCACG
66 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCAC-
* * * *
224198 TTTTCTAAGGTAAATATTCGATTATAATCTATTTTAACCAA
130 ATTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* * * * * * * * * *
224239 CAAT-AAAAAAAATTTAA-TGTAAAATTAGTTACGAGATTATAAAACCATTTCAAGCAAATAATA
1 AAATGTAAAAGAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * **
224302 AGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTCGCTAATAAATAGCTTTTTCTTCA
65 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATAGCTTTTTCTTCA
* * * * * *
224366 CGTTTCTTGAGGTAAAAATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAA
129 CATTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* * *
224409 AAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAA
1 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
224454 TAATTTATAG
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 136, Indels: 30
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.02
170 256 0.44
171 292 0.51
172 14 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACA
TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
Found at i:224180 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 223556--224453 Score: 973
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 338
223546 ATTCAATTAT
* * * *
223556 AAATGT-AAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTTTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAATGTAAAAG-AATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * *
223620 AGGCTTTCAAAGGTATGAGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGATTAGCTTTTTCTCCAC
64 AGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-TAGCTTTTTCTTCAC
* * * * * *
223685 ATTTCTTAGGACAAACATTTAAATATAATTTGGTTTAACCCAAAATGCAAAAGAAATCAACTTAA
128 ATTTCTAAGG-CAAAAATTCAAATATAATTT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAA
* * * *
223750 AATCAATCATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGATTTCGAAGGCTTAAGTGACT
191 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAAAAAGGATTTCGAAGGCTTAAGTGACT
* ** * *
223815 ATAAATGGACTTTGCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTGATGTCTCCTAAAAG-AGACATTCAAT
256 ATAAATGAACTTTGCTTACCAATGGATGGCTTTTACTCCACGTCTCCT-AAAGTAAACATTCAAT
*
223879 TATAATATATTTTCACCAA
320 TATAATATATTTTAACCAA
* *
223898 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCGATTATGGTATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAA
1 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGG-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* *
223963 GGCTTTCGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATAG-TTTTTCTTCACA
65 GGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATAGCTTTTTCTTCACA
* * * * * *
224027 TTTCACAAGGCAAATATTCAAATATAATCTCTATGAATCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
129 TTTC-TAAGGCAAAAATTCAAATATAATTTGT-TTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
* * * * *
224092 ATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCTTAAGTGACTA
192 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAAAAAGGATTTCGAAGGCTTAAGTGACTA
* * * * * * *
224157 TAAATGAACCTTT-CTTACCAATGGTTGGCTTTTGCTCCACGTTTTCTAAGGTAAATATTCGATT
257 TAAATGAA-CTTTGCTTACCAATGGATGGCTTTTACTCCACGTCTCCTAAAGTAAACATTCAATT
*
224221 ATAATCTATTTTAACCAA
321 ATAATATATTTTAACCAA
* * * * * * * * *
224239 CAAT-AAAAAAAATTTAA-TGTAAAATTAGTTACGAGATTATAAAACCATTTCAAGCAAATAATA
1 AAATGTAAAAGAATTCAACT-TAAAATCAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * *
224302 AGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTCGCTAATAAATAGCTTTTTCTTCA
64 AGGCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAAT-GATAGCTTTTTCTTCA
* * * * * *
224366 CGTTTCTTGAGGTAAAAATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTA
127 CATTTC-TAAGGCAAAAATTCAAATATAATTTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTA
*
224431 AAATCAATTATCAGATTATAAAA
190 AAATCAATTATGAGATTATAAAA
224454 TAATTTATAG
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 79, Indels: 27
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 92 0.20
341 259 0.56
342 105 0.23
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
AAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
GCTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATAGCTTTTTCTTCACATT
TCTAAGGCAAAAATTCAAATATAATTTGTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAAAAAGGATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAA
TGAACTTTGCTTACCAATGGATGGCTTTTACTCCACGTCTCCTAAAGTAAACATTCAATTATAAT
ATATTTTAACCAA
Found at i:227499 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 224530--227728 Score: 2156
Period size: 171 Copynumber: 18.6 Consensus size: 171
224520 TTATGTTATA
* * * * *
224530 TTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTACAAGACCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
224595 GCAAGTAATAAGG-TATTCGAAAGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTAG-CATTGAATAA
65 GCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGA
* * *
224658 CTTTTTCTTAACGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTA
128 CTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
224702 TTTTAACCAATAATGTAAAAAAAATT-AACTCAAAATTAATTATCAGATTGTAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * *
224766 -CTGAGTAATATTGCTTTCGAAGGGATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGA
65 GC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GA
* * *
224829 -TTTTTCTTCAAT-TTTCTCAAGGTAGA-ATTTCAATTATAATCTA
128 CTTTTTCTTC-ATGTTTCTTAAGGCAGACA-TTCAATTATAATCTG
* * * * * * *
224872 TTTTAACCAAAAATGTAAAAACAAATCAATTTAAAATCAAATATAATATCATAAAATCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
224937 GTGAGTAATAAGGCTTTC-AATGACATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGTCAATGAATGAC
65 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * * * ** *
225001 TTTTT-TTCATGTTT-TTCAAGGTAGACTTTTAAATCCAATATG
129 TTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* ** * ********** *
225043 TTTTAATGC-AAAATACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * * *
225107 GAGAGTAATAGGGGTTTCGAAGGCTTG-GCTGACTATGAATGGACTTTTCTTACTAGTGGATGAC
65 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * ** * * * *
225171 TTTTGCTTCA-GATTTCCTAAAACAAACTTTCAATTATAATATA
129 TTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * ********** *
225214 TTTTCACCAAAAATGTAAAAGAATTCAANNNNNNNNNNATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * *
225279 TTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTATTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CT
* ** * * * *
225344 TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTTGAA-TATTATCTT
130 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACA-TTCAATTATAATCTG
* * * ********** * *
225386 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAGCAANNNNNNNNNNATAAAACTATTTAAAC
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * ** * * *
225451 CGAGTAATAAGGGTTTCGAAAGCTTGACTAACTATAAATGCACTTTTCTCACTAGTGGATGGA-T
66 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACT
* * ** * * * *
225515 TTTGCTTAATGTTTCTTAAAACAGATACTCAATCTTAAAAT-AG
130 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA--TTATAATCTG
** * * * * * *
225558 -ACTAAACAAAAAGGT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGGGATAATAAAATCATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * *
225621 CAAGTAATATGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAATT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * **
225686 TTTCCTT-ATGTTTCTCAAGGCTGACACACAATTATAA-CTTG
