Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397295.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_188.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 38982 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
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235862 ATGAGATTAT
* * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * *
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128 CAAAAATATAAAAAAATGT-AACT-TAAAATCAATTACAAGAACAC
* *
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Statistics
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171 177 0.93
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TCAATGGATAGTATTTGCTTCACATTTCTTGAAATAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
AAATATAAAAAAATGTAACTTAAAATCAATTACAAGAACAC
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Indices: 236467--242343 Score: 2936
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236457 TGGCTTTTGC
* * *
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* *
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* * * * *
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1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
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66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
* * * * *
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130 TACCAATGA-ATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAAACA
********** * * ** *
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* * ** *
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* * ** * * *
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129 T-TACCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAAACA
* * ** *
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1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
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* * * * * **
237106 TATCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCAAAATAAACA
130 TACCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAAACA
* * * * *
237148 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACCTT-AACTCAAAATCAACTATCAGATT
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* * ** ** *
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* *** * * * ***
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********** *
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1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * *
237384 ATACGACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT-AGATGACTACAAATGGACTTTTC
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
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66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * ** ***********
237621 TCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTNNNNNNNNNNGACA
131 ACCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAAACA
* * * *
237662 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * ** *
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65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * **
237790 TACCAATGGATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCTCAAGCCAAACA
130 TACCAATGAATGACTTTTGCTTCACAT-TTTCT-AAGGTAAACA
* * * * * *
237832 TTCAATTATAATATATCTGAA-TGAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATC
1 TTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
237896 AT-AAACCAATTTAAAGC-AGGTAATGATGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
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* * * * *
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128 CT-TACCAATGAATGA-CTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAAACA
* * * ********** **
238003 TTCAATTATAATCTTTTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCAA-TATNNNNNNNNNNACAAGATT
1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * * * **
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65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * * * ** *
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* ** ** ** *
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** * * * * * *
238237 TATAAAACTGTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTCC
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * ** * * *
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* * * * * * *
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1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
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66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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130 TACCAATGAATGACTTTTGCTTCACAT-TTTCTAAGGTAAACA
* * ** * *
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1 TTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * * * *
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* * * * *
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130 -TACCAATGA-ATGA-CTTTTGCTTCACATTTTCT-AAGGTAAACA
* * * * * * * * **
238855 TTCAATTATAATCTATTTTAATTAACAATATAAGAAAATTTAACATAAAATTAGTTACAAGATTA
1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * *
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66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGAACTTTTCT
** * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 TTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGAT
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* * * * *
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* * * * * * *
239538 TTAAATTATAATACATGTTAA-TGAAAGATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATT
1 TTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
239763 TAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTT
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* * * ** * *
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* * * **
239870 TTCAATGATAATATATTTTAACCT-AAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGACC
1 TTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * *
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* * * *
240104 TACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATG-GATGACTGTAAATGAACTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGAACTTTT
* * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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** * * *
240340 TACCAATGGGTGGCTTTTGCTT--TATGTTTCTTAAAG-AAGACA
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* * * * * *
240382 TTCAATTACAATATATTTTAAAT-AAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * ** *
240446 TAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACTGCAAAT-AAATTTCTCT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTT-TCT
* * * * * **
240510 TGCCAATGAATGACTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGACAAACA
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** ** ** *
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** ** * *
240787 ATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACCATAAATGAACTTTTCT
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* * *
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* * * * * * * * *
240894 TTCAATTATAATACATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAGCTTAAAATTAGTTGTGAGATTA
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* * * *
240959 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTAAGTGACTATAAAT-AGAC-TTTCT
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* * ** * * *
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* * **
241064 TTTAATTATAATATATTTTAACT-AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACCA
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* ** * * * * *
241128 TAAAACTATTTAAAGTAAGTAA-GAGTGCTTTTAAAGGCATAAGTGTA-TATAAATAAACCTTTC
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* * * ** * *
241191 TTTCTAATGGAT-AGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
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* * * * * * *
241234 TTCAATTCTAAT-TCGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATTAGTTACGAGATT
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* * * *
241298 ACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATG-GATGATTGTAAATGAACTTTTC
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* * * * * *
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* * * * * * *
241405 CTT-AATTATAATCT-GTTTAAC-CAAAATATAAAAAAAAATCAGCTTAAAATCAATTATCATAT
1 -TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
241467 CATAAAACCGTTAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAAT-AGAC-TTT
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* * * * * * * *
241530 CCTATCAA-GAGGTGGCTTTTACTTCATATTTTCTAAAG-AAGGCA
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* * *
241574 TTCAATTATAATATATATTAAC-AAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
241638 ATAAGACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAACAAATGGATTTTTCT
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241703 TACCAATGAATGACTATTT-CGTCACATTTTCCAAGGTAGACA
130 TACCAATGAATGACT-TTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAAACA
* * ** * * *
241745 TTCAATTATAATTTGTTAGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
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241874 TGA-TAATGGATGAC-TTTGCTTCATGTTTTCCAAGGGAGACA
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* ** * *
242043 TTACTAATGAAT-AGCTTTTTTTTCACA-TTTCTCAAGGTAGACT
129 TTACCAATGAATGA-CTTTTGCTTCACATTTTCT-AAGGTAAACA
* * * ********
242086 TTGAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGA
1 TTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * **
242150 TTATCAAAA-TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCAT-AGGTGACTATAGATGGGCTT
63 TTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGAACTT
* * * * *
242213 TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTT-A-ATGGTTCCTAAGG-AAGACA
126 TTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCACAT--TTTCTAAGGTAA-ACA
* ** *
242259 TTCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAAT-GCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
1 TTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
242322 ATAAAAACATTTAAAGCGAGTA
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
242344 NNNNNNNNNN
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TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
ACCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAAACA
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Alignment explanation
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237014 AATTCAACAC
* * * * **
237024 AAAA-TCAAT-TACGAGATTATAAAACCATTT-CAAGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATATAT
1 AAAATTCAATATACAAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGT
* * * ** ** * * *
237086 GATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAAT-GACTTTTTCTTCACGTTT-TCCAAAATAAACAT
66 GACTGTAAACGGACTCGTCTTGCCAATAAATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGACAAACAT
* ** ** * * *
237149 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACCTTAACTCAAAATCAACTATCAGATTAT
129 TCAATTATAACCTATTTTAACTAAAAACGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACAATAAGATTAT
** ** * * ** * *
237214 AAAACCATTAAAAGCGGGTTTTAATGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTGTCA
194 AAAACCATTAAAAGCCAGTAATAA-CGCCTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC-TT-TCA
* ** * * * * *
237279 T--CAATGGG-CGGCTTTTGTTTTACA-TTTCTCAAAAAAAGACATTCAATTATAATATATTTTA
256 TACCAA-GGGATGGCTTTTGCCTTA-AGTTTCT-ACAAGAAGACATTCAATTACAATATATCTGA
* ********** * * * * *
237340 A-TAAAANNNNNNNNNNTATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACGACCATTTAAAACGAG
318 ACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATCATAAGACCATTTAAAACAAG
* * ** * * * * * *
237404 TAATAAAGCTTTCGAAGGCAT-AGATGACTACAAATGGACTTTTCCTTCCAATAAATCATTTTTT
382 TAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG-TGACTACAAATAAACTTTTTCTGCCAATGAATGACTTTTC
* *** ** * * * * * *
237468 CATCACAC-TTCTTGAGGTAAACATTCAGTTATAATCTATTTTGATTAAAAATATAAA
446 CTTCAC-CTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAATTATAAA
* * * * * * *
237525 AATATTCAGCCTAAAACCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
1 AAAATTCA--AT-ATA-C-A-----AGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * * * * *****
237590 AGGCATGGGTGACTAG-AAACGGACT-TTACTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTNNNNN
56 AGGCATAGGTGACT-GTAAACGGACTCGT-CTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
****** * * * * * **
237653 NNNNNGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAACTTAACTTAAAATCAATT
119 AGACAAACATTCAATTATAACCTATTTTAACTAAAAACGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACA
* * * *
237718 ATGAGATTTTAAAACCATT-CAAGCCAGTAATAACGCCTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
184 ATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCCAGTAATAACGCCTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGG
* * * *
237782 GCTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCT-CAAGCCAA-ACATTCAATTATAAT
249 AC-TTTCATACCAAGGGATGGCTTTTGCCTT-AAGTTTCTACAAG--AAGACATTCAATTACAAT
** * *
237844 ATATCTGAATGAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATCATAA-ACCAATTT
310 ATATCTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATCATAAGACC-ATTT
* * * * * * *
237908 AAAGCAGGTAATGATGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTCT-CTAATGAAT
374 AAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTACAAATAAACTTTT-TCTGCCAATGAAT
* ** *
237972 -ATCTTTTGCTTCACCTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAACAA-TATA
438 GA-CTTTTCCTTCACCTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAACTAA-AATTATA
238035 AA
501 AA
* *
238037 AAAATTCAATATNNNNNNNNNNACAAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAA
1 AAAATTCAATAT----------ACAAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * *
238102 AGTCATAGGTGACTGTAAATGGACTCGTCTTGCTAATAAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG
56 AGGCATAGGTGACTGTAAACGGACTCGTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG
* * **
238167 ACAAATATTCAGTTATAACCTATTTTAACTAAAAACGTAAAAAAAATTGGCTTAAAATCAACAAT
121 ACAAACATTCAATTATAACCTATTTTAACTAAAAACGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACAAT
** ** * *
238232 AAGATTATAAAACTGTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC
186 AAGATTATAAAACCATTAAAAGCCAGTAATAACGCCTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC
* *** * * *
238297 TTTCCTGTTAAGGGGTGGCTTTTGCCTTAAGTTTCTAGAAGAAGACATTCAATTACAATATATTT
251 TTTCATACCAAGGGATGGCTTTTGCCTTAAGTTTCTACAAGAAGACATTCAATTACAATATATCT
* * * * *
238362 TAACCAAAAATGTAAAACAATTTAAGTTAGAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAACAA
316 GAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATCATAAGACCATTTAAAACAA
* * *
238427 GTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTACAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTC
381 GTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTACAAATAAACTTTTTCTGCCAATGAATGACTTTTC
* * * * *
238492 CTTCACTTTTTCCAAGACATACATTCAATTATAATCTCTTTTGACTAAAATTGTAAA
446 CTTCACCTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAATTATAAA
238549 AAAATTCAA
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Statistics
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AAAATTCAATATACAAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGT
GACTGTAAACGGACTCGTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGACAAACATTC
AATTATAACCTATTTTAACTAAAAACGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACAATAAGATTATAA
AACCATTAAAAGCCAGTAATAACGCCTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTCATACCA
AGGGATGGCTTTTGCCTTAAGTTTCTACAAGAAGACATTCAATTACAATATATCTGAACCAAAAA
TGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATCATAAGACCATTTAAAACAAGTAATAAGGC
TTTCGAAAGCATGAGTGACTACAAATAAACTTTTTCTGCCAATGAATGACTTTTCCTTCACCTTT
CCCAAGACAGACATTCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAATTATAAA
Found at i:238602 original size:512 final size:502
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236592 CTTACCAATG
* * ** * *
236602 AATGACTTTTCCTTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATAT
1 AATG-CTTTTTCTTCACGTTTTC-AAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
* * * * * * * * *
236667 AAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTT
64 AAAAAAACTTAACTTAAAATCAACTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * ** **
236732 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATAGATGATTTTTGCTTCTCGTTTCCT
129 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCATATCAATGGGTGGCTTTTGCTT-AAGTTT-CT
* ********* * * **
236797 -AAGGCAA-ACATTCAATTATAATATATTNNNNNNNNNNATATTAAAAAATTTAACTTAAAATTG
191 AAAAG-AAGACATTCAATTATAATATATT-TTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * *** **** ** *
236860 ATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGGGTGCTTTC-AAAGGCATAAGTGACTATAA
254 ATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAAA-GCATGGGTGACTACAA
* * ** * * * *
236924 AT-AGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTCTCCTAAGGTAAAAATTCAATTAT
318 ATGA-ACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTCCTTCACTTTTTCC-AA-G-AAACATTCAATTAT
*
236987 AATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCAACACAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCAT
379 AATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCAT
** * * *
237052 TTCAAG-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATATATGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATA
443 TT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTGTAAATGGAC-TTTCTTCT-AATA
* *
237114 AATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCAAAATAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT
1 AATG-CTTTTTCTTCACGTTTT-CAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
* * * * **
237179 AAAAAACCTTAACTCAAAATCAACTATCAGATTATAAAACCATTAAAAGCGGGTTTTAATGGCTT
64 AAAAAAACTTAACTTAAAATCAACTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA-GGCTT
** * * * *
237244 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTT-GTCATCAATGGGCGGCTTTTGTTTTACA-TTTC
128 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCAT-ATCAATGGGTGGCTTTTG-CTTA-AGTTTC
* * **********
237307 TCAAAAAAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAANNNNNNNNNNTATTTAACTTAAAATC
190 T-AAAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAA-ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
* * * * *
237372 AATTATGAGATTATACGACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGATGACTACAA
253 AATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTACAA
* * * * * * * * * *
237437 ATGGACTTTTCCTTCCAATAAATCATTTTTTCATCACACTTCTT-GAGGTAAACATTCAGTTATA
318 ATGAACTTTTCTTTCCAATGAAT-ATCTTTTCCT-TCACTTTTTCCAAG-AAACATTCAATTATA
* * * * * * **
237501 ATCTATTTTGATTAAAAATATAAAAATATTCAGCCTAAAACCAATTGTGAGATTATAAAACCATT
380 ATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCA-ACTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
237566 TACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAG-AAACGGACTTTACTTTCCAATG
444 TA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACT-GTAAATGGACTTT-C-TTCTAATA
* * ********** *
237628 AATGGCTTTTTCTTTATGTTNNNNNNNNNNGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
1 AAT-GCTTTTTCTTCACGTT-TTCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
* * * * * * * *
237693 AAGAAAACTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATT-CAAGCCAGTAATAACGCCTT
64 AAAAAAACTTAACTTAAAATCAACTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
237757 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-
129 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCATATCAATGGGTGGCTTTTGCTT-AAGTTTCTA
* * * * * * *
237821 CAAGCCAA-ACATTCAATTATAATATATCTGAATGAGAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCA
192 AAAG--AAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
237885 ATTATGAGATCATAA-ACCAATTTAAAGCAGGTAATGATGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAA
254 ATTATGAGATTATAAGACC-ATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTACAA
* * * * * * *
237949 ATAAACTTTTCTCTCTAATGAATATCTTTTGCTTCACCTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAA
318 ATGAACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTCCTTCACTTTTTCCAA-G-AAACATTCAATTATAA
* ********* * *
238014 TCTTTTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCAA-TATNNNNNNNNNNACAAGATTACAAAACCATT
381 TCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCAACTA--AAATCAATTACGAGATTATAAAACCATT
** * * *
238078 TAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGTCATAGGTGACTGTAAATGGACTCGTCTTGCTAATA
444 T-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTGTAAATGGACT-TTCTT-CTAATA
* * * * * *
238140 AATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGACAAATATTCAGTTATAACCTATTTTAACTAAAAACGT
1 AAT-GCTTTTTCTTCACGTTT-TCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
* ** * ** *
238205 AAAAAAAATTGGCTTAAAATCAACAATAAGATTATAAAACTGTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
64 AAAAAAACTTAACTTAAAATCAACTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
238270 CAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTCCTGTTAAGGGGTGGCTTTTGCCTTAAGTTTCTAG
129 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCATATCAATGGGTGGCTTTTG-CTTAAGTTTCTAA
* * * *
238335 AAGAAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTAAGTTAGAATCAATT
193 AAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
*
238400 ATGAGATTATAAGACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTACAAATGA
257 ATGAGATTATAAGACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTACAAATGA
238465 ACTTTT-TTTGCCAATGAATGA-CTTTTCCTTCACTTTTTCCAAGACATACATTCAATTATAATC
322 ACTTTTCTTT-CCAATGAAT-ATCTTTTCCTTCACTTTTTCCAAGA-A-ACATTCAATTATAATC
* * * * * *
238528 TCTTTTGACTAA-AATTGTAAAAAAATTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
383 TATTTTAACTAACAA-TATAAAAAAATTCAACT-AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
238592 TAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGAGTGACTATCAATAGAC-TTCAAGTGCCAATG
446 -AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTGTAAATGGACTTTC---TTCTAATA
* * * * * *** * * **
238652 GATGACTTTTGCTTTATG-TTCCTAAGGTAGACATTAAATTATAATAC-ATCCTAA-TGAAAAAT
1 AATG-CTTTTTCTTCACGTTTTC-AAAACAAACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACT-AAAAAT
* * * * * *
238714 G-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA-TGATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGGGTAATGATG
62 GTAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAACT-ATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * ** * * ** * ** * *
238776 CTTTCGTAGACATGAGTGACGATAAATAAACTTTCCTCTCCAACAGATATCTTTTGTTTCACGTT
125 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCATAT-CAATGGGTGGCTTTTGCTT-AAGTT
* ** * * * * * * *
238841 TCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATTAACAATATAAGAAAATTTAACATAAAAT
188 TCTAAAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
* * ** * * ** * * **
238906 TAGTTACAAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGTCATGGATGACTGT
252 CAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAAAG-CATGGGTGACTAC
* * * * ** * * *
238970 AAATGGACTTTTCTTGT-CAATAAATAACTTTTTCTTCA-TGTTTCTTGAGACAAACATTTAGTT
316 AAATGAACTTTTCTT-TCCAATGAATATCTTTTCCTTCACT-TTT-TCCA-AGAAACATTCAATT
* * * * * * *
239033 ATAATCTATTTGAA-TCAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAACTATC-ATATTATAAAA
377 ATAATCTATTTTAACT-AACAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTA-CGAGATTATAAAA
* * * * * *
239096 TCGTTAAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCTGT-TA
439 CCATT-TAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTGTAAATGGACTTT-CT-TCTA
*
239159 AGA
500 ATA
* * * * * * * * * *
239162 AGTGGCTTATCCCTCATGTTTTCCAAAGAAGACATTCAATTACAATAC-ATTTTAACCAAAAATA
1 AAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCAAAACAA-ACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACTAAAAATG
* * * *
239226 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAGAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
63 TAAAAAAACTTAACTTAAAATCAACTAT-AAGATTATAA-AACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * ** ** ** *
239289 TTTCAAAGG-TATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTT-CTTTCATGT
126 TTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCATATCAATGGGTGGCTTTTGC-TT-AAGT
* *** * * * * * *
239352 TTCCTGAGTCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAATTGTAAAAACATTTAA-TCGAA
187 TT-CTAAAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTTAACT-TAA
********** * * * * * *
239415 AATCAATTATGAGATTATAA-ANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGTTTTC-AAAGGCTTGAGTCA
249 AATCAATTATGAGATTATAAGA-CCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAAA-GCATGGGTGA
* * * * * * * *
239478 CTATAAAT-AGACTTTTCATACCAATGGATGA-CTTTTGCTTTA-TGTTGCTCAAGATAAACATT
312 CTACAAATGA-ACTTTTCTTTCCAATGAAT-ATCTTTTCCTTCACTTTTTC-CAAG--AAACATT
* * * * * *
239540 AAATTATAATAC-ATGTTAA-TGAA-AGATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATT
372 CAATTATAAT-CTATTTTAACT-AACA-ATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTACGAGATT
** * * * * *
239601 ATAAAATGATTTAAAAC-AGGTAATAATGCTTTC----GAATAGG-GACTATAAATGAACTTTTC
433 ATAAAACCATTT-AAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTGTAAATGGAC-TTTC
*
239660 TCTCCAATA
495 T-TCTAATA
* ** * * ** * * * * * * *
239669 GATATTTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATACTATAATTCAACGAAAAAT-T
1 AATGCTTTTT-CTTCACGTTTTC-AAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
* * * * * *
239733 AAAAACACTTTCAGCTT-AATTC-A-T-TAGGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
64 AAAAAAAC-TT-AACTTAAAATCAACTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGC-
* * * * ** * *
239793 TTTGAAA-GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TAGCCAATGGATTACTTTTACTTCATGTT
126 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCATA-TCAATGGGTGGCTTTTGCTT-AAG-T
* * * * * *
239856 TTCT-AAAGTAGACATTCAATGATAATATATTTTAACCTAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAA
187 TTCTAAAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
* ** * * * * ** * * *** *
239920 TCAATTGTGAGACCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAGTGCTTTTGAAGGCATAATTGACTAT
251 TCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTAC
* * * * * ** *
239985 AAATAAACTTTTCTATCCAATGGAT-TGCTTTT-GTATTA-TATTTCTTGATGCAAACATTCAAT
316 AAATGAACTTTTCTTTCCAATGAATAT-CTTTTCCT-TCACT-TTT-TCCAAG-AAACATTCAAT
********* * *
240047 TATAATCTATTTTAA-TCAACAATATAAAAAAATTCAA-TATNNNNNNNNNNACAAGATTACAAA
376 TATAATCTATTTTAACT-AACAATATAAAAAAATTCAACTA--AAATCAATTACGAGATTATAAA
* * * *
240110 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-GGATGACTGTAAATGAACTTTTCTTTCC
438 ACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGG-TGACTGTAAATGGAC-TTTC-TTCT
240174 AATA
499 AATA
* * * *** * * *
240178 AACGGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGTTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAATTGT
1 AA-TGCTTTTTCTTCACGTTT-TCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT
* * * * * * * *
240243 AAAAACA-TTCAGCTTAAAATCAACAATCATATAAT-AAACTCCTTAAAAGCGAGTAATAAGCCT
64 AAAAAAACTT-AACTTAAAATCAACTATAAGATTATAAAAC-CATTAAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
240306 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCTACCAATGGGTGGCTTTTGCTTTATGTTTCT
127 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCATATCAATGGGTGGCTTTTGC-TTAAGTTTCT
* * * *
240371 TAAAGAAGACATTCAATTACAATATATTTTAA-ATAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATAAA
191 AAAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACA-AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * ******
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*** * * * * ** *
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* * * * * * * * * * **
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* ** * * * * ** **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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378 TAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCA
** * * * * **
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442 TTT-AAGCGAGTAATAAG-GCTTTCAAAGGCATAGGTG-ACTGTAAATGGA-CTTTC-TTCTAAT
*
241199 G
502 A
* * * * *** * * * * *
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1 AAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTC-AAAACAAACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACTAAAAATG
* * ** ** * *
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* * * * * * *** * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * ***
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *** * *
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*
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* * * *** * * * ** *
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* * * **********
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* * * * * *
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* * * * * * * ***********
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190 T-AAAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
* * * ** * *** *
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253 AATTATGAGATTATAAGACCATTT-AAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTACA
* * * * * ** * * * *
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* * ******* *
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379 AATCTATTTTAACT-AACAATATAAAAAA---ATTCAACTAAAATCAATTACGAGATTAT-AAAA
* * ** * * *
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*
242223 TG
501 TA
* * * * * ** * *
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1 AAT-GCTTTTTCTTCACGTTTTCAAAACAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATG
* * * * * *
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63 TAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAACTATAAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTA
242344 NNNNNNNNNN
Statistics
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320 GATGACTTTTGCTTT--ATGTTC
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** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * ** ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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** * * * * *
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257 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAGACTTTCTC-T-CCAAT
** * * *
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* * ** * * * * * * * * *
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1 CTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
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* *
239330 ATGAATAACTTTT-CTTTCATGTTTC
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * *
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* *
239754 C-ATTA-G-GATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCTTGAGTGACTAT
64 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * * *
239814 AAAT-AGACTTTTCTAGCCAATGGATTACTTTTACTTCA-TGTTTTCTAA-AGTAGACATTCAAT
129 AAATGA-ACTTTTCT-TCCAATGAATGACTTTTGCTTCACT-TTTTCCAAGA-TAAACATTCAAT
* * * * * **
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190 TATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * * * * *
239940 CCATTTAAAGCGAGTAA-GAGTGCTTTTGAAGGCATAATTGACTATAAATAAACTTTTCTATCCA
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*
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * ******
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**** * * * * * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * *
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*** * ** * *
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* **********
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* * * ** * * *
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256 ATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTCT-CT-CCA
* * ** *
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* * * ** ********
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* ** *
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* * * *
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188 ATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
242326 AAACATTTAAAGCGAGTA
252 AACCATTTAAAGCGAGTA
242344 NNNNNNNNNN
Statistics
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* * * ** *
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* * * * *
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* *
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* * * * * **
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
246660 GTTAAAGTATATTATAATTAAATGTTTA--TCT---AAGA-GCAGC
127 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGC
* * * * *
246700 AAAAG-CTATTCATTGG-AGAGAAAAGT-TTATTTATGGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
1 AAAAGTC-ATCCATTGGCA-AGAAAAGTCTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
246762 ACTTGCTTTAAATAGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTCAAT
64 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGT
* * * * * *
246827 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAACGT-AA-A
129 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTTG-GAAACATGAAGC
* ** * * * *
246869 AAAAATACATTTATTTGGTAATAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCTAAAGCCTTATT
1 AAAAGT-CATCCA-TTGGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
********** * * ** * * *
246933 ACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTCAAATTTCTTTAGATTTTTGGT
64 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGT
* * * *** *
246998 TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAG-
129 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGC
* * * ********** * *
247041 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTANNNNNNNNNNTGGCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* ** * *
247105 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTGTAATTGA-TTTAGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT
* * *** *
247169 AAAATATATTGTAATTGAATGTTTGA-CTCAAGAAAGATGAAGC
130 AAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACCTTTGGAAACATGAAGC
* * * *
247212 AAAAGTCATCTATTGACCAA-AAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAGTCATCCATTG-GCAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
247275 CTCGCTTTAA
65 CTCGCTTTAA
247285 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGC
Found at i:243547 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 242466--247284 Score: 2142
Period size: 512 Copynumber: 9.4 Consensus size: 507
242456 ATTTGCAAAA
* * ** * *
242466 AAAGTCCATTTACT-GTCATCCATGCCTTCGAACA-CCATATTACTTGCTTTAAATAATTTTATA
1 AAAGTCCATTTA-TAGTCA-CCATGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATA
* * * * ** * *
242529 ATCTCCTAACTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTGAAAAT-TGATTGTAATTGAAT
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAT-ATTATAATTGAAT
* * *** * * * * *
242593 GTTTGTCC-CAGGAAACGCAATGCAAAAGCAATCCATTGGAGAA-AACAGTCTATTTATAGTCAC
127 GTCTG-CCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** * ** * * *
242656 T-TATACCTTCGAAAGCACTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATGACCTCATAATTGA-TTTTAG
190 TCAAGACCTT-GAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG
* * **********
242719 TTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAANNNNNNNNNNAATTGAATGTCTA-CTTCAGGAAACATG
252 TTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACAT-
* * * * *
242782 AAGCAAAAGCTATCCTTTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTA
314 AAGCAAAAGCTATCCATTCA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTA
* * * * * *
242846 TTACTTGCTTTAAAT-ACTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
377 TTACTCGCCTGAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * * * *
242910 AGTCAAATTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTGGGAA-CGTGAAGGAAAAGTC-TTTCATTGG
441 AATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCC-TCGAGAAGCATGAAGAAAAAGACATCT-ATT-G
* *
242973 CATGA
503 CAAGG
* * * * * * * * *
242978 AAAGTCTC-TTTGTAGTTACCCACGCCTTCGAAAGCCTTACTAC-CTGCTTCAAATGGTCTTAGA
1 AAAGTC-CATTTATAGTCA-CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTCTTATA
243041 ATCTCATAATTGATTTTAACGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
63 ATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * *
243105 GTCTACTTTAGGAAATGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
127 GTCTGCCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
********** * *
243170 NNNNNNNNNNAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA
192 AAGACCTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTT-ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTA
* **
243235 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTAAAAAACATAAAGCA
255 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-AAGCA
* *
243300 AAAGATATCCATTCAAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT-AATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
319 AAAGCTATCCATTCAA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTAAAAGCCTTATTACT
********** * *
243364 CGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAATTAA
382 CGCCTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAA
* * * * *
243429 AATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAAGG
447 AATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGACATCTATT-GCAAGG
* * * * * *
243491 AAAGTCCACTTACAGTCATCCATGCCTTTGGAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAAT
* * * * * *
243556 CTCGTAACTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTATA-TTGTTAGCTAAAATAGATTATAACTGAATG
65 CTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
243619 TCTGCCTGAGGAGACATATAGCAAAATCCATCAATTGGA-GAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTT
128 TCTGCCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * ** * *
243683 ATG-CCTTTGATAG-TACTT-TTGCTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGACTTCAAG
192 AAGACC-TTGAAAGCT--TTATTACTTGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG
* * * * *
243745 TTGAATTTTTTTATACTTTTT-GTTAAACTATACTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGA
252 TTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-A
*
243809 AGCAAAAGCTATCCATTGGC-AAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCAAAAGCCTTA
315 AGCAAAAGCTATCCATT--CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTA
* * * *
243872 TTACTTGCTTGAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTT
377 TTACTCGCCTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTT
** * ** * * *
243937 TCTTAAAATATATTATAATTTAATGTCCACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGACATCCATTG-AA
441 AATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGACATCTATTGCAA
244001 GAG
506 G-G
* * * * * ****
244004 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACCCACTTTAAATAGTTTTNNNN
1 -AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAA
****** * * * * * * *
244069 NNNNNNAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTCATCAAGATATATTATAGTTTATTGT
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * *
244134 CTGCCTTAGGAAATATATAGCAAAAGTCATCCATTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAA
129 CTGCCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * * *
244199 GACTTTGAAAGCCTTATTAGTTGC------T-TTTATAATCTAATAATTGAGTTTAGGTTAAATT
194 GACCTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATT
* * ** * * *
244257 GTTTTACATTTTTAGTCAAAATCGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAGCAAAAGC
259 TTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAGCAAAAGC
* * * * * *
244322 CATCCATTGACATGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTT
324 TATCCATTCA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCCTG
* * * * *
244387 AAATGACTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAGTATA
388 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATA
* * * *
244451 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGGAATG--TGAAAAAAAAGTCATCTATTGGCAAGA
453 TTATAATTGAATGTCTGCCTCGA-GAA-GCATGAAGAAAAAGACATCTATT-GCAAGG
* * ** * *
244507 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGTAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATACTCTTATCAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAAT
* * * * *
244572 CTCATAGTTAATTTTAAGCTT-AATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
244636 CT-TCTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCTACCCATTGGTAA-AAAAGTTCATTTATAATCACTCA
129 CTGCCTTAG-GAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * *
244699 AG-CCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTGATAATTGA-TTTGAAGTT
193 AGACCTT-GAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTT
* * * *
244762 -AATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTC-AGCCTT-GGTAAACATGA
254 AAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAGG-AAACAT-A
* * * * * * ***
244823 AGAAAAAGCTATTCATTGGC-AAGCAAAGTCTATTTGTAGTCACCCATA-CCTTCGGAAGCCTTA
315 AGCAAAAGCTATCCATT--CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTA
* * * * * * * *
244886 TTACTCG-ATATAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTTAATTTGTTTTATAATTT
377 TTACTCGCCT-GAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTT
* * * * * *** * *
244950 TAGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGACT-TAGGAAATGTGATGAAAAA-ACTATTTATTG
440 TAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGA-GAAGCATGAAGAAAAAGAC-ATCTATTG
*
245013 ACAAGA
503 -CAAGG
* * * *
245019 AAAG-CCTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGAAAG-CTTAGTTACTCGCTTTAAATGGTCTTATN
1 AAAGTCC-ATTTATAGTCA-CCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATAGTCTTATA
********* **
245082 NNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * *
245146 TCT-TCTATGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACT-AG-AAAGTCTATTTATAGTCACT
128 TCTGCCT-TAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * ** *
245208 CAAG-CCTTCGAAAG-TCATATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTGATTGTTGATTTTAAG
191 CAAGACCTT-GAAAGCT-TTATTACTTGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG
* ** * * * ** *
245271 TTGAATTTTTTTATTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTAAGAAACATAAA
252 TTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-AA
* * *********
245336 GAAAAAG-TCA-CTTATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TNNNNNNNNNNAAAAGCCTT
316 GCAAAAGCT-ATC-CATTCA--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTAAAAGCCTT
* * * * * ** * * * * *
245397 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCGTAACAGGTTTTATGTTCAATTTTTTTATATTGTT
376 ATTACTCGCCTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
** * * * * ** * * * *
245462 GGTTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTACTTTAAGAAACATGAAGCAAAAG-CTATCCATTGGA
441 AATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGAC-ATCTATTGCA
*
245526 GAGA
505 -AGG
* * * * * * * * * *
245530 AAAGTTCATTTATAGTAACTCATACCTTCGAAAGCATCATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAAT
********** * * * * * * *
245595 CTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTCATTAAGATGTATTATAATTGAATATT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * * *
245660 TGCCTT-GGCAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATT-AGTATGAAAGGCCCATTTATAGTCACTCA
130 TGCCTTAGG-AAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * *
245723 AGCCCTTGAAGGCCTTATTACTAGCTTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
193 AGACCTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATG--TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAA
* * * * * * * *
245788 ATATTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGCCTACCATAGAAAACTTGAAG-AA
256 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-AAGCAA
* * * * * * ** * * * * *
245852 AAACTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCTTGGCTTCAAAAGCCTTCTTATTTG
320 AAGCTATCCATTCA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * ** * * * * **
245917 CTTTAAATGGTCTTACAATCTTGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTGCATTTTTGGTTAAAA
384 CCTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAA
* * * * * * ** * * * * *
245982 TATCTTATAATTCAATGTCTTCTTCAAGAAACGGGAAGTAAAAG-CGACCCATTGGTAAGA
449 TATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGAC-ATCTATT-GCAAGG
* ********* * *** * * *
246042 AAAGTCTATTTNNNNNNNNNNATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTTAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTT-ATAGTCACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAAT
* * * * * * * * ** *
246107 TTGATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTGTTACATTTTCTGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGCC
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * * * * ** * * * * * * *
246172 TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGCAAAGTCTAGTTACAATCACCCATG
130 TGCCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * * * * * *
246237 -CCTTTGAAACCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAT
195 ACC-TTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAA
* * * * * *
246301 TTTTTTATAAATTTTTAGTTAAAAAATATTATAGTTGAATGTCTACATAAGGAAACATGAAGAAA
257 TTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-AAG-CA
** * ** * * * *
246366 AAAGAC-ATTTATT-AGTAAGAAAAGTTCATTTATAAACACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAATAC
319 AAAG-CTATCCATTCA--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * **
246429 TCGCTTTAATTGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTTT--ATTTTTGGT
381 TCGCCTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAA-ATTTTTTTACATTTTTAAT
* * ** * * * * * * * * *
246492 TAAAATATATTATAATTAAATATCTATCTTGAAAAACGTAAAG-CAAAGCCAGCCATTAG-AAGG
444 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGACATCTATT-GCAAGG
** * * * ** * * *
246555 AAAAGTTTATCTATACTCACTCATGCCTTCGACAA-TATTGTTAC-CTGCTTTAAATAGTTTTAT
1 -AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTCTTAT
* * * ** * *
246618 ATTTTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAGTATATTATAATTAAA
62 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAA
*** * ** * * * ** * *
246682 TG--T---TTATCTAAGA-GCAGCAAAAGCTATTCATTGGA-GAGAAAAGTTTATTTATGGTTAC
126 TGTCTGCCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
246740 CCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAG
190 TCAAGACCTT-GAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG
* * * * * * * * *
246804 TTGAATTTTTTAACATTTTCAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACGTAA
252 TTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATAA
** * ** ** * *
246868 AAAAAATAC-ATTTATTTGGTAATAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCT-AAAGCCTTA
316 GCAAAA-GCTATCCA-TT-CAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TAAAAGCCTTA
********* * * * * *
246931 TTACTCNNNNNNNNNNG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTCAAATTTCTTTAGATTTTT
377 TTACTC-GCCTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
** * * * * * * * *
246995 GGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAGCCAT-TCATTGGT
441 AATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGACATCT-ATT-GC
*
247058 AAGA
504 AAGG
* ********* * ** * * *
247062 AAAGTCTATTTANNNNNNNNNNTGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTA-TAGTCACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAAT
* ** * * *
247127 TTTGTAATTGA-TTTAGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTGTAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
247191 TTGACTCAAGAAAGATGAAGCAAAAGTCATCTATTGACCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
129 CTGCCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * *
247255 AG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
193 AGACCTT-GAAAGCTTTATTACTTGCTTTAA
247285 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3308, Mismatches: 836, Indels: 326
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
500 3 0.00
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504 107 0.03
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517 7 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
GCCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGA
CCTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTT
TTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAGCAAAAGCTA
TCCATTCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCCTGAAA
TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTA
TAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGACATCTATTGCAAGG
Found at i:246750 original size:165 final size:167
Alignment explanation
Indices: 246228--246814 Score: 447
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 167
246218 CTAGTTACAA
* * * * * * *
246228 TCACCCATGCCTTTGAAACCCTTATT-TCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTT
1 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACCT-GCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
246292 TAAGTTGATTTTTTTATAAATTTTTAGTTAAAAAATATTATAGTTGAATGTCTA-CATAAGGAAA
65 TAAGTTAATTTTTTT-T-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATATCTATCTTAA--AAA
** * *** * * *
246356 CATGAAGAAAAAAGACATTTATTAGTAA-GAAAAGTTCATTTATAA
126 C--GAA-AGCAAAGCCAGCCATTAG-AAGGAAAAGTTTATCTATAC
* * * * * * * * *
246401 ACACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAATA-CTCGCTTTAATTGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTT
1 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACCT-GCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTT
*
246465 TAAGTTTAATATTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATATCTATCTTGAAAAACG
65 TAAG-TTAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATATCTATCTT-AAAAACG
246530 TAAAGCAAAGCCAGCCATTAGAAGGAAAAGTTTATCTATAC
128 -AAAGCAAAGCCAGCCATTAGAAGGAAAAGTTTATCTATAC
* * * * *
246571 TCACTCATGCCTTCGACAA-TATTGTTACCTGCTTTAAATAGTTTTATATTTTCATAATTAATTT
1 TCACCCATGCCTTCGA-AAGCATTATTACCTGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTT
* * * *
246635 TAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAGTATATTATAATTAAATGTTTATC-T-AAGA-G-
65 TAAGTTAATTTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATATCTATCTTAAAAACGA
* * ** * * **
246696 CAGCAAAAGCTATTCATT-GGAGAGAAAAGTTTATTTATGG
129 AAGC-AAAGCCAGCCATTAGAAG-GAAAAGTTTATCTATAC
* * * *
246736 TTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTT
1 TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACCTGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTT
246801 AAGTTGAATTTTTT
66 AAGTT-AATTTTTT
246815 AACATTTTCA
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 63, Indels: 33
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 8 0.02
165 82 0.24
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171 6 0.02
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174 11 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
TCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACCTGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTT
AAGTTAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATATCTATCTTAAAAACGAAA
GCAAAGCCAGCCATTAGAAGGAAAAGTTTATCTATAC
Found at i:248356 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 247713--249006 Score: 846
Period size: 340 Copynumber: 3.8 Consensus size: 338
247703 TAATTATTAG
* * * * ** * ** * * *
247713 ATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATATGGGTTTCAAAAGTTTGAGTGACTACAGATGAACTTT
1 ATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTACAAACGAAATTT
* * * * * * * *
247778 TCGTGCAAATGAATTG-CTTTTTCTT--TACGTTTCCTAATGTAGACATTCAATTATAAGATATT
66 TCTTGCCAAT-AAATGACTTTTTCTTCATA-ATTTCTTAA-GTAAACATTCAATTATAATATGTT
* * * * *
247840 TTAGTCAAAAATGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTA-CAAGATTGTAAAACCATTTAAAG
128 TTACT-AAAAA--TATAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATC-AGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * * *
247904 CGAGTAATAAGACCTTCGAA-GCTATGAGTGACTATAAATGAACTTTCTTTGCCAATGAATGGCT
189 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAATGACTATAAATGGACTTTC-TTGTCAATGGATGGCT
** * * * * * **
247968 TTCCCTTCATATTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAA
252 TTTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAGATATTCAACTATAATATCTTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAA
* *
248033 -TCAACATAAAATTAGTTACGAC
316 TTCAACATAAAATCAATTACGAC
* * * * * *
248055 ATTAGAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGCATG-GATGACTATAAATGAAAT
1 ATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTC-AAAGGCATGAG-TGACTACAAACGAAAT
* *
248118 TTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTCTTCAT-ATTTCTTAAG-ACAGGCATTCAATTATAATATGT
64 TTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATAATTTCTTAAGTA-A-ACATTCAATTATAATATGT
* * * *
248181 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAACTATCAGATTATAAAATTGTTAAAAGT
127 TTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCA-CTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGT
248246 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
190 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
248311 GCTTCATGTTTCTT-AGAGAAGATATTCAACTATAATATCTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTC
255 GCTTCATGTTTCTTAAG-GAAGATATTCAACTATAATATCTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTC
** * *
248375 AATTTAAAATCAATTATGAG
319 AACATAAAATCAATTACGAC
* * * * * * *
248395 ATTATAAGACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATGAGTGACTACAAACGGACTTT
1 ATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTACAAACGAAATTT
* * ********** *
248460 TGTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATNNNNNNNNNNGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTT
66 TCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATAATTTCTTAAGTAAACATTCAATTATAATATG-TTTT
* * * * * * *
248525 TCCAAAAATGTAAAAAAGTTCAATCTAAAATCAATTATTAGATGATAAAACTATTTAAAGTGAGT
130 ACTAAAAATATAAAAAAATTCACT-TAAAATCAATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * * *
248590 AACAAGGCTTTTAAAGGCTTGAATGACTATGAATGGACTTT-TTGTGCCAATAGATGGCTTTTGC
194 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTCTTGT--CAATGGATGGCTTTTGC
** * * * * * * * * * *
248654 TTCATGTTTCACAAGGTAGACATTAAATTATAAGATATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAGAATTTA
257 TTCATGTTTCTTAAGGAAGATATTCAACTATAATATCTTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAAATTCA
* *
248719 GC-TCAAAATCAATTACGAG
320 ACAT-AAAATCAATTACGAC
* * * * * * * *
248738 ATT-GTAATACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA-GC-TACAGGTGACTATAAATGGAC
1 ATTAG-AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCAT-GA-GTGACTACAAACGAAA
* * ** * * * * ** * * *
248800 TTTCCCTGTGAATGAGTGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCCAAGTAGACATTCAAGTATAACATGTT
63 TTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATAATTTCTTAAGTAAACATTCAATTATAATATGTT
* * *********** *
248864 TTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
128 TTA-CTAAAAATATAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
* * *
248929 AGTAATAATGCTTTCGATAGG-TT-AACTGACTATAAATAGACTTT-TTGTACCAATGGATGGCT
191 AGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCTTGAA-TGACTATAAATGGACTTTCTTGT--CAATGGATGGCT
* *
248991 TTGGCTTTATGTTTCT
252 TTTGCTTCATGTTTCT
249007 CGAGGCAAAC
Statistics
Matches: 751, Mismatches: 169, Indels: 64
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 13 0.02
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
ATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTACAAACGAAATTT
TCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATAATTTCTTAAGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
CTAAAAATATAAAAAAATTCACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
TGTTTCTTAAGGAAGATATTCAACTATAATATCTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTCAACATAA
AATCAATTACGAC
Found at i:248705 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 247642--249450 Score: 1010
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 169
247632 CAAAATTCCT
* * * * * * * * * *
247642 AAGGCAGATATTCAATGACAATCTATTTTCACTAAATATGTAAAAACATTCAACCAAAAATTAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAAT
* * * * * * * * * *
247707 TATTAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATATGGGTTTCAAAAGTTTGAGTGACTACAGATG
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATG
* * * * * *
247772 AACTTTTCGTGCAAATGAATTGCTTTTTCTTTACGTTTC-C
130 GACTTTTTGTGCCAATG-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * *
247812 TAATGTAGACATTCAATTATAAGATATTTT-AGTCAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAAT
1 -AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAAATTCAAC-TAAAAT
** * * * * * *
247875 CAATTACAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTCGAA-GCTATGAGTGACTAT
61 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAATGACTAT
* ** * *
247939 AAATGAACTTTCTT-TGCCAATGAATGGCTTTCCCTTCATATTTCTT
125 AAATGGACTTT-TTGTGCCAATG-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * *
247985 AAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAA-TCAACATAAAATTAGT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAAT
* * * * * *
248049 TACGACATTAGAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGCATGGATGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGAATGACTATAAAT
* * * ** * *
248113 GAAATTTTCT-TGCCAATAAATGATTTTTTCTTCATATTTCTT
129 GGACTTTT-TGTGCCAAT-GATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
** * * * * *
248155 AAGACAGGCATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAAC
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAAT
* * * * * **
248220 TATCAGATTATAAAATTGTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATG
*
248285 GACTTTCTTGT--CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-
130 GACTTT-TTGTGCCAAT-GATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * * * *
248324 TAGAGAAGATATTCAACTATAATATCTTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCAA
1 AAG-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAA
* * ** * * * *
248388 TTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCGAAGG-TATGAGTGACTACAAA
64 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAATGACTATAAA
* * *******
248452 CGGAC-TTTTGTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATNNNNNNN
128 TGGACTTTTTG-TGCCAATG-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
*** * * * ** * *
248495 NNNGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTTCCAAAAATGTAAAAAAGTTCAATCTAAAATCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAAT
* * * * * *
248560 TATTAGATGATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCTTGAATGACTATGAATG
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATG
* *
248625 GACTTTTTGTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCAC
130 GACTTTTTGTGCCAAT-GATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * *
248666 AAGGTAGACATTAAATTATAAGATATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAGAATTTAGCTCAAAATCAA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACT-AAAATCAA
* * * * ** *
248731 TTACGAGATTGTAATACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCTACAGGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-ATGACTATAAA
* *
248795 TGGACTTTCCCTGTG--AATGAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
128 TGGACTTT--TTGTGCCAATGA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * * *******
248838 AA-GTAGACATTCAAGTATAACATGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAANNNNNNN
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAAT
*** * *
248902 NNNGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGATAGG-TT-AACTGACTATAAA
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGAA-TGACTATAAA
* * ** *
248965 TAGACTTTTTGTACCAATGGATGGCTTTGGCTTTATGTTTCTC
128 TGGACTTTTTGTGCCAAT-GATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * * * *********
249008 GAGGCAAACATTAAATTATAACATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAACAATTTANNNNNNNNNNAA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTAAAATCAA
* * * * * * *
249072 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAATGCCTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAATGACTATAAA
* * * * *
249136 TGAACTTTTCTCT-CCAATAGATGTCTTTCGT-TTCATGTTTCTT
128 TGGACTTTT-TGTGCCAAT-GATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCTC
* * * * * *
249179 GAGATAGACATTCAATTAT-A-ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTTAATTGAAAATCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-AAAATCAAT
* * ********** ** ** * *
249242 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGGATGAGTGACTATAAATA
65 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATG
* * ** *
249307 AACCTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTT
130 GA-CTTTTTGTGCCAATG-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * * * * *
249348 GAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGA-TCAAAAATGTAAAAACAAACTCAACATAAAATC
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGT-AAAA-AAATTCAAC-TAAAATC
*
249412 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
62 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
249451 ACNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1259, Mismatches: 317, Indels: 122
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 10 0.01
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171 429 0.34
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173 51 0.04
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGG
ACTTTTTGTGCCAATGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
Found at i:249925 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 249638--250141 Score: 444
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 160
249628 ACCTAAAATC
* * * * * *
249638 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCGAGTTATAAGGCTTTCGAAAGCT-TGAGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAATGCTTTC-AAAGGTATGAGTGACTATA
* * * ** *
249702 AAT-AGACTTT-TCTTGATAATAGATGACTTTTGCCTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTA
65 AATGA-ACTTTCTCTT--CAATGGATGTCTTTTGTTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
*
249765 TAAAATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCANNNNNNNNNN
127 TAAAATATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCA---------A
* * *
249809 AATTATGAGAATATAAAAGTATTTAAAGCGGGTAATAATACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAA
* * * *
249874 ATGAACTTTGCTCTTCAATGGATGTCTTTTGTTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTTAATTACAA
66 ATGAACTTT-CTCTTCAATGGATGTCTTTTGTTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAA
*
249939 TATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
130 AATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
249971 NNNNNNNNNNATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGGGTAACAATGCTTTCGAAGGCATGAG
1 ---------AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGAG
*
250036 TGACTATAAATGAACTTT-TCTCTCAAATGGATGTCTTTTGCTTT-ATGTTTCTCGAGGTAAACA
57 TGACTATAAATGAACTTTCTCT-TC-AATGGATGTCTTTTG-TTTCATATTTCTCGAGGTAAACA
*
250099 TTCAATTATAATAA-ATTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAA
119 TTCAATTATAA-AATATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAA
250142 CTTAAAATCA
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 36, Indels: 38
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 8 0.03
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173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAA
ATGAACTTTCTCTTCAATGGATGTCTTTTGTTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAA
ATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAA
Found at i:251355 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 250470--251403 Score: 646
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
250460 NNNNNNNNNN
* ** ** **
250470 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGCAGGCAAGGAA-GAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGAATGAC
* * * * * *
250534 TACAAATAGACTTTTCTTGCCAATGTATGGCTTTTTCTTCGCATTT-TCTAAGGCAGACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAAGCAGACATTCAA
* * *
250598 TTATAATCTATTTTAACTAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAA
129 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
********** * *
250641 ANNNNNNNNNNAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGAC
* * * * * ** * *
250705 TGTAAATGGGCTTTTCGTACAAATGAAAT-GCTTTCACTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAA
* * * *
250769 TTATAATCAAGTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAACATAA
129 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
250812 AATCGATTACGAGGTTATAAAA-TCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGCATGGATGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAATGA
* * * * * * ** * *
250876 CTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTGTCT-TGAGATAAACATTCA
64 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAG-CAGACATTCA
*********** *
250940 ATTATAATCTGNNNNNNNNNNAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
128 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* ** * * * * * *
250984 AGTTGACTATCAGATTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTT-AAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAA-TGAC
* * ** * * * ** * *
251048 TATAAATAGAC-TTTCTTGCGAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTTTGAAATAAGATATTCAAC
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAAT
* * *
251112 TATAATATAATTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAA
130 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
*********** * * *
251154 AATCAATTATNNNNNNNNNNGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAATGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAATGAC
* * * * * *
251218 TACAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGTTTTTTCATCACATTTCTCAAAGCAGACATTCAAT
65 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAAT
* * *
251283 TATAATCTATTTTGACCAAAAATATAAAAGAATTCAACCTAA
130 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* *
251325 AATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGGAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-AAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAA-TGAC
*
251389 TGTAAATGGACTTTT
65 TATAAATGGACTTTT
251404 TGTTGGGGAT
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 187, Indels: 30
0.72 0.24 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 116 0.21
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACT
ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATT
ATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
Found at i:254838 original size:169 final size:157
Alignment explanation
Indices: 254520--254853 Score: 339
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
254510 TATAAAAGCA
*
254520 TTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGAATTCCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
* *
254585 ATATTTTTTTCATCACATTTCCTGAGGTAGACACTCAATTTTAATCTATTTTAACTAAAAATATA
66 ATATTTTTTTCAT--CATTTACTGAGGTAGACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
*
254650 AAAAATTAACCTAAAATCAATTATGAGAT
129 AAAAATTAACCTAAAATCAATAATGAGAT
**
254679 NNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGGACTTTTC
1 ----------TTTAAAGCGAGTAATAAGAATTCCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
254744 TTGCTAATGAATGGCTTTTTTT-AT-GTTTACTGAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
56 TTACCAATGAAT--ATTTTTTTCATCATTTACTGAGGTAGACACTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * *
254807 TTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATAATGAGAT
119 TAAAAATAT-AAAAAATT-AACCTAAAATCAATAATGAGAT
*
254848 TATAAA
1 TTTAAA
254854 ACCATTTAAA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 19, Indels: 18
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169 81 0.57
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171 7 0.05
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Consensus pattern (157 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGAATTCCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
ATATTTTTTTCATCATTTACTGAGGTAGACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAA
AAATTAACCTAAAATCAATAATGAGAT
Found at i:255223 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 254065--258170 Score: 2641
Period size: 171 Copynumber: 24.0 Consensus size: 170
254055 CTTTTCATGA
* * * * * * *
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1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCT-AGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * * *
254129 AAATGTATAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
65 AAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
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* * * *
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1 CAATGGATAGCTTTTGC-TTCATGTTT-CTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
********** * *
254300 AAAATGTAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * ** *
254365 ATACTTTTGATA-GCTTGACTGACTATAAATAAACTTTT-TGC
129 AGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* * * *
254406 GCTAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTGCTCA-AGGA-AAACATTCAATTATAACT-TATTTTAA
1 -C-AATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCT-AGA-GATAGACATTCAATTATAA-TATATTTTAA
* ********** *
254468 -TGAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGT
61 CT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** * *
254532 AATAAGAATTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTAC
125 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* ** * * ** * * * *
254579 CAATGAATATTTTTTTCATCACATTTCCT-GAGGTAGACACTCAATTTTAATCTATTTTAACTAA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * **********
254643 AAATAT-AAAAAATT-AACCTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
254706 GGCTTCCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGC
130 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* * * * * * * * *
254748 TAATGAATGGCTTTT--TTTATGTTTACT-GAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACTTA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * ***
254810 AAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * * * *
254875 GGCTTTAAAAAGCTTGAGCGAATATAAATGGGCATTTCATAC
130 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTC
* * * ** * * * *
254917 CAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CGAAGGCAAACATTCAATTATAGTACATCTTAA-TGA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTAG-AGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-A
* ********** * * *
254980 AAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAGTGGGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * ** *
255045 ATGCTTTCGAAGGGATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTCTT
129 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TC
* * * * *
255088 CAATGGATATCCTTTGCTTCATGTTTCTTGGGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* * * * * *
255153 AATGTAAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATGAAATTACAAAACCATTTTAAGCAAGTAA-AAG
66 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
255217 TGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATGAATAGACTTTTCTCTC
131 -GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TC
* * * * * ** *
255259 CAATGGTTGGCTTTTGCTTTATATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCA-ATTTTAACCAA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACTAA
* * * * * * * * *
255323 CAATATAAAAAAATTTAGCATAAAATCAGTTACGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGACTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
255388 GGC-TTCTAAAGGCATG-GATGACTATACATGGACTTTTCTTGC
130 GGCTTTC-GAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
** * * * * * * * *
255430 CAATAAATAGCTTTTTCTTCAT-TATTCTCGAGACAAACATTCAATTATACTTTGTTTTAACAAA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGT-TTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-TA
* * * * *
255494 AAAATCTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTA-GTAGATTATAAAATCGTTAAAAGCGAGTAAT
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
255558 AAGGCTTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTAC
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* * ** * * * * *
255601 CAACAGG-TGGCTTTTGCTTCACATTTCCAGAAGA-AAACATTCAACTATAATATATTTTGACCA
1 CAA-TGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTAG-AGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
* * * * * * **
255664 ACAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAGACTATTTAAAGTAAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * *
255729 ACACTTTCGAAGGTAT-AGGTGACTACAAATAGACTTTAT-TTGC
129 AGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTT-TCTT-C
* * * * * * * * * *
255772 CAATGAAT-GATTGTTTCTTCATGTTTCCCA-A-ACCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGACC
1 CAATGGATAGCTT-TTGCTTCATGTTT-CTAGAGA-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * ** * *
255834 AAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTTATTATTAGATTATAAAACCA-TTAAAACGAGTAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
255898 AATGCTTTTGATGGCTTGACTGACTATAAATGGACTTTTGCTAT-
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CT-TC
* * ** * * *
255942 CAATAGA-AGGCTTTTGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAACACATTTTAA-TAA
1 CAATGGATA-GCTTTTGCTTCATGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-A
* * * * * * *
256005 AAAATGTGAAAATATTCTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGGGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
256070 ATGCCTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTCTCTCTC
129 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TC
* * * * * *
256113 CAATGGAT-GTTTTTCACTTCATGTTTCTTGAGATAGGCATTCAATTATAATATA-TTGAACCAA
1 CAATGGATAGCTTTT-GCTTCATGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * * * * ** *
