Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401455.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4582.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4091
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.32
Warning! 769 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:302 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4--327 Score: 416
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
1 GGT
* * * * * * *
4 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTGAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGAATTGAAATGGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * *
69 TTAAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TTAAATGTCCACCTCCAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
* *
134 TTACCCATACTTTCGAAAGCCTTGTTACTCATTTAAAATAAA
131 TTACCCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCATTTAAAATAAA
* *
176 TTTATAATCTCATAATTGAATTGAAATGGAA-TTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAA
1 TTTATAATCTCATAATTGAATTGAAATGGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * ** * * *
240 TTCAATGTCCACCTCCGGAGACATGAAGAAAAAGTTATTGATTGGCAAAAAAATTTCATTTATAG
66 TTAAATGTCCACCTCCAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
* *
305 TTACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
131 TTACCCATACCTTCAAAAGCCTT
328 ACTACTTGCT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 25, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 100 0.79
172 27 0.21
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTTATAATCTCATAATTGAATTGAAATGGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
TTAAATGTCCACCTCCAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
TTACCCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCATTTAAAATAAA
Found at i:1026 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 506--1085 Score: 555
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
496 GACAAAAGTC
* * * * * *
506 CATTTATACTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCAT-
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * *
570 ATTTAATTTTA-TGCTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACACATTATAACTGAATGTCTACC
66 ATTGAA-TTAAGTG--GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
634 TCAAGAAATGTGTAGAAAAAGATATTCATTGGCAATAAAATTC
128 TCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATTT
* **********
677 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * ** * *
742 ATTGACATTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTGAATA-AG---ATAATTAAATGTCTACC
66 ATTGA-ATTAAGTGGAA-TTTTTTTACATTTTTTATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* ** ** * *
803 TCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAA-GT
128 TCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATTT
* * * *
845 CTATTTATAGTTACCCATG-CTTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCTCA
1 C-ATTTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* *
909 TAATTGAATTGAAGTGGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACC
64 TAATTGAATT-AAGTGGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * *
974 TCCGGAGATGTGAAGAAAAAGTTATTGATTGGCAAGAAAATTT
128 TCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATTT
* * * *
1017 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1082 ATTG
66 ATTG
1086 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 74, Indels: 28
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 24 0.07
169 106 0.33
171 154 0.48
172 29 0.09
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
ATTGAATTAAGTGGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
AGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAATTT
Found at i:2336 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1824--4091 Score: 2081
Period size: 171 Copynumber: 13.2 Consensus size: 169
1814 NNNNNNNNAC
* * *
1824 TTTAAGTTGAATTTTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAC
1 TTTAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * * * * *
1888 ACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCACTTAGACTC-TCTCATGCCCTCAAAAG
64 ACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAG
* * **********
1952 CCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTANNNNNNNNNNATTGA
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ** * * * *
1994 TTTGAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAGTTGCATCTCTACCTTATA-A
1 TTT-AAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGA
** * * * *
2058 AATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGG-AATGAAAAAGTCTAGTTATAGTCACCTATACCTTTAAA
63 AACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAA-G-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAA
* * *
2122 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTCATAATCTTATAATTGA
126 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
2166 CTTTAAGTT-ATTCTTTTTTTCATTTTTTGTCAAAAAAAATTATAATTGATTGTATACCTTAAGA
1 -TTTAAGTTAATT-TTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * *
2230 AACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCAGCC-ATGCCTTCGAAA
63 AACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCAAAA
* * ** *
2294 GCCTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCGTAATTGA
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** ***
2337 TTTTAAATTGAATTCTTTTATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAACATCTACCTTGGGAA
1 -TTTAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * **
2401 ACGTGAAGAAAAAGATATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATATCTTCAAAAGC
64 ACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
* *
2466 CTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
** ** * * *
2507 TTTGTGGTTGAATTTTTTTGCATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCTCATA-A
1 TTT-AAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGA
* * * * *
2571 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAGGAAGAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAG
