Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401486.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4612.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2936
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 590 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1397 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1110--2936 Score: 1670
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 168
1100 NNNNNCATTA
* * * * ** * * *
1110 TTGGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGATAAAGGCATTCATTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGA-AAAAGCATTCATTGG
* * *
1175 TAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
65 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
1240 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTGTATTT
129 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTGTATTT
* **
1281 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTG-GCAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTA
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTAAAGAAAAAG-CATTCATT-
* * * *
1345 GGAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTACTACTCGCTTTAAATTGTTT
63 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
1410 TATAGTCTTATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTT-TACATAT
128 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGT--ATTT
* * * * * * *
1452 TTGGTCAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGACTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAG-CATTCATTGG
* * * *
1517 TAAAAAAAGTCCATCTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTT
65 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
1581 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TAGATTT
128 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGT--ATTT
** * * *
1623 TTCATTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAG-AAAAAGCATTCATT-G
* * * ** *
1688 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTT
64 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** *
1753 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTATTACATTA
129 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTGTATTT
* * * * *
1794 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTCAAGAAACAAGCATTTATTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAA-AAGCATTCATTGG
* * * * *
1859 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAACCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTT
65 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
1924 ATAATCTCA-ATATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTAATATT
129 ATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGT-AT-TT
* * * * * *
1966 ATTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTAACTTGAGAAATGCAAAGAAAAA-TATCTTCATT
1 -TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCA--TTCATT
* * *
2030 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTTCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGT
63 GG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * ** *
2094 TTTATAATCTAATAATTGATTCTAAATTGATTTTTTTTTGCATTT
126 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A-AATTTTTTGTATTT
* * * * * *
2139 TTAGTTAAAACA-AGCTATAGTTGAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCAATG
1 TTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAA-GCATTCATTG
* * * *
2203 GCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATGGTT
64 G--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* ** *
2268 TTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTT
127 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTGTATTT
** * * * * * *
2311 TTCATTAAAACAGA-TGATAATT-AATGCCTGCCTTGGGAAACTTATAGAAAAAGCCATTCACTG
1 TTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAG-CATTCATTG
* * **
2374 AGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTT
64 -GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
2438 TTGTAATCTCATAATTGATTTTCAAGTCATATTTTTTAG-ATTT
127 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTT-GTATTT
* * * * *
2481 TTGGTTAAAACAGACTACAATTGCATGTTTACCTTGAGAAACATCAAGAAAAAAGCATTCATTGA
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAG-AAAAAGCATTCATTG-
* * * * * *
2546 TAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCCTATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
64 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
2611 ATAATCTCAAAATTGAATTTAGGTTAAATTTTTTTTACATTA
129 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGT--ATTT
* * * * *
2653 TTGGTAAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACGTGTAAA-AAAAACCATTCATTA
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC--GTAAAGAAAAAGCATTCATT-
* * * * * * **
2717 GGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATTCTTTCAAAAG-TTCTAATACTTGCTTTAAATTTT
63 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
2780 TTTGTAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TACATAT
126 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGT--ATTT
* * ** ** * * * * *
2824 TTGGTTAAAATAAACTATAATTGAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGACTAG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAG-CATTCATTGG
* * *
2889 AAAATAAAGTCCATTTTTAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
65 AAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
Statistics
Matches: 1354, Mismatches: 248, Indels: 108
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 150 0.11
171 744 0.55
172 230 0.17
173 211 0.16
174 8 0.01
175 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCATTCATTGGA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGTATTT
Found at i:1750 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1110--2936 Score: 1911
Period size: 342 Copynumber: 5.3 Consensus size: 341
1100 NNNNNCATTA
* * * * * ** * *
1110 TTGGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGATAAAGGCATTCATTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGG
* * * *
1175 TAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
66 TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
1240 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTT-GTATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
131 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAG-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
** *
1304 AATGCCTACCTTG-GCAAACGTGTAG-AAAAAGTCATTCATTAGGAAGAAAAGTAC-ATTTATAG
195 AATGCCTACCTTGAG-AAACGTAAAGAAAAAAG-CATTCATTAGCAAGAAAAGT-CTATTTATAG
* * * * * *
1366 TCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTACTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAGTCTTATAATTGATTGT
257 TC-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT
1431 AAGTTAAATTTTTTTACATAT
321 AAGTTAAATTTTTTTACATAT
* * * *
1452 TTGGTCAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTGACTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGG
* * *
1517 TAAAAAAAGTCCATCTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTT
66 TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
** *
1581 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTCATTAAAAGAGACTATAATTG
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
** *
1646 AATGTTTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTC
195 AATGCCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC
*
1710 TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
259 -CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
*
1775 G-TCAATTTTTATTACAT-T
323 GTTAAATTTTT-TTACATAT
* * * * * * *
1793 ATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTCAAGAAACAAG-CATTTATT
1 -TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AAGACATTCATT
* * * * *
1857 GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAACCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTT
64 GGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
1922 TTATAATCTCA-ATATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTA-ATATTATTGGTTAAAACAGATTAT
129 TTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAGAT-TT-TTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
1985 AATTGATTGTCTAACTTGAGAAATGCAAAGAAAAATATC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
190 AATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAA-AGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
2049 TAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGAT
254 TAGTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGAT
* * ** * *
2114 TCTAAATTGATTTTTTTTTGCATTT
318 TTTAAGTT-AAATTTTTTTACATAT
* * * * * *
2139 TTAGTTAAAACA-AGCTATAGTTGAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCAATG
1 TTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG
* * * *
2203 GCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATGGTT
65 G-TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * **
2268 TTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGA-TGATAAT
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAAT
* * * * *
2332 T-AATGCCTGCCTTGGGAAACTTATAG-AAAAAGCCATTCACTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATA
193 TGAATGCCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAG-CATTCA-TTAGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * *
2394 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAT-TTTTGTAATCTCATAATTGATT
256 GTCCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-TGTTTTATAATCTAATAATTGATT
* * * *
2458 TTCAAGTCATA-TTTTTTAGATTT
319 TT-AAGTTAAATTTTTTTACATAT
* * * * *
2481 TTGGTTAAAACAGACTACAATTGCATGTTTACCTTGAGAAACATCAAGAAAAA-AGCATTCATTG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTG
* * * * * * *
2545 ATAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCCTATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
65 GTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
2610 TATAATCTCAAAATTGAATTTAGGTTAAATTTTTTTTACATTATTGGTAAAAACAGATTATAATT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * *
2675 GAATGCCTGCCTTGAGAAACGTGTAA-AAAAAACCATTCATTAGGAAAAAAAGTCTATTTATAGT
194 GAATGCCTACCTTGAGAAACGT-AAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * * *
2739 CATCC-ATTCTTTCAAAAG-TTCTAATACTTGCTTTAAATTTTTTTGTAGTCTCATAATTGATTT
258 C--CCTATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTT
2802 TAAGTTAAATTTTTTTACATAT
320 TAAGTTAAATTTTTTTACATAT
* * ** * * * * *
2824 TTGGTTAAAATAAACTATAATTGAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTGACTAG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGG
* *
2889 -AAAATAAAGTCCATTTTTAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
66 TAAAA-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
Statistics
Matches: 1245, Mismatches: 194, Indels: 91
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 89 0.07
342 518 0.42
343 319 0.26
344 158 0.13
345 72 0.06
346 88 0.07
347 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGG
TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
ATGCCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCC
TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
AAATTTTTTTACATAT
Done.