131 TTT-CTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATC-TG
* * **********
225727 TTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAANNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * * * * *
225792 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTCAATGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAAGGGATGACTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * *** * * *
225857 TTACTTCATGTTTCCTAAAATAGACATTCAATTCTAATATA
131 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
** * * * * * *
225898 TTTTAATTAAACATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAATCCATTTACAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * ** * * * **
225963 CGAGCAAAAAGGCGTTCTAAGGTAT-ATGTCACTATAAATAAACTTTTGTTGCTAGTGAATGGTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT
* * *
226027 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACACTCAATTATAATATG
130 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
226069 TTTTAATCAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
226134 TGAGTAATAATGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * ** * * *
226199 TTTCTTCATATTT-TCCAAGATAGACATTCAACTATAATATA
131 TTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
226240 TTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCACCTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAA
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
226305 CCAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATGAACTTTTATTGCCAATGAAT-AGCT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CT
* * * *
226369 ATTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAAT-TT
130 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * ********** *
226410 TTTTGAA-CAATAAATATAAAAAAATTTAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATATAA
1 TTTT-AACCAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
226474 AGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAAGAATGGC
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * *
226539 TTTTTCTTCATGGTTCTTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
129 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
********** * * *
226582 TTTTAACCAANNNNNNNNNNAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAGCGTTTACAA
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AA
* * * * * *
226646 -CGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTCACCAATGGATGGC
65 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGAC
* * * ** *
226709 TTTTACATCATGTTTCTTGAGGCAGATTTTCAATTATAATTTG
129 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * ********** *
226752 TTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTGAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
226817 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGGCTATTCTTGCTAAAGAATGGCTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* *
226882 TTTCTTCATGGTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
131 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
** * * * * **
226923 TTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCGGTTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
226988 CGAGTAATAAGGGTTTCAAATGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAAT-AGCT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CT
* * *
227052 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACTTTCAATTATAATCTG
130 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
** *
227094 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
227159 AGAGTAATATGGC-TTCTGAAAGCATGGGTGACTGTAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAAT-AGC
66 CGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-C
* * * * * * *
227222 TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACGTTGAATTTTAAT-TT
129 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* *
227264 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
227328 TGAGTAACAAGGCTTT-GAAAGGTATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCTAATGAATCACT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT
* * ** * * *
227392 TTTTCTTTAAGTTTCCCAAGACAAACATTTAATTATAATCTG
130 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* *
227434 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TGTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AA
* ** * * ** *
227498 ATCAATTATGAGATTATGAAATAAGGCTTTCGAAGGGTTAAGTGACTACAAATCAACTTTTCTTA
64 AGC------GAG----T--AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * * * * *
227563 CAAATGGATGGCTTTTACATCATGTTTCTCAAAGCAAACTTTCAATGATAATAT-
117 CCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
227617 ATTTAAGTCAAAAATGCAAAAAAA-TCTAAATTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * ** * *
227681 AGCAAGTAATAATGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTT
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
227729 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2292, Mismatches: 655, Indels: 161
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 136 0.06
170 442 0.19
171 1383 0.60
172 171 0.07
173 17 0.01
177 2 0.00
178 3 0.00
182 1 0.00
183 11 0.00
184 118 0.05
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
Found at i:228483 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 227880--228694 Score: 792
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
227870 NNNNNNNNNN
* *
227880 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCGAGTTATAA-AGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAATA-CTT
* * * * * * * * * * *
227944 TCGAAGGCTTGATTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGGATGGGTTTTGCTCCATGTTTCT
64 TCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCC
* *
228009 TAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTTACCAAAAATAT
129 TAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * * * * ** **
228051 -ACAAAATTCATCTTAAAGTCGAGTATGAGATCATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAATAATGTTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGCGAGTAATAATACTTT
* * * * *
228115 TAAAAGCATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCCT
65 CAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCT
* *
228180 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
130 AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT
* *
228221 AAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACT
1 --AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAATACT
* * * * *
228286 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATGTCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTT
63 TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
228350 CCCAAGATAGACATTCAATTATAATCTCTTTAAACCAAAAATAT
127 CCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT
* * * *
228394 AAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAATATTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATACTTT
** * * * * * * *
228459 TGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTTTTCACATTTCTT
65 CAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCT
* * ** * *
228524 GAGGTAGACTTTCAACCATAATATGTTTTAATCAAAAATAC
130 AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT
* ** * * **
228565 AAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTGGAAGTGAGTAAAAAGGCTT
1 AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATACTT
* * * * * * * *
228630 TCGAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGCCTTTTCTTGACAATGAAT-GTCTTTTTTTTCACGTTTC
64 TCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCACGTTTC
228694 C
128 C
228695 CATGGCATGT
