Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401484.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4610.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3324
ACGTcount: A:0.29, C:0.08, G:0.05, T:0.42
Warning! 556 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:536 original size:250 final size:245
Alignment explanation
Indices: 1--755 Score: 762
Period size: 250 Copynumber: 3.0 Consensus size: 245
* * * *
1 TATTACGTTAACTCTCACACATTTACGTTAATATTTAAAATTTAGTTATTCTACATTTATAATTT
1 TATTACGTTAACTCTCACACATTTACTTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCTACCTTTATAAATT
* * * *
66 TTTACGTCAATTCTTACAGTTGTACGTCAAAATTTATCTATGACAATTTTGAGCTATAATTA--T
66 TTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAGATTTATCTAT-ACAATTTTGAACTATAATTATTT
* * * *
129 TT-TTTTATTATTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTCAAATATATTTA-GCCGAAGAATA
130 TTATTTTATTATTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACATATTTATTCTG-AGAATA
* * * *
192 TATATTTAAATATTTATTTTTCACTAAAATTAAAAATTTTTTTACTCAATTG-ACT
194 TA-ATATAAATATTTATTTTTCATTAAAATT--AGATTTTTTTACTTAA-TGAACT
* * * **
247 TGTTACGTTAACTCTCACATATTTACTTTAAGATTTAAAATTTAATTATT-TCACCTTTATAGGT
1 TATTACGTTAACTCTCACACATTTACTTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCT-ACCTTTATAAAT
* * * *
311 TTTTACGTCAACTGTTATAGTTTTATGTTAAGATTTATCTATACCAATTTTGAACTATAATTATT
65 TTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAGATTTATCTATA-CAATTTTGAACTATAATTATT
* * * *
376 TTTATTATTATTATTTATTCAAAAACTAAAATTTATATATTGTTAAACACATTTATTCTGAGAAT
129 TTTATT-TTATTATTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACATATTTATTCTGAGAAT
*
441 ATAATGTAAATATTTATTTTTCATTAAAATTAGATTTTCTTTTCACTTAATGAACT
193 ATAATATAAATATTTATTTTTCATTAAAATTAGA-TTT-TTTT-ACTTAATGAACT
* **********
497 TATTACGTTAACTCTCATACANNNNNNNNNNGATTTAAAATTTAGTTATTCTA-CTTCTATAAAT
1 TATTACGTTAACTCTCACACATTTACTTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCTACCTT-TATAAAT
* * *
561 TTTTACGTCAATTCTTACAATTTTACGTTAAGACTTATCTATGTC-ATTTT-ATACTATAATTAT
65 TTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAGATTTATCTAT-ACAATTTTGA-ACTATAATTAT
* *
624 TTTTATCCTTATTATTGTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCATT--ACATATTT-TTAGCTCG
128 TTTTAT-TTTATTATT-TATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACATATTTATT--CT-G
* * * * *
686 ATAATATAAATATAAATA-CTATTTTTTCATTAAAATTAGACTTTTTTACTTACTTAACT
188 AGAATAT-AATATAAATATTTA-TTTTTCATTAAAATTAGATTTTTTTACTTAATGAACT
745 TATTACGTTAA
1 TATTACGTTAA
756 ATTTTGTTAT
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 63, Indels: 42
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
245 2 0.00
246 107 0.25
247 4 0.01
248 35 0.08
249 73 0.17
250 173 0.41
251 30 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (245 bp):
TATTACGTTAACTCTCACACATTTACTTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCTACCTTTATAAATT
TTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAGATTTATCTATACAATTTTGAACTATAATTATTTT
TATTTTATTATTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACATATTTATTCTGAGAATATA
ATATAAATATTTATTTTTCATTAAAATTAGATTTTTTTACTTAATGAACT
Found at i:931 original size:220 final size:219
Alignment explanation
Indices: 534--944 Score: 499
Period size: 220 Copynumber: 1.9 Consensus size: 219
524 NNNNGATTTA
* * *
534 AAATTTAGTTATTCTACTTCTATAAATTTTTACGTCAATTCTTACAATTTTACGTTAAGACTTAT
