Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401607.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4727.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2747
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.12, T:0.31
Warning! 413 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:706 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5--1609 Score: 1504
Period size: 342 Copynumber: 4.7 Consensus size: 341
1 GATT
* * *
5 ATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATGAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GACTTTTTT
* * * *
70 TGCCAGTGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT
64 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT
* * ** *
135 --AATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATA-GTAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAA
129 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* ** * * * *
197 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTAC
193 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATATGTTTTTCTTC
** * *
262 ATGTTTCTCGAGACAGGTACTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAA-TCAACT
258 ATGTTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAACGTAAAAAAAATTCAACT
* *
326 TCAAATCAATTATGAGATT
323 TAAAATCAATTATGAGATA
* * * * * *
345 ATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGATTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATCAAATTTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GACTTTTTTT
* * * *
410 GCCAATTAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
65 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA
* * *
475 AAAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCGATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
130 AAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
540 ACGACTTTTGAAAGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTGCTTGCCAAAGAATATGTTTTTCTTCA
194 AAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATATGTTTTTCTTCA
* ** * * *
605 TGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAACGTAAATAAAAATTGAACA
259 TGTTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAACGTAAA-AAAAATTCAACT
* **
670 T-AAATCAATTTTTCGATA
323 TAAAATCAATTATGAGATA
* * * *
688 AT-AAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-GGTTGACTATAAATAGGCTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAAT-GACTTTTT
* * * * * * *
751 TTGTCAATAAATGCATTTTTCTTCACGTTTT-TCTAGGTAAAGATTCAATTATTGTTTGTTTTAA
63 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC-TTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* ** *
815 CTAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATGCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTA
127 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* ** * * *
880 ATAAGGCTTTTGAAGGAATATGAGACTATTAATGGACTTTTCTT-CCAAAAAAATAAGTTTTTCC
192 ATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AAAGAATATGTTTTT-C
* * * * * * * * *
944 AT-ATGTTTCCCGAGGCAGGCATTC-GTGTACAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAACAAATTC
255 TTCATGTTTCTCGAGACAGACATTCAAT-TATAGTCTATTTTAATAAAAAACGTAAAAAAAATTC
* *
1006 AACTTAAAATTAATTATGAGATT
319 AACTTAAAATCAATTATGAGATA
* * * * * *
1029 ATTAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGTCTTTCT-AAGGAATAAGAGAC-ATAAATGGACTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTT-TGAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GACTTTTT
** * * * * * ** *
1092 TTGTAAATGAGTGCCCTTTTTTTTTACGTTTCTCAAGGTAGATTTTCAATTATTGTCTGTTTTAA
63 TTGCCAATGAATG-CCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * *
1157 CTAAAAATGTAAACAAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTA
127 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * ** * *
1222 ATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATTAATGTTTTTTTCTT
192 ATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATATGTTTTTCTT
* * * * ** * * * * *
1287 CACGTTTCTCAAAATAGACATTTGATTATAGTCTGTTTGAACT--AAAACTTTAAAAAAATTTAA
257 CATGTTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAACGTAAAAAAAATTCAA
* * *
1350 CTTGAAATCAGTTATGAGATT
321 CTTAAAATCAATTATGAGATA
* * * *
1371 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATGAATTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGACTTTTT-
* ** * ** * * *
1435 TTACCAATGAATGATTTTTTCTACA-TGTTTCTTGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA
63 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * *
1499 -TGAAAAATATAAAAAACAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAGGTT
127 CT-AAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
1562 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGACACTGTAAATGGACTTTTCTT
188 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
1610 TCAACTAAAN
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 201, Indels: 64
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 89 0.09
340 32 0.03
341 64 0.06
342 615 0.60
343 143 0.14
344 87 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGACTTTTTTTG
CCAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATATGTTTTTCTTCATG
TTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAACGTAAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATA
Found at i:742 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1609 Score: 1303
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 171
* * * * * *
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATGAATGGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTT
* * ** *
66 TTCTTGCCAGTGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
66 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * *
131 AAC-TAATTGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATA-GTA
131 AACAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG-A
** * *
170 GATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGAATGGGTGACTATAAATGGACT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGTGACTATAAATAGACT
** * * ** ** * *
234 TTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTACATGTTTCTCGAGACAGGTACTCAATTATAGTCTATTT
65 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * *
299 TAATAAAAAATGTAAAAAAAA-TCAACTTCAAATCAATTATGA
130 TAA-CAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
341 GATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAA-GATTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATCA-AAT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAT-AGACT
* * ** * * *
404 TTTTTTGCCAATTAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTT
65 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * *
468 TTAACTAAAAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCGATTTTGA
129 TTAAC-AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
512 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACGACTTTTGAA-AGAATGGGTGACAATAAATAGACT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * *
576 TTGCTTGCCAAAGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
65 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * **
641 TAATCAAAAACGTAAATAAAAATTGAACAT-AAATCAATTTTTC
130 TAA-CAAAAATGTAAA-AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
684 GATAAT-AAACGATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGTTGACTATAAATAGGCTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTT
* * * * * * * *
748 TTCTTGTCAAT-AA-ATGCATTTTTCTTCACGTTTTTCTAGGTAAAGATTCAATTATTGTTTGTT
66 TTCTTGCCAATGAATAT-C-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
**
811 TTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATGCTGA
129 TTAAC-AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * * *
