Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401537.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4662.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2559
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Warning! 219 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:769 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 481--2559 Score: 2030
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 170
471 NNNNNNNNNN
* * * *
481 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTGTTGATTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAA
* * * * * * * * * *
545 ACATACTATTATTGAATGCCTACCTTGAGACACTTGAAGAAACAAG-TATTCATTGACAAGAAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAACGTGTAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
* *
609 GTCCATTTAAAGTCACCTATTCCTTCAAAAAGCTTATTACACG
128 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCG
* * *
652 CTTTAAACGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTGTTAAAT
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA-
* * * * *
717 A-AGACTATAAGTGATTGTTTACCTTGAAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAG
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAG
* ** *
781 TCTATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCAAAATCCTTATTACCCG
129 TCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCG
* * *
823 CTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAC-TTTTTTCTTTAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAA
* * * *
886 AACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTGATTGAGAAGAAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
* * * * * *
951 GTCCATATATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCTTATTACTCA
128 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCG
* *
994 CTTTGAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAA
* * *
1057 AACATACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAACAAG-CATTCATTGAGAAGAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGTAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAA
* * *
1121 AGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGTTTATTACTCG
127 AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCG
* * * * **
1165 CTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTT-AATTTATTTGTATTTTTTGTTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * * * *
1229 ACAGATTATAATTGAATCTCCACATCTGAAAACGTGCAAAAAAAGCCACTCATTGAGAAGAAAAG
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAG
* ** *
1294 TCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAACCCTTATTACGCG
129 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCG
* * * * *
1336 CTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTCT-TTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAA
* * * * * * *
1400 ACAGACTATAATTGAAAGCCTACCTCAGGAAACTTGTAGAAAAAGCCTGTTCATTAAGAAGCAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGTGTAGAAAAAGCC-ATTCATTGAGAAGAAAA
1465 GTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCG
128 GTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCG
* * * * * *
1508 GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * *
1573 CATACTATAATT-AAT-TGCTTGCCTTGAGAAACATGCA-AAATAAGCTATTCATTGAGAAGAAA
66 CAGACTATAATTGAATGT-C-TACC-TCAAAAACGTGTAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAA
* *
1635 AGTCTATTTATAGTCACAC-ATT-CTTC-AAAAGCCTTATTACCCG
127 AGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCG
1678 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAA
* * *
1742 ACAGA-TAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTGATTGAGAAGAAAA
65 ACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
*
1806 GTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
128 GTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCG
* * * * *
1849 TTTTAAAT-AGTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTAGAA-ATTTTT-CATATTTTTGATTAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTG-TTAA
* * * * * *
1911 AACATAATATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAAGGTGTAGAAAAAGCCGTTCATTGAGAAGAAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-CAAAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
* * * *
1976 ATCCATTTTTAGTCACCTATTCTTTC-GAAAGCCTTATTACTCG
128 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCG
* * *
2019 GTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * *
2084 CAGACTAAAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACATGCAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGT
66 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGT
* * *
2149 TCATTTATAGCCA-CTCATTCCTTCAAAAATCTTATTAC-CTG
130 CCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTC-G
* * * * * * *
2190 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTGTTATACATTTTTCT-ATAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAA
* * * * * ** * *
2254 ACAGACTATAATTGAAAGCCTGCCTCAGGAAAGGTGTAGAAAAAGTAATTCATTGAGAGGAAAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAG
* * * * *
2319 TCAATTTTTAGTCACCCATTCTTTC-GAAAGCCTTATTACTC-
129 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCG
* * * * *
2360 TTATTAAATGATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTCTCT-TTAA
1 CT-TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTTGTTAA
* * * *** * * * *
2424 AACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCGAGAAACGCACAAAAAAAGTCATTGATTGAGAAAAAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAA
* * *
2489 GTCCATTTATAGCCA-CTCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
128 GTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCG
*
2532 TTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATT
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATT
Statistics
Matches: 1589, Mismatches: 254, Indels: 130
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 15 0.01
170 290 0.18
171 1097 0.69
172 177 0.11
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCG
Found at i:1110 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 481--2559 Score: 2277
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 342
471 NNNNNNNNNN
* * * **
481 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTCTTTAAAA
* * * ** * * * *
546 CATACTATTATTGAATGCCTACCTTGAGACACTTGAAGAAACAAG-TATTCATTGACAAGAAAAG
65 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAA-AAGCTATTCATTGAGAAGAAAAG
* * * * *
610 TCCATTTAAAGTCACCTATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACACGCTTTAAACGATTTTATAATCTC
129 TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * *
674 GTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-TGTTAAATA-AGACTATAAGTGATTGTTT
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAA-ACAGACTATAATTGAATGTCT
* * * * *
737 ACCTTGAA-AAACATGTAGAAAAAGCC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACAT
256 AAC-TCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
** *
800 TCCTTCAAAATCCTTATTACCCG
320 TCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
** *
823 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACTTTTTTCTTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTCTTTAAAA
* * *
888 CAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTGATTGAGAAGAAAAGT
65 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGT
* * * * *
953 CCATATATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCTTATTACTCACTTTGAAT-AGTTTTATAATCTCA
130 CCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
* ** *
1017 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTAAC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAAC
* * *
1082 TCAAGAAACGTGAAGAAACAAG-C-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCC
259 TCAAGAAACGTGTAGAAA-AAGCCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* *
1145 TTCAAAAAGTTTATTACTCG
323 TTCAAAAGGCTTATTACTCG
* * *
1165 CTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTT-AATTTATTTGTATTTTTT-GTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTT-TTT-TATTTTTTCTTTAA
* * * * * * * * *
1228 AACAGATTATAATTGAATCTCCACATC-TGAAAACGTGCAAAAAAAGCCACTCATTGAGAAGAAA
63 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAA
** * * * * *
1292 AGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAACCCTTATTACGCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCT
127 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
* * * * *
1357 TATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAAAGCCTA
192 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * *
1422 CCTCAGGAAACTTGTAGAAAAAGCCTGTTCATTAAGAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
257 ACTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
*
1487 CTTCAAAAGCCTTATTACTCG
322 CTTCAAAAGGCTTATTACTCG
* *
1508 GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTCTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTCT--TTAAA
* * ** * *
1572 ACATACTATAATT-AAT-TGCTTGCCTTGAGAAACATGCA-AAATAAGCTATTCATTGAGAAGAA
64 ACAGACTATAATTGAATGT-C-TACCTCAAGAAACGTGTAGAAA-AAGCTATTCATTGAGAAGAA
* * *
1634 AAGTCTATTTATAGTCACACATTC-TTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATAATC
126 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
1698 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTC
191 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTC
*
1762 TAACTCAAGAAACGTGTAGAAAAAG-CTATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
255 TAACTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
1826 TCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
320 TCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
* * * * * **
1849 TTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAG-TAGAAATTTTTCATATTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTAT-TTTTTCTTTAAA
* * * * * ** *
1912 ACATAATATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAAGGTGTAGAAAAAGCCGTTCATTGAGAAGAAAAA
64 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAG
* * * *
1977 TCCATTTTTAGTCACCTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATAATCTCA
129 TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * *
2042 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTT-TGTTAAAACAGACTAAAATTGATTGTCTAC
194 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA
* * * * *
2106 CTCAGGAAACATGCAGAAAAAG-CTATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTCATTCC
258 CTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
**
2170 TTCAAAAATCTTATTAC-CTG
323 TTCAAAAGGCTTATTACTC-G
* * * * * * * *
2190 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTGTTATACATTTTTCTATAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTCTTTAAAA
* * * * * * *
2255 CAGACTATAATTGAAAGCCTGCCTCAGGAAAGGTGTAGAAAAAG-TAATTCATTGAGAGGAAAAA
65 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCT-ATTCATTGAGAAGAAAAG
* * * * *
2319 TCAATTTTTAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTC-TTATTAAATGATTTTATAATCTT
129 TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGATTTTATAATCTC
* * * *
2383 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTCTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAA
193 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA
* *** * * * * * *
2448 CTCGAGAAACGCACAAAAAAAGTC-ATTGATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTTC
258 CTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
2512 TTCAAAAGGCTTATTACTCG
323 TTCAAAAGGCTTATTACTCG
* *
2532 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
Statistics
Matches: 1473, Mismatches: 223, Indels: 82
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 105 0.07
341 271 0.18
342 918 0.62
343 174 0.12
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTCTTTAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTC
AAGAAACGTGTAGAAAAAGCCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
AAAAGGCTTATTACTCG
Found at i:1663 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 482--2559 Score: 2310
