Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401535.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4660.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.12, T:0.30
Warning! 1078 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:598 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 269--3394 Score: 2862
Period size: 171 Copynumber: 18.4 Consensus size: 171
259 TTAACCAAAC
* * * *
269 ATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-GAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * ***
333 CTTTTAAAGGCATGGATGACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCACAT-
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT--CATG
* * * *
397 TTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAA
129 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * * * * *
439 AGGTAAAAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCGTTCAAAGCGAGAAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *
504 CTTTCAAAGGCATGGGTGACTAGAAAT-GATCTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCATGT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGT
* * * *
568 TTCTCGA-GTAGACACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAA
130 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * ** * *
609 AGGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTAGAAAATTATTTAAAACGAATAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * *
674 CTTTTGAAGGTATGGGTTACTATGAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGT
* * * *
738 TTC-CTAAGCTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATGAAAA
130 TTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * * * * * * * **
780 TTATAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAGAGCCAATAATAAAA
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * ** * *
845 CTTTCAAAGGCAAGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATATCATTTTCTTCACGTT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
** * * ** * *
910 TCTTGA-GCAGATATTTGATTATATTCTATTTTAATAAAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * * *
950 A-GATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAC
1 ATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
** * * * *
1014 GCTTTCGAATGCATGGGCGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCATGT
65 GCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGT
* ** * *
1079 TTTTTGAGGTACACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
130 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * * * * * *
1121 AT-AAAAAATAATTCAACTGAAAATTAACTATGAG-TTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAA
1 ATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ** * * *
1184 GCTTTTGAAGGTGTGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTT-TTCACGT
65 GCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGT
* ** * * * *
1248 TTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAGTAAAAA
130 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * * * * * *** ** * *
1290 ATATAAAACAATTTAACTCAAAGTCAACTATAAGATTGCGAAACTGTTTAAAGCGAGTACTAAGA
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * ** *
1355 CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * *
1420 TCTAAAAGCAGACGTTCAATTATAGTCTGTTTTGACT-AAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAA
* * * ** ** * *
1461 ATGAAAAAAAAATCAAGTTAATGTCAATTACAACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * *
1526 CTTTTGAAGGCATAGGTGAGTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATATCTTTTTGTTCTTGTT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* * * *
1591 TCCCAAGGTAGACAGTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * * * * * *
1632 A-ATCAAAAAATTCAACTTTAATTAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * * *
1696 CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCAATGAGT-GCTGTTTTCTTAATG
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATATCT-TTTTCTTCATG
* * * * * * *
1759 TTTC-CTTAGGCAAAAATTTAACTATAATATGTTTTAACT-AAAA
129 TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAA
* * * * * *
1802 ATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAGTCAAGTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * *
1867 CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAACGGACTTTTCCTACCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* * * *
1932 TCTCAAGCTTGACATTCAATTTTAATCTATTTTAATAAAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * * * * **
1973 AAGTAAAACAATTCCACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATGTAAAGCGAGTAGCAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * **
2038 CTTTTGAAGGCATGGGTGATTATAACTAGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTGTTCACATT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* ** *
2103 TGTCAAATTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
** * *
2144 A--T-------TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * * * *
2199 CTTTCGAAGGCATGTGTGAGTATAAATGGACTTTTCTCGCTAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
** * *
2264 TCTTGAGGTAGACATTCAATTTTAATCTATTTTAACT-AAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAA
* * * *
2305 ATG-AAAACAATTAAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* ** * * * * * *
2369 CTTTTGAAA-GTATAAGAGAGTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATTTTTTTTTTCATGT
66 CTTTT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGT
* * *
2433 TTCCTGAA-ATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA
130 TT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * *
2475 ATGTAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAGGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * ** * *
2540 C-TTTAGAAGGCTTGAGG-GACTATAAATAGG-TTTTTCTTGCTAATGAATGGCATTTTCTTCAG
66 CTTTTA-AAGGCATG-GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAT
* * * * *
2602 GTTTC-CTTAGGTAAACATTCAACTGTAATCTGTTTTAACAAAAA
128 GTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * *
2646 ATATAAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 ATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
2711 GCTTTTAGAGAGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTTACG
65 GCTTTTAAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATG
*
2776 TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAA
129 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAA
* * * *
2819 ATG-AAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * ***
2883 CTTTTAAAAGCATGGGTGAGTATAGATGGACTTTTCTTATGAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* * **
2948 TCCCAAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTGGTAAAAA
131 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * * ** * *
2989 ATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAAATAATTAAAGCGAGTAATAAGT
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * **
3054 CTTTCAAAGACATGTGTGAGTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
66 CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGT
** **
3118 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAA
130 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * *
3159 ATAG-AAAACAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 AT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *** * *
3223 GCTTTTGAAGCCATAAATGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTCTCTTCATGT
65 GCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGT
3288 TTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
130 TTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAA
* * * * **
3331 ATATAAAATAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
3395 TCTTCGGAAG
Statistics
Matches: 2381, Mismatches: 510, Indels: 128
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 126 0.05
162 3 0.00
169 80 0.03
170 949 0.40
171 1013 0.43
172 130 0.05
173 80 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
Found at i:881 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 274--3422 Score: 2890
Period size: 341 Copynumber: 9.3 Consensus size: 340
264 CAAACATGTT
* * *
274 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-GAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * **
338 AAAGGCATGGATGACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCACAT-TTTCC
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTT--CATGTTTCC
* * * * * *
402 -AAGGC-AGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTTAACTCAAAATCA
129 TAA-GCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAA-TTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
465 ATTATGAGATTGTAAAACCGTTCAAAGCGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTAGAAA
191 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
530 T-GATCTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GTAGACACTCAATTATAA
256 TGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA
* **
593 TCTATTTTAACAAAAAAGGTA
320 TCTATTTTAATAAAAAATATA
* * ** * *
614 AAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTAGAAAATTATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
679 GAAGGTATGGGTTACTATGAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTA
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTA
* * * *
744 AGCTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATGAAAATTATAAAAATATTGAACTTAAAATCAATT
131 AGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTA-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * ** * *
809 ATGAGGTTGTAAAACCATTTAGAGCCAATAATAAAACTTTCAAAGGCAAGGGTGACTATAAATGA
194 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
** * * ** * * ** *
874 ACTTTTCTTATCAATGAATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGA-GCAGATATTTGATTATATTCTA
259 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
*
938 TTTTAATAAAAAAGATA
324 TTTTAATAAAAAATATA
* * * * * *
955 AAAAAATTCAATTTAAAATTAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * **
1020 GAATGCATGGGCGACTACAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTTT
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * * *
1083 TGAGGTACACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAATAATTCAACTGAAAATTAA
129 TAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * ** ** *
1148 CTATGAG-TTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACGATAAAT
192 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * ** * *
1212 GGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTT-TTCACGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATA
257 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
*
1276 TATTTTAGTAAAAAATATA
322 TATTTTAATAAAAAATATA
* * * * * * *** ** * *
1295 AAACAATTTAACTCAAAGTCAACTATAAGATTGCGAAACTGTTTAAAGCGAGTACTAAGACTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
1360 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTA
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-
* * * * * * **
1424 AAAGC-AGACGTTCAATTATAGTCTGTTTTGACTAAAAATGAAAAAAAAATCAAGTTAATGTCAA
130 -AAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
** * * ** * *
1488 TTACAACATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAGTATAAAT
192 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
1553 GGACTTTTGTTGCCAATGAATATCTTTTTGTTCTTGTTTCCCAAGGTAGACAGTCAATTATAATA
257 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* *
1618 TTTTTTAATAAAAAA-ATC
322 TATTTTAATAAAAAATATA
* * * * * * *
1636 AAAAAATTCAACTTTAATTAAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
1701 GAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCAATGAGTG-CTGTTTTCTTAATGTTTCC
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCTAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * * * *
1764 TTAGGC-AAAAATTTAACTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAGTCA
129 -TAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
1828 AGTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
191 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * *
1893 CGGACTTTTCCTACCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTTGACATTCAATTTTAAT
256 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
1958 CTATTTTAATAAAAAA-AGTA
321 CTATTTTAATAAAAAATA-TA
* * * * * **
1978 AAACAATTCCACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATGTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** *
2043 GAAGGCATGGGTGATTATAACTAGACTTTTCTTG-TCAATGAAT-ATCTTTTTGTTCACATTT-G
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCC
** * *
2105 TCAAATTAAACATTCAATTATAATCTG-TTT--T---AA-T-AAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
129 T-AAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** * * * * *
2162 TATGAGATTATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGAGTATAAATG
193 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * ** *
2227 GACTTTTCTCGCTAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTTTAATCT
258 GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
*
2292 ATTTTAACT-AAAAAT-GA
323 ATTTTAA-TAAAAAATATA
* * * *
2309 AAACAATTAAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * * * * *
2374 GAAAGTATAAGAGAGTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT-ATTTTTTTTTTCATGTTTCCT
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * *
2438 GAA-ATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTCAAATCAA
130 -AAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
2502 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAGGGCTTT-AGAAGGCTTGAGG-GACTATAA
192 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATG-GGTGACTATAA
* * ** * * * * * *
2565 ATAGG-TTTTTCTTGCTAATGAATGGCATTTTCTTCAGGTTTC-CTTAGGTAAACATTCAACTGT
255 AT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTAT
* *
2628 AATCTGTTTTAACAAAAAATATAA
318 AATCTATTTTAATAAAAAATAT-A
* * *
2652 AAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
2717 -AGAGAGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-ATCTTTTTCTTTACGTTTC
66 GA-AG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * *
2780 TTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAACAATTCAACTTAAAGTCAA
128 CTAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
2845 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCATGGGTGAGTATAGAT
192 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
*** * *
2910 GGACTTTTCTTATGAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAACTATAATC
257 GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* **
2975 TGTTTTGGTAAAAAATATA
322 TATTTTAATAAAAAATATA
* * ** * * *
2994 AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAAATAATTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
3059 AAAGACATGTGTGAGTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * ** *
3123 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-TAGAAAACAATTCTACTTAAAATCAAT
130 AAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * *** *
3187 TACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATAAATGAGTATAAATG
193 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
*
3252 GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTCTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
258 GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATC
*
3316 TGTTTTAATAAAAAAATATA
322 TATTTTAAT-AAAAAATATA
* * * ** * **
3336 AAATAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTCG
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
3401 GAAGGCTTAGGTGATTATAAAT
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAAT
3423 AGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2304, Mismatches: 437, Indels: 134
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
331 124 0.05
332 148 0.06
333 2 0.00
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AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTA
AGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
TTAATAAAAAATATA
Found at i:5438 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 12.9 Consensus size: 170
4763 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * *
4773 GACTATAAATGGA-TTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTT-AATGTTTCCCAAGTTAGATAAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAA-GTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * *
4836 CAATTATTAAT-TATTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGT
65 CAATTA-TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
4900 AAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCG-ACGTCATGGGT
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-ATAGGT
* * * * *
4943 GACTATAAATGGACGTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATA-TTTCTCGA-GTAGGCAAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * *
5006 CAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
** * * * * * *
5070 AAAATAATTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGT
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGT
* * * * * *
5112 GAGTATAAATGGACTTTTCTCGTCAAT-AAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-TCTTTTTCTTCAAGTTTCTC-AAGGTAGACAT
* * * *
5175 TCAATTATATTCTATTTTAA-ACAAAAATA-AAAAAAATTTAACTTCAAGTCAATTATGAGATTA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTA
* * *
5238 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATATGT
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGT
* *
5282 GACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGTTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * *
5347 AATTATAATCTGTTGTAATAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAGTATAA
66 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAA
** * * *
5412 AACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTTTGGGT
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGT
* * ** * * * ** *
5453 GACTATAAATAGG-CTTTGCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCATAAAGTTTATTTAGGCAGACATT
1 GACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATT
* ** * ** * * *
5517 GAACTGCT-ATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTTAATTATGGGATTAT
65 CAA-TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTAT
* * * *
5581 AAATCCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAA-GTCATAGGG
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-ATAGGT
* * ** * * * * *
5624 GACTATAAGTGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTCACTTCAGGTTTCACATGGTAGTCATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* ** * * *
5689 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGGAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGA
66 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAA
* **
5754 AACTATTTAAAATGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGGTATAGGT
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATAGGT
* * *
5795 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTATCTTTTTCTTCACATTTTC-CAAGGTAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-AGTTTCTCAAGGTAGACATT
* *
5859 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTCAACTCAATTATGAGATTATC
65 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATA
*** * *
5923 AAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGTCATGGGT
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-ATAGGT
* * * ** * * *
5965 GACTACAAATGCACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAGACATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
6030 TATTATGATC-GATTTTAACT-AAAAAT-GAAAACAATTCAACTTCAAGTCAATGATGAGATTAT
66 AATTATAATCTG-TTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* * *
6092 AAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATATGT
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGT
* *
6135 GACTATAAATAGACTTTTCTT-CCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTC-AAGGTAGACAT
* * * * *
6198 TCAATTATAAACTATTTTAATAAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAAAGTAT
64 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
6263 AAAACTATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTGGAAGGCT-TGGGT
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATAGGT
* * ** * * * ** * *
6306 GATTGTAAATAGG-CTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTCCTTTAAGTTTATTTAGGCAAACATT
1 GACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATT
*** * * * * * * * *
6369 CAACCGTAATCTATTTTAACAAAAAGTGTAAACAAATTCAACTTAAAGTCAATTCTGATATTCTA
65 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATA
* *
6434 AATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGT
* * * * * ***
6476 GACTATAAATGAACTTATCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACANNN
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTC
******* * * *
6541 NNNNNNNATCTGTTTTAACAAAAAATGA-AAAAACATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTATG
66 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATA
* * * *
6605 AAACCATTTAAAACAAGTAATATA-GCTTTAGAAGGCATAGGT
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGTATAGGT
* * *
6647 GACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCACTAAATATCTTTTGCTTCACA-TATTCT-AAGGTAGACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-AGT-TTCTCAAGGTAGACAT
* *