256176 AAATATAGAAAAATTTAACTGAAAATCGATTATGAGATTACGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAT
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
256241 GGCTTTCAAAGGAATG-GTCATTATAAATGGACATTTCTTGC
130 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* ** * * * * * *
256282 CAAGGGAT-GACTTTTGCTTCACATTTCTCA-AGGTAAACATACAATTATAATCTGTTTTGACTA
1 CAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCT-AGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
* * **********
256345 AAAATATAAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTNNNNNNNNNNAA
64 AAAATGT-AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
256410 TAAGGCTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGGCTTCTTGTAC
127 TAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTT-TTCTTC
* * * * ********** * *
256455 C-ATAGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGANNNNNNNNNNTAATCTGTTTTAACTA
1 CAAT-GGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCT-AGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
* * * *
256518 AAAATGTAAAATAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTTAT
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
256582 AAGGCTTTCGAAGGCTTGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTGG
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* * *
256626 CAATGGATAGCTTTTACTTCATGTTTCTCA-ATG-TAGACATTCAATTATAAAATATCTTAA-TC
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCT-AGA-GATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-
********* ** *
256688 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNA-TATAAAAGTATTTAAAGCGGGTAA
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
256752 TAATGCTTTCAAAGGTATGAATGACTATAAA-GGAACTTTTCTCTC
127 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCT-TC
* * * *
256797 AAATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATATTATATTTTAA-TAAA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AA
* * * * * *
256861 AAATGTAAAAACATTTAACCTT-AAATCAATTATGAGCTTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTATTA
65 AAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * **
256925 AGGCTTTTAAAGGCGTGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGC
129 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
** * * *
256968 CAAACCAAAGA-ATGTCTTTTTCTTCATGTTTC-ATGAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTT
1 C--A--ATGGATA-G-CTTTTGCTTCATGTTTCTA-GAGATAGACATTCAATTATAATATATTTT
* *
257031 AACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAG
59 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
257096 TAATAATGCTTTCGAACGTAT-AGGTGACTACAAATGGACTTTTTTTTTTGC
124 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC---TTTTCTT-C
* * * * * * * *
257147 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCTAG-GGTGGACATTTAATTATAATATGTTTTAACTAA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * * * ***
257211 AAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACAATTTAAAATAAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * *
257276 GGCTTTCTGAATACTTGAATGACTATAAATGAACATTTT-TTAC
130 GGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTT-C
* * * * * * * *
257319 CAATGGCTAGTTTTTCCCTCATGTTTTCCCA-AGA-AGACATTCAATTGTAACATATTTTAACAA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATG-TTT-CTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-T
* * * * * *
257382 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAGACCATTTGAAGCGAGTAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
257447 AAGGCTTTCGGAGGCAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* ** * * ** * *
257491 CAATGAATAG-TTTTTTTTTATATTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAG
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * * *
257554 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
257619 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATTC
130 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTC
* * * ** * * * * * *
257661 AAATCGAT-GACTTTTGTTTCACATTTCCCA-AGAAAAATATTTAATTATAATATATCTTAA-TA
1 CAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTT-CTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-
* * * *
257723 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTAAAAGCGAGTTAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
257788 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATATATGGAC-TTTCTCAC
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TC
* * * * *
257831 CAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGA-AGACATTTAATTATAAAATATTTTAACTAA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
** *
257895 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
257960 GGTTTTTGAAAGCTTGTGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTTC
130 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTC
* * * *
258002 CAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAGAG-TAGAGATTCAATTATAATATATTTTAA-TCA
1 CAATGGATAGCTTTTGCTTCATG-TTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-A
* * * * ** * *
258065 AAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGACCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-G
64 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
258129 AGTGCTTTTGAAGGCATTAGTGACAATAAATAGACTTTTCTT
129 AG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
258171 TCTTAATGAA
Statistics
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0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 41 0.01
168 9 0.00
169 216 0.07
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179 9 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
Found at i:255412 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 254065--266555 Score: 3921
Period size: 342 Copynumber: 36.7 Consensus size: 340
254055 CTTTTCATGA
* * * * * * * * * *
254065 CAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCATGCTAGACATTCAATTATCAGATATTTTAGCAAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * * * *
254129 AAATGTATAAAAAATTCAACTAAAAATTAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
65 AAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * *
254194 AGGCCTTCGAAGCTATG-GATGACTATAAATGGACTTCCTT-TGCCAATGAATGGCTTTT-CTTT
129 AGGCTTTCGAAGGT-TGAG-TGACTATAAATGGACTT--TTCTTCCAATGGATGGCTTTTGC-TT
* * * * *********
254256 CATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAANNNNNNNNN
189 CATATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * ** * *
254320 NTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTTGATA-GC-TTGA
253 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATAG-
* ** *
254383 CTGACTATAAATAAACTTTT-TGCGC
316 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-CTC
* * * * * ** * *
254408 TAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTGCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAACT-TATTTTAA-TG
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GATAGACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACT-
* * ********** * *
254470 AAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
** * * * * *** * *
254535 AAGAATTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATTTTTTTCATCA
128 AAGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * *
254600 CATTTC-CTGAGGTAGACACTCAATTTTAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATT-AACCT
191 TATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
********** * *
254662 AAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATAAGTGA
255 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGA
*
254727 CTACAAATGGACTTTTCT-TGC
320 CTATAAATGGACTTTTCTCT-C
* * * * * *
254748 TAATGAATGGCTTTTT-TT-ATGTTTAC-TGAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACTTA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * **
254810 AAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
** * * * * * * * *
254875 GGCTTTAAAAAGCTTGAGCGAATATAAATGGGCATTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATG
130 GGCTTT-CGAAGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATA
* * * * * ** * *
254940 TTTC-CGAAGGCAAACATTCAATTATAGTACATCTTAATGAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAA
193 TTTCTCG-AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
********** * * * * *
255004 AATCAATNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAGTGGGTAATAATGCTTTCGAAGGGAT-GAGTGAC
257 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGAC
** *
255068 TATAAATAAACTTTTCTCTT
321 TATAAATGGACTTTTCTCTC
* * * * * * *
255088 CAATGGATATCCTTTGCTTCATGTTTCTTGGGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
* * * * *
255153 AATGTAAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATGAAATTACAAAACCATTTTAAGCAAGTAA-AAG
66 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * *
255217 TGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATGAATAGACTTTTCTCTCCAATGGTTGGCTTTTGCTTTATA
131 -GCTTTCGAAGGT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATA
* * * * * *
255282 TTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCA-ATTTTAACCAACAATATAAAAAAATTTAGCATAA
193 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
255346 AATCAGTTACGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGACTAATAAGGC-TTCTAAAGGCAT-GGATGA
257 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATAGG-TGA
*
255409 CTATACATGGACTTTTCT-TGC
320 CTATAAATGGACTTTTCTCT-C
* * * * * * *
255430 CAATAAATAGCTTTTTCTTCAT-TATTCTCGAGACAAACATTCAATTATACTTTGTTTTAACAAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT-TTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-TA
* * * * * * *
255494 AAAATCTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTA-GTAGATTATAAAATCGTTAAAAGCGAGTAAT
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * *
255558 AAGGCTTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTACCAACAGG-TGGCTTTTGCTTC
128 AAGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAA-TGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * * * * *
255621 ACATTTC-CAGAAGAAAACATTCAACTATAATATATTTTGACCAACAATGTAAAAAAATTTAAGT
190 ATATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * ** ** *
255685 TAAAATCAATTATGAGATTATTAGACTATTTAAAGTAAGTAATAACACTTTCGAAGGTATAGGTG
254 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTG
* *
255750 ACTACAAATAGACTTTAT-T-TGC
319 ACTATAAATGGACTTT-TCTCT-C
* ** * * * * * *
255772 CAATGAAT-GATTGTTTCTTCATGTTTC-CCAAACCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCA
1 CAATGAATAGCTT-TTTCTTCATGTTTCTTGAGA-TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * * ** * * *
255835 AAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTTATTATTAGATTATAAAACCA-TTAAAACGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
255899 ATGCTTTTGATGGCTTGACTGACTATAAATGGACTTTTGCTAT-CAATAGAAGGCTTTTGCTTCA
129 AGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
** * * * * * ** * * * *
255963 CGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAACACATTTTAATAAAAAATGTGAAAATATTCTACTTA
191 TATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * *
256028 AAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGGGTAATAATGCCTTCGAAGGCATGGGTGGC
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGAC
* *
256093 TATAAATGAACTTCTCTCTC
321 TATAAATGGACTTTTCTCTC
* * * * *
256113 CAATGGAT-G-TTTTTCACTTCATGTTTCTTGAGATAGGCATTCAATTATAATAT-ATTGAACCA
1 CAATGAATAGCTTTTT--CTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * * * ** *
256175 AAAATATAGAAAAATTTAACTGAAAATCGATTATGAGATTACGAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * * * *
256240 TGGCTTTCAAAGGAATG-GTCATTATAAATGGACATTTCTTGCCAAGGGATGACTTTTGCTTCAC
129 AGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * * *
256304 ATTTCTCAAGGTAAACATACAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATATAAAAGAAAATTCAACTT
192 ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAA-AAAATTCAACTT
* ********** *
256369 AAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGA
255 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGA
* * *
256434 CTATAAATGGGCTTCTTGT-AC
320 CTATAAATGGACTT-TTCTCTC
* ** * ********** *
256455 C-ATAGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGANNNNNNNNNNTAATCTGTTTTAACTAA
1 CAAT-GAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * * * *
256519 AAATGTAAAATAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTTATA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * *
256583 AGGCTTTCGAAGGCTTGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGGATAGCTTTTACTTCAT
129 AGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * * *
256648 GTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAAAATATCTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
192 ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
********* ** * * * * *
256713 AATCNNNNNNNNNNA-TATAAAAGTATTTAAAGCGGGTAATAATGCTTTCAAAGGTAT-GAATGA
257 AATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGA
256776 CTATAAA-GGAACTTTTCTCTC
320 CTATAAATGG-ACTTTTCTCTC
* * * * * *
256797 AAATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATATTATATTTTAA-TAAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AA
* * * *
256861 AAATGTAAAAACATTTAACCTT-AAATCAATTATGAGCTTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTATTA
65 AAATGTAAAAAAATTTAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
** * * ** * * * *
256925 AGGCTTTTAAAGGCGTGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAAACCAAAGAATGTCTTTTTC
129 AGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT------CCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * *
256990 TTCATGTTTCAT-GAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
187 TTCATATTTC-TCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
257054 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAACGTATAG
251 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG
* * *
257119 GTGACTACAAATGGACTTTTTTTTTTGC
316 GTGACTATAAATGGAC--TTTTCTCT-C
* * * * * *
257147 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCT-AGGGTGGACATTTAATTATAATATGTTTTAACTAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * **
257211 AAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACAATTTAAAATAAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
** * * * * * * *
257276 GGCTTTCTGAATACTTGAATGACTATAAATGAACATTTT-TTACCAATGGCTAGTTTTTCCCTCA
130 GGCTTTC-GAA-GGTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * * *
257340 TGTTT-TCCCAAGAAGACATTCAATTGTAACATATTTTAACAAAAAAATATAAAAAAATTTAACT
191 TATTTCT-CGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * *
257404 TCAAATCAATTATGAGAATATAAGACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGGAGGCATAGGTG
254 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTG
* *
257469 ACTATAAATAGACTTTTCT-TGT
319 ACTATAAATGGACTTTTCTCT-C
* * * * ** *
257491 CAATGAATAG-TTTTTTTTTATATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAGA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
* *
257555 AATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
66 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * * *
257620 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATTCAAATCGATGACTTTTGTTTCACAT
131 GCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATAT
* * ** * * * * **
257685 TTCCCAAGAAAAATATTTAATTATAATATATCTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
194 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
257750 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTAAAAGCGAGTTATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAATGACTA
259 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTA
* *
257814 TATATGGAC-TTTCTCAC
323 TAAATGGACTTTTCTCTC
** * * ** * * *
257831 CAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGA-AGACATTTAATTATAAAATATTTTAACTAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* **
257895 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * * *
257960 GGTTTTTGAAAGCTTGTGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTTCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACG
130 GGCTTTCG-AAGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA--
* * * *
258025 T-TTTCTAGA-GTAGAGATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAACTTA
191 TATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * ** * * *
258088 AAATCAGTTATAAGACCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-GAGTGCTTTTGAAGGCATTA-GTG
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCA-TAGGTG
* * *
258151 ACAATAAATAGACTTTTCTTTC
319 ACTATAAATGGACTTTTCTCTC
* ** * ****** ** * * * * ** *
258173 TTAATGAA-AAATGTAAAAGAAT-TCAACTTAAAAT-CA-ATTAGAGATTATAA-AACTATT---
1 -CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGT-TTCTTGAGATAGACATT-CA-ATTATAATATGTTTTAAC
* * ** * * ** * * * * * ****
258230 T-AAAGTGGGTAATAATGTTT-TC-GAAGGT--ATGA-GTGACTATACATAAACTTTTCTCTCCA
62 TAAAAAT--GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-A-AACCATTT-AAAGCA
* * * * ** * ** * * ** **
258289 A-TGGAT--GTCTTTC---GCTTCACGATTCCCA-AGGTAGAC-ATTCGATTATAAT--AT-AAT
122 AGT-AATAAGGCTTTCGAAGGTTGA-G-TGACTATAAATGGACTTTTC--TTCCAATGGATGGCT
* ** * **** ** * * ** *
258343 TTTACTGAAAATAAAAAC-AAATCA-AC-TT-AA-AATCAATTATGAGCTTATAA--AACCATTT
182 TTTGCTTCATAT-TTCTCGAGGT-AGACATTCAATTAT-AA-TAT-A--TTTTAACCAAAAATAT
* * ** * * * * * * **
258401 AAAACAAGT-AA--T-AAGGC--TTTTGAAAGCT-TGAGACCA-TAAATAGATTCTCGTTAATGG
240 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAA-AG---CGAG-TAAT--
* * * * ** * * *
258458 ATGGCTTT----TGCTTTACGTTTCCTA-AAGTAGAC----AT-T-
297 AAGGCTTTCGAAGGC-ATA-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTC
* **** * * * * * *
258493 CAATTGTAATA-CATTTTAAC-T-AAAAAT-GT-A-A-AAAAATTCAACTACAATCA---ATT-A
1 CAA-TG-AATAGC-TTTT-TCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAA
* * *** ** * * * * * * *
258547 -TGAGACCATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAGTGC--TT-TCAAAGGTATAAGTGA-C-TATA
61 CTAAAAATGTAAAAAAATTT-AA-C--TTAA-AAT-CAATTATGAGA-TTATAA--AACCATTTA
* * **** * * * *** ** * * * * *
258606 AA-TAA--ACTTTTTCCTTC-AATGGATG-GT---TTTTGCTTTACGTTTATT--GATGCA-GAC
117 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGGATGGC
* *** * ** * * * * * *
258660 ATTCAATT-ATA-ATCT--ATTTTA-ACCA-ACAA-TATAAAAAAATTTAACAAAAAATCAGTTA
181 TTTTGCTTCATATTTCTCGA-GGTAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-A-TAA
** * * * * * ** * * *
258718 CGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATG-GCTT-TCAAAGGCA-TGAATGAC-TGTAA-
242 AAAAATT-C--AA-C-TTAAAATC-A--ATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAG-CGAGTAAT
* **** * ** ** * *** ** *
258778 ATGGACTTTTTTTGCCAATAAATGGGTTTTTCTTCA-TGTTTCTCTAGA
297 AAGG-CTTTCGAAGGC-ATAGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTCT--C
** * * * * ** * *** * *
258826 CAAACATTCGATTATAATT--TG-TT-TT-A-ATA-A-A--AAATGTA-AA-AAAATTCAACTTA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAAT-TATAATATGTTTTAACTAA
* * * * * * * * ** * **
258879 AAAT-CAACTATCAGATTATAAAATCGTTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC-TTGAGCG
65 AAATGTAA--A-AAAATT-T--AA-C-TTAAAATCAA-TTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * * * *** ** ** * *
258942 ACTA-TAAATGAACTTCCTTGCCAA---TGGGTGACTTTTGCTTCACGTTTTC-TAAAAAGACAT
120 -CAAGT-AAT-AA--GGCTTTCGAAGGTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCCAATG-GAT
* ** * * * * * * * *
259002 -TC-AAT-CATAATATATTTTAACCA--AAAACA-T-AA--A-AA-A-A-TTCAACTAAAAATCA
178 GGCTTTTGCTTCATAT-TTCT--CGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT--
* * * * * * * ** * * *
259054 ATTATAAGATT--A--TAAGACCATTTA-AAGCA--AGTAATAAAGATTTCCGAGGCATGGGTGA
238 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTA-TAA-AACCATTT--AAAGC--GAGT-A
* ** * * * *** * *
259112 CTACAACTGGACTTT-TTACGC-TA-ATGAATGATTTTTCGTCACGTTTC-CT-
295 --ATAA--GG-CTTTCGAAGGCATAGGTGACT-ATAAAT-G-GACTTTTCTCTC
* * * * * ** ** *
259161 -AAGGCAA-A-C-----ATTCA--ATT-AT-A-ATATAC-TTTGACCA-AAAATG-------TAA
1 CAATG-AATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
** ** * * * *
259204 AAATGT---TCAACCTAAA-----ATTAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAATAATA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATA
* * * * * * * * * * *
259260 AGGCTTTCAAAGACTTGAGTGATTATAAATGAAATTTTGTACCAATAGATGACTTTTGCTCCATG
129 AGGCTTTCGAAG-GTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATA
* * * ** * * *
259325 TTT-TCCAAGGTAGATATTAAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTTAACTCAA
193 TTTCT-CGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
259389 AATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTG-GATAATAATGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGA
257 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGA
* *
259452 CTATACATGAACTTTTCTCTC
320 CTATAAATGGACTTTTCTCTC
* * * * * * * *
259473 CAATGGATATCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AA
* * * * *
259537 AAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT-AAACTAATTTAAAGTAAGTAATA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
259601 AGGTTTTTGAAAGCTTTAGTGACTATAAATAGACTTTT-GTCACTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
129 AGGCTTTCG-AAGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * *
259665 CATTTC-CTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTCAAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
191 TATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * * *
259729 AATATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-GAGTGCTTTTGAAGGTATAAGTG
255 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCATAGGTG
*
259793 ACTATAAATAGACTTTTCTCTC
319 ACTATAAATGGACTTTTCTCTC
* * * * * * *
259815 TAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-A-ATGCAAAGATTCAATTATAATCTATTTTAACT
1 CAATGA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGAT--AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
* * * ** * * * * * *
259877 AACAATATAAACAGGTTCAGCATAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGT
63 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * * ** ***
259942 AAGACTTTCGAAGCCATG-GATGATTGTAAATAGACTTTAT-TTACCAATAAACAACTATTT-CT
128 AAGGCTTTCGAAG-GTTGAG-TGACTATAAATGGACTTT-TCTT-CCAATGGATGGCT-TTTGCT
* * ** * * * * * *
260004 TCATGTTTCAT-AAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAA
188 TCATATTTC-TCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * *** * * * * ** *
260068 CTTAAAATCAACTATTAGATTATAAAATTGTTAAAAGAGAGTAACAAGACTTTCGAAAAC-TTGA
252 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-
* * *
260132 ATGACTATAAATGGGC-TCTC-CTAC
316 GTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-C
** * * *** * *
260156 CAATGGGTAACTTTTGCTTCACT-TTTCCCAAAGA-AGACATTCAATTATAATATATTTT-AGTC
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCA-TGTTT-CTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-
* * ** * *
260218 AAAAATATAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGATTTTATAAGACCATTTAAAGTAAGTAAT
63 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * * * * * * *
260283 AAGGTTTTCG-ATCTCATGGGTCACTACAAATGCACTTTACTTGCCAATGAATGACTTTTCCTTC
128 AAGGCTTTCGAAGGT--TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * * * * * *
260347 ATGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTACAATATGTTTTGACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
190 ATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
260412 AAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTA-GTG
255 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATAGGTG
* *
260476 ACCATAAATGGACTTTTCAT-GC
319 ACTATAAATGGACTTTTC-TCTC
* * * ** * * * * *
260498 CAATGGAT-GACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATATTAAATTATAATATATCTTAA-TAA
1 CAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-A
* ** * *
260561 AAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * * * * *
260626 ATGTTTTCAAAGGCATAAGTGACTATACATGAACTTTTCTCCCTAATGGATGTCTTTTGCTTCAC
129 AGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * *
260691 GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATA-AGAAAAATTCAATTTAA
192 ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * *** * * * * *
260755 AATCAATTATGAGATTATACAATCATTTAAAATAATTAATAAGGCTTTTGAAAGC-TTGAGTAAC
257 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGAC
*
260819 TATAAATAGACTTTTCTCAT-
321 TATAAATGGACTTTTCTC-TC
* * * * * * ***********
260839 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATANNNNNNNNNN
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGA-TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * ** ** * * *
260903 AAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTGTGAGACCATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAAGAC
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * * * **
260968 TGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATAG-CTTTCCCTCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
130 GGCTTTCGAAGGT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATAT
* * * * * *
261032 TTCTTGATGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTTAGACCAATAATATAAAAAAATTCAACATAAA
194 TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA-ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ** **
261096 ATCAGTTACGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-GGATGACT
258 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGG-TGACT
*
261160 GTAAATGGACTTTTCT-TGC
322 ATAAATGGACTTTTCTCT-C
* * * ** * * * * * **
261179 CAATAAATAACTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTGAA-TNNN
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AA
******* * * * *** * *
261243 NNNNNNNAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATCAGATTTTAAAATTGTTAAAAGCGAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * *
261308 GGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTCTCTGT-AAATGGGTGGCTTTTGC-TCATG
130 GGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATA
* * * * * * *
261371 TTTCCCAAAGAAGACAATCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGCATAAA
193 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
261436 ATCATTTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGTTTTCGAAGGCAT-GAGTGACT
258 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACT
* * *
261500 ACAACTAGACTTTTCT-TGC
322 ATAAATGGACTTTTCTCT-C
* *** * ** *
261519 CAATGAAT-GACTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGA-AGACATTCAATTATAATCTACTTTAACCA
1 CAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* ** * * * * * *
261582 AAAATGTGAAAACGTTCAACCTGAAATTAACTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * ** *
261647 AGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATAACTTTTGCTCCAT
129 AGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * * * ** *
261712 ATTTCCCAAGGCAAACATTAAACTATAATATATCTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAA
192 ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
261777 AGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GAGTGAC
257 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGAC
* *
261841 TATACATGAACTTTTCTCTC
321 TATAAATGGACTTTTCTCTC
* * * * * ** * * ** * *
261861 CAATGGATATCCTTTGCTTCACGTTTCCAGAGGTAAATGTTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
* ********** *
261926 AATGTAAAAAAAATTGAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
66 AATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * *
261991 GGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAGTAGG-CTTTT-GTCGTCAATGGATGGCTTTT-CTTTT
130 GGCTTTCG-AAGGTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTC--CAATGGATGGCTTTTGC-TTC
* * * * * **********
262053 ATGTTTC-CTTAAGTGGACATTCAATTATAATATATTTTAATCANNNNNNNNNNAAAATTCAACT
190 ATATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* ** * * * * * * *
262117 TAAAATCAATTGTGAGACCATTAAACCATTTAAAGCAAGGAA-GAGTGCTTTTGAAGGTATAAGT
254 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCATAGGT
*
262181 GACTATAAATAGACTTTTCTCTC
318 GACTATAAATGGACTTTTCTCTC
* * * * * * *
262204 CAAT-AGATAGCTTCTGCTTCATGTTTCATGATG-CAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCA
1 CAATGA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * * * * * * * *
262267 GAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAGTTACGAGATTACAAAATCTTTTAAAG-AGAGTAAT
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAAT
* * * * ** *
262331 GAGGCTTTCAAAGGCATG-GATGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATAAATGTCTTTCT-CT
128 AAGGCTTTCGAAGG-TTGAG-TGACTATAAATGGAC-TTTTCTT-CCAATGGATGGCTTT-TGCT
* * * ** * * * * * *
262394 TCATGTTTGTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTAGC
188 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * * * ** * * * * *
262459 TTAAAATCAACTATCAGATTATAAAATCGTTGAGAGTAAGTAATAAGACTTTGGAAGACTTAAGT
253 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGT
*
262524 GACTATAAATAGACTTTTCT-TAC
318 GACTATAAATGGACTTTTCTCT-C
* * * * * * * *
262547 CAATAAATGGCTTTTGCTTCACGGTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGA-TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * * * *
262611 AAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA-GA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* ** * * * *
262675 GTGCTTTCAAAGACATAAGTGATTATAAATAGACTTTTTTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
130 G-GCTTTCGAAG-GTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * * * * * *
262740 GTTTC-CTAAGGTAGACACTCAATTCTAATTTATTTTAACTAACAATATAATAAAAGTCAACATA
192 ATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * ** *
262804 AAACCAGTTACGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAACCTTTCAAAGGCAT-GGATGA
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGG-TGA
* * *
262868 CTGTAAATGTACATTTCT-TAC
320 CTATAAATGGACTTTTCTCT-C
** ** * * * *
262889 CAAT-AA-ACGACTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACGTACAATTATAATATGTTTTAACCA
1 CAATGAATA-G-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * * * * * * *
262952 AAAATATAAAAATATCTAGCTTAAAATCAATTATCAGATTAAAAAACTATTAAAAGCAAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
263017 AGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTTCCAATGGGT-GCTTTTACTTCAC
129 AGGCTTTCG-AAGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * ********** *
263080 GTTTC-CTAAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCNNNNNNNNNNAAAAACTCAACTTA
192 ATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
263144 AAATCAATTATAAAATTATAAGACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGC
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGAC
* * *
263209 TAGAAATGAACTTTT-TTTGC
321 TATAAATGGACTTTTCTCT-C
* * * ** * * *
263229 TAATGAATAACTTTTTATTCATGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGA-TCA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-A
* * * * * *
263292 AAAATCTAAAACAATTTAA-TCCAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAAT
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * ** * * *
263356 -AGCGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACCATAAATCAACTTTT-TGTGCCAATGGCTGACTTTTACTT
128 AAG-GCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T-CCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * * ** * * *
263419 CATGTTTC-CTAAGGTGGACATTAAATTATAATATATCTTAAAGAAATATGTAAAAAAATTCAGC
189 CATATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * ** * *
263483 TTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGGTAATAATACTTTTGAAGGTAT-GA
253 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-
* *
263546 GTGACTATAAATGAACTTTTCTCAC
316 GTGACTATAAATGGACTTTTCTCTC
* * * * * *
263571 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGATG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * ********** * **
263635 AACTAGAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
65 AAAT-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
263700 AAGCTCT-GAAAGGCTTGAGTGACTATATATAGG-CTTTT-TGTATCAATGGATGACTTATGCTT
129 AGGCTTTCG-AAGG-TTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCT-T-CCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * * * ** * * *
263762 CATGTTTC-CTAAGTGAAACATTCAATTATAATACATCTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAAN
189 CATATTTCTCGAGGT-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
********* ** * * *
263826 NNNNNNNNNATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGGGTAATAATGCTTTCGAAGGCAT-GAG
253 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-G
* * *
263890 TGACTATAAATGAAGTTTTCTCTT
317 TGACTATAAATGGACTTTTCTCTC
* * * ** * *
263914 CAATGGATATCTTTTTCTTAATGTTTC-CCAAAGTAGACATTCAATTATAATAT-ATTT---T--
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGA-TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * * *
263972 -AA--T-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCTTTTAAAACAAGTAAAAA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * * * *
264033 GGCTTTTGAAAGCTTAAATGACTATAAATGGAGTTTTC-TCGCTAATGGATGGCTATTGCTTCAC
130 GGCTTTCG-AAGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * ** * * * * ** * *
264097 GTTTTTTAAAGTAGGCAATCAATTATAATATAGTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAACTTAN
192 ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
********* * * * * *
264162 NNNNNNNNNTGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-GAGTGTTTTCGATA-GTATAAGTGA
257 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGA-AGGCATAGGTGA
*
264225 CTATAAATAGACTTTTCTCTC
320 CTATAAATGGACTTTTCTCTC
* * * * ** * *
264246 CAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTAC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCA-ATTTTAACCA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGATAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACTA
* * * * * * **
264309 ACAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* ** * * * * * ** *
264374 AGTCTTTTAAAGGCATG-GATGACTGTAAATAGACTTCTCTTGTCAATAAACGGCTTTT-CTTCA
129 AGGCTTTCGAAGG-TTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * ** * * * * * *
264437 TGTTTCTCAAGACAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATCAGCTTA
191 TATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * * *
264502 AAATTAACTATCAGATTATAAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTTAAGTGAC
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGAC
*
264567 TGTAAATGGAC-TTTC-CTGC
321 TATAAATGGACTTTTCTCT-C
** * * * * * * *
264586 CAATGGGT-GACTTTTGCTTTACGTTTCTTGAAGA-AGACATTCAAATATAATATATTGTAACCA
1 CAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * *
264649 AATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
** * * * * * * * * *
264714 AGATTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
129 AGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * ** * * * * *
264779 GTTTC-CTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTGGACCAAAAATGTAAAACAAGTCTACCTA
192 ATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * ** **
264843 AAATCAATTATTAGATTACAAAAACATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAAATGAC
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGAC
* * *
264908 TATAAACGGACCTTTTGTGT-
321 TATAAATGGA-CTTTTCTCTC
* * * * * * * ** *
264928 CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCT-AGATAGACATTCAATTATAAGATATGTTGGCCAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAA
* * * * * *
264992 AAATATAAAAAAATTGAACTCAATATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATA
* * * * * * **
265056 AGACTTTCGAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGGATTTCCCTTCAT
129 AGGCTTTCGAAGGT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * ** * * *
265121 TTTTTTC-AGTTAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAGTCAAAAATGTAGAAAACTTCAACTTAA
192 ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* ********** * ** * * * * *
265185 AATCAGTTANNNNNNNNNNAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGATGAC-TTGACTGAC
257 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGAC
* *
265249 TATAAATGGACTCTTTGT-GC
321 TATAAATGGACT-TTTCTCTC
* * * *** ** ** * *
265269 CAATGGATGGCTTTTCCTTCGCATTTCTCAAGGCAGATATTCAATTATAATAT-ATTTAA-TGAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AA
* * * * ** * **
265332 AAATGTAAAAGAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTTAAAAAATTATTTAACGTGAGTAATA
65 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
** * ** * * *
265397 ATACCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTCTCCAATGTATGTCTTTAGCTTCA
129 A-GGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* ** * * ** * * * *
265461 CATTTCTTAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGCAAGAAACTTTAACTAA
191 TATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
265526 AAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAGAG-ATAAGTGG
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATAGGTGA
265590 CTATAAATGGACTTTTCT-TGC
320 CTATAAATGGACTTTTCTCT-C
* * * * * * * *
265611 CAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATACAATTATAATCTGTTTTGACCAAA
1 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
* ** *
265676 AATGTAAATGAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAATCAAGTAATA
66 AATGTAAA--AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * *
265741 AGGCTTTCGAAGGCATT-AGTGACTATAAAT-GACCTTCTCTTGCC-ATAGAATGGCTTTTTCTT
129 AGGCTTTCGAAGG--TTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTT-CCAAT-GGATGGCTTTTGCTT
