Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401576.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_47.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 16966 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:305 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2031 Score: 1803
Period size: 170 Copynumber: 11.9 Consensus size: 170
* * * * *
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * * **
66 GCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAACCCTTGTTACTTACT
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
131 TTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * *
172 GTTTTCACATTTTTAGTTAAAACATATTTTAATTGAATGTTTGCCTCTATAAACGAGAA-AAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * *
236 G-GATTTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
65 GCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
300 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * ** * * * * *
342 TTTTTTATATTTTTAGTTCAATTAGATTATAATTGATTATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * *
407 GCCATTTATTGACTAA-AAAAG-CTCATTTATAGTCACCCATACCTCCGAAAGCCTTATTAATTG
65 GCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
470 CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * *
513 TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACA-AGCTATAATTGAATTTTTG--TCAGGAAAAGGGCAAAGAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACGTG--AAGAA
* * *
574 AAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGGCACATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACT
62 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
638 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTCATTTTAAGTTAAAT
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * *
683 TGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATAGAATGTTAAT-CTTTTGAAATGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT--TGCCTTAGAAACGTGAAGAAAA
* * *** * * * *
747 AGCCATTTATTGGCGAGAAAACAACATTTGTAGTTACCCATTCCTT-ACAAAGCGTTAGTACTCG
64 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCG
* *
811 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGTTAAA-
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * *
853 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACGTGAAGAAAAA
* * * * * *
918 GTCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTAACCCATGT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
982 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCTTAATTGA-TTTAAGTTAAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
** * * * ** * * * *
1023 TGCTTTACATTTTTGGCTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * *
1088 GTCATTCATAGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCT
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
1153 TTAAATGATTTTATAATCCCATAATTCATTTTAAGTTAAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * **
1194 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TATACTTGAATGTTTGTCTTCAAAAATATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * ** * * * *
1258 GTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGAAGCCTT-GAAACCCTTATTCCTCACT
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
*** * * ** *
1322 TTAAAAAATTTTTTAATCTCGTAATTGATTGCAAGTTGAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * * * * * * * *
1363 GTTATCACATATTTGGTTAAAATATATTAGAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGAAACGTGAAGAAAAA
*** * * * * * **
1428 GCTGCTCATTAGCAAGAAACGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCT
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
1493 TTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAATT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAAT
* * * *
1535 TTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACA-AGGTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGTGAAGCAA
1 TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * *
1598 AAGTCGTTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
63 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
1663 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * *
1706 TTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTTTGTCTTAAAATATGTGAAGAAA
1 TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAA-ACGTGAAGAAA
* * ** *
1769 AAACCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATACATTCCTTCAAAAGTCTTA-TA----
63 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
1829 -ATTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * *
1871 TTTTTTAGC-TTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTGAAGACAA
1 TTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACGTGAAGA-AA
* * * * * * ** * * *
1935 AAGTCATTCATTGACTATAAGAGTCTATTTATAGTCACTTATACTTTCAAAAGCCTTATTACTTG
63 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
2000 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
2032 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1512, Mismatches: 301, Indels: 93
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 5 0.00
165 78 0.05
166 49 0.03
167 3 0.00
168 7 0.00
169 91 0.06
170 650 0.43
171 447 0.30
172 170 0.11
173 11 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAACGTGAAGAAAAAG
CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
Found at i:635 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--2027 Score: 1634
Period size: 341 Copynumber: 6.0 Consensus size: 339
* * * * * * * * *
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
66 GCCATTCATTTG-CAAGAAAAG-TCTACTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAACCCTTGTTACTTA
66 GCCATTCA-TTGACAA-AAAAGCTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
* * * * *
129 CTTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTAGTTAAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * *
194 CATA-TTTTAATTGAATGTTTGCCTCTATAAACGAGAA-AAAAAG-GATTTCATTGGCAAAAAAA
194 CA-AGTTATAATTGAATGTTTG--TC-AGAAAAGTGAAGAAAAAGTCA-TTCATTGGCAAAAAAA
*
256 GTCCATTTATAGTCACCCA-TACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
*
320 CATAATTCATTTTAAGTTGAAT
318 CATAATTCATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * *
342 TTTTTTATATTTTTAGTTCAATTAGATTATAATTGATTATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
407 GCCATTTATTGACTAAAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCATACCTCCGAAAGCCTTATTAATTGC
66 GCCATTCATTGAC-AAAAAAGCTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC
*
471 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAAC
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * *
535 AAGCTATAATTGAATTTTTGTCAGGAAAAGGGCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAAAAAGGC
195 AAGTTATAATTGAATGTTTGTCA-GAAAAGTG--AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTC
* *
599 ACATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
257 -CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
664 AGTTCATTTTAAGTTAAAT
321 AATTCATTTTAAGTTAAAT
* * * * * ** **
683 TGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATAGAATGT-TAATCTTTTGAAATGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * *
747 AGCCATTTATTGGCGAGAAAA-CAAC-ATTTGTAGTTACCCATTCCTT-ACAAAGCGTTAGTACT
65 AGCCATTCATTGAC-AAAAAAGC-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACT
* * * *
809 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTC-ATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTA
127 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
** * * * *
872 AAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAA
191 AAACAAG-TTATAATTGAATGT-T-TGTCAGAAAA-GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAA
* * ** *
936 AAGCCCATTTATAGTAACCCATGT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAT
252 AAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
1000 CTCTTAATTGA-TTTAAGTTAAAT
316 CTCATAATTCATTTTAAGTTAAAT
** * * * * **
1023 TGCTTTACATTTTTGGCTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
1088 GTCATTCATAGGCAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCG
66 GCCATTCATTGACAA-AAAAGCTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-G
* * *
1151 CTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTC-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
1215 AC-AGATATACTTGAATGTTTGTCTTCA-AAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAA
193 ACAAGTTATAATTGAATGTTTG---TCAGAAAA-GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAA
* * ** * * * * *** *
1278 GTCTATTTATAGTCACCGAAGCC-TTGAAACCCTTATTCCTCACTTTAAAAAATTTTTTAATCTC
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** *
1342 GTAATTGATTGCAAGTTGAAT
319 ATAATTCATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * * * * *
1363 GTTATCACATATTTGGTTAAAATATATTAGAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
*** * * * ** *
1428 GCTGCTCATT-AGCAAGAAA-CGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCG
66 GCCATTCATTGA-CAAAAAAGC-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
* * * * * *
1491 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTTA-TTAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAA
* * * * *
1555 AACAAGGTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGTGAAGCAAAAGTCGTTCATTGGCAAAAAAA
192 AACAAGTTATAATTGAATGTTTG--TCAGAAAA-GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAA
* * * * * *
1620 GTCTATTTATAGTAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
254 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
1685 ATAATTAATTTTAAGTTAAAT
319 ATAATTCATTTTAAGTTAAAT
* * * ** **
1706 TTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTTTGTCTTAA-AATATGTGAAGAA
1 TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA-ACATGAAGAA
* * * * ** * *
1768 AAAACCATTCATAGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCATACATTCCTTCAAAAGTCTTA-TAAT
63 AAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGCTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
1831 TG-----AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTTAGC-TTTTTGGTT
127 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA-CATTTTTAGTT
* * * * *
1889 AAAAC-AGTTTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTGAAGACAAAAGTCATTCATTGACTAT
190 AAAACAAG-TTATAATTGAATGTTTGTC--A-GAAAAGTGAAGA-AAAAGTCATTCATTGGCAAA
* * ** * *
1953 AAGAGTCTATTTATAGTCACTTA-TACTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
250 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
2017 ATCTCATAATT
314 ATCTCATAATT
2028 GATTNNNNNN
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 268, Indels: 120
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 7 0.01
336 44 0.03
337 112 0.08
338 7 0.01
339 49 0.04
340 390 0.29
341 510 0.38
342 103 0.08
343 130 0.10
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGACAAAAAAGCTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
AGTTATAATTGAATGTTTGTCAGAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTC
ATTTTAAGTTAAAT
Found at i:3219 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2818--4282 Score: 739
Period size: 170 Copynumber: 8.5 Consensus size: 169
2808 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2818 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTCACAA-TAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAG
* * * * * *
2882 ATTATAATTAAATTTCTACCATCAGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTCATAAAAAGTCTATT
66 ACTATAATTAAATGTATACCATCAAAAACATGAAGAACAAGACATTCATGCATAAAAAGTCTATT
*
2947 TATAGTCCCCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
131 TATAGTCCCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
2986 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTATA-TTGAATATTTTTACATGTTCGGCTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * *
3050 AG-CTATAATTGAATGTATGCCTTGAAAAACATGAAGGAA-AAGACATTCATAGGCA-AAAAAGT
64 AGACTATAATTAAATGTATACCATCAAAAACATGAA-GAACAAGACATTCAT--GCATAAAAAGT
* * ** * *
3112 CTATTTATAGTCGCGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGGTT
126 CTATTTATAGTCCCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
3156 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTCACCTTTTTGGTTAAAAC--
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAA
** ** * ** * * * *
3219 -AC-ATTTTTCTCATGTTTGTC-TGAGGAAACATG-AGAAAAATGTCATTCATTG-ACTAGAAAA
65 GACTATAATT-AAATGTATACCATCA-AAAACATGAAGAACAA-GACATTCA-TGCA-TA-AAAA
* * * * * * *
3279 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTCATAGTCACCCATTCTTT
124 GTCTATTTATAGTCCCCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TA-TTACTC--GC-TT
* * * * *
3331 TAAAAGG-CTTACTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGTTAAATGTT
1 TAAATGGTTTTA-TAAT--C-TC--ATA-ATTGAT--T-T--TAA--G---TT--G---AAT-TT
* * * * * * * * * * * *
3395 TTCATATTTTTTGTCAAAAC-ATATTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAGAAGT
43 TTTACATTTTTGGTTAAAACAAGACTATAATTAAATGTATACCATCAAAAACATGAAGAACAAGA
* * * * *
3459 CATTCATTG-ACTAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
108 CATTCA-TGCA-T-AAAAAGTCTATTTATAGTCCCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
3523 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAA
* * ** * * ** *
3588 -AC-ATAATTGAATGTCTGTC-TCAAAAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCA-AGGAAAGT
65 GACTATAATTAAATGTATACCATC-AAAAACATGAAGAACAAGACATTCA-T-GCATA-AAAAGT
* * *** * * **
3649 TTATTTATAGTCACCCGTTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTTCTT
126 CTATTTATAGTCCCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** * * * *
3693 TAAATAGTTTTATAATCTTGTAATTGATATTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTGGTTATAAC-A
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
* * * * * * ** * *
3757 TATTAGAATT-AATGTTTGCC-TCAGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGT
65 GACTATAATTAAATGTATACCATCA-AAAACATGAAGAACAAGACATTCA-TG-CATA-AAAAGT
* * * *
3819 CTATTTATAG-CCACTAATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTT
126 CTATTTATAGTCCCCCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
3863 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-A
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
* * * * ** * **
3927 TA-TATAATTGAATATCTGTC-TCGAAAAACATGAAGTAA-AAGCCATTCATTGGCACGAAAAGT
65 GACTATAATTAAATGTATACCATC-AAAAACATGAAG-AACAAGACATTCA-T-GCATAAAAAGT
* ** * * *
3989 CTATTTATAG-CCACCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTGGTTT
126 CTATTTATAGTCC-CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
4033 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-TA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
* * * * **
4097 GATTATAATTGAATGTCTACC-TCTAAAAACATGAAGAACAAGCCATTCACTG-ACTAGAAAAAC
65 GACTATAATTAAATGTATACCATC-AAAAACATGAAGAACAAGACATTCA-TGCA-TA-AAAAGT
* ** * * *
4160 CCATTTATAGTAACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTT
126 CTATTTATAGTCCCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
4204 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAAC-A
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
*
4268 GA-TATAATTGAATGT
65 GACTATAATTAAATGT
4283 CTGTCTTGAA
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 181, Indels: 158
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 11 0.01
168 59 0.06
169 103 0.10
170 503 0.49
171 180 0.17
172 5 0.00
174 4 0.00
175 11 0.01
176 1 0.00
177 1 0.00
178 2 0.00
179 1 0.00
180 3 0.00
181 7 0.01
183 2 0.00
184 2 0.00
186 7 0.01
187 3 0.00
188 1 0.00
189 2 0.00
190 1 0.00
191 2 0.00
192 11 0.01
193 5 0.00
195 4 0.00
196 21 0.02
197 2 0.00
198 65 0.06
199 13 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAG
ACTATAATTAAATGTATACCATCAAAAACATGAAGAACAAGACATTCATGCATAAAAAGTCTATT
TATAGTCCCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
Found at i:3882 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3353--4307 Score: 1171
Period size: 340 Copynumber: 2.8 Consensus size: 339
3343 TACTCACTTC
* * * * *
3353 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGTTAAATGTTTTCATATTTTTTGTCAAAACATA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATA
* *
3418 TTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAGAAGTCATTCATTGACTAA-AAAAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCA
* *
3482 TTTATGGTCACCCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
129 TTTATAGTCA-CCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
3546 TTGATTTTAAGCTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACATAATTGAATGTCTGTCTCAA
193 TTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAAATATAATTGAATGTCTGTCTCGA
* ** * * * * *
3611 AAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGGAAAGTTTATTTATAGTCACCCGTTCCTTCGAA
257 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAA
* *
3676 AGCCTTATTGCT-TTCTTT
322 AGCCTTATTACTGGT-TTT
** * * * * *
3694 AAATAGTTTTATAATCTTGTAATTGATATTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTGGTTATAACATA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATA
* * * ** *
3759 TTAGAATT-AATGTTTGCCTCAGGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
3823 TTATAGCCACTAATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATT
130 TTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
3888 GATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATATAATTGAATATCTGTCTCGAAA
195 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATATAATTGAATGTCTGTCTCGAAA
* * *
3953 AACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGCACGAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAG
259 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAG
*
4018 CTTTATTACTGGTTTT
324 CCTTATTACTGGTTTT
* * * * *
4034 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATA
* * * * **
4099 TTATAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACATGAAGAACAAGCCATTCACTGACTAGAAAAACCCAT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * *
4164 TTATAGTAACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
130 TTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
4229 CATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTGTCTTGAAA
195 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATATAATTGAATGTCTGTCTCGAAA
4294 AACATGAAGAAAAA
259 AACATGAAGAAAAA
4308 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 91, Indels: 16
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.02
340 275 0.53
341 229 0.44
342 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATA
TTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATATAATTGAATGTCTGTCTCGAAAAA
CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTGGTTTT
Found at i:5066 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4435--5802 Score: 832
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
4425 TTTTTTATGT
* * * *
4435 TTTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTGAAAATGTTTTCCTTGA-AAAAAGTGAAGAAATAG-CTATT
1 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTG--AATG-TTTCCTTTAGAAACA-TGAAGAAAAAGTC-ATT
* * * *
4497 CA-AGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCTTAAGCCTTATTACTCGTTTTGA
61 CATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-GAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * **
4560 ATAGTTTTATAATCTCATCATTGACTTTAAGTTGAATATTTTTATATT
124 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-TACA
* * * * * * * * *
4608 TTTTA-CTAAAATATATTATAATTAAAT-TCCTGCTTCAGGAGACGA-GATGCAAAAG-CTATCC
1 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTCCTTTA-GAAAC-ATGAAGAAAAAGTC-ATTC
** * * * ** *
4669 ATTAACAAGAAAAGTCCATTTCTTGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
62 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
**********
4734 GTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA
**
4778 TTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTAAT-CTCAAGAAACATGATAGAAAAA-TCATT
1 --TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTT--TCCTTTAGAAACATGA-AGAAAAAGTCATT
* * ** * * * *
4840 TATAGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGACACCTATACC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
61 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-GAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
4904 TGGTTTCACAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA
125 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
4949 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAATA-TAATTTAT
1 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CCTTTAGAAACATGAAGAAAA-AGTCATTCAT
* *
5013 TGGCAAGAAGAA-TCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG
64 TGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
********** * *
5077 TNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTCACA
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * ** * * * * *
