Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401587.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4709.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6093
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.10, T:0.31
Warning! 1099 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:842 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 401--1188 Score: 477
Period size: 170 Copynumber: 4.7 Consensus size: 166
391 NNNNNNNNNG
* * * *
401 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAAT
1 CATTCAATTATAGTCT-TTTTAACC-AAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGAT
* * * * * ** * * *
465 TAGAAAACAATATCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGACGACTATAAATGGGC-TTTT
64 TATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCAGAAATGGACATTTT
** * * * *** ** *
529 TTATCCATGAGTAGCTTTTTTTGCA-CCCTTTACGAAATAAA
129 TCCTCAATGAATA--TTTTTTTTCATGTTTTTA-GAGGT-AT
* * * * * * *
570 CATTCAATTATAGTCTGTTTAA-AAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTN
1 CATTCAATTATAGTCTTTTTAACCAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTA
********* * * *
633 NNNNNNNNNTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACATTTTTC
66 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCAGAAATGGACATTTTTC
*
698 CTCAATGAATGATTTTTTTTACATGTTTTTAGAGGCAGT
131 CTCAATGAAT-ATTTTTTTT-CATGTTTTTAGAGGTA-T
* *
737 CATTCGATTATAGTCTTTTTAACCATAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATAAATTTTAAGATT
1 CATTCAATTATAGTCTTTTTAACCA-AAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATT
* * ********** *
802 ATAAAATAATTTAAAGTAAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGNNNNNNNNNNAAT--AGATTTTT
65 ATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCAGAAATGGACATTTTT
* * * *
865 CTTGCTAATGAATACCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAAA
130 CCT-C-AATGAATA--TTTTTTTTCATGTTTTTAGAGGT-AT
* * * * *
907 CATTCAACTATAGTCTGTTTAACAAAAACTGT-AACAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGTT
1 CATTCAATTATAGTCTTTTTAACCAAAA-TGTAAAC-AAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGAT
* * * * *
971 TATAAAACT-ATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGACCATAAACGGAC-TT
64 TATAAAA-TAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACCAGAAATGGACATT
* * * *
1033 TTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTGCACT-TTTCTCA-AGGTAT
127 TT-TCCTCAATGAATA-TTTTTTTTCA-TGTTT-TTAGAGGTAT
* * * * * *
1075 GCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAATATCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGGGA
1 -CATTCAATTATAGTCT-TTTTAACCAAAATGT-AAACAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGA
* *
1140 TTATAAAAAAATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGA
63 TTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGA
1189 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 119, Indels: 57
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.01
166 83 0.18
167 36 0.08
168 20 0.04
169 63 0.13
170 243 0.52
171 20 0.04
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
CATTCAATTATAGTCTTTTTAACCAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTA
TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACCAGAAATGGACATTTTTC
CTCAATGAATATTTTTTTTCATGTTTTTAGAGGTAT
Found at i:3529 original size:171 final size:165
Alignment explanation
Indices: 2908--3612 Score: 459
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 165
2898 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2908 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCA-AAATAGATTTT
1 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCA-TTTTAAATTATTTTACAATCTCATAATTA-ATTTT
* * **
2971 AAGTTAATTTTTTTTGA-ATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
64 AAGTTAA-TTTTTTT-ACA-TTTTAGTTAAAA-AGA-TATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAATG
* * * *
3035 TGCAA-AAAAAGCTATTCATTAAGAAAAAAAAGTCCATTTATGGTC
123 TG-AAGAAAAAG-TATTCATT-GGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
*********** * ** ** * * *
3080 ACCCATTCCTTTNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATCATTAATTTTAA
1 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCATTTTAAATTATTTTACAATCTCATAATTAATTTTAA
* ** *
3145 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAA
66 GTT-AATTTTTTTACATTTTAG-TTAAAAAGAT-ATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAATGTGAA
* * * * * *
3210 GAAAAAGGCATTCCTTGGTAAGAAAAATCCATTTATAATC
127 GAAAAA-GTATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * * * *
3250 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAATTTATTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA
1 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCATTTTAAATTATTTTACAATCTCATAATTAATTTTAA
* * ******** *
3315 GTTAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAANNNNNNNNNNAATTGAATTTCTACTTGGAGAAATGTGA
66 GTTAA-TTTTTTTACA-TTTTAGTTAA--AAAGATATAATTGAATGTCTACTT-GAGAAATGTGA
* * *
3380 AGAAAAACGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTC
126 AGAAAAA-GTATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
*
3421 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCATTTTAAATTATTTTACAATGTCATAATTAATTTTAA
1 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCATTTTAAATTATTTTACAATCTCATAATTAATTTTAA
* * *
3486 GTTAAATATTTTTGA-ATTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAATGTG
66 GTT-AAT-TTTTTTACATTTT-AGTTAAAA-AGA-TATAATTGAATGTCT-ACTTGAGAAATGTG
* *
3550 TAA-AAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAAGTCTATTTATGGTC
125 -AAGAAAAAG-TATTCATTG-GAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
*
3593 ACCCATTCTTTCAAAAGCCT
1 ACCCATTCCTTCAAAAGCCT
3613 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 98, Indels: 44
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 89 0.22
171 204 0.49
172 113 0.27
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (165 bp):