63 AACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAG
* * * * *
2636 CCTTATTACTCACTCTAAATAGCTTTATAATCTCAGAATTGA
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ** * *
2678 TTTTAAGTT-ATTCTTTTTTCCATTTTTGGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CTACAAG
1 -TTTAAGTTAATT-TTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAG
* ** * * * * * * * *
2741 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGTCTATTTATACTTACCCATGCCATCGAAA
62 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
* * *
2806 GCCTTATTAC-CTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGA
127 GCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
** * ** *
2849 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAAAATCTAACTCAAGA
1 -TTTAAGTT-AATTTTTTTTTA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * * *
2914 AACATGTAGAAAAAGATATTCTTTGGTAAGAAAACTCCATTCATTGTCACCTATGCCTTCGAAAG
63 AACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAG
*
2979 CCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
3020 TTTGAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTCAAATAGATTATAATTGAATATTTATCTC-AGAA
1 TTT-AAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-A
* * * *
3083 AACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGG-CAGAAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCATTCAAAA
63 AACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
*
3147 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ** ** *
3190 CTTTAAGTTAATTTTATTTTCATTTTTGGTCGAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTACCTCA
1 -TTTAAGTTAATTTT-TTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG--T--CTACCTCA
** * * * *
3255 AGAAATGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGCTAATAAAAGTCCATATATACTCATCC-ATGCCTTC
60 AGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTC
* * * * *
3318 GAAAAG-CTTATTATTTGCTGTAATTGTTTTTAT-ATCCTCATAATTGA
123 -AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGA
** * *
3365 TTTTAAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATGGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAG
1 -TTT-AAGTT-AATTTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * *
3430 AAACATGTAGAAAAAGATATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAA
62 AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCC-TTCAAA
*
3494 A-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA
126 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
3537 TTTGAAGTTGATGTTTTTTATAGTTTTTATTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTACCTCGAA-A
1 TTT-AAGTTAAT-TTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGA
* *** * ** * *
3601 AA-AAGAAGAAAAA-ATTATTCATTCACAAGAAAGGTTAATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAA
63 AACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
*
3664 GCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* **
3707 CTTTAAGTTAAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
1 -TTTAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * *
3772 ACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGC-ATGCATTCAAAA
64 ACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAA
* * *
3835 GCCTTATTACTGGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGA
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
3878 TTTGAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGCA
1 TTT-AAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * *
3943 ACATGAAGAAATAGTTATTCATTGGCAACAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
64 ACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
4008 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATAATTGA
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGA
* *
4049 CTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATTTTTTGTTAAATCAGATTATA
1 -TTTAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATA
Statistics
Matches: 1712, Mismatches: 315, Indels: 142
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 135 0.08
170 380 0.22
171 710 0.41
172 295 0.17
173 48 0.03
174 4 0.00
175 87 0.05
176 18 0.01
177 30 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAGTTAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
Found at i:2555 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1824--4091 Score: 2124
Period size: 341 Copynumber: 6.6 Consensus size: 337
1814 NNNNNNNNAC
** * * *
1824 TTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGACA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAA
* * * * * * * *
1889 CGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCACTTAGACTCTCTCATGCCCTCAAAAGCC
65 CATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCC
* * ********** * * *
1954 TTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTGAAGTTAAATATTTTTACATTT
129 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTT
* * * * *
2019 TTTATTAAAACAGATTATAGTTGCATCTCTACCTTATA-AAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTG
193 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTG
* *
2083 GAATGAAAAAGTCTAGTTATAGTCACCTATACC-TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGC
257 GAA-G-AAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT-CCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGC
* *
2147 TTCATAATCTTATAATTGA
319 TTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
2166 CTTTAAGTT-ATTCTTTTTTTCATTTTT-TGTCAAAAAAAATTATAATTGATTGTATACCTTAAG
1 -TTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAT-T-AAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAG
* * *
2229 AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCAGCCATGCCTTCGAAA
62 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAA
* * ** * *
2294 GCCTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATA
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA
** *** *
2359 TTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAACATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAC
190 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * *
2423 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATATC-TTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAG
255 TGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT-CCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
2487 TTTTATAATCTCATAATTGA
318 CTTTATAATCTCATAATTGA
** * * *
2507 TTTGTGGTTGAATTTTTTTGCATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCTCATA-A
1 TTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCA-AGA
* * * * *
2571 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAGGAAGAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAG
63 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
2636 CCTTATTACTCACTCTAAATAGCTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTT--ATTCTTTTTTCC
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAT--
** * * **
2699 ATTTTTGGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CTACAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
189 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTC
* * * *
2763 ATT-GATGAGAAAAGTCTATTTATACTTACCCATGCCA-TCGAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAA
253 ATTGGA--AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT-CCATTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAA
* ** *
2825 TTGTTTTTATAATCTCATACTTGA
314 ATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
* * ** * *
2849 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAAAATCTAACTCAAGA
1 -TTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGA
* * * * * *
2914 AACATGTAGAAAAAGATATTCTTTGGTAAGAAAACTCCATTCATTGTCACCTATGCCTTCGAAAG
63 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAG
* *
2979 CCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTATATT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATT
* * * * * * *
3043 TTTTATTCAAATAGATTATAATTGAATATTTATCTC-AGAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATT
192 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
* * * *
3107 GGCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCT
256 GGAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATCCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCT
3172 TTATAATCTCATAATTGA
320 TTATAATCTCATAATTGA
* * ** *
3190 CTTTAAGTT-AATTTTATTTTCATTTTTGGTCGAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTACCTC
1 -TTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATG--TA--TACCTC
** * * * *
3254 AAGAAATGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGCTAATAAAAGTCCATATATACTCATCCATGCCTTC
59 AAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTC
* * * * *
3318 GAAAAG-CTTATTATTTGCTGTAATTGTTTTTAT-ATCCTCATAATTGATTTTAAAGTTGAATTT
122 G-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTT-AAGTTGAA--T
** * * * *
3381 TTTTTATATTTTTTATTAAAATGGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGTAGAAAAAG
182 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* *
3446 ATATTCATTGGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCT
247 ATATTCATTGGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTAT-CCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
3509 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA
310 TTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
3537 TTTGAAGTTG-ATGTTTTTTATAGTTTTTATTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTACCTCGAA-
1 TTT-AAGTTGAAT-TTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTC-AAG
* ** *** * ** *
3600 AAA-AAGAAGAAAAAATTATTCATTCACAAGAAAGGTTAATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAA
62 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAA
* * * *
3664 GCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTTCA
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-A
**
3729 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCA
190 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCA
* * * * *
3793 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGC-ATGCATTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATA
254 TT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATCCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
3857 GCTTTATAATCTCATAATTGA
317 GCTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
3878 TTTGAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGCA
1 TTT-AAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAA
* * * * * *
3943 ACATGAAGAAATAGTTATTCATTGGCAACAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
64 ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGC
* *
4008 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATT
* *
4072 TTTTGTTAAATCAGATTATA
192 TTTTATTAAAACAGATTATA
Statistics
Matches: 1594, Mismatches: 261, Indels: 142
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 22 0.01
340 100 0.06
341 489 0.31
342 412 0.26
343 276 0.17
344 77 0.05
345 30 0.02
346 11 0.01
347 90 0.06
348 85 0.05
349 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAAC
ATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGAAG
AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATCCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAA
TCTCATAATTGA
Found at i:2823 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1824--4091 Score: 2577
Period size: 512 Copynumber: 4.4 Consensus size: 512
1814 NNNNNNNNAC
* * * * * * * *
1824 TTTAAGTTGAATTTTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAC
1 TTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAA
* * * * * * * * * *
1888 ACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCACTTAGACTC-TCTCATGCCCTCAAAAG
65 ACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAG
* * ********** * *
1952 CCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTGAAGTTAAATATTTTTACAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * ** *
2017 TTTTTATTAAAACAGATTATAGTTGCATCTCTACCTTATAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATT
194 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATT
* * * * *
2082 GGAATGAAAAAGTCTAGTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGC
259 GGCA-GAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGC
* * * * * *
2147 TTCATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTATTCTTTTTTTCATTTTTTGTCAAAAAAAATTATAAT
323 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAT-TTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
2212 TGATTGTATACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACT
387 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACT
* * * *
2277 CAGCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCGTAATTGAT
452 CACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACCTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
2338 TTTAAATTGAATTCTTTTATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAACATCTACCTTGGGAAA
1 TTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAA
* * **
2402 CGTGAAGAAAAAGATATTCACTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTATATCTTCAAAAGC
66 CATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
* * ** *
2466 CTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGTGGTTGAATTTTTTTGCATT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
2531 TTCTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCTCATAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG
195 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTG
* * * * * *
2596 GCAGGAAGAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATAGCTT
260 GCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
* * *
2661 TATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTT-ATTCTTTTTTCCATTTTTGGTCAAAACATATTATAATT
325 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATT-TTTTTT-CATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATT
* *
2725 GAATGTCTA-CTACAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGTCTATTTATACT
388 GAATGTCTACCT-CAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACT
* * *
2789 TACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACCTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGAT
452 CACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACCTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
2850 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAAAATCTAACTCAAGAA
1 TTTAAATTAAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAA
* * * * * * * *
2915 ACATGTAGAAAAAGATATTCTTTGGTAAGAAAACTCCATTCATTGTCACCTATGCCTTCGAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
* *
2980 CTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTATATT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * *
3043 TTTTATTCAAATAGATTATAATTGAATATTTATCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTG
195 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTG
* *
3108 GCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
260 GCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
* *
3173 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTATTTTCATTTTTGGTCGAAACAGATTATATTTG
325 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTT-TTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
3238 AATGTCTACCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCTAATAAAAGTCCATATATA
389 AATG--T--CTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
* * ** * *
3303 CTCATCCATGCCTTCGAAAAG-CTTATTATTTGCTGTAATTGTTTTTAT-ATCCTCATAATTGAT
450 CTCACCCATGCCATCG-AAAGCCTTATTACCTGCTTTAATTATTTTTATAAT-CTCATAATTGAT
* ** * *
3366 TTTAAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATGGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGA
1 TTTAAA-TT-AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGA
* *
3431 AACATGTAGAAAAAGATATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAA
64 AACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCC-TTCAAAA
* *
3495 -CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTG-ATGTTTTTTAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT-TTTTTTAC
* * * *
3558 AGTTTTTATTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAA-AAGAAGAAAAAATTATTC
192 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-ATAAAACATGAAGAAAAAGTTATTC
* ** * * *
3621 ATT--CACAAGAAAGGTTAATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAA
256 ATTGGCAGAA-AAA-GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
3684 TGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTA
319 TGGCTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTA
*
3749 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTT
383 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTT
* * * * **
3813 ATAGTCACGCATG-CATTCAAAAGCCTTATTA-CTGGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATT
447 ATACTCACCCATGCCA-TCGAAAGCCTTATTACCT-GCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATT
3876 GAT
510 GAT
* * * * * * * *
3879 TTGAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGCAA
1 TTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAA
* * *
3944 CATGAAGAAATAGTTATTCATTGGCAACAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
*
4009 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT-TAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTACAT
*
4071 TTTTTGTT-AAATCAGATTATA
194 TTTTTATTAAAAT-AGATTATA
Statistics
Matches: 1497, Mismatches: 218, Indels: 81
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 5 0.00
511 101 0.07
512 492 0.33
513 328 0.22
514 117 0.08
515 13 0.01
516 144 0.10
517 234 0.16
518 62 0.04
519 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
TTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAA
CATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGG
CAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTT
ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACC
CATGCCATCGAAAGCCTTATTACCTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGAT
Done.