Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401552.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4676.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 796
Length: 1327
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Found at i:297 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1327 Score: 1045
Period size: 174 Copynumber: 7.8 Consensus size: 168
* * * * * *
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATAT
1 TTATTACTCAC-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * **
66 TTCATTAAAA-AGGACTATAATTGAGTG-CTTTCCTTGAGAAACGCGTATA-AAAATCCATTCAT
65 TTCATTAAAACA-GACTATAATTGAATGTC-TACC-TGAGAAA--CGTAAAGAAAAGGCATTCAT
*
128 TGAGAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCC
125 TGAGAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
172 TTATTACTCACTTAAATGGTTTTATACTTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
1 TTATTACTCACTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * * **
237 TGGTTAGACCAGACTATAATTAAATGTCTACACTGAGAAACGTAAAGAAAATTACATTCATTG-G
66 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTGAGAAACGTAAAGAAAA-GGCATTCATTGAG
* ** * * * *
301 TAAAAAAAGTTTATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGAC
129 -AAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
** *
342 TTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATTTA
1 TTATTACTC-ACTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAA---TTTT-TTTA
* * * **
406 CA-TTTTGATTAAAACTA-ACTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAATATGAGAA-AAAAGGCAT
60 CATTTTTCATTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTAC-CTGAGAAACGT-A-AAGAAAAGGCAT
* * * *
468 TCATTGATAA-AAGAAGTCTATTTATAA-TCACCCACTCCTTTAAAAGCC
121 TCATTGAGAAGAA-AAGTCCATTTA-AAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
516 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTCTTTTCACA
1 TTATTACTCAC-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTT-ACA
** * * * *
581 TTTTTTGTTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAACAAAAGGGCATTCA
62 TTTTTCATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACGTAAAGAAAA-GGCATTCA
* * *
645 CT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
124 TTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
690 TTGTTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTATTTTTACAT
1 TTATTACTCAC-TTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT
* * * *
753 TTTTCATT-CAA-A-A--A-AA-T-AA--T-TACCTTATGAAACGTGAAGAAGAGGCATTCATTG
63 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGA-GAAACGTAAAGAAAAGGCATTCATTG
*
807 ACAAGAAAAGTCCATTTATAA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCC
127 AGAAGAAAAGTCCATTTA-AAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
849 TTATTACTCAATTTAAATTA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTGGAATGTTTTTATATT
1 TTATTACTC-ACTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * *
913 TTTCATTAAAACAGACTATAACTGAATGTGTTCATTAAGAAACGTATAG-AAAGGCATTCATTTG
64 TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTGAGAAACGTAAAGAAAAGGCATTCA-TTG
* ** * **
977 -CAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCC
127 AGAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
1018 TTGTTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTG-ATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCAC-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATT
* ** * * * * * *
1081 TTT-AGCTGGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGTACA-AAAAGCCATTCCT
64 TTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAAC--GTAAAGAAAAGGCATTCAT
* ** *
1144 TGAGAAGAAAAGTCCATTTATAA-TCACTCATTTTTTCAAAAGTC
125 TGAGAAGAAAAGTCCATTTA-AAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
*
1188 TTATTAGTCACTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CTATT
1 TTATTACTCACT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATT
* * *
1252 TTTCATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAGAA-AAAAGGCATTCATT
64 TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACGT-A-AAGAAAAGGCATTCATT
1316 G-GCAAGAAAAGT
126 GAG-AAGAAAAGT
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 145, Indels: 142
0.77 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 103 0.11
160 24 0.03
161 2 0.00
162 1 0.00
163 2 0.00
164 2 0.00
165 4 0.00
166 2 0.00
167 3 0.00
168 53 0.06
169 94 0.10
170 231 0.25
171 129 0.14
172 16 0.02
173 17 0.02
174 238 0.25
175 17 0.02
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTATTACTCACTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAACGTAAAGAAAAGGCATTCATTGAGAA
GAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
Found at i:1237 original size:498 final size:500
Alignment explanation