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCATTTTAAATTATTTTACAATCTCATAATTAATTTTAA
GTTAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAAAGATATAATTGAATGTCTACTTGAGAAATGTGAAGAAA
AAGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
Found at i:3696 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 2908--3858 Score: 1009
Period size: 513 Copynumber: 1.9 Consensus size: 503
2898 NNNNNNNNNN
* * * *
2908 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAA
1 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTAGCTTTAAATTATTTTACAATCTCAAAATAGATTTTAA
* * ** * *
2973 GTTAATTTTTTTTGAATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGC
66 GTTAAATATTTTTGAATTTTCAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGC
********
3038 AAAAAAAGCTATTCATTAAGAAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTTNNNNNNNNNNT
131 AAAAAAAGCTATTCATTAAGAAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTT--AAAAGCCTT
** *
3103 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
194 TACTCGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
* *
3168 TTAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTGAAGA-AAAAGGCATTCCTTGGTAA
259 TTAAAAACATAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACA-TGAA-ACAAAAGGCATTCCTTGGTAA
* * * * **
3231 GAAAAATCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAATTTATTTTATA
322 GAAAAATCCATTTATAATCACACATTCCTTCAAAAGACTTATCACTCGCTTTAAAATATTTTATA
* * *
3296 ATCTCATAATTGATTTCAAGT-TAA-TTTTTTTTACATTTTTGGCTAANNNNNNNNNNAATTGAA
387 ATCCCAAAATTGATTTCAAGTAAAATTTTTTTTTACATTTTTGGCTAA----------AATTGAA
3359 TTTCTACTTGGAGAAATGTGAAGAAAAACGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTC
442 TTTCTACTTGGAGAAATGTGAAGAAAAACGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTC
* * *
3421 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCA-TTTTAAATTATTTTACAATGTCATAATTA-ATTTT
1 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACT-AGCTTTAAATTATTTTACAATCTCA-AAATAGATTTT
* * **
3484 AAGTTAAATATTTTTGAATTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAATGT
64 AAGTTAAATATTTTTGAATTTTCAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACAT
* * *
3549 GTAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAAGTCTATTTATGGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCT
129 GCAAAAAAAGCTATTCATTAAGAAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCT
******** * *
3613 NNNNNNNNNNTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTTAA-TTTTTTATATTTT
193 --TTACTCGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * *********
3677 TGGTTAAAATCATTAATAATTTAATGTTTACCTCGACAAACATGAAACAAAAGGCANNNNNNNNN
256 TGATTAAAAACA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAACAAAAGGCATTCCTTGGT
* * * *
3742 NAGAAAAATCTATTTATAGTCACACATTCCTTTAAAAGACTTATCACTCGCTTTAAAATATTTTA
320 AAGAAAAATCCATTTATAATCACACATTCCTTCAAAAGACTTATCACTCGCTTTAAAATATTTTA
* * *
3807 TAATCCCAAAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTTTACATTTATGGTTAAAA
385 TAATCCCAAAATTGATTTCAAGTAAAATTTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAA
3859 CATGCTACAA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 74, Indels: 26
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
505 2 0.01
512 26 0.07
513 299 0.84
514 8 0.02
515 20 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (503 bp):
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTAGCTTTAAATTATTTTACAATCTCAAAATAGATTTTAA
GTTAAATATTTTTGAATTTTCAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGC
AAAAAAAGCTATTCATTAAGAAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTTA
CTCGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
AAAAACATAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAACAAAAGGCATTCCTTGGTAAGAAA
AATCCATTTATAATCACACATTCCTTCAAAAGACTTATCACTCGCTTTAAAATATTTTATAATCC
CAAAATTGATTTCAAGTAAAATTTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATTGAATTTCTACTTGGAGA
AATGTGAAGAAAAACGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTC
Found at i:5348 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5171--5654 Score: 375
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
5161 AAAAAAAGGC
* * *
5171 ATTTATT-AGCAAGAAAAGTCTATTCATAGTCACAAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 ATTTATTGAG-AAAAAAAGTCCATTCATAGTCACAAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
5235 AAACTGTTTTTTAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATATTTTTATA-TTTATGGTTAAAATAG
65 AAACTATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTATAGTTT-TGGTTAAAACAG
*
5299 ACTATAATTGATTGCCTGCCTTTAGAAATGTGTAATAAAAATT
129 ACTATAATTGAATGCCTGCCTTTAGAAATGTGTAATAAAAATT
* ** **********
5342 ATTTATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCNNNNNNNNNNCTTATTACTCACTTTA
1 ATTTATTGAGAAAAAAAGTCCATTCATAGTCACAAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
5407 AATTATTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGAC
66 AACTATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGAC
** ** * *
5472 TATAATTGAATGCCTGCCTAGAGAAACATGCAA-AAAAAGCT
131 TATAATTGAATGCCTGCCTTTAGAAATGTGTAATAAAAA-TT
* ********** * * ** * * *
5513 ATTGATTGAGAANNNNNNNNNNTTTATGGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTA
1 ATTTATTGAGAAAAAAAGTCCATTCATAGTCACAAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * *
5578 AAC-AGATTTAT-ATACTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
66 AACTA-TTTTATAAT-CTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAG
5641 ACTATAATTGAATG
129 ACTATAATTGAATG
5655 TTTACCCCAA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 62, Indels: 10
0.77 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.03
171 233 0.95
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTTATTGAGAAAAAAAGTCCATTCATAGTCACAAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AACTATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGCCTGCCTTTAGAAATGTGTAATAAAAATT
Done.