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 112, Indels: 21
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 135 0.26
171 144 0.28
172 104 0.20
173 138 0.26
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTC
AAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTA
AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT
Found at i:228577 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 227880--228696 Score: 915
Period size: 343 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
227870 NNNNNNNNNN
* *
227880 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCGAGTTATAA-AGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTT
* * * * * * * ** *
227944 TCGAAGGCTTGATTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGGATGGGTTTTGCTCCATGTTTCT
65 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGACAATGAAT-GCTTTTTCTTTATGTTTCC
* * ** * * *
228009 TAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTTACCAAAAATATACAAAATTCATCTTAAAGTCGAG
128 CAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTAAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAG
* * * * **
228074 TATGAGATCATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAATAATGTTTTTAAAAGCATGGGTGTCTATAAATA
193 TATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATATTTTTAAAAGCATGAGTAACTATAAATA
* ** *
228139 GACTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCT
258 GACTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAACCATAATAT
228204 GTTTTAACCAAAAATATAA
323 GTTTTAACCAAAAATAT-A
*
228223 AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* *
228288 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTATGTCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCCC
66 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGACAATGAAT-GCTTTTTCTTTATGTTTCCC
* *
228353 AAGATAGACATTCAATTATAATCTCTTTAAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAA-TCAA
129 AAGATAGACATTCAATTATAATATATTTAAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTT-AAAGTCAA
* * * * * * * *
228417 TTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAATATTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAAT
192 GTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATATTTTTAAAAGCATGAGTAACTATAAAT
* * * * * * *
228482 GGACTTTTCTTGCTAATGAATA-TCTTTTTTTTCACATTTCTTGAGGTAGACTTTCAACCATAAT
257 AGACTTTTCTTGCCAATGAATAGT-TTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAACCATAAT
* *
228546 ATGTTTTAATCAAAAATACA
321 ATGTTTTAACCAAAAATATA
* * * ** * * *
228566 AAAACAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTGGAAGTGAGTAAAAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* * * *
228631 CGAAGG-TATGGGTGGCTATAAATGGCCTTTTCTTGACAATGAATGTCTTTTT-TTTCACGTTTC
66 CGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGACAATGAATG-CTTTTTCTTT-ATGTTTC
228694 CCA
127 CCA
228697 TGGCATGTTG
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 66, Indels: 18
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 5 0.01
343 255 0.64
344 136 0.34
345 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGACAATGAATGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAA
GATAGACATTCAATTATAATATATTTAAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAGTAT
GAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATATTTTTAAAAGCATGAGTAACTATAAATAGAC
TTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAACCATAATATGTT
TTAACCAAAAATATA
Found at i:230211 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 229376--231075 Score: 781
Period size: 343 Copynumber: 5.0 Consensus size: 339
229366 NNNNNNNNNN
* * * * * *
229376 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
1 AAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGC-TTTGAAAGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * *
229441 CCAAGGAATGGCTTTTTCTTTATGATTCTTGAGGCAGA-TATTCGATTATAATCTATTTTTACCA
65 CCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACT-TTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
* * * * * * *
229505 AAAATATAAGAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAGCTGTTTACAACAATTAATA
128 AAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAACAAGTAATA
* * * * *
229570 AGGGTTTCGAAGACTTCAGTGACTATAAATGGATGTTTTTTGCTAATGGATAGCTTTTGCATCAT
193 AGGCTTTCGAAGACTTCAGTGACTATAAATGGATGTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTCCATCAT
* * * ****
229635 GTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTCTAATATATTTTAGCTGAACATGCAAGAAAAATTTAACTTA
258 GTTTCCTAAAGCAGACATTCAACTATAATATATTTTAAAAAAACAT--AAGAAAAATTTAACTTA
229700 AAATCAATTATGAGATTAT
321 AAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
229719 AAAA-TCATTTATAA--TGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGTTATGAGTGACTATAACTGGACTTTTC
1 AAAACT-ATTTA-AAGCT-AGTAATAAGGCTTTGAAAG-CATAAATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * ** *
229781 TTGCCAATGAATGGTTTTCTCTTCATGTTGCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATTTGTTTTAAC
62 TTGCCAATGAATGCTTTT-TCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * ********** * **
229846 TAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCGTTTA-AAGCGGGTA
126 AAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAA-CAAGTA
** * * * *
229910 ATATTGCTTTCGAA-AGTATGAGTGACTATAAGTGGACT-TTTCTTACCAAT-GAGTGGCTTTTC
190 ATAAGGCTTTCGAAGACT-TCAGTGACTATAAATGGA-TGTTTCTTACCAATGGA-TAGCTTTTC
* * *
229972 CTTCTTGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAACTATAATATATTTTAAAAAAAACAT-A-AAAAATTT
252 CATCATGTTTCCT-AAAGCAGACATTCAACTATAATATATTTT-AAAAAAACATAAGAAAAATTT
* *
230034 ACCTTACAATCAATTATGAGATTAT
315 AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
230059 AAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATAAACGACTATAAATGGACTTTTATTG
1 AAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
*
230124 CTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
65 CCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
************* * **
230189 AAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNNNNAAACCATTTA-AAGTGAGTAATA
129 AAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAA-CAAGTAATA
* * * * * * * * * *
230253 AGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAAAGAATGGCTTTTTCTTCA
193 AGGCTTTCGAAGACTTCA-GTGACTATAAATGGATGTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTCCATCA
* * * * * * **
230317 TGGTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAA-ACTATTTTAACCTAAA-AT--GTAAAAACTTTGAA
257 TGTTTCCTAAAGCAGACATTCAACTATAATA-TATTTTAA-AAAAACATAAG-AAAAA-TTT-AA
*
230378 CTTAAAATCAATTATGAGCTTAT
317 CTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** ** ** * * * *** * * *
230401 AAAGCCGTTTGCAGGGAGTAATAAAGGTTTTGAAGGTATCGGTGACCATAAATGGACTTTTTTTA
1 AAAACTATTTAAAGCTAGTAAT-AAGGCTTTGAAAGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * * * * * * * **
230466 CCAATGGATGGCTTTGGCATCATGTTT-TCTAAAGCAAACATTCACTTCTAATATATTTTAACTG
65 CCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
* * * * * * * * * *
230530 AACATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAAA
128 AAAATATAAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAACAAGTAAT
* * * * ** * *
230595 AAGGATTTCGAAG-CTATAAATGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATCAATGGTTTTTTCC-
192 AAGGCTTTCGAAGACT-TCAGTGACTATAAATGGA-TGTTTCTTACCAATGGATAG-CTTTTCCA
* * * * * * * ** * ********
230657 TCATGTTTCCTGAGGCAAACACTGAATTATAATATGTTTTAACCAAA-AT-TGTNNNNNNNNNNA
254 TCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAACTATAATATATTTTAAAAAAACATAAG---AAAAATTTA
230720 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