Period size: 513 Copynumber: 4.1 Consensus size: 512
472 NNNNNNNNNC
* *
482 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * *
547 ATACTATTATTGAATGCCTACCTTGAGACACTTGAAGAAACAAG-TATTCATTGACAAGAAAAGT
66 ATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGT
* *
611 CCATTTAAAGTCACCTATTCCTTCAAAAAGCTTATTACACGCTTTAAACGATTTTATAATCTCGT
131 CCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAAGCTTATTAC-CGCTTTAAACGATTTTATAATCTCAT
* * * * **
676 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTACATTTTT-TGTTAAATA-AGACTATAAGTGATTGTTTA
194 AATTAATTTTAAGTTGAATTTA-TTTACATTTTTCT-TTAAA-ACAGACTATAATTGAATCTCCA
* * * *
738 CCT-TGAAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTC
256 CATCTG-AAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
* * * *
802 CTTCAAAATCCTTATTACCCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
320 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATT
*
867 TTTTTACT-TTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGTAGAAAAA
385 TTTTTA-TATTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAGGAAACGTGTAGAAAAA
* * * * * * * **
931 GCTATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCTTATTACTCAC
449 GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGG
* * * *
995 TTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* ** *
1060 ATACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGT
66 ATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGT
* * *
1124 CCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGTTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCAT
131 CCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAAGCTTATTAC-CGCTTTAAACGATTTTATAATCTCAT
** *
1189 AATTAATTTTAAGCTT-AATTTATTTGTATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATCTCCAC
194 AATTAATTTTAAG-TTGAATTTATTTACATTTTTCT-TTAAAACAGACTATAATTGAATCTCCAC
* * * *
1252 ATCTGAAAACGTGCAAAAAAAGCCACTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCT
257 ATCTGAAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* * * * *
1317 TCAAAACCCTTATTACGCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTT
322 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTT
* * * * *
1382 TTTATATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAAAGCCTACCTCAGGAAACTTGTAGAAAAAGCC
387 TTTATATTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAGGAAACGTGTAGAAAAAGCC
* * *
1447 TGTTCATTAAGAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGG
452 -ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGG
* *
1509 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCT-AGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAA
* * *
1573 CATACTATAATT-AAT-TGCTTGCCTTGAGAAACATGCA-AAATAAGCTATTCATTGAGAAGAAA
65 CATACTATAATTGAATGT-C-TACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCTATTCATTGAGAAGAAA
* *
1635 AGTCTATTTATAGTCACACATT-CTTC-AAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATAATC
128 AGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAAG-CTTATTA-CCGCTTTAAACGATTTTATAATC
* * *
1698 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTC
190 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTCTTTAAAACAGACT-ATAATTGAATCTC
* * * *
1762 TA-A-CTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCTATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
254 CACATCT-GA-AAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * *
1825 TTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGTTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTAGA
317 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGA
* * ** * * * *
1889 AATTTTTCATATTTTTGATTAAAACATA-ATATAATTGAATGTTTACCTCCA-GAAAGGTGTAGA
382 ATTTTTTTATATTTTTCTTTAAAACAGACA-ATAATTGAATGTCTAACT-CAGGAAACGTGTAGA
* * * * *
1952 AAAAGCCGTTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTTTAGTCAC-CTATTCTTTCGAAAGCCTTATTAC
445 AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
2016 TCGG
509 TCGG
* * * *
2020 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTG-TTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAA
* * * * *
2084 CAGACTAAAATTGATTGTCTACC-TCAGGAAACATGCAGAAA-AAGCTATTCATTGAGAAGAAAA
65 CATACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAACAAGCTATTCATTGAGAAGAAAA
* * * * * *
2147 GTTCATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAATCTTATTACCTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTC
129 GTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAAGCTTATTACC-GCTTTAAACGATTTTATAATCTC
* * * * *
2212 ATAATTAATTTTAGGTTGAATTGT-TATACATTTTTCTATAAAACAGACTATAATTGAAAGCCTG
192 ATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TATTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTG-AA-TCTC
* * * ** * * * * *
2276 C-C-TCAGGAAAGGTGTAGAAAAAGTAATTCATTGAGAGGAAAAATCAATTTTTAGTCACCCATT
254 CACATCTGAAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * * * * *
2339 CTTTCGAAAGCCTTATTACTC-TTATTAAAT-GATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGA
319 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGA
** * *** *
2402 ATTTTTTTGCATTTCTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTC-GAGAAACGCACAAAA
382 ATTTTTTTATATTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAG-GAAACGTGTAGAA
* * * * * *
2466 AAAGTCATTGATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTC
446 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
2531 GT
511 GG
*
2533 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
Statistics
Matches: 1329, Mismatches: 191, Indels: 90
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 176 0.13
512 256 0.19
513 715 0.54
514 179 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
ATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAA
TTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCCACATCT
GAAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTA
TATTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTC
ATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGG
Done.