5119 TTTTTGGTCAAAATAGCTTATAATT-AAGTGTTTACTTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA
1 -TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA-TGTTTCCTTTAG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCA
* * * *
5183 TTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGG
63 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
5248 TTTTATAATCTCA-ATATTGATTTCAAGTTGAGTTTTTTTACA
128 TTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
5290 TTTTTAGTTAAAATATATTAAAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AGAAAAAAGCCATTCA
1 -TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTCCTTTAGAAACATGAAG-AAAAAGTCATTCA
* * * * * * *
5354 TTGACAAAAAAAGGCCATTTGTAGTCACCCATGGCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
63 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * ** **
5419 CTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATTT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CA
* * * * * * * * *
5462 TTTTGGTTAAAAAAGATTATATTTGAACGTTTTCTTTGGAAAATATTAAGAAAAAG-CTATTCA-
1 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCCTTTAG-AAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCAT
* ** * * * *
5525 AGTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGG
64 TG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
**************
5590 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNNNNN
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
********* * * * * * * * *
5632 NNNNNNNNNAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATT
1 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCCTT-TAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT
* * ** * * * *
5697 GGCGAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTTATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATAGTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
5762 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
5802 T
1 T
5803 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 253, Indels: 85
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 12 0.01
170 257 0.29
171 478 0.53
172 133 0.15
173 19 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
Found at i:5269 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4502--5617 Score: 840
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 172
4492 CTATTCAAGT
* * * *
4502 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCTTAAGCCTTATTACTCGTTTTGAATAGTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * ***
4566 TTATAATCTCATCATTGACTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * * * * * *
4631 -AAAT-TCCTGCTTCAGGAGACGA-GATGCAAAAGCTATCCATTA
130 GAAGTGT-TTACTTCAGAAAAC-ATAAAGAAAAAGCCATTCATTA
* * * * * *
4673 ACAAGAAAAGTCCATTTCTTGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
********** **
4738 TATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATT
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * *
4803 GAA-TG-TTAATCTCA-AGAAACATGATAGAAAAA-TCATTTA-TA
130 GAAGTGTTTACT-TCAGA-AAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTA
** * * *
4844 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGACACCTATACC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
1 -GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
4908 TTCACAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA-TTTTAGTTAAAACATATTATAAT
64 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * * ** * *
4972 TG-AGTGTTTGCCTTTAG-AAACATGAAGAAAATA-TAATTTATTG
129 TGAAGTGTTT-ACTTCAGAAAACATAAAGAAAA-AGCCATTCATTA
* * * *
5015 GCAAGAAGAA-TCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTN
1 GCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
********* * * * **
5079 NNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTCACATTTTTGGTCAAAATAGCTTATAATT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
*
5144 -AAGTGTTTACTTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTA
130 GAAGTGTTTACTTCAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTA
* * * *
5186 GCAAGAAATGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
5251 TATAATCTCA-ATATTGATTTCAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTAAAATT
66 TATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * *
5315 CAA-TGTCTACCTTGAG-AAACAT-GAGAAAAAAGCCATTCATT-
130 GAAGTGTTTA-CTTCAGAAAACATAAAG-AAAAAGCCATTCATTA
* * * * ** * *
5356 GACAAAAAAAGGCCATTTGTAGTCACCCATGGCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCT
1 G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* ** ** * * *
5421 TTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAAAAGATTATATTT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
** * * * *
5486 GAACGT-TTT-CTTTGGAAAATATTAAGAAAAAGCTATTCAAGTA
130 GAA-GTGTTTACTTCAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTC-ATTA
* * * *
5529 -TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
5593 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
5618 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 174, Indels: 70
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 127 0.17
171 465 0.63
172 129 0.18
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
AAGTGTTTACTTCAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTA
Found at i:5607 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 4425--5617 Score: 1142
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 512
4415 AATTGTCTAA
* * * *
4425 TTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGATTATATTGAAAATGTTTTCCTTGAAAAAAGTGAAGAAAT
1 TTTTTTATCTTTTTAGTTAAAAAAGATTATATTG--AATGTTTTCTTTGAAAAAA-TGAAGAAAA
** *
4490 AGCTATTCAAGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTTAAGCCTTATTACTCGT
63 AGCTATTCAAGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
4555 TTTGAATAGTTTTATAATCTCATCATTGACTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTACTAAAAT
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCACATTTTTTACTAAAAT
* * * * * * *
4620 ATATTATAATTAAATTCCTGCTTCAGGAGACGAGATGCAAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTC
193 AGATTATAATTAAATTCCTACTTCAGAAAACGAGAAGAAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTC
* * * * *****
4685 CATTTCTTGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNN
258 CATTTATAGCCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAT
***** * * * * *
4750 NNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTAATCT
323 ATTGATTTCAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTCAATGTTAACCT
* * * *** * * *
4815 CAAGAAACATGATAGAAAAATCATTTATAGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGACACCTATACCTTC
388 CAAGAAACATGAGAGAAAAACCATTCATAGACAAAAAAAGGCCATTTATAGACACCCATACCTTC
* **
4880 TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAAT
453 TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCACAATCGCATAAGTGATTTTAAGTCAAAT
* * * * * * *
4940 ATTTTTA-CATTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCCTTT-AGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTATCTTTTTAGTTAAAAAAGATTAT-ATTGAATGTTT-TCTTTGA-AAAAATGAAGAAAA
* * * * * *
5003 TA--TAATT-TATTGGCAAGAAGAA-TCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCTTTATTAC
63 -AGCT-ATTCAAGT-GCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
**********
5064 TCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTCTTCACATTTTTGGT-
124 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT-TTCACATTTTT--TA
* * * * *
5127 C-AAAATAGCTTATAATTAAGTGT-TTACTTCAGAAAACGTA-AAGAAAAAGCCATTCATTAGCA
186 CTAAAATAGATTATAATTAAAT-TCCTACTTCAGAAAACG-AGAAGAAAAAGCCATCCATTAACA
* * **
5189 AGAAATGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAT
249 AGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAT
5254 AATCTCAATATTGATTTCAAGTTG-AGTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTAAAATTCA
314 AATCTCAATATTGATTTCAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTAAAATTCA
** * * *
5317 ATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAGA-AAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGGCCATTTGTAGTC
378 ATGT-TAACCTCAAGAAACATGAGAGAAAAA-CCATTCATAGACAAAAAAAGGCCATTTATAGAC
** * * * *
5380 ACCCATGGCTT-TGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTT-ATAATCGCATAATTGATTTT
441 ACCCATACCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTCACAATCGCATAAGTGATTTT
5443 AAGTCAAAT
504 AAGTCAAAT
* * * * *
5452 TTTTTTATTTTTTTGGTTAAAAAAGATTATATTTGAACGTTTTCTTTGGAAAATATTAAGAAAAA
1 TTTTTTATCTTTTTAGTTAAAAAAGATTATA-TTGAATGTTTTCTTT-GAAAAAATGAAGAAAAA
** * *
5517 GCTATTCAAGTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCC
64 GCTATTCAAGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCT
5582 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
5618 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 123, Indels: 52
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 12 0.02
512 145 0.27
513 327 0.62
514 35 0.07
515 11 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
TTTTTTATCTTTTTAGTTAAAAAAGATTATATTGAATGTTTTCTTTGAAAAAATGAAGAAAAAGC
TATTCAAGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCACATTTTTTACTAAAATAGA
TTATAATTAAATTCCTACTTCAGAAAACGAGAAGAAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGCCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAATATT
GATTTCAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTCAATGTTAACCTCAA
GAAACATGAGAGAAAAACCATTCATAGACAAAAAAAGGCCATTTATAGACACCCATACCTTCTAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCACAATCGCATAAGTGATTTTAAGTCAAAT
Found at i:6833 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6185--10247 Score: 3122
Period size: 171 Copynumber: 23.9 Consensus size: 170
6175 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * **
6185 TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACATTTAG
1 TGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAG
* *
6250 AAAAAGCCATTCATTGAG-AA-AAAGAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATT
65 AAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
6313 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGT
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
6356 TGAATTTTTTT-TATATTTTAGCTTAAAACAGATTA-ATATTCAGTGTGTACCTCAAGAAATATA
1 TGAATTTTTTTACAT-TTTTAG--TAAAACAGATTATA-ATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
* * * * ***
6419 AAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTTGTCACCCATGTCTTTTGGAAGCCTTA
62 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTA
* * *
6484 TTACTTGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAG-
126 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** * * * *
6528 TCAATTTTTTTATATTATTCTTAAAACAGA-TATATTTGAATGTCTACCTTA-GAAACAAG-AGC
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAG-
* * * * * ** *
6590 AAAAAGCTATTCGAGT-GTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCCGAAGCCTTAGTA
65 AAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
6654 CTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * * *
6696 AAAATTGTTTTA-AATTTTAGTAAGAACAAATTATAACT-AAGTGTTTGTCTTAGGGAACGTGAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTAA-AACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAGGAAACATGAA
* * * *
6759 GAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTA
64 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
6824 CTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATTATTGAGTTTT-AGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGT
* * * * * ** * *
6866 TGAATTTTTTGACATTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTATCTTCA-AAAAGATGAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTT-AGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAA
* * * * * *
6930 GAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATGTCTTCTAAAGCCTTATTA
64 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
6995 TTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
7037 TAAATGTTTTTGCATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAGACATGATG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAG
* * * * *
7102 CAAAAGTCATCCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAG-CTCTATT
65 AAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT-TATT
** * *
7165 ACTTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGT
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*** * ** * * *
7208 TTTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATACTTTATAATTGAATGTTT-TCTTCAGAAAACATGAT
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAA
* * * * * *
7272 GCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCCTATTA
64 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
7337 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
7379 TG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAGGAAACATGAT
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAA
* * * * * ** *
7442 GCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCGTTTTAAAGCCATATTA
64 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
7507 CTCGTTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * * * *
7549 AGAATTCTTTTATGTTTTTGGTTAAATATATTTTAATTGAATGTTTG-CTTCAGGAAACATGATG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAG
* * * * * * * *
7613 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATCGCCACCCAAGCTTTTAAAAGCCTCATTAC
65 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
7678 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGT
130 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * ** * ** *
7719 TGAATCATTTTACATTTTTTGGAAAAACA-AGTTATAATTGACTATTTATCGTAACAAACATGGA
1 TGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAA
** * * ** *
7783 GAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATATCTTCCAAAGCCTTATTA
64 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * ** *
7848 CTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATTTTTTTATTTTAAGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
7891 TGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGATTAAAATTCAATATCTACCTT-GCGAAACATGAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAA
* * * * * * * * * **
7955 GAAAAA-TC--T-ATT----TG--TAGT-CACTCATGGCTCTA--GAAG-CTTTATTA--CTTAC
64 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA-
* * * * * * * * * * * **
8004 TTTAAATGGTTTTGTAA---TCTCATAAT-TAAT-TTTCA-GTCAAAC
126 -TT-ACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
8046 TG--TTTTTTATA-TTTTTTAGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAT-AA
1 TGAATTTTTT-TACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAA
* * * * **
8107 TGAAAAAGCCATTGA-AGTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTATTAT
64 -GAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
8171 TACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCACAATTGATTTTAAGT
127 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
8215 TAAATTGTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTATATTTGAGTGGTTGTCC-TAAGAAACATGAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTA-GTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTTAGGAAACATGAA
* * * * *
8279 -AAAAA-CATGATTCATAGGCAAGAAACA-TCCATTTACAGTCATCGATGCCTTTC-AAAGCCTT
64 GAAAAAGC--CATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTT
* * * *
8340 CTTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGT
125 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
8386 TGAA-TTTTTTACATTTTTAATCAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCCATGGGAAACATGAAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGT-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAG
* * * *
8450 AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACTATCTAAAGCTTTATTA
65 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTA
*
8514 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
8556 TAAATATTTTTACATTTTTTGTCAAAACAGATTGTAATTGAGTGTTTGCCCT-GGGAACTATGAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGT-AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAAC-ATGAA
* * * * * * * **
8620 GAAAAGGCTATTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCGATGCCTTCTAAAGTTTTATTA
64 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
8685 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTGAATT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
8727 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTAG-CTTAGGAAACATGAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTAGGAAACATGAA
** * * * * *
8791 GAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTGTTA
64 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
** *
8856 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTGAGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
8898 TGAATTTTCTTACATTGTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTA-GAAA-ATGTG
1 TGAATTTTTTTACA-T-TTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG-A
* * * * * *** *
8961 ATACAAAAGTCATCCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTGT
63 AGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * **
9026 AACTTGCTTTAAATGATTTTATAATATTAGAATAAATTTTAAGT
127 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
9070 TGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAGTGTTTG-CTT-GGAAAACATGAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTT-AGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAA
* * * * *
9133 GAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCTTGCCTTCCAAAGCATTATTA
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* * * * *
9198 CTCACTTTGAATGGTTTTATAATCTTATTATTAATTTTAAGT
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* * * * * * * ** * *
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* ** * * * *
9305 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTGGTAGCCACCCATGCCTTTAGAAGCCTTACTA
64 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
9370 CTTGCTTGAAATGATTTTATAATCTCTTAATTGATTATAAGC
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * * *
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1 TGAATTT-TTTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAA-ACATGA
* * * *
9475 AGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CGATCCATGCCTTCCAAAGCTTTAT
63 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
9539 TACTTGTTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATTATTGATTTTAAAT
127 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
9583 TGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAACAGATTATATTTAAATGTCCT-CCTTGGGAGACATGAAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTAGGAAACATGAAG
9647 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTA
65 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTA
* * *
9711 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAGGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
9753 TGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCA-GATAACATGA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGA-AACATGA
* * * * * * ** *
9816 TGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCATTATT
63 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
9881 GCTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGT
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
9924 TG-ATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTATTTACCTTAAGAAACGTGAAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAG
* * * * *** *
9988 AAAAAGCTATTCACTAGCTAGAAAAGTCCATTTAGT-GTCACCCATAATTTTC-AAATCCTTATT
65 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCAT-GCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * *
10051 ACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTCAGT
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
10094 TGAATTATTTTTATATTCTTGGTTAAAATAGATTAAAATTGAATATCTACCTT-GAGAAACGTGA
1 TGAATT-TTTTTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGA
** * * ***
10158 AGAAAAAATCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATT
63 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
*
10223 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
10248 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3122, Mismatches: 640, Indels: 259
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
152 2 0.00
153 48 0.02
154 4 0.00
155 5 0.00
156 5 0.00
157 2 0.00
158 6 0.00
159 6 0.00
160 6 0.00
161 13 0.00
162 8 0.00
163 8 0.00
164 15 0.00
165 6 0.00
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171 1232 0.39
172 541 0.17
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGA
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CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
Found at i:7005 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 6185--10247 Score: 3332
Period size: 341 Copynumber: 11.9 Consensus size: 341
6175 NNNNNNNNNN
* * * * *** **