854 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATGAGACTATTAATGGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTT
** ** * * * * * *
919 TTCTT-CCAAAAAAATAAGTTTTTCCAT-ATGTTTCCCGAGGCAGGCATTC-GTGTACAGTCTGT
66 TTCTTGCC-AATGAATATCTTTTT-CTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT-TATAGTCTGT
* * * *
981 TTTAATAAAAAATGT-AAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
128 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ** * *
1025 GATTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AGGTCTTTCT-AAGGAATAAGAGAC-ATAAATGGAC
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTT-TGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAC
* ** * ** * * * * ** *
1087 TTTTTTTGTAAATGAGTGCCCTTTTTTTTTACGTTTCTCAAGGTAGATTTTCAATTATTGTCTGT
64 TTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
* * * *
1152 TTTAACTAAAAATGT-AAACAAATTCAGCTTAAAATTAATTATGA
128 TTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
1196 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-GAACT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAG-ACT
* * * * * * ** **
1260 TTTCTTGCTAATTAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAATAGACATTTGATTATAGTCTGTTT
65 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * * *
1325 GAACTAAAACT-TTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAGTTATGA
130 TAAC-AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
1367 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT-GAATT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAG-ACT
* * * * *
1431 TTTCTTACCAATGAATGAT-TTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTAT
65 TTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGT
* * *
1494 TTTAATGAAAAATATAAAAAACAATTCAACTT-AAATACAATTATGA
128 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAA-AATTGAACTTAAAAT-CAATTATGA
* * * ** ** * *
1540 GATTACAAAACCATTTAAGGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGACACTGTAAATGGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTT
1605 TTCTT
66 TTCTT
1610 TCAACTAAAN
Statistics
Matches: 1156, Mismatches: 237, Indels: 90
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 122 0.11
170 141 0.12
171 652 0.56
172 152 0.13
173 88 0.08
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTT
TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
AACAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA
Found at i:1012 original size:513 final size:504
Alignment explanation
Indices: 1--1609 Score: 1544
Period size: 513 Copynumber: 3.1 Consensus size: 504
* * *
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATGAATGGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGA-CTTTTGAAGGAATAGGTGAC-ATAAATGGACTT
** *
66 TTCTTGCCAGTGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
64 TTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * * *
131 AAC-TAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATAGTAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGT
129 AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGAGT
* *
195 AATAAGGCTTTTGAA-AGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTC
193 AATAAGGCTTTTGAAGA-AATGGGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGTCAATAAATG-CTTTTTC
* * * * * * *
259 TACATGTTTCTCGAG-ACAGGTACTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAAATC
255 TTCACGTTTCTCAAGTA-AAG-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTC
* * *
322 AACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAA-GATTTTGAAGGAAT-
317 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
* * * * * * * ** *
385 GGGTTACTATAAATCAAATTTTTTTGCCAATTAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGAGATAAA
382 GAG--ACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTC--CAATGTTTCTCGAGGCAAG
* * * *
449 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCGATTTTGA
443 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
512 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACGACTTTTGAAAGAATGGGTGACAATAAATAGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-GACTTTTGAAGGAATAGGTGAC-ATAAATGGACTT
* ** * ** *
577 TGCTTGCCAAAGAATATGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT
64 TTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * * *
642 AATCAAAAACGTAAATAAAAATTGAACAT-AAATCAATTTTTCGATAAT-AAACGATTTAAAGTG
129 AA-CAAAAATGT-AA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTG
*
705 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGTTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCAATAAATGCATTTT
190 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGTCAATAAATGC-TTTT
* * * * *
770 TCTTCACGTTTTTCTAGGTAAAGATTCAATTATTGTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTG
253 TCTTCACGTTTCTC-AAGTAAAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
** *
835 AACTTAAAATCAATGCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
317 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA
* * * * * * * *
900 TGAGACTATTAATGGACTTTTCTT-CCAAAAAAATAAGTTTTTCCATATGTTTCCCGAGGCAGGC
382 -GAGACTATAAATGAAATTTTCTTACC-AATAAATGACTTTTTCCA-ATGTTTCTCGAGGCAAGC
* * * *
964 ATTC-GTGTACAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAACA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGA
444 ATTCAAT-TATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
1025 GATTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGTCTTTCT-AAGGAATAAGAGACATAAATGGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-GACTTT-TGAAGGAATAGGTGACATAAATGGACTT
* * * * * * ** *
1089 TTTTTG-TAAATGAGTGCCCTTTTTTTTTACGTTTCTCAAGGTAGATTTTCAATTATTGTCTGTT
64 TTCTTGCCAAA-GAAT-ACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * *
1153 TTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
127 TTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAA-CATTTAAAGTG
* * * * * *
1218 AGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CTAATTAATGTTTTT
190 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGTC-AATAAATG-CTTT
* * * ** * * *
1282 TTCTTCACGTTTCTCAAAATAGACATTTGATTATAGTCTGTTTGAACTAAAACTTTAAAAAAATT
252 TTCTTCACGTTTCTC-AAGTAAAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
1347 TAACTTGAAATCAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
316 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * *
1412 GAGAGACTATAAATGAATTTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAAGC
381 -AGAGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCCA-ATGTTTCTCGAGGCAAGC
* *
1477 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAACAATTCAACTT-AAATACAATTATGA
444 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGT-AAAAACAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGA
* * * * *
1540 GATTACAAAACCATTTAAGGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GG-GACACTGTAAATGGAC
1 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGACTTTTGAAGGAATAGGTGACA---TAAATGGAC
1603 TTTTCTT
62 TTTTCTT
1610 TCAACTAAAN
Statistics
Matches: 889, Mismatches: 168, Indels: 77
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 125 0.14
512 42 0.05
513 524 0.59
514 117 0.13
515 63 0.07
516 18 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (504 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACATAAATGGACTTTT
CTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGTCAATAAATGCTTTTTCTTCACG
TTTCTCAAGTAAAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAGACTATA
AATGAAATTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCCAATGTTTCTCGAGGCAAGCATTCAATTATAG
TCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
Done.