316 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * ** *
230744 AAATCCATTTAATGCGAGCAATAAGGATTTCGAAAGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTG
1 AAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** *** * * * **
230809 CTAATGAATGGCTTTTGGTTCATGTTTCCCAAGGTAGACTTCCAATTATAATATGTTTTAATTAA
65 CCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
* * * * * ** *
230874 AAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA-AAGTGAGCAATA
129 AAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAA-CAAGTAATA
* * * ** * * * * * * * *
230938 CGACTTTCGAATG-CATGGGTGACTATATATAGACT-TTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTT
193 AGGCTTTCGAA-GACTTCAGTGACTATAAATGGA-TGTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTCCATC
* * * * * * * *
231001 ACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTGACTAAAAATATAA-AAAAATTTAACT
256 ATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAACTATAATATATTTT-A-AAAAAACATAAGAAAAATTTAACT
231065 TAAAATCAATT
319 TAAAATCAATT
231076 GATTTTTCTT
Statistics
Matches: 1017, Mismatches: 291, Indels: 99
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.01
340 242 0.24
341 24 0.02
342 278 0.27
343 441 0.43
344 21 0.02
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGAAAGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
ATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAACAAGTAATAAGG
CTTTCGAAGACTTCAGTGACTATAAATGGATGTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTCCATCATGTT
TCCTAAAGCAGACATTCAACTATAATATATTTTAAAAAAACATAAGAAAAATTTAACTTAAAATC
AATTATGAGATTAT
Found at i:230356 original size:511 final size:500
Alignment explanation
Indices: 229719--230704 Score: 992
Period size: 511 Copynumber: 1.9 Consensus size: 500
229709 ATGAGATTAT
* ** *
229719 AAAATCATTTATAATGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGTTATGAGTGACTATAACTGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTATAATGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** *
229784 CCAATGAATGGTTTTCTCTTCATGTTGCCTAAGGCAAACACTCAATTATAATTTGTTTTAA-CTA
66 CCAAAGAATGGTTTTCTCTTCATGTTGCCTAAGGCAAACACTCAATTATAAACTATTTTAACCT-
********** *
229848 AAAATGTNNNNNNNNNNAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGG-GTAAT
130 AAAATGTAAAAACTTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAG-GGAGTAAT
** * * * *
229912 ATTGCTTTCGAAAGTAT-GAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTACCAAT-GAGTGGCTTTTCCTT
194 AAAGCTTTCGAAAGTATCG-GTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTGCCAT
* * * *
229975 CTTG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAAC-TATAATATATTTTAAAAAAAACA-T-AAAA-AATTTA
257 CATGTTTTCT-AAAGCAAACATTC-ACTTATAATATATTTT-AAAAAAACAGTAAAAACAATTGA
* * * * * * * *
230035 CCTTACAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGGAATGC-ATA
319 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGATTTCGAA-GCTATA
* * * * * *
230099 AACGACTATAAATGGACTTTTATTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACT
383 AACGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATCAATAGCTTTTTCCTCATGTTTCCTGAGGCAAACA
* *
230164 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCA
448 CTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCA
* *
230217 ANNNNNNNNNNNNNAAACCATTTA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATA
1 A-------------AAACCATTTATAA-TGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATA
** * * *
230280 AATGGGTTTTTCTTGCCAAAGAATGGCTTTT-TCTTCATGGTT-CTTGAGGCAAACATTCAATTA
51 AATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGG-TTTTCTCTTCAT-GTTGCCTAAGGCAAACACTCAATTA
* *
230343 TAAACTATTTTAACCTAAAATGTAAAAACTTTGAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAGCCG
114 TAAACTATTTTAACCTAAAATGTAAAAACTTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCG
** * * * *
230408 TTTGCAGGGAGTAATAAAGGTTTTGAAGGTATCGGTGACCATAAATGGACTTTTTTTACCAATGG
179 TTTAAAGGGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGTATCGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * ***
230473 ATGGCTTTGGCATCATGTTTTCTAAAGCAAACATTCACTTCTAATATATTTTAACTGAACATGTA
244 ATGGCTTTGCCATCATGTTTTCTAAAGCAAACATTCACTTATAATATATTTTAAAAAAACA-GTA
*
230538 AAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAAAAAGGATTT
308 AAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGATTT
* * * *
230603 CGAAGCTATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATGGTTTTTTCCTCATGTTTCCT
373 CGAAGCTATAAACGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATCAATAGCTTTTTCCTCATGTTTCCT
* *
230668 GAGGCAAACACTGAATTATAATATGTTTTAACCAAAA
438 GAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAA
230705 TTGTNNNNNN
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 72, Indels: 40
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
498 1 0.00
510 13 0.03
511 215 0.55
512 18 0.05
513 6 0.02
514 135 0.35
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (500 bp):
AAAACCATTTATAATGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAAAGAATGGTTTTCTCTTCATGTTGCCTAAGGCAAACACTCAATTATAAACTATTTTAACCTA
AAATGTAAAAACTTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGGGAGTAATAA
AGCTTTCGAAAGTATCGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTGCCATCATG
TTTTCTAAAGCAAACATTCACTTATAATATATTTTAAAAAAACAGTAAAAACAATTGAACTTAAA
ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGATTTCGAAGCTATAAACGACTA
TAAATGGACTTTTATTGCCAATCAATAGCTTTTTCCTCATGTTTCCTGAGGCAAACACTCAATTA
TAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCA
Found at i:231049 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 229376--231075 Score: 730
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 171
229366 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
229376 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGATGACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAGCATGAG-CGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * *** * * * * * *
229440 ACCAAGGAATGGCTTTTTCTTTATGATTCTTGAGGCAGA-TATTCGATTATAATCTATTTTTACC
65 ACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACT-TCCAATTATAATATATTTTAACT
* * * *
229504 AAAAATATAAGAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTAT
129 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * ** * * * * * * *
229547 AAAGCTGTTTACAA-CAATTAATAAGGGTTTCG-AAGACTTCAGTGACTATAAATGGA-TGTTTT
1 AAAACCATTTA-AAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAG-CATGAGCGACTATAAATAGACT-TTTC
* * * * * * * * * *
229609 TTGCTAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGTAGACATT-CAATTCTAATATATTTTAG
63 TTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGAC-TTCCAATTATAATATATTTTAA
* * **
229673 CTGAACATGCAAGAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
127 CTAAAAATATAA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * * *
229719 AAAATCATTTATAA-TGAGTAAAAAGGCTTTC-AAAGTTATGAGTGACTATAACTGGACTTTTCT
1 AAAACCATTTA-AAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAG-CATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * * * *
229782 TGCCAATGAATGG-TTTTCTCTTCATGTTGCCTAAGGCAAAC-ACTCAATTATAATTTGTTTTAA
64 TACCAATGAATGGCTTTT-GCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACTTC-CAATTATAATATATTTTAA
* ********** *
229845 CTAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
127 CTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * * * * *
229890 AAAACCGTTTAAAGCGGGTAATATTGCTTTCGAAAGTATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTA
* * ** * * * *
229955 CCAATGAGTGGCTTTTCCTTCTTGTTTCTCAAGGCAGACATT-CAACTATAATATATTTTAA-AA