6185 TGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACATTTA
1 TGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAA
* *
6249 GAAAAAGCCATTCATTGAG-AA-AAAGAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTAT
64 GAAAAAGCTATTCATTG-GCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTAT
* * **
6312 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATATTTTA
127 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT-TTTTA
* * * * * * * * * *
6376 GCTTAAAACAGATTA-ATATTCAGTGTGTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAGCTATTCATTGGC
191 G-TTAAAACATATTATA-ATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * *** * *
6440 AAGAAAAGTCCATTTGTTGTCACCCATGTCTTTTGGAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGGTTTT
254 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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318 ATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGT
* * * * * * *
6528 TCAATTTTTTTATATTATT-CTTAAAACAGA-TATATTTGAATGTCTACCTT-AGAAACAAG-AG
1 TGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAAG
* * * * ** *
6589 CAAAAAGCTATTCGAGT-GTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCCGAAGCCTTAGT
65 -AAAAAGCTATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATT
* ** *
6653 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTGTTTTA-AATTTTAG-
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
* * * * * *
6716 TAAGAACAAATTATAACT-AAGTGTTTGTCTTAGGGAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAA
193 TAA-AACATATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * * *
6780 GAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATA
256 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
6845 ATCTCATTATTGAGTTTT-AGT
321 ATCTCATTATTGA-TTTTAAGT
* * * * *
6866 TGAATTTTTTGACATTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTATCTTCAAAAAGATGAAG
1 TGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAAG
* * * * *
6931 AAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATGTCTTCTAAAGCCTTATTAT
65 AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTAC
* * * *
6996 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTGCATTTTTAGTT
130 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTAGTT
* * * * * * *
7060 AAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAGACATGATGCAAAAGTCATCCATT-GCTAAGA
194 AAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGA
* ** ** *
7124 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAG-CTCTATTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAA
258 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
7188 TCTCATTATTGATTTTAAGTT
322 TCTCATTATTGATTTTAAG-T
*** * ** ** *
7209 TTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATACTTTATAATTGAATGT-TTTCTTCAGAAAACATGATG
1 TGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCA-AAAACATGAAG
* * * * * *
7273 CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-TAAAAGCCCTATTA
65 AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTA
* *
7337 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTT
* * * * * *
7401 AAAATACATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGA
194 AAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * ** * * * *
7465 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCGTTTTAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATGATTTTAAAAT
258 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
*
7530 CTCATAATTGATTTTAAGT
323 CTCATTATTGATTTTAAGT
* ** * * * * ** * *
7549 AGAATTCTTTTATGTTTTTGGTT-AAATATATTTTAATTGAATGT-TTGCTTCAGGAAACATGAT
1 TGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCA-AAAACATGAA
* * * * * * * *
7612 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATCGCCACCCAAG-CTTTTAAAAGCCTCATT
64 GAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATT
* ** * *
7676 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATCATTTTACATTTTTTGG
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGT
* * * ** * ** * **
7741 AAAAACA-AGTTATAATTGACTATTTATCGTAACAAACATGGAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAG
193 TAAAACATA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** * *
7805 AAAAGTCCATTTATAATCACTCATATCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAA
257 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
7870 TCTCATTTTTTTATTTTAAGT
322 TCTCA-TTATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
7891 TGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGATTAAAATTCAATATCTACCTTGC-GAAACATGAA
1 TGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-CAAAAACATGAA
* * * *
7955 G--AAA---A---A-T--C--------T--ATTTGTAGTCACTCATGGC-TCTAGAAGCTTTATT
64 GAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTA-AAGCCTTATT
** * * * ** * *
7998 ACTTACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTCAGTCAAACTGTTTTTTATATTTTTT
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TGTTTTACA-TTTTT
* * *
8063 AGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAT-AATGAAAAAGCCATTGA-AGTG
190 AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTG-G
* **
8126 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
253 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* **
8191 ACAATCTCACAATTGATTTTAAGT
318 ATAATCTCATTATTGATTTTAAGT
* * * * *
8215 TAAATTGTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTATATTTGAGTGGT-TGTCC-T-AAGAAACATG
1 TGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCT-ACCTTCAA-AAACATG
* * * *
8277 AA-AAAAA-CATGATTCATAGGCAAGAAACA-TCCATTTACAGTCATCGATGCCTT-TCAAAGCC
62 AAGAAAAAGC-T-ATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCC
* * * *
8338 TTCTTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
123 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTT
* * * * * * *
8402 TTAATCAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCCATGGGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGG
188 TTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * *
8467 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACTATCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
253 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
8531 TATAATCTCATAATTGATTTTGAGT
317 TATAATCTCATTATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * ***
8556 TAAATATTTTTACATTTTTTGTCAAAACAGATTGTAATTGAGTGTTTGCCCT-GGGAACTATGAA
1 TGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAAAC-ATGAA
* * * * * **
8620 GAAAAGGCTATTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCGATGCCTTCTAAAGTTTTATTA
64 GAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTA
* * * * * *
8685 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTGAATTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTT
* * * * ** *
8750 AAAATAGATTATATTTGAATGTCTAG-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGA
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* * * *
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** * *
8879 CTTGTAATTGATTTTGAGT
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* * * **
8898 TGAATTTTCTTACATTGTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTAGAAAATGTG
1 TGAATTTT-TTACA-T-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCA-AAAACATG
* * * * *
8961 ATA-CAAAAG-TCATCCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTT-TGGAAGCCT
62 A-AGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCT
* * * * * * * **
9023 TGTAACTTGCTTTAAATGATTTTATAATATTAGAATAAATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTT
124 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTT
* *
9087 TT-GATTAAAATATATTATAATTGAGTGTTTG-CTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
188 TTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
9149 GGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCTTGCCTTCCAAAGCATTATTACTCACTTTGAATGGTT
251 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
9214 TTATAATCTTATTATTAATTTTAAGT
316 TTATAATCTCATTATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
9240 TGAAGTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAAATTAAAATTCAATGTCTAACTTGAGAAAATATGA
1 TGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCA-AAAACATGA
* * ** * *
9304 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTGGTAGCCACCCATGCCTT-TAGAAGCCTTAC
63 AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTA-AAGCCTTAT
* * * * * * * * *
9368 TACTTGCTTGAAATGATTTTATAATCTCTTAATTGATTATAAGCT-AATTTGTTTCATATTTTTG
127 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTA
* * * * * * * * *
9432 GTTAAAATAGATTATATTTAAATTTTTACCTT-GAAAGACATAAAGAAAAAGCCATTTATTGGCA
191 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAA-ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * *
9496 AGAAAAGTCCATTTATAG-CGATCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
255 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
9560 TAGTCTCATTATTGATTTTAAAT
319 TAATCTCATTATTGATTTTAAGT
* * *** *
9583 TGAATTTGTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATATTTAAATGTCCT-CCTTGGGAGACATGAA
1 TGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-CTACCTTCAAAAACATGAA
*
9646 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TCAAAGCCTTATT
64 GAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATT
* * * * *
9710 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAGGTTGAA-TGTTTTTATATTTTTGG
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTAG
* * * * * *
9774 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCA-GATAACATGATGCAAAAGTCATCCATTGGCA
192 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * ** * * *
9837 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCATTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTAT
255 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
9902 GATCTCATAATTGATTTTAAGT
320 AATCTCATTATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
9924 TGATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTATTTACCTT-AAGAAACGTGAAG
1 TGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAA-AAACATGAAG
* * * ** * *
9988 AAAAAGCTATTCACTAGCTAGAAAAGTCCATTTAGT-GTCACCCAT-AATTTTCAAATCCTTATT
65 AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATT
** * * * * * * *
10051 ACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTCAGTTGAATTATTTTTATATTCTTGG
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTACATTTTTAG
* * * * * * * ** *
10116 TTAAAATAGATTAAAATTGAATATCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAATCACTCATTGGCAA
192 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* *** *
10180 GAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
256 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
10245 ATC
321 ATC
10248 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3021, Mismatches: 562, Indels: 275
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 61 0.02
323 4 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAAGA
AAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAA
AACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATTATTGATTTTAAGT
Found at i:10903 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10568--11513 Score: 830
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 168
10558 TTCAAAAGTT
* * * * * * *
10568 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGGT-GATTTTTTTACACTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTAGAATGTTTTACATTT
* * * ** *
10632 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT-GAAAACATGACGCAAAAGTAATACATTGGC
65 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * *
10696 AACAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTTGAAAGCG
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCC
*
10736 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA-TGTTTTACATTT
* * * * * *
10801 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTACTTCAAAAAACATGATGCAAAAGCAATCCATTGG
65 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT--AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * *
10866 TAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTTGAAAGCC
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCC
* * * *
10907 TTATTGCTTATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATGTTTTTACATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATG-TTTTACATT
* * * * * * * *
10971 TTTGGTCAAAACAAATTATAATTGAGTGTTTTCCTTAGAAA-ATGTAAAAAAAAGCCATTCATTG
64 TTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTACTTAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
11035 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAACC
127 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCC
* * * * *
11077 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTAACT-ATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTATATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTAGAATG-TTTTACATT
* * * * * * * * *
11141 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCTTGGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTGATTG
64 TTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT--AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * **
11206 GTAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACTTATGCCTTCCAAAGCC
127 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCC
** * *
11248 TTATTGTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACT-ATTGATTTTAAGTTA-AATTGTTTCACAT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAG-TAGAA-TGTTTTACAT
* * * * * * ** *
11311 TTTTGGTTAAAAAAGATAAAAATTGAATGTCTATATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCACT
63 TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
** **
11376 GGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCA-CTCATGCCTTTGGGAGCC
126 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAGCC
** * * * * ** *
11419 TTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTTATCATTGATTTTAAGTTGAACCTTTTA-ATAAT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATGTTTTACAT-TT
*
11483 TTTGATTAAAATATATGATAATTGAATGTCT
65 TTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
11514 GTCAAAGGCT
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 117, Indels: 41
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 44 0.07
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172 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATGTTTTACATTTT
TTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCC
Found at i:11313 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 10689--11470 Score: 909
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 342
10679 AAAAGTAATA
* * * * * *
10689 CATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTTGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
10754 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTAT
66 GGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
10819 AATTGAATATCTACTTCAAAAAACATGATGCAAAAGCAATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
131 AATTGAATATCTACTTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCAATCCATTGGTAAAAAAAGTCAATTTAT
** *
10884 AATCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTTATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
196 AATCACCTAAGCCTTCCAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
10949 TTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAA-ATTATAATTGAGTGT-TTTCCTT-AGAA
261 TTAAGTTAAATGTTTTCACATTTTTGGTCAAAA-AAGATAAAAATTGAATGTCTAT-ATTGAG-A
11011 AATGT-AAAAAAAAGCCATT
323 AATGTGAAAAAAAAGCCATT
* *
11030 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
11095 GGTTTTATAATGTAACT-ATTGATTTCAAGTTGAA-TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATT
66 GGTTTTATAATCTAA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * **** * **
11158 ATAATTGAGTGTTTGCTTGGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTGATTGGTAAAAAAAGTCAATTT
129 ATAATTGAATATCTACTTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCAATCCATTGGTAAAAAAAGTCAATTT
* * * * *
11223 ATAGTCACTTATGCCTTCCAAAGCCTTATTG-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACT-ATT
194 ATAATCACCTAAGCCTTCCAAAGCCTTATTGCTT-ACTTTAAATGATTTTATAATCTCA-TAATT
*
11286 GATTTTAAGTTAAAT-TGTTTCACATTTTTGGTTAAAAAAGATAAAAATTGAATGTCTATATTGA
257 GATTTTAAGTTAAATGT-TTTCACATTTTTGGTCAAAAAAGATAAAAATTGAATGTCTATATTGA
*
11350 GAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
321 GAAATGTGAAAAAAAAGCCATT
* * ** ** *
11372 CACTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCA-CTCATGCCTTTGGGAGCCTTATTACTTGCTTAAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
11436 TGGTTTTATAATCTTATCATTGATTTTAAGTTGAA
65 TGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
11471 CCTTTTAATA
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 59, Indels: 21
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.02
341 263 0.71
342 101 0.27
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
GGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
AATTGAATATCTACTTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCAATCCATTGGTAAAAAAAGTCAATTTAT
AATCACCTAAGCCTTCCAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTAAATGTTTTCACATTTTTGGTCAAAAAAGATAAAAATTGAATGTCTATATTGAGAAAT
GTGAAAAAAAAGCCATT
Found at i:11609 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 11419--11616 Score: 254
Period size: 105 Copynumber: 1.9 Consensus size: 105
11409 TTTGGGAGCC
* * * * *
11419 TTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTTATCATTGATTTTAAGTTGAACCTTTTAATAATT
1 TTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAACCTTTTAACAATT
* *
11484 TTGATTAAAATATATGATAATTGAATGTCTGTCAAAGGCT
66 TTGATTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTGTCAAAGGCT
* * * **
11524 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTGTTCACCTT
1 TTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAACCTT-TTAACAAT
* *
11588 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 TTTGATTAAAACAGATGATAATTGAATGT
11617 TTGCCTGAGA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 14, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
104 2 0.03
105 76 0.97
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (105 bp):
TTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAACCTTTTAACAATT
TTGATTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTGTCAAAGGCT
Found at i:11981 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11695--14140 Score: 603
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 171
11685 TTCAAAAGTC
* * * *
11695 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * ** * * * *
11760 GATTTTATGTTGAATGTTTTTATATTTTTTGTCACAACAGATTATAATTGAATTTCTACCTTCAG
66 GATTTTATATTGAATATTTTTACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTCAA
* * * *
11825 AAACGTGAAGAACAAGCCATTCATTCA-TAAAAAAAAGTCTAT
131 AAACATGAAGAAAAAGACATTCA-T-AGGAAAAAAAAGTCTAT
** * *
11867 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
11932 GATTTTATATTGATTATTTTTACATGTTCAGTTGA-AACA-AGCTATAATTGAATGTATGCCTTG
66 GATTTTATATTGAATATTTTTACATGTTCAG-TCACAACAGA-CTATAATTGAATGTATACCTTC
*
11995 AAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGCAAAAAAAGTCTAT
129 AAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGAAAAAAAAGTCTAT
** * * **
12038 TTATAGTTGCGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * * * * * **
12103 GATTTTA-AGTTGAAT-TTGTTCACCTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATTTGTCTT-
66 GATTTTATA-TTGAATATT-TTTACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTC
* * * * * *
12165 AGGAAACATG-AGAAAAAAGTCATTCAT-TGACTAGAAAAGTCCAT
129 A-AAAACATGAAG-AAAAAGACATTCATAGGA-AAAAAAAGTCTAT
* * * * * *
12209 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGG-CTTACTACTCA
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT--T-ACTCA--C-TTTAAATGGTTTTA-TAAT--
* * * * **
12273 CTTCA-AATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTCATATTTTTTGTCAA
57 C-TCATAATTGATTTTAT-AT-T--GAA-T-A-TTT---TTACATG--TTC--A----GTCACAA
* * ** ** * * * * * * *** *
12336 -A-AC-AT-ATTATAATTGAAT-GTTTGCCTTCAGAAACG-TGAAGAAGA-AGTCATTCATTGAC
103 CAGACTATAATT-GAA-TGTATACCTT--C-AAAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-T-AGGAAA
* *** **
12394 TAAAAAAGTCC
161 AAAAAGTCTAT
* * ** * ** * * *
12405 ATTTA-T-AGTCA-CCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 TTATAGTCACCCATTCC--TTC---AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * ** * * * * *
12467 TAATTGATTTTA-AGTTAAAT-TTTTCTACATTTTTTGTTAAAATAGAC-ATAATTGAATGTTTG
61 TAATTGATTTTATA-TTGAATATTTT-TACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATA
* * * * * *
12529 TC-TCAAAAAACATAAAGAAAAAGGCATTCAGT-GG-CAAGAAAGTCCAT
124 CCTTC-AAAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TAGGAAAAAAAAGTCTAT
* * ** * **
12576 TTATAGTCACCCGTTCCTTCGAAAA-CCTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTGTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** * * * * * * *
12640 TGATATTA-AGCT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTATAACATATTAGAATT-AATGTCTGCCTT
65 TGATTTTATA-TTGAA-TATTTTTACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTT
* ** * * * *
12702 -AGGAAAGGTGAAGAAAAAGTCATTCAT-TGACAAGAAAGTCTAT
128 CA-AAAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGAAAAAAAAGTCTAT
* ** * * * ** *
12745 TTATAGCCACTAATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACGATCTCATAAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * * * * **
12810 GATTTTA-AGTTGAAT-TCTTTTACTTTTTTTTGTTAAAACATA-TATAATTGAATATCTGTC-T
66 GATTTTATA-TTGAATAT-TTTTAC-ATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTT
* * * * **
12871 CAAAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGCACGAAAAGTCTAT
128 C-AAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGAAAAAAAAGTCTAT
* ** * **
12916 TTATAGCCACTTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * * * **
12981 CATTTTGA-GTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGA
66 GATTTT-ATATTGAATATTTTTACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTCA
* * ** * * * *
13045 AAAACATGAAGAACAAGCCATTCAT-TTACTAGAAAAGCCCAT
130 AAAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGA-AAAAAAAGTCTAT
* * * *
13087 TTATAGTAACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
13152 CAGTTTA-AGTTAAAT-TTTTTA-ATAGTTTTAG-CTAAAACAGA-TATAATTGAATG-ACTGCC
66 GATTTTATA-TTGAATATTTTTACAT-G-TTCAGTC-ACAACAGACTATAATTGAATGTA-TACC
* * * * * * *
13211 TTGAAAAACATAAAGAAAAAGTCACTCAT-TGACAAGAAATGTCTAT
126 TTCAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGA-AAAAAAAGTCTAT
* ** * * * *
13257 TTATGGTCACCCATGGCTT-GAAACCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** *** * **
13321 GATTTTA-ATTTGATTTTTTTTAGC-T-TTGTGCTTTGAACAGA-TCATAATTGAATGTCTGTCT
66 GATTTTATA-TTGAATATTTTTA-CATGTTCAG-TCACAACAGACT-ATAATTGAATGTATACCT
*** * ****** * * * *
13382 TGGGAAACGTG-A-AAATTTTTTTTCAT-TGACTAGAAAAGTCCAT
127 TCAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGA-AAAAAAAGTCTAT
* * * * * *
13425 TTGTAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCGTATTACT---TGTTAAATGGTTTTATAATATCGTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * ** * * * *
13487 CGATTTTA-AGTT-AATTTTTTTTACTTTTTTGGT-AGAAACA-AGCTATAATTAAATTTTTACC
65 TGATTTTATA-TTGAA-TATTTTTACATGTTCAGTCA-CAACAGA-CTATAATTGAATGTATACC
* * * * *
13548 -TCGAAAAACGT-AATGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAATC-AT
126 TTC-AAAAACATGAA-GAAAAAGACATTCATAGGAAAAAAAAGTCTAT
* * * * * *
13593 TTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCGCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * * * * * * * * * * *
13658 CATTTTA-AGTTGAAGGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATATCTGCC-ACA
66 GATTTTATA-TTGAATATTTTTACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTCA
* * * * *
13721 GAAAACATAAAGAAAAAGTCATTCAT-TGACTAGAAAAGTCTAT
130 -AAAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGA-AAAAAAAGTCTAT
* * * *
13764 TTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCGTAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ** * * * * * * * *
13828 GACTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACACATTAGAATTGATTGTTTATC-TCG
66 GATTTTATA-TTGAATATTTTTACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTC-
* * ** * *
13891 AGAAACATAAAGAAAAA-ATGTTTCATTGGTAAAAAAAGTCTAT
129 AAAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATAGGAAAAAAAAGTCTAT
* * * *
13934 TTGTAG-CTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
13998 TGATTTTATATTGAATTTTTTTACATGCTT--GGCTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTT
65 TGATTTTATATTGAATATTTTTACATG-TTCAGTC-ACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTT
* * * * * * *
14061 GAAAAACGTTAAGAAAAAGACTTTCATAGGCAAGAAAAGTCCAT
128 CAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGAAAAAAAAGTCTAT
*
14105 TTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
14141 GCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1693, Mismatches: 448, Indels: 267
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTATATTGAATATTTTTACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTCAA
AAACATGAAGAAAAAGACATTCATAGGAAAAAAAAGTCTAT
Found at i:12097 original size:171 final size:172
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 2.5 Consensus size: 172
11685 TTCAAAAGTC
* * * *
11695 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * ** * * * *
11760 GATTTTATGTTGAATGTTTTTATATTTTTTGTCACAACAGATTATAATTGAATTTCTACCTTCAG
66 GATTTTATATTGAATATTTTTACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTCAA
* * * *
11825 AAACGTGAAGAACAAGCCATTCATTCATAAAAAAAAGTCTAT
131 AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTCAGAAAAAAAAGTCTAT
** * *
11867 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
11932 GATTTTATATTGATTATTTTTACATGTTCAGTTGA-AACA-AGCTATAATTGAATGTATGCCTTG
66 GATTTTATATTGAATATTTTTACATGTTCAG-TCACAACAGA-CTATAATTGAATGTATACCTTC
*
11995 AAAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-T-AGGCAAAAAAAGTCTAT
129 AAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTCA-GAAAAAAAAGTCTAT
** * * **
12038 TTATAGTTGCGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
12103 GATTTTA-AGTTGAAT
66 GATTTTATA-TTGAAT
12118 TTGTTCACCT
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 38, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
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173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTATATTGAATATTTTTACATGTTCAGTCACAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTCAA
AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTCAGAAAAAAAAGTCTAT
Found at i:12385 original size:198 final size:198
Alignment explanation
Indices: 12079--12437 Score: 544
Period size: 198 Copynumber: 1.8 Consensus size: 198
12069 TAGTCGGTTT
* * * *
12079 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTCACCTTTTTGGTTAAAACATA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTCACATTTTTGGTCAAAACATA
* *
12144 TTATAATTGAATATTTGTCTTAGGAAACATGAGAAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCCAT
66 TTATAATTGAATATTTGCCTTAGGAAACATGAGAAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAAGTCCAT
*
12209 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCTTACTACTCAC
131 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCTTACTACTCAC
12274 TTC
196 TTC
* * *
12277 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTT-TTCATATTTTTTGTCAAAACAT
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTGTTCACATTTTTGGTCAAAACAT
* * *
12341 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTCA-GAAACGTGA-AGAAGAAGTCATTCATTGACTAAAAAAGTC
65 ATTATAATTGAATATTTGCCTT-AGGAAACATGAGA-AAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAAGTC
*
12404 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTAT
128 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
12438 TACTCACTTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 14, Indels: 6
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
197 1 0.01
198 140 0.97
199 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (198 bp):
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTCACATTTTTGGTCAAAACATA
TTATAATTGAATATTTGCCTTAGGAAACATGAGAAAAAAGTCATTCATTGACTAAAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCTTACTACTCAC
TTC
Found at i:12922 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 12236--14142 Score: 1596
Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 172
12226 TTCGAAAGCC
* * * * * * *
12236 TTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCTTACTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
12301 GATTTTAGGTTAAATGTTTTCA-TATTTTTTGTCAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTC-
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCA
* * *
12364 AGAAACGTGAAGAAGAAGTCATTCATTGACTAA-AAAAGTCCAT
130 AAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCAT
** * * * *
12407 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
12472 GATTTTAAGTTAAATTTTTCTAC-ATTTTTTGTTAAAATAGA-CATAATTGAATGTTTGTCTCAA
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* * * *
12535 AAAACATAAAGAAAAAGGCATTCAGTGGCAAG-AAAGTCCAT
131 AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * **
12576 TTATAGTCACCCGTTCCTTCGAAAA-CCTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTGTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
12640 TGATATTAAGCTAATTTTTTTTA-TATTTTTGGTTATAACATATTAGAATT-AATGTCTGCCTTA
65 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA
** ** *
12703 GGAAAGGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAG-AAAGTCTAT
130 AAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* ** * * ** *
12745 TTATAGCCACTAATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACGATCTCATAAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
12810 GATTTTAAGTTGAATTCTTTTACTTTTTTTTGTTAAAACATA-TATAATTGAATATCTGTCTCAA
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* * * * *
12874 AAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGCACGAAAAGTCTAT
131 AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* ** * *
12916 TTATAGCCACTTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
12981 CATTTTGAGTTAAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-AG
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-
* * * * *
13044 AAAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTTACTAGAAAAGCCCAT
130 AAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
13087 TTATAGTAACCCATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * **
13152 CAGTTTAAGTTAAA-TTTTTTAATAGTTTTAGCTAAAACAGA-TATAATTGAATGACTGCCTTGA
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* * * *
13215 AAAACATAAAGAAAAAGTCACTCATTGACAAGAAATGTCTAT
131 AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* ** * * * * *
13257 TTATGGTCACCCATGGCTT-GAAACCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * ** * * *
13321 GATTTTAA-TTTGATTTTTTT--TAGCTTTGTGCTTTGAACAGATCATAATTGAATGTCTGTCTT
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTA-TTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
*** * *** ** *
13383 GGGAAACGTG-A-AAATTTTTTTTCATTGACTAGAAAAGTCCAT
129 AAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * *
13425 TTGTAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCGTATTACTTG--TTAAATGGTTTTATAATATCGTAATC
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
13488 GATTTTAAGTTAATTTTTTTTAC--TTTTTTGGTAGAAACA-AGCTATAATTAAATTTTTACCTC
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTA-AAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTC
* * * * * *
13550 GAAAAACGT-AATGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAAT-CAT
129 AAAAAACATGAA-GAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
13593 TTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCGCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * * * * *
13658 CATTTTAAGTTGAAGGTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATATCTGCCACAG
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* * *
13722 AAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTAT
131 AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * *
13764 TTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCGTAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * ** *
13828 GACTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACACATTAGAATTGATTGTTTATCTCGA
66 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* * * ** ** * *
13892 GAAACATAAAGAAAAAATGTTTCATTGGTAAAAAAAGTCTAT
131 AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * *
13934 TTGTAG-CTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * ** *
13998 TGATTTTATA-TTGAATTTTTTTAC-ATGCTTGGCTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTT
65 TGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
* * * * * * *
14061 GAAAAACGTTAAGAAAAAGACTTTCATAGGCAAGAAAAGTCCAT
129 AAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
*
14105 TTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
14143 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1370, Mismatches: 327, Indels: 78
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 62 0.05
168 89 0.06
169 294 0.21
170 432 0.32
171 489 0.36
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
Found at i:14735 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14484--14822 Score: 418
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
14474 CTAAGCTTTC
* *
14484 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAGTTGATTTGAAGCTAAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTAAATTTTTT
* * * * ** **
14549 TCCACTTTTAGTTAAAACA-GGTATAATTGAATGTTTGTCTCAA-AAAACATGAAGAAAAAGT-A
66 TACACTTTTAATTAAAACATAGTAGAATTGAATGCCTACCT-AAGAAAACATGAAGAAAAAGTCA
*
14611 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTG
130 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTG
* * *
14653 GAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATATT-AAGCTGAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTGAAGCTAAATTTTT
* * * **
14717 TTATA-TTTTAAATTAAAACATATTAGAATTGAATGCCTACCTAAGGAAAGGTGAAGAAAAAGTC
65 TTACACTTTT-AATTAAAACATAGTAGAATTGAATGCCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGTC
* * *
14781 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTT
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTT
14823 CAAAAGCTTT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 22, Indels: 8
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.03
169 70 0.49
170 31 0.22
171 38 0.27
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTAAATTTTTT
TACACTTTTAATTAAAACATAGTAGAATTGAATGCCTACCTAAGAAAACATGAAGAAAAAGTCAT
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTG
Found at i:15431 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15130--15439 Score: 370
Period size: 168 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
15120 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
15130 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGT
1 ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTGCAAGTTAAATGTTTTTATAGTTTTAGT
* * * * * *
15195 TGAAACAGATATAATTGAATGTCTGTCTTCAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATCGACTAGAAA
66 TAAAACAGATAGAATTGAATGTCTGACCTCAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGACAAGAAA
15260 AGTCTATTTACAGTCACACATGGCTTGAAACTATTATT
131 AGTCTATTTACAGTCACACATGGCTTGAAACTATTATT
* * * *
15298 ACTCACTTTAAATAATTTTTTAATCTCGTAATTGATTGCAAGTTGAATGTTTTTATAGTTTTGGT
1 ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTGCAAGTTAAATGTTTTTATAGTTTTAGT
* * * * * * *
15363 TAAAATATATAAGAATTGATTGTCT-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCGTTTATTGGCAAG
66 TAAAACAGAT-AGAATTGAATGTCTGACCTC-A-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGACAAG
15427 AAAAGTCTATTTA
128 AAAAGTCTATTTA
15440 TAGCCACCCA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 24, Indels: 4
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 64 0.56
169 13 0.11
170 38 0.33
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTGCAAGTTAAATGTTTTTATAGTTTTAGT
TAAAACAGATAGAATTGAATGTCTGACCTCAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGACAAGAAA
AGTCTATTTACAGTCACACATGGCTTGAAACTATTATT
Found at i:16803 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 16049--16957 Score: 1047
Period size: 341 Copynumber: 2.7 Consensus size: 338
16039 NNNNNNNNNN
* * * * *
16049 TTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCA
1 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
16114 AGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGAGTTTTCTTCCCAATGAACGACTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * * * * *
16179 TCTTCGTGTTTCTTGAGGTAAATAATT-ATTTCTAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATT
131 TCTTCATGTTT-TTAAAGTAAA-CATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATATAAAAAAATT
* * ** * * ** * *
16243 CAACTTGCAATCAATTATGACATTAAAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTCAAGCCATA
194 TAACCTAAAATCAATTATGACATTAAAAAATCATTCAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCAAGCAATA
* *
16308 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAACGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGCAGACAT
259 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAACGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCAAGACAGACAT
16373 TCAATTATATCTATT
324 TCAATTATATCTATT
* * * *
16388 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
1 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
16453 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATTA-ACTTTTCTTGCCTATGAATGGTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAA-TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * ** *
16517 TTCTTCACGTTTTTCAAAATAAACATTCAATTATAGCCTATTTTAGCGAAAAATATAAAAAAATT
130 TTCTTCATGTTTTT-AAAGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATATAAAAAAATT
** *
16582 TAACCTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCATTCAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-AA
194 TAACCTAAAATCAATTATGACATTAAAAAATCATTCAAAAAGAGTAATAAGGCTTTC--AAGCAA
* * * * *
16646 T-GAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGGTTTTTAAGACAG
257 TAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAACGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTTCAAGACAG
*
16710 ACATTCAATTGTATCTATT
320 ACATTCAATTATATCTATT
* * *
16729 TTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGC
1 TTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * *
16793 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTG
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * *
16858 TTCTTCATGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-GACTAAAAATATGAAAAAAT
130 TTCTTCATGTTTTTAAA-GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAG-CTAAAAATATAAAAAAAT
* * *
16922 TTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATT
193 TTAACCTAAAATCAATTATGACATTAAAAAATCATT
16958 TAATGTGGGT
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 84, Indels: 20
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.01
339 196 0.41
340 53 0.11
341 221 0.47
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
TCTTCATGTTTTTAAAGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATATAAAAAAATTTA
ACCTAAAATCAATTATGACATTAAAAAATCATTCAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCAAGCAATAGG
TGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAACGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCAAGACAGACATTC
AATTATATCTATT
Found at i:16808 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16049--16978 Score: 924
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
16039 NNNNNNNNNN
* * * * * *
16049 TTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCA
1 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
16114 AGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGAGTTTTCTTCCCAATGAACGACTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTCGAA-GAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * * * * * * *
16179 TCTTCGTGTTTCTTGAGGTAAATA-ATT-ATTTCTAATATATT
130 TCTTCATGTTT-TTAAAG-ACAGACATTCAATTAT-ATCTATT
* ** * * ** *
16220 TTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTGCAATCAATTATGACATTAAAAAATTATTTAAAGTG
1 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
16285 AGTAATAAGGGTTTC-AAGCCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAACGAATGACTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTCGAAG-AATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* *
16349 TCTTCATG-TTTTCAAGGCAGACATTCAATTATATCTATT
130 TCTTCATGTTTTTAAAGACAGACATTCAATTATATCTATT
* * *
16388 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
1 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * **
16453 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATTA-ACTTTTCTTGCCTATGAATGGTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTCGAAG-AATAGGTGACTATAAA-TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * *
16517 TTCTTCACGTTTTTCAAA-ATAAACATTCAATTATAGCCTATT
129 TTCTTCATGTTTTT-AAAGACAGACATTCAATTATA-TCTATT
* * * * * * * * **
16559 TTAGCGAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCATTCAAAAAG
1 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
16624 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGAAT-GAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTT
66 AGTAATAAGGCTTTCG-AAGAATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
*
16688 TTCTTCATGGTTTTT-AAGACAGACATTCAATTGTATCTATT
129 TTCTTCAT-GTTTTTAAAGACAGACATTCAATTATATCTATT
* * * *
16729 TTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGC
1 TTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * * *
16793 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTG
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAA-GAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
** *
16858 TTCTTCATGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
129 TTCTTCATGTTTTTAAAGACAGACATTCAATTAT-ATCTATT
* * * * * * *
16900 TTGACTAAAAATATGAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAATGTG
1 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
16965 GGTACTAAGGCTTT
66 AGTAATAAGGCTTT
16979 TAAAGGAATG
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 113, Indels: 38
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 82 0.13
169 60 0.10
170 203 0.32
171 270 0.43
172 10 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT
CTTCATGTTTTTAAAGACAGACATTCAATTATATCTATT
Found at i:17001 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 16970--17026 Score: 78
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
16960 ATGTGGGTAC
*
16970 TAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCA
1 TAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACCA
* * *
16997 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
1 TAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACCA
17024 TAA
1 TAA
17027 ATGGACATTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 26 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (27 bp):
TAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACCA
Found at i:17148 original size:198 final size:198
Alignment explanation
Indices: 16798--17158 Score: 512
Period size: 198 Copynumber: 1.8 Consensus size: 198
16788 AAAGCGAGTA
* * * *
16798 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTGTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTGTTCCT
* * * *
16863 CATGTTTTTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATATGAAAAAATTTAACC
66 CATGTTTTTAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAAAAATTCAACC
*
16928 TAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAATGTGGGTACTAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
131 TAAAATCAATCATGAAATTATAAAACCATTTAATGTGGGTACTAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
16993 ACC
196 ACC
* * * *
16996 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACATTTT-TAGTTAATGAATGACTTTTTCC
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTAGTCAATGAATGACTTGTTCC
*
17060 TCATGTTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-AGTGAATAAATTCA
65 TCATGTTTT-TAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TGAAAAAATTCA
* * * *
17123 ACTTAAAGTCAATCATGAGATTATAAAACTATTTAA
128 ACCTAAAATCAATCATGAAATTATAAAACCATTTAA
17159 AGCGAGTAAT
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 18, Indels: 6
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
197 1 0.01
198 136 0.96
199 5 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
ATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTGTTCCT
CATGTTTTTAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAAAAATTCAACC
TAAAATCAATCATGAAATTATAAAACCATTTAATGTGGGTACTAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
ACC
Found at i:19887 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19593--20764 Score: 1048
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 171
19583 NNNNNNNNNG
* * * * * *
19593 ATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATATATGTCTTAAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAA
** ** * *
19657 AACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGCCACTCAATCCTTCAAAAG
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAG
* ****
19722 CTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNN
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
****** * * * *
19763 NNNNNNAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA-TATAATTGAATGTCCGTCTCGAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAA
* * * * *
19827 AACATGAAGTAAAAGCGATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAG
** * * * *
19892 TTTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTC
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * ** * * **
19933 ATTCTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTCGGTTAATACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAA
* * * * * ** *
19998 AACGTGAAGAACAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTAACTCATGT-CTTCGAAA
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCAT-TCCTTCAAAA
* * *
20062 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTATTGTAATCTCATAATTG
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * *
20104 ATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTCTGCCTTAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGCTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGTCTTGA
* * ** * * * *
20167 AAAACATAAAGAAAAAACTGTTCATTGATAAAAAAAGTATATTTATA-CTAACTCATTCCTTCAA
64 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGC-CACTCATTCCTTCAA
* * **
20231 AATCCTTATTACTC-CTTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTA
128 AAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* ** * * *
20275 ATTTTAAGTTAAACGTTTTTATATTTTT-GACTAAAACA-AGTTATAATTAAATGT-TTTCTTTG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-CTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGTC-TTG
* * ** * *
20337 AAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCCTTCAA
63 AAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTCAA
* *
20402 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
*
20446 ATTTTAAGTTG-ATTTTTTTAGC-TTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT-AG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA-
* ** * *
20508 AAAACATGAAAAAAAAGTTATTCATTGACTAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATGT-CTTCA
64 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGCCACTCAT-TCCTTCA
* *
20571 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * * * ** *
20616 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACA-AGCTATAATTGAATTTTTACCTTTAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGTCTTGAA
* * * * * * *
20680 AAAC-GGAATGAAAAAGTCATTCATTGGAAAAAAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
65 AAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTCAA
* *
20743 AAGCCTTATCACTTGCTTTAAA
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
20765 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 155, Indels: 53
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 321 0.39
171 482 0.59
172 15 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAA
AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
Found at i:20623 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 19593--20764 Score: 1147
Period size: 341 Copynumber: 3.4 Consensus size: 338
19583 NNNNNNNNNG
* * * * * * *
19593 ATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATATAATTGAATATATGTC-TTAAA
1 ATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGT-TTTCTTTGAA
* ** * * *
19656 AAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGCCACTCAATCCTTCAAAA
64 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
* **********
19721 GCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTACA
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACA
* * * ** *
19786 TTTTTAGTTAAAACATATATAATTGAATGTCCGTC-TCGAAAAACATGAAGTAAAAGCGATTCAT
193 TTTTTAGCTAAAACA-ATATAATTGAATGTCTGTCTTAG-AAAACATGAAAAAAAAGCTATTCAT
* * * * ** * *
19850 TGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAATTTTATTACTCGTTTTAAATGG
256 TGACTAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* *
19914 CTTTATAATCTCATAATTC
320 TTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * * *
19933 ATTCTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTCGGTTAATAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAAG-TTATAATTGAATGTTTTCTTTGAA
* * * * * *
19997 AAACGTGAAGAACAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGCCCATTTATAGTAACTCATGT-CTTCGA
64 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTCAA
* * * *
20060 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTATTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTA
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTA
* * * *
20125 CATTTTTTA-CTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACAT-AAAGAAAAAACTGT
191 CA-TTTTTAGCTAAAACAA--TATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAACATGAAA-AAAAAGCTAT
* * * * *
20188 TCATTGA-TAAAAAAAGTAT-ATTTATACTAACTCATTCCTTCAAAATCCTTATTAC-TCCTTTT
252 TCATTGACT-AGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTGC-TTT
**
20250 AAATGGTTTCGTAATCTCATAATTA
314 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
* * ** *
20275 ATTTTAAGTTAAACGTTTTTATATTTTTGACTAAAACAAGTTATAATTAAATGTTTTCTTTGAAA
1 ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAA
* * * *
20340 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAG
65 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* *
20405 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTAGC-T
130 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTA-CAT
* *
20469 TTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAACATGAAAAAAAAGTTATTCATT
194 TTTTAGCTAAAACA-A-TATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATT
* *
20534 GACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGT-CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGT
257 GACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
*
20598 TTTATAATCTCATAATTG
321 TTTATAATCTCATAATTA
* *
20616 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAAGCTATAATTGAAT-TTTTACCTTT-A
1 ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTTTT--CTTTGA
* * *
20679 AAAACG-GAATGAAAAAGTCATTCATTGGAAAAAAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
63 AAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGG-TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* *
20742 AAAGCCTTATCACTTGCTTTAAA
126 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
20765 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 678, Mismatches: 123, Indels: 61
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 44 0.06
341 355 0.52
342 267 0.39
343 7 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
ATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTTTTCTTTGAAAA
ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTT
TTAGCTAAAACAATATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGACT
AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTA
Found at i:20705 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 19823--20751 Score: 1310
Period size: 512 Copynumber: 1.8 Consensus size: 513
19813 TGTCCGTCTC
* * *
19823 GAAAAACATGAAGTAAAAGCGATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCA
1 GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCA
** *
19888 AAAATTTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATTTTTGT
66 AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATTTTTGT
* * * * *
19953 ACATTTTCGGTTAATACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAACAAGCCATT
131 ACATTTTCGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATT
*
20018 CATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTAACTCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
196 CATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTAACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
20083 AGTATTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTACTAAAACAAGCTAT
261 AGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTGACTAAAACAAGCTAT
* * * * *
20148 AATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATAAAGAAAAAACTGTTCATT-GATAAAAAAAGTATATTTA
326 AATTGAATGTCTACCTTAAAAAACAGAAAGAAAAAACTATTCATTGGAAAAAAAAAG-ACATTTA
* *
20212 TACTAACTCATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCCTTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTAAT
390 TACTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTAAT
20277 TTTAAGTTAAACGTTTTTATATTTTTGACTAAAACAAGTTATAATTAAATGTTTTCTTT
455 TTTAAGTTAAACGTTTTTATATTTTTGACTAAAACAAGTTATAATTAAATGTTTTCTTT
* * * *
20336 GAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCCTTCA
1 GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCA
* * * * *
20401 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTG-ATTTTTTT
66 AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATTTTTGT
* ** **
20465 AGC-TTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT-AGAAAACATGAAAAAAAAGTTA
131 A-CATTTTCGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACATGAAAAAAAAGCCA
** * *
20528 TTCATTGACTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
194 TTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTAACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * ** *
20593 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAAGCT
259 ATAGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTGACTAAAACAAGCT
* * * * * * *
20658 ATAATTGAATTTTTACCTTTAAAAACGGAATG-AAAAAGTCATTCATTGGAAAAAAAAAGCCATT
324 ATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACAGAAAGAAAAAACT-ATTCATTGGAAAAAAAAAGACATT
* *
20722 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
388 TATACTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
20752 CACTTGCTTT
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 53, Indels: 9
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
511 7 0.02
512 234 0.65
513 118 0.33
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCA
AAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATTTTTGT
ACATTTTCGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATT
CATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTAACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
AGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTGACTAAAACAAGCTAT
AATTGAATGTCTACCTTAAAAAACAGAAAGAAAAAACTATTCATTGGAAAAAAAAAGACATTTAT
ACTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTAATT
TTAAGTTAAACGTTTTTATATTTTTGACTAAAACAAGTTATAATTAAATGTTTTCTTT
Found at i:22228 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20949--23144 Score: 1964
Period size: 170 Copynumber: 12.9 Consensus size: 169
20939 TTCGAAAGCC
* * * * * * * **
20949 TTATGGTCACCCATTTCTTTAAAAGGCTTACTACTCACTTTGAATGGTTTTATAACCTTGTAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
21014 GATTTTAGGTTAAATTTTTTA-ATATTCTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TT-TTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATCTTGA
* * * *
21078 AAAACGTGAAGAACAAGCCACTCATTGACTAGAAAAGTTTAT
128 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* ** * ** * *
21120 TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
21185 GATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATATAA-TGAAATGTCTGTCTCGTAA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTG-AATGTCTATCTTGAAA
* * * *
21249 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGTAAAGTCCAT
130 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
** * * * * *
21289 TTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTCCTTATTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
21354 GATATTAAGCTGAATTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATATCT-GCCTGAGG
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATCTTGA-A
* * *
21417 AAAGGTGAAGAAAAAGTCGTTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
129 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* ** * * * * *
21458 TTATAGCCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTGTAACCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
21523 GATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGGTTATAATTGAATGAT-TATCTTGA
66 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-GATATAATTGAATG-TCTATCTTGA
* * * * * *
21587 AAAATGTGAAGAAAAAACCATTAATAGGCAAGAAAAGTCAAT
128 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * *
21629 TTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
21694 CATTTTAAGTTGAAATTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATATAATTGAATGTGTGTCTTGAAAA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAAAA
* * *
21759 ACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGACTAA-AAAAGTCTAT
131 ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCTAT
* ** * * * * * *
21798 TTATAGTCACCTATGGCTT-GAAACCCTTATTACTCACTTTAAA-GAATTTTTTAATTTCGTAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * * *
21861 TGATTACAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT-TCGAATTGATTGTCTA-CCTC
65 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAT--AATTGAATGTCTATCTTG
* * * * *
21924 AAGAAACATAAAGAAAAAGTCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
127 AA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * *
21968 TTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * *
22033 GATTTTGTGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATATCTATGTTGAAA
66 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAAA
* * * *
22098 AACATGAAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
130 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * *
22138 TTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTACAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * **
22203 GATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATATAATTGAATGTTTGTCTCAAAA
66 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAAA
* ** *
22268 AACATGAAGTTAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
130 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * * * *
22308 TTATAGCCACTCGTTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATA
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
22373 CATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAATACAGATTTTAATTGAATGTTTACCTCAAA
66 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATCTTGAA
* * *
22438 AAACGTGAA-AAACAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCAT
129 AAACGTGAAGAAA-AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * *
22479 TTAGAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATTATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
22544 GATTTTAAGTTAAACTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCT-GCTTTGA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAAC-AGATATAATTGAATGTCTATC-TTGA
* *** * *
22607 AAAACGCGAAGAAAAAGTTGTTCATTGACAAAAAAAGTATAT
128 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * ** *
22649 TTATAGTAACGCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCGTAATCTTATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
22714 GATTTTAAGTTAAACGTTTTTATATTTTT-GACTAAAACAAGCTATAATTGAGTGTGC---CTTT
66 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAC-AGATATAATTGAATGT-CTATCTTG
* * * *
22775 AATAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCAT
127 AA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * *
22819 TTATAGTCACGCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
22884 GATTTTAAGTTGATTTTTTTAGC-GTTTTAGTTAAATCATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATCTTGAA
* * ** * * * *
22948 AAACGTAAAAAAAAAAGTTATTCATTGACTAGCAATGTCCAT
129 AAACGT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* ** ** *
22990 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTCATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
23055 GATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTGAAAAAAGCTATAATTAAATTTTTACCTCGAA
66 GATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAA
23120 AAACGT-AATGAAAAAGCCATTCATT
129 AAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATT
23145 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1649, Mismatches: 330, Indels: 92
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 70 0.04
169 359 0.22
170 633 0.38
171 535 0.32
172 47 0.03
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTATCTTGAAAA
ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
Found at i:22593 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 20969--23083 Score: 2081
Period size: 511 Copynumber: 4.1 Consensus size: 507
20959 CCATTTCTTT
* * * * ** *
20969 AAAAGGCTTACTACTCACTTTGAATGGTTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * * *
21034 A-ATATTCTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAAACGTGAAGAACAAGCCA
66 ACAT-TTTTTACT-AAAACAG-TTATAATTGAATATCTATCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAACCA
* * * ** * *
21098 CTCATTGACTAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAA
128 TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
21163 ATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAT
193 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAT
* ** *
21228 AA-TGAAATGTCTGTCTCGTAAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGACAAGTAAAGTCCATTT
258 AATTG-AATGTGTGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
21291 ATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTCCTTATTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCGTAATTG
321 ATAGTCA-CCATTCC-TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * **
21355 ATATTAAGCTGAA-TTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATATCTGCCTGAGGA
383 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAAA
* * * * * *
21418 AAGGTGAAGAAAAAGTCGTTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTT
448 AACGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTC
* * * * * * *
21478 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTT
** * *
21543 TACATTTTTGGCTAAAATAGGTTATAATTGAATGAT-TATCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAACCA
65 TACATTTTTTACTAAAACA-GTTATAATTGAAT-ATCTATCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAACCA
* * * * *
21607 TTAATAGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
128 TTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
21671 AATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAATTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATA
192 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATA
** * *
21736 TAATTGAATGTGTGTCTTGAAAAACATGAAAAAAAAG-TCATTCATTGACTAA-AAAAGTCTATT
257 TAATTGAATGTGTGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATT
** * * * * *
21799 TATAGTCACCTATGGCTTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAA-GAATTTTTTAATTTCGTAATTG
320 TATAGTCACC-ATTCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-ATTTTATAATCTCATAATTG
** * * * * * *
21863 ATTACAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTCGAATTGATTGTCTACCTCAAGA
383 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAAA
* * * * *
21928 AACAT-AAAGAAAAAGTCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTC
448 AACGTGAAA-AAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTC
* * ** *
21988 AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGTGTTGAATATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTT
* * * * *
22053 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATATCTATGTTGAAAAACATGAAAAAAAAACCAT
65 TACATTTTTTA-CTAAAACAGTTATAATTGAATATCTATCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAACCAT
* * * * *
22117 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTATA
129 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
22182 TGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATAT
194 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAT
* ** *
22247 AATTGAATGTTTGTCTCAAAAAACATGAAGTTAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
258 AATTGAATGTGTGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * **
22312 AGCCACTCGTTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATACATT
323 AGTCAC-CATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** *
22377 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAATACAGATTTTAATTGAATGTTTACCTCAAAAAAC
386 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAAAAAC
* * * * * **
22442 GTGAAAAACAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTAGAGTAACCCATGCCTTC
451 GTGAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTC
* * * * *
22499 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAACTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * ****
22564 ACATTTTTTACTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCT-GCTTTGAAAAACGCGAAGAAAAAGTTGT
66 ACATTTTTTACTAAAAC-AGTTATAATTGAATATCTATC-TTGAAAAACGTGAAGAAAAAACCAT
* * * * * *
22628 TCATTGACAAAAAAAGTATATTTATAGTAACGCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAA
129 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* ** * * * * * *
22693 TGGTTTCGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAACGTTTTTATATTTTT-GACTAAAACAAGCT
194 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAC-AGAT
* * * * * * * *
22757 ATAATTG-A-GTGTGCCTTTAATAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCATT
256 ATAATTGAATGTGTGTC-TCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
*
22820 TATAGTCACGCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
320 TATAGTCAC-CATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** ***
22885 ATTTTAAGTTG-ATTTTTTTAGC-GTTTTAGTTAAATCATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGA
383 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAA
* * * * * *
22948 AAACGTAAAAAAAAAAGTTATTCATTGACTAGCAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
447 AAACGT-GAAAAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTC
** ** * **
23010 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTCATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT
23075 TACATTTTT
65 TACATTTTT
23084 GGTTGAAAAA
Statistics
Matches: 1327, Mismatches: 244, Indels: 67
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
508 54 0.04
509 402 0.30
510 316 0.24
511 527 0.40
512 28 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
ACATTTTTTACTAAAACAGTTATAATTGAATATCTATCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAACCATTC
ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATATAAT
TGAATGTGTGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCATTCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAA
AAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTC
Found at i:24334 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 23502--24336 Score: 791
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 336
23492 NNNNNNNNNN
*
23502 TATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACACATTAAAATTG
1 TATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTG
* * * * * *
23567 ATTGTCTAT-CTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAAC
66 AATG-CT-TGCCTGAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGC
* * ****
23630 AACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTANNNNNNNNNNTGTAATCTCATAATTGATTTTA
129 CACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTA------TAAATGTAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * * * *
23695 TTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACATT
188 AGTTCAATTTTTTGACATTTTTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCCGCTTCGAAAAACATG
* *
23760 AAGAAAAAGACATTCATAGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAACCTTAT
253 AAGAAAAAGACATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACGCATTCCTTCAAAAACCTTAT
23825 TACTCGCTCTAAATAGTTT
318 TACTCGCTCTAAATAGTTT
* * ** *
23844 TATAATCTCAG-AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTCACCTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT
1 TATAATCTC-GTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATT
* * * * * * * * * * *
23908 GAATGTTTGCCTTAGGAAATATGAGGAAAAAGTTATGCATTGACTAGAAATGTCCATTTATAGTC
65 GAATGCTTGCCTGAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCC
** * * * ****
23973 ACCAAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAA
130 ACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAA------TGTAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
24038 GTTCAATTTTTTGATATTTTTGGTTAAAATAGAC-ATAATTGAATGTCCG-TCTCGAAAAACATG
189 GTTCAATTTTTTGACATTTTTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCCGCT-TCGAAAAACATG
* * ** *
24101 AAGAAAAA-AGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTA
253 AAGAAAAAGA-CATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACGCATTCCTTCAAAAACCTTA
* * ********
24165 TTGCTCGCTTTANNNNNNNN
317 TTACTCGCTCTAAATAGTTT
** * * * *
24185 NNTAATCTCGTAATTGATATTAAGCTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATT
1 TATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATT
**
24250 GAATGCTTGCCTGAGGAAAGGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCC
65 GAATGCTTGCCTGAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCC
* *
24315 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
130 ACCAATTCTTTCAAAAGCCTTA
24337 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 92, Indels: 26
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 116 0.30
342 267 0.69
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
TATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTG
AATGCTTGCCTGAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCA
CCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT
TTTTTGACATTTTTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCCGCTTCGAAAAACATGAAGAAAAA
GACATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACGCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCT
CTAAATAGTTT
Found at i:25038 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 24872--25159 Score: 373
Period size: 160 Copynumber: 1.8 Consensus size: 159
24862 GCCGAGCATG
* * *
24872 TAAAAAAATTCAAAATAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAAAATAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-T
* *
24937 TTAAAAGAATAGGTTG-TTATAAATAGACTTTTTTTA-CCAATGAACGGCTTTTTCTTCATGTTT
65 TTAAAAGAATAGG-TGACTATAAATAGAC-TTTTTTAGCCAATGAACGACTTTTTCTTCATGTTT
25000 CTTTCAATTCTAATGTGTTTTAACCAAAAATA
128 CTTTCAATTCTAATGTGTTTTAACCAAAAATA
** * * **
25032 TAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTACGAGATTATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAAAATAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
25097 TGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTTTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTC
66 TAAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTAGCCAATGAACGACTTTTTCTTCATGTTTC
25160 CCACGGCAGA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 18, Indels: 5
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
158 9 0.08
159 45 0.42
160 54 0.50
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (159 bp):
TAAAAAAATTCAAAATAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TAAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTAGCCAATGAACGACTTTTTCTTCATGTTTCTT
TCAATTCTAATGTGTTTTAACCAAAAATA
Found at i:25892 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 25579--26040 Score: 459
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
25569 NNNNNAATGA
* *
25579 ACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAAGGTA-A-ATTCAATTATAGCTT
1 ACTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAACTT
* *
25642 G-TTTTAGTCAAAAATATAAGAAAGTTTAACTTAAAATCAA-ATATGAGATTATGAAACCATTTA
65 GTTTTTA-TCAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATGAAACCATTTA
* *
25705 AAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGCGCTACTATAAATAT
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGCTACTATAAATAG
* * *
25749 ACTTTTTTTGTTAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAACTTG
1 ACTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAACTTG
* ********** *
25814 TTTTTATAAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATAATGANNNNNNNNNNCTATTTAAAG
66 TTTTTATCAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAAACCATTTAAAG
* * * * *
25879 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTTACTATAAATGG
131 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGCTACTATAAATAG
* * * * * * **
25920 GCTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTGCTT-TTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAA-TC
1 ACTTTTTTTGTCAATGAATGACTT-TTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAACT-
* * * * * * * *
25983 TGTATTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAC
64 TGTTTTTATCAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAAAC
26041 NNNNNNNNNN
Statistics
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169 5 0.02
170 39 0.17
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ACTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAACTTG
TTTTTATCAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGCTACTATAAATAG
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27986 GAATGCGTGA
27996 CTATAAATGGACTTTTCTTAC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTAC
* **
28017 CTATGAATGGTTTTTTCTT
1 CTATAAATGGACTTTTCTT
28036 CATGTTTTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTATAAATGGACTTTTCTTAC
Found at i:28515 original size:170 final size:160
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28290 TTACAATACT
* ** * * * *
28300 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTTACTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATG
1 ATTTAAAACGAGTAATAAAACTTTCGAAGGAATGTGTTACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATG
** ** *
28365 AAAGGCTTGTT-CTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTATTAACC-AAAAT-
66 AAACACTT-TTACTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTAT-ATATGTATTAACCAAAAATA
*
28427 GTATAAAAATTCAACTTAAAATGAATTANNNNNNNNNNAAACC
129 TTA-AAAAATTCAACTTAAAATGAATTA----------AAACC
* *
28470 ATTTAAAACGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATAG-G-TAGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
1 ATTTAAAACGAGTAATAAAACTTTCGAAGGAAT-GTGTTA-CTATAAATAGACTTTTCTAGCCAA
* * * * *
28533 TGAATCACTTTTACTTCATGTTTTTCGAGACAGACATTCAATTATATATGTTTTAACTAAAAATA
64 TGAAACACTTTTACTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTATATATGTATTAACCAAAAATA
*
28598 TTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
129 TTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATT
28624 NNNNNNNNNN
Statistics
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170 111 0.87
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ATTTAAAACGAGTAATAAAACTTTCGAAGGAATGTGTTACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATG
AAACACTTTTACTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTATATATGTATTAACCAAAAATATT
AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAAAACC
Found at i:29772 original size:21 final size:20
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29733 GAATGTGTGA
29743 CTATAAATGGACTTTTCTTGC
1 CTATAAAT-GACTTTTCTTGC
* *
29764 CTATGAATGTCTTTTCTT
1 CTATAAATGACTTTTCTT
29782 AATGTTTTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTATAAATGACTTTTCTTGC
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32957 NNNNNNNNNT
* * * * * **
32967 ATTTATAGTCACTCATACCTTC-AAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNN
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
******** * * * * * * * *
33031 NNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGATTGTTTGCCTTG
66 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * ** *
33096 GGAAGCATGAAGTAAAAG-C-TGATCATTGACAAGAAAAGTCT
130 AGAAACGTGAAGAAAAAGACAT--TCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
33137 ACTTT-TAGTCACCTATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGGTTTGTAATCTCATA
1 A-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
********* * * *
33201 ATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTACATTTTTAGTCAAAACATACTT-TAATTGAATGTTTGCCT
65 ATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA-TTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
33265 CAAGAAACTTGAAGAAAAAGAAATTCATGGGTAAGAAAAGTCC
128 CGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * *
33308 ATTTATAGTCACCCATAAT-C-TCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCGT-A
1 ATTTATAGTCACCCAT--TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCA
* * * *
33370 TAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTACATTTTTTA-TTAGAACAAATTACAATTGAATGTCTAC
63 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
33434 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAATTCC
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* * * *
33479 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTACTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
33544 ATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGCATGTCTAGCTTG
66 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * *** *
33609 AGAAAGGTGAAGAAAAGGGCATTCATTAGCCGGAAAAGTCT
130 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
33650 ATTTATAATCGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAATCTTAAAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
33715 TTCATTTTAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTCAAACAAATTATAATTAAATGTCTATCAT
66 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CCT
* * * *
33780 -GAGAGACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCC
128 CGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * *
33822 ATTTATAGTCA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
33886 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCAG-TAAAACAAAGTGTAATTGAATGCCTGCCTC
66 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * *
33950 AAGAAACGTGTAA-AAAAAGTCACTCATTGAG-AGGAAAAGTCC
129 GAGAAACGTG-AAGAAAAAGACATTCATTG-GTAAGAAAAGTCC
** * *
33992 ATTTATAGTTTCTCA-TCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
34055 GTTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTAGTTAAACCATATTATGATTAAATGTCTCCCTCA
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCG
** * * *
34120 AGAAATATGAAGAAAAA-AAATTCATCGATAAGAAAAGTCC
130 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* *
34160 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * *
34225 TTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-A-AGTCTATAATTGAATGTCTACCTT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA-T-TATAATTGAATGTCTACCTC
* * * ** * * * *
34288 G-GAGAACATAAAGTAAAACCCATCCATTGGCACGAAAAGTCT
129 GAGA-AACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* ** * * * *
34330 ATTTATAGTCACTCAAGCCTT-AGAAAGTCTTATTACTTC-CTTTAAATGGCTTTATAAAT-TAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCA
* *
34392 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
63 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
* *
34457 TTGAGAAACGTGAAGAATAAAG-CATTCATAGGTAAGAAAAGTCC
127 TCGAGAAACGTGAAGAA-AAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * *
34501 ATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* *
34566 CTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT--TTAAAA-AAAGTCTATAATTGAATGTCT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA-T-TATAATTGAATGTCT
34623 GCCTTGAGGA
Statistics
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0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
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173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
Found at i:39768 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
39462 NNNNNNNNNN
* ** *
39472 TTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATCAAAAA
* * * * * * **
39537 AAATTATAATTGATTGTCTGCCTTGGGAAGCGTGATGTAAAAGCTGATCATTGACAAGAAAAGTC
66 AAATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCAAATCATTGACAAGAAAAGTC
* *
39602 TATTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTGTTTCTCAC
131 CATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTGTTTCTCAC
* * *
39643 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATCAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATCAAAA-
* * * * *
39708 ATACTT-TAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAG-AAATTCATTGGCAAGAAAAG
65 AAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCAAA-TCATTGACAAGAAAAG
* ** * ** * *
39771 TCCATTTATAGTCACCCGTAATCTCAAAAACCTTATTACTCAC
129 TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTGTTTCTCAC
* *
39814 TTTAAATAGTTTTATAGTCGT-ATAATTGA
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGA
39843 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 33, Indels: 6
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 158 0.96
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATCAAAAA
AAATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCAAATCATTGACAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTGTTTCTCAC
Found at i:44076 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 44042--44099 Score: 116
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
44032 TGTGCCACTA
44042 ACCTTGCTTTGTTTCTAATGACATT
1 ACCTTGCTTTGTTTCTAATGACATT
44067 ACCTTGCTTTGTTTCTAATGACATT
1 ACCTTGCTTTGTTTCTAATGACATT
44092 ACCTTGCT
1 ACCTTGCT
44100 CATCTACCTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 33 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.22, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (25 bp):
ACCTTGCTTTGTTTCTAATGACATT
Found at i:49190 original size:171 final size:166
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Indices: 48636--49716 Score: 854
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 166
48626 TAGGACCAAC
* *
48636 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATCTTTTTA
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTA
* * ** * * * *
48701 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCGCAGAACACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAA
66 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-ATCTTAGGACACG-AAAGAAAAAGCCATTCATTGACTA
* *
48766 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTC-AAAGCCTT
* * * *
48806 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATA--TTTT
* * * ** * * * * *
48870 TGGTTGAAACA-AGCTATAATTGAAT-TTTTACCTCGAAAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTG
64 TAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCAT-CTTAG-GACACG-AAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
48933 ACAAAAAAAG-CCATTTATAGTCATCCATTCCATCAAAGGCCTT
125 ACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAA-GCCTT
* * * *
48976 ATTAATTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTT
* * * * * * *
49041 TGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTTTGGACATGAGAAGAAAAAGCCATTTATTG-GT
65 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCA-TCTTAGGACACGA-AAGAAAAAGCCATTCATTGACT
* *
49105 -GAGAAAGCTCCATTTGTAGTCACCTATTCCTTCCAAAGCCTT
128 AGA-AAAG-TCCATTTATAGTCACC-ATGCCTT-CAAAGCCTT
* * * ** *
49147 ATTACTCACTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTT
** * * * * *
49212 AGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGT-TTGCCTTGGGAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGAC
65 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAT--CTTAGGACAC-GAAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * *
49276 TAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCTTTTGAAAGCCAT
127 TAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGC-CTTCAAAGCCTT
** * * * *
49318 ATTACTTTCTTTAAATTGTTTTGTAACCT-AGAACTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTT
* * * * *
49382 TAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTC-TACTATAGGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTTATTGA
64 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAT-CT-TAGGACACG-AAAGAAAAAGCCATTCATTGA
***
49446 CTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAATTTT
126 CTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAGCCTT
** *
49488 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTT
* * * * * * * * * *
49553 GGTTAAAACATATTAGAATTGATTATCTATC-TCGAGAAACGTAAAGAAATAGCCGTTCATTG-G
65 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-ATCTTAG-GACACG-AAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * *
49616 TAAAAAAAATCTATTTATAG-CAAGTCATTCCTTCAAAAGCCTT
127 T-AGAAAAGTCCATTTATAGTC-A-CCATGCCTTC-AAAGCCTT
* * *
49659 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTT
49717 TATAGCTACC
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 139, Indels: 80
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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169 14 0.02
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172 31 0.04
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (166 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTA
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCATCTTAGGACACGAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAGCCTT
Found at i:49272 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 48643--49716 Score: 1058
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 338
48633 AACATTACTC
*
48643 GCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATCTTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * ** * * * * *
48707 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCGCAGAACACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAG
65 ACAGATTATAATAGAATGTC-ATCTTAGGACACGAGAAGAAAAAGCCATTTATTGA-TAGAAAAG
* * * *
48772 TTCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCG
128 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCG
* * * *
48837 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTGAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACC
193 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA-TTATAATTGAATGTTTACC
* * * *
48902 TCGAAAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAG-CCATTTATAGTCATCCATTC-CA
257 TCGAAAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCTCA
*
48965 TCAAAGGCCTTATTAATT
322 TCAAA-GCCATATTAATT
* *
48983 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAA
* * * *
49048 ACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTTTGGACATGAGAAGAAAAAGCCATTTATTGGT-GAGAAAG
65 ACAGATTATAATAGAATGTCA-TCTTAGGACACGAGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAGA-AAAG
* * *
49112 CTCCATTTGTAGTCACCTATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGGTTTTATAATCTC
128 -TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * ** *
49177 ATAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGTTTGC
192 GTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTTTAC
* ** * * *
49242 CTTGGGAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCTT
256 CTCGAAAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCTC
* * *
49307 TTGAAAGCCATATTACTT
321 ATCAAAGCCATATTAATT
* * * *
49325 TCTTTAAATTG-TTTTGTAACCT-AGAACTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTTTAGTTA
1 GCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTAGTTA
* * *
49388 AAACATATTATAATTA-AATGTC-TACTATAGGAAACGTA-AAGAAAAAGCTATTTATTGACTAG
63 AAACAGATTATAA-TAGAATGTCAT-CT-TAGGACACG-AGAAGAAAAAGCCATTTATTGA-TAG
*** *
49450 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-CAAAATTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
123 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
49514 TCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGATTAT
188 TCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGT
* * * * * * * ** ** *
49579 CTATCTCGAGAAACGTAAAGAAATAGCCGTTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAG-CAAGT-C
252 TTACCTCGAAAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTC-A-TCC
* * * * *
49642 ATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTC
315 ATGCTCATC-AAAGCCATATTAATT
* * * *
49666 GTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTT
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTT
49717 TATAGCTACC
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 108, Indels: 43
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 57 0.09
341 374 0.62
342 147 0.24
343 21 0.03
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (338 bp):
GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
CAGATTATAATAGAATGTCATCTTAGGACACGAGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAA
TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
AAAACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCTCATCAA
AGCCATATTAATT
Found at i:49657 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 48636--49719 Score: 1206
Period size: 512 Copynumber: 2.1 Consensus size: 512
48626 TAGGACCAAC
* **
48636 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATCTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATCTTTTT
* * * * *
48700 AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCGCAGAACACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACA
66 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCGCAGAACACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGACA
** *
48765 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
131 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
48830 AATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTGAAACAAGCTATAATTGAAT
196 AACCTAGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACTTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTAAAT
* * * *
48895 TTTTACCTCGAAAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGCCATTTATAGTCATCCA
261 GTCTACATAGAAAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGCCATTTATAGTCATCCA
* * * *
48960 TTCCATCAAAGGCCTTATTAATTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAA
326 TGCCATCAAAGACCTTATTAATCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* * * * * *
49025 ATTTTTTAATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTTTGGACATGAGAAGAAA
391 ATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATAGAATATCAGTCTTCGGAAACGAGAAGAAA
* * * ** * * *
49090 AAGCCATTTATTGGTGAGAAAGCTCCATTTGTAGTCACCTATTCCTTCCAAAGCCTT
456 AAGCCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCAACTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
49147 ATTACTCACTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGATTTTTTTTA-CATTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATC-TTTT
** * * *
49211 TAGTTAAAACAGATTATTGTTGAATGTTTGCCTTG-GGAA-ACATAAAAAAAAAGCCATTCATTG
65 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC--GCAGAACACATAAAAAAAAAGCCATTCATTG
* * * ** *
49274 ACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCTTTTGAAAGCCATATTACTTTCTTTAAATTGTTT
128 ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
49339 TGTAACCTAG-AACTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCA-TATTTTTAGTTAAAACATA-TTATAA
193 TATAACCTAGTAA-TTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACT-TTTTTAGTTAAAACA-AGCTATAA
* * * *
49401 TTAAATGTCTACTATAG-GAAACGTAAAGAAAAAGCTATTTATTGACTAGAAAAGTCCATTTATA
255 TTAAATGTCTAC-ATAGAAAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAG-CCATTTATA
* ** * * **
49465 GTCA-CCTATGCCTTCAAA-ATTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATT
318 GTCATCC-ATGCCATCAAAGACCTTATTAATCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
49528 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGATTATCTA-TC-TCGAGAA
382 TTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATAGAATATC-AGTCTTCG-GAA
* * * *
49591 ACGTA-AAGAAATAGCCGTTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAG-CAAGTCATTCCTTCAAAA
445 ACG-AGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCAACT-ATTCCTTCAAAA
49654 GCCTT
508 GCCTT
* * *
49659 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTAT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT-TTTTTTTAT
49720 AGCTACCTAT
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 84, Indels: 30
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 52 0.11
512 379 0.80
513 32 0.07
514 9 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (512 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATCTTTTT
AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCGCAGAACACATAAAAAAAAAGCCATTCATTGACA
AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
AACCTAGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCACTTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTAAAT
GTCTACATAGAAAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGCCATTTATAGTCATCCA
TGCCATCAAAGACCTTATTAATCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATAGAATATCAGTCTTCGGAAACGAGAAGAAA
AAGCCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCAACTATTCCTTCAAAAGCCTT
Found at i:49786 original size:86 final size:84
Alignment explanation
Indices: 49642--49800 Score: 228
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 84
49632 ATAGCAAGTC
* * * * * *
49642 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTCATTTTAAGTT-
49707 AATATTTTTTTATAGCTACCT
65 AAT-TTTTTTTATAGCTACCT
* *
49728 ATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTTATTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTCATTTTAAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTCATTTTAAGTTA
49793 ATTTTTTT
66 ATTTTTTT
49801 ATATTTTTGG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 8, Indels: 2
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 6 0.09
85 3 0.05
86 56 0.86
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.08, T:0.49
Consensus pattern (84 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTCATTTTAAGTTA
ATTTTTTTTATAGCTACCT
Found at i:56223 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 55928--57198 Score: 1068
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
55918 TTAACCGACA
* * * **
55928 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAAATATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGA
* ** * * * * *
55993 ATGTTTATCTTGGGAATCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACT-AGAATAGTCTATTTATACTCA
66 ATGTTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATACTCA
* * * *
56057 CCCATGTCTTCAAAAGCTTTATTATTCACTTTAAATAGTTTT
130 CCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
56099 ATAATCTCGTAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGA
* * * * * *
56164 ATTTTTACCTTGAAAAACGTAAAGAAAAGGTCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCAC
66 ATGTTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCAC
** * *
56229 TTATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTTGCTTTAAATGGTTTT
131 CCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
56270 ATAATCTC-TAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTA-TATTTTTAGTTAAAAC-AGACTATAATA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAAG-TTATAATT
* * * * ** * * * * *
56332 GAATG-TCAGTCTTTG-AAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTGTTAGCAAAAAAAATCTATTTATAG
64 GAATGTTTA--CCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA-
*
56395 C-CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTT
126 CTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
56440 GTACTCTCATAACTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTAC-ATTTTCGCTAAAACAGGTTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTG
* * * * * * * *
56504 AATGTATGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCA
65 AATGTTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCA
* *
56569 CCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
130 CCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
56611 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAG-TTATAATTG
** * ** * * * * *
56675 AATGTTTGTCTTGGAAAATATGAAGAAAAAGTGATTCATTGACT-AGAAAAGCCCATTTATAATA
65 AATGTTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATACTC
* ** *
56739 ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTT
129 ACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * *
56782 GTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAGTAGGCTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTG
* ** ** * * *
56846 AATGTCTGTCTCAAAAAACGT-AAGGAAAAAG-CTATTCTTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGC
65 AATGTTTACCTTGAAAAACGTGAA-GAAAAAGTC-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA-C
*
56909 -CACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
127 TCACCCA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
56953 ATAATCTCATAATCT-TTTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATT
1 ATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAG-TTATAATT
* * * * * * *
57015 GAATGTCTAGCTTGGGAAAA-GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACT-TGAAAAGTCTATTTATAG
64 GAATGTTTACCTT-GAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAC
* * *
57078 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
127 TCACCCAT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
57123 ATAATTTCGTATTTGATTTTATGTTGAATTTTGTTACATTATTGGTCAAAACAAATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGA
* *
57188 TTGTCTACCTT
66 ATGTTTACCTT
57199 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 886, Mismatches: 178, Indels: 72
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 272 0.31
171 595 0.67
172 11 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAGTTATAATTGA
ATGTTTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCAC
CCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:56789 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 55928--57198 Score: 1405
Period size: 512 Copynumber: 2.5 Consensus size: 511
55918 TTAACCGACA
* * * * * * *
55928 ATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAAATATAATTG
1 ATAATCTCATAATCT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTCGCTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** * * *
55992 AATGTTTA-TCTTGGGAATCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAATAGTCTATTTATACTC
64 AATGTATAGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * * * *
56056 ACCCATGT-CTTCAAAAGCTTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTTATTTTA
129 ACCCAT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTA
* * * * *
56120 AGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACCTTGAAAAACGTA
193 AGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA-TTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATA
* * * * * ** *
56185 AAGAAAAGGTCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
256 AAGAAAAAGTCATTCATTGCTAAAAAAAACCCATTTATAATAACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
56250 TCCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-TAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAG
321 TACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTAG
*** *
56314 TTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTTTGAAAATGTGAA-GAAAAAGGC-ATT-TGTTAGC
386 TTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTCAAAAAACGT-AAGGAAAAA-GCTATTCT-TTAGC
* * *
56376 AAAAAAAATCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTT
448 AAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * *
56440 GTACTCTCATAA-CTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTACATTTTCGCTAAAACAGGTTATAATTG
1 ATAATCTCATAATCT-ATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTCGCTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
56504 AATGTAT-GCCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAG-GTAAGAAAAGTCGATTTATAGT
64 AATGTATAGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACT-AGAAAAGTCTATTTATAGT
* *
56567 CACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
128 CACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTA
* * ** * * *
56632 AGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGAAAATATG
193 AGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATA
* * * **
56697 AAGAAAAAGTGATTCATTGACT-AGAAAAGCCCATTTATAATAACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA
256 AAGAAAAAGTCATTCATTG-CTAAAAAAAACCCATTTATAATAACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
56761 TTACTCGCTTTAAATCGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTA
320 TTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTA
** * * * * *
56826 GTTAAAGTAGGCTATAATTGAATGTCTGTCTCAAAAAACGTAAGGAAAAAGCTATTCTTTGGCAT
385 GTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTCAAAAAACGTAAGGAAAAAGCTATTCTTTAGCAA
* * *
56891 GAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
450 AAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
56953 ATAATCTCATAATCTTTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 ATAATCTCATAATCTATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGCTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
57018 TGTCTAGCTTGGGAAAA-GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTTGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
66 TGTATAGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * * *
57082 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCGTATTTGATTTTATGT
131 CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGT
* * * *
57147 TGAATTTTGTTACATTATTGGTCAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTT
196 TGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAAC-AATTATAATTGAATGTTTACCTT
57199 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 115, Indels: 34
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 6 0.01
512 442 0.70
513 176 0.28
514 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (511 bp):
ATAATCTCATAATCTATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGCTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTATAGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGT
TGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATAAAGAA
AAAGTCATTCATTGCTAAAAAAAACCCATTTATAATAACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAA
ACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTCAAAAAACGTAAGGAAAAAGCTATTCTTTAGCAAAAAAAA
TCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
Found at i:57184 original size:683 final size:683
Alignment explanation
Indices: 55928--57187 Score: 1676
Period size: 683 Copynumber: 1.8 Consensus size: 683
55918 TTAACCGACA
* *
55928 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAAATATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAAATATAATTGA
* * * * * *
55993 ATGTTTATCTTGGGAATCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAATAGTCTATTTATACTCAC
66 ATGTTTATCTTGGAAATCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAATAAC
* * * * * *
56058 CCATGTCTTCAAAAGCTTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTTATTTTAAGT
131 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
* * **
56123 TGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACCTTGAAAAACGTAAAG
196 TGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAG
* * * ** *
56188 AAAAGGTCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTCC
261 AAAAGCTCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
**
56253 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAA
326 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAA
* **
56318 AACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTTTGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTGTTAGCAAAAAAA
391 AACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAA
* * * *
56383 ATCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTGTACTCTC
456 ATCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* **
56448 ATAACTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTACATTTTCGCTAAAACAGGTTATAATTGAATGTATGC
521 ATAACTGATTTTAGGTTAAATTTGTGTTACATTTTCGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTATGC
56513 CTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCTATTCCT
586 CTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCTATTCCT
56578 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
651 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
56611 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAAATATAATTGA
* *
56676 ATGTTTGTCTTGGAAAAT-ATGAAGAAAAAGTGATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAATAA
66 ATGTTTATCTTGG-AAATCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAATAA
** * * *
56740 CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAA
130 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
** * **
56805 TTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAGTAGGCTATAATTGAATGTCTGTCTCAAAAAACGTAA
195 TTGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAA
* * ** * *
56869 GGAAAAAGCT-ATTCTTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTAT
259 AG-AAAAGCTCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
56933 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TCTTTTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTG
323 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-TAATTC-ATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTA
* * *
56996 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAG-CTTGGGAAAA-GTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GA
386 GTTAAAACAGACTATAATAGAATGTC-AGTCTT-GGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-
*** * * * *
57058 CTTGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
448 CAAAAAAAATCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * * *
57123 ATAATTTCGTATTTGATTTTATGTTGAATTT-TGTTACATTATT-GGTCAAAACAAATTATAATT
513 ATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTAAATTTGTGTTACATT-TTCGCT-AAAACAAATTATAATT
57186 GA
576 GA
57188 TTGTCTACCT
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 76, Indels: 20
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
682 12 0.02
683 439 0.89
684 40 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (683 bp):
ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAAATATAATTGA
ATGTTTATCTTGGAAATCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAATAAC
CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
TGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAG
AAAAGCTCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAA
AACAGACTATAATAGAATGTCAGTCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAA
ATCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATAACTGATTTTAGGTTAAATTTGTGTTACATTTTCGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTATGC
CTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCTATTCCT
TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:57185 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 55928--57193 Score: 1451
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 342
55918 TTAACCGACA
* * * *
55928 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAAATATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
55993 ATGTTTA-TCTTGG-GAATCATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAATAGTCTATTTATACTC
66 ATGTCTAGTCTTGGAAAAT-GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * * * * *
56056 ACCCATGTCTTCAAAAGCTTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTTATTTTAA
130 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
56121 GTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACCTTGAAAAACGTAA
195 GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTGCCTCGAAAAACGTAA
* * * *
56186 -AGAAAAGGTCATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
260 GA-AAAAGCT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
56250 TCCTTGCTTTAAATGGTTTT
323 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
56270 ATAATCTC-TAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAGA
1 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * ** * * * *
56334 ATGTC-AGTCTTTGAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTGTT-AGCAAAAAAAATCTATTTATAGCC
66 ATGTCTAGTCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGA-CTAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * * * *
56397 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTGTACTCTCATAACTGATTTTAG
130 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
56462 GTTAAATTTGTTTTACA-TTTTCG-CTAAAACAGGTTATAATTGAATGTATGCCTCGAAAAACAT
195 GTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTC-AAAACAAGCTATAATTGAATGTCTGCCTCGAAAAACGT
* * * *
56525 GAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTA
258 -AAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
56590 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
322 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
56611 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * *
56676 ATGT-TTGTCTTGGAAAATATGAAGAAAAAGTGATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAATAA
66 ATGTCTAGTCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
** * * *
56740 CCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAA
131 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** * * *
56805 TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAGTAGGCTATAATTGAATGTCTGTCTCAAAAAACGTAAG
196 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTGCCTCGAAAAACGTAA-
* * * * * *
56870 GAAAAAGCTATTCTTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
260 GAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
56935 CTCACTTTAAATGGTTTT
325 CTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
56953 ATAATCTCATAA-TCTTTTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTC-ATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
*
57016 AATGTCTAG-CTTGGGAAAA-GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTTGAAAAGTCTATTTATAGT
65 AATGTCTAGTCTT-GGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * *
57079 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCGTATTTGATTTTA
129 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * ** *
57144 TGTTGAATTTTGTTACATTATTGGTCAAAACAAATTATAATTGATTGTCT
194 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAAGCTATAATTGAATGTCT
57194 ACCTTNNNNN
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 139, Indels: 33
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 435 0.57
342 330 0.43
343 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTAGTCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTGCCTCGAAAAACGTAAG
AAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTT
Found at i:63099 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 62694--64094 Score: 1289
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
62684 CAAACCTTTG
** * * *
62694 AAAGCCTTATTA-TT-CTCTTCAAACGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCT-TT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTT
*
62757 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-TCCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGAT
64 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-CTGCCTC-AAAAACGTAAAGAAAAAGAT
* * *
62821 ATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTTACCCATTCTTTCAA
127 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-A
* *
62866 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTT
* * * * * * * *
62930 ATATTTTTAGTTAAAATAGGTTATAATTGATTGTCTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAAGCTGTT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAAAACGTAAAGAAAAAGATATT
* * * *
62995 CATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTAACCTATT-TCTTCA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCA
* * * * *
63036 AAAGTCTTATTATTTGCTTTAAATATTTTTGTACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTT
* * * * * *
63100 TACATTTTTGGTTAAAACATATTTTAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAGAGG
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAAAACGT-AAAGAAAAAGA--
* *
63165 AATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCA
126 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
* * ** *
63210 AAAGCCTTCTTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAG-TACAA-TGTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTA-AATTG-T
* ** * * * *
63272 TTTATATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTG-A--T-TG-----GAAACGTGAAGAAAAA-ACC
63 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACGTAAAGAAAAAGA-T
* * ** * *
63327 ATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCG
127 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
63371 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT
** * *
63435 TACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACGTAAAGAAAAAG-TCA
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTCAAAAACGTAAAGAAAAAGAT-A
* * *
63499 TTCATT-GCTAAGAGAATTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
128 TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
* **
63542 AAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTT
** * *
63607 ACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACGTAAAGAAAAAG-TCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTCAAAAACGTAAAGAAAAAGAT-AT
* * *
63671 TCATT-GCTAAGAGAATTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
129 TCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
* * ** *
63713 AAAGCCTTCTTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAG-TACAA-TGTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTA-AATTG-T
* ** * * * *
63775 TTTATATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTG-A--T-TG-----GAAACGTGAAGAAAAA-ACC
63 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACGTAAAGAAAAAGA-T
* * ** *
63830 ATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTT-G
127 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATTCTTTCA
* * * * * *
63874 AAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTT-T
* * * * * * *
63939 TACTTTTTTGGTTAAAACA-AGCTATACTTGAATGTCTGCCTAAAAAACATAAAGCAAAAGCAT-
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACGTAAAGAAAAAG-ATA
* * * *
64002 TTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATGGTCATCCATTCTTTCAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-A
64046 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
64095 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 146, Indels: 116
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 202 0.20
162 40 0.04
163 8 0.01
164 8 0.01
165 3 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
170 67 0.07
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172 109 0.11
173 10 0.01
174 108 0.11
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTT
ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAACGTAAAGAAAAAGATATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
Found at i:63825 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 62694--64094 Score: 1265
Period size: 332 Copynumber: 4.1 Consensus size: 332
62684 CAAACCTTTG
** * *
62694 AAAGCCTTATTA-TT-CTCTTCAAACGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCT-TT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TT
* * * **
62757 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATTCCTGCCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGATA
63 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA-T-CTG--T---GAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * **
62822 TTCATAGGC-AAGAAAAGTCCATTTATGGTTACCCATTCTTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
121 TTCAT-TGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
62886 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGG
184 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAG
* * * * * *
62950 TTATAATTGATTGTCTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAAGCTGTTCATTGGC-AAGAAAAGTCTA
249 CTATAATTGAATGTCTG-CTTGAAAAACATAAAGAAAAAGC-ATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCA
* * *
63014 CTTATAGTAACCTATT-TCTTCA
311 TTTATAGTCACCCATTCT-TTCA
* * * * *
63036 AAAGTCTTATTATTTGCTTTAAATATTTTTGTACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
* * * * **
63101 ACATTTTTGGTTAAAACATATTTTAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAGAGGA
65 ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG-A---AT--CT-GTGAAACGTG--AAGAAAA-AGCC
* * *
63166 ATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTCTTGCTCACTTT
120 ATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * **
63230 AAATGGTTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAG-TACAA-TGTTTTTATATTTTCGGTTAAAAC
184 AAATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTA-AATTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAAC
** * * *
63292 AAATTATAATTG-A--T-TG---G--AAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACT-AGAAAAGTC
246 AAGCTATAATTGAATGTCTGCTTGAAAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTG-CTAAGAAAAGTC
** * *
63347 CATTTATAGTCACCCACACCTTCG
309 CATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
63371 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT
* *** * *
63435 TACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACGTAAAGAAAAAGTCAT
64 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA--TCTG---TG--AAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
63500 TCATTGCTAAGAGAATTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAA
122 TCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
*
63565 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTA
187 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGCTA
* * * *
63630 TAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGCTAAGAGAATTTCATTTA
252 TAATTGAATGTCTGC-TTGAAAAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTA
63695 TAGTCACCCATTCTTTCA
315 TAGTCACCCATTCTTTCA
* * ** *
63713 AAAGCCTTCTTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAG-TACAATGTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTA-AAT-TTT
* * *
63776 TTATATTTTCGGTTAAAACAAATTATAATTG-AT-TG-GAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTG
63 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATCTGTGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** * * *
63838 ACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGT
128 -CTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * * *
63901 TTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTTACTTTTTTGGTTAAAACAAGCTATAC
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAAGCTATAA
* * * * * *
63966 TTGAATGTCTGCCTAAAAAACATAAAGCAAAAGCATTTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATGGT
255 TTGAATGTCTGCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCA-TTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
64031 CATCCATTCTTTCAA
319 CACCCATTCTTTC-A
64046 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
64095 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 126, Indels: 121
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
331 7 0.01
332 268 0.31
333 100 0.11
334 9 0.01
335 124 0.14
336 8 0.01
338 2 0.00
339 1 0.00
340 1 0.00
341 13 0.01
342 197 0.22
343 14 0.02
344 58 0.07
345 69 0.08
346 4 0.00
347 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (332 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATCTGTGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCTA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAAT
GTCTGCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
TCTTTCA
Found at i:63828 original size:503 final size:501
Alignment explanation
Indices: 62832--64094 Score: 1732
Period size: 503 Copynumber: 2.5 Consensus size: 501
62822 TTCATAGGCA
* * ** * * *
62832 AGAAAAGTCCATTTATGGTTACCCATTCTTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTC-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
* * * *
62897 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGGTTATAATTGATT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAAT
* * * * * *
62962 GTCTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAAGCTGTTCATTGGC-AAGAAAAGTCTACTTATAGTAACC
130 GTCTG-CTTAAAAAACATAAAGAAAAAGC-ATTCATT-GCTAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACC
* * * * *
63026 TATT-TCTTCAAAAGTCTTATTAT-TTGCTTTAAATATTTTTGTACTCTCATAATTGATTTTAAG
191 CATTCT-TTCAAAAGCCTTATT-TCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
63089 TTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTTTAATTGAATGTATGCCTCGAGAAACGTGAA
254 TTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAAAAACGT-AA
63154 AAAAAAAGAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTC
318 AAAAAAAGAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTC
63219 TTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATTGCATAATTGATTTTAAGTACAATGTTTTTATATTTTCG
383 TTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATTGCATAATTGATTTTAAGTACAATGTTTTTATATTTTCG
63284 GTTAAAACAAATTATAATTGATTGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACT
448 GTTAAAACAAATTATAATTGATTGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACT
*
63338 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
*
63403 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAAT
* * *
63468 GTCTGCTTTGAAAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGCTAAGAGAATTTCATTTATAGTCACCC
130 GTCTGC-TTAAAAAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTGCTAAGA-AAATTCATTTATAGTCACCC
**
63533 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
192 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
63597 AAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACGT-AAAG
257 AAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAAAAACGTAAAAA
** * * * *
63661 AAAA-AGTCATTCATT-GCTAAGAGAATTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTCTT
321 AAAAGAGGAATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTCTT
63724 GCTCACTTTAAATGGTTTTATAATTGCATAATTGATTTTAAGTACAATGTTTTTATATTTTCGGT
385 GCTCACTTTAAATGGTTTTATAATTGCATAATTGATTTTAAGTACAATGTTTTTATATTTTCGGT
63789 TAAAACAAATTATAATTGATTGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACT
450 TAAAACAAATTATAATTGATTGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACT
* * *
63841 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAAT-AGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTA
* * * * * *
63905 TAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTTACTTTTTTGGTTAAAACAAGCTATACTTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGA
* * * * * * *
63970 ATGTCTGCCTAAAAAACATAAAGCAAAAGCATTTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATGGTCATC
128 ATGTCTGCTTAAAAAACATAAAGAAAAAGCA-TTCATTGCTAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACC
*
64035 CATTCTTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
191 CATTCTTTC-AAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
64095 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 67, Indels: 32
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
502 7 0.01
503 301 0.45
504 92 0.14
505 67 0.10
506 202 0.30
507 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (501 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATG
TCTGCTTAAAAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGCTAAGAAAATTCATTTATAGTCACCCATTC
TTTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT
TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGAAAAACGTAAAAAAAAAG
AGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTCTTGCTCAC
TTTAAATGGTTTTATAATTGCATAATTGATTTTAAGTACAATGTTTTTATATTTTCGGTTAAAAC
AAATTATAATTGATTGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACT
Done.