1 AAATTTAGTTATTCTACTTCTATAAATTTTTACATCAATTCTTACAATTTTACGTCAAAACTTAT
* * *
599 CTATGTCATTTTATACTATAATTATTTTTATCCTTATTATTGTATTTAAAAATTAAAATTTATAT
66 CTATGACATTTTATACTATAATTATTATTATCATTATTATTGTATTTAAAAATTAAAATTTATAT
* * * ** * *
664 ATCATTACATATTTTTAGCTCGATAATATAAATATAAATACTATTTTTTCATTAAAATTAGACTT
131 ATCATCAAACACATTTAGCTCGAGAATATAAATATAAATACTATTTTTT-ACTAAAATTAGACTT
729 TTTTACTTACTTAACTTATTACGTT
195 TTTTACTTACTTAACTTATTACGTT
* * * * *
754 AAATTTTGTTATTCTACCTT-TATAAGTTTTTATATCAATTCTTATAATTTTACGTCAAAATTTA
1 AAATTTAGTTATTCTA-CTTCTATAAATTTTTACATCAATTCTTACAATTTTACGTCAAAACTTA
** * *
818 TCTATGACAATTTTGA-GGTATAATTATTATTATTATTATTA-T-TATTTTAAAATTAAAATTTA
65 TCTATGAC-ATTTT-ATACTATAATTATTATTATCATTATTATTGTATTTAAAAATTAAAATTTA
* * * *
880 TATATCGTCAAACACATTTAGCT-GAAGAATATATATTTAAATATTTATTTTTTACTAAAATTAG
128 TATATCATCAAACACATTTAGCTCG-AGAATATAAATATAAATA-CTATTTTTTACTAAAATTAG
944 A
191 A
945 ATTTGTTTCA
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 26, Indels: 11
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
218 1 0.01
219 62 0.39
220 68 0.43
221 28 0.17
222 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (219 bp):
AAATTTAGTTATTCTACTTCTATAAATTTTTACATCAATTCTTACAATTTTACGTCAAAACTTAT
CTATGACATTTTATACTATAATTATTATTATCATTATTATTGTATTTAAAAATTAAAATTTATAT
ATCATCAAACACATTTAGCTCGAGAATATAAATATAAATACTATTTTTTACTAAAATTAGACTTT
TTTACTTACTTAACTTATTACGTT
Found at i:1224 original size:469 final size:470
Alignment explanation
Indices: 299--1206 Score: 1019
Period size: 469 Copynumber: 1.9 Consensus size: 470
289 TAATTATTTC
* * * * * * *
299 ACCTTTATAGGTTTTTACGTCAACTGTTATAGTTTTATGTTAAGATTTATCTATACCAATTTTGA
1 ACCTTTATAAGTTTTTACATCAACTCTTATAATTTTACGTCAAAATTTATCTATACCAATTTTGA
* * *
364 ACTATAATTATTTTTATTATTATTATTTATTCAAAAACTAAAATTTATATATTGTTAAACACATT
66 ACTATAATTATTATTATTATTATTATTTATTCAAAAACTAAAATTTATATATCGTCAAACACATT
* * * *
429 TATTCTGAGAATATAATGTAAATATTTATTTTTCATTAAAATTAGATTTTCTTTTCACTTAATGA
131 TATGCTGAGAATATAATGTAAATATTTATTTTTCACTAAAATTAGAATTTCGTTTCACTTAATGA
* ********** *
494 ACTTATTACGTTAACTCTCATACANNNNNNNNNNGATTTAAAATTTAGTTATTCTACTTCTATAA
196 ACTTATTACATTAACTCTCATACATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCTACTTCTATAA
* * *
559 ATTTTTACGTCAATTCTTACAATTTTACGTTAAGACTTATCTATGTCATTTTATACTATAATTAT
261 ATTTTTACGTCAACTCTTACAATTTTAAGTCAAGACTTATCTATGTCATTTTATACTATAATTAT
* * * * * *
624 TTTTATCCTTATTATTGTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCATTACATATTTTTAGCTCGATA
326 TTTTATCATTATTATTGTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCATTAAACACTTTTAGCTCAAGA
689 ATATAAATATAAATACTATTTTTTCATTAAAATTAGACTTTTTTACTTACTTAACTTATTACGTT
391 ATATAAATATAAATACTATTTTTTCATTAAAATTAGACTTTTTTACTTACTTAACTTATTACGTT
754 AAATTTTGTTATTCT
456 AAATTTTGTTATTCT
* *
769 ACCTTTATAAGTTTTTATATCAATTCTTATAATTTTACGTCAAAATTTATCTATGA-CAATTTTG
1 ACCTTTATAAGTTTTTACATCAACTCTTATAATTTTACGTCAAAATTTATCTAT-ACCAATTTTG
** ** *
833 AGGTATAATTATTATTATTATTATTA-TTATTTTAAAATTAAAATTTATATATCGTCAAACACAT
65 AACTATAATTATTATTATTATTATTATTTATTCAAAAACTAAAATTTATATATCGTCAAACACAT
* *
897 TTA-GCTGAAGAATATATATTTAAATATTTATTTTTTACTAAAATTAGAATTT-GTTTCA-TTCA
130 TTATGCTG-AGAATATA-ATGTAAATATTTATTTTTCACTAAAATTAGAATTTCGTTTCACTT-A
* * *
959 ATTG-ACTTGTTACATTAACTCTCATATATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTTTATCTT
192 A-TGAACTTATTACATTAACTCTCATACATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCTA-CTT
* * * * *