* * * * * * * ** * *
265803 CATGGTTTCT-AAGATAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAACATTCAAC
189 CAT-ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * * * * * * * *
265867 CTAAAATCAATTATGTGAATATCAAACTATTTAGA-CTAAGTTATAAAGCTTCCGAAGGC-TTGA
253 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-
* *
265930 GTGACTATAAATGGACTTTT-TTTAG
316 GTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-C
* * ** * * *
265955 CAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGATAGACAATT-AATTATAAAATATTTTAACCA
1 CAATGA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGAC-ATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * * * * ***
266018 AAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAAGCATTTAAAGTGGGTAAT
64 AAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * ** * *
266083 AATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTCTCAAATGGATAGCTTTTGCTTCA
128 AAGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* ** * * * * * *
266148 TGTTTCTAAAGATAGATATTTAATTATAATATATTTTAAACAAAAATATAGAAATATTCAACTTA
191 TATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
266213 AAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGAC
266278 TATAAATGGAC-TTTCT-TAC
321 TATAAATGGACTTTTCTCT-C
* * * * * *
266297 CAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACT-TTTCCTAAGGTAGACATTCAACTATAATTTGTTTTAACTG
1 CAATGAATAG-CTTTTTCTTCA-TGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* * * ***
266360 AAAATGTAAAAAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTATATTGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * *
266425 AGGCTTTTGAAGGCATG-GATGACTAGAAATGGACTTTT-TTCACCAATGAATGGCTTTTTCTTC
129 AGGCTTTCGAAGG-TTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT--CCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * * * *
266488 ATGTTTTTCAAGGTGGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAAAATTCAA
190 ATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA---TATAAAAAAATTCAA
266553 CTT
252 CTT
266556 TGCTAGGATT
Statistics
Matches: 8963, Mismatches: 2580, Indels: 1209
0.70 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
305 6 0.00
307 2 0.00
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331 35 0.00
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348 4 0.00
349 11 0.00
350 109 0.01
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352 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
GCTTTCGAAGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTT
CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTCTC
Found at i:256081 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 255126--258127 Score: 948
Period size: 341 Copynumber: 8.8 Consensus size: 342
255116 TGGGATAGAT
* * * * * ** *
255126 ATTCAATTATAATATATTTTAAC-TAAAAATGTAAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTA-TGAAA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGT-AGA
* ** * * * * *
255189 TTACAAAACCATTTTAAGCAAGTAA-AAGTGCTTTCGAAGG-TATAAGTGACTATGAATAGACTT
65 TTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAGGGCT-TGACTGACTATAAATAGAC-T
** ** * * ** * * * *
255252 TTCTCT-CCAATGGTTGGCTTTTGCTTTATATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCA-ATT
127 TTCT-TACCAACAGAAGGCTTTTGCTTCACATTTCCAGAAGAAAACATTCAACTATAA-CACATT
* * * * * * * * * **
255315 TTAACCAACAATATAAAAAAATTTAGCATAAAATCAGTTACGAGATTATAAAACCATTTGAAGCG
190 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTA
* ** * * * * * * *
255380 ACTAATAA-GGCTTCTAAAGGCAT-GGATGACTATACATGGACTTT-TCTTGCCAATAAATAGCT
255 AGTAATAACACCTTC-GAAGGTATAGG-TGACTACAAATAGACTTTAT-TTGCCAATGAAT-GAT
* *
255442 T-TTTCTTCAT-TATTCTCGAGA-CAAAC
316 TGTTTCTTCATGT-TTC-CCAAACCAAAC
* * * *
255468 ATTCAATTATACTTTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTAGTAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGTAGAT
* * *
255533 TATAAAATCGTTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCT
66 TATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGACTGACTATAAATAGACTTTCT
** * * * *
255598 TACCAACAGGTGGCTTTTGCTTCACATTTCCAGAAGAAAACATTCAACTATAATATATTTTGACC
131 TACCAACAGAAGGCTTTTGCTTCACATTTCCAGAAGAAAACATTCAACTATAACACATTTTAACA
* * * *
255663 AACAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAGACTATTTAAAGTAAGTAAT
196 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAAT
*
255728 AACACTTTCGAAGGTATAGGTGACTACAAATAGACTTTATTTGCCAATGAATGATTGTTTCTTCA
261 AACACCTTCGAAGGTATAGGTGACTACAAATAGACTTTATTTGCCAATGAATGATTGTTTCTTCA
255793 TGTTTCCCAAACCAAAC
326 TGTTTCCCAAACCAAAC
* * * ** *
255810 ATTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACCTAAAATTTATTATTAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGTAGAT
* * * *
255874 TATAAAACCATTAAAA-CGAGTAATAATGCTTTTGATGGCTTGACTGACTATAAATGGACTTT-T
66 TATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGACTGACTATAAATAGACTTTCT
* * * * * * *
255937 GCTATCAATAGAAGGCTTTTGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAACACATTTTAA
131 --TACCAACAGAAGGCTTTTGCTTCACATTTCCAGAAGAAAACATTCAACTATAACACATTTTAA
* * * * **
256002 TAAAAAATGTGAAAATATTCT-ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGGG
194 CAAAAAATGTAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTAAG
** * * * * * * *
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257 TAATAACACCTTCGAAGGTATAGGTGACTACAAATAG-ACTT-TATTTGCCAATGAATGATTGTT
** * * **
256126 TCACTTCATGTTTCTTGAGA-TAGGC
320 T--CTTCATGTTTC-CCAAACCAAAC
* * * * * * * *
256151 ATTCAATTATAATAT-ATTGAAC-CAAAAATATAGAAAAATTTAA-CTGAAAATCGATTA-TGAG
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTAGT-AG
** * * * * ** * * * *
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* ** * * * * * * **
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128 TCTTACCAACAGAAGGCTTTTGCTTCACATTTC-CAGAAGAAAACATTCAACTATAA-CACATTT
* * * * * * ******
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191 TAACAAAAAATGT-AAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
**** ** * * * * * * * * *
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* *** * *
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********* * * * *
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1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGT-AGA
* * * * * * *
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65 TTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGACTGACTATAAATAGAC-TTT
** ** * ** * * * * * * *
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129 CTTACCAACAGA-AGGCTTTTGCTTCACATTTC-CAGAAGAAAACATTCAACTATAACACATTTT
* ********* * **
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192 AA-CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTA
* ** * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * *
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1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGT-AGA
* * * * ** * * ** *
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* * * ** * * ***
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* * * * *
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*** ** * * * *
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* * * ******
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* * * * * * *
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1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGT-AGA
* ** *** *
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* ** * * * * ** * * * * *
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126 TTTCTTACCAACAG-AAGGCTTTTGCTTCA-CATTTCCAGAAGAAAACATTCAACTATAACACAT
* * * * * *
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189 TTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
** ** * * * * *
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253 TAAGTAATAACACCTTCGAAGGTATAGGTGACTACAAATAGACTTTAT-TTGCCAATGAATGA-T
* * * ** ** *
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316 TGTTTCTTCATGTTTCCCAAACCAAAC
* * * * * *
257528 ATTCAATTATAATATGTTTTAAC-TAGAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-GTGAGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGT-AGA
* * * * * *
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65 TTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGACTGACTATAAATAGAC-TTT
* * * * * * * * * * *
257656 CATT-CAAATC-GATGACTTTTGTTTCACATTTCC-CAAGAAAAATATTTAATTATAATATATCT
129 C-TTACCAA-CAGAAGGCTTTTGCTTCACATTTCCAGAAG-AAAACATTCAACTATAACACATTT
* * * * **
257718 TAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTAAAAGCG
191 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTA
* ** * * * * * * ** ** *
257782 AGTTATAAGGCTTTCGAAGGCT-T-GAATGACTATATATGGACTTT-CTCACCAATGGGTGGCTT
255 AGTAATAACACCTTCGAAGG-TATAG-GTGACTACAAATAGACTTTATTTGCCAATGAAT-GATT
* * *
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* ** * * * *
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1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGT-AGA
** * * * * ** ** * *
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* * * * * * * * * * *
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129 CTTACCAACAGAAGGCTTTTGCTTCAC-ATTTCCAGAAGAAAACATTCAACTATAACACATTTTA
* * * * * ** * *
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193 A-CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAG
258125 TAA
257 TAA
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Statistics
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ** **
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* * ** * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * **
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* * * * ** *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * ** * * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* ** * * **
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* ** * * *
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* * ** * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * ** * *
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** * * * *
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* * * * *
259706 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * ** **
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* * * * * * ** * * *
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** ** * **
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *** * * * * ** * *
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* * * * * *
260348 TGTTTC-CCAAAGCAGACATTCAATTACAATATGTTTTGACT
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* * * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * **
260454 AAGGCTTTCAAAGGCTTTAGTGACCATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
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* * ** * * * **
260519 CGTTTCTCAAGGTAGATATTAAATTATAATATATCTTAATA
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* *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
260625 AATGTTTTCAAAGGCATAAGTGACTATACATGAAC-TTTTCTCCCTAATGGATGTCTTTTGCTTC
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* * ** *
260689 ACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC
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* * * * *** *
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* * * * * *** *
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** * ** **
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* ** * * * * ***
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* *
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* * * * * **
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ** * *
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* * * * * **
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130 ATGTTTCTCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
********* * * * * *** *
261241 NNNNNNNNNAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATCAGATTTTAAAATTGTTAAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * ** * *
261306 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGAC-TTCTCTGTAAATGGGTGGCTTTTGC-TCA
66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
* * *
261369 TGTTTCCCAAAGA-AGACAATCAATTATAATATATTTTAACC
131 TGTTTCTC-TAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * *
261410 AAAAATATAAAAAAATTCAGCATAAAATCATTTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * * *
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66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
* * * *
261540 TGTTTCCCAAGGA-AGACATTCAATTATAATCTACTTTAACC
131 TGTTTCTCTA-GACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * ** * * * * * *
261581 AAAAATGTGAAAACGTTCAACCTGAAATTAACTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ** * *
261646 AAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATAACTTTTGCTCCA
66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
* * * * * * * * **
261711 TATTTCCCAAGGCAAACATTAAACTATAATATATCTTAATA
131 TGTTTCTCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * *
261752 AAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGGGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
261817 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATACATGAACTTTTCTCT-CCAATGGAT-ATCCTTTGCTT
66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTGCCAATGGATGA-CTTTTGCTT
* * *
261880 CACGTTTC-C-AGA-GGTAAATGTTCAATTATAATATATTTTAACC
129 CATGTTTCTCTAGACAG-ACA--TTCAATTATAATATATTTTAACC
* * ********** * *
261923 AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
1 AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
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65 TAAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGC-
* ** *
262050 TTTATGTTTC-CTTA-AGTGGACATTCAATTATAATATATTTTAATC
127 TTCATGTTTCTC-TAGA-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
********** * ** * * *
262095 ANNNNNNNNNNAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGACCATTAAACCATTTAAAGCAAGGAA-
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * * * *
262159 GAGTGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CCAATAGAT-AGCTTCTGCT
66 AAG-GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTGCCAATGGATGA-CTTTTGCT
* *
262222 TCATGTTTC-AT-GATGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACC
128 TCATGTTTCTCTAGA--CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * * * *
262266 AGAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAGTTACGAGATTACAAAATCTTTTAAAGAGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** *
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66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGAC-TTTTTTTGCCAATGGATGACTTT-TGCT
* * * * *
262394 TCATGTTTGTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
128 TCATGTTTCTCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * * * * * **
262438 AAAAATATAAAACAATTTAGCTTAAAATCAACTATCAGATTATAAAATCGTTGAGAGTAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * * * * ** *
262503 AAGACTTTGGAAGACTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTGCTTCA
66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
* * * * *
262568 CGGTTC-CTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
131 TGTTTCTCTAGA-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * *
262609 AAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA-
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
262673 GAGTGCTTTCAAAGACATAAGTGATTATAAATAGACTTTTTTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTT
66 AAG-GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT-TGCCAATGGATGACTTTTGCTT
** * * * *
262737 CATGTTTC-CTAAGGTAGACACTCAATTCTAATTTATTTTAACT
129 CATGTTTCTCT-AGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * * * * * *
262780 AACAATATAATAAAAGTCAACATAAAACCAGTTACGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * * ** * *
262845 AAACCTTTCAAAGGCATG-GATGACTGTAAATGTACATTTCTTACCAATAAACGACTTTTTCTTC
66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTC
** * * * * *
262909 ACATTTCT-TGAGGCAAACGTACAATTATAATATGTTTTAACC
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* * * * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
263015 TAAGGCTTTTGAAA-GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCTTT-CCAATGGGTG-CTTTTACTT
65 TAAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTT
*
263077 CACGTTTC-CTAAAGA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
129 CATGTTTCTCT--AGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
********** * * * * * *
263120 NNNNNNNNNNAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAGACTATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * **
263185 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTAGAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATAACTTTTTATTCA
66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
* ** * * * *
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131 TGTTTCT-CTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * *
263291 AAAAATCTAAAACAATTTAA-TCCAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * ** * * *
263355 T-AGCGCTTTCGAAGGCTTCAGTGACCATAAATCAACTTTTTGTGCCAATGGCTGACTTTTACTT
65 TAAG-GCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTT
*** * * **
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129 CATGTTTCTCT-AGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * *
263462 AAATATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAA
** ** * * * ** *
263526 TAATACTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCACCAATGGATGGCTTTTGCTTC
65 TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTC
* *
263591 ACGTTTCT-T-GATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
130 ATGTTTCTCTAGA--CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * ********** * *
263633 AAAACTAGAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACTATTTAAAGTGAGTA
1 AAAA--ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * ** *
263697 ATAAAGCTCTGAAAGGCTTGAGTGACTATATATAGG-CTTTTTGTATCAATGGATGACTTATGCT
64 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCT
** * * * **
263761 TCATGTTTC-CTAAGTGAAACATTCAATTATAATACATCTTAATG
128 TCATGTTTCTCT-AGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * ********** ** * *
263805 AAAAATGTAAAAAAATTTAANNNNNNNNNNATTATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGGGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
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66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-T-TTGCCAATGGATGA-CTTTTGCT
* * * *
263932 TAATGTTTC-CCAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT----
128 TCATGTTTCTCTAGA-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * * * *
263972 ----A-AT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCTTTTAAAACAAGTAAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * * *
264031 AAGGCTTTTGAAA-GCTTAAATGACTATAAATGGAGTTTTCTCGCTAATGGATGGCTATTGCTTC
66 AAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTC
* * * * * * * **
264095 ACGTTT-TTTAAAGTAGGCAATCAATTATAATATAGTTTAATA
130 ATGTTTCTCTAGA-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* ********** *
264137 AAAAATATAAAAATATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
264308 AACAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * ** * *
264373 AAGTCTTTTAAAGGCATG-GATGACTGTAAATAGACTTCTCTTGTCAATAAACGGCTTTT-CTTC
66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTC
* * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * ** * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * *
264713 AAGATTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCA
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* * * **
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
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* * * * **
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131 TGTTTCTCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * **
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* * ** * * **
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* * * * ********** *
265160 AAAAATGTAGAAAACTTCAACTTAAAATCAGTTANNNNNNNNNNAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** ** * * * * * * * * *
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66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
** * * * **
265290 CATTTCTCAAGGCAGATATTCAATTATAATATA-TTTAATG
131 TGTTTCTCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * ** * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * ** * * * *
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** * *
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** * * * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * * * * *
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66 AAGGCTTTCAAAG-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTC
** * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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64 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTTGCCAAT-GGATGACTTTTGC
* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAA
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ** * *
266082 TAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTCT-CAAATGGAT-AGCTTTTGCT
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** * * * *
266145 TCATGTTTCTAAAGATAGATATTTAATTATAATATATTTTAAAC
128 TCATGTTTCTCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * *
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1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * *
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** * * * *
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* * * * **
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** * ** * * *
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66 AAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTC
* * *** * * * *
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130 ATGTTTCTCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
*
266530 AAAAATTTTAAAAAAAAATTCAACTT
1 AAAAA---TATAAAAAAATTCAACTT
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Statistics
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AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA
TGTTTCTCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC
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Alignment explanation
Indices: 258658--260728 Score: 1950
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258648 ATTGATGCAG
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** ** ** * ** * * * ** * * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
259040 TCAAC-TAAAAATCAATTATAAGATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGA-TTTCCG-AG
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* * * ** * * * ** * *
259102 GCATGGGTGACTACAACTGGAC-TT-TTTACGCTAATGAATGA-TTTTTCGTCACGTTTCCTAAG
446 CCATGGATGATTGTAAATAGACTTTATTTAC-C-AATAAACAACTATTTCGTCACGTTTCATAAG
* * *** * *
259164 GCAAACATTCAATTATAATATACTTTGACCAAAAATGTAAAAATGTTCAACCTAAAATTAATTAT
509 ACAAACATTCAATTATAATATACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATCAACTAT
* * * * *
259229 TAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGATTATAAATGAAA
574 TAGATTATAAAACCATTAAAAGAGAATAACAAGACTTTCAAAGACTTGAATGACTATAAATGAAA
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* *
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704 TAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTAG
* * * * * * *
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* * * *
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834 CTTCACGTTTCCCAAAGCAA
* * * *
259509 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTACAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
259573 ATTAT-AAACTAATTTAAAG-TAAGTAATAAGGTTTTTGAAA-GCTTTAGTGACTATAAATAGAC
65 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCT-AGCAATAAGG-CTTTCAAAGGCTTTAGTGACCATAAATAGAC
* * *
259635 TTTTGTCA-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CTAAAGTAGACATTCAATTATAATATA
127 -TTT-TCAGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTC-AAAGTAGACATTAAATTATAATATA
* * * * *
259698 T-TTCAAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAA
189 TCTT-AAGAAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAA
* * * * *
259762 GTGAGTAAGAGTGCTTTT-GAAGGTATAAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTCTCTAATAGATGG
253 GCGAGTAAGAATG-TTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTCCCTAATAGATGG
* * * * *
259825 CTTTTGCTTCATGTTTCTTAATGCAAAGATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAACA
316 CTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAACAATATAAACA
259890 GGTTCAGCATAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCGAAG
381 GGTTCAGCATAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCGAAG
* *
259955 CCATGGATGATTGTAAATAGACTTTATTTACCAATAAACAACTATTTCTTCATGTTTCATAAGAC
446 CCATGGATGATTGTAAATAGACTTTATTTACCAATAAACAACTATTTCGTCACGTTTCATAAGAC
* ** * *
260020 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAACTATTA
511 AAACATTCAATTATAATATACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATCAACTATTA
*** * ***
260085 GATTATAAAATTGTTAAAAGAGAGTAACAAGACTTTCGAAA-ACTTGAATGACTATAAATGGGCT
576 GATTATAAAACCATTAAAAGAGAATAACAAGACTTTC-AAAGACTTGAATGACTATAAATGAAAT
* * * *
260149 CTCCTACCAATGGGTAACTTTTGCTTCACT-TTTCCCAAAGAAGACATTCAATTATAATATATTT
640 CTCCTACCAATAGATAACTTTTGCTCCA-TGTTTCCCAAAGAAGACATTAAATTATAATATATTT
* * * * * ** *
260213 TAGTCAAAAATATAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGATTTTATAAGACCATTTAAAGTA-
704 TAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTAG
* * * * *
260277 AGTAATAA-GGTTTTCGATCTCATGGGTCACTACAAATGCACTTTACT-TGCCAATGAATGA-CT
769 A-TAATAATGCTTTT-GAACGCATGAGTCACTACAAATGAACTTTACTCT-CCAATGAAT-ATCT
* *
260339 TTTCCTTCATGTTTCCCAAAGCAG
830 TTTCCTTCACGTTTCCCAAAGCAA
* * * *
260363 ACATTCAATTACAATATGTTTTGACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGA
1 ACATTCAATTACAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
*
260428 TTATAAAACTATTTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTAGTGACCATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACTATTTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTAGTGACCATAAATAGACTTTT
* * *
260493 CATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATATTAAATTATAATATATCTTAA
131 CA-GCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAAGTAGACATTAAATTATAATATATCTTAA
* * *
260558 TAAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
195 GAAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
260623 ATAATGTTTTCAAAGGCATAAGTGACTATACATGAACTTTTCTCCCTAATGGATGTCTTTTGCTT
260 AGAATGTTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCCCTAATAGATGGCTTTTGCTT
* * *
260688 CACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
325 CACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
260729 TCAAAAATAA
Statistics
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0.78 0.16 0.06
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855 21 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (853 bp):
ACATTCAATTACAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACTATTTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTTAGTGACCATAAATAGACTTTT
CAGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAAGTAGACATTAAATTATAATATATCTTAAG
AAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
GAATGTTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCCCTAATAGATGGCTTTTGCTTC
ACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAACAATATAAACAGGTTCAGCAT
AAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCGAAGCCATGGATGA
TTGTAAATAGACTTTATTTACCAATAAACAACTATTTCGTCACGTTTCATAAGACAAACATTCAA
TTATAATATACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATCAACTATTAGATTATAAAA
CCATTAAAAGAGAATAACAAGACTTTCAAAGACTTGAATGACTATAAATGAAATCTCCTACCAAT
AGATAACTTTTGCTCCATGTTTCCCAAAGAAGACATTAAATTATAATATATTTTAATAAAAAATA
TAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTAGATAATAATGCTT
TTGAACGCATGAGTCACTACAAATGAACTTTACTCTCCAATGAATATCTTTTCCTTCACGTTTCC
CAAAGCAA
Found at i:260417 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 259168--261808 Score: 1161
Period size: 512 Copynumber: 5.2 Consensus size: 513
259158 CCTAAGGCAA
* * * ** * * *
259168 ACATTCAATTATAATATACTTT-GACCAAAAATGTAAAAATGTTCAACCTAAAATTAATTATTAG
1 ACATTCAATTATAATATA-TTTCAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * *
259232 ATTATAAAACCATTTAAAG-AGAATAATAAG-GCTTTCAAAGACT-TGAGTGATTATAAAT-GAA
65 ATCATAAAACCATTTAAAGTA-AGTAA-AAGTGCTTTTGAAG-CTATAAGTCACTACAAATAG-A
* * * * * * * * * * *
259293 ATTT--TGTACCAATAGATGACTTTTGCTCCATGTTTTCCAAGGTAGATATTAAATTATAATATA
126 CTTTACTCT-CCAATAGATGACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTACAATATA
* * * *
259356 TTTTAA-TAAAAAATATAAAAATATTTAAC-TCAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAA
190 TTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACAT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
259419 AGTG-GATAATAATG-CTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTATACAT-GAACTTT-TCTCT-CCAATG
253 AGCGAG-TAGTAA-GACTTTCGAAGCCATGGA-TGATTGTAAATAG-ACTTTAT-T-TACCAATA
* * * * * **
259478 GATATCT-TTTGCTTCACGTTTC-TCGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT
312 AACAACTATTT-CTTCATGTTTCAT-AAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT
* * * * * * * **
259541 ATAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAACTAATTTAAAGTAAGTAATAAGGTT
375 ATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAATAATTAAAAGTAAGTAACAAGACT
* * * * * ** * **
259606 TTTGAAAGCTTTAGTGACTATAAATAGACTTTTGTCACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
440 TTCGAAAACTTGAATGACTATAAATAGACTCTCCTCACCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTC
* *
259671 CTAAAGTAG
505 CCAAAGAAG
* *
259680 ACATTCAATTATAATATATTTCAAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTCAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
259745 TCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAGTGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGACTTTT
66 TCATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAAAGTGCTTTTGAAGCTATAAGTCACTACAAATAGACTTTA
* * * ** * * * *
259810 CTCTCTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAATGCAAAGATTCAATTATAATCTATTTTAA
131 CTCTCCAATAGATGACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTACAATATATTTTAA
* * ** * *
259875 CTAACAATATAAACAGGTTCAGCATAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
196 CTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
259940 GTAAGACTTTCGAAGCCATGGATGATTGTAAATAGACTTTATTTACCAATAAACAACTATTTCTT
261 GTAAGACTTTCGAAGCCATGGATGATTGTAAATAGACTTTATTTACCAATAAACAACTATTTCTT
* * *
260005 CATGTTTCATAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAACTCAAC
326 CATGTTTCATAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAACTCAAC
* **
260069 TTAAAATCAACTATTAGATTATAAAATTGTTAAAAG-AGAGTAACAAGACTTTCGAAAACTTGAA
390 TTAAAATCAACTATGAGATTATAAAATAATTAAAAGTA-AGTAACAAGACTTTCGAAAACTTGAA
* * * *
260133 TGACTATAAATGGGCTCTCCT-ACCAATGGGTAACTTTTGCTTCACTTTTCCCAAAGAAG
454 TGACTATAAATAGACTCTCCTCACCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTCCCAAAGAAG
* ** *
260192 ACATTCAATTATAATATATTT-TAGTCAAAAATATAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGAT
1 ACATTCAATTATAATATATTTCAAG-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * **
260256 TTTATAAGACCATTTAAAGTAAGTAATAAG-G-TTTTCG-ATCTCATGGGTCACTACAAAT-GCA
65 ATCATAAAACCATTTAAAGTAAGTAA-AAGTGCTTTT-GAAGCT-ATAAGTCACTACAAATAG-A
*
260317 CTTTACT-TGCCAAT-GAATGACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTACAATAT
126 CTTTACTCT-CCAATAG-ATGACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTACAATAT
* * * * * *
260380 GTTTTGACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAA
189 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * ** *** * * * ** **
260445 GCTAGCAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTTAGTGACCATAAATGGACTTT-TCATGCCAATGGATGA
254 GCGAGTAGTAAGACTTTCGAAGCCATGGA-TGATTGTAAATAGACTTTAT-TTACCAATAAACAA
* ** * * * * *
260508 CT-TTTGCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGATATTAAATTATAATATATCTTAATAAAAAATATAAA
317 CTATTT-CTTCATGTTTCAT-AAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAA
* * ** * ** * *
260571 AAAA-TCCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-TTTTC
380 AAAACT-CAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAATAATTAAAAGTAAGTAACAA-GACTTTC
* * * * * ** *
260634 -AAAGGCAT-AAGTGACTATACAT-GAACTTTTCTC-CCTAATGGATGTCTTTTGCTTCACGTTT
443 GAAA-ACTTGAA-TGACTATAAATAG-ACTCTCCTCACC-AATGGATAACTTTTGCTTCACATTT
* * * *
260695 CTCGAGGTAG
504 CCCAAAGAAG
* * * *
260705 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATA-AGAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTCAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
260769 TTATACAATCATTTAAAATAATTAATAAG-GCTTTTGAAAGCT-TGAGTAACTATAAATAGACTT
66 TCATAAAACCATTTAAAGTAAGTAA-AAGTGCTTTTG-AAGCTATAAGTCACTACAAATAGACTT
* * * * * * * * * ***
260832 TTCTCAT-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATANNN
129 TACTC-TCCAATAGATGACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTACAATATATTT
******* * * ** **
260896 NNNNNNNAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTGTGAGACCATAAAACTGTTTAAAGCG
193 TAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * * * *** ** **
260960 AGTAAG-ACTG-CTTTCGAAGGTAT-AAGTGACTATAAATAG-CTTTCCCT-CCAATGGATGACT
257 AGT-AGTA-AGACTTTCGAAGCCATGGA-TGATTGTAAATAGACTTTATTTACCAATAAACAACT
* * * * * * *
261020 -TTTGCTTCACGTTTCTTGATG-CAGACATTCAATTATAATCTA-TTTAGACCAATAATATAAAA
319 ATTT-CTTCATGTTTCAT-AAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTA-ATCAAAAATATAAAA
* * ** * * * * * * * *
261082 AAATTCAACATAAAATCAGTTACGAGATTACAAAACCATTTAAAA-TGAGTAATAAGGCTTT-TA
381 AAACTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA-TAATTAAAAGTAAGTAACAAGACTTTCGA
* * * * * * * ** ** * *
261145 AAGGCATGGATGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAACTTTTTCTTCA-AGTTTCTC-
445 AA-ACTTGAATGACTATAAATAGACTCTCCTCACCAATGGATAACTTTTGCTTCACA-TTTCCCA
*
261208 AAGACAA
508 AAGA-AG
* * *********** * * *
261215 ACATTCAATTATAATCTATTTGAATNNNNNNNNNNAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATCAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTCAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** *** * ** * * * ** *
261280 TTTTAAAATTGTTAAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTGTAAATGGAC-T
66 TCATAAAACCATTTAAAGTAAGTAA-AAGTGCTTTTGAA-GCTATAAGTCACTACAAATAGACTT
** * * * * * *
261342 T-CTCTGTAAATGGGTGGCTTTTGC-TCATGTTTCCCAAAG-AAGACAATCAATTATAATATATT
129 TACTCT-CCAATAGATGACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGCAA-ACATTCAATTACAATATATT
* * * * * *
261404 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGCATAAAATCATTTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAGCA
192 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * ** * * * **
261469 AGTAATAA-AGTTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTACAACTAGACTTT-TCTTGCCAATGAATGACT
257 AGTAGTAAGA-CTTTCGAAGCCATGGA-TGATTGTAAATAGACTTTAT-TTACCAATAAACAACT
* * ** * * * * * * *
261531 TTTTCTTTATGTTTCCCAAGGA-AGACATTCAATTATAATCTACTTTAACCAAAAATGTGAAAAC
319 ATTTCTTCATGTTTCATAA-GACAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAA
** * * * * ** * * * *
261595 GTTCAACCTGAAATTAACTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTC-AAAG
383 ACTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAATAATTAAAAGTAAGTAACAAGACTTTCGAAA-
* * * * * * * * * *
261659 GCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCGT-GCCAATGGATAACTTTTGCTCCATATTTCCCAAGG
447 ACTTGAATGACTATAAATAGAC-TCTCCTCACCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTCCCAAAG
261723 CAA-
511 -AAG
* * ** * *
261726 ACATTAAACTATAATATATCTT-AATAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATAT-TTCAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
261790 ATTATAAAATCATTTAAAG
65 ATCATAAAACCATTTAAAG
261809 CGGGTAATAA
Statistics
Matches: 1654, Mismatches: 389, Indels: 173
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 12 0.01
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514 18 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (513 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTCAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TCATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAAAGTGCTTTTGAAGCTATAAGTCACTACAAATAGACTTTA
CTCTCCAATAGATGACTTTTCCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTACAATATATTTTAA
CTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
GTAAGACTTTCGAAGCCATGGATGATTGTAAATAGACTTTATTTACCAATAAACAACTATTTCTT
CATGTTTCATAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACT
TAAAATCAACTATGAGATTATAAAATAATTAAAAGTAAGTAACAAGACTTTCGAAAACTTGAATG
ACTATAAATAGACTCTCCTCACCAATGGATAACTTTTGCTTCACATTTCCCAAAGAAG
Found at i:268629 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 268240--270957 Score: 1490
Period size: 171 Copynumber: 16.0 Consensus size: 171
268230 CATAACAACA
* * * ** *
268240 AACTTAAAATTAATTATCAGATTATAAAATCATTTCAAA-CGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
* * * ** *