Indices: 1--1264 Score: 1284
Period size: 498 Copynumber: 2.5 Consensus size: 500
* * *
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTA-AGTTAAATTGTTTTACATA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TT-AATTTTTTTACATT
* * * * * * *
65 TTT-CATTAAAA-AGGACTATAATTGAGTG-CTTTCCTTGAGAAACGCGTATAAAAATCCATTCA
64 TTTGC--TAAAACA-GATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGTACAAAAAGCCATTCC
*
127 TTGAGAAGAAAAGTCCATTTA-AAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAATGG
125 TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAA-TCACC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAT-G
* * * **
191 TTTTATACTTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGACCAGACTATAA
187 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTA-A--A-A--A-AA
* ** ** *
256 TTAAATGTCTACACTGAGAAACGTAAAGAAAATTACATTCATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATAG
245 TTAAA-GTCTACACTGAGAAACGTAAAGAAAATGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAA
* **
321 CCACCCATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTT
309 CCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTT
* * * * * *
386 AAGTTCAATTTTTTTATTTACATTTTGATTAAAACTAACTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAA
374 AAGTGCAATGTTTTTA-TTACATTTTCATTAAAACTAACTATAACTGAATGTTTACATTAAGAAA
*
451 TATGAGAAAAAAGGCATTCATTGATAAAAGAAGTCTATTTATAATCACCCACTCCTTTAAAAGCC
438 TATGAG--AAAAGGCATTCATTGATAAAAGAAGTCTATTTATAATCACCCACTCCTTCAAAAGCC
* * *
516 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTCTTTTCACA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTAA-TTT-TTTT-ACA
* * * * *
581 TTTTTTGTTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAACAAAAGGGCATTCA
62 -TTTTTGCTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTACAAAAAGCCATTC-
* * *
645 C-T-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAT
124 CTTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAATCA-CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAAT
*
708 GATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTATTTTTACATTTTTCATTCAAAAAAA-T-
186 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCATT-AAAAAAATTA
* * * * * *
770 AA-T-TAC-CTTATGAAACGTGAAGAAGA-GGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCA
248 AAGTCTACACTGA-GAAACGTAAAGAAAATGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAACCA
* *
831 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATTA-TTTTATAATCTTATAA-TTGATTTTA
312 CCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCAATTTAAA-TAGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTA
* *
894 AGTGGAATGTTTTTA-TA-TTTTTCATTAAAAC-AGACTATAACTGAATGTGTT-CATTAAGAAA
375 AGTGCAATGTTTTTATTACATTTTCATTAAAACTA-ACTATAACTGAATGT-TTACATTAAGAAA
* * * ** *
955 CGTAT-AG-AAAGGCATTCATTTGCA-AGAA-AAGTTTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAG
438 --TATGAGAAAAGGCATTCA-TTG-ATAAAAGAAGTCTATTTATAATCACCCACTCCTTCAAAAG
1016 CC
499 CC
* * * *
1018 TTGTTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGATTTTTTTACATTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAATTTTTTTACATTTT
** * *
1083 TAGCTGGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGTACAAAAAGCCATTCCTTGAG
66 T-GCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTACAAAAAGCCATTCCTTGAG
* * *
1148 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTTTTTCAAAAGTCTTATTAGTCACTGTAAATAGTTTTA
130 AAGAAAAGTCCATTTATAATCAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TAAAT-GTTTTA
1213 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CTATTTTTCATTAAAAAA
192 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTCATTAAAAAA
1265 GACTATAATT
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 83, Indels: 90
0.78 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
497 15 0.02
498 142 0.23
499 11 0.02
500 3 0.00
501 5 0.01
502 79 0.13
503 7 0.01
504 35 0.06
505 6 0.01
506 3 0.00
507 93 0.15
508 20 0.03
509 1 0.00
511 2 0.00
512 1 0.00
513 2 0.00
514 1 0.00
515 43 0.07
516 6 0.01
517 8 0.01
518 90 0.14
519 56 0.09
520 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (500 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAATTTTTTTACATTTT
TGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTACAAAAAGCCATTCCTTGAGA
AGAAAAGTCCATTTATAATCACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAATGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAATTAAAGTCTACACTGA
GAAACGTAAAGAAAATGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAACCACCCATTCCTTCAAA
AGACTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTGCAATGTTTTTAT
TACATTTTCATTAAAACTAACTATAACTGAATGTTTACATTAAGAAATATGAGAAAAGGCATTCA
TTGATAAAAGAAGTCTATTTATAATCACCCACTCCTTCAAAAGCC
Done.