Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401611.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4730.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1799
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.07, T:0.27
Warning! 566 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1145 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 861--1771 Score: 976
Period size: 172 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
851 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
861 ATAATTGATTTTATGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGATT-AAATAGACAATAATTTAATGCCTAT
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
925 CTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
66 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTCTCATTCCT
* * *
990 TCAAAAGACTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTC
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* *
1031 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTG
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
** * * * *
1096 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCGATACGAAAAGTCCATTTATAGCTTCTCATTTC
65 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGC-TCTCATTCC
* * * *
1161 TTTAACAGCCTTTTTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTC
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTC
* * *
1203 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTC
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
1268 CTTGACAAGCATGAAGAAAAGAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCA
66 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTCTCATTCCT
* * * * * *
1333 TCAAAAGACTGATTGCTCACTTTAAATGCTTTTCTAATCTC
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * *
1374 ATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTATATTTTT-TTTAAAACAGTCTATTATTGAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* ** * * * * *
1438 GCCTCAAGAAACATGAAGACAAAAGCATTCATCGATACA-AAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATT
64 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAG-CTCTCATT
* * * *
1502 CCTTCAACAGCCTTTTTACTC-ATTCTAAATGGTTTTATAATCTC
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGATTTTATAATCTC
* * * *
1546 ATAATTAATTTTTAGTT-CATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* **
1610 CTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGCTTCTCATTCC
66 CTTGAGAAACA-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGC-TCTCATTCC
* * * *
1674 TTCAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * *
1716 ATAATTGATTTTAACTTGAATTTCTTTT-TATTTTT-ATTAAAACAGACAATAATTGA
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
1772 CCATCTATCT
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 111, Indels: 34
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 18 0.03
170 159 0.26
171 171 0.28
172 250 0.41
173 15 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCTCTCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
Found at i:1572 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 861--1771 Score: 1206
Period size: 343 Copynumber: 2.7 Consensus size: 341
851 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
861 ATAATTGATTTTATGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGATT-AAATAGACAATAATTTAATGCCTAT
1 ATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTTT
*
925 -CTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
64 CCTTGAG-AACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
989 TTCAAAAGACTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-AT
128 TTCAAAAGACTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* *
1052 TGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
193 T-TTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
1117 AAGCATTCATCGATACGAAAAGTCCATTTATAGCTTCTCATTTCTTTAACAGCCTTTTTACTCGT
256 AAGCATTCATCGATACAAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCAT
*
1182 TTTAAATAGTTTTATAATCTC
321 TCTAAATAGTTTTATAATCTC
*
1203 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTC
1 ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTC
* ** *
1268 CTTGACAAGCATGAAGAAAAGAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCA
65 CTTGAGAA-CATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* * *
1333 TCAAAAGACTGATTGCTCACTTTAAATGCTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
129 TCAAAAGACTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * * *
1398 TTTTTATATTTTTTTTAAAACAGTCTATTATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGACAAAAG
194 TTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG
*
1463 CATTCATCGATACAAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCT
259 CATTCATCGATACAAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCT
*
1528 AAATGGTTTTATAATCTC
324 AAATAGTTTTATAATCTC
* * * * * *
1546 ATAATTAATTTTTAGTTCATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACC
1 ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCC
* * ** *
1611 TTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAG-CTTCTCATTCCT
66 TTGAGAACA-TGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCT
* * * * * * * *
1675 TCAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAACTTGAAT-TT
129 TCAAAAGACTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* *
1739 CTTTT-TATTTTTATTAAAACAGACAATAATTGA
194 TTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
1772 CCATCTATCT
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 62, Indels: 18
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 24 0.05
341 16 0.03
342 170 0.34
343 272 0.55
344 14 0.03
345 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCC
TTGAGAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
AAAAGACTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTT
TTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
TTCATCGATACAAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTAA
ATAGTTTTATAATCTC
Done.