66 CCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGAC-TTCCAATTATAATATATTTTAACTA
* * *
230018 AAAACAT-AAAAAATTTACCTTACAATCAATTATGAGATTAT
130 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * * * * *
230059 AAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATAAACGACTATAAATGGACTTTTATTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTA
* * * * *** * * * * *
230124 CTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
66 CCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACTTCCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * ************
230189 AAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNNN
131 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * **
230230 NAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAGCATGA-GCGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * *** * *
230294 GCCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCTTGAGGCAAACATT-CAATTATAA-ACTATTTTAAC
65 ACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGAC-TTCCAATTATAATA-TATTTTAA-
* * *
230357 CT-AAAATGT-AAAAACTTTGAACTTAAAATCAATTATGAGCTTAT
127 CTAAAAATATAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * * * * * * * * * *
230401 AAAGCCGTTTGCAGGGAGTAATAAAGGTTTTGAAGGTATCG-GTGACCATAAATGGACTTTTTTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAGCAT-GAGCGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * * * * *
230465 ACCAATGGATGGCTTTGGCATCATGTTTTCTAAAGCAAACATT-CACTTCTAATATATTTTAACT
65 ACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGAC-TTCCAATTATAATATATTTTAACT
* * * * *
230529 GAACATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
129 AAAAATATAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * ** *
230573 AAAACCATTTATAGCGAGTAAAAAGGATTTCG-AAGCTATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAGC-ATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * ** * * * * * *
230637 GCCAATCAATGGTTTTTTCCTCATGTTTCCTGAGGCAAAC-ACTGAATTATAATATGTTTTAACC
65 ACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACTTC-CAATTATAATATATTTTAACT
* * **********
230701 AAAATTGTNNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
129 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
230744 AAATCCATTTAATGCGAGCAATAAGGATTTCGAAAGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTA
* * * * *
230809 CTAATGAATGGCTTTTGGTTCATGTTTCCCAAGGTAGACTTCCAATTATAATATGTTTTAATTAA
66 CCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACTTCCAATTATAATATATTTTAACTAA
* *
230874 AAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
131 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
230915 AAAACCATTTAAAGTGAGCAAT-ACGACTTTCGAATGCATGGGTGACTATATATAGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGA-TTTCGAAAGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * *
230979 ACCAATGAATGGTTTTTTCTTTACGTTTCCCAAGGTAGACATT-CAATTATAATCTATTTTGACT
65 ACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGAC-TTCCAATTATAATATATTTTAACT
231043 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
129 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
231076 GATTTTTCTT
Statistics
Matches: 1160, Mismatches: 330, Indels: 78
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 120 0.10
170 31 0.03
171 734 0.63
172 268 0.23
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAACGATTTCGAAAGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTA
CCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACTTCCAATTATAATATATTTTAACTAA
AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:231313 original size:257 final size:257
Alignment explanation
Indices: 230851--231332 Score: 626
Period size: 257 Copynumber: 1.9 Consensus size: 257
230841 GGTAGACTTC
** * * *
230851 CAATTATAATATGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** *
230916 AAACCATTTAAAGTGAGCAATACGACTTTCGAATGCATGGGTGACTATATATAGACTTTTCTTAC
66 AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGACTTTCAAAGGCATGACTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
** * * *
230981 CAATGAATGGTTTTTTCTTTACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTGACTAAA
131 CAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTGACTAAA
*
231046 AATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGATTTTTCTTTATGGTTCTTGAGACAGACATT
196 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGATTTTTCTTTATGGTTCTTGAGACAGACATT
* * * *
231108 CAATTATAATATGTTTTAACCAAATATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATA
1 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
231173 AGACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTACTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
66 AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGACTTTCAAAGGCATGACTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
***
231238 CAAT-AGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-AGCTA
131 CAATGA-ATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTGA-CTA
* *
231301 TAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
194 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
231333 ATGAGCTTAT
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 34, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
256 2 0.01
257 187 0.99
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (257 bp):
CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGACTTTCAAAGGCATGACTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
CAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTGACTAAA
AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGATTTTTCTTTATGGTTCTTGAGACAGACATT
Found at i:231712 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 231101--233595 Score: 949
Period size: 171 Copynumber: 14.8 Consensus size: 170
231091 TTCTTGAGAC
* * * * *
231101 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAATATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * **
231166 GATTATAAGACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTACTGACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGACTT
* * * * **
231231 TTCTTGCCAAT-AGATGACTTTTGCTTCAC-GTTTCTTGAGGT
130 TTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTTACAG-TTCTCAAGGT
* * * *
231272 AGACATTCAATTATAATATATTTT-AGCTATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * * * * * **
231336 AGCTTATAAAAACCATTTAAAGCCAGCT-GTAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGNN
65 AGATTAT-AAAA-CATTTAAAGTGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGA
*********
231400 NNNNNNNNGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTT-TCCTAAGGT
127 CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACA-GTTCT-C-AAGGT
** * * * * *
231444 AGACATTCAGCTATTATATATTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * *
231509 GATTATAAAACTATTTAAGGACAGTGATAAGGCTTTCGAATACATGAGAGACTATAAATGAACTT
66 GATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGACTT
* * *
231574 TTGTTACCAATGAATAGCTTTTCCTTTACAGTTCTCAAGGT
130 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACAGTTCTCAAGGT
* * * * *
231615 AAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAATAT-AACTTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATG
* ** * * *
231679 ATATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGTGGACATGGGTGACTATAAATGGGCT
65 AGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGACT
* * *
231744 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATAGTTC-CTAAGGC
129 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACAGTTCTC-AAGGT
** * *
231786 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATCCAAAAAAATACAACTTGAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
