Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401617.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4736.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2536
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.40
Warning! 30 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:487 original size:266 final size:265
Alignment explanation
Indices: 1--551 Score: 892
Period size: 266 Copynumber: 2.1 Consensus size: 265
* * *
1 TAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTTATCTTTTAACGAAACAGTTTCATGTTGAGTAAATATC
1 TAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACAAAACAGTTTCATATTGAGTAAATATC
* *
66 TTCACGTGATTTACAAAATATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGC
66 TTCACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTAAAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGC
* * *
131 AATGTTATTAGAATAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTAATTCTTAGTGAAAC
131 AATGTGATTAGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTAATTCTTAGTAAAAC
* *
196 AATTTCCTCAGAGAGATGTTTTTTTTTCTGTTAACAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAA
196 AATTTCCTCAGAGAGAAG-TTTTTTTTATGTTAACAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAA
261 GTGTAA
260 GTGTAA
*
267 TAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACAAAACGGTTTCATATTGAGTAAATATC
1 TAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACAAAACAGTTTCATATTGAGTAAATATC
* *
332 TTCACGTGATTTACAAAGCATTAACTAATTGAATTAAAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGC
66 TTCACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTAAAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGC
*
397 AATGTGACTT-TAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTAAA
131 AATGTGA-TTAGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATA-TTTAATTCTTAGTAAA
* *
461 ACAATTTCCTCAG-GAAGAAG-TTTTTTTATGTTGACAAAGCGCGTATGAGTTGGCAAAATTAAT
194 ACAATTTCCTCAGAG-AGAAGTTTTTTTTATGTTAACAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAAT
524 AAGTGTAA
258 AAGTGTAA
*
532 TAATGTTTTATATCTATTTA
1 TAATATTTTATATCTATTTA
552 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 17, Indels: 7
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
265 67 0.25
266 164 0.62
267 34 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (265 bp):
TAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACAAAACAGTTTCATATTGAGTAAATATC
TTCACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTAAAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGC
AATGTGATTAGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTAATTCTTAGTAAAAC
AATTTCCTCAGAGAGAAGTTTTTTTTATGTTAACAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAAG
TGTAA
Found at i:1009 original size:495 final size:485
Alignment explanation
Indices: 69--1046 Score: 1366
Period size: 495 Copynumber: 2.0 Consensus size: 485
59 AAATATCTTC
* * *
69 ACGTGATTTACAAAATATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGCAAT
1 ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCCTTTTCGAAAATGGCAAT
* * *
134 GTTATTAGAATAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTAATTCTTAGTGAAACAAT
66 GTTACTAGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTAATTCTTAATGAAACAAT
*
199 TTCCTCAGAGAGATGTTTTTTTTTCTGTTAACAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAAGTG
131 TTCCTCAGAGAGATGTTTTTTTTTCTGTTAACAAAACGCGTATGAGTTGACAAAATTAATAAGTG
* * *
264 TAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACAAAACGGTTTCATATTGAGTAAAT
196 TAATAATATTTTATATCTACTTAGACGTTTCATCTTTTAACAAAACAGTTTCATATTGAGAAAAT
* * * **
329 ATCTTCACGTGATTTACAAAGCATTAACTAATTGAATTAAAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATT
261 ATCTTCACATGATTTACAAAACATTAACCAATAAAATTAAAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATT
* *** * *
394 GGCAATGTGACTTTAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTA
326 GACAATGTGACCGGAACAGGTATCCTAACATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTA
* *
459 AAACAATTTCCTCAGGAAGAAGTTTTTTTATGTTGACAAAGCGCGTATGAGTTGGCAAAATTAAT
391 AAACAATTTCCTCAGGAAGAAGTTTTTTTATGTTGACAAAACGCATATGAGTTGGCAAAATTAAT
*
524 AAGTGTAATAATGTTTTATATCTATTTACA
456 AAGTGTAATAATATTTTATATCTATTTACA
554 NNNNNNNNNNACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCCTTTTCGA
1 ----------ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCCTTTTCGA
* * *********
619 AAATGGCAATGTTACTGGAACATGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAANNNNNNNNNNTCTT
56 AAATGGCAATGTTACTAGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAA-ATATTTAATTCTT
* *
684 AATGAAACAATTTCCTCAG-GAAGATG-TTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGACAA
120 AATGAAACAATTTCCTCAGAG-AGATGTTTTTTTTTCTGTTAACAAAACGCGTATGAGTTGACAA
* * *
747 AATTAATAGGTGTAATAATATTTTATATCTACTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAATAGTTTCA
184 AATTAATAAGTGTAATAATATTTTATATCTACTTAGACGTTTCATCTTTTAACAAAACAGTTTCA
* * *
812 TATTGAGAAAATATCTTCACATGATTTATAAAACATTAACCAATAAAATTATAGTCATTAAATTC
249 TATTGAGAAAATATCTTCACATGATTTACAAAACATTAACCAATAAAATTAAAATCATTAAATTC
* *
877 TTTTTCGAAATTGACAATGTTACCGGAATAGGTATCCTAACATTTAATGTCACATTTAAATATTT
314 TTTTTCGAAATTGACAATGTGACCGGAACAGGTATCCTAACATTTAATGTCACATTTAAATATTT
* * * * * *
942 TAATTCTTAGTGAAGCAATTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCATATTAGTT
379 TAATTCTTAGTAAAACAATTTCCTCAGGAAGAAGTTTTTTTATGTTGACAAAACGCATATGAGTT
*
1007 GGCAAAATTAATAGGTGTAATAATATTTTATATCTATTTA
444 GGCAAAATTAATAAGTGTAATAATATTTTATATCTATTTA
1047 GACGTTTTAT
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 52, Indels: 4
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
495 402 0.94
496 27 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (485 bp):
ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCCTTTTCGAAAATGGCAAT
GTTACTAGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTAATTCTTAATGAAACAAT
TTCCTCAGAGAGATGTTTTTTTTTCTGTTAACAAAACGCGTATGAGTTGACAAAATTAATAAGTG
TAATAATATTTTATATCTACTTAGACGTTTCATCTTTTAACAAAACAGTTTCATATTGAGAAAAT
ATCTTCACATGATTTACAAAACATTAACCAATAAAATTAAAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATT
GACAATGTGACCGGAACAGGTATCCTAACATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTA
AAACAATTTCCTCAGGAAGAAGTTTTTTTATGTTGACAAAACGCATATGAGTTGGCAAAATTAAT
AAGTGTAATAATATTTTATATCTATTTACA
Found at i:1104 original size:265 final size:265
Alignment explanation
Indices: 564--2536 Score: 2452
Period size: 264 Copynumber: 7.4 Consensus size: 265
554 NNNNNNNNNN
* * *
564 ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCCTTTTCGAAAATGGCAAT
1 ACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGCAAT
* * ********** *
629 GTTACTGGAACATGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAANNNNNNNNNNTCTTAATGAAACAA
66 GTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAA
*
694 TTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGACAAAATTAATAGGTG
131 TTTCCTCAGGAAGATG-TTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAGGTG
* * *
759 TAATAATATTTTATATCTACTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAATAGTTTCATATTGAGAAAAT
195 TAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATATTGAGTAAAT
824 ATCTTC
260 ATCTTC
* * * ** * *
830 ACATGATTTATAAAACATTAACCAATAAAATTATAGTCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGACAAT
1 ACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGCAAT
* * * *
895 GTTACCGGAATAGGTATCCTAACATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAGCAA
66 GTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAA
* *
960 TTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCATATTAGTTGGCAAAATTAATAGGTGT
131 TTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAGGTGT
* * *
1025 AATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTTATCTTTTAACGAAACAGTTTCATGTTAAGTAAATA
196 AATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATATTGAGTAAATA
1090 TCTTC
261 TCTTC
** * *
1095 ACGTGATTTACAAAATATTAACTAATTGAATTATAATCGTTAAATTCTTTTTC-ACAATTGGCAA
1 ACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGA-AATTGGCAA
* * * * *
1159 TGTTACCAGAATAGGTATCTTAATATTTAATGCCACATTTAAATA-TTTAATTCTTAGTAAAATA
65 TGTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACA
* * * * ** *
1223 ATTTCCTCAGAAAGATGTTTTTTTCTGTTGACAAAACGTGTATGAGTTGGTAAAATTAATAATTA
130 ATTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAGGTG
* **********
1288 TAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACGGTTNNNNNNNNNNTAAAT
195 TAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATATTGAGTAAAT
1353 ATCTTC
260 ATCTTC
* * * *
1359 ACGTGATTTACAAAGCATTAACTAATTGAATTATAATCATTAATTTTTTTTTTGAAATTGGCAAT
1 ACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGCAAT
** * * *
1424 GTTACTAGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAATAAAATAA
66 GTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAA
* * * * **** *
1489 TTTCCTCAGGAAGAAGTCTTTTTATGTTGACAAAGTATGTATGAGTTGGCAAAATTAATAAGTGT
131 TTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAGGTGT
** * *
1554 AATAAT-TTTTATATCTATTTAGACACTTCATCTTTTAATGAAACAGTTTCATGTTGAGTAAATA
196 AATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATATTGAGTAAATA
1618 TCTTC
261 TCTTC
* *
1623 ATGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCGTTAAATTCTTTTTTC-AAATTGGCAA
1 ACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTC-TTTTTCGAAATTGGCAA
* * *
1687 TGTTACCGGAACAAGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAAAATTTTAATTCTTAGTGAACCA
65 TGTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACA
** * * *
1752 ATTTCCAT-ATAAAGATATATTTTTT-TGTTGAGCAAACGCGAATGAGTTGGCAAAATTAATAGG
130 ATTTCC-TCAGGAAGATGT-TTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAGG
* * ** ** *
1815 TATAATAATATTTTATATCTATTTAAATATTTCATCTTTTAACGAAGTAGTTTCATATTAAGTAA
193 TGTAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATATTGAGTAA
1880 ATATCTTC
258 ATATCTTC
* * *
1888 ACGTGATTTACAAAGCATTAACTAATTGAATTATAAGCATTAAATTTTCTTTTTCAAAATTGGCA
1 ACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAA--TTCTTTTTCGAAATTGGCA
* * * * * *
1953 ATGTTGCTGAAACATGTATCTTAATATTTAATGAT-GCATTTAAATGTTTTAATTCTTAGTGAAA
64 ATGTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATG-TCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAA
** * * * *
2017 CAATTTCCTCATAAAGATGTTTTTTTCTATTGAGAAAATGTGTATGAATTGGCAAAATTAATAGG
128 CAATTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAGG
* * * * * * *
2082 TGCAATAATATTTTATATCTATTTAAATGTTTCATCTTTTAACGAAA-TGATGTCATGTTGAGCA
193 TGTAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAG-TTTCATATTGAGTA
2146 AATATCTTC
257 AATATCTTC
* * * *
2155 ACGAGATTTACAATGCATTAATCAATTGAATTATAATCATTAAATT-TTTTTTGAAATTGGCAAT
1 ACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGCAAT
** * * *
2219 GTTACCTAAACATGTATCTTTATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCATAGTGAAACAA
66 GTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAA
* * * * * *