268304 GAATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGA-AGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAAGATAGA
* *
268368 CGTTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTC
129 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
**************** * *
268410 AACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * **
268475 GGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCTGAGGCAGACA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGATAGACA
*
268540 TTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
131 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * * * *
268581 AACTTGAAATCAATTATTAGATTATAAAACCACTCAAAGCGAGTAATAAGTCTCTAAAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * *
268646 AGTGACTGTGAATGGACTTTTCATAC-CAAT-AGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCC-AAGGTGG
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGATAG
* ** * ** *
268708 ACATTAAATTATAATATATCTTT-ATGAACAATACATAAAAATTC
128 ACATTCAATTATAATATAT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
********** * * * * ***
268752 AACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAATGCTTTCGAACATATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* *
268817 AGTGACTATAAATGAACTTTTC-TCTCCAATGGAA-GTG-TTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-ATA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAAT-GAATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGATA
* * * *
268878 GATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTT
127 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
268923 AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTATAG-GACGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGC-TTTCAAAGGCA
* *
268986 TGAGTGACTATAAATGTATTTTTCTTAC-CAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA-AGT
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGA-T
* *
269048 GGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTC
126 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * ** *
269094 AACTTAAAATCCATTATCAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA-GGGTGCTTTCAAAGACAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCAAAGGCAT
* * * * ***
269158 TAGTGACTATAAATGGTCTTTTC-TCTACAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA-ANNNN
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGA-TAG
****** * * * *
269221 NNNNNNAATTATAATATATTTTAATCAAGAAT-AAAAAAAATTG
128 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * ********** * * **
269264 AACATAAAATCAGTTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGATATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * *
269329 -GATGAC-AGTAAATAGACTTTT-TTGCT-AATAAATAGCTTTCT-CTTCACGTTT-CTCGAGAC
66 AG-TGACTA-TAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCCT-AAGAT
* * * *
269388 AAACATTCAAGTATAATATGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTC
126 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* ** * * * * *
269434 AAC-T----T--A--AT--GACTATAAAATGATTAAAAGC-ACGTAATACGGCTTTCGAAGACTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
* ** * ** *
269487 GAGTGACTATATATGGAC-TTTC-TCGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTTTTGAA-AAAG
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-TCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGATAG
* *** *
269549 ACATTCAATTATAATTTATTTTAGTTAAAAATGTAAAAAAATTT
128 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
269593 AACTTAAAATCACTTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCAT-
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * **
269657 AGGTGACT-TCAAATAGACTTTTCTT-TCCAATGAATGG-TTTTTCATCACATTTCCTAA-AGTA
66 A-GTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTCT-CAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGA-TA
* * * * * * * *
269718 CACTTTCAATTACAATCTATTTTGACTAAAAATGT-AAAAACTTT
127 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * *
269762 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGTC-AGTAATAAGGTTTTCGAAGGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
* * * ** * * * * *
269826 -AGGTGACTACAAA-GAGACTTTTTTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAG-TCA
65 GA-GTGACTATAAATG-GACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGAT-A
* * ** *
269888 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAATATTC
127 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
********** * * * * *
269933 NNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTGAAAGGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * *
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* * * ** * *
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********** * *
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1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* ** * * *
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66 AGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCTCAAT-GA-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGATAG
* * * * *
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128 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTC
* * ** * *
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1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * *
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66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGATAGAC
* * * * *
270404 ACTCAATTATAATCTATTTTAACCTAAAATATAAAAAAAGTTT
130 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTC
* * * * *
270447 AACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAATGCTTTTAAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * ** ** * * * *
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* * ** *
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130 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
** * * * **
270617 AACCCAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAGACGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
* ********** * * * *
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65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCT-AAGATA
* * * * *
270743 GACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAACAAATTC
127 GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
** ** * * * *
270788 AACTTATTATCAAGAATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * *
270853 AGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGC-CAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGGCA-A-
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAAG-ATAG
* *
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128 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
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* * * * * *
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*
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* * * *
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*
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* * * * *
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** * * * ** * **
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* * * * * *
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********** *
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* * * * * **
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* * * *
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**********
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * **
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*** * *
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* * * * * * *
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1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTT-CTTCATGT
** * * * * *
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* * * *
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** * * *
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1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGC-AA-TGAATTACTTTTTCTTCATG
* * *
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* * * *
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128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GA
* * * * * * ** *
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1 CTTTCG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATG
** * * * * * *** * * *
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64 TTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
********** *
274484 ATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGG
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* * * * ** * *
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1 CTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATGT
** * * * **
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* * * * *
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* * * ** **
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1 CTTTCGAAGGCT-TGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATG
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* *** * * * * * *
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1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * * *
274932 TTCCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAATAATTCAACTCAA
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* * *
274997 AATCAATTATGACACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATA
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * * * * ** * * *
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1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATGT
* ** * * * * * * * * * *
275105 TTTCTGAGGCAGATATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAAATATAAAA-ATATTCTATTTAA
65 TTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAA
* **********
275169 AATTAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGA
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* * ** * *
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1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGGCAATGAATTA-CTTTTTCTTCAT-
* * * * **
275276 G-TTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTA
63 GTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTA
* * * * * *
275339 AAATTAATTGTTAGAATATAAGACCATTTATAA-CGAGTAATAAGG
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGA
* * * * * *
275384 CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTTTTTCATGT
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTAC-TTTTTCTTCATGT
* * * * * * *
275449 TTCCTAACGTAAACATTGAAATATAATATGTTTTAATCC-AAAATGTAAAAAAACTCAACTAAAA
65 TTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
* *
275513 ATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGA
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * * * * ** * *
275556 GTTTCGAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAGTAAATGCCTTTTGCTTCATATT
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATGTT
* * *** * * *** * * *
275621 TTCAAAAACAGACATTCAATTATCATGCATATTCACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAA-
66 TCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
275685 CTGATTATGAGATTAGAAAACTATTTAAAACAAGTAATTAGG
131 C-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* *** * ** * ** *
275727 CTTTTGAAGGAAGGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTT
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * * * *
275792 TCCTAAAGCAGACATTTAATTGTAATATAATTTT-ACCAAAAATATAAATA-AAGTTTAACTTAA
66 TCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAATGTAAA-ACAA-TTCAACTTAA
********** * * *
275855 AATCAATTNNNNNNNNNNAAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * * * * *
275899 GTTTCGAAGCCTTAAGTGACT-TAAATGGATTTTTCTTGCCAGTAAAAATTTTTTTACCAATAAA
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG---G---CAA------T--GAAT-TA
* * ** * * ** * * *
275963 CGGCTTTTTATTTACATTTCTCGAGACAAACATTCCATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAA
51 ---CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * * * *
276028 AAAAATTCAACTTAAAATCAACTAT-CGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGG
113 AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* ** ** * * **
276086 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTGCCAATGGGTGGCTTTTACTTTACATT
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATGTT
* * * * *
276150 TCTCGAA-G-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAA-AAGTCAACTTAAA
66 TC-CCAAGGTAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
* * *
276212 ATCAATTATGAGATTATAAGAA-CATTGAAAGTGAGTAATAAGG
129 ATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * * * * * * * * * *
276255 CTTTAGAAGGCATGGGTGACCACAAATAGACTTTTCTTGCCGAT-CAGTAGCTTTTTCTTTATAT
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTA-CTTTTTCTTCATGT
** * * * * * * *********
276319 TTCCTGAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCNNNNNNNNN
65 TTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAA
* ** *
276384 NCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGG
130 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * * * * * ** *
276426 GTTCCGAAGGTTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCAT-GCTA-GTAGATGGCTTTTGCTTCATG
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATG-A-ATTACTTTTTCTTCATG
* ** * * ** * * *
276489 TTTCCTAAGACAGACATT-AATTATAAGACATTTTAA-AAAAAATGTAAAGACAATTTAACTCAA
64 TTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA-ACAATTCAACTTAA
** * *
276552 AATCAATTACAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* * ** ** * *
276596 CTTTCGAA-GCTATGGGTGACTATAAA-GGAACTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACG
1 CTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATG
** * * * * * * *
276659 TTTCCTGAGCTAGACATACAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCTACTTAAA
64 TTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
***************
276724 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNNNNNN
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
******* * * * ** * *
276767 NNNNNNNAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTT
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * *
276832 TCTCAAGG-AAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAGTATAAAA-ACATTTAGCTTAAA
66 TCCCAAGGTAA-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAA
********** *
276895 ATCAATTATGANNNNNNNNNNCTATTTAAAGCGAGTAATAATG-
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GA
* * * * * * * * *
276938 CTTTCGAAGCCATGAGTGACTCTAAATGAATTTTTCTT-TCTATTGGATGT-CTTTTGCTTCATG
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGC-AATGAAT-TACTTTTTCTTCATG
*** * * * * * * *
277001 TTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAATACAT-AAAAAAAATTCAACTAA
64 TTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA-A-ATGTAAAACAATTCAACTTA
* * * * *
277065 AAATCAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATATGG
127 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
* ** * * * * *
277110 CTTTCAAAGGGATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGTCAATGAGTGACTTTTTCTTCACGT
1 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * *
277174 TTGCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCGAAAATATAAAAGAAAATTTAACTTAA
65 TTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-ACAATTCAACTTAA
277239 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
277271 TGAGNNNNNN
Statistics
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CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATTACTTTTTCTTCATGTT
TCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
Found at i:275335 original size:343 final size:342
Alignment explanation
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Period size: 343 Copynumber: 12.0 Consensus size: 342
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* * * * * * *
273148 AATAATGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CGAATGAAT-GTTTTTTG
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* * ** * * * * * * *
273211 CTTTATGTATCTTAAGATAGATATTCAATTATAATATAGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTA
63 CTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * **
273276 ACTAAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATATGGCTTTTAAAGAG-ATG
128 ACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATG
* * ** * * * * ** *
273340 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCT--CAACGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGA
192 AGTGACTATAAGTGCACTTTTCTT-TGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGA
* * * * * * *
273403 GATCCAATTATAATCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAACAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAG
256 CATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AAA-TTCTACTTAAAATCAATTATGAG
**********
273468 ATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGT
319 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * ** *
273492 AATAAGCCTTTCGAAGGCATT-AGTGATTGTAAATAAGATTTTCTTATGATAA--AATGGCTTTT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAAGTGACTATAAAT-GGCTTTTC-T-TGCCAATGAATAGCTTTT
* * * * * ** *
273554 TCTTCATGGTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTC
62 CCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * ********** * *
273619 AACATAAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTG
127 AACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * * * * *
273684 AGTGACTATAAATGAACTCTTC-TTGGCAATGGATGTCTTTTTCTTCATGTCTCCT-AAGTAGAC
192 AGTGACTATAAGTGCACTTTTCTTTGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGAC
* * * * * * * * * *
273747 ATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCGATTATCAGATT
257 ATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
273812 ATAAAACGATTTAAAGCGAGT
322 ATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
273833 AATAAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTACAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATTA-CTTTTC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAA-TAGCTTTTC
* * * *
273896 CTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAGAAATTCA
63 CTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* *** * * *
273961 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAACTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
128 ACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * * * * *
274026 GTGACTATCAA-TGGACTTTTC-ATGACAATGGATAGTTTTTGCTTCACGTTTCATAAAGCATAA
193 GTGACTAT-AAGTGCACTTTTCTTTGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGAC
* * * * *
274089 ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGAT
257 ATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAA-AAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
274154 TATAAGAGCATTTAAAGTGAGT
321 TATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** ** * * * *
274176 AATAAGACTTTCGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATTTAATTGCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAA-TGAATAGCTTTTCC
** *
274241 TTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTGA
64 TTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCA
* * * *
274306 ACTTAAAATCAATCATGACACTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT-GAAAGGCATG
128 ACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATG
* ** * *
274370 AGTGACTGTAAGTGGTCTTTTCTCT-ACAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGAC
192 AGTGACTATAAGTGCACTTTTCTTTGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGAC
* * ***
274434 ATTCAATCATAATGTATTTTAACCATCGATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT
257 ATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT
**********
274499 ATANNNNNNNNNNAAGCGAGT
322 ATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
274520 AATAAGGCTTTCGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTGTT-C
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTT-TTCC
* ** * * *
274584 TTCATGGTTCCTGAGGTAGAA-ATTTAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAATATTCA
64 TTCATGTTTCCCAAGGTA-AACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * *
274648 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAGATCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGA
128 ACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * * * *
274713 GTGA-TCATAAATGAACTTTT-TTTGCCAATGAATGGCTTTT-TTTCACATTTCCT-ATGCAAAC
193 GTGACT-ATAAGTGCACTTTTCTTTGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGAC
* * * *** * *
274774 ATTTAAAT-AGAATCTGTTTTAATTCAAAATGTAAAAAAATT-TCACTTAAAATCAATTATCAGA
257 A-TTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
274837 TTAAAAAACTATTTAAAACGAGT
320 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * ** * *
274860 AATAAGGCTTTCGAAAGC-AACAGTGACTACAAATGAAATTTTCTTGCCAATGAATTA-TTTTTT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTA-AGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAA-TAGCTTTTC
* * * * * * *
274923 TTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAATAAT
63 CTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATGT-AAAAA-AAT
* * ** *
274988 TCAACTCAAAATCAATTATGACACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCC
125 TCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * *
275053 TGAGTGACTGTAAGTGCA-TTATTCTTTG-CAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTTTTCTGAGGCA
190 TGAGTGACTATAAGTGCACTT-TTCTTTGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCA
* * * * ****
275116 GATATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAAATATAAAAATATTCTATTTAAAATTAATTNNNN
254 GACATTCAATCATAATCTATTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGA
******
275181 NNNNNNAAAACCATTTAAAGCGAGT
318 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * **
275206 AATAAGGATTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTCCT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTCCT
* * * *
275271 TCCTAG-TTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAA
65 TCAT-GTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
275335 CTTAAAATTAATTGTTAGAATATAAGACCATTTATAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
129 CTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* ** * * * ** * * * * *
275399 GTGACTATAAATGGGCTTTT-TTTGCCAATGAATGACTTTTTTTTTCATGTTTCCTAACGTAAAC
193 GTGACTATAAGTGCACTTTTCTTTGACAATGGATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGAC
* * * * * * * *
275463 ATTGAAAT-ATAATATGTTTTAATC-CAAAATGTAAAAAAACTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
257 ATT-CAATCATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
275526 TTATGAAACCATTTAAAGCGGGT
320 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
275549 AATAAGAG-TTTCGAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAGTAAAT-GCCTTTTG
1 AATAAG-GCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTC
* * * *** * * * * ** *
275612 CTTCATATTTTCAAAAACAGACATTCAATTATCATGC-ATATTCACCAAAAATGTAAAAGAATTC
63 CTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAAT-CTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * * * * * *
275676 AACTTAAAA-CTGATTATGAGATTAGAAAACTATTTAAAACAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGAAG
127 AACTTAAAATC-AATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * * * *
275740 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT--CAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAG
191 GAGTGACTATAAGTGCACTTTTCTT-TGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAG
* ** * * * ***
275803 ACATTTAATTGTAATATAATTTT-ACCAAAAATATAAATAAAGTT-TAACTTAAAATCAATTNNN
255 ACATTCAATCATAATCT-ATTTTAACAAAAAATATAAA-AAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATG
******* *
275866 NNNNNNNAAAACTATTTAAAGCGAGT
317 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
275892 AATATGGGTTTCGAAGCCTTAAGTGACT-TAAATGGATTTTTCTTGCCAGTAAAAATTTTTTTAC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCC------AA------T--
* ** * ** * * ** * * * **
275956 CAATAAACGGCTTTTTATTTACATTTCTCGAGACAAACATTCCATTATAATTTGTTTTAACCAAA
51 GAAT--A--GCTTTTCCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
* * * * * *
276021 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTAT-CGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAG
112 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * *
276085 GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTC-TTGCCAATGGGTGGCTTTTACTTTACA
177 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAGTGCACTTTTCTTTGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACG
* * * * * * *
276148 TTT-CTCGAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAGTCAACTTAA
242 TTTCCT-GAGGCAGACATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAA
* *
276211 AATCAATTATGAGATTATAAGAA-CATTGAAAGTGAGT
306 AATCAATTATGAGATTATAA-AACCATTTAAAGCGAGT
* * ** * * * * * * *
276248 AATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACCACAAATAGACTTTTCTTGCCGATCAGTAGCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTCCT
* * ** * * * * **
276313 TTATATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCNN
65 TCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
******** * ** * * **
276377 NNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGGTTCCGAAGGTTTGAG
129 CTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * * * * * * *
276442 TGAATATAAATGGACTTTTC-ATG-CTAGTAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAGACA
194 TGACTATAAGTGCACTTTTCTTTGAC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACA
* * * * * **
276505 TT-AATTATAAGAC-ATTTTAA-AAAAAATGTAAAGACAATT-TAACTCAAAATCAATTACAAGA
258 TTCAATCATAA-TCTATTTTAACAAAAAATATAAA-AAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGA
*
276566 TTATAAAAACATTTAAAGCGAGT
320 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** * * * *
276589 AATAAGGCTTTCGAA-GCTATGGGTGACTATAAA-GGAACTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTTT
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATGG--CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTC
* * ** * * * * * * * *
276652 CTTTACGTTTCCTGAGCTAGACATACAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCT
63 CTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ********************** *
276717 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTTGA
128 ACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * *
276782 GTGACTATAAATAG-ACTTTTC-TTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-CTCAAGGAAGA
193 GTGACTATAAGT-GCACTTTTCTTTGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-GAGGCAGA
* * * * * * **
276844 CATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAGTATAAAAACATT-TAGCTTAAAATCAATTATGANN
256 CATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCTA-CTTAAAATCAATTATGAGA
******** *
276908 NNNNNNNNCTATTTAAAGCGAGT
320 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * ** * * * * *
276931 AATAATGCTTTCGAAGCCATGAGTGACTCTAAATGAATTTTTCTTTCTATTGGAT-GTCTTTTGC
1 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTCC
*** * * * * *
276995 TTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAATACAT-AAAAAAAATTC
64 TTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA-A-ATGTAAAAAAATTC
* * * * * * * *
277059 AACTAAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCAAAGGGATG
127 AACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * * * *
277124 GGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGTCAAT-GAGTGACTTTTTCTTCACGTTTGCTAAGGTAGA
192 AGTGACTATAAGTGCACTTTTCTTTGACAATGGA-TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGA
* * * **
277187 CATTCAATTATAATCTGTTTTGACCGAAAATATAAAAGAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGA
256 CATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAA-AAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGA
277251 GATTATAAAACCATTTAAAG
318 GATTATAAAACCATTTAAAG
277271 TGAGNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATCATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGT
Found at i:276694 original size:341 final size:330
Alignment explanation
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276044 ATCAACTATC
* *
276054 GATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTT
1 GATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGATTT
* * * * * *
276119 TCTTGCCAATGGGTGGCTTTTACTTTACATTTCTCGAAGAAGACATTCAATTATAATATATTTTA
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* * ** * *
276184 ACTAAAAATATAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGAACATTGAAAGTGAGTA
131 ACAAAAAATATAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTACAAGATTATAAAAACATTGAAAGCGAGTA
* * * * *
276249 ATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACCACAAATAGACTTTTCTTGCCGATCAGTAGCTTTTTCTT
196 ATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACCACAAAGAGACTTCTCTTACCAATCAATAGCTTTTTCTT
* * * *
276314 TATATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCNNNN
261 TACATTTCCTGAGGCAGACATACAATTACAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC----
276379 NNNNNNCAATTATGA
322 ------CAATTATGA
* *
276394 GATTATAAAACCATTTAAAA-TGAGTAATAAGGGTTCCGAAGGTTTGAGTGAATATAAATGGACT
1 GATTATAAAACCA-TTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGA-T
* * * ** *
276458 TTTCATGCTAGTAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGACAGACATT-AATTATAAGACATT
64 TTTCATGCCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTTCTCGAAGA-AGACATTCAATTATAAGACATT
* * * *
276521 TTAA-AAAAAATGTAAAGACAATTTAACTCAAAATCAATTACAAGATTATAAAAACATTTAAAGC
128 TTAACAAAAAATATAAA-A-AAGTCAACTCAAAATCAATTACAAGATTATAAAAACATTGAAAGC
* * * * *
276585 GAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTATGGGTGACTATAAAG-GAACTTCTCTTACCAATGAATGGCT
191 GAGTAATAAGGCTTTAGAAGGC-ATGGGTGACCACAAAGAG-ACTTCTCTTACCAATCAATAGCT
* *
276648 TTTTCTTTACGTTTCCTGA-GCTAGACATACAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
254 TTTTCTTTACATTTCCTGAGGC-AGACATACAATTACAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
276712 A
318 A
276713 ATCTACTTAA
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 42, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
339 10 0.04
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.32
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GATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGATTT
TCATGCCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTTCTCGAAGAAGACATTCAATTATAAGACATTTTA
ACAAAAAATATAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTACAAGATTATAAAAACATTGAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACCACAAAGAGACTTCTCTTACCAATCAATAGCTTTTTCTT
TACATTTCCTGAGGCAGACATACAATTACAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCCAAT
TATGA
Found at i:277643 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 277565--277698 Score: 243
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277555 TTATTTACAT
*
277565 GGGCTGTCTTTGCCAAACCATGGTTTT-TTCCCATTTAAATACTTTTTATTCCTTTTTCTCTTTA
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277629 TCAA
65 TCAA
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1 GGGCTATCTTTGCCAAACCATGGTTTTCTTCCATTTAAATACTTTTTATTCCTTTTTCTCTTTAT
277698 C
66 C
277699 TACTTTCATA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (68 bp):
GGGCTATCTTTGCCAAACCATGGTTTTCTTCCATTTAAATACTTTTTATTCCTTTTTCTCTTTAT
CAA
Found at i:279052 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 278678--279212 Score: 549
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
278668 AAAGGCTTGA
* * * * * *
278678 GTGACTATAAAT-AGACTTGTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAAACA
1 GTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACA
* * * * * *
278742 TTCAATTGTAATATATTTTAACAAAAAATGTAAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATT
65 TTTAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAA-TTAAAATCAATT-A-TGATT
*
278807 ATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAG
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAG
* * * * *
278850 GTGATTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACAT
* * *
278915 TTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAATATAAAATCAATTATGACTATA
66 TTAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAAT-TAAAATCAATTATGATTATA
* * * * *
278980 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAATGCATTT-GAATGCAT-G
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAAGAATAG
* ** * *
279019 AGTGACTATAAGTGAACTTTTC-TCTGTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGATTCCTAAGGTAGAC
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** * * * * *
279083 ATTTAACCGTAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAACTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 ATTTAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAATTAAAATCAATTAT--GATT
** *
279148 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTGG
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAG
**
279190 GCTGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 G-TGACTATAAATGAACTTTTCT
279213 CGCTAATGAT
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 55, Indels: 22
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.05
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
GTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACAT
TTAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAATTAAAATCAATTATGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAG
Found at i:280135 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 279968--280206 Score: 291
Period size: 73 Copynumber: 3.3 Consensus size: 72
279958 CAAATAGAAT
* * * * * *
279968 GCTCTTAGTCGCCTAAC-ATACTTCTTAGTTGACTAAATCATTTCTGTCTTCTGATCCCAACTTT
1 GCTCTTAGTCGACTAACAATACTTCTTAGTTGATTAAGTCATTTCTGTC-TCTGAACTC-AGTTT
280032 TGGCAGTAA
64 TGGCAGTAA
* * * *
280041 GCTCTTAGTCGACTAATAATACTTCTTAGTTAATTAAGTCATTTCTATCTCTAAACTCAGTTTCT
1 GCTCTTAGTCGACTAACAATACTTCTTAGTTGATTAAGTCATTTCTGTCTCTGAACTCAGTTT-T
* *
280106 GACAATAA
65 GGCAGTAA
* * * *
280114 GCTCTTGGTCGACTAACAATACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTGTGTCTCTGAACTCAGTTTTT
1 GCTCTTAGTCGACTAACAATACTTCTTAGTTGATTAAGTCATTTCTGTCTCTGAACTCAG-TTTT
280179 GGCAGTAA
65 GGCAGTAA
280187 GCTCTTAGTCGACTAACAAT
1 GCTCTTAGTCGACTAACAAT
280207 GTCTCTTGGT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 23, Indels: 6
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
72 4 0.03
73 106 0.76
74 30 0.21
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (72 bp):
GCTCTTAGTCGACTAACAATACTTCTTAGTTGATTAAGTCATTTCTGTCTCTGAACTCAGTTTTG
GCAGTAA
Found at i:281839 original size:29 final size:30
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281761 GCAAGACCAG
281771 AATTCTTGCAGATTTTCTTCATTAAATTTCCT
1 AATTCTTGCAGATTTTCTTC--TAAATTTCCT
** *
281803 AGCTCTTGCAGATTTTCTTC--AATTTTCT
1 AATTCTTGCAGATTTTCTTCTAAATTTCCT
281831 CAATTCTTGCAGATT
1 -AATTCTTGCAGATT
281846 GATCAGTGAG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 5
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
28 7 0.19
29 12 0.32
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ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.09, T:0.48
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AATTCTTGCAGATTTTCTTCTAAATTTCCT
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281947 TCCCTTTGAG
281957 TATCTTTGGAAGTTTTGAAAAACTTT
1 TATCTTTGGAAGTTTTGAAAAACTTT
*
281983 TATCTTTGGAAGTTTTGAAACACTTT
1 TATCTTTGGAAGTTTTGAAAAACTTT
282009 T
1 T
282010 CTCCATATAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
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TATCTTTGGAAGTTTTGAAAAACTTT
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286822 NNNNNNNTGT
286832 TTTCTAATTCTAATTTTAGAA
1 TTTCTAATTCT-ATTTTAGAA
*
286853 TTTCATAA-TCTATTTTTGAA
1 TTTC-TAATTCTATTTTAGAA
286873 T
1 T
286874 GTTTAAGTTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.47
21 7 0.37
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ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.05, T:0.55
Consensus pattern (20 bp):
TTTCTAATTCTATTTTAGAA
Found at i:288879 original size:73 final size:73
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Indices: 288627--288879 Score: 242
Period size: 73 Copynumber: 3.5 Consensus size: 73
288617 AAATTCAAAT
* * * * ** *
288627 TTTTTGACAG-AATGCTCTTAGTCAACTAAC-ATGCTTCTTTGTCGACCAAGTCATTTCTGTCTT
1 TTTTTGACAGTAA-GCTCTTAGTCGACTAACAATCCTTCTTAGTCAATTAAGTCGTTTCTGTCTT
* *
288690 CTGATCCCAG
65 -TGAACTCAG
* * * * * * *
288700 CTTTTGACAGTAAGCTCTTATTCAACTAACAATACTTCTTAGTCAATTAAGTTGTTTTTGTCTCT
1 TTTTTGACAGTAAGCTCTTAGTCGACTAACAATCCTTCTTAGTCAATTAAGTCGTTTCTGTCTTT
288765 GAACTCAG
66 GAACTCAG
* * **
288773 TTTTTGATAGTAAGCTCTTAGTCGACTAGCAATCCTTCTTCA-TTGATTAAGTCGTTTCTGTCTT
1 TTTTTGACAGTAAGCTCTTAGTCGACTAACAATCCTTCTT-AGTCAATTAAGTCGTTTCTGTCTT
*
288837 TAAACTCAG
65 TGAACTCAG
* * *
288846 TTTTTGGCAATAAGCTCTTAGTCGACAAACAATC
1 TTTTTGACAGTAAGCTCTTAGTCGACTAACAATC
288880 TCTTTTGCTC
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 30, Indels: 6
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
73 120 0.82
74 27 0.18
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (73 bp):
TTTTTGACAGTAAGCTCTTAGTCGACTAACAATCCTTCTTAGTCAATTAAGTCGTTTCTGTCTTT
GAACTCAG
Found at i:289579 original size:170 final size:171
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289391 NNNNNNNNNN
* *