********* * * * **
231851 GATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTTA-TGATAAATGGACT
66 GATTATA-AAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACT-ATAAATGGACT
* *
231915 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTGCATTTCTCATA-GT
129 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACAGTTCTCA-AGGT
* * * * * * * *
231957 AGACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAACTGTAAAACAGTTCAACTTAAAATCAAGTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
232022 GATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-ATGACTATAAATGGACT
66 GATTATAA-AACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGA-GACTATAAATGGACT
** * * *
232086 TTT-TTGTCAATGGATGAC-TTTTGTTT-CATGTT-TCCTAAGGT
129 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACA-GTTCT-C-AAGGT
* * * * * * *
232127 AGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACCCT-AAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATG
*********** * * * *
232191 AGATTATAAAACCATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAATAGACT
65 AGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGACT
* * * **** ** *
232256 TTCCTTATC-ACG--T---TTCTTAAGGTACACAT-TCAA-TT
129 TTTCTTACCAATGAATGGCTT-TTTCTTTACAGTTCTCAAGGT
* * * * ** * ** * * * * *
232291 ATA-A-TCTATTTTAACCA----AAAATCTAAAA-A-AATTAACTTCAAATCAATTATGAA--AT
1 AGACATTCAATTATAA-TATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTAT
* * * * ***
232346 ---A--ATAAAACTATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATACTTGAGTGACTATAAAAAAAC
64 GAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGAC
* * * * * *
232406 TTTTTTTGCCAATGAATGTCTTTTT-TTTCATATTTGTCAAGGT
128 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTT-ACAGTTCTCAAGGT
* * *
232449 AGACATTGAATTATAATATGTTTTAACTGAAAAAGT-T-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * ** * * * * *
232512 AAGAATACAAAACCGTTTAAGGCAAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAAC
64 GAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGAC
* * * *
232577 TTTTCTTTA-TAATGAATGGCTTTTCCTTTAC-GTTTCTCGAGAT
128 TTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACAG-TTCTCAAGGT
* ** * * * * * *
232620 AAACATTCAATTATAATAAATTTGAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * *
232685 GAATATAAAACTATTTAAAGT-AGGTAATAATACTTTCAAAGCCATGAGTGACTATAAATGAACT
66 GATTATAAAAC-ATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGACT
** * * * *
232749 TTTCTCT-TTAATGGATGTCTTTTGC-TT-CATGTT-TCCTAAGAT
129 TTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACA-GTTCT-C-AAGGT
* * * * * * *
232791 AGATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** * * ** * * * *
232856 GATTATAAAATCATTTAAAGTGACCATTAAGGCTTT-TAACGGTA-GGGTGATTATAAATGAACT
66 GATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGAGAGACTATAAATGGACT
* * * *
232919 TTT-TTTCCAATGAATGTCTTTTT-ATT-CATGTT-TCCTGAGGT
129 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACA-GTTCT-C-AAGGT
* * * * * **********
232960 AAACATACAACTATAATTTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * **
233024 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGAG-TTTCGAAGGCATGGGTGACTGCAAATGGAC
65 AGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGAC
* *
233088 TTTGCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTT-TCCTAAGGT
128 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACA-GTTCT-C-AAGGT
* * * * *
233131 AGACATTC-A--AT--TA-----TAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATC
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * * * * *
233186 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTG-TTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGAC
65 AGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGAC
* * * * *
233250 TTTTCTTACTAATGAGTGGC--TTTC-ATATCACGTTTCTCAAAGA
128 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTA-CA-G-TTCTCAAGGT
* * * * * ***
233293 AGACATTGAAGTATAATATATTTT-A-CAAAAA-ATTTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTNNN
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
******* ** * * *** * ** * **
233355 NNNNNNNAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTTTGGGTTACTGTAAATCAACT
65 AGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGACT
*
233420 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CTAGTTTCTTAAGGT
129 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTAC-AG-TTCTCAAGGT
* ********* *
233462 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CNNNNNNNNNNAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * ** * * * * *
233526 AGAATATAAAACTATTTATAGCGGGTAATAATACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAGATGAACT
65 AGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGACT
233591 TTTCT
129 TTTCT
233596 CTCTAATAGA
Statistics
Matches: 1737, Mismatches: 470, Indels: 234
0.71 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
150 1 0.00
151 45 0.03
152 2 0.00
153 1 0.00
154 1 0.00
155 1 0.00
156 7 0.00
157 14 0.01
158 7 0.00
159 9 0.01
160 12 0.01
161 11 0.01
162 106 0.06
163 8 0.00
164 13 0.01
165 15 0.01
166 5 0.00
167 7 0.00
168 11 0.01
169 235 0.14
170 196 0.11
171 882 0.51
172 140 0.08
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGAGACTATAAATGGACTTT
TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACAGTTCTCAAGGT
Found at i:231850 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 231101--233683 Score: 1618
Period size: 342 Copynumber: 7.6 Consensus size: 337
231091 TTCTTGAGAC
* * * *
231101 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAATATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGT
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * * * * * *
231166 GATTATAAGACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTACTGACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTT
* * ** *
231231 TTCTTGCCAAT-AGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTT
131 TT-TTACCAATGA-ATG-CTTTT-CTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTT
* * * **
231295 TAGCTATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAAACCATTTAAAGCC
192 TA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGTG
* * * * * **********
231360 AGCT-GTAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGNNNNNNNNNNGCCAATGAATGGCTTT
255 AG-TAATAAGGCTTTC-GAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
231424 TTCTTCATGTTTCCTAAGGT
318 TTCTTCATGTTTCCTAAGGT
** * ** *
231444 AGACATTCAGCTATTATATATTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
231509 GATTATAAAACTATTTAAGG-ACAGTGATAAGGCTTTCGAATACATGAGAGACTATAAATGAACT
66 GATTATAAAACTATTTAAGGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACT
* * *
231573 TTTGTTACCAATGAATAGCTTTTCCTTTACAG-TTCTCAAGGTAAACTTTCAATTATAATCTGTT
130 TTT-TTACCAATGAAT-GCTTTT-CTTTAC-GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATT
* * * *
231637 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAATAT-AACTTATGATATTATAAAAGCATTTAAAGT
191 TTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * *
231701 GAGTAATAAGGCTTTCGTGGACATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
254 GAGTAATAAGGCTTTCGAGG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* *
231766 TTCTTTATAG-TTCCTAAGGC
318 TTCTTCAT-GTTTCCTAAGGT
* * ** * *
231786 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATCCAAAAAAATACAACTTGAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
********* * * * * *
231851 GATTATANNNNNNNNNNAA-GCGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTTA-TGATAAATGGAC