6709 CCAATTATAATCTGTTTAAATAAAAAATATAAAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
* * * * *
6774 TAAATCCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGAT
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGT
* ** *** *
6818 GACTATAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCTTCTTTC-CTGAGGTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTC-AAGGTAGACATT
* * * * *
6882 TAATTATAATC-GATTTTAATCACAAATA-AAAACACATTGAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
65 CAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTA
* *
6945 AAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
6975 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
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GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTC
AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGT
Found at i:6056 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 6.5 Consensus size: 339
4763 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * *
4773 GACTATAAATGGA-TTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTAATGTTTCCCAAGTTAGATAATC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGTAGACATTC
* * * * *
4837 AATTATTAAT-TATTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTA
65 AATTA-TAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATA
* * * * *
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* * * * * *
4966 TAATGAATATCTTTTTCTTCATA-TTTCTCGA-GTAGGCAATCAATTATAATCTATTTTAA-TAA
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* * ** * * * *
5028 AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAATAATTAAAGCAAGCAATAA
256 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA
* *
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* * * * *
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* * * *
5175 TCAATTATATTCTATTTTAA-ACAAAAATA-AAAAAAATTTAACTTCAAGTCAATTATGAGATTA
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* * **
5238 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAT-ATATGTGACTATAAATGGACTTTTCT
126 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG-TCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
5302 TTCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAA-T
190 TGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATC-GTTTTAACT
* * * *
5366 AAAAAACATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
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* ** *
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* * ** * * * *** *
5453 GACTATAAATAGG-CTTTGCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCATAAAGTTTATTTAGGCAGACATT
1 GACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGTAGACATT
* ** * * * * *
5517 GAACTGCT-ATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTTAATTATGGGATTAT
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* ** * *
5581 AAATCCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGTCATAGGG-GACTATAAGTGGACTTTTCTT
127 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * * * *
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191 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATC-GTTTTAACTA
** * * * * *
5710 AAAATGGAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAATGAGTAATA
255 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATA
*
5775 AGG-TTTTGAAAGGTATAGGT
320 AGGCTTTTG-AAGGCATAGGT
* *
5795 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTATCTTTTTCTTCACAT-TTTCCAAGGTAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT--CATGTTTCCAAGGTAGACATT
* * * *
5859 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTTCAACTCAATTATGAGATTATCA
64 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAA
** * * *
5924 AACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTAAAGTCATGGGTGACTACAAATGCACTTTTCTTGCC
129 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * ** *
5989 AACGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAGACATTTTATTATGATCGATTTTAACTAAAA
194 AATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATCG-TTTTAACTAAAA
* * * * * * *
6054 AT-GAAAACAATTCAACTTCAAGTCAATGATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGG
258 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG
* * *
6118 CTTTGGAAGGTATATGT
323 CTTTTGAAGGCATAGGT
*
6135 GACTATAAATAGACTTTTCTT-CCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATT
* * * * * *
6199 CAATTATAAACTATTTTAATAAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAAAGTAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
6263 AAAACTATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTGGAAGGCTTGGGTGATTGTAAATAGG-CTTTTCTT
127 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTT
** * * ** * * *** *
6327 G-CAATGAATGGCTTTTCCTTTAAGTTT-ATTTAGGCAAACATTCAACCGTAATCTATTTTAAC-
191 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCA-CAAGGTAGACATTCAATTATAATC-GTTTTAACT
* * * * * * * *
6389 AAAAAGTGTAAACAAATTCAACTTAAAGTCAATTCTGATATTCTAAATCCATTTAAAGCGAGTAA
254 AAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
6454 TAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
318 TAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
* * * * ***
6476 GACTATAAATGAACTTATCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACANNN
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTC
******* * * *
6541 NNNNNNNATCTGTTTTAACAAAAAATGA-AAAAACATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATTATG
65 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAA-AATCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATA
* * * *
6605 AAACCATTTAAAACAAGTAATATA-GCTTTAGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTG
128 AAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * *
6668 CCACTAAATATCTTTTGCTTCACA-TATTC-TAAGGTAGACATCCAATTATAATC-TGTTTAAAT
192 CCAATGAATATCTTTTTCTTCA-AGT-TTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATCGT-TTTAACT
* *
6730 AAAAAATATAAAAGAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAACGAGTA
254 -AAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
* *
6795 ATAAGGCTTTTGAAAGCATAGAT
317 ATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGT
* ** * * * *
6818 GACTATAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCTTCTTTCCTGAGGTAGACATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTC
* * *
6883 AATTATAATC-GATTTTAATC-ACAAATA-AAAACACATTGAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
65 AATTATAATCTG-TTTTAA-CAAAAAATATAAAA-A-AATCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
* **
6945 AAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
126 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
6975 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1511, Mismatches: 293, Indels: 115
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.00
339 142 0.09
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343 5 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATCGTTTTAACTAAAAATA
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGCATAGGT
Done.