2284 TTTCCTTAAGAAGATGTTTTTTTTTTTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGACGAAATTAATAAGT
131 TTTCCTCAGGAAGATG--TTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAGGT
* * * * *
2349 GTAATAATATTTTATGTCTATTTAGACATTTCATCTTTTAACAAAATAATTTCATATTGAGTAAA
194 GTAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATATTGAGTAAA
*
2414 TATTTTC
259 TATCTTC
* *
2421 ACGTGATTTACTAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTTGAAATTGGCAAT
1 ACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGCAAT
*
2486 GTTACCGGAATAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAAT
66 GTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAAT
Statistics
Matches: 1473, Mismatches: 215, Indels: 37
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
263 1 0.00
264 523 0.36
265 393 0.27
266 275 0.19
267 280 0.19
268 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (265 bp):
ACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTGGCAAT
GTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAA
TTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGGCAAAATTAATAGGTGT
AATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATATTGAGTAAATA
TCTTC
Found at i:1739 original size:529 final size:529
Alignment explanation
Indices: 564--2536 Score: 2508
Period size: 529 Copynumber: 3.7 Consensus size: 529
554 NNNNNNNNNN
* *
564 ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCCTTTTCGAAAATGGCAAT
1 ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTC-AAATTGGCAAT
* ********** *
629 GTTACTGGAACATGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAANNNNNNNNNNTCTTAATGAAACAA
65 GTTACCGGAACATGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAA
* * * *
694 TTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTTCTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGACAAAATTAATAGGTG
130 TTTCCTCAGAAAGATGTTTTTTTTCTGTTGACAAAACGCGTATGAGTTGACAAAATTAATAAGTA
* * *
759 TAATAATATTTTATATCTACTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAATAGTTTCATATTGAGAAAAT
195 TAATAATATTTTATATCTATTTAGACATTTCATCTTTTAACGAAATAGTTTCATATTGAGTAAAT
* * * ** *
824 ATCTTCACATGATTTATAAAACATTAACCAATAAAATTATAGTCATTAAATTCTTTTTCGAAATT
260 ATCTTCACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATT
* * * *
889 GACAATGTTACCGGAATAGGTATCCTAACATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTG
325 GGCAATGTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTG
* * *
954 AAGCAATTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAA-ACGCATATTAGTTGGCAAAATTAA
390 AAACAATTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAATATG--TATGAGTTGGCAAAATTAA
* *
1018 TAGGTGTAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTTATCTTTTAACGAAACAGTTTCATGTTAA
453 TAGGTGTAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATGTTGA
1083 GTAAATATCTTC
518 GTAAATATCTTC
* * *
1095 ACGTGATTTACAAAATATTAACTAATTGAATTATAATCGTTAAATTCTTTTTCACAATTGGCAAT
1 ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCA-AATTGGCAAT
* * * * * *
1160 GTTACCAGAATAGGTATCTTAATATTTAATGCCACATTTAAATA-TTTAATTCTTAGTAAAATAA
65 GTTACCGGAACATGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAA
* ** *
1224 TTTCCTCAGAAAGATG-TTTTTTTCTGTTGACAAAACGTGTATGAGTTGGTAAAATTAATAATTA
130 TTTCCTCAGAAAGATGTTTTTTTTCTGTTGACAAAACGCGTATGAGTTGACAAAATTAATAAGTA
* ** **********
1288 TAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACGGTTNNNNNNNNNNTAAAT
195 TAATAATATTTTATATCTATTTAGACATTTCATCTTTTAACGAAATAGTTTCATATTGAGTAAAT
* * * *
1353 ATCTTCACGTGATTTACAAAGCATTAACTAATTGAATTATAATCATTAATTTTTTTTTTGAAATT
260 ATCTTCACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATT
** * *
1418 GGCAATGTTACTAGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAATA
325 GGCAATGTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTG
* * * * *
1483 AAATAATTTCCTCAGGAAGAAGTCTTTTTATGTTGACAAAGTATGTATGAGTTGGCAAAATTAAT
390 AAACAATTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAA-TATGTATGAGTTGGCAAAATTAAT
* ** *
1548 AAGTGTAATAAT-TTTTATATCTATTTAGACACTTCATCTTTTAATGAAACAGTTTCATGTTGAG
454 AGGTGTAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATGTTGAG
1612 TAAATATCTTC
519 TAAATATCTTC
* * *
1623 ATGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCGTTAAATTCTTTTTTCAAATTGGCAAT
1 ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTC-TTTTTCAAATTGGCAAT
* * *
1688 GTTACCGGAACAAGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAAAATTTTAATTCTTAGTGAACCAA
65 GTTACCGGAACATGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAA
* * * * * *
1753 TTTCCAT-ATAAAGATATATTTTTT-TGTTGAGC-AAACGCGAATGAGTTGGCAAAATTAATAGG
130 TTTCC-TCAGAAAGATGTTTTTTTTCTGTTGA-CAAAACGCGTATGAGTTGACAAAATTAATAAG
* * * *
1815 TATAATAATATTTTATATCTATTTAAATATTTCATCTTTTAACGAAGTAGTTTCATATTAAGTAA
193 TATAATAATATTTTATATCTATTTAGACATTTCATCTTTTAACGAAATAGTTTCATATTGAGTAA
* * *
1880 ATATCTTCACGTGATTTACAAAGCATTAACTAATTGAATTATAAGCATTAAATTTTCTTTTTCAA
258 ATATCTTCACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAA--TTCTTTTTCGA
* * * * * *
1945 AATTGGCAATGTTGCTGAAACATGTATCTTAATATTTAATGAT-GCATTTAAATGTTTTAATTCT
321 AATTGGCAATGTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATG-TCACATTTAAATATTTTAATTCT
** * * *
2009 TAGTGAAACAATTTCCTCATAAAGATGTTTTTTTCTATTGAGAAAATGTGTATGAATTGGCAAAA
385 TAGTGAAACAATTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAG-AAATATGTATGAGTTGGCAAAA
* * * * *
2074 TTAATAGGTGCAATAATATTTTATATCTATTTAAATGTTTCATCTTTTAACGAAA-TGATGTCAT
449 TTAATAGGTGTAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAG-TTTCAT
*
2138 GTTGAGCAAATATCTTC
513 GTTGAGTAAATATCTTC
* ** * * *
2155 ACGAGATTTACAATGCATTAATCAATTGAATTATAATCATTAAATTTTTTTTGAAATTGGCAATG
1 ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCAAATTGGCAATG
** * *
2220 TTACCTAAACATGTATCTTTATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCATAGTGAAACAAT
66 TTACCGGAACATGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAAT
* * * *
2285 TTCCTTA-AGAAGATGTTTTTTTTTTTGTTGAGAAAACGCGTATGAGTTGACGAAATTAATAAGT
131 TTCCTCAGA-AAGATG-TTTTTTTTCTGTTGACAAAACGCGTATGAGTTGACAAAATTAATAAGT
* * * *
2349 GTAATAATATTTTATGTCTATTTAGACATTTCATCTTTTAACAAAATAATTTCATATTGAGTAAA
194 ATAATAATATTTTATATCTATTTAGACATTTCATCTTTTAACGAAATAGTTTCATATTGAGTAAA
* * *
2414 TATTTTCACGTGATTTACTAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTTGAAAT
259 TATCTTCACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAAT
*
2479 TGGCAATGTTACCGGAATAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAAT
324 TGGCAATGTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAAT
Statistics
Matches: 1235, Mismatches: 187, Indels: 40
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
528 150 0.12
529 434 0.35
530 38 0.03
531 371 0.30
532 105 0.09
533 137 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
ACGTGATTTACAAAACATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCAAATTGGCAATG
TTACCGGAACATGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGAAACAAT
TTCCTCAGAAAGATGTTTTTTTTCTGTTGACAAAACGCGTATGAGTTGACAAAATTAATAAGTAT
AATAATATTTTATATCTATTTAGACATTTCATCTTTTAACGAAATAGTTTCATATTGAGTAAATA
TCTTCACGTGATTTACAAAGCATTAACCAATTGAATTATAATCATTAAATTCTTTTTCGAAATTG
GCAATGTTACCGGAACAGGTATCTTAATATTTAATGTCACATTTAAATATTTTAATTCTTAGTGA
AACAATTTCCTCAGGAAGATGTTTTTTTCTGTTGAGAAATATGTATGAGTTGGCAAAATTAATAG
GTGTAATAATATTTTATATCTATTTAGACGTTTCATCTTTTAACGAAACAGTTTCATGTTGAGTA
AATATCTTC
Done.