1023 -TATAGATTTTTACGTCAACTGTTACAGTTTTAAGTCAAGATTTATTTATGTCAATTTTGA-ACT
255 CTATAAATTTTTACGTCAACTCTTACAATTTTAAGTCAAGACTTATCTATGTC-ATTTT-ATACT
* * ********** *
1086 ATAATTATTTTTATTATTATT-TTTTATNNNNNNNNNNAAATTTATATATCGTTAAACACTTTTA
318 ATAATTATTTTTATCATTATTATTGTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCATTAAACACTTTTA
* * * * *
1150 G-TCTAAGAATATATATTTAAATATTTTTTTTTC-TTAAAATTAGATTTTTTTTACTTA
383 GCTC-AAGAATATAAATATAAATACTATTTTTTCATTAAAATTAGA-CTTTTTTACTTA
1207 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 70, Indels: 21
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
468 18 0.05
469 199 0.56
470 139 0.39
471 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (470 bp):
ACCTTTATAAGTTTTTACATCAACTCTTATAATTTTACGTCAAAATTTATCTATACCAATTTTGA
ACTATAATTATTATTATTATTATTATTTATTCAAAAACTAAAATTTATATATCGTCAAACACATT
TATGCTGAGAATATAATGTAAATATTTATTTTTCACTAAAATTAGAATTTCGTTTCACTTAATGA
ACTTATTACATTAACTCTCATACATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCTACTTCTATAA
ATTTTTACGTCAACTCTTACAATTTTAAGTCAAGACTTATCTATGTCATTTTATACTATAATTAT
TTTTATCATTATTATTGTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCATTAAACACTTTTAGCTCAAGA
ATATAAATATAAATACTATTTTTTCATTAAAATTAGACTTTTTTACTTACTTAACTTATTACGTT
AAATTTTGTTATTCT
Found at i:2830 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2797--2835 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
2787 ATTTAAATAT
2797 TTTTTTTACTAAAATTAGA
1 TTTTTTTACTAAAATT-GA
*
2816 TTTTTTTACT-TAATTGA
1 TTTTTTTACTAAAATTGA
2833 TTT
1 TTT
2836 CTTACGTTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.26
18 4 0.21
19 10 0.53
ACGTcount: A:0.28, C:0.05, G:0.05, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTTACTAAAATTGA
Found at i:3073 original size:249 final size:249
Alignment explanation
Indices: 1870--3324 Score: 1135
Period size: 249 Copynumber: 5.9 Consensus size: 249
1860 CATACATTTT
* ** *
1870 TGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTTCA-TCTTTATAAGTTTTTAC-TTCAATTCTTTTAATTTT
1 TGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACT-TTTATAAGTTTTTACGTT-AATTCTTACAGTTTT
* * ** * *
1933 ACGTCAAGA--TATTTCTATGTTTATTTTAAACTATAATTATTTTAATTCTTA-T-TTTTTATTT
64 ATGTTAAGACTTA-TT-TATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATCCTTATTATTTTTATTT
* * * * **
1994 AAAAATTAAAATTTGTATATCATTAAATACTTGTAATATT-AAAATATAAATTTAAATATTTATT
127 AAAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACTT-TTAT-TTGATAATATAAATATAAATGCTTATT
* * **********
2058 TTTCACTAAAATTAGATTTTTTTACTTAANNNNNNNNNNACGTTAACTCTCACACGTTTA
190 TTTCATTAAAATTAGATCTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTCTCACACGTTTA
* * *
2118 TGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTTACTTTTATAAGATTTTACGTTAATTCTTACAGTTTTAC
1 TGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACGTTAATTCTTACAGTTTTAT
* **********
2183 GTTAAGACTTATATATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATCNNNNNNNNNNTTATTTAAAA
66 GTTAAGACTTATTTATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATCCTTATTATTTTTATTTAAAA
* * * * *
2248 ATTAAAATTTGTATATTGTTACAGT-CTTTTAGCTTGATAATATAAACATAAATGCTTAGTTTTC
131 ATTAAAATTTGTATATCGTTA-AATACTTTTA-TTTGATAATATAAATATAAATGCTTATTTTTC
* *
2312 ATTAAAATTAGA-CTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAATTCTCACACATTTA
194 ATTAAAATTAGATC-TTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTCTCACACGTTTA
* * * *