289401 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGAGCTTCAAAAGCTTAACTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGCTTCGAAAGCTTAACTGACTATAAAT
* *
289466 GGACTTTTCTTGCTATTAAATGGCTTTTACTTCATG-TTCCCAAAACAGATATTCAATTATAATA
66 GGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAAACAGATATTCAATTATAATA
* * * * **
289530 TATATTCACCAAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATTGA
131 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
** * * ** ***
289571 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAA-ATCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGC-TTCGAAAGCTTAACTGACTATAAA
* ** * * * * * * *
289635 TAGACTTTTCTTGCCAACGAATGGTTTTTTCTTAATGTTTCCCGAGACAGACATTCAAATATAAT
65 TGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAAACAGATATTCAATTATAAT
* * *******
289700 ATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-NNNNNNN
130 ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*** * * * * **
289741 NNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAAACCTTCGAAGGCTTCATTTGACTATAAA
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGCTTCGAAAGCTT-AACTGACTATAAA
* * * * * * *** * * *
289806 TGGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATTTAAATATTTATTTATAAT
65 TGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAAACAGATATTCAATTATAAT
*
289871 ATATTTTAACCAAAAATGTAAATACAATTCAACTTAAAATCAA
130 ATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAA
* *
289914 TTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAG-GCTT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGCTT
289955 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 87, Indels: 10
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 117 0.40
171 128 0.44
172 14 0.05
173 30 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGCTTCGAAAGCTTAACTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAAACAGATATTCAATTATAATA
TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
Found at i:292188 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 290505--292467 Score: 1027
Period size: 171 Copynumber: 11.5 Consensus size: 169
290495 NNNNNNNNNN
* * * ** *
290505 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCAT-AGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * * * * * * * * * *
290569 TCAATGAATAGCTTTTT-CTTCATATTTCTGAAGACAAACATTTAAATACAATCTGTTTTAACCC
65 CCAATGGAT--CTTTTTGCTTCATGTTTCT-AAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCA
* **********
290633 AAAATGTAAAAAAAATNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATA
127 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * * *
290676 AAATTATTTAAAGCAAGTAATGAGGGTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * *
290741 TAGTGGA-CGATTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAACAAACTTTCAATTAAAATATATTTTAATTAA
66 CAATGGATC--TTTTTGCTTCATGTTT-CTAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAA
* **
290805 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTGATTATGAGATTATA
128 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** * * * *
290847 AAACTATTCAAAG-AGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTA
1 AAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * * *
290911 CC-ATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTT-TTAGA-AGCAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAA-
65 CCAATGGAT--CTTTTTGCTTCATGTTTCTAAGATAG---ACATTCAATTATAATCTATTTTAAT
* * * * * * *
290971 -ATATAATGTTAAAGAATTAAACCTAAAATAAATTATGAGATTA-C
125 CA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
291015 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TCAAGTGACTACAAACGAACTTTTCTTG
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * * * *
291079 CCAAAT-GATGGC-TTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAATAT-TATTTACT
65 CC-AATGGAT--CTTTTTGCTTCATGTTTCT-AAGATAGACATTCAATTATAATCTAT-TTTAAT
* *
291141 CAAAAATG-AGAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
125 CAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * **
291186 CAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTCCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTCCC
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * * *** *
291251 CAATGGA-CATCTTTTGCTTAACAT-TTCCTAATATAGACCTTTC-ATTATAATAGGTTTTAACC
66 CAATGGATC-T-TTTTGCTT--CATGTTTCTAAGATAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATC
291313 AAAAATGTAAAAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
126 AAAAATGT----AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
********** * * * *
291360 AAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAGT-AGACTTTTCTTA
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG
* * * * * *
291424 CCAGTGAATAGCTTTTT--TTTATGTTTCTCAAGGA-AAACACTCAATTATAATCTGTTTTAAT-
65 CCAATGGAT--CTTTTTGCTTCATGTTTCT-AA-GATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC
* * *
291485 ATAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATA
126 A-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * ** * * * *
291530 AAATTATTTCAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAAGTGGCTATAAATGAACTTTTCTCT-
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TG
* *
291594 CCAATAGATGTCTTTTTG-TTCATGTTT-TACAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
65 CCAATGGA--TCTTTTTGCTTCATGTTTCT--AAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC
* * *
291657 AACAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATA
126 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
********** * * *
291701 AANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAGA-TTTTCTTG
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTG
* * * * * *
291765 CCAATGAATGACTTTTT-CTAT-ATGGTTCCTAAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACC
65 CCAATGGAT--CTTTTTGCT-TCAT-GTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC
* *
291828 ACAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATA
126 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * ** * * *
291872 AAATCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGACTGTAAATGGACTTTT-TTGC
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
* * ******
291936 CAATGGATGGC-TTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGA-AGACATTCAATTATAATATATTTNNNNNN
66 CAATGGAT--CTTTTTGCTTCATGTTTCT-AA-GATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCA
*************
291999 NNNNNNNNNNNNCATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
127 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
292042 AAACCATTTAAAGTAAGTAACAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATGAACTTTTCTCT-
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TG
* * * * * *
292105 CTAATGGATCTATTTTGCTTTACGTTTCCTAAGACAGACATTTAATTATAATCTATTTTCATCAA
65 CCAATGGATCT-TTTTGCTTCATGTTT-CTAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAA
* ******
292170 AAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGNNNNNN
128 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
***** * * * * * **
292212 NNNNTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAACTGGACTTTT-TTAT
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
** ** * * ** *
292276 CAATAAATGAC-TTTTGCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAAACATAATCTATTTGAA-CTA
66 CAATGGAT--CTTTTTGCTTCATGTTTCT-AAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-A
* * * * **
292339 AAATTGTAAAAACATTCAAGTTAAAATTAATTATGATTTTATA
127 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
292382 AAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAAGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTGC
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
*
292447 TAATGGATGGC-TTTTGCTTCA
66 CAATGGAT--CTTTTTGCTTCA
292468 CGTCTCGAAA
Statistics
Matches: 1359, Mismatches: 349, Indels: 168
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 62 0.05
169 110 0.08
170 487 0.36
171 544 0.40
172 30 0.02
173 33 0.02
174 72 0.05
175 16 0.01
176 2 0.00
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
CAATGGATCTTTTTGCTTCATGTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
Found at i:293109 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 292784--293649 Score: 631
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 168
292774 NNNNNNNNNN
* * * * * **
292784 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAA-CCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTT---
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTCCC
* * *
292845 T-CATATCGAA-GGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA-AGTAGACATTCAATTATAACAT-TATTTA
65 TCCA-AT-GAATAGCTTTTGCTT-ACGTTTCCTGAGA-TAGACATTCAATTATAATATGT-TTTA
* * * *
292906 ATCAAAAATAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATAA
125 A-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
* ** * *
292951 TAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGTCTATAAATAAAAGTTTCCC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-AAACTTTCCC
* * * * *
293016 TCCAATAAACATCTTTTGCTTATTGTTTACTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAA
65 TCCAATGAATAGCTTTTGCTTA-CGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-A
* * *
293081 AAAATGTAAAAACATTCAACTCAAAATCAACTATGAGATTA
128 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
* ** * * ** * *
293122 GAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-AGGTGGCTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATAAACTTTCCC
* * * * ** * * * * **
293186 TGTCAATGAATGGCTTTTTTCTTACATTTCCCAAGGTAGATACTCAATTATAATCTGTCCTAACT
65 T-CCAATGAATAGC-TTTTGCTTACGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-
* * *
293251 AAAAATGTAAAAAAATCCATCTTAAAATCAACTAT-ATGATTA
127 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGA-GATTA
* * *
293293 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAAC-TTTCCC
* * *
293358 TCCAATGAATAGCTTTTGCTTTACGTTTCTTGAGATAGACATTCAATCATAATATGCTTTAACCA
65 TCCAATGAATAGCTTTTGC-TTACGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CA
* **********
293423 AAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTA
128 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
* ** * * * ** *
293464 TAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAA-GGGTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACATTT-CT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAAC-TTTCCC
* * * * * * ** *
293527 TGCTAGTGAATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCCGAAATAGACATTCAATTATAATACATTTTCATC
65 T-CCAATGAATAGCTTTTGCTT-ACGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AAC
* * ** *
293592 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATTGATTATGAGATTA
127 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
293634 TAAAACCATTTAAAGC
1 TAAAACCATTTAAAGC
293650 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 545, Mismatches: 131, Indels: 43
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.01
167 43 0.08
168 4 0.01
169 3 0.01
170 136 0.25
171 338 0.62
172 18 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTCCCT
CCAATGAATAGCTTTTGCTTACGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
Found at i:293605 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 293288--293614 Score: 320
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
293278 TCAACTATAT
* * *
293288 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCGTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACAT
** * **
293353 TTCTCTCCAATGAATAGCTTTTGCTTTACGTTTCTTGAGATAGACATTCAATCATAATATGCTTT
66 TTCTCTCCAATGAATAGCTTTTGCTTTACGTTTCCCGAAATAGACATTCAATCATAATACACTTT
*
293418 AACCAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAA
131 AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
293449 NNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAA-GGGTTCGAAGGCT-TGAGTGATTA
1 ----------GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCGTTCGAAGG-TATGAGTGACTA
* * * *
293512 TAAATGGACATTTCT-TGCTAGTGAATGGCTTTTGCTTCT-CGTTTCCCGAAATAGACATTCAAT
55 TAAATGAACATTTCTCT-CCAATGAATAGCTTTTGCTT-TACGTTTCCCGAAATAGACATTCAAT
* * * * *
293575 TATAATACATTTTCATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
118 CATAATACACTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
293615 GAAATTGATT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 21, Indels: 7
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 100 0.76
171 31 0.23
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (161 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCGTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACAT
TTCTCTCCAATGAATAGCTTTTGCTTTACGTTTCCCGAAATAGACATTCAATCATAATACACTTT
AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
Found at i:294601 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 294576--294617 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
294566 AAGGCGTGGG
294576 TTACT-ATAAATAGACTTTTC
1 TTACTAATAAATAG-CTTTTC
*
294596 TTACTAATGAATAGCTTTTC
1 TTACTAATAAATAGCTTTTC
294616 TT
1 TT
294618 CATGTTTCCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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21 7 0.35
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Consensus pattern (20 bp):
TTACTAATAAATAGCTTTTC
Found at i:294897 original size:171 final size:171
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Indices: 293853--295007 Score: 602
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 171
293843 NNNNNNNNNN
** ** * *
293853 ATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCC
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-C
* * * * * * * * *
293918 CT-CCAATGGACATCTTCTGCTTAATGTTTCC-AGAGATAGACATTCAATTATAATAC-GTTTTA
65 TTACTAATGAATAGCTT-TTCTTCATGTTTCCTA-AGATAAACATTCAATTATAA-ACTATTTTA
* **
293980 ACAAAAAATATAAA-AAAATTCAACATT-AAATTGATTATGAGATT
127 ACTAAAAATATAAAGAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * * * * * * *
294024 ATAAAACCATTCAAAGAAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTCAGTAACTAGAAATGGATTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * *
294089 CA-TCAATTG-ATGGCTTTTGCTTCATATCTCCTAAGGTAAACATTCAAATATGATCTATTTTAA
66 TACT-AA-TGAATAGCTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAAACTATTTTAA
* * * *
294152 CCAAAATTGTAAA-CAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
128 CTAAAAATATAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** *
294195 ATAAGACCATTT-AAGCCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGCCAT-AGGTGACTAT-AATAGACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * ** * * ** *
294257 CTTGCCAATGAATGGCTTTTCTCTCA--TTT-CTGAGGCAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAA
64 CTTACTAATGAATAGCTTTTCT-TCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAAACTATTTTAA
**********
294319 CTAAAAATATAAA-AANNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGATT
128 CTAAAAATATAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * **********
294362 AGAAAACTATTTAAAGTAAATAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTNNNNNNNNNNTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * ** *
294427 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCCTAGGGTGGACATTCAACTAT-AA-TATATTTAA-
66 TACTAATGAATAGC-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAAACTAT-TTTAAC
** * *
294489 TCAAAAATGCAAAG-AAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGTTT
129 T-AAAAATATAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
294532 ATCAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGC-TTCTGAAGGCGTGGGTTACTATAAATAGACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* ** *
294595 CTTACTAATGAATAGCTTTTCTTCATGTTTCCTATGATAGGCTTTCAATTATAAACTATTTTAAC
64 CTTACTAATGAATAGCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAAACTATTTTAAC
* *
294660 TAAAAATGTAAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
129 TAAAAATATAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
********** * * *
294703 ANNNNNNNNNNTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACTATAAAT-GAGCTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTC
* * *
294767 TT-GTCAATGAATGGCTATGTT-TTCATGTTT-CTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTATTTT
65 TTACT-AATGAATAGCT-T-TTCTTCATGTTTCCT-AAGATAAACATTCAATTATAAACTATTTT
** * *
294829 AACTAAAAATATAAA-ACCATTCAACTTAAAATCAATTATGACACT
126 AACTAAAAATATAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** ** * *
294874 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTTAAAAGCATGAGTGACTATAATTAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * ** * * * * *
294939 CTGC-AAT-AGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAA
66 -TACTAATGA-ATAGCTTTT-CTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAAACTATTTTAA
*
295002 CCAAAA
128 CTAAAA
295008 CAATAGCATT
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 202, Indels: 84
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 87 0.12
168 29 0.04
169 46 0.06
170 145 0.20
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172 59 0.08
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
TACTAATGAATAGCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAAACTATTTTAACTA
AAAATATAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
Found at i:308244 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 308106--308278 Score: 188
Period size: 73 Copynumber: 2.4 Consensus size: 73
308096 AATTCAAATT
* * *
308106 TTTTGACAG-AATGCTCTTAGTCAACTAACATGCTTCTTTGTCGACCAAGTCATTTCTGTCTTCT
1 TTTTGACAGTAA-GCTCTTAGTCAACTAACATACTTCTTAGTCAACCAAGTCATTTCTGTCTTCT
*
308170 GATCCCAGC
65 GAACCCAGC
* ** ** *
308179 TTTTGACAGTAAGCTCTTATTCAACTACACATACTTCTTAGTCAATTAAGTTGTTTTTGTC-TCT
1 TTTTGACAGTAAGCTCTTAGTCAACTA-ACATACTTCTTAGTCAACCAAGTCATTTCTGTCTTCT
* *
308243 GAACTCAGT
65 GAACCCAGC
* *
308252 TTTTGATAGTAAGCTCTTAGTCGACTA
1 TTTTGACAGTAAGCTCTTAGTCAACTA
308279 GCAATCCTTC
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 15, Indels: 4
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
73 56 0.67
74 27 0.33
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.14, T:0.40
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TTTTGACAGTAAGCTCTTAGTCAACTAACATACTTCTTAGTCAACCAAGTCATTTCTGTCTTCTG
AACCCAGC
Found at i:309720 original size:169 final size:169
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Indices: 308654--311839 Score: 1959
Period size: 169 Copynumber: 19.0 Consensus size: 169
308644 TTGTTCCAAC
*
308654 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTT-ACCAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG
1 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
308718 AGATTAT--AACCATTTAAAGCGAGTGATAAGACTTTCGAACGCCATGTG-GTACCAT-AATGTA
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTG-ACTATAAATGGA
* * * * *
308779 CTTTTTCTTAC--ATGAATGGCTTTT-TTCTCACATTTC-CAA
129 C-TTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCT-TCACGTTCCTCAA
* * * *
308818 GGCAAACGTTTAA-TATTAATCTGTTTTAACCCAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 -GTAAACATTCAATTA-TAATCTATTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** * * * * *
308881 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGAGC-TTCAAAAGCTTAACTGACTATAAATG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * *
308945 GACTTTTCTTGCTATTAAATGGCTTTTACTTCATG-TCC-CAA
127 GACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAA
* * * * * * **
308986 --AACAGTATATCAATTATAATATATATTCACCAAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATTGAT
1 GTAA-A-CAT-TCAATTATAATCTATTTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * * * * *
309049 TATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAATCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATA
62 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
309113 GACTTTTCTTGCCAACGAAT-G-TTTTTCTTAATGTTTCC-CGA
127 GACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACG-TTCCTCAA
* *
309154 G-ACAGACATTCAAATATAA--TATGTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAATCAAT
1 GTA-A-ACATTCAATTATAATCTAT-TTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * * * *
309214 TATGAGATTAT-AAACCAATTTAAAG-GAGAAATAAAACCTTCGAAGGCTTCATTTGACTATAAA
62 TATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAA
* * *
309277 TGGACTTTTCTTAC-AAT--AGAGCTTTTGCTTCACGTT-TTCAA
125 TGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAA
* * * * *
309318 TTTAAATATT-TATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAATACAATTCAACTTAAAATCAATT
1 -GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC-AAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
309382 ATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGATTAA-AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * *
309446 ACTTTCCTTACCAATGAATAGCTTCTT-CTTCATGTTTCTCAA
128 ACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTT-TTGCTTCACGTTCCTCAA
* * ** *
309488 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAA-ATACAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 -GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTA-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
309552 ATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAAATAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* ** *
309616 GACTTTTCTCT-CTAATGGATAGCTTTTAATTCACATTCCT-AA
127 GACTTTTCT-TGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAA
*
309658 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
309723 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAA-AGAGGCTTTCAAAGGCATTG-GTGGCTATAAGTGG
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGG
** * * * * *
309786 ACTTTTCTTATTAATAAAT-GGTGTTTTCTTCAAGTTTCTCAA
128 ACTTTTCTTGCTAATGAATAGCT-TTTGCTTCACGTTCCTCAA
* * * ** * * *
309828 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTATTAATAAAAACGGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTA
1 -GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
309893 TGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTCGAAGCCAT-AGGTGCACTATAAATG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTG-ACTATAAATG
* * * ** * *
309956 GGCTTTTCTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTCTGAA
127 GACTTTTCTTGC---T-AATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAA
* * * * *
310003 GACAAACATTTAAATACAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATT-AACTT-AAATCAATTA
1 G-TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
310066 TGAGATTATAAAA-TATTTTAAAGCAAGTAATGAGGGTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGG
64 TGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * *
310130 ACTTTTCTTGCTAGTGGA-CGATTTTTGCTTCACGTTTCCTAAA
128 ACTTTTCTTGCTAATGAATAG-CTTTTGCTTCACG-TTCCTCAA
** * * * ** * **
310173 ACAAACTTTCAATTAAAATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTGATTAT
1 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** *
310238 GAGATTATAAAAACTATTCAAAG-AGAGTGATAAGGCTTTTTAAAGGCAT--GTGAC--TAAATT
65 GAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
310298 GACTTTTCTTAC-CATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT--TTAGA
127 GACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTCCTCA-A
** * * * * * * * *
310339 ACAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAA-TATAAATGTTAAAGAATTAAACCTAAAATAAATTAT
1 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * * * * *
310403 GAGATTACCAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAGGC-TCAAGTGACTACAAACGAA
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
310466 C-TTTCTTGCCAAATG-ATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAA
129 CTTTTCTTG-CTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAA
** * * *
310506 GGTGGACATTCAATTATAA--TATTATT-ACTCAAAAATG-AGAAACATTTAACTTAAAATCAAT
1 -GTAAACATTCAATTATAATCTATT-TTAAC-C-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
310567 TATGAGATTATACAACCATTT-AAGCAAGTAATAATGCTTCCGAAGGTATGAGTGACTATAAATA
62 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* ** * * * * * *
310631 AACTTTT-TCCCCAATGGACATCTTTTGCTTAACATTTCCT-AA
127 GACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCAC-GTTCCTCAA
* * *
310673 -TATAGACCTTTC-ATTATAA-ATAGGTTTAACCAAAA-GTAAAAAAAAAAATTCAACTT-AAAT
1 GTA-A-A-CATTCAATTATAATCTA-TTTTAACCAAAATGT----AAAAAAATTCAACTTAAAAT
*
310733 CAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAG-AGAGT-ATAAGGC-TTCGAAGGTATG-GTGACTAT
58 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * * * * *
310793 AAGTAGACTTTTCTTAC-CA-GAATAGCTTTT-TTTTATGTTTCTCAA
122 AAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAA
* * * ** * *
310838 GGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAATATAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAA-TA
1 -GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ** * ** * * * * *
310902 TGGGATTAT-AAATTATTTCAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAAGTGGCTATAAATGAA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * *
310966 CTTTTCTCT-CCAAT-AGAT-GTCTTTTG-TTCATGTT-TTACAA
129 CTTTTCT-TGCTAATGA-ATAG-CTTTTGCTTCACGTTCCT-CAA
* * * *
311006 GATAGACATTCAATT-TAATCTATTTTAACACACAATAT-AAAAAATTCATC-TAAAATCAATTA
1 G-TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
311068 TGAGA-TATAAAA-TATTTTAAAGCGAGTAATAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
64 TGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGC-A--AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * *
311131 TGAGATTTTTC-TGCCAATGAAT-GACTTTTTCTAT-ATGGTTCCT-AA
125 TG-GACTTTTCTTGCTAATGAATAG-CTTTTGCT-TCA-CGTTCCTCAA
* *
311176 GTAAACATTTAATTATAATCTA-TTTAACCACAAATGT-AAAAAATTCATCTTAAAATCAAATTA
1 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTA
* * * * ** * *
311239 TGAGATTATAAAATCATTCAAAGGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGACTGTAAATGG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
311304 ACTTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAA
128 ACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAA
* * * ** *
311345 GGAAGACA-TC-ATTATAATATATTTTAATCAAAAAATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
311408 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAATGCTTTCGAAGGCATGA-TGACTAT-AATGAAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* *** *
311471 TTTTCTCT-CTAATGGATCTATTTTGCTTTACGTTTCCT-AA
130 TTTTCT-TGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACG-TTCCTCAA
* * * * *
311511 G-ACAGACATTTAATTATAATCTATTTCATCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 GTA-A-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
311575 TGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAACTGGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
311640 CTTTT-AT-C-AATAAAT-GACTTTTGCTTCACATTTCTCGA
129 CTTTTCTTGCTAATGAATAG-CTTTTGCTTCACGTTCCTCAA
* ** * * * * *
311678 GTAGACATTCAAACATAATCTA-TTGAACTAAAATTGTAAAAACATTCAAGTTAAAATTAATTAT
1 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * * * *
311742 GATTTTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAAGAGTGAGTATAAATGGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
311807 TTTTTTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT
130 TTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGT
311840 CTCGAAAAGT
Statistics
Matches: 2368, Mismatches: 469, Indels: 364
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 5 0.00
163 47 0.02
164 71 0.03
165 179 0.08
166 395 0.17
167 256 0.11
168 397 0.17
169 410 0.17
170 201 0.08
171 195 0.08
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175 54 0.02
176 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAA
Found at i:311049 original size:334 final size:330
Alignment explanation
Indices: 308655--311810 Score: 1536
Period size: 335 Copynumber: 9.4 Consensus size: 330
308645 TGTTCCAACG
* *
308655 TAAACATTCAATTATAATCTATTTT-ACCAAA-ATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG
1 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAATAT-AAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATG
* * * ** *
308718 AGATTAT-AACCATTTAAAGCGAGTGATAAGACTTTCGAACGCCATGTGGT-ACCAT-AAT-GTA
64 AGATTATAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGTATG-GGTGACTATAAATAG-A
* ** * * * *
308779 CTTTTTCTTA-CATGAAT-GGCTTTTT-TCTCACATTTC-CAAGGCAAACGTTTAA-TATTAATC
126 C-TTTTCTTACCA-GAATATGCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTA-TAATA
** * *
308839 TGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
187 TGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAA
* * * * * * * *
308904 GTGAGTAATAAGAGC-TTCAAAAGCTTAACTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTATTAAATGG
250 GAGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCT-CCAAT-GAT-G
* **
308967 CTTTTACTTCATG-TCCCAA-A
310 CTTTT-GTTCATGTTTTCAAGA
** * * * * * * * **
308987 -ACAGTATATCAATTATAATATATATTCACCAAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATTGATTA
1 TA-AACAT-TCAATTATAATCTATTTTAACCAAATAT-AAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTA
* * ** * * *
309051 TGAGATTAAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAATCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAC
62 TGAGATTATAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
309116 TTTTCTTGCCA-ACGA-ATG-TTTTTCTTAATGTTTCCCGA-GACAGACATTCAAATATAATATG
127 TTTTCTTACCAGA--ATATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATATG
* *
309177 -TTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAACCAATTTAAAG-
189 TTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CAATTTAAAGA
* * * * ** *
309239 GAGAAATAAAACCTTCGAAGGCTTCATTTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACAATAGA-GCTTT
252 GAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAAT-GATGCTTT
* **
309302 TGCTTCACGTTTTCAATT
314 TG-TTCATGTTTTCAAGA
* * * * * *
309320 TAAATATT-TATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAATACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC--AAATATAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
* * * * *
309384 GAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGATTAA-AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGAC
63 GAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * *
309448 TTTCCTTACCAATGAATA-GCTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
127 TTTTCTTACC-A-GAATATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGT
* * *
309512 TTTAATGAAAAATACAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGC
190 TTTAAT-AAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAG-
* * * * * *
309577 AAAATAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTT
251 AGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGACTTTTCTCTCCAAT-GAT-GCTTT
* ** *
309642 TAATTCA-CATTCCTAAG-
314 T-GTTCATGTTTTC-AAGA
309659 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA-ATATA-AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
* * * * * * * *
309723 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAA-AGAGGCTTTCAAAGGCATTGGTGGCTATAAGTGGA
63 GAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGA
** * * * * * *
309787 CTTTTCTTATTA-ATAAATGGTGTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
126 CTTTTCTTACCAGA-ATATGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATG
* ** * * *
309851 TATTAATAAAAACGGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAG
189 TTTTAATAAAAA-TATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATTTAAAG
* * * * * *
309916 CGAGT-ATAAGGCTTTCGAAGCCATAGGTGCACTATAAATGGGCTTTTCTTTCTTATCAATGAAT
251 AGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTG-ACTATAAAT-GACTTTTC--TC-T-CCAATG-AT
* * *
309980 AGCTTTTTCTTCATATTTCTGAAGA
309 -GC-TTTTGTTCATGTTT-TCAAGA
* * * * * *
310005 CAAACATTTAAATACAATCTGTTTTAACCCAAA-ATGTAAAAAAATT-AACTTAAATCAATTATG
1 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAATAT-AAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATG
** * * ** *
310068 AGATTATAAAATATTTTAAAGCAAGTAATGAGGGTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATGGAC
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* * *** * * * * * * *
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* * **
310195 TTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAA-AACTATTCAA
189 TTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACAA-T-TT-AA
* * ** *
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249 AGAGAGTAATAAAGC-TTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGACTTTTCTCT-CCAATG-AT-G
*
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310 C-TTTTGTTCATGTTTTCAAG-A
* * * ** * * * * * *
310340 CAAACATTCAAGTATAATCTGTTTTAATATAAATGT-TAAAGAATTAAACCTAAAATAAATTATG
1 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAATATAAAAAAAATTCAA-CTTAAATCAATTATG
* * * * *
310404 AGATTACCAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTCA--AGTGACTACAAA-CGA
64 AGATTA-TAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-T-ATGGGTGACTATAAATAG-
* ** ***
310465 AC-TTTCTTGCCA-AATGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAATAT
125 ACTTTTCTTACCAGAAT-AT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATAT
* * * * * *
310528 -TATTACTCAAAAATGA-GAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTT-AA
188 GTTTTAAT-AAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACAATTTAAA
* * * * * *
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250 G-AGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAAT-G--ATG
* ** * *
310652 CTTTTGCTTAACATTTCCTAATA
310 CTTTTG-TTCATGTTTTC-AAGA
* * * * *
310675 TAGACCTTTC-ATTATAA-ATAGGTTTAACCAAAAGTAAAAAAAAAAATTCAACTTAAATCAATT
1 TA-AACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACC-AAA-T-ATAAAAAAAATTCAACTTAAATCAATT
*
310738 ATGAGATTATAAACCATTTAAAG-AGAGT-ATAAGGC-TTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAGTAG
61 ATGAGATTATAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAG
* * *
310799 ACTTTTCTTACCAGAATA-GCTTTTT-TTTATGTTTCTCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGT
125 ACTTTTCTTACCAGAATATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGT
* ** * *
310862 TTTAATATAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAA-TATGGGATTATAAATTATTTCAAGTG
190 TTTAATA-AAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACAATTTAAAGAG
* *
310926 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAAGTGGCTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATAGATGTCTTTT
253 AGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTCTCCAAT-GATG-CTTTT
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* * *
311008 TAGACATTCAATT-TAATCTATTTTAACACACAATAT--AAAAAATTCATCTAAAATCAATTATG
1 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CA-AATATAAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATG
** * * *
311070 AGA-TATAAAATATTTTAAAGCGAGTAATAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA
64 AGATTATAAACCA-TTTAAAGC-A--AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-A
* * * * *
311134 GATTTTTC-TGCC--AATGAATGACTTTTTCTAT-ATGGTTC-CTAA-GTAAACATTTAATTATA
124 GACTTTTCTTACCAGAAT--ATG-CTTTTTCT-TCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATA
* * * * * *
311193 ATCT-ATTTAACCACAAATGTAAAAAATTCATCTTAAAATCAAATTATGAGATTATAAA-ATCAT
184 ATATGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAACA--AT
* * * ** *
311256 TCAAAGGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAA-TGACTGTAAATGGACTTTT-T-TGCCAAT
245 TTAAA-GAGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCT-CCAAT
*
311318 GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGA
306 -GAT-GCTTTTG-TTCATGTTT-TCAA-GA
* * *
311348 -AGACA-TC-ATTATAATATATTTTAATCAAA-A-AATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAATATAA-AAAAA-ATTCAACTT-AAATCAATTAT
* * * * *
311408 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAATGCTTTCGAAGGCAT-GATGACTAT-AAT-GAA
63 GAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAG-A
* * * * *
311470 CTTTTC-T-CTC-TAATGGAT-CTATTTTGCTTTACGTTTC-CTAA-GACAGACATTTAATTATA
126 CTTTTCTTAC-CAGAAT--ATGCT-TTTT-CTTCATGTTTCTC-AAGGA-AAACATTCAATTATA
* * * * *
311529 ATCT-ATTTCATCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
184 ATATGTTTTAAT-AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACAATT
** * ** * * *
311593 TAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAACTGGAC-TTT-TAT-CAATAAAT
246 TAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCCAAT-GAT
** *
311655 GACTTTTGCTTCACATTTCTCGAG-
309 G-CTTTTG-TTCATGTTT-TCAAGA
* ** * * * * * *
311679 TAGACATTCAAACATAATCTA-TTGAACTAAA-ATTGTAAAAACATTCAAGTTAAAATTAATTAT
1 TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAATA-T-AAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
** * * * * * * *
311742 GATTTTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAAGAGTGAGTATAAATGGAC
63 GAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
311807 TTTT
127 TTTT
311811 TTTGCTAATG
Statistics
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AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACAATTTAAAGAGAGTAATAA
AGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGACTTTTCTCTCCAATGATGCTTTTGTTCATGTTTT
CAAGA
Found at i:311567 original size:168 final size:166
Alignment explanation
Indices: 308658--311836 Score: 1690
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308648 TCCAACGTAA
* * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * **
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* ** * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * *** *
