Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401525.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4651.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1890
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.10, T:0.32
Warning! 289 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:985 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 15--1331 Score: 1498
Period size: 514 Copynumber: 2.6 Consensus size: 514
5 AGTCTTTTAT
* * * * *
15 ATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATTTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAGTGCATTCA
1 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCA
* * * ** **
80 TTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGAGTTATCGCTCGCTTTAAATGG
66 TTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
145 TTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTCATTTAAACAGACTATA
131 TTTTCTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
* * * ** * *
209 ATTGAATGTCTGGCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATACGAAAAGTCTATTTATA
196 ATTAAATATCTGACACAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATA
* * * * * * * *
274 GCCTCTCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
261 GCCTCCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATGCTTAAGGGTTTTATAAGCTAATAATTAATTT
* * * * * * * *
339 TTAGTTCAGTTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGGTTGCCTTGAGAAGCA
326 TAAGTTCAATTGTTTTACATTTATGATTAAAAAAGACAATAATTGAATGGTTGACTTGAGAAACA
* *
404 TGAAGAAAATAGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCCATTCCTTCGAAAACCTT
391 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCCATTCCTTCGAAAACCTT
* **
469 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGC
456 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAC
* *
528 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCA
1 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCA
* * * *
593 TTGACAAGAAAAGTTCATTTATTA-TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTAATTACACGCGTTAAATG
66 TTGACAAGAAAAGTTCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
657 GTTTTCTATTTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTAT
130 GTTTTCTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
** * * *
722 AATTAAATATC-GAACACAAGAAATGTGAAGACAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATAT
195 AATTAAATATCTG-ACACAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCT-ATAT
*
785 ATAGCCTCCCAATCCTTCAAAAGGCTTATTACT-A-GCTTAAAAGGGTTTTATAAGCTAATAATT
258 ATAGCCTCCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATGCTT--AAGGGTTTTATAAGCTAATAATT
* * * * *
848 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTATGATTAAAAAAGACAATAATTGAAT-GTCT-ATTTCG
321 AATTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTATGATTAAAAAAGACAATAATTGAATGGT-TGACTT-G
** * *
911 AGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTC-A
384 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCCATTCCTTCGA
* ** *
975 AAATCCTTATTATTCGTTTTAAATAGTTTTATATTCTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
449 AAA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
1040 AC
513 AC
* * * * *
1042 ATTTTTGATTCAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTATCCCGAG-AACATGAAGGAAAA-AGTATT
1 ATTTTTTATTAAAACAGACT-ATAATTGAATATCTATCTCGAGAAACATGAA-GAAAAGAGCATT
* * *
1104 CATT-ATGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
64 CATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
1168 TGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTG--TGTTTTTTTACATTTTTCATTAAAGCAGAC
128 TGGTTTTCTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
* * * * ** * * * *
1231 TATAATTGAATGTCT-ATCTCGAGAAATGTGTAGGAAAAAGTATTCATT-ATCAAGAAAACTCTA
192 TATAATTAAATATCTGA-CACAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAT-AAGAAAAGTCTA
* * * * *
1294 TTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
255 TATATAGCCTCCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
1332 CTTTAAANNN
Statistics
Matches: 673, Mismatches: 112, Indels: 38
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.00
512 106 0.16
513 243 0.36
514 321 0.48
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (514 bp):
ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCA
TTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTTCTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
ATTAAATATCTGACACAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATA
GCCTCCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATGCTTAAGGGTTTTATAAGCTAATAATTAATTT
TAAGTTCAATTGTTTTACATTTATGATTAAAAAAGACAATAATTGAATGGTTGACTTGAGAAACA
TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCCATTCCTTCGAAAACCTT
ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAC
Found at i:1338 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9--1338 Score: 1289
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
1 TTGAAGTC
* * * * * * * *
9 TTTTATATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATTTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAGTG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAA-AG
** * * * ** ** *
74 CATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGAGTTATCGCTCGCTTT
65 CATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
139 AAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** ** *
180 TTTTACATTTTTCATTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTGGCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAG
* * * * *
245 CATTCATTGAT-ACGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCA-TT
65 CATTCATT-ATCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
308 CTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTCAGTTG
129 -TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * * *
351 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGGT-TGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAATA
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAA-A
* ** * *
415 GCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCCATTCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACT
64 GCATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACT
* *
479 TTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
128 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
522 TTTTGCATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAA-AG
* * * * *
587 CATTCATTGA-CAAGAAAAGT-TCATTTATTA-TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTAATTACACGC
65 CATTCATT-ATCAAGAAAAGTCT-ATTTA-TAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
649 GTTAAATGGTTTTCTATTTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTT
127 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * * * * * * *
694 TTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATATCGAACACAAGAAATGTGAAGACAAGAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGA-AAAAG
* * * * *
759 CATTCATTGGT-AAGAAAAGT-TCATATATAGCCTCCCAATCCTTCAAAAGGCTTATTACT-AGC
65 CATTCATT-ATCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-C
* * * *
821 TTAAAAGGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
127 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * *
865 TTTTATATTTATGATTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTATTTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAG
** * * * * **
930 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAATCCTTATTATTCGTTTT
65 CATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
995 AAATAGTTTTATATTCTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTT
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
1036 TTTAACATTTTTGATTCAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTATCCCGAG-AACATGAAGGAAAAA
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAA-GAAAAA
* * * *
1099 GTATTCATTATGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
64 GCATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* **
1164 TAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGTGTTT
129 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
1206 TTTTACATTTTTCATTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAATGTGTAGGAAAAAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAG
* * * *
1271 TATTCATTATCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 CATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1336 AAA
130 AAA
1339 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 179, Indels: 54
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 153 0.16
171 650 0.68
172 148 0.16
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
ATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
Done.