2368 CGTTAATATTTAAAATTTAGTTATTTCACCTTTATAAATTTTTACGTTAATTCTTACAGTTTTAT
1 TGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACGTTAATTCTTACAGTTTTAT
* *********
2433 GTTAA-AGCTTATCTATGTCAATTTTAAACTATAANNNNNNNNNNT-CTTATTATTTTTATTTAA
66 GTTAAGA-CTTATTTATGTCAATTTTAAACTATAA-TTATTTTTATCCTTATTATTTTTATTTAA
* * ** * * **
2496 AAATTAAAA-CTATATATCGTTAAATACTTTTATTCCAAGAATATAAATTTAAATATTTATTTTT
129 AAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACTTTTATT-TGATAATATAAATATAAATGCTTATTTTT
* * * * ** * * * *
2560 CAGTAAAATTAAATTTTTTTAC-TAATTGACTTGCTATGTTAACTCTTATACATTTA
193 CATTAAAATTAGATCTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTCTCACACGTTTA
** * * * *
2616 TGTTAAGATTT-AAA---A-TTATTTCA-TCTTTATAAGTTTTTATATCAATTCTTATAATTTTT
1 TGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACT-TTTATAAGTTTTTACGTTAATTCTTACAGTTTTA
* * * ********** * *
2675 TGTCAAGA-TTTTTCTATGTCCATTTNNNNNNNNNNTTATTTTAATCTTTATTATTTTTTATTTA
65 TGTTAAGACTTATT-TATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATCCTTATTA-TTTTTATTTA
* * * * * * *
2739 AAATTTAAAATTTGTATATCGTTAAACACTTGTAGTATGAAAATATAAATTTAAAT-ATT-TTTT
128 AAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACTTTTA-TTTGATAATATAAATATAAATGCTTATTTT
* * * * * *
2802 TTACTAAAATTAGATTTTTTTACTTAATTGATTTCTTACGTTAACTCTCACACGTTTA
192 TCATTAAAATTAGATCTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTCTCACACGTTTA
* * * *
2860 TGTTAAAATTTAAAATTTAGGTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACATTAATTTTTACAGTTTTAT
1 TGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACGTTAATTCTTACAGTTTTAT
*
2925 GTTAAGACTTATTTATGTCAATTTTAAAATATAATTATTTTTATCCTTATTATTTTTATTTAAAA
66 GTTAAGACTTATTTATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATCCTTATTATTTTTATTTAAAA
* * * * *
2990 TTTAAAATTTATATATTGTTACATTCTTTTATCTTGATAATATAAATATAAATGCTTATTTTTCA
131 ATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACTTTTAT-TTGATAATATAAATATAAATGCTTATTTTTCA
* * * * *
3055 TTAAAATTTA-A-CTTTTTACTTAATCAACATAGTATGTTAACTCTCACACGCTTA
195 TTAAAA-TTAGATCTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTCTCACACGTTTA
* * * * * * *
3109 CGTTAATATTTAAAATTTAGTTATTACACTTTTATAAGTTTTTACGTCAATTTTTATATTTTTAC
1 TGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACGTTAATTCTTACAGTTTTA-
* * * * **
3174 T-TTAAGGCTTATTTATGTCAATTTTGAATTGTAATTATTTTTAGTATTATTATTATTTTTATTT
65 TGTTAAGACTTATTTATGTCAATTTTAAACTATAATTA-TTTT--TATCCTTATTATTTTTATTT
* ** * * **
3238 AAAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAACA-TTTATAGTTCAAGAATATAAATTTAAATATTTATT
127 AAAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACTTT-TA-TTTGATAATATAAATATAAATGCTTATT
* * *
3302 TTTTATTAAAATTAAATTTTTTT
190 TTTCATTAAAATTAGATCTTTTT
Statistics
Matches: 944, Mismatches: 221, Indels: 79
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
242 4 0.00
243 80 0.08
244 60 0.06
245 38 0.04
246 1 0.00
247 4 0.00
248 183 0.19
249 256 0.27
250 225 0.24
251 12 0.01
252 75 0.08
253 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (249 bp):
TGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTACGTTAATTCTTACAGTTTTAT
GTTAAGACTTATTTATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATCCTTATTATTTTTATTTAAAA
ATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACTTTTATTTGATAATATAAATATAAATGCTTATTTTTCAT
TAAAATTAGATCTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTCTCACACGTTTA
Done.