Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401577.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_470.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7255
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.11, T:0.30
Warning! 1309 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:304 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 4--315 Score: 387
Period size: 154 Copynumber: 2.0 Consensus size: 154
1 TAC
* * *
4 ATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAAACTATAACTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGAATTCA
* * *
69 TTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAACAGCCTTATTACTCACTTTAAATAA
66 TGGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAA
* * *
134 TTTTTTAAGTTCAAATTGTTTTAT
131 TTTTGTAAGTTCAAATTGATTTAA
* * * ** * *
158 ATTTTTTGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTAGCTCGTGAAAGGTAAAGAAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAAACTATAACTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGAATTCA
** * *
223 TGGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTA-TCACTTTAAATG
66 TGGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
*
286 GTTTTGTAA-TCTCAAAATTGATTTAA
130 ATTTTGTAAGT-TC-AAATTGATTTAA
312 ATTT
1 ATTT
316 GAATTCTTCA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 21, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
152 1 0.01
153 20 0.15
154 109 0.81
155 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (154 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAAACTATAACTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGAATTCA
TGGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAA
TTTTGTAAGTTCAAATTGATTTAA
Found at i:505 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 207--1363 Score: 1072
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
197 GTGAAAGGTA
* * * * *
207 AAGAAAAAGGCATTCATGGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
272 TA-TCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTCAGTCATTTTT
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA--CATTTTT
* * * *
335 GGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAAGAAAAAAG
129 AGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAAAG
* * * * * *
378 AAGAAAAAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCGTCAT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * *
443 TACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* *
507 GTTAAAATAA-ACT-GTAATTGAATGTCTACCTCGAGAACCATAA-
130 GTTAAAA-AAGACTAG-AATTGAATGTCTACCTTGAGAA--AAAAG
* * * * * * * *
550 AA-CAAAAGGCATTCATTGAG-AATAAAAGTCTAATTGTAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * ** *
613 TTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAGTCTCAAAATTTATTTAAATTTGAA-TTCATCAGTCATTTT
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA--CATTTT
*
677 T-GCTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGCCTACCTT-A-AAAAAATG
128 TAG-TTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAAA-G
* * ** **** * *
720 AAGAAAAAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGAATTCGAAAGCTTTAT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
** * * *
785 TACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTT
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
** ***
849 AGTTAAAACGGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
129 AGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAAAG
* * * * * *
892 AAGAAAAATGCATTCATTGGGAAGAAAACTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTA
** * * ** * * * *
957 TTACTTGCTTGAAATAGTTTTATAATGACATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTG
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * *
1022 GCTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT--GAAAAACG
130 GTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAAAG
* *
1062 TAAAGAAAAAGGCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTT
1 --AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
1126 AATGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * * **
1191 TATTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTA-
128 TAGTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-AAAG
* *
1235 AAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
1299 TCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTGCATTTTT
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTT
1364 TAAAACACAT
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 159, Indels: 69
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
170 70 0.09
171 375 0.47
172 271 0.34
173 72 0.09
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
TTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAAAG
Found at i:907 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 129--1338 Score: 1356
Period size: 343 Copynumber: 3.5 Consensus size: 343
119 ACTCACTTTA
* * * * * * * *
129 AATAATT--TTTTAAGTTCAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCT
1 AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCT
* * * *
192 AGCTCGTGAAAGGTAAAGAAAAAGGCATTCA-TGGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT
66 ACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT
*
256 CCTTTAAAAGCCTTATTA-TCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
131 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * *
320 TCTTCAGTCATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAAGAAAAAAGAAGAAAA
196 TCTTCAGTCATTTTTGCTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAA-AAAAATGAAGAAAA
* * * * *
385 AAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCGTCATTACTCGT
260 AAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACATTCAAAAGCCTTATTACTCGC
450 TTTAAATAGTTTTATAATAC-
324 TTTAAATAGTTTTATAA-ACT
* * *
470 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAACT-GTAATTGAATGTC
1 AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTAG-AATTGAATGTC
* * * * * * *
533 TACCTCGAGAACCATAAA-ACAAAAGGCATTCATTGAG-AATAAAAGTCTAATTGTAGTCACCTA
65 TACCTCGAGAAACGTAAAGA-AAAAGGCATTCATTGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * *
596 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAGTCTCAAAATTTATTTAAATTTGA
129 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA
*
661 ATTCATCAGTCATTTTTGCTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAAAAAAATGAAGAAA
194 ATTCTTCAGTCATTTTTGCTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAAAAAAATGAAGAAA
** * * * *
726 AAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGAATTCGAAAGCTTTATTACTTG
259 AAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-CATTCAAAAGCCTTATTACTCG
791 CTTTAAATAGTTTTATAAACT
323 CTTTAAATAGTTTTATAAACT
* * **
812 AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACGGACTAGAATTGAATGTCT
1 AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCT
* * * * *
877 ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGG-AAGAAAACTCCATTTATAGTTA-CTCAT
66 ACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AT
* * ** * * ** * * * *
940 ACCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATAGTTTTATAATGACATAATTAATTTTAAGTTGA