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* * * *
309323 ATATT-TATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAATACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
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* * * * *
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63 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GATGACTATAAATGA-ACTT
* * * * * * *
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126 TTCTTGCTAATGGAT--CTTTTTGCTTCATGTTTCT-AAGACAG
* * ** *
309493 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATACAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATCT-ATTTAATCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
309558 TTATAAAACCATTTAAAGCAAAATAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGAACTTT
** ** *
309622 TCTCT-CTAATGGATAGC-TTTTAATTCACATTCCTAAGTA-A-
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* * *
309662 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTA-TTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
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64 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCA-TGATGACTATAAATGAACTTT
** ** * * **
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* * *
309833 ACATTCAATTATAATCTGTATTAAT-AAAAACGGTAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTAT-TTAATCAAAAA-TGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * **
309897 CTTATAAAACTATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTCGAAGCCATAGGTGCACTATAAATGGGCTT
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* * * *
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* * * * * *
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1 ACATTCAATTATAATCT-ATTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
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64 TTATAAAACCA-TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGAACTTT
* * * *
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* * * * * **
310177 ACTTTCAATTAAAATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTGATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTA-TTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** *
310242 TTATAAAAACTATTCAAAG-AGAGTGATAAGGCTTTTTAAAGGCATG-TGACTA-AATTG-ACTT
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* *
310303 TTCTTACCATGAATGG--CTTTTT-CTTCATGTTT-T-AGAACAA
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* * * * * * *
310343 ACATTCAAGTATAATCTGTTTTAAT-ATAAATGTTAAAGAATTAAACCTAAAATAAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCT-ATTTAATCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * *
310407 TTACCAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAGGC-TCAAGTGACTACAAACGAAC-TT
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* * ***
310469 TCTTGCCAAAT-GATGGC-TTTCGCTTCATGTTTCTCAAGGTGG
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* * * *
310511 ACATTCAATTATAATAT-TATTACTCAAAAATG-AGAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
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* * * * *
310574 TTATACAACCATTT-AAGCAAGTAATAATGCTTCCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGAACTTTT
** * * * *
310638 -TCCCCAATGGA-CATCTTTTGCTTAACAT-TTCCTAATATAG
128 CTTGCTAATGGATC-T-TTTTGCTT--CATGTTTCTAAGACAG
* * * ***
310678 ACCTTTC-ATTATAA-ATAGGTTTAACCAAAAGTAAAAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
1 A-CATTCAATTATAATCTA--TTTAATC-AAA--AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
310740 GAGATTAT-AAACCATTTAAAG-AGAGT-ATAAGGC-TTCGAAGGTATGGTGACTATAAGT-AGA
60 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGATGACTATAAATGA-A
* * * * *
310800 CTTTTCTTACCAGAAT--AGCTTTTT--TTTATGTTTCTCAAGGA-AA
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* * * *
310843 ACACTCAATTATAATCTGTTTTAAT-ATAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAA-TATGGG
1 ACATTCAATTATAATCT-ATTTAATCA-AAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * ** * * * *
310906 ATTAT-AAATTATTTCAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAAGTGGCTATAAATGAACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGAACTTT
* * * *
310970 TCTCT-CCAATAGATGTCTTTTG-TTCATGTTT-TACAAGATAG
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* * *
311011 ACATTCAATT-TAATCTATTTTAA-CACACAATATAAAAAATTCATC-TAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTA-TTTAATCA-AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
311073 -TATAAAA-TATTTTAAAGCGAGTAATAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAGA
64 TTATAAAACCA-TTTAAAGC-A--AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GATGACTATAAATGA-A
* * * *
311136 TTTTTC-TGCCAATGAATGACTTTTT-CTAT-ATGGTTCCTAAGTA-A-
123 CTTTTCTTGCTAATGGAT--CTTTTTGCT-TCAT-GTTTCTAAG-ACAG
* * * *
311180 ACATTTAATTATAATCTATTTAACCACAAATGTAAAAAATTCATCTTAAAATCAAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGAT
* * * * ** * *
311245 TATAAAATCATTCAAAGGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGACTGTAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-ATGACTATAAATGAACTTTT
* *
311310 -TTGCCAATGGATGGC-TTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGA-AG
128 CTTGCTAATGGAT--CTTTTTGCTTCATGTTTCT-AA-GACAG
* *
311350 ACA-TC-ATTATAATATATTTTAATCAAAAA-ATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTA-TTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
311412 TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAATGCTTTCGAAGGCATGATGACTAT-AATGAACTTTTC
64 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGATGACTATAAATGAACTTTTC
* *
311476 TCT-CTAATGGATCTATTTTGCTTTACGTTTCCTAAGACAG
129 T-TGCTAATGGATCT-TTTTGCTTCATGTTT-CTAAGACAG
* *
311516 ACATTTAATTATAATCTATTTCATCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
311581 TATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAACTGGACTTTTA
65 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GATGACTATAAATGAACTTTTC
*** ** * *
311646 TCAATAAAT-GA-C-TTTTGCTTCACATTTCT-CGAGTAG
129 TTGCT-AATGGATCTTTTTGCTTCATGTTTCTAAGA-CAG
** * * * * **
311682 ACATTCAAACATAATCTATTGAA-CTAAAATTGTAAAAACATTCAAGTTAAAATTAATTATGATT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTAATC-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
311746 TTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAAGAGTGAGTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-TGACTATAAATGAACTTTT
*
311811 TTTGCTAATGGATGGC-TTTTGCTTCA
128 CTTGCTAATGGAT--CTTTTTGCTTCA
311837 CGTCTCGAAA
Statistics
Matches: 2366, Mismatches: 429, Indels: 434
0.73 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 13 0.01
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170 221 0.09
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174 22 0.01
175 48 0.02
176 11 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGATGACTATAAATGAACTTTTCTT
GCTAATGGATCTTTTTGCTTCATGTTTCTAAGACAG
Found at i:312655 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 311926--312937 Score: 940
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
311916 GAACTTTTTC
* * * * * *
311926 CTTTTTCTTTATGATTT-TTAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTCAACTAAAAATGCATAA
1 CTTTTGCTTCATG-TTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA-AA
* * * * * *
311990 AAATTCAACTTAGAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAGTAATGCTTTCCAA
64 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
* * *
312055 GGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATGAATAG-
129 GGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGAT-GT
* * * *
312097 CTTTTGCTTCATGTTTCTTTAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAATC-AAAATATAAAAA
1 CTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
312161 A-TTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAA-GACTTTCAAAG
66 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCGAAG
* * * * * *
312224 GTATGGGTGACTATAAACGGACCTTTCTTACCAATGAATGGT
130 GCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGAT-GT
* * * * * * * *
312266 -TTTT-TTTCACGTTGCCTAAAATAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACTAAAAATGTAAAAC
1 CTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-
* * * *
312329 AATTAAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACTA-TTAAAGCGAGTAAT-ATAGCTTTTGAA
65 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAT-GCTTTCGAA
* * * * *
312392 GTCATGGGTGACTATAAATGCATTTTTCTTGCCAA-GGAATGG
129 GGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGG-ATGT
* * * ** * * *
312434 CTTTTTCTTTATGTTT-TCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
1 CTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
312498 CAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
65 -AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
* * * * * *
312563 GCCATGAGTGACTCTAAATGAATTTTTCTTTCTATTGGATGT
129 GGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGT
* * **
312605 CTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAATACATAAAAA
1 CTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA-A-ATGTAAA
* * * * *
312670 AAATTCAACTAAAAATCAATTAAGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAGTAAT-ATGGCTTTCA
64 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAT-GCTTTCG
* * * *
312733 AAGGGATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGTCAAT-GAGTGA
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTT-CCAATGGA-TGT
* * * * * * **
312777 CTTTTTCTTCACGTTTGC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCGAAAATATAAAA
1 CTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACC-AAAA-ATGTAA
* * * *
312841 GAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
63 -AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCG
**
312906 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCTT
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
312938 GCCATAGAAT
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 130, Indels: 53
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 36 0.05
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173 85 0.12
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
CATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGT
Found at i:313384 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 313329--313392 Score: 65
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
313319 ATATCACTTT
* *
313329 TGGCCTAGCCACATATAACAACCCG
1 TGGCCTAGCCACATATAACAAACCA
* *
313354 TGGCCTTGCCACGTATATCACAAACCA
1 TGGCCTAGCCAC--ATATAACAAACCA
313381 TGGCTCTAGCCA
1 TGGC-CTAGCCA
313393 TTTCTAACAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 11 0.35
27 14 0.45
28 6 0.19
ACGTcount: A:0.28, C:0.34, G:0.17, T:0.20
Consensus pattern (25 bp):
TGGCCTAGCCACATATAACAAACCA
Found at i:314787 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 314528--315027 Score: 310
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 161
314518 NNNNNNNNNN
*
314528 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTAAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACATT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTAAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACATT
* ** * * * *
314593 TCTTACTAAAGAATGGATTTTTCTTCTTATT-TCTAAAGGAAAACATTCAATTGTAATCTGTTTT
66 TATTACTAAAGAATGGATTTTTCTTCACATTCCCT-AAGGAAAACAATCAATTATAATCTATTTT
*
314657 AACTAAAAATATAAAAAAATTCAANNNNNNNNNNATTATGAG
130 AACCAAAAATATAAAAAAATTCAA----------ATTATGAG
** * * * * *
314699 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGAGTATAAATGGATATT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTAAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACATT
* * * * *
314764 TATT-GTCAATG-A-GCTACTTTTTCTTCACGTTCCCTAAGGCAAACAATCAATTATAATCTATT
66 TATTACT-AAAGAATG-GA-TTTTTCTTCACATTCCCTAAGGAAAACAATCAATTATAATCTATT
*
314826 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTATCTTAAAATGAATTATGAG
128 TTAACCAAAAATATAAAAAAA--T-TC-----A--AATTATGAG
* * * * * * * * *
314870 ATTATAGAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAACGCTTGAGTGACTATAAAAGGGCTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTAAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACATT
* * * * * * * * * * * *
314935 TCA-TACCAATGGATGGCTTTTCCTACATATTTCCTAAGGTAAACATTCAATCATAATATATTTT
66 T-ATTACTAAAGAATGGATTTTTCTTCACATTCCCTAAGGAAAACAATCAATTATAATCTATTTT
**
314999 AATGAAAAATGCA-AAAAAAATTCAAATTA
130 AACCAAAAAT--ATAAAAAAATTCAAATTA
315028 AAATTAATTA
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 51, Indels: 49
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.02
164 1 0.00
169 3 0.01
170 4 0.02
171 228 0.88
172 11 0.04
173 2 0.01
174 2 0.01
179 1 0.00
181 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (161 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGGCTTTAAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACATT
TATTACTAAAGAATGGATTTTTCTTCACATTCCCTAAGGAAAACAATCAATTATAATCTATTTTA
ACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTATGAG
Found at i:315017 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 314196--315048 Score: 847
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 342
314186 NNNNNNAACT
* * * *
314196 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAAAAGACTTCTCATATCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCATACCAATG
*
314261 GATAGCTTTTTCTACACGT-TTTCC-AAGGTAAACATTCAATCATAATATATTTTAATGAAAAAT
66 GATGGCTTTTTCTACA--TATTTCCTAAGGTAAACATTCAATCATAATATATTTTAATGAAAAAT
** * * * *
314324 GCAAAAACTTTTGAAATTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAATAATAATGC
129 GCAAAAA-AATTCAAATTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAATAACAAGGC
*
314389 TTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATAAACTATTCTCTCCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTT
193 TTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATAAACTATTCTCTCCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTC
* * * * * * *
314454 CTTGAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATN
258 CCTAAGACAAACAATCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATG
*********
314519 NNNNNNNNNATTATAAAACC
323 AATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * *
314539 ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTAAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACATTTCTTACTAAAG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCATACCAATG
* * * * * ** * *
314604 AATGGATTTTTCTTCTTATTT-CTAAAGGAAAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACT-AAAAAT
66 GATGGCTTTTTCTACATATTTCCT-AAGGTAAACATTCAATCATAATATATTTTAA-TGAAAAAT
** ********** *
314667 ATAAAAAAATTCAANNNNNNNNNNATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGGCT
129 GCAAAAAAATTCAAATTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAATAACAAGGCT
* * * ** * * * * *
314732 TTCGAAGTCATGGGTGAGTATAAATGGA-TATT-TATTGTCAATGAGCTA-CTTTTTCTTCACGT
194 TTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATAAACTATTCT-CT-CCAATGA-ATAGCTTTTGCTTCACAT
* * * * *
314794 TCCCTAAGGCAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTATCTTAAAA
256 TCCCTAAGACAAACAATCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
*
314859 TGAATTATGAGATTATAGAACC
321 TGAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
314881 ATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAACGCTTGAGTGACTATAAAAGGGCTTTTCATACCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCATACCAATG
*
314946 GATGGCTTTTCCTACATATTTCCTAAGGTAAACATTCAATCATAATATATTTTAATGAAAAATGC
66 GATGGCTTTTTCTACATATTTCCTAAGGTAAACATTCAATCATAATATATTTTAATGAAAAATGC
**
315011 AAAAAAAATTCAAATTAAAATTAATTATGAGATTATAA
131 -AAAAAAATTCAAATTAAAATCGATTATGAGATTATAA
315049 TAATGCTTTC
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 108, Indels: 20
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 8 0.02
342 250 0.64
343 132 0.34
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (342 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCATACCAATG
GATGGCTTTTTCTACATATTTCCTAAGGTAAACATTCAATCATAATATATTTTAATGAAAAATGC
AAAAAAATTCAAATTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAATAACAAGGCTTT
CGAAGGCATGCGTGACTATAAATAAACTATTCTCTCCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTCCCT
AAGACAAACAATCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAT
TATGAGATTATAAAACC
Found at i:316976 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 316571--319638 Score: 1528
Period size: 171 Copynumber: 17.9 Consensus size: 170
316561 CAAAAATCTT
* * * *
316571 AAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAATTAATAAGGCTTTCA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * ** * * *
316636 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGA-TTTTCTTACTATTGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTTCC-A
66 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GTGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTG
*** * * * *
316699 AAATAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATAT-A
129 AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
********** * *
316740 AAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCG
* *
316805 AAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTGTT-TTGCCAATAGGTGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTG
66 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAAT-GGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTG
* * *
316869 AGGCAAATATTCAATTGTAATATATTTTAACTAAAAATGTAA
129 AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
* * * **
316911 AAAAATTCAACTTAAAATGACTTATGAGATTATAAAACCATTTATAGTCAGTAATAATCCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * ** * * ** *
316976 AAGACATGGGTGAATATAAATTAACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATACTTCCTAA
66 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA
* ** * *
317041 GGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACTATTAGTATAC
130 GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
**********
317082 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
317146 GAAGACATCG-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
65 GAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * * * * * *
317210 AAGGCAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAGCCAAAAATATAT
128 GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
* * ********** *
317253 AAAAATTCAACTTAAAATTAATAANNNNNNNNNNAAACTATTTAAAG-CGAGTAATAAGG-TTTC
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTTC
* * ** * *
317316 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTATCAATGGCTGACTTTTGCTTCATGTTTTCT
65 -GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* ** * *
317381 AAGATAGACATTCAATTATAACATATTTTAA-TAAAAAATATAA
128 GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAA
* * * * * * **
317424 AAATATTTAACTTAAAATTAGTTATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAATGG-TTTC
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAA-GGCTTTC
* * * * * *
317488 GAAGGCATGAGTGACTAGAAATGGAGTTTTCTCT-CGAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTCCT
65 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGG-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * *
317552 GAGGCAGACATTCAATTATAATCA-ATTTTAAGCT-ACAGTAT-A
128 GAGGCAAACATTCAATTATAAT-ATATTTTAA-CTAAAAATATAA
* * ** * * *
317594 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACTGTTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCG
* * ** * * * * *
317659 AATGCAT-AGGTGACTATAAATTAATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTG
66 AAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTG
* * * * * *
317723 AGATC-AACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAT
129 AG-GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
* * ********** * *
317765 AAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGANNNNNNNNNNCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * ** *
317830 ATGGCATGGGTAGTCTCACCATAAAAATATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTT
66 AAGGC-T-TG-AG--TGA-C---------TATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GGTGGCTTTTG
* * ** *
317895 CTTTACGTTT-CTCGAGAAAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAA
115 CTTCATGTTTCCT-GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
* * * * * * **
317951 AAAGATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGATTAATAAGGCTTTTA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCG
* ** * *
318016 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCA
66 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-G
* * * * *
318080 AAGCAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-TAAAAAAATATAA
129 AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACT--AAAAATATAA
* ********** *
318123 AAAAA-TCAAACTTAAAATCAATTATGAGTTTNNNNNNNNNNTTAAAG-CGAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTT
* * * * * ** *
318186 CAAAGACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGGCCTTTGCTTCACATTTTCT
64 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
*** * * * * * * **
318251 GAAATAGACATTTAATTATAGTATATTTGAACCAAATATGCAA
128 GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
* * * * *
318294 AAAAATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAACTAGTAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCG
* ** * * * * *
318359 AAGG-TATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTT-CATCATGTTT-CTC
66 AAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTG
* * * * * *
318421 ATGGCAGACATTCAAATATTATCT-TGTTTGA-TGAAAAATGTAA
129 A-GGCAAACATTCAATTATAATATAT-TTTAACT-AAAAATATAA
* * * * *
318464 AAAAAATCTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGATTAATAAAGCTTT
1 AAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTT
* * * *
318528 TGAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTAGCCAATAGGTGGCTTTTGCTTCGTGTTTCCT
64 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * * * * * * *
318593 GAGGTAAGCATTGAATTAGAATATATTGT-ATTAAAAATTTTA
128 GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
* * * * *
318635 AAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAG-CAAGTAATAATGCTTTC
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTTC
* * ** * * **
318699 GAAGG-TAT-AGATAACTATAAATTGACTTTTCTTTTCAATAGATGG-TTTTGCTTCATATTTAT
65 GAAGGCT-TGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
* * * *** * * *
318761 TGAGGTAGACAGTCAATTATAATCCGTTTTAACTAATAGTATAC
127 TGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
* ********** * * *
318805 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACTATTTAAA-ACTAGTAATAAGACTTT-
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
318868 GAAAGGCATGGGTGACTATAAGTGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT
65 G-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * * * *
318932 -AGGGCAGACATTCAAATATTATCTATTTTAA-TAAGAAATGTAA
128 GA-GGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA-AAATATAA
* * ** *
318975 TAAAA-TCGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAATTATTTAAA-ACAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * **
319038 CAAAGGCATGAGGGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTTACATTTCCT
64 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * * *
319103 GAAGCAAACATTCGATCATAATATATTTTTAA--AAAAACATATA
128 GAGGCAAACATTCAATTATAATATA-TTTTAACTAAAAATATA-A
* * * *
319146 AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CCAAATAATAAGGCTTTC
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTTC
* * * ** * * *** * *
319210 -AAGGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAT-TTATTGAATAAATTTTGCTTTATGTTTCT
65 GAAGG-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATG-GTGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
* * * * *
319273 TAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTCTAA-TAAAAA-ATAT
127 TGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
* * * * * ** * ** *
319315 GAAAATACAACTTAAAACCTATTATGACATTATAAAACTGTTTAAAGTTAGTAATAATACTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCG
* * ** * * * *
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66 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGG-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-T
* * * * * * *
319443 GAGGTAGACATTCAATTCTAATCA-ATTGTAGGC-AACAATAT-C
128 GAGGCAAACATTCAATTATAAT-ATATTTTA-ACTAAAAATATAA
**********
319485 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAA--CGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * **
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* * * *
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AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAG
GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAA
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** * *
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* *
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128 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAAC
* * * *
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* * * *
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*
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* * * * ** * *
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1 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTATAGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * *
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65 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT-AAGGCAAACATTAAAATATAATATGTTTTAATCAAAAATG
* * * *
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129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAAC
* * * ****
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1 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGTA-TAG-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCC
****** * ** * * * * * *
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* * * *
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126 AT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAAC
* ********** * * * * *
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1 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTATAG-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * *
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128 GTAAAAAAATT
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AATGGCTTTTTCTTCACATTTCTAAGGCAAACATTAAAATATAATATGTTTTAATCAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAAC
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319624 AATTCTAATA
* * * *
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** * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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*
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* * * *
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1 TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAAT
* * * * *
320041 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
66 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATG
* * * *
320106 TAAAAATATTCATCTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT
131 TAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGC-T
* ********** * **
320171 TTA-AAGACT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTNNNNNNNNNNTGGCTTTTGCTTCATGTTT
195 TTAGAAG-CTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTT
* * * * *
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* *
320298 CAATTATGAGATTATAAAAC
323 AAATAATGAGATTATAAAAC
* ********** * * * *
320318 CATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTG-TCA
1 TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCT-A
* * * *
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320446 TGTAAAAAAATT
129 TGTAAAAAAATT
320458 GTTTTCTCAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAAT
GAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT
TAGAAGCTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTCT
AGAGGCAAACATTAAAATATAATCTGGTTTAACCAAAATAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAA
TAATGAGATTATAAAAC
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGCAGACATTCAATTATAATATAT
* ** ** * ** *
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* ** *
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** * * * * * *
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1 CTTTTCT-TACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATATA
* * *
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* * *
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129 CGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* ** * * * * * *
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1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * * *
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* * * * * *
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130 GAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* ** ** * ** * * * *
321168 CTTTTTTTGTCAATGGGTGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAAGAAAACATTCAATTATAATAAAT
1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * * *
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* * *
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130 GAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCATGAG-TGACTATAAATGGA
* * * ** * * * *
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1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * * * **
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* * * * *
321468 CGAGTCATAAGGATTT-TGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
129 CGAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** * * *
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1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * *
321575 TTTAACTAAAAATGA-AAAAAAATTCAACATGAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
65 TTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
321639 CAAGTAATAAGGCTTACGAAGGAAT-AGATGACTATAAATGGA
129 CGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGA
* * * * * * *
321681 CTTTTCTTACCTATGAATGATTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGT
1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATATAT
* * *
321746 TTTAATCAACAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAA-
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAG
* * * * * *
321810 CGAGTGATAAGGCTTTCAAAGACTTGATTGACTATAAGTGGA
129 CGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * ** * ** *
321852 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAAATAGACATTCAATTATAATTTAT
1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * *
321917 TTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGC
65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
321981 GGGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA
130 GAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * ** * * * * * *
322022 CTTTTCTTGCAAATGAATAACTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATCATTTGT
1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGCAGACATTCAATTATAATATAT
* ** * * * *
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65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** *
322152 GAGTAATAATGCTTT-TAAAAGCATGAGCAACTGTAAATGGA
130 GAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * ** * * * *
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1 CTTTTCT-TACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG-CAGACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
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* * * * *
322322 TGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA
129 CGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
322364 CTTTTCTTGCCAATAAATAACTTTTACTTCATGGTTCCTAATACAGACATTCAATTAAAATCTGT
1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * ********** *
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65 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
322493 GAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGAA
130 GAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * *
322534 CTTTTC-TATCAAAT-AGATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAGTATAGACATTCAATTATAATA
1 CTTTTCTTA-CCAATGA-ATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG--CAGACATTCAATTATAATA
* * * * *
322596 TCTTTTAA-CAAAAA-ATGCAAAAAATTCAACTTAAAATCTATCATGAGATTATAAAACCATATA
62 TATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
322659 AAGCAAATAATAAGACTTT-TGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
126 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
** *
322704 CTTTTCTTGTCAATGAATGACGTTTTCTTCATGTTTCAC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATA
1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTC-CTAA-GCAGACATTCAATTATAATATA
* * ** * **
322768 TTTGAAGCAAAAACTGCAAAACAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATGATTTAA
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* * * *
322833 AGCAAGAAATAAGGCTTT-TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * *
322877 CTTTTTTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGACAGACAATCAATTATAAT-TAG
1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG-CAGACATTCAATTATAATATA-
* * * *
322941 TTTTAACTAAAACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATGGAA-TATGAGATTATAAAACCATTTAAA
64 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
323005 GCAAGTAATTAGGCTTT-TGAAAGAAT-AGGTGACTATATATGGA
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * ** ** * * * **
323048 TTTTTCTCACCAATAAATGGTTTTTTCTTCACATTTCCCTAGGCAAACATTCAAATATAATCCAT
1 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGCAGACATTCAATTATAATATAT
* * * *
323113 TTCAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAG
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* * * * *
323178 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCTTGA-TG-TTATAAATGGAA
129 CGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAATGG-A
* * * * * *
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Statistics
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TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
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Found at i:321158 original size:342 final size:341
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Period size: 342 Copynumber: 14.3 Consensus size: 341
320485 TTTTCGTACT
* * * **
320495 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGACATACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAA
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * * *
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259 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
*
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323 TAAATGAACTTTTCTCTTC
* * * * * * *
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1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* *
320902 ATACAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
66 ATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * * ** * *
320967 CTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATAACTTTTTCTTCATATT
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* * * * * * *
321032 TTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTATGAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
196 TCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
321097 CAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTCGAGGGCTTAAGTGACTATA
261 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* *
321162 AATGGACTTTT-TTTGTC
325 AATGAACTTTTCTCT-TC
* * ** * **
321179 AATGGGTGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAAGA-AAACATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
** * * * *
321243 AATGTAAAAAACTTGAATTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCCAA-TAATAA
65 AATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAA
** * ** * * **
321307 GGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGGTTTTTCTTATCAGTGAATGGTTTTTTCTTCATG
129 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATG
* * * * ** * * *
321372 TTTTCTAAGGTAGACATTTAAATATAATATATTTTAACTCAAAATGTAAGAAAATTAAACTTAAA
194 TTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** * * * * * *
321437 ATCAAGTATGAGACTATAAAATTATTTAAAGCGAGTCATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGTGAATA
259 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AAAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
*
321502 TAAAT-AGACTTTTCT-TGCC
323 TAAATGA-ACTTTTCTCT-TC
* * * * ** * *
321521 AGTGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCCTGAA-ATAGGCATTGAATTATAATAC-ATTTTAACTAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGACAAACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACCAA
* * *
321584 AAATGA-AAAAAAATTCAACATGAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAAT-ACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * *
321648 AGGCTTACGAAGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATGAATGATTTTTTCTTTAT
128 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
* * * *
321713 GTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATC-AACAATATAAAAAACTTCAACTTA
193 GTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
321777 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAA-CGAGTGATAAGGCTTTCAAAGACTTGATTGA
257 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGT-AAAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * *
321841 CTATAAGTGGACTTTTCT-TACC
320 CTATAAATGAACTTTTCTCT-TC
** * * * * *
321863 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAAATAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * * **
321928 ATGTC-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGGGTAATAAG
66 AT-ACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * **
321991 GCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAACTTTTTCTTCACAT
130 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * * **
322056 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATCATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAGCAAATTCAACTTAAAA
195 TTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * ** * ** *
322121 TCAATTATGACATTATAAAACTATGTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTAAAAGCATGAGCAACTGT
260 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * *
322186 AAATGGAGTTTTCTCTCC
324 AAATGAACTTTTCTCTTC
* * * * * *
322204 AATGGATGGCTTTTGGTTTATATTTCCTAAGACATACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAACA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * * * *** *
322269 ATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCCTTTAAAATGAGTAGTAAGG
66 ATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * * * * * *
322334 CTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAACTTTTACTTCATGGT
131 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
** * * * * *
322399 TCCTAATACAGACATTCAATTAAAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAAT
196 TCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ********** * * * * *
322463 TAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATA
261 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
*
322528 AATGAACTTTTCT-ATC
325 AATGAACTTTTCTCTTC
* * * * * * * *
322544 AAATAGATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAGTATAGACATTCAATTATAATATCTTTTAACAAA
1 -AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAG-ACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* * * * *
322608 AAATGC-AAAAAATTCAACTTAAAATCTATCATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAATAATAA
64 AAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * ** *
322672 GACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACGTTTTCTTCATG
129 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATG
* * * * **
322737 TTTCAC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTGAAGCAAAAACTGCAAAACAAATTCAACTT
194 TTTC-CTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTT
* ** * * *
322801 TAAATCAATTATGAGATTATAAAATGATTTAAAGCAAG-AAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTG
256 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAA-AA-GCTTTCGAAGGCATGAGTG
*
322865 ACTATAAAT-AGACTTTT-TTTATC
319 ACTATAAATGA-ACTTTTCTCT-TC
* * * * * * *
322888 AATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGACAGACAATCAATTATAAT-TAGTTTTAACTAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACCAAA
* * * * *
322952 ACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATGGAA-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTA
65 AATACAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * * * * * ** **
323016 GGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATATATGGATTTTTCTCACCAATAAATGGTTTTTTCTTCACA
129 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATG
* * * * * *
323081 TTTCCCT-AGGCAAACATTCAAATATAATCCATTTCAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTG
194 TTT-CCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
323145 AAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCTTGA-TG-T
257 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
*
323208 TATAAATGGAAC-TTTCT-TGCC
321 TATAAAT-GAACTTTTCTCT-TC
* * * * *
323229 AATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTC-------A---A--TT--------
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * * *
323273 AT------AAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAATG
66 ATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * ** * * * * *
323332 TTTTCAAAGGCATGAATGGCTATAAATGGACTTTTCTCT-CGAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
131 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * *
323396 TTTCTTAGGCAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAACTAACAATATAAAACAATT-AGGCTTAAA
195 TTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAA
* * * * * * ** * *
323460 ATCAGTTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTA
259 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
*
323525 TAAAT-AGACTTTT-TTTGTC
323 TAAATGA-ACTTTTCTCT-TC
** * * * * * *
323544 AATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAGCATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* ** * * * **
323609 TTTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAG
66 -ATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * ** * * * *
323674 GCTTTTGAAGACATGGGTGATTGCAAATGGACTTTCTCTT--TAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
130 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATG
* * * * * * * * *
323737 TTTCTTGAGGTAAACATTCAATTCAATTATAAACTGTTTTAACCAATAATATCAAAAAATTCAAC
194 TTTCCTAAGGCAGACATTC-A---AA-TATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * *
323802 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAATGCTTTCAAAGGCATGAGT
254 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAAAAAGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * *
323867 GAATAAAAATGGACTTTTCTCTCC
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* * * * * * **
323891 AATGGATGTCTTTTTCTTTATGTTT-CTCATGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAAATAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
* * * * * ** *
323955 AATATACAATAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAT
65 AATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * * * * * * * **
324020 GTTTTCGAAAGCATGGGTGATTACAAATGAATTTTTCTCACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
130 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* ** * * * * * *
324085 TTCCTGAGATAGACATTTAATTATAGTATATTTTAATC-AAAAATATAAAACAATTTAACTTAAA
195 TTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** *
324149 ATCAATTATCG-GATAATAAAACC-TCCTAAAATGAGTAATAAGGC-TT---A---A--A-TGAC
259 ATCAATTAT-GAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* *
324202 TATAAATGGACTTTTCT-TGCC
321 TATAAATGAACTTTTCTCT-TC
* ** * * * * *
324223 AATGGGTGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTGTAA-TAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
* * * **********
324286 AATA-ATAAAAAATTTAACTTACAATCAATTGTGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAA
65 AATACA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * *
324350 GGCTTTTGAAGGCATGAGTCACTATAAATAGG-CTTTTC-TAGCCAATGAAT-AGTTTTTTCTTC
129 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTA-CCAATGAATGA-CTTTTTCTTC
* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * *
324539 CTGTAAATGGACTTTT-TTTTACC
320 CTATAAATGAACTTTTCTCTT--C
* * * * * * * * *
324562 AATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAATA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
** ** * * *
324627 ATGTAAAACGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATG
66 ATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * ** * * **
324692 CTTCCAAAGGCATGATTGACTCTAAATGG-CTTTTCTCT-CCAAT-AGATGGCTTTAGCTTCATG
131 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGA-ATGACTTTTTCTTCATG
* * * * * * * *
324754 TCTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATA-CAAAAAATTCAATTTAAA
194 TTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
** * * *
324818 ATCAATTATGACGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACAT-AGGTGAC
259 ATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGA-GTGAC
********** *
324882 TNNNNNNNNNNTTTTCT-TGCC
321 TATAAATGAACTTTTCTCT-TC
* * * * * * * *
324903 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAAATATAATCTGTTTTTACCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * ********** *
324968 ATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGG
66 ATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * * * * * *
325032 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATTT
131 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * ** * * *
325096 TTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGCAAAAATATTTAACCTAAAA
195 TTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
325161 TCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATA-CTTTTGAAGGCTTGGGTGGCTA
260 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AA-AGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* *
325225 TAAATGGAGTTTTCT-TGTC
323 TAAATGAACTTTTCTCT-TC
* * * * * * * * **
325244 AATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCT-AGAAAAACATTTAGTTATGATATGTTTTAAATAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
** * *
325308 AATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
65 AATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
Statistics
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Consensus pattern (341 bp):
AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
ATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
TCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
ATGAACTTTTCTCTTC
Found at i:321245 original size:799 final size:798
Alignment explanation
Indices: 319696--321253 Score: 1709
Period size: 799 Copynumber: 1.9 Consensus size: 798
319686 TTTTCTTGCC
* * *
319696 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCTAAACATTCAAATATAATATGTTTCAATCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGCTAAACATTCAAATATAATATATTTCAATAAAAA
* * * **
319761 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
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* *
319826 CTTTAGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGTCTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATT
131 CTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATT
* * * * * *
319891 TCTAGAGGCAAACATTAAAATATAATTTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
196 TCCAGAGGCAAACATTAAAATATAATTTATTGTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
319956 AAATAATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATAAATGCCTATA
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* * * *
320021 AATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATA
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* * * * * * * *
320086 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCATCTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATT
390 ATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * **********
320151 TAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTNNNNNNNNNNT
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** * * * * * *
320216 GGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGGTTTAACCAAAATAGTAAA
520 AACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGGTTGAACAAAAATACTAAA
* * * ********** * * *
320281 AAAATTCTACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTGA
585 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTCGA
* * * *
320346 AAGCATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAG
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* * * *** *
320411 GTAAAGATTCAAATATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTGTTTTCTCATTTTTATTA
715 GAAAACATTCAAATATAATAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGTTTTCTCATTTTTATTA
320476 AAAATGAGCTTTTCGTACT
780 AAAATGAGCTTTTCGTACT
* * * *
320495 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGAC-ATACATTCAATTATAATATATTTTAATAAA
1 AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAG-CTAAACATTCAAATATAATATATTTCAATAAA
* * * * *
320558 AAATGTAAAATAGTTCAACTCAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
** * * *
320623 GGCTTTCTAAGGCT-TGAGTGTCTATAAA-AGAACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCA
129 GGCTTTAGAAGG-TATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCA
** * * * * * **
320686 TGTTTCCCATA-GTAGACATTCAAATAT-ATTATATTGTAATAAAAAATATAAAAAAATTTGACT
192 CATTT-CCAGAGGCAAACATTAAAATATAATT-TATTGTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * ** * * *
320749 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTAGAAGGCATGAGTG
255 TAAAATAAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATAAATG
* * ** *
320814 ACTATAAATGAACTTTTCTCTTG-AATGTATGACTTTTACTTTATGTTTC-CTAAGGCAAACATT
320 ACTATAAATGAAC-TTT-TCTTGCAATGAATGACTTTTACTTCACATTTCTC-AAGGAAAACATT
* *
320877 CAAGTATAATCTATTTTAACCAACAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
382 CAAGTATAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
320942 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
447 AAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTT-AAAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
321006 CCAACAAATAACTTTTTCTTCATATTT-TCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GTATGAACA
511 CCAACAAATAACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTGGT-TGAACA
321069 AAAA-ATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
574 AAAATA-CTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * * * *** *
321133 AAAGACTTTCGAGGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGGTGGCTTTTTCTTC
638 AAAGACTTTCGAAAGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTC
*
321198 ACATTTCCCAAAGAAAACATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
703 ACATTTCCCAAAGAAAACATTCAAATATAATAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
321254 CTTGAATTTA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 133, Indels: 26
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
798 13 0.02
799 583 0.95
800 12 0.02
801 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (798 bp):
AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGCTAAACATTCAAATATAATATATTTCAATAAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
CTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATT
TCCAGAGGCAAACATTAAAATATAATTTATTGTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
AAATAATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATAAATGACTATA
AATGAACTTTTCTTGCAATGAATGACTTTTACTTCACATTTCTCAAGGAAAACATTCAAGTATAA
TCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCGAGTAACAAGGCTTTAAAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATA
ACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGGTTGAACAAAAATACTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTCGAA
AGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCCAAAG
AAAACATTCAAATATAATAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGTTTTCTCATTTTTATTAA
AAATGAGCTTTTCGTACT
Found at i:321506 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 320504--325355 Score: 3251
Period size: 513 Copynumber: 9.5 Consensus size: 512
320494 TAATGGATGG
* * * * * *
320504 CTTTTGCTTCATGTTTT-TCAAGACATACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * * * *
320568 TAGTTCAACTCAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAAGGCTTTCTAA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * *
320633 GGCTTGAGTGTCTATAAAAGAACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCATAG
130 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAG
* * * * * ** * *
320698 TAGACATTCAAATATATTATATTGTAATAAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATA
195 AAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATG
** * * *
320763 AGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAATGC-TTTAGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGAA
260 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCATGGA-TGACTATAAATGGA
* * * * * *
320826 CTTTTCTCT-TGAATGTATGACTTTTACTTTATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTA
323 CTTTTCT-TATCAATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTA
* *
320890 TTTTAAC-CAACAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
387 TTTTAACTCAA-AATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
320954 GCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATAA
450 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGA
* * * *
321017 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTATGAACAAAAAATCTAAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * * * *
321082 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTCGAGG
66 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * ** * * **
321147 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGGTGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAAGA
131 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGA
* * * * * *
321212 AAACATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTGAATTTAAAATCAATTATGA
196 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGA
* * * **
321277 GTTTATAAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGGTTT
261 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTT
* ** * * ** * * *
321342 TTCTTATCAGTGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTTAAATATAATATATTTT
326 TTCTTATCAATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * * **
321407 AACTCAAAATGTAAGAAAATTAAACTTAAAATCAAGTATGAGACTATAAAATTATTTAAAGCGAG
391 AACTCAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * * **
321472 TCATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAGTGGATGA
455 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGA
* * * * ** ** * * *
321530 CTTTTGCTTTATGTTTCCTGAA-ATAGGCATTGAATTATAATAC-ATTTTAACTAAAAATGAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * *
321593 AAAATTCAACATGAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTACGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * *
321658 AGGAAT-AGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATGAATGATTTTTTCTTTATGTTTCCTAA
129 AGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
* * * * * * * *
321722 GGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATCAACAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTA
193 AGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTA
* * * * *
321787 TGAGATTATAAAACCATTTGAAA-CGAGTGATAAGGCTTTCAAAGAC-TTGATTGACTATAAGTG
258 TGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGA-TGACTATAAATG
* * * * ** * * * *
321850 GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAAATAGACATTCAATTATAATTT
321 GACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCT
* * *
321915 ATTTTAAC-CAAAAATGTCAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-CATTTAA
386 ATTTTAACTC-AAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
321978 AGCGGGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATAA
449 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGA
* * * * * * * * **
322042 CTTTTTCTTCACA-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATCATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAGC
1 CTTTTTCTTCATATTTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * ** * **
322106 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATGTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTAAA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* ** * * * * ** * * *
322171 AGCATGAGCAACTGTAAATGGAGTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGGTTTATATTT-CCTAA
130 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAA
* * *
322234 GACATACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAACAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTA
194 GA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTA
* * ** * * * *
322299 AGAGATTATAAAACCCTTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA
258 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGA
** * * * * * *
322364 CTTTTCTTGCCAATAAATAACTTTTACTTCATGGTTCCTAATACAGACATTCAATTAAAATCTGT
323 CTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTAT
* * * * ********** *
322429 TCTAACTAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTG
388 TTTAACTCAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * *
322494 AGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGAACTTTTCTAT-CAAATAGATGG
453 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATAAATGA
* * * * * *
322554 CTTTTTCTTCAT-GTTTCTTA-GTATAGACATTCAATTATAATATCTTTTAACAAAAAATG-CAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGCA-A-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * * * *
322616 AAAATTCAACTTAAAATCTATCATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAATAATAAGACTTTTGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* ** * * * *
322681 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACGTTTTCTTCATGTTTCACAAG
129 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAA
* * * **
322746 GCAGACATTCAATTATAATATATTTGAAGCAAAAACTGCAAAACAAATTCAACTTT-AAATCAAT
194 GAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA-TATAAAA-AAATTCAA-TTTAAAATCAAT
** * * * * *
322810 TATGAGATTATAAAATGATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATA
256 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATG
* * * *
322875 GACTTTTTTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGACAGACAATCAATTATAAT-T
321 GACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCT
*
322939 AGTTTTAACT-AAAACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATGGAA-TATGAGATTATAAAACCATTT
386 A-TTTTAACTCAAAA-TATAAAA-AATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * **
323002 AAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAAAGAAT-AGGTGACTATATATGGATTTTTCTCACCAATAAAT
447 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAT
*
323066 GG
511 GA
* * * * * * *
323068 TTTTTTCTTCACATTTCCCT-AGGCAAACATTCAAATATAATCCATTTCAACCAAAAATGTACAA
1 CTTTTTCTTCATATTT-TCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTA-AA
* * **
323132 AAAATTCAACTTGAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * * **
323197 AGCCTTGA-TG-TTATAAATGGAAC-TTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTT-CTTA
129 AGGCATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
* ** * ** * * *
323258 AGTAGACATTCAATTATAA-ATTCAGCTTAA--AATCAAT-T-ATGAGATT--A--TAAAACCAT
193 AGAAGACATTCAATTATAATA-T-ATTTTAATCAA-AAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAA
* * * * *** *
323314 TTAAAGCGAGTA-AGAATGTTTTCAAAG-GCA-TGAAT--GGC-TAT-AA---AT-G--GACT-T
255 TT-ATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCG-AGT-AATAAGGCTTTTAAAGGCATGGATGACTAT
* * * * * * * *
323365 ---T----T---C-TCTCGAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTTAGGCAGACATTCAATTG
316 AAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTA
* * * *
323419 TAATCTATTTTAACT-AACAATATAAAACAATT-AGGCTTAAAATCAGTTACGAGATTACAAAAC
380 TAATCTATTTTAACTCAA-AATATAAAA-AATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * ** * * * * *
323482 CATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAAT
442 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
*
323547 AAATGG
507 AAATGA
* * * * **
323553 CTTTTTCTTCAT-GTTTCTTAAGGCAAGCATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTTGTAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAA
* * * ** *
323617 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * ** * * ***
323682 AGACATGGGTGATTGCAAATGGACTTTCTCTTT---AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTG
129 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-T-TTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * *
323744 AGGTAA-ACATTCAATTCAATTATAAACTGTTTTAACCAATAATATCAAAAAATTCAACTTAAAA
192 AAG-AAGACATTCAATT--A-TA-ATA-TATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAA
* * * *
323808 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAATGCTTTCAAAGGCAT-GAGTGAATA
251 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGA-TGACTA
* * * * * * *
323872 AAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGTCTTTTTCTTTATGTTT-CTCATGACAGACATTCAAT
315 TAAATGGACTTTTCT-TATCAATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCCT-AAGACAGACATTCAAT
* * * * *
323935 TATAATATATTTTAAATAAAAATATACAATAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
378 TATAATCTATTTTAACTCAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * * * * **
324000 TATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTCGAAAGCATGGGTGATTACAAATGAATTTTTCTCACCAAT
442 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
** *
324065 GGATGG
507 AAATGA
* * * * ** * * * * *
324071 CTTTTGCTTCACATTTCCTGAGATAGACATTTAATTATAGTATATTTTAATC-AAAAATATAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAA
* * * * ***
324135 CAATTTAACTTAAAATCAATTATCG-GATAATAAAACC-TCCTAAAATGAGTAATAAGGC-TT--
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * ** ***
324195 -A---A--A-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGA
128 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
* * * * *
324253 AGCAGACATTCAATTATAATATATTGTAAT-AAAAATA-ATAAAAAATTTAACTTACAATCAATT
193 AGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATA-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATT
* ********** * *
324316 GTGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTCACTATAAATA
257 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGA-TGACTATAAAT-
* * * * * * *
324380 GG-CTTTTC-TAGCCAATGAAT-AGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG-CATATATTCAATTACAA
320 GGACTTTTCTTA-TCAATGAATGA-CTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAA
** * * *
324441 TCCGTTTTAAC-CAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTT
383 TCTATTTTAACTCAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
324505 AAAGTGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATG-GTCACTGTAAATGGACTTTTTTTTACCAATGAAA
447 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAAT-AAA
*
324569 -GG
510 TGA
* * ** * * * *
324571 CTTTTTCTTCAT-GTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAATAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA
** * * * * *
324635 CGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATGCTTCCAAA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * ** * ** *
324700 GGCATGATTGACTCTAAATGG-CTTTTCTCT-CCAATAGATGGCTTTAGCTTCATGTCTCCTGAG
130 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAA
* * * *
324763 GCAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATA-CAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTA
194 G-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTA
** * * *******
324826 TGACGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAGG-TGACTNNNNNNN
258 TGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-GGATGACTATAAATG
*** ** * * * * *
324890 NNNTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAAATATAATCT
321 GACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCT
* * * **********
324955 GTTTTTAC-CAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAA
386 ATTTTAACTC-AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** *
325019 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGCCAATGGATGG
450 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATAAATGA
* * * * *
325082 CTTTTGCTTCAT-TTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGCAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTTC-TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * * * * ** *
325146 ATATTTAACCTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * ** * * * * *
325211 GGCTTGGGTGGCTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAGA
130 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTC-CCA-A
* * * * * * * *
325276 A-AA-ACATTTAGTTATGATATGTTTTAAAT-AAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAATT
193 AGAAGACATTCAATTATAATATATTTT-AATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATT
325338 ATGAGATTATAAAACCAT
257 ATGAGATTATAAAACCAT
Statistics
Matches: 3389, Mismatches: 789, Indels: 323
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
483 1 0.00
484 8 0.00
485 239 0.07
486 39 0.01
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489 3 0.00
490 2 0.00
491 5 0.00
492 6 0.00
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494 5 0.00
495 1 0.00
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497 13 0.00
498 18 0.01
499 19 0.01
500 182 0.05
501 27 0.01
502 105 0.03
503 11 0.00
504 10 0.00
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507 21 0.01
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510 103 0.03
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519 9 0.00
520 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
CTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGA
AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTT
TTCTTATCAATGAATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTT
AACTCAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGA
Found at i:324753 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 323275--325355 Score: 1621
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 169
323265 ATTCAATTAT
* * * * * *
323275 AAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAATGTTTTCAAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * *
323340 GGCATGAATGGCTATAAATGGACTTTTCTCT-CGAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTT-A
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTAA
* * * *
323403 GGCAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAACTAACAATATAAA
128 GACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA
* * * * * **
323445 ACAATT-AGGCTTAAAATCAGTTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTA
1 A-AATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * *
323509 AAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
64 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAA
* * * * *
323574 GGCA-AGCATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAATTTGTAAAA
128 GACAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA-ATAT-AAA
* * * *
323618 AAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * ** *
323683 GACATGGGTGATTGCAAATGGACTTTCTCTT--TAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAG
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-A-
* ** * * *
323746 GTAAACATTCAATTCAATTATAAACTGTTTTAACCAATAATATCAAA
127 --AGACAGAC-ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAA
* * * *
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1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * *
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66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAG
* **
323922 ACAGACATTCAATTATAATATATTTTAAATAAAAATATACAA
129 ACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATA-AA
* * * * *
323964 TAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * ** ** * *
324029 AGCATGGGTGATTACAAATGAATTTTTCTCACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGA
66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGA
* * * * *
324094 TAGACATTTAATTATAGTATATTTTAATCAAAAATATAAA
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* * * *
324134 ACAATTTAACTTAAAATCAATTATCG-GATAATAAAACC-TCCTAAAATGAGTAATAAGGC-TT-
1 A-AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCAT-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
* **
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* * *
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* * * ********** *
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1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * **
324360 GGCATGAGTCACTATAAATAGG-CTTTTCTAGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
66 GGCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAG
* * * **
324424 -CATATATTCAATTACAATCCGTTTTAACC-AAAATATAAAA
129 ACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAA
* * * *
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1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * *
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66 GGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAG
* * * *
324593 ATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAATAATGTAAA
129 ACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA
* * * * * *
324634 ACGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATGCTTCCAA
1 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * *
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* * * *
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* * *
324804 AAATTCAATTTAAAATCAATTATGACGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
* ********** * **
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65 AGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAA
* * * *
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128 GACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA
* ********** *
324975 AAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* *
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66 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAG
* * **
325104 GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGCAAA
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* * * * * ** *
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1 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * *
325210 AGGCTTGGGTGGCTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCT-A
65 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAA
* * * * * * * ** *
325274 GAAAAACATTTAGTTATGATATGTTTTAAATAAAAATGTAAA
128 GACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA
*
325316 CAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 -AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
Statistics
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AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAA
Found at i:325093 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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** ** *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * ** * * * **
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* * * * * * * *
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** * *
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315 TATATTTTAACCAAAAATATAAAAC
* * ** * * *
323965 AATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTCGAAA
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* * * ** * ** * *
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* * * * * * * * *
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129 CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAATACAAAA-AATTCAACATAAAATCAATTAT-
* * * * *
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191 GAGATTATAAAACCAT-TTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGACATGGTCACTGTAAATGGAC
* *** * ** ** * *
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* *
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* * * ********** *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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129 CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATA-CAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGA
* * *
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* *** *
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258 TTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAAATATAATATATTTT
* *
324619 AACCAATAATGTAAAAC
323 AACCAAAAATATAAAAC
* * * * * *
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* * * * * * *
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**
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* * * **********
324830 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAGGTGACT-NNNNNNNNNNT
193 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGACAT-GGTCACTGTAAATGGACTT
* * * *
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*
324959 TTACCAAAAATATAAAA-
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* ********** *
324976 AATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
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* * *
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* * * * *
325106 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGCAAAAATATTTAACCTAAAATCAATTCTGA
130 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA-AATACAAAAA-ATTCAACATAAAATCAATTATGA
* * ** * * ** * *
325171 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGA-GT
193 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGACAT-GGTCACTGTAAATGGACTT
** * * * * * * * * ** * *
325235 TTTCTTGTCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCTAGAAAAACATTTAGTTATGATATGTT
257 TTTCTTACCAATGA-AAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAAATATAATATATT
** *
325299 TTAAATAAAAATGT-AAAC
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*
325317 AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
Statistics
Matches: 1354, Mismatches: 327, Indels: 113
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Matches are distributed among these distances:
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AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
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AACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATACAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGACATGGTCACTGTAAATGGACTTTTTC
TTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAAATATAATATATTTTAAC
CAAAAATATAAAAC
Done.