66 GATTATA-AAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACT-ATAAATGAAC
* * * *
231914 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTGCATTTCTCATA-GTAGACATTCAACTATAATATAT
129 TTTT-TTACCAATGAAT-GC-TTTTCTTTACGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAATATAT
* * * * * *
231978 TTTAACCAAAACTGTAAAACAGTTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGT
190 TTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
232043 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGACTTT
254 GAGTAATAAGGCTTTCG-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
232107 TGT-TTCATGTTTCCTAAGGT
318 T-TCTTCATGTTTCCTAAGGT
* * * *
232127 AGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACCCT-AAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATG
* * ********** * *
232191 AGATTATAAAACCATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAAT-AGAC
65 AGATTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGA-AC
* * * *
232255 ---TTT--C--------CTTATC---ACGTTTCTTAAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTTA
129 TTTTTTACCAATGAATGCTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA
* * * * * * *
232304 ACCAAAAATCTAAAAAAATT-AACTTCAAATCAATTATGAAATAATAAAACTATTTTAAGTGAGT
194 A-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
** * *** * * *
232368 AATAAGGCTTTCGAATACTTGAGTGACTATAAAAAAACTTTTTTTGCCAATGAATGTCTTTTTTT
258 AATAAGGCTTTCG-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* *
232433 TCATATTT-GTCAAGGT
322 TCATGTTTCCT-AAGGT
* * * * * *
232449 AGACATTGAATTATAATATGTTTTAACTGAAAAA-GTTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * *
232513 AGAATACAAAACCGTTTAAGGCAAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGAAC-
* * * *
232578 TTTCTTTA-TAATGAATGGCTTTTCCTTTACGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATAAATT
129 TTT-TTTACCAATGAAT-GCTTTT-CTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATT
* * * * * *
232642 TGAATAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGGGAATATAAAACTATTTAAAGT-
191 TTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * * * ** * *
232706 AGGTAATAATACTTTCAAAGCCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-TTAATGGATGTCTT
255 A-GTAATAAGGCTTTC-GAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTT
* *
232770 TTGCTTCATGTTTCCTAAGAT
317 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGT
* * * *
232791 AGATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** ** * * ** * *
232856 GATTATAAAA-TCATTTAAAGTGACCATTAAGGCTTT-TAACGGTA-GGGTGATTATAAATGAAC
66 GATTATAAAACT-ATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGAGTGACTATAAATGAAC
* * * * * * *
232918 TTTTTTTCCAATGAATGTCTTTT-TATTCATGTTTC-CTGAGGTAAACATACAACTATAATTTGT
129 TTTTTTACCAATGAATG-CTTTTCT-TT-ACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATAT
********** *
232981 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
190 TTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * ** *
233046 GAGAAATAAGAG-TTTCGAAGGCATGGGTGACTGCAAATGGACTTTGCTTGCCAATGAATGGCTT
254 GAGTAATAAG-GCTTTCG-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
233110 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGT
317 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGT
* * *
233131 AGACATTC------AAT-TA---TAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATC
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
233186 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTG-TTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-AGA
65 AGATTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAG-GCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGA-A
* * * * * *
233249 CTTTTCTTACTAATGAGTGGC-TTTCATATCACGTTTCTCAAAG-AAGACATTGAAGTATAATAT
128 CTTTT-TTACCAATGAAT-GCTTTTC-T-TTACGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAATAT
* * **********
233312 ATTTTACA-AAAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAA
188 ATTTTA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * ** * * * ** *
233375 GCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTTTGGGTTACTGTAAATCAACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
252 GTGAGTAATAAGGCTTTC-GAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
*
233440 TTTTCTTC-TAGTTTCTTAAGGT
316 TTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGT
* * ********** *
233462 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACNNNNNNNNNNAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** ** * * *
233527 GAATATAAAACTATTTATA-GCGGGTAATAATACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAGATGAACT
66 GATTATAAAACTATTTA-AGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACT
* * * * ** *
233591 TTTCTCT-CTAAT-AGATCCCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAATATAGACATTCAATTATAATATA
130 TTT-T-TACCAATGA-AT-GCTTTT-CTTTACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATA
** *
233653 TTTTCACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTT
189 TTTT-AATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
233684 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1736, Mismatches: 397, Indels: 215
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
321 78 0.04
322 167 0.10
323 6 0.00
325 4 0.00
326 1 0.00
327 3 0.00
330 14 0.01
331 165 0.10
332 31 0.02
333 38 0.02
334 9 0.01
335 1 0.00
337 9 0.01
338 4 0.00
339 10 0.01
340 277 0.16
341 213 0.12
342 497 0.29
343 206 0.12
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (337 bp):
AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGAACTT
TTTTACCAATGAATGCTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTCGAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
GTTTCCTAAGGT
Found at i:232913 original size:663 final size:663
Alignment explanation
Indices: 231605--232891 Score: 1423
Period size: 663 Copynumber: 1.9 Consensus size: 663
231595 TCCTTTACAG
* * *
231605 TTCTCAAGGTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAATA
1 TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAATA
* * ** *
231670 TAACTTATGATATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGTGGACATGGGTGACTAT
66 TAACTTATGAAATAATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTAT
****
231735 AAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATAGTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
131 AAAAAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATAGTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * *******
231800 AATATGTTTTAATCAAAAATCCAAAAAAATACAACTTGAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNN
196 AATATGTTTTAATCAAAAAT-CAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATAAGAATACAAAAACCG
*** * * * * *
231865 NNNAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTTATGATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
260 TTTAAGCAAGTAATAAGGCTCTCAAAGACATGAGTGATGATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAA
* * * * * * * *
231930 TGGCTTTTTCTTTGCATTTCTCATAGTAGACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAACTGTAA
325 TGGCTTTTCCTTTACATTTCTCAGAGTAAACATTCAACTATAATAAATTTGAACAAAAAATGTAA
* * * * * *
231995 AACAGTTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
390 AAAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCA
* * * *
232060 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGGATGACTTTTGTTTCATGTTTCCTAAG
455 AAGCCATGAATGACTATAAATGAACTTTTTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAG
* * *
232125 GTAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACCCTAAATCAATTAT
520 ATAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCCTAAATCAATTAT
**********
232190 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAATAGAC
585 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACCATTAAGGCTTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAATAGAC
232255 TTTCCTTATCACGT
650 TTTCCTTATCACGT
* * * *
232269 TTCTTAAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATT-AACTTCAA-
1 TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAT
* * *
232332 ATCAA-TTATGAAATAATAAAA-CTATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATACTTGAGTGAC
65 AT-AACTTATGAAATAATAAAAGC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGAC
* * ** * *
232395 TATAAAAAAACTTTTTTTGCCAATGAATGTCTTTTT-TTTCATA-TTTGTCAAGGTAGACATTGA
128 TATAAAAAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTT-ATAGTTCCT-AAGGCAGACATTCA
* * * *
232458 ATTATAATATGTTTTAACTGAAAAAGT-TAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGAATAC-A
191 ATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAA-TCAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATAAGAATACAA
* * *
232521 AAACCGTTTAAGGCAAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGAACTTTTCTTT
254 AAACCGTTTAA-GCAAGTAATAAGGCTCTCAAAGACATGAGTGA-TGATAAATGAACTTTTC-TT
* * * *
232585 A-TAATGAATGGCTTTTCCTTTACGTTTCTC-GAGATAAACATTCAATTATAATAAATTTGAATA
316 ACCAATGAATGGCTTTTCCTTTACATTTCTCAGAG-TAAACATTCAACTATAATAAATTTGAACA
* * * * *
232648 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGGGAATATAAAACTATTTAAAGT-AGGTAA
380 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAA
* * * *
232712 TAATACTTTCAAAGCCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-TTAATGGATGTCTTTTGCTT
444 TAAGACTTTCAAAGCCATGAATGACTATAAATGAACTTTT-T-TGTCAATGGATGACTTTTGCTT
* * *
232776 CATGTTTCCTAAGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAA-C
507 CATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * *
232840 CTAAAATCAATTATTAGATTATAAAATCATTTAAAGTGACCATTAAGGCTTT
572 CT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACCATTAAGGCTTT
232892 TAACGGTAGG
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 101, Indels: 30
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
662 12 0.02
663 320 0.63
664 173 0.34
665 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (663 bp):
TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAATA
TAACTTATGAAATAATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTAT
AAAAAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATAGTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
AATATGTTTTAATCAAAAATCAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATAAGAATACAAAAACCGT
TTAAGCAAGTAATAAGGCTCTCAAAGACATGAGTGATGATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT
GGCTTTTCCTTTACATTTCTCAGAGTAAACATTCAACTATAATAAATTTGAACAAAAAATGTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAA
AGCCATGAATGACTATAAATGAACTTTTTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGA
TAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCCTAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGACCATTAAGGCTTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAATAGACT
TTCCTTATCACGT
Found at i:234621 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 233926--235298 Score: 845
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 171
233916 NNNNNNNNNA
* * * ** *
233926 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTC-CTATCAAGGGGT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTAT-AATAGAT
* * * * * *
233989 AGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAA-CAAGTCATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAACTATAA
65 GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGCAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-A
* *
234053 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTT
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * *
234097 AAAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTTACTACAAATGAACTTCTCT-TGCTAAT-GAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-ATAATAG-A
* * * * * * * * * *
234160 TGACTCTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTGATCACAAATGTAA
64 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAA
* *******
234225 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNN
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*** * * * * *
234268 NNNGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGAGACTATAAAT-AGACTTTTC-ATGTAATTGA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTCTATAATAGA
* * * * * * * * *
234330 TGGCTTTTACTTCACGTTTCTC-AAGAAAAACTTTAAATTATAACATATCTTAATGAAAGATGTA
64 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATA
* * **********
234394 AAGAAATTTAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNCCATTT
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
234438 AAAGCAAGTAATAATGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTATAATAGATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTATAATAGATG
** * * * * *
234503 TTTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATATAA
66 GCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAA
* * *
234568 AAATTCAGCTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTG
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
234609 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC-ATCAATAGA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTAT-AATAGA
* * * * * *
234672 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAAGTAGACATTTAATTATAATATATTTAAATC-AAAATATAA
64 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAA
* ********** *
234736 AAAAATTTAACTTAAAANNNNNNNNNNGACTATAAAACCATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * *
234779 AAAGCGAGTAA-GAGTGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAAT-AGACTTTTTTCTCTAATGGA
1 AAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTCTATAATAGA
* ** * ** ** **
234842 TGGCTTTTACTTCACGTTT-TCTGAGTCAAACATTCAATTCTAATCCATTTTAGCCAACGATATA
64 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATA
** * * *
234906 AAAAAATAAAACATAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACCATTT
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * ** * * * * * *
234950 AAAGTAAGAAATAAGGCTTTCAAAGGTATG-GAAGACTGTAAATGGACTTTTCT-TACCAAAAAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAG-TGACTATAAATGAACTTTTCTCTA-TAATAGA
** ** * * * * * *
235013 CAG-TTTTTTTTCACGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAA-CCAAAATGTAA
64 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAA
* * * * * *
235076 AAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAATCGTTA
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
235119 AAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCT-TGAGAGACTATGAATGGAC-TTTC-CTGTCAA-AGG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTAT-AATA-G
* ** * * * * *
235180 GTGAAATCTT-CTTTACGTTTC-CTGAAG-AAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAAT
63 ATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAAGCAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT
* * * *
235242 GTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAGACCATTT
125 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*
235289 AAAGCAAGTA
1 AAAGCGAGTA
235299 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 267, Indels: 75
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 10 0.01
169 120 0.13
170 332 0.37
171 372 0.41
172 59 0.07
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTATAATAGATG
GCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
Done.