130 TCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA
* * * * * * ** *
1005 AGTTTTTTA--CATTTTTGGC-TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAG
194 A-TTCTTCAGTCATTTTT-GCTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGCCTACCTT-AAAAAAATGAAG
* * * * * *
1067 AAAAAGGCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTAATGC
256 AAAAAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACATTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
1131 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
320 TCGCTTTAAATAGTTTTATAAACT
* * * * *
1155 CAA-AATTGATTCTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTATTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTC
1 -AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTC
* * * *
1219 TACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
65 TACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * *
1283 TGCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
130 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
1339 TAAGTTCAAA
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 123, Indels: 39
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.01
342 247 0.34
343 394 0.54
344 71 0.10
345 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCT
ACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT
CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
TCTTCAGTCATTTTTGCTTAAAAAAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAAAAAAATGAAGAAAAA
AGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATAGTTTTATAAACT
Found at i:1390 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 136--1428 Score: 1057
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 172
126 TTAAATAATT
* * * * * * * * *
136 TTTTAAGTTCAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTAGCTCGTGA
1 TTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * * *
201 AAGGTAAAGAAAAAGGCATTCATGGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAG
66 AACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*
266 CCTTATTA-TCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGA
131 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* ** * * * * * * *
307 -TTTAAATTTGAA-TTCTTCAGTCATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAA
1 TTTTAAGTTCAAATTTTTTTA--CATTTTTTGTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
** * * * *
370 GAAA-AAAGAAGAAAAA-AGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCA
64 GAAACGTA-AAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * ** * *
433 AAAGCGTCATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATAC-CATAATTGA
127 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGA
* * * * * * *
479 TTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAACTGTAATTGAATGTCTACCTCGAGA
1 TTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * * * * * *
543 ACCATAAA-ACAAAAGGCATTCATTGAG-AATAAAAGTCTAATTGTAGTCACCTATTCCTTTAAA
66 AACGTAAAGA-AAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
606 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAGTCTCAAAATTTA
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* ** ** * * *
650 -TTTAAATTTGAA-TTCATCAGTCA-TTTTTGCTTAAAAA-AGACTAGAATTGAATGCCTACCTT
1 TTTTAAGTTCAAATTTTTTTA--CATTTTTTG--TAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
* ** * * * ** ****
711 -AAAAAAATGAAGAAAAA-AGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGAATTC
62 GAGAAACGTAAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * ** * *
774 GAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGA
126 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGA
* * * * * * *
821 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACGGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGA
1 TTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * * *
886 AACGTGAAGAAAAATG-CATTCATTGGGAAGAAAACTCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAA
66 AACGTAAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAA
** * * ** * *
950 AGCCTTATTACTTGCTTGAAATAGTTTTATAATGACATAATTAA
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * *
994 TTTTAAGTT-GAAGTTTTTTACATTTTTGGCT-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA
1 TTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTG-TAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* *
1057 AAACGTAAAGAAAAAGGCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAA
65 AAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
1121 GCCTTAATGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
130 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * *
1164 TTCTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTATTTAAAAA-AAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
1 TTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTT-TGTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * *
1228 AAATGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAA
65 AAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*
1293 GCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
130 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * *
1336 TTTTAAGTTCAAATTGTTTTGCA-TTTTT-TAAAACACATATTATAACTAAATGTCTAGCTTGAG
1 TTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTAAAA-ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * *
1399 AAAGGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
65 AAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
1429 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 890, Mismatches: 193, Indels: 78
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.01
170 78 0.09
171 455 0.51
172 278 0.31
173 69 0.08
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
AACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
Found at i:2582 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2090--2702 Score: 563
Period size: 172 Copynumber: 3.6 Consensus size: 171
2080 NNATTACTTG
* * * *
2090 CTTTAAATGGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * *
2155 CGGACTAGAATTGAATGTCTACCTTAAAAAAGGTCAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
66 CAGACTAGAATTGAATGTCTATCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
2220 CTAATTATCGTCACTCATACTTTCAAAGAGCCTTATTACTTA
130 CTAATTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCTTTATTACTCA
* * * * *
2262 CTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATAT-ACTTTC-GGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGATC
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT-TGA-TTTCAGGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTTGTTA
* * * *
2325 AAATAGACTATAATTGAATGTCTATCTTTAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAN
63 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTATC-TTAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
********* *
2390 NNNNNNNNNATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCTTTATTACTCG
127 AGTCTAATTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCTTTATTACTCA
* *
