Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401457.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4584.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 667
Length: 1113
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Found at i:331 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8--1113 Score: 976
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
1 GAAAAGC
* * * *
8 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAATTTGCTTTTATAATCACA
1 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGATTTTATAATCTCA
* * * * * *
73 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCC
65 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTCTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* ** *
138 TTA-AGAAACGTGAACCAAAAGCCATCCATTGGCATAAAAAAT
129 TTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATAAAAAAT
** * * **
180 CCACCTATAGTCACTCAGGCCTTCGAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * *
245 AATTGATTTAAAGTTGAAATTTTTTATATTTCTGGTTTAAAA-AGATTATAATTGATTGTCTACC
66 AATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTCT-GATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * **
309 TTAGA-AAATATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACA-AGCAAGGT
129 TTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATA-AAAAAT
** * * * * * *
351 CCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGTTTTTGTAATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * *
416 AATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTT-TTAGTTAAAACATG-TTATAATTGAATGTTTG-
66 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTCTGA-TTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTGC
* * * ** *
478 -TCATAGAAACATGAAGATAAAGCCATTTC-TTGATAAAAAAAAGT
128 CTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCATAAAAAA-T
* * * * * * *
522 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGATAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTACAATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * * *
587 AATTGATTTTATGTTGAATTTTTTATATTTCTCAATAAAATAGATTATAATTGACTATCTGCCTT
66 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTCTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
*
652 -GAGAAACATGAAGAAAAAGCCGTTCATT-G-ATAAGAAAAGT
131 AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATAA-AAAA-T
* * * * * * *
692 CTATTTATAGTCACTCATA-TCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * * **
756 TAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGATTGTAATTAAATGTTTAT
65 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTCTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * *
820 CTCA-AGAAACATGAAGAAAAACCCTTTCATT--CACAAGAAAAG
128 CTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATAA-AAAAT
* * *
862 CGCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATCGCTTTTATAATCCC
1 C-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTC
* * * *
927 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTT-TAATTAAAATATATTATAATTGAATATCTG
64 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAT-ATTTCTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * * **
991 CCTT-GTGAAACGTGAAGCAAAA-CTCATCCATTAGCATAAAATGT
127 CCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCATAAAAAAT
* * * * *
1035 CCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACTTTATTACTCTCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
1099 TAATTGATTTTAAGT
65 TAATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 146, Indels: 69
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 149 0.20
171 410 0.54
172 178 0.24
173 6 0.01
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTCTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
AGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATAAAAAAT
Found at i:755 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--1113 Score: 1138
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 338
* * * * *
1 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAATTTGCTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTAT
* * * * *
66 AATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTAATTAAAATATATTATAATTAAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAAT
* * * * * * * **
131 GTCTGCCTTAAGAAACGTGAACCAAAAGCCA-TCCATTGGCATAAAAAA-TCCACCTATAGTCAC
129 GTTTGTC-TAAGAAACATGAA-GAAAAGCCATTTCATT-GAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** *
194 TCAGGCCTTCGAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGT
191 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * *
259 TGAAATTTTTTATATTTCTGGTTTAAAA-AGATTATAATTGATTGTCTACCTT-AGAAAATATGA
256 TG-AATTTTTTATATTTCT--AATAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAG-AAACATGA
* *
322 AAAAAAAGCCATTCATTGACAA
317 AGAAAAAGCCATTCATTGATAA
* * ** * * * * *
344 GCAAGGTCCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGTTTTTGTA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
409 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATGTTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATG
*
474 TTTGTC-ATAGAAACATGAAGATAAAGCCATTTC-TTGATAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACC
130 TTTGTCTA-AGAAACATGAAGA-AAAGCCATTTCATTGA-AAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * *
537 CATGCCTTCGATAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTACAATCTCATAATTGATTTTATGTT
192 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
*
602 GAATTTTTTATATTTCTCAATAAAATAGATTATAATTGACTATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAA
257 GAATTTTTTATATTTCT-AATAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAA
*
667 AAAGCCGTTCATTGATAA
321 AAAGCCATTCATTGATAA
* * * * *
685 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA-TCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAC
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
749 AATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATA-GATTGTAATTAAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATATG-TTATAATTAAA
* * * * * *
813 TGTTTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCTTTCATTCACAAGAAAAG-CGCATTTATAGTCAC
128 TGTTTGTCT-AAGAAACATGAAGAAAAGCCATTTCATTGAAAAAAAAAGTC-CATTTATAGTCAC
* * *
877 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATCGCTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG
191 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
942 TTAAATTTTTTTATAATTT-TAATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTGTGAAACGTGA
255 TTGAA-TTTTTTAT-ATTTCTAA-TAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGA
* *
1006 AGCAAAA-CTCATCCATTAGCAT-A
317 AGAAAAAGC-CATTCATT-G-ATAA
* * * * * *
1029 -AAATGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAA-CTTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1092 AATCTCATAATTGATTTTAAGT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 104, Indels: 48
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 11 0.02
341 260 0.40
342 188 0.29
343 171 0.27
344 10 0.02
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGT
TTGTCTAAGAAACATGAAGAAAAGCCATTTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTATATTTCTAATAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGATAA
Found at i:977 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 934--981 Score: 62
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
924 CCCATAATTG
* * *
934 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
1 ATTTTAAGTTAAAATATATTATA
957 ATTTTAA-TTAAAATATATTATA
1 ATTTTAAGTTAAAATATATTATA
979 ATT
1 ATT
982 GAATATCTGC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 15 0.68
23 7 0.32
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (23 bp):
ATTTTAAGTTAAAATATATTATA
Done.