2435 CTTTAAATAGTTTTATAATAC-CATAATTGATTTCAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTCAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * *
2499 ACAGACTAGAATTGAATGTCTGTCTTAGCAAATGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAG
65 ACAGACTAGAATTGAATGTCTATCTTAG-AAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
********** **
2564 TCNNNNNNNNNNCACCCATTTCTTC-AAAAGCTTTATTACTCA
129 TCTAATTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCTTTATTACTCA
* * *
2606 CTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCAAAATTCATTTACA-TTTGAATTGTTTGTACATTTTTGGTTA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTT-CAGGTTGAATTGTTT-TACATTTTTTGTTA
* *
2669 AAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
63 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTATCTT-AGAAA
2703 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 65, Indels: 26
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 58 0.16
172 162 0.45
173 139 0.38
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAA
CAGACTAGAATTGAATGTCTATCTTAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
TAATTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCTTTATTACTCA
Found at i:4153 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3596--4349 Score: 496
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
3586 NNNNTCAACT
* * * * * * *
3596 TAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACTATTTAAAGTGGGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGT
1 TAAAATCAATTTTGAG-ATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGT
* * * * * ** * * * **
3660 GACTATAAATAGATTTTTCTTGCAAATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTC
64 GACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACACCC
* * ** *
3725 AATTCTAGTCCATTTTAACCAAAAA--T-AAAAAA---AATCC
129 AATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAAT-C
* * ** * * *
3762 TAAAATCGATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGC-TTTCAA-AAGCTTGAG
1 TAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAA--ATGGG
* * ** ** * * * * * **
3825 TGACTATATATG-GTCTTTT-TGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGTAGGCA
63 TGACTATA-AAGAGACTTTTCT-TGCCAATGAATACCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACA
** * * * * *
3888 TTCAATTATAGCTTTTTTTTAAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAA-C
126 CCCAATTATA-ATCTGTGTT-AACCAAAAATGTCAAAAAATTCAATC
* * * * *
3934 TTAAATTCATTTTTGAGGTTATATAGCCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGT
1 -TAAAATCAATTTTGAGATTATA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGT
* *
3999 GACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAGGCAAACACC
64 GACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCCTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACACC
* *
4063 CAATTATAATCTGT-TCTAGCCAAAAATATCAAAAAATTCAATC
128 CAATTATAATCTGTGT-TAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAATC
* * * *
4106 TAAAATCAATTATGACATTATACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGAATAGGT
1 TAAAATCAATTTTGAGATTATA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGT
* * * ** * **
4170 GACTACAAATAGAGTTTTCTTTTCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTC
64 GACTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACACCC
* *
4235 AATTATAATCTGTGTTAACAAAAAATGTGCAAAGAATTCAAAT-
129 AATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGT-CAAAAAATTC-AATC
* * ** * * *
4278 TTAAATTAATTTTGAGATTATAAAATATTTTAAAATGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGTG
1 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTG
4343 ACTATAA
65 ACTATAA
4350 GTGANNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
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CTATAAAGAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACACCCAA
TTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAATC
Found at i:6843 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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5711 NNNNNNNNNN
* *
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** ** *
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65 TCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGTATGAGTGACT
* * * * *
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* * * * * * *
5893 TCTCAAGGTAGATATTCAATTCTATTCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAGTTTAACTTAAAAT
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAAT
* ** * * * *
5957 CAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAGTAAGGCTTTCGAAGGCT-TAAGTGACTA
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* * * *
6020 TAAATGGACTTTT-TGTGCCAATG-GTTGGCTTCTGCTTCATGTT
129 TAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATT-CCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * *
6063 CCGT-AGGGCA-AGCATTCAATTATAGCCT-TTTCTAA-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
1 TC-TCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAA
* **
6124 AATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGCAAC
63 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGAC
6188 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-CTTTTTCTTCATGTT
127 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * ** *
6233 TCCCAAGGTAAATAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAGGTTAAAAAATTC-AATCTAAAA
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAAT-TAAAA
* * * * *
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65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTAT
* ** * *
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** * * * * ** ***
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1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA-ATTAAAA
* * * * ** * * *
6469 TCAATTATAACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCTGAAGGTACGGGTGACTAT
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTAT
* * * * * * *
6534 AAATAGAATTTTCGTGCAAAT-AAATACTTTCTTCTTCATTTT
130 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTT-TTCTTCATGTT
* * * *
6576 TCTCAAGGTAGACATTCAACTCTAGTCTATTTTAA-CAAAAAAAGTACAAAGAATTCAAATGT-A
1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATA-TA-AAAAAATTCAAAT-TAA
* * *
6639 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGATT
63 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACT
* *
6704 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTTATATT
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* * * * *
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1 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAA-AAAATTCAAATTAAAA
* *
6813 TCAATTTTGACAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
65 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
6851 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 778, Mismatches: 149, Indels: 62
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.02
170 189 0.24
171 224 0.29
172 325 0.42
173 25 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